税務訴訟資料第２６７号－１４１（順号１３０９０）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分取消請求事件
国側当事者・国（東税務署長）
平成２９年１１月２４日棄却・控訴
判決
原告
Ａ株式会社
同代表者代表取締役
甲
同訴訟代理人弁護士
山本英幸
同補佐人税理士
大河原健
石川敏夫
被告
国
同代表者法務大臣
上川陽子
処分行政庁
東税務署長
上野稔
同指定代理人
石田佳世子
高木美満子
船越真史
久田訓寛
大原高夫
酒井武
渋川佐紀子
森川麻美
福本一法
石田武史
大西裕司
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 当事者の求めた裁判
１ 請求の趣旨
（１）東税務署長が原告に対して平成１８年３月３０日付けでした平成１１年４月１日から平成１２年３月３１日までの事業年度（以下「平成１２年３月期」という。）の法人税の更正処分（以下「平成１２年３月期更正処分」という。）（ただし、平成２４年１１月８日付け国税不服審判所長の裁決による一部取消し後のもの）のうち、所得金額１５億４１０７万４４９３円、納付すべき税額４億３４４５万４２００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分（ただし、平成２４年１１月８日付け国税不服審判所長の裁決による一部取消し後のもの）を取り消す。
（２）東税務署長が原告に対して平成１８年３月３０日付けでした平成１２年４月１日から平成１３年３月３１日までの事業年度（以下「平成１３年３月期」という。）の法人税の更正処分（以下「平成１３年３月期更正処分」という。）（ただし、平成２４年１１月８日付け国税不服審判所長の裁決による一部取消し後のもの）のうち、所得金額１８億０４１９万９３７２円、納付すべき税額４億８０３７万３４００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分（ただし、平成２４年１１月８日付け国税不服審判所長の裁決による一部取消し後のもの）を取り消す。
（３）東税務署長が原告に対して平成１８年３月３０日付けでした平成１３年４月１日から平成１４年３月３１日までの事業年度（以下「平成１４年３月期」という。）の法人税の更正処分（以下「平成１４年３月期更正処分」という。）（ただし、平成２４年１１月８日付け国税不服審判所長の裁決による一部取消し後のもの）のうち、所得金額１２億９１６４万０７１７円、納付すべき税額２億８８６２万０１００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分（ただし、平成２４年１１月８日付け国税不服審判所長の裁決による一部取消し後のもの）を取り消す。
（４）東税務署長が原告に対して平成１８年３月３０日付けでした平成１４年４月１日から平成１５年３月３１日までの事業年度（以下「平成１５年３月期」という。）の法人税の更正処分（以下「平成１５年３月期更正処分」という。）（ただし、平成２２年１月２８日付け減額更正処分及び平成２４年１１月８日付け国税不服審判所長の裁決による一部取消し後のもの）のうち、所得金額１３億６２８７万０６１４円、納付すべき税額２億４０７９万１２８６円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分（ただし、平成２２年１月２８日付け変更決定処分及び平成２４年１１月８日付け国税不服審判所長の裁決による一部取消し後のもの）を取り消す。
（５）東税務署長が原告に対して平成１８年３月３０日付けでした平成１５年４月１日から平成１６年３月３１日までの事業年度（以下「平成１６年３月期」といい、平成１２年３月期、平成１３年３月期、平成１４年３月期及び平成１５年３月期と総称して「本件各事業年度」という。）の法人税の更正処分（以下「平成１６年３月期更正処分」といい、平成１２年３月期更正処分、平成１３年３月期更正処分、平成１４年３月期更正処分及び平成１５年３月期更正処分と総称して「本件各更正処分」という。）（ただし、平成２２年１月２８日付け減額更正処分及び平成２４年１１月８日付け国税不服審判所長の裁決による一部取消し後のもの）のうち、所得金額１９億１０５３万８４７３円、納付すべき税額３億５５５７万８５００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下、本件各更正処分に係る過少申告加算税の賦課決定処分を総称して「本件各賦課決定処分」といい、本件各更正処分と併せて「本件各更正処分等」という。）（ただし、平成２２年１月２８日付け変更決定処分及び平成２４年１１月８日付け国税不服審判所長の裁決による一部取消し後のもの）のうち加算税の額１６万２０００円を超える部分を取り消す。
２ 請求の趣旨に対する答弁
（１）本案前の答弁
ア 請求の趣旨（４）の訴えにつき、東税務署長が原告に対してした平成１５年３月期更正処分（ただし、平成２２年１月２８日付け減額更正処分及び平成２４年１１月８日付け国税不服審判所長の裁決による一部取消し後のもの）のうち、所得金額１４億０２３９万８８１４円、納付すべき税額２億４２６１万２４００円を超えない部分及び過少申告加算税の賦課決定処分（ただし、平成２２年１月２８日付け変更決定処分及び平成２４年１１月８日付け国税不服審判所長の裁決による一部取消し後のもの）のうち加算税の額２３万８０００円を超えない部分の取消しを求める部分を却下する。
イ 請求の趣旨（５）の訴えにつき、東税務署長が原告に対してした平成１６年３月期更正処分（ただし、平成２２年１月２８日付け減額更正処分及び平成２４年１１月８日付け国税不服審判所長の裁決による一部取消し後のもの）のうち、所得金額１９億５１０７万４４７３円、納付すべき税額３億６７７３万９３００円を超えない部分及び過少申告加算税の賦課決定処分（ただし、平成２２年１月２８日付け変更決定処分及び平成２４年１１月８日付け国税不服審判所長の裁決による一部取消し後のもの）のうち加算税の額１３７万９０００円を超えない部分の取消しを求める部分を却下する。
（２）本案の答弁
上記（１）ア及びイを除く原告の請求をいずれも棄却する。（ただし、被告は、上記（１）ア及びイの各部分の取消しを求める請求についても、本案においては棄却を求めているものと解される。）
第２ 事案の概要
本件は、東税務署長が、めっき薬品（めっき用化学品）の製造販売等を業とする原告に対し、原告が租税特別措置法（平成１８年法律第１０号による改正前のもの）６６条の４第１項に規定する国外関連者との間でしためっき薬品の製造・販売に係る技術やノウハウ等の無形資産の使用許諾及び役務提供の取引について、原告が当該国外関連者から支払を受けた対価の額が、同条２項２号ロ、租税特別措置法施行令（平成１６年政令第１０５号による改正前のもの）３９条の１２第８項所定の方法（利益分割法）のうちの残余利益分割法と同等の方法によって算定した独立企業間価格に満たないとして、その独立企業間価格によって当該取引が行われたものとみなして所得金額を計算し、平成１２年３月期ないし平成１６年３月期の法人税に係る本件各更正処分及び本件各賦課決定処分（本件各更正処分等）をしたところ、原告が、上記取引の独立企業間価格の算定方法として残余利益分割法と同等の方法を採用するのは不相当であり、その算定過程にも誤りがあるなどとして、本件各更正処分等（ただし、法人税の減額更正処分、過少申告加算税の変更決定処分及び国税不服審判所長の裁決による一部取消し後のもの）のうち申告額等を超える部分の取消しを求める事案である。
１ 関係法令等の定め
別紙１関係法令等の定めに記載のとおりである（同別紙で定める略称等は、以下においても用いることとする。）。
２ 前提事実（当事者間に争いがないか、掲記の証拠等により認められる事実）
（１）当事者等
ア 原告は、昭和８年に設立された、めっき薬品及び表面処理用機械の製造販売、工業用薬品及び非鉄金属の仕入販売等の事業を行う内国法人である。
イ Ｂ有限公司（Ｂ以下「Ｂ社」という。）は、台湾に本店を有し、めっき薬品の製造販売、表面処理用機械の仕入販売等の事業を行っており、原告が本件各事業年度においてその発行済株式総数の５０％以上（その割合は、平成１２年３月期において７６％、平成１３年３月期において７６．１１％、平成１４年３月期ないし平成１６年３月期において８７．７８％であった（乙２１の１～５、乙３５）。）を保有する外国法人で、原告の国外関連者である。
ウ Ｃ（以下「Ｃ社」という。）は、マレーシアに本店を有し、めっき薬品の製造販売の事業を行っており、原告が本件各事業年度においてその発行済株式総数の１００％を保有する外国法人で、原告の国外関連者である。
エ Ｄ（以下「Ｄ社」という。）は、シンガポール共和国（以下「シンガポ一ル」という。）に本店を有し、めっき薬品及び表面処理用機械の仕入販売等の事業を行っており、原告が本件各事業年度においてその発行済株式総数の１００％を保有する外国法人で、原告の国外関連者である。
（２）原告とＢ社との間の契約等
ア 原告とＢ社は、１９９７年（平成９年）６月１日付け「ノウハウ・ライセンス契約書」（以下「Ｂ旧契約書」という。）により、契約を締結した。Ｂ旧契約書には、①原告が、Ｂ社に対し、別紙２－１ライセンス契約対象製品一覧表（以下「本件製品一覧表」という。）の「Ｂ社」「旧契約書」欄記載の製品につき、当該製品に関連する技術情報（製造、販売及び商業的な発明や改良に関する原告の経験、知識、技術データ、営業上の機密、製法その他の情報）を使用し、台湾で当該製品を製造、流通、販売する非独占的権利を付与し、当該製品に関する製法等のノウハウを開示するとともに、Ｂ社の従業員を原告の工場に受け入れて技術訓練を行うこと及び原告の化学専門家をＢ社に派遣して技術支援を行うことを内容とする役務を提供すること、②Ｂ社が、原告に対し、契約期間中に技術情報を使用しその恩恵に浴することに対するロイヤルティとして、正味製造価格の●●％を支払うこと、③契約期間を５年間とすることなどが記載されている。（甲１９の１・２、乙２２）
イ その後、原告とＢ社は、２００１年（平成１３年）４月１日付け「技術提携及びライセンス契約書」（以下「Ｂ新契約書」という。）により、新たな契約を締結した。Ｂ新契約書には、①原告が、Ｂ社に対し、本件製品一覧表の「Ｂ社」「新契約書」欄記載の製品につき、ライセンス対象特許及び技術情報（当該製品の製造及び使用に関して原告が使用する全ての情報及び知識）を用いて、台湾で当該製品を製造、販売、使用することができる独占的ライセンスを付与するとともに、Ｂ社の研修生を原告の工場に受け入れて技術訓練を行うこと及び原告のエンジニアをＢ社の工場に派遣して技術指導を行うことを内容とする役務を提供すること、②Ｂ社が、原告に対し、ロイヤルティとして、Ｂ社が当該契約の下で販売した製品の純販売価格の●●％を支払うこと、③契約期間を５年間とすることなどが記載されている。（甲２８の１・２、乙２３、２４）
ウ 原告とＢ社は、上記各契約書等による合意に基づき、めっき薬品に係る製造ノウハウ等の無形資産の使用許諾及び役務提供の取引をした（以下「本件Ｂライセンス取引」という。ただし、本件Ｂライセンス取引の対象製品は、必ずしも上記各契約書に明記されたものに限らず、両社間で実際に製造ノウハウ等の無形資産の使用許諾及び役務提供の取引の対象とされていた製品を含むものとし、後記の本件Ｃライセンス取引、本件Ｅライセンス取引及び本件Ｆライセンス取引についても同様とする。）。
本件Ｂライセンス取引によって使用許諾された製造ノウハウ等の無形資産を使用してＢ社で製造されためっき薬品の製品（以下「Ｂライセンス製品」という。）は、Ｂ社から台湾等の非関連者（国外関連者ではない者をいう。以下同じ。）に直接販売されるほか、一部についてはＤ社ほか数社の原告の国外関連者に販売された上で当該国外関連者から非関連者に販売されている（以下、原告とＢ社との国外関連取引（本件Ｂライセンス取引）を含め、これに連なるＢ社と非関連者との取引、Ｂ社とＤ社との取引及びＤ社と非関連者との取引全体を「本件Ｂ取引」という。）。
（３）原告とＣ社との間の契約等
ア 原告とＣ社は、２０００年（平成１２年）１２月１日付け「ノウハウ・ライセンス契約書」（以下「Ｃ旧契約書」という。）により、契約を締結した。Ｃ旧契約書には、①原告が、Ｃ社に対し、本件製品一覧表の「Ｃ社」「旧契約書」欄記載の製品につき、原告から開示されるノウハウ（製品製造のための化学薬品構成、製造手順、原材料の仕様、製品の品質管理手順、設備の仕様から成る、当該製品を製造するために有用な技術情報及びデータ）及びその他の技術情報を使用し、マレーシアにおいて当該製品を製造、使用、販売する独占的なライセンスを付与するとともに、Ｃ社の従業員を原告の工場に受け入れて技術訓練を行うこと及び原告の技術専門家をＣ社に派遣して技術指導を行うことを内容とする役務を提供すること、②Ｃ社が、原告に対し、ロイヤルティとして、契約期間中にＣ社が製造した当該製品の純売上高の●●％を支払うこと、③契約期間を１９９８年（平成１０年）１月１日から２００２年（平成１４年）１２月３１日までとすることなどが記載されている。（甲３１の１・２、乙２５）
イ 原告とＣ社は、２００３年（平成１５年）１月７日付け「ノウハウ・ライセンス契約書」（以下「Ｃ新契約書」という。）により、新たな契約を締結した。Ｃ新契約書には、①対象製品を本件製品一覧表の「Ｃ社」「新契約書」欄記載の製品とするほかは前記ア①と同様の内容、②Ｃ社が、原告に対し、ロイヤルティとして、契約期間中にＣ社によって販売された当該製品の純売上高の●●％を支払うこと、③契約期間を同月１日から２００７年（平成１９年）１２月３１日までとすることなどが記載されている。（乙２６）
ウ 原告とＣ社は、上記各契約書等による合意に基づき、めっき薬品に係る製造ノウハウ等の無形資産の使用許諾及び役務提供の取引をした（以下「本件Ｃライセンス取引」といい、本件Ｂライセンス取引と併せて「本件国外関連取引」という。）。
本件Ｃライセンス取引によって使用許諾された製造ノウハウ等の無形資産を使用してＣ社で製造されためっき薬品の製品（以下「Ｃライセンス製品」といい、Ｂライセンス製品と併せて「原告ライセンス製品」という。）は、全て一旦国外関連者であるＤ社に販売された上で同社から非関連者に販売されている（以下、原告とＣ社との国外関連取引（本件Ｃライセンス取引）を含め、これに連なるＣ社とＤ社との取引及びＤ社と非関連者との取引全体を「本件Ｃ取引」という。）。
（４）原告とＥ（以下「Ｅ社」という。）との間の契約等（以下、原告がＥ社との間で行った下記ア及びイの各契約書等による合意に基づくめっき薬品に係る製造ノウハウ等の無形資産の使用許諾及び役務提供の取引を「本件Ｅライセンス取引」という。）
ア 原告と、原告の国外関連者ではない大韓民国（以下「韓国」という。）に本店を有するＥ社は、１９９７年（平成９年）１２月１日付け「ノウハウライセンス契約書」（以下「Ｅ旧契約書」という。）により、契約を締結した。Ｅ旧契約書には、①原告が、Ｅ社に対し、本件製品一覧表の「Ｅ社」「旧契約書」欄記載の契約品につき、これらの技術情報（契約品の製造及び組立てのために使用されるノウハウ及びその他の技術に関する全ての情報、データ又は書類）を提供し、韓国において契約品を製造及び販売する非独占的実施権を付与するとともに、Ｅ社の訓練生を原告の工場に受け入れて技術訓練を行うこと及び原告の技術者をＥ社の工場に派遣して技術指導を行うことを内容とする役務を提供すること、②Ｅ社が原告に対し、ロイヤルティとして、当該契約に基づいてＥ社により製造される契約品の正味販売高の●●～●●％（契約品ごとに定められた割合であり、契約品の一部についてはロイヤルティの支払義務が免除されている。）を支払うこと、③契約期間を５年とすることなどが記載されている。（乙３８）
イ 原告とＥ社は、２００２年（平成１４年）１２月１日付け「ノウハウ・ライセンス契約書」（以下「Ｅ新契約書」という。）により、新たな契約を締結した。Ｅ新契約書には、①原告が、Ｅ社に対し、本件製品一覧表の「Ｅ社」「新契約書」欄記載の契約品につき、ノウハウ（契約品製造のため有用な技術情報及び技術データ）及びその他の技術情報を提供し、韓国において契約品を製造、使用及び販売する非独占的実施権を付与するとともに、Ｅ社の訓練生を原告の工場に受け入れて技術訓練を行うこと及び原告の技術専門家をＥ社の工場に派遣して技術指導を行うことを内容とする役務を提供すること、②Ｅ社が、原告に対し、ロイヤルティとして、契約期間中にＥ社により製造、販売された契約品について●●％を支払うこと、③契約期間を２００７年（平成１９年）１２月３１日までとすることなどが記載されている。また、同契約書には、上記契約品以外の製品名が列挙された別紙２－２Ｅ開示リストが添付されており、同リストに記載された製品と上記契約品とを併せた製品の範囲は、本件製品一覧表の「Ｅ社」「旧契約書」欄記載の製品の範囲とおおむね一致している。（甲２９、乙３９）
（５）原告とＦ（以下「Ｆ社」という。）との間の契約等（以下、原告がＦ社との間で行った下記契約書等による合意に基づくめっき薬品に係る製造ノウハウ等の無形資産の使用許諾及び役務提供の取引を「本件Ｆライセンス取引」という。）
原告と、原告の国外関連者ではないタイ王国（以下「タイ」という。）に本店を有するＦ社は、１９９９年（平成１１年）５月１日付け「ノウハウ・ライセンス契約書」により、契約を締結し、その後、２０００年（平成１２年）１１月１０日付け、２００１年（平成１３年）１月１５日付け、同年８月１０日付け及び２００２年（平成１４年）２月４日付け各付属書により、契約の対象製品を追加した（以下、上記契約書を各付属書も含めて「Ｆ契約書」という。）。Ｆ契約書には、①原告が、Ｆ社に対し、本件製品一覧表の「Ｆ社」欄記載の製品につき、ノウハウ（製品製造のための化学薬品構成、製造手順、原材料の仕様、製品の品質管理手順及び設備の仕様から成る、当該製品を製造するために有用な技術情報及びデータ）及びその他の技術情報を提供し、タイにおいて当該製品を製造、使用、販売する独占的なライセンスを付与するとともに、Ｆ社の従業員を原告の工場に受け入れて技術訓練を行うこと及び原告の技術専門家をＦ社の工場に派遣して技術指導を行うことを内容とする役務を提供すること、②Ｆ社が原告に対し、●●円に加え、ロイヤルティとして、契約期間中にＦ社が製造した製品の製造純原価の●●％を支払うこと、③契約期間を５年間とすることなどが記載されている。（甲２０～２４の各１・２、乙４０）
（６）本件各更正処分等の経緯
ア 原告は、本件各事業年度の法人税について、別表１－１ないし１－５の各「確定申告」欄記載の年月日に、東税務署長に対し、同欄記載の内容の各確定申告書を提出し、東税務署長は、このうち平成１２年３月期の法人税について、平成１３年５月３０日付けで、別表１－１の「減額更正処分」欄記載のとおり、所得金額及び納付すべき税額を減額する更正処分をした。
また、原告は、平成１３年３月期及び平成１４年３月期の法人税について、平成１５年６月２日、東税務署長に対し、別表１－２及び１－３の各「修正申告」欄記載の内容の各修正申告書を提出したところ、東税務署長は、平成１５年６月２６日付けで別表１－２及び１－３の各「賦課決定処分」欄記載のとおり、過少申告加算税の賦課決定処分をした。
さらに、原告は、平成１５年３月期の法人税について、平成１６年３月５日、東税務署長に対し、別表１－４の「修正申告」欄記載の内容の修正申告書を提出した。
イ 東税務署長は、平成１８年３月３０日付けで、本件各事業年度の原告の法人税につき、別表１－１ないし１－５の各「更正処分等」欄記載のとおり、本件各更正処分等をした。
ウ 原告は、平成１８年５月２６日、本件各更正処分等について異議申立てをした。
