税務訴訟資料第２６５号－７６（順号１２６５９）
東京高等裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分等取消請求控訴事件
国側当事者・国（麻布税務署長）
平成２７年５月１３日棄却・確定
（第一審・東京地方裁判所、平成●●年（○○）第●●号、平成２６年８月２８日判決、本資料２６４号－１３９・順号１２５２０）
判決
控訴人国
同代表者法務大臣上川陽子
処分行政庁麻布税務署長
大坪亮太
同指定代理人小西俊輔
同小柳誠
同牧迫洋行
同大原高夫
同木村快
同今井努
同久木元剛美
同小山充義
同小林孝裕
同新迫裕美
同菅澤純也
被控訴人Ａ株式会社
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士宮崎裕子
同藤枝純
同田中昌利
同宇野総一郎
同神田遵
同南繁樹
同平川雄士
同中島慧
同遠藤努
主文
１ 本件控訴を棄却する。
２ 控訴費用は、控訴人の負担とする。
事実及び理由
第１ 控訴の趣旨
（主位的）
１ 原判決を取り消す。
２ 被控訴人の請求をいずれも棄却する。
（予備的その１）
原判決主文第１項ないし第４項を次のとおり変更する。
１ 処分行政庁が被控訴人に対し平成１６年６月２９日付けでした被控訴人の平成９年４月１日から平成１０年３月３１日までの事業年度の法人税の更正（ただし、平成１９年７月９日付け異議決定による一部取消し後のもの。以下「本件更正１」という。）のうち納付すべき税額５０８億７２１１万９３００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定（ただし、上記異議決定による一部取消し後のもの。以下「本件賦課決定１」といい、本件更正１と併せて「本件更正等１」という。）のうち過少申告加算税の税額２億４９７２万５０００円を超える部分を取り消す。
２ 処分行政庁が被控訴人に対し平成１６年６月２９日付けでした被控訴人の平成１０年４月１日から平成１１年３月３１日までの事業年度の法人税の更正（以下「本件更正２」という。）のうち納付すべき税額４８５億８４１４万４８００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定（以下「本件賦課決定２」といい、本件更正２と併せて「本件更正等２」という。）のうち過少申告加算税の税額１億６３５３万９０００円を超える部分を取り消す。
３ 処分行政庁が被控訴人に対し平成１６年６月２９日付けでした被控訴人の平成１２年４月１日から平成１３年３月３１日までの事業年度の法人税の更正（以下「本件更正３」という。）のうち納付すべき税額マイナス（還付金の額に相当する税額）１６億１２７５万２８２１円を下回る部分及び過少申告加算税賦課決定（以下「本件賦課決定３」といい、本件更正３と併せて「本件更正等３」という。）のうち過少申告加算税の税額１４６２万２０００円を超える部分を取り消す。
４ 処分行政庁が被控訴人に対し平成１６年６月２９日付けでした被控訴人の平成１３年４月１日から平成１４年３月３１日までの事業年度の法人税の更正（以下「本件更正４」という。）のうち納付すべき税額６６億６５００万８１００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定（以下「本件賦課決定４」といい、本件更正４と併せて「本件更正等４」という。）のうち過少申告加算税の税額１７５万７０００円を超える部分を取り消す。
（予備的その２）
原判決主文第１項、第２項及び第４項を次のとおり変更する。
１ 本件更正１のうち納付すべき税額４９９億６８９２万５５００円を超える部分及び本件賦課決定１のうち過少申告加算税の税額１億５９４０万６０００円を超える部分を取り消す。
２ 本件更正２のうち納付すべき税額４７８億０１８４万０７００円を超える部分及び本件賦課決定２のうち過少申告加算税の税額８５３０万９０００円を超える部分を取り消す。
４ 本件更正４のうち納付すべき税額６６億６６４９万９０００円を超える部分及び本件賦課決定４のうち過少申告加算税の税額１９０万６０００円を超える部分を取り消す。（主位的、各予備的共通）
訴訟費用は、第１、２審を通じ、被控訴人の負担とする。
第２ 事案の概要等
１ 事案の要旨
本件は、自動二輪車及び四輪車の製造及び販売を主たる事業とする内国法人である被控訴人が、その間接子会社であり、ブラジル連邦共和国（以下「ブラジル」という。）アマゾナス州に設置されたマナウス自由貿易地域（以下「マナウスフリーゾーン」という。）で自動二輪車の製造及び販売事業を行っている外国法人であるＢ Ltda（以下「Ｂ社」という。）及びその子会社との間で、自動二輪車の部品等の販売及び技術支援の役務提供取引（以下「本件国外関連取引」という。）を行い、それにより支払を受けた対価の額を収益の額に算入して、平成１０年３月期（平成９年４月１日から平成１０年３月３１日までの事業年度をいう。以下、他の事業年度についても同様である。）、平成１１年３月期、平成１３年３月期、平成１４年３月期及び平成１５年３月期（以下、これらの各事業年度を併せて「本件各事業年度」という。）の法人税の確定申告をしたところ、処分行政庁から、上記の支払を受けた対価の額が租税特別措置法（平成１０年３月期、平成１１年３月期及び平成１３年３月期については平成１３年法律第７号による改正前のもの、平成１４年３月期については平成１４年法律第７９号による改正前のもの、平成１５年３月期については平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下、これらの改正前のものを包括して「措置法」という。）６６条の４第２項１号ニ及び２号ロ、租税特別措置法施行令（平成１０年３月期、平成１１年３月期及び平成１３年３月期については平成１３年政令第１４１号による改正前のもの、平成１４年３月期及び平成１５年３月期については平成１６年政令第１０５号による改正前のもの。以下、これらの改正前のものを包括して「措置法施行令」という。）３９条の１２第８項に定める方法（以下「利益分割法」という。）により算定した独立企業間価格（以下「本件独立企業間価格」という。）に満たないことを理由に、措置法６６条の４第１項の国外関連者との取引に係る課税の特例（以下、この特例に基づく税制度を「移転価格税制」という。）の規定により、本件国外関連取引が本件独立企業間価格で行われたものとみなし、本件各事業年度の所得金額に本件独立企業間価格と本件国外関連取引の対価の額との差額を加算すべきであるとして、本件更正等１ないし４並びに、平成１６年６月２９日付けでされた被控訴人の平成１４年４月１日から平成１５年３月３１日までの事業年度の法人税の更正（ただし、平成１７年４月２７日付け更正による一部取消し後のもの。以下「本件更正５－１」という。）及び過少申告加算税賦課決定（ただし、同日付け変更決定による一部取消し後のもの。以下「本件賦課決定５」といい、本件更正５－１と併せて「本件更正等５－１」という。）、さらに平成１８年３月２８日付けでされた被控訴人の平成１４年４月１日から平成１５年３月３１日までの事業年度の法人税の更正（以下「本件更正５－２」という。）を受けたため、処分行政庁の所属する国を被告として、本件更正等１ないし本件更正等５－１並びに本件更正５－２（以下「本件各更正等」という。）の一部又は全部の取消しを求める事案である。ただし、被控訴人は、本件更正５－１と本件更正５－２については、選択的に取消しを求めている。
被控訴人は、処分行政庁がした本件独立企業間価格の算定（本件では、利益分割法のうちの残余利益分割法を用いている。）は、Ｂ社及びその子会社（以下「Ｂ社等」という。）がマナウスフリーゾーンで事業活動を行うことにより享受している税制上の利益（以下「マナウス税恩典利益」といい、その基礎となる税制度を「マナウス税恩典」という。）が、本来Ｂ社等が事業活動を行う市場の条件に基づくものであるからＢ社等に帰属すべきものであるのに、それが被控訴人にも配分されるべきものであることを前提としている点で既に誤っており、また、そのほか、被控訴人の貢献を過大に評価していて本件独立企業間価格の算定が高額に過ぎるなどとして、本件各更正等は違法である旨主張している。
本件の当事者等及び本件国外関連取引の概要は、原判決別図（Ａ㈱取引関係図）のとおりであり、また、本判決の本文及び各別紙において用いる略語のうち主要なものは、原判決別紙１（略語一覧）のとおりである。
原判決は、本件各更正等は、マナウス税恩典利益がＢ社等に属することの影響を考慮せずに残余利益分割法を適用して算定した本件独立企業間価格に基づくものであるところ、本件国外関連取引の対価が独立企業間価格に満たないとの立証があるとは認められないから、その余の点について判断するまでもなく違法であるとして被控訴人の各請求をいずれも認容したので、これを不服とする控訴人が、原判決を取り消して被控訴人の各請求を全て棄却することを求めて控訴した。なお、控訴人は、当審において、残余利益分割法の適用における必要な差異調整を行うなどすると、本件各更正等を一部取り消すことになるので、そのように原判決を変更することを求めるとの予備的主張１及び２を追加した。
２ 法令等の定め、前提事実、課税処分の根拠、争点及び当事者の主張の要旨
法令等の定め、前提事実、課税処分の根拠、争点及び当事者の主張の要旨は、下記のとおり原判決を補正し、下記第３の２のとおり控訴人の当審における補充主張及び予備的主張並びにこれらに対する被控訴人の反論を摘示するほかは、原判決の「事実及び理由」中の「第２事案の概要」の１ないし５に記載のとおりであるから、これを引用する。
（原判決の補正）
（１）１６頁１７行目、同１８行目、１７０頁１７行目及び同１８行目の各「過少申加算税」をいずれも「過少申告加算税」に改める。
（２）３２４頁５行目の「通常の事業状況にない」を「関連会社との取引割合の大きい」に改める。
第３ 当裁判所の判断
１ 当裁判所も、原審と同様に被控訴人の各請求はいずれも理由があると判断する。その理由は、下記２のとおり控訴人の当審における補充主張及び予備的主張並びにこれらに対する被控訴人の反論を摘示し、下記３のとおりこれらに対する判断を付加するほかは、原判決の「事実及び理由」中の「第３当裁判所の判断」に説示するとおりであるから、これを引用する。
２ 控訴人の当審における補充主張及び予備的主張並びにこれらに対する被控訴人の反論（１）控訴人の当審における補充主張
① 残余利益分割法の基本的利益の額の算定における検証対象法人と比較対象法人との間の事業活動を行う市場の類似性の判断は、総費用営業利益率に基づき行われるべきところ、マナウス税恩典利益の享受の有無は、総費用営業利益率に重要な影響を与えるものではない。仮に与えているとしても、重要な無形資産の寄与によるところが大きいものである。したがって、マナウス税恩典利益の享受は、本件におけるＢ社等と本件のブラジル側比較対象企業との間の市場の類似性を否定するものではない。
