税務訴訟資料第２６７号－１３６（順号１３０８５）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号重加算税賦課決定処分取消等請求事件
国側当事者・国（松本税務署長）
平成２９年１１月２日棄却・控訴
判決
原告
有限会社Ａ
同代表者代表取締役
甲
同訴訟代理人弁護士
武田芳彦
同
一由貴史
同
江口伸介
同
匂坂千穂
同補佐人税理士
土屋信行
被告
国
同代表者法務大臣
上川陽子
処分行政庁
松本税務署長
佐塚重人
同指定代理人
別紙１指定代理人目録記載のとおり
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 処分行政庁が、平成２７年３月１７日付けでした原告の平成１９年２月１日から平成２０年１月３１日まで、同年２月１日から平成２１年１月３１日まで、同年２月１日から平成２２年１月３１日まで、同年２月１日から平成２３年１月３１日まで、同年２月１日から平成２４年１月３１日まで及び同年２月１日から平成２５年１月３１日までの各事業年度の法人税に係る重加算税の各賦課決定処分をいずれも取り消す。
２ 処分行政庁が、平成２７年３月１７日付けでした原告の平成２５年２月１日から平成２６年１月３１日までの事業年度の法人税に係る過少申告加算税及び重加算税の各賦課決定処分をいずれも取り消す。
３ 処分行政庁が、平成２７年３月１７日付けでした原告の平成１９年２月１日から平成２０年１月３１日まで、平成２２年２月１日から平成２３年１月３１日まで、同年２月１日から平成２４年１月３１日まで、同年２月１日から平成２５年１月３１日まで及び同年２月１日から平成２６年１月３１日までの各課税期間の消費税及び地方消費税に係る重加算税の各賦課決定処分をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、原告が、処分行政庁から、法人税の過少申告加算税及び重加算税各賦課決定処分並びに消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）の重加算税各賦課決定処分（以下「本件各賦課決定処分」という。）を受けたのに対し、処分行政庁の調査担当職員が原告について実地の調査を行うに先立ち、国税通則法７４条の９第１項に基づく税務署長による調査の事前通知（以下「事前通知」という。）を欠くこと等により本件各賦課決定処分は違法であるとして、その取消しを求める事案である。
１ 関係法令等の定め
関係法令等の定めは、別紙２「関係法令等の定め」に記載のとおりである（なお、同別紙中で定義した略称等は、以下の本文においても同様に用いるものとする。ただし、「当該職員」については、税務署の当該職員を指すこともある。）。
２ 前提事実（証拠等を掲げていない事実は当事者間に争いがない。）
（１）当事者等
ア 原告は、米、雑穀と農産物の集荷及び販売等を営む特例有限会社である。
イ 税理士乙（以下「乙税理士」という。）は、原告の顧問税理士である。
なお、乙税理士は、平成２６年８月１日付けで、処分行政庁に対し、原告の平成２５年２月１日から平成２６年１月３１日までの年分及びそれ以前の年分に係る法人税、消費税等及び所得税（復興特別所得税を含む。）（源泉徴収に係るもの）に係る事前通知が代理人に対して行われることの同意を表した税務代理権限証書を提出した（乙２７）。
（２）本件各賦課決定処分に至る経緯
ア 原告は、処分行政庁に対し、原告の平成１９年２月１日から平成２０年１月３１日までの事業年度（以下「平成２０年１月期」といい、他の事業年度についても同様に表記する。）ないし平成２６年１月期（以下、併せて「本件各事業年度」という。）の法人税及び平成１９年２月１日から平成２０年１月３１日までの課税期間（以下「平成２０年１月期課税期間」といい、他の課税期間についても同様に表記する。）ないし平成２６年１月期課税期間（以下、併せて「本件各課税期間」という。）の消費税等の各確定申告書（以下「本件各確定申告書」という。）を、それぞれ法定申告期限内に提出した。
イ 松本税務署所属の調査担当職員（以下「本件調査担当職員」という。）は、平成２６年７月２５日、乙税理士から、同年１０月２日に、原告の事務所兼代表者居宅を調査場所として調査を受けることを原告と約した旨の電話連絡を受け、その際、乙税理士は、本件調査担当職員に対し、事前通知に関する同意を表わした税務代理権限証書を提出するため、納税義務者には連絡しないでよい旨を述べた。
本件調査担当職員は、乙税理士の上記回答を受けて、乙税理士に対し、引き続き、国税通則法７４条の９第１項各号に規定する事項について通知を行いたい旨を述べたところ、乙税理士は、事前通知は税務署長がすることが規定されており、担当職員から説明されても事前通知を受けたことにならず法令の規定に反するから、受けることはできない旨の申出をした。
ウ 本件調査担当職員は、平成２６年１０月２日、原告の事務所兼代表居宅へ臨場し、同日以降、原告から提示のあった帳簿書類等の検査、原告の代表者に対する質問調査等を行った（以下「本件調査」という。）。
エ 本件調査担当職員は、平成２７年２月９日に、乙税理士に対し、本件調査の結果の内容を説明するなどしたところ、原告は、同月２３日、処分行政庁に対し、本件各事業年度の法人税及び本件各課税期間の消費税等の各修正申告書（以下「本件各修正申告書」といい、これに係る修正申告を「本件各修正申告」という。）を提出した。
オ 処分行政庁は、平成２７年３月１７日付けで、原告に対し、本件各賦課決定処分をした。
カ 上記アないしオの課税処分等の経緯は、別表１「法人税の課税処分等の経緯」及び別表２「消費税及び地方消費税の課税処分等の経緯」記載のとおりである。
（３）不服申立て
ア 原告は、平成２７年４月３日、処分行政庁に対し、本件各賦課決定処分を不服として、その取消しを求める異議申立てをしたところ、処分行政庁は、同年６月２６日付けで、上記異議申立てを棄却する旨の決定をした。
