税務訴訟資料第２７０号－３４（順号１３３９４）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（東税務署長）
令和２年３月１１日一部認容・棄却・控訴
判決
原告Ｅ株式会社
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士太田洋
弘中聡浩
伊藤剛志
廣田雄一郎
野田昌毅
若林元伸
河野良介
園浦卓
木野博徳
同訴訟復代理人弁護士佐藤英典
沖野文俊
被告国
同代表者法務大臣三好雅子
処分行政庁東税務署長
木匠正
同訴訟代理人弁護士島崎伸夫
同指定代理人㑨木泰治
田口敏也
松隅日出海
横田美代子
諸岡慎介
角木渉
渋川佐紀子
石田嘉男
表内武司
岡本和宏
松瀬明
中島佳孝
上之原誠
主文
１ 東税務署長が原告に対し平成２６年９月１１日付けでした原告の平成２４年４月１日から平成２５年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分（ただし、平成２７年１月２７日付け更正処分による減額後のもの）のうち、所得金額がマイナス３８１億１４１３万８１０５円を超え、翌期へ繰り越す欠損金額が３８１億１４１３万８１０５円を下回り、納付すべき税額がマイナス２億０４９８万７８５６円を超える部分及び同法人税に係る過少申告加算税の賦課決定処分（ただし、同日付け変更決定処分による減額後のもの）のうち、過少申告加算税の額が１９万１０００円を超える部分をいずれも取り消す。
２ 東税務署長が原告に対し平成２６年９月１１日付けでした原告の平成２４年４月１日から平成２５年３月３１日までの課税事業年度の復興特別法人税の更正処分（ただし、平成２７年１月２７日付け更正処分による減額後のもの）のうち、納付すべき税額がマイナス７１万７８４５円を超える部分及び同復興特別法人税に係る過少申告加算税の賦課決定処分（ただし、同日付け変更決定処分による減額後のもの）をいずれも取り消す。
３ 東税務署長が原告に対し平成２７年１月２７日付けでした原告の平成２５年４月１日から平成２６年３月３１日までの事業年度の法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分を取り消す。
４ 東税務署長が原告に対し平成２７年１月２７日付けでした原告の平成２５年４月１日から平成２６年３月３１日までの課税事業年度の復興特別法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分を取り消す。
５ 原告のその余の請求を棄却する。
６ 訴訟費用は被告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 東税務署長が原告に対し平成２６年９月１１日付けでした原告の平成２４年４月１日から平成２５年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分（ただし、平成２７年１月２７日付け更正処分による減額後のもの）のうち、所得金額がマイナス３８１億１４１３万８１０５円を超え、翌期へ繰り越す欠損金額が３８１億１４１３万８１０５円を下回り、納付すべき税額がマイナス２億０４９８万７８５６円を超える部分及び同法人税に係る過少申告加算税の賦課決定処分（ただし、同日付け変更決定処分による減額後のもの）をいずれも取り消す。
２ 主文第２項から第４項までと同旨
第２ 事案の概要（以下、別紙１記載の略称も用いる。）
内国法人である原告は、米国法人との間で、医薬品用化合物の共同開発等を行うジョイントベンチャー（以下「本件ＪＶ」という。）を形成する契約を締結し、同契約に基づき、英国領ケイマン諸島（以下「ケイマン」という。）において、特例有限責任パートナーシップであるＦを設立し、そのパートナーシップ持分を保有していたが、その後の本件ＪＶの枠組みの変更に際し、平成２４年１０月３１日、上記Ｆのパートナーシップ持分全部を原告の英国完全子会社に対し、現物出資（以下「本件現物出資」という。）により移転した。
