主文
１ 被告が原告に対して，平成７年６月２２日付けでなした平成３年４月１日から平成４年３月３１日までの事業年度の法人税の更正のうち，納付すべき税額につき１８１億３６８１万６４００円を超える部分を取り消す。
２ 被告が原告に対して，平成７年９月２７日付けでなした平成４年４月１日から平成５年３月３１日までの事業年度の法人税の更正（ただし，平成８年４月３０日付けの更正により減額された後の部分）のうち，納付すべき税額につき９８億０９０５万６１００円を超える部分を取り消す。
３ 被告が原告に対して，平成７年９月２７日付けでなした平成５年４月１日から平成６年３月３１日までの事業年度の法人税の更正（ただし，平成８年４月３０日付けの更正により減額された後の部分）のうち，納付すべき税額につき１５６億９８７７万３７００円を超える部分を取り消す。
４ 訴訟費用は被告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
主文同旨
第２ 事案の概要
第２の１課税の経緯（争いのない事実）
１ 原告は，銀行業を営む法人であるところ，平成３年４月１日から平成４年３月３１日まで，平成４年４月１日から平成５年３月３１日まで，平成５年４月１日から平成６年３月３１日までの各事業年度（以下，順次「平成４年３月期」，「平成５年３月期」，「平成６年３月期」といい，併せて「本件各事業年度」という）の法人税につき，青色の確定申告書に，別紙１「平成４年３月期の課税状況表」（以下単に「別紙１」という。），別紙２「平成５年３月期の課税状況表」（以下単に「別紙２」という。），別紙３「平成６年３月期の課税状況表」（以下単に「別紙３」という。）の各「（１）確定申告」欄記載のとおり記載して，各法定申告期限までに被告に申告した。
２ これに対し，被告は，平成４年３月期については，平成７年６月２２日付けで，別紙１「（４）本件原処分」欄記載のとおり，平成５年３月期については，平成７年９月２７日付けで，別紙２「（３）本件原処分」欄記載のとおり，平成６年３月期については，平成７年９月２７日付けで，別紙３「（２）本件原処分」欄記載のとおり，同法人税につき各更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分を行った（以下，上記各更正処分をそれぞれ，「本件平成４年３月期更正処分」「本件平成５年３月期更正処分」「本件平成６年３月期更正処分」といい，
併せて「本件各更正処分」という。）。
３ 原告は，前項の各処分のうち，本件各更正処分及び過少申告加算税の各賦課決定処分の一部につき取消を求める審査請求を国税不服審判所長に対し行ったが，同所長は平成９年６月１８日同審査請求を棄却する旨裁決し，同裁決は同月２０日ころに原告に送達された。
４ なお，平成５年３月期，平成６年３月期については，別紙２「（５）更正処分」，「（６）更正処分」欄，別紙３「（４）更正処分」，「（５）更正処分」欄記載のとおり，平成８年３月２９日付け，同年４月３０日付けで減額更正処分がなされている。
５ そこで，本件において，原告は，前記第１請求記載の範囲での本件各更正処分の取消を求めている。
第２の２争点
原告のシンガポール支店は，クック諸島法人ＦｉｒｓｔＣａｐｉｔａ１ＢａｎｋＬｔｄ．（以下「ファースト社」という。）との間で平成元年３月３１日付けの「ＤＥＥＤＯＦＡＧＲＥＥＭＥＮＴ」（以下「本件ローン契約」という。）を締結し，またクック諸島法人ＥｕｒｏｐｅａｎＰａｃｉｆｉｃＢａｎｋｉｎｇＣｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ（以下「ユーロピアン社」という。）との間で平成元年３月３１日付けの「ＮＯＮＲＥＣＯＵＲＳＥＦＵＮＤＩＮＧＡＧＲＥＥＭＥＮＴ」（以下「本件預金契約」という。）を締結した。そして，原告は，本件ローン契約に基づきファースト社から受領した貸付金利息に対して，クック諸島国により課された租税（以下クック諸島国により貸付金利息に対して課された同租税を一般に「クック諸島源泉税」といい，本件で税額控除の対象とされたクック諸島源泉税を「本件源泉税」という。）が外国法人税額の控除について規定する法人税法（以下「法」という。）６９条（平成１３年法律第６号による改正前のもの特に断りのない限り以下同じ。）に定める外国法人税であるとして，それぞれ本件源泉税に相当する下記の金額につき同条を適用して申告した。
