税務訴訟資料第２６７号－１１５（順号１３０６４）
名古屋地方裁判所平成●●年（○○）第●●号源泉所得税の過誤納付金還付請求事件
国側当事者・国
平成２９年９月２１日一部認容・棄却・確定
判決
原告
株式会社Ａ
同代表者代表取締役
甲
同訴訟代理人弁護士
山浦和之
同補佐人税理士
筧敏正
被告
国
同代表者法務大臣
上川陽子
同指定代理人
藤根桃世
ほか別紙被告代理人目録記載のとおり
主文
１ 被告は、原告に対し、５０４８万４０００円及びうち５０４８万円に対する平成２７年５月１５日から還付のための支払決定の日又はその充当の日まで、平成２７年５月１５日から平成２８年１２月３１日までについては年１．８％の割合、平成２９年１月１日以降については年７．３％の割合又は租税特別措置法９３条２項に規定する特例基準割合のいずれか低い割合による金員（ただし、これに１００円未満の端数があるときはその端数金額を切り捨てる。）を支払え。
２ 原告のその余の請求を棄却する。
３ 訴訟費用は被告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
被告は、原告に対し、５０４８万４０００円及びうち５０４８万円に対する平成２７年５月８日から還付のための支払決定の日又はその充当の日まで、平成２７年５月８日から平成２８年１２月３１日までについては年１．８％の割合、平成２９年１月１日以降については年７．３％の割合又は租税特別措置法９３条に規定する特例基準割合のいずれか低い割合による金員を支払え。
第２ 事案の概要等
１ 事案の概要
Ｂ株式会社（なお、同社は、平成２０年５月１６日、Ｃ株式会社に商号変更した。以下では、商号変更の前後を問わず「Ｂ」という。）は、その代表者であった乙に対し、退職慰労金２億８０００万円（以下「本件退職慰労金」という。）を支給する旨の株主総会決議（以下「本件株主総会決議」という。）が成立したとして、源泉徴収に係る所得税５０４８万４０００円（以下、源泉徴収に係る所得税を「源泉所得税」といい、本件においてＢが納付した源泉所得税を「本件源泉所得税」という。）及び市県民税１１９８万８０００円（以下「本件市県民税」という。）を控除した２億１７５２万８０００円（以下「本件退職慰労金手取額」という。）を支払うとともに、平成２０年６月３日、本件源泉所得税を納付した。
本件は、その後、合併によりＢの権利義務を承継した原告が、本件株主総会決議が不存在であることを理由に、乙に本件退職慰労金の返還を請求し、本件退職慰労金手取額の支払を受けたことから、本件源泉所得税は過誤納金に当たると主張して、被告に対し、国税通則法５６条１項に基づき、５０４８万４０００円及びうち５０４８万円に対する同法５８条１項３号、国税通則法施行令２４条２項２号所定の日である平成２７年５月８日から支払決定の日又は充当の日までの国税通則法５８条１項、租税特別措置法９５条、９３条所定の割合による還付加算金の支払を求めている事案である。
２ 関係法令等の定め
関係法令等については、別紙「関係法令等の定め」に記載のとおりである。
３ 前提事実（当事者間に争いのない事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実等）
（１）当事者等
ア 原告は、遊技場の経営、遊技機械の販売等を目的とする株式会社である。（弁論の全趣旨）
イ Ｂは、昭和５６年５月●日に設立され、平成２０年５月１６日、Ｃ株式会社に商号変更した。（甲４）
ウ Ｄ株式会社（以下「Ｄ」という。）は、平成２５年８月●日、Ｂを合併し、その権利義務を承継した。（甲１、２）
エ 原告は、平成２６年２月●日、Ｄを合併し、その権利義務を承継した。（甲１）
オ 原告代表者である甲は、乙の元妻であり、乙との間に丙、丁及び戊（以下「子ら」という。）をもうけた。甲と乙の離婚後、甲及び子ら（以下「甲ら」という。）と乙との間で、甲及び乙が経営してきたＢ等の経営等をめぐって多くの法的紛争が発生し、多数の訴訟等が提起された。（甲２５、２６、弁論の全趣旨）
（２）乙に対する退職慰労金の支払等
ア 乙は、Ｂの設立時からその代表取締役であったところ、平成２０年５月１６日付けで、代表取締役退任登記及び取締役辞任登記がされ、同日付けで、Ｅ（以下「Ｅ」という。）の代表取締役就任登記がされた。（甲４、２５、弁論の全趣旨）
イ Ｂの平成２０年４月６日付け臨時株主総会議事録には、同日付けで、乙に対し、退職慰労金２億８０００万円を支給する旨の本件株主総会決議がされた旨の記載がある。なお、本件株主総会決議は、乙がＢの唯一の株主であることを前提にされたものであった。（甲５）
ウ Ｂは、乙に対し、本件退職慰労金として、平成２０年５月３０日に１億１２６３万０４００円を、同年１２月１０日に１０００万円を、平成２１年１０月２２日に８３００万円を、同月２３日に１１８９万７６００円をそれぞれ支払った。（甲１０、１２、１３）
エ Ｂは、平成２０年６月３日、本件源泉所得税５０４８万４０００円及び本件市県民税１１９８万８０００円を納付した。（甲６ないし９）
（３）還付請求に至る経緯等
ア 甲らは、平成２０年５月１４日、Ｂ及び乙に対し、甲がＢの株式４万７０２０株を有する株主であること、丙がＢの株式１万８５８０株を有する株主であること、丁及び戊がＢの株式各１万８５００株を有する株主であること並びにＢの発行済株式総数が１５万株であることの確認を求める訴えを名古屋地方裁判所に提起した（名古屋地方裁判所平成●●年（○○）第●●号事件。以下「別件訴訟１」という。）。名古屋地方裁判所は、平成２２年３月１１日、別件訴訟１について、甲がＢの株式４万７０２０株を有する株主であること、丙がＢの株式１万８５８０株を有する株主であること、丁及び戊がＢの株式各１万８５００株を有する株主であることの各確認請求（以下「本件各株主権確認請求」という。）を認容するとともに、Ｂの発行済株式総数が１５万株であることの確認請求については、Ｂの発行済株式総数が２１万８０００株であることの確認を求める限度で認容し、その余を棄却する旨の判決（以下「別件訴訟１第１審判決」という。）をした。（甲１７、２５）
イ Ｂ及び乙は、別件訴訟１第１審判決について控訴を提起しなかったが、甲らは、その敗訴部分を不服として、名古屋高等裁判所に控訴を提起し（名古屋高等裁判所平成●●年（○○）第●●号事件）、Ｂの平成１３年１１月１４日付け変更登記に係る普通株式４万８０００株の新株発行及び平成１７年１２月６日付け変更登記に係る普通株式２万株の新株発行がいずれも存在しないことの確認請求を追加した。名古屋高等裁判所は、平成２３年２月１８日、別件訴訟１第１審判決を変更し、Ｂの発行済株式総数が１５万株であることの確認を求める訴えを却下するとともに、Ｂの平成１３年１１月１４日付け変更登記に係る普通株式４万８０００株の新株発行及び平成１７年１２月６日付け変更登記に係る普通株式２万株の新株発行がいずれも存在しないことの確認請求を認容する判決（以下「別件訴訟１控訴審判決」という。）をし、その後、別件訴訟１第１審判決の甲らの本件各株主権確認請求を認容した部分及び別件訴訟１控訴審判決が確定した。（甲１７、１８、２５）
ウ 甲は、京都地方裁判所にＢの株主総会の招集許可の申立てをし（京都地方裁判所平成●●年（○○）第●●号事件）、平成２４年２月９日、許可の決定を受け、同年３月９日、Ｂの株主総会が開催され、戊が原告の代表取締役に就任した。（甲１９、２５）
