税務訴訟資料第２５９号－２３（順号１１１３６）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分取消等請求事件
国側当事者・国（麻布税務署長・国政不服審判所長）
平成２１年２月３日棄却・控訴
判決
原告Ａ株式会社
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人支配人乙
被告国
同代表者法務大臣森英介
処分行政庁麻布税務署長
渡邉修
裁決行政庁国税不服審判所長
金子順一
被告指定代理人石田真人
同沼田渉
同犖葉兼一
同田中正美
同森本利佳
同阿部方也
同栗村慶一
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１(1) 麻布税務署長が平成１９年６月２７日付けで原告に対してした、原告の平成１６年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得金額１億０９７８万８７３７円、納付すべき税額２３３３万６２００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
(2) 麻布税務署長が平成１９年６月２７日付けで原告に対してした、原告の平成１７年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得金額６８１９万０５０６円、納付すべき税額１０８５万６９００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
２ 国税不服審判所長が平成２０年３月１１日付けで原告に対してした、上記各更正処分及び各過少申告加算税賦課決定処分に対する審査請求をいずれも棄却する旨の裁決を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、原告が、原告の平成１６年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「平成１６年１２月期」という。）及び平成１７年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「平成１７年１２月期」という。）の法人税の確定申告において、法人税法（平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下「法」という。）２３条により益金の額に算入しないとされる関係法人株式等に係る受取配当等の額を算出する過程で、同条４項２号により控除すべきとされる負債利子の金額を算定する際に、配当等があった関係法人の株式等の価格のみを掲記したところ、配当等の有無にかかわらず原告が保有する全ての関係法人株式等の価格を合計した額により算定すべきであるなどとして、法人税の更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分を受けたことから、上記各処分の取消しを求めるとともに、上記各処分に対する審査請求を棄却した裁決は公正な審理に基づかないものであるとして、併せてその取消しを求めた事案である。
１ 法令等の内容
(1) 法２３条１項は、内国法人が受ける利益の配当の額（１号）その他同項各号に掲げる金額（外国法人若しくは公益法人等又は人格のない社団等から受ける１号に掲げるものを除く。以下「配当等の額」という。）のうち、関係法人株式等に係る配当等の額は、その内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入しない旨定めている。
(2) 法２３条４項は、柱書きで、同条１項の場合において、同項の内国法人が当該事業年度において支払う負債の利子があるときは、同項の規定により当該事業年度の所得の金額の計算上益金の額に算入しない金額は、次に掲げる金額の合計額とする旨定め、同項２号は、「その保有する関係法人株式等につき当該事業年度において受ける配当等の額の合計額から当該負債の利子の額のうち当該関係法人株式等に係る部分の金額として政令で定めるところにより計算した金額を控除した金額」と定めている。
(3) 法２３条５項は、同法１項及び４項に規定する関係法人株式等とは、内国法人が他の内国法人（公益法人等及び人格のない社団等を除く。）の発行済株式の総数又は出資金額（当該他の内国法人が有する自己の株式又は出資を除く。）の１００分の２５以上に相当する数又は金額の株式又は出資を有する場合として政令で定める場合における当該他の内国法人の株式又は出資（連結法人株式等を除く。）をいう旨定めている。
(4) 法人税法施行令（平成１８年政令第１２５号による改正前のもの。以下「施行令」という。）２２条２項は、法２３条４項２号に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、以下のとおりとする旨定めている。（以下、施行令２２条２項の規定による計算方法を「総資産按分法」という。）
当該事業年度及び当該事業年度の前事業年度終了
の時における法２３条４項に規定する関係法人株
式等の帳簿価額の合計額（施行令２２条２項２号）