イ 原告は、平成２７年７月１４日、国税不服審判所長に対し、本件各賦課決定処分の取消しを求める審査請求をしたところ、国税不服審判所長は、平成２８年２月９日付けで、上記審査請求を棄却する旨の裁決をした。
（４）本訴提起
原告は、平成２８年６月２５日、本件訴えの提起をした（顕著な事実）。
３ 課税処分の根拠
本件において被告が主張する本件各賦課決定処分の根拠は、別紙３「課税処分の根拠」記載のとおりである。
なお、後記４の争点に関する部分を除き、その計算の基礎となる金額及び計算方法については、当事者間に争いがない。
４ 争点及びこれに対する当事者の主張
本件の主要な争点は、事前通知を税務署の当該職員がすることができるか、処分行政庁が自らしなければならないかであり、これに対する当事者の主張は、次のとおりである。（被告の主張）
（１）調査に際しては、かねて、実務上、原則として納税者に対して調査日時を事前通知することとしており、例外的に事前通知をすることが適当でないと認められる場合には、事前通知を行わないこととしていたところ、平成２３年法律第１１４号により国税通則法が改正され（以下「本件改正」という。）、同法７４条の９に、納税義務者に対する事前通知等が新たに規定された。これは、調査手続の透明性・納税者の予見可能性を高める観点から、調査に先立ち、課税庁が原則として事前通知をすることとして、従前の運用上の取扱いを法律上明確化したものである。
（２）アこのような事前通知については、かねて調査担当職員がしていたところ、調査担当職員は、行政庁としての税務署長の補助機関であり、また、税務署長は、当然、事前通知に係る事務を所属の当該職員に行わせることができるのであるから、調査担当職員は、飽くまでも行政庁としての税務署長の補助機関として事前通知をしてきたものである。このような従前の運用上の取扱いにおけるのと同様に、調査担当職員が税務署長等の補助機関として事前通知を行ったとしても、事前通知が行われている以上、調査手続の透明性・納税者の予見可能性を高めるという事前通知の趣旨を没却するものではない。上記（１）のとおり、事前通知の規定の新設は、従前の運用上の取扱いとして行われていたものを法律上明確化したものにすぎず、通知の主体を行政庁としての税務署長に限定し、補助機関がすることを禁じる趣旨のものとはいえない。
したがって、国税通則法７４条の９に、事前通知を補助機関である調査担当職員に行わせることができる旨が規定されていないことをもって、行政庁たる税務署長等の補助機関である調査担当職員が事前通知をすることが違法となるものではない。
イ また、法律が税務署長の権限とする事務は広範に及んでいることからすれば、税務署長がこれら全てを自ら処理することができないことは明らかであって、法律は、一定の範囲の事務について、行政組織内部の規則等により、補助機関がすることを当然に予定していると解される。
この点、税務署で所掌する事務は、財務省設置法及び組織規則に規定されているところ、事前通知は、「内国税の課税標準の調査に関する事務」であって、組織規則５５３条柱書き、同条２号、５５６条２項によれば、事前通知をする事務は、命を受けた統括国税調査官が分掌し、命を受けた国税調査官は、事前通知という事務を処理することができるものと解されるから、国税調査官は、法令の定めに基づき、税務署長の補助機関として、事前通知をすることができるものと解される。
ウ これに対し、原告は、事前通知を行政行為と解した上で、補助機関である税務職員が、税務署長等に代わり事前通知をするには、委任、専決、授権代理等の法的根拠が必要であるところ、本件では、このような法的根拠はない旨等を主張する。
しかし、行政行為とは、行政庁により、具体的事実を規律するために、公権力の行使として、外部に対してされる直接の法的効果（国民の権利義務を形成し、またはその範囲を確定する効果）を生ずる行為であり、法的効果を生じない単なる報告・通知・公示、行政指導などの事実行為は、行政行為ではないところ、事前通知は、課税庁が、税務調査に先立ち、納税者に対して国税通則法７４条の９第１項各号に定める事項を通知する事実行為であり、事前通知によって国民の権利義務を形成し、又はその範囲を確定する効果を生じるものではない。
したがって、事前通知は、行政行為には該当しないから、原告の主張は、前提において理由がない。
（３）また、税理士法３４条１項の規定によれば、事前通知を、税務署長自らではなく、補助機関である調査担当職員がすることは、当然予定されているといえる。
これに対し、原告は、同条と国税通則法７４条の９は、一般法と特別法の関係にあるといえるから、同条が定められていることにより、国税に関する税務手続においては、税理士法３４条の適用が排除される旨を主張するが、同法及び国税通則法の趣旨並びに税理士法３４条の調査の通知に関する規定に別段の定めのない限りとの文言がないことに鑑みると、同法と国税通則法が、原告の主張するような一般法と特別法の関係にないことは明らかであり、原告の上記主張は理由がない。
（４）以上のとおり、事前通知は、税務署長が自らしなければならないものではなく、行政庁としての税務署長の補助機関である当該職員がすることができると解すべきである。
そして、本件調査担当職員は、前提事実（２）イのとおり平成２６年７月２５日に乙税理士と電話連絡したところ、その際に、本件調査について事前通知をしたものである。
したがって、本件各賦課決定処分は、適法である。
