主文
原判決を破棄し，第１審判決を取り消す。
本件を千葉地方裁判所に差し戻す。
理由
上告代理人清水勉，同佃克彦，同関口正人の上告受理申立て理由第２について
１ 本件は，上告人が「フローズン・スモークド・ツナ・フィレ」（冷凍スモークマグロ切り身）100kg（以下「本件食品」という。）を輸入しようとしたところ，被上告人から食品衛生法（平成15年法律第55号による改正前のもの。以下「法」という。）６条に違反する旨の通知（以下「本件通知」という。）を受けたため，その取消しを求める事案である。
２ 原審の確定した事実関係の概要は，次のとおりである。
（１） 上告人は，平成13年５月14日，本件食品を販売の用に供するため，被上告人に対し，法16条及び食品衛生法施行規則15条（平成13年厚生労働省令第207号による改正前のもの。以下同じ。）の規定に基づく輸入届出書を提出した。
（２） 被上告人は，同月16日，上告人に対し，本件食品について，一酸化炭素の含有状態の検査を受けるよう指導した。上告人は，財団法人Aに検査を依頼した上，同月18日，被上告人に対し，本件食品に付き１kg当たり2370μg（マイクログラム）の一酸化炭素を検出したとの同検査センターの輸入食品等試験成績証明書を提出した。
（３） 被上告人は，同月24日，上告人に対し，上記検査結果によれば本件食品は法６条の規定に違反するから積戻し又は廃棄されたいとの記載のある食品衛生法違反通知書をもって本件通知を行った。
（４） 「輸入食品等監視指導業務基準」（平成８年１月29日付け衛検第26号厚生省生活衛生局長通知）によれば，法16条所定の食品，添加物，器具又は容器包装（以下「食品等」という。）の輸入の届出（以下「輸入届出」という。）に際し，検疫所長が法に違反すると判断した食品等については，食品衛生法違反通知書により原則として積戻し若しくは廃棄又は食用外への転用をするよう当該食品等を輸入しようとする者を指導することとされている。そして，通関実務においては，検疫所長が食品等を輸入しようとする者に対し食品衛生法違反通知書を交付した場合（以下，同通知書による通知を「食品衛生法違反通知」という。）には，同人に対し食品等輸入届出済証（食品等輸入届出書の副本に「輸入食品等届出済」の印を押なつしたもの。検査命令による検査に合格したものにあっては，更に「合格」の印を押なつしたもの。）を交付せず，税関長に対し食品衛生法違反物件通知書を交付して，当該食品等について輸入許可を与えないよう求め，これを受けて税関では，関税法基本通達（昭和47年３月１日付け蔵関第100号）に基づき上記の食品等輸入届出済証等の添付がない輸入申告書は受理しない取扱いが行われている。
３ 原審は，次のように判断して，本件訴えを不適法として却下した第１審判決を是認した。
（１） 関税法70条２項は，他の法令の規定により輸入に関して検査又は条件の具備を必要とする貨物につき，その検査の完了又は条件の具備の最終的な判断権限を税関長に付与しており，税関長からその確認を受けられない貨物は，同条３項の規定により輸入が許可されない。そして，法６条で輸入を禁止されている添加物並びにこれを含む製剤及び食品に該当しないことは，関税法70条２項の「検査の完了又は条件の具備」に当たり，その最終的な判断権限は税関長に属する。
（２） 検疫所長が行う，食品衛生法違反通知は，法令に根拠を置くものではなく，食品等を輸入しようとする者のとるべき措置を事実上指導するものにすぎず，税関長を法的に拘束するものではない。また，検疫所長の発行する食品等輸入届出済証は，税関長が関税法70条２項の規定による確認を行う場合の立証手段の一つであるにすぎない。
（３） したがって，本件通知は，本件食品につき輸入許可が与えられないという法的効果を有するものではなく，取消訴訟の対象である行政処分に当たらず，その取消しを求める本件訴えは不適法である。
４ しかしながら，原審の上記判断は是認することができない。その理由は，次のとおりである。
（１） 法は，飲食に起因する衛生上の危害の発生を防止することなどを目的とし，この目的を達成するために，厚生労働大臣に対し，食品等に関し，基準及び規格の設定，販売等の禁止，検査命令及び廃棄命令の発令等についての権限を付与している（法４条の２，７条，10条，15条，平成14年法律第104号による改正前の食品衛生法22条等）。このように，法は厚生労働大臣に対して食品等の安全を確保する責任と権限を付与しているところ，法16条は，販売の用に供し，又は営業上使用する食品等を輸入しようとする者は，厚生労働省令の定めるところにより，その都度厚生労働大臣に輸入届出をしなければならないと規定しているのであるから，同条は，厚生労働大臣に対し輸入届出に係る食品等が法に違反するかどうかを認定判断する権限を付与していると解される。そうであるとすれば，法16条は，厚生労働大臣が，輸入届出をした者に対し，その認定判断の結果を告知し，これに応答すべきことを定めていると解するのが相当である。