当該事業年度において
支払う負債の利子の額
の合計額
×
当該事業年度及び当該事業年度の前事業年度の確
定した決算に基づく貸借対照表に計上されている
総資産の帳簿価額の合計額（同項１号）
２ 争いのない事実等（証拠等により容易に認められる事実については、各項末尾に証拠等を掲記した。）
(1) 原告は、平成１５年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「平成１５年１２月期」という。）、平成１６年１２月期及び平成１７年１２月期の各事業年度末において、法２３条５項に規定される関係法人株式等として、別表５記載のとおりの株式を保有していた。また、原告の平成１５年１２月期ないし平成１７年１２月期の各確定した決算に基づく貸借対照表に計上されている総資産の帳簿価格の合計額（金銭債権から控除する方法により当該貸借対照表上に計上されている貸倒引当金勘定の金額を控除する前のもの、以下「総資産帳簿価格」という。）は、別表６記載のとおりであった。（乙１の１ないし４、乙２の１、２、乙３の１、２、乙４、５）
(2) 原告は、平成１６年１２月期において、Ｂ株式会社（以下「Ｂ」という。）から４８００万円の配当を受ける一方、負債利子として１億７６２５万１０６６円を支払い、また、平成１７年１２月期において、Ｂから４８００万円の配当を受ける一方、負債利子として９７００万４６６２円を支払った。（乙４、５）
(3) 原告は、Ｂからの配当につき法２３条１項、４項２号に基づく受取配当等の益金不算入額を算出するに当たり、施行令２２条２項２号にいう「法第２３条第４項に規定する関係法人株式等」の帳簿価格を、配当のあったＢの株式の帳簿価格である３０００万円であるとした上、平成１６年１２月期及び平成１７年１２月期の各事業年度の法人税について、別表１、２記載のとおり確定申告をした。
(4) 麻布税務署長は、上記各事業年度の法人税について、上記関係法人株式等の帳簿価格として、原告の保有する全ての関係法人株式等の帳簿価格である７億０７５０万円（平成１５年１２月期末）又は６億８３００万円（平成１６年１２月期末、平成１７年１２月期末）とした上、別表１、２記載のとおり各更正処分及び各過少申告加算税賦課決定処分をした（以下それぞれ「本件各更正処分」「本件各賦課決定処分」といい、これらを併せて「本件各更正処分等」という。）。（甲２、３）
(5) 原告は、国税不服審判所長に対し、別表１、２記載のとおり審査請求をしたが、国税不服審判所長は、別表１、２記載のとおりこれをいずれも棄却する旨の裁決をした（以下「本件裁決」という。）。
(6) 被告が本訴において主張する本件各更正処分等の根拠及び適法性は、別紙記載のとおりである。
３ 争点
(1) 本件各更正処分等の適法性、すなわち「法第２３条第４項に規定する関係法人株式等」（施行令２２条２項２号）とは、当該事業年度における配当等の支払のあった関係法人株式等を指すのか、あるいは、配当等の有無にかかわらず、当該法人が保有する全ての関係法人株式等を指すのか。
(2) 本件各更正処分等は、法人税法１３０条の定める理由付記を欠く点で、違法であるか。
(3) 本件裁決は、国税不服審判所長が原告の重要な主張を取り上げず黙殺することにより公正な審理を怠った点で、違法であるか。
４ 争点に関する当事者の主張
(1) 法２３条４項に規定する関係法人株式等とは、当該事業年度における配当等の支払の有無にかかわらず、法人の保有する全ての関係法人株式等をいうのか否かについて
（被告の主張）
ア 施行令２２条２項２号にいう「法第２３条第４項に規定する関係法人株式等」とは、法２３条４項２号冒頭の「その保有する関係法人株式等」のことであるところ、その「関係法人株式等」について、法２３条５項は、内国法人が他の内国法人の発行済株式の総数又は出資金額の１００分の２５以上に相当する数又は金額の株式又は出資を有する場合として政令で定める場合における当該他の内国法人の株式又は出資をいう旨定め、これを受けた施行令２２条の２第１項１号及び同条４項は、当該株式又は出資を当該事業年度終了の日以前６か月以上引き続き有している場合と規定しており、所有する株式等の割合及び保有期間によって関係法人株式等に該当するか否かが定まるものとし、配当等の支払のあることは何ら要件としていないから、法２３条４項２号冒頭の「その保有する関係法人株式等」及び施行令２２条２項２号の「法第２３条第４項に規定する関係法人株式等」は、いずれも配当等の支払の有無にかかわらず、当該法人の保有する全ての関係法人株式等を指すものと解すべきである。
イ 施行令２２条２項の規定による総資産按分法は、昭和３３年度の税制改正により導入されたいわゆる資産按分方式、すなわち、「大蔵省令の定めるところにより、法人の当該事業年度において支払う利子の額に、その有する総資産の帳簿価額のうちに株式等の帳簿価格の割合を乗じて計算」する方法（昭和３３年政令第７０号による改正後の法人税施行規則１８条の５ただし書き）が受け継がれ現在に至ったものであるところ、資産按分方式は、配当を受けるための元本である株式等を取得するための負債の利子は、たとえ無配期間中に支払ったものであっても、その後の配当を受けるための費用であり、その事業年度の損金に算入すべきではないと考えられることから採られた措置であって、今日の企業経営、会計処理の実情に即して合理性を有するとされており、総資産按分法はこの資産按分方式の考え方を踏襲するもので合理性を有するものである。