エ 原告は、平成２６年１月８日、乙に対し、本件株主総会決議が不存在であったため、本件退職慰労金として支払われた２億８０００万円が法律上の原因を欠く利得であると主張して、不当利得返還請求権に基づき、その返還を求める訴えを名古屋地方裁判所に提起した（名古屋地方裁判所平成●●年（○○）第●●号事件。以下「別件訴訟２」という。）。名古屋地方裁判所は、同年１０月２８日、別件訴訟２について、平成２０年４月６日当時におけるＢの発行済株式総数は１５万株であり、その株主構成は、乙が４万７４００株、甲が４万７０２０株、丙が１万８５８０株、丁及び戊が各１万８５００株であったところ、同日、乙のみが出席してＢの株主総会（以下「本件株主総会」という。）が開催され、本件株主総会決議がされたが、甲らには本件株主総会の招集通知がされていなかったため、本件株主総会決議は不存在であり、これに基づく本件退職慰労金の支給は、法律上の原因を欠くとして、乙に対し、２億８０００万円及びこれに対する平成２２年３月１２日から支払済みまで年５分の割合による利息の支払を命じる判決（以下「別件訴訟２第１審判決」という。）をした。（甲１０、２５）
オ 乙は、別件訴訟２第１審判決を不服として、名古屋高等裁判所に控訴を提起したところ（名古屋高等裁判所平成●●年（○○）第●●号事件）、名古屋高等裁判所は、平成２７年３月１９日、本件退職慰労金のうち乙が実際に受領した２億１７５２万８０００円（本件退職慰労金手取額）については同人の利得となるが、本件源泉所得税及び本件市県民税の合計額に相当する合計６２４７万２０００円については、同人の利得とはならないとして、別件訴訟２第１審判決を変更し、乙に対し、２億１７５２万８０００円及びこれに対する平成２２年３月１２日から支払済みまで年５分の割合による利息の支払を命じる判決（以下「別件訴訟２控訴審判決」という。）をし、その後、別件訴訟２控訴審判決が確定した。（甲１１、弁論の全趣旨）
カ 原告は、平成２７年３月２４日付けで、乙との間で和解契約を締結し、同人から、本件退職慰労金手取額及びその利息として、同月３０日に７２１４万８３８６円の、同年４月１４日に２億円の各支払を受けた。（甲１６、弁論の全趣旨）
キ 原告から委任を受けたＦ税理士（以下「Ｆ税理士」という。）は、平成２７年４月７日、名古屋中税務署長に対し、源泉所得税の誤納額還付請求書（甲１２。以下「本件還付請求書」という。）を提出して本件源泉所得税の還付を求めたが（以下「本件還付請求」という。）、名古屋中税務署長は、これに応じなかった。（甲１２、弁論の全趣旨）
ク 原告から委任を受けたＦ税理士は、平成２７年４月７日、名古屋市長に対し、退職所得に対する住民税の過誤納額還付請求書を提出して本件市県民税の還付を求め、名古屋市長は、原告に対し、本件市県民税を還付した。（甲１３ないし１５、弁論の全趣旨）
（４）本件訴えの提起
原告は、平成２７年１０月２３日、本件訴えを提起した。（顕著な事実）
４ 争点
（１）本件源泉所得税の還付請求権（以下「本件還付請求権」という。）が時効により消滅したか（争点１）
（２）還付加算金の起算点（争点２）
５ 当事者の主張
（１）争点１（本件還付請求権が時効により消滅したか）について
（被告の主張）
ア 国税通則法７４条所定の「その請求をすることができる日」とは、民法１６６条１項の「権利を行使することができる時」と同義であり、権利の行使についての法律上の障害がないことをいうところ、下記イ及びウによれば、本件源泉所得税は、その納付時において、租税実体法上、被告がこれを保有する正当の理由のない利得として、国税通則法５６条１項所定の「還付金等」に該当しており、本件源泉所得税について納税義務を確定する行政処分も存在しないため、本件還付請求権の行使について法律上の障害は存在しなかったというべきであるから、本件還付請求権の消滅時効の起算点は、本件源泉所得税の納付日の翌日である平成２０年６月４日である。したがって、本件還付請求権は、同日から５年間が経過したことによって、時効により消滅したというべきである。
イ 本件退職慰労金は、その支払の時点においては乙の所得を構成しており、同人が原告に対して本件退職慰労金手取額を返還したことにより、その経済的成果が失われ、乙の所得を構成しないこととなったということができるものの、下記（ア）及び（イ）のとおり、本件退職慰労金は所得税法１９９条所定の「退職手当等」には当たらないから、原告には、当初から、本件退職慰労金に係る源泉所得税を徴収して被告に納付する義務はなかったというべきである。
（ア）金員の支払が所得税法１９９条所定の「退職手当等」に当たるというためには、従来の継続的な勤務に対する報償ないしその間の労務の対価の一部の後払いの性質を有することが必要と解されるところ、乙に対する本件退職慰労金の支払は、客観的にみて、従来の継続的な勤務に対する報償としての性質を有するものではなく、また、乙の代表取締役としての地位や権限等を考慮してされたという関係も認められないから、労務の対価の一部の後払いの性質を有するということもできない。
すなわち、乙は、甲らによる別件訴訟１の提起等を受けて、遅くとも平成２０年５月初旬頃には、甲らがＢの株主としての地位を主張していることを認識したというべきであるところ、同月１６日付けで乙の代表取締役退任登記及び取締役辞任登記がされ、同月３０日から平成２１年１０月２３日にかけて、本件退職慰労金の支払がされていること、本件退職慰労金の支払は、Ｂが債務超過となった一因とされていること、Ｂには退任取締役の退職慰労金に関する内規が存在しなかったため、乙に退職慰労金を支給するためには、株主総会決議が必要であったところ、本件株主総会決議は、Ｂの発行済株式総数の約６８％の株式を有する甲らに対する招集手続を欠き、不存在と評価されるものであったこと、乙は、Ｂのいわゆる一人株主として振る舞っており、Ｅの選任や同人による本件退職慰労金の支払を含む職務行為は、乙の思わくどおりに行われていたこと、乙について、Ｂの代表取締役として退職慰労金を受給するに値するだけの執務実体があったことを裏付ける証拠はないことに加え、本件退職慰労金が乙の従来の継続的な勤務に対する報償ないしその間の労務の対価の一部の後払いとして支払われたというのであれば、その後に乙が原告に対してこれを返還したことと整合しないというべきであること等の諸事情に照らせば、乙は、Ｂの株主たる地位やその経営権を甲らに取得されることを恐れ、先んじてＢの資産を流出させるため、Ｂの事業活動と関係なく、あたかも本件株主総会決議が存在したかのように装い、本件退職慰労金の支払を受けたというべきである。
（イ）金員の支払が所得税法１９９条所定の「退職手当等」に当たるというためには、その前提として、退職の事実が必要であるところ、原告が平成２７年４月７日付けで名古屋中税務署長に対して提出した本件還付請求書には、乙の退職が仮装である旨の記載があるほか、後任の代表者であるＥの選任や同人による職務行為が乙の思わくどおりに進められていたこと等を考慮すると、乙の退職の事実についても疑義があるというべきである。
ウ 仮に、本件退職慰労金が所得税法１９９条所定の「退職手当等」に当たるとしても、下記（ア）ないし（ウ）のとおり、源泉所得税は、納税義務の成立と同時に納付すべき税額が確定するから、各種所得の金額に事後的に異動が生じることは予定されていない。したがって、一旦確定し、具体化された納税義務の数額に誤りがあったとしても、そのことをもって、租税法律関係を変動させるものとはいえず、当該誤りがある部分は、当初から租税法律関係が存在していなかったものと解さざるを得ない。