原告は、本件現物出資が法人税法（平成２８年法律第１５号による改正前のもの。以下同じ。）２条１２号の１４に規定する適格現物出資に該当し、同法６２条の４第１項の規定によりその譲渡益の計上が繰り延べられるとして、平成２４年４月１日から平成２５年３月３１日までの事業年度及び課税事業年度（以下「平成２５年３月期」という。）の法人税及び復興特別法人税（以下「法人税等」という。）につき確定申告をし、同確定申告に係る繰越欠損金の額を前提として、平成２５年４月１から平成２６年３月３１日までの事業年度及び課税事業年度（以下「平成２６年３月期」という。）の法人税等につき確定申告をしたところ、東税務署長から本件現物出資が適格現物出資に該当しないことなどを理由に平成２５年３月期の法人税等につき各更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分を受けたため、平成２６年３月期の法人税等について、上記各更正処分による繰越欠損金の額の減少等を前提に修正申告をした上で更正の請求をしたが、東税務署長から更正をすべき理由がない旨の各通知処分を受けた。
本件は、原告が、本件現物出資は、法人税法施行令（平成２８年政令第１４６号による改正前のもの。以下「施行令」という。）４条の３第９項に規定する「国内にある事業所に属する資産」を外国法人に移転するものではなく、適格現物出資に該当すると主張して、上記各更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分（ただし、その後の更正処分及び変更決定処分による減額後のもの。以下「本件各更正処分等」という。）並びに上記各通知処分（以下「本件各通知処分」といい、本件各更正処分等と併せて「本件各処分」という。）の各取消し（各更正処分については、本件現物出資が適格現物出資に該当するとの原告の主張に反する部分の取消し）を求める事案である。
１ 関係法令等の定め
（１）法人税法の定め
ア 法人税法２条１２号の１４は、適格現物出資とは、同号イ～ハのいずれかに該当する現物出資（外国法人に国内にある資産又は負債として政令で定める資産又は負債の移転を行うもの及び外国法人が内国法人に国外にある資産又は負債として政令で定める資産又は負債の移転を行うもの等を除き、現物出資法人に被現物出資法人の株式のみが交付されるものに限る。）をいう旨を定め、同号イにおいて、その現物出資に係る現物出資法人と被現物出資法人との間にいずれかの一方の法人による完全支配関係その他の政令で定める関係がある場合の当該現物出資を掲げる。
イ 法人税法６２条の４第１項は、内国法人が適格現物出資により被現物出資法人にその有する資産の移転をし、又はこれと併せてその有する負債の移転をしたときは、当該被現物出資法人に当該移転をした資産及び負債の当該適格現物出資の直前の帳簿価額による譲渡をしたものとして、当該内国法人の各事業年度の所得の金額を計算する旨を定める。
（２）施行令の定め
ア 施行令４条の３第９項は、法人税法２条１２項の１４に規定する国内にある資産又は負債として政令で定める資産又は負債は、国内にある不動産、国内にある不動産の上に存する権利、鉱業法の規定による鉱業権及び採石法の規定による採石権その他国内にある事業所に属する資産（外国法人の発行済株式等の総数の１００分の２５以上の数の株式を有する場合におけるその外国法人の株式を除く。なお、この「株式」には「出資」が含まれる〔施行令４条の３第４項５号〕。）又は負債とし、法人税法２条１２号の１４に規定する国外にある資産又は負債として政令で定める資産又は負債は、国外にある事業所に属する資産（国内にある不動産、国内にある不動産の上に存する権利、鉱業法の規定による鉱業権及び採石法の規定による採石権を除く。）又は負債とする旨を定める。
