主文
原告の請求をいずれも棄却する。
訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１
当事者の求めた裁判
原告
(1)
被告が，平成１５年６月２５日付けでした，平成１０年４月１日から平成１１年３月３１日まで，平成１１年４月１日から平成１２年３月３１日まで及び平成１２年４月１日から平成１３年３月３１日までの各事業年度の法人税の各更正処分並びに平成１３年４月１日から平成１４年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
(2)
訴訟費用は被告の負担とする。
被告
(1)
原告の請求をいずれも棄却する。
(2)
訴訟費用は原告の負担とする。
第２
事案の概要
本件は，その所有する資産を譲渡し，新たな資産を取得した後に，地方公共団体から補助金の交付を受けた原告が，取得した資産について，租税特別措置法６５条の８第２項で準用する同法６５条の７第１項の圧縮記帳と法人税法４２条１項の圧縮記帳とを重複適用して確定申告を行った後，圧縮記帳の適用対象資産を追加変更するとともに，上記圧縮記帳の規定を重複適用して修正申告したところ，被告から，圧縮記帳の適用対象資産の変更は認められず，また，原告が主張する方法での圧縮記帳の重複適用は許されないとして，法人税の更正処分及び同処分に基づく過少申告加算税の賦課決定処分を受けたことから，上記各処分は違法であると主張して，その取消しを求めているものである。法令の定め
(1) 租税特別措置法（平成１０年法律第２３号による改正前のもの。以下「措置法」という。）の定め
ア 措置法６５条の７第１項は，法人が，その有する資産で，同条１項の表の各号の上欄に掲げるものの譲渡をした場合において，当該各号の下欄に掲げる資産の取得をし，かつ，当該取得の日から１年以内に，当該取得をした資産を当該各号の下欄に規定する地域内にある当該法人の事業の用に供したとき，又は供する見込みであるときは，当該買換資産につき，その圧縮基礎取得価額に差益割合を乗じて計算した金額の一定割合に相当する金額の範囲内でその帳簿価額を損金経理により減額し，又はその帳簿価額を減額することに代えてその圧縮限度額以下の金額を損金経理により引当金勘定に繰り入れる方法により経理したときに限り，その減額し，又は経理した金額に相当する金額は，当該事業年度の所得の金額の計算上，損金の額に算入する旨規定している。
イ 措置法６５条の８第１項は，法人が，昭和４５年４月１日から平成１３年３月３１日までの間に，その有する資産で，同法６５条の７第１項の表の各号の上欄に掲げるものの譲渡をした場合において，当該譲渡をした日を含む事業年度終了日の翌日から一定期間を経過するまでの期間（以下，この期間を「取得指定期間」という。）内に当該各号の下欄に掲げる資産の取得をする見込みであり，かつ，当該取得の日から１年以内に当該取得をした資産を当該各号の下欄に規定する地域内にある当該法人の事業の用に供する見込みであるときは，当該譲渡をした資産の譲渡に係る対価の額のうち，当該譲渡をした資産に係る同表の各号の下欄に掲げる資産の取得に充てようとする額に差益割合を乗じて計算した金額の一定割合に相当する金額を当該譲渡日を含む事業年度の確定した決算において特別勘定として経理した場合に限り，その経理した金額に相当する金額は，当該事業年度の所得の金額の計算上，損金の額に算入する旨規定している。
ウ 措置法６５条の８第２項は，同条１項の特別勘定を設定している法人が，取得指定期間内に同項の特別勘定に係る同法６５条の７第１項の表の各号の下欄に掲げる資産の取得をした場合において，当該取得の日から１年以内に，当該買換資産を当該各号の下欄に規定する地域内にある当該法人の事業の用に供したとき，又は供する見込みであるときは，同条１項の規定を準用し，当該買換資産につき，その圧縮基礎取得価額に差益割合を乗じて計算した金額の一定割合に相当する金額の範囲内で，同法６５条の８第１項の特別勘定に相当するものについて，その帳簿価額を損金経理により減額し，又はその帳簿価額を減額することに代えて，その圧縮限度額以下の金額を損金経理により引当金勘定に繰り入れる方法により経理したときに限り，その減額し，又は経理した金額に相当する金額は，当該買換資産の取得の日を含む事業年度の所得の金額の計算上，損金の額に算入する旨規定している。
(2) 租税特別措置法関係通達（以下「措置法通達」という。）の定め措置法通達６５の７(3)－３は，同一事業年度において措置法６５条の７第１項の表のいずれか一の号の規定の適用を受ける買換資産が２以上ある場合には，譲渡資産の対価の額は，それらの買換資産のうち一の買換資産の取得価額に達するまでその取得に充てられたものとし，次にその残額について他の買換資産の取得価額に達するまで順次に充てられたものとして計算することに留意する。この場合において，当該対価の額がいずれの買換資産からまず充てられたものとするかは，法人の計算によるものとする旨規定する。
(3) 法人税法（平成１３年法律第６号による改正前のもの。以下「法人税法」という。）の定め