（原告の主張）
ア 法２３条４項２号冒頭の「その保有する関係法人株式等」が、配当等の支払の有無にかかわらずその保有する全ての関係法人株式等を意味するか否かは、法文上明らかなものとはいえない。むしろ、法２３条４項は冒頭で、「第１項の場合において」と規定しているところ、法２３条１項は「関係法人株式等に係る配当等の額は益金の額に算入しない」と規定して、配当がない場合について一切触れていないのであるから、「第１項の場合」とは、関係法人株式等に配当がある場合のことであり、法２３条４項２号冒頭の「その保有する関係法人株式等」は、第１項の場合に関連して保有する関係法人株式等、すなわち配当のある関係法人株式等を指すと解するのが、文脈上自然である。
イ 法２３条の立法趣旨は、関係法人からの配当については、益金不算入とすることにより原則として二重課税を排除するが、負債利子のある場合は、立法政策上の配慮から、配当を得るために取得した元本、すなわち配当のある関係法人株式の負担すべき負債利子を、益金不算入の受取配当額から控除することにより、限定的に二重課税するというものであるところ、被告の主張はかかる立法趣旨を逸脱するものである。
ウ 配当のない株式の負債利子額と配当とは、本来、費用と収益の対応関係がないのであるから、被告の主張は、費用収益対応の原則を全く無視した筋の通らないものである。
(2) 本件各更正処分等の理由付記について
（原告の主張）
本件各更正処分等においては、更正の理由として、法人税法基本通達３－２－８の考え方が正しいものであることを前提とした上で、原告の所得金額等の計算に誤りがあると述べるのみで、原告が求めていた基本通達３－２－８の考え方自体についての法令根拠を述べておらず、課税処分手続として違法である。
（被告の主張）
本件各更正処分では、理由として、Ｃ株式会社及びＤ株式会社の株式は関係法人株式等に該当するので、これらの株式に係る帳簿価格を関係法人株式等の帳簿価格に加算して受取配当等の益金不算入額を計算したことを示し、処分行政庁の判断過程を省略することなく記載しているのであり、処分行政庁の判断の慎重、合理性の確保という点でも、不服申立ての便宜の要請からみても、更正の理由の付記に不備があるとはいえない。
(3) 本件裁決の適法性について
（原告の主張）
原告は、国税不服審判所に提出した平成１９年８月２２日付け「反論書」において、東京国税局による税務調査時に法人税基本通達３－２－８の法令に基づく根拠説明として提示された質疑事例（甲１）に関し、その法令上の根拠を明らかにするよう主張した。
また、原告は、同年１０月５日付け再反論書において、処分行政庁が意見書で引用した文献（甲８）で、配当等の額から控除すべき負債利子額の計算式において、分子は配当等の基因となる株式であることを明示しているから、配当とは関係ない株式が含まれないことが明らかであるとの主張をした。
これらはいずれも、審理上重要な事項であるにもかかわらず、国税不服審判所長は原告の主張を正面から取り上げず黙殺しており、本件裁決は公正な審理に基づかないものとして、違法である。
（被告の主張）
審査請求手続においては、当該処分の要件事実に係る事実上又は法律上の争点について、調査及び審理が的確にされていれば、審理不尽の違法があることにならないし、当該具体的事案の解決に必要な要件事実に係る事実上又は法律上の争点について裁決書において明らかにされていれば、理由不備の違法があることにはならないところ、本件裁決においては、結論に至る判断過程に審理不尽や理由の不備はない。
第３ 争点に対する判断
１ 争点(1)（法２３条４項に規定する関係法人株式等とは、当該事業年度における配当等の支払の有無にかかわらず、法人の保有する全ての関係法人株式等をいうのか否か）について
(1) 法２３条４項２号が控除対象金額として定める「当該負債の利子の額のうち当該関係法人株式等に係る部分の金額として政令で定めるところにより計算した金額」という文言中の「当該関係法人株式等」とは、文理上、同号の冒頭の「その保有する関係法人株式等」を指すことは明らかであり、また、上記の法２３条４項２号の「政令で定めるところにより」という規定を受けて施行令２２条２項２号が定める「法第２３条第４項に規定する関係法人株式等……の帳簿価格の合計額」という文言中の「関係法人株式等」とは、同様に、文理上、法２３条４項２号冒頭の「その保有する関係法人株式等」を指すこともまた明らかである。
そして、法２３条５項は、前項に規定する「関係法人株式等」とは、内国法人が他の内国法人の発行済株式の総数又は出資金額の１００分の２５以上に相当する数又は金額の株式又は出資を有する場合として政令で定める場合における当該他の内国法人の株式又は出資をいう旨定めており、また、これを受けた施行令２２条の２第１項１号及び同条４項は、当該株式又は出資を当該事業年度終了の日以前６か月以上引き続き有している場合と規定しており、これらの規定によれば、「関係法人株式等」に該当するか否かは、所有する株式等の割合及び保有期間によって定まるものとするにとどまり、「関係法人株式等」に該当するための要件として、配当等の支払のあることは何ら要件として規定していない。
