主文
一被告が、原告の平成七年四月一日から平成八年三月三一日までの事業年度の法人税につき、平成一〇年三月三一日付けでした再更正処分のうち、欠損金額一一八億七三九〇万○八三八円を超える部分を取り消す。
二被告が原告に対して平成八年八月二三日付けでした過少申告加算税賦課決定処分並びに平成一〇年三月三一日付けでした過少申告加算税賦課決定処分及び重加算税賦課決定処分をいずれも取り消す。
三訴訟費用は被告の負担とする。
事実及び理由
第一 請求
主文と同旨
第二 事案の概要
本件は、日本ハウジングローン株式会社（以下「ＪＨＬ社」という。）に対する残高三七六〇億五五〇〇万円の貸付債権（以下「本件債権」という。）を有していた原告が、平成八年三月二九日付けでＪＨＬ社との間で債権放棄約定書を締結して本件債権を放棄し、本件債権相当額を平成七年度の事業年度（平成七年四月一日から平成八年三月三一日までの事業年度。以下「本件事業年度」という。）の損金の額に算入して青色確定申告をしたところ、被告が、本件債権相当額は本件事業年度の損金の額に算入することができないとして、平成八年八月二三日に更正処分及びこれに係る過少申告加算税賦課決定処分を行い、さらに、平成一〇年三月三一日には、再更正処分並びにこれに係る過少申告加算税賦課決定処分及び重加算税賦課決定処分を行ったことから、原告が、被告に対し、右再更正処分並びに過少申告加算税賦課決定処分及び重加算税賦課決定処分の取消しを求めるものである。なお、原告は、更正処分の段階で、更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分取消の訴えを提起し、その後、再更正処分がされたことにより、同処分によって新たに更正の理由とされた点については争わないものの、そのことを前提としても同年度については納付すべき法人税はないとして、再更正処分並びに過少申告加算税賦課決定処分及び重加算税賦課決定処分の取消しに訴えを交換的に変更したものである。
一前提となる事実（当事者間に争いのない事実及び弁論の全趣旨により認められる事実である。）
１ 原告及びＪＨＬ社について
（一）原告は、長期信用銀行法四条一項に基づく大蔵大臣の免許を受けた長期信用銀行である。
（二）ＪＨＬ社は、いわゆる住宅金融専門会社（以下「住専」という。）として設立され、活動していたものであるが、平成八
年六月二六日に開催された株主総会における特別決議を経て、同年九月一日に解散した。
原告は、ＪＨＬ社の設立発起会社五社のうちの一社であり、ＪＨＬ社に対して一定の資金援助等を行ってきたＪＨＬ社のいわゆる母体行であった。なお、原告以外のＪＨＬ社の設立発起会社は、株式会社日本債券信用銀行（平成八年三月当時。現在の商号は株式会社あおぞら銀行であり、ＪＨＬ社設立当時の商号は株式会社日本不動産銀行であった。以下「日債銀」といい、原告と併せて「本件母体二行」という。）、大和証券株式会社（以下「大和証券」という。）、日興證券株式会社（以下「日興證券」という。）、山一證券株式曾社（以下「山一證券」といい、大和証券、日興證券と併せて「本件証券母体三社」という。）であった（以下、右の五社を併せて、「本件母体五社」という。）。
２ 原告の債権放棄
原告は、ＪＨＬ社に対して有していた三七六〇億五五〇〇万円の本件債権について、平成八年三月二九日付けで、ＪＨＬ社との間で、債権放棄約定書（以下「本件約定書」という。）により、本件債権を債権放棄（以下「本件債権放棄」という。）する旨の契約を締結した。
３ 更正処分等の経緯
（一）原告は、平成八年七月一日、本件事業年度の法人税について、本件債権放棄をしたことを理由として、本件債権相当額を損金の額に算入した上で、欠損金額を一三二億七九八八万七六二九円とする青色確定申告（以下「本件確定申告」という。）をした。
これに対し、被告は、同年八月二三日、所得金額を三六二七億七五一一万二三七一円及び納付すべき税額を一二八五億一二一〇万六六〇〇円とする更正処分（以下「本件更正処分」という。）並びにこれに係る過少申告加算税を一九一億九二六三万三五〇〇円とする過少申告加算税賦課決定処分（以下「本件第一過少申告加算税賦課決定処分」といい、本件更正処分と合わせて「本件更正処分等」という。）を行い、同日、その旨を原告に対して、「法人税額等の更正通知書及び加算税の賦課決定通知書」（以下「本件通知書」という。）により通知した。
