主文
１ 本件訴えのうち別紙当事者等目録２記載の原告らによるものをいずれも却下する。
２ その余の原告らの請求をいずれも棄却する。
３ 訴訟費用は原告らの負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
処分行政庁（国土交通大臣）が平成１７年１２月１９日付けで沖縄県に対してした空港設置許可処分（同日付け国空管第○号）を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は，沖縄県（以下，単に「県」ということがある。）が沖縄県石垣市に設置しようとする公共の用に供する飛行場（以下「本件空港」という。）の敷地の一部に土地を共有する者などから成る原告らが，処分行政庁が平成１７年１２月１９日付け国空管第○号をもって県に対してした本件空港の設置を許可する旨の処分（以下「本件許可処分」という。）につき，航空法（平成２０年法律第７５号による改正前のもの。以下同じ。）又は環境影響評価法（同年法律第７５号による改正前のもの。以下「評価法」という。）の規定に違反する瑕疵があるなどとして，その取消しをそれぞれ求める事案である。なお，本件訴状には，形式上，アオサンゴ及びヤエヤマコキクガシラコウモリが原告であるかのような記載があるが，原告らが平成１８年８月１４日に提出した補正書により，この記載は本件訴えの原告を表示するものではないことが明らかにされた。
１ 関係する法令の定め
別紙関係する法令の定めに記載のとおり（以下，同別紙で定義した略語を本文中においても使用する。）
２ 前提事実
(1) 本件空港は，県が，現在の石垣空港（以下「現空港」という。）の代替として，次のとおりの内容で設置しようとするものである。（乙３）
ア 名称新石垣空港
イ 位置石垣市（別紙飛行場位置図のとおり）
ウ 標点
位置石垣市α１×－××
北緯▲度▲分▲秒
東経▲度▲分▲秒
（別紙標点位置図のとおり）
標高３１．００ｍ
エ 種類陸上飛行場
オ 等級Ｃ級
カ 滑走路の強度単車輪荷重３１．５ｔ
舗装体の設計強度ＬＡ－１２
キ 計器着陸又は夜間着陸計器着陸（ＣＡＴⅠ）及び夜間着陸に供する。
ク 利用を予定する航空機の種類及び形式ボーイング７６７型旅客機等
ケ 処分行政庁の指定を受けようとする
進入区域の長さ３０００ｍ
進入表面のこう配５０分の１
水平表面の半径３０００ｍ
転移表面のこう配７分の１
コ 飛行場の施設の概要
飛行場の敷地面積１４１万９６１５㎡
着陸帯
長さ２１２０ｍ
幅３００ｍ
滑走路
長さ２０００ｍ
幅４５ｍ
舗装の種類アスファルトコンクリート舗装
方位
真方位Ｎ▲度▲分▲秒Ｅ
磁方位Ｎ▲度▲分▲秒Ｅ
誘導路
長さ２３１８ｍ（６９０ｍ＋１６２８ｍ）
幅２３ｍ，２６．５ｍ，３０ｍ
舗装の種類アスファルトコンクリート舗装
エプロン
面積７万５１４５㎡
舗装の種類セメントコンクリート舗装
バース数中型ジェット機（Ｂ－７６７等）用３バース
小型ジェット機（Ｂ－７３７等）用４バース
プロペラ機（ＤＨＣ－８等）用１バース
サ 設置予定の航空保安施設の概要
航空灯火（飛行場設置者が設置するもの）
飛行場灯台，進入灯，進入角指示灯等
航空保安無線施設（処分行政庁が設置するもの）
ＶＯＲ／ＤＭＥ，ＩＬＳ等
シ 供用開始予定期日平成２５年３月７日
(2)ア別紙当事者等目録１記載の原告ら（以下「第１原告ら」という。）は，次の２筆の土地（以下「本件共有地」という。）のいずれかの共有者である。本件共有地は，いずれも本件空港の敷地内に所在している。
(ア) 所在石垣市α２
地番×番１４６
地目原野
地積７８０㎡
(イ) 所在石垣市α２
地番×番１４７
地目原野
地積７７６㎡
イ 本件訴状において，第１原告らは，自らについて，石垣市α３（以下，単に「α３」ということがある。）にある世界的に貴重なサンゴ礁（以下「α３サンゴ礁」という。）や希少な野生動植物を次の世代に残したいと願う者が本件空港の敷地内の土地の共有地主となって，自らの土地は空港用地としては提供せず，県が石垣市に新しく設置を計画する空港（以下「新空港」という。）の位置をα４岳南側の陸上とする案（以下「α４岳陸上案」という。）の見直しを県に求めていく運動（以下「α３トラスト運動」という。）に参加しており，本件空港の建設をストップし，かけがえのない地球の財産であるα３サンゴ礁と絶滅危惧種である小型コウモリ類（以下，単に「コウモリ類」という。）など希少な野生生物を次の世代に残したいと願い，本件訴訟の原告となった者たちであると主張している。また，別紙当事者等目録２記載の原告ら（以下「第２原告ら」という。）は，自らについて，α３サンゴ礁の生態系（以下「α３サンゴ礁生態系」という。）に愛着を持ち，県にα４岳陸上案を撤回させ，かけがえのない地球の財産である陸海一体となったα３サンゴ礁生態系を次の世代に残したいと願い，本件訴訟の原告となった者たちであると主張している。（顕著な事実）