法人税法４２条１項は，内国法人が，各事業年度において固定資産の取得又は改良に充てるための国又は地方公共団体の補助金その他政令で定めるこれに準ずるもの（以下「国庫補助金等」という。）の交付を受け，当該事業年度においてその国庫補助金等をもってその交付の目的に適合した固定資産の取得又は改良をした場合において，その固定資産につき，当該事業年度において，その取得又は改良に充てた国庫補助金等の額に相当する金額（以下「圧縮限度額」という。）の範囲内でその帳簿価額を損金経理により減額し，又はその圧縮限度額以下の金額を法人税法施行令で定める方法により経理したときは，その減額し又は経理した金額に相当する金額は，当該事業年度の所得の金額の計算上，損金の額に算入する旨規定する。
(4) 法人税法基本通達（以下「基本通達」という。）の定め基本通達１０－２－２は，法人が国庫補助金等の交付を受けた日の属する事業年度前の事業年度においてその交付の目的に適合する固定資産の取得等をしている場合には，その交付を受けた事業年度において当該固定資産につき法人税法４２条１項の規定を適用することができる。この場合における圧縮限度額は，同項の規定にかかわらず，法人税法施行令８２条の規定に準じて計算した金額による旨規定している。
争いのない事実等
(1) 原告は，平成９年６月１１日，所有する愛媛県今治市α７番２及び同７番７の土地及びその土地上の建物を９９５２万０９５７円で譲渡した。上記土地及び建物の譲渡直前の帳簿価額は７５２３万９３４１円であった。
(2) 原告は，平成１０年６月１日，被告に対し，平成９年４月１日から平成１０年３月３１日までの事業年度（以下「平成１０年３月期」という。）の法人税につき，措置法６５条の８第１項に規定する特別勘定として経理した金額１４５６万８９６９円を損金の額に算入して，確定申告書を提出した。
(3) 原告は，平成１１年２月２８日，下記の金額により，下記の資産（以下，アないしウを併せて「本件目的資産」という。）を取得した。
記
ア 愛媛県宇和島市β１０２－１所在のＡ（以下「本件建物」という。）６４１１万３１０７円
イ 本件建物に係る電気設備，衛生設備及び空調設備（以下「本件建物付属設備」という。）１８１１万６８９３円
ウ 機械装置（以下「本件機械装置」という。）４９２０万円
エ 岸壁２０４万５０２０円
オ 駐車場外溝５０３万４４４０円
総合計１億３８５０万９４６０円
(4) 原告は，平成１１年４月２７日，愛媛県宇和島市から平成１０年度沿岸漁業活性化構造改善事業費補助金５２５７万２０００円（以下「本件補助金」という。）の交付を受けた。
(5) 原告は，平成１１年６月３０日，被告に対し，平成１０年４月１日から平成１１年３月３１日までの事業年度（以下「平成１１年３月期」という。）の法人税につき，下記の内容を記載した「特定の資産の買換えにより取得した資産の圧縮額等の損金算入に関する明細書（２２号該当）」（甲１０号証。以下「別表十三（五）」という。）を添付し，別紙１の「確定申告」欄記載のとおり記載して，確定申告書を提出した。
記
ア 差益割合（１０）欄０．２４３９８４９５２
イ 取得した買換資産の種類（１１）欄建物他
ウ 買換資産の取得価額（１４）欄１３８，５０９，４６０円
エ 買換資産の帳簿価額を減額し，若しくは引当金又は積立金に経理した金額（１８）欄１４，５６８，９６９円
オ 圧縮基礎取得価額（２０）欄９９，５２０，９５７円
カ 圧縮限度額（２４）欄１４，５６８，９６９円
(6) 原告は，平成１２年６月３０日，被告に対し，平成１１年４月１日から平成１２年３月３１日までの事業年度（以下「平成１２年３月期」という。）の法人税につき，本件補助金によって本件目的資産を取得したものとして，法人税法４２条１項に規定する圧縮記帳を適用し，別紙１の「確定申告」欄記載のとおり記載して，確定申告書を提出した。
(7) 原告は，被告に対し，平成１２年４月１日から平成１３年３月３１日まで及び平成１３年４月１日から平成１４年３月３１日までの各事業年度（以下，それぞれ「平成１３年３月期」，「平成１４年３月期」という。）の法人税につき，別紙１の「確定申告」欄記載のとおり記載して，法定申告期限までに各確定申告書を提出した。
(8) 原告は，平成１５年５月１９日，被告に対し，別紙１の「修正申告」欄記載のとおり記載して，平成１２年３月期，平成１３年３月期及び平成１４年３月期の法人税の各修正申告書を提出した。
また，原告は，被告が原告に対して行う法人税等調査を担当していた特別国税調査官に対し，別紙２のとおり記載した「特定の資産の買換えにより取得した資産の圧縮額等の損金算入に関する明細書（２２号該当）」（甲４号証。以下「別表十三（五）訂正分」という。）を提出した。
(9) 被告は，平成１５年６月２５日付けで，別紙１の「更正処分等」欄記載のとおりの平成１１年３月期，平成１２年３月期，平成１３年３月期及び平成１４年３月期の法人税の更正処分（以下「本件各更正処分」という。）並びに平成１４年３月期の法人税の過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件賦課決定処分」という。）を行った（以下，本件各更正処分及び本件賦課決定処分を併せて「本件更正処分等」という。）。
(10) 原告は，平成１５年８月１２日，本件更正処分等を不服として異議申立てを行ったが，被告は，同年１１月１０日付けでこれを棄却する旨の異議決定を行った。
(11) 原告は，平成１５年１２月９日，国税不服審判所長に対し，上記異議決定に不服があるとして審査請求を行ったが，国税不服審判所長は，平成１６年７月２日付けでこれを棄却する旨の裁決を行った。
(12) 原告は，上記裁決に不服があるとして，本件訴訟を提起した。争点及び争点に関する当事者の主張
