平成２８年３月１７日判決言渡
平成２４年（行ウ）第７６１号関税更正処分取消請求事件
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求（請求１と請求２は選択的請求）
１ 取消請求
(1) 別紙１「処分目録１」の各「処分行政庁」欄記載の処分行政庁が，各「処分日」欄記載の日付けで各「通知書番号」欄記載の通知書番号により原告に対して行った各「輸入申告書番号」欄記載の輸入申告書番号の納税申告に係る関税についての各更正のうち，同目録の各「申告税額」欄記載の金額を超える部分を，いずれも取り消す。
(2) 別紙２「処分目録２」の各「処分行政庁」欄記載の処分行政庁が，各「処分日」欄記載の日付けで各「通知書番号」欄記載の通知書番号により原告に対して行った各「輸入申告書番号」欄記載の輸入申告書番号の納税申告に係る関税についての各過少申告加算税賦課決定を，いずれも取り消す。
２ 無効確認請求
(1) 別紙１「処分目録１」の各「処分行政庁」欄記載の処分行政庁が，各「処分日」欄記載の日付けで各「通知書番号」欄記載の通知書番号により原告に対して行った各「輸入申告書番号」欄記載の輸入申告書番号の納税申告に係る関税についての各更正のうち，同目録の各「申告税額」欄記載の金額を超える部分が無効であることを確認する。
(2) 別紙２「処分目録２」の各「処分行政庁」欄記載の処分行政庁が，各「処分日」欄記載の日付けで各「通知書番号」欄記載の通知書番号により原告に対して行った同目録の各「輸入申告書番号」欄記載の輸入申告書番号の納税申告に係る関税についての各過少申告加算税賦課決定が無効であることを確認する。
第２ 事案の概要
本件は，食肉の輸出入，販売等を行う株式会社である原告が，平成１６年１月２６日から平成１７年２月７日までの間，前後８２３回にわたり，外国産冷凍豚部分肉（以下「本件各輸入貨物」という。）を輸入するに当たり，東京税関大井出張所ほか３庁において，課税価格が別紙３「更正後関税額等一覧表」（以下「別表」という。）の⑧「当初関税課税標準額（円）」欄記載の金額（合計１３０億８７０６万２０３３円）であり，関税暫定措置法（平成１５年４月１日から平成１６年３月３１日までに輸入されたものについては平成１６年法律第１５号による改正前のもの。平成１６年４月１日から平成１７年３月３１日までに輸入されたものについては平成１７年法律第２２号による改正前のもの。以下，「関税暫定措置法」という場合，特に断りのない限り，上記の輸入日に応じた改正前のものをいう。）２条２項，別表第１の３の規定するいわゆる豚肉の差額関税制度（以下「本件差額関税制度」という。）を適用した関税額が別表の⑩「当初関税額（円）」欄記載の金額（合計５億６２６８万４９００円）であるとして輸入（納税）申告をし，その都度，各処分行政庁から本件各輸入貨物の輸入許可を受けたところ，各処分行政庁から，原告が輸入した本件各輸入貨物の正当な課税価格は別表の⑪「真正関税課税標準額（円）」欄記載の金額（合計７１億１４２７万１７５５円）であり，本件差額関税制度によれば納付すべき関税額は別表の⑬「更正後関税額（円）」欄記載の金額（合計６５億２４２４万４３００円）であったから，原告は納付すべき関税額と申告関税額との差額である別表の⑭「納付すべき額（円）」欄記載の関税（合計５９億６１５５万９３００円）を免れているとして，平成１９年２月２０日及び同月２１日付けで各更正及び各過少申告加算税賦課決定を受けたことから，国を被告とし，「世界貿易機関を設立するマラケシュ協定」（平成６年条約第１５号。以下，附属書を含めて「ＷＴＯ協定」という。また，ＷＴＯ協定のうち，前文，協定本体の部分，末文及び注釈を総称して，「ＷＴＯ設立協定」といい，附属書は，順に「附属書１」，附属書１Ａ」，「附属書２」などという。）の附属書１Ａの一内容である「農業に関する協定」（以下「ＷＴＯ農業協定」という。）４条２項が我が国において直接適用されることを前提として，同項に違反する本件差額関税制度が憲法９８条２項により無効であると主張し，上記各更正のうちの申告税額を超える部分及び上記各過少申告加算税賦課決定の取消し又は無効確認を求める事案である。
１ 関係法令等の定め
本件の主な関係法令等の定めは，別紙４「関係法令等の定め」記載のとおりである。