イ 施行令４条の３第１０項１号は、法人税法２条１２号の１４イに規定する政令で定める関係として、現物出資前に当該現物出資に係る現物出資法人と被現物出資法人との間にいずれか一方の法人による完全支配関係があり、かつ、当該現物出資後に当該現物出資法人と被現物出資法人との間に当該完全支配関係が継続することが見込まれている場合における当該現物出資法人と被現物出資法人との間の関係を掲げる（３）法人税基本通達（平成２９年課法２－１７による改正前のもの。以下同じ。）の定め法人税基本通達１－４－１２は、施行令４条の３第９項に規定する「国内にある事業所に属する資産又は負債」に該当するかどうかは、原則として、当該資産又は負債が国内にある事業所又は国外にある事業所のいずれの事業所の帳簿に記帳されているかにより判定するものとし、ただし、国外にある事業所の帳簿に記帳されている資産又は負債であっても、実質的に国内にある事業所において経常的な管理が行われていたと認められる資産又は負債については、国内にある事業所に属する資産又は負債に該当することになるのであるから留意する旨を定める。
２ 前提事実（当事者間に争いがないか、掲記の各証拠等により認めることができる事実）
（１）Ｆについて
ア ケイマンにおける特例有限責任パートナーシップ法（ＥｘｅｍｐｔｅｄＬｉｍｉｔｅｄＰａｒｔｎｅｒｓｈｉｐＬａｗ。以下「ＥＬＰＳ法」という。）は、次のように定めている（２０１２年改正後のもの。乙１８の１・２）。
（ア）特例有限責任パートナーシップは、１人以上の無限責任パートナー（ｇｅｎｅｒａｌｐａｒｔｎｅｒ。以下「ＧＰ」という。）と１人以上の有限責任パートナー（ｌｉｍｉｔｅｄｐａｒｔｎｅｒ。以下「ＬＰ」という。）で構成され、ＧＰは、特例有限責任パートナーシップの資産が不十分である場合には、その特例有限責任パートナーシップの全ての負債又は債務について責任を負い、ＬＰは、パートナーシップ契約又は本法で定めるほかは、特例有限責任パートナーシップの負債又は債務について責任を負わない（４項（２））。
（イ）特例有限責任パートナーシップの財産は、ＧＰが１人の場合はそのＧＰが、複数である場合はその複数のＧＰらが共同で、パートナーシップ契約の条件に従い、特例有限責任パートナーシップの資産として委託により保有し、又は保有しているとみなされる（７項（８））。
（ウ）ＬＰは、特例有限責任パートナーシップの事業運営に参加してはならず、全ての書簡、契約書等の文書は、特例有限責任パートナーシップを代表してＧＰ又はＧＰの代理人が作成する（７項（１））。
（エ）ＬＰが特例有限責任パートナーシップの事業に関してＧＰと協議し、特例有限責任パートナーシップの会計や業務について調査し又は報告を受け、特例有限責任パートナーシップの解散や資産の取得等に関して議決権を行使することなどは、特例有限責任パートナーシップの事業運営への参加に当たらない（７項（３））。
（オ）本法において「パートナーシップ持分」とは、特例有限責任パートナーシップのパートナーが、パートナーシップ契約又は本法に基づき保有し又は服する、利益、資本及び議決その他の権利、恩恵又は義務に関する持分をいう（２項）。
（カ）パートナーシップ契約の条件に従い、ＬＰのパートナーシップ持分の全部又は一部が譲渡されたときは、譲受人は、その譲渡の範囲内で、当該譲渡に係るパートナーシップ持分又はその一部に関し、パートナーシップ契約及び本法に従い、譲渡人の権利を有し及び譲渡人の義務に服するＬＰとなる（７項（７）（ａ））。
（キ）上記（カ）を前提として、ＬＰは、自己のパートナーシップ持分の全部又は一部を譲渡抵当に入れることができる（７項（７）（ｂ））。
イ Ｆは、ＥＬＰＳ法上の特例有限責任パートナーシップとして設立されたものであり、Ｆの設立及び各パートナーの権利義務等に関する有限責任パートナーシップ契約（以下「本件パートナーシップ契約」という。）では、次のように定められていた（乙６の１～３）。
（ア）Ｆは、法人格を持った主体ではなく、Ｆの財産は、ＧＰが、本契約の条件に従い、Ｆの資産として委託により保有し、又は保有しているとみなされる（条項２．５（ａ）（ｂ））。
（イ）ＧＰは、Ｆのいかなる負債及び義務に対しても連帯責任を負い、ＬＰは、本契約及びＥＬＰＳ法に規定されている場合を除き、Ｆのいかなる負債及び義務に対しても責任を負わない（条項２．５（ｃ）（ｄ））。
（ウ）Ｆの運営及び管理の権限は、ＧＰに独占的に与えられ、ＬＰは、Ｆの運営及び管理に介入してはならず、また、いかなる事項に関連してもＦのために活動する権利又は権限を有しないが、各ＬＰは、Ｆの帳簿及び記録を検査及び調査する権利並びに各ＧＰに対してＦの活動について質問する権利を有する（条項４．１（ａ）、４．４）。
