主文
１ 被告が平成１０年９月２９日付けでした原告の平成６年８月１日から平成７年７月３１日まで，平成７年８月１日から平成８年７月３１日まで及び平成８年８月１日から平成９年７月３１日までの事業年度の法人税の各更正処分及び過少申告加算税の各賦課決定処分を取り消す。
２ 被告が平成１０年９月２９日付けでした原告の平成６年８月１日から平成７年７月３１日までの課税期間の消費税の更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分，平成７年８月１日から平成８年７月３１日までの課税期間の消費税の更正処分並びに平成８年８月１日から平成９年７月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の各更正処分及び過少申告加算税の各賦課決定処分を取り消す。
３ 訴訟費用は被告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
主文同旨
第２ 前提事実（特に証拠等の掲記のないものは当事者間に争いがない。）［用語例］
（１） 平成６年８月１日から平成７年７月３１日までの事業年度を「平成７年７月期」と，同期間の課税期間を「平成７年課税期間」と，平成７年８月１日から平成８年７月３１日までの事業年度を「平成８年７月期」と，同期間の課税期間を「平成８年課税期間」と，平成８年８月１日から平成９年７月３１日までの事業年度を「平成９年７月期」と，同期間の課税期間を「平成９年課税期間」という。
（２） 平成７年７月期，平成８年７月期及び平成９年７月期の３事業年度を「本件各事業年度」と，平成７年課税期間，平成８年課税期間及び平成９年課税期間の３課税期間を「本件各課税期間」という。
（３） 本件各事業年度に係る法人税の更正処分及び加算税の賦課決定処分と本件各課税期間に係る消費税及び地方消費税の更正処分及び加算税の賦課決定処分を併せて「本件更正処分等」という。
１ 当事者等
（１） 原告は，愛媛県今治市α５番地２において海運業を営む資本金１５００万円の同族会社であり，昭和５８年６月，パナマ共和国にＴＷＩＮＢＲＩＧＨＴＳＨＩＰＰＩＮＧＣＯ．，Ｓ．Ａ．（以下「ツインブライト社」という。）を設立した。
（２） 原告は，ツインブライト社を設立して以来，ツインブライト社名義の資産，負債及び損益はすべて内国法人親会社である原告に帰属するものとして法人税及び消費税等の確定申告をしてきており，本件各事業年度及び本件各課税期間においても，同様に，ツインブライト社名義の資産，負債及び損益が原告に帰属するものとして青色申告を行った。
２ 本件更正処分等
（１） 被告は，原告に対する法人税等の調査を行い，平成１０年９月２９日付けで，原告に対して，ツインブライト社が租税特別措置法（以下「措置法」という。）６６条の６第１及び第２項に規定される特定外国子会社等に該当する会社であり，同条３項に規定される適用除外の規定の適用がないため，同条の規定が適用されることを主な理由として，下記のとおり，法人税に係る更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分を行った（なお，ツインブライト社が，措置法６６条の６第１及び第２項により規定される特定外国子会社等の要件を満たす外国法人であることは，当事者間に争いがない。以下，措置法６６条の６第１及び第２項に規定される特定外国子会社等に該当する外国法人を，単に「特定外国子会社等」ということがある。）。
ア 平成７年７月期（乙１の１）
（ア） 所得金額３２６９万９３９２円
（内訳）
（ａ） 確定申告における所得金額３１９万９２１３円
（ｂ） 損金の過大計上３０１０万８５５０円
上記のとおり，本件では措置法６６条の６が適用されることから，原告が所得金額から減額した同社の損失の額３０１０万８５５０円を所得金額に加算した。
（ｃ） 交際費等の損金不算入額５１万０４７１円
上記のとおり，本件では措置法６６条の６が適用されることから，原告がツインブライト社の船舶交際費として支出した金額は，原告の損金の額から除かれることとなり，交際費等の損金不算入額を再計算し，損金不算入額減少額５１万０４７１円を所得金額から減算した。
