東京地判　平成21年9月17日

非上場株式で気配相場のないもののうち，売買実例がなく，その公開の途上になく，かつ，当該株式を発行する法人と事業の種類，規模，収益の状況等において類似する法人がないものに係る売買に関する収益，寄附金等の額につき，連結納税基本通達（平成１５年２月２８日付け課法２−３，課審４−７国税庁長官通達（平成１７年１２月２６日付け課法２−１４ほかによる改正前），以下「連基通」という。）８−１−２３(4)及び８−１−２４並びに法人税基本通達（昭和４４年５月１日付け直審（法）２５国税庁長官通達（平成１７年１２月２６日付け課法２−１４ほかによる改正前，平成１２年課法２−７による改正後），以下「法基通」という。）９−１−１３(4)及び９−１−１４に基づき算定して，税務署長がした法人税の更正処分につき，?連基通８−１−２４及び法基通９−１−１４の定める法人につき法人税法３３条２項の規定を適用して評価損を計上すべく事業年度終了の時における当該株式の価額の評価を行う場面においては，法人税の課税対象となる法人が評価の対象となる会社の所有する財産を直接所有し，支配している場合を想定してこれとの均衡を図る必要があるとは考えられず，相続税及び贈与税の課税価格計算の基礎となる財産の評価に関する基本的な取扱いを定めた財産評価基本通達（昭和３９年４月２５日付け直資５６，直審(資)１７国税庁長官通達（平成１８年１０月２７日付け課評２−２７ほかによる改正前），以下「評基通」という。）１８５が，１株当たりの純資産価額の算定に当たり，評価差額（課税時期における相続税評価額による総資産価額からこの総資産価額の計算の基とした各資産の帳簿価額の合計額を控除した額）に対する法人税額等相当額を控除するものとした趣旨が妥当しないこと，?連基通８−１−２３(4)及び法基通９−１−１３(4)が一般的，抽象的な評価方法を定めているにとどまるため，連基通８−１−２４及び法基通９−１−１４は，これを具体化する等の観点から，一定の条件を付した上で評基通１８５を採用していると解されることからすると，その採用に当たっても，連基通８−１−２３(4)及び法基通９−１−１３(4)の定める内容と性質上相容れない事項については除外するのが合理的であると考えられるところ，前記各通達の当該各(4)の定めにおける「１株当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額」を算定する際に，一律に法人税額等相当額を控除することは，前記各通達の当該各(4)の定める内容と性質上相容れないものといわざるを得ないことに照らすと，連基通８−１−２４(3)及び法基通９−１−１４(3)が，事業年度終了の時における当該株式の価額の評価に関して，評基通１８５の定める１株当たりの純資産価額の計算に当たり，評基通１８６−２により計算した評価差額に対する法人税額等に相当する金額を控除しないとの条件を付したことには合理性があるとした上，連基通８−１−２３(4)及び８−１−２４並びに法基通９−１−１３(4)及び９−１−１４の定めは，法人の収益，寄附金等の額を算定する前提として株式の価額を評価する場合においても合理性を有するものとして妥当するというべきであるとして，前記更正処分を適法とした事例