そうすると、法２３条４項２号冒頭の「その保有する関係法人株式等」とは、配当等の支払の有無にかかわらず、当該法人の保有する関係法人株式等の全てをいうと解すべきであり、当該事業年度に配当等の支払のなかった関係法人株式等であっても、施行令２２条２項２号の「法第２３条第４項に規定する関係法人株式等」に該当すると解するのが、文言解釈上当然の帰結であるといわざるを得ない。
これに対し原告は、法２３条４項は冒頭で、「第１項の場合において」と規定しているところ、法２３条１項は配当がない場合について一切触れていないのであるから、法２３条４項２号冒頭の「その保有する関係法人株式等」は、第１項の場合に関連して保有する関係法人株式等、すなわち「配当等のある関係法人株式等」のみを指すと解するのが、文脈上自然であると主張する。
しかしながら、法２３条１項は、内国法人が、各事業年度において保有する関係法人株式等のうち、その一部について配当等を受け、その余について配当等を受けない場合においても適用されるものであることは明らかであるから、法２３条１項は、配当がない関係法人株式等が存する場合も当然に前提としているものと解される。むしろ、法２３条を全体としてみれば、同条１項は、益金の額に算入しない配当等の範囲と割合を規定するにとどまり、配当等の額から控除されることになる負債の利子の金額やその算出方法は、専ら同条４項及び施行令２２条２項によって規定されていることは明らかであるから、法２３条４項における「第１項の場合において」とは、文言どおり、配当等の額を益金に算入しない場合を意味するにとどまると解するのが自然であり、原告の主張するように、法２３条４項の「第１項の場合において」という文言によって、「その保有する関係法人株式等」が「配当等のあるもの」に限定されていると読むのが文脈上自然であるとはいえず、原告の上記主張は理由がない。
(2) 次に、制度の趣旨から実質的に考えてみるに、受取配当等の益金不算入に当たり負債の利子の額を控除する趣旨は、負債によって株式等を取得している場合に、その株式等から生じる配当等の額を益金に算入しないとする一方で、負債の利子の額について損金への算入を認めることとすると、法人税が課税されない収益の額に対応する費用の額が、法人税が課税される収益の額から控除されることとなって、二重課税の調整という受取配当等の益金不算入制度の趣旨を超えて、かえって租税負担の公平を害する結果となることから、配当等の額について課税所得計算から除外すると同時に、その負債の利子の額についても損金算入を認めないこととしたものであると解される。
そして、負債によって取得した株式等について、ある事業年度にたまたま配当等がされないからといって、その株式等の取得に係る負債の利子の額が、当該法人にとって、法人税が課税される収益の額に対応する費用の額になるということはあり得ないのであり、むしろそのような負債の利子は、その後も含めた配当を受けるための費用としての性質を有するというべきであるから、仮に無配の場合であっても当該事業年度の損金の額として認めないこととするのが、費用収益対応の原則にも合致するというべきである。
この点について原告は、法２３条の立法趣旨は、関係法人からの配当を益金不算入とすることにより原則として二重課税を排除するが、負債利子のある場合は、立法政策上の配慮から、配当を得るために取得した元本、すなわち配当のある関係法人株式の負担すべき負債利子を、益金不算入の受取配当額から控除することにより、限定的に二重課税するというものであるところ、被告の主張はかかる立法趣旨を逸脱するものであると主張する。
しかし、法２３条のもととなった昭和２５年法律第７２号による改正後の旧法人税法（昭和２２年法律第２８号）９条の６第１項は、「法人が各事業年度において内国法人から利益の配当又は剰余金の分配を受けた場合において……当該利益の配当又は剰余金の分配に因り受けた金額（その元本たる株式又は出資を取得するために要した負債の利子があるときは、その利子の額を控除した金額）は……益金に算入しない」と定めるに留まり、控除する負債の利子の額の計算方法について法令上具体的な規定がなく、証拠（甲１５、乙６、１３）によれば、専ら通達によって、配当等の計算期間に対応する期間のその元本たる株式等を取得するために要した負債の利子とする取扱い等がされていたが、このような取扱いは、利益の配当等から控除される利子が有配期間に対応する期間の利子に限られ、既往の無配期間中の利子が計算外に置かれている点で不備がある等の問題点が指摘されていたことが認められる。