主文
被告は，原告に対し，以下の各金員を支払え。
(1)
金１３億１４８１万２６００円，並びに，うち金１２億８６４５万５０００円に対する平成１９年１月１日から，うち金２７２４万８０００円に対する同年７月２３日から及びうち金１１０万８０００円に対する同年８月１０日から各支払済みまで，同年１２月３１日までについては年４．４パーセントの割合，及び，平成２０年１月１日以降については年７．３パーセント又は地方税法附則３条の２第１項に規定する特例基準割合（０．１パーセント未満の端数があるときは，これを切り捨てる。）のいずれか低い割合による金員
(2)
金１億２７５９万８７１３円
被告は，原告に対し，以下の各金員を支払え。
(1)
金６億６４３７万９７００円，並びに，うち金６億５６７５万７０００円に対する平成１９年１月１日から，うち金７３２万４０００円に対する同年７月２３日から及びうち金２９万７０００円に対する同年８月１０日から各支払済みまで，同年１２月３１日までについては年４．４パーセントの割合，及び，平成２０年１月１日以降については年７．３パーセント又は地方税法附則３条の２第１項に規定する特例基準割合（０．１パーセント未満の端数があるときは，これを切り捨てる。）のいずれか低い割合による金員(2)
金３９３９万４６２３円
訴訟費用は被告の負担とする。
事実及び理由
第１
請求
主位的請求
(1)
主文第１項同旨
(2)
主文第２項同旨
予備的請求
(1)
主位的請求(1)の予備的請求
ア
神奈川県川崎県税事務所長が原告に対し平成１９年５月２２日付けでした，原告の平成１５年４月１日から平成１６年３月３１日までの課税事業年度の神奈川県臨時特例企業税に係る更正及び過少申告加算金決定を取り消す。
イ
被告は，原告に対し，以下の各金員を支払え。
(ア)
金１３億１４８１万２６００円，並びに，うち金１２億８６４５万５０００円に対する平成１９年１月１日から，うち金２７２４万８０００円に対する同年６月２３日から及びうち金１１０万８０００円に対する同年７月１０日から各支払済みまで，同年１２月３１日までについては年４．４パーセントの割合，及び，平成２０年１月１日以降については年７．３パーセント又は地方税法附則３条の２第１項に規定する特例基準割合（０．１パーセント未満の端数があるときは，これを切り捨てる。）のいずれか低い割合による金員
(イ)
金９９８５万３５７９円
(2)
主位的請求(2)の予備的請求
ア
神奈川県川崎県税事務所長が原告に対し平成１９年５月２２日付けでした，原告の平成１６年４月１日から平成１７年３月３１日までの課税事業年度の神奈川県臨時特例企業税に係る更正及び過少申告加算金決定を取り消す。
イ
被告は，原告に対し，以下の各金員を支払え。
(ア)
金６億６４３７万９７００円，並びに，うち金６億５６７５万７０００円に対する平成１９年１月１日から，うち金７３２万４０００円に対する同年６月２３日から及びうち金２９万７０００円に対する同年７月１０日から各支払済みまで，同年１２月３１日までについては年４．４パーセントの割合，及び，平成２０年１月１日以降については年７．３パーセント又は地方税法附則３条の２第１項に規定する特例基準割合（０．１パーセント未満の端数があるときは，これを切り捨てる。）のいずれか低い割合による金員
(イ)
金３４７４万６９４３円
第２
事案の概要
本件は，被告が，神奈川県臨時特例企業税条例（平成１３年神奈川県条例第３７号。同年８月１日施行。以下「本件条例」という。）を制定し，地方税法４条３項，２５９条以下の規定に基づく道府県法定外普通税として，神奈川県内に事務所又は事業所を有し資本の金額又は出資金額が５億円以上の法人に対し，法人の事業税（以下「法人事業税」という。）の課税標準である所得の金額の計算上繰越控除欠損金額を損金の額に算入しないものとして計算した場合の所得の金額に相当する金額（当該金額が繰越控除欠損金額を超える場合は繰越控除欠損金額に相当する金額）を課税標準とし，税率を原則１００分の３（平成１６年４月１日以降は１００分の２）とする臨時特例企業税（以下「企業税」という。）を課したところ，その対象となった原告が，本件条例は法人事業税につき欠損金額の繰越控除を定めた地方税法の規定を潜脱して課税するものであり，違法・無効であるなどとして，被告に対し，主位的に，原告が納付した平成１５年度分及び平成１６年度分の企業税，過少申告加算金及び延滞金に相当する金額の誤納金としての還付並びにその還付加算金の支払（請求１(1)，(2)）を，予備的に，神奈川県川崎県税事務所長が原告に対してした上記各年度分の企業税の更正及び過少申告加算金決定の取消し（請求２(1)，(2)の各ア），上記金額の過納金としての還付並びにその還付加算金の支払（請求２(1)，(2)の各イ）を，それぞれ求めた事案である。
