主文
原告らの請求をいずれも棄却する。
訴訟費用は原告らの負担とする。
事実及び理由
第１
請求
新宿税務署長が平成１７年７月４日付けでした原告Ｐ１の平成１５年分の所得税に係る更正処分のうち，総所得金額４３０万６７６２円，分離課税の長期譲渡所得の金額０円，納付すべき税額２５万５３００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分を取り消す。
新宿税務署長が平成１７年７月４日付けでした原告Ｐ２の平成１５年分の所得税に係る更正処分のうち，総所得金額１５万０１９７円，分離課税の長期譲渡所得の金額０円，納付すべき税額０円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分を取り消す。
新宿税務署長が平成１７年７月４日付けでしたＰ３の平成１５年分の所得税に係る更正処分のうち，総所得金額６７万５８２５円，分離課税の長期譲渡所得の金額０円，納付すべき税額２万０４００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分を取り消す。
第２
事案の概要
本件は，原告ら及びＰ３が所有していた資産が収用され，補償金の支払を受けた原告ら及びＰ３が，当該補償金につき租税特別措置法（平成１６年法律第１４号による改正前のもの。以下「措置法」という。）３３条の４第１項に基づく収用交換等の場合の譲渡所得等の特別控除の適用があることを前提とする所得税の確定申告をしたところ，処分行政庁である税務署長が，当該資産の譲渡は最初に買取り等の申出のあった日から６か月が経過した後に行われたものであるから，当該補償金については同特別控除の適用がないとして更正処分等を行ったため，収用委員会の裁決がされたことにより同特別控除の適用があると主張する原告らが，当該更正処分のうち従前の申告に基づき納付すべき税額を超える部分についての取消しを求めるとともに，同所得税に係る過少申告加算税賦課決定の取消しを求める事案である。なお，Ｐ３は，平成▲年▲月▲日に死亡し，Ｐ３の子である原告らがその地位を承継している。
関係法令の定め
(1)
措置法３３条の４第１項は，個人の有する資産が収用交換等により譲渡された場合で，その譲渡した資産について措置法３３条又は３３条の２の適用を受けないときは，収用交換等がされた資産の譲渡所得の金額の計算上，特別控除として５０００万円を控除する旨規定する。
(2)
措置法３３条の４第３項１号及び租税特別措置法施行令（以下「措置法施行令」という。）２２条の４第２項は，収用交換等の場合の譲渡所得等の特別控除は，当該資産等の買取り等の申出をする者（以下「公共事業施行者」という。）から当該資産につき最初に当該申出があった日から６か月を経過した日（次のイ又はロに掲げる場合に該当するときは，同日からイ又はロに定める期間を経過した日）までに譲渡がされなかった場合には，適用しない旨規定している。
イ
土地収用法１５条の７第１項の規定による仲裁の申請に基づき同法１５条の１１第１項に規定する仲裁判断があった場合
当該申請をした日から
当該譲渡の日までの期間
ロ
土地収用法４６条の２第１項の規定による補償金の支払の請求があった場合
当該請求をした日から当該譲渡の日までの期間
(3)
措置法３３条の４第４項は，同条第１項の規定は，確定申告書に，公共事業施行者から交付を受けた買取り等の申出があったことを証する書類その他の財務省令で定める書類の添付がある場合に限り，適用する旨規定している。これを受けて，租税特別措置法施行規則（平成１６年財務省令第３１号による改正前のもの）１５条２項は，上記の書類について，公共事業施行者の買取り等の最初の申出年月日及び当該申出に係る資産の明細を記載した買取り等の申出があったことを証する書類等（公共事業用資産の買取り等の申出証明書，公共事業用資産の買取り等の証明書及び収用証明書）である旨規定し，さらに，措置法施行令２２条の４第２項各号のいずれかに該当する場合（前記(2)のイ又はロの場合）には，その旨を証する書類が必要である旨規定している。
前提事実
本件の前提となる事実は，以下のとおりである。いずれも当事者間に争いのない事実並びに証拠（甲１から９まで）及び弁論の全趣旨等により容易に認めることのできる事実である。
(1)