(1) 本件建物以外の本件目的資産について，措置法６５条の８第２項で準用する同法６５条の７（以下「措置法６５条の７」という場合，措置法６５条の８第２項で準用する場合をも含む。）第１項に規定する圧縮記帳を適用するように修正することができるか（争点１）。
（原告の主張）
原告が，措置法６５条の７第１項に規定する圧縮記帳の対象とする資産は，本件目的資産全てであったが，原告は，法人税の確定申告書に添付した別表十三（五）の「取得した買換資産の種類（１１）」欄に「建物他」と記載したこともあり，誤って，本件建物の帳簿価額から，本件目的資産それぞれにおいて計算される圧縮限度額を合計した１４５６万８９６９円を減額してしまった。
しかし，上記経理処理は誤りであったので，措置法通達６５の７(3)－３の規定により，従来計上していた圧縮限度額１４５６万８９６９円の範囲内で，別表十三（五）を別紙２のとおり記載して修正した（別表十三（五）訂正分）。
そして，上記の誤りは，事実の認識の違いや公正妥当な会計処理の基準によらなかった等のため，当期の決算で計算した損益の内容について誤りがある場合に該当し，このような場合は，法人の経理処理に関係なく所得計算に含める，いわゆる申告調整事項と呼ばれる事項に該当するから，確定申告後においても，修正することは可能である。
（被告の主張）
ア 特定資産の買換えの場合の圧縮記帳は，国，地方公共団体の土地政策，環境政策等の遂行の円滑化等を図るため，課税の特例として設けられたものであり，措置法６５条の７第１項により，圧縮記帳の適用対象資産の帳簿価額を損金経理により減額し，又は，その帳簿価額を直接減額することに代えて，その圧縮限度額以下の金額を損金経理により引当金勘定に繰り入れる方法により経理したときに限り，その減額し，又は経理した金額に相当する金額を，当該事業年度の所得の計算上，損金の額に算入することができるとされている。そして，ここにいう損金経理とは，法人がその確定した決算において費用又は損失として経理することをいう（措置法２条２項１０号，法人税法２条２６号）から，上記特例の適用を受けるためには，確定した決算において所定の経理処理を行うことが要件となる。これに対し，原告は，確定した決算において，本件建物の帳簿価額から，本件建物の取得価額の合計額に基づき算定した圧縮限度額の合計額相当額を損金経理により減額したものの，本件建物付属設備及び本件機械装置については，所定の経理処理を行っていない。
したがって，本件建物付属設備及び本件機械装置について上記特例の適用を受けることはできず，別紙２のように訂正することはできない。
イ また，原告は，措置法通達６５の７(3)－３の規定を根拠に，本件建物付属設備及び本件機械装置についても圧縮記帳の対象となる旨主張するが，上記通達は，買換資産が２以上ある場合に，それら買換資産の圧縮記帳後の帳簿価額を算定するに当たり，譲渡資産の対価の額をどの買換資産にいくら充てたと算定すべきかを規定したものであり，確定決算において所定の経理処理を行うことを前提とする規定であって，確定申告後の修正により，適用対象資産を追加変更できることを定めたものではない。
(2) 本件目的資産全てについて法人税法４２条１項に定める圧縮記帳を適用するように修正申告することができるか（争点２）。
（原告の主張）
上記(1)のとおり，本件建物以外の本件目的資産にも特別措置法６５条の７第１項による圧縮記帳を適用したから，それとのバランスからして法人税法４２条１項の圧縮記帳も本件目的資産全てについて適用する必要がある。（被告の主張）
法人税法４２条１項は，国庫補助金等で取得した資産の圧縮記帳について，「圧縮限度額の範囲内で帳簿価額を損金経理により減額したときは，その減額した金額に相当する金額は，当該事業年度の所得の金額の計算上，損金の額に算入する。」と規定しており，同条の適用を受けるためには，確定した決算において所定の経理処理を行うことが要件となる。
これに対し，原告は，確定した決算において，本件建物及び本件建物付属設備の一部については所定の経理処理を行いながら，本件機械装置については，所定の経理処理を行っていない。
したがって，本件補助金で取得した資産の圧縮記帳について，修正申告により，適用対象資産を本件目的資産全てとするよう追加変更することは許されない。
(3) 本件建物について法人税法４２条１項の圧縮記帳と措置法６５条の７第１項の圧縮記帳とを重複適用することができるか（争点３）。
（原告の主張）
ア 法人税法４２条１項及び措置法６５条の７第１項の重複適用を禁止した法令はなく，またこれら２つの圧縮記帳を重複適用しても，課税上の弊害はない。
また，法人税法基本通達１０－２－２は，法人が，国庫補助金等の交付を受けた日の属する事業年度前の事業年度において，その交付の目的に適合する固定資産の取得等をしている場合には，その交付を受けた事業年度において当該固定資産につき法人税法４２条１項の適用をすることができると定めており，国庫補助金等に先行して目的資産を取得した場合にも，同条項の適用は妨げられない。
本件において，原告は，平成９年６月１１日に土地建物を売却し，平成１１年２月２８日までに本件目的資産を取得したから，措置法６５条の７第１項により圧縮記帳を行うことが可能である。加えて，本件目的資産の取得が平成１１年２月２８日であり，本件補助金の交付を受けたのが同年４月２７日であるから，国庫補助金等の交付に先行して目的資産を取得した場合に該当し，法人税法４２条１項及び基本通達１０－２－２により圧縮記帳を行うことが可能である。