第３
法令等の定め
法人事業税に関する規定
法人事業税は，法人の行う事業に対し，事務所又は事業所所在の道府県において，その法人に課するものである（平成１５年法律第９号による改正（平成１６年４月１日施行）前の地方税法（以下「改正前地方税法」という。）７２条１項，同改正後の地方税法７２条の２第１項）。
(1)
課税標準に関する規定
ア
改正前地方税法７２条の１２は，法人事業税の課税標準につき，電気供給業，ガス供給業，生命保険業及び損害保険業（以下，併せて「電気供給業等」という。）については各事業年度の収入金額，その他の事業については各事業年度の所得及び清算所得によるものと規定していた（なお，同条は，特定信託に係る信託業について，各特定信託の各計算期間の所得等を課税標準とするなど規定しているが，同信託業に関する部分については，以下，判断の対象としない。）。同法７２条の１４第１項は，この法人事業税の課税標準としての各事業年度の所得につき，各事業年度の益金の額から損金の額を控除した金額によるものとし，同法又は政令で特別の定めをする場合を除くほか，当該各事業年度の法人税の課税標準である所得の計算の例によって算定するものと規定していた。
ただし，改正前地方税法７２条の１９は，法人事業税の課税標準の特例を設け，電気供給業等以外の事業に対する法人事業税の課税標準については，事業の情況に応じ，所得及び清算所得によらないで，資本金額，売上金額，家屋の床面積若しくは価格，土地の地積若しくは価格，従業員数等を課税標準とし，又は所得及び清算所得とこれらの課税標準とをあわせ用いることができるものと規定していた。
イ
平成１５年法律第９号による改正後の地方税法（以下，特に「改正後地方税法」ということがある。ただし，内容は同改正の施行当時のものとする。）は，法人事業税につき付加価値割，資本割及び所得割等の区分を設けた（同法７２条，７２条の２第１項）。そして，同法７２条の１２第１号は，法人事業税の課税標準につき，電気供給業等以外の事業については，以下に掲げる法人事業税の区分に応じ，それぞれ以下に定めるものによる旨を規定する。
「イ
付加価値割
各事業年度の付加価値額
ロ
資本割
各事業年度の資本等の金額
ハ
所得割
各事業年度の所得及び清算所得」
このうち，付加価値額は，各事業年度の報酬給与額，純支払利子及び純支払賃借料の合計額と各事業年度の単年度損益との合計額によるもの（改正後地方税法７２条の１４），資本等の金額は，各事業年度終了の日における資本の金額等によるもの（同法７２条の２１第１項），所得は，各事業年度の益金の額から損金の額を控除した金額により，地方税法又は政令で特別の定めをする場合を除くほか，当該各事業年度の法人税の課税標準である所得の計算の例によって算定するもの（改正後地方税法７２条の２３第１項）とされている（なお，連結申告法人については別途規定があり，上記に準じた内容である。）。そして，資本の金額又は出資金額が１億円を超え同法７２条の２第１項１号イに該当する法人については，付加価値割額，資本割額及び所得割額の合算額によって法人事業税が課されるものとされている（同法７２条の２第１項１号イ）。
上記改正に伴い，改正前地方税法７２条の１９において設けられていた法人事業税の課税標準の特例は，資本の金額又は出資金額が１億円を超え付加価値割額，資本割額及び所得割額の合算額によって法人事業税が課される法人については，廃止された（改正後地方税法７２条の２４の４）。ウ
法人税法２２条１項は，法人税の課税標準である各事業年度の所得の金額（同法２１条）を，当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とするものと規定する。