ア 原判決は、要旨以下のとおり判示する。
マナウス税恩典利益を享受する法人は、その輸入税（連邦税）及びＩＣＭＳ（州税）の負担が減免され、それにより売上原価が低減して、利益を増大させることができる。そうするとマナウス税恩典利益を享受している検証対象法人と、マナウス税恩典利益を享受していない比較対象法人とでは、市場の類似性はない。
本件でも、マナウス税恩典利益の享受がＢ社等の営業利益に大きな影響を及ぼしたことは明らかであるのに対し、控訴人がブラジル側比較対象法人としたブラジル側比較対象企業は、いずれもマナウスフリーゾーン外で事業をしており、マナウス税恩典利益を享受していないのであるから、両者の間に市場の類似性はなく、Ｂ社等との比較可能性を欠く。控訴人が、そのことについて何らの差異調整をしないまま、ブラジル側比較対象企業に基づきブラジル側基本的利益を算定し、本件独立企業間価格を算定したことは誤りである。
イ しかし、上記判断には誤りがある。
まず、残余利益分割法は、基本三法が使えない場合に適用される最後の手段（ラストリゾート）であるから（措置法６６条の４第２項１号ニ及び２号ロ）、その基本的利益の算定において、比較対象法人に求められる比較可能性の程度は、基本三法におけるそれより緩やかなものであり、検証対象法人と比較対象法人との間の市場の類似性を否定する理由となる差異は、比較の信頼性に重要な影響を与えることが客観的に明らかな差異に限られるべきである。
ウ 基本的利益の額の算定上、事業活動を行う市場の類似性の判断は、マナウス税恩典の利益の多寡や営業利益に占める割合ではなく、総費用営業利益率で判断すべきである。そして、以下の理由から、マナウス税恩典は、ブラジル側比較対象企業の総費用営業利益率に重要な影響を与えることが明らかであるとはいえない。
（ア）マナウス税恩典は、輸入税やＩＣＭＳの減免により売上原価の低減をもたらすものの、その低減額は、部品の輸入割合の多寡や、アマゾナス州以外の州からの部品や原材料の購入額の多寡といったような事業形態等により大きく異なるものである。
（イ）マナウス税恩典は、各種拠出金等の支出を伴う。
また、マナウスはブラジル北部の、アマゾンの奥地にあり、主要な大都市が集中するブラジル南東部はもちろん、ブラジル第３の人口を有する都市のある北東部からも遠隔の地にあって、マナウスフリーゾーンで操業することにより物流コスト及び保険料（物流コスト等）の増加がもたらされる。これは総費用営業利益率を低下させる。
Ｂ社等の物流コスト等の割合が高くないとしても、それは事業規模が大きいため大量輸送により費用効率が高められたためであり、重要な無形資産を有さず、一定の事業規模を達成できない法人には当てはまらない。
（ウ）マナウス税恩典利益を享受する企業は、中長期的な視点から、通常、市場シェアの拡大や維持を目指すという目的で、それを販売価格の低減に用いることが合理的に予測される。すなわち、マナウス税恩典利益は消費者に移転されることになり、これも総費用営業利益率を低下させる要素となる。現に、マナウス税恩典利益を享受している企業の最終製品は、そうでない企業の製品より約３割は安いとされている。
マナウス税恩典利益は事業規模に応じて増加するものであることから、現にＢ社等も、インフレーションが進む中でも販売価格を据え置くなどして、本件製品の販売量を増加させる事業戦略を採用してきた。
（エ）控訴人が現実に調査したところによると、マナウスフリーゾーン内に所在する法人であっても、その総費用営業利益率が、マナウスフリーゾーン外の法人のそれを常に下回っている例があることが判明した。また、マナウスフリーゾーン内に所在する各法人において、法人ごと、事業年度ごとに総費用営業利益率は千差万別であり、規則的な影響はなかった。
さらに、マナウスフリーゾーン内に所在する法人と、そうでない法人との間で、それぞれの総費用営業利益率の中位値の較差もわずかであった。
エ 仮に、マナウス税恩典が総費用営業利益率に重要な影響を与えているとしたら、それは、重要な無形資産の寄与によるものであり、基本的利益の算定における検証対象法人と比較対象法人との間の市場の類似性を否定するものではない。
すなわち、マナウス税恩典利益の多寡は、その仕組みから事業の規模と正の相関関係にあるところ、重要な無形資産を有しない法人の製品が、短期的にはともかく、長期にわたって市場からの支持を受けて事業の規模を拡大維持することはできない。重要な無形資産こそが、事業の規模を拡大維持させ、享受するマナウス税恩典利益を増加させ、もって総費用営業利益率の向上に重要な影響を与えるものである。
現に、マナウス税恩典利益を受けて自動二輪車市場で事業を行い、かつ重要な無形資産を有しない企業の１つは、平成１７年から販売台数及び販売シェアを急速に伸ばしたものの、平成２１年には大幅に販売台数が落ち（ただしこの年は自動二輪車の総生産台数が大幅に減少している。）、自動二輪車の総生産台数が増加傾向になった後も同社は販売台数を減らしたという事実がある。
以上のとおり、重要な無形資産の存在が、マナウス税恩典利益の拡大、ひいては総費用営業利益率の向上に重要な影響を与えている以上、マナウス税恩典利益は、残余利益分割法の性質上残余利益として観念すべきであり、その反面、マナウス税恩典利益を基本的利益の算定において考慮して、検証対象法人と比較対象法人との間の市場の類似性を否定することは相当でない。
② 当審における予備的主張１及び２
上記①のとおり、本件においてマナウス税恩典利益の享受の有無につき差異調整をする必要はない。
しかし、控訴人は、予備的に、以下のとおり総費用営業利益率の差について差異調整をするなどした上での、本件各更正等の一部取消しの主張をする。
ア 予備的主張その１
（ア）マナウス税恩典利益の影響を受けている状態のＢ社等の総費用営業利益率（Ｘ）と、そうでない状態の総費用営業利益率（Ｙ）から、マナウス税恩典利益がＢ社等の総費用営業利益率に与えている影響度（Ｚ）を求める。
Ｘは、Ｂ社等の営業利益（＝売上－総費用）を、総費用（＝原価＋販売管理費）で除した数値である。
Ｙは、上記の「（営業利益＝売上－総費用）／（総費用＝原価＋販売管理費）」の数式において、売上に関しては、その増加要因としてＩＣＭＳ税額免除及びＩＣＭＳ税減免があり、低減要因として各種拠出金等（ＦＭＰＥ等）があり、また、原価において、その増加要因として物流コスト等があり、低減要因としてＩＣＭＳみなし仕入税額控除及び輸入税の軽減があるので、これらの影響を排除して計算した数値となる。
Ｚは、ＸをＹで除した数値とする。
このＺを、マナウス税恩典利益を受けていない状態である本件のブラジル側基本的利益率に乗じると、マナウス税恩典利益を受けている状態のブラジル側基本的利益率となる。この差異調整後のブラジル側基本的利益率に、Ｂ社等の総費用から重要な無形資産の価値の指標となる費用の額を控除した額を掛け合わせると、差異調整後のＢ社等の基本的利益の額が算出される。
（イ）以上に基づき計算すると、原判決主文第１項ないし第４項は、前記第１の「予備的その１」のとおり変更されるべきである。
（計算過程は別紙１－１及び同１－２のとおり）
イ 予備的主張その２
仮に、被控訴人が原審で主張する、マナウス税恩典利益の全額を、ブラジル側基本的利益の額に加算する方法（なお、これは、残余利益分割法における差異調整として法令の規定に整合しないものである。）を採用したとしても、前記第１の「予備的その２」のとおり、原判決は一部変更されることになる。
（計算過程は別紙２－１及び同２－２のとおり）
ウ 被控訴人の反論に対する再反論
控訴人の予備的主張１及び２は、違法な理由の差し替えに該当しない。
課税処分取消訴訟の訴訟物は処分の違法性一般であり、当該課税処分によって確定した税額（租税債務）が、総額において租税実体法によって客観的に定まっている税額を超えていないか否かを審理の対象とするものであって、処分時と異なる理由を控訴人が主張しても、処分の同一性は失われず、青色申告者に対する更正処分に更正の理由の付記を求めた法（法人税法１３０条２項、所得税法１５５条２項）の趣旨に反しない理由の差し替えは認められる。
本件でも、残余利益分割法を採用していること、比較対象法人として、同一のブラジル側比較対象企業を用いていることには変わりなく、予備的主張１及び２で控訴人が主張した事実関係は、本件各更正等における事実（ブラジル側比較対象企業の基本的利益の額の算定）と直接関係する、いわば本件各更正等の延長上にある。また、いずれも、「国外関連者から支払を受ける対価の額が独立企業間価格に満たないこと」という同一の課税要件事実に係るものである。さらに、予備的主張１及び２は、差異調整をすべきであるという被控訴人の各主張に対応するものである。
よって、控訴人の予備的主張１及び２は、理由付記を求めた法の趣旨を害さず、適法な理由の差し替えとして許容されるべきものである。
（２）被控訴人の反論
ア 控訴人の上記①の補充主張は、おおむね原審でした主張の繰り返しにすぎず、理由がない。
イ 控訴人の予備的主張１及び２は、違法な理由の差し替えに該当するものであって許されない。
残余利益分割法において、検証対象取引と比較対象取引との間に差異がない旨の主張と、差異が存在するが調整することができるとの主張は、異なる課税要件事実に係るものであり、基本的な課税要件事実の同一性があるとはいえない。
被控訴人は青色申告書による申告の承認を受けた法人であり、課税処分の具体的根拠の開示を受けて、不服申立ての便宜が図られるという手続的な権利を保障されているところ、このような理由の差し替えは、上記手続的権利の保障の趣旨を没却するから、許されるべきではない。
ウ 予備的主張１に係る差異調整は不適切なものである。すなわち、控訴人の主張する差異調整は、Ｂ社等の全体の総費用及び営業利益について、すなわち、重要な無形資産の寄与に係る残余利益に係るものも含めて算定したＢ社等の総費用営業利益率を算定してなされている。これでは、重要な無形資産を持たないブラジル側比較対象企業の基本的利益についての適切な差異調整たり得ない。
また、控訴人が用いた物流コスト等の費用の証拠（甲１３３）は、物流コスト等の影響を考慮してもマナウス税恩典利益の影響が大きいことを証明するために保守的に（被控訴人に不利に）算定された内容のものであり、適切な差異調整に用いることができるほど精密なものではない。
予備的主張２についても、被控訴人の原審における主張は、マナウス税恩典利益がブラジル側比較対象企業の比較可能性を否定することの論証のためにしたものにすぎない。また、控訴人は、被控訴人が上記論証で加味した物流コスト等や人件費の較差について適切な差異調整を行っていない。
３ 前記２の各主張に対する当裁判所の判断
（１）上記主張①について