（２） ところで，食品衛生法施行規則15条は，法16条の輸入届出は所轄の検疫所長に対して輸入届出書を提出して行うべきことを規定しているが，検疫所において実施する法に基づく輸入食品等監視指導業務の取扱基準を定めた前記輸入食品等監視指導業務基準によると，検疫所長は，食品等を輸入しようとする者に対し，当該食品等が，法の規定に適合すると判断したときは食品等輸入届出済証を交付し，これに違反すると判断したときは食品衛生法違反通知書を交付することとされている。このような食品等輸入届出済証の交付は厚生労働大臣の委任を受けて検疫所長が行う当該食品等が法に違反しない旨の応答であり，食品衛生法違反通知書の交付はこれに違反する旨の応答であって，これらは，前記（１）の法16条が定める輸入届出をした者に対する応答が具体化されたものであると解される。
（３） 一方，関税法70条２項は，「他の法令の規定により輸出又は輸入に関して検査又は条件の具備を必要とする貨物については，第67条（輸出又は輸入の許可）の検査その他輸出申告又は輸入申告に係る税関の審査の際，当該法令の規定による検査の完了又は条件の具備を税関に証明し，その確認を受けなければならない。」と規定しているところ，ここにいう「当該法令の規定による検査の完了又は条件の具備」は，食品等の輸入に関していえば，法16条の規定による輸入届出を行い，法の規定に違反しないとの厚生労働大臣の認定判断を受けて，輸入届出の手続を完了したことを指すと解され，税関に対して同条の輸入届出の手続が完了したことを証明し，その確認を受けなければ，関税法70条３項の規定により，当該食品等の輸入は許可されないものと解される。関税法基本通達70−３−１が，関税法70条２項の規定の適用に関し，法６条等の規定については，「第16条の規定により厚生労働省，食品衛生監視員が交付する「食品等輸入届出書」の届出済証」により，関税法70条２項に規定する「検査の完了又は条件の具備」を証明させるとし，関税法基本通達67−３−６，67−１−９が，輸入申告書に食品等輸入届出済証等の証明書類の添付がないときは，輸入申告書の受理を行わず，申告者に返却すると規定しているのも，上記解釈と同じ趣旨を明らかにしたものである。
（４） そうすると，【判示事項】食品衛生法違反通知書による本件通知は，法16条に根拠を置くものであり，厚生労働大臣の委任を受けた被上告人が，上告人に対し，本件食品について，法６条の規定に違反すると認定し，したがって輸入届出の手続が完了したことを証する食品等輸入届出済証が交付しないと決定したことを通知する趣旨のものということができる。そして，本件通知により，上告人は，本件食品について，関税法70条２項の「検査の完了は条件の具備」を税関に証明し，その確認を受けることができなくなり，その結果，同条３項により輸入の許可も受けられなくなるのであり，上記関税法基本通達に基づく通関実務の下で，輸入申告書を提出しても受理されずに返却されることとなるのである。
（５） したがって，本件通知は，上記のような法的効力を有するものであって，取消訴訟の対象となると解するのが相当である。
論旨は理由がある。
５ 以上述べたところと異なる見解に立って本件訴えを不適法であるとした原審の判断には，判決に影響を及ぼすことが明らかな法令の違反があり，原判決は破棄を免れない。そして，第１審判決を取り消し，本案について審理させるため，本件を第１審に差し戻すべきである。
よって，裁判官横尾和子の反対意見があるほか，裁判官全員一致の意見で，主文のとおり判決する。
裁判官横尾和子の反対意見は，次のとおりである。
私は，本件通知は抗告訴訟の対象となる行政処分に当たるものではないと考える。その理由は，次のとおりである。
関税法67条は，貨物を輸入しようとする者は税関長の許可を受けなければならないと規定し，輸入許可の権限を税関長に付与しているが，他の法令に輸入に関する規制がある場合には，その規制の内容に応じて同法70条１項又は同条２項の要件を満たさなければ，同条３項により輸入許可を得ることができないものとされている。そして，同条１項は，他の法令の規定により輸出又は輸入に関して許可，承認等を必要とする貨物については，輸出申告又は輸入申告の際，当該許可，承認等を受けている旨を税関に証明しなければならないと規定しているのに対し，同条２項は，他の法令の規定により輸出又は輸入に関して検査又は条件の具備を必要とする貨物については，当該法令の規定による検査の完了又は条件の具備を税関に証明し，その確認を受けなければならないと規定している。このような同法の規定に照らせば，同項は，同条１項とは異なり，他の行政機関の許可，承認等を介することなく，他の法令による検査の完了又は条件の具備を確認する権限を税関長に付与した規定であることは明らかである。
