税務訴訟資料第２６１号－１８（順号１１６０８）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号所得税更正処分取消等請求事件
国側当事者・国（戸塚税務署長事務承継者芝税務署長）
平成２３年２月４日認容・控訴
判決
原告甲
同訴訟代理人弁護士河野敬
清水建成
同補佐人税理士大山哲
上平永生
千田和弘
被告国
同代表者法務大臣江田五月
同指定代理人野村昌也
嶺山登
処分行政庁戸塚税務署長事務承継者芝税務署長
山形富夫
同指定代理人坂井一雄
森光明
梶昌宏
主文
１ 処分行政庁が平成１９年３月１２日付けでした原告の平成１５年分の所得税の更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分（平成１９年８月２０日付けの減額更正処分及び変更決定処分により一部取り消された後のもの）のうち、更正については所得金額３億４１１５万９７２８円、納付すべき税額（予定納税額控除後のもの）２４１０万０８００円を超える部分及び賦課決定については７４万３０００円を超える部分を取り消す。
２ 処分行政庁が平成１９年３月１２日付けでした原告の平成１６年分の所得税の更正処分のうち、翌年へ繰り越す株式等に係る譲渡損失の金額７億９４３４万７５３２円を下回る部分を取り消す。
３ 処分行政庁が平成１９年３月１２日付けでした原告の平成１７年分の所得税の更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分（平成１９年８月２０日付けの減額更正処分及び変更決定処分により一部取り消された後のもの）のうち、更正については所得金額３億８０６３万３９３４円、納付すべき税額（予定納税額控除後のもの）９０７０万１２００円を超える部分及び賦課決定については全部を取り消す。
４ 訴訟費用は被告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
主文１項ないし３項と同旨
第２ 事案の概要
本件は、原告が、平成１５年分から平成１７年分までの各所得税について、原告の出資先であるいわゆる任意組合等（所得税基本通達（昭和４５年７月１日付け直審（所）第３０号）３６・３７共－１９の注１参照）から生じた利益又は損失の額を同通達３６・３７共－２０（以下「本件通達」という。）の(3)に定める方式（以下「純額方式」という。）により納付すべき税額等を計算して確定申告書を提出したところ、戸塚税務署長から、本件通達の(1)に定める方式（以下「総額方式」という。）により納付すべき税額等を計算すべきであるとして更正処分（以下「本件各更正処分」という。）及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件各賦課決定処分」といい、本件各更正処分と併せて「本件各更正処分等」という。）を受けたことから、本件各更正処分等（ただし、平成１５年分及び平成１７年分の所得税については、再更正処分及び変更決定処分により所得金額及び納付すべき税額並びに過少申告加算税の額を減額された後のものであり、平成１６年分の所得税については、更正処分の翌年へ繰り越す株式等に係る譲渡損失の金額７億９４３４万７５３２円を下回る部分のみである。）は違法であるとして、その取消しを求めている事案である（なお、所得税法その他の租税関係法令については、以下、特に断らない限り、当該事実に適用すべきその当時の有効な法令を指すものとし、その改正法令を特記しない。）。
１ 前提事実（争いのない事実、顕著な事実並びに末尾記載の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
(1) 当事者等
ア 原告は、次に掲げる組合（以下「本件各組合」という。）に出資する組合員である。
① Ａ組合（以下「本件Ａ組合」という。）
本件Ａ組合は、民法６６７条１項（なお、同法は、平成１６年法律第１４７号により改正されている（平成１７年４月１日施行）が、民法６６７条その他本件で関係する規定は、いずれもその文体や用語の現代語化が図られたにすぎないから、証拠等を引用する場合も含め、その施行の前後で区別した表記はしない。）に規定する組合契約により成立する組合（以下「任意組合」という。）である。
② Ｂ組合（以下「本件Ｂ組合」という。）