イ
被告は，措置法６５条の７第１項に規定する圧縮記帳と法人税法４２条１項に規定する圧縮記帳とをともに適用するのであれば，取得した目的資産の取得価額を，買換資産の譲渡対価額で支払われたとされる部分（措置法６５条の７第１項により圧縮記帳がされるべき部分）と，国庫補助金等の交付金のうちから支払われたとされる部分（法人税法４２条１項により圧縮記帳がされるべき部分）とに区分しなければならないと主張する。この点，同一事業年度において，譲渡対価額と国庫補助金等とを資金として目的資産を取得した場合には，被告が主張するような区分を行う必要があるが，国庫補助金等の交付に先行して，譲渡対価額を資金として目的資産を取得した場合には，目的資産を取得した事業年度において，既に措置法の規定により圧縮記帳を行っているため，国庫補助金等の返還を要しないこととなった日における当該資産の帳簿価額は，措置法の規定による圧縮限度額及び減価償却費額を減額したものとなっている。
したがって，国庫補助金等の交付を受けた日を含む事業年度に法人税法４２条１項の圧縮記帳を適用する場合には，上記のとおり帳簿価額が減額され，圧縮限度額超過額として取り戻されているので，目的資産の額を区分する必要はないのである。
（被告の主張）
ア
内国法人が国庫補助金等の交付を受けた場合には，課税所得の計算上，益金の額に算入されるのが本来であるが，国庫補助金等の受入れに伴い課税利益が生ずるものとした場合には，その国庫補助金等によって取得を予定された資産の取得資金が税の額だけ不足することとなり，その取得ができなくなる可能性があるため，これを調整する手段として，法人税法４２条１項に圧縮記帳の制度が設けられている。
そして，法人税法４２条１項は，国庫補助金等の交付と資産の取得等を同一事業年度に行うことを原則としているのであるが，基本通達１０－２－２は，国庫補助金等による取得に係る目的資産を補助金交付に先行して取得した場合にも圧縮記帳ができることを明らかにしている。しかし，同通達は，先行取得された資産には，既往事業年度において減価償却費の計上等がされている場合があるため，それらとの関係において，同一事業年度に資産を取得した場合との整合性を保つために，先行取得した資産を国庫補助金等により取得したものとみなし，既往の減価償却額等を取り戻すための規定にすぎず，買換資産とは無関係の規定であって，法人税法の圧縮記帳と措置法の圧縮記帳の重複適用を認める規定ではない。
なお，ある資産の取得について，措置法６５条の７第１項に規定する圧縮記帳と法人税法４２条１項に規定する圧縮記帳とがともに適用されるケースはあるが，これは，その資産の取得価額を，譲渡対価額で支払われた（
）
とされる部分措置法６５条の７第１項により圧縮記帳がされるべき部分と交付金のうちから支払われたとされる価格（法人税法４２条１項により圧縮記帳がされるべき部分）とに区分して，上記両規定を個別に適用する場合であり，重複適用というよりも，同時適用というのが適当である。イ
本件において，原告は，平成１１年３月期に，その所有する愛媛県今治市α７番２及び同７番７の土地及びその土地上の建物を９９５２万０９５７円で譲渡して，本件建物を６４１１万３１０７円で取得したとして，措置法６５条の７第１項に規定する特定資産の買換えの圧縮記帳を適用した。そうすると，原告は，上記譲渡代金をもって本件建物を取得したのであって，愛媛県宇和島市から交付を受けた本件補助金５２５７万２０００円を本件建物の取得に充てることはあり得ない。このことは，本件目的資産の取得が，補助金の交付の目的に適合するものであったとしても左右されるものではない。
したがって，原告の本件目的資産取得は，法人税法４２条に規定する国庫補助金等をもって資産を取得した場合には該当しないのであって，同条に規定する圧縮記帳の適用をすることもできない。
第３ 当裁判所の判断
争点に対する判断
(1) 争点１（本件建物以外の本件目的資産について，措置法６５条の８第２項で準用する同法６５条の７第１項に規定する圧縮記帳を適用するように修正することができるか。）について
ア 措置法６５条の７第１項は，法人が資産を買い換えた場合につき，その圧縮基礎取得価額に差益割合を乗じて計算した金額の一定割合に相当する金額の範囲内でその帳簿価額を損金経理により減額したときに限り，その減額した金額に相当する金額を，当該事業年度の所得の金額の計算上，損金の額に算入することを認めている。
そして，ここにいう損金経理とは，法人がその確定した決算において費用又は損失として経理することをいい（同法２条２項１０号，法人税法２条２６号），法人税の確定申告書に添付する「特定の資産の買換えにより取得した資産の圧縮額等の損金算入に関する明細書（２２号該当）」の「１８」欄にも，買換資産の帳簿価額を減額した金額を記入するよう書式が整えられている。
したがって，資産の買換えによる圧縮記帳の適用を受けるためには，確定した決算において，措置法６５条の７第１項に規定する経理処理を行うことが要件となっているといえる。
イ
本件においては，前記争いのない事実等に加え，証拠（乙１号証，１５号証，１６号証，１７号証の１及び２）及び弁論の全趣旨によれば，原告が，平成１１年３月期に，特定資産買換えの圧縮処理として，６４１１万３１０７円で取得した本件建物のみについて帳簿価額を損金経理によって減額（圧縮損額１４５６万８９６９円）しており，本件建物付属設備及び本件機械装置の各帳簿価額を損金経理によって減額していないことが認められる。