法は，６条において一定の添加物並びにこれを含む製剤及び食品（以下「添加物含有食品等」という。）の輸入を禁止しているが，16条に基づく輸入の届出に対し行政庁が個別の許可，承認等によりその輸入禁止を解除するという仕組みを何ら規定していない。これは，法６条にいう添加物含有食品等に該当するか否かは科学的に定まるものであって，権限を有する行政庁の認定判断を介することなく，科学的な検査をもって明らかとなる事項であるからである。法16条は，食品等を輸入しようとする者に厚生労働大臣に対する届出を義務付けているが，同条が厚生労働大臣に対し，申請に基づいて法６条の違反の有無を認定判断してその結果を示して応答する義務を課しているものと解することは，その文言に照らし困難である。したがって，同条の規定する添加物含有食品等に該当しないことは，関税法70条２項の「検査の完了又は条件の具備」に当たるものと解するのが相当である。
「輸入食品等監視指導業務基準」や「関税法基本通達」によれば，食品衛生法違反通知書を交付され，食品等輸入届出済証が交付されない場合には，食品等の輸入申告書は受理されない取扱いとなっているが，このような実務の取扱いは，行政機関相互間の協力関係を定めたものにすぎず，これを根拠に関税法70条２項が証明の手段を検疫所長による食品等輸入届出済証に限定しているものと解することはできない。この場合，食品等を輸入しようとする者は，科学的な検査結果等をもって当該食品等が法６条の規定する添加物含有食品等に該当しないことを証明し，税関長の確認を得ることができるのであり，食品等輸入届出済証の添付がないことをもって輸入申告を不受理とされた場合には，これを税関長の拒否処分として争えば足りるというべきである。
多数意見は，本件通知が法16条に根拠を有し，関税法70条２項及び３項により，輸入許可を得られないという法的効果が生じるというが，上記のとおりそのように解することはできない。本件通知は，法令の委任によるものではない「輸入食品等監視指導業務基準」に基づくものであるにすぎず，国民の権利義務に直接影響するものではないと解すべきである。
よって，本件通知は，抗告訴訟の対象となる行政処分に当たるものではなく，本件訴えを不適法とした原審の判断は，正当であり，本件上告は棄却すべきものであると考える。
（裁判官甲斐中辰夫横尾和子泉徳治島田仁郎）
上告受理申立理由書
申立人代理人清水勉
佃克彦
関口正人
第１ 総説
１ 申立人は，本件違反通知が発せられたことによって，本件食品が輸入できない状態となっている。申立人のように食品の輸入販売を業とする者にとって，商品である食品の輸入が禁ぜられることは，経済活動に対する重大な制限である。したがって，かかる措置に対しては，不服申立の手段を認めることが不可欠である。
２ しかるに，原判決は，まず本件違反通知は行政事件訴訟法３条２項にいう「処分その他公権力の行使にあたる行為」に該当しないとして，本件違反通知に対する取消訴訟は不適法であるとした。
しかし，これまでに，食品衛生法違反通知の処分性に関する判例はなく，むしろ，税関長の輸入禁制品該当通知の処分性を肯定した２判例の趣旨にてらせば，その処分性は肯定されるべきである。
３ さらに原判決は，本件違反通知の取消訴訟に代わる不服申立手段として，[1]税関長による輸入申告の不受理を拒否処分とみてその取消訴訟を提起すること，及び[2]申告を受けながらこれを放置した税関長を被告として行政事件訴訟法37条に規定する不作為の違法確認の訴えを提起することができると判断した。
しかし，上記[1]及び[2]のいずれの訴えも，これまで判例上認められておらず，この点につき御庁の判断が示されなければ，仮に申立人が本件違反通知の取消訴訟に代えて上記[1]または[2]の訴えを提起しても，やはり不適法な訴えとして却下されるおそれがある。
４ 以上の諸点は，いずれも，食品衛生法違反を理由として食品の輸入を禁ぜられた者が，いかなる手段により不服申立をなし得るか，という問題に関するものであり，「法令の解釈に関する重要な事項」に該当する。
よって，申立人は，上記諸点につき御庁の判断を求めるものである。
以下，詳述する。
第２ 本件違反通知の処分性
