主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 山形税務署長（麴町税務署長がその権限を承継。以下同じ。）が原告に対して平成１７年３月２５日付けでした原告の平成１１年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税に係る更正処分のうち所得金額２１８５万７６２０円及び納付すべき税額７５１万２７００円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定処分を取り消す。
２ 山形税務署長が原告に対して平成１７年３月２５日付けでした原告の平成１２年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税に係る更正処分のうち所得金額５６９７万５６５５円及び納付すべき税額１６３６万４５００円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定処分を取り消す。
３ 山形税務署長が原告に対して平成１７年３月２５日付けでした原告の平成１３年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税に係る更正処分のうち所得金額２３８８万５５９２円及び納付すべき税額６４６万６９００円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定処分を取り消す。
４ 山形税務署長が原告に対して平成１７年３月２５日付けでした原告の平成１４年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税に係る更正処分のうち所得金額マイナス（欠損金額）１０６万７４４５円及び納付すべき税額マイナス（還付金に相当する税額）６万５３２０円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定処分を取り消す。
５ 山形税務署長が原告に対して平成１７年３月２５日付けでした原告の平成１５年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税に係る更正処分のうち所得金額マイナス（欠損金額）２６１９万５３９１円及び納付すべき税額マイナス（還付金に相当する税額）３万６１８７円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定処分を取り消す。
第２ 事案の概要
１ 事案の要旨等
本件は，原告がその国外関連者であるＰ１（香港法人。平成１５年３月にＰ２から商号変更。以下「Ｐ１社」という。）との間でしたパチスロメーカー向けコインホッパー用モーター（以下「本件モーター」という。）の仕入取引（以下「本件取引」という。）に関し，山形税務署長が，平成１６年法律第１４号による改正前の租税特別措置法（以下「租特法」という。）６６条の４（同条は，平成１１年１月１日以降上記改正までに，数次にわたる改正を経ているが，これらの改正は，いずれも本件に影響しないため，これらの改正前の同条が適用されるべき場合も区別せず「租特法６６条の４」という。）第１項に規定する独立企業間価格を算定するために必要と認められる帳簿書類等が遅滞なく提示又は提出されなかったとして同条７項により算定した価格を本件取引の独立企業間価格と推定して平成１１年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「平成１１年１２月期」といい，平成１２年１２月期，平成１３年１２月期，平成１４年１２月期及び平成１５年１２月期についても同様にいう。）ないし平成１５年１２月期の各事業年度（以下「本件各事業年度」という。）の法人税についての更正処分（以下「本件各更正処分」という。）及び過少申告加算税賦課決定処分（以下「本件各賦課決定処分」といい，本件各更正処分と併せて「本件各更正処分等」という。）をしたのに対し，原告が，同項による推定の要件を欠き，推定された独立企業間価格は相当なものではなく，税務調査手続に重大な違法があったなどとして，本件各更正処分等の取消しを求める事案である。
２ 関係法令の定め
本件に関係する租特法６６条の４及び平成１６年政令第１０５号による改正前の租税特別措置法施行令（以下「租特令」という。）３９条の１２（同条は，平成１１年１月１日以降上記改正までに，数次にわたる改正を経ているが，これらの改正は，いずれも本件に影響しないため，これらの改正前の同条についても区別せず「租特令３９条の１２」という。）の定めは，別紙２のとおりである（以下，同別紙で定義した略語を本文中においても使用する。）。