記
平成４年３月期金１億１０１０万９４６９円
平成５年３月期金９５８４万３３２２円
平成６年３月期金４５６５万０４７５円
しかるところ，被告は，これを否認し，以下の内容の本件各更正処分を行った。本件における争点は，同否認を前提とする本件各更正処分の違法性である。なお，以下，特に断らない部分は当事者間に争いがない。
第
２の２の１本件平成４年３月期更正処分について
１ 所得金額の計算について
（１） 平成６年６月３０日付け更正処分による所得金額
６５５億４３５８万０８４７円（２）租税公
課のうち損金の額に算入されない金額
１億１０１０万９４６９円
原告は，当期の確定申告において，クック諸島源泉税１億１０１０万９４６９円を負担したとして，当期の損金の額に算入している。
しかしながら，被告は，同クック諸島源泉税が，法６９条の外国法人税に該当せず，当期の損金の額に算入できないとして，これを加算した。
（３） 損金の額に算入した控除対象外消費税額の減少額
９５８万８２４８円（４）繰延消
費税額の損金算入限度超過額の増加額
７万７８７８円
法人税額から控除する外国法人税額の損金不算入額の過大額
１億１０１０万９４６９円
原告は，前記（２）のとおり，クック諸島源泉税を損金の額に算入し，更に，法６９条に基づき，同クック諸島源泉税について外国税額控除を適用し，そのため法４１条に基づき，同クック諸島源泉税を損金不算入額として，申告調整により加算していた。
しかしながら，被告は，前記（２）のとおり，同クック諸島源泉税が，法６９条の外国法人税に該当しないとして，これを減算した（別紙１欄外（減算内訳）の「法人税額から控除する外国法人税額の損金不算入額の過大額」）。
（６） 受取利息のうち当期利益から減算する金額
２３６７万９４５８円
原告は，本件ローン契約及び本件預金契約に基づき，ファースト社から受け取った貸付金利息７億３４０６万３１３０円を当期の受取利息として計上するとともに，ユーロピアン社に支払った預金利息７億１０３８万３６７２円を当期の支払利息として計上していた。
しかしながら，被告は，前記各契約が，ユーロピアン社が負担すべきクック諸島源泉税を原告が負担したかのようにするために，仮装して作出されたものであって，同各契約に基づく取引は存在しないものであるとして，前述した貸付金利息を当期利益から減算するとともに，支払利息を損金の額に算入せず，差引２３６７万９４５８円を当期利益から減算した（別紙
１欄外（減算内訳）の「受取利息のうち当期利益から減算する金額」）。（減算額）（加算額）（差引減算額）
（算式）７３４，０６３，１３０－７１０，３８３，６７２＝２３，６７９，４５８円
（７） 貸倒引当金の戻入益のうち当期利益から減算する金額
７３万７４０１円
被告は，前記（６）の理由により，当該貸付金に係る貸倒引当金の戻入益２０７０万１３４５円を当期利益から減算するとともに，繰入損１９９６万３９４４円を損金に算入しない結果，差引７３万７４０１円を当期利益から減算した（別紙１欄外（減算内訳）の「貸倒引当金の戻入益のうち当期利益から減算する金額」）。（減算額）（加算額）（差引減算額）
（算式）２０，７０１，３４５－１９，９６３，９４４＝７３７，４０１円
（８） 交際費等の損金不算入額の過大額７８１３円
（９） 所得金額６５５億２８８２万２３０１円
被告は，前記（１）の平成６年６月３０日付け更正処分による所得金額６５５億４３５８万０８４７円に，前記（２）ないし（４）の合計額１億１９７７万５５９５円を加算し，前記（５）ないし（８）の合計額１億３４５３万４１４１円を減算した金額，すなわち，６５５億２８８２万２３０１円を調査後の所得金額とした（別紙１「（４）本件原処分平成７年６月２２日」欄の「所得金額」欄）。
２ 法人税額について
（１） 所得金額に対する法人税額
２４５億７３３０万８２５０円