(3)アα３の海には，北半球最大最古のアオサンゴ群落を始め，巨大な塊状のハマサンゴ（マイクロアトール），国内有数の規模を誇るユビエダハマサンゴの群落等が生育するα３サンゴ礁生態系が形成されており，その海域には世界最大のサンゴ礁といわれるオーストラリアのグレートバリアリーフに匹敵するサンゴが生育しているともいわれている。また，α３サンゴ礁には，３００種類以上が確認されている魚類を始め，貝類，エビ類，カニ類，イカ類そしてウニやナマコ，更には海草，海藻など様々な生物が生育しており，生物多様性に富んだ豊かな海域となっている。α３の住民は，この海を「魚湧く海」，「海の畑」，「命継ぎの海」と表現して，先祖代々利用してきた。
沖縄の海では昭和４７年の復帰前後からオニヒトデが大発生し，その食害によってほとんどのサンゴ礁が壊滅的な状態になった。オニヒトデは沖縄本島を西海岸から反時計回りに１周した後，昭和５５年頃まで八重山地域の海に移動した。その爆発的な異常発生によって八重山地域でもほぼ全海域でオニヒトデの食害を受け，大半のサンゴが死滅した。しかし，ほぼ唯一，オニヒトデの食害を受けなかったのがα３サンゴ礁である。α３ではオニヒトデの発生はなく沖縄の本来の海が奇跡的に残された。
イ 県が平成１７年９月９日から同年１０月１１日までの間，評価法２７条の規定に基づき縦覧に供した評価書（補正後のもの。乙２３。以下「本件補正書」という。）によれば，本件空港予定地周辺の海域においては，岸に沿ってリーフ（礁）が発達し，その内側に種々のサンゴが帯状に分布してサンゴ礁を形成しており，比較的広い範囲で被度５０％以上のサンゴ群集が見られる。同予定地の南側を西方面から東方面に流れてこの海域に流れ込むα５川河口の南側にあるα３の海域には約１００ｈａの枝状コモンサンゴやユビエダハマサンゴを主とするサンゴ群集が分布するほか，北半球で最大といわれるアオサンゴの大群落も見られ，貴重なサンゴ礁生態系を形成している。また，サンゴ礁の岸側には，アマモ類で構成される海草藻場が帯状に分布しており，本件空港予定地周辺海域の海域生物は，サンゴ礁，海草藻場が提供する多様な生息基盤を利用して生息している。この海域において１０００種を大幅に超える海域生物が確認されている。アオサンゴは，水産庁レッドデータブックにおいて「減少」とされている。（乙２３の６－１２－３３０・３３１・３３６頁）
ウ 本件補正書によれば，本件空港予定地周辺にある五つの洞窟（本件補正書６－１２－１７４頁の図によって洞口の位置が示されているＡないしＥ洞窟。以下，洞窟の名称は，同図並びに本件補正書６－１２－１５７ないし１６５，１７８及び１７９頁の表及び図によって示されるところによる。）には，小型コウモリ類に属するヤエヤマコキクガシラコウモリ（以下「コキクガシラ」ということがある。），カグラコウモリ（以下「カグラ」ということがある。），リュウキュウユビナガコウモリ（以下「ユビナガ」ということがある。）が生息している。コキクガシラは，宮古島以北のコキクガシラコウモリ類と系統が異なる石垣島とα６島に生息する固有種であり，沖縄県危急種（絶滅の危険が増大しているもの）に指定されている。カグラは，東洋区系のカグラコウモリ類の北限に生息し，中国南西部からインド，タイ，マレー半島にかけて分布するヒマラヤカグラコウモリ群のうちで，最も小型で原始的な形質を持つ遺存種（かつては広く分布していたが，その後環境の変化などで衰退，分布を縮小し，現在では限られた場所に残るのみとなった種）とされ，個体間で身体が接触しないように２０ないし３０ｃｍの間隔を空けて懸垂する日本では唯一の種で，八重山諸島の固有種であり，環境省希少種，沖縄県絶滅危惧種（絶滅の危機に瀕しているもの）に指定されている。ユビナガは，八重山諸島のものが沖縄島のものよりやや大きいなど，各島しょでの遺伝的分化が進んでいると予想されるが，その全貌の解明はこれからの研究に委ねられる段階にあるという種であり，沖縄県危急種に指定されている。（乙２３の６－１２－１５４・１５５・１７２頁，用語解説－１３頁）