エ 原告は、本件各更正処分の対象となった国外関連者との取引のうち、Ｃ社との取引について、平成１８年８月２日、所得に対する租税に関する二重課税の回避及び脱税の防止のための日本国政府とマレーシア政府との間の協定の規定に基づき、日本国の権限ある当局とマレーシアの権限ある当局との相互協議の申立てをしたところ、平成２２年１月６日、両国の権限ある当局間で、平成１５年３月期及び平成１６年３月期の法人税についてのみ、相互協議の合意（以下「本件相互協議の合意」という。）が成立した。同合意においては、原告とＣ社との取引につき、平成１５年３月期の原告の所得に対する調整金額を４２００万円、平成１６年３月期の原告の所得に対する調整金額を５０００万円として、日本国国税庁が課税を行い、マレーシア国税庁が対応的調整を行うこととされた。（乙２、３）
上記合意を受けて、東税務署長は、平成２２年１月２８日付けで、別表１－４及び１－５の各「減額更正処分等（相互協議）」欄記載のとおり、平成１５年３月期及び平成１６年３月期の法人税について、所得金額及び納付すべき税額を減額する更正処分及び過少申告加算税の変更決定処分（以下「本件減額更正処分等」という。）をした。
オ 異議審理庁は、前記ウの異議申立てについて、平成２２年１２月１７日付けで棄却する旨の決定をした。
カ 原告は、平成２３年１月１４日、国税不服審判所長に対し、本件各更正処分等について審査請求をしたところ、同所長は、平成２４年１１月８日付けで、別表１－１ないし１－５の各「審査裁決」欄記載のとおり、本件各更正処分等の一部を取り消す旨の裁決（以下「本件裁決」という。）をし、同月１５日付けで、原告に対し、その裁決書謄本を送付した。
キ 原告は、平成２５年５月１４日、本件訴えを提起した（顕著な事実）。
３ 争点及び当事者の主張
（１）平成１５年３月期更正処分及び平成１６年３月期更正処分の取消しを求める訴えの適法性（争点１）
（被告の主張）
ア（ア）更正処分につき、更正の請求の手続を経ることなく申告額を超えない部分の取消しを求める訴えは、納税者の自認する範囲を超えて取消しを求めることになるから、訴えの利益を欠くものとして許されない。また、国際的二重課税に係る相互協議の合意は申立者の同意が前提となっていることからすれば、相互協議により合意された調整金額を超えない部分の取消しを求める訴えは、申立者（納税者）の自認する範囲を超えて取消しを求めることになるし、これが認められれば相互協議による問題解決の実効性を失わせることになるから、当該訴えは訴えの利益を欠くというべきである。したがって、更正処分につき、申告額と相互協議により合意された調整金額との合計額を超えない部分の取消しを求める訴えは、訴えの利益を欠く不適法なものというべきである。
本件相互協議の合意についても原告の同意が前提となっているから、原告が自認している平成１５年３月期及び平成１６年３月期の各所得金額は、それぞれ申告に係る所得金額と本件相互協議の合意による調整金額との合計額となる。そうすると、平成１５年３月期及び平成１６年３月期につき、原告の請求の基礎とすべき所得金額、納付すべき法人税額及び過少申告加算税の額は、別表２－１及び２－２のとおりとなる。したがって、請求の趣旨（４）及び（５）の各訴えのうち、これらの額を超えない部分の取消しを求める部分は、訴えの利益を欠き、不適法である。
（イ）また、原告は、本件相互協議の合意の内容に同意するに当たり、当該合意による調整金額の部分については「訴訟を行わない」などと確約した「確認事項」と題する書面を国税庁に提出しており、当該部分について訴訟による金額の改変を求めない旨の不起訴の合意をしたものと認められる。したがって、本件相互協議の合意による調整後の金額を超えない部分まで取消しを求める訴えは、上記不起訴の合意に反するから、訴えの利益を欠き、また、信義則にも違反するものであって、不適法である。
（ウ）さらに、原告は、異議申立て及び審査請求において、更正処分のうち本件相互協議の合意が成立した平成１５年３月期及び平成１６年３月期のＣ社との取引を基礎とする部分を不服申立ての対象から除いているから、同部分の訴えは不服申立前置を欠き、不適法である。
イ ところで、法人税基本通達９－５－２（平成２０年課法２－５による改正前のもの。以下同じ。）は、法人税について２期以上の連年同時更正を行う場合、納税者の担税力に配慮した特例的措置として、当該事業年度の直前の事業年度分の事業税として納付すべき税額の見積額（以下「事業税相当額」という。）を損金の額に算入することができる旨を定めており、本件各更正処分においてもこれに基づく事業税相当額の損金算入がされている。この事業税相当額は法人税額の計算のためだけに算定される見積額にすぎないことからすれば、訴訟等において更正処分と異なる所得金額及び法人税額が認定される場合においては、上記通達に基づき損金の額に算入する事業税相当額についても、再度見積りを行うべきである。なお、このように解しても、納税者に不利益が生じることはない。
そして、原告は本件各更正処分のうちそれぞれ各一部が取り消されるべきものと主張しているから、その主張による限り、更正処分により前期の所得金額が増加したことに伴う事業税相当額の全額が当期の損金の額に算入されることはあり得ない（前期の更正処分が取り消される場合には、これに連動して当期の事業税の損金算入額も減額される。）のに、原告は、この点を無視して、事業税相当額全額が減算された本件各更正処分における所得金額を出発点とし、ここから争いのある国外移転所得額を減算する方法により請求額を特定しているため、結果として、平成１５年３月期及び平成１６年３月期について原告の請求の趣旨により設定される訴訟物の範囲は、本件相互協議の合意による調整後の金額を超えない部分を含むものとなっているのである。この部分の訴えが不適法であるのは、前記アのとおりである。
（原告の主張）
ア 更正処分により確定した納税義務につき、納税者が申告額を超えない部分の取消しを求めることは更正の請求の排他性により許されないが、そうでない限り、納税者がその減額を求めることを不適法とすべき法的根拠はない。相互協議の合意は、納税義務の確定と関係のある法的効果を何ら有しておらず、更正の請求の排他性とも関係がないから、納税者が相互協議の合意に同意したことをもって、更正処分の取消しの訴えの一部が不適法となるものではない。
原告が国税庁に提出した「確認事項」と題する書面は、所得金額や納付すべき税額が特定の金額であることを自認したものではない。また、同書面は、本件相互協議の合意により加算された所得金額が誤りであることを理由に更正処分の取消しを求める訴訟を提起することはしないとする趣旨のものであって、相互協議の対象外である取引についてされた所得加算部分の認定が誤りであることを理由に更正処分の取消しを求める訴訟を提起する権利まで放棄したものではないから、これに基づき不起訴の合意や信義則違反をいう被告の主張には理由がない。
イ そもそも、原告は、本件訴訟において、本件相互協議の合意の内容（原告とＣ社との国外関連取引による所得移転金額が相互協議で合意された金額であること）を争っていないのであり、信義則に反するような行為は何らしていない。被告の主張は、更正処分が取り消された場合に事業税相当額の損金算入も見直されるべきか否かという法律解釈の問題につき、原告の解釈（後記ウ）と異なる自己の解釈をとることを前提に、訴えの一部に利益がない旨をいうものであるが、当該問題は本案審理により解決されるべき事項であり、被告の主張は失当である。
ウ 本件各更正処分においては、２期以上の法人税の連年同時更正がされる場合の事業税相当額の損金算入について定めた法人税基本通達９－５－２に基づき、見積もった納付すべき事業税額（事業税相当額）をその翌事業年度の損金に算入している。そして、法人税の更正処分が取り消されても、それだけでは既に発生している事業税の債務は消滅しないから（現に、原告は、本件各更正処分等の後にされた事業税の更正により、事業税の納税をしている。）、直ちに事業税相当額の損金算入が取消しになるものではなく、事業税の減額更正がされて還付金の権利が確定した際に初めて、当該還付金を当該減額更正がされた事業年度の益金に算入することによって処理されるべきである。被告が主張するように事業税相当額の損金算入が取り消されるものとすると、上記通達によらずに原則的な方法による課税がされた場合に比べ、納税者は不利益を受けることになる。
（２）本件国外関連取引に対する残余利益分割法と同等の方法の適用の可否（争点２）（被告の主張）
ア 独立価格比準法と同等の方法の適用ができないこと
国外関連者との取引に係る課税の特例について定める措置法６６条の４は、実際の取引価額のいかんにかかわらず、資産の低価販売等の場合には独立企業間価格に相当する金額が益金に算入される旨規定するところ、棚卸資産の販売又は購入に係る独立企業間価格とは、①独立価格比準法、②再販売価格基準法、③原価基準法（以下、①～③を総称して「基本三法」という。）及び④その他の方法により算定した金額をいい、④その他の方法は、基本三法を用いることができない場合に限り用いることができるものとされている（同条２項１号）。そして、棚卸資産の販売又は購入以外の取引についての独立企業間価格とは、基本三法と同等の方法及び④その他の方法と同等の方法をいい、④その他の方法と同等の方法は、基本三法と同等の方法を用いることができない場合に限り用いることができるものとされている（同項２号）。
本件国外関連取引は、棚卸資産の販売又は購入以外の取引であるところ、原告からのライセンスについて再実施権は認められていないから、②再販売価格基準法と同等の方法は適用できないし、めっき薬品等に係る無形資産が取引の対象とされているため、取得原価の算定は困難であるから、③原価基準法と同等の方法を適用することもできない。そして、以下のとおり、本件国外関連取引について、原告が内部比較対象取引（原告又は国外関連者が一方当事者となり、それと非関連者との間で行われる比較対象取引をいう。以下同じ。）であると主張する本件Ｅライセンス取引及び本件Ｆライセンス取引はいずれも比較対象取引とはいえず、他に内部比較対象取引も外部比較対象取引（非関連者と他の非関連者との間で行われる比較対象取引をいう。以下同じ。）も存在せず、①独立価格比準法と同等の方法を適用することはできないから、④その他の方法と同等の方法を用いることができる。
（ア）独立企業間価格の算定の単位
本件では、製品ごとの取引を単位とする独立企業間価格の算定は不適切であり、製品のみで無形資産の「同種」性を判断することはできない。
すなわち、めっき薬品に関する無形資産は特殊であり、用途によってその管理や使用に係る技術やノウハウも異なってくるのであり、製品（めっき薬品）を単位として無形資産を把握すること自体が困難であること、原告とその国外関連者との間では、単に指定されためっき薬品を販売するのみではなく、複数のめっき薬品に関する製法、使用、管理等のノウハウが包括的に開示されるとともに、顧客先への技術支援に必要となる技術指導や技術者の派遣等の無形資産の使用を伴った役務提供が不可分一体のものとして行われ、パッケージとしての取引がされていたことからすれば、製品ごとの個別取引に分解して無形資産の「同種」性を論ずるべきではない。
（イ）「同種」の取引といえないこと
独立価格比準法において、比較対象取引は「同種」の棚卸資産の取引であることが求められるところ、「同種」と認められるためには、性状、構造、機能等の面で相当程度の類似性が必要であり、その一部に差異がある場合には、その差異が取引の対価の額に影響を与えないと認められる必要がある。独立価格比準法と同等の方法を適用する場合の無形資産についても同様であり、無形資産が「同種」であるか否かは、取引の形態、無形資産の種類、保護の期間と程度、その無形資産によって期待される利益の程度を考慮して判断すべきである。
まず、無形資産の使用許諾の対象製品の種類別で比較すると、①本件Ｃライセンス取引と本件Ｅライセンス取引及び本件Ｆライセンス取引とでは、そもそも使用許諾の対象となっている薬品の種類に明確な差異が認められるから、使用を許諾した無形資産が同種といえないことは明らかである。また、②本件Ｂライセンス取引と本件Ｆライセンス取引とでは、使用許諾の対象となっている薬品の種類に明確な差異が認められるし、③本件Ｂライセンス取引と本件Ｅライセンス取引とでは、例えばＢ社に対するライセンスの対象となっていた無電解金めっき薬品たる「Ｇ」（Ｂ旧契約書に記載はないが、平成１１年までには契約対象とされていた。）がＥ社にはライセンスされていないなど、両者には品目差が見られるし、同一種類の中でも細目的な品名や品数は大きく異なっているから、いずれも使用を許諾した無形資産が同種であるとはいえない。
次に、用途別に見ると、例えば、Ｂ社の平成１５年の用途別の生産実績では、ＰＷＢ（プリント配線板）関連が圧倒的に多く、汎用がわずかであるのに対し、年度は異なるものの、Ｅ社の平成１６年の用途別の生産実績では、汎用がＰＷＢ関連を大幅に上回っている。同種のめっき薬品であっても、用途が異なれば、それに伴う製造プロセスや品質管理、必要な技術フォロー体制の場面でも差異が生じ、各契約における価格決定等にも当然違いをもたらすから、この観点からも使用を許諾した無形資産が同種であるとはいえない。
このように、原告がＢ社及びＣ社に対し使用を許諾した無形資産と、Ｅ社及びＦ社に対し使用を許諾した無形資産は、対象製品の種類や用途等において差異があり、それに応じて特徴等が異なるし、その無形資産の使用によって期待される利益の程度も異なるから、「同種」とはいえない。
また、役務提供の内容について見ても、本件Ｂライセンス取引においては、無電解金めっき液を使用しためっき工程についての技術助言、ユーザー対応等のために、緊急の要請に応えた臨時の出張も行うなど頻繁に出張がされているのに対して、Ｅ社及びＦ社に対する役務提供はそのような内容ではなく、「同種」であるとはいえない。
（ウ）「同様の状況」の下の取引ではないこと
また、独立価格比準法又はこれと同等の方法における比較対象取引は「同様の状況」の下でされた取引であることを要し、「同様の状況」の下でされた取引といえるかは、取引段階、取引数量、取引時期、引渡条件、取引市場等が考慮されるべき重要な要素となり、「同種」か否かと同様、状況の差異が取引の対価に差異を生じさせる条件か否かを検討すべきところ、以下の点に照らすと、本件国外関連取引と、本件Ｅライセンス取引及び本件Ｆライセンス取引とは、「同様の状況」の下で行われた取引であるとはいえない。
ａ 製造・販売地域が異なること
本件国外関連取引は、台湾及びマレーシアの国外関連者に対する無形資産の使用許諾であるから、市場の類似性等を担保するためには比較対象取引の市場は台湾及びマレーシアであることが不可欠であるところ、Ｅ社及びＦ社の製造・販売地域は、韓国及びタイであり、その差異を調整することはできない。
ｂ 契約形態・条件が異なること
本件国外関連取引においては、対象地域における独占的な権利が付与されているが、本件Ｅライセンス取引においては、非独占的契約となっており、その差異を調整することはできない。
ｃ 役務提供の頻度及び程度が異なること
本件国外関連取引と、本件Ｅライセンス取引及び本件Ｆライセンス取引とでは、無形資産の使用許諾に伴う役務提供の頻度や程度において差異が大きく、その差異を調整することはできない。
ｄ 市場の状況が異なること
本件Ｂライセンス取引により使用許諾された無形資産を使用して製造される製品（Ｂライセンス製品）は、台湾のＰＷＢ用途のめっき薬品の市場で約●●％のシェアを占めているが、韓国において、本件Ｅライセンス取引により使用許諾された無形資産を使用して製造されるＰＷＢ関連向けのめっき薬品のシェアは約１４．６％にすぎず、その違いは価格競争力等に影響する。また、生産実績から見ても、Ｂ社とＥ社とでは大きな差がある。
さらに、本件Ｃライセンス取引により使用許諾された無形資産を使用して製造される製品（Ｃライセンス製品）の販売先は、日系企業２社がほとんどという特殊性があり、現地企業に販売している他の国とは状況が異なる。
そのほか、好不況の程度も異なるなど、国ごとの市場の状況の差は大きく、その差異を調整することはできない。
イ 残余利益分割法と同等の方法が相当であること
本件国外関連取引に基づいて製造販売された原告ライセンス製品は、Ｂ社の所在する台湾や、Ｂ社及びＣ社の製品を販売しているＤ社の所在するシンガポールを含むＡＳＥＡＮ諸国において、原告の製造技術・ノウハウが提供されることにより、他社よりも優位な競争上の地位を築いたものである。これは原告が、研究開発、海外支援体制の確立等の企業活動により、①めっき薬品等の製造及び販売に関する技術情報やノウハウを提供し、②国外関連者やその顧客に対し技術支援を行うことによって原告ライセンス製品に対する信用を形成、保持及び発展させたことによるものであり、この①及び②は原告の無形資産である。
また、Ｂ社及びＤ社については、原告の支援を受けながら、③顧客に対する営業・技術サポートを行うことで原告ライセンス製品のイメージを浸透及び普及させて付加価値を創出し、原告ライセンス製品を台湾等において製造及び販売してきたのであり、この③はＢ社とＤ社の無形資産である。
これらの無形資産を総合的に活用することによって、本件国外関連取引は事業成果を上げているといえるのであるから、上記①ないし③の無形資産は、超過利益の源泉である重要な無形資産である。
したがって、本件国外関連取引の独立企業間価格については、前記のその他の方法である利益分割法（措置法施行令３９条の１２第８項）と同等の方法の中でも、原告、Ｂ社及びＤ社の有する重要な無形資産が利益獲得に寄与する点に着目し、通常得られる利益をそれぞれに配分した残余の利益をその重要な無形資産の価値に応じて合理的に配分して独立企業間価格を算定する残余利益分割法（措置法通達６６の４（４）－５）と同等の方法を適用して算定するのが相当である。
（原告の主張）
ア 独立価格比準法と同等の方法の適用ができること
基本三法の一つである独立価格比準法の適用のための比較対象取引の存否は、価格に影響を与えることが客観的に明らかな差異が存在するか否かという観点から判断されるべきである。そして、後記（ア）ないし（ウ）のとおり、本件国外関連取引については、本件Ｅライセンス取引及び本件Ｆライセンス取引を比較対象取引として、独立価格比準法と同等の方法を適用し、独立企業間価格を算定することができる。
したがって、基本三法と同等の方法を適用できないとして、残余利益分割法と同等の方法を適用することは違法である。そして、本件Ｅライセンス取引及び本件Ｆライセンス取引を比較対象取引として、独立価格比準法と同等の方法を適用すれば、本件国外関連取引の対価の額は独立企業間価格を下回るものではないから、本件各更正処分等（請求の趣旨において取消しを求める部分）は違法である。
（ア）独立企業間価格の算定の単位
独立企業間価格の算定は、原則として個別の取引ごとに行うべきところ（措置法通達６６の４（３）－１）、本件国外関連取引については許諾製品ごとに個別取引があるから、その独立企業間価格は、許諾製品ごとに別個に算定されるべきである。そして、許諾製品ごとにそれぞれ比較対象取引が存在するから、独立価格比準法と同等の方法の適用をすべきである。
被告は、本件国外関連取引はそれぞれパッケージとしての取引である旨主張する。しかし、複数の製品を顧客に供給する場合にも、供給する製品それぞれの使用上のノウハウが必要なだけであって、単独で用いる場合と異なる特殊な使用上のノウハウが発生するものではなく、複数の薬品についてのノウハウが顧客への提案時に同時に開示されなければならないものではない。本件国外関連取引も、個々の製品ごとの取引の集積であり、製品を一括したパッケージ取引ではない。
（イ）本件Ｂライセンス取引について
ａ 本件Ｅライセンス取引及び本件Ｆライセンス取引は、いずれもノウハウ等及び役務の提供が約されている点において、本件Ｂライセンス取引と変わりがない。
ｂ 独立価格比準法と同等の方法の要件である「同種」は、同一よりも広い概念であり、取引対象の特徴が価格に重大な影響を及ぼすことがない程度に類似していれば足りる。そして、製造ノウハウの使用許諾取引においては、「同種」か否かの判断対象は使用許諾されたノウハウであって、そのノウハウから生み出された製品ではないところ、製品種類が同じ（同一の製品群）であれば、使用許諾の対象である製造ノウハウは「同種」であるといえるし、製品種類が異なっても、ロイヤルティ料率に影響を及ぼす程度の差異が認められなければ「同種」であるといえる。