（ｄ） 未払消費税の認容額９万７９００円
原告が消費税の控除対象仕入税額に含めていたツインブライト社が支払った消費税を除くことにより，新たに増加することとなった未払消費税の額９万７９００円を所得金額から減算した。
（計算）
（ａ）＋（ｂ）－（ｃ）－（ｄ）＝３２６９万９３９２円
（イ） 納付すべき税額８７７万４０００円
（内訳）
（ａ） 所得金額に対する法人税額１１５０万２１２５円
（ｂ） 確定申告における控除所得税額等２７２万８０５７円
（計算）
（ａ）－（ｂ）＝８７７万４０００円
（ただし，国税通則法１１９条１項により１００円未満切り捨て）
（ウ） 過少申告加算税１２７万０５００円
イ 平成８年７月期（乙１の２）
（ア） 所得金額６８４８万０８７３円
（内訳）
（ａ） 確定申告における欠損金額４４７万１００２円
（ｂ） 損金の過大計上額７７３７万１６３７円
上記のとおり，本件では措置法６６条の６が適用されることから，原告が所得金額から減額したツインブライト社の損失の額７７３７万１６３７円を所得金額に加算した。
（ｃ） 交際費等の損金不算入額９６万７６６２円
上記のとおり，本件では措置法６６条の６が適用されることから，原告がツインブライト社の船舶交際費として支出した金額は，原告の損金の額から除かれることとなり，交際費等の損金不算入額を再計算し，損金不算入額減少額９６万７６６２円を所得金額から減算した。
（ｄ） 未払消費税の認容額３万５２００円
原告が，消費税の控除対象仕入税額に含めていたツインブライト社が支払った消費税を除くことにより，新たに増加することとなった未払消費税の額３万５２００円を所得金額から減算した。
（ｅ） 事業税の損金不算入額３４１万６９００円
前事業年度である平成７年７月期の更正処分による増加税額に係る未納事業税３４１万６９００円を所得金額から減算した。
（計算）
－（ａ）＋（ｂ）－（ｃ）－（ｄ）－（ｅ）＝６８４８万０８７３円
（イ） 納付すべき税額２４２７万８４００円
（内訳）
（ａ） 所得金額に対する法人税額２４９２万００００円
（ｂ） 確定申告における控除所得税額等６４万１５７５円
（計算）
（ａ）－（ｂ）＝２４２７万８４００円
（ただし，国税通則法１１９条１項により１００円未満切り捨て）
（ウ） 過少申告加算税の額３６１万５５００円
ウ 平成９年７月期（乙１の３）
（ア） 所得金額１億０１８６万１０６９円
（内訳）
（ａ） 確定申告における所得金額５７０万１０４５円
（ｂ） 損金の過大計上額１億００６５万３２４２円
上記のとおり，本件では措置法６６条の６が適用されることから，原告が所得金額から減額したツインブライト社の損失の額１億００６５万３２４２円を所得金額に加算した。
（ｃ） 繰越欠損金の当期控除額の過大額４４７万１００２円
平成８年７月期の更正処分により，当期には繰越欠損金額がないこととなり，前期の所得金額から控除した繰越欠損金４４７万１００２円を所得金額に加算した。
（ｄ） 交際費等の損金不算入額９２万５１２０円
上記のとおり，本件では措置法６６条の６が適用されることから，原告がツインブライト社の船舶交際費として支出した金額は，原告の損金の額から除かれることとなり，交際費等の損金不算入額を再計算し，損金不算入額減少額９２万５１２０円を所得金額から減算した。
（ｅ） 未払消費税の認容額１３万６５００円
原告が，消費税の控除対象仕入税額に含めていたツインブライト社が支払った消費税を除くことにより，新たに増加することとなった未払消費税の額１３万６５００円を所得金額から減算した。
（ｆ） 事業税の損金算入額７９０万２６００円
前事業年度である平成８年７月期の更正処分による増加税額に係る未納事業税７９０万２６００円を所得金額から減算した。
（計算）
（ａ）＋（ｂ）＋（ｃ）－（ｄ）－（ｅ）－（ｆ）＝１億０１８６万１０６９円
（イ） 納付すべき税額３７８８万５５００円
（内訳）
（ａ） 所得金額に対する法人税額３７４３万７８７５円
（ｂ） 同族会社の留保金額に対する税額１２１万０５００円
