主文
一原告の請求を棄却する。
二訴訟費用は原告の負担とする。
三原告のために、本判決の控訴期間の付加期間を三〇日と定める。
事実及び理由
第一 請求の趣旨
一被告は、別紙目録一記載の形質転換されているチャイニーズハムスター卵巣細胞を用いて組換ヒト組織プラスミノーゲン活性化因子を製造してはならない。二被告は、別紙目録二記載の組換ヒト組織プラスミノーゲン活性化因子を製造し、販売し、販売のために宣伝、広告してはならない。
三被告は、別紙目録三記載の方法を用いて同目録記載の組換ヒト組織プラスミノーゲン活性化因子を製造し、販売し、販売のために宣伝、広告してはならない。四被告は、別紙目録四記載の粉末状注射用製剤を製造し、販売し、販売のために宣伝、広告してはならない。
五被告は、その所有する別紙目録一記載の形質転換されているチャイニーズハムスター卵巣細胞、同目録二記載の組換ヒト組織プラスミノーゲン活性化因子及び同目録四記載の粉末状注射用製剤を廃棄せよ。
第二 事案の概要
一原告の権利
１ Ａ特許権
原告は、次の特許権（「Ａ特許権」といい、各発明を一括して「Ａ発明」という。）を有する（争いがない）。
（一）発明の名称組換ヒト組織プラスミノーゲン活性化因子
（二）出願日昭和五八年五月六日（特願昭五八―七九二〇五）
（三）優先権主張
（１） 一九八二年（昭和五七年）五月五日
米国特許出願第三七四八六〇号
（２） 一九八二年（昭和五七年）七月一四日
米国特許出願第三九八〇〇三号
（３） 一九八三年（昭和五八年）四月七日
米国特許出願第四八三〇五二号
の各アメリカ合衆国特許出願（以下、順次「米国第一出願」、「米国第二出願」、「米国第三出願」という。）に基づく優先権主張（以下、順次「第一優先権」、「第二優先権」、「第三優先権」という。）
（四）出願公告日昭和六二年四月一五日（特公昭六二―一六九三一）
（五）登録日平成三年一月三一日
（六）特許番号第一五九九〇八二号
（七）特許請求の範囲（以下「Ａ特許請求の範囲」という。）
「１ヒト細胞以外の宿主細胞が産生する、以下の特性：
１）プラスミノーゲンをプラスミンに変換する触媒能を有する
２）フィブリン結合能を有する
３）ボーズ（Ｂｏｗｅｓ）メラノーマ細胞由来のヒト組織プラスミノーゲン活性化因子に対する抗体に免疫反応を示す
４）クリングル領域およびセリンプロテアーゼ領域を構成するアミノ酸配列を含有する
５）一本鎖または二本鎖タンパクとして存在し得る
を有する、ヒト由来の他のタンパクを含有しない組換ヒト組織プラスミノーゲン活性化因子であって、以下の部分的アミノ酸配列を含んでいる活性化因子：別紙目録六記載の部分的アミノ酸配列（６９～５２７番）。
２ ヒト組織プラスミノーゲン活性化因子をコードしているＤＮＡで形質転換されたヒト細胞以外の宿主細胞を、該ＤＮＡの発現可能な条件下で培養して、以下の特性：
１）プラスミノーゲンをプラスミンに変換する触媒能を有する
２）フィブリン結合能を有する
３）ボーズ（Ｂｏｗｅｓ）メラノーマ細胞由来のヒト組織プラスミノーゲン活性化因子に対する抗体に免疫反応を示す
４）クリングル領域およびセリンプロテアーゼ領域を構成するアミノ酸配列を含有する
５）一本鎖または二本鎖タンパクとして存在し得る
を有し、以下の部分的アミノ酸配列：
別紙目録六記載の部分的アミノ酸配列（６９～５２７番）
を含んでいる組換ヒト組織プラスミノーゲン活性化因子を産生させ、次いで該組換ヒト組織プラスミノーゲン活性化因子を回収することを特徴とする、ヒト由来の他のタンパクを含有しない組換ヒト組織プラスミノーゲン活性化因子の製造方法。
３ ヒト細胞以外の宿主細胞が産生する、以下の特性：
１）プラスミノーゲンをプラスミンに変換する触媒能を有する
２）フィブリン結合能を有する
３）ボーズ（Ｂｏｗｅｓ）メラノーマ細胞由来のヒト組織プラスミノーゲン活性化因子に対する抗体に免疫反応を示す
４）クリングル領域およびセリンプロテアーゼ領域を構成するアミノ酸配列を含有する
５）一本鎖または二本鎖タンパクとして存在し得る
を有し、以下の部分的アミノ酸配列：
別紙目録六記載の部分的アミノ酸配列（６９～５２７番）
