主文
１ 被告が原告に対して，平成７年６月２２日付けでなした原告の平成３年４月１日から平成４年３月３１日までの事業年度の法人税の更正のうち，納付すべき税額６１３億５２０６万０７００円を超える部分の取消しを求める訴えを却下する。
２ 被告が原告に対して，平成７年６月２２日付けでなした原告の平成４年４月１日から平成５年３月３１日までの事業年度の法人税の更正のうち，納付すべき税額１６０億４３９６万２０００円を超える部分の取消しを求める訴えを却下する。
３ 被告が原告に対して，平成９年３月３１日付けでなした原告の平成３年４月１日から平成４年３月３１日までの事業年度の法人税の更正のうち納付すべき税額６１４億２２３２万３３００円を超える部分を取り消す。
４ 被告が原告に対して，平成７年６月２２日付けでなした原告の平成３年４月１日から平成４年３月３１日までの事業年度の法人税の過少申告加算税の賦課決定のうち２２万６０００円を超える部分（平成７年１１月８日付け賦課決定で一部取り消された後のもの）を取り消す。
５ 被告が原告に対して，平成９年３月３１日付けでなした原告の平成４年４月１日から平成５年３月３１日までの事業年度の法人税の更正のうち，納付すべき税額１６２億０７５１万９８００円を超える部分を取り消す。
６ 被告が原告に対して，平成７年６月２２日付けでなした原告の平成４年４月１日から平成５年３月３１日までの事業年度の法人税の過少申告加算税の賦課決定のうち１億３０５０万９０００円を超える部分（平成１０年２月２５日付け賦課決定処分で一部取り消された後のもの）を取り消す。
７ 訴訟費用は３分し，その１を原告の負担とし，その余を被告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
（主位的請求）
１（１）被告が原告に対して，平成７年６月２２日付けでなした原告の平成３年４月１日から平成４年３月３１日までの事業年度の法人税の更正のうち，納付すべき税額６１３億５２０６万０７００円を超える部分を取り消す。
（２） 被告が原告に対して，平成７年６月２２日付けでなした原告の平成３年４月１日から平成４年３月３１日までの事業年度の法人税の過少申告加算税の賦課決定のうち２２万６０００円を超える部分を取り消す。
２（１）被告が原告に対して，平成７年６月２２日付けでなした原告の平成４年４月１日から平成５年３
月３１日までの事業年度の法人税の更正のうち，納付すべき税額１６０億４３９６万２０００円を超える部分を取り消す。
（２） 被告が原告に対して，平成７年６月２２日付けでなした原告の平成４年４月１日から平成５年３月３１日までの事業年度の法人税の過少申告加算税の賦課決定のうち１億３０５０万９０００円を超える部分を取り消す。
（予備的請求）
１（１）’（前記１（１）についての予備的請求）
被告が原告に対して，平成９年３月３１日付けでなした原告の平成３年４月１日から平成４年３月３１日までの事業年度の法人税の更正のうち納付すべき税額６１４億２２３２万３３００円を超える部分を取り消す。
２（１）’（前記２（１）についての予備的請求）
被告が原告に対して，平成９年３月３１日付けでなした原告の平成４年４月１日から平成５年３月３１日までの事業年度の法人税の更正のうち，納付すべき税額１６２億０７５１万９８００円を超える部分を取り消す。
第２ 事案の概要
第２の１課税の経緯（争いのない事実）
１ 原告は，銀行業を営む法人であるところ，平成３年４月１日から平成４年３月３１日までの事業年度（以下「平成４年３月期」という。）及び平成４年４月１日から平成５年３月３１日までの各事業年度（以下「平成５年３月期」という。「平成４年３月期」と「平成５年３月期」を併せて「本件各事業年度」という。）の法人税につき，青色の確定申告書に，別紙１「平成４年３月期の課税状況表」（以下「別紙１」という。）及び別紙２「平成５年３月期の課税状況表」（以下「別紙２」という。）の「（１）確定申告」欄記載のとおり記載して，各法定申告期限までに被告に申告した。
２ これに対し，被告は，いずれも平成７年６月２２日付けで，平成４年３月期の法人税については別紙１「（５）本件原処分」欄記載のとおり，平成５年３月期の法人税については別紙２「（８）本件原処分」欄記載のとおり，法人税につき各更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分を行った（以下，上記各更正処分をそれぞれ，「本件平成４年３月期原更正処分」「本件平成５年３月期原更正処分」といい，併せて「本件各原更正処分」という。）。