原告ら及びＰ３が有していた資産
原告ら及びＰ３は，以下の資産を有していた（以下，これらの資産を総称して「本件不動産」という。）。
ア
建物
(ア)
所在
新宿区α×××番地２
家屋番号
×××番１２
共有者
原告Ｐ１，原告Ｐ２，Ｐ４及びＰ５（持分割合各６分の
１）並びにＰ３（持分割合６分の２）
(イ)
所在
新宿区α×××番地２
家屋番号
×××番２の１５
所有者
原告Ｐ１
イ
借地権
対象地
新宿区α×××番１０及び１１（いずれも同所×××番２から
分筆されたもの）
設定者
Ｐ６
権利者
原告Ｐ１，原告Ｐ２，Ｐ４及びＰ５（持分割合各６分の１）並
びにＰ３（持分割合６分の２）
(2)
本件不動産に対する収用手続
ア
東京都が事業施行者である東京都市計画道路事業幹線街路環状第６号線及び補助線街路第５４号線のための事業（以下「本件事業」という。）につき，平成３年３月８日に都市計画事業の認可の告示がされ，同１２年４月７日に収用手続開始の告示がされた。
イ
本件不動産は，本件事業の対象地とされ，東京都の代理人であるＰ７公団（現在のＰ８株式会社。以下「公団」という。）は，原告ら及びＰ３に対し，本件不動産に対する補償金の額を明らかにした「損失補償協議書」と題する文書（以下「本件損失補償協議書」という。）を郵便により送付し，これらの文書はいずれも平成１３年４月６日に配達された。ウ
東京都は，平成１３年４月９日，東京都収用委員会に対し，本件不動産について，土地収用法３９条１項に基づく収用の裁決の申請及び同法４７条の２第３項に基づく明渡裁決の申立てを行った。
これに対して，東京都収用委員会は，同１４年１０月３１日付けで，本件不動産について，次のとおり，収用裁決（権利取得裁決及び明渡裁決。以下「本件各収用裁決」という。）を行った。
(ア)
原告Ｐ１について
ａ
借地権消滅（土地に対する損失の補償）
１３４４万１３７５円
ｂ
建物補償
２７８０万２５２７円
ｃ
工作物補償
１６万３５０６円
ｄ
立竹木補償
１万２８８９円
ｅ
動産補償
１万７４４８円
ｆ
家賃減収補償
９０万８７０１円
ｇ
移転雑費補償
２５３万０３１７円
(イ)
原告Ｐ２について
ａ
借地権消滅（土地に対する損失の補償）
１３４４万１３７５円
ｂ
建物補償
３９０万２０２２円
ｃ
工作物補償
１２万８８５６円
ｄ
立竹木補償
１万２８８９円
ｅ
動産補償
１万７４４８円
ｆ
家賃減収補償
４万３５６７円
ｇ
移転雑費補償
６８万２３８８円
(ウ)
Ｐ３について
ａ
借地権消滅（土地に対する損失の補償）
２６８８万２７４９円
ｂ
建物補償
７８０万４０４４円
ｃ
工作物補償
２５万７７１３円
ｄ
立竹木補償
２万５７７８円
ｅ
動産補償
２４万１２２０円
ｆ
家賃減収補償
８万７１３３円
ｇ
移転雑費補償
１４０万９３１３円
エ
本件各収用裁決では，権利取得裁決に係る権利取得の時期は平成１５年１月６日とされ，明渡裁決に係る明渡しの期限は新宿区α×××番１０所在の土地については同年４月１４日，同所×××番１１所在の土地については同年５月９日とされた。
(3)
課税処分の経緯
ア(ア)
原告Ｐ１は，平成１５年分の所得税について，確定申告書に総所得金額を４３０万６７６２円（内訳：不動産所得の金額３２７万６１６７円，雑所得の金額２６８円，一時所得の金額１０３万０３２７円），分離課税の長期譲渡所得の金額を零円，納付すべき金額を２５万５３００円と記載し，上記収用裁決に係る裁決書を添付して，法定申告期限までに申告した。
(イ)
原告Ｐ２は，平成１５年分の所得税について，確定申告書に総所得金額を１５万０１９７円（内訳：不動産所得の金額４万３５６７円，雑所得の金額２６８円，一時所得の金額１０万６３６２円），分離課税の長期譲渡所得の金額を零円，納付すべき金額を零円と記載し，上記収用裁決に係る裁決書を添付して，法定申告期限までに申告した。
(ウ)
Ｐ３は，平成１５年分の所得税について，確定申告書に総所得金額を６７万５８２５円（内訳：不動産所得の金額８万７１３３円，雑所得の金額５３７円，一時所得の金額５８万８１５５円），分離課税の長期譲渡所得の金額を零円，納付すべき金額を２万０４００円と記載し，上記収用裁決に係る裁決書を添付して，法定申告期限までに申告した。イ(ア)
新宿税務署長は，原告Ｐ１に対し，平成１７年７月４日付けで，本件