１ 本件違反通知が行政事件訴訟法３条２項にいう「処分その他公権力の行使にあたる行為」に該当するか否かについては，税関長による輸入禁制品該当通知の処分性に関するリーディングケースである御庁昭和59年12月12日大法廷判決（民集第38巻12号1038頁。以下，「最高裁59年判決」という。）が参考とされるべきである。
最高裁59年判決は，「かかる通関手続の実際において，前記の税関長の通知は，実質的な拒否処分（不許可処分）として機能しているものということができ，右の通知及び異議の申出に対する決定（関税定率法21条５項）は，抗告訴訟の対象となる行政庁の処分及び決定に当たると解するのが相当である」と判示する。すなわち，「通関手続の実際において」「実質的な拒否処分（不許可処分）として機能している」かどうかが，処分性の存否のメルクマールとされているのである。その上で，最高裁59年判決は輸入禁制品該当通知の処分性を肯定しているのであるが，かかる判断の前提となる「通関手続の実際」として指摘しているのは，以下の諸点である。
[1] 「当該貨物につき輸入禁止という法的効果が是認される前提として，それが輸入禁制品に該当するとの税関長の認定判断が先行することは自明の理であって，そこに一般人の判断作用とは異なる行政権の発動が存する」こと。
[2] 「当該貨物が輸入禁制品に該当するか否かの認定判断につき，これを実際的見地からみるのに，・・・同条一項三号所定の『公安又は風俗を害すべき』物品に該当するか否かの判断はそれ自体一種の価値判断たるを免れないものであって，本件で問題とされる「風俗」に限っていっても，『風俗を害すべき』物品がいかなるものであるかは，もとより解釈の余地がないほど明白であるとはいえず，三号物件に該当すると認めるのに相当の理由があると税関長の判断も必ずしも常に是認されうるものということはできない」こと。
[3] 「およそ輸入手続において，貨物の輸入申告に対し許可が与えられない場合にも，不許可処分がされることはない（３号物件につき税関長の通知がされた場合にも，その後改めて不許可処分がされることはない）というのが確立した実務の取扱いであることは，被上告人らの自陳するところであつて，これによると，同法21条３項の通知は，当該物件につき輸入が許されないとする税関長の意見が初めて公にされるもので，しかも以後不許可処分がされることはなく，その意味において輸入申告に対する行政庁側の最終的な拒否の態度を表明するものとみて妨げないものというべきである」こと。
[4] 「現実に同項の通知がされたときは，郵便物以外の貨物については，輸入申告者において，当該貨物を適法に保税地域から引き取ることができ」ないこと（関税法73条１，２項，109条１項参照）。
最高裁59年判決が指摘する以上の４点は，以下に述べるとおり，本件違反通知にも当てはまるということができる。
２ 上記第[1]点について
食品衛生法６条違反を理由に食品の輸入が禁ぜられる場合も，当該貨物につき輸入禁止という法的効果が肯認される前提として，それが食品衛生法６条に違反するとの検疫所長の認定判断が先行すること，そしてそこに一般人の判断作用とは異なる行政権の発動が存するとみるべきであることは，輸入禁制品の場合と何ら異ならない。
３ 上記第[2]点について
当該食品が食品衛生法６条に違反するか否かの認定判断も，一種の価値判断であることを免れないものであり，食品衛生法６条にいう「添加物」の「使用」の意義が解釈の余地がないほど明白でないことは，本件の本案にかかる争点からしても明らかである。
４ 上記第[3]点について
上記第[3]点のうち，「およそ輸入手続において，貨物の輸入申告に対し許可が与えられない場合にも，不許可処分がされることはない（３号物件につき税関長の通知がされた場合にも，その後改めて不許可処分がされることはない）というのが確立した実務の取扱いであること」については，本件においても相手方から何ら反論はなされておらず，現在の実務においても同様の取扱いがなされていることは明らかである。
また，食品衛生法違反通知が，当該食品が食品衛生法６条に違反し，輸入が許されないとする検疫所長の意見を初めて公にするものであることも，輸入禁制品該当通知の場合と同様である。
そして，上記のとおり，食品衛生法違反を理由とする輸入禁止の場合も，不許可処分がなされることはないから，検疫所長による食品衛生法違反通知が「輸入申告に対する行政庁側の最終的な拒否の態度を表明するもの」であることについても，輸入禁制品該当通知の場合と異なるところがない。