（ア）源泉所得税については、納付済みの国税の還付に係る特別の救済手続である国税通則法５６条に基づく還付請求や、いわゆる後発的事由による更正請求（同法２３条２項）の制度は存在しない。また、給与等を支給するのは源泉所得税を徴収して被告に納付する義務（以下「源泉徴収義務」という場合がある。）を負う者（以下「徴収義務者」という。）自身であるから、課税要件は一義的に明確であり、徴収義務者が給与等を支給する際に課税標準等を捕捉することも容易であるということとあいまって、後の取消しや変更は予定されていない。したがって、「所得」の支払に係る源泉所得税の納付後、当該所得に相当する金員の返還がされるなどの当該「所得」が「所得」を構成しないものと評価されるような事実が生じたとしても、当該事実は、当該「所得」の支払後に租税法律関係を変動させるものとはいえない。仮に、金員の返還等の事実により「所得」を構成しないこととなったことを理由に納税義務が消滅することとなれば、納税義務の消滅に伴い、確定済みの税額に変更が生じることとなるが、それは、税額が納税義務の成立時点と異なる時点で確定したり、重畳的に確定したりすることを意味し、源泉所得税が納税義務の成立と同時に納付すべき税額が確定することに明らかに反する。
（イ）還付金等に係る国に対する請求権は、その請求をすることができる日から５年を経過したときは時効により絶対的に消滅するとされ、民法上の金銭債権に係る消滅時効とは異なる規律が設けられている（国税通則法７４条１項、２項）。この５年の消滅時効期間は、会計法３０条と同様に、国の債権債務に係る不安定な状態をなるべく速やかに解決し、会計上の決済を早期に完了させる必要性に基づく規定と解すべきである。そして、仮に、源泉所得税について、事後的にその租税法律関係に異動を生じることが許容され、原告が主張するように、その異動時点から還付請求権が発生すると解した場合、徴収義務者から支払を受けた者が、時効の利益を放棄して、当該支払を一部でも返還すれば、支払時点から長期間が経過した後であっても、当該返還額に対応する源泉徴収税額の還付請求権が発生することになりかねず、当該源泉徴収に係る租税法律関係がいつまでも不安定な立場に置かれることとなり、国税通則法７４条１項、２項の趣旨を没却しかねない。
（ウ）国税通則法５８条１項１号ロは、納税の告知がされた後に納付した額が過納となり、これにより生じた過納金を還付する場合には、当該過納金に係る国税の納付の日の翌日から還付加算金を加算することとされており、同項３号、国税通則法施行令２４条２項２号は、上記以外の場合（国税通則法５８条４項の適用がある場合を除く。）には、税務署長がその過誤納の事実の確認をした日の翌日から起算して１月を経過する日の翌日から還付加算金を加算するとしているところ、源泉所得税に係る過誤納の発生が、納付日ではなく、徴収義務者が支払った所得の返還を受けた日と解すると、当該徴収義務者が納税の告知を受けていたのであれば、還付金等の請求権の発生前の期間に対して還付加算金を付することとなり、民法及び国税通則法と整合しないというべきである。
エ 乙は、平成２２年３月１２日、甲がＢの株式４万７０２０株を有する株主であること等の確認請求を認容した別件訴訟１第１審判決の送達を受け、本件株主総会決議が不存在であることを確定的に認識したのであるから、Ｂは、遅くとも同日から、乙が唯一の株主であることを前提にされた本件株主総会決議の不存在を理由として、被告に対し、本件源泉所得税の還付請求をすることができたというべきである。
（原告の主張）
ア 本件源泉所得税の納付は、代表取締役及び取締役であった乙が退任するに当たり、同人に退職慰労金を支給する旨の本件株主総会決議がされたとして、これに基づいて本件退職慰労金が支払われたためにされたものであるから、その納付の時点では適法なものであり、後に、原告が乙から本件退職慰労金手取額の返還を受けたことにより、過納金となったものである。すなわち、違法又は無効な行為を原因とする所得についても、税法の見地からは、課税の原因となった行為が関係当事者の間で有効なものとして取り扱われ、これにより、現実に課税要件が満たされていると認められる場合には、課税することが認められるところ、本件退職慰労金の支払が違法又は無効な行為を原因とするものであったとしても、その返還義務の履行により、経済的成果が失われることがない限り、源泉徴収義務を定めた所得税法１９９条所定の「退職手当等」に当たるというべきである。したがって、本件還付請求権は、原告が乙から本件退職慰労金手取額の返還を受けた平成２７年４月１４日に発生したものであり、本件還付請求権の消滅時効の起算点は、同日になるというべきであるから、時効期間が経過していないことは明らかである。
イ 所得税基本通達１８１ないし２２３共－６は、源泉所得税の還付を認める場合として、源泉徴収の対象となった支払額が誤払等により過大であったため徴収義務者が返還を受けた場合及び徴収義務者が既に支払った金額の全部又は一部の返還を受けた場合を定めており、徴収義務者が支払額の返還を受けたときに、源泉所得税の還付請求権が発生することを認めていることは明らかであるから、所得税法１８１条、１８３条及び１９９条所定の「支払」によって、源泉徴収義務が発生するのに対し、「支払」の反対概念である「返還」によって、源泉所得税の還付請求権が発生すると解すべきである。
ウ 源泉所得税が、納税義務の成立と同時に納付すべき税額が確定するのは、その課税要件が単純で容易に把握することができる建前になっていること等により、直ちに履行の段階、すなわち、その税額の納付文は徴収の段階に移行することができるからである。これに対し、被告の主張は、源泉徴収義務の発生要件として、単純で容易に把握することができる「退職慰労金の支払があったこと」では足りず、本件株主総会決議の存否や乙の動機を問題とするものであり、法的根拠を明らかにしないまま、源泉徴収義務の発生要件を加重するものであって、不当である。
エ 国税不服審判所平成１１年６月１７日裁決は、①法人の役員によって不法に持ち出された上記法人の資金が上記役員の経済的利得を構成し、給与又は退職金の支払に当たるか、②上記法人に源泉徴収義務があるかが争われた事案で、不法に持ち出された資金の返還が問題とされているところ、異議審理庁が、法人の役員によって不法に持ち出された法人の資金の一部が返還されたことを受けて、源泉所得税の納税告知の一部を取り消す決定をしたことを認定した上で、その余の部分について、法人が上記資金の返還を受けた事実がないことを根拠に審査請求を棄却したものである。被告は、従来から、法人の役員が在職中にその地位を利用して法人の資金を不法に持ち出したような場合、法人からの賞与（給与）の支払があったと認定し、法人の利益処分による臨時的給与の支払として、法人税の増額更正処分を行うとともに、法人に当該臨時的給与の支払につき、源泉徴収義務があるにもかかわらず、これを怠ったとして、源泉所得税の納税告知を行っている。また、被告は、法人の役員の退職後に法人の資金が当該役員に支払われた場合には、退職金の支給を認定している。
オ 源泉所得税は、納税義務の成立と同時に納付すべき税額が確定することを理由に、事後的に課税関係に異動が生じることは予定されていないと解することは、源泉所得税について還付があることを前提とする還付加算金の規定（国税通則法５８条１項１号ロ、ハ、国税通則法施行令２４条２項２号）が存在することと矛盾するから、被告の主張は失当である。
カ 原告は、前記前提事実（３）アないしカのとおり、複数の訴訟等を経て、ようやく乙から本件退職慰労金手取額の返還を受けることができたのであるから、被告が原告の還付請求について消滅時効を理由にこれを認めないことは正義に反する。