このようなことから、旧法人税法９条の６第１項は、昭和３３年法律第４０号により、控除すべき利子の額を「命令の定めるところにより計算した利子の額」とする規定に改められ、これを受けた昭和３３年政令第７０号による改正後の法人税法施行規則（昭和２２年勅令第１１１号）１８条の５の本文において、「法人が内国法人に係る株式……で当該事業年度において受ける利益の配当……の元本たるものを取得した日から当該事業年度終了の日に最も近い日において当該利益の配当等に因り受けた金額の計算の基礎となった期間の末日までの期間内に支払う……負債の利子の額の合計額…から、当該事業年度前の各事業年度において法第９条の６第１項の規定により控除された負債の利子の額の合計額を控除した金額とする」（いわゆる紐付計算方式）と規定するとともに、ただし書きで、本文の適用が困難な場合には、「大蔵省令の定めるところにより、法人の当該事業年度において支払う利子の額に、その有する総資産の帳簿価格のうちに株式等の帳簿価額の占める割合を乗じて計算した金額によるものとする」と定め、さらに昭和３３年大蔵省令第３４号による改正後の法人税法施行細則（昭和２２年大蔵省令第３０号）２条の５において、「法人の当該事業年度において支払う利子……の額……に当該法人の有する総資産の帳簿価額……のうちに内国法人……に係る株式及び出資の帳簿価額の占める割合を乗じて計算した金額」と規定した（いわゆる資産按分方式）ことから、利益の配当等の額から無配期間に対応する利子の額も控除されることが法令上明らかにされたものである。そして、証拠（乙６、７）によれば、昭和３３年当時から、資産按分方式は、制度的には一応例外規定とされているが、実際の運用上は原則的規定となることが予想されていたところ、実際に紐付計算方式により負債利子を計算することは特別の場合以外は不可能に近く、この方法によっている法人もほとんどなかったこと等から、昭和４０年の税制改正の際に、資産按分方式を簡素化した総資産按分法に一本化されたことが認められる。
以上のとおり、昭和２５年当時、配当等の金額から控除すべき負債利子の額として、無配期間に対応する期間の利子の額が含まれるか否かについて、法令上明らかでなかったところ、昭和３３年に無配期間に対応する期間の利子の額を含む趣旨であることが法令上明らかにされ、その趣旨が法２３条に承継されたというべきであって、原告の主張はかかる改正経緯を正解しない独自の見解といわざるを得ず、採用できない。
(3) このほか原告は、配当のない株式の負債利子額と配当とは、本来、費用と収益の対応関係がないから、被告の主張は費用収益対応の原則に反する旨を主張するが、前記(2)のとおり、無配期間に対応する期間の負債利子の額は、そもそも法人税が課税される収益の額に対応する費用の額とは到底いえないのであるから、これを益金不算入額からの控除額に含めず、法人税が課税される収益の額に対応する費用の額とするならばかえって費用収益対応の原則に著しく反する結果を招来することになるといわざるを得ない。
また、原告は、昭和４０年改正後、旧法人税法施行規則１８条の５の本文とただし書きといった規定がないにもかかわらず、控除される負債利子に配当のない株式に係るものを含めるのは、政令が受けた委任の範囲を超えてする解釈であって違法であるとも主張するが、既に検討したとおり、法２３条は、関係法人株式等に当たるか否かについて配当の有無を要件としていないのであるから、施行令２２条２項の「法２３条４項に規定する関係法人株式等」に配当のないものを含める解釈が法による委任の範囲を超えたものであるとはいえない。
(4) 以上のとおり、施行令２２条２項の「法２３条４項に規定する関係法人株式等」とは、当該事業年度における配当等の支払の有無にかかわらず、法人の保有する全ての関係法人株式等をいうと解するのが相当であり、争点(1)に関する被告の主張は理由がある。
２ 争点(2)（本件各更正処分等の理由付記）について
そもそも法１３０条２項が更正通知書に更正の理由を付記しなければならないと規定しているのは、更正処分庁の判断の慎重、合理性を担保してその恣意を抑制するとともに、更正の理由を相手方に知らせて不服申立ての便宜を与える趣旨に出たものというべきであり、帳簿書類の記載自体を否認することなしに更正をする場合においては、更正通知書の更正の理由が、更正の根拠を上記の更正処分庁の恣意抑制及び不服申立ての便宜という理由付記制度の趣旨目的を充足する程度に具体的に明示するものである限り、法の要求する更正理由の付記として欠けるところはないと解される（最高裁判所昭和６０年４月２３日第三小法廷判決・民集３９巻３号８５０頁参照）。
そこで検討するに、証拠（甲２、３）及び弁論の全趣旨によれば、本件各更正処分等に係る法人税額等の更正通知書及び加算税の賦課決定通知書には、更正の理由として、原告が保有しているＣ株式会社及びＤ株式会社の各株式が「関係法人株式等」に該当すること、前期末及び当期末の関係法人株式等の帳簿価額の計算上、これらの株式の帳簿価額が含まれていないのでそれぞれ加算したこと等が記載された上、関係法人株式等の正当な帳簿価額、受取配当等の益金不算入額を再計算した結果等が記載されていることが認められる。そして、前記争いのない事実等（第２の２(1)ないし(3)）記載のとおり、原告は、法２３条５項に規定される関係法人株式等として、別表５記載のとおりＢ、Ｃ株式会社及びＤ株式会社の各株式を保有していることを前提とした上で、法２３条１項、４項２号に基づく受取配当等の益金不算入額を算定するに当たって、施行令２２条２項２号の掲げる「法第２３条第４項に規定する関係法人株式等」の帳簿価額を、配当のあったＢの株式の帳簿価額のみとしたものであることが認められる。そうすると、本件各更正処分等の理由は、原告に対し、本件各更正処分等の法律上及び事実上の根拠を具体的に示したものであるということができる。