原判決は，輸入申告に係る食品が食品衛生法に適合するか否かを確認するための最終的な権限が税関長に付与されているとするが，しかし，仮にそのように解して，かつ税関長が食品衛生法に違反するとの判断をしたとしても，およそ税関長が輸入不許可処分をなすことはないし，その上，輸入禁制品の場合のように税関長による通知がなされることもないから，食品の輸入手続の実際において，検疫所長による食品衛生法違反通知が「輸入申告に対する行政庁側の最終的な拒否の態度を表明するもの」であることに変わりはない。
５ 上記第[4]点について
さらに，現実に食品衛生法違反通知が発せられたときは，輸入申告者において，当該貨物を適法に保税地域から引き取ることができないことも，輸入禁制品該当通知の場合と全く同様である。
すなわち，検疫所長が当該食品が食品衛生法６条に違反すると判断し，食品衛生法違反通知が発せられた場合には，輸入者は食品等輸入届出書の届出済証（輸入者が提出した「食品等輸入届出書」に「輸入食品等届出済」の印が押捺されたもの。以下，「届出済証」という。）の交付を受けることができない。しかるに，関税基本通達70−３−１（〈証拠略〉）は，輸入申告に係る税関の審査に際しては，届出済証によって「同項（関税法70条２項）に規定する検査の完了又は条件の具備を証明させることとする」としているから，届出済証の交付を受けられない場合には，同項の証明をすることができない。また，食品衛生法違反通知が発せられる場合，当該食品が保税中のときは，「食品衛生法違反物件通知書」が所轄の税関長等に通知されるが（〈証拠略〉），関税個別通達「食品衛生法に係る食品等の通関の際における取扱い等について」（昭和57年９月29日蔵関第1055号，改正平成３年８月30日蔵関第726号，「関税関係個別通達集」〔平成12年度版〕150頁）は，「標記のことについては，別紙『食品等輸入監視の協力方依頼について』（昭和57年９月25日環食第203号）に従って処理すること」とし，別紙において「検査を行ったもののうち，法違反と判定された物件については，様式第22号，第22号の２，第22号の３又は第22号の４の『食品衛生法違反物件通知書』に様式第10号の『食品衛生法違反物件通知書の送付について』を添えて通知するので，関税法第70条３項に基づいて輸入の許可は与えられないようにされたい」とされている。したがって，食品衛生法違反通知が発せられたときには決して輸入許可がなされることはなく，輸入申告者において当該貨物を適法に保税地域から引き取ることができないというのが「通関手続の実際」なのである。
この点，原判決は，「法律上は，輸入者が，届出済証を提出することなしに，食品衛生法６条の規定する食品等に該当しないことを独自の手段によって証明して輸入しようとした場合，税関長が，輸入者の提出した資料等も考慮して，食品衛生法６条に規定する食品等に該当しないと判断すれば，輸入が許可される筋合であり，食品衛生法違反の通知によって検疫所長の判断が示されたからといって，直ちに輸入の許可が得られないという法的効果が発生するわけではない」とした一審判決を是認し，上記関税基本通達については，「定型的な証明手段を記載したもの」と判示する。
しかし，上記関税基本通達が定める証明手段はどうみても限定列挙であり，輸入者独自の手段による証明を許す趣旨と読むことは不可能である。百歩譲って，仮に，理論上は輸入者独自の証明手段によって税関長が輸入を許可する可能性を完全に否定しきれないとしても，そのことをもって食品衛生法違反通知の処分性を否定するのは，「通関手続の実際」に則して輸入禁制品該当通知の処分性を判断した最高裁59年判決の趣旨に明らかに反する。
６ 通知の法令上の根拠について
原判決は，食品衛生法違反通知が，法令に直接の根拠を有するものではなく，「輸入食品等監視業務基準」（平成８年１月29日付け衛検第26号生活衛生局長通知）に根拠を置くものであることを，処分性を否定する理由の一つとして挙げている（８頁）。
しかし，そもそも，当該食品が食品衛生法に違反するとの検疫所長の判断がなされることによって，輸入者は当該食品を輸入することができなくなるという重大な不利益を負うことからすれば，法令によって食品衛生法違反通知のごとき制度が定められるべきなのであって，それが定められていないのは，むしろ法令の不備というべきである。そのような法令の不備のために，不利益を受ける輸入者の不服申立が制限を受けることになるのは，本末転倒であり，不合理である。