本件Ｂ組合は、投資事業有限責任組合契約に関する法律（同法は、平成１６年法律第３４号により「中小企業等投資事業有限責任組合契約に関する法律」の題名等が一部改正されたものであるが、以下では平成１６年法律第３４号の施行前後で区別せず「投資事業有限責任組合法」と表記する。）３条１項に規定する投資事業有限責任組合契約により成立する組合（以下「投資事業有限責任組合」という。）である。
③ Ｃ組合（以下「本件Ｃ組合」といい、本件Ｂ組合と併せて「本件各Ｄ組合」という。）
本件Ｃ組合は、投資事業有限責任組合である。
イ 本件各更正処分等をした処分行政庁は、戸塚税務署長であったが、その後原告の住所が異動したことに伴い、芝税務署長がその権限を承継した（行政事件訴訟法１１条１項柱書き括弧内参照）。
(2) 投資事業組合契約の締結等
ア 本件Ａ組合契約の締結
平成１２年１１月６日、原告は、株式会社Ｅらとの間で、別紙１「本件各組合契約の要旨」記載１の内容による本件Ａ組合に係る投資事業組合契約（以下「本件Ａ組合契約」という。）を締結した。なお、原告は、本件Ａ組合の一般組合員であり、株式会社Ｅがその業務執行組合員である。
（乙１）
イ 本件Ｂ組合契約の締結
平成１２年１月２４日、原告らは、別紙１「本件各組合契約の要旨」記載２の内容による本件Ｂ組合に係るＢ組合契約（以下「本件Ｂ組合契約」という。）を締結した。なお、原告は、本件Ｂ組合の有限責任組合員であり、丙らがその無限責任組合員である。
（乙２）
ウ 本件Ｃ組合契約の締結
平成１２年９月２６日、原告らは、別紙１「本件各組合契約の要旨」記載３の内容による本件Ｃ組合に係るＣ組合契約（以下「本件Ｃ組合契約」という。）を締結した。なお、原告は、本件Ｃ組合の有限責任組合員であり、丙らがその無限責任組合員である。
（乙３）
エ 本件各組合の会計報告等について
本件Ａ組合の業務執行組合員並びに本件各Ｄ組合の各無限責任組合員は、原告に対し、平成１５年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度、平成１６年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度及び平成１７年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「本件各事業年度」という。）につき、要旨別表３－１から別表３－６まで（なお、別紙添付の別表については、例えば、別紙３の別表１であれば別表３－１とし、以下この例により表記する。）のとおり、それぞれ本件各組合の利益又は損失の額を原告の持分割合に応じて分割し、原告に帰属すべき本件各組合の利益又は損失の額に基づいて作成した本件各組合の各報告書（本件Ａ組合に係る報告書は会計報告書、本件各Ｄ組合に係る報告書はいずれも組合員別持分等計算書であり、以下これらを総称して「本件各組合員別計算書」という。）を送付した。
（乙４～２１）
オ 原告の本件各組合の事業に係る利益又は損失の額について
原告は、平成１５年分から平成１７年分までの各所得税の確定申告をする際、本件各組合の事業に係る利益又は損失の額について、本件各組合員別計算書に基づき、次の計算方法により算出した。
(ア) 本件Ａ組合
① 平成１５年分及び平成１６年分純額方式
② 平成１７年分総額方式
(イ) 本件各Ｄ組合
いずれの年度についても、純額方式
(3) 原告の確定申告及び更正処分等の経緯
ア 原告は、次のとおり、平成１５年分から平成１７年分までの各所得税について、別紙２「本件各更正処分等の経緯」の各「確定申告」欄記載のとおり、確定申告書の提出をした（以下「本件各申告」という。）。
(ア) 平成１５年分平成１６年３月１２日
(イ) 平成１６年分平成１７年３月１１日
(ウ) 平成１７年分平成１８年３月１５日
（以上につき、甲１～３）
イ 戸塚税務署長は、平成１９年３月１２日、原告に対し、別紙２「本件各更正処分等の経緯」の各「更正処分等」欄記載のとおり、平成１５年分から平成１７年分までの各所得税について、それぞれ更正処分（本件各更正処分）及び過少申告加算税の賦課決定処分（本件各賦課決定処分）をした。
（甲４の１、５、６の１）
ウ 原告は、平成１９年３月３０日、別紙２「本件各更正処分等の経緯」の各「異議申立て」欄記載のとおり、上記イの本件各更正処分等について異議申立てをしたが、何ら審理・決定がされないまま３か月を経過したことから、同年７月１３日、国税不服審判所長に対し、審査請求をした。