したがって，本件において，資産の買換えによる圧縮記帳の適用対象とすることができるのは，本件建物のみであって，本件建物以外の本件目的資産についても圧縮記帳の適用を受けうるものとして，別表十三（五）を別紙２のとおり修正することは許されないというべきである。
ウ
原告は，措置法６５条の７第１項に規定する圧縮記帳の対象とする資産は，本件目的資産全てであったが，誤って，本件建物の帳簿価額から，本件目的資産それぞれにおいて計算される圧縮限度額を合計した１４５６万８９６９円を減額したにすぎず，事実の認識の違いや公正妥当な会計処理の基準によらなかった等のため，当期の決算で計算した損益の内容について誤りがある，いわゆる申告調整事項と呼ばれる事項に該当するから，確定申告後においても，修正することは可能であると主張する。
原告自身は，法人税の申告をするに当たり，本件目的資産全てを圧縮処理の対象とする認識の下，別表十三（五）を作成したと考えられる。しかしながら，圧縮記帳の処理については，上記判断のとおり，会計上損金経理により減額していることが重要な適用要件であるところ，本件建物付属設備及び本件機械装置については，平成１１年３月期の決算において，帳簿価額の減額という損金経理を行っておらず，その決算と異なる記載は，事実の認識違いや単なる計算違いなどとは評価し得ず，原告の上記主張を採用することはできない。
なお，原告は，措置法基本通達６５の７(3)－３の規定を根拠に，本件建物以外の本件目的資産について，措置法６５条の７第１項に規定する圧縮記帳を適用するよう別表十三（五）を修正したと主張するが，上記通達は，同条の７第１項の表のいずれか一の号の適用を受ける買換資産が２以上ある場合に，それら買換資産の圧縮記帳後の帳簿価額を算定するに当たり，譲渡資産の対価の額をどの買換資産にいくら充てたと算定すべきかを規定したものにすぎず，確定申告後の修正により，適用対象資産を追加変更できることを定めたものではない。
(2) 争点２（本件目的資産全てについて法人税法４２条１項の圧縮記帳を適用するように修正申告することができるか。）について
ア 法人税法４２条１項は，内国法人が国庫補助金等で取得した資産の圧縮記帳につき，圧縮限度額の範囲内で帳簿価額を損金経理により減額したときは，その減額した金額に相当する金額は，当該事業年度の所得の金額の計算上，損金の額に算入すると規定し，ここにいう損金経理とは，法人がその確定した決算において費用又は損失として経理することをいう（同法２条２６号）。また，法人税の確定申告書に添付する「国庫補助金等，工事負担金及び賦課金で取得した固定資産等の圧縮額等の損金算入に関する明細書」の「６」欄にも，固定資産の帳簿価額を減額した金額を記入するよう書式が整えられている。
したがって，法人税法４２条の適用を受けるためには，確定した決算において所定の経理処理を行うことが要件となっているといえる。
イ 本件においては，前記争いのない事実等に加え，証拠（甲７号証，乙１６号証）及び弁論の全趣旨によれば，原告が，平成１２年３月期に，本件補助金で取得したとして，本件建物の帳簿価額を４９５４万４１３７円減額し，本件建物付属設備の帳簿価額を３０２万７８６３円減額して，損金経理をしたことが認められるが，本件機械装置について，帳簿価額を損金経理によって減額したことを認めるに足りる証拠はない。
したがって，本件において，法人税法４２条に規定する圧縮記帳の適用対象とすることができるのは，本件建物及び本件建物付属設備のみであって，本件機械装置について，圧縮記帳の適用対象とすることはできない。
(3) 争点３（本件建物について法人税法４２条１項の圧縮記帳と措置法６５条の７第１項の圧縮記帳とを重複適用することができるか。）について
ア 措置法６５条の７第１項に規定する圧縮記帳の制度は，法人が，設備の更新又は立地条件の変更等のために資産を処分したときに生ずる所得に法人税を課税すると，その税負担に相当する分だけ再生産規模を縮小させることとなるため，設備更新による産業設備の合理化，工場移転による産業立地の改善等，企業基盤の強化拡充及び企業資本の有効利用を図るという趣旨で，上記資産の譲渡に伴う利益に対する課税の特例として設けられたものである。
このような制度趣旨に照らせば，設備の更新等が行われた場合であっても，資産の譲渡利益に相当する部分が設備の更新等に係る資産の取得に充てられておらず，譲渡利益に対する課税が再生産規模を縮小させることとならないような場合には，同制度の適用がないと解すべきである。したがって，措置法６５条の７は，譲渡対価をもって資産を取得したことを明文上要件としていないものの，そのことを当然の前提としているというべきであって，例えば，資産の取得資金の一部に国庫補助金が充てられた場合には，その部分を同条の適用対象資産に含めて圧縮額の計算をすることはできないと解すべきである。
他方，法人税法４２条１項に規定する圧縮記帳の制度は，法人が，国庫補助金等を受けた場合，課税所得の計算上は益金の額に算入され，原則的には，これに課税されるべきであるが，国庫補助金の受入れにより課税利益が生ずるとすると，国庫補助金等によって資産を取得することを予定している場合に，予定された取得資金が税の額だけ不足し，その取得ができなくなる結果，補助金の交付の目的を達することができない可能性があるので，受贈益の課税を繰り延べてこれを調整する手段として設けられたものである。