上述のとおり，通関手続の実際においては，検疫所長が食品衛生法違反と判断すれば，届出済証が交付されないために関税法70条２項の定める「確認」を受けることができず，また食品衛生法違反物件通知書が通知されることによって税関長は輸入を許可しないから，輸入者は当該食品を輸入することはできなくなる。にもかかわらず，食品衛生法違反通知の制度がなければ，輸入者は，輸入できない理由も明確にされないまま，輸入許可処分も不許可処分も発せられることなく，ただ当該食品の輸入手続を進めることができない状態で放置されるというきわめて不安定な地位に置かれることになるのである。輸入者をそのような地位に置くことは，行政手続においても適正手続を保障した憲法31条の趣旨に反する。
憲法31条並びに申請に対する拒否処分をなす場合の理由の提示を求めた行政手続法８条および不利益処分をする場合の理由の提示を求めた同法14条の趣旨から，検疫所長は，輸入届出のなされた食品について，食品衛生法に違反し輸入が認められないものと判断した場合には，その旨を輸入者に通知すべき義務を負うというべきである。
したがって，食品衛生法違反通知を発することは法律上の要請であり，同通知が「輸入食品等監視業務基準」に根拠を置く形式となっていることは，その処分性を否定する理由とはなり得ない。
７ 食品衛生法違反事由に関する判断権限の所在
原判決は，関税法70条２項の「確認」の文言を根拠として，税関長が，他の法令の規定による制限を含め，輸出入の条件が具備されているか否かの最終的な判断権限を有しているとし，したがって食品衛生法違反通知のような検疫所長の判断は，輸入を許可するかどうかについての税関長の判断を法的に拘束する関係にないことをもって，食品衛生法違反通知の処分性を否定する一根拠とした一審判決の判断（一審判決６頁）を肯認している（原判決９頁）。
しかし，法形式上の判断権限の所在を根拠に処分性を否定する原判決の考え方は，「通関手続の実際」において当該通知が有する効果を基準として輸入禁制品該当通知の処分性を認めた最高裁59年判決の趣旨に真っ向から反するものであり，失当である。
また，以下に述べるとおり，税関長が食品衛生法違反事由に関する最終的な判断権限を有するとの解釈自体も，誤りである。
（１） 原判決は，上記解釈の条文上の根拠を，関税法70条２項の「確認」の文言に求めている。
しかし，「確認」の語は，単なる事実の存否等を確かめることを指すものと解する方が自然であり，そこに実質的な判断権限を読み込むことは無理がある。
（２） 実質的にみても，税関長は，食品衛生法違反事由の存否を判断するために必要な設備も人員も有しないから，判断権限を与えるには全く不適格である。
（３） そのため，上述のとおり，実際の運用においても，検疫所長から届出済証が交付されなければ税関長の「確認」は受けられず，また検疫所長から「食品衛生法違反物件通知書」が通知されれば税関長は輸入を許可しないものとされており，税関長は実質的判断を何ら行っていない。
（４） 仮に，税関長が食品衛生法違反事由に関する判断権限を有し，検疫所長と異なる判断が許されるとすれば，食品衛生の確保に関する実務に重大な混乱をもたらすおそれがある。
検疫所長の判断よりも，食品衛生法違反事由の存否を判断するために必要な設備も人員も有しない税関長の判断が優先されるとすれば，それ自体，適切な食品衛生行政の執行に対する重大な障害となる。たとえば，食品衛生法違反するとの厚生労働大臣の判断により，国内での製造，販売等が禁止されていた食品で，したがって検疫所長が食品衛生法違反通知を発した食品について，税関長が食品衛生法違反はないと判断して輸入を許可した場合には，何ら専門的判断能力を有しない税関長の「最終的な判断」が優先される結果，以後その食品の国内での製造・販売も可能となってしまうという不合理な事態を生じることになる。
そのような事態を避けるため，国内では厚生労働大臣の判断により規制が可能であると解するとすれば，輸入者に混乱を損害を与えることは必至である。
（５） さらに，関税法70条２項にいう「他の法令」のうち，食品衛生法以外の法令をみると，税関長の「確認」が求められている事項はいずれもその評価を必要としない外形的・客観的事実のみであり，「他の法令」にかかる輸出入の要件の存否に関する実質的判断を税関長に求めるものはない。
すなわち，別表１〈略〉は「関税法規精解」（〈証拠略〉）において関税法70条２項の「確認」を必要とする法令として例示されている法令について，その関係条文と「確認」の対象をまとめたものであり，別表２〈略〉は関税基本通達70−３−１（〈証拠略〉）において関税法70条２項に規定する法令として列挙されているものについて同様にまとめたものであるが，両表記載の法令の中には，輸出入の要件の存否そのものの実質的判断を税関長に求めるものは全く存在しないのである。