原告は法人税法６７条１項の「内国法人である同族会社」に該当するところ，原告の本事業年度における留保金額５０２９万０８８６円から留保控除額３８１８万５０６７円を差し引いた１２１０万５０００円（ただし，国税通則法１１８条１項により１０００円未満切り捨て）に法人税法６７条１項１号所定の１００分の１０の割合を乗じた１２１万０５００円を留保金額に対する税額とした。
（ｃ） 確定申告における控除所得税額等７６万２８４７円
（計算）
（ａ）＋（ｂ）－（ｃ）＝３７８８万５５００円
（ただし，国税通則法１１９条１項により１００円未満切り捨て）
（ウ） 過少申告加算税５６４万３０００円
（２） また，被告は，上記調査に基づき，同日付けで，下記のとおり，消費税及び地方消費税の更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分を行った。
ア 平成７年課税期間（乙２の１）
（ア） 控除対象仕入税額３３２万２４１５円
（内訳）
（ａ） 確定申告における控除対象仕入税額３４２万０３０２円
（ｂ） 控除対象仕入税額に算入できない金額９万７８８７円
上記のとおり，本件では措置法６６条の６が適用されることから，ツインブライト社が支払った消費税額９万７８８７円は，本課税期間における控除対象仕入税額に算入できない金額と認めた。
（計算）
（ａ）－（ｂ）＝３３２万２４１５円
（イ） 納付すべき税額６６２万１４００円
（内訳）
（ａ） 確定申告における消費税額９９４万３８３０円
（ｂ） 控除対象仕入税額３３２万２４１５円
（計算）
（ａ）－（ｂ）＝６６２万１４００円
（ただし，国税通則法１１９条１項により１００円未満切り捨て）
（ウ） 過少申告加算税の額９０００円
イ 平成８年課税期間（乙２の２）
（ア） 控除対象仕入税額２４２１万９８４３円
（内訳）
（ａ） 確定申告における控除対象仕入税額２４２５万５０４８円
（ｂ） 控除対象仕入税額に算入できない金額３万５２０５円
上記のとおり，本件では措置法６６条の６が適用されることから，ツインブライト社が支払った消費税額３万５２０５円は，本課税期間における控除対象仕入税額に算入できない金額と認めた。
（計算）
（ａ）－（ｂ）＝２４２１万９８４３円
（イ） 還付税額１３７２万７８２３円
（内訳）
（ａ） 確定申告における消費税額１０４９万２０２０円
（ｂ） 控除対象仕入税額２４２１万９８４３円
（計算）
（ａ）－（ｂ）＝－１３７２万７８２３円
ウ 平成９年課税期間（乙２の３）
（ア） 控除対象仕入税額２６０万０７８４円
（内訳）
（ａ） 確定申告における控除対象仕入税額２７１万６５１６円
（ｂ） 控除対象仕入税額に算入できない金額１１万５７３２円
上記のとおり，本件では措置法６６条の６が適用されることから，ツインブライト社が支払った消費税額１１万５７３２円は，本課税期間における控除対象仕入税額に算入できない金額と認めた。
（計算）
（ａ）－（ｂ）＝２６０万０７８４円
（イ） 納付すべき税額（地方消費税を含む。）６９７万０２００円
ａ 消費税額６５０万１７００円
（内訳）
（ａ） 確定申告における消費税額９１０万２５５０円
（ｂ） 控除対象仕入税額２６０万０７８４円
（計算）
（ａ）－（ｂ）＝６５０万１７００円
（ただし，国税通則法１１９条１項により１００円未満切り捨て）
ｂ 地方消費税額４６万８５００円
平成９年４月以降の取引については地方消費税が課されるところ，原告の平成９年４月以降の取引に係る消費税額１８７万４０００円に地方税法７２条の８３所定の１００分の２５の割合を乗じた４６万８５００円（ただし，国税通則法１１９条１項により１００円未満切り捨て）を地方消費税額とした。
（ウ） 過少申告加算税の額１万３０００円
（３） 本件更正処分等及びこれに対する不服申立等の経過は，別紙１ないし３課税等経過表のとおりである。平成１３年１２月２１日付け審査請求裁決は，平成１４年１月１５日，原告に送達され（甲１），同年４月１５日，原告は本件訴えを提起した。
第３ 争点
１ 特定外国子会社等に係る欠損を内国法人の損金の額に算入することは，措置法６６条の６によって禁止されるか。
（１） 被告の主張