（２）争点２（還付加算金の起算点）について
（原告の主張）
原告は、被告に対し、５０４８万円に対する国税通則法５８条１項３号、国税通則法施行令２４条２項２号所定の日である平成２７年５月８日から還付のための支払決定の日又はその充当の日まで、平成２７年５月８日から平成２８年１２月３１日までについては年１．８％の割合、平成２９年１月１日以降については年７．３％の割合又は租税特別措置法９３条に規定する特例基準割合のいずれか低い割合による還付加算金の支払を求める。（被告の主張）
国税通則法は、還付加算金の起算日について、納税告知以外に起因して納付された源泉所得税の過誤納金については、税務署長がその過誤納の事実を確認した日の翌日から起算して１月を経過する日の翌日と定めており、実務上、過誤納の事実の確認申請書（以下「確認申請書」という。）が提出された日をもって、税務署長がその過誤納の事実を確認した日として取り扱うこととされている。しかし、本件においては、原告の主張を前提とすると、本件退職慰労金について過誤納の事実が発生したのは、原告が乙から本件退職慰労金手取額の返還を受けた平成２７年４月１４日となるところ、確認申請書に当たる本件還付請求書が名古屋中税務署長に提出されたのは同月７日であり、名古屋中税務署長は確認申請書の提出によっては過誤納の事実を知り得ない。したがって、本件において、確認申請書（本件還付請求書）が提出された日をもって、税務署長がその過誤納の事実を確認した日とすることは不可能である。
第３ 当裁判所の判断
１ 前記前提事実に掲記の証拠及び弁論の全趣旨を総合すると、次の事実が認められる。
（１）Ｂの経営状況等
ア 原告代表者である甲は、昭和４４年７月４日、乙と婚姻し、同人との間に子らをもうけるとともに、乙と共に、Ｇ株式会社（以下「Ｇ」という。）、Ｂ、Ｄ等の複数の会社を経営してきた。なお、乙は、Ｂの設立時から、Ｂの代表取締役として、その業務全般を行っていた。（甲４、２５、２６）
イ 甲及び乙は、平成１３年８月２日、協議離婚し、甲はＧを、乙はＢ及びＤを経営するようになった。（甲２５、２６）
ウ 甲と乙の離婚後、甲らと乙との間で、甲及び乙が経営してきたＢ等の経営等をめぐって多くの法的紛争が発生し、多数の訴訟等が提起された。（甲２５、２６、弁論の全趣旨）
エ 乙は、平成２０年５月１６日付けで、Ｂの代表取締役及び取締役を退任した。また、同日付けで、ＥのＢの代表取締役就任登記がされた。（甲４、弁論の全趣旨）
（２）乙に対する本件退職慰労金の支払等
ア Ｂの平成２０年４月６日付け臨時株主総会議事録には、同日付けで、乙に対し、退職慰労金２億８０００万円を支給する旨の本件株主総会決議がされた旨の記載がある。なお、本件株主総会決議は、乙がＢの唯一の株主であることを前提にされたものであった。（甲５）
イ Ｂは、乙に対し、本件退職慰労金として、平成２０年５月３０日に１億１２６３万０４００円を、同年１２月１０日に１０００万円を、平成２１年１０月２２日に８３００万円を、同月２３日に１１８９万７６００円をそれぞれ支払った。（甲１０、１２、１３）
ウ Ｂは、平成２０年６月３日、本件源泉所得税５０４８万４０００円及び本件市県民税１１９８万８０００円を納付した。（甲６ないし９）
エ Ｂは、第２８期（平成２０年４月１日から平成２１年３月３１日まで）の決算報告書において、販売費及び一般管理費として、本件退職慰労金を「退職金」の勘定科目で計上した。（甲２４、弁論の全趣旨）
（３）本件還付請求等
ア 原告から委任を受けたＦ税理士は、平成２７年４月７日、名古屋中税務署長に対し、本件還付請求書を提出し、本件源泉所得税の還付を求めた。（甲１２、弁論の全趣旨）
イ 本件還付請求書には、「請求理由」として、平成２０年６月３日に納付した本件源泉所得税について、本件退職慰労金の支給が別件訴訟２控訴審判決により無効とされたことにより、誤納額還付請求をする旨の記載があった。また、本件還付請求書には、「判決に至る詳細経緯の説明」として、別件訴訟１及び２の経緯が記載されていたほか、乙がＢの代表取締役を退任したことが退職慰労金を取得するための仮装退職である旨の記載や、後任の代表取締役であるＥが乙のかいらいである旨の記載があった。（甲１２）
ウ 名古屋中税務署の担当者は、平成２７年５月２８日、Ｆ税理士に対し、本件還付請求権について、国税通則法７４条１項に規定する「その請求をすることができる日」が納付日である平成２０年６月３日であるため、時効により消滅している旨説明した。（弁論の全趣旨）
エ 名古屋中税務署の担当者は、平成２７年９月９日までの間、原告から委任を受けた税理士Ｈ（以下「Ｈ税理士」という。）に対しても、複数回にわたって、上記ウと同様の説明をした。（弁論の全趣旨）
２ 争点１（本件還付請求権が時効により消滅したか）について
（１）被告は、国税通則法７４条所定の「その請求をすることができる日」とは、民法１６６条１項の「権利を行使することができる時」と同義であり、権利の行使についての法律上の障害がないことをいうところ、本件源泉所得税は、その納付時において、租税実体法上、被告がこれを保有する正当の理由のない利得として、国税通則法５６条１項所定の「還付金等」に該当しており、本件源泉所得税について納税義務を確定する行政処分も存在しないため、本件還付請求権の行使について法律上の障害は存在しなかったというべきであるから、本件還付請求権の消滅時効の起算点は、本件源泉所得税の納付日の翌日である平成２０年６月４日であり、本件還付請求権は、同日から５年間が経過したことによって、時効により消滅した旨主張し、本件還付請求権の消滅時効の起算点について上記のように解すべき具体的根拠として、①本件退職慰労金は所得税法１９９条所定の「退職手当等」には当たらず、原告には、本件退職慰労金に係る源泉徴収義務はなかった、②仮に、本件退職慰労金が所得税法１９９条所定の「退職手当等」に当たるとしても、源泉所得税は、納税義務の成立と同時に納付すべき税額が確定するから、各種所得の金額に事後的に異動が生じることは予定されておらず、一旦確定し、具体化された納税義務の数額に誤りがあったとしても、そのことをもって、租税法律関係を変動させるものとはいえず、当該誤りがある部分は、当初から租税法律関係が存在していなかったものと解さざるを得ない旨主張する。
そもそも、所得税法上の所得は専ら経済的面から把握すべきものであり、経済的にみて利得者がその利得を現実に支配管理し、自己のために享受する限りその利得は所得を構成すると解するのが相当であるところ、乙は、本件退職慰労金を受領したことによって経済的利得を受け、その利得を現実に支配管理するようになったのであるから、本件退職慰労金は同人の所得を構成していたというべきであり、この点については、被告も自認するところである。そこで、以下では、まず、本件退職慰労金が源泉徴収義務を定めた所得税法１９９条の「退職手当等」に該当するか否かを検討し、これが肯定される場合に、これを前提として、本件還付請求権の発生時期及び消滅時効の起算点について検討することとする。
（２）本件退職慰労金が所得税法１９９条の「退職手当等」に該当するか否かについて
ア 所得税法３０条１項は、退職所得とは、退職手当、一時恩給その他の退職により一時に受ける給与及びこれらの性質を有する給与（退職手当等）に係る所得をいう旨規定しているところ、ある金員が退職手当等に該当するためには、①退職すなわち勤務関係の終了という事実によって初めて給付されること、②従来の継続的な勤務に対する報償ないしその間の労務の対価の一部の後払いの性質を有すること及び③一時金として支払われることという要件を備えていること又は実質的にこれらの要件の要求するところに適合することが必要であると解するのが相当である（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同５８年９月９日第二小法廷判決・民集３７巻７号９６２頁参照）。