３ 原告は，平成７年８月２１日，前項の各処分のうち，本件各原更正処分及び過少申告加算税の各賦課決定処分の一部につき取消しを求める審査請求を国税不服審判所長に対し行ったが，同所長は平成９年
３月２５日，同審査請求を棄却する旨裁決し，同裁決は翌４月４日ころに原告に送達された。
４ 被告は，いずれも平成９年３月３１日付で，平成４年３月期における法人税について，所得金額を金２３３６億７００７万６５１０円，法人税額を金８７６億２６２７万８５００円（控除所得税額等２５９億４８６１万３９３７円，差引所得に対する法人税額６１６億７７６６万４５００円）とする更正処分（以下「本件平成４年３月期再更正処分」という。）及びこれに係る重加算税を金２４５９万１０００円とする加算税賦課決定処分を行い，平成５年３月期における法人税について，同日付けで，所得金額を金１１２０億３３３７万４２６２円，法人税額を金４２０億１２５１万５２５０円（控除所得税額等２５７億８２９４万９０３３円，差引所得に対する法人税額１６２億２９５６万６２００円）とする更正処分（以下「本件平成５年３月期再更正処分」という。）及びこれに係る重加算税を金５７２４万２５００円とする加算税賦課決定処分を行った。
なお，以下，本件平成４年３月期再更正処分及び平成５年３月期再更正処分を併せて「本件各再更正処分」という。
５ 本件各再更正処分の新たな処分理由は，主位的請求として原告が取消しを求める本件各原更正処分の処分理由と全く別のものであり，原告は当該処分理由には異議がなかったので，異議申立あるいは審査請求等の不服申立をしていない。
６ なお，課税の経緯の詳細は，別紙１及び同２記載のとおりである（当事者間に争いがない。）。
第２の２本案前の争点
１ 本件各原更正処分の取消しを求める訴え（主位的請求）が，後に増額更正処分となる本件各再更正処分を経たことにより訴えの利益を欠くに至ったか否か。
２ 本件各再更正処分の取消しを求める訴え（予備的請求）が，不服申立手続を経ておらず，国税通則法１１５条１項に反するか否か。
第２の３本案の争点
原告のニューヨーク支店は，平成３年６月，アメリカ合衆国法人Ｐｅｐｓｉｃｏ，Ｉｎｃ．（以下「ペプシコ社」という。）及びペプシコ社の子会社であるメキシコ国法人Ｓａｂｒｉｔａｓ，Ｓ．Ａ．ｄｅＣ．Ｖ．（以下「サブリタス社」という。）との間で，ペプシコ社からサブリタス社への手形貸付に伴いサブリタス社が振り出していた約束手形２通を原告が買い取る旨のＰＵＲＣＨＡＳＥＡＮＤＡＳＳＩＮＧＮＭＥＮＴＡＧＲＥＥＭＥＮＴ
（以下「本件手形買取契約」という。甲１）及びＬＥＴＴＥＲＡＧＲＥＥＭＥＮＴ（以下「本件覚書」という。甲２）を締結した（以下「ペプシコ事案」という。）。
また，原告のロンドン支店は，平成３年９月，オランダ王国法人ＲｏｓｙｃｏＢ．Ｖ．（以下「ロシコ社」という。）との間で，ロシコ社がその子会社であるオーストラリア国法人ＣａｄｅｌｌａＩｎｖｅｓｔｍｅｎｔＰｔｙＬｔｄ．（以下「カデラ社」という。）に対して有する貸付債権の一部を原告が譲り受け，ロシコ社が原告に同額の預金をする旨のＡＧＲＥＥＭＥＮＴ（以下「本件債権譲受・預金契約」という。甲３）を締結した（以下「ロシコ事案」という。）。そして，原告は，本件手形買取契約及び本件覚書に基づいて平成４年３月期の事業年度中に受領した貸付金利息に対し，メキシコ国において１５パーセントの源泉税（３億４８１３万２８７１円）を課されたとして（甲４の１），また，本件債権譲受・預金契約に基づいて平成４年３月期と同５年３月期にカデラ社から受領した貸付金利息について，オーストラリア国においてそれぞれ１０パーセントの源泉税（３７７１万９０１６円と２６３７万６５７６円）を課されたとして（甲４の２，３），平成４年６月，同年３月期分の法人税の確定申告に当たり法人税法（以下単に「法」という。）６９条，同法施行令（以下単に「施行令」という。）１４１条２項３号に従い，前記メキシコ国における源泉税のうち税率１０パーセント分に相当する２億３２０８万８５８０円とオーストラリア国における源泉税３７７１万９０１６円の合計金２億６９８０万７５９６円の外国税額を控除して所得金額を２３２７億７９３２万２９７０円，納付すべき税額を６１０億６０１９万７０００円とする確定申告をし，また，平成５年６月，同年３月期分の法人税の確定申告に当たり，同様にオーストラリア国における源泉税２６３７万６５７６円の税額控除をして，所得金額を１１１９億４８２５万１１５２円，納付すべき税額を１５０億７９２７万１０００円とする確定申告をした。