（エ）各パートナーは、契約日に、パートナーシップ持分の割合に比例した所定の金額の現金出資をしなければならず、また、各特定化合物に対応するマイルストーン事象の正常な発生において、特定化合物に関して、Ｆへの更なる資本拠出を行わなければならない（条項５．１（ａ）（ｂ））。
（オ）Ｆの収益、利益、損失及び控除の全ての科目は、各自のパートナーシップ持分の割合に比例して各パートナーに配賦されるが、本契約の定め又はその他のＧＰの決定によるのでない限り、各パートナーは、Ｆからの分配を受けること、Ｆの資本勘定から金額の払戻しを受けることはできない（条項６．１（ａ）、６．２）。
（カ）パートナーは、次のいずれかの同意がなければ、パートナーシップ持分を、直接間接を問わず、売却、質入れ、担保権の設定その他の移転に供してはならず、これに従わない移転等は、無効である。（条項７．２（ａ）（ｂ））。
ⅰＧＰのパートナーシップ持分、ＬＰのパートナーシップ持分又はその他の保有持分の全部又は一部を第三者に移転等する場合他のパートナーの書面による事前同意（この同意は当該他のパートナーの単独かつ絶対的な自由裁量により留保することができる。）
ⅱＧＰのパートナーシップ持分を関連者に移転等する場合他のパートナーの書面による事前同意（この同意は合理的な理由なく留保することができない。）ⅲＬＰのパートナーシップ持分を関連者に移転等する場合その持分の移転等を行うＬＰの関連者であるＧＰの同意（この同意は当該ＧＰの単独かつ絶対的な自由裁量により留保することができる。）及び他のパートナーの同意（この同意は合理的な理由なく留保することができない。）
ウ これらの定めによれば、Ｆは、その債務に対して無限責任を負う１人以上の無限責任パートナー（ＧＰ）とその債務に対して原則として出資を限度とする有限責任しか負わない１人以上の有限責任パートナー（ＬＰ）とで構成される、我が国の組合に類似した法人格のない事業体であり、法人税法上の法人には該当しないものである。
（２）本件ＪＶの概要
ア 本件ＪＶ設立当初
（ア）医薬品の製造、販売等を業とする株式会社である原告は、平成１３年、原告の米国所在の完全子会社であるＧと共に、ケイマンにおいて、Ｆを設立し、そのパートナーシップ持分の割合をＬＰである原告が９９．９８％、ＧＰであるＧが０.０２％と定めた。
Ｆは、同年、米国において、その全額を出資して、米国デラウェア州法上のＬＬＣ（有限責任会社）であるＨを設立した。
（イ）原告は、平成１３年９月２７日、英国所在の製薬会社であるＩ親会社の完全子会社である米国所在のＩとの間で、Ｆを基盤に医薬品用化合物の共同開発等を行うジョイントベンチャー契約（甲７。以下「本件ＪＶ契約」という。）を締結して、本件ＪＶを組成し、同年１０月１９日、Ｇ、Ｉ、及びＩの米国所在の完全子会社であるＩ子会社との間で、本件パートナーシップ契約を締結した。
本件ＪＶ契約及び本件パートナーシップ契約に基づき、Ｆのパートナーシップ持分は、ＬＰである原告とＩが４９．９９％ずつを、ＧＰであるＧとＩ子会社が０．０１％ずつを、それぞれ保有することとなった。平成１３年１０月１９日時点における出資関係等の概要は、別紙２－１のとおりである。
本件ＪＶ契約では、Ｈが、ＪＶテリトリー（米国、英国、フランス、ドイツ、イタリア、スペイン）内における特定の化合物の開発、当該化合物の商業化活動及び製造・供給活動等を行うものとされ、平成１３年１０月１９日にＦ、Ｈ、原告、Ｇ、Ｉ及びＩ子会社の間で締結された開発・製造・販売・分配契約（乙９の１～３。以下「本件運営契約」という。）において、Ｈの管理、運営等の詳細が定められた。原告は、平成１３年１０月１９日、本件ＪＶ契約に基づき、Ｆとの間で、Ｆに対し、原告又はその関係会社が保有する知的財産（本件ＪＶ契約が定めるところの特許、ノウハウ〔一切の薬理学的、技術的又は科学的な情報、データ、ソフトウェア、工程、方法、手法、アルゴリズム、化学式、システム、デザイン、発見、発明その他類似の財産的情報又は秘密情報〕、商標、著作権、秘密情報の使用開示制限権等）の使用及び実施を許諾する旨の契約を締結し、Ｉも、同日、Ｆとの間で同様の契約を締結した。
