主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は，原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
川崎南税務署長が株式会社ａ（本件訴訟の承継前の原告。以下「旧ａ」という。）に対して平成２０年６月２４日付けでした，同社の平成１７年４月１日から平成１８年３月３１日までの連結事業年度の法人税の更正処分のうち連結所得の金額２８億０４７９万４０１３円及び納付すべき税額６億４８８１万２１００円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定処分をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要
本件は，旧ａが，平成１７年４月１日から平成１８年３月３１日までの連結事業年度（以下「本件連結事業年度」という。）の法人税について，平成１７年４月１日を合併期日として吸収合併をしたｂ株式会社（以下「ｂ」という。）の本件連結事業年度開始の日前７年以内に開始した各事業年度において生じた欠損金額を法人税法（ただし，平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下同じ。）８１条の９第２項に規定する連結欠損金額とみなされる金額として連結所得の金額の計算において損金の額に算入したのに対し，川崎南税務署長がその算入を否認して更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分をしたことから，旧ａが同各処分の取消しを求めた事案である。
原告は，平成２１年３月１日，旧ａを吸収合併し，本件訴訟上の旧ａの地位を承継した。
１ 関係する主な法令の定め
(1) いわゆる単体納税制度における繰越欠損金
ア 法人税法５７条１項は，確定申告書を提出する内国法人の各事業年度開始の日前７年以内に開始した事業年度において生じた欠損金額がある場合には，当該欠損金額に相当する金額は，当該各事業年度の所得の金額の計算上，当該欠損金額を控除する前の所得の額を限度として，損金の額に算入する旨を定める。
イ 法人税法５７条２項は，適格合併（２条１２号の８）等が行われた場合において，当該適格合併等に係る被合併法人等の当該適格合併等の日前７年以内に開始した各事業年度（以下「前７年内事業年度」という。）において生じた欠損金額（当該被合併法人等が当該欠損金額（５７条５項又は９項の規定によりないものとされたものを除く。）の生じた前７年内事業年度について青色申告書である確定申告書を提出していること等の要件を満たしているもの及び同条１項による繰越控除の対象とされていないものに限る。以下「未処理欠損金額」という。）があるときは，当該適格合併等に係る合併法人等の当該適格合併等の日の属する事業年度以後の各事業年度における同項の規定の適用については，当該前７年内事業年度において生じた未処理欠損金額は，それぞれ当該未処理欠損金額の生じた前７年内事業年度開始の日の属する当該合併法人等の各事業年度において生じた欠損金額とみなす旨を定める。
ウ 法人税法５７条９項２号は，連結子法人（(2)イ参照）である５７条１項の内国法人が最初連結親法人事業年度において当該内国法人を被合併法人とする合併を行った場合の当該合併の日の前日の属する事業年度における同項の適用については，当該最初連結親法人事業年度開始の日に行う合併であるとき等を除き，当該事業年度前の各事業年度において生じた欠損金額は，ないものとする旨を定める。
(2) 連結納税制度における損金の額の計算等
ア 法人税法４条の２は，内国法人及び当該内国法人との間に当該内国法人による完全支配関係（自己株式等を除く発行済株式等の全部を直接又は間接に保有する関係として政令で定める関係）がある他の内国法人のすべてが当該内国法人を納税義務者として法人税を納めることにつき国税庁長官の承認を受けた場合には，これらの法人は，当該内国法人を納税義務者として法人税を納めるものとする旨を定める。
イ 法人税法２条は，連結親法人とは，４条の２の承認を受けた同条に規定する内国法人をいう旨（１２号の７の２）を，連結子法人とは，同承認を受けた４条の２に規定する他の内国法人をいう旨（１２号の７の３）を，連結法人とは，連結親法人又は当該連結親法人との間に連結完全支配関係（１２号の７の５）がある連結子法人をいう旨（１２号の７の４）を，連結欠損金額とは，各連結事業年度の連結所得の金額の計算上当該連結事業年度の損金の額が当該連結事業年度の益金の額を超える場合におけるその超える部分の金額をいう旨（１９号の２）をそれぞれ定め，１５条の２第１項は，連結事業年度とは，連結法人に係る連結親法人の事業年度（連結親法人事業年度）開始の日からその終了の日までの期間とする旨を定める。
ウ 法人税法８１条の３第１項は，連結法人の連結事業年度の期間を各事業年度の所得の金額の計算上の事業年度として当該事業年度の所得の金額を計算するものとした場合の個別益金額又は個別損金額（同法３７条の規定その他政令で定める規定を適用しないで計算した場合に損金の額となる金額に限る。）は，別段の定めがあるものを除き，当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上，益金の額又は損金の額に算入する旨を定め，法人税法施行令（ただし，平成１８年政令第１２５号による改正前のもの。以下同じ。）１５５条は，法人税法８１条の３第１項に基づき個別損金額を計算する場合において適用しない規定として，同法５７条等を定める。
エ 法人税法８１条の９第２項は，同条１項の連結親法人又は連結子法人が次に掲げる場合等に該当するときは，その該当することとなった日の属する連結事業年度以後の各連結事業年度における同項の規定の適用については，次に掲げる欠損金額等は，当該欠損金額等が生じた連結事業年度として政令で定める連結事業年度において生じた連結欠損金額とみなす旨（以下，同項の規定により連結欠損金額とみなされる欠損金額を，「みなし連結欠損金額」という。）を定める。
(ア) 最初連結親法人事業年度（各連結事業年度の連結所得に対する法人税を課される最初の連結親法人事業年度）開始の日前７年以内に開始した当該連結親法人の各事業年度において生じた５７条１項に規定する欠損金額（同条２項又は６項の規定により欠損金額とみなされたものを含み，同条５項又は９項の規定によりないものとされたものを除く。(イ)において同じ。）等がある場合には，当該欠損金額等（１号）
(イ) 最初連結親法人事業年度開始の日の５年前の日から当該開始の日までの間に行われた株式移転に係る完全子会社であった連結子法人（その発行済株式の全部が当該株式移転により設立された完全親会社であった当該連結親法人によって当該株式移転の日から当該開始の日まで継続して保有されているものに限るものとし，政令で定めるものを除く。）に，当該開始の日前７年以内に開始した当該連結子法人の各事業年度において生じた５７条１項に規定する欠損金額等がある場合には，当該欠損金額等（２号）