ア 残余利益分割法においては、基本三法に比較して、比較対象法人に求められる比較可能性の程度は緩やかであるとしても、また、総費用営業利益率により市場の類似性の判断をしたとしても、マナウス税恩典利益は、本件のブラジル側比較対象企業とＢ社等との比較可能性に重大な影響を及ぼすものであり、適切な差異調整をすることなくなされた本件各更正等は違法であり取り消されるべきことは、前記引用に係る原判決の説示及び後記当審における説示のとおりである。
イ マナウスフリーゾーンで操業することは、物流コスト等の増加をもたらし、また、各種拠出金等を負担することになって、これが総費用営業利益率の低下をもたらすことは、控訴人の主張するとおりである。しかし、以下に述べるとおり、これを考慮しても、マナウス税恩典利益は、Ｂ社等の営業利益を大きく増加させることは、原判決が説示するとおりである。
（ア）各種拠出金等の額は、ＩＣＭＳ税軽減額の６パーセント（中小企業奨励金、ＦＭＰＥ）、ＩＣＭＳみなし仕入税額控除額の１パーセント及び輸入品のＦＯＢ価格の２パーセント（観光・地方開発事業基金、ＦＴＩ）並びにＩＣＭＳみなし仕入税額控除額の１０パーセント（アマゾナス州立大学奨励金、ＵＥＡ）であり、これらは、マナウス税恩典利益の概ね１０パーセント程度にすぎないと概算される。
（イ）物流コスト等の増加分については、Ｂ社等において、多くともマナウス税恩典利益の３分の１未満であると推認することができ（甲１３３、２５３）、マナウス税恩典の総費用営業利益率に対する重要な影響を否定するとはいえない。
なお、控訴人は、事業規模が大きくなると、物流拠点等のインフラ設備を備えることにより物流コスト等を低減させることができるが、事業規模が小さいとそうではないので、一般的にいって、大都市から離れているマナウスフリーゾーンで操業している企業の物流コスト等は、総費用営業利益率をより低下させる旨主張する。
しかし、物流コスト等が、一般的に物流量に比例することは明らかであって、本件において、事業規模の大きい企業（Ｂ社等）とそうでない企業とで、物流コスト等により総費用営業利益率に顕著な差が生じると認めるに足りる証拠はなく、事業規模が小さくとも、その物流コストはマナウス税恩典利益の総費用営業利益率を押し上げる効果を大きく減殺するものではないと推認することができる。また、仮に控訴人が主張するような傾向があるとしても、残余利益分割法においても、比較対象法人の事業規模の類似は重要な選定要素の１つであり、そのことについての差異は（可能であれば）調整が図られるべきであるから、Ｂ社等の実情を１つの間接事実として、マナウスフリーゾーンで操業することの物流コスト等の総費用営業利益率における割合は大きくないと認定できるとの前記結論は左右されない。
（ウ）控訴人は、通常、事業者は販売シェアを拡大維持するために、販売価格の低下という事業戦略を採用し、マナウス税恩典利益はそのために用いられるから、総費用営業利益率の増加をもたらさない旨主張する。
しかし、事業者は利潤を追求しそれをできるだけ増加させようとするものであり、商品が市場で競争力を維持している限り、常に価格を低く設定するという事業戦略を採用するとはいえず、また、マナウス税恩典利益の全てを販売価格の低下に用いると認めるに足りる証拠はない。この点、改訂移転価格ガイドライン（乙７０）においても、「ある市場に浸透しようとしている又は市場シェアを伸ばそうとしている納税者は、同一市場の比較可能な製品よりも低い価格を一時的に設定するかもしれない。」としており、低価格戦略は一時的なものであると考えられるとの認識が示されている。なお、マナウス税恩典利益を享受して事業者が生産する最終製品の価格が、そうでない製品より約３割安いとする見解（甲２５５、乙２８）は、平成１５年当時のものであり、かつ、対象製品の限定がないものであって、本件製品に当てはまるとは認められない。
Ｂ社等が、インフレーションが進む中でも販売価格を維持していたとしても、平成９年以降は、おおむねインフレ率に見合うように販売価格が引き上げられており（乙２７）、Ｂ社等の各事業年度において、マナウス税恩典利益の大部分が販売価格の低下に用いられているとは認められず、反面、総費用営業利益率の向上に寄与しているといえる。
（エ）控訴人は、マナウス税恩典利益の有無は、一般的に総費用営業利益率に影響を与えない旨主張し、これに沿う証拠であるとして、マナウスフリーゾーン内にある複数の企業の総費用営業利益率に関する証拠として乙第１６９号証を提出する。
しかし、同証拠で掲げられている企業は、事業分野が多種多様であり、また、その事業規模や財務内容は必ずしも明らかでない。控訴人が自ら主張するとおり、マナウス税恩典利益の額は、部品の輸入割合の多寡や、アマゾナス州以外の州からの部品や原材料の購入額の多寡といったような事業形態等により大きく異なるものであるから、本件でも、被控訴人と事業規模や事業形態が類似する企業の平均値をもって論ずるべきであって、そうでない資料（乙１６９）に基づく分析結果をもって、本件におけるマナウス税恩典利益が、総費用営業利益率に重要な影響を与えるものではないと認めることはできない。
ウ 控訴人は、マナウス税恩典利益が総費用営業利益率に重要な影響を与えているとしても、それは、重要な無形資産の寄与によるものであるから、残余利益として観念すべきであり、基本的利益の算定における検証対象法人と比較対象法人との間の比較可能性（市場の類似性）を否定するものではない旨主張する。
確かに、マナウス税恩典の仕組み上、事業規模が大きくなれば、マナウス税恩典利益の額が増加するという相関関係が一般的に認められるのであり、また、販売量の拡大維持は、単に低価格であるだけでは達成できず、製品の品質や、知名度（市場における高い評価）等に大きく影響されることがあると認められるから（乙１７１参照）、マナウス税恩典利益の中には、販売量の維持拡大に寄与する重要な無形資産の寄与が含まれている場合があるということができる。しかし、他方で、事業規模の維持拡大には、それに必要な人的物的資本の投下や、事業の拡大をするという経営判断が必須であり、それら自体は重要な無形資産とはいい難い。そうすると、マナウス税恩典利益には、重要な無形資産の寄与による残余利益ではない部分、すなわち基本的利益が多く含まれていることもまた明らかである。
そうすると、仮に、マナウス税恩典利益のうち、重要な無形資産が寄与している部分が存在し得るとしても、それを直接把握することは困難ないし事実上不可能であり、そもそも、基本的利益に係る部分は、基本的利益の配分について考慮すべきであるから、本件でも、残余利益分割法にしたがって、マナウス税恩典利益を含む分割対象利益から、重要な無形資産を有しないブラジル側比較対象企業を選定し算定したブラジル側基本的利益と、日本側基本的利益を各控除し、残余利益を分割して独立企業間価格を算定すべきである。また、このようにすれば、比較可能性のあるブラジル側比較対象企業を選定し、適切な差異調整を行うことによって、マナウス税恩典利益に対する被控訴人及びＢ社等の重要な無形資産の寄与が大きい場合には、重要な無形資産を有さないブラジル側比較対象企業の営業利益は低く算定されることになり、Ｂ社等の基本的利益の額も少なく算定され、その分残余利益の額が増加して、マナウス税恩典利益のうち重要な無形資産の寄与に係る部分は、残余利益として被控訴人及びＢ社等に適切に分割され得るのであって、正に残余利益分割法の趣旨に沿う結果がもたらされることになるとも考えられる（しかしながら、本件で、適切な差異調整が行われたとはいえないことは、前記のとおりである。）。逆に、マナウス税恩典利益を残余利益と観念して、比較対象法人の選定において考慮しないことは、マナウス税恩典利益に含まれる基本的利益に係る部分の配分を誤ることになり、相当でない。
エ 以上のとおりであるから、控訴人の上記主張①は理由がなく、採用することができない。
（２）上記主張②について
ア 控訴人の各予備的主張の適法性について（適法な理由の差し替えに該当するか。）
控訴人は、当初は、本件各更正等において、ブラジル側比較対象企業がマナウス税恩典利益を享受していないことについて、差異調整を行う必要はないと主張していたものである。
これに対し、当審における控訴人の予備的主張１は、この差異調整を行うというものである。しかし、「本件国外関連取引の対価が独立企業間価格に満たないこと」という同一の課税要件事実に属し、ブラジル側比較対象企業の基本的利益の算定に直接関連するものであるとしても、マナウス税恩典が差異調整を要しないものであるとする場合と、差異調整を行うとする場合とでは、主張立証の対象となる事実が相当程度異なることになるのであるから、納税者としては、新たな攻撃防御を尽くすことを強いられ、かつ、その負担は軽くないというべきである。
また、予備的主張２についても、被控訴人に物流コスト等や人件費較差について新たな攻撃防御を強いることになる。
したがって、理由付記を求めている法の趣旨に照らすと、予備的主張１及び２は、いずれも違法な理由の差し替えに該当し許されないと解すべきである。
なお、仮に、控訴人の予備的主張１及び２が適法な理由の差し替えとして許容されるとしても、いずれも理由がないものであることは下記イ及びウのとおりである。
イ 予備的主張１について
控訴人の主張する予備的主張１は、Ｂ社等における残余利益及びそれに係る費用も含めた総費用営業利益率をもって、マナウス税恩典利益の享受の影響度を算定し、それをもってマナウス税恩典利益を享受する場合のブラジル側基本的利益率を差異調整して、Ｂ社等の基本的利益を算定するというものである。
しかし、この差異調整には、次のような問題がある。
（ア）残余利益分割法によると、重要な無形資産を有しないブラジル側比較対象企業の基本的利益から、Ｂ社等の基本的利益を算定すべきである。しかし、控訴人の予備的主張１では、残余利益も含めたＢ社等の総費用及び営業利益を一括して総費用営業利益率を算定し、それを、マナウス税恩典利益がない場合の総費用営業利益率で除した数値で差異調整を行っていて、それによると、基本的利益の算定に含まれるべきでない残余利益及びその発生に係る費用が計算式に混入していることになり、基本的利益の差異調整として許容される範囲の較差になっているとの保証がない。
（イ）また、Ｂ社等におけるマナウス税恩典利益の享受の影響度を、ブラジル側比較対象企業にそのまま当てはめることができるとの前提に問題がある。控訴人が主張するとおり、マナウス税恩典利益の多寡は、部品の輸入割合の多寡や、アマゾナス州以外の州からの部品や原材料の購入額の多寡といったような事業形態等により大きく異なるものであるから、Ｂ社等における影響度が、そのまま本件のブラジル側比較対象企業に当てはまると認めるに足りる証拠はない。
以上からは、控訴人が予備的主張１において採用している差異調整は適切なものとはいえず、採用できない。
ウ 予備的主張２について
予備的主張２について、控訴人は、原審における被控訴人の主張（差異調整）に沿う形で差異調整を行った場合でも、本件各更正等は一部取り消されるにとどまる旨主張するものである。