これを本件Ｂライセンス取引について見ると、①平成１２年３月期及び平成１３年３月期においては、Ｂ旧契約書の対象は５品目であって、これに基づいてＢ社が実際に取引の対象とした製品は３品目（Ｈ、Ｉ及びＪ）のみであり、これらは全て本件Ｅライセンス取引の対象製品と同一であるから、「同種」の無形資産の取引といえることは明らかであるし（なお、当該契約前から、他の製品について製造ノウハウの開示及び原料の販売を一体の取引として行っていたが、これはＢ旧契約書による契約の対象ではない。）、②平成１４年３月期ないし平成１６年３月期においても、本件Ｂライセンス取引の対象とされているノウハウは、本件Ｅライセンス取引及び本件Ｆライセンス取引の対象とされているノウハウと同様に、めっき薬品の製造に係るノウハウであって、種類を同じくする製品を対象とするものであり、その対価に影響を与えるような差異もないから、「同種」の無形資産の取引といえる。
また、役務提供の内容についても、価格に重大な影響を及ぼすような差異は存在しない。なお、原告の技術者の台湾への出張は、原告の利益のためにしたものであって、本件Ｂライセンス契約上の義務の履行としてされたものではない。
ｃ そして、本件Ｂライセンス取引と本件Ｅライセンス取引及び本件Ｆライセンス取引との間には、製造・販売地域、契約形態・条件、役務提供の頻度及び程度、市場の状況とも、対価の額に影響を与えることが客観的に明らかといえる差異はないから、「同様の状況」の下での取引といえる。
（ウ）本件Ｃライセンス取引について
本件Ｃライセンス取引と本件Ｅライセンス取引及び本件Ｆライセンス取引とは、いずれも同一の製品群である無電解ニッケルめっき液を許諾対象製品とするものであるから、「同種」の製造ノウハウの取引といえるし、その取引の状況において対価の額に影響を与えることが客観的に明らかといえる差異もないから「同様の状況」の下での取引といえる。
また、本件Ｃライセンス取引においては、前処理剤も許諾対象製品とされているところ、これと本件Ｅライセンス取引における前処理剤であるＫに関する製造ノウハウの許諾取引は、同一の製品群を対象とするものであるから、「同種」の製造ノウハウの取引といえるし、その取引の状況において対価の額に影響を与えることが客観的に明らかといえる差異もないから「同様の状況」の下での取引といえる。
イ 残余利益分割法と同等の方法が相当でないこと
基本三法と同等の方法を適用することができない場合、適用される方法は、その他の方法のうち、独立企業間価格を算定する最も適切な方法であることが必要である。そして、仮に本件国外関連取引につき本件Ｅライセンス取引及び本件Ｆライセンス取引を比較対象取引とする独立価格比準法と同等の方法を適用することができないとしても、両取引を比較対象取引として、独立価格比準法の考え方から乖離しない合理的な方法であって「同種」や「同様の状況」を多少緩めた「独立価格比準法に準ずる方法と同等の方法」を適用すべきである。
これに対し、残余利益分割法と同等の方法は、本件では合理的な方法とはいえない。例えば、Ｂ社が台湾におけるＰＷＢ用途のめっき薬品の市場で高いシェアを獲得した原因は、台湾の立地上の特殊性、台湾企業の独特のニーズ、Ｂ社の社員の専門能力の高さなどを生かした、Ｂ社が独自に考案し実践したユーザーに対する技術サポート体制にあるのであって、被告が後記（３）で主張するように試験研究費の額を指標として残余利益を分割したのでは、独立企業間価格を合理的に算定することはできない。
したがって、本件国外関連取引につき、残余利益分割法と同等の方法により独立企業間価格を算定することはできない。
（３）本件国外関連取引に係る独立企業間価格の算定（争点３）
（被告の主張）
残余利益分割法の適用に当たっては、まず、分割対象利益を算出する必要があり、分割対象利益とは、国外関連取引に係る棚卸資産の販売等により適用対象法人及び国外関連者に生じた営業利益の合計額である。次に、分割対象利益から基本的利益の額（分割対象利益のうち重要な無形資産を有しない非関連者間取引において通常得られる利益に相当する金額）を適用対象法人及び国外関連者それぞれに配分する。最後に、分割対象利益から適用対象法人及び国外関連者の基本的利益の合計額を控除した残余利益を、適用対象法人又は国外関連者が有する重要な無形資産の価値に応じて合理的に配分する。以上は、残余利益分割法と同等の方法を適用する場合においても同様である。
ア 主位的主張
（ア）分割対象利益の算定
ａ 分割対象利益の算定方法
本件Ｂ取引及び本件Ｃ取引は、いずれも原告が使用許諾の対象としためっき薬品等の製造に関する技術や役務提供を受けてＢ社及びＣ社が製造しためっき薬品等（原告ライセンス製品）の製造販売に係る一連の取引であり、分割対象利益の算定に影響する可能性があるから、本件国外関連取引に係る独立企業間価格の算定を残余利益分割法と同等の方法によって行うにおいては、原告ライセンス製品の非関連者への販売を担っていた国外関連者であるＤ社を含めて分割対象利益を算定し、３社間（①原告、Ｂ社及びＤ社の３社、②原告、Ｃ社及びＤ社の３社）で利益分割を行うことが相当というべきであり、本件における分割対象利益の額は、本件各事業年度ごとに、後記ｂのとおり本件Ｂ取引及び本件Ｃ取引において原告、Ｂ社、Ｃ社及びＤ社のそれぞれに生じた営業利益の合計額となる（別表３－１の⑳欄及び別表３－２の⑫欄）。
ｂ 本件Ｂ取引及び本件Ｃ取引における原告、Ｂ社、Ｃ社及びＤ社の営業利益の算定（ａ）原告の営業利益の額
分割対象利益に含めるべきめっき薬品等の製造販売に係る無形資産の使用許諾及び役務提供に係る原告の営業利益は、①本件Ｂライセンス取引については、原告がＢ社から得た当該無形資産の使用許諾及び役務提供に係るロイヤルティの収入金額（別表３－１の①欄。ただし、Ｄ社以外の国外関連者についてはＢ社から仕入れた製品の販売に係る金額を合理的に算定することができなかったことから、その営業利益を分割対象利益には含めないこととしたため、上記金額は、Ｂ社がＤ社以外の国外関連者に販売した額に対応する額を除外したものである。具体的には、原告がＢ社から得たロイヤルティ収入金額に、Ｂライセンス製品に係るＢ社の全売上高に占めるＢ社が直接外部に売り上げた金額とＤ社に販売した金額との合計額の割合（以下「本件Ｂ取引割合」という。）を乗じて算出した。）であり、②本件Ｃライセンス取引については、原告がＣ社から得た当該無形資産の使用許諾及び役務提供に係るロイヤルティの収入金額（別表３－２の①欄）である。
なお、本件Ｂライセンス取引は、平成１２年３月期及び平成１３年３月期においても、原告が有するノウハウ等を使用してＢ社との間で行われた全ての取引を指しており、Ｂ旧契約書に特定明記された製品に係る取引に限らない。当時の取引の実態としても、同契約書に特定明記された品目以外の製品につき、原告が主張するように原料の販売価格を高く設定するなどして、原料売買による販売利益とは別にノウハウの使用許諾の対価を回収していたとは認められない。
（ｂ）Ｂ社、Ｃ社及びＤ社の営業利益の額
本件Ｂ取引について、分割対象利益に含めるべきＢ社の営業利益は、Ｂ社が原告から無形資産の使用許諾及び役務提供を受けたことにより生産した製品（Ｂライセンス製品）の売上高から、それに対応する売上原価と販売費及び一般管理費（以下「販管費」という。）を控除した金額（別表３－１の⑩欄。ただし、いずれも本件Ｂ取引割合を乗じたもの）であり、分割対象利益に含めるべきＤ社の営業利益は、Ｄ社がＢ社から仕入れた製品（Ｂライセンス製品）の売上高から、それに対応する売上原価と販管費を控除した金額（別表３－１の⑲欄）である。
また、本件Ｃ取引について、分割対象利益に含めるべきＣ社の営業利益は、Ｃ社が原告から無形資産の使用許諾及び役務提供を受けたことにより生産した製品（Ｃライセンス製品）の売上高から、それに対応する売上原価と販管費を控除した金額（別表３－２の⑥欄）であり、分割対象利益に含めるべきＤ社の営業利益は、Ｄ社がＣ社から仕入れた製品（Ｃライセンス製品）の売上高から、それに対応する売上原価と販管費を控除した金額（別表３－２の⑪欄）である。
（イ）基本的利益及び残余利益の算定
本件Ｂ取引及び本件Ｃ取引のいずれについても、原告の事業活動のほとんどが原告の重要な無形資産を使用して行われていることから、原告の基本的利益はないものとした。
他方、Ｂ社、Ｃ社及びＤ社の基本的利益については、それぞれ台湾、マレーシア及びＡＳＥＡＮ諸国の企業から比較対象企業を選定した。
Ｂ社については、比較対象企業の総費用に対する営業利益の割合の中位値を利益指標とし、Ｂ社の総費用にＢ社の売上高合計に対してＢ社の原告ライセンス製品の売上高が占める割合を乗じた金額から、めっき薬品製造等に係る支払ロイヤルティの額とＢ社が有する無形資産価値の指標とした研究開発費の額の合計額を控除した金額（ただし、いずれも本件Ｂ取引割合を乗じたもの）に上記利益指標を乗じ、基本的利益を算出した（別表４－１の⑦欄）。
Ｃ社については、比較対象企業の総費用に対する営業利益の割合の中位値を利益指標とし、Ｃ社の総費用からめっき薬品製造等に係る支払ロイヤルティの額を控除した金額に上記利益指標を乗じ、基本的利益を算出した（別表４－２の⑥欄）。
Ｄ社については、比較対象企業の売上高に対する営業利益の割合の中位値を利益指標とし、これをＤ社の売上高に乗じて基本的利益を算出した（別表４－１の⑩欄及び別表４－２の⑨欄）。
本件における残余利益の額は、本件各事業年度ごとに、前記（ア）で算出した分割対象利益の額から上記のとおり算出したＢ社、Ｃ社及びＤ社の基本的利益の額の合計額を控除した額となる（別表４－１の⑪欄及び別表４－２の⑩欄）。
（ウ）残余利益の配分
残余利益の配分に当たっては、適用対象法人と国外関連者がどのような重要な無形資産を有するのかを検討し、その重要な無形資産の価値を算定する必要があるところ、当該重要な無形資産の開発のために支出した費用等の額によって配分を行うのが合理的である。
ａ 配分比率算出の基礎となる本件Ｂ取引における原告、Ｂ社及びＤ社の支出額（ａ）原告の支出額
原告が有する重要な無形資産であるめっき薬品の製造及び販売に関する技術は、原告の研究開発部門であるＬ（以下、単に「Ｌ」という。）で形成されているところ、Ｌでの研究開発活動は、Ｂ社のみならず原告のグループ会社全体が受益するものであること、本件Ｂライセンス取引には含まれていない表面処理用機械の研究開発も行っていること、前述のとおり分割対象利益からＤ社以外の国外関連者への販売分を除いていることから、原告によってＬで研究開発費として支出された金額に、原告の全拠点における外部売上金額に占めるＢライセンス製品の外部売上金額の割合、Ｌの研究開発部門総人員数のうち表面処理用機械の研究開発を担当する者を除く人員が占める割合を乗じ、更に本件Ｂ取引割合を乗じて、本件Ｂ取引に係る原告の重要な無形資産の価値を示す指標となる原告の支出額とした（別表５－１の①欄）。
（ｂ）Ｂ社の支出額
Ｂ社が有する重要な無形資産は、顧客に対する営業技術サービス等であると認められ、これらに関連して支出された研究開発費の額が重要な無形資産の価値の指標となるところ、Ｂ社の研究開発費の額に、本件Ｂ取引割合を乗じた金額をもって、本件Ｂ取引に係るＢ社の重要な無形資産の価値を示す指標となるＢ社の支出額とした（別表５－１の②欄）。
（ｃ）Ｄ社の支出額
Ｄ社が有する重要な無形資産は、顧客に対する営業技術サービス等であると認められ、Ｄ社において支出された営業技術関連費用の額のうち、本件Ｂライセンス取引に係る部分と認められる金額、すなわち、Ｄ社での原告ライセンス製品の売上高に対応する販管費の額から、本件Ｂ取引に対応する販管費を按分計算によって算出し、その額にＤ社の総人員数に対する技術者数の占める割合を乗じて算出した金額を、Ｄ社の重要な無形資産の価値を示す指標となるＤ社の支出額とした（別表５－１の③欄）。
ｂ 配分比率算出の基礎となる本件Ｃ取引における原告、Ｃ社及びＤ社の支出額（ａ）原告の支出額
前記ａ（ａ）と同様に、原告によってＬで研究開発費として支出された金額に、原告の全拠点における外部売上金額に占めるＣライセンス製品の外部売上金額の割合、Ｌの研究開発部門総人員数のうち表面処理用機械の研究開発を担当する者を除く人員が占める割合を乗じて、本件Ｃ取引に係る原告の重要な無形資産の価値を示す指標となる原告の支出額とした（別表５－２の①欄）。
（ｂ）Ｃ社の支出額
Ｃ社については、顧客に対する営業技術サービス等、超過利益の源泉となる企業活動を行っておらず、重要な無形資産を有していないため、重要な無形資産の価値指標はない。
（ｃ）Ｄ社の支出額
Ｄ社が有する重要な無形資産は、顧客に対する営業技術サービス等であると認められ、Ｄ社において支出された営業技術関連費用の額のうち、本件Ｃライセンス取引に係る部分と認められる金額、すなわち、Ｄ社での原告ライセンス製品の売上高に対応する販管費の額から、本件Ｃ取引に対応する販管費を按分計算によって算出し、その額にＤ社の総人員数に対する技術者数の占める割合を乗じて算出した金額を、Ｄ社の重要な無形資産の価値を示す指標となるＤ社の支出額とした（別表５－２の②欄）。
ｃ 原告に配分すべき残余利益の額
原告に配分すべき残余利益の額は、①本件Ｂライセンス取引については、その残余利益に、原告、Ｂ社及びＤ社の各支出額の合計額に占める原告の支出額の割合を乗じて算出した金額（別表５－１の⑤欄）、②本件Ｃライセンス取引については、その残余利益に、原告及びＤ社の各支出額の合計額に占める原告の支出額の割合を乗じて算出した金額（別表５－２の④欄）となる。
（エ）本件国外関連取引に係る所得移転額
ａ 独立企業間価格の算定
本件各事業年度における本件国外関連取引に係る独立企業間価格は、原告には基本的利益が認められないことから、原告に配分すべき残余利益の金額であり、その金額は、本件Ｂライセンス取引については別表５－１の⑤欄のとおり、本件Ｃライセンス取引については別表５－２の④欄のとおりとなる。
ｂ 所得移転額の算定
本件各事業年度における本件国外関連取引に係る国外関連者への所得移転額は、上記ａの独立企業間価格から原告の営業利益であるロイヤルティの収入金額を差し引いた金額であり、その金額は、本件Ｂライセンス取引については別表５－１の⑦欄のとおり、本件Ｃライセンス取引については別表５－２の⑥欄のとおりとなる。ただし、本件Ｃライセンス取引に係る平成１５年３月期及び平成１６年３月期の所得移転額は、本件相互協議の合意に基づく金額である。
なお、以上の計算過程及び結果は、別表６－１及び６－２に示すとおりである。
（オ）本件各事業年度の原告の所得金額及び納付すべき法人税額並びに過少申告加算税額以上を前提に、本件各事業年度の原告の所得金額及び納付すべき法人税額並びに過少申告加算税額を計算すると、別紙３主位的主張額の内訳のとおりとなり（なお、このうち⑤の事業税の損金算入額は、前期の更正処分により増加した所得金額に対応する事業税相当額の損金算入額である。）、いずれも本件各更正処分等（ただし、本件減額更正処分等及び本件裁決による一部取消し後のもの）におけるこれらの金額を上回るから、本件各更正処分等（ただし、本件減額更正処分等及び本件裁決による一部取消し後のもの）は、適法である。
イ 予備的主張
（ア）原告は、Ｂ社について、①原告のノウハウに由来しない自社開発製品の製造販売が行われており、②仕入販売も行っていたとして、これらに係る利益を分割対象利益から除外すべきである旨主張する。
しかし、上記①については、Ｂ社による自社開発の事実はないとした調査時の原告の説明は合理的で信頼でき、そのほか本件各事業年度においてＢ社が自社開発製品を製造販売した事実を裏付ける証拠はない。Ｂ社において自社開発製品の開発活動がされていたとしても、本件各事業年度においては製品の販売に結びつくまでは進展していなかったし、原告がＢ社の自社開発製品であるとする製品は、原告のノウハウ等に由来するＢライセンス製品の一部を改変した類似品ないし改良品にすぎないから、原告の主張には理由がない。
また、上記②についても、被告が独立企業間価格の算定の基礎とした財務データ（乙５２）は、原告自身が、Ｂ社において原告のノウハウ等の使用許諾を受けて製造した製品の製造販売に係る財務データとして作成し、税務職員に提出したものであり、これに仕入販売取引のデータが含まれているとは考え難いことなどからすれば、原告の主張には理由がない。仮に上記データに仕入販売取引のデータが含まれていたとしても、原告提出の資料によればＢ社によるめっき薬品の仕入販売取引に係る営業利益が赤字であることからすれば、本件各更正処分においては、分割対象利益（ひいては独立企業間価格）が過少に算定されていた可能性が極めて高く、そうでなくてもその影響額はごくわずかであるから、本件各更正処分を取り消すほどの重大な影響があるとはいえない。
（イ）ただし、念のため、分割対象利益についてＢ社の仕入販売取引に係る営業利益が混入しているとする原告の上記②の主張を踏まえ、予備的主張として再計算を行う（上記①の主張に理由のないことは明白であるため、この点は考慮しない。）。再計算の基本的方針は次のａないしｃのとおりである。
ａ 仕入販売取引に係るデータの修正
課税庁が本件Ｂライセンス取引に係るＢ社の営業利益（ひいては分割対象利益）を算定するに当たり基礎とした資料（乙５２）のデータには、仕入販売取引に係るデータが混入している旨の原告の主張を踏まえ、原告の主張に係る仕入販売取引を除いた製造販売取引のみのデータを算定し直した上、残余利益分割法と同等の方法による国外移転所得額の算定過程について必要部分を見直す。
ｂ 本件裁決における算定の修正及び変更箇所の反映
本件裁決において、課税庁がした国外移転所得額の算定過程のうち３箇所について、いずれも原告に有利となる修正及び変更が行われて、本件各更正処分が一部取り消されたことから、本件裁決における算定に沿った計算に修正する。
ｃ ロイヤルティ収入を得るために要した費用の控除
課税庁の算定及び被告の主位的主張額の算定においては、原告の営業利益（分割対象利益）を算定するに当たり、原告のロイヤルティ収入からロイヤルティ収入を得るために要した費用を控除していなかったが、本来、営業利益の算定に当たっては、利益獲得に要した費用を控除するのが合理的であることから、この点を修正する。
（ウ）予備的主張１
上記ａないしｃの全てを考慮して各修正を行った計算過程及び結果は、別表７－１及び７－２に示すとおりである。
これを前提に、本件各事業年度の原告の所得金額及び納付すべき法人税額並びに過少申告加算税額を計算すると、別紙４予備的主張額の内訳（予備的主張１）のとおりとなり、いずれも本件各更正処分等（ただし、本件減額更正処分等及び本件裁決による一部取消し後のもの）におけるこれらの金額を上回るから、本件各更正処分等（ただし、本件減額更正処分等及び本件裁決による一部取消し後のもの）は、適法である。
（エ）予備的主張２
上記ｃの算定方法によると、原告の国外移転所得額が増加することとなるところ、念のためより謙抑的に、上記ａ及びｂのみを考慮して各修正を行った計算過程及び結果は、別表８－１及び８－２に示すとおりである。
これを前提に、本件各事業年度の原告の所得金額及び納付すべき法人税額並びに過少申告加算税額を計算すると、別紙５予備的主張額の内訳（予備的主張２）のとおりとなり、本件各更正処分等（ただし、本件減額更正処分等及び本件裁決による一部取消し後のもの）は、少なくともその限度では適法というべきである。
（原告の主張）
ア 被告の主位的主張について
（ア）被告が主位的主張において主張するＢ社の売上高には、本件Ｂライセンス取引により製造されたＢライセンス製品の売上高のみならず、Ｂ社が自社開発した製品の売上高や、Ｂ社が仕入販売しためっき薬品の売上高も含まれている。同じくＢ社の売上原価も、これら全ての売上高に対応するものである。それにもかかわらず、被告が主位的に主張する独立企業間価格は、これらのＢ社の売上高等の全てがＢライセンス製品の売上高等であることを前提として算定されたものであるから、誤っている。