オ 法人税法施行令１５５条の１９第５項は，法人税法８１条の９第２項２号（前記エ(イ)）に規定する政令で定める連結子法人について，同号の株式移転の直前に，当該株式移転に係る完全子会社となる法人と他の法人との間に当該他の法人が当該完全子会社となる法人の発行済株式（当該完全子会社となる法人が有する自己株式を除く。）の総数の１００分の５０を超える数の株式を直接又は間接に保有する関係があった場合の当該完全子会社となる法人とする旨を定める。
争いのない事実等（各項の末尾に記載した証拠により容易に認められる事実又は弁論の全趣旨により認められる事実を含む。）
(1) 旧ａに関連する株式移転，合併等の経過
ア ｂは，昭和２１年５月１０日に設立された株式会社である。平成１４年５月１３日の時点において，外国法人であるｃは，ｂの発行済株式総数からｂが保有する自己株式数を除いた２２２４万３７７４株（以下「ｂの発行済株式総数」という。）のうち，１１１２万６６４０株（保有割合５０．０２パーセント）を保有していた。（甲３，弁論の全趣旨）
イ 株式会社ｄ（以下「ｄ」という。）は，平成元年３月１６日に設立された株式会社である。（甲２）
ウ 旧ａは，平成１４年５月１４日，ｂとｄとが共同して株式移転（以下「本件株式移転」という。）により設立した株式会社（内国法人）であり，旧ａは，同日から継続的に，上記の株式移転に係る完全子会社となったｂ及びｄの各発行済株式の全部を保有していた。（甲１）
エ ｄは，平成１５年１１月５日，株式会社ｅ（以下「ｅ」という。）を新設分割により設立した。旧ａは，同日から継続的に，ｅの発行済株式の全部を保有していた。（乙１，弁論の全趣旨）
オ 旧ａは，平成１７年２月９日，ｂ，ｄ及びｅとの間で，同年４月１日を合併期日として，旧ａを合併法人，ｂ，ｄ及びｅを被合併法人とする吸収合併（法人税法２条１２号の８に規定する適格合併）をする旨の契約（以下「本件合併契約」という。）を締結し，同月４日までに，上記合併（以下「本件合併」という。）の登記がされた。（甲２，３，７，乙１）
カ 旧ａは，平成１７年２月９日付けで作成した分割計画に基づき，同年４月１日付けで，株式会社ｆ（以下「ｆ」という。）及び株式会社ｇ（以下「ｇ」という。）を新設分割により設立した。旧ａは，同日時点において，ｆ及びｇの発行済株式の全部を保有していた。（弁論の全趣旨）
(2) 更正処分等に至る経緯
ア 旧ａとそれによる完全支配関係にあるｂ，ｄ及びｅ，株式会社ｈ（以下「ｈ」という。）及び株式会社ｉ（以下「ｉ」という。）は，平成１６年９月２８日付けで，法人税法４条の３第１項の規定により，相模原税務署長を経由して国税庁長官に対し，同法４条の２の規定に基づき，連結親法人となる旧ａの平成１７年４月１日から平成１８年３月３１日までの事業年度を最初の連結事業年度（本件連結事業年度）とし，旧ａを納税義務者として法人税を納めることにつき承認を求める旨の申請（以下「本件連結納税承認申請」という。）をした。（甲８の１）
イ 国税庁長官は，平成１７年２月２５日付けで，旧ａに対し，本件連結納税承認申請について承認（以下「本件連結承認」という。）をした旨を通知した。（甲８の２）
ウ 旧ａは，平成１７年６月１日，相模原税務署長に対し，本件合併に伴い同年４月１日付けで連結子法人である(1)オ記載の被合併法人３社が旧ａとの間に連結完全支配関係を有しなくなった旨を記載した書面を提出した。（乙５）
エ 旧ａは，(1)カ記載の新設分割に関し，平成１７年６月１日，相模原税務署長に対し，同年４月１日付けで旧ａがｆ及びｇとの間に完全支配関係を有することとなった旨を記載した書面を提出した。（乙６）
オ 旧ａは，申告期限の延長の特例に基づく申告期限内の平成１８年７月２８日，相模原税務署長に対し，本件連結事業年度（平成１７年４月１日から平成１８年３月３１日まで）の法人税について連結確定申告書（以下「本件連結確定申告書」という。）を提出して連結確定申告をした。本件連結確定申告書においては，最初連結親法人事業年度である本件連結事業年度開始の日前７年以内に開始したｂの後記の各事業年度において生じた法人税法５７条１項に規定する欠損金額の合計額３８億９３２８万２１０７円（以下「本件青色欠損金額」という。）について，旧ａの同法８１条の９第２項に規定するみなし連結欠損金額として本件連結事業年度の法人税に係る連結所得の金額の計算において損金の額に算入した上，連結所得の金額を２８億０４７９万４０１３円，納付すべき法人税額を６億４８８１万２１００円と申告していた。（甲４の１及び２，甲９，弁論の全趣旨）
（ｂの本件青色欠損金額の内訳）
① 平成１４年１月１日から同年９月３０日までの事業年度
青色欠損金額６億３０４３万４８４０円
② 平成１４年１０月１日から平成１５年３月３１日までの事業年度青色欠損金額１億９８４８万１８７７円
③ 平成１５年４月１日から平成１６年３月３１日までの事業年度青色欠損金額９億０４３２万４１７１円
④ 平成１６年４月１日から平成１７年３月３１日までの事業年度青色欠損金額２１億６００４万１２１９円
合計（本件青色欠損金額）３８億９３２８万２１０７円
ただし，④の事業年度については，平成２０年６月２４日付けで，青色欠損金額を２１億８３２１万５４８１円とし，これに伴って他の事業年度の分を含めた本件青色欠損金額を３９億１６４５万６３６９円とする再更正処分がされている。
カ 川崎南税務署長は，本件連結事業年度の法人税について，本件青色欠損金額をみなし連結欠損金額として本件連結事業年度の連結所得の金額の計算において損金の額に算入したことを否認し，平成２０年６月２４日付けで，旧ａに対し，別表のとおり，更正処分（以下「本件更正処分」という。）をするととともに，過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件賦課決定処分」という。）をした。
本件更正処分等における更正の理由は，本件株式移転の直前において，ｂは，その発行済株式総数の５０パーセント超の株式をｃに保有されていたので，法人税法施行令１５５条の１９第５項に規定する法人に該当するため，法人税法８１条の９第２項２号の規定における連結子法人から除かれており，ｂの本件青色欠損金額は，みなし連結欠損金額に当たらず，損金の額に算入することができないというものであった。（甲５）
(3) 本件更正処分等の後の事情
ア 旧ａは，本件更正処分等を不服として，平成２０年７月２３日付けで，国税不服審判所長に対し，審査請求をした。（甲６の１及び２）
イ 旧ａは，平成２０年１２月１日，本件訴えを提起した。
ウ 原告（旧商号は「株式会社ｊ」という。）は，平成２１年３月１日，商号を「株式会社ａ」に変更した上，原告を合併法人，旧ａを被合併法人とする吸収合併をし，旧ａは，解散した。（弁論の全趣旨）
本件各更正処分の根拠等
被告の本件更正処分等の根拠及び適法性に関する主張は，別紙「本件更正処分等の根拠及び適法性」に記載のとおりである。本件青色欠損金額をみなし連結欠損金額として本件連結事業年度の連結所得の金額の計算において損金の額に算入したことを否認したことを除いて，納付すべき税額の計算の基礎となる金額及び計算方法に争いはない。
争点及び争点に関する当事者の主張