その後，本件各事業年度分の法人税については，更正や更正の請求などがあり，平成７年３月３１日付の更正後の所得金額，納付すべき税額及び過少申告加算税は，別表１及び２記載のとおり，平成４年３月期分が２３３５億２１２８万６１９７円，６１３億５２０６万０７００円及び２２万
６０００円，平成５年３月期が１１１６億０８７６万７６２８円，１４８億０６５２万５４００円及び６７６万４０００円であった。
このように，原告は，平成４年３月期の事業年度における確定申告において，原告が支払ったメキシコ国における源泉税（以下「メキシコ国源泉税」という。ただし，税率１０パーセント部分について。）並びに平成４年３月期及び平成５年３月期の事業年度における確定申告において，原告が支払ったオーストラリア国における源泉税（以下「オーストラリア国源泉税」という。なお，以下，メキシコ国源泉税及びオーストラリア国源泉税を併せて「本件源泉税」という。）について法６９条に基づき税額控除したものであるが，被告は，これを否認し，以下のような更正処分及び賦課決定処分を行った。
本件における本案の争点は，同否認を前提とする以下の更正処分（再更正処分を含む。）及び賦課決定処分の違法性である。
第２の３の１平成４年３月期
１ 所得金額の計算について
（１） 平成７年３月３１日付け更正処分による所得金額
２３３５億２１２８万６１９７円
（別紙１「（４）更正処分平成７年３月３１日」欄の「Ａ所得金額」欄）
（２） 租税公課のうち損金の額に算入されない金額
２億６９８０万７５９６円
原告は，当期の確定申告において，メキシコ国源泉税２億３２０８万８５８０円及びオーストラリア国源泉税３７７１万９０１６円を負担したとして，当期の損金の額に算入している。
しかしながら，被告は，同メキシコ国源泉税及びオーストラリア国源泉税は，法６９条の外国法人税に該当せず，当期の損金の額に算入できないとして，これを加算した。
（別紙１「（５）本件原処分平成７年６月２２日」欄の「Ｂ租税公課のうち損金の額に算入されない金額」欄）
（３） 法人税額から控除する外国法人税額の損金不算入額の過大額
２億６９８０万７５９６円
原告は，（２）のとおり，本件源泉税を損金の額に算入し，さらに，法６９条に基づき本件源泉税について外国税額控除を適用し，そのため法４１条に基づき，同源泉税を損金不算入額として，申告調整により加算していた。しかしながら，被告は，（２）のとおり，本件源泉税は，法６９条の外国法人税に該当しないとして，これを減算した。
（別紙１
「（５）本件原処分平成７年６月２２日」欄の「Ｆ法人税額から控除する外国法人税額の損金不算入額の過大額」欄）
（４）受取手数料等のうち当期利益から減算する金額
３８５７万６５３１円
原告は，本件約束手形買取契約及び本件覚書に基づきペプシコ社から受け取ったとする受取手数料２７３４万１０６６円を計上し，本件債権譲受・預金契約に基づきカデラ社から受け取ったとする貸付金利息３億７７１９万０６０６円を当期の受取利息として計上する一方，債権譲受代金として，原告がロシコ社に支払うべき金額をロシコ社からの定期預金として受け入れたとして預金利息３億６５９５万５１４１円を当期の支払利息として計上していた。
（長文のため、ここでは本文の冒頭のみを掲載しています。全文はこのページの表示後に読み込まれます。原本は原本PDFをご覧ください。）
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/15595/detail5/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。
出典：「訟務重要判例集データベース」（法務省）（https://shoumudatabasep.moj.go.jp/hanreiSearch/HanreiSearch）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。訟務月報48巻5号1257頁。