（６） 以上見たところから明らかなように，他法令にかかる主務省庁の行政執行の適正を確保しようとするならば，他法令に定められた輸出入の要件の存否等の実質的判断は，当該事項について専門的判断能力を有する主務省庁が行う必要があるのであり，実際に食品衛生法以外の法令では，そのような法構造となっているのである。
してみれば，食品衛生法上，輸入食品の食品衛生法違反事由についての判断権限の所在を明確に規定していないのは，食品衛生法の立法上の不備とみるべきであり，そのようなたった一つの不備な個別法とのきわめて形式的な法文上の整合性を保つだけのために，輸入通関手続の基本法たる関税法について現実にそぐわない解釈を採用するのは，明らかに誤りである。
第３ 不服申立手段の存否
１ 前述のとおり，輸入申告に対して税関長が輸入不許可処分をなすことはないから，食品衛生法違反通知が発せられた場合，輸入者は，同通知以外何らの処分もなされず，かといって輸入通関手続を進めることもできないという状態に置かれる。輸入者がこのような輸入禁止状態を争うためには，輸入者に対してなされた行政庁側の唯一の行為である食品衛生法違反通知の適法性を争うほかに方法がない。この点からも，食品衛生法違反通知の処分性を認めるべきである。
輸入禁制品該当通知の処分性を認めたもう一つの判例である最高裁昭和54年12月25日第三小法廷判決（民集第33巻７号753頁。以下，「最高裁54年判決」という。）も，「もし税関長の通知の処分性を否定するとすれば，同条１項３号に該当する貨物を輸入しようとする者は，結局，行政訴訟を提起する道をすべてふさがれることになる」ことが，処分性を認めた実質的理由であると解されており（宍戸達徳・昭和54年最高裁判所判例解説〔〈証拠略〉〕408頁），最高裁59年判決においても同様の考慮がなされているものと考えられる。
しかるに，原判決は，食品衛生法違反通知の取消訴訟に代わる不服申立手段として，[1]税関長による輸入申告の不受理を拒否処分とみてその取消訴訟を提起すること，[2]申告を受けながらこれを放置した税関長を被告として行政事件訴訟法37条に規定する不作為の違法確認の訴えを提起すること，および[3]厚生労働大臣による食品衛生法22条に基づく処分に対する取消訴訟を提起すること，を挙げている。しかし，これらはいずれも上記のような状態に置かれた輸入者の不服申立手段とはなり得ないものである。
２ 輸入申告の不受理を拒否処分とみた取消訴訟
控訴人準備書面（１）においても述べたとおり，不受理を拒否処分とみてその取消訴訟を提起することについては明文の根拠規定がなく，むしろ平成５年に成立した行政手続法は意識的にかかる規定を置かず，不受理については申請に対する行政庁の審査応答義務の不履行の問題として不作為の違法確認訴訟をもって対処すべきという立場をとっているとの解釈が一般である。したがって，不受理を拒否処分として取消訴訟を提起することはできず，本件において不服申立手段が保障されているか否かは，上記[2]の税関長を被告として不作為の違法確認の訴えを提起することができるか否かにかかる。
もっとも，行政手続法上も，申請の形式的要件の不備を理由に拒否処分をなすことは認められているから，申請を受け付けないという事実状態をもって，上記のような意味での拒否処分とみなし，その取消訴訟を提起するということは，考えられないではない。しかし，仮にそのような取消訴訟を行っても，審理の対象となるのは当該申請の形式的要件の存否にとどまる。したがって，仮に輸入者が勝訴しても，税関長に課されるのは申請に対する実質的審査を行う義務だけであり，輸入許可処分をなすことが命ぜられるわけではない。そうすると，結局，食品衛生法違反通知が発せられている場合には輸入許可処分はなされないから，輸入者の救済手段とはなり得ない。
したがって，税関長の輸入申告の不受理を拒否処分とみた取消訴訟は，不服申立手段とはなり得ない。
３ 不作為の違法確認の訴え
不作為の違法確認訴訟を提起するためには，原告に申請権があること，言い換えれば，行政庁に，申請に対する拒否処分をなす応答義務ああることが必要である。この点，実務上，輸入許可については，法の定める要件を充足している限り義務的になすべき羈束的行政行為と解されている（〈証拠略〉）が，輸入要件が欠缺している場合には，税関長に輸入不許可処分を発する義務はないものと解されている（〈証拠略〉）。
このようないわば片面的な羈束的行政行為について不作為の違法確認訴訟が認められるのかどうかについては，先例がない。しかし，最高裁54年判決の多数意見が，税関長に輸入不許可処分をなす義務を認め，もし税関長が輸入申告に対する許否の応答をしないときは，輸入申告をした者より税関長の不作為の違法確認を求める等の方法により司法的救済を求めることができる，として税関長の輸入禁制品該当通知の処分性を否定した横井裁判官の反対意見を排斥していることからすれば，税関長の不作為の違法確認訴訟はこれを否定するのが判例の趣旨と解される。