本件の争点は，ｂの本件青色欠損金額について，法人税法８１条の９第２項号又は２号の規定によりみなし連結欠損金額として本件連結事業年度の連結所得の金額の計算において損金の額に算入することができるか否かである。具体的には，①本件青色欠損金額は，法人税法８１条の９第２項１号の規定により旧ａのみなし連結欠損金額に当たるといえるか否か（争点１），②法人税法施行令１５５条の１９第５項が法人税法８１条の９第２項２号の委任の範囲を逸脱したものである否か（争点２）である。
(1) 争点１（本件青色欠損金額は，法人税法８１条の９第２項１号の規定により旧ａのみなし連結欠損金額に当たるといえるか否か）について（被告の主張）
ア 連結欠損金額は，各連結事業年度の連結所得の金額の計算上，当該連結事業年度の損金の額が当該連結事業年度の益金の額を超える場合におけるその超える部分の金額をいい，各連結事業年度において発生するものであるから，最初連結親法人事業年度開始前に発生した単体納税における欠損金額については，一定限度で連結欠損金額とみなされるものを除き，原則として，連結納税の下で繰越控除することは認められていない。法人税法８１条の９第２項１号の規定により連結欠損金額とみなされる欠損金額は，最初連結親法人事業年度開始の日「前」７年以内に開始した当該連結親法人の各事業年度において生じた欠損金額でなければならず，税法上「前」は基準点となる日時を含まず，それよりも前を意味する用語である。同号の規定によりｂの本件青色欠損金額が旧ａの連結欠損金額とみなされるためには，本件青色欠損金額が最初連結親法人事業年度開始の日（平成１７年４月１日）前に開始した事業年度において行われた適格合併等を理由に，同法５７条２項の規定により連結親法人である旧ａの欠損金額とみなされている必要がある。本件合併は，最初連結親法人事業年度である本件連結事業年度開始の日に行われたものであり，本件連結事業年度開始の日前に開始した事業年度において旧ａの欠損金額とみなされていなかったのであるから，ｂの本件青色欠損金額は，同法８１条の９第２項１号の規定により旧ａの連結欠損金額とみなすことはできない。
イ 原告は，法人税法１４条２号の規定を根拠として，本件合併の効力の方が本件連結承認の効力よりも先に発生したとして，同法５７条２項，８１条の９第２項１号の規定により，ｂの本件青色欠損金額は，旧ａの連結欠損金額とみなされると主張する。しかしながら，同法１４条２号は，法人が事業年度の中途において合併により解散した場合の事業年度について，「その事業年度開始の日から合併の日の前日までの期間」をその法人の事業年度とみなす旨規定しているにすぎず，合併の効力発生の時期を規定したものではない。本件合併に適用される平成１９年課法２－３による改正前の法基通１－２－３及び連基通１－４－３において，法人税法上の「合併の日」とは，実質的な効力発生の日である「合併契約において合併期日として定めた日」をいうものとされており，本件合併の日は，本件合併契約において合併期日として定められた平成１７年４月１日である。そして，同法５７条９項２号本文は，「連結子法人」が「最初連結親法人事業年度」において当該法人を被合併法人とする合併を行った場合の規定であるところ，同規定によれば，最初連結親法人事業年度開始の日に合併が行われた場合も同条項が適用されるものとした上で，被合併法人を「連結子法人」としているのであるから，同号は，最初連結親法人事業年度開始の日に合併が行われた場合には，連結納税の承認の効力の方が合併の効力よりも先に発生することを前提としており，被合併法人は連結子法人となり，連結子法人として吸収合併されるというべきである。法人税法施行令１５５条の１９第３項も，このことを前提している。
また，原告は，法人税法５７条９項２号イの規定により，最初連結親法人事業年度開始の日に行う合併については同号が適用されず，合併の日の前日に属する事業年度前に生じた欠損金額がないものとされないことから，子会社に欠損金額が存続し，合併により親法人に承継されて親法人の欠損金額とみなされ，同法８１条の９第２項１号の規定により，連結欠損金額にみなされると主張する。しかしながら，原告の主張は，合併の効力の方が連結納税の承認の効力よりも優先して発生することを前提とするものであり，前提において失当である。同法５７条９項２号は，連結子法人が合併により解散をしたことに基因して単体納税を行う場合など，連結納税の承認の効力が生じた後に単体納税を行うこととなる場合において，連結納税の承認の効力発生前の単体納税における欠損金額を切り捨てるための規定であり，同項２号イもそのことを前提とする規定であるから，連結納税の承認の効力発生前に合併の効力が発生する場合について定めたものではない。
（原告の主張）
ア 法人税法８１条の９第２項第１号は，「最初連結親法人事業年度開始の日前７年以内に開始した当該連結親法人の各事業年度において生じた欠損金額」を連結欠損金額とみなすと規定しているにとどまり，同号を適用するためには，最初連結親法人事業年度開始の日前に適格合併が行われ，連結親法人の欠損金額とみなされていなければらないと解釈すべき根拠はない。そして，同法５７条２項は，適格合併等が行われた場合には，被合併法人の当該適格合併の日前７年以内に開始した各事業年度において生じた欠損金額は，当該合併法人の各事業年度において生じた欠損金額とみなすこととしている以上，同項により最初連結事業年度開始の日前に開始した連結親法人の当該事業年度において生じた欠損金額とみなされることになる欠損金額についても，上記の同法８１条の９第２項第１号のみなし欠損金額に含まれるというべきである。このように，本件青色欠損金額は，同法５７条２項の規定により，本件連結事業年度開始の日前７年以内に開始した旧ａの欠損金額とみなされるのであるから，同法８１条の９第２項１号の規定により旧ａのみなし連結欠損金額に当たり，本件連結事業年度の連結所得の金額の計算において損金の額に算入することができるというべきである。
イ 連結親法人となる法人と連結子法人となる会社とが合併する合併期日と同日付けで連結納税の承認の効力が発生する場合について，それらの先後関係ないし優先関係を直接定めた規定はないのであるから，相互に矛盾のない限り，納税者に不利にならず，納税者に予測可能な解釈をすべきである。そして，法人税法１４条２号が被合併法人の事業年度について合併の日の前日までの期間と規定しているとおり，吸収合併の税務上の効力は，合併の日の前日の終了をもって発生するのであるから，被合併法人が合併の日の前日の終了をもって消滅して，合併により移転する権利義務から生じる所得の帰属が合併の日の零時をもって変更し，同時に欠損金額の承継等の効果が発生するのであり，合併の日に合併法人と被合併法人が併存するということはない。他方で，連結納税の承認の効力発生の日に合併により解散消滅する連結子法人となるべき法人については，連結納税の承認の効力発生の日にそれが取り消されたものとみなされ（同法４条の５第２項４号），連結事業年度が生じないこと（同法１５条の２第１項３号）からすれば，連結納税の効果は一切生じなかったというべきである。適格合併である本件合併の日は平成１７年４月１日であり，ｂは，その前日の同年３月３１日の終了をもって消滅し，ｂの繰越欠損金額が同法５７条２項の規定により旧ａ（単体）の欠損金額とみなされる。したがって，本件青色欠損金額は，最初連結親法人事業年度開始の日（同年４月１日）前７年以内に開始した旧ａの事業年度において生じた同法５７条１項の欠損金額（同条２項により欠損金額とみなされたものを含む。）に該当し，同法８１条の９第２項１号の規定により旧ａのみなし連結欠損金額に当たるというべきである。