なお、税務調査はそれ自体が客観的な課税要件ではない以上、調査の手続が刑罰法規に触れ、公序良俗に反し又は社会通念上相当の限度を超えて濫用にわたる等重大な違法を帯び、何らの調査なしに更正処分をしたに等しいものとの評価を受ける場合に限り、その処分が取り消されると解すべきである。事前通知は、補助機関たる調査担当職員がすることができるものであるが、仮に、事前通知を税務署長等以外の者がすることができないものであると解したとしても、本件において、本件調査担当職員は、乙税理士に対して、国税通則法７４条の９第１項各号に規定する事項について事前通知を行っているのであって、本件調査の手続は、調査手続の透明性及び納税者の予見可能性を高める等の事前通知の趣旨が没却されるようなものではなかったのであるから、上記のような重大な違法を帯びたものとはいえず、何らの調査なしに更正処分をしたに等しいものとの評価を受ける場合に該当しないことは明らかである。この点に照らしても、本件調査担当職員がした事前通知は、本件各賦課決定処分の取消理由とはならない。
（原告の主張）
（１）国税通則法７４条の９第１項には、事前通知をすべき主体は「税務署長等」と明記されていること、同項は、「当該職員に〔中略〕質問、検査又は提示若しくは提出の要求を行わせる場合」と定めており、「当該職員」と「税務署長等」の文言は明確に使い分けられていることから、文理上、「税務署長等」に当該職員が含まれないことが明らかであって、「税務署長等」には、国税庁等又は税関の当該職員は含まれず、また、税務署長等がすべき事前通知を当該職員が代行することができる旨も規定されていない。
さらに、国税の調査について規定した同法７４条の２ないし同法７４条の８は、「当該職員」への委任事務を明確に規定し、当該職員がすることができる行為を明示しているのに対し、同法７４条の９第１項は、「当該職員」が事前通知をすることができる旨の規定を置いていない。
したがって、事前通知を「税務署長等」以外の者がすることはできず、同項は、税務署長等が自ら事前通知をすべきことを規定するものと解すべきである。
なお、同法の文言上明記されたのは、事前通知は「税務署長等」がするという点のみであり、従前の運用上の取扱いを法律上明記したということはうかがわれず、むしろ、法律上、「税務署長等」が事前通知の主体と明記されたことにより、事前通知は税務署長等がすべきものと変更されたものとみるべきである。
（２）アこれに対し、被告は、当該職員が税務署長等の補助機関として、事前通知をすることができる旨を主張する。
しかし、そもそも法令によって行政機関に与えられた権限は、本来その行政機関が自ら責任を持ってこれを行使しなければならないのであって、法令の根拠なく勝手に放棄したり、他の行政機関にこれを割譲（移譲）したりすることは許されない。これは、このようなことを許すとすると、結局行政機関が、法令が定めた行政機関相互間の権限の配分を任意に変動させることを認めることとなるからである。
そして、このことは、そもそもその権限の範囲及び内容が必ず法律又はそれに基づく命令によって定められなければならない行政庁のみならず、いわゆる補助機関であっても、その権限及び責務が法令の規定によって定められている限りは、同様である。そして、上記（１）のとおり、国税通則法７４条の９は、事前通知の主体を「税務署長等」と明示しており、法律の明文により事前通知をすべき主体が定められているのであるから、これに反して当該職員が事前通知をすることは許されない。
また、補助機関である税務職員が、「税務署長等」に代わり事前通知をするには、委任、専決、授権代理等の法的根拠が必要であるが、事前通知を補助機関に行わせることを可能にする根拠規定は存在せず、本件では、事前通知がされた際、税務職員から授権代理である旨の顕名がされたこともない。
イ この点、被告は、財務省設置法及び組織規則を引用するところ、これらの法令は、行政組織法であり、他方、国税通則法は、国家が市民に義務を課す法律であるから、行政作用法に該当する。
行政を規律する法には、組織規範、規制規範及び根拠規範があるところ、法律の留保論により、市民に義務を課すには、組織規範のほかに根拠規範を要するのであって、法律の留保原則における法律の授権にいう法律とは、行政作用法（根拠規範）であり、行政組織法が行政機関に権限を配分し、あたかもそれが授権であるように見えることがあっても、それを以って法律の留保原則における授権があるとは解されず、行政組織法である財務省設置法及び組織規則を拡大解釈し、行政作用法として適用することは、行政法学の基本原則である法律留保の原則に反する。
したがって、組織規則５５３条及び５５６条等の内部規範を国民の財産権を侵害する国税通則法に適用することは失当である。
（３）また、被告は、税理士法３４条１項によっても、事前通知を補助機関である調査担当職員がすることは、当然予定されているといえる旨を主張する。
確かに、同条及び国税通則法７４条の９は、調査に先立つ事前通知について規定しているが、税理士法３４条は、国税のみならず地方税その他の租税にも適用される通則的規定であるのに対し、国税通則法７４条の９は、国税の調査における質問検査等を行う場合にのみに適用される。
これを前提とすると、同条第１項は税理士法３４条１項の規定に、国税通則法７４条の９第５項は税理士法３４条２項の規定に、国税通則法７４条の９第６項は税理士法３４条３項の規定にそれぞれ対応しており、国税通則法７４条の９は、税理士法３４条の規定を国税手続に合致させるための特則として規定されているから、同条と国税通則法７４条の９は、一般法と特別法の関係にあるといえる。
したがって、同条が定められていることにより、国税に関する税務手続においては、税理士法３４条の適用が排除されるから、一般法である同条を基礎として、国税通則法７４条の９の文理に反する解釈を導こうとする被告の主張は、失当であり、むしろ、このような税理士法３４条と国税通則法７４条の９の規定ぶりの差異によれば、同法は、事前通知の主体を「税務署長等」に限定していると解すべきである。
（４）以上より、本件では、処分行政庁は、自ら本件調査について事前通知をしていないことから、本件調査は事前通知がされずにされたものであり、また、本件は、国税通則法７４条の１０に規定された事前通知を要しない場合にも当たらない。