３ 前提事実（争いのない事実，顕著な事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
(1) 原告等
ア 原告は，精密小型モーター・送風機・制御基板等の販売，海外委託生産品の販売並びに高性能モーター及び各種制御基板の設計・開発等を行っている株式会社であり，平成６年７月からパチスロ台用モーターの製造及び販売を行っている。
イ Ｐ１社は，平成１０年６月５日に設立された香港所在の外国法人である。
ウ Ｐ１社と原告は，いずれも原告代表者及びその親族によって全株式を保有されており，Ｐ１社は，租特令３９条の１２第１項２号（別紙２の２(1)イ）により，租特法６６条の４第１項に規定する原告の国外関連者に該当する。
(2) 本件取引等
ア 原告は，平成１１年１２月２８日以降，Ｐ１社から本件モーターを購入して，これをコインホッパーメーカー等に販売している。本件モーターは，原告における型番が○（製造業者であるＰ３株式会社（以下「Ｐ３社」という。）での型番は○），○（Ｐ３社の型番は○），○（○），○（Ｐ３社の型番は○）という４種類のモーター（以下，いずれも原告における型番で称する。）から成る。
○は，○をマイナーチェンジしたものであり，原告は，Ｐ１社から，○を，単価８９０円で，平成１１年に２万７９６２個，平成１２年に２４万５４２５個，平成１３年に４万２０００個購入し，○を，単価８７０円で，平成１２年に２３万１８００個，平成１３年に２１万９１７６個，平成１５年に１３万０２００個購入した。また，○及び○をＰ１社から購入した原告は，これを原告の関連会社である株式会社Ｐ４（以下「Ｐ４社」という。）に転売し，Ｐ４社等でギアを取り付けるなどの加工を行った上で原告が買い戻し，パチンコ台メーカーであるＰ５株式会社（以下「Ｐ５社」という。）に販売していた。
○は，○の改良型である。原告は，Ｐ１社から，○を，単価９７０円で購入していた。また，原告は，Ｐ１社から，○を，単価５００円で購入し，株式会社Ｐ６（以下「Ｐ６」という。）に，平成１３年５月頃までは単価５５５円，同年６月頃から平成１４年８月頃まで単価５２５円，同年９月頃以降は単価５００円で販売した。Ｐ６は，○をコインホッパーのメーカーであるＰ７株式会社（以下「Ｐ７社」という。）に単価９１０円（原告がＰ６に対し単価５５５円で販売したもの），単価８８０円（原告がＰ６に対し単価５２５円で販売したもの）又は単価８５５円（原告がＰ６に対し単価５００円で販売したもの）で転売していた。原告は，Ｐ６に対し，○を，平成１２年に９万３５９０個，平成１３年に単価９１０円で７万４９００個，単価８８０円で８万７２００個，平成１４年に単価８８０円で１４万９８００個，単価８５５円で５万個，平成１５年に３３万４０００個それぞれ販売した。
（以上，甲４０，乙１５，１６，１９，
２１，２７，２８，４４，６２の２）
イ 原告が，Ｐ１社から本件モーターを購入する取引（本件取引）は，租特法６６条の４第１項に規定する国外関連取引に該当する。
(3) 原告の本件各事業年度に係る法人税の申告状況等
ア 原告は，平成１１年１２月期の法人税の確定申告書（以下「平成１１年１２月期確定申告書」という。）を法定の期限までに山形税務署長に提出して，別紙３の確定申告欄のとおり，平成１１年１２月期の法人税の確定申告を行った。
イ 原告は，平成１２年１２月期の法人税の確定申告書（以下「平成１２年１２月期確定申告書」という。）を法定の期限までに山形税務署長に提出して，別紙４の確定申告欄のとおり，平成１２年１２月期の法人税の確定申告を行った。
ウ 原告は，平成１３年１２月期の法人税の確定申告書（以下「平成１３年１２月期確定申告書」という。）を法定の期限までに山形税務署長に提出して，別紙５の確定申告欄のとおり，平成１３年１２月期の法人税の確定申告を行った。
エ 原告は，平成１４年１２月期の法人税の確定申告書（以下「平成１４年１２月期確定申告書」という。）を法定の期限までに山形税務署長に提出して，別紙６の確定申告欄のとおり，平成１４年１２月期の法人税の確定申告（以下「平成１４年１２月期確定申告」という。）を行った。
オ 原告は，平成１５年１２月期の法人税の確定申告書（以下「平成１５年１２月期確定申告書」という。）を法定の期限までに山形税務署長に提出して，別紙７の確定申告欄のとおり，平成１５年１２月期の法人税の確定申告（以下「平成１５年１２月期確定申告」という。）を行った。