を含み、ヒト由来の他のタンパクを含有しない組換ヒト組織プラスミノーゲン活性化因子の治療上有効量を、薬剤上許容し得るキャリヤーと混合して含有する血栓症治療剤。」
２ Ｂ発明
原告は、次の特許出願に係る発明（「Ｂ発明」といい、「Ａ発明」と「Ｂ発明」をまとめて「本件発明」という。）について特許法（平成五年法律第二六号による改正前のもの、以下同じ）五二条一項、一〇〇条の仮保護の権利を有する（争いがない）。
（一）発明の名称ヒト組織プラスミノーゲン活性化因子をコードしているＤＮＡを発現し得る組換え発現ベクターで形質転換された宿主細胞
（二）出願日昭和五八年五月六日（特願昭五八―七九二〇五の分割出願）（三）優先権主張
（１） 一九八二年（昭和五七年）五月五日
米国特許出願第三七四八六〇号
（２） 一九八二年（昭和五七年）七月一四日
米国特許出願第三九八〇〇三号
（３） 一九八三年（昭和五八年）四月七日
米国特許出願第四八三〇五二号
の各アメリカ合衆国特許出願（以下、前示のとおり順次「米国第一出願」、「米国第二出願」、「米国第三出願」という。）に基づく優先権主張（以下、前示のとおり順次「第一優先権」、「第二優先権」、「第三優先権」という。）
（四）出願公告日平成元年七月二〇日（特公平一―三四五九六）
（五）特許請求の範囲（以下「Ｂ特許請求の範囲」という。）
「形質転換された細菌、酵母または哺乳動物細胞中に於いて、下記のアミノ酸配列１～５２７を有するヒト組織プラスミノーゲン活性化因子をコードしているＤＮＡを発現し得る組換え発現ベクターで形質転換された細菌、酵母または哺乳動物細胞：
別紙目録六記載のアミノ酸配列（１～５２７番）。」
二本件発明の明細書の記載内容
１ Ａ発明の明細書
Ａ発明について特許をすべき旨の査定があった時点の明細書（以下「Ａ特許明細書」という。）及び図面の記載内容は、特許出願公告公報（甲第一号証、以下「公報（１）」という。）に掲載の明細書及び図面の記載内容に、昭和六三年一二月一五日付手続補正書（甲第二号証、特許異議答弁書提出時）及び平成二年七月五日付手続補正書（甲第一五号証、拒絶査定不服審判請求時）による補正がされたものである。補正箇所は、発明の名称「ヒト組織プラスミノーゲン活性化因子」が「組換ヒト組織プラスミノーゲン活性化因子」と補正されているほか、別紙特許公報訂正箇所指摘書の直線で四角に囲った箇所であり、補正の内容は同書の「訂正後」欄に記載のとおりであり、補正後のＡ特許明細書の第５Ａ～Ｃ図は、別紙目録六記載のとおりである。
（以上につき甲第一、第二、第一四、第一五、第一九号証）
２ Ｂ発明の明細書
Ｂ発明について特許出願公告をすべき旨の査定があった時点の明細書及び図面の記載内容は、特許出願公告公報（甲第六号証、以下「公報（２）」という。）に記載のとおりである。
三本件発明の概要
１ Ａ発明
（一）Ａ特許請求の範囲第一項の発明（以下「第一発明」という。）は、「組換ヒト組織プラスミノーゲン活性化因子」という物の発明であり、第二頃の発明（以下「第二発明」という。）は、組換ＤＮＡ技術を用いて「組織ヒト組織プラスミノーゲン活性化因子」を製造する方法の発明であり、第三項の発明（以下「第三発明」という。）は、「組換ヒト組織プラスミノーゲン活性化因子」を有効成分とする血栓症治療剤という医薬の発明である。
「組換」とは、組換ＤＮＡ技術を用いて得られるということであり、「ヒト組織プラスミノーゲン活性化因子」とは、ヒト（人）の持っている組織プラスミノーゲン活性化因子の遺伝子に由来する組織プラスミノーゲン活性化因子であるということであるから、結局、Ａ発明は、組換ＤＮＡ技術を用いて得られるヒト組織プラスミノーゲン活性化因子に関する三つの発明から成る。
（二）組換ＤＮＡ技術とは、例えば、ヒト細胞の持っているインシュリンやインターフェロンなどの有用物質を効率的に人体外で量産する場合に応用される技術であって、遺伝子組換技術ともいい、有用物質生産のための遺伝情報（ＤＮＡ断片）を組み込んだ発現ベクターを大腸菌や酵母等の宿主細胞に導入して形質転換し、形質転換宿主細胞を培養して有用物質を発現させ、かくして生産された有用物質を培養倍地及び宿主細胞から分離回収する技術である（公報（１）５欄６～１７行、乙第七六号証、弁論の全趣旨）。