（二）原告は、本件更正処分等を不服として、平成八年八月三〇日、国税不服審判所長に対し審査請求をしたが、平成九年一〇月二七日、右審査請求は棄却された。
（三）そこで、原告は、平成九年一〇月三〇日、本件更正処分等の取消しを求める訴えを提起した（以下「本件訴え」という。
）。
（四）その後、被告は、平成一〇年三月三一日、原告の本件事業年度の法人税について、所得金額を三六四一億八一〇九万九一六二円及び納付すべき税額を一三〇六億九一二七万二六〇〇円とする再更正処分（以下「本件再更正処分」という。）並びにこれに係る過少申告加算税を三億一九一九万七〇〇〇円とする過少申告加算税賦課決定処分（以下「本件第二過少申告加算税賦課決定処分」という。）及び重加算税を三一一万八五〇〇円とする重加算税賦課決定処分（以下「本件重加算税賦課決定処分」といい、本件再更正処分、本件第一過少申告加算税賦課決定処分及び本件第二過少申告加算税賦課決定処分と併せて「本件再更正処分等」という。）を行い、同年四月一日、その旨を「法人税額等の更正通知書及び加算税の賦課決定通知書」（以下「本件再更正通知書」という。）によって原告に通知した。（五）原告は、本件再更正処分等が行われたことを受けて、本件訴えを本件再更正処分等の取消しを求める旨に交換的に変更した。
４ 住専七社をめぐる問題の処理に関する経緯の概略
（一）平成七年一二月一九日付けで、損失の処理、関係金融機関に対する要請、公的関与及び債権回収の促進について所要の法的措置を講ずるなどにより、住専の処理を着実に進めることを内容とする「住専問題の具体的な処理策について」と題する閣議決定（以下「本件閣議決定」という。）が行われた。
（二）平成八年一月二二日、住専問題の処理のための資金支出等が織り込まれた平成八年度予算案につき、衆参両院本会議で趣旨説明が行われ、衆議院予算委員会に付託された。
（三）平成八年一月三〇日付けで、本件閣議決定にのっとり、さらにその処理方策を具体化する旨の「住専処理方策の具体化について」と題する閣議了解（以下「本件閣議了解」という。）が行われた。
（四）平成八年二月一五日、原告のＰ１頭取は、衆議院予算委員会において、住専問題参考人として、政府処理案の趣旨にのっとり、最善の方策を見出すべく努力する所存であり、閣議決定における関係金融機関に対する要請を受諾する旨の意見を述べた。
（五）平成八年三月四日、当時最大野党であった新進党が平成八年度予算案の審議に応じないとの方針を決定し、同党議員が予算委員会の会場の第一委員室に座り込みを開始した。
（六）ＪＨＬ社の母体五社の幹事である原告は、ＪＨＬ社に対して融資を行ってい
る金融機関に対し、平成八年三月二一日付け「日本ハウジングローン株式会社の損失処理に関するご連絡」と題する書面（以下「本件損失に関する連絡」という。）を送付した。その書面の内容は、①ＪＨＬ社が新事業計画に沿って事業を継続していくことが、極めて困難な状況となっていること、②政府は、本件閣議決定及び本件閣議了解を行ったこと、③関係金融機関は政府案に沿って処理を進めるとの方向であること、④ＪＨＬ社の母体五社も、政府案に沿った具体的処理策を検討中であること、⑤平成八年三月期末を迎えるに際し、現時点での関係金融機関の債権額及び政府処理案に基づく債権放棄予定額を計算したので、別添計算書のとおり案内するものであること、⑥最終債権放棄額については最終資産譲渡等により確定するので変動することがあること、⑦平成八年三月末決算において損失処理を検討する場合には、別添記載の債権放棄予定額の九割を目処とすること、⑧この連絡に意見等がある場合には、三月二五日までに連絡頂きたい、というものであった。（七）平成八年三月二六日、ＪＨＬ社は同社の母体行に債権放棄を要請した。（八）平成八年度暫定予算案（期間五〇日）が、平成八年三月二六日、衆議院予算委員会に付託され、同月二七日衆議院本会議において可決された。また、同案は、同日参議院予算委員会に付託され、同月二九日参議院本会議において可決された。