したがって、本件各賦課決定処分は、その基礎となる調査手続に重大な瑕疵が存するから、違法である。
また、被告が調査と主張するものは、行政指導にすぎず、本件は、国税通則法６５条５項の修正申告書の提出がその申告に係る国税についての調査があったことにより当該国税について更正があるべきことを予知してされたものでないときに当たるから、過少申告加算税が課せられる場合に当たらず、本件各賦課決定処分は、違法である。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点について
（１）ア国税通則法は、税務署長等は、当該職員に納税義務者に対し調査において質問検査等を行わせる場合には、あらかじめ、当該納税義務者（当該納税義務者について税務代理人がある場合には、当該税務代理人を含む。）に対し、その旨並びに調査を開始する日時、調査を行う場所、調査の目的、調査の対象となる税目・期間・帳簿書類その他の物件及びその他調査の適正かつ円滑な実施に必要なものとして政令で定める事項を通知するものと規定している（７４条の９第１項）。
このように調査に際して事前通知をすべきものとされる趣旨は、調査手続の透明性、納税者の予見可能性の確保にあり、平成１３年３月２７日付け国税庁長官通達「税務調査の際の事前通知について（事務運営指針）」に基づき、調査の実務上、かねて行われていたものであるところ、本件改正により、同法に事前通知に係る規定を設け、事前通知を法制化し、明確化することとされたものである。このような本件改正により法制化された事前通知は、当初、原則として書面によりすべきものとする改正案が国会に提出されたところ、本件改正においては、事前通知を原則として書面によりすべきものとする上記改正案は修正されて可決された。（甲１０、乙１３、３８）
そして、当該職員は、税務署長等の補助機関であるから、税務署長等の補助機関として税務署長等の職務を遂行することができるところ、調査手続の透明性、納税者の予見可能性の確保という上記の事前通知の立法趣旨は、当該職員が税務署長等の補助機関として事前通知をすることによっても、全うされるものということができ、また、本件改正前の取扱いと同様に事前通知を当該職員に行わせ得るとすることにより、これを適時的確にすることができ、国民の納税義務の適正かつ円滑な履行に資する（同法１条）ということができる。
以上にみた同法７４条の９第１項の制定経緯、事前通知の趣旨、当該職員の地位等に照らすと、税務署長等は、所属の当該職員に事前通知に係る事務を行わせることができるものと解すべきことは明らかというべきである。このことは、税理士法３４条１項が「税務署官署の当該職員」は、税理士に対し、事前通知をすべき旨を規定していること、実務上、税務署長等が個別の調査の全てについて事前通知を自らすることは、事実上不可能と考えられ、国税通則法が事前通知を当該職員がすることを禁じているとは到底解されないことからもいうことができるというべきである。
この点、原告は、同法７４条の９は、税理士法３４条の特別法であって、同条が事前通知の主体として「当該職員」と規定しているのに対し、国税通則法７４条の９はこれを「税務署長等」と規定しており、規定ぶりが区別されている旨を主張するが、上記説示に照らせば、このことをもって、国税通則法上、事前通知を税務署長等が自らしなければならず、また、税理士法３４条と国税通則法７４条の９が一般法と特別法の関係にあるなどということはできない。
したがって、当該職員が税務署長等の補助機関として事前通知を行うことは、適法というべきである。
イ これに対し、原告は、国税通則法７４条の９第１項の定める事前通知は行政行為であるとした上、同項に、事前通知の主体について「税務署長等」と明記されている旨、同法上、「税務署長等」と「当該職員」の各文言が区別して用いられている旨、本件改正により、法律上、「税務署長等」が事前通知の主体と明記されたことにより、事前通知は税務署長等がすべきものと変更されたものとみるべきである旨等を主張し、同項は、事前通知は「税務署長等」が自らこれをすべきことを規定したもので、当該職員がこれを行ったとしても、事前通知に当たらないと主張し、同旨の意見書等（甲８、９、１２、１４ないし１６）を提出する。
しかし、上記アで検討した事前通知ないし同条の趣旨及び同条の制定経緯等に照らし、事前通知をもって国民の権利義務を形成し、又はその範囲を確定する効果を有する行政行為と解することはできず、また、事前通知は税務署長等が自ら行わなければならないものではないと解すべきであることも上記検討のとおりであるから、同条に事前通知の主体として「税務署長等」と規定され、他方、国税の調査に関する他の規定において、「当該職員」を主体とする旨の規定があることをもって、当該職員が税務署長等の補助機関として事前通知を行い得ないと解すべきものとはいえないというべきである。
また、上記アに判示したとおり、同項の制定経緯は、従前の実務上の取扱いを法律上明確化したものであって、事前通知をすることができる者を税務署長等に限定したものではない。
したがって、原告の上記主張及び意見書等は独自の見解であって、採用することができない。
（２）前提事実（２）イ、証拠（乙２８、２９、４５）及び弁論の全趣旨によれば、本件調査担当職員は、平成２６年７月２５日、原告の税務代理人であった乙税理士に対し、電話で本件調査について国税通則法７４条の９第１項各号の事項を事前に通知したことが優に認められるというべきであり、本件調査について、事前通知がされておらず本件各賦課決定処分は違法である旨の原告の主張は理由がない。
これに対し、原告は、乙税理士が上記電話を途中で切ったなどとして、本件調査担当職員により事前通知がされたとはいえない旨を主張するが、上記認定に反し、およそ採用することができない。