２ 前提事実（証拠等の掲記のないものは当事者間に争いがない。）
(1) 本件差額関税制度の概要等
本件差額関税制度の概要等は，別紙５「本件差額関税制度の概要等」記載のとおりである。（乙６の１ないし乙１２）
(2) 原告及びその関係者
ア 原告は，平成４年９月１１日に設立された株式会社であり，牛，豚，馬，鶏等の肉及び内臓の輸出入並びに加工，販売等を目的とし，平成２４年９月１８日まではＰ１がその代表取締役を務めていた。（乙４の１）
イ Ｐ２社（以下「Ｐ２」という。）は，デンマーク王国最大の豚と畜業者であり，日本を始め世界各国へ豚肉を供給していた。（乙５の６頁）
ウ Ｐ３株式会社（以下「Ｐ３」という。）は，平成１４年１２月１６日に，農水産物，畜産物の輸出入及び加工販売等を目的に設立された株式会社である。Ｐ３は，平成１７年１０月頃，原告に買収され，その後，Ｐ１がその代表取締役を務めるようになり，その本店所在地も原告と同所となっていた。（乙４の２，乙５の６頁，弁論の全趣旨）
エ Ｐ４社（以下「Ｐ４」という。）は，平成１３年，Ｐ１が出資して香港を事業所所在地として設立された会社であり，当初は，Ｐ１が代表取締役を務めていたが，平成１６年中には，Ｐ１に代わってＰ５が代表取締役に就任した。なお，Ｐ４の事業所所在地は香港であるが，実際の業務は，本邦においてＰ５が行っていた。（乙５の６頁）
(3) 本件各輸入貨物に係る輸入（納税）申告の概要等
原告は，Ｐ２から冷凍豚部分肉（関税定率法別表（関税率表）第１部第２類０２０３・２９・２（以下，関税率表の分類番号を表記するに当たり，４桁の番号の場合には，「項」といい，さらに，「項」の下位の分類番号である６桁の番号の場合には，「号」と表記する。関税暫定措置法においても同様とする。）の規定する「豚の肉（生鮮のもの及び冷蔵し又は冷凍したものに限る。）」のうちの「冷凍したもの」のうちの「その他のもの」のうちの「二その他のもの」に該当するもの。本件各輸入貨物。）を輸入するに当たり，本件各輸入貨物がＰ２からＰ４に販売され，これをＰ４からＰ３が輸入したものとして，Ｐ３名義を用いて，別表記載のとおり，平成１６年１月２６日から平成１７年２月７日までの間，合計８２３回にわたり，東京税関大井出張所，大阪税関大手前出張所，大阪税関南港出張所及び大阪税関桜島出張所において，冷凍豚部分肉合計２２２７万５０９０．４４ｋｇ（本件各輸入貨物）の真正な課税価格は別表の⑪「真正関税課税標準額（円）」欄記載のとおりであり，本件差額関税制度の適用を前提とすると関税額は別表の⑬「更正後関税額（円）」欄記載のとおりであるのに，課税価格が別表の⑧「当初関税課税標準額（円）」欄記載のとおりであり，本件差額関税制度を適用した関税額合計が別表の⑩「当初関税額（円）」欄記載のとおりである旨の輸入（納税）申告（以下「本件各輸入（納税）申告」という。）をして，各処分行政庁から輸入許可を受けた。（甲１，甲８，甲９，乙３の１ないし３，乙５）
(4) 刑事事件
ア 原告及びＰ１は，本件各輸入（納税）申告により納付すべき関税額と申告関税額との差額合計５９億６１５５万９４００円を免れたという関税法違反の罪により，平成１９年２月２６日，千葉地方裁判所に起訴された（以下，この起訴に係る刑事事件を「本件刑事事件」という。）。（甲１）
イ 千葉地方裁判所は，本件刑事事件について，平成２１年３月２６日，原告を罰金２億５０００万円に，Ｐ１を懲役２年４月及び罰金１５００万円に処する旨の判決をした。（乙３の１）
ウ 原告及びＰ１は，それぞれ，上記イの判決に対して東京高等裁判所に控訴したが，東京高等裁判所は，平成２２年８月３０日，原告及びＰ１による各控訴を棄却する旨の判決をした。（乙３の２）
エ 原告及びＰ１は，上記ウの判決に対して上告をし，上告理由として本件差額関税制度がＷＴＯ農業協定４条２項に違反するため憲法９８条２項に違背するという主張も新たにしたものの，最高裁判所は，平成２４年９月４日，上記上告を棄却する旨の決定をし，これにより，本件刑事事件に係る前記イの有罪判決が確定した。（甲８，甲９，乙３の３）
(5) 更正等