前記前提事実及び認定事実によれば、乙は、平成２０年５月１６日、Ｂの代表取締役及び取締役を退任し、その後に原告から本件退職慰労金の支払を受けているから、本件退職慰労金は、退職によって初めて給付されたものということができる。また、乙は、Ｂが設立された昭和５６年５月●日から退任日である平成２０年５月１６日までの約２７年間にわたって、Ｂの代表取締役としての業務を遂行してきたのであるから、本件退職慰労金は、従来の継続的な勤務に対する報償ないしその間の労務の対価の一部の後払いの性質を有すると認めることができる。さらに、退職に起因して支払われる金員であっても、年金の形式で定期的、継続的に支給されるものは、一時金には当たらないため、退職手当等に含まれないところ、本件退職慰労金の支払は、平成２０年５月３０日から平成２１年１０月２３日までの間に４回に分割してされたものであるが、Ｂの年金制度等に基づき支払われたものでないことはもとより、その期間及び回数が年金と同視し得る程度に長期及び多数回に及んでいたということはできないこと、Ｂは、第２８期（平成２０年４月１日から平成２１年３月３１日まで）の決算報告書において、本件退職慰労金を「退職金」として計上しているほか、その全額を基準として本件源泉所得税及び本件市県民税の額を算出し、平成２０年６月３日付けでこれらを納付していること等の諸事情に照らすと、本件退職慰労金は、退任に当たって支払われる一時金としての実質を備えているということができる。
以上によれば、本件退職慰労金は、所得税法３０条１項所定の「退職手当等」に該当するというべきである。
イ これに対し、被告は、①乙は、Ｂの株主たる地位やその経営権を甲らに取得されることを恐れ、先んじてＢの資産を流出させるため、Ｂの事業活動と関係なく、あたかも本件株主総会決議が存在したかのように装い、本件退職慰労金の支払を受けたというべきであり、本件退職慰労金が、乙の従来の継続的な勤務に対する報償ないしその間の労務の対価の一部の後払いとして支払われたというのであれば、その後に乙が原告に対してこれを返還したこととも整合しない、②原告が平成２７年４月７日付けで名古屋中税務署長に対して提出した本件還付請求書には、乙の退職が仮装である旨の記載があるほか、後任の代表者であるＥの選任や同人による職務行為が乙の思わくどおりに進められていたこと等を考慮すると、乙の退職の事実についても疑義がある旨主張するため、以下検討する。
（ア）上記①の点について
確かに、本件退職慰労金の支給は、これを決定した本件株主総会決議が不存在であった上、その支給によってＢが債務超過に陥るものであったとすれば、その額も相当性を欠くものであった疑いが強いといわざるを得ない。しかしながら、Ｂが本件退職慰労金についての源泉徴収義務を履行し、第２８期（平成２０年４月１日から平成２１年３月３１日まで）の決算報告書においてこれを計上していることに照らせば、Ｂの内部の意思決定に基づいて本件退職慰労金が支給されたと認められ、Ｂの意思と関係なく、本件退職慰労金に相当する資産が持ち出された等の事情はうかがわれないこと、乙は、Ｂの設立された昭和５６年５月●日から退任日である平成２０年５月１６日までの約２７年間にわたって、Ｂの代表取締役としての業務を遂行してきたことや、乙が代表取締役及び取締役を退任した直後に本件退職慰労金手取額の過半の額の支払がされていることを考慮すると、本件退職慰労金の支給が株主総会決議という手続的要件を欠き、かつ、その額が相当性を欠く疑いがあったとしても、従来の継続的な職務に対する報償ないしその間の職務の対価の一部の後払いとしての性質が直ちに否定されるものではない。
なお、被告は、乙について、Ｂの代表取締役として退職慰労金を受給するに値するだけの執務実体があったことを裏付ける証拠はないとも主張するが、前記認定事実によれば、乙は、Ｂが設立された昭和５６年５月●日からその代表取締役の地位にあり、平成１３年８月２日に甲と協議離婚した際にも引き続きＢを経営していくことを選択していること、その後、乙と甲らとの間において、Ｂの株主の地位をめぐって紛争が発生していることを考慮すると、乙は、Ｂの代表取締役を退任するまで、株主である甲らの意向すら無視し、自らの判断でＢの経営を行っていたと推認するのが相当であるから、被告の主張は採用することができない。
また、別件訴訟１第１審判決のうち甲らの本件各株主権確認請求を認容した部分及び別件訴訟１控訴審判決の確定により、甲らがＢの発行済株式総数の約６８％の株式を有していることが既判力をもって確定されたため、Ｂにおいて、再度、乙に対して退職慰労金を支給する旨の株主総会決議をすることは事実上不可能となるとともに、別件訴訟２控訴審判決の確定により、乙の原告に対する本件退職慰労金手取額に相当する額の不当利得返還義務の存在が既判力をもって確定され、その履行を命じられたことに照らすと、乙は、本件退職慰労金の性質のいかんを問わず、上記不当利得返還義務を履行せざるを得なかったというべきであるから、乙が別件訴訟２控訴審判決が確定した後に原告に対して本件退職慰労金手取額に相当する額を返還したことをもって、本件退職慰労金に従来の継続的な職務に対する報償ないしその間の職務の対価の一部の後払いとしての性質があったことが否定されるものではない。
（イ）上記②の点について
確かに、前記認定事実（３）によれば、原告が平成２７年４月７日付けで名古屋中税務署長に対して提出した本件還付請求書には、乙の退任が仮装であるとする記載があることが認められる。しかしながら、本件還付請求書の記載からは、乙の退任が仮装であることを裏付ける具体的事情は明らかではない。また、Ｂの商業登記簿上、乙について平成２０年５月１６日付けで、代表取締役退任登記のみならず、取締役辞任登記もされていることに加え、乙は、Ｂの株主でもあり、特に、別件訴訟１第１審判決及び別件訴訟１控訴審判決が確定するまでは、Ｂの唯一の株主として行動していたというのであるから、Ｅが後任の代表取締役として乙の意向に従ってＢの経営を行っていたとしても、その当時において唯一の株主と認識されていた者の意向を尊重していたにとどまるというべきであり、乙が、株主としての影響力を行使することを超えて、事実上の代表取締役として自ら業務を遂行していたとまで認めることはできない。したがって、乙が平成２０年５月１６日付けでＢの代表取締役及び取締役を退任したとの上記認定が左右されるものではない。
（３）本件還付請求権の発生時期及び消滅時効の起算点について
ア 国税通則法７４条１項所定の「その請求をすることができる」とは、民法１６６条１項の「権利を行使することができる」と同義であるから、その権利の行使について法律上の障害がないこと、及び権利の性質上、その権利行使が現実に期待のできるものであることを要すると解するのが相当である（同項に関する最高裁昭和●●年（○○）第●●号同４５年７月１５日大法廷判決・民集２４巻７号７７１頁、最高裁平成●●年（○○）第●●号同８年３月５日第三小法廷判決・民集５０巻３号３８３頁参照）。