しかし、控訴人が指摘する原審での被控訴人の主張は、マナウス税恩典利益の有無が、基本的利益の多寡に大きく影響する市場条件であり、それがないブラジル側比較対象企業には比較可能性がないか、少なくとも適切な差異調整が必要である旨指摘するために、試みとして差異調整を行ったものにすぎず、その内容は必ずしも正確なものではない。
また、Ｂ社等の部品の内製率は低くなく、その調達においては物流コストは高くないとうかがわれるし、また、ブラジル北部の自動二輪車の需要は低くなく、そこに出荷する場合は、ブラジル南東部の企業より物流コスト上はかえって有利であるから、物流コスト等の影響について、それらを踏まえて差異調整を要する可能性がある。さらに、大都市が多いブラジル南東部に比べて、マナウスでは、人件費が低い可能性がある。それらについての差異調整の必要性がないとは断定できない。そして、これらの差異調整をする場合の方法及び内容については、必ずしも明らかではない。
以上のとおりであるから、控訴人の予備的主張２において採用している差異調整は適切なものとはいえず、採用できない。
４ そのほか、控訴人が縷々主張するところは、上記原判決の結論及び当審の判断を左右するものではない。
第４ 以上によれば、原判決の判断は正当として是認することかできる。よって、本件控訴は理由がないからこれを棄却することとし、主文のとおり判決する。
東京高等裁判所第１２民事部
裁判長裁判官杉原則彦
裁判官高瀬順久
裁判官朝倉佳秀
（別紙１－１）
１ 平成１０年３月期
本判決本文第３の２（１）②アの控訴人の主張を前提とした場合、被控訴人の平成１０年３月期の所得金額は２１６６億９５０５万２１１４円、納付すべき法人税額は５０８億７２１１万９３００円である。したがって、平成１０年３月期の本件更正１のうち、所得金額２１６６億９５０５万２１１４円、納付すべき法人税額５０８億７２１１万９３００円を下回る部分は適法である。
これらの計算根拠は次のとおりであり、別表１はこれを取りまとめたものである。
（１）所得金額（別表１③欄）
２１６６億９５０５万２１１４円
上記金額は、次のアの金額にイの金額を加算した金額である。
ア 本件直前更正１における所得金額（別表１①欄）
２１００億３５７０万３２３９円
上記金額は、本件直前更正１における所得金額と同額である。
イ 所得金額に加算すべき金額（別表１②欄）
６６億５９３４万８８７５円
上記金額は、被控訴人が平成１０年３月期において被控訴人の国外関連者であるＢ社等との間で行った本件国外関連取引について、被控訴人がＢ社等から支払を受ける対価の額が、平成１０年３月期分独立企業間価格に満たないことから、措置法６６条の４第１項（平成１４年法律第７９号による改正前のもの。以下同じ。）の規定に基づき、本件国外関連取引が平成１０年３月期分独立企業間価格により行われたものとみなして算出された被控訴人の平成１０年３月期の所得金額に加算すべき金額である。
（２）所得金額に対する法人税額（別表１④欄）
８１２億６０６４万４５００円
上記金額は、前記（１）の所得金額（通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額。以下同じ。）に法人税法６６条（平成１０年法律第２４号による改正前のもの）に規定する税率（１００分の３７．５）を乗じて計算した金額である。
（３）法人税額の特別控除額（別表１⑤欄）
７８億０１４４万２６２５円
上記金額は、措置法４２条の４（平成１０年法律第２３号による改正前のもの）に規定する試験研究費の額が増加した場合の法人税額の特別控除額であり、本件直前更正１における金額と同額である。
（４）法人税額から控除される所得税額等（別表１⑥欄）
２２５億８７０８万２５００円
上記金額は、法人税法６８条（平成１５年法律第８号による改正前のもの。以下同じ。）に規定する法人税額から控除される所得税額１０億０２４２万９７６３円及び同法６９条（平成１０年法律第２４号による改正前のもの）に規定する法人税額から控除される外国税額２１５億８４６５万２７３７円の合計額であり、本件直前更正１における金額と同額である。
（５）納付すべき法人税額（別表１⑦欄）
５０８億７２１１万９３００円
上記金額は、前記（２）の金額から前記（３）の金額と前記（４）の金額を差し引いた金額（通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額。以下同じ。）である。
（６）既に納付の確定した本税額（別表１⑧欄）
４８３億７４８６万３５００円
上記金額は、本件直前更正１において確定した法人税額と同額である。
（７）差引納付すべき法人税額（別表１⑨欄）
２４億９７２５万５８００円
上記金額は、前記（５）の金額から前記（６）の金額を差し引いた金額であり、被控訴人が新たに納付すべき法人税額である。
２ 平成１１年３月期
本判決本文第３の２（１）②アの控訴人の主張を前提とした場合、被控訴人の平成１１年３月期の所得金額は２７３１億０２６９万１５２３円、納付すべき法人税額は４８５億８４１４万４８００円である。したがって、平成１１年３月期の本件更正２のうち、所得金額２７３１億０２６９万１５２３円、納付すべき法人税額４８５億８４１４万４８００円を下回る部分は適法である。
これらの計算根拠は次のとおりであり、別表２はこれを取りまとめたものである。
（１）所得金額（別表２④欄）
２７３１億０２６９万１５２３円
上記金額は、次のアの金額にイの金額を加算し、ウの金額を減算した金額である。
ア 本件直前更正２における所得金額（別表２①欄）
２６８３億６２４０万７１１８円
上記金額は、本件直前更正２における所得金額と同額である。
イ 所得金額に加算すべき金額（別表２②欄）
５５億３９４０万６１０５円
上記金額は、被控訴人が平成１１年３月期において被控訴人の国外関連者であるＢ社等との間で行った本件国外関連取引について、被控訴人がＢ社等から支払を受ける対価の額が、平成１１年３月期分独立企業間価格に満たないことから、措置法６６条の４第１項の規定に基づき、本件国外関連取引が平成１１年３月期分独立企業間価格により行われたものとみなして算出された被控訴人の平成１１年３月期の所得金額に加算すべき金額である。
ウ 事業税の損金算入額（別表２③欄）
７億９９１２万１７００円
上記金額は、本件更正１のうち前記１に述べた適法である部分の所得金額と本件直前更正１における所得金額の差額に、地方税法７２条の２２第１項（平成１０年法律第２７号による改正前のもの）に定められている事業税の標準税率である１２．０％を乗じて算出された事業税相当額であり、法人税基本通達９－５－２により、損金の額に算入される金額である。
（２）所得金額に対する法人税額（別表２⑤欄）
９４２億２０４２万８３９５円
上記金額は、前記（１）の所得金額に法人税法６６条（平成１８年法律第１０号による改正前のもの）に規定する税率（１００分の３４．５）を乗じて計算した金額である。
（３）法人税額の特別控除額（別表２⑥欄）
４３億００８１万８２２４円
上記金額は、措置法４２条の４（平成１１年法律第９号による改正前のもの）に規定する試験研究費の額が増加した場合の法人税額の特別控除額であり、本件直前更正２における金額と同額である。
（４）法人税額から控除される所得税額等（別表２⑦欄）
４１３億３５４６万５３１４円
上記金額は、法人税法６８条に規定する法人税額から控除される所得税額９億５５９５万５４２３円及び同法６９条（平成１１年法律第１６０号による改正前のもの）に規定する法人税額から控除される外国税額４０３億７９５０万９８９１円の合計額であり、本件直前更正２における金額と同額である。
（５）納付すべき法人税額（別表２⑧欄）
４８５億８４１４万４８００円
上記金額は、前記（２）の金額から前記（３）の金額と前記（４）の金額を差し引いた金額である。
（６）既に納付の確定した本税額（別表２⑨欄）
４６９億４８７４万６８００円
上記金額は、本件直前更正２において確定した法人税額と同額である。
（７）差引納付すべき法人税額（別表２⑩欄）
１６億３５３９万８０００円
上記金額は、前記（５）の金額から前記（６）の金額を差し引いた金額であり、被控訴人が新たに納付すべき法人税額である。
３ 平成１３年３月期
本判決本文第３の２（１）②アの控訴人の主張を前提とした場合、被控訴人の平成１３年３月期の所得金額は１９３３億７４８５万１７２０円、納付すべき法人税額はマイナス（還付金の額に相当する税額）１６億１２７５万２８２１円である。したがって、平成１３年３月期の本件更正３のうち、所得金額１９３３億７４８５万１７２０円、納付すべき法人税額マイナス１６億１２７５万２８２１円を下回る部分は適法である。
これらの計算根拠は次のとおりであり、別表３はこれを取りまとめたものである。なお、「△」を付した金額は、マイナスの金額あるいは還付額を意味する。
（１）所得金額（別表３⑦欄）
１９３３億７４８５万１７２０円
上記金額は、次のアの金額にイの金額を加算し、ウの金額を減算した金額である。
ア 本件直前更正３における所得金額（別表３①欄）
１９２９億５３０８万９１９５円
上記金額は、本件直前更正３における所得金額と同額である。
イ 所得金額に加算すべき金額
４億２２３６万１００２円
上記金額は、次の（ア）ないし（エ）の金額を合計した金額である。
（ア）国外関連者に対する所得移転金額（別表３②欄）
１２４３万６２１７円
上記金額は、被控訴人が平成１３年３月期において被控訴人の国外関連者であるＢ社等との間で行った本件国外関連取引について、被控訴人がＢ社等から支払を受ける対価の額が、平成１３年３月期分独立企業間価格に満たないことから、措置法６６条の４第１項の規定に基づき、本件国外関連取引が平成１３年３月期分独立企業間価格により行われたものとみなして算出された被控訴人の平成１３年３月期の所得金額に加算すべき金額である。
（イ）売上の計上漏れ（別表３③欄）
１億６１４０万１４４０円
上記金額は、被控訴人が技術指導料の収益計上基準として役務提供完了基準を採用していたところ、平成８年９月１日に被控訴人と国外関連者であるトルコのｎ（ｎ）との間で締結したMemorandum on Exchange of Technicians（技術者交換覚書）に基づく技術指導料について、平成１３年３月期中に役務の提供を完了していたにもかかわらず技術指導料の収入として益金の額に算入しなかった金額であるから、益金の額に算入すべき金額である。
（ウ）損金の額に算入されない国外関連者に対する寄附金の額（別表３④欄）
１３０万３５００円
上記金額は、被控訴人が被控訴人の国外関連者であるｑとの技術者派遣契約に基づき請求すべき技術指導料のうち免除した金額であるが、免除することに相当の理由はないことから、当該金額をｑに対する寄附金の額と認めたものである。当該金額は、国外関連者に対する寄附金であるから、措置法６６条の４第３項（平成１４年法律第７９号による改正前のもの）の規定により、損金の額に算入されない。