関税法１０７条，関税法施行令９２条１項２号により東京税関長又は大阪税関長からそれぞれ権限の委任を受けた各処分行政庁（東京税関大井出張所長，大阪税関大手前出張所長，大阪税関南港出張所長及び大阪税関桜島出張所長）は，それぞれ，同法７条の１６，１２条の２の各規定に基づき，原告に対し，別紙１「処分目録１」の各「処分行政庁」欄記載の処分行政庁において，各「処分日」欄記載の日付けで，各「通知書番号」欄記載の通知書番号の更正通知書により，各「輸入申告書番号」記載の輸入申告書番号の納税申告に係る関税について，関税額を別表の⑬「更正後関税額（円）」欄（別紙１「処分目録１」の各「輸入申告書番号」と同一の別表の②「申告番号」に係るもの。以下同じ。）記載の金額，納付すべき税額を別表の⑭「納付すべき額（円）」欄記載の金額とする各更正（以下「本件各更正処分」という。）をするとともに，別紙２「処分目録２」の各「処分行政庁」欄記載の処分行政庁において，各「処分日」欄記載の日付けで，各「通知書番号」欄記載の通知書番号の過少申告加算税賦課決定通知書により，各「輸入申告書番号」欄記載の輸入申告書番号の納税申告に係る関税について，過少申告加算税の額を別表の⑱「加算税合計額（円）」欄（別紙２「処分目録２」の各「輸入申告書番号」と同一の別表の②「申告番号」に係るもの。以下同じ。）記載の金額とする各過少申告加算税賦課決定（以下「本件各賦課決定処分」といい，本件各更正処分と併せて「本件各更正処分等」という。）をした。
(6) 不服申立ての経緯
ア 原告は，本件各更正処分等について，平成１９年４月１８日付けで東京税関長に対し，同月１９日付で大阪税関長に対し，それぞれ異議申立てをした。
イ 原告は，本件各更正処分等について，平成２１年３月６日付けで財務大臣に対し，審査請求をしたが，審査請求があった日から３箇月を経過しても裁決はされなかった
(7) 本件訴えの提起
原告は，平成２４年１１月２日，本件訴えを提起した。（顕著な事実）
３ 本件各更正処分等の根拠と適法性に関する被告の主張
本件各更正処分等の根拠と適法性に関する被告の主張は，別紙７「本件各更正処分等の根拠及び適法性」記載のとおりである。
４ 争点及び争点に関する当事者の主張
本件の争点は，本件各更正処分等の適法性であり，具体的には，①ＷＴＯ農業協定４条２項の我が国における直接適用可能性の有無，②同項の我が国における直接適用可能性がある場合における本件差額関税制度の同項違反の有無が争われている。これらに関する当事者の主張は，別紙８「原告の主張」及び別紙９「被告の主張」記載のとおりであり，その要旨は次のとおりである。
(1) ＷＴＯ農業協定４条２項の直接適用可能性の有無
（原告）
ア 関税法３条ただし書によりＷＴＯ農業協定４条２項が我が国において直接適用されること
関税法３条は，「輸入貨物（信書を除く。）には，この法律及び関税定率法その他関税に関する法律により，関税を課する。ただし，条約中に関税について特別の規定があるときは，当該規定による。」と規定しているところ，関税法基本通達（以下「基本通達」という。）３－１は「法３条ただし書《条約による特別規定》に定める「関税についての特別の規定」とは，関税の税率のほか関税の軽減，免除，払出しその他関税の賦課及び徴収に関しての国内法の規定に対する特別の規定をいう。」と定めている。そして，ＷＴＯ農業協定４条２項の内容は，端的にいうと，「課税標準及び税率を同項記載の禁止の制度に該当しないよう定めることの対外的約束」であり，「課税標準設定及び税率設定の禁止枠組み」を定めるものであるから，関税法３条ただし書の「特別の規定」に該当する。
（長文のため、ここでは本文の冒頭のみを掲載しています。全文はこのページの表示後に読み込まれます。原本は原本PDFをご覧ください。）
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/86284/detail5/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。
出典：「訟務重要判例集データベース」（法務省）（https://shoumudatabasep.moj.go.jp/hanreiSearch/HanreiSearch）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。訟務月報63巻1号112頁。