（ウ）原告及びＩは、平成１４年８月２２日、インテグレース阻害剤（抗ＨＩＶ薬）に係る化合物の開発に関する共同研究を行う旨の契約を締結して、当該共同研究を開始し、その結果、平成１８年頃、インテグレース阻害剤向けの医薬品化合物として有望な３種類の化合物について、動物実験等により、その有効性を確認した。原告及びＩは、平成１９年７月、上記化合物について、本件ＪＶの枠組みの中でその後の臨床試験等の開発活動を進めていくことを決定した。
イ Ｊ親会社設立後
Ｉ親会社は、米国所在のＫ社（Ｋ）と共に英国に製薬会社であるＪ親会社を設立し、Ｉ及びＩ子会社は、平成２１年１１月３日、それぞれが保有するＦの全てのパートナーシップ持分（Ｉ４９．９９％、Ｉ子会社０．０１％）及び本件ＪＶにおける化合物の開発活動に関連する全ての契約（本件ＪＶ契約、本件運営契約等）における契約上の地位を、Ｊ親会社の米国所在の完全子会社であるＪ及びその米国所在の完全子会社であるＪ子会社に、それぞれ譲渡した。
その結果、ＬＰであるＪが４９．９９％、ＧＰであるＪ子会社が０．０１％のＦのパートナーシップ持分を、それぞれ保有することとなった。平成２１年１１月３日時点における出資関係等の概要は、別紙２－２のとおりである。
（３）本件現物出資の実行等
ア 原告側は、平成２４年１０月３１日、本件ＪＶの枠組みを変更するために、次のとおり、契約を締結し、取引を実行した。
（ア）まず、原告が、平成２４年２月に設立していた原告の英国所在の完全子会社であるＬとの間で、本件現物出資に係る契約（以下「本件現物出資契約」という。）を締結し、同契約に基づいて、原告の保有するＦのパートナーシップ持分（４９．９９％。以下「本件Ｆ持分」という。）をＬに給付し、その対価としてＬの新株の割当及び発行を受け（本件現物出資）、Ｇも、その保有するＦのパートナーシップ持分（０．０１％）をＬに有償譲渡した。この時点における出資関係等の概要は、別紙２－３のとおりである。
（イ）次いで、Ｌが、上記のとおり取得したＦのパートナーシップ持分の全てを、Ｊ親会社に対して現物出資し、Ｊ親会社の発行済株式の１０％を取得するとともに、Ｊ親会社の取締役１名の指名権を得た。この時点における出資関係等の概要は、別紙２－４のとおりである。
イ 本件現物出資契約では、本件Ｆ持分を「本件リミテッドパートナーシップ持分」と定義した上で（条項１．１）、原告は一切の負担を伴わない「本件リミテッドパートナーシップ持分」をこれに付随する全ての権利と共に出資し又は出資させ、Ｌはこの出資を受け入れるものとし（条項２．１）、その出資の対価は、Ｌから原告への普通新株の割当及び発行とする（条項３．１）旨が定められていた（乙１６の１～３）。
（４）本件現物出資に係る原告の照会
原告は、平成２４年１０月１５日、大阪国税局調査第一部調査総括課長宛ての同日付け「ケイマンパートナーシップ再編に関する税務上の取扱いについて」と題する書面（甲３５。以下「本件照会文書」という。）を提出し、本件現物出資が適格現物出資に該当するか否かについて照会（以下「本件照会」という。）をした。
大阪国税局調査第一部調査総括課長及び同課課長補佐（以下「本件照会担当者ら」という。）は、同年１１月１９日、原告に対し、本件照会に対する回答として、本件現物出資は適格現物出資に該当する旨を口頭で伝えた（以下、この回答を「本件回答」という。）。
（５）本件各処分等の経緯
ア 原告は、平成２５年６月２８日、平成２５年３月期の法人税等につき、本件現物出資が適格現物出資に該当し、その譲渡益の計上が繰り延べられるとして、別紙３－１及び４－１の各「確定申告」欄記載のとおり、確定申告をした（甲１の１、２の１）。
イ 原告は、平成２６年６月３０日、平成２６年３月期の法人税等につき、上記アの確定申告に係る繰越欠損金の額を前提として、別紙３－２及び４－２の各「確定申告」欄記載のとおり、確定申告をした。
ウ 東税務署長は、平成２６年９月１１日付けで、原告に対し、平成２５年３月期の法人税等につき、本件現物出資が外国法人に「国内にある事業所に属する資産」の移転を行うものであり適格現物出資に該当しないなどとして、別紙３－１及び４－１の各「更正処分等」欄記載のとおり、各更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分等をした（甲１の１、２の１）。
