平成２７年３月５日判決言渡
平成２４年（行ウ）第１０５号法人税更正処分等取消請求事件
主文
１ 原告らの請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告らの負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 鈴鹿税務署長が平成２３年５月２４日付けでした原告Ｐ１株式会社の平成２０年４月１日から平成２１年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち納付すべき税額１３７５万２８００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
２ 鈴鹿税務署長が平成２３年５月２４日付けでした原告Ｐ１株式会社の平成２０年４月１日から平成２１年３月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち消費税の納付すべき税額につきマイナス（還付金の額に相当する税額）１２５万２２１８円を超える部分及び地方消費税の納付すべき税額につきマイナス（還付金の額に相当する税額）３１万３０５４円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
３ 鈴鹿税務署長が平成２３年５月２４日付けで原告株式会社Ｐ２に対してした平成２１年４月１日から平成２２年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得金額につきマイナス（欠損金額）１８２８万０４０９円を超える部分，納付すべき税額につきマイナス（還付金の額に相当する税額）８３万９４３１円を超える部分，翌期へ繰り越す欠損金につき１８２８万０４０９円を下回る部分及び過少申告加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要等
１ 事案の概要
本件は，①原告Ｐ１株式会社が，平成２０年４月１日から平成２１年３月３１日までの事業年度（以下「平成２１年３月期」といい，他の事業年度についても同様とする。）の法人税及び平成２０年４月１日から平成２１年３月３１日までの課税期間（以下「平成２１年３月課税期間」という。）の消費税・地方消費税（以下「消費税等」という。）についてそれぞれ確定申告をしたところ，鈴鹿税務署長から，これら確定申告には原告株式会社Ｐ２に対する寄附金を営業権の対価であるなどとして過剰に損金算入した違法があることなどを理由として，平成２３年５月２４日付けで，法人税の更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分並びに消費税等の更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分を受けたため，これらの処分（以下「本件原告Ｐ１各処分」という。）の各取消し（ただし，各更正処分については，上記確定申告により自ら確定させた納付すべき税額を超える部分に限る。）を求めた抗告訴訟（請求の趣旨１項及び２項に係る訴え）と，②原告株式会社Ｐ２が，平成２２年３月期の法人税について確定申告をしたところ，鈴鹿税務署長から，原告Ｐ１株式会社から受けた寄附金に係る受贈益の計上漏れがあることなどを理由として，平成２３年５月２４日付けで，法人税の更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分を受けたため，これらの処分（以下「本件原告Ｐ２各処分」といい，本件原告Ｐ１各処分と併せて，以下「本件各処分」という。）の各取消し（ただし，更正処分については，上記確定申告により自ら確定させた納付すべき税額等を超える部分に限る。）を求めた抗告訴訟（請求の趣旨３項に係る訴え）である。
２ 関係法令の定め
別紙１「関係法令の定め」記載のとおりである。
３ 前提事実（当事者間に争いがない事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実。以下，書証番号は，特記しない限り枝番を含む。）
(1) 原告ら
ア 原告Ｐ１株式会社（以下「原告Ｐ１」という。）は，ゴルフ場，スポーツ施設の設計，施工及びその経営等を目的として昭和６１年７月１８日に設立された株式会社（法人税法２条１０号の同族会社）である。（甲１９，２３，乙１，４，弁論の全趣旨）