イ 被告は、源泉所得税は納税義務の成立と同時に納付すべき税額が確定するから、各種所得の金額に事後的に異動が生じることは予定されておらず、一旦確定し、具体化された納税義務の数額に誤りがあっても、そのことをもって、租税法律関係を変動させるものとはいえず、当該誤りがある部分は、当初から租税法律関係が存在していなかったものと解さざるを得ない旨主張する。そして、確かに、源泉徴収の対象となるべき所得の支払がされるときは、支払者は、法令の定めるところに従って納税義務を負うのであるが、この納税義務は上記所得の支払の時に成立し、その成立と同時に特別の手続を要しないで納付すべき税額が確定するものとされており（国税通則法１５条）、源泉所得税については、申告納税方式による場合の納税者の税額の申告やこれを補正するための税務署長等の処分（更正、決定）、賦課課税方式による場合の税務署長等の処分（賦課決定）なくして、その税額が法令の定めるところに従って当然に、いわば自動的に確定するものとされている（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同４５年１２月２４日第一小法廷判決・民集２４巻１３号２２４３頁参照）。
しかしながら、支払者が源泉徴収義務の発生する所得を支払い、源泉所得税を納付した後になって、その支払の原因が無効であったこと等を理由として、支払者が上記所得に相当する金員の返還を受けたことにより、上記所得の支払による経済的成果が失われる場合があり得るところ、このような場合について、被告の主張するとおり、当初から租税法律関係が存在しなかったものとして、源泉所得税の納付時にその還付請求権が発生すると解したとしても、前記（１）で説示したとおり、所得税法上の所得は専ら経済的面から把握すべきものであり、経済的にみて利得者がその利得を現実に支配管理し、自己のために享受する限りその利得は所得を構成するのであるから、上記返還によって所得の経済的成果が失われるまでは、源泉所得税の課税要件に欠けるところはなく、上記源泉所得税についての還付請求権を行使するにつき、法律上の障害があるというべきである。
なお、所得税基本通達１８１～２２３共－６は、源泉徴収税額に係る過誤納金として、㋐徴収義務者が源泉徴収税額として正当税額を超えて納付した場合におけるその納付した金額と正当税額との差額に係る過誤納金のみならず、㋑源泉徴収の対象となった支払額が誤払い等により過大であったため徴収義務者が返還を受けた場合におけるその返還を受ける前の支払額に対する税額とその支払額からその返還を受けた金額を控除した後の支払額に対する税額との差額に係る過誤納金及び㋒源泉徴収の対象となった支払額が条件付きの支払によるものであったため、その条件の成否により徴収義務者が既に支払った金額の全部又は一部の返還を受けた場合におけるその返還を受ける前の支払額に対する税額とその支払額からその返還を受けた金額を控除した後の支払額に対する税額との差額に係る過誤納金を当該源泉徴収税額を納付した徴収義務者に還付するものとしているところ、上記㋑及び㋒については、源泉徴収の対象となった所得の支払について、その一部がその原因を欠く誤払いであり、又は条件の成否によってその原因が消滅したとしても、徴収義務者が現実に支払額の全部又は一部の返還を受けるまでは、源泉所得税の還付を受けることができないことを前提としていると解するのが相当である。
ウ 以上を前提に本件について検討すると、上記（２）で説示したところによれば、本件退職慰労金は、所得税法３０条１項所定の「退職手当等」に該当するから、本件源泉所得税は、原告が乙から本件退職慰労金手取額の返還を受けるまでは課税要件に欠けるところはなく、本件還付請求権を行使するについて、法律上の障害があったというべきである。したがって、本件源泉所得税の納付日の翌日である平成２０年６月４日をもって、国税通則法７４条所定の「その請求をすることができる日」であると認めることはできない（なお、最高裁昭和●●年（○○）第●●号同５３年２月１０日第二小法廷判決・訟務月報２４巻１０号２１０８頁は、納税告知により納付した源泉所得税本税の返還請求権の消滅時効の起算点が当該源泉所得税本税の納付時であるとした原審の判断を是認しているが、当該原審の事案は、㋐Ｘ株式会社は、自己所有の株式を代表者に譲渡したところ、所轄税務署長から当該株式の時価相当額と譲渡価額との差額を役員賞与として認定され、認定賞与に係る源泉所得税の納税告知を受け、源泉所得税を完納した、㋑Ｘ株式会社は、上記納税告知については争わなかったが、上記役員賞与の認定を理由とする法人税再更正処分の取消しを求めて提訴し、同再更正処分を取り消す旨の判決が確定した、㋒そこで、Ｘ株式会社は、法人税再更正処分が取り消された以上、同処分と表裏の関係にある源泉所得税の納税告知は不存在であるなどと主張して、国に対して納付した源泉所得税について、不当利得返還請求をしたというものであり、当該事案においては、Ｘ株式会社は、当初から、株式の譲渡価格が時価相当額を下回るものではなく、譲受人である代表者に賞与として認定されるべき経済的利得は存在しないことを主張して、源泉所得税の還付請求をすることが可能であったと考えられるため、原告が乙から本件退職慰労金手取額の返還を受けるまで源泉所得税の課税要件に欠けるところのなかった本件とは事案を異にするというべきである。）。
エ 被告は、乙が、平成２２年３月１２日、甲がＢの株式４万７０２０株を有する株主であること等の確認請求を認容した別件訴訟１第１審判決の送達を受け、本件株主総会決議が不存在であることを確定的に認識したのであるから、Ｂは、遅くとも同日から、乙が唯一の株主であることを前提にされた本件株主総会決議の不存在を理由として、被告に対し、本件源泉所得税の還付請求をすることができたというべきであるとも主張する。しかしながら、前記（１）で説示したとおり、所得税法上の所得は、専ら経済的面から把握すべきものであり、経済的にみて利得者がその利得を現実に支配管理し、自己のために享受する限りその利得は所得を構成するというべきであるところ、Ｂにおいて、本件株主総会決議が不存在であることが主張できる状態となったとしても、そのことをもって、直ちに乙が本件退職慰労金の支給による利得を支配管理している状態に変化が生じたとはいえないから、本件還付請求権を行使するにつき、法律上の障害があるというほかない。よって、被告の主張は、採用することができない。
（４）小括
以上によれば、本件還付請求権について、国税通則法７４条所定の時効期間が経過したとは認められないから、本件還付請求権が時効により消滅したということはできない。
３ 争点２（還付加算金の起算点）について
（１）国税通則法５８条１項３号、国税通則法施行令２４条２項２号は、納税告知以外に起因して納付された源泉所得税の過誤納金の還付加算金の起算日について、還付金等は、原則として還付の請求を受けるまでもなく、遅滞なく還付しなければならないものであるが、源泉所得税の過誤納金等については、そのままでは税務署長が過誤納の事実を知り得ず、納税者からの確認請求等を待って還付することとなるため、税務署長がその過誤納の事実を確認した日の翌日から起算して１月を経過する日の翌日と定めたものと解するのが相当である。そして、税務署長は、確認申請書が提出されれば、過誤納の事実を知り得るから、税務署長がその過誤納の事実を確認した日とは、原則として、過誤納の事実の確認申請書が提出された日をいうと解すべきであるが、確認申請書が提出された時点において過誤納の事実が発生していないなどの事情がある場合には、税務署長は確認申請書の提出によっては過誤納の事実を知り得ないから、過誤納の事実の確認申請書が提出された日をもって、税務署長がその過誤納の事実を確認した日とすることはできないというべきである。