ウ 法人税法５７条９項２号は，連結子法人である内国法人が最初連結親法人事業年度において当該連結子法人を被合併法人とする合併を行った場合について，当該連結子法人の合併の日の前日の属する事業年度における欠損金額を計算するに当たり，当該事業年度前に生じた欠損金額を，ないものと取り扱う旨を明らかにする一方で，同号のイは，最初連結親法人事業年度開始の日に合併が行われた場合については，被合併法人である子会社において最初連結親法人事業年度開始の日より前に生じた欠損金額を，ないものとされる欠損金額から除外しており，その欠損金額は子会社に存続することとなる。その子会社に存続する欠損金額は，当該子会社が適格合併により親会社に合併されたときは，同条２項の規定により，親会社の欠損金額とみなされる。したがって，最初連結親法人事業年度開始の日に合併が行われた場合，被合併法人の欠損金額は，同法８１条の９第２項１号の規定によりみなし連結欠損金額に当たるというべきである。
(2) 争点２（法人税法施行令１５５条の１９第５項が法人税法８１条の９第２項２号の委任の範囲を逸脱したものである否か）について
（被告の主張）
ア 法人税法８１条の９第２項２号イは，最初連結親法人事業年度開始の日の５年前の日から当該開始の日までの間に，株式移転により新会社が設立され，同新会社が連結親法人，株式を移転した会社が連結子法人となった場合には，連結子法人に最初連結親法人事業年度開始の日前７年以内に開始した当該連結子法人の各事業年度において生じた同法５７条１項に規定する欠損金額がある場合には，当該欠損金額を連結欠損金額とみなしている。もっとも，同号の規定の委任を受けた法人税法施行令１５５条の１９第５項は，法人税法８１条の９第２項２号の規定により連結欠損金額とみなされるためには，株式移転の直前に，当該株式移転に係る完全子会社となる法人と他の法人との間に当該他の法人が当該完全子会社となる法人の発行済株式（当該完全子会社となる法人が有する自己株式を除く。）の総数の１００分の５０を超える数の株式を直接又は間接に保有する関係にないことを必要としている。
ｂは，本件株式移転に係る完全子会社であった連結子法人であるものの，本件株式移転の直前である平成１４年５月１３日において，他の法人であるｃがｂの発行済株式総数の５０．０２パーセントを保有していたのであるから，法人税法施行令１５５条の１９第５項の規定により，ｂは，法人税法８１条の９第２項２号の対象となる連結子法人には該当せず，本件青色欠損金額については同号の適用を受けず，みなし連結欠損金額に該当しないこととなる。
イ 法人税法８１条の９第２項２号が，原告の主張するように，株式移転を利用して本来控除することができない子会社の欠損金額を連結欠損金額と扱うという租税回避を防止する必要があり，また，連結納税制度の整合性を保つ必要があることから，一定の連結子法人を政令の規定により排除しようとしていることは否定するものではない。しかしながら，同号が株式移転に係る完全子会社の欠損金額を連結欠損金額とみなしているのは，その完全子会社までを含めて親会社とみるのが実態に合うと考えられることによるものであり，同号は，その適用を受けるべき連結子法人について，株式移転に係る完全親会社たる連結親法人と当該株式移転に係る完全子会社たる連結子法人の完全支配関係が継続的に維持され，連結グループ間の一体性を保持することを要求していることからすれば，連結子法人が連結親法人の実像を有していない場合には，その適用を排除すべきであり，同条項の政令委任の趣旨には，その点も含まれているというべきである。そして，法人税法施行令１５５条の１９第５項は，株式移転直前に，他の法人に発行済株式総数の５０パーセントを超える数の株式を直接又は間接に保有されている法人は，そもそも当該他の法人の子会社であり，親会社の実像を有しておらず，このようなものまでも対象法人とするのは適当ではないことから，法人税法８１条の９第２項２号の適用を排除したものであり，同号の委任の趣旨に沿うものである。このことは，株式移転直前に当該株式移転に係る完全子会社の株式を保有する他の法人が外国法人であっても異なることはない。したがって，法人税法施行令１５５条の１９第５項は，法人税法８１条の９第２項２号の委任の範囲を超えるものではない。（原告の主張）
ア 法人税法８１条の９第２項２号の趣旨は，株式移転に係る完全子会社であった連結子法人について，株式移転の日以後，株式移転に係る完全親会社であった連結親法人との間の完全支配関係が一度も崩れていなければ，当該株式移転に係る完全親会社と同視することができることから，当該連結子法人の欠損金額を連結納税の下で損金として算入することを認めることにある。同号は，政令で定める法人については，同号の適用を除外しているところ，その趣旨は，親子関係にある複数の会社が共同株式移転により新設の株式移転に係る完全親会社の子会社になった場合にも，連結親法人となる当該株式移転に係る完全親会社の連結欠損金額として当該子会社の繰越欠損金額を算入することができるとすると，親会社が子会社を単純に完全子会社化して連結納税を開始した場合には，連結親法人の連結欠損金額として子会社の繰越欠損金額を算入することが制限されていること（同法８１条の９第２項及び第３項）との整合性を保つことができないことから，上記のような共同株式移転を用いた制限規定の潜脱や不整合の防止を図ることにあり，この目的を達成するのに必要な範囲で，除外すべき一定の連結子法人を具体的に定めることを政令に委任したものである。他の法人（Ａ）に発行済株式総数の５０パーセントを超える株式を保有されている法人（Ｓ）が完全支配関係を有する子会社（Ｔ）とともに連結納税の承認を受けた場合には，連結親法人となるＳの繰越欠損金額は，法人税法８１条の９第２項１号の規定により，連結欠損金額とみなされ，損金として算入することができる。これに対し，Ｓが株式移転によりＸを設立しただけで，ＳとＸとは同視し得る状態であるにもかかわらず，同項の規定により，ＡがＳの発行済株式総数の５０パーセントを超える株式を保有されていることのみをもって，Ｓの繰越欠損金額は，連結欠損金額とみなされないことになるが，これは，同項が連結欠損金額とみなす趣旨である欠損金額をみなし連結欠損金額から除外しており，同項の趣旨に反する。他の法人の発行済株式総数の５０パーセントを超える株式を保有しているからといって，単独で株式移転等の組織再編行為を行うことができるものではなく，他の法人が株式移転に係る完全子会社の発行済株式総数の５０パーセントを超える株式を保有しているという単純な基準を用いたことには疑問がある。