（イ）また、平成１２年３月期及び平成１３年３月期につき、Ｂ旧契約書に基づく合意の対象は、同契約書に特定明記された５品目だけであり、そのうち実際の取引対象は、Ｂ社が新たに製造ノウハウの開示を受けて製造を開始した３品目（Ｊ、Ｈ及びＩ）であって、上記５品目以外の製品（以下「既存製品」という。）については、原告がＢ社に対して製造ノウハウの開示と原料の販売を一体の取引として行っていたものである。このように、既存製品はＢ旧契約書の取引対象ではないから、更正処分の対象取引とはいえず、これを含めて独立企業間価格を算定することは誤りである。仮にこれを含めて独立企業間価格を算定するとしても、残余利益分割法と同等の方法の適用に当たり、一体の取引の対価である原料の売買代金の中に含まれている製造ノウハウの開示の対価部分の金額を分割対象利益に加算すべきであり、これを加算していない被告の計算は誤りである。
イ 被告の予備的主張について
（ア）Ｂ社の自社開発製品の製造販売取引について
前記ア（ア）のとおり、Ｂ社は自社開発製品の製造販売取引をしていたのに、被告の予備的主張はこの点の修正をしていないから、その計算が誤りであることは明らかである。
（イ）Ｂ社の仕入販売取引について
被告は、Ｂ社の仕入販売取引を除いたとして、国外移転所得額を算定しているが、その前提とした売上高の期間とこれに乗じる製造製品の売上割合の期間とが一致しておらず、Ｂライセンス製品の売上高が誤っているし、その売上原価にも同様の誤りがあるから、国外移転所得額を正確に算定したものではない。
（ウ）ロイヤルティ収入を得るための費用の控除（予備的主張１）について
被告は、原告がロイヤルティ収入を得るために要した費用を控除するとしているが、①原告が本件各事業年度に支出した研究開発費は、将来製造を開始する新製品を開発するためのものであって、原告がＢ社にライセンスを与えている各製品の開発のために支出されたものではないし、②製品の開発期間と販売期間とは異なるため、１年間に支出された研究開発費は、当該１年間のロイヤルティ収入に対応する費用ではなく、これらの点において被告の計算は誤っている。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点１（平成１５年３月期更正処分及び平成１６年３月期更正処分の取消しを求める訴えの適法性）について
（１）法人税については、申告納税方式がとられ、その納付すべき税額は第一次的には納税者のする申告により確定するものとされている（国税通則法１６条１項１号、２項１号、法人税法７４条１項）。そして、申告納税方式の国税につき、納税者は、納税申告書の提出により納付すべき税額が過大であるときなど、申告の内容が誤って自己に不利になっていた場合には、所定の期間内に限り、更正の請求をすることによりその是正を求めることができるものとされているところ（国税通則法２３条）、申告の誤りにつきこのような特別の救済手段が法定されていることからすれば、特段の事情がない限り、納税者が、申告後にされた増額更正処分につき、更正の請求の手続を経ることなく、申告額を超えない部分の取消しを求める訴えを提起することは許されず、当該訴えは不適法というべきである。
これを原告の平成１５年３月期更正処分及び平成１６年３月期更正処分の取消しを求める訴え（請求の趣旨（４）及び（５））について見ると、原告はいずれも自ら申告した納付すべき税額を超える部分の取消しを求めているから、当該訴えは、上記のような更正の請求の排他性に抵触するものではない。
（２）アところで、措置法６６条の４第１項の規定に基づく課税（以下「移転価格課税」という。）がされる場合、実際の取引価格と独立企業間価格との差額について、我が国と国外関連者の所在国との間で国際的二重課税の問題が生ずるところ、このような場合、当事者（内国法人）の申立て等により、我が国が締結した所得に対する租税に関する二重課税の回避又は脱税の防止のための条約等の規定に基づく、我が国の権限ある当局と相手国等の権限ある当局との協議が行われることがあり、これを相互協議という（乙１）。そして、この相互協議につき、国税庁長官作成の国税局長等宛て平成１３年６月２５日付け「相互協議の手続について（事務運営指針）」（乙１）によれば、国税庁長官官房国際業務課相互協議室は、相手国等の権限ある当局と合意に至ると認められる状況になった場合には、合意に先立ち、合意案の内容を文書で申立者に通知するとともに、当該合意内容に同意するかどうかを申立者に確認し、申立者がこれに同意することを確認した後に、相手国等の権限ある当局と合意する一方（１８項）、申立者が上記合意案に同意しなかった場合には、相手国等の権限ある当局に相互協議の終了を申し入れる（２０項（１）へ）ものとされている。
本件においても、前記前提事実（６）エのとおり、本件各更正処分により移転価格課税を受けた原告の申立てにより、我が国の権限ある当局とマレーシアの権限ある当局とが相互協議を行った結果、平成１５年３月期及び平成１６年３月期の原告とＣ社との取引に係る課税に関し、本件相互協議の合意が成立し、これを受けて、東税務署長は、原告の平成１５年３月期及び平成１６年３月期の法人税につき、同合意の内容に従って所得金額及び納付すべき税額を減額する更正処分をしたものである。そして、証拠（乙９９の１・２）によれば、原告は、本件相互協議の合意の成立に先立つ平成２１年７月７日付けで、国税庁長官官房相互協議室長宛てに、①本件相互協議の合意の内容を原告がした相互協議の申立てに係る課税問題の最終的な解決として受け入れることに同意する旨等が記載された「相互協議の合意に先立つ同意の確認について（回答）」と題する書面、及び、②原告は、平成１５年３月期更正処分及び平成１６年３月期更正処分（ただし、相互協議の合意に基づいてされる減額更正処分後のもの）について、原告とＣ社との取引に関し、異議申立て、審査請求及び訴訟を行わないことを確約する旨等が記載された「確認事項」と題する書面（以下「本件確認書面」という。）を提出していたことが認められるから、本件相互協議の合意は、その合意内容について原告が同意していることを前提に成立したものということができる。
イ この点につき、被告は、相互協議の合意が申立者の同意を前提とするものであることからすれば、更正処分につき、相互協議により合意された調整金額を超えない部分の取消しを求める訴えは申立者（納税者）の自認する範囲を超えて取消しを求めるものであるなどとして、更正処分のうち申告額と相互協議により合意された調整金額との合計額を超えない部分の取消しを求める訴えは、訴えの利益を欠いて不適法である旨主張する。
しかし、権限ある当局間での相互協議の合意又はその合意内容についての納税者の同意は、それ自体として納税者が納付すべき税額を法的に確定する効果を有するものではないし、その合意や同意の効力等を争うための特別の手続が設けられているものでもないから、申告額を超えない部分の取消しを求める訴えが更正の請求の排他性により許されないこと（前記（１））とは事情を異にし、納税者の同意を前提として相互協議の合意が成立したことの一事をもって、更正処分のうち所得金額が申告額と相互協議により合意された調整金額との合計額を超えない部分の取消しを求める訴えが不適法になるものということはできない。
ウ また、被告は、原告が本件相互協議の合意の内容に同意するに当たり本件確認書面を提出していることなどから、平成１５年３月期更正処分及び平成１６年３月期更正処分のうち申告額と相互協議により合意された調整金額との合計額を超えない部分の取消しを求める訴えは、不起訴の合意又は信義則に反し、不適法である旨主張する。
しかし、本件確認書面は、その提出の経緯や内容に照らしても、平成１５年３月期更正処分及び平成１６年３月期更正処分につき、その各期における原告とＣ社との取引に係る所得移転額が本件相互協議の合意による調整金額のとおりであること以外の部分を不服として原告が訴えを提起することまで否定する趣旨のものとは解されない。そして、本件訴訟において、原告は、平成１５年３月期及び平成１６年３月期における原告とＣ社との取引に係る所得移転額が本件相互協議の合意による調整金額（４２００万円及び５０００万円）のとおりであることを争っておらず、それ以外の部分を不服として、上記各期の更正処分の取消しを求めているのである。
そもそも、原告の平成１５年３月期更正処分及び平成１６年３月期更正処分の取消しを求める訴え（請求の趣旨（４）及び（５））が、被告のいう「申告額と相互協議により合意された調整金額との合計額を超えない部分」の取消しを求める内容となっているのは、上記各更正処分において、法人税基本通達９－５－２の定めに従い、直前の事業年度分の事業税相当額の損金算入がされていたところ、①被告は、原告の主張に従って直前の事業年度の更正処分が取り消されれば当該事業税相当額の損金算入も見直されるべきであるとして、事業税相当額の損金算入額を取り消し又は減額した上で所得金額及び納付すべき税額を算出することにより、原告の請求の基礎とすべき額を計算しているのに対し（別表２－１及び２－２）、②原告は、直前の事業年度の更正処分が取り消されても当該事業税相当額の損金算入が直ちに見直されるべきものではないとして、当該事業税相当額の損金算入額を維持したまま所得金額及び納付すべき税額を計算していることに原因がある（この点は当事者間にも争いがない。）。しかるに、法人税に係る２年以上の連年同時更正の処分が取り消された場合における、上記通達に従ってされていた事業税相当額の損金算入の取扱いについて、上記①又は②のいずれの見解をとるかは、本件相互協議の合意の内容とは関係のない法律解釈の問題であるから、原告が上記②の見解を前提に所得金額及び納付すべき税額を計算して訴えを提起することが、本件相互協議の合意の内容に同意したことやその同意に際して本件確認書面を提出したことと矛盾抵触するものということはできない。（なお、上記①又は②のいずれの見解をとるかは、本案の問題として判断されるべき事項である。）
そうすると、仮に本件確認書面が一定の事項につき不起訴の合意をする趣旨を含むものであるとしても、原告の平成１５年３月期更正処分及び平成１６年３月期更正処分の取消しを求める訴え（請求の趣旨（４）及び（５））がその趣旨に反するものとはいえないから、同訴えが不起訴の合意に反して不適法であるということはできない。また、以上の検討内容に照らせば、同訴えが信義則に反して不適法であるということもできない。
（３）さらに、被告は、原告は異議申立て及び審査請求において更正処分のうち本件相互協議の合意が成立した平成１５年３月期及び平成１６年３月期のＣ社との取引を基礎とする部分を不服申立ての対象から除いているから、同部分の訴えは不服申立前置を欠き、不適法である旨主張する。
そこで検討すると、証拠（甲１０、乙９８）によれば、原告は、本件各更正処分等に係る異議申立ての手続において、本件相互協議の合意の成立を受けて、平成１５年３月期及び平成１６年３月期の原告とＣ社との取引については審理の対象から除外するよう求める上申をするとともに、平成１５年３月期及び平成１６年３月期に係る審査請求の趣旨を、原告とＢ社との間の国外関連取引に基づく部分に係る更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分の取消しを求めるものとしていたことが認められる。しかし、原告は、本件訴訟において、平成１５年３月期更正処分及び平成１６年３月期更正処分（本件相互協議の合意の内容に従って減額更正された後のもの）につき、原告とＣ社との取引による所得移転額以外の部分（原告とＢ社との取引による所得移転額）を不服として処分の取消しを求めているのであって、上記の上申及び審査請求の趣旨の内容を考慮しても、当該取消しの訴えが異議申立て及び審査請求を経ていないとはいえない。また、上記の上申及び審査請求の趣旨は、不服申立ての範囲を所得金額又は納付すべき税額の金額において限定したものではないから、請求の趣旨（４）及び（５）のとおりの訴えについて、所得金額又は納付すべき税額の金額面において異議申立て及び審査請求による不服申立ての範囲を超えるものということもできない。
したがって、原告の平成１５年３月期更正処分及び平成１６年３月期更正処分の取消しを求める訴え（請求の趣旨（４）及び（５））について、不服申立前置を欠くものとはいえない。
（４）以上によれば、原告の平成１５年３月期更正処分及び平成１６年３月期更正処分の取消しを求める訴え（請求の趣旨（４）及び（５））の一部が不適法である旨の被告の主張は理由がなく、同訴えは適法というべきである。
２ 争点２（本件国外関連取引に対する残余利益分割法と同等の方法の適用の可否）について（１）本件国外関連取引の概要等
本件国外関連取引の概要等について、前記前提事実（１）ないし（３）のほか、掲記の証拠及び弁論の全趣旨によれば、以下の事実が認められる。
ア 原告は、表面処理技術のリーディングカンパニーとして、先端的めっき技術をトータルに提供する開発提案型企業を標榜しており、原告及びその国外関連者（以下「原告グループ」という。）において、めっき薬品の開発・販売のみならず、顧客に対して装置、制御システムに至るまでを一貫して提案・供給する体制をとっている点に特徴がある。
また、原告は、技術集約型企業として、研究開発部門の拡充発展を図っており、昭和４３年に開設した表面処理に関する学際的研究機関であるＬにおいて、各種めっき・表面処理技術の研究や製品開発のほか、めっき技術に関してトータルソリューションを提供できるような薬品・機械・管理装置・ＣＡＥ（コンピューター支援エンジニアリング）をリンクしたシステム開発等を行っている。（乙２０、２７、２８）
イ 原告は、１９８０年代中頃から、米国、香港、タイ、マレーシア、中国、台湾、シンガポールに進出し、積極的な海外事業を展開している（乙２７）。
ウ（ア）Ｂ社は、１９８７年（昭和６２年）に台湾において設立され、原告グループの一つとして、台湾市場の販売拠点かつ台湾・中国・ＡＳＥＡＮ諸国市場の生産拠点となっている（乙２７、３１）。
（イ）本件各事業年度において、原告は、Ｂ社との間で、めっき薬品の製造ノウハウ等の使用許諾並びに技術訓練及び支援等の役務提供を行い、対価（ロイヤルティ）を得るという取引（本件Ｂライセンス取引）を行っていた（前記前提事実（２））。
すなわち、Ｂ社では、設立当初から、原告から開示を受けた製造ノウハウ等を用いてめっき薬品を製造していたが、ロイヤルティの支払について台湾当局の規制があったため、原告は、Ｂ社に移転した技術ないしノウハウについてロイヤルティを受ける替わりに、Ｂ社が使用原料を原告から購入することを義務付け、当該原料の販売利益の取得に努めてきた。その後、１９９５年（平成７年）に上記規制が廃止され、１９９７年（平成９年）にＢ社が原告から新製品５品目の製造ノウハウ等の開示を受けてこれを製造・販売することになったのを機に、原告及びＢ社は、ロイヤルティ契約を締結することとしたが、当時のＢ社は収益規模がまだ小さく、ロイヤルティの支払による同社の財務内容への影響が大きかったことなどから、ロイヤルティの支払対象を当該新製品５品目に関連するものに限定することとして、同年６月１日付けＢ旧契約書を作成した。さらに、Ｂ社の業績が向上する一方で、原告の研究開発費を原告が単独で負担することが困難となったため、原告及びＢ社は、原告の研究開発費の受益者であるＢ社に応分の負担を求めるという観点から、２００１年（平成１３年）４月１日付けＢ新契約書を作成し、Ｂ社が従前から製造していたがＢ旧契約書によるロイヤルティの支払対象には含まれていなかった既存製品を含めて、当時Ｂ社が製造していた全品目（２０８品目）を対象に、一律●●％のロイヤルティを適用することとした。（前記前提事実（２）、甲６３、６７、６８、１０３、乙２４、２７、８５の１の１・２、乙８８、８９）
（ウ）原告の製品のうち無電解金めっき薬品である「Ｇ」は、高度なハンダ接合性という優れた特徴を有するものであり、原告は、平成１１年までに、Ｇを使用して、従来では考えられないような高度なハンダ接合性の要求に対応できると評される新しい無電解ニッケル・金めっきプロセスを開発した（乙８１）。
このＧ製品は、Ｂ旧契約書には記載されていなかったが、原告は、遅くとも平成１１年末頃以降、原告の従業員をＢ社に派遣して、Ｇ製品やこれを使用したプロセスの技術的ポイントについて打合せ・説明をしていたほか、Ｂ社は、遅くとも２０００年（平成１２年）１～６月期には、Ｇ製品の一部の製造を開始していた。そして、Ｂ新契約書において、Ｇ製品もロイヤルティの支払対象とされた。（前記前提事実（２）ア、イ、乙７６～７９、８５の８、乙９０、１０４）
（エ）Ｂ社は、ユーザーに対する徹底的な技術サポート（２４時間サポート体制、認定作業サポート等）のサービスによって商品に付加価値をつけることをビジネスモデル化しており、営業部門、技術サポート部門及び市場調査企画部門に相当程度のマンパワーを投入している（甲４２、４７の１・２、乙２８、２９）。
（オ）台湾のＰＷＢ（プリント配線板）用途のめっき薬品の市場において、Ｂライセンス製品は、２００３年（平成１５年）には約●●％のシェアを占めるに至っている（甲４２、乙２９、３３）。
エ（ア）Ｃ社は、１９９６年（平成８年）にマレーシアにおいて設立された原告の１００％子会社であり、Ｄ社向けの生産拠点となっている（甲８３、乙２７、３１）。
（イ）本件各事業年度において、原告は、Ｃ社との間で、めっき薬品の製造ノウハウ等の使用許諾並びに技術訓練及び支援等の役務提供を行い、対価（ロイヤルティ）を得るという取引（本件Ｃライセンス取引）を行っていた（前記前提事実（３））。
すなわち、Ｃ社は、原告から開示を受けた製造ノウハウ等を用いて無電解ニッケルめっき薬品等を製造していたところ、原告及びＣ社は、２０００年（平成１２年）１２月１日付けＣ旧契約書により、前処理剤及び無電解ニッケルめっき薬品の３２品目を対象として、Ｃ社がロイヤルティを支払うことなどを定め、更に２００３年（平成１５年）１月７日付けＣ新契約書により、その対象を３７品目とした。ただし、Ｃ社は、遅くとも１９９８年（平成１０年）以降、原告に対して同様のロイヤルティを支払っており、Ｃ旧契約書においても、契約期間の始期は同年１月１日とされていた。（前記前提事実（３）、乙２７、８４）
（ウ）Ｃ社は、製造した製品を全てＤ社に販売していることから、顧客に対する営業や技術サボート等の活動は行っていない（弁論の全趣旨）。
オ（ア）Ｄ社は、１９８８年（昭和６３年）にシンガポールにおいてその前身会社が設立された原告の１００％子会社であって、Ｂ社やＣ社等から仕入れた原告ライセンス製品をＡＳＥＡＮ諸国の非関連者に販売しており、ＡＳＥＡＮ諸国市場の販売拠点となっている。Ｄ社は、マレーシアの日系企業（日本法人の現地子会社）２社等を主たる顧客としている。（前記前提事実（２）ウ、（３）ウ、甲８３、乙２７、２８、３１）
（イ）Ｄ社は、ＡＳＥＡＮ諸国や日系企業の顧客に対する営業、技術サポートの担当部門を有し、その活動を行っている（乙３０、３１）。
（２）基本三法と同等の方法の適用の可否
本件各更正処分の適法性に関する被告の主張は、原告がその国外関連者であるＢ社及びＣ社との間でした棚卸資産の販売又は購入以外の取引である本件国外関連取引につき、措置法６６条の４第２項１号ニに掲げる政令で定める方法である利益分割法（措置法施行令３９条の１２第８項）のうちの残余利益分割法と同等の方法を用いて独立企業間価格を算定し、措置法６６条の４第１項に基づき当該取引がその価格で行われたものとみなすものである。
棚卸資産の販売又は購入以外の取引に係る独立企業間価格の算定に当たり、政令で定める方法と同等の方法は、基本三法（独立価格比準法、再販売価格基準法、原価基準法）と同等の方法を用いることができない場合に限り用いることができるものであるから（措置法６６条の４第２項２号柱書の括弧書）、まず、本件国外関連取引に係る独立企業間価格の算定につき、基本三法と同等の方法を用いることができないと認められるか否かについて検討する。
ただし、平成１５年３月期及び平成１６年３月期の本件Ｃライセンス取引については、本件相互協議の合意が成立しており（前記前提事実（６）エ）、これにより合意された調整金額を国外移転所得額と扱うことについて当事者間にも争いがないから、上記取引については、以下の独立企業間価格の算定に係る検討の対象外である。
ア 独立価格比準法と同等の方法の適用の可否