そして、本件各更正処分等の理由には、原告の主張する法人税法基本通達３－２－８の根拠は明記されていないものの、前記１で検討したとおり、施行令２２条２項の「法第２３条第４項に規定する関係法人株式等」とは、法２３条４項２号冒頭の「その保有する関係法人株式等」のことを意味し、配当等の支払のあることを要件としていないことは文理上明らかであるから、同通達はそのことを留意的に定めたものにすぎず、上記理由の記載もこのことを当然の前提としたものと解することができる。
したがって、上記理由の記載は、麻布税務署長の判断過程を省略することなしに記載したものということができ、更正行政庁の恣意抑制及び不服申立ての便宜という理由付記制度の趣旨目的を充足する程度に具体的に明示したものとして、法１３０条２項の要求する更正理由の付記として欠けるところはないというべきであり、ほかに本件各更正処分等に理由付記の不備があり違法であることを認めるに足りる証拠はない。
したがって、争点(2)に関する原告の主張は、理由がない。
３ 以上のとおりであり他に、本件各更正処分を違法とすべき事情は見出し難く、これらはいずれも適法である。
また、本件各賦課決定処分についても、本件各更正処分により新たに納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうちに、更正前の税額の計算の基礎とされていなかったことについて、国税通則法（以下「通則法」という。）６５条４項の定める正当な理由があると認められるものがあると認めるべき証拠はなく、このほか本件各賦課決定処分を違法とすべき事情は見出し難いのであって、これらもいずれも適法である。
４ 争点(3)（本件裁決の適法性）について
原告は、本件裁決に係る裁決書の理由において、原告の主張が正面から取り上げられていないことから、本件裁決が公正な審理に基づかないものである旨を主張する。
しかしながら、証拠（甲４ないし７）及び弁論の全趣旨によれば、原告の不服の理由は要するに、本訴の争点(1)における原告の主張と同様、法２３条４項に規定する関係法人株式等とは、法人の保有する全ての関係法人株式等のうち、当該事業年度における配当等の支払のあったものに限られるとの解釈を前提として、本件各更正処分等の違法をいうものであるところ、本件裁決書では、原告のＢ、Ｃ株式会社及びＤ株式会社の各株式の保有状況、配当金の受取状況、麻布税務署長の計算方法等の基礎事実を確定し、法２３条４項に規定する関係法人株式等の解釈に係る質疑事例（甲１）や財団法人Ｅ発行の「昭和４０年改正税法のすべて」を斟酌した上で、受取配当等の益金不算入の制度の趣旨及び受取配当等の額から負債の利子の額を控除する趣旨、昭和４０年度の税制改正の経緯、関係法令の規定振りから、法２３条４項に規定する関係法人株式等とは当該事業年度における配当等の支払のあったものに限られないとの解釈を示していることが認められる。そして、同証拠及び弁論の全趣旨によれば、本件裁決書は、原告の法２３条１項等の文言に基づく主張や、法人税法基本通達３－２－８及び上記質疑事例の誤りをいう主張についても、負債の利子の控除額の計算についての具体的な取扱いは施行令２２条２項で規定されていることや、同通達及び上記質疑事例の内容が相当であることを説示した上で、本件各更正処分等が適法であるとの判断が示されていることが認められる。
そうすると、本件裁決書では、原告の不服の事由に対応してその結論に到達した過程が明らかとされていて、裁決機関の判断を慎重ならしめるとともに、裁決が裁決機関の恣意に流れることのないように、その公正を保障するという裁決書の理由附記（通則法１０１条、８４条４、５項）の趣旨に欠けることはないというべきである。
このほか原告は、処分行政庁が意見書で引用した文献（甲８）の記載に基づく主張が黙殺されたなどと主張するが、同文献は課税庁の職務経験を有する税理士らが個人として執筆したものであり、その記載内容がそのまま法令の解釈に影響を与えるものではないから、それについて具体的な記載がなくとも結論に到達した過程が不明となるものではなく、裁決書の理由附記の趣旨に欠けることにならないことは明らかである。
以上のとおり、本件裁決書の理由附記に不備はないのであって、本件裁決が理由を具体的に提示せず結論のみを断定的に述べたものであるとの原告の主張は理由がないといわざるを得ず、他に本件裁決が公正な審理に基づかないものとして違法であることを認めるに足りる証拠はなく、本件裁決は適法である。
第４ 結論
以上によれば、原告の請求はいずれも理由がないから棄却することとし、訴訟費用の負担について、行政事件訴訟法７条、民事訴訟法６１条を適用して、主文のとおり判決する。東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官定塚誠
裁判官中山雅之
裁判官佐々木健二
（別紙）
１ 本件各更正処分の根拠について