このように，法人税法施行令１５５条の１９第５項が，他の法人が株式移転に係る完全子会社の発行済株式総数の５０パーセントを超える株式を保有しているという形式的要件を用いている点で，法人税法８１条の９第２号の委任の範囲を超えて，過度に広範な欠損金額をみなし連結欠損金額から除外するものであって，違法，無効というべきである。法人税法施行令１５５条の１９第５項が，個人が株式移転に係る完全子会社の発行済株式総数の５０パーセントを超える株式を保有していた場合を除外しているのと同様に，連結法人となり得ない法人が保有していた場合には，上記の共同株式移転を用いた制限規定の潜脱や不整合といった事態は生じないのであるから，この場合には，同項の適用対象に含まれるべきではない。そして，連結親法人は，内国法人に限定され（法人税法２条１２号の７の２，４条の２），外国法人は，連結親法人となり得ないのであるから，上記と同様に解すべきである。Ａが外国法人である場合，Ｓが株式移転によりＸを設立しても，ＳはＸと同視すべき存在である。また，外国法人であるＡは，Ｓと共同株式移転をすることができないのであり，ＡがＳの発行済株式総数の５０パーセントを超える株式を保有していたとしても，上記の共同株式移転を用いた制限規定の潜脱や不整合は生じない。このように，法人税法施行令１５５条の１９第５項が，外国法人をも適用対象としている点で，法人税法８１条の９第２号の委任の範囲を超えて，過度に広範な欠損金額をみなし連結欠損金額から除外するものであって，違法，無効というべきである。
イ 以上によれば，法人税法施行令１５５条の１９第５項は，法人税法８１条の９第２項２号の委任の範囲を逸脱しており，無効である。本件株式移転の直前にｂの発行済株式総数を５０パーセントを超える株式を保有していたのは，連結グループ外の外国法人ｃであり，ｂは，単に本件株式移転により旧ａを設立したにすぎず，旧ａと同視すべき立場にあったのであるから，同号が防止しようとした弊害は生じず，少なくとも法人税法施行令１５５条の１９第５項は，ｂに適用する限度で無効と解すべきである。したがって，法人税法８１条の９第２項２号の規定により，本件青色欠損金額は連結欠損金額とみなされ，損金として算入することができる。
第３ 争点についての判断
争点１（本件青色欠損金額は，法人税法８１条の９第２項１号の規定により旧ａのみなし連結欠損金額に当たるといえるか否か）について
(1) 法人税法は，内国法人がそれ自体（いわゆる単体）として納税義務者となること（同法４条）だけでなく，当該内国法人及び当該内国法人との間にそれによる完全支配関係がある他の内国法人について，国税庁長官の承認を得て当該内国法人（連結親法人）を納税義務者として法人税を納めることを認め（同法４条の２），それらの連結法人のグループを一体として取り扱って所得の金額を計算し法人税を課す連結納税制度を導入している。この連結納税制度において，連結法人の各連結事業年度の連結所得の金額は，当該連結事業年度の益金の額から当該連結事業年度の損金の額を控除した金額とし（同法８１条の２），この連結所得の金額は，別段の定めがある場合を除き，同法第１章第１節第２款から第８款までの規定により内国法人が単体として納税するときにおける計算と同様の方法により計算するものとしているところ（同法８１条の３），その計算における繰越欠損金の取扱いについては，同法５７条（青色申告書を提出した事業年度の欠損金の繰越し）を適用せず（法人税法施行令１５５条），同法８１条の９を適用することとしている。そして，同法２条１９号の２は，連結欠損金額とは，各連結事業年度の連結所得の金額の計算上，当該連結事業年度の損金の額が当該連結事業年度の益金の額を超える場合において，その超える部分の金額をいうと定義し，連結欠損金額は連結事業年度において発生するものとしている。このように，法人税法は，連結納税制度の適用の開始に際して，連結納税の承認の効力が発生して最初の連結事業年度が開始する前の単体としての事業年度において生じた欠損金額については，原則として連結欠損金額に当たらないものとして，連結納税の下で繰越控除をすることを認めず，一定の場合に限り連結欠損金額とみなすこととしている。その例外の場合の一つとして，同法８１条の９第２項１号は，最初連結親法人事業年度開始の日「前」７年以内に開始した当該連結親法人の各事業年度において生じた同法５７条１項に規定する欠損金額（同条２項又は６項の規定により欠損金額とみなされたものを含み，同条５項又は９項の規定によりないものとされたものを除く。）がある場合には，当該欠損金額について連結欠損金額とみなすこととしている。
これは，連結納税制度の適用の開始に際していわゆる納税単位が単体から連結法人に変更されるところ，このような場合には，単体としての事業年度における事業活動による各法人の所得については各法人ごとに個別に課税するものとし，このような課税関係の清算をした後に，連結納税制度の適用を受けることとするのが，制度の適用としては簡明であること，単体としての事業年度において発生した欠損金額を連結事業年度における連結所得の金額の計算に持ち込んで繰越控除をすることは，当然に連結法人のグループとしての事業活動による所得の実態に適合するとはいえず，いわゆる赤字会社を連結子法人とすること等による租税回避行為を防止する必要もあることなどを考慮する一方で，連結親法人とそれによる完全支配関係がある連結子法人とから構成される連結法人のグループについては，全体として当該連結親法人の実像を示していると考えられること，連結親法人の繰越欠損金については上記のような方法での租税回避の問題も生じないと考えられることなどを考慮したものと解される。
以上に述べたところによれば，連結親法人となる内国法人が適格合併をした場合において，当該適格合併に係る被合併法人にあった未処理欠損金額が同法８１条の９第２項１号の規定により当該連結親法人に係る連結事業年度における連結欠損金額とみなされるためには，最初連結親法人事業年度開始-
-
の日よりも「前」に適格合併が行われて同法５７条２項の規定により当該連結親法人の欠損金額とみなされていたことを要するというべきである。これに対し，原告は，同法８１条の９第２項１号の規定上，連結親法人が適格合併をした場合において同号を適用するために，上記のように解すべき根拠はなく，当該適格合併に係る被合併法人にあった未処理欠損金は，同法５７条２項の規定により，当該連結親法人の欠損金額とみなされ，これに伴い，同法８１条の９第２項１号のみなし連結欠損金額に含まれるというべきであると主張する。
しかしながら，最初連結親法人事業年度開始の日と適格合併の実施との関係については，上記のように解するのが相当であるのは，既に述べたとおりであるから，次に，本件連結事業年度開始の日より前に本件合併が行われたといえるか否かについて検討する。
(2)