このような制度趣旨及び同条の「当該事業年度においてその国庫補助金等をもってその交付の目的に適合した固定資産の取得又は改良をした場合」という文言からすれば，同条は，資産の取得に国庫補助金等が充てられない場合には，適用がないといえる。
以上のことからすると，原告が主張するように，措置法６５条の７第１項に規定する圧縮記帳と，法人税法４２条第１項に規定する圧縮記帳とを併せて適用することを禁止する旨の規定は存在しないものの，これら２つの圧縮記帳を併せて適用するに当たっては，少なくとも取得した資産の取得価額を，譲渡対価額によって取得したとする部分と，国庫補助金等によって取得したとする部分とに区分して，圧縮損額の計算をすることが必要であると解すべきである。
イ
本件においては，前記(1)イのとおり，原告が，平成１１年３月期に，特定資産買換えの圧縮処理として，取得価額が６４１１万３１０７円である本件建物の帳簿価額を，圧縮損額１４５６万８９６９円と算出して損金処理をしたことが認められるが，これは，愛媛県今治市の土地及び建物を譲渡した対価額９９５２万０９５７円をもって，本件建物を取得したとするものにほかならず，本件建物について，併せて本件補助金によって取得したとする余地はない。
したがって，本件建物の取得につき，本件補助金をその取得に充てたということはできないから，本件においては，そもそも法人税法４２条に規定する圧縮記帳の適用がないというべきである。
ウ
また，原告は，基本通達１０－２－２が重複適用の根拠になると主張するが，同通達は，国庫補助金等の交付に先行して，目的資産を取得した場合にも圧縮記帳ができることを明らかにするとともに，先行取得された資産には，既往事業年度において減価償却費の計上されている場合などがあるため，同一事業年度に資産を取得した場合との整合性を保つために，先行取得した資産を国庫補助金等により取得したものとみなし，既往の減価償却額等を取り戻すための規定にすぎず，何ら，法人税法上の圧縮記帳と措置法上の圧縮記帳の重複適用を認めるものではないから，原告の上記主張を採用することはできない。
エ
さらに，原告は，同一事業年度において，国庫補助金等と譲渡対価額とを資金として目的資産を取得した場合には，目的資産の取得価額を区分する必要があるが，国庫補助金等の交付に先行して，譲渡対価額を資金として目的資産を取得した場合には，目的資産を取得した事業年度において，既に，措置法の規定により圧縮記帳を行っているため，国庫補助金等の返還を要しないこととなった日における当該資産の帳簿価額は，措置法の規定による圧縮限度額及び減価償却額を減額したものとなっているところ，国庫補助金等の交付を受けた日を含む事業年度に法人税法上の圧縮記帳を適用する場合には，上記のとおり帳簿価額が減額され，圧縮限度額超過額として取り戻されているので，目的資産の額を区分しないと主張する。この点，確かに，国庫補助金等の交付に先行して目的資産を取得した場合には，国庫補助金等の交付を受けるまでの間に，目的資産につき実際の取得価額を基礎として減価償却を行っていることがあり得る。そこで，前述のとおり，基本通達１０－２－２が，圧縮額に対応する既往の減価償却額を取り戻すために，実際の取得価額に対する国庫補助金等の交付を受けた時点における当該資産の帳簿価額の割合を当該補助金等の額に乗じて計算した金額をもって，この場合の圧縮限度額とする旨規定している。しかしながら，圧縮記帳の重複適用を行うに当たっては，前述のとおり，目的資産の取得に，譲渡対価額及び国庫補助金等のいずれをも充てたことが必要となるのであって，その場合には，資産の譲渡，国庫補助金等の交付の先後を問わず，目的資産の取得価額を譲渡対価額にもって充てた部分と国庫補助金等をもって充てた部分とに区分する必要があるというべきである。
したがって，原告の上記主張を採用することはできない。
本件更正処分等の適法性
(1) 平成１１年３月期について
ア 証拠（乙２号証の１，１６号証）及び弁論の全趣旨によれば，以下の事実を認めることができる。
ａ 原告は，平成１１年３月期法人税の確定申告書に，欠損金額として２６４９万８８８３円，翌期へ繰り越す欠損金額として８７１６万５３９８円とそれぞれ記載した。
ｂ 原告は，平成１１年３月期において，本件建物につき，減価償却費として１８万５７９０円を計上した。
ｃ 平成１１年３月期において，原告に対し還付される所得税額は，１０３万０５８７円であった。
イ 原告は，前記認定事実のとおり，平成１１年３月期に，特定資産買換えの圧縮処理として，６４１１万３１０７円で取得した本件建物の帳簿価額を損金経理によって圧縮損額１４５６万８９６９円を減額しているが，本件建物に係る圧縮限度額は，以下の算式のとおり，９３８万５５８０円であることから，本件建物につき原告が計上した上記固定資産圧縮損１４５６万８９６９円との差額５１８万３３８９円は，原告の所得金額に加算すべきである。
（圧縮基礎取得額）（差益割合）（圧縮限度額）
64,113,107円× 24,281,616 × 0.6 ＝ 9,385,580円99,520,957
（円未満切捨て）
また，本件建物は，減価償却資産の耐用年数に関する省令（平成１５年財務省令第３８号改正前のもの）によれば，その耐用年数は３１年，適用すべき定額法による償却率は，０．０３３と認められるので，本件建物に係る減価償却費は，以下の算式のとおり，１３万５４５０円と算出されることから，本件建物につき原告が申告した減価償却費１８万５７９０円との差額５万０３４０円は，減価償却超過額として原告の所得金額に加算すべき金額である。