（エ）減価償却資産の償却超過額（別表３⑤欄）
２億４７２１万９８４５円
上記金額は、減価償却資産である内燃力又はガス発電設備、焼却炉、ガソリン地下タンク及び計量機について、減価償却の算出に係る耐用年数の適用を誤ったことにより、正当な耐用年数に基づき算出された償却限度額を超えて損金の額に算入された金額であるから、法人税法３１条１項（平成１３年法律第６号による改正前のもの）の規定により、損金の額に算入されない。
ウ 貸倒引当金の繰入限度額超過額の過大額（別表３⑥欄）
５９万８４７７円
上記金額は、法人税法５２条２項（平成１３年法律第６号による改正前のもの）に規定する一括評価金銭債権に係る貸倒引当金について、前記イ（イ）により売掛金の額が１億６１４０万１４４０円増加することに伴い、法人税法施行令９６条２項（平成１３年政令第１９４号による改正前のもの）の規定に基づき、期末一括売掛債権等の額に１億６１４０万１４４０円を加算することにより貸倒引当金の損金算入額の再計算を行った結果、当期繰入限度額が５９万８４７７円増加することとなるため、損金の額に算入される金額である。
（２）所得金額に対する法人税額（別表３⑧欄）
５８０億１２４５万５３００円
上記金額は、前記（１）の所得金額に、負担軽減措置法１６条に規定する税率（１００分の３０）を乗じて計算した金額である。
（３）法人税額の特別控除額（別表３⑨欄）
５６億１４３８万２９９２円
上記金額は、措置法４２条の４（平成１３年法律第７号による改正前のもの）に規定する試験研究費の額が増加した場合の法人税額の特別控除額であり、本件直前更正３における金額と同額である。
（４）法人税額から控除される所得税額等（別表３⑩欄）
５２３億９８０７万２３０８円
上記金額は、法人税法６８条に規定する法人税額から控除される所得税額及び同法６９条（平成１３年法律第６号による改正前のもの）に規定する法人税額から控除される外国税額の合計額であり、前記（２）の金額から前記（３）の金額を差し引いた金額を限度として法人税額から控除される金額である。
（５）納付すべき法人税額（別表３⑪欄）
△１６億１２７５万２８２１円
上記金額は、前記（４）において平成１３年３月期の法人税額から控除しきれなかった所得税額及び外国税額の金額であり、控除の対象となる所得税額１７億３０４４万８７０２円及び控除の対象となる外国税額５２２億８０３７万６４２７円の合計額５４０億１０８２万５１２９円から、前記（４）の金額を差し引いて算出される還付所得税額等の金額である。
（６）既に納付の確定した本税額（別表３⑫欄）
△１７億５８９８万１９２４円
上記金額は、本件直前更正３において確定した還付所得税額等の金額と同額である。
（７）差引納付すべき法人税額（別表３⑬欄）
１億４６２２万９１００円
上記金額は、前記（５）の金額から前記（６）の金額を差し引いた金額であり、被控訴人が新たに納付すべき法人税額である。
４ 平成１４年３月期
本判決本文第３の２（１）②アの控訴人の主張を前提とした場合、被控訴人の平成１４年３月期の所得金額は２８１０億９６７９万４８７４円、納付すべき法人税額は６６億６５００万８１００円である。したがって、平成１４年３月期の本件更正４のうち、所得金額２８１０億９６７９万４８７４円、納付すべき法人税額６６億６５００万８１００円を下回る部分は適法である。これらの計算根拠は次のとおりであり、別表４はこれを取りまとめたものである。
（１）所得金額（別表４⑪欄）
２８１０億９６７９万４８７４円
上記金額は、次のアの金額にイの金額を加算し、ウの金額を減算した金額である。
ア 本件直前更正４における所得金額（別表４①欄）
２８０５億０４９６万６２３８円
上記金額は、本件直前更正４における所得金額と同額である。
イ 所得金額に加算すべき金額
５億９２２５万０８３７円
上記金額は、次の（ア）ないし（キ）の金額を合計した金額である。
（ア）国外関連者に対する所得移転金額（別表４②欄）
２億９８５３万３０２２円
上記金額は、被控訴人が平成１４年３月期において被控訴人の国外関連者であるＢ社等との間で行った本件国外関連取引について、被控訴人がＢ社等から支払を受ける対価の額が、平成１４年３月期分独立企業間価格に満たないことから、措置法６６条の４第１項の規定に基づき、本件国外関連取引が平成１４年３月期分独立企業間価格により行われたものとみなして算出された被控訴人の平成１４年３月期の所得金額に加算すべき金額である。
（イ）売上の計上漏れ（別表４③欄）
２０７７万８２１１円
上記金額は、被控訴人が技術指導料の収益計上基準として役務提供完了基準を採用していたところ、平成１４年３月期において役務の提供を完了していたにもかかわらず技術指導料の収入として益金の額に算入しなかった金額であり、益金の額に算入すべき金額である。
（ウ）損金の額に算入されない国外関連者に対する寄附金の額（別表４④欄）
１４２９万１１００円
上記金額は、被控訴人が被控訴人の国外関連者であるｑから収受すべき技術指導料を免除したことによる寄附金の額であるから、措置法６６条の４第３項の規定により、損金の額に算入されない。
（エ）売上原価の過大計上額（別表４⑤欄）
１億１０３１万２４３２円
上記金額は、被控訴人が「Ⓢ」（●●、合弁会社の工場立上げ）中のＥＮＧ基幹部品現調費用として損金の額に算入した金額であるが、平成１４年３月期においてその役務は提供されていないから、損金の額に算入されない。
（オ）減価償却資産の償却超過額（別表４⑥欄）
１億３７７３万７５９５円
上記金額は、減価償却資産である内燃力又はガス発電設備、焼却炉、ガソリン地下タンク及び計量機について、適用すべき耐用年数を誤ったことにより、償却限度額を超えて損金の額に算入された金額であるから、法人税法３１条１項（平成１６年法律第１４号による改正前のもの）の規定により、損金の額に算入されない。
（カ）子会社株式の取得価額に算入すべき額（別表４⑦欄）
１０００万００００円
上記金額は、被控訴人が情報収集費として損金の額に算入した金額であるが、被控訴人が被控訴人の子会社である株式会社ｔの株式を取得するために要した費用であり、子会社株式の取得価額に含めるべきものであるから、損金の額に算入されない。
（キ）貸倒引当金の繰入限度超過額の過大額の戻入れ（別表４⑧欄）
５９万８４７７円
上記金額は、本件更正３において損金の額に算入された一括評価金銭債権に係る貸倒引当金の繰入額（前記３（１）ウ）と同額である。当該金額は、法人税法５２条９項（平成１４年法律第７９号による改正前のもの）の規定により、翌事業年度において、益金の額に算入される（なお、この点については、通則法６５条４項に規定する正当な理由が認められる。）。
ウ 貸倒引当金の繰入限度超過額の過大額（別表４⑨欄）
４２万２２０１円
上記金額は、法人税法５２条２項（平成１４年法律第７９号による改正前のもの）に規定する一括評価金銭債権に係る貸倒引当金について、前記３（１）イ（イ）及び前記イ（イ）により売掛金の額が１億８２１７万９６５１円増加することに伴い、法人税法施行令９６条２項（平成１４年政令第２７１号による改正前のもの）の規定に基づき計算した損金の額に算入される金額が４２万２２０１円増加することとなるため、損金の額に算入される金額である。
（２）所得金額に対する法人税額（別表４⑫欄）
８４３億２９０３万８２００円
上記金額は、前記（１）の所得金額に負担軽減措置法１６条に規定する税率（１００分の３０）を乗じて計算した金額である。
（３）法人税額の特別控除額（別表４⑬欄）
８４億７８１１万８９９０円
上記金額は、措置法４２条の４（平成１４年法律第１５号による改正前のもの）に規定する試験研究費の額が増加した場合等の法人税額の特別控除額であり、本件直前更正４における金額と同額である。
（４）法人税額から控除される所得税額等（別表４⑭欄）
６９１億８５９１万１０８６円
上記金額は、次のアの金額とイの金額を合計した額である。
ア 法人税額から控除される所得税額
９億２００８万３７９７円
上記金額は、法人税法６８条に規定する法人税額から控除される所得税額であり、本件直前更正４における金額と同額である。
イ 法人税額から控除される外国税額
６８２億６５８２万７２８９円
上記金額は、次の（ア）の金額と（イ）の金額を合計した金額である。
（ア）本件直前更正４に係る法人税額から控除される外国税額
６８１億０６０３万３７２９円
上記金額は、法人税法６９条（平成１４年法律第７９号による改正前のもの）に規定する法人税額から控除される外国税額であり、本件直前更正４における金額と同額である。
（イ）控除される外国税額の増加額
１億５９７９万３５６０円
上記金額は、法人税額から控除される金額であり、法人税法６９条（平成１４年法律第７９号による改正前のもの）の規定に基づき計算した外国税額控除限度額が６８２億６５８２万７２８９円であることから、本件直前更正４における控除額６８１億０６０３万３７２９円との差額１億５９７９万３５６０円が控除されることとなる。
（５）納付すべき法人税額（別表４⑮欄）
６６億６５００万８１００円
上記金額は、前記（２）の金額から前記（３）の金額と前記（４）の金額を差し引いた金額である。
（６）既に納付の確定した本税額（別表４⑯欄）
６６億４７２５万３２００円
上記金額は、本件直前更正４において確定した法人税額と同額である。
（７）差引納付すべき法人税額（別表４⑰欄）
１７７５万４９００円
上記金額は、前記（５）の金額から前記（６）の金額を差し引いた金額であり、被控訴人が新たに納付すべき法人税額である。
（別紙１－２）
本判決本文第３の２（１）②アの控訴人の主張を前提とした場合、本件各更正のうち、平成１０年３月期、平成１１年３月期、平成１３年３月期及び平成１４年３月期に係る本件更正１ないし４については、別紙１－１の１ないし４に記載の範囲で適法であるところ、本件更正１ないし４の適法である部分により新たに納付すべき法人税額の基礎となった事実のうち、本件更正１ないし４の前において税額の基礎とされていなかったことについて、通則法６５条４項に規定する「正当な理由」があると認められる部分は、本件更正４における益金の額に算入される貸倒引当金の繰入限度超過額過大戻入に係る５９万８４７７円の部分（別紙１－１の４（１）イ（キ））であり、これ以外に「正当な理由」があるとは認められない。
したがって、平成１０年３月期、平成１１年３月期、平成１３年３月期及び平成１４年３月期について、本件更正１ないし４のうち本判決本文第３の２（１）②アの控訴人の主張を前提とした場合に適法である部分に伴って課されるべき過少申告加算税の各金額は、次の（１）ないし（４）のとおりである。
そうすると、本判決本文第３の２（１）②アの控訴人の主張を前提とした場合、本件賦課決定１のうち過少申告加算税２億４９７２万５０００円を下回る部分、本件賦課決定２のうち過少申告加算税１億６３５３万９０００円を下回る部分、本件賦課決定３のうち１４６２万２０００円を下回る部分、本件賦課決定４のうち１７５万７０００円を下回る部分についてはいずれも適法である。