不動産の譲渡には措置法３３条の４第１項の適用がないとして，総所得金額を４３０万６７６２円，分離課税の長期譲渡所得の金額を３８３３万７０３９円，納付すべき税額を７０９万７９００円とする更正処分及び過少申告加算税の額を１００万１０００円とする賦課決定処分をした。
(イ)
新宿税務署長は，原告Ｐ２に対し，平成１７年７月４日付けで，本件不動産の譲渡には措置法３３条の４第１項の適用がないとして，総所得金額を１５万０１９７円，分離課税の長期譲渡所得の金額を１５５９万８６４２円，納付すべき税額を２１８万５１００円とする更正処分及び過少申告加算税の額を３０万２０００円とする賦課決定処分をした。(ウ)
新宿税務署長は，Ｐ３に対し，平成１７年７月４日付けで，本件不動産の譲渡には措置法３３条の４第１項の適用がないとして，総所得金額を６７万５８２５円，分離課税の長期譲渡所得の金額を３２１９万７２８２円，納付すべき税額を４９３万７９００円とする更正処分及び過少申告加算税の額を７１万１５００円とする賦課決定処分をした。ウ
原告ら及びＰ３は，上記各更正処分（以下「本件各更正処分」という。）及び上記各賦課決定処分（以下「本件各賦課決定処分」という。）を不服として，平成１７年７月１４日にそれぞれ異議申立てをしたが，新宿税務署長は，同年１０月１３日付けで上記異議申立てをいずれも棄却する旨の決定をした。
エ
原告ら及びＰ３は，異議決定を経た後の本件各更正処分及び本件各賦課決定処分を不服として，平成１７年１０月２８日にそれぞれ審査請求をしたが，国税不服審判所長は，同１８年３月１日付けで上記審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をした。
オ
原告らは，平成１８年７月２５日，本件訴えを提起した。なお，上記の各課税処分の経緯の詳細は，別表１－１ないし１－３のとおりである。被告が主張する原告ら及びＰ３の所得税額
被告が本件訴訟において主張する原告ら及びＰ３の平成１５年分の所得税の算出過程及び算出根拠は，次のとおりである。
本件の争点は，本件各収用裁決に基づく補償金について収用交換等の場合の譲渡所得等の特別控除の適用があるか否かであり，原告らは，その余の被告主張の課税根拠及び計算関係については争っていない。
(1)
原告Ｐ１について
ア
総所得金額（別表１－１各欄①の金額）
４３０万６７６２円
上記金額は，原告Ｐ１が平成１６年３月１１日に新宿税務署長に提出した平成１５年分の所得税の確定申告書（以下「Ｐ１確定申告書」という。）に総所得金額として記載されている金額と同額である。
イ
分離長期譲渡所得の金額（別表１－１「更正処分等」欄②の金額）３８３３万７０３９円
上記金額は，次の(ア)の金額から(イ)及び(ウ)の金額を控除した金額である。
(ア)
譲渡収入金額（別表２－１「更正処分額」の「合計」欄①の金額）４１４０万７４０８円
上記金額は，原告Ｐ１が，本件不動産を東京都に収用されたことにより受領した自己の持分に係る収入金額であり，Ｐ１確定申告書に添付されていた「譲渡所得の内訳書（計算明細書【土地・建物用】）」（以下「譲渡所得計算明細書」という。）に，収入金額として記載されている金額と同額である。
(イ)
必要経費（別表２－１「更正処分額」の「合計」欄④の金額）
２０７万０３６９円
上記金額は，措置法３１条の４に規定する長期譲渡所得の金額の計算上収入金額から控除する取得費である上記(ア)の総収入金額４１４０万７４０８円の１００分の５に相当する金額（ただし，土地等に係る収入金額と土地等以外の部分に係る収入金額ごとに１００分の５を乗じた金額の合計額である。別表２－１「更正処分額」各欄②）に，譲渡費用０円（同③）を加算した必要経費の額（同④）であり，Ｐ１確定申告書に添付されていた譲渡所得計算明細書に，本件不動産のうち原告Ｐ１の持分に相当する部分の必要経費として記載されている金額と同額である。なお，原告Ｐ２及びＰ３の分離長期譲渡所得に係る譲渡収入金額の内訳並びに必要経費の根拠及び計算過程は，上記の原告Ｐ１と同様である。(ウ)
特別控除額（別表２－１「更正処分額」の「合計」欄⑥の金額）１００万円
上記金額は，措置法３１条４項に規定する長期譲渡所得の特別控除額である。
ウ
所得控除額の合計額（別表１－１各欄③の金額）
１１１万３９２２円