（圧縮後取得価額－残存価額）（償却率）（償却限度額）
（54,727,527円－5,472,752円）×0.033×１＝ 135,450円（円未満切捨て）
ウ 以上のことから，被告がした，平成１１年３月期における原告の欠損金額を２１２６万５１５４円，翌期へ繰り越す欠損金額を８１９３万１６６９円，確定申告等による所得税額等の還付金額を１０３万０５８７円とする更正処分は適法である。
(2) 平成１２年３月期について
ア 証拠（甲６号証，乙４号証，１４号証の１，１８号証，１９号証）及び弁論の全趣旨によれば，以下の事実を認めることができる。
(ア) 原告は，平成１２年３月期の修正申告において，本件建物につき，減価償却不足額７９万５２２１円を計上した。
(イ) 原告は，平成１２年３月期の修正申告において，本件建物付属設備につき４４万５３８１円，本件機械装置につき３０３万３３２４円の減価償却超過額が生じていたとして，それぞれ自己否認した。
(ウ) 原告は，平成１２年３月期の修正申告において，本件建物につき３０６万２０３２円，本件建物付属設備につき８６万５９０３円，本件機械装置につき２３４万６７２２円の圧縮限度超過額が生じていたとして，それぞれ自己否認した。
(エ) 原告は，平成１２年３月期法人税の修正申告書に，欠損金額として６５０２万７８８１円と記載した。
(オ) 平成１２年３月期において，原告に対し還付される所得税額は，５６万４５１９円であった。
イ 原告は，前記認定事実のとおり，平成１１年３月期に，愛媛県今治市の土地建物を譲渡した対価額で本件建物を取得したとして，措置法６５条の７第１項に規定する圧縮記帳によって，本件建物の帳簿価額を損金経理によって減額していることから，平成１２年３月期において，本件建物の帳簿価額を法人税法４２条１項の圧縮記帳によって減額処理することはできず，原告が平成１２年３月期に損金に計上した固定資産圧縮損額４９５４万４１３７円は，圧縮限度超過額として，原告の所得金額に加算されるべきである。
また，前述のとおり，損金経理を経ていない資産は圧縮記帳の適用対象とならないことから，これを修正申告等によって圧縮記帳の適用対象とするよう追加変更することは許されず，追加変更が許されることを前提とした減価償却費の計算の基礎となる取得価額の修正を行うこともできないことから，原告が計上した減価償却不足額７９万５２２１円は，原告の所得金額に加算されるべきである。
ウ 上記イのとおり，本件建物につき圧縮限度超過額が生じたため，本件建物に係る減価償却費を算出すべきところ，その計算式は，以下のとおりである。
（圧縮後取得価額－残存価額）（償却率）（償却限度額）
（54,727,527円－5,472,752円）×0.033＝
1,625,407円
（円未満切捨て）
したがって，上記１６２万５４０７円は，減価償却費として，原告の所得金額から減算されるべきである。
また，前述のとおり，損金経理を経ていない資産は圧縮記帳の適用対象とならないことから，これを修正申告等によって圧縮記帳の適用対象とするよう追加変更することは許されず，追加変更が許されることを前提とした減価償却費の計算の基礎となる取得価額の修正を行うこともできないことから，原告が自己否認した本件建物付属設備に係る減価償却超過額４４万５３８１円及び本件機械装置に係る減価償却超過額３０３万３３２４円は，それぞれ，原告の所得金額から減算されるべきである。
さらに，前述のとおり，本件建物については，平成１１年３月期において既に譲渡対価額によって取得したものとして措置法６５条の７第１項に規定する圧縮記帳の処理が行われているため，法人税法４２条１項に規定する圧縮記帳をする余地がないこと，本件機械装置については，当初の確定申告において圧縮損を計上しておらず，修正申告によって圧縮記帳を適用することができないことのほか，本件建物付属設備には圧縮限度超過額が生じていないことから，原告が自己否認した本件建物に係る圧縮限度超過額３０６万２０３２円，本件建物付属設備に係る圧縮限度超過額８６万５９０３円及び本件機械装置に係る圧縮限度超過額２３４万６７２２円は，それぞれ，原告の所得金額から減算されるべきである。
エ
以上のことから，被告がした，平成１２年３月期における原告の欠損金額を２６０６万７２９２円，翌期へ繰り越す欠損金額を１億０７９９万８９６１円，確定申告等による所得税額等の還付金額を５６万４５１９円とする更正処分は適法である。
(3)
平成１３年３月期について
ア 証拠（乙５号証，１４号証の２，２０号証）及び弁論の全趣旨によれば，以下の事実を認めることができる。
(ア) 原告は，平成１３年３月期の修正申告において，本件建物につき，減価償却不足額７９万５２２１円を計上した。
(イ) 原告は，平成１３年３月期の修正申告において，本件建物付属設備につき３１万７１１７円，本件機械装置につき２１８万３４１２円の減価償却超過額が生じていたとして，それぞれ自己否認した。
(ウ) 原告は，平成１３年３月期法人税の修正申告書に，繰越欠損金の当期控除額として２３２４万４１１０円と記載した。
(エ) 平成１３年３月期において，原告に対し還付される所得税額は，５７万７４７５円であった。