１ 平成１０年３月期
２億４９７２万５０００円
上記金額は、本件更正１のうち適法な部分に係る差引納付すべき法人税額２４億９７２５万円（別紙１－１の１（７）の金額。通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後の金額。以下同じ。）に、通則法６５条１項に基づき、１００分の１０の割合を乗じて算出した過少申告加算税の金額である。
２ 平成１１年３月期
１億６３５３万９０００円
上記金額は、本件更正２のうち適法な部分に係る差引納付すべき法人税額１６億３５３９万円（別紙１－１の２（７）の金額）に、通則法６５条１項に基づき、１００分の１０の割合を乗じて算出した過少申告加算税の金額である。
３ 平成１３年３月期
１４６２万２０００円
上記金額は、本件更正３のうち適法な部分に係る差引納付すべき法人税額１億４６２２万円（別紙１－１の３（７）の金額）に、通則法６５条１項に基づき、１００分の１０の割合を乗じて算出した過少申告加算税の金額である。
４ 平成１４年３月期
１７５万７０００円
上記金額は、本件更正４のうち適法な部分に係る差引納付すべき法人税額のうち、「正当な理由」があると認められる部分（別紙１－１の４（１）イ（キ）の貸倒引当金繰入限度額超過額過大額の洗替え）を除いた部分に対応する法人税額１７５７万円に、通則法６５条１項に基づき、１００分の１０の割合を乗じて算出した過少申告加算税の金額である。
（別紙２－１）
１ 平成１０年３月期
本判決本文第３の２（１）②イの控訴人の主張を前提とした場合、被控訴人の平成１０年３月期の所得金額は２１４２億８６５３万５９５７円、納付すべき法人税額は４９９億６８９２万５５００円である。したがって、平成１０年３月期の本件更正１のうち、所得金額２１４２億８６５３万５９５７円、納付すべき法人税額４９９億６８９２万５５００円を下回る部分は適法である。
これらの計算根拠は次のとおりであり、別表５はこれを取りまとめたものである。
（１）所得金額（別表５③欄）
２１４２億８６５３万５９５７円
上記金額は、次のアの金額にイの金額を加算した金額である。
ア 本件直前更正１における所得金額（別表５①欄）
２１００億３５７０万３２３９円
上記金額は、本件直前更正１における所得金額と同額である。
イ 所得金額に加算すべき金額（別表５②欄）
４２億５０８３万２７１８円
上記金額は、被控訴人が平成１０年３月期において被控訴人の国外関連者であるＢ社等との間で行った本件国外関連取引について、被控訴人がＢ社等から支払を受ける対価の額が、平成１０年３月期分独立企業間価格に満たないことから、措置法６６条の４第１項（平成１４年法律第７９号による改正前のもの。以下同じ。）の規定に基づき、本件国外関連取引が平成１０年３月期分独立企業間価格により行われたものとみなして算出された被控訴人の平成１０年３月期の所得金額に加算すべき金額である。
（２）所得金額に対する法人税額（別表５④欄）
８０３億５７４５万０６２５円
上記金額は、前記（１）の所得金額（通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額。以下同じ。）に法人税法６６条（平成１０年法律第２４号による改正前のもの）に規定する税率（１００分の３７．５）を乗じて計算した金額である。
（３）法人税額の特別控除額（別表５⑤欄）
７８億０１４４万２６２５円
上記金額は、措置法４２条の４（平成１０年法律第２３号による改正前のもの）に規定する試験研究費の額が増加した場合の法人税額の特別控除額であり、本件直前更正１における金額と同額である。
（４）法人税額から控除される所得税額等（別表５⑥欄）
２２５億８７０８万２５００円
上記金額は、法人税法６８条（平成１５年法律第８号による改正前のもの。以下同じ。）に規定する法人税額から控除される所得税額１０億０２４２万９７６３円及び同法６９条（平成１０年法律第２４号による改正前のもの）に規定する法人税額から控除される外国税額２１５億８４６５万２７３７円の合計額であり、本件直前更正１における金額と同額である。
（５）納付すべき法人税額（別表５⑦欄）
４９９億６８９２万５５００円
上記金額は、前記（２）の金額から前記（３）の金額と前記（４）の金額を差し引いた金額（通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額。以下同じ。）である。
（６）既に納付の確定した本税額（別表５⑧欄）
４８３億７４８６万３５００円
上記金額は、本件直前更正１において確定した法人税額と同額である。
（７）差引納付すべき法人税額（別表５⑨欄）
１５億９４０６万２０００円
上記金額は、前記（５）の金額から前記（６）の金額を差し引いた金額であり、被控訴人が新たに納付すべき法人税額である。
２ 平成１１年３月期
本判決本文第３の２（１）②イの控訴人の主張を前提とした場合、被控訴人の平成１１年３月期の所得金額は２７０８億３５１４万３１９１円、納付すべき法人税額は４７８億０１８４万０７００円である。したがって、平成１１年３月期の本件更正２のうち、所得金額２７０８億３５１４万３１９１円、納付すべき法人税額４７８億０１８４万０７００円を下回る部分は適法である。
これらの計算根拠は次のとおりであり、別表６はこれを取りまとめたものである。
（１）所得金額（別表６④欄）
２７０８億３５１４万３１９１円
上記金額は、次のアの金額にイの金額を加算し、ウの金額を減算した金額である。
ア 本件直前更正２における所得金額（別表６①欄）
２６８３億６２４０万７１１８円
上記金額は、本件直前更正２における所得金額と同額である。
イ 所得金額に加算すべき金額（別表６②欄）
２９億８２８３万５８７３円
上記金額は、被控訴人が平成１１年３月期において被控訴人の国外関連者であるＢ社等との間で行った本件国外関連取引について、被控訴人がＢ社等から支払を受ける対価の額が、平成１１年３月期分独立企業間価格に満たないことから、措置法６６条の４第１項の規定に基づき、本件国外関連取引が平成１１年３月期分独立企業間価格により行われたものとみなして算出された被控訴人の平成１１年３月期当期の所得金額に加算すべき金額である。
ウ 事業税の損金算入額（別表６③欄）
５億１００９万９８００円
上記金額は、本件更正１のうち前記１に述べた適法である部分の所得金額と本件直前更正１における所得金額の差額に、地方税法７２条の２２第１項（平成１０年法律第２７号による改正前のもの）に定められている事業税の標準税率である１２．０％を乗じて算出された事業税相当額であり、法人税基本通達９－５－２により、損金の額に算入される金額である。
（２）所得金額に対する法人税額（別表６⑤欄）
９３４億３８１２万４３３５円
上記金額は、前記（１）の所得金額に法人税法６６条（平成１８年法律第１０号による改正前のもの）に規定する税率（１００分の３４．５）を乗じて計算した金額である。
（３）法人税額の特別控除額（別表６⑥欄）
４３億００８１万８２２４円
上記金額は、措置法４２条の４（平成１１年法律第９号による改正前のもの）に規定する試験研究費の額が増加した場合の法人税額の特別控除額であり、本件直前更正２における金額と同額である。
（４）法人税額から控除される所得税額等（別表６⑦欄）
４１３億３５４６万５３１４円
上記金額は、法人税法６８条に規定する法人税額から控除される所得税額９億５５９５万５４２３円及び同法６９条（平成１１年法律第１６０号による改正前のもの）に規定する法人税額から控除される外国税額４０３億７９５０万９８９１円の合計額であり、本件直前更正２における金額と同額である。
（５）納付すべき法人税額（別表６⑧欄）
４７８億０１８４万０７００円
上記金額は、前記（２）の金額から前記（３）の金額と前記（４）の金額を差し引いた金額である。
（６）既に納付の確定した本税額（別表６⑨欄）
４６９億４８７４万６８００円
上記金額は、本件直前更正２において確定した法人税額と同額である。
（７）差引納付すべき法人税額（別表６⑩欄）
８億５３０９万３９００円
上記金額は、前記（５）の金額から前記（６）の金額を差し引いた金額であり、被控訴人が新たに納付すべき法人税額である。
３ 平成１３年３月期
本判決本文第３の２（１）②イの控訴人の主張を前提とした場合、被控訴人の平成１３年３月期の所得金額は１９３３億６２４１万５５０３円、還付されるべき法人税額は１６億１７０６万４５０７円である。
これらの計算根拠は次のとおりであり、別表７はこれを取りまとめたものである。なお、「△」を付した金額は、マイナスの金額あるいは還付額を意味する。
この場合、平成１３年３月期の本件更正３のうち納付すべき税額マイナス（還付金の額に相当する税額）１６億１７０６万４５０６円を下回る部分を取り消した原判決は相当である。
（１）所得金額（別表７⑦欄）
１９３３億６２４１万５５０３円
上記金額は、次のアの金額にイの金額を加算し、ウの金額を減算した金額である。
ア 本件直前更正３における所得金額（別表７①欄）
１９２９億５３０８万９１９５円
上記金額は、本件直前更正３における所得金額と同額である。
イ 所得金額に加算すべき金額
４億０９９２万４７８５円
上記金額は、次の（ア）ないし（ウ）の金額を合計した金額である。
（ア）売上計上漏れ（別表７③欄）
１億６１４０万１４４０円
上記金額は、被控訴人が技術指導料の収益計上基準として役務提供完了基準を採用していたところ、平成８年９月１日に被控訴人と国外関連者であるトルコのｎ（ｎ）との間で締結したMemorandum on Exchange of Technicians（技術者交換覚書）に基づく技術指導料について、平成１３年３月期中に役務の提供を完了していたにもかかわらず技術指導料の収入として益金の額に算入しなかった金額であるから、益金の額に算入すべき金額である。
（イ）損金の額に算入されない国外関連者に対する寄附金の額（別表７④欄）
１３０万３５００円
上記金額は、被控訴人が被控訴人の国外関連者であるｑとの技術者派遣契約に基づき請求すべき技術指導料のうち免除した金額であるが、免除することに相当の理由はないことから、当該金額をｑに対する寄附金の額と認めたものである。当該金額は、国外関連者に対する寄附金であるから、措置法６６条の４第３項（平成１４年法律第７９号による改正前のもの）の規定により、損金の額に算入されない。
（ウ）減価償却資産の償却超過額（別表７⑤欄）
２億４７２１万９８４５円
上記金額は、減価償却資産である内燃力又はガス発電設備、焼却炉、ガソリン地下タンク及び計量機について、減価償却の算出に係る耐用年数の適用を誤ったことにより、正当な耐用年数に基づき算出された償却限度額を超えて損金の額に算入された金額であるから、法人税法３１条１項（平成１３年法律第６号による改正前のもの）の規定により、損金の額に算入されない。