(4)ア新空港を設置する事業（以下「新空港設置事業」という。）を計画していた県は，平成１１年６月２２日に設置されたＰ１委員会の検討を経て，平成１２年４月，新空港の設置位置として，α３の北方にあるα４岳の南側陸上とするα４岳陸上案を採用することを決めた。
イ 県は，平成１４年１２月１２日，本件空港を設置する事業（α４岳陸上案に基づいて新空港設置事業を具体化するもの。評価法２条３項所定の第二種事業に当たる。以下「本件事業」という。）の概要等の評価法４条１項所定の事項を処分行政庁に届け出るとともに，同条６項に基づき，処分行政庁の判定を受けることなく，評価法の規定による環境影響評価の手続を行うこととした。（乙２４）
ウ 県は，平成１４年１２月，本件事業に係る環境影響評価を行う方法について評価法５条１項所定の事項を記載した環境影響評価方法書（乙１３。以下「本件方法書」という。）を作成し，同月１６日，評価法６条１項に基づき県知事（以下，単に「知事」という。）及び石垣市長宛てにこれを送付し，評価法７条に基づき，同月２４日，これを公告するとともに，同日から平成１５年１月２９日までの間，県土木建築部新石垣空港建設対策室等において縦覧に供した。（乙１３，２４）
エ 県は，本件方法書の縦覧期間満了の日の翌日である平成１５年１月３０日から起算して２週間を経過する日である同年２月１２日までの間，評価法８条１項に基づき，本件方法書に対する意見書の提出を受け付けるとともに，同期間が経過した後，これを取りまとめ，評価法９条に基づき，同月２８日，知事及び石垣市長宛てに意見の概要を記載した書類（乙１４）を送付した。（乙１４，２４）
オ 上記エの書類の送付を受けた知事は，評価法１０条に基づき，平成１５年５月２９日，本件方法書について環境の保全の見地からの意見を書面（乙１５）により述べた。
カ 県は，評価法１１条１項に基づき，本件事業に係る環境影響評価の項目並びに調査，予測及び評価の手法を選定し，評価法１２条に基づき，本件事業に係る環境影響評価を行った。
キ 県は，上記カの環境影響評価の結果について環境の保全の見地からの意見を聴くための準備として，評価法１４条１項に基づき，平成１６年３月，環境影響評価準備書（乙１６。以下「本件準備書」という。）を作成し，評価法１５条に基づき，同月２６日，知事及び石垣市長宛てにこれを送付し，評価法１６条に基づき，同月３０日，これを公告するとともに，同日から同年４月３０日までの間，県土木建築部新石垣空港建設対策室等において縦覧に供した。（乙１６，２４）
ク 県は，評価法１７条１項に基づき，上記縦覧期間内である平成１６年４月２１日に，石垣市内にある石垣市民会館において，説明会を開催した。（乙２４）
ケ 県は，評価法１８条１項に基づき，上記縦覧期間満了の日の翌日である平成１６年５月１日から起算して２週間を経過する日である同月１４日までの間，本件準備書に対する意見書の提出を受け付けるとともに，同期間経過後，提出された意見を取りまとめ，評価法１９条に基づき，同年５月３１日，知事及び石垣市長宛てに意見の概要及び当該意見についての事業者の見解を記載した書類（乙１７）を送付した。（乙１７）この書類の送付を受けた知事は，評価法２０条に基づき，事業者である県に対し，同年９月２８日，本件準備書について環境の保全の見地からの意見を書面（乙１８）により述べた。（乙１８）
（長文のため、ここでは本文の冒頭のみを掲載しています。全文はこのページの表示後に読み込まれます。原本は原本PDFをご覧ください。）
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/81932/detail5/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。
出典：「訟務重要判例集データベース」（法務省）（https://shoumudatabasep.moj.go.jp/hanreiSearch/HanreiSearch）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。訟務月報59巻6号1482頁。