イ 原告株式会社Ｐ２は，生コンクリートの製造・販売等を目的として昭和５９年１１月２８日に設立された株式会社（法人税法２条１０号の同族会社）であり，平成１２年１１月１５日，商号を旧商号（Ｐ３株式会社）から現在の商号である「株式会社Ｐ２」に変更した（以下では，商号変更の前後を問わず，「原告Ｐ２」という。）。（乙５，証人Ｐ４，弁論の全趣旨）
ウ 原告らの代表取締役は，現在，いずれもＰ５が務めている。
(2) Ｐ６（以下「本件ゴルフ場」という。）の概要等
ア 本件ゴルフ場は，三重県鈴鹿市α内にある敷地総面積７３万９４９０．６５㎡，１８ホール（パー７２）の預託金会員制のゴルフクラブである。（甲２３，４７，５１，５２，乙２９，４５，５１，証人Ｐ４，弁論の全趣旨）
イ 原告Ｐ２は，昭和６０年頃，本件ゴルフ場を建設・運営するための初期投資を始めた。その後，本件ゴルフ場の運営会社として原告Ｐ１が設立され，後記ウのとおり，本件ゴルフ場の会員（以下「本件会員」という。）から原告Ｐ１に対して保証金（以下「預託金」という。）が払い込まれるようになると，原告Ｐ２は，原告Ｐ１に対して本件ゴルフ場の開発に係る事業を承継し，事業承継後は，原告Ｐ１が本件ゴルフ場の開発を進めた。（甲７，乙５，原告ら代表者，弁論の全趣旨）
ウ 三重県知事は，昭和６２年１０月３０日，原告Ｐ１に対し，森林法に基づく開発行為の許可をした。これを受けて，原告Ｐ１は，本件ゴルフ場の建設予定地の開発行為を進め，併せて，昭和６２年１１月から平成２年１１月までの間，本件会員の募集を行った。本件ゴルフ場は，平成元年１０月９日に完成し，平成２年５月１２日から営業が開始された。本件ゴルフ場の営業開始後，原告Ｐ２は，ゴルフコースの増設改良工事などを担当し，平成４年１０月頃からは本件ゴルフ場の管理業務を担った。（甲６，７，２３，２４，２６，乙２１，３５，４５，証人Ｐ４，原告ら代表者，弁論の全趣旨）
(3) 原告らの間で締結された平成１６年４月１日付けの契約の概要等
ア 原告Ｐ１では，多くの会員について入会から１０年の預託金償還期限が到来する平成１０年頃から，預託金の返還を求める会員が増加し，これに応じるための資金繰りに追われるようになった。そこで，原告らは，原告Ｐ１が原告Ｐ２に対して本件ゴルフ場の施設や設備を賃貸し，原告Ｐ２において，原告Ｐ１に代わって本件ゴルフ場を運営することによってこれに対処することとし，平成１１年４月１日付けで，本件ゴルフ場の建物，施設及びその管理に関する契約（以下，「平成１１年契約」といい，同契約に係る契約書を「平成１１年契約書」という。）を締結した。（甲１，７，２３，２４，２６，乙４５，証人Ｐ４，原告ら代表者，弁論の全趣旨）
イ 原告Ｐ２は，平成１１年契約締結後，これに基づき，本件ゴルフ場を運営していたところ，平成１２年１２月１４日，原告Ｐ１を被告とする預託金返還請求訴訟に勝訴した本件会員から，原告Ｐ１に対する破産手続開始の申立てがされた。そこで，原告Ｐ１は，民事再生法に基づく再生手続開始の申立てをするため，平成１３年５月１７日付けで，平成１１年契約を合意解約した。（甲６，７，２３ないし２５，証人Ｐ４，原告ら代表者，弁論の全趣旨）
ウ 原告Ｐ１は，平成１３年１２月３日付けで，名古屋地方裁判所（以下「名古屋地裁」という。）に対し，民事再生法２１条１項に基づく再生手続開始の申立てをした。（甲７，乙４の２，８，弁論の全趣旨）
エ 原告Ｐ１は，平成１４年１月２１日午前１０時，名古屋地裁から，民事再生法３３条１項に基づく再生手続開始の決定を受けた。次いで，原告Ｐ１は，同法１７４条１項所定の再生計画認可決定を受け，同決定は，平成１５年２月４日に確定した。その後，同年３月３１日には再生計画に基づく配当が実施され，平成１６年１１月２６日，原告Ｐ１に対する再生手続は終結した。（甲１９，乙４の２，証人Ｐ４，弁論の全趣旨）