（三）ヒト組織プラスミノーゲン活性化因子は、「ヒトｔＰＡ」又は「ｔ―ＰＡ」と略称されるが、これはＴｉｓｓｕｅＰｌａｓｍｉｎｏｇｅｎＡｃｔｉｖａｔｏｒの略語であり、ヒトの血液中において、プラスミンの前駆体たるプラスミノーゲンに働きかけてプラスミンに変換し、このプラスミンが血栓（血管内で線維素〔フィブリン〕という難溶性の蛋白質が集まって不溶性の線維素網を作ることによって生じる凝血塊）を形成している線維素を溶解して、線維素網を除去することによって血栓症を治癒させるという機能（線維素溶解能）を有するプラスミノーゲン活性化因子の一種である（公報（１）３欄３行～４欄１８行、乙第七八号証、弁論の全趣旨）。
（四）ｔ―ＰＡは、蛋白質の一種である。蛋白質は二〇種類のα―アミノ酸（アミノ基〔ＮＨ２〕とカルボキシル基〔ＣＯＯＨ〕が同一炭素原子〔Ｃ〕に結合していることを共通の構造とするアミノ酸）から構成されている。蛋白質は、α―アミノ酸がペプチド結合（ＮＨ―ＣＯ）によって長く鎖状につながった構造であり、蛋白質を構成している各アミノ酸部分をアミノ酸残基と呼ぶ。二〇種類のα―アミノ酸は、それぞれ、三文字記号又は一文字記号の略字（例えばアラニンの場合は「Ａｌａ」、「Ａ」）を用いて表示される。どのような順序で、どのようなアミノ酸残基がどれ程結合してるか（蛋白質の一次構造）は、各蛋白質ごとに異なるが、蛋白質のアミノ酸配列は、通常、アミノ末端（ペプチド結合せずにアミノ基が残っている端で、「Ｎ末端」又は「５´末端」と略称される）から始まり、カルボキシル末端（ペプチド結合せずにカルボキシル基が残っている端で、「Ｃ末端」又は「３´末端」と略称される）で終わる順序で示され、アミノ酸残基には順次番号が付される。
Ａ特許明細書の第５Ａ～Ｃ図（別紙目録六）には、全長ｔ―ＰＡのｃＤＮＡのヌクレオチド（塩基―糖―リン酸と結び付いた単位。核酸の構成単位）の配列が、塩基の記号（シトシンが「Ｃ」、チミンが「Ｔ」、アデニンが「Ａ」、グアニンが「Ｇ」）を用いて示されるとともに、上記ヌクレオチド配列（塩基配列）から推定される産生物のアミノ酸配列が三文字記号を用いて示されている。そして、各アミノ酸残基の三文字記号の下には、それに対応する遺伝情報であるｔ―ＰＡのＤＮＡを構成する各コドン（三つの塩基の組合せから成る遺伝暗号の一単位）が示されており、その中に、Ｎ末端がセリン（ＳＥＲ）で始まりＣ末端がプロリン（ＰＲＯ）で終わる五二七個のアミノ酸残基から成る完全なｔ―ＰＡに対応するヌクレオチド配列及びそれから推定されるそのアミノ酸配列（以下「本件全長アミノ酸配列」という。）が示されている。また、Ａ特許明細書第１２図には、本件全長アミノ酸配列から成る全長ｔ―ＰＡの構造概略図が、一文字記号を用いて示されている。したがって、Ａ特許請求の範囲各項に共通の「以下の部分的アミノ酸配列を含んでいる」とは、別紙目録六記載のアミノ酸配列のうち、六九番のセリンから五二七番のプロリンまでの「部分的アミノ酸配列」を含んでいるということである。（以上につき公報（１）７欄３５～３８行、２１欄２０行～２２欄３３行、３７欄１３行～３８欄１６行、５４欄１～１２行、６０欄８～１０行、第４図、第１２図、乙第七七号証、弁論の全趣旨）
（五）Ａ特許請求の範囲各項に共通の五つの「特性」
（１） 「プラスミノーゲンをプラスミンに変換する触媒能を有する」（以下「特性①」という。）
特性①は、血液中のプラスミノーゲンがプラスミンに変換することを促進することによって、プラスミンが、血栓を形成している線維素を溶解するのを増強する生理活性、すなわち生体内の化学変化を円滑にするための触媒作用を行う能力（触媒能）を有することを意味する（乙第二八、第七八号証、弁論の全趣旨）。
（長文のため、ここでは本文の冒頭のみを掲載しています。全文はこのページの表示後に読み込まれます。原本は原本PDFをご覧ください。）
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/13858/detail7/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。