上記金額は，Ｐ１確定申告書に所得控除額の合計額として記載されている金額と同額である。
エ
納付すべき税額（別表１－１「更正処分等」欄⑬の金額）
７０９万７９００円
上記金額は，次の(ア)の金額と(イ)の金額の合計額から(ウ)の金額を控除した金額（ただし，国税通則法（以下「通則法」という。）１１９条１項の規定により１００円未満の端数を切り捨てた後のもの）である。(ア)
課税総所得金額に対する税額（別表１－１各欄⑦の金額）
３１万９２００円
上記金額は，原告Ｐ１の総所得金額に対する税額であり，上記アの金額からウの金額を控除した残額（ただし，通則法１１８条１項の規定により，１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの）に，所得税法８９条に規定する税率（本件の場合は１００分の１０）を乗じて求めた金額で，Ｐ１確定申告書に総所得金額に対する税額として記載された金額と同額である。
(イ)
課税分離長期譲渡所得の金額に対する税額（別表１－１「更正処分等」欄⑧の金額）
７０２万８７５０円
上記金額は，原告Ｐ１の分離長期譲渡所得に対する税額であり，次のａの金額とｂの金額の合計額である。
ａ
土地等に係る分離長期譲渡所得金額に対する税額（別表２－１「更正処分額」の「土地等」欄⑧の金額）
１９１万５３５０円
上記金額は，措置法３１条の２第１項の規定による所得税の額であり，上記イの原告Ｐ１の分離長期譲渡所得金額のうち土地等に係る部分の金額１２７６万９０００円（別表２－１「更正処分額」の「土地等」欄⑦の金額。ただし，通則法１１８条１項の規定に準じて，１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの）の１００分の１５に相当する金額である。
ｂ
土地等以外の部分に係る分離長期譲渡所得金額に対する税額（別表２－１「更正処分額」の「土地等以外」欄⑧の金額）
５１１万３４００円
上記金額は，措置法３１条１項の規定による所得税の額であり，上記イの原告Ｐ１の分離長期譲渡所得金額のうち土地等以外に係る部分の金額２５５６万７０００円（別表２－１「更正処分額」の「土地等以外」欄⑦の金額。ただし，通則法１１８条１項の規定に準じて，１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの）の１００分の２０に相当する金額である。
なお，原告Ｐ２及びＰ３に係る課税分離長期譲渡所得の金額に対する税額の計算過程は，上記の原告Ｐ１と同様である。
(ウ)
定率減税額（別表１－１「更正処分等」欄⑨の金額）
２５万円
上記金額は，経済社会の変化等に対応して早急に構ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律（平成１１年法律第８号）６条による控除税額であり，原告Ｐ２及びＰ３において同様である。
(2)
原告Ｐ２について
ア
総所得金額（別表１－２各欄①の金額）
１５万０１９７円
上記金額は，原告Ｐ２が平成１６年３月１１日に新宿税務署長に提出した平成１５年分の所得税の確定申告書（以下「Ｐ２確定申告書」という。）に総所得金額として記載されている金額と同額である。
イ
分離長期譲渡所得の金額（別表１－２「更正処分等」欄②の金額）１５５９万８６４２円
上記金額は，次の(ア)の金額から(イ)及び(ウ)の金額を控除した金額である。
(ア)
譲渡収入金額（別表２－２「更正処分額」の「合計」欄①の金額）１７４７万２２５３円
上記金額は，Ｐ２確定申告書に添付されていた譲渡所得計算明細書に，収入金額として記載されている金額と同額である。
(イ)
必要経費（別表２－２「更正処分額」の「合計」欄④の金額）
８７万３６１１円
上記金額は，Ｐ２確定申告書に添付されていた譲渡所得計算明細書に，本件不動産のうち原告Ｐ２の持分に相当する部分の必要経費として記載されている金額と同額である。
(ウ)
特別控除額（別表２－２「更正処分額」の「合計」欄⑥の金額）１００万円
上記金額は，措置法３１条４項に規定する長期譲渡所得の特別控除額である。
ウ
所得控除額の合計額（別表１－２各欄③の金額）
３８万円
上記金額は，Ｐ２確定申告書に所得控除額の合計額として記載されている金額と同額である。
エ
納付すべき税額（別表１－２「更正処分等」欄⑬の金額）