ウ 貸倒引当金の繰入限度額超過額の過大額（別表７⑥欄）
５９万８４７７円
上記金額は、法人税法５２条２項（平成１３年法律第６号による改正前のもの）に規定する一括評価金銭債権に係る貸倒引当金について、前記イ（ア）により売掛金の額が１億６１４０万１４４０円増加することに伴い、法人税法施行令９６条２項（平成１３年政令第１９４号による改正前のもの）の規定に基づき、期末一括売掛債権等の額に１億６１４０万１４４０円を加算することにより貸倒引当金の損金算入額の再計算を行った結果、当期繰入限度額が５９万８４７７円増加することとなるため、損金の額に算入される金額である。
（２）所得金額に対する法人税額（別表７⑧欄）
５８０億０８７２万４５００円
上記金額は、前記（１）の所得金額に、負担軽減措置法１６条に規定する税率（１００分の３０）を乗じて計算した金額である。
（３）法人税額の特別控除額（別表７⑨欄）
５６億１４３８万２９９２円
上記金額は、措置法４２条の４（平成１３年法律第７号による改正前のもの）に規定する試験研究費の額が増加した場合の法人税額の特別控除額であり、本件直前更正３における金額と同額である。
（４）法人税額から控除される所得税額等（別表７⑩欄）
５２３億９４３４万１５０８円
上記金額は、法人税法６８条に規定する法人税額から控除される所得税額及び同法６９条（平成１３年法律第６号による改正前のもの）に規定する法人税額から控除される外国税額の合計額であり、前記（２）の金額から前記（３）の金額を差し引いた金額を限度として法人税額から控除される金額である。
（５）納付すべき法人税額（別表７⑪欄）
△１６億１７０６万４５０７円
上記金額は、前記（４）において平成１３年３月期の法人税額から控除しきれなかった所得税額及び外国税額の金額であり、控除の対象となる所得税額１７億３０４４万８７０２円及び控除の対象となる外国税額５２２億８０９５万７３１３円の合計額５４０億１１４０万６０１５円から、前記（４）の金額を差し引いて算出される還付所得税額等の金額である。
（６）既に納付の確定した本税額（別表７⑫欄）
△１７億５８９８万１９２４円
上記金額は、本件直前更正３において確定した還付所得税額等の金額と同額である。
（７）差引納付すべき法人税額（別表７⑬欄）
１億４１９１万７４００円
上記金額は、前記（５）の金額から前記（６）の金額を差し引いた金額であり、被控訴人が新たに納付すべき法人税額である。
４ 平成１４年３月期
本判決本文第３の２（１）②イの控訴人の主張を前提とした場合、被控訴人の平成１４年３月期の所得金額は２８１１億４６４９万２４７８円、納付すべき法人税額は６６億６６４９万９０００円である。したがって、平成１４年３月期の本件更正４のうち、所得金額２８１１億４６４９万２４７８円、納付すべき法人税額６６億６６４９万９０００円を下回る部分は適法である。これらの計算根拠は次のとおりであり、別表８はこれを取りまとめたものである。
（１）所得金額（別表８⑪欄）
２８１１億４６４９万２４７８円
上記金額は、次のアの金額にイの金額を加算し、ウの金額を減算した金額である。
ア 本件直前更正４における所得金額（別表８①欄）
２８０５億０４９６万６２３８円
上記金額は、本件直前更正４における所得金額と同額である。
イ 所得金額に加算すべき金額
６億４１９４万８４４１円
上記金額は、次の（ア）ないし（キ）の金額を合計した金額である。
（ア）国外関連者に対する所得移転金額（別表８②欄）
３億４８２３万０６２６円
上記金額は、被控訴人が平成１４年３月期において被控訴人の国外関連者であるＢ社等との間で行った本件国外関連取引について、被控訴人がＢ社等から支払を受ける対価の額が、平成１４年３月期分独立企業間価格に満たないことから、措置法６６条の４第１項の規定に基づき、本件国外関連取引が平成１４年３月期分独立企業間価格により行われたものとみなして算出された被控訴人の平成１４年３月期の所得金額に加算すべき金額である。
（イ）売上計上漏れ（別表８③欄）
２０７７万８２１１円
上記金額は、被控訴人が技術指導料の収益計上基準として役務提供完了基準を採用していたところ、平成１４年３月期において役務の提供を完了していたにもかかわらず技術指導料の収入として益金の額に算入しなかった金額であり、益金の額に算入すべき金額である。
（ウ）損金の額に算入されない国外関連者に対する寄附金の額（別表８④欄）
１４２９万１１００円
上記金額は、被控訴人が被控訴人の国外関連者であるｑから収受すべき技術指導料を免除したことによる寄附金の額であるから、措置法６６条の４第３項の規定により、損金の額に算入されない。
（エ）売上原価の過大計上額（別表８⑤欄）
１億１０３１万２４３２円
上記金額は、被控訴人が「Ⓢ」（●●、合弁会社の工場立上げ）中のＥＮＧ基幹部品現調費用として損金の額に算入した金額であるが、平成１４年３月期においてその役務は提供されていないから、損金の額に算入されない。
（オ）減価償却資産の償却超過額（別表８⑥欄）
１億３７７３万７５９５円
上記金額は、減価償却資産である内燃力又はガス発電設備、焼却炉、ガソリン地下タンク及び計量機について、適用すべき耐用年数を誤ったことにより、償却限度額を超えて損金の額に算入された金額であるから、法人税法３１条１項（平成１６年法律第１４号による改正前のもの）の規定により、損金の額に算入されない。
（カ）子会社株式の取得価額に算入すべき額（別表８⑦欄）
１０００万００００円
上記金額は、被控訴人が情報収集費として損金の額に算入した金額であるが、被控訴人が被控訴人の子会社である株式会社ｔの株式を取得するために要した費用であり、子会社株式の取得価額に含めるべきものであるから、損金の額に算入されない。
（キ）貸倒引当金の繰入限度超過額の過大額の戻入れ（別表８⑧欄）
５９万８４７７円
上記金額は、本件更正３において損金の額に算入された一括評価金銭債権に係る貸倒引当金の繰入額（前記３（１）ウ）と同額である。当該金額は、法人税法５２条９項（平成１４年法律第７９号による改正前のもの）の規定により、翌事業年度において、益金の額に算入される（なお、この点については、通則法６５条４項に規定する正当な理由が認められる。）。
ウ 貸倒引当金の繰入限度超過額の過大額（別表８⑨欄）
４２万２２０１円
上記金額は、法人税法５２条２項（平成１４年法律第７９号による改正前のもの）に規定する一括評価金銭債権に係る貸倒引当金について、前記３（１）イ（ア）及び前記イ（イ）により売掛金の額が１億８２１７万９６５１円増加することに伴い、法人税法施行令９６条２項（平成１４年政令第２７１号による改正前のもの）の規定に基づき計算した損金の額に算入される金額が４２万２２０１円増加することとなるため、損金の額に算入される金額である。
（２）所得金額に対する法人税額（別表８⑫欄）
８４３億４３９４万７６００円
上記金額は、前記（１）の所得金額に負担軽減措置法１６条に規定する税率（１００分の３０）を乗じて計算した金額である。
（３）法人税額の特別控除額（別表８⑬欄）
８４億７８１１万８９９０円
上記金額は、措置法４２条の４（平成１４年法律第１５号による改正前のもの）に規定する試験研究費の額が増加した場合等の法人税額の特別控除額であり、本件直前更正４における金額と同額である。
（４）法人税額から控除される所得税額等（別表８⑭欄）
６９１億９９３２万９５４６円
上記金額は、次のアの金額とイの金額を合計した額である。
ア 法人税額から控除される所得税額
９億２００８万３７９７円
上記金額は、法人税法６８条に規定する法人税額から控除される所得税額であり、本件直前更正４における金額と同額である。
イ 法人税額から控除される外国税額
６８２億７９２４万５７４９円
上記金額は、次の（ア）の金額と（イ）の金額を合計した金額である。
（ア）本件直前更正４に係る法人税額から控除される外国税額
６８１億０６０３万３７２９円
上記金額は、法人税法６９条（平成１４年法律第７９号による改正前のもの）に規定する法人税額から控除される外国税額であり、本件直前更正４における金額と同額である。
（イ）控除される外国税額の増加額
１億７３２１万２０２０円
上記金額は、法人税額から控除される金額であり、法人税法６９条（平成１４年法律第７９号による改正前のもの）の規定に基づき計算した外国税額控除限度額が６８２億７９２４万５７４９円であることから、本件直前更正４における控除額６８１億０６０３万３７２９円との差額１億７３２１万２０２０円が控除されることとなる。
（５）納付すべき法人税額（別表８⑮欄）
６６億６６４９万９０００円
上記金額は、前記（２）の金額から前記（３）の金額と前記（４）の金額を差し引いた金額である。
（６）既に納付の確定した本税額（別表８⑯欄）
６６億４７２５万３２００円
上記金額は、本件直前更正４において確定した法人税額と同額である。
（７）差引納付すべき法人税額（別表８⑰欄）
１９２４万５８００円
上記金額は、前記（５）の金額から前記（６）の金額を差し引いた金額であり、被控訴人が新たに納付すべき法人税額である。
（別紙２－２）
本判決本文第３の２（１）②イの控訴人の主張を前提とした場合、本件各更正のうち、平成１０年３月期、平成１１年３月期及び平成１４年３月期に係る本件更正１、本件更正２及び本件更正４については、別紙２－１の１、２及び４に記載の範囲で適法であるところ、本件更正１、本件更正２及び本件更正４の適法である部分により新たに納付すべき法人税額の基礎となった事実のうち、本件更正１、本件更正２及び本件更正４の前において税額の基礎とされていなかったことについて、通則法６５条４項に規定する「正当な理由」があると認められる部分は、本件更正４における益金の額に算入される貸倒引当金の繰入限度超過額過大戻入に係る５９万８４７７円の部分（別紙２－１の４（１）イ（キ））であり、これ以外に「正当な理由」があるとは認められない。
したがって、平成１０年３月期、平成１１年３月期及び平成１４年３月期について、本件更正１、本件更正２及び本件更正４のうち本判決本文第３の２（１）②イの控訴人の主張を前提とした場合に適法である部分に伴って課されるべき過少申告加算税の各金額は、次の（１）ないし（３）のとおりである。
そうすると、本判決本文第３の２（１）②イの控訴人の主張を前提とした場合、本件賦課決定１のうち過少申告加算税１億５９４０万６０００円を下回る部分、本件賦課決定２のうち過少申告加算税８５３０万９０００円を下回る部分、本件賦課決定４のうち１９０万６０００円を下回る部分についてはいずれも適法である。
１ 平成１０年３月期
１億５９４０万６０００円
上記金額は、本件更正１のうち適法な部分に係る差引納付すべき法人税額１５億９４０６万円（別紙２－１の１（７）の金額。通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後の金額。以下同じ。）に、通則法６５条１項に基づき、１００分の１０の割合を乗じて算出した過少申告加算税の金額である。