そして，法人税法５７条１項は，確定申告書を提出する内国法人の各事業年度開始の日前７年（平成１６年法律第１４号による改正前は５年）以内に開始した事業年度において生じた欠損金額（同項の規定により当該各事業年度前の事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入されたもの及び同法８０条（欠損金の繰戻しによる還付）の規定により還付を受けるべき金額の計算の基礎となつたものを除く。）がある場合には，当該欠損金額に相当する金額は，当該各事業年度の所得の金額の計算上，損金の額に算入するもの（ただし，当該欠損金額に相当する金額が，当該欠損金額につき損金の額への算入をしないものとして計算した場合における当該各事業年度の所得の金額を超える場合は，その超える部分の金額については，この限りでない。）と規定する。この法人税法５７条１項の規定は，同項の内国法人が欠損金額の生じた事業年度について青色申告書である確定申告書を提出し，かつ，その後において連続して確定申告書を提出している場合に限り，適用される（同条１０項）。
(2)
税率に関する規定
ア
改正前地方税法７２条の２２は，法人事業税の標準税率を規定し，同条第８項は，道府県は，標準税率を超える税率で法人事業税を課する場合には，標準税率に１．１を乗じて得た率を超える税率で課することができないものと規定していた。本件条例の施行当時（平成１３年８月１日），法人事業税の標準税率は，一般の法人の場合，各事業年度の所得のうち年４００万円以下の金額の１００分の５，各事業年度の所得のうち年４００万円を超え年８００万円以下の金額の１００分の７．３並びに各事業年度の所得のうち年８００万円を超える金額及び清算所得の１００分の９．６とされていた（同法７２条の２２第１項３号，同法附則４０条１０項）。イ
改正後地方税法７２条の２４の７は，法人事業税の各区分（付加価値割，資本割及び所得割等）に応じ，それぞれ標準税率を規定し，同条第８項は，道府県は，標準税率を超える税率で法人事業税を課する場合には，標準税率に１．２を乗じて得た率を超える税率で課することができないものと規定する。改正後地方税法において，法人事業税の所得割の標準税率は，各事業年度の所得のうち年４００万円以下の金額の１００分の３．８，各事業年度の所得のうち年４００万円を超え年８００万円以下の金額の１００分の５．５並びに各事業年度の所得のうち年８００万円を超える金額及び清算所得の１００分の７．２とされた（同法７２条の２４の７第１項１号ハ，同法附則４０条１０項）。
道府県法定外普通税に関する規定
地方税法４条２項は，道府県は，普通税として，事業税その他同項各号に掲げるもの（以下，単に「法定税」ということがある。）を課するものとする（ただし，徴収に要すべき経費が徴収すべき税額に比して多額であると認められるものその他特別の事情があるものについては，この限りでない。）旨を規定する。一方，同条３項は，道府県は，同条２項各号に掲げるものを除くほか，別に税目を起こして，普通税（道府県法定外普通税。以下，単に「法定外税」ということがある。）を課することができる旨を規定する。
地方税法２５９条１項（平成１６年法律第１７号による改正前は２５９条。以下同じ。）は，道府県は，法定外税の新設又は変更をしようとする場合においては，あらかじめ，総務大臣に協議し，その同意を得なければならないものと規定する。そして，同法２６１条は，総務大臣は，同法２５９条１項の規定による協議の申出を受けた場合には，当該協議の申出に係る法定外税について次に掲げる事由のいずれかがあると認める場合を除き，これに同意しなければならないものと規定する。
（長文のため、ここでは本文の冒頭のみを掲載しています。全文はこのページの表示後に読み込まれます。原本は原本PDFをご覧ください。）
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/36897/detail5/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。