（ア）比較対象取引の意義
基本三法のうち独立価格比準法とは、特殊の関係にない売手と買手が、国外関連取引に係る棚卸資産と同種の棚卸資産を当該国外関連取引と取引段階、取引数量その他が同様の状況の下で売買した取引の対価の額（当該同種の棚卸資産を当該国外関連取引と取引段階、取引数量その他に差異のある状況の下で売買した取引がある場合において、その差異により生じる対価の額の差を調整できるときは、その調整を行った後の対価の額を含む。）に相当する金額をもって当該国外関連取引の対価の額とする方法をいう（措置法６６条の４第２項１号イ）。
このように、独立価格比準法は「同種」の棚卸資産について「同様の状況」（取引段階等の差異により生じる対価の額の差を調整できる状況を含むものとする。以下同じ。）の下で行われた売買を比較対象取引とするものであるところ、本件国外関連取引は無形資産及び役務（以下「無形資産等」という。）を取引の対象とするものであるから、これについて独立価格比準法と同等の方法を適用するには、本件国外関連取引の対象と「同種」の無形資産等について、本件国外関連取引と「同様の状況」の下で行われた取引を比較対象取引とする必要があるというべきである。
そして、独立価格比準法及びこれと同等の方法は、比較対象取引の対価の額をもって国外関連取引の対価の額とみなすものであるから、比較対象取引が「同種」かつ「同様の状況」の下での取引といえるか否かは、対価の額に影響を及ぼす差異があるか否か（「同様の状況」については、更にその差異により生じる対価の額の差を調整できるか否か）という観点から検討するのが相当である。
（イ）独立企業間価格の算定の単位
本件国外関連取引に係る独立企業間価格の算定及び比較対象取引の特定の単位につき、原告は、本件国外関連取引については許諾製品ごとに個別取引があるから、その独立企業間価格は許諾製品ごとに別個に算定されるべきであるとして、許諾製品ごとにそれぞれ比較対象取引の存否を検討すべきである旨主張するのに対し、被告は、製品ごとの取引を単位とする独立企業間価格の算定は不適切である旨主張する。
そこで検討すると、原告グループが開発供給するめっきプロセスにおいては、一般に、前処理剤等を含む複数のめっき薬品がプロセスとして使用されることにより表面処理加工が完成することが多く（乙７１、７５、８０、８１）、単一のめっき薬品のみで表面処理加工の目的を達するとは限らない。また、めっき薬品は製品ごとに特徴があり、需要用途に応じて各特徴により製品の優位性を示すことができるケースが多いため、原告グループの営業戦略上、品揃えは重要な意味を有している（乙２８）。さらに、原告グループは、先端的めっき技術をトータルに提供する開発提案型企業を標榜し、めっき薬品の関発・販売のみならず、顧客に対して装置、制御システムに至るまでを一貫して提案・供給する体制をとっており（前記（１）ア）、顧客が考える表面処理に合うように相談に応じることを含め、めっきの出来上がりまでを顧客への提供の対象としている（乙２８）。その中で、原告は、表面処理技術の研究と開発を行うＬを有し、めっき薬品の開発だけでなく、めっき・表面処理技術の研究やシステム開発等を行っており（前記（１）ア）、例えば、Ｂ社の顧客においてめっき加工の工程に問題が生じた際には、Ｌの技術者をＢ社及びその顧客先に派遣し、技術サポートをするなどして（乙７６～７９、８２、９２）、原告グループがめっき加工の工程管理を含む顧客のニーズに対応するに当たって必要な技術やノウハウを提供している。
このようなめっき薬品の特徴や原告グループの事業内容等を前提とすれば、原告とその国外関連者との間の取引においては、原告から個別のめっき薬品についての製造ノウハウ等が示されるだけでは不十分であり、一定の品揃えを伴った複数のめっき薬品に関する製法、使用、管理等のノウハウが包括的に開示されるとともに、顧客先への対応に必要となる技術訓練や技術者の派遣等の役務提供が不可分一体のものとして行われる必要があるものと解される。本件国外関連取引についても、このようなパッケージとしての取引と見て初めて、その価値を適切に把握できるものというべきであり、これを許諾製品（めっき薬品）ごとに個別に分解して検討するのでは、その取引の価値を十分に把握することができないというべきである。
そうすると、本件国外関連取引について、許諾製品（めっき薬品）ごとに独立企業間価格を別個に算定するのは不適切であり、原告とＢ社及びＣ社との間では、複数のめっき製品に係る製造ノウハウ等の無形資産及び役務が一体として取引の対象となっているものと解して（すなわち、本件Ｂライセンス取引及び本件Ｃライセンス取引をそれぞれ一体の取引と解して）、その独立企業間価格を算定するのが相当であり、比較対象取引の存否もこれを前提に検討すべきである。
原告がその主張の根拠とする措置法通達６６の４（３）－１も、独立企業間価格の算定は個別の取引ごとに行うのを原則としつつ、例えば、生産用部品の販売取引と当該生産用部品に関する製造ノウハウの使用許諾取引等が一体として行われる取引のようにその独立企業間価格を一体として算定することが合理的であると認められる場合には、複数の取引を一の取引として独立企業間価格を算定することができるものとしており、上記解釈の考え方と軌を一にするものと解される。
（ウ）本件Ｂライセンス取引に係る比較対象取引の有無
原告は、韓国に本店を有する非関連者であるＥ社との間で行った本件Ｅライセンス取引及びタイに本店を有する非関連者であるＦ社との間で行った本件Ｆライセンス取引が比較対象取引になる旨主張するので、その当否を検討する。
ａ 本件Ｅライセンス取引について
（ａ）「同種」といえるか否か
本件Ｂライセンス取引につき、本件各事業年度において原告からＢ社に対する無形資産の使用許諾及び役務提供の対象とされていた製品は、Ｂ新契約書の下では本件製品一覧表の「Ｂ社」「新契約書」欄に記載のめっき薬品であるが、前記（１）ウ（イ）の各契約書の作成の経緯に照らせば、Ｂ旧契約書の下で取引されていた時期においても、これに明記されていた製品に限られるものではなく、Ｂ新契約書の作成時までには、本件製品一覧表の「Ｂ社」「新契約書」欄に記載のめっき薬品の全部又は大部分が無形資産の使用許諾及び役務提供の対象となっていたものと認められる。例えば、前記（１）ウ（ウ）のとおり、原告の無電解金めっき薬品であるＧ製品は、Ｂ旧契約書には記載されていないものの、平成１２年３月期中から、Ｂ社に対してその製造、使用等に関する無形資産の使用が許諾され、これに関する役務の提供がされていたものと認められる。
（この点に関し、原告は、Ｂ旧契約書の対象は同契約書に特定明記された５品目のみであり、これに関する取引のみが更正処分の対象となる旨主張する。
しかし、Ｂ旧契約書に明記されていない製品（既存製品）についても、原告とＢ社との間で実際に当該製品に係る無形資産の使用許諾及び役務提供が行われていた以上、これに伴う所得移転が生じ得るから、既存製品に係る取引を含めて独立企業間価格を算定し、その所得移転額について課税をするのが相当であり、このことは、Ｂ社が既存製品について原告に対してロイヤルティを支払っていたかどうかにかかわらない。すなわち、本件において独立企業間価格の算定の対象となる本件Ｂライセンス取引には、Ｂ旧契約書に明記されていない製品（既存製品）に係る取引も含まれるのであって、原告の上記主張には理由がない。）
これに対し、本件Ｅライセンス取引に係る無形資産の使用許諾及び役務提供の対象たる製品は、本件製品一覧表の「Ｅ社」の「旧契約書」又は「新契約書」欄及び別紙２－２Ｅ開示リストに記載のとおりである（同リストは、Ｅ新契約書の下で、原告からＥ社に対してロイヤルティの支払義務なしに製造ノウハウ等が開示されていた製品を列挙したものと解されるから、同リスト記載の製品も本件Ｅライセンス取引の対象に含まれるものということができる。）。
そこで、両取引に係る無形資産の使用許諾及び役務提供の対象たる製品の種類について比較すると、その一部について重なりはあるものの、本件Ｂライセンス取引の対象であるＧ製品が本件Ｅライセンス取引の対象とはされていないほか、Ｂ新契約書に記載されている製品シリーズでありながら本件Ｅライセンス取引の対象とされていないものも複数あるなど、明確な差異が存在する。前記（イ）のとおり、原告グループの営業戦略上、品揃えが重要な意味を有していることも考慮すれば、製品の種類に係るこのような差異は、これらを対象とする無形資産等の対価の額にも影響を及ぼすものというべきである。
また、製品の用途について比較すると、例えば、無電解ニッケルめっき薬品について、Ｂ社の生産製品はＰＷＢ（プリント配線板）関連用途のものが圧倒的に多く、汎用用途のものはわずかであるのに対し、Ｅ社の生産製品は汎用用途のものがＰＷＢ関連用途のものを上回っているなどの差異が存在する（乙２９）。前記（１）アのとおり、原告グループがめっき薬品の開発・販売のみならず、顧客に対して装置、制御システムに至るまでを一貫して提案・供給する体制をとっていることからすれば、同一の製品であっても、用途が異なれば、技術サポート等に必要な体制も異なってくるから、これを対象とする無形資産等の対価の額にも影響が及ぶものというべきである。
さらに、原告による役務提供について見ると、本件各事業年度における原告の従業員による技術支援等のための海外出張は、台湾を出張先とするものの回数が韓国を出張先とするものの回数を大きく上回る上（乙４７の１～５）、その台湾においてユーザー対応を含むＢ社への営業支援・技術支援が繰り返し行われており（乙７６～７９、８２、８３、９２）、本件Ｂライセンス取引と本件Ｅライセンス取引とでは、原告に求められる役務提供の頻度及び程度等に相当程度の差異があるものと認められる。
そうすると、本件Ｂライセンス取引と本件Ｅライセンス取引とでは、その取引の対象たる無形資産等が「同種」のものということはできない。
（ｂ）「同様の状況」の下での取引といえるか否か
本件Ｂライセンス取引と本件Ｅライセンス取引に係る状況を比較すると、次のとおり、その取引の対象たる無形資産等の対価の額に影響を及ぼす差異が存在する。そして、その影響を具体的に把握することは極めて困難であって、生じる対価の額の差を調整できるとはいえないから、両取引が「同様の状況」の下でされたものということはできない。
① そもそも、本件Ｂライセンス取引は、台湾の法人を相手方とする無形資産等の取引であるのに対し、本件Ｅライセンス取引は韓国の法人を相手方とするものである。
無形資産の使用許諾及び役務提供の対象たる製品の市場となる国・地域が異なれば、景気の状況は当然異なるし、同一製品でも販売価格に差異が生じ得るから（例えば、原告ライセンス製品であるめっき薬品の２００４年度（平成１６年度）における台湾市場での販売価格は、製品により韓国市場での販売価格の０．４倍ないし３．６倍（円換算）であり、大きな差異がある（乙４４）。）、上記のような製造・販売地域の違いは、当該製品に係る無形資産等の対価の額に影響を及ぼす事情といえる。
② 本件Ｂライセンス取引においては、Ｂ社に対して対象地域における独占的権利が付与されているが（なお、Ｂ旧契約書には、非独占的権利である旨の記載があるが、Ｂ新契約書においては独占的権利であると改められていること、Ｂ社は台湾における原告の唯一の国外関連者であること（乙２１の１～５）からすれば、Ｂ旧契約書の下でもＢ社に独占的権利が付与されていたものと解され、この点は原告も特に争うものではない。）、本件Ｅライセンス取引においてＥ社に付与されているのは非独占的権利である。このように無形資産の使用許諾が独占的なものであるか否かの違いは、その対価の額に影響を及ぼす事情というべきである。
③ 台湾のＰＷＢ（プリント配線板）用途のめっき薬品の市場において、Ｂライセンス製品は約●●％のシェア（２００３年（平成１５年））を占めているのに対し、韓国の同市場においては、本件Ｅライセンス取引に基づくＥ社の製品は約１４．６％のシェア（２００４年（平成１６年））を有するにすぎない（乙２９）。このような市場におけるシェアの違いは、当該製品の価格競争力や収益力に影響を及ぼし、ひいては当該製品に係る無形資産等の対価の額にも影響を及ぼす事情といえる。
（ｃ）小括
以上によれば、本件Ｅライセンス取引が本件Ｂライセンス取引の比較対象取引になるということはできない。
ｂ 本件Ｆライセンス取引について
（ａ）「同種」といえるか否か
本件Ｆライセンス取引に係る無形資産の使用許諾及び役務提供の対象たる製品は、本件製品一覧表の「Ｆ社」欄に記載のとおりであり、これを本件Ｂライセンス取引と比較すると、その一部について重なりはあるものの、本件Ｆライセンス取引では無電解金めっき薬品が対象とされていないなど、本件Ｅライセンス取引（前記ａ（ａ））よりも更に明確な差異が存在する。また、原告のＢ社に対する役務提供の状況は前記ａ（ａ）のとおりであるが、本件各事業年度において原告の従業員によるタイへの出張は１件のみしか認められない（乙４７の１～５）。
そうすると、本件Ｂライセンス取引と本件Ｆライセンス取引とでは、その取引の対象たる無形資産等が「同種」のものということはできない。
（ｂ）「同様の状況」の下での取引といえるか否か
本件Ｆライセンス取引は、タイの法人を相手方とする無形資産等の取引であること、同取引に基づくＦ社の製品がタイのめっき薬品の市場において高いシェアを有するものとはうかがわれないことなど、本件Ｂライセンス取引と比較して、その取引の状況につき、取引の対象たる無形資産等の対価の額に影響を及ぼす差異が存在し、これにより生じる対価の額の差を調整できるとはいえない。したがって、両取引が「同様の状況」の下でされたものということはできない。
（ｃ）小括
以上によれば、本件Ｆライセンス取引が本件Ｂライセンス取引の比較対象取引になるということはできない。
ｃ その他の取引について
原告はそのほかの内部比較対象取引の存在を主張するものではなく、また、本件Ｂライセンス取引は原告グループ特有の製品開発・供給体制（前記（１）ア）を前提とするものであり、外部比較対象取引が存在するとは考えられないから、結局、本件Ｂライセンス取引の比較対象取引は存在しないものというべきである。
（エ）本件Ｃライセンス取引に係る比較対象取引の有無
ａ 本件Ｅライセンス取引及び本件Ｆライセンス取引について
（ａ）「同種」といえるか否か
本件Ｃライセンス取引につき、本件各事業年度において原告からＣ社に対する無形資産の使用許諾及び役務提供の対象とされていた製品は、本件製品一覧表の「Ｃ社」の「旧契約書」又は「新契約書」欄に記載のめっき薬品である。なお、Ｃ旧契約書は２０００年（平成１２年）１２月１日付けで作成されたものであるが、前記（１）エ（イ）の事情に照らせば、同契約書作成前の平成１２年３月期及び平成１３年３月期においても、同契約書に記載のものと同様の取引が行われていたものと認められる。
これに対し、本件Ｅライセンス取引に係る無形資産の使用許諾及び役務提供の対象たる製品は、本件製品一覧表の「Ｅ社」の「旧契約書」又は「新契約書」欄及び別紙２－２Ｅ開示リストに、本件Ｆライセンス取引に係る無形資産の使用許諾及び役務提供の対象たる製品は、本件製品一覧表の「Ｆ社」欄に、それぞれ記載のとおりである。
そこで、本件Ｃライセンス取引と本件Ｅライセンス取引及び本件Ｆライセンス取引とで、その無形資産の使用許諾及び役務提供の対象たる製品の種類について比較すると、その一部について重なりはあるものの、本件Ｃライセンス取引の対象であるＭが他の取引の対象とされていないなど、明確な差異が存在する。このＭは、Ｎを基本としつつ、非磁性特性をより安定させたものであって、アルミハードディスクの下地無電解ニッケルめっきの用途のみで使用される製品であり、同用途の顧客は海外ではマレーシアの日系企業（日本法人の現地子会社）２社のみである（乙２８、３３）。
このように、本件Ｃライセンス取引と本件Ｅライセンス取引及び本件Ｆライセンス取引とでは、その無形資産の使用許諾及び役務提供の対象たる製品の種類及び用途に差異が存在し、その差異は、無形資産等の対価の額にも影響を及ぼすものというべきであるから（前記（ウ）ａ（ａ）参照）、各取引の対象たる無形資産等が「同種」のものということはできない。
（ｂ）「同様の状況」の下での取引といえるか否か
本件Ｃライセンス取引は、マレーシアの法人を相手方とする無形資産等の取引であり、独占的権利が付与されているのに対し、本件Ｅライセンス取引及び本件Ｆライセンス取引は、韓国又はタイの法人を相手方とするものであって、無形資産の使用許諾及び役務提供の対象たる製品の製造・販売地域が異なるし、Ｅ社に付与されているのは非独占的権利にとどまる。
このように、本件Ｃライセンス取引と本件Ｅライセンス取引及び本件Ｆライセンス取引とでは、その取引の状況につき、取引の対象たる無形資産等の対価の額に影響を及ぼす差異が存在し、これにより生じる対価の額の差を調整できるとはいえないから、各取引が「同様の状況」の下でされたものということはできない。
（ｃ）小括
以上によれば、本件Ｅライセンス取引又は本件Ｆライセンス取引が本件Ｃライセンス取引の比較対象取引になるということはできない。
ｂ その他の取引について
原告はそのほかの内部比較対象取引の存在を主張するものではなく、また、本件Ｃライセンス取引は原告グループ特有の製品開発・供給体制（前記（１）ア）を前提とするものであり、外部比較対象取引が存在するとは考えられないから、結局、本件Ｃライセンス取引の比較対象取引は存在しないものというべきである。
（オ）小括
以上のとおり、本件国外関連取引について、独立価格比準法と同等の方法を適用し得る比較対象取引は存在しないから、本件国外関連取引の独立企業間価格を独立価格比準法と同等の方法を用いて算定することはできないというべきである。
イ 再販売価格基準法と同等の方法の適用の可否
本件国外関連取引につき、取引の対象である無形資産等をＢ社又はＣ社が更に第三者に使用許諾又は堤供して対価を得ていたとは認められないから、再販売価格基準法と同等の方法を用いることはできない。
ウ 原価基準法と同等の方法の適用の可否
本件国外関連取引は、その対象がめっき薬品の製造ノウハウ等の無形資産及び役務であるという性質上、その取得原価を算定することは困難であるから（なお、当該無形資産等は、原告が対価を支払って第三者から使用許諾又は提供を受けたものではない。）、本件国外関連取引について原価基準法と同等の方法を用いることはできない。
エ 小括
以上によれば、本件国外関連取引に係る独立企業間価格の算定につき、基本三法と同等の方法を用いることはできないと認められるから、基本三法に準ずる方法その他政令で定める方法と同等の方法（措置法６６条の４第２項２号ロ）を用いることができるものというべきである。
（３）残余利益分割法と同等の方法の適用の可否
ア 措置法６６条の４第２項１号ニに規定する「政令で定める方法」とは、措置法施行令３９条の１２第８項に定める利益分割法を指し、具体的には、国外関連取引に係る棚卸資産の当該法人又は国外関連者による購入、製造、販売その他の行為に係る所得が、当該棚卸資産に係るこれらの行為のためにこれらの者が支出した費用の額、使用した固定資産の価額その他これらの者が当該所得の発生に寄与した程度を推測するに足りる要因に応じて当該法人及び当該国外関連者に帰属するものとして計算した金額をもって当該国外関連取引の対価の額とする方法をいう。この方法は、原則として、国外関連取引に係る棚卸資産の販売等により当該法人及び国外関連者に生じた営業利益の合計額（分割対象利益）を同項に規定する要因により分割する方法であり（措置法通達６６の４（４）－１参照）、その分割要因としては、人件費等の費用の額や投下資本の額等、これらの者が当該分割対象利益の発生に寄与した程度を推測するにふさわしいものが用いられるべきものと解される（措置法通達６６の４（４）－２参照）。