（九）平成八年三月二八日、ＪＨＬ社は一般行に債権放棄を要請した。（一〇）平成八年三月二九日、ＪＨＬ社の母体各社は、債権放棄に関する協定を締結した。
（一一）平成八年三月二九日、原告は、ＪＨＬ社と本件約定書により本件債権放棄をする旨の契約を締結した。
（一二）平成八年四月一一日、平成八年度予算が衆議院本会議で可決され、同日参議院予算委員会に付託された。
（一三）平成八年五月一〇日、平成八年度予算が参議院本会議において可決された。
（一四）平成八年五月二一日、「特定住宅金融専門会社の債権債務の処理の促進等に関する特別措置法（案）」につき、衆議院本会議において趣旨説明が行われ、同日委員会に付託された。
（一五）平成八年六月一八日、右（一四）の法律案が可決されて成立（以下「住専処理法」という。）した。
なお、住専処理法においては、日本住宅金融株式会社（以下「日住金」という。）、株式会社住宅ローンサービス（以下「住宅ロ
ーンサービス」という。）、株式会社住総（以下「住総」という。）、地銀生保住宅ローンサービス（以下「地銀生保ローン」という。）、総合住金株式会社（以下「総合住金」という。）、第一住宅金融株式会社（以下「第一金融」という。）及びＪＨＬ社が対象とされていた（以下、右の七社を併せて「住専七社」といい、住専処理法において処理の対象とされなかった協同住宅ローン株式会社（以下「協同住宅ローン」という。）と併せて「住専八社」という。）。
（一六）平成八年六月二一日、住専処理法が施行された。
（一七）平成八年六月二六日、ＪＨＬ社は、株主総会における特別決議により、同社の定款に「当会社の存立時期は、営業全部を譲渡する旨の営業譲渡契約が締結された日又は平成八年一二月三一日のいずれか早い日までとする」との存立時期の定めを新設する解散及び営業譲渡に関する定款一部変更の決議をした。（一八）平成八年八月三一日、株式会社住宅金融債権管理機構（以下「住宅金融債権管理機構」という。）とＪＨＬ社との間で、平成八年一〇月一日に営業譲渡をする旨の財産譲渡契約を締結した。
（一九）平成八年九月一日、ＪＨＬ社が解散した。
（二〇）平成八年一〇月一日、ＪＨＬ社は、住宅金融債権管理機構に対して営業譲渡を行った。
二争点
原告の本件確定申告、被告の本件更正処分等、本件再更正処分等及びその後の不服申立ての経緯並びにその税額等は別表記載のとおりであるところ、本件更正処分等及び本件再更正処分等における加算及び減算の内訳は次の表のとおりである（なお、「▲」は欠損金額を示す。）。
（本件更正処分等）
項目Ｎｏ．金額
所得金額（差引所得額）（１）三六二七億七五一一万二三七一円
（②＋③）
申告所得金額（２）▲一三二億七九八八万七六二九円
本件事業年度の損
加算金と認められな（３）三七六〇億五五〇〇万〇〇〇〇円
債権放棄額い
本件事業年度の土地譲渡（４）三三三億五九八四万四〇〇〇円
利益金額
納付すべき法人税額（５）一二八五億一二一〇万六六〇〇円
（（６）＋（７）‐（８）‐（９）‐（１０））
所得金額に対する税額（６）一三六〇億四〇六六万七〇〇〇円
課税土地譲渡利益金額（７）一六億八三六三万一八五〇円
に対する税額
外国税額控除額
（８） 五〇億二六八一万五三五六円
所得税額控除額（９）七五億六〇二七万一二三〇円
既に納付の確定した本（１０）▲三三億七四八九万四四五三円
税額
過少申告加算税額（１１）一九一億九二六三万三五〇〇円
（本件再更正処分等）
項目Ｎｏ．金額
所得金額（差引所得額）（１２）三六四一億八一〇九万九一六二円
（長文のため、ここでは本文の冒頭のみを掲載しています。全文はこのページの表示後に読み込まれます。原本は原本PDFをご覧ください。）
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/15646/detail5/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。
出典：「訟務重要判例集データベース」（法務省）（https://shoumudatabasep.moj.go.jp/hanreiSearch/HanreiSearch）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。訟務月報48巻3号757頁。