エ 原告は、上記ウの各更正処分を受けて、平成２６年３月期の法人税等につき、平成２６年１０月１０日、繰越欠損金の額の減少等を前提に、別紙３－２及び４－２の各「修正申告」欄記載のとおり、修正申告をした上で、同日３１日、本件現物出資が適格現物出資に該当するとして、同各別紙の各「更正の請求」欄記載のとおり、更正の請求をしたが、東税務署長は、平成２７年１月２７日付けで、原告に対し、更正をすべき理由がない旨の各通知処分をした（甲３、４）。
オ 東税務署長は、原告の更正の請求に基づいて、平成２７年１月２７日付けで、原告に対し、平成２５年３月期の法人税等につき、別紙３－１及び４－１の各「更正処分等（更正の請求に基づくもの）」欄記載のとおり、各更正処分及び過少申告加算税の変更決定処分等をした。
（６）本件訴訟に至る経緯
ア 原告は、平成２６年１１月１０日、大阪国税局長に対し、前記（５）ウの各更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分につき、異議申立てをしたが、大阪国税局長は、平成２７年２月９日付けで、同異議申立てを棄却する旨の決定をした。
イ 原告は、平成２７年３月９日、国税不服審判所長に対し、前記（５）オの各処分による減額後の同ウの各更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分（本件各更正処分等）及び同エの各通知処分（本件各通知処分）につき、審査請求をしたが、国税不服審判所長は、平成２８年２月２３日付けで、同審査請求を棄却する旨の裁決をした。
ウ 原告は、平成２８年９月２日、本件訴えを提起した（顕著な事実）。
３ 争点
本件各処分の適法性に関する争点は、次のとおりである。
（１）本件現物出資が適格現物出資に該当するか否か（本件現物出資の対象資産が施行令４条の３第９項に規定する「国内にある事業所に属する資産」に該当するか否か）（争点（１））
（２）本件各処分が信義則に反するか否か（争点（２））
（３）国税通則法６５条４項の「正当な理由」があるか否か（争点（３））
４ 争点に関する当事者の主張の概要
（１）争点（１）（本件現物出資が適格現物出資に該当するか否か）について（被告の主張）
ア 本件現物出資の対象資産
（ア）法人税法及び施行令における「現物出資」の対象となる資産は、会社法における「現物出資」の対象となる資産と同様に、金銭以外の財産で、財産的価値があり、譲渡可能なものを広く含むと解される（借用概念論における統一説）。
そして、実際に行われた現物出資の対象資産が何であるかについては、契約当事者が合意し、実行した私法上の法律行為及びそれによって生じた法律関係によって判断されるべきである。
（イ）ＥＬＰＳ法上、ＬＰのパートナーシップ持分が譲渡された場合、その譲受人は、当該持分に関して譲渡人の権利義務を承継したＬＰになるとされているほか、同持分が譲渡抵当の対象となることが予定されているから、当該持分自体を財産的価値がある譲渡可能な資産として捉えることが可能である。そして、本件現物出資契約の内容からすれば、当事者が現物出資の対象資産としたのは、原告が保有していたＬＰのパートナーシップ持分である本件Ｆ持分自体であることは明らかである。以上のとおり、本件現物出資の対象資産は、本件Ｆ持分そのものであり、その内実は、ＦのＬＰたる地位に基づく各種権利義務の総体（個々の事業用財産の共有持分を含む。）である。
（ウ）原告は、本件現物出資の対象資産をＦの事業用財産である旨主張するが、ＥＬＰＳ法の定めや本件パートナーシップ契約上、ＬＰである原告はＦの持分を離れて、Ｆの事業用財産のみを現物出資することはできないから、原告の主張は失当である。また、原告は、組合に関するパススルー課税を根拠として、組合に対する出資持分を現物出資の対象資産と捉える考え方を否定するが、パススルー課税の考え方は、組合に生じた損益に係る課税について、その組織体の事業主体性が無視されて、各組合員が納税義務の主体となるというものであり、租税法令上、およそ組合の団体性に基づく私法上の出資持分の存在が無視されるということを意味するものではなく、本件は、パススルー課税の考え方が当てはまる場面ではない。