イ 前述のとおり，損金経理を経ていない資産は圧縮記帳の適用対象とならないことから，これを修正申告等によって圧縮記帳の適用対象とするよう追加変更することは許されず，追加変更が許されることを前提とした減価償却費の計算の基礎となる取得価額の修正を行うこともできないから，原告が計上した減価償却不足額７９万５２２１円は，原告の所得金額に加算されるべきである。
ウ 前記(2)イのとおり，本件建物につき圧縮限度超過額が生じたため，本件建物に係る減価償却費を算出すべきところ，その計算式は，以下のとおりである。
（圧縮後取得価額－残存価額）（償却率）（償却限度額）
（54,727,527円－5,472,752円）×0.033 ＝ 1,625,407円（円未満切捨て）
したがって，上記１６２万５４０７円は，減価償却費として，原告の所得金額から減算されるべきである。
また，前述のとおり，損金経理を経ていない資産は圧縮記帳の適用対象とならないことから，これを修正申告等によって圧縮記帳の適用対象とするよう追加変更することは許されず，追加変更が許されることを前提とした減価償却費の計算の基礎となる取得価額の修正を行うこともできないことから，原告が自己否認した本件建物付属設備に係る減価償却超過額３１万７１１７円及び本件機械装置に係る減価償却超過額２１８万３４１２円は，それぞれ，原告の所得金額から減算されるべきである。
エ
以上のことから，被告がした，平成１３年３月期における原告の所得金額を０円，翌期へ繰り越す欠損金額を８８０８万５５６６円，確定申告等による所得税額等の還付金額を５７万７４７５円とする更正処分は適法である。
(4)
平成１４年３月期について
ア
更正処分について
(ア)
証拠（乙６号証，１４号証の３，２１号証）及び弁論の全趣旨によれば，以下の事実を認めることができる。
ａ
原告は，平成１４年３月期の修正申告において，本件建物につき，減価償却不足額７９万５２２１円を計上した。
ｂ
原告は，平成１４年３月期の修正申告において，本件建物付属設備につき２０万４２８５円，本件機械装置につき１５８万６４４６円の減価償却超過額が生じていたとして，それぞれ自己否認した。
ｃ
原告は，平成１４年３月期法人税の修正申告書に，繰越欠損金の当期控除額として１億１８５５万６９９７円と記載した。
ｄ
平成１４年３月期において，原告に対し還付される所得税額は，１６７万９１９８円であった。
(イ)
前述のとおり，損金経理を経ていない資産は圧縮記帳の適用対象とならないことから，これを修正申告等によって圧縮記帳の適用対象とするよう追加変更することは許されず，追加変更が許されることを前提とした減価償却費の計算の基礎となる取得価額の修正を行うこともできないことから，原告が計上した減価償却不足額７９万５２２１円は，原告の所得金額に加算されるべきである。
(ウ) 前記(2)イのとおり，本件建物につき圧縮限度超過額が生じたため，本件建物に係る減価償却費を算出すべきところ，その計算式は，以下のとおりである。
（圧縮後取得価額－残存価額）（償却率）（償却限度額）
（54,727,527円－5,472,752円）×0.033 ＝ 1,625,407円（円未満切捨て）
したがって，上記１６２万５４０７円は，減価償却費として，原告の所得金額から減算されるべきである。
また，前述のとおり，損金経理を経ていない資産は圧縮記帳の適用対象とならないことから，これを修正申告等によって圧縮記帳の適用対象とするよう追加変更することは許されず，追加変更が許されることを前提とした減価償却費の計算の基礎となる取得価額の修正を行うこともできないことから，原告が自己否認した本件建物付属設備に係る減価償却超過額２０万４２８５円及び本件機械装置に係る減価償却超過額１５８万６４４６円は，原告の所得金額から減算されるべきである。
(エ) 以上のことから，平成１４年３月期における原告の所得金額は，２７８５万０５１４円と算出されるが，これに国税通則法（以下「通則法」という。）１１８条１項を適用して算定した金額を基に，法人税法６６条３項及び経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律１６条に従って算定した法人税額から控除所得税額等を差し引き，通則法１１９条１項を適用すると，平成１４年３月期における原告の差引所得に対する税額は，４４４万７８００円と算出することができる。
そして，上記差引所得に対する税額に原告が確定申告において還付を受けた所得税額等を加算し，通則法１１９条１項を適用すると，原告が差引納付すべき法人税額は，６１２万６９００円と算出することができる。
(オ) よって，被告がした，平成１４年３月期における原告の所得金額を２７８５万０５１４円，差引所得に対する税額を４４４万７８００円，差引納付すべき法人税額を６１２万６９００円とする更正処分は適法である。
イ 賦課決定処分について
上記のとおり，平成１４年３月期の法人税の更正処分は適法であるから，これを前提として行われた本件賦課決定処分も適法である。
結論
よって，原告の請求は，いずれも理由がないからこれを棄却し，訴訟費用の負担について行政事件訴訟法７条，民事訴訟法６１条を適用して主文のとおり判決する。
松山地方裁判所民事第１部
裁判長裁判官 澤野芳夫
裁判官 竹尾信道
裁判官 白石裕子
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/34864/detail5/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。