ア 措置法６６条の６第２項２号及びこれを受けた措置法施行令３９条の１５は，適用対象留保金額の基礎となる未処分所得の金額について，当該特定外国子会社等に生じている各事業年度開始の日の前５年以内の繰越欠損金について調整した上で算出するとの仕組みを採用しているが，このような欠損繰越控除規定が設けられた趣旨は，措置法第７節の４「内国法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例」に規定される税制（以下「子会社に係る所得課税特例制度」という。）が，特定外国子会社等の各事業年度の留保所得がある場合にのみ，これを親会社たる内国法人の所得の金額の計算上，益金の額に算入するものであることから，特定外国子会社等に係る欠損についても一定の手当を講じるとともに，その処理につき統一的な取扱いを定める点にある。
このような欠損繰越控除規定の趣旨に鑑みれば，措置法６６条の６第２項２号は，特定外国子会社等に係る欠損について，５年間は翌事業年度以降の未処分所得の金額の計算において控除すべきものとして繰り越すことを強制し，単年度ごとに親会社たる内国法人の所得の金額の計算上，損金の額に算入することを禁止している規定であると解すべきである。
したがって，ある事業年度において特定外国子会社等に係る欠損は，措置法６６条の６第２項２号によって５年間は繰越しが強制されるという意味において，措置法６６条の６の適用があるということができる。
イ 仮に，原告主張のように，特定外国子会社等が欠損を生じた事業年度には，同条は全体として適用される余地はないということになれば，特定外国子会社等に係る欠損の金額について翌事業年度以降の未処分所得の金額を計算する上において差し引く旨の上記措置法６６条の６第２項２号は，まったく無意味な規定となり，そのような規定を置くこと自体，立法政策上あるいは立法技術上も考え難い上，内国法人に対する課税上の不公平を改善することを目的として規定された同条２項２号の立法趣旨に悖ることになる。
ウ また，原告は，措置法６６条の６第２項２号は単なる計算規定であるから，原告の確定申告を否認する根拠にはなり得ないと主張するが，措置法６６条の６第２項２号が，国税通則法２４条の「国税に関する法律の規定」であることは明らかであって，同号が計算規定であるということをもって，本件更正処分等が許されないということにはならない。
エ 以上のとおり，特定外国子会社等に欠損が生じた場合にも措置法６６条の６の適用があり，これによって上記欠損を内国法人の所得の金額の計算上，損金の額に算入することは禁止されるから，ツインブライト社において各事業年度に生じた欠損の金額は，翌事業年度以降の同社の未処分所得の金額を計算する過程において差し引かれることとなるのであって，その欠損の金額を内国法人たる原告の所得の金額の計算上，損金の額に算入することは当然に否定される。
（２） 原告の主張
ア 措置法６６条の６は，課税要件として同条１項所定のとおり，特定外国子会社等であること，及び適用対象留保金額があることを規定するものであり，このうち後者の要件を充たさない本件においては，措置法６６条の６が適用されることはない。
イ また，措置法６６条の６第２項２号は，未処分所得の金額の計算方法を規定しているものに過ぎず，措置法６６条の６によって特定外国子会社等に係る欠損は翌事業年度以降の未処分所得の会社の計算において控除すべきものとして繰り越すことを強制され，単年度ごとに親会社たる内国法人の所得の金額の計算上，損金の額に算入することが禁止されるということはできない。
２ 租税回避のおそれがない場合には，措置法６６条の６の適用が否定されるか。
（１） 被告の主張
措置法６６条の６は，文理上，租税回避目的それ自体を要件とはせず，特定外国子会社等について課税対象留保金額がある場合に，これを内国法人の収益とみなして，同条所定の事業年度の所得の金額の計算上，益金の額に算入するとしたものであるから，当該外国関係法人が特定外国子会社等に該当する場合であれば，租税回避のおそれの有無にかかわらず，同条が適用されると解すべきである。
（２） 原告の主張