イ 本件Ｆ持分が「国内にある事業所に属する資産」に該当すること
（ア）法人税法２条１２号の１４の規定のうち適格現物出資の範囲から「外国法人に国内にある資産として政令で定める資産の移転を行うもの」を除外する旨を定めた部分及びこれを受けた施行令４条の３第９項の規定は、現物出資法人の事業所が国内外に複数存在する場合において、国内にある資産を現物出資した際の含み益に対する課税が行われなくなることを規制し、我が国の課税権を確保しようとする趣旨で規定されたものである。
内国法人が国内にある事業所において経常的に管理している特定の資産は国内にある資産であるといえ、当該資産の譲渡益には我が国の課税権を確保する必要性が高いから、施行令４条の３第９項にいう「国内にある事業所に属する資産」とは、国内にある事業所において経常的な管理が行われてる資産と解するのが相当である。そして、通常、資産は、当該資産を経常的に管理している事業所において帳簿に記帳されていると考えられるから、特にこれと異なる事情がない限り、当該資産が記帳されている事業所と当該資産の属する事業所とは一致すると解される。
よって、現物出資の対象資産が「国内にある事業所に属する資産」であるか否かは、当該資産が記帳されている事業所が国内にあるか否かを検討し、次いで、当該資産の記帳された事業所とは別の事業所で実質的に経常的な管理が行われていたと認定できるほどの事実が認められるか否かで判断するのが相当である（法人税基本通達１―４―１２参照）。
（イ）本件において、原告は、本件Ｆ持分の持分割合に基づき、Ｆに出資する義務やその収益及び費用等の配賦を受ける地位を有していたところ、本件Ｆ持分は、国内にある原告の本社経理財務部が管理する有価証券台帳に投資有価証券として記帳されており、かつ、同台帳には原告が各出資を行ったことやＦに係る費用等の配賦の結果等が適宜記帳されていたことからすれば、本件Ｆ持分は「国内にある事業所に属する資産」に該当すると推認される。そして、現に本件現物出資は原告本社の取締役会で意思決定が行われ、その他の本件Ｆ持分に係る追加出資の意思決定等が原告本社において継続的に行われていたのであるから、本件Ｆ持分は、本件現物出資に至るまで、原告本社において経常的に管理されていたといえる。
他方、Ｆ及びＨは独自の事業所を有しておらず、原告もケイマン及び米国に事業所を有していなかったことからすれば、Ｆ設立当初においては原告の保有するＦのパートナーシップ持分は原告の国内にある事業所において管理されていたと解さざるを得ず、その後も本件現物出資に至るまで、本件Ｆ持分がその管理の場所を移転したと認められる特段の事情はない。
よって、本件Ｆ持分は、国内にある事業所において記帳され、経常的に管理されていたものであり、原告の国内にある事業所に属する資産に該当する。
（ウ）仮に、本件現物出資の対象資産がＦの事業用財産であるとしても、適格現物出資に該当するか否かは、現物出資行為（契約）ごとに判断されると解され、現物出資行為（契約）の対象資産が複数ある場合、その中に一つでも国内にある事業所に属する資産が含まれている場合には、外国法人に国内にある事業所に属する資産の移転を行うものとして、その現物出資全体が適格現物出資に当たらないと解するのが相当である。
本件ＪＶにおける新薬の開発活動においては、治験原薬の開発が原告の責任において行われ、非臨床試験の一部についても原告又はその委託により日本国内で行われていたから、国内にある事業所もその治験プロセスに密接に関与していたということができる上、Ｆの事業用財産の少なくとも一部は国内でその価値が創出ないし増大されたというべきである。このように、治験原薬、非臨床試験データ等は原告の国内にある事業所において経常的な管理がされているものであって、これらは国内にある事業所に属する資産に該当するから、本件現物出資は適格現物出資に該当しない。
ウ 施行令４条の３第９項の外国法人の株式に係る例外規定が本件Ｆ持分に適用されないこと