２ 本件各賦課決定処分の適法性について
原告は、本件調査が行政指導にすぎないとして、本件各修正申告書の提出が、国税通則法６５条５項のその申告に係る国税についての調査があったことにより当該国税について更正があるべきことを予知してされたものでないときに当たる旨を主張するが、前提事実（２）ウのとおり本件調査は調査の実態を有するものと認められ、原告の主張は採用することができない。そして、前提事実（２）ウ、上記１に加え、証拠（乙１ないし１２、１５ないし２６）及び弁論の全趣旨によれば、原告に課される過少申告加算税及び重加算税は、別紙３「課税処分の根拠」第３に記載のとおりと認められ、本件各賦課決定処分における過少申告加算税及び重加算税と同額であることが認められる。したがって、本件各賦課決定処分は、適法である。
第４ 結論
よって、原告の請求はいずれも理由がないから棄却することとして、主文のとおり判決する。東京地方裁判所民事第２部
裁判長裁判官林俊之
裁判官梶浦義嗣
裁判官高橋心平
（別紙１）
指定代理人目録
梶原明日香、吉留伸吾、寺本大介、横山隆、菊池豊、岡田直実
以上
（別紙２）
関係法令等の定め
第１ 国税通則法
１ １条（目的）
この法律は、国税についての基本的な事項及び共通的な事項を定め、税法の体系的な構成を整備し、かつ、国税に関する法律関係を明確にするとともに、税務行政の公正な運営を図り、もつて国民の納税義務の適正かつ円滑な履行に資することを目的とする。
２ ６５条（過少申告加算税）
（１）１項（平成２８年法律第１５号による改正前のもの）
期限内申告書（〔括弧内略〕）が提出された場合（〔括弧内略〕）において、修正申告書の提出〔中略〕があつたときは、当該納税者に対し、その修正申告〔中略〕に基づき第３５条第２項（期限後申告等による納付）の規定により納付すべき税額に１００分の１０の割合を乗じて計算した金額に相当する過少申告加算税を課する。
（２）２、３項
〔略〕
（３）４項（平成２８年法律第１５号による改正前のもの）
第１項〔中略〕に規定する納付すべき税額の計算の基礎となつた事実のうちにその修正申告〔中略〕前の税額（〔括弧内略〕）の計算の基礎とされていなかつたことについて正当な理由があると認められるものがある場合には、これらの項に規定する納付すべき税額からその正当な理由があると認められる事実に基づく税額として政令で定めるところにより計算した金額を控除して、これらの項の規定を適用する。
（４）５項（平成２８年法律第１５号による改正前のもの）
第１項の規定は、修正申告書の提出があつた場合において、その提出が、その申告に係る国税についての調査があつたことにより当該国税について更正があるべきことを予知してされたものでないときは、適用しない。
３ ６８条（重加算税）１項（平成２８年法律第１５号による改正前のもの）
第６５条第１項（過少申告加算税）の規定に該当する場合（同条第５項の規定の適用がある場合を除く。）において、納税者がその国税の課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠ぺいし、又は仮装し、その隠ぺいし、又は仮装したところに基づき納税申告書を提出していたときは、当該納税者に対し、政令で定めるところにより、過少申告加算税の額の計算の基礎となるべき税額（その税額の計算の基礎となるべき事実で隠ぺいし、又は仮装されていないものに基づくことが明らかであるものがあるときは、当該隠ぺいし、又は仮装されていない事実に基づく税額として政令で定めるところにより計算した金額を控除した税額）に係る過少申告加算税に代え、当該基礎となるべき税額に１００分の３５の割合を乗じて計算した金額に相当する重加算税を課する。
４ ７４条の９（納税義務者に対する調査の事前通知等）
（１）１項
税務署長等（国税庁長官、国税局長若しくは税務署長又は税関長をいう。以下第７４条の１１（調査の終了の際の手続）までにおいて同じ。）は、国税庁等〔注・国税庁、国税局又は税務署をいう（７４条の２第１項）。〕又は税関の当該職員（以下〔７４条の１１〕までにおいて「当該職員」という。）に納税義務者に対し実地の調査（〔括弧内略〕）において第７４条の２から第７４条の６まで（当該職員の質問検査権）の規定による質問、検査又は提示若しくは提出の要求（以下「質問検査等」という。）を行わせる場合には、あらかじめ、当該納税義務者（当該納税義務者について税務代理人がある場合には、当該税務代理人を含む。）に対し、その旨及び次に掲げる事項を通知するものとする。
一質問検査等を行う実地の調査（以下この条において単に「調査」という。）を開始する日時
二調査を行う場所
三調査の目的
四調査の対象となる税目
五調査の対象となる期間
六調査の対象となる帳簿書類その他の物件
七その他調査の適正かつ円滑な実施に必要なものとして政令で定める事項
（２）２項
〔略〕
（３）３項（平成２７年法律第９号（附則１条本文により、平成２７年４月１日に施行されたもの）による改正前のもの）
この条において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。一納税義務者〔略〕
二税務代理人税理士法（〔括弧内略〕）第３０条〔中略〕の書面を提出している税理士〔以下略〕
（４）４項
〔略〕
（５）５項
納税義務者について税務代理人がある場合において、当該納税義務者の同意がある場合として財務省令で定める場合に該当するときは、当該納税義務者への第１項の規定による通知は、当該税務代理人に対してすれば足りる。
（６）６項
納税義務者について税務代理人が数人ある場合において、当該納税義務者がこれらの税務代理人のうちから代表する税務代理人を定めた場合として財務省令で定める場合に該当するときは、これらの税務代理人への第１項の規定による通知は、当該代表する税務代理人に対してすれば足りる。
５ ７４条の１０（事前通知を要しない場合）