被告は，原告の当期の所得金額が，前記１（９）のとおりであるとして，国税通則法１１８条《国税の課税標準の端数計算等》１項の規定により１０００円未満の端数金額を切り捨てた金額６５５億２８８２万２０００円に法６６条《各事業年度の所得に対する法人税率》１項に規定する税率を乗じて計算し，前記所得金額に対する法人税額を，２４５億７３３０万８２５０円とした（別紙１「④本件原処分平成７年６月２２日」欄の「差引法人税額」欄）。
（２） 控除税額６３億３７６５万３０９９円
被告は，前記１（５）に記載した理由により，控除対象外国法人税額が１億１０１０万９４６９円減少し，また，国外所得の金額の計算にも誤りがあったとして，正当額に基づいて法人税額から控除
する外国税額を再計算し，法人税額から控除する外国税額を１０億６３０３万０１０６円減少したとして，本件更正処分直前の原告の控除税額７４億００６８万３２０５円から，法人税額から控除する外国税額の減少額１０億６３０３万０１０６円を差し引いた６３億３７６５万３０９９円を，原告の当期の控除税額とした（別紙１「④本件原処分平成７年６月２２日」欄の「控除税額」欄）。
（３） 差引合計法人税額１８２億３５６５万５１００円
同税額は，前記（１）の所得金額に対する法人税額２４５億７３３０万８２５０円から，前記（２）の控除税額６３億３７６５万３０９９円を減算した金額（国税通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数金額を切り捨てたもの）である（別紙１「④本件原処分平成７年６月２２日」欄の「差引合計税額」欄）。第２の２の２本件平成５年３月期更正処分について
１ 所得金額の計算について
（１） 平成６年６月３０日付け更正処分による所得金額
４４９億１０２６万５９４２円
（２） 雑収入の計上漏れ
１億２６１３万５０３５円
（３） 特定外国子会社等の課税対象留保金額
３４４１万４１８９円（４）雑損の
うち損金の額に算入されない金額
８９０７万７３８１円（５）損金の
額に算入した控除対象外消費税額の減少額
４０３６万４９４９円
（６） 交際費等の損金不算入額６万３２１０円（７）租税公
課のうち損金の額に算入されない金額
９５８４万３３２２円
原告は，当期の確定申告において，クック諸島源泉税９５８４万３３２２円を負担したとして，当期の損金の額に算入している。
しかしながら，被告は，同クック諸島源泉税が，法６９条の外国法人税に該当せず，当期の損金の額に算入できないとして，これを加算した（別紙２欄外（加算内訳）の「租税公課のうち損金の額に算入されない金額」）。
（８） 貸倒引当金の繰入限度超過額１７４２万４９５８円
被告は，原告が，法人税確定申告書に添付した貸倒引当金の損金算入に関する明細書の「期末貸金額」から，前記第２の２の１，１（６）の理由によりファースト社に対する期
末貸金額５０００万ＵＳドル（６９億００４４万８５００円）を控除して貸倒引当金の繰入限度額を再計算し，更に１７４２万４９５８円が繰入限度超過額となることから，これを加算した（別紙２欄外（加算内訳）の「貸倒引当金の繰入限度超過額」）。
（９） 繰延消費税額の損金算入限度超過額の減少額
５４万２９１９円
（１０） 法人税額から控除する外国法人税額の損金不算入額の過大額９５８４万３３２２円
被告は，前記（７）に記載した理由により，控除対象外国法人税を９５８４万３３２２円減少させた（別紙２欄外（減算内訳）の「法人税額から控除する外国法人税額の損金不算入額の過大額」）。
（１１） 受取利息のうち当期利益から減算する金額
２０６１万１４６８円
被告は，前記第の２の２の１，１（６）に記載した理由により，当該貸付金に係る受取利息６億３８９５万５４８０円を当期利益から減算するとともに，当該定期預金の支払利息６億１８３４万４０１２円を損金の額に算入しない結果，差引２０６１万１４６８円を当期利益から減算した（別紙２欄外（減算内訳）の「受取利息のうち当期利益から減算する金額」）。
（長文のため、ここでは本文の冒頭のみを掲載しています。全文はこのページの表示後に読み込まれます。原本は原本PDFをご覧ください。）
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/15469/detail5/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。