（２）本件において、原告は、名古屋中税務署長に対し、本件退職慰労金手取額全額の返還を受けた平成２７年４月１４日よりも前である同月７日に確認申請書に当たる本件還付請求書を提出しているところ、前記２（３）で説示したとおり、同日の時点では、乙が本件退職慰労金の支給による経済的利得を現実に支配管理しており、名古屋中税務署長は過誤納の事実を知り得なかったというべきであるから、本件還付請求書の提出日をもって税務署長がその過誤納の事実を確認した日とする原告の主張は、失当というほかない。しかしながら、本件還付請求書には、過誤納金の発生を基礎付ける事実関係が記載されており、同月１４日に実際に本件退職慰労金手取額全額の返還が完了したことによって、乙の本件退職慰労金に係る所得の支払の経済的成果が失われたこと、名古屋中税務署の担当者は、同年５月２８日、Ｆ税理士に対し、本件還付請求権について、国税通則法７４条１項に規定する「その請求をすることができる日」が納付日である平成２０年６月３日であるため、時効により消滅している旨説明し、その後、平成２７年９月９日までの間、Ｈ税理士に対しても、複数回にわたって同様の説明をしていたほか、本件訴訟においても、被告は、一貫して、本件源泉所得税が、租税実体法上、その納付時から被告が保有する正当の理由のない利得として、国税通則法５６条１項所定の「還付金等」に該当するものであったという見解に立っており、過誤納の発生自体については争っていなかったこと等の諸事情を考慮すると、名古屋中税務署長は、原告が乙から本件退職慰労金手取額全額の返還を受け、乙の本件退職慰労金に係る所得の支払の経済的成果が失われた同年４月１４日の時点において過誤納の事実を知り得たということができるから、同日をもって、税務署長がその過誤納の事実を確認した日と認めるのが相当である。
（３）以上によれば、本件における還付加算金の起算点は、国税通則法５８条１項３号、国税通則法施行令２４条２項２号により、税務署長がその過誤納の事実を確認した日の翌日から起算して１月を経過する日の翌日である平成２７年５月１５日となる。
第４ 結論
よって、原告の請求は、被告に対し、５０４８万４０００円及びうち５０４８万円に対する平成２７年５月１５日から還付のための支払決定の日又はその充当の日まで、平成２７年５月１５日から平成２８年１２月３１日までについては年１．８％の割合、平成２９年１月１日以降については年７．３％の割合又は租税特別措置法９３条２項に規定する特例基準割合のいずれか低い割合による金員（ただし、国税通則法１２０条３項により、これに１００円未満の端数があるときはその端数金額を切り捨てる。）を求める限度で理由があるから、その限度で認容し、その余は理由がないからこれを棄却することとし、訴訟費用の負担につき行政事件訴訟法７条、民訴法６１条、６４条ただし書を適用し、仮執行宣言は相当でないから付さないこととして、主文のとおり判決する。
名古屋地方裁判所民事第９部
裁判長裁判官市原義孝
裁判官髙瀬保守
裁判官山口貴央
（別紙）
被告代理人目録
土田徹、山下祥子、山本久美子、山田純子
以上
（別紙）
関係法令等の定め
１ 国税通則法
（１）１５条１項
国税を納付する義務（源泉徴収による国税については、これを徴収して国に納付する義務。以下「納税義務」という。）が成立する場合には、その成立と同時に特別の手続を要しないで納付すべき税額が確定する国税を除き、国税に関する法律の定める手続により、その国税についての納付すべき税額が確定されるものとする。
（２）１５条２項
納税義務は、次の各号に掲げる国税（第１号から第１２号までにおいて、附帯税を除く。）については、当該各号に定める時（当該国税のうち政令で定めるものについては、政令で定める時）に成立する。
１号所得税（次号に掲げるものを除く。）暦年の終了の時
２号源泉徴収による所得税利子、配当、給与、報酬、料金その他源泉徴収をすべきものとされている所得の支払の時
３号ないし１４号《省略》
（３）１５条３項
納税義務の成立と同時に特別の手続を要しないで納付すべき税額が確定する国税は、次に掲げる国税とする。
１号《省略》
２号源泉徴収による国税
３号ないし６号《省略》
（４）２３条２項
納税申告書を提出した者又は第２５条（決定）の規定による決定（以下この項において「決定」という。）を受けた者は、次の各号のいずれかに該当する場合（納税申告書を提出した者については、当該各号に定める期間の満了する日が前項に規定する期間の満了する日後に到来する場合に限る。）には、同項の規定にかかわらず、当該各号に定める期間において、その該当することを理由として同項の規定による更正の請求（以下「更正の請求」という。）をすることができる。
１号その申告、更正又は決定に係る課税標準等又は税額等の計算の基礎となった事実に関する訴えについての判決（判決と同一の効力を有する和解その他の行為を含む。）により、その事実が当該計算の基礎としたところと異なることが確定したときその確定した日の翌日から起算して２月以内２号その申告、更正又は決定に係る課税標準等又は税額等の計算に当たってその申告をし、又は決定を受けた者に帰属するものとされていた所得その他課税物件が他の者に帰属するものとする当該他の者に係る国税の更正又は決定があったとき当該更正又は決定があった日の翌日から起算して２月以内
３号その他当該国税の法定申告期限後に生じた前２号に類する政令で定めるやむを得ない理由があるとき当該理由が生じた日の翌日から起算して２月以内
（５）５６条１項
国税局長、税務署長又は税関長は、還付金又は国税に係る過誤納金（以下「還付金等」という。）があるときは、遅滞なく、金銭で還付しなければならない。
（６）５８条１項
国税局長、税務署長又は税関長は、還付金等を還付し、又は充当する場合には、次の各号に掲げる還付金等の区分に従い当該各号に定める日の翌日からその還付のための支払決定の日又はその充当の日（同日前に充当をするのに適することとなった日がある場合には、その適することとなった日）までの期間（他の国税に関する法律に別段の定めがある場合には、その定める期間）の日数に応じ、その金額に年７．３パーセントの割合を乗じて計算した金額（以下「還付加算金」という。）をその還付し、又は充当すべき金額に加算しなければならない。
１号還付金及び次に掲げる過納金当該還付金又は過納金に係る国税の納付があった日（その日が当該国税の法定納期限前である場合には、当該法定納期限）
イ 《省略》
ロ 納税義務の成立と同時に特別の手続を要しないで納付すべき税額が確定する国税で納税の告知があったもの（当該国税に係る延滞税を含む。）に係る過納金
ハ イ又はロに掲げる過納金に類する国税に係る過納金として政令で定めるもの
２号《省略》
３号前２号に掲げる過納金以外の国税に係る過誤納金その過誤納となった日として政令で定める日の翌日から起算して１月を経過する日
（７）７２条２項
国税の徴収権の時効については、その援用を要せず、また、その利益を放棄することができないものとする。
（８）７２条３項
国税の徴収権の時効については、この節に別段の定めがあるものを除き、民法の規定を準用する。
（９）７４条１項
還付金等に係る国に対する請求権は、その請求をすることができる日から５年間行使しないことによって、時効により消滅する。
（10）７４条２項
第７２条第２項及び第３項（国税の徴収権の消滅時効の絶対的効力等）の規定は、前項の場合について準用する。
（11）１２０条３項
還付加算金の確定金額に１００円未満の端数があるとき、又はその全額が１０００円未満であるときは、その端数金額又はその全額を切り捨てる。