前条第１項の規定にかかわらず、税務署長等が調査の相手方である同条第３項第１号に掲げる納税義務者の申告若しくは過去の調査結果の内容又はその営む事業内容に関する情報その他国税庁等若しくは税関が保有する情報に鑑み、違法又は不当な行為を容易にし、正確な課税標準等又は税額等の把握を困難にするおそれその他国税に関する調査の適正な遂行に支障を及ぼすおそれがあると認める場合には、同条第１項の規定による通知を要しない。
６ １１８条（国税の課税標準の端数計算等）３項
附帯税の額を計算する場合において、その計算の基礎となる税額に１万円未満の端数があるとき、又はその税額の全額が１万円未満であるときは、その端数金額又はその全額を切り捨てる。
第２ 税理士法
１ ３０条（税務代理の権限の明示）
税理士は、税務代理をする場合においては、財務省令で定めるところにより、その権限を有することを証する書面を税務官公署に提出しなければならない。
２ ３４条（調査の通知）
（１）１項
税務官公署の当該職員は、租税の課税標準等を記載した申告書を提出した者について、当該申告書に係る租税に関しあらかじめその者に日時場所を通知してその帳簿書類（〔括弧内略〕）を調査する場合において、当該租税に関し第３０条の規定による書面を提出している税理士があるときは、併せて当該税理士に対しその調査の日時場所を通知しなければならない。
（２）２項
前項の場合において、同項に規定する申告書を提出した者の同意がある場合として財務省令で定める場合に該当するときは、当該申告書を提出した者への通知は、同項に規定する税理士に対してすれば足りる。
（３）３項
第１項に規定する税理士が数人ある場合において、同項に規定する申告書を提出した者がこれらの税理士のうちから代表する税理士を定めた場合として財務省令で定める場合に該当するときは、これらの税理士への同項の規定による通知は、当該代表する税理士に対してすれば足りる。
第３ 財務省組織規則（平成１３年財務省令第１号。以下「組織規則」という。）
１ ５５３条（統括国税調査官の職務）
統括国税調査官は、命を受けて、次に掲げる事務（〔括弧内略〕）を分掌する。一〔略〕
二内国税の課税標準の調査及び内国税に関する検査に関すること。
三ないし七〔略〕
２ ５５６条（国税調査官）２項
国税調査官は、命を受けて、第５５３条各号〔中略〕に掲げる事務を処理する。以上
（別紙３）
課税処分の根拠
第１ 本件各修正申告書の提出に基づき過少申告加算税が課されること
１ 本件においては、①法定申告期限内に本件各確定申告書が提出され（前提事実（２）ア）、②その後、原告から、本件各修正申告書の提出があり（同エ）、それによって新たに納付すべきこととなる税額があることから、過少申告加算税の課税要件を充足する。
２ 原告は、原告の帳簿に記載されていない原告の代表者名義の預金口座に振り込まれた米穀の売上げ及びそれらに係る仕入れの一部、並びに、同預金口座の金員に係る代表者への貸付金利息及び同預金口座の預金利息を、総勘定元帳に記載せず、本件各事業年度の益金の額及び損金の額、並びに、本件各課税期間の課税標準額及び控除対象仕入税額に算入せず、本件各確定申告書の法人税の額及び消費税等の額について納付すべき税額を過少に申告しているところ、原告が本件各修正申告書の提出により新たに納付すべき法人税の額及び消費税等の額の計算の基礎となった事実につき、これらが本件各修正申告書の提出前における税額の計算の基礎とされていなかったことについて、いずれも国税通則法６５条４項に規定する「正当な理由」があるとは認められない。
３ 本件調査においては、本件調査担当職員が、原告の事務所兼代表者居宅に臨場するなどして、原告から提示された帳簿書類等の検査及び原告の代表者に対する質問調査を行った結果、本件各事業年度の法人税及び本件各課税期間の消費税等に係る課税標準又は納付すべき税額が過少に申告されていることを把握するに至ったこと、原告は、本件調査担当職員が行った本件調査の結果の説明を踏まえて、本件各修正申告書を提出したことから、本件各修正申告書の提出は、国税通則法６５条５項の「その申告に係る国税についての調査があったことにより当該国税について更正があるべきことを予知してされたもの」に該当する。
４ 以上のとおり、本件各修正申告書の提出に基づき過少申告加算税が賦課されることになる。
第２ 原告が過少申告としていた事実に対しては、過少申告加算税に代えて重加算税が賦課されること
１ 法人税に係る重加算税について
本件においては、①上記第１のとおり、過少申告加算税の課税要件を充足し、また、②原告は、原告の帳簿に記載されていない原告の代表者名義の預金口座に振り込まれた米穀の売上げ及びそれらに係る仕入れの一部、並びに、同預金口座の金員に係る代表者への貸付金利息及び同預金口座の預金利息を総勘定元帳に記載せず、本件各事業年度の益金の額及び損金の額に算入しないで本件各事業年度の法人税の確定申告書を提出していたのであるから、国税通則法６８条１項に規定する「国税の課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠ぺいし、又は仮装し、その隠ぺいし、又は仮装したところに基づき納税申告書を提出していたとき」に該当し、重加算税の課税要件を充足するから、本件各修正申告書の提出に基づき、本件各事業年度の法人税には、同項の規定により、過少申告加算税に代え、重加算税が課されることになる。
２ 消費税等に係る重加算税について
原告は、原告の帳簿に記載されていない原告の代表者名義の預金口座に振り込まれた米穀の売上げの入金の一部を総勘定元帳に記載せず、本件各課税期間の課税標準額に算入しないで、本件各課税期間の消費税等の確定申告書を提出していた。