２１８万５１００円
上記金額は，次の(ア)の金額と(イ)の金額の合計額から(ウ)の金額を控除した金額（ただし，通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数を切り捨てた後のもの）である。
(ア)
課税総所得金額に対する税額（別表１－２各欄⑦の金額）
０円
上記アのとおり，原告Ｐ２の総所得金額は１５万０１９７円であるところ，当該金額からウの所得控除額を控除すると，原告Ｐ２の課税総所得金額は０円となり（なお，所得控除額のうち，同所得金額から控除しきれない金額は２２万９８０３円となる。），これに対する税額は算出されない。
(イ)
課税分離長期譲渡所得の金額に対する税額（別表１－２「更正処分等」欄⑧の金額）
２４３万５１５０円
上記金額は，原告Ｐ２の分離長期譲渡所得に対する税額であり，次のａの金額とｂの金額の合計額である。
ａ
土地等に係る分離長期譲渡所得金額に対する税額（別表２－２「更正処分額」の「土地等」欄⑧の金額）
１９１万５３５０円
上記金額は，上記イの原告Ｐ２の分離長期譲渡所得金額のうち土地等に係る部分の金額１２７６万９０００円（別表２－２「更正処分額」の「土地等」欄⑦の金額。ただし，通則法１１８条１項の規定に準じて，１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの）の１００分の１５に相当する金額である。
ｂ
土地等以外の部分に係る分離長期譲渡所得金額に対する税額（別表２－２「更正処分額」の「土地等以外」欄⑧の金額）
５１万９８００円
上記金額は，上記イの原告Ｐ２の分離長期譲渡所得金額のうち土地等以外に係る部分の金額２８２万９３３５円（別表２－２「更正処分額」の「土地等以外」欄⑦の金額）から，上記(ア)で述べた，なお控除しきれない所得控除額２２万９８０３円を控除した残額２５９万９０００円（ただし，通則法１１８条１項の規定に準じて，１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの）の１００分の２０に相当する金額である。
(ウ)
定率減税額
２５万円
(3)
Ｐ３について
ア
総所得金額（別表１－３各欄①の金額）
６７万５８２５円
上記金額は，Ｐ３が平成１６年３月１１日に新宿税務署長に提出した平成１５年分の所得税の確定申告書（以下「Ｐ３確定申告書」という。）に総所得金額として記載されている金額と同額である。
イ
分離長期譲渡所得の金額（別表１－３「更正処分等」欄②の金額）３２１９万７２８２円
上記金額は，次の(ア)の金額から(イ)及び(ウ)の金額を控除した金額である。
(ア)
譲渡収入金額（別表２－３「更正処分額」の「合計」欄①の金額）３４９４万４５０６円
上記金額は，Ｐ３確定申告書に添付されていた譲渡所得計算明細書に，収入金額として記載されている金額と同額である。
(イ)
必要経費（別表２－３「更正処分額」の「合計」欄④の金額）
１７４万７２２４円
上記金額は，Ｐ３確定申告書に添付されていた譲渡所得計算明細書に，本件不動産のうちＰ３の持分に相当する部分の必要経費として記載されている金額と同額である。
(ウ)
特別控除額（別表２－３「更正処分額」の「合計」欄⑥の金額）１００万円
上記金額は，措置法３１条４項に規定する長期譲渡所得の特別控除の金額である。
ウ
所得控除額の合計額（別表１－３各欄③の金額）
４１万９２０９円
上記金額は，Ｐ３確定申告書に所得控除額の合計額として記載されている金額と同額である。
エ
納付すべき税額（別表１－３「更正処分等」欄⑬の金額）
４９３万７９００円
上記金額は，次の(ア)の金額と(イ)の金額の合計額から(ウ)の金額を控除した金額である。
(ア)
課税総所得金額に対する税額（別表１－３各欄⑦の金額）
２万５６００円
上記金額は，Ｐ３の総所得金額に対する税額であり，上記アの総所得金額からウの所得控除額を控除した残額（ただし，通則法１１８条１項の規定により，１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの）に，所得税法８９条に規定する税率（本件の場合は１００分の１０）を乗じて求めた金額で，Ｐ３確定申告書に総所得金額に対する税額として記載された金額と同額である。
(イ)