(4) 国税当局による原告に対する調査の経緯等
ア 山形税務署職員は，平成１４年４月頃から，原告に対する調査を行い，その結果，原告は，同年８月２６日，平成１２年１２月期及び平成１３年１２月期の法人税につき，修正申告書（以下，順に「平成１２年１２月期修正申告書」及び「平成１３年１２月期修正申告書」という。）を提出して，別紙４及び別紙５の各修正申告欄のとおり，修正申告（以下，順に「平成１２年１２月期修正申告」及び「平成１３年１２月期修正申告」という。）を行った。（乙１２４ないし１２６）
また，山形税務署長は，平成１４年８月３０日付けで，原告の平成１１年１２月期の法人税につき，別紙３の更正処分欄のとおり，減額更正処分（以下「平成１１年１２月期前回更正処分」という。）を行った。上記調査を通じて，山形税務署職員及び同職員を指導する立場にあった仙台国税局職員は，原告がパチスロメーカー等に販売するための小型モーターをＰ３（なお，実際にモーターを生産しているのは，中華人民共和国広東省所在のＰ８有限公司（以下「Ｐ３社中国工場」という。）である。）から直接仕入れていたが，平成１１年１２月に原告とＰ３社との取引にＰ１社を介在させて原告がＰ１社から本件モーターを仕入れるようになり，その後は，その仕入価格は２倍強に高騰したとの事実を把握した。（乙１２４）
イ(ア) 山形税務署職員は，平成１４年６月１０日，原告代表者及び原告の専務取締役であるＰ９（以下「Ｐ９専務」といい，原告代表者と併せて「原告代表者ら」という。）に対し，口頭で，本件モーターの仕入価格が上記アのように高騰した理由の説明を求めるとともに，Ｐ１社の財務諸表及び本件取引の価格算定資料の提示を求めた。（乙１２４）
(イ) 上記(ア)に対して，原告代表者は，仕入価格が高騰した理由については，Ｐ３社の納期遅延，品質管理を原因とするユーザーからのクレーム及び損害賠償に対応するためのものであると説明するとともに，平成１４年７月１日，「香港取引の経緯について」と題する書面（乙１７。以下「香港取引の経緯書面」という。）を提出した。（乙１２４）ウ(ア) 仙台国税局のＰ１０国際税務専門官（当時。以下「Ｐ１０調査官」という。）は，平成１５年１月３１日，原告に対し，①Ｐ１社の決算書写し及び納税申告書写し，②本件取引に係る契約書写し，③本件取引の取引価格の設定理由を記載した資料，④本件取引の取引価格の決定に関する社内検討資料等の提示を求める「資料提示の依頼について」と題する文書をファクシミリで送信した。（乙１８，１２４）
(イ) Ｐ１０調査官及び仙台国税局のＰ１１国際税務専門官（当時。以下「Ｐ１１調査官」という。）は，平成１５年２月１７日及び同月１８日に，原告の事務所に臨場し，原告代表者らと面接した。その際，原告代表者らは，本件取引の価格設定はＰ１社の担当者との間での口頭での価格交渉の結果合意したもので，検討資料は作成せず，Ｐ１社からのＱｕｏｔａｔｉｏｎ（見積書）があるだけである旨回答し，当該見積書（乙１９ないし２３）や原告とＰ１社との間で取り交わされた１９９８年（平成１０年）６月付けの取引条件を記載した書面等を提出したが，上記(ア)の①，③，④の書類は提示されなかった。このため，Ｐ１０調査官及びＰ１１調査官は，口頭で，上記書類の提示を求めた。（乙１２４）
(ウ) Ｐ１０調査官及びＰ１１調査官は，平成１５年３月１７日，原告の事務所に臨場し，原告代表者らと面接した。この時も，原告からは，Ｐ１社の決算書等の提示がなかったことから，Ｐ１０調査官は，口頭で，Ｐ１社の決算書類の提示を求めた。（乙１２４）
（長文のため、ここでは本文の冒頭のみを掲載しています。全文はこのページの表示後に読み込まれます。原本は原本PDFをご覧ください。）
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/82362/detail5/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。
出典：「訟務重要判例集データベース」（法務省）（https://shoumudatabasep.moj.go.jp/hanreiSearch/HanreiSearch）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。訟務月報60巻1号94頁。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2011/pdf/11823.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。