したがって、この原告の行為は、国税通則法６８条１項に規定する「国税の課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠ぺいし、又は仮装し、その隠ぺいし、又は仮装したところに基づき納税申告書を提出していたとき」に該当することから、本件各修正申告書の提出に基づき、本件各課税期間の消費税等には、同項の規定により、過少申告加算税に代え、重加算税が課されることになる。
第３ 本件各賦課決定処分の根拠
１ 本件各事業年度の法人税に係る重加算税及び過少申告加算税の各賦課決定処分の根拠（１）平成２０年１月期の法人税に係る重加算税の額
５万６０００円
上記金額は、平成２０年１月期の法人税の修正申告により新たに納付すべき法人税額１６万８００円（ただし、国税通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）を基礎として、国税通則法６８条１項の規定に基づき１００分の３５の割合を乗じた金額である。
（２）平成２１年１月期の法人税に係る重加算税の額
６万３０００円
上記金額は、平成２１年１月期の法人税の修正申告により新たに納付すべき法人税額１８万６００円（ただし、国税通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）を基礎として、国税通則法６８条１項の規定に基づき１００分の３５の割合を乗じた金額である。
（３）平成２２年１月期の法人税に係る重加算税の額
７０００円
上記金額は、平成２２年１月期の法人税の修正申告により新たに納付すべき法人税額２万４０００円（ただし、国税通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）を基礎として、国税通則法６８条１項の規定に基づき１００分の３５の割合を乗じた金額である。
（４）平成２３年１月期の法人税に係る重加算税の額
３万８５００円
上記金額は、平成２３年１月期の法人税の修正申告により新たに納付すべき法人税額１１万４９００円（ただし、国税通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）を基礎として、国税通則法６８条１項の規定に基づき１００分の３５の割合を乗じた金額である。
（５）平成２４年１月期の法人税に係る重加算税の額
４万９０００円
上記金額は、平成２４年１月期の法人税の修正申告により新たに納付すべき法人税額１４万５７００円（ただし、国税通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）を基礎として、国税通則法６８条１項の規定に基づき１００分の３５の割合を乗じた金額である。
（６）平成２５年１月期の法人税に係る重加算税の額
７万円
上記金額は、平成２５年１月期の法人税の修正申告により新たに納付すべき法人税額２０万４００円（ただし、国税通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）を基礎として、国税通則法６８条１項の規定に基づき１００分の３５の割合を乗じた金額である。
（７）平成２６年１月期の法人税に係る重加算税及び過少申告加算税の額
ア 重加算税の額
４万９０００円
上記金額は、平成２６年１月期の法人税の修正申告により新たに納付すべき法人税額２９万７８００円のうち１４万１６００円（ただし、国税通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）を基礎として、国税通則法６８条１項の規定に基づき１００分の３５の割合を乗じた金額である。
イ 過少申告加算税の額
１万５０００円
上記金額は、平成２６年１月期の法人税の修正申告により新たに納付すべき法人税額２９万７８００円のうち１５万６２００円（ただし、国税通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）を基礎として、国税通則法６５条１項の規定に基づき１００分の１０の割合を乗じた金額である。
２ 本件各課税期間の消費税等に係る重加算税の各賦課決定処分の根拠
（１）平成２０年１月期課税期間の消費税等に係る重加算税の額
７０００円
上記金額は、平成２０年１月期課税期間の消費税等の修正申告により新たに納付すべき消費税等の額２万６３００円（ただし、国税通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）を基礎として、国税通則法６８条１項に基づき１００分の３５の割合を乗じた金額である。
（２）平成２３年１月期課税期間の消費税等に係る重加算税の額
７０００円
上記金額は、平成２３年１月期課税期間の消費税等の修正申告により新たに納付すべき消費税等の額２万９４００円（ただし、国税通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）を基礎として、国税通則法６８条１項に基づき１００分の３５の割合を乗じた金額である。
（３）平成２４年１月期課税期間の消費税等に係る重加算税の額
１万０５００円
上記金額は、平成２４年１月期課税期間の消費税等の修正申告により新たに納付すべき消費税等の額３万７９００円（ただし、国税通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）を基礎として、国税通則法６８条１項に基づき１００分の３５の割合を乗じた金額である。
（４）平成２５年１月期課税期間の消費税等に係る重加算税の額
２万１０００円
上記金額は、平成２５年１月期課税期間の消費税等の修正申告により新たに納付すべき消費税等の額６万６８００円（ただし、国税通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）を基礎として、国税通則法６８条１項に基づき１００分の３５の割合を乗じた金額である。
（５）平成２６年１月期課税期間の消費税等に係る重加算税の額
１万４０００円