課税分離長期譲渡所得の金額に対する税額（別表１－３「更正処分等」欄⑧の金額）
５１６万２３００円
上記金額は，Ｐ３の分離長期譲渡所得に対する税額であり，次のａの金額とｂの金額の合計額である。
ａ
土地等に係る分離長期譲渡所得金額に対する税額（別表２－３「更正処分額」の「土地等」欄⑧の金額）
３８３万０７００円
上記金額は，上記イのＰ３の分離長期譲渡所得金額のうち土地等に係る部分の金額２５５３万８０００円（別表２－３「更正処分額」の「土地等」欄⑦の金額。ただし，通則法１１８条１項の規定に準じて，１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの）の１００分の１５に相当する金額である。
ｂ
土地等以外の部分に係る分離長期譲渡所得金額に対する税額（別表２－３「更正処分額」の「土地等以外」欄⑧の金額）
１３３万１６００円
上記金額は，上記イのＰ３の分離長期譲渡所得金額のうち土地等以外に係る部分の金額６６５万８０００円（別表２－３「更正処分額」の「土地等以外」欄⑦の金額。ただし，通則法１１８条１項の規定に準じて，１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの）の１００分の２０に相当する金額である。
(ウ)
定率減税額
２５万円
争点
本件の争点は，本件各収用裁決に基づく補償金について，収用交換等の場合の譲渡所得等の特別控除の適用があるか否かである。
当事者の主張の要旨
（被告の主張）
被告が本訴において主張する原告ら及びＰ３の平成１５年分の所得税に係る納付すべき税額は，前記３のとおり，①原告Ｐ１７０９万７９００円，②原告Ｐ２２１８万５１００円，③Ｐ３４９３万７９００円であるところ，当該各金額は本件各更正処分における各人の納付すべき税額と同額であるから，本件各更正処分は適法である。
このように，本件各更正処分は適法であるところ，原告ら及びＰ３は，平成１５年分の所得税に係る課税標準及び納付すべき税額を過少に申告していたものであるから，同人らに課されるべき過少申告加算税の額は，通則法６５条１項及び２項の規定に基づき，それぞれ本件各更正処分により新たに納付すべきこととなった税額「Ａ」（ただし，通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの）に１００分の１０を乗じて算出した金額と，Ａのうち，各人の確定申告における納付すべき税額（別表１－１ないし１－３「確定申告」欄⑬の各金額）と５０万円のいずれか多い方の金額を超える部分に相当する金額（ただし，同項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの）に１００分の５を乗じて算出した金額を合計した金額となる。上記により算出した原告ら及びＰ３に課されるべき過少申告加算税の額は，①原告Ｐ１１００万１０００円，②原告Ｐ２３０万２０００円，③Ｐ３７１万１５００円となるところ，これと同額を課した本件各賦課決定処分は適法である。（原告らの主張）
平成１４年１０月３１日に本件各収用裁決に係る裁決書の送付を受けた原告ら及びＰ３は，当時の新宿税務署長の指導に従い，平成１５年分の確定申告書に所要の記載をした上で，これに上記裁決書を添付して，本件各収用裁決から６か月が経過する前である同１５年３月１５日までに確定申告の手続を執ったものであるから，本件各収用裁決に基づく補償金については，収用交換等の場合の譲渡所得等の特別控除の適用があり，これを適用しなかった本件各更正処分及び本件各賦課決定処分はいずれも違法である。
第３
争点に対する判断
１(1)
前記のとおり，措置法３３条の４第１項は，個人の有する資産が収用交換等により譲渡された場合には，収用交換等がされた資産の譲渡所得の金額の計算上，特別控除として５０００万円を控除する旨規定し，さらに，同条３項１号は，原則として，公共事業施行者から当該資産につき最初に買取り等の申出があった日から６か月を経過した日までに当該譲渡がされなかった場合には，上記特別控除は適用しない旨規定している。
(2)
措置法３３条の４第３項１号が，最初に買取り等の申出があった日から６か月を経過した日までに譲渡がされなかった場合につき上記特別控除を適用しないとしたのは，公共事業施行者の事業遂行を円滑かつ容易にするため，その申出に応じて資産の早期譲渡に協力した者についてのみ，その補償金等に対する所得税につき特別の優遇措置を講じ，もって公共事業用地の取得の円滑化を図る趣旨からと解される。