前記第２の２の争いのない事実等によれば，本件において，連結親法人である旧ａの最初連結親法人事業年度開始の日及び旧ａとｂ等との間の本件合併契約において合併期日とされた日は，暦上は，いずれも平成１７年４月１日であるところ，法人税法５７条９項２号等の規定にいう「合併の日」につき上記の合併期日をもってこれに当たると解することについては，当事者間に争いがなく，これと異なって解すべき事情等は格別見当たらない。このように連結納税の承認の申請に係る各内国法人が最初連結親法人事業年度開始の日とされる日に合併を行った場合において，法人税法上，合併の効力の発生の方が，連結納税の承認の効力の発生による最初連結親法人事業年度の開始よりも，法の適用上は先行すると解すべき規定は見当たらない。そうすると，本件合併については，同法８１条の９第２項１号の規定にいう最初連結親法人事業年度である本件連結事業年度開始の日「前」に行われたものとはいい難く，ｂの本件青色欠損金額については，同日「前」に同法５７条２項の規定により連結親法人である旧ａの欠損金額とみなされていたということはできないから，同法８１条の９第２項１号の規定により，本件青色欠損金額を本件連結事業年度における連結欠損金額とみなすことはできないこととなる。
これに対し，原告は，本件のように連結親法人となる親会社と連結子法人となる子会社とが合併する日と同日付けで連結納税の承認の効力が発生する場合について，それらの先後関係ないし優先関係を直接定めた規定はないのであるから，納税者に不利にならず，納税者に予測可能な解釈をすべきであるところ，同法１４条２号の規定によれば，本件合併の税務上の効力は，本件合併の日の前日である平成１７年３月３１日の終了をもって発生し，他方で，ｂについては連結事業年度が生じないこと（同法１５条の２第１項３号）からすれば，同日の終了をもって被合併法人であるｂが消滅し，繰越欠損金額が同法５７条２項の規定により連結親法人となる前の単体としての旧ａの欠損金額とみなされることになるから，本件青色欠損金額は，同法８１条の９第２項１号の規定により旧ａのみなし連結欠損金額に当たるというべきであると主張する。
しかしながら，既に述べたように，同法８１条の９第２項１号の規定によれば，最初連結親法人事業年度開始の日「前」に合併が行われたということができなければ，その適用はないことは明らかであり，最初連結親法人事業年度開始の日と同日に合併が行われた場合について，合併の効力の方が連結納税の承認の効力の発生による最初連結親法人事業年度の開始よりも法の適用上は先行するといえない限り，同号の適用はないというべきである。そして，同法１４条２号は，法人が事業年度の中途において合併により解散した場合について，その事業年度開始の日から合併の日の前日までの期間をもってその法人の事業年度とみなすものとし，上記の場合における課税関係の整理のためにその法人の事業年度の取扱いにつき定めたものにすぎないから，同号の規定によって，合併の場合における連結納税の承認の効力の発生との間の法の適用上の先後関係を決することはできないというべきである。さらに，同法１５条の２第１項３号も，連結子法人が連結親法人事業年度の中途において合併により解散した場合について，その連結親法人事業年度開始の日から合併の日の前日までの期間は，その連結子法人にあっては連結事業年度に含まないものとし，上記の場合における課税関係の整理のために当該連結子法人に係る連結事業年度の取扱いにつき定めたものにすぎず，同号の規定によっても，本件連結事業年度開始の日「前」にｂの本件青色欠損金額が連結親法人である旧ａの欠損金額とみなされていた等ということはできない。他方で，同法５７条９項２号は，連結子法人が最初連結親法人事業年度において当該連結子法人を被合併法人，連結親法人等を合併法人とする合併を行った場合には，当該合併の日の前日の属する事業年度における同条１項の規定の適用については，当該事業年度前の未処理欠損金額は，ないものと取り扱うものとし，同号イは，最初連結親法人事業年度開始の日に行う合併の場合には，上記の取扱いをしないものとしている。この規定は，文理上は，最初連結親法人事業年度開始の日に連結子法人と連結親法人との合併が行われることがあるものとしており，同号をもって，合併の効力の発生の方が最初連結親法人事業年度の開始よりも法の適用上は先行すると解することはできない。原告の上記の主張は，採用することができない。
(3) また，原告は，法人税法５７条９項２号イの規定によれば，最初連結親法人事業年度開始の日に行う合併の場合には，被合併法人である子会社につき最初連結親法人事業年度開始の日より前に生じた欠損金額は，ないものとされる欠損金額から除外され，その欠損金額は当該子会社に存続することとなるから，当該子会社が適格合併により親会社に合併されたときは，同条２項の規定により親会社の欠損金額とみなされ，結局，当該子会社の欠損金額は，同法８１条の９第２項１号の規定によりみなし連結欠損金額に当たるというべきであると主張する。
ところで，前記(2)に述べたとおり，同法５７条９項２号は，連結子法人が最初連結親法人事業年度の中途において連結親法人等に合併された場合には，当該合併の日の前日の属する事業年度における同条１項の規定の適用については，当該事業年度前の未処理欠損金額は，ないものと取り扱うものとする一方で，最初連結親法人事業年度開始の日に行う合併を，上記の取扱いから除外している（同号イ）。そして，連結親法人事業年度の中途において連結子法人が連結親法人等に合併されて解散した場合には，被合併法人である当該連結子法人にあっては，当該連結親法人事業年度開始の日から合併の日の前日までの期間は，連結事業年度に含まないものとされ（同法１５条の２第１項３号），これを当該連結子法人の単体としての事業年度とみなすものとされている（同法１４条１項１１号。以下，当該事業年度を「みなし事業年度」という。）。
これらの規定は，連結親法人事業年度の中途において連結子法人が連結親法人等に合併されて解散した場合における課税関係の整理のためのものであるところ，同法５７条９項２号をもって，当該合併が最初連結親法人事業年度開始の日に行われたときに，合併の効力の発生の方が連結納税の承認の効力の発生による最初連結親法人事業年度の開始よりも法の適用上は先行するとは解し難いことは，先に述べたとおりである。その上で，まず，当該合併が最初連結親法人事業年度開始の日の翌日以降に行われたときにあっては，前記(1)で述べたとおり，法人税法は，連結納税の承認の効力の発生前の連結子法人となる内国法人の単体としての事業年度において生じた欠損金額については，連結納税制度の適用の開始に際して課税関係の清算を終了したものとして，これを連結納税の下で繰越控除をすることを認めないことを原則としており，このような取扱いとの均衡を図るため，同法５７条９項２号は，連結子法人が，いったん連結納税の承認の効力が発生した後の連結事業年度の中途において，連結親法人に合併されて解散し，連結納税制度の適用から外れ，当該連結事業年度開始の日から合併の日の前日までのみなし事業年度の所得について単体として納税すべきことになったとしても，上記の合併が行われずに引き続き連結納税制度の適用があったとしたのと同様に，連結納税の承認の効力の発生前のその単体としての事業年度において生じた欠損金額については，当該みなし事業年度において改めて繰越控除をすることは認めないとすることで，取扱いを一貫させたものと解される。