ア そもそも措置法６６条の６は，海外の子会社を利用して親会社たる内国法人に対し当該年度の利益を配当せず，再投資に向けるなどの事態に対し，法人税法１１条に基づく否認手続では限界があるため，益金については，税務当局による海外課税関係資料による立証なくして利益が発生したものとみなして親会社たる内国法人に課税することとする反面，損金については，上記のような不誠実な課税義務者に対する不利益として内国法人の損金の額に算入することを認めないものとして，課税の公平を図るとともに，納税者の自発的かつ誠実な申告を促したものである。このような措置法６６条の６の立法趣旨等からすれば，措置法６６条の６は，租税回避のおそれがない場合には，適用されないというべきである。
イ ツインブライト社は，いわゆるペーパーカンパニーであり，原告の一部門であって，ツインブライト社に実質的に帰属する資産，負債及び損益はない。そのため，原告は，ツインブライト社設立以来，一貫して，ツインブライト社名義の資産，負債及び損益はすべて実質的には原告に帰属するものとして，原告の決算に含めて確定申告をしてきたものであるから，原告の所得の金額の計算上，ツインブライト社の損益を原告に帰属するものとすることには，何ら租税回避のおそれはない。したがって，ツインブライト社が形式的には特定外国子会社等に該当するとしても，該当しないものとして取り扱い，措置法６６条の６の適用は否定されるべきである。
３ 措置法６６条の６は本件更正処分の根拠となりうるか。
（１） 被告の主張
措置法６６条の６は，ツインブライト社に係る欠損の金額を原告の所得の金額の計算上，損金に算入することができない根拠となりうるから，措置法６６条の６を適用して本件更正処分等の適法性を基礎づける理由としたことは適法である。理由附記には違法はない。
（２） 原告の主張
仮に，ツインブライト社に係る欠損の金額を原告の所得の金額の計算上，損金に算入することができないとしても，その根拠は，措置法６６条の６ではなく，別個の法人については所得の金額の計算も別個に行うとの法人税法の一般原則に求められるべきである。したがって，措置法６６条の６を根拠としてツインブライト社に係る欠損を原告の所得の金額の計算上，損金の額に算入することを否認することはできず，更正通知書の理由附記にも違法がある。
第４ 当裁判所の判断
１ 争点１（特定外国子会社等に係る欠損を内国法人の損金の額に算入することは，措置法６６条の６によって禁止されるか。）について
（１） 本件において，被告は，上記のとおり，ツインブライト社が特定外国子会社等に該当することから，ツインブライト社には措置法６６条の６の規定が適用される結果，ツインブライト社に係る欠損につき，内国法人の所得の金額の計算上，その損金の額に算入することは禁止されるとしてこれを否認し，本件更正処分等を行ったものである。
この点につき，被告は，特定外国子会社等に欠損が生じた場合にも措置法６６条の６が適用され，当該外国法人が特定外国子会社等に該当すれば，その法人に係る欠損を内国法人の所得の金額の計算上，損金に算入することが禁止されることになると主張するので，その当否につき，検討する。
（２） 証拠（甲２，５，６，９の１ないし９の３，１９ないし２１，２９，乙５ないし９）及び弁論の全趣旨によれば，子会社に係る所得課税特例制度の立法趣旨等は，以下のとおりであると認められる。
我が国経済の国際化の進展に伴い，内国法人が，法人の所得等に対する税負担が全くないか，又は極端に低い国又は地域（いわゆるタックスヘイヴン）に子会社を設立して経済活動を行いながら，本来内国法人に帰属すべき所得をその子会社に留保することによって，税負担の不当な回避ないし軽減を図る事態が生じるようになった。これに対し，課税庁は，実質所得者課税の原則を定めた法人税法１１条を適用し，子会社の損益が内国法人に帰属するものとして課税するなどの方法により対処していたが，同条の適用に当たっての所得の実質的な帰属の判断基準が明確でないため，課税執行面における安定性の点で問題があり，同条の適用による対処には一定の制約ないし限界があった。そこで，課税執行面の安定性を確保しながら，外国法人を利用することによる税負担の不当な回避又は軽減を防止して税負担の実質的公平を図るため，昭和５３年に子会社に係る所得課税特例制度（いわゆるタックスヘイブン対策税制）が導入され，本店又は主たる事務所の所在する国又は地域におけるその所得に対して課される税の負担が我が国における法人の所得に対して課される税の負担に比して著しく低いなどの所定の要件を満たす外国法人（特定外国子会社等）が，未処分所得の金額から留保したものとして，未処分所得に必要な調整を加えて算出される適用対象留保金額を有する場合に，そのうち一定の金額（課税対象留保金額）を内国法人の所得の金額の計算上，益金の額に算入することとされた（措置法６６条の６第１項）。