上記金額は、平成２６年１月期課税期間の消費税等の修正申告により新たに納付すべき消費税等の額８万３１００円（ただし、国税通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）を基礎として、国税通則法６８条１項に基づき１００分の３５の割合を乗じた金額である。
３ 本件各賦課決定処分の適法性について
原告の本件各修正申告に伴って賦課されるべき過少申告加算税の額及び重加算税の額は、上記１及び２のとおりであるところ、これらの金額は、いずれも本件各賦課決定処分における過少申告加算税及び重加算税の額と同額であるから、本件各賦課決定処分はいずれも適法である。以上
別表１
法人税の課税処分等の経緯
（単位：円）
区分
確定申告
修正申告等
異議申立て
異議決定
審査請求
審査裁決
事業年度
年月日等
（期限内）
平成27年２月23日
平成27年３月17日平成27年４月３日平成27年６月26日平成27年７月14日平成28年２月９日所得金額
5,752,695
6,483,533
納付すべき税額
871,700
1,032,500
過少申告
加算税の額
－－
平成
年
月期
重加算税の額
－
56,000
全部取消し
棄却
全部取消し
棄却
所得金額
4,427,995
5,248,425
納付すべき税額
352,800
533,400
過少申告
加算税の額
－－
平成
年
月期
重加算税の額
－
63,000
全部取消し
棄却
全部取消し
棄却
所得金額
10,373,321
10,453,243
納付すべき税額
1,722,300
1,746,300
過少申告
加算税の額
－－
平成
年
月期
重加算税の額
－
7,000
全部取消し
棄却
全部取消し
棄却
所得金額
9,917,137
10,300,527
納付すべき税額
939,200
1,054,100
過少申告
加算税の額
－－
平成
年
月期
重加算税の額
－
38,500
全部取消し
棄却
全部取消し
棄却
所得金額
4,035,161
5,047,974
納付すべき税額
△447,600
△301,900
過少申告
加算税の額
－－
平成
年
月期
重加算税の額
－
49,000
全部取消し
棄却
全部取消し
棄却
所得金額
5,420,863
6,812,970
納付すべき税額
500,200
700,600
過少申告
加算税の額
－－
平成
年
月期
重加算税の額
－
70,000
全部取消し
棄却
全部取消し
棄却
所得金額
2,914,395
4,899,517
納付すべき税額
46,800
344,600
過少申告
加算税の額
－
15,000
平成
年
月期
重加算税の額
－
49,000
全部取消し
棄却
全部取消し
棄却
（注）「修正申告等」欄の日付は、上段が修正申告書を提出した日を、下段が過少申告加算税及び重加算税の賦課決定処分をした日を示す。
なお、「納付すべき税額」欄の△印は、中間納付税額の還付金額を示す。
別表２
消費税及び地方消費税の課税処分等の経緯
（単位：円）
区分
確定申告
修正申告等
異議申立て
異議決定
審査請求
審査裁決
課税期間
年月日等
（期限内）
平成27年２月23日
平成27年３月17日平成27年４月３日平成27年６月26日平成27年７月14日平成28年２月９日課税標準額
161,206,000
162,910,000
納付すべき
消費税額
947,100
968,200
納付すべき
地方消費税額
236,800
242,000
平成
年月
重加算税の額
－
7,000
全部取消し
棄却
全部取消し
棄却
課税標準額
174,775,000
176,648,000
納付すべき
消費税額
1,040,100
1,052,600
納付すべき
地方消費税額
260,000
263,100
平成
年月
重加算税の額
－－
課税標準額
139,297,000
141,251,000
納付すべき
消費税額
974,600
978,400
納付すべき
地方消費税額
243,700
244,600
平成
年月
重加算税の額
－－
課税標準額
150,097,000
152,012,000
納付すべき
消費税額
982,700
1,006,200
納付すべき
地方消費税額
245,700
251,600
平成
年月
重加算税の額
－
7,000
全部取消し
棄却
全部取消し
棄却
課税標準額
150,666,000
153,574,000
納付すべき
消費税額
△300
30,000
納付すべき
地方消費税額
△100
7,500
平成
年月
重加算税の額
－
10,500
全部取消し
棄却
全部取消し
棄却
課税標準額
158,941,000
162,784,000
納付すべき
消費税額
1,126,900
1,180,300
納付すべき
地方消費税額
281,700
295,100
平成
年月
重加算税の額
－
21,000
全部取消し
棄却
全部取消し
棄却
課税標準額
156,081,000
157,743,000
納付すべき
消費税額
577,500
644,000
納付すべき
地方消費税額
144,400
161,000
平成
年月
重加算税の額
－
14,000
全部取消し
棄却
全部取消し
棄却
（注）「修正申告等」欄の日付は、上段が修正申告書を提出した日を、下段が重加算税の賦課決定処分をした日を示す。
なお、「納付すべき消費税額」欄及び「納付すべき地方消費税額」欄の△印は、中間納付税額の還付金額を示す。
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/88281/detail5/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2017/pdf/13085.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。