２ 平成１１年３月期
８５３０万９０００円
上記金額は、本件更正２のうち適法な部分に係る差引納付すべき法人税額８億５３０９万円（別紙２－１の２（７）の金額）に、通則法６５条１項に基づき、１００分の１０の割合を乗じて算出した過少申告加算税の金額である。
３ 平成１４年３月期
１９０万６０００円
上記金額は、本件更正４のうち適法な部分に係る差引納付すべき法人税額のうち、「正当な理由」があると認められる部分（別紙２－１の４（１）イ（キ）の貸倒引当金繰入限度額超過額過大額の洗替え）を除いた部分に対応する法人税額１９０６万円に、通則法６５条１項に基づき、１００分の１０の割合を乗じて算出した過少申告加算税の金額である。
別表１
平成１０年３月期
（単位：円）
項目
本判決本文第３の２(1)
②アによる主張金額
(1)
課税所得金額
本件直前更正１における所得金額
①
210,035,703,239
国外関連者に対する所得移転金額
②
6,659,348,875
所得金額（①＋②）
③
216,695,052,114
(2) 課税所得金額に対する法人税額
④
81,260,644,500
(3) 法人税額の特別控除額
⑤
7,801,442,625
(4) 法人税額から控除される所得税額等
⑥
22,587,082,500
(5) 納付すべき法人税額（④－⑤－⑥）
⑦
50,872,119,300 ※
(6) 既に納付の確定した法人税額
⑧
48,374,863,500
(7) 差引納付すべき法人税額（⑦－⑧）
⑨
2,497,255,800
(8) 過少申告加算税
⑩
249,725,000
（注）「※」が付された金額は、１００円未満の端数を切り捨てた金額である。別表２
平成１１年３月期
（単位：円）
項目
本判決本文第３の２(1)
②アによる主張金額
(1)
課税所得金額
本件直前更正２における所得金額
①
268,362,407,118
国外関連者に対する所得移転金額
②
5,539,406,105
事業税の損金算入額
③
799,121,700
所得金額（①＋②－③）
④
273,102,691,523
(2) 課税所得金額に対する法人税額
⑤
94,220,428,395
(3) 法人税額の特別控除額
⑥
4,300,818,224
(4) 法人税額から控除される所得税額等
⑦
41,335,465,314
(5) 納付すべき法人税額（⑤－⑥－⑦）
⑧
48,584,144,800 ※
(6) 既に納付の確定した法人税額
⑨
46,948,746,800
(7) 差引納付すべき法人税額（⑧－⑨）
⑩
1,635,398,000
(8) 過少申告加算税
⑪
163,539,000
（注）「※」が付された金額は、１００円未満の端数を切り捨てた金額である。別表３
平成１３年３月期
（単位：円）
項目
本判決本文第３の２(1)
②アによる主張金額
(1)
課税所得金額
本件直前更正３における所得金額
①
192,953,089,195
国外関連者に対する所得移転金額
②
12,436,217
売上計上漏れ
③
161,401,440
損金の額に算入されない国外関連者に対する寄附金の額
④
1,303,500
減価償却資産の償却超過額
⑤
247,219,845
貸倒引当金の繰入限度超過額の過大額
⑥
598,477
所得金額（①＋②＋③＋④＋⑤－⑥）
⑦
193,374,851,720
(2) 課税所得金額に対する法人税額
⑧
58,012,455,300
(3) 法人税額の特別控除額
⑨
5,614,382,992
(4) 法人税額から控除される所得税額等
⑩
52,398,072,308
(5) 納付すべき法人税額
⑪
△ 1,612,752,821
(6) 既に納付の確定した法人税額
⑫
△ 1,758,981,924
(7) 差引納付すべき法人税額（⑪－⑫）
⑬
146,229,100 ※
(8) 過少申告加算税
⑭
14,622,000
（注）金額の頭部の△は、当該金額が還付金額であることを表す。
「※」が付された金額は、１００円未満の端数を切り捨てた金額である。
別表４
平成１４年３月期
（単位：円）
項目
本判決本文第３の２(1)
②アによる主張金額
(1)
課税所得金額
本件直前更正４における所得金額
①
280,504,966,238
国外関連者に対する所得移転金額
②
298,533,022
売上計上漏れ
③
20,778,211
損金の額に算入されない国外関連者に対する寄附金の額
④
14、291,100
売上原価の過大計上額
⑤
110,312,432
減価償却資産の償却超過額
⑥
137,737,595
子会社株式の取得価額に算入すべき額
⑦
10,000,000
貸倒引当金の繰入限度超過額の過大額の戻入れ
⑧
598,477
貸倒引当金の繰入限度超過額の過大額
⑨
422,201
事業税の損金算入額
⑩
所得金額（①＋②＋③＋④＋⑤＋⑥＋⑦＋⑧－⑨－⑩）
⑪
281,096,794,874
(2) 課税所得金額に対する法人税額
⑫
84,329,038,200
(3) 法人税額の特別控除額
⑬
8,478,118,990
(4) 法人税額から控除される所得税額等
⑭
69,185,911,086
(5) 納付すべき法人税額（⑫－⑬－⑭）
⑮
6,665,008,100 ※
(6) 既に納付の確定した法人税額
⑯
6,647,253,200
(7) 差引納付すべき法人税額（⑮－⑯）
⑰
17,754,900
(8) 過少申告加算税
⑱
1,757,000
（注）「※」が付された金額は、１００円未満の端数を切り捨てた金額である。別表５
平成１０年３月期
（単位：円）
項目
本判決本文第３の２(1)
②イによる主張金額
(1)
課税所得金額
本件直前更正１における所得金額
①
210,035,703,239
国外関連者に対する所得移転金額
②
4,250,832,718
所得金額（①＋②）
③
214,286,535,957
(2) 課税所得金額に対する法人税額
④
80,357,450,625
(3) 法人税額の特別控除額
⑤
7,801,442,625
(4) 法人税額から控除される所得税額等
⑥
22,587,082,500
(5) 納付すべき法人税額（④－⑤－⑥）
⑦
49,968,925,500 ※
(6) 既に納付の確定した法人税額
⑧
48,374,863,500
(7) 差引納付すべき法人税額（⑦－⑧）
⑨
1,594,062,000
(8) 過少申告加算税
⑩
159,406,000
（注）「※」が付された金額は、１００円未満の端数を切り捨てた金額である。別表６
平成１１年３月期
（単位：円）
項目
本判決本文第３の２(1)
②イによる主張金額
(1)
課税所得金額
本件直前更正２における所得金額
①
268,362,407,118
国外関連者に対する所得移転金額
②
2,982,835,873
事業税の損金算入額
③
510,099,800
所得金額（①＋②－③）
④
270,835,143,191
(2) 課税所得金額に対する法人税額
⑤
93,438,124,335
(3) 法人税額の特別控除額
⑥
4,300,818,224
(4) 法人税額から控除される所得税額等
⑦
41,335,465,314
(5) 納付すべき法人税額（⑤－⑥－⑦）
⑧
47,801,840,700 ※
(6) 既に納付の確定した法人税額
⑨
46,948,746,800
(7) 差引納付すべき法人税額（⑧－⑨）
⑩
853,093,900
(8) 過少申告加算税
⑪
85,309,000
（注）「※」が付された金額は、１００円未満の端数を切り捨てた金額である。別表７
平成１３年３月期
（単位：円）
項目
本判決本文第３の２(1)
②イによる主張金額
(1)
課税所得金額
本件直前更正３における所得金額
①
192,953,089,195
国外関連者に対する所得移転金額
②
売上計上漏れ
③
161,401,440
損金の額に算入されない国外関連者に対する寄附金の額
④
1,303,500
減価償却資産の償却超過額
⑤
247,219,845
貸倒引当金の繰入限度超過額の過大額
⑥
598,477
所得金額（①＋②＋③＋④＋⑤－⑥）
⑦
193,362,415,503
(2) 課税所得金額に対する法人税額
⑧
58,008,724,500
(3) 法人税額の特別控除額
⑨
5,614,382,992
(4) 法人税額から控除される所得税額等
⑩
52,394,341,508
(5) 納付すべき法人税額
⑪
△1,617,064,507
(6) 既に納付の確定した法人税額
⑫
△1,758,981,924
(7) 差引納付すべき法人税額（⑪－⑫）
⑬
141,917,400 ※
(8) 過少申告加算税
⑭
14,191,000
（注）金額の頭部の△は、当該金額が還付金額であることを表す。
「※」が付された金額は、１００円未満の端数を切り捨てた金額である。
別表８
平成１４年３月期
（単位：円）
項目
本判決本文第３の２(1)
②イによる主張金額
(1)
課税所得金額
本件直前更正４における所得金額
①
280,504,966,238
国外関連者に対する所得移転金額
②
348,230,626
売上計上漏れ
③
20,778,211
損金の額に算入されない国外関連者に対する寄附金の額
④
14,291,100
売上原価の過大計上額
⑤
110,312,432
減価償却資産の償却超過額
⑥
137,737,595
子会社株式の取得価額に算入すべき額
⑦
10,000,000
貸倒引当金の繰入限度超過額の過大額の戻入れ
⑧
598,477
貸倒引当金の繰入限度超過額の過大額
⑨
422,201
事業税の損金算入額
⑩
所得金額（①＋②＋③＋④＋⑤＋⑥＋⑦＋⑧－⑨－⑩）
⑪
281,146,492,478
(2) 課税所得金額に対する法人税額
⑫
84,343,947,600
(3) 法人税額の特別控除額
⑬
8,478,118,990
(4) 法人税額から控除される所得税額等
⑭
69,199,329,546
(5) 納付すべき法人税額（⑫－⑬－⑭）
⑮
6,666,499,000 ※
(6) 既に納付の確定した法人税額
⑯
6,647,253,200
(7) 差引納付すべき法人税額（⑮－⑯）
⑰
19,245,800
(8) 過少申告加算税
⑱
1,906,000
（注）「※」が付された金額は、１００円未満の端数を切り捨てた金額である。
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/85491/detail5/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2015/pdf/12659.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。