（３） 以上のような子会社に係る所得課税特例制度の立法趣旨等に照らすと，措置法６６条の６は，特定外国子会社等の所得の金額に所定の調整を加えた上でなお所得が生じていると認められる場合に，これを一定限度で内国法人の所得の計算上，益金の額に算入する取扱いを規定したものにすぎず，特定外国子会社等に欠損が生じた場合にそれを内国法人との関係でどのように取り扱うべきかということまでも規定したものではないというべきである。
（４） 被告は，措置法６６条の６第２項２号が，特定外国子会社等の未処分所得の金額につき，特定外国子会社等の所得に，その所得に係る事業年度開始の日前５年以内に開始した各事業年度において生じた欠損の金額に係る調整を加えたものとすることを定めていることから，措置法６６条の６は，特定外国子会社等に欠損が生じた場合には，それを５年間は当該特定外国子会社等の未処分所得算出において控除すべきものとして繰り越すことを強制しており，内国法人の所得の金額の計算上，損金の額に算入することを禁止するものであると主張する。
しかし，同条が内国法人の所得の計算における特定外国子会社等に係る欠損の取扱いについて定めた規定であると解釈することは，その文理に照らして疑問である上，措置法は，法人税法等の特例であるところ（措置法１条），法人税法２２条３項は，内国法人の損金の額に算入すべき金額について，別段の定めがあるものを除き，同項１ないし３号所定の額と定めており，内国法人と法人格を異にする特定外国子会社等に係る欠損の金額がこれに含まれないことは明らかである（なお，措置法６６条の６第２項２号が，法人税法２２条３項の別段の定めに当たらないことも明らかである。）。だとすれば，措置法６６条の６が，上記のような法人税法の規定に加えて，特定外国子会社等に係る欠損の金額を内国法人の損金の額に算入することができない旨を特に規定したと解することは相当でなく，同条は，本則である法人税法２２条３項によって，特定外国子会社等に係る欠損の金額が内国法人の損金の額に算入されないことを前提として，特定外国子会社等に生じた所得が内国法人の益金の額に算入されることとの均衡上，特定外国子会社等の所得を算定するに当たり，５年以内に生じた欠損の額を控除することを定めたものにすぎないというべきである。
（５） また，被告は，措置法６６条の６第２項２号が特定外国子会社等に係る欠損につき，内国法人の損金の額に算入することを禁止したものと解さなければ，同号の規定は無意味なものになると主張するが，同号の規定は，前記のような趣旨に基づくものであり，同号の規定がなければ，特定外国子会社等に係る欠損の金額を特定外国子会社等の所得の算出に当たり控除することができなくなる可能性もあるから，同号を被告主張のように解さなければ，同号の規定が無意味になるということはできない。
（６） 以上によれば，特定外国子会社等に係る欠損を内国法人の損金の額に算入することが，措置法６６条の６によって禁止されるとすることはできない。
２ 結論
以上のとおり，被告の措置法６６条の６に基づく本件更正処分等は，その余について検討するまでもなく，違法といわざるをえず，原告の請求にはいずれも理由があるから認容することとし，主文のとおり判決する。
松山地方裁判所民事第２部
裁判長裁判官 坂倉充信
裁判官 角谷昌毅
裁判官 大嶺崇
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/15063/detail5/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。
出典：「訟務重要判例集データベース」（法務省）（https://shoumudatabasep.moj.go.jp/hanreiSearch/HanreiSearch）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。訟務月報52巻2号667頁。