被告が本訴において主張する原告の平成１６年１２月期及び平成１７年１２月期（以下、併せて「本件各事業年度」という。）の法人税に係る所得金額及び納付すべき税額の計算根拠は、それぞれ以下に述べるとおりである。
(1) 平成１６年１２月期
ア 所得金額（別表３・順号⑤）
１億２８４８万３９４２円
上記金額は、次の(ア)の金額に(イ)の金額を加算した金額である。
(ア) 申告所得金額（別表３・順号①）
１億０９７８万８７３７円
上記金額は、原告が麻布税務署長に対して平成１７年３月２８日に提出した平成１６年１２月期の確定申告書（以下「平成１６年１２月期確定申告書」という。）に記載された所得金額である。
(イ) 受取配当等の益金不算入額の過大額（別表３・順号②）
１８６９万５２０５円
上記金額は、原告が平成１６年１２月期の法人税の確定申告において受取配当等の益金不算入額として益金の額に算入しなかった金額４７１５万６８８１円と法２３条１項の規定に基づいて算出される受取配当等の益金不算入額の金額２８４６万１６７６円との差額に相当する金額であり、原告の平成１６年１２月期の法人税の所得金額の計算上、益金の額に算入すべきものである。
イ 所得金額に対する法人税額（別表３・順号⑥）
３８５４万４９００円
上記金額は、上記アの所得金額（通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。以下同じ。）に法６６条（ただし、経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律１６条１項を適用した後のもの。以下同じ。）に規定する税率を乗じて計算した金額である。
ウ 法人税額から控除される所得税額（別表３・順号⑦）
９６０万０１９８円
上記金額は、法６８条の規定により法人税額から控除される所得税額であり、原告が平成１６年１２月期確定申告書に記載した金額と同額である。
エ 納付すべき法人税額（別表３・順号⑧）
２８９４万４７００円
上記金額は、前記イの金額から上記ウの金額を差し引いた金額（通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額。以下同じ。）である。
オ 確定申告に係る法人税額（別表３・順号⑨）
２３３３万６２００円
上記金額は、原告が平成１６年１２月期確定申告書に記載した法人税額である。
カ 差引納付すべき法人税額（別表３・順号⑩）
５６０万８５００円
上記金額は、前記エの金額から上記オの金額を差し引いた金額である。
(2) 平成１７年１２月期
ア 所得金額（別表４・順号⑦）
７８１０万２９８２円
上記金額は、次の(ア)の金額に(イ)の金額を加算し、(ウ)の金額を控除した金額である。
(ア) 申告所得金額（別表４・順号①）
６８１９万０５０６円
上記金額は、原告が麻布税務署長に対して平成１８年３月２７日に提出した平成１７年１２月期の法人税の確定申告書（以下「平成１７年１２月期確定申告書」という。）に記載された所得金額である。
(イ) 受取配当等の益金不算入額の過大額（別表４・順号②）
１１７０万７１７６円
上記金額は、原告が平成１７年１２月期の法人税の確定申告において受取配当等の益金不算入額として益金の額に算入しなかった金額４７４６万２１２１円と法２３条１項の規定に基づいて算出される受取配当等の益金不算入額の金額３５７５万４９４５円との差額に相当する金額であり、原告の平成１７年１２月期の所得金額の計算上、益金の額に算入すべきものである。
(ウ) 事業税の損金算入額（別表４・順号④）
１７９万４７００円
上記金額は、平成１６年１２月期更正処分に伴い増加した所得金額に対応する事業税の認容額である。
イ 所得金額に対する法人税額（別表４・順号⑧）
２３４３万０６００円
上記金額は、上記アの所得金額に法６６条に規定する税率を乗じて計算した金額である。
ウ 法人税額から控除される所得税額（別表４・順号⑨）
９６０万００７２円
上記金額は、法６８条の規定により法人税額から控除される所得税額であり、原告が平成１７年１２月期確定申告書に記載した金額と同額である。
エ 納付すべき法人税額（別表４・順号⑩）
１３８３万０５００円
上記金額は、前記イの金額から上記ウの金額を差し引いた金額である。
オ 確定申告に係る法人説額（別表４・順号⑪）
１０８５万６９００円
上記金額は、原告が平成１７年１２月期確定申告書に記載した法人税額である。
カ 差引納付すべき法人税額（別表４・順号⑫）
２９７万３６００円
上記金額は、前記エの金額から上記オの金額を差し引いた金額である。
２ 本件各更正処分の適法性について
被告が、本訴において主張する原告の本件各事業年度における法人税に係る所得金額及び納付すべき税額は、上記１のとおりであり、これらは本件各更正処分における所得金額及び納付すべき税額と同額であるから、本件各更正処分はいずれも適法である。
３ 本件各賦課決定処分の根拠及び適法性について
(1) 本件各賦課決定処分の根拠
上記２で述べたとおり、本件各更正処分はいずれも適法であるところ、本件各更正処分により新たに納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうち、本件各更正処分前における税額の計算の基礎とされなかったことについて、通則法６５条４項の「正当な理由」があるとは認められない。