オ 原告らは，平成１６年４月１日付けの契約書（甲２。以下，「平成１６年契約書」といい，同契約書に基づく契約を「平成１６年契約」という。）を取り交わした。平成１６年契約書の概要は，別紙２「平成１６年契約書の概要」記載のとおりであり，これを平成１１年契約書と比較すると，①平成１１年契約書には，原告Ｐ１が，原告Ｐ２に対し，本件ゴルフ場の維持管理及び運営に必要な全ての物（ただし，本件ゴルフ場内の土地及び建物を除く。）を契約締結から１年後の簿価で売却し，契約締結から１年間は有償貸与とする旨の条項があったのに対し，平成１６年契約書には，これに対応する条項が存在しないこと，②平成１１年契約書では，契約期間は５年とし，期間満了３か月前までに意思表示がなければ５年間延長するとされていたのに対し，平成１６年契約書では，契約期間は３年とし，期間満了３か月前までに意思表示がなければ３年間延長するとされていたこと等の相違点はあったものの，そのほかは，平成１１年契約書とほぼ同じ内容であった。（甲１，２）
カ 本件ゴルフ場は，平成１６年契約が締結された平成１６年４月１日以降，原告Ｐ２によって運営され，同原告の決算書類上，本件ゴルフ場の利用者が支払う利用料金等は，同原告の売上げとして計上されており，本件ゴルフ場の維持・管理に必要な費用は，同原告によって支出された。本件訴訟において，原告Ｐ２が，同日以降，本件ゴルフ場の運営を行っていたことは，当事者間に争いがない。（甲３０ないし５６，弁論の全趣旨）
(4) 原告Ｐ１と株式会社Ｐ７（以下「Ｐ７」という。）との間で締結された契約の概要等
ア 原告Ｐ１は，平成１９年１０月頃，ゴルフ場の所有・運営等を目的とする株式会社であるＰ７に対し，本件ゴルフ場の買収を打診した。これを受けて，Ｐ７は，本件ゴルフ場の立地条件などを考慮した上で，本件ゴルフ場を買収することを決め，平成２０年１月頃から，Ｐ５や原告Ｐ１の顧問税理士であるＰ８（以下「Ｐ８税理士」という。）らとの間で買収交渉を進めた。（甲８，１４，２４，２６，乙２８，５０，証人Ｐ９，原告ら代表者，弁論の全趣旨）
イ 原告Ｐ１とＰ７は，平成２０年３月１８日付けで，本件ゴルフ場の譲渡に関する基本合意（以下「平成２０年基本合意」という。）をした。平成２０年基本合意では，原告Ｐ１が，新設分割の方法により設立する子会社に対して本件ゴルフ場の運営に必要な全資産を承継した上で，新設分割の際に当該子会社から割り当てられる同子会社の株式全てをＰ７に譲渡し，Ｐ７が，同株式の対価として本件ゴルフ場の価値に相当する金額を支払う方法により，本件ゴルフ場の買収を行うことなどが確認された。（甲３，８，乙２８，５０，証人Ｐ９）
ウ 平成２０年基本合意を受けて，原告Ｐ１は，平成２０年１０月１日付けで，新設分割の方法により株式会社Ｐ１０（以下「Ｐ１０社」という。）を設立した。その際，Ｐ１０社は，事前に定められた新設分割計画に基づいて発行された同社の普通株式２００株（以下「本件株式」という。）全部を原告Ｐ１に割り当てるとともに，同日，原告Ｐ１から，本件ゴルフ場に係る土地，地上権，家屋・構築物，事業用資産を譲り受けた。（甲１９，証人Ｐ９，弁論の全趣旨）
エ 原告Ｐ１とＰ７は，平成２０年１０月１日付けで，本件株式を譲渡の対象とする株式譲渡契約（以下「本件株式譲渡契約」という。）を締結した。本件株式譲渡契約では，原告Ｐ１がＰ７に対して本件株式を２０億５０００万円（以下「本件株式譲渡代金」という。）で譲渡することとされ，原告Ｐ１とＰ７の間では，同日，本件株式譲渡契約に基づき，本件株式の譲渡と本件株式譲渡代金全額の授受が行われた。（甲５，乙２９，原告ら代表者，弁論の全趣旨）
(5) 原告らの間で締結された平成２０年９月１日付けの契約の内容等
ア 原告らは，平成２０年９月１日付けで，「Ｐ６営業譲渡契約書」（甲４。以下，「平成２０年９月１日付け契約書」といい，同契約書に基づく契約を「平成２０年９月１日付け契約」という。）を取り交わした。平成２０年９月１日付け契約書には，①営業譲渡の基準日を平成２０年９月３０日として，原告Ｐ２が原告Ｐ１に対して本件ゴルフ場の営業権を譲渡すること，②営業権の譲渡の対価（原告Ｐ２が所有していた営業用動産の価格を含む。）は１４億２０００万円とすることなどが記載されていた。（甲４，１１，証人Ｐ４，原告ら代表者，弁論の全趣旨）
（長文のため、ここでは本文の冒頭のみを掲載しています。全文はこのページの表示後に読み込まれます。原本は原本PDFをご覧ください。）
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/85234/detail5/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2015/pdf/12620.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。