これに対し，最初連結親法人事業年度開始の日に連結親法人等と連結子法人との合併が行われたときにあっては，被合併法人である連結子法人については，同法１４条１項１１号及び１５条の２第１項３号が連結事業年度又は連結親法人事業年度の開始の日から「合併の日の前日」までの期間と規定していることに伴い，連結事業年度及びみなし事業年度に該当する期間は存在しないこととなって，これらの規定は適用されず，最初連結親法人事業年度開始の日の前日までの連結子法人となる内国法人の事業年度について単体として納税の規定が適用されることとなる。当該事業年度については，同法５７条１項の規定により欠損金額の繰越控除をすることができるものとしても特段の問題は生じないはずであるにもかかわらず，上記の合併にも法の適用上は連結納税の承認の効力が及ぶ可能性が排除されないものとすると，上記の繰越控除をすることができないとの疑義が生じることから，法人税法は，同号の適用対象から上記の合併が行われたときを除外する旨を明らかにしたものと解される。そうすると，同号イの規定について，以上に述べたところを超えて，連結納税の承認の効力の発生による最初連結親法人事業年度の開始以後に連結親法人が連結子法人を適格合併した場合に，当該連結子法人の欠損金額を連結欠損金額とみなすことができるとしたものと解することはできないというべきである。原告の上記の主張は，採用することができない。
(4) 以上によれば，ｂの本件青色欠損金額については，法人税法８１条の９第２項１号の規定にいう連結親法人である旧ａの欠損金額に当たるということはできず，同項の規定に基づきみなし連結欠損金額として本件連結事業年度連結所得の金額の計算において損金の額に算入することはできないというべきである。
争点２（法人税法施行令１５５条の１９第５項が法人税法８１条の９第２項２号の委任の範囲を逸脱したものであるか否か）について
(1) 法人税法８１条の９第２項２号イは，最初連結親法人事業年度開始の日の５年前の日から当該開始の日までの間に行われた株式移転に係る完全子会社であった連結子法人（その発行済株式の全部が当該株式移転により設立された完全親会社であった当該連結親法人によって当該株式移転の日から当該開始の日まで継続して保有されているものに限るものとし，政令で定めるものを除く。）に，当該開始の日前７年以内に開始した当該連結子法人の各事業年度において生じた同法５７条１項に規定する欠損金額等がある場合には，当該欠損金額を連結欠損金額とみなす旨を定めているところ，同号の規定の委任を受けた法人税法施行令１５５条の１９第５項は，法人税法８１条の９第２項２号の規定の適用を除外する連結子法人について，株式移転の直前に，当該株式移転に係る完全子会社となる法人と他の法人との間に当該他の法人が当該完全子会社となる法人の発行済株式（当該完全子会社となる法人が有する自己株式を除く。）の総数の１００分の５０を超える数の株式を直接又は間接に保有する関係があるものとする旨を定めている。前記１(1)に述べたとおり，法人税法は，連結納税制度の適用の開始に際して，それよりも前の単体としての事業年度における各法人ごとの課税関係の清算をした後に連結納税制度の適用を受けることとするのが制度の適用としては適切であることなどから，原則として，単体としての事業年度において生じた欠損金額を連結納税の下で繰越控除をすることを認めないこととしているところ，その例外の場合の一つとして，同法８１条の９第２項２号は，連結親法人が最初連結親法人事業年度開始の日前の一定期間内に株式移転により設立された内国法人であり，当該株式移転の日から当該株式移転に係る完全子会社との間に完全支配関係が継続している場合には，当該株式移転に係る完全子会社であった連結子法人については，最初連結親法人事業年度開始の日前において，１に述べた合併が行われたとき等に類似する強い一体性のあることが多く，そのようなものについては同項１号に準じて取り扱うのが連結法人のグループとしての事業活動の所得の実態に適合することから，当該完全子会社の単体としての事業年度において生じていた欠損金額を，一定の限度で連結納税の下で繰越控除をすることを認めることとしたものと解される。他方，同項２号は，連結子法人となる内国法人の単体としての事業年度において生じた欠損金額を連結納税の下で繰越控除をすることを認めることはあくまで例外であることを前提として，上記の場合に係る連結子法人であっても，連結親法人との間に上記のような強い一体性があったとは評価することができないものがあることを考慮し，そのようなものを同号の適用の対象から除外することとした上で，これを連結法人に係る各般の事情を踏まえて特定することを政令に委任したものと解される。
そして，同号の委任を受けた法人税法施行令１５５条の１９第５項は，上記のような法人税法８１条の９第２項２号の規定の趣旨に照らし，株式移転の直前に他の法人の子会社となっており，当該他の法人のグループに属していたと評価し得る法人については，その後に株式移転により設立された法人-
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との間に連結法人となり得る関係が存するとしても，そのような法人の事業活動の一般的な状況等にかんがみ，連結親法人となる内国法人との間に既に述べたような強い一体性があるとまでは，当然には評価し難いことから，そのような連結子法人を同号の適用を除外する対象として定めたものと解される。このような法人税法施行令１５５条の１９第５項の規定の内容は，法人税法８１条の９第２項２号の委任の趣旨に照らし，その合理性を肯認することが可能であり，同号の委任の範囲を逸脱したものとまではいうことができないと解するのが相当である。
原告は，同号の委任の趣旨について，親子関係にある複数の会社が共同株式移転により新設の完全親会社の子会社になるなどの方法による租税回避の防止の目的を達成するのに必要な範囲に限られる旨主張するが，上記の委任の範囲をそのようなものに限定して解すべき根拠は見いだし難く，他方，同号の委任の趣旨については，法人税法の関係規定の内容等に照らし，既に述べたように解することができ，租税法律主義との関係等で問題が生ずるものとも解し難いから，原告の上記の主張は，採用することができない。(2)
前記第２の２の争いのない事実等によれば，ｂは，最初連結親法人事業年度である本件連結事業年度開始の日（平成１７年４月１日）の５年前の日から当該開始の日までの間の平成１４年５月１４日に行われた本件株式移転に係る旧ａの完全子会社であった連結子法人であり，その発行済株式の全部について本件株式移転により設立された完全親会社であった連結親法人である旧ａによって本件株式移転の日から継続的に保有されていていたものの，本件株式移転の直前である同月１３日において，他の法人であるｃがｂの発行済株式総数の５０．０２パーセントを保有していたのであるから，法人税法施行令１５５条の１９第５項の規定により，ｂは，法人税法８１条の９第２項２号の規定の適用を除外される連結子法人に当たるので，ｂの本件青色-
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欠損金額については，同号の規定に基づきみなし連結欠損金額として本件連結事業年度の連結所得の金額の計算において損金の額に算入することはできないというべきである。