このような措置法３３条の４第３項１号の趣旨に照らすと，同号の「最初に買取り等の申出があった日」とは，公共事業施行者が，資産の所有者に対し，買取り資産を特定し，その対価を明示して，買取り等の意思表示を初めてした日をいうものと解するのが相当であり，公共事業施行者が示した対価の額が客観的な価額に比して低額であったとしても，その後６か月の期間において公共事業施行者と資産の所有者の間で対価の額について交渉する余地が残されていることを考慮に入れると，最終的に確定した買収価額が明示された日をいうものではないと解すべきである。
また，措置法３３条の４第３項１号の規定する収用交換等による譲渡のあった日とは，被収用者は，土地又は土地に関する所有権以外の権利に対する補償金については裁決で定められた権利取得の時期に，その他の補償金については裁決で定められた明渡し期限に，それぞれ法律上その権利を行使することができることになること（土地収用法９５条，９７条，１０１条，１０２条）を考慮すると，裁決において定められた権利取得の時期又は明渡しの期限と定められた日と解するのが相当である。
(3)
なお，措置法３３条の４第３項１号括弧書きは，上記特別控除の適用要件の例外を規定しているが，これは，公共事業施行者からの最初の買取り等の申出に応じて，同申出から６か月が経過する日までに，土地収用法１５条の７第１項による仲裁の申請又は同法４６条の２第１項による補償金の支払の請求が行われているときには，資産の所有者がその対償について争い，あるいは補償金の支払を求めているとしても，資産の買取り等については受諾しているものと認められ，６か月の期限を適用してその譲渡を誘引することは必ずしも要しないと考えられるため，上記要件を緩和する措置が講じられたものと解される。
２(1)
そこで，これを本件についてみると，前記前提事実のとおり，公団は，本件損失補償協議書により，資産の所有者である原告ら及びＰ３に対し，買取り資産を特定し，その対価を明示して，買取り等の意思表示をしているから，本件における「最初に買取り等の申出があった日」は，本件損失補償協議書が原告ら及びＰ３に到達した平成１３年４月６日であると認められる。そして，本件各収用裁決では，権利取得裁決に係る権利取得の時期は平成１５年１月６日とされ，明渡裁決に係る明渡しの期限は同年４月１４日又は同年５月９日とされているから，本件における「収用交換等による譲渡のあった日」は，これらの日であると認めるのが相当である。
そうすると，原告ら及びＰ３は，事業施行者から本件不動産についての「最初に買取り等の申出があった日」から６か月を経過した日までに本件不動産の譲渡をしていないことが明らかであり，また，本件不動産について土地収用法１５条の７第１項による仲裁の申請又は同法４６条の２第１項による補償金の支払の請求が行われた事実は認められないから，本件各収用裁決に基づく補償金については，収用交換等の場合の譲渡所得等の特別控除の適用はないというべきである。
(2)
原告らは，本件各収用裁決に基づく補償金について，本件各収用裁決があったこと及び裁決書の確定申告書への添付により，収用交換等の場合の譲渡所得等の特別控除の適用が認められるべきである旨主張するが，前述したところに照らし，独自の見解であることが明らかであって，採用することができない。
(3)
以上によれば，本件各更正処分及び本件各賦課決定処分は，いずれも適法なものというべきである。
第４
結論
よって，原告らの請求はいずれも理由がないから，これらを棄却することとし，訴訟費用の負担につき，行政事件訴訟法７条，民訴法６１条，６５条１項本文を適用して，主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３８部
杉原則彦
裁判長裁判官
市原義孝
裁判官
島村典男
裁判官
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/34912/detail5/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。