この利益分割法は、他の方法による独立企業間価格の算定が困難な場合においても、国外関連取引により生じた営業利益をその発生に寄与した程度を推測するに足りる要因に応じて当該法人及び国外関連者に分割することにより、独立企業間価格を算定し、関連者間の取引を通じた所得の国外移転に対して適正な課税を実現しようとするものであるところ、当該法人又は国外関連者が重要な無形資産を有しており、それによって生み出された利益がある場合には、その貢献による利益を適切に評価する必要があり、これを区分しないまま、典型的な分割要因である人件費等の費用の額や投下資本の額等を分割要因として分割対象利益を分割するのでは、重要な無形資産の貢献による利益が存在するにもかかわらず、その貢献度が分割対象利益の配分に適切に反映されないことになり、合理性を欠く。
そこで、措置法通達６６の４（４）－５は、利益分割法の適用に当たり、法人又は国外関連者が重要な無形資産を有する場合には、分割対象利益のうち重要な無形資産を有しない非関連者間取引において通常得られる利益に相当する金額を当該法人及び国外関連者それぞれに配分し、当該配分した金額の残額を当該法人又は国外関連者が有する当該重要な無形資産の価値に応じて、合理的に配分する方法、すなわち残余利益分割法により、独立企業間価格を算定することができる旨を定めている。この残余利益分割法は、第１段階として、非関連者間取引において通常得られる利益に相当する金額（基本的利益）を配分し、第２段階として、当該配分した金額の残額（残余利益）を重要な無形資産の価値に応じて配分することにより、重要な無形資産の貢献度を分割対象利益の配分に反映させるものであり、法人又は国外関連者が重要な無形資産を有する場合における利益分割法の適用方法として、合理性を有するものということができる。なお、平成２３年政令第１９９号による改正により、租税特別措置法施行令３９条の１２第８項１号ハにおいて、利益分割法の下位分類として残余利益分割法が規定されたが、同改正は、利益分割法の適用方法の一つとして残余利益分割法があることを確認的に定める趣旨のものと解される。
また、措置法通達６６の４（２）－３の（８）は、上記の無形資産の意義につき、著作権、法人税基本通達２０－１－２１に定める工業所有権等のほか、顧客リスト、販売網等の重要な価値のあるものをいう旨を定めており、これを受けて、平成１３年６月１日付査調７－１ほか３課共同「移転価格事務運営要領の制定について（事務運営指針）」（平成１８年３月２０日付査調７－２ほか３課共同による改正後のもの。乙１８）２－１１は、無形資産が法人又は国外関連者の所得にどの程度寄与しているかを検討するに当たっては、特許権、営業秘密等の技術革新に関する無形資産のみならず、例えば、企業の経営、営業、生産、研究開発、販売促進等の活動によって形成された、従業員等の能力、知識等の人的資源に関する無形資産並びにプロセス、ネットワーク等の組織に関する無形資産についてもその検討範囲に含め、これら所得の源泉となるものを総合的に勘案する旨を定めているところ、これらの定めの内容は、残余利益分割法を適用する際に考慮すべき無形資産の範囲に係る取扱いとして、合理性を有するものということができる。
イ 以上を前提に、本件国外関連取引に対する残余利益分割法と同等の方法の適用の可否について検討する。
前記（１）アのとおり、原告グループは、めっき薬品の開発・販売のみならず、顧客に対して装置、制御システムに至るまでを一貫して提案・供給する体制をとっており、めっき薬品自体の品質・性能とこのような供給体制とが相まって、台湾においてＢライセンス製品が圧倒的なシェアを占めているように、その製品の市場価値が高められているものと解される。これを本件国外関連取引について見ると、原告及びその国外関連者において原告ライセンス製品の製造、販売等により所得（利益）を得ているのは、①原告が、研究開発、海外支援体制の確立等の企業活動により、顧客のニーズに沿っためっき薬品を開発した上、国外関連者に対して当該めっき薬品の製造、販売等に関する技術情報やノウハウを提供するほか、国外関連者やその顧客に対する技術支援も行うことによって、原告ライセンス製品に対する信用を形成、保持及び発展させていること、並びに、②Ｂ社及びＤ社においても、原告からノウハウの提供や技術支援を受けながら、顧客に対する営業及び技術サポートを行うことで、台湾やＡＳＥＡＮ諸国において原告ライセンス製品を市場に浸透させて付加価値を創出し、その販売先となる顧客を開拓、維持していること（例えば、Ｂ社は、ユーザーに対する徹底的な技術サポートによって商品に付加価値をつけ（前記（１）ウ（エ））、Ｄ社も、日系企業に対する営業・技術サポートを行うことにより、当該日系企業をＣライセンス製品（Ｍ等）の販売先として確保するなどしている（前記（１）オ、（２）ア（エ）ａ（ａ））。）によるものということができる。このうち①は原告の、②はＢ社及びＤ社のそれぞれ重要な無形資産であって、これらの無形資産が総合的に活用されることにより、本件国外関連取引は事業成果を上げ、所得（利益）を生み出しているものといえる。
このように、本件国外関連取引については、原告及びその国外関連者が有する重要な無形資産が利益獲得に寄与していることからすれば、その独立企業間価格の算定には、基本的利益を配分した上で残余利益を重要な無形資産の価値に応じて配分する残余利益分割法と同等の方法を用いるのが合理的であるということができる。
ウ これに対し、原告は、本件国外関連取引について本件Ｅライセンス取引及び本件Ｆライセンス取引を比較対象取引とする独立価格比準法と同等の方法を適用することができないとしても、両取引を比較対象取引として、「同種」や「同様の状況」の要件を多少緩めた「独立価格比準法に準ずる方法と同等の方法」を適用すべきである旨主張する。
しかし、原告の上記主張は、結局、独立価格比準法と同等の方法を適用する上で比較対象取引に求められる「同種」や「同様の状況」の要件を緩和し、本来は比較対象取引とならない取引を比較対象として独立価格比準法と同等の方法を適用しようとするものであって、そのような方法により独立企業間価格を算定することが「独立価格比準法に準ずる方法と同等の方法」として許容されるのか、疑問があるといわざるを得ない。また、この点をさて措くとしても、前記（２）ア（ウ）及び（エ）のとおり、本件国外関連取引と本件Ｅライセンス取引及び本件Ｆライセンス取引との間には、取引の対象及び状況に相当程度の差異が存在することからすれば、本件Ｅライセンス取引又は本件Ｆライセンス取引を比較対象として本件国外関連取引の独立企業間価格を的確に算定する具体的な方法を見いだすことはできないから、本件国外関連取引について「独立価格比準法に準ずる方法と同等の方法」を適用することが合理的ということはできない。
したがって、原告の上記主張は採用できない。
エ そのほかにも、本件国外関連取引の独立企業間価格の算定方法として残余利益分割法と同等の方法以外に合理的な方法があるとはいえないから、本件国外関連取引については、残余利益分割法と同等の方法により独立企業間価格を算定するのが相当である。
３ 争点３（本件国外関連取引に係る独立企業間価格の算定）について
（１）分割対象利益の算定
ア 分割対象利益の算定対象取引
本件Ｂ取引及び本件Ｃ取引は、原告から無形資産の使用許諾及び役務提供を受けてＢ社又はＣ社が製造しためっき薬品（原告ライセンス製品）を、Ｂ社又はＤ社が非関連者に販売するというものであり（前記前提事実（２）ウ及び（３）ウ）、それぞれ原告ライセンス製品の製造、販売に係る一連の取引であって、当該取引全体として原告グループにおいて利益を得ているものといえるから、原告と国外関連者との間での所得移転の有無・程度は、当該一連の取引全体を対象として検討するのが相当である。したがって、本件国外関連取引に係る独立企業間価格を残余利益分割法と同等の方法により算定するに当たっては、Ｂ社及びＤ社の非関連者に対する販売行為を含む本件Ｂ取引及び本件Ｃ取引のそれぞれ全体を対象にして分割対象利益を算定し、これを３社間（本件Ｂ取引については、原告、Ｂ社及びＤ社。本件Ｃ取引については、原告、Ｃ社及びＤ社。）で分割することとするのが相当である。
イ 被告の主位的主張について
（ア）被告が主位的に主張する本件Ｂ取引及び本件Ｃ取引に係る分割対象利益の額及びその算定過程は、別表３－１及び３－２（別表６－１及び６－２の各「分割対象利益の計算」欄）に記載のとおりである。
これに対し、原告は、被告が本件Ｂ取引に係る分割対象利益の算定において計上したＢ社の売上高には、本件Ｂライセンス取引により製造されたＢライセンス製品の売上高だけでなく、Ｂ社が自社開発した製品の売上高や、Ｂ社が仕入販売しためっき薬品の売上高も含まれている旨主張する。
（イ）そこで、まずＢ社が自社開発した製品の売上高の混入の有無について検討する。
ａ 証拠（各掲記のもの）によれば、①２００４年（平成１６年）２月にＢ社に研究所が設立され、Ｌに所属していたＯがその所長として赴任したこと（乙３５、９５、９６）、②同年１２月３日から１４日にかけて原告本社に臨場して行われた税務調査において、原告の担当職員らは、税務調査担当者に対し、Ｂ社について、現状において研究開発機能は備えていない旨説明したこと（甲８３、乙１００）、③平成１７年２月１６日、Ｌ及び原告Ｐ工場に臨場した税務調査担当者が、Ｌの所長及び原告の経理部長等の原告の担当職員らから、Ｂ社の研究開発状況について聴取したところ、同職員らは、同社に２００４年（平成１６年）２月に研究所が設立された旨のほか、その設立以前のＢ社の研究開発グループについて、営業技術及び生産技術の研究開発機能を果たす一方、新製品の開発を全く行っておらず、既存の製品の改良を行う程度であった旨説明したこと（乙９５、１００）、④上記③の聴取の後、税務調査担当者が、原告に対し、上記説明の裏付け資料の提出を求めたところ、原告は、Ｂ社の研究所の所長として赴任したＯが平成１７年２月１９日付けで原告担当者宛てに送信した電子メールの写しを提出し、同メールには、２００３年（平成１５年）までのＢ社の研究部のメイン業務は顧客の技術フォローであり、正式に開発業務を始めたのは２００４年（平成１６年）以降である旨が記載されていたこと（乙９６、１００）が、それぞれ認められる。
以上のような原告自身の税務調査担当者に対する説明等の内容や、開発の開始から新製品の商品化・販売までには相当程度の期間を要すると解されることからすれば、別異の事実を認めるに足りる証拠がない限り、本件各事業年度（平成１６年３月３１日まで）において、Ｂ社が自社開発しためっき薬品が販売されたことはないものと認めるのが相当である。
ｂ この点につき、原告は、Ｂ社が本件各事業年度において自社開発製品を製造、販売していた根拠として、①原告は、平成１１年４月頃、Ｂ社が自社開発製品に原告の製品名に類似した製品名を付けて製造、販売している事実を知り、これを受けて、原告によるＢ社開発品のチェックシステムが構築されており、これに関連してＬの職員が作成した平成１２年１２月３日付け台湾出張報告書（乙７４）にも、Ｂ社による自社開発製品があったことが明確に示されていること、②上記チェックシステムの構築に対応して、Ｂ社では、自社開発製品について、これに対応する品番や区分を設けてコンピューターシステムに登録しており、同社作成の資料等（甲５６、６０～６２、８６の１・２、１０６等）によれば、その売上高がＢ社のめっき薬品の売上高全体の十数％を占めている月もあること、③Ｂ社は、外部から招へいした２人の顧問の下、研究テーマを設定して新製品を開発する計画と体制を整えており、従前から顧問の下で独自製品の開発を行っていたこと、④平成１２年３月期の原告の有価証券報告書（甲７７）には、Ｂ社では既に独自で製品開発を行えるまでに個々の能力が向上している旨の記載があることを主張する。
しかし、上記①につき、Ｌの職員が作成した平成１２年１２月３日付け台湾出張報告書（乙７４）を見ると、「ただ単に製品名を変更しているケースが多い」旨や、「Ｂ社で開発したとＢ社が言っている製品は原告が開示した製品を参考に開発した可能性もあり、Ｌ（Ｌ）において検討することとする」旨が記載されているところ、その後、前記ａのとおり、Ｌの所長等の原告の職員らが、税務調査担当者に対し、２００４年（平成１６年）２月以前のＢ社においては新製品の開発を全く行っておらず、既存の製品の改良を行う程度であった旨説明していることからすれば、原告においては、検討の結果、Ｂ社が自社開発製品と主張している製品は実際には自社開発製品には当たらないと判断していたものと解される。そして、原告がＢ社に対して製造ノウハウ等を開示した製品の一部に改変・改良を加えて製造されるなど、原告の製造ノウハウ等に由来して製造された製品は、本件Ｂライセンス取引に基づいて製造されたものといえるから、その製造販売は本件Ｂ取引に含まれるものというべきである。
また、上記②のＢ社による区分も、あくまでもＢ社が自社開発製品と考える製品を区分したものにとどまり、それだけでは、Ｂ社において原告が開示した製造ノウハウ等によらずに独自に開発した製品が客観的に存在したことが明らかになるものとはいえない。そして、原告がＢ社の自社開発製品の売上高を示すものと主張する「２００１年１月売上明細」（甲６２）において、「Ｂ開発品」として表示されている品目のうち、例えば、売上高の多い「Ｑ」及び「Ｒ」は、いずれも、原告がＢ社に対して製造ノウハウ等を開示した「Ｎ」シリーズの製品の一部に改変を加えて製造されたものであることが認められ（甲９６の１・２）、そのほかの品目についても、それがＢ社において原告が開示した製造ノウハウ等によらずに独自に開発したものであることを認めるに足りる的確な証拠はない。
さらに、上記③につき、Ｂ社の研究部研究課が２人の顧問と共に１９９９年（平成１１年）ないし２００３年（平成１５年）に新製品を開発した旨が記載された書面（甲１０２の１）は、本件訴訟係属中の平成２７年１１月３日に作成されたものであって（原告の同月３０日付け証拠説明書）、証明力に乏しいものといわざるを得ない。Ｌの職員が平成１４年１１月から平成１６年３月までの間に作成したＢ社への出張の報告書等（乙１１８～１２４）を見ても、Ｂ社において２００２年（平成１４年）に入社した技術顧問（Ｓ教授）の下で自社開発の試みがされていることなどが記載されているものの、平成１６年３月の段階でもＢ社の開発品について特許抵触の可能性の有無や商品化について討議した旨が記載されているなどしており、当該開発品が原告の開示した製造ノウハウ等によらずに独自に開発されたものかどうかはさて措いても、本件各事業年度内に当該顧問の下でＢ社が開発した製品が販売されるに至っていたものとまでは認められない。そのほか、Ｂ社が顧問らの下で自社製品の開発を行い、これを本件各事業年度内に販売するに至っていたことを認めるに足りる的確な証拠はない。
そして、上記④について、平成１２年３月期の原告の有価証券報告書（甲７７）には、原告が指摘する記載があるものの、それだけでは実際にＢ社が独自に製品を開発し、これを販売していたのかは不明であるし、その後の平成１３年４月期ないし平成１６年３月期の原告の各有価証券報告書（甲７８～８１）においては、Ｂ社について上記④のような趣旨の記載は見られず、むしろ、平成１４年３月期には「徐々に開発力のアップに努めており、近い将来には充分な研究開発が行える体制を目指しています」との記載も見られるところであるから（甲７９）、上記④の記載によって直ちにＢ社が独自に製品を開発、販売していたものと認めることはできない。
以上によれば、原告の上記①ないし④の主張を検討しても、本件各事業年度内においてＢ社が自社開発しためっき薬品が販売されたことはないとの前記ａの認定は覆されるものではなく、そのほかこれを覆すに足りる事実を認めるべき証拠はない。
ｃ なお、原告は、Ｂ社が自社開発製品に分類する製品については、Ｂ社からロイヤルティの支払を受けていない旨主張する。
しかし、原告が製造ノウハウ等を開示した製品の一部に改変を加えて製造された改良品につき、原告がロイヤルティの支払を受けていないとしても、それは当事者間の契約又は交渉上の問題にすぎず、原告の製造ノウハウ等の開示によって国外関連者に所得の移転が生じていることに変わりはないから、これらの製品の製造販売に係る営業利益を本件Ｂ取引に係る分割対象利益の算定対象から除外する理由はない。そして、当該製品の改良に係るＢ社の技術的貢献の程度は、当該製品に係る営業利益を分割対象利益に含めた上で、Ｂ社の研究開発費を分割要因として考慮することにより、独立企業間価格の算定に合理的に反映されるものということができる。
（ウ）次に、Ｂ社が仕入販売しためっき薬品の売上高の混入の有無について検討する。
ａ 被告が主位的に主張するＢ社の売上高は、専ら、原告が２００５年（平成１７年）４月２６日付けで作成して税務調査担当者に提出した、Ｂ社の財務データ（乙５２。以下「乙第５２号証のデータ」という。）及びこれを円換算したデータ（乙５３）に依拠したものである（別表３－１の②欄、別表６－１の番号６）。
ｂ 上記データに関し、被告は、税務調査担当者が、平成１７年３月９日、原告に対し、「Ａのノウハウ等で製造されたＣｈｅｍｉｃａｌ」と記載されたイメージ図（乙１００の別添１）を示した上で、Ｂ社について必要な財務データが、原告の無形資産を利用してＢ社で製造販売しためっき薬品の売上とこれに対応する原価や販売管理費等の費用であることを明確に伝えて、その提出を指示したところ、原告がこれに対応する財務データとして乙第５２号証のデータを作成し、同年４月２６日に提出したものであるから、これに仕入販売取引に係る財務データが含まれているとは考え難い旨主張する。これに対し、原告は、税務調査担当者は原告に対して単にＢ社のめっき薬品の売上損益が分かる資料の提出を要求したものであり、その際に上記イメージ図を示されたこともない旨主張する。
そこで検討すると、平成１７年３月９日に税務調査担当者が原告に対してした資料提出に係る指示の内容につき、当該税務調査担当者が作成した陳述書（乙１００）には被告の上記主張に沿う記載があるものの、ほかにこれを裏付ける客観的証拠はない。また、仮に被告が主張する内容の指示がされていたとしても、その内容に照らせば、口頭による指示だけで原告がその趣旨を正確に理解した上で乙第５２号証のデータを作成したとは、直ちに言い難い（当該税務調査担当者の陳述（乙１００）も、仕入販売に係るデータを除外すべきことを特に明示して指示した旨をいうものではない。また、同陳述によっても、上記イメージ図が同日の時点で原告に交付されていたかどうか明らかではなく、そのほか、上記イメージ図につき、乙第５２号証のデータの作成・提出後である同年４月２８日に原告担当者に手交される（乙１１０）まで、原告に交付されていたことを認めるに足りる証拠はない。）。被告は、単にＢ社の全売上のデータを提出するのであれば、上記のような作業期間（同年３月９日から同年４月２６日まで）を要するはずはない旨主張するが、めっき薬品に係るデータの切り出しや、Ｂ社と原告とで決算期が異なること（乙１００）に伴う数値の調整に時間を要したものとも考えられる。
そうすると、乙第５２号証のデータについて、その作成、提出の経緯だけでは、これに仕入販売取引に係る財務データが含まれていないものと直ちに認めることはできないというべきである。