なお、施行令４条の３第９項は、外国法人の発行済株式等の総数の１００分の２５以上の数の株式を有する場合におけるその外国法人の株式については「国内にある事業所に属する資産」から除く旨の例外規定を定めているところ、同例外規定は、内国法人が保有する海外子会社の株式を現物出資して海外に統括子会社を設立するような場合に、国外における子会社の再編成を妨げることのないように政策的に定められたものである。
ケイマンの特例有限責任パートナーシップは「外国法人」には該当しないから、その持分である本件Ｆ持分は上記例外規定にいう「外国法人の株式」に該当しない。また、租税特別措置法は、「外国法人」と「組合事業」及び「外国法人の株式」と「組合事業に係る出資」とを区別しており、法人税法においても同様と解すべきところ、本件Ｆ持分は租税特別措置法６７条の１２第１項にいう「組合事業に係る出資」に該当するから、この点からも「外国法人の株式」に該当しないことが明らかである。したがって、上記例外規定は、本件Ｆ持分に適用されない。
エ 以上のとおり、本件現物出資の対象資産は本件Ｆ持分であり、その対象資産は「国内にある事業所に属する資産」に該当するから、本件現物出資は適格現物出資には該当しない。
（原告の主張）
ア 本件現物出資の対象資産
（ア）租税法における「資産」は、租税法上の固有概念であるから、本件現物出資の対象となった「資産」が何であるかは、租税法独自の見地から検討されるべきである。Ｆは、ＥＬＰＳ法に基づき組成された特例有限責任パートナーシップであり、民法上の組合に類似した事業体として、日本の租税実務上、パススルー課税が適用される。株式会社と組合では、法人格が認められるか否かで根本的な相違があり、法人は、法人格によって組織体自体の権利義務主体性が認められ、構成員と組織体の財産との間の関係が切断されているのに対し、組合においては、組織体自体は権利義務の帰属主体ではなく、構成員が持分割合に応じて個々の組合財産を共有しているとされるものであって、組合に対する抽象的な持分は、租税法上、独立の財産権として観念し得ない。
よって、租税法上、組合の出資持分が譲渡される場合、法人格を有する組織体における抽象的な出資持分（株式等）とは異なり、個々の組合財産に対する持分権が移転したものとして取り扱われる。
（イ）仮に、租税法における「資産」が借用概念であるとしても、組合に対する出資持分は組合員たる地位と切り離して譲渡できず、組合員たる地位は譲渡できないから、かかる抽象的な持分には譲渡性がない。また、私法上の性質としても、抽象的な所有権や組合の組合員が組合財産に対して有する共有持分権は、その目的物と切り離して管理（使用・収益）の対象とすることはできず、その抽象的持分そのものを譲渡ないし現物出資等の取引の客体となる財産権として観念する意味はない。
（ウ）以上のとおり、Ｆは日本の租税法上、組合と同様に取り扱われるから、本件現物出資の対象資産は、本件ＪＶが行う事業を構成し、有機的一体として機能するＦの事業用財産（に対する原告の有する持分割合相当の持分権）であり、出資持分それ自体ではない。
イ Ｆの事業用財産が「国内にある事業所に属する資産」に該当しないこと（ア）「国内にある事業所に属する資産」の外国法人への現物出資を適格現物出資に該当しないこととしたのは、国内で創出ないし価値の増大した資産（含み益のある国内資産）を外国法人に対する現物出資の方法によって国外へと移転することを通じた不当な課税繰延べや租税回避を防ぐ点にあり、海外支店の海外現地法人化については、課税の繰延べが意図されている。このことは、「国内にある事業所に属する資産」から生じる所得は、当該事業所が所在する日本にその源泉があり、日本が無制限の第一次課税権を有するのに対し、海外支店を海外現地法人化する場合には、第一次課税権を有する場合ではないから、日本の課税権を及ぼすのは不適切であるとする国際的な課税権の配分ルールにも合致するものであり、合理的である。上記趣旨に照らせば、施行令４条の３第９項にいう「国内にある事業所に属する資産」の「属する」とは、我が国が国際的な源泉地管轄に基づく第一次課税権を有することを意味する。