４ 食品衛生法22条に基づく処分に対する取消訴訟
食品衛生法22条に基づく廃棄命令等は，同法16条に基づく食品の輸入届出に対する応答的行政処分として位置づけられているわけではないから，輸入届出のなされた食品について，厚生労働大臣が同法６条に違反すると判断した場合でも，厚生労働大臣は廃棄命令等を発する義務を負うものではない。したがって，厚生労働大臣が廃棄命令等を発しないとの対応を採った場合には，結局，輸入者は食品衛生法22条に基づく処分に対する取消訴訟を提起することはできない。
特に，食品衛生法違反通知が発せられている場合には，上述のとおり税関長が当該食品の輸入を許可することは考えられず，厚生労働大臣としては，あえて廃棄命令等を発しなくても当該食品の国内流通防止という目的を達せられるのであるから，廃棄命令等が発せられるという事態は通常想定し得ないというべきである。実際，本件において，原告は，本件通知に示された積戻し等の指示に従うことなく本件食品を保税地域に留め置き，本件訴訟を提起して本件食品が食品衛生法６条に規定する食品等に該当しない旨を主張することによって，本件食品を輸入する旨の意思をきわめて強固に示しているにもかかわらず，厚生労働大臣は法22条に基づく廃棄命令等を発していない。
もし本件のように違反通知の出た事例で廃棄命令等の発出があり得るとすれば，輸入者が，一旦積戻した後にいわゆる密輸を行ったり，不許可輸入という違法行為に加担することになることを恐れる保税倉庫の倉主の抵抗を排除して強引に保税地域外に搬出する，などの尋常ならざる方法を採った場合しか考えられない。本来自ら正しい法を執行し，国民に対しても法の遵守を求めるべき行政機関が，上記のような違法行為に出れば法的に争うことができるではないかなどと国民にけしかけることはきわめて不当である。また，密輸等を強行すれば訴訟で争うことができるようになるかもしれないが，そのようなことをすれば，食品輸入業者としての社会的信用は失墜し，食品衛生法違反業者として摘発されたことが報道されるだけで経営上の致命傷となりかねないから，実際上上記のような強硬手段にでることは不可能である。さらにいえば，仮に上記のような行為を行うことができたとしても，廃棄命令等が発せられることが保障されるわけではないから，訴訟によって争いうることが保障されているとは言えず，やはり不十分というほかない。
この点，税関長の輸入禁制品該当通知が発せられた場合も，被通知者が自己の危険において輸入を強行することは不可能ではなく，それに対してなされる税関長の告発によって開始される刑事訴訟において当該貨物の輸入禁制品該当性を争う余地がある点で，本件通知の場合と類似する。そして，かかる訴訟の道があることをもって通知の処分性を否定する説が存在した点も本件同様であり，まさに最高裁54年判決の原審はこの説を採用して処分性を否定した。しかし，最高裁54年判決は，「税関長において関税法138条ないし140条の規定によつて通告及び告発の措置を採つたとしても，これにつき刑事手続が必ず開始されるとは断定し得ず，ひいて当該貨物が輸入禁制品に該当するかどうかが右刑事手続において確定されるという保障はないのであるから，このことをもって原審の判示するように関税定率法による通知等の処分性を否定する一根拠とすることもできない。」として，行われることが確実でない手続では救済手段として不十分であるとの考え方を採用し，刑事訴訟で争うことが可能であることを理由として通知の処分性を否定する説を明確に否定したのである。
したがって，食品衛生法22条に基づく廃棄命令等の取消訴訟は救済手段として不十分であり，かかる訴訟の余地があることをもって本件通知の処分性を否定するのは判例の趣旨に反し許されない。
以上
別表１〈略〉
別表２〈略〉
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/52393/detail2/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。
出典：「訟務重要判例集データベース」（法務省）（https://shoumudatabasep.moj.go.jp/hanreiSearch/HanreiSearch）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。訟務月報51巻6号1611頁。