（甲７～１０）
エ 戸塚税務署長は、平成１９年８月２０日、原告に対し、別紙２「本件各更正処分等の経緯」の各「再更正処分等」欄記載のとおり、平成１５年分及び平成１７年分の所得税及び過少申告加算税につき、それぞれ（減額再）更正処分及び過少申告加算税の変更決定をした。（甲４の２、６の２）
オ 国税不服審判所長は、平成２０年７月１４日、上記ウの審査請求について、審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をし、同月１６日、当該裁決書を原告に送達したところ、同月１７日、原告は、当該裁決書を受領した。
（甲１１の１・２）
(4) 本件訴訟の提起
原告は、平成２１年１月１５日、本件訴訟を提起した。
（顕著な事実）
(5) 所得税法基本通達の定め
次に掲げる所得税法基本通達の定めのうち、原告の平成１５年分及び平成１６年分の各所得税にはア(ア)及びイ(ア)の定めが、原告の平成１７年分の所得税にはア(イ)及びイ(イ)の定めがそれぞれ適用されることとなる。
ア 任意組合等の組合員の当該任意組合等において営まれる事業（以下「組合事業」という。）に係る利益等の帰属
(ア) 平成１７年１２月２６日付課個２－３９ほかにより一部改正前の所得税法基本通達３６・３７共－１９
任意組合（民法６７７条《組合契約》の規定による組合をいう。以下３６・３７共－２０において同じ。）の組合員の当該任意組合の事業に係る利益の額又は損失の額は、当該組合の計算期間を基として計算し、当該計算期間の終了する日の属する年分の各種所得の金額の計算上総収入金額又は必要経費に算入する。ただし、当該組合が毎年１回以上一定の時期において組合事業の損益を計算しない場合には、その年中における当該組合の事業に係る利益の額又は損失の額を、その年分の各種所得の金額の計算上総収入金額又は必要経費に算入する。
(イ) 上記一部改正後の上記所得税法基本通達に相当する部分
ａ 所得税法基本通達３６・３７共－１９
任意組合等の組合員の当該任意組合等において営まれる事業（組合事業）に係る利益の額又は損失の額は、当該任意組合等の利益の額又は損失の額のうち分配割合に応じて利益の分配を受けるべき金額又は損失を負担すべき金額とする。
ただし、当該分配割合が各組合員の出資の状況、組合事業への寄与の状況などからみて経済的合理性を有していないと認められる場合には、この限りではない。
（注）１ここでいう「任意組合等」とは、民法６６７条１項に規定する組合契約、投資事業有限責任組合法３条１項に規定する投資事業有限責任組合契約及び有
限責任事業組合契約に関する法律３条１項に規定する有限責任事業組合契約
により成立する組合並びに外国におけるこれらに類するものをいう。
２ 分配割合とは、組合契約に定める損益分配の割合又は民法６７４条《組合員の損益分配の割合》、投資事業有限責任組合法１６条《民法の準用》及び有限
責任事業組合契約に関する法律３３条《組合員の損益分配の割合》の規定によ
る損益分配の割合をいう。以下３６・３７共－２０までにおいて同じ。
ｂ 所得税法基本通達３６・３７共－１９の２
任意組合等の組合員の組合事業に係る利益の額又は損失の額は、その年分の各種所得の金額の計算上総収入金額又は必要経費に算入する。
ただし、組合事業に係る損益を毎年１回以上一定の時期において計算し、かつ、当該組合員への個々の損益の帰属が当該損益発生後１年以内である場合には、当該任意組合等の計算期間を基として計算し、当該計算期間の終了する日の属する年分の各種所得の金額の計算上総収入金額又は必要経費に算入するものとする。
イ 任意組合等の組合員の組合事業に係る利益等の額の計算等（本件通達）
(ア) 平成１７年１２月２６日付課個２－３９ほかにより一部改正前の所得税法基本通達３６・３７共－２０
（長文のため、ここでは本文の冒頭のみを掲載しています。全文はこのページの表示後に読み込まれます。原本は原本PDFをご覧ください。）
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/81587/detail5/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2011/pdf/11608.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。