本件更正処分の適法性について
以上に述べたところによれば，ｂの本件青色欠損金額については，法人税法８１条の９第２項１号又は２号の規定に基づきみなし連結欠損金額として本件連結事業年度の連結所得の金額の計算において損金の額に算入することはできないものであり，本件連結事業年度の所得につき旧ａの納付すべき税額は，別紙「本件更正処分等の根拠及び適法性」の１に記載のとおりであるから（本件青色欠損金額を損金の額に算入したことを否認したことを除いて，納付すべき税額の計算の基礎となる金額及び計算方法に争いはない
，本件更正処分は
。）
適法である。
本件賦課決定処分の適法性について
前記３に述べたとおり，本件更正処分は適法であるところ，本件更正処分により旧ａが新たに納付すべき税額については，旧ａがその計算の基礎となった事実を計算の基礎としなかったことに国税通則法６５条４項に規定する「正当な理由」があるとは認められない。そして，旧ａの本件連結事業年度の法人税に係る過少申告加算税の額は，別紙「本件更正処分等の根拠及び適法性」の２に記載したとおりであり（当事者間に争いがない
，本件賦課決定処分にお
。）
ける過少加算税の額と同額であるから，本件賦課決定処分は適法である。第４
結論
以上によれば，原告の請求はいずれも理由がないから棄却することとし，訴訟費用の負担について，行政事件訴訟法７条，民事訴訟法６１条を適用して，主文のとおり判決する。
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東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官
八木一洋
裁判官
谷口豊
裁判官
高橋信慶
（別紙）
本件更正処分等の根拠及び適法性
本件更正処分の根拠及び適法性
原告の本件連結事業年度の法人税に係る連結所得の金額及び納付すべき税額は，以下のとおりであるところ（なお，「△」は個別欠損金額を表す。），本件更正処分における連結所得の金額及び納付すべき税額と同額であるから，本件更正処分は適法である。
(1) 連結所得の金額（別表⑧欄）６６億９８０７万６１２０円以下のアの金額にイの金額を加算した金額である。
ア 本件連結確定申告書における連結所得の金額（別表⑥欄）
２８億０４７９万４０１３円
旧ａが本件連結確定申告書に記載した連結所得の金額であり，以下の(ア)ないし(オ)の本件連結確定申告書別表４の２付表に記載された各個別所得金額の金額の合計額である。
(ア) 旧ａの個別所得金額（別表①欄）２９億４７７９万３２５６円
(イ) ｇの個別所得金額（別表②欄）△９６５５万５０２０円
(ウ) ｆの個別所得金額（別表③欄）１億８３１０万６１８７円
(エ) ｈの個別所得金額（別表④欄）
△１億９５１７万８４２６円
(オ) ｉの個別所得金額（別表⑤欄）△３４３７万１９８４円
イ 連結欠損金額として損金の額に算入されない金額（別表⑦欄）３８億９３２８万２１０７円
(2) 連結所得に対する法人税額（別表⑨欄）２０億０９４２万２８００円前記(1)の連結所得の金額６６億９８０７万円（ただし，国税通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。）に法人税法８１条の１２第１項に定める税率（ただし，経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律１６条２項の規定により置き換えた後のもの。）を乗じて計算した金額である。
(3) 法人税額の特別控除額（別表⑩欄）１億９１２３万１３５３円連結所得に対する法人税の額から控除される租税特別措置法（ただし，平成１８年法律第１０号による改正前のもの。）６８条の９に規定する試験研究費の額が増加した場合等の法人税額の特別控除の額１億６８２８万７６４０円及び同法６８条の１５に規定する情報通信機器等を取得した場合等の法人税額の特別控除の額２２９４万３７１３円の合計額であり，本件連結確定申告書に記載された金額と同額である。
(4) 法人税額計（別表⑪欄）１８億１８１９万１４４７円
前記(2)の連結所得に対する法人税額から前記(3)の法人税額の特別控除額を控除した金額である。
(5) 法人税額から控除される所得税額等（別表⑭欄）３６４８万７２１４円以下のアの金額にイの金額を加算した金額である。
ア 本件連結確定申告書における控除所得税額等の額（別表⑫欄）１３９万４７３９円
法人税法８１条の１４の規定に基づく本件連結確定申告書に記載された控除所得税額等の金額である。
イ 法人税額から控除される外国税額の増加額（別表⑬欄）
３５０９万２４７５円
本件連結確定申告書に記載された連結国外所得の金額に誤りが認められたことから，これを改めたところで再計算した法人税法８１条の１５に規定する連結所得に対する法人税の額から控除される外国税額の控除額である。
(6) 納付すべき税額（別表⑮欄）１７億８１７０万４２００円前記(4)の金額から前記(5)の金額を差し引いた金額（ただし，国税通則法１１９条１項の規定により１００未満の端数金額を切り捨てた後のもの。）である。
(7) 既に納付の確定した本税額（別表⑯欄）６億４８８１万２１００円本件連結確定申告書に記載された納付すべき法人税額である。
(8) 差引納付すべき税額（別表⑰欄）１１億３２８９万２１００円前記(6)の金額から前記(7)の金額を差し引いた金額である。
２ 本件賦課決定処分の根拠及び適法性
本件更正処分により旧ａが新たに納付すべき税額については，旧ａがその計算の基礎となった事実を計算の基礎としなかったことに国税通則法６５条４項に規定する「正当な理由」があるとは認められないから，旧ａの本件連結事業年度の法人税に係る過少申告加算税の額は，以下の(1)及び(2)の合計額１億３７４２万３０００円となるところ，本件賦課決定処分と同額であるから，本件賦課決定処分は適法である。
(1) １億１３２８万９０００円
国税通則法６５条１項の規定により，前記１(8)の差引納付すべき税額１１億３２８９万円（別表⑰欄。ただし，国税通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後の金額）に１００分の１０の割合を乗じて算出した金額である。
(2) ２４１３万４０００円
国税通則法６５条２項の規定により，前記１(8)の差引納付すべき税額のうち同条３項２号に規定する期限内申告税額に相当する金額を超える部分の金額４億８２６８万円（ただし，国税通則法１１８条３項の規定により１万-
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円未満の端数を切り捨てた後の金額）に１００分の５の割合を乗じて算出した金額である。
以上
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/80259/detail5/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2009/pdf/11337.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。