ｃ そこで、更に検討すると、証拠（甲３３、７７～８１、甲８７～８９の各１・２、乙３５）によれば、Ｂ社は、本件各事業年度において、めっき薬品の製造販売だけではなく、めっき薬品の仕入販売も行っていたものと認められる（そのこと自体は被告も特に争うものではない。）。そして、①Ｂ社の損益計算書（甲８４の１・２、甲１０４）によれば、Ｂ社の売上高は、２００１年（平成１３年）（期間は１月１日から１２月３１日まで。本項（ｃの項）において以下同様とする。）に９億２１７５万６６８０台湾ドル、２００２年（平成１４年）に１４億３２８８万９７５８台湾ドル、２００３年（平成１５年）に１３億７８０６万６４４７台湾ドルであり（原告の法人税の確定申告書に添付された国外関連者に関する明細書においても、Ｂ社の上記各年の売上高は上記各金額と同額とされている（乙２１の３～５）。）、これらにはめっき薬品の仕入販売による売上高も含まれているものと解されるところ、乙第５２号証のデータにおいて、２００１年の売上高合計額が損益計算書上の同年の売上高とほぼ一致する９億２１７５万６６９２台湾ドルとされ（しかも、乙第５２号証のデータが基礎としたものと考えられる月次売上データ（甲５９）と照合すると、上記数値は９億２１７５万６６８０台湾ドルの誤記であると考えられる。）、２００２年及び２００３年の売上高合計額がいずれも損益計算書上の各同年の売上高と同一の額とされていることからすれば、乙第５２号証のデータ上の売上高もめっき薬品の仕入販売による売上高を含む趣旨のものとうかがわれること、②原告は、乙第５２号証のデータの提出に先立ち、税務調査担当者に対し、連結パッケージ等と題するＢ社の財務データ（甲８５の１、乙１０５及び１０６の各１～３）を提出していたところ（乙１００）、同データ上の２００１年ないし２００３年の各年の売上総計額（内訳として製品売上だけでなく商品売上等を含むことが明記されているもの）が乙第５２号証のデータ上の各同年の売上高合計額と一致し（ただし、２００１年については上記①と同様の誤差がある。）、かつ、上記各年の製品売上総計額がいずれも乙第５２号証のデータ上のめっき薬品の売上高（「小計①～④」）を下回っていることからしても、乙第５２号証のデータ上のめっき薬品の売上高は仕入販売（商品売上）による売上高を含む趣旨のものとうかがわれること（このうち、２００３年については、上記の各データ上、めっき薬品の売上高が製品売上総計額を上回る１２億０７５８万１５４２台湾ドルで一致していることからすれば、乙第５２号証のデータ上のめっき薬品の売上高が仕入販売（商品売上）による売上高を含む趣旨のものであることは明らかというべきである。）、③乙第５２号証のデータには、売上原価について「製造原価ではなく売上原価で記載」との注記がされており、この注記は、乙第５２号証のデータが製造販売に限らず仕入販売を含む売上全体を対象にしていることをいう趣旨とも解し得ることを考慮すれば、被告が主位的主張において依拠する乙第５２号証のデータについては、めっき薬品の仕入販売による売上高を含むものであるとの合理的な疑いがあるものといわざるを得ない。
ｄ そうすると、被告が主位的に主張するＢ社の売上高について、Ｂ社が仕入販売しためっき薬品の売上高を含まないものと認めることはできない。
本件Ｂ取引に係る分割対象利益の算定の基礎とすべきＢ社の売上高は、本件Ｂライセンス取引により製造されたＢライセンス製品（原告ライセンス製品）の売上高であり、Ｂ社が仕入販売しためっき薬品の売上高をこれに算入することはできないから、被告が主位的に主張するＢ社の売上高をもって、本件Ｂ取引に係る分割対象利益の算定の基礎とすべきＢ社の売上高と認めることはできないというべきである。
（エ）ここで、被告は、仮に乙第５２号証のデータにＢ社の仕入販売取引に係る財務データが含まれているとしても、その仕入販売取引につき営業利益は生じていない（営業損失が生じている）ところ、これを含めて分割対象利益を算定することにより、原告の所得移転額及び課税所得金額を減少させる方向に作用することはあっても、これらを増加させる方向に作用することはないし、そうでなくてもその影響額はわずかであるから、上記の瑕疵は本件各更正処分等の適法性に影響を与えるものではない旨主張する。
しかし、Ｂ社によるめっき薬品の仕入販売取引につき営業利益が生じていない旨の被告の主張は、当該仕入販売取引に係る販売管理費等についての推計を前提とするものであって、当該仕入販売取引について営業利益が生じていないことの立証がされているとは直ちに言い難い。また、仕入販売取引が混入している場合には、被告が国外移転所得額の計算中に使用している「乙５１割合」（本件Ｂ取引割合）及び「乙５３割合」（Ｂ社の売上高合計に対してＢ社の原告ライセンス製品の売上高が占める割合）（別表６－１、付表１、４）が本来よりも高い値ということになり、特に、「乙５１割合」は原告の分割要因の算定にも用いられているから、これらの値を用いた結果、原告に帰属する残余利益（ひいては国外移転所得額）が過大に算定されている可能性も否定できない。
そうすると、被告が主位的に主張するＢ社の売上高に仕入販売取引の売上高が含まれている可能性があるという瑕疵について、本件各更正処分等の適法性に影響を与えないものということはできない。
（オ）以上のとおり、被告の主位的主張は、本件Ｂ取引に係る分割対象利益の算定において計上されたＢ社の売上高に誤りがあり、これを前提として算定される分割対象利益や国外移転所得額を正当なものと認めることはできないから、同主張を本件各更正処分等の適法性の根拠として採用することはできない。
ウ 被告の予備的主張１について
（ア）被告が予備的主張１として主張する本件Ｂ取引及び本件Ｃ取引に係る分割対象利益の額及びその算定過程は、別表７－１及び７－２の各「分割対象利益の計算」欄に記載のとおりである。
この予備的主張１は、主位的主張と比較して、①本件Ｂ取引に係る分割対象利益の算定において計上するＢ社の売上高につき、乙第５２号証のデータには仕入販売取引に係るデータが混入している旨の原告の主張を踏まえ、仕入販売取引を除いた製造販売取引のみのデータを算定し直した上、他の算定過程にもこれに伴う修正を加える、②本件裁決において原告に有利となる修正及び変更がされた部分につき、これに沿った計算に修正する、③原告の営業利益（分割対象利益）を算定するに当たり、原告のロイヤルティ収入から当該ロイヤルティ収入を得るために要した費用（研究開発費）を控除するという各変更が加えられたものである。
（イ）前記（ア）①の点につき、被告は、原告が税務調査担当者に対して提出したＢ社の財務データ（乙１０５の１～３）上の「商品売上」の全額が原告ライセンス製品（本項（（イ）の項）においては、この略称を仕入販売されたものを含む趣旨で用いる。）に係る仕入販売取引の売上高であると解して、これを乙第５２号証のデータ上の原告ライセンス製品に係る売上高（「売上高」の「小計」欄の金額）から控除することにより、原告ライセンス製品の製造販売売上高を算出している（付表３の１～３欄）。上記算定方法は、原告が主張する仕入販売取引の売上高の存在を最大限に考慮したものであって、合理性を有するものということができる。
そして、上記財務データ（乙１０５の１～３）は平成１２年ないし平成１５年のそれぞれ１月１日から１２月３１日までの期間の数値であることから、被告は、上記算定方法によって当該各年分の製造製品売上割合を算出した上（付表３の番号５）、これを本件各事業年度におけるＢ社の原告ライセンス製品の売上高（乙第５２号証のデータの「売上高」の「小計」欄の金額）に乗じることにより（平成１２年３月期については平成１２年分の製造製品売上割合を、平成１３年３月期ないし平成１６年３月期についてはそれぞれ各事業年度の始期の属する年分の製造製品売上割合を乗じている。）、本件各事業年度におけるＢ社の原告ライセンス製品の製造販売売上高を算出している（別表７－１の７欄）。この点につき、原告は、売上高の期間とこれに乗じる製造製品売上割合の期間とが一致していないから、算出される数値には誤りがある旨主張するが、上記算定方法は、被告において現実的に入手し得る資料を前提に、可及的に合理性を担保したものといえ、是認することができる。
これに関連して、本件各事業年度におけるＢ社の原告ライセンス製品の製造販売に係る売上原価及び販管費についても、本件各事業年度におけるＢ社の原告ライセンス製品の売上原価及び販管費に、最も近接した年分の製造製品売上割合を乗じることによって算出しており（別表７－１の１０欄及び２４欄）、上記と同様に可及的に合理性を担保したものとして是認することができる。
（ウ）前記（ア）③の点について、利益分割法における分割対象利益は営業利益を対象とするものであり（前記（３）ア。措置法通達６６の４（４）－１参照）、営業利益は収入から費用を控除して算出されるものであるから、本件Ｂ取引及び本件Ｃ取引に係る原告の分割対象利益については、その収入であるＢ社及びＣ社からのロイヤルティ収入をそのまま計上するのではなく、当該収入から当該収入を得るために要した費用を控除して算定すべきである。したがって、被告が、予備的主張１において、原告の分割対象利益を算定するに当たり、原告のロイヤルティ収入から当該ロイヤルティ収入を得るために要した費用（研究開発費）を控除することとしているのは相当である。
そして、この原告のロイヤルティ収入から控除すべき研究開発費は、原告が支出した研究開発費の総額のうち、原告の研究開発活動が本件Ｂライセンス取引及び本件Ｃライセンス取引にそれぞれ寄与した割合に応じた金額とすべきであり（本件においては、両取引に係る原告の分割要因（両取引に貢献した原告の重要な無形資産の価値）と同額になる。）、これに従った被告の算定方法及び結果（別表７－１の４欄、別表７－２の２欄、付表２）は相当なものと認められる。
この点につき、原告は、①本件各事業年度に支出された研究開発費は将来製造を開始する新製品を開発するためのものであって、原告ライセンス製品の開発のために支出されたものではないし、②製品の開発期間と販売期間とは異なるため、１年間に支出された研究開発費は当該１年間のロイヤルティ収入に対応する費用ではなく、これらの点において被告の計算は誤っている旨主張する。しかし、研究開発費については、一般に、企業会計処理上、各期の総利益に期間的に対応する費用として発生時に費用処理するとの会計基準が採用されており、法人税に係る損金算入に関しても、原則として、収益との直接の対応関係が要求される原価（法人税法２２条３項１号）ではなく、期間対応の費用である一般管理費（同項２号）に当たるものであること（原告の研究開発費についても、製造原価に当たるような事情があるとはうかがわれず、一般管理費に当たるものと解される。）からすれば、本件Ｂ取引及び本件Ｃ取引に係る原告の営業利益（分割対象利益）の算定に当たっても、本件各事業年度のロイヤルティ収入から当該事業年度において支出された研究開発費を控除するのが相当であり、被告の主張する上記算定方法が期間対応の点において誤りがあるということはできない。
（エ）また、原告は、平成１２年３月期及び平成１３年３月期につき、Ｂ旧契約書に明記された５品目以外の製品（既存製品）については、従前からＢ社に対して製造ノウハウの開示と原料の販売を一体の取引として行っていたものであり、同契約書による取引対象ではないから、これを含めて独立企業間価格を算定することは誤りであるし、仮にこれを含めて独立企業間価格を算定するとしても、残余利益分割法と同等の方法の適用に当たり、当該一体の取引の対価である原料の売買代金の中に含まれている製造ノウハウの開示の対価部分の金額を分割対象利益に加算すべきであるにもかかわらず、被告は加算しておらず、この点においても被告の主張は計算を誤っている旨主張する。
しかし、Ｂ旧契約書に明記された製品でなくても、実際に原告からＢ社に対する製造ノウハウ等の無形資産の使用許諾及び役務提供の対象とされていたものは、本件において独立企業間価格の算定の対象となる本件Ｂライセンス取引の対象に含まれるというべきである（前記２（２）ア（ウ）ａ（ａ））。そして、平成１２年３月期及び平成１３年３月期において、既存製品に係る原料の売買代金の中に製造ノウハウの開示の対価が特に含まれていたことを示す的確な証拠はなく、むしろ、平成１４年３月期以降、原告の研究開発費の受益者であるＢ社に応分の負担を求めるという観点から、Ｂ新契約書が作成され、既存製品を含めて全品目を対象に一律のロイヤルティの支払がされるようになったという経緯（前記２（１）ウ（イ））や、その際に既存製品に係る原料の売買代金額の見直しがされていないこと（争いのない事実）に照らせば、平成１２年３月期及び平成１３年３月期において、原告は、Ｂ社から既存製品について製造ノウハウの開示の対価（ロイヤルティ）に相当する支払を特に受けていなかったものと認めるのが相当である。
したがって、原告の上記主張は採用できない。
（オ）さらに、原告は、被告の予備的主張１につき、Ｂ社は自社開発製品の製造販売取引をしていたのにこの点の修正をしていない点でも誤りがある旨主張するが、前記イ（イ）のとおり、原告の当該主張は採用できない。
（カ）そのほか、被告が予備的主張１として主張する本件Ｂ取引及び本件Ｃ取引に係る分割対象利益の算定過程は、事実的基礎及び合理性を有するものと認められるから、その主張する額の分割対象利益の存在を認めることができる。
（２）基本的利益及び残余利益の算定
被告が予備的主張１として主張する本件Ｂ取引及び本件Ｃ取引に係る基本的利益及び残余利益の額並びにその算定過程は、別表７－１及び７－２の各「基本的利益及び残余利益の計算」欄に記載のとおりである。すなわち、①原告の事業活動のほとんどが原告の重要な無形資産を使用して行われていることから、原告の基本的利益はないものとし、②Ｂ社、Ｃ社については、それぞれ台湾及びマレーシアの企業から比較対象企業を選定した上、比較対象企業の総費用に対する営業利益の割合の中位値を利益指標とし（別表７－１及び７－２の補足説明１）、両社の本件Ｂ取引又は本件Ｃ取引に係る総費用（ただし、重要な無形資産の影響を除くため、両取引の支払ロイヤルティの額及びＢ社については本件Ｂ取引に係る研究開発費の額を控除した金額）に上記利益指標を乗じて基本的利益を算出し、③Ｄ社については、ＡＳＥＡＮ諸国の企業から比較対象企業を選定した上、比較対象企業の売上高に対する営業利益の割合の中位値を利益指標とし（別表７－１及び７－２の補足説明２）、これをＤ社の売上高に乗じて基本的利益を算出し、④これらの基本的利益の額を分割対象利益の額（前記（１）ウ）から控除することにより、残余利益を算出したものである。
上記②、③の各利益指標は、証拠（甲３～７、乙６３～６７）に照らしいずれも相当なものと認められ、そのほか、被告が予備的主張１として主張する基本的利益の算定過程は、事実的基礎及び合理性を有するものと認められる。したがって、本件Ｂ取引及び本件Ｃ取引に係る基本的利益の額及びこれを分割対象利益から控除した後の残余利益の額について、被告が予備的主張１として主張するとおり認めることができる。
（３）残余利益の配分及び国外移転所得額の算定
被告が予備的主張１として主張する本件Ｂ取引及び本件Ｃ取引に係る原告に帰属する残余利益及び国外移転所得の額並びにその算定過程は、別表７－１及び７－２の各「分割要因」及び「本件Ｂ取引に係る国外移転所得額」又は「本件Ｃ取引に係る国外移転所得額」欄に記載のとおりである。すなわち、①残余利益を原告及び国外関連者それぞれが有する重要な無形資産の価値に応じて配分するという観点から、残余利益の配分の比率を、原告については、研究開発費のうち本件Ｂ取引又は本件Ｃ取引に関連して支出したと認められる部分（付表２）、Ｂ社については、研究開発費のうち本件Ｂ取引に関連して支出したと認められる部分、Ｄ社については、営業技術関連費用のうち本件Ｂ取引又は本件Ｃ取引に関連して支出したと認められる部分をそれぞれ基礎として算出し（なお、Ｃ社については、重要な無形資産を有するものとは認められない。）、②原告への配分の比率を本件Ｂ取引及び本件Ｃ取引に係る残余利益の額（前記（２））に乗じることにより、各取引について原告に帰属する残余利益の額を算定し、③これと各取引に係る原告の営業利益との差額をもって、各取引に係る国外移転所得額を算出したものである。
被告が主張する上記算定過程は、事実的基礎及び合理性を有するものと認められるから、本件Ｂ取引及び本件Ｃ取引について原告に帰属する残余利益の額及び国外移転所得額について、被告が予備的主張１として主張するとおり認めることができる。
（４）小括
以上のとおりであるから、①本件Ｂライセンス取引につき、独立企業間価格は別表７－１の７５欄（本件Ｂ取引について原告に帰属する残余利益の額）のとおり、原告から国外関連者に対する所得移転額は同７７欄のとおり、②本件Ｃライセンス取引につき、独立企業間価格は別表７－２の３６欄（本件Ｃ取引について原告に帰属する残余利益の額）のとおり、原告から国外関連者に対する所得移転額は同３８欄のとおり（なお、平成１５年３月期及び平成１６年３月期については、本件相互協議の合憲における調整金額のとおり）、③本件国外関連取引全体での原告から国外関連者に対する所得移転額は別表７－２の４１欄のとおり、それぞれ認めることができる。
４ 本件各更正処分等の適法性について
前記３（４）を前提に本件各事業年度の原告の所得金額及び納付すべき法人税額並びに過少申告加算税額を計算すると、別紙４予備的主張額の内訳（予備的主張１）のとおりとなり（弁論の全趣旨）、いずれも本件各更正処分等（ただし、本件減額更正処分等及び本件裁決による一部取消し後のもの）におけるこれらの金額を上回るから、本件各更正処分等（ただし、本件減額更正処分等及び本件裁決による一部取消し後のもの）は、いずれも適法である。
５ 結論
よって、原告の請求はいずれも理由がないから棄却することとして、主文のとおり判決する。東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官古田孝夫
裁判官貝阿彌亮
裁判官志村由貴
（別紙１）
関係法令等の定め
１ 租税特別措置法（平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下「措置法」という。なお、平成１２年３月期及び平成１３年３月期については平成１３年法律第７号による改正前のもの、平成１４年３月期については平成１４年法律第７９号による改正前のものが適用されるが、これらの改正は、いずれも本件に影響しない。）
（１）措置法６６条の４第１項は、法人が、昭和６１年４月１日以後に開始する各事業年度において、当該法人に係る国外関連者（外国法人で、当該法人との間にいずれか一方の法人が他方の法人の発行済株式の総数又は出資金額（当該他方の法人が有する自己の株式又は出資を除く。）の１００分の５０以上の株式の数又は出資の金額を直接又は間接に保有する関係その他の政令で定める特殊の関係（以下「特殊の関係」という。）のあるものをいう。以下同じ。）との間で資産の販売、資産の購入、役務の提供その他の取引を行った場合に、当該取引（以下「国外関連取引」という。）につき、当該法人が当該国外関連者から支払を受ける対価の額が独立企業間価格に満たないとき、又は当該法人が当該国外関連者に支払う対価の額が独立企業間価格を超えるときは、当該法人の当該事業年度の所得に係る法人税法その他法人税に関する法令の適用については、当該国外関連取引は、独立企業間価格で行われたものとみなす旨を定める。
（２）措置法６６条の４第２項は、同条１項に規定する独立企業間価格とは、国外関連取引が次の各号に掲げる取引のいずれに該当するかに応じ当該各号に定める方法により算定した金額をいう旨を定める。
１号棚卸資産の販売又は購入次に掲げる方法（ニに掲げる方法は、イからハまでに掲げる方法を用いることができない場合に限り、用いることができる。）
イ 独立価格比準法（特殊の関係にない売手と買手が、国外関連取引に係る棚卸資産と同種の棚卸資産を当該国外関連取引と取引段階、取引数量その他が同様の状況の下で売買した取引の対価の額（当該同種の棚卸資産を当該国外関連取引と取引段階、取引数量その他に差異のある状況の下で売買した取引がある場合において、その差異により生じる対価の額の差を調整できるときは、その調整を行った後の対価の額を含む。）に相当する金額をもって当該国外関連取引の対価の額とする方法をいう。）
ロ 再販売価格基準法（国外関連取引に係る棚卸資産の買手が特殊の関係にない者に対して当該棚卸資産を販売した対価の額から通常の利潤の額を控除して計算した金額をもって当該国外関連取引の対価の額とする方法をいう。）
ハ 原価基準法（国外関連取引に係る棚卸資産の売手の購入、製造その他の行為による取得の原価の額に通常の利潤の額を加算して計算した金額をもって当該国外関連取引の対価の額とする方法をいう。）
ニ イからハまでに掲げる方法に準ずる方法その他政令で定める方法
２号前号に掲げる取引以外の取引次に掲げる方法（ロに掲げる方法は、イに掲げる方法を用いることができない場合に限り、用いることができる。）
イ 前号イからハまでに掲げる方法と同等の方法
ロ 前号ニに掲げる方法と同等の方法
２ 租税特別措置法施行令（平成１６年政令第１０５号による改正前のもの。以下「措置法施行令」という。なお、平成１２年３月期及び平成１３年３月期については平成１３年政令第１４１号による改正前のもの、平成１４年３月期については平成１４年政令第２７１号による改正前のものが適用されるが、これらの改正は、いずれも本件に影響しない。）