（12）１２０条４項
還付加算金の額を計算する場合において、その計算の基礎となる還付金等の額に１万円未満の端数があるとき、又はその還付金等の額の全額が１万円未満であるときは、その端数金額又はその全額を切り捨てる。
２ 所得税法
（１）３０条１項
退職所得とは、退職手当、一時恩給その他の退職により一時に受ける給与及びこれらの性質を有する給与（以下この条において「退職手当等」という。）に係る所得をいう。
（２）１８１条１項
居住者に対し国内において第２３条第１項（利子所得）に規定する利子等（以下この章において「利子等」という。）又は第２４条第１項（配当所得）に規定する配当等（以下この章において「配当等」という。）の支払をする者は、その支払の際、その利子等又は配当等について所得税を徴収し、その徴収の日の属する月の翌月１０日までに、これを国に納付しなければならない。
（３）１８１条２項
配当等（投資信託（公社債投資信託及び公募公社債等運用投資信託を除く。）又は特定受益証券発行信託の収益の分配を除く。）については、支払の確定した日から１年を経過した日までにその支払がされない場合には、その１年を経過した日においてその支払があったものとみなして、前項の規定を適用する。
（４）１８３条１項
居住者に対し国内において第２８条第１項（給与所得）に規定する給与等（以下この章において「給与等」という。）の支払をする者は、その支払の際、その給与等について所得税を徴収し、その徴収の日の属する月の翌月１０日までに、これを国に納付しなければならない。
（５）１８３条２項
法人の法人税法第２条第１５号（定義）に規定する役員に対する賞与については、支払の確定した日から１年を経過した日までにその支払がされない場合には、その１年を経過した日においてその支払があったものとみなして、前項の規定を適用する。
（６）１９９条
居住者に対し国内において第３０条第１項（退職所得）に規定する退職手当等（以下この章において「退職手当等」という。）の支払をする者は、その支払の際、その退職手当等について所得税を徴収し、その徴収の日の属する月の翌月１０日までに、これを国に納付しなければならない。
３ 会計法３０条
金銭の給付を目的とする国の権利で、時効に関し他の法律に規定がないものは、５年間これを行わないときは、時効に因り消滅する。国に対する権利で、金銭の給付を目的とするものについても、また同様とする。
４ 国税通則法施行令
（１）２４条２項
法第５８条第１項第３号に規定する政令で定める日は、次の各号に掲げる過誤納金の区分に応じ、当該各号に掲げる日（その日が当該過誤納金に係る国税の法定納期限前である場合には、当該法定納期限）とする。
１号《省略》
２号源泉徴収による国税（当該国税に係る延滞税を含む。）に係る過誤納金（法第５８条第１項第１号ロに掲げる過納金及び同条第４項の規定の適用がある過納金を除く。）税務署長がその過誤納の事実の確認をした日
３号ないし５号《省略》
（２）２４条３項
前項第２号の確認を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書を税務署長に提出しなければならない。
１号過誤納に係る国税の税目、当該国税に係る納付した税額、当該税額のうち過誤納となった金額及びその納付した年月日
２号過誤納となった理由
３号当該過誤納金の還付のための支払を受けようとする銀行又は郵便局（簡易郵便局法（昭和２４年法律第２１３号）第２条（定義）に規定する郵便窓口業務を行う日本郵便株式会社の営業所であって郵政民営化法（平成１７年法律第９７号）第９４条（定義）に規定する郵便貯金銀行を銀行法（昭和５６年法律第５９号）第２条第１６項（定義等）に規定する所属銀行とする同条第１４項に規定する銀行代理業の業務を行うものをいう。）の名称及び所在地
４号その他参考となるべき事項
５ 租税特別措置法
（１）９３条１項
次の各号に掲げる規定に規定する利子税の年７．３パーセントの割合は、当該各号に掲げる規定にかかわらず、各年の特例基準割合が年７．３パーセントの割合に満たない場合には、その年中においては、当該特例基準割合とする。
１号ないし４号《省略》
（２）９３条２項
前項に規定する特例基準割合とは、各年の前々年の１０月から前年の９月までの各月における短期貸付けの平均利率（当該各月において銀行が新たに行った貸付け（貸付期間が１年未満のものに限る。）に係る利率の平均をいう。）の合計を１２で除して計算した割合（当該割合に０．１パーセント未満の端数があるときは、これを切り捨てる。）として各年の前年の１２月１５日までに財務大臣が告示する割合に、年１パーセントの割合を加算した割合をいう。
（３）９５条
各年の特例基準割合が年７．３パーセントの割合に満たない場合には、国税通則法第５８条第１項に規定する還付加算金（以下この条及び次条において「還付加算金」という。）の計算の基礎となる期間であってその年に含まれる期間に対応する還付加算金についての同項の規定の適用については、同項中「年７．３パーセントの割合」とあるのは、「租税特別措置法第９３条第２項（利子税の割合の特例）に規定する特例基準割合」とする。
源泉徴収税額にかかる次に掲げる過誤納金は、当該源泉徴収税額を納付した徴収義務者に還付するものとする。この場合において、当該過誤納金が給与等に係るものであるときは、当該源泉徴収税額に係る納税地の所轄税務署長は、通則法第５６条（還付）の規定による還付に代えて、当該徴収義務者から届出書を提出させ、当該過誤納金に相当する金額を、当該届出書を提出した日以後に当該徴収義務者が納付すべきこととなる給与等に対する源泉徴収税額（当該過誤納金の生じた給与等の支払をした事務所等に係るものに限る。）から控除させることにより、当該過誤納金を還付することができるものとする。
（１）徴収義務者が源泉徴収税額として正当税額を超えて納付した場合におけるその納付した金額と正当税額との差額に係る過誤納金
（２）源泉徴収の対象となった支払額が誤払等により過大であったため徴収義務者が返還を受けた場合におけるその返還を受ける前の支払額に対する税額とその支払額からその返還を受けた金額を控除した後の支払額に対する税額との差額に係る過誤納金
（３）源泉徴収の対象となった支払額が条件付の支払によるものであったため、その条件の成否により徴収義務者が既に支払った金額の全部又は一部の返還を受けた場合におけるその返還を受ける前の支払額に対する税額とその支払額からその返還を受けた金額を控除した後の支払額に対する税額との差額に係る過誤納金
７ 租税特別措置法第９３条第２項の規定に基づく平成２７年の財務大臣が告示する割合租税特別措置法（昭和３２年法律第２６号）第９３条第２項の規定に基づき、平成２７年の同項に規定する財務大臣が告示する割合を次のように告示する。
年０．８パーセント
８ 租税特別措置法第９３条第２項の規定に基づく平成２８年の財務大臣が告示する割合租税特別措置法（昭和３２年法律第２６号）第９３条第２項の規定に基づき、平成２８年の同項に規定する財務大臣が告示する割合を次のように告示する。
年０．８パーセント
以上
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/88294/detail5/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2017/pdf/13064.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。