したがって、本件各事業年度の法人税に係る過少申告加算税の額は、次のとおりとなる。
ア 平成１６年１２月期
平成１６年１２月期更正処分により増加した差引納付すべき税額５６０万円（通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。以下同じ。）に１００分の１０（通則法６５条１項の割合）を乗じて算出した金額５６万円となる。
イ 平成１７年１２月期
平成１７年１２月期更正処分により増加した差引納付すべき税額２９７万円に１００分の１０（通則法６５条１項の割合）を乗じて算出した金額２９万７０００円となる。
(2) 本件各賦課決定処分の適法性
被告が、本訴において主張する原告の本件各事業年度における過少申告加算税の額は、上記(1)のとおりであり、これらは本件各賦課決定処分における過少申告加算税の額と同額であるから、本件各賦課決定処分はいずれも適法である。
別表１平成１６年１２月期の法人税に係る課税の経緯
（単位：円）
区分
年月日
所得金額
納付すべき
法人税額
過少申告加算税
確定申告
平成17年3月28日
109,788,737
23,336,200
－
更正処分等
平成19年6月27日
128,483,942
28,944,700
560,000
審査請求
平成19年7月3日
109,788,737
23,336,200
－
審査裁決
平成20年3月11日
棄却
別表２平成１７年１２月期の法人税に係る課税の経緯
（単位：円）
区分
年月日
所得金額
納付すべき
法人税額
過少申告加算税
確定申告
平成18年3月27日
68,190,506
10,856,900
－
更正処分等
平成19年6月27日
78,102,982
13,830,500
297,000
審査請求
平成19年7月3日
68,190,506
10,856,900
－
審査裁決
平成20年3月11日
棄却
別表３平成１６年１２月期の所得金額及び納付すべき税額の内訳
（単位：円）
項目
順号
金額
Ａ申告所得金額
①
109,788,737
所得金額に加算すべき金額
受取配当等の益金不算入額の過大額
②
18,695,205
Ｂ加算金額の合計（②）
③
18,695,205
Ｃ増加所得金額（③）
④
18,695,205
Ｄ所得金額（①＋④）
⑤
128,483,942
Ｅ所得金額に対する法人税額
⑥
38,544,900
Ｆ法人税額から控除される所得税額
⑦
9,600,198
Ｇ納付すべき法人税額（⑥－⑦）
⑧
28,944,700
Ｈ確定申告に係る法人税額
⑨
23,336,200
Ｉ差引納付すべき法人税額（⑧－⑨）
⑩
5,608,500
別表４平成１７年１２月期の所得金額及び納付すべき税額の内訳
（単位：円）
項目
順号
金額
Ａ申告所得金額
①
68,190,506
所得金額に加算すべき金額
受取配当等の益金不算入額の過大額
②
11,707,176
Ｂ加算金額の合計（②）
③
11,707,176
所得金額から減算すべき金額事業税の損金算入額
④
1,794,700
Ｃ減算金額の合計（④）
⑤
1,794,700
Ｄ増加所得金額（③－⑤）
⑥
9,912,476
Ｅ所得金額（①＋⑥）
⑦
78,102,982
Ｆ所得金額に対する法人税額
⑧
23,430,600
Ｇ法人税額から控除される所得税額
⑨
9,600,072
Ｈ納付すべき法人税額（⑧－⑨）
⑩
13,830,500
Ｉ確定申告に係る法人税額
⑪
10,856,900
Ｊ差引納付すづき法人税額（⑩－⑪）
⑫
2,973,600
別表５関係法人株式等の内訳
（単位：円）
平成15年12月期
平成16年12月期
平成17年12月期
銘柄
帳簿価額
保有
割合
帳簿価額
保有
割合
帳簿価額
保有
割合
Ｄ株式会社
653,000,000
34%
653,000,000
34%
653,000,000
34%
Ｂ株式会社
30,000,000
60%
30,000,000
60%
30,000,000
60%
Ｃ株式会社
24,500,000
49%
－－－－
合計
707,500,000
－
683,000,000
－
683,000,000
－
別表６総資産帳簿価額
（単位：円）
平成15年12月期
平成16年12月期
平成17年12月期
(1)総資産の帳簿価額（(2)の貸倒
引当金額控除後の金額)
7,640,146,875
4,902,638,347
5,918,139,067
(2)貸倒引当金額
314,286
304,762
295,238
(3)総資産帳簿価額（(1)＋(2)）
7,640,461,161
4,902,943,109
5,918,434,305
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/37962/detail5/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2009/pdf/11136.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。