措置法施行令３９条の１２第８項は、措置法６６条の４第２項１号ニに規定する政令で定める方法は、国外関連取引に係る棚卸資産の同条１項の法人又は当該法人に係る同項に規定する国外関連者による購入、製造、販売その他の行為に係る所得が、当該棚卸資産に係るこれらの行為のためにこれらの者が支出した費用の額、使用した固定資産の価額その他これらの者が当該所得の発生に寄与した程度を推測するに足りる要因に応じて当該法人及び当該国外関連者に帰属するものとして計算した金額をもって当該国外関連取引の対価の額とする方法とする旨を定める。
３ 租税特別措置法関係通達（法人税編）（平成１６年課法２－１４による改正前のもの。以下「措置法通達」という。乙１４及び弁論の全趣旨）
（１）措置法通達６６の４（３）－１（取引単位）は、独立企業間価格の算定は、原則として、個別の取引ごとに行うものであるが、例えば、国外関連取引について、同一の製品グループに属する取引、同一の事業セグメントに属する取引等を考慮して価格設定が行われており、独立企業間価格についてもこれらの単位で算定することが合理的であると認められる場合や、生産用部品の販売取引と当該生産用部品に係る製造ノウハウの使用許諾取引等が一体として行われており、独立企業間価格についても一体として算定することが合理的であると認められる場合には、これらの取引を一の取引として独立企業間価格を算定することができる旨を定める。
（２）措置法通達６６の４（４）－１（利益分割法の意義）は、措置法施行令３９条の１２第８項に規定する方法（以下「利益分割法」という。）は、原則として、国外関連取引に係る棚卸資産の販売等により法人及び国外関連者に生じた営業利益の合計額（以下「分割対象利益」という。）を同項に規定する要因により分割する方法をいうことに留意する旨を定める。
（３）措置法通達６６の４（４）－２（分割要因）は、利益分割法の適用に当たり、分割対象利益の配分に用いる要因は、国外関連取引の内容に応じ法人又は国外関連者が支出した人件費等の費用の額、投下資本の額等これらの者が当該分割対象利益の発生に寄与した程度を推測するにふさわしいものを用いることに留意する旨を定める。
（４）措置法通達６６の４（４）－５（残余利益分割法）は、利益分割法の適用に当たり、法人又は国外関連者が重要な無形資産を有する場合には、分割対象利益のうち重要な無形資産を有しない非関連者間取引において通常得られる利益に相当する金額を当該法人及び国外関連者それぞれに配分し、当該配分した金額の残額を当該法人又は国外関連者が有する当該重要な無形資産の価値に応じて、合理的に配分する方法により独立企業間価格を算定することができる旨を定め、その注書において、当該重要な無形資産の価値による配分を当該重要な無形資産の開発のために支出した費用等の額により行っている場合には、合理的な配分として、これを認める旨を定める。
そして、この無形資産の意義につき、措置法通達６６の４（２）－３の（８）は、著作権、法人税基本通達２０－１－２１に定める工業所有権等のほか、顧客リスト、販売網等の重要な価値のあるものをいう旨を定める。
なお、法人税基本通達２０－１－２１に定める工業所有権等とは、特許権、実用新案権、意匠権、商標権の工業所有権及びその実施権等のほか、これらの権利の目的にはなっていないが、生産その他業務に関し繰り返し使用し得るまでに形成された創作、すなわち、特別の原料、処方、機械、器具、工程によるなど独自の考案又は方法を用いた生産についての方式、これに準ずる秘けつ、秘伝その他特別に技術的価値を有する知識及び意匠等をいい、ノウハウはもちろん、機械、設備等の設計及び図面等に化体された生産方式、デザインもこれに含まれるものとされている。以上
別紙２－１及び別紙２－２、別表３－１及び別表３－２、別表４－１及び別表４－２、別表５－１及び別表５－２、別表６－１及び別表６－２、別表７－１及び別表７－２、別表８－１及び別表８－２、付表１から付表４まで省略
（別紙３）
主位的主張額の内訳
【単位：円】
事業年度
項目
平成12年3月期
平成13年3月期
平成14年3月期
平成15年3月期
平成16年3月期
申告所得金額
①
1,541,074,493
1,804,199,372
1,291,640,717
1,360,398,814
1,905,106,473
国外関連者に対する
所得移転額（③＋④）
②
325,070,061
523,854,882
478,738,219
535,251,753
453,640,280
本件Ｂライセンス取引に係
る所得移転額
③
241,008,129
365,961,775
342,479,728
493,251,753
403,640,280
加算
本件Ｃライセンス取引に係
る所得移転額
④
84,061,932
157,893,107
136,258,491
42,000,000
50,000,000
減算
事業税の損金算入額
⑤
31,024,700
45,815,200
39,528,200
44,568,000
所得金額
（①＋②－⑤）
⑥
1,866,144,554
2,297,029,554
1,724,563,736
1,856,122,367
2,314,178,753
課税所得金額
（千円未満の端数切捨て）
⑦
1,866,144,000
2,297,029,000
1,724,563,000
1,856,122,000
2,314,178,000
課税所得金額に対する法人税額
⑧
559,843,200
689,108,700
517,368,900
556,836,600
694,253,400
法人税額から控除される
所得税額等の額
⑨
27,867,973
60,886,243
98,871,855
201,925,029
217,582,850
納付すべき法人税額
（⑧－⑨、百円未満の端数切捨て）
⑩
531,975,200
628,222,400
418,497,000
354,911,500
476,670,500
既に納付の確定した法人税額
⑪
434,454,200
480,373,400
288,620,100
240,231,500
353,948,900
差引納付すべき法人税額
（⑩－⑪）
⑫
97,521,000
147,849,000
129,876,900
114,680,000
122,721,600
主位的主張に基づき
納付すべき法人税額
⑬
97,521,000
147,849,000
129,876,900
114,680,000
122,721,600
申告税額に達するまでの部分に
対応する税額
⑭
13,242,900
過少申告加算税対象額
（⑬－⑭の１万円未満の端数切捨て）
⑮
84,270,000
147,840,000
129,870,000
114,680,000
122,720,000
過少申告加算税額
（⑮×10％）
⑯
8,427,000
14,784,000
12,987,000
11,468,000
12,272,000
（別紙４）
予備的主張額の内訳（予備的主張１）
【単位：円】
事業年度
項目
平成12年3月期
平成13年3月期
平成14年3月期
平成15年3月期
平成16年3月期
申告所得金額
①
1,541,074,493
1,804,199,372
1,291,640,717
1,360,398,814
1,905,106,473
国外関連者に対する
所得移転額（③＋④）
②
327,125,427
518,676,788
506,381,773
541,660,607
498,928,288
本件Ｂライセンス取引に係
る所得移転額
③
228,752,461
340,023,800
349,613,781
499,660,607
448,928,288
加算
本件Ｃライセンス取引に係
る所得移転額
④
98,372,966
178,652,988
156,767,992
42,000,000
50,000,000
減算
事業税の損金算入額
⑤
31,024,700
45,815,200
39,528,200
44,568,000
所得金額
（①＋②－⑤）
⑥
1,868,199,920
2,291,851,460
1,752,207,290
1,862,531,221
2,359,466,761
課税所得金額
（千円未満の端数切捨て）
⑦
1,868,199,000
2,291,851,000
1,752,207,000
1,862,531,000
2,359,466,000
課税所得金額に対する法人税額
⑧
560,459,700
687,555,300
525,662,100
558,759,300
707,839,800
法人税額から控除される
所得税額等の額
⑨
27,867,973
60,886,243
98,871,855
201,925,029
217,582,850
納付すべき法人税額
（⑧－⑨、百円未満の端数切捨て）
⑩
532,591,700
626,669,000
426,790,200
356,834,200
490,256,900
既に納付の確定した法人税額
⑪
434,454,200
480,373,400
288,620,100
240,231,500
353,948,900
差引納付すべき法人税額
（⑩－⑪）
⑫
98,137,500
146,295,600
138,170,100
116,602,700
136,308,000
予備的主張１に基づき
納付すべき法人税額
⑬
98,137,500
146,295,600
138,170,100
116,602,700
136,308,000
申告税額に達するまでの部分に
対応する税額
⑭
13,242,900
過少申告加算税対象額
（⑬－⑭の１万円未満の端数切捨て）
⑮
84,890,000
146,290,000
138,170,000
116,600,000
136,300,000
過少申告加算税額
（⑮×10％）
⑯
8,489,000
14,629,000
13,817,000
11,660,000
13,630,000
（別紙５）
予備的主張額の内訳（予備的主張２）
【単位：円】
事業年度
項目
平成12年3月期
平成13年3月期
平成14年3月期
平成15年3月期
平成16年3月期
申告所得金額
①
1,541,074,493
1,804,199,372
1,291,640,717
1,360,398,814
1,905,106,473
国外関連者に対する
所得移転額（③＋④）
②
246,766,006
395,789,440
357,689,104
411,391,127
364,052,256
本件Ｂライセンス取引に係
る所得移転額
③
163,175,484
240,234,933
226,008,903
369,391,127
314,052,256
加算
本件Ｃライセンス取引に係
る所得移転額
④
83,590,522
155,554,507
131,680,201
42,000,000
50,000,000
減算
事業税の損金算入額
⑤
23,689,500
35,721,500
30,908,800
36,526,200
所得金額
（①＋②－⑤）
⑥
1,787,840,499
2,176,299,312
1,613,608,321
1,740,881,141
2,232,632,529
課税所得金額
（千円未満の端数切捨て）
⑦
1,787,840,000
2,176,299,000
1,613,608,000
1,740,881,000
2,232,632,000
課税所得金額に対する法人税額
⑧
536,352,000
652,889,700
484,082,400
522,264,300
669,789,600
法人税額から控除される
所得税額等の額
⑨
27,867,973
60,886,243
98,871,855
201,925,029
217,582,850
納付すべき法人税額
（⑧－⑨、百円未満の端数切捨て）
⑩
508,484,000
592,003,400
385,210,500
320,339,200
452,206,700
既に納付の確定した法人税額
⑪
434,454,200
480,373,400
288,620,100
240,231,500
353,948,900
差引納付すべき法人税額
（⑩－⑪）
⑫
74,029,800
111,630,000
96,590,400
80,107,700
98,257,800
予備的主張２に基づき
納付すべき法人税額
⑬
74,029,800
111,630,000
96,590,400
80,107,700
98,257,800
申告税額に達するまでの部分に
対応する税額
⑭
13,242,900
過少申告加算税対象額
（⑬－⑭の１万円未満の端数切捨て）
⑮
60,780,000
111,630,000
96,590,000
80,100,000
98,250,000
過少申告加算税額
（⑮×10％）
⑯
6,078,000
11,163,000
9,659,000
8,010,000
9,825,000
課税の経緯
別表１－１
平成１２年３月期
（単位：円）
区分
年月日
Ａ所得金額
Ｂ納付すべき税額
Ｃ過少申告
加算税
確定申告
①
平成12年６月29日
1,585,217,140
447,697,100
－
減額更正処分
②
平成13年５月30日
1,541,074,493
434,454,200
－
更正処分等
③
平成18年３月30日
1,866,085,004
531,957,500
8,426,000
異議申立て
④
平成18年５月26日
全部取消し
異議決定
⑤
平成22年12月17日
棄却
審査請求
⑥
平成23年１月14日
全部取消し
審査裁決
⑦
平成24年11月８日
1,864,249,411
531,406,700
8,370,000
別表１－２
平成１３年３月期
（単位：円）
区分
年月日
Ａ所得金額
Ｂ納付すべき税額
Ｃ過少申告
加算税
確定申告
①
平成13年６月29日
1,806,493,465
474,446,300
－
修正申告
②
平成15年６月２日
1,804,199,372
480,373,400
－
賦課決定処分
③
平成15年６月26日
－－
592,000
更正処分等
④
平成18年３月30日
2,296,824,783
628,160,900
14,778,000
異議申立て
⑤
平成18年５月26日
全部取消し
異議決定
⑥
平成22年12月17日
棄却
審査請求
⑦
平成23年１月14日
全部取消し
審査裁決
⑧
平成24年11月８日
2,281,442,214
623,546,300
14,317,000
別表１－３
平成１４年３月期
（単位：円）
区分
年月日
Ａ所得金額
Ｂ納付すべき税額
Ｃ過少申告
加算税
確定申告
①
平成14年６月28日
1,285,968,864
286,918,500
－
修正申告
②
平成15年６月２日
1,291,640,717
288,620,100
－
賦課決定処分
③
平成15年６月26日
－－
170,000
更正処分等
④
平成18年３月30日
1,723,069,285
418,048,800
12,942,000
異議申立て
⑤
平成18年５月26日
全部取消し
異議決定
⑥
平成22年12月17日
棄却
審査請求
⑦
平成23年１月14日
全部取消し
審査裁決
⑧
平成24年11月８日
1,703,394,165
412,146,300
12,352,000
別表１－４
平成１５年３月期
（単位：円）
区分
年月日
Ａ所得金額
Ｂ納付すべき税額
Ｃ過少申告
加算税
確定申告
①
平成15年６月27日
1,382,723,832
231,154,100
－
修正申告
②
平成16年３月５日
1,360,398,814
240,231,500
－
更正処分等
③
平成18年３月30日
1,890,998,866
365,374,300
12,514,000
異議申立て
④
平成18年５月26日
全部取消し
減額更正処分等
（相互協議）
⑤
平成22年１月28日
1,854,192,381
354,332,500
11,410,000
異議決定
⑥
平成22年12月17日
棄却
審査請求
⑦
平成23年１月14日
全部取消し
審査裁決
⑧
平成24年11月８日
1,824,649,378
345,469,600
10,523,000
別表１－５
平成１６年３月期
（単位：円）
区分
年月日
Ａ所得金額
Ｂ納付すべき税額
Ｃ過少申告
加算税
確定申告
①
平成16年６月30日
1,905,106,473
353,948,900
－
更正処分等
②
平成18年３月30日
2,386,785,554
498,452,600
14,450,000
異議申立て
③
平成18年５月26日
全部取消し
減額更正処分等
（相互協議）
④
平成22年１月28日
2,308,194,535
474,875,300
12,092,000
異議決定
⑤
平成22年12月17日
棄却
審査請求
⑥
平成23年１月14日
全部取消し
審査裁決
⑦
平成24年11月８日
2,281,066,894
466,736,900
11,278,000
原告の請求の基礎とすべき額
別表２－１
平成１５年３月期
（単位：円）
①
申告所得金額
1,360,398,814
②
相互協議で合意した調整金額
42,000,000
所得金額
③
請求の基礎とすべき所得金額
1,402,398,814
④
課税対象所得金額（③の千円未満の端数切捨て）
1,402,398,000
⑤
課税対象所得金額に対する法人税額（④×30％）
420,719,400
⑥
所得税額控除
646,502
⑦
外国税額控除
177,460,416
⑧
差引金額（⑤－⑥－⑦）
242,612,482
法人税額
⑨
納付すべき法人税額（⑧の百円未満の端数切捨て）
242,612,400
⑩
申告法人税額
240,231,500
⑪
増加する法人税額（⑨－⑩）
2,380,900
⑫
加算税の課税標準（⑪の万円未満の端数切捨て）
2,380,000
加算税
⑬
過少申告加算税（⑫×10％）
238,000
別表２－２
平成１６年３月期
（単位：円）
①
申告所得金額
1,905,106,473
②
相互協議で合意した調整金額
50,000,000
③
事業税の損金算入
△4,032,000
所得金額
④
請求の基礎とすべき所得金額
1,951,074,473
⑤
課税対象所得金額（④の千円未満の端数切捨て）
1,951,074,000
⑥
課税対象所得金額に対する法人税額（⑤×30％）
585,322,200
⑦
法人税額の特別控除額
82,582,987
⑧
所得税額控除
1,098,660
⑨
外国税額控除
133,901,203
⑩
差引金額（⑥－⑦－⑧－⑨）
367,739,350
法人税額
⑪
納付すべき法人税額（⑩の百円未満の端数切捨て）
367,739,300
⑫
申告法人税額
353,948,900
⑬
増加する法人税額（⑪－⑫）
13,790,400
⑭
加算税の課税標準（⑬の万円未満の端数切捨て）
13,790,000
加算税
⑮
過少申告加算税（⑭×10％）
1,379,000
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/88309/detail5/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。
出典：「訟務重要判例集データベース」（法務省）（https://shoumudatabasep.moj.go.jp/hanreiSearch/HanreiSearch）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。訟務月報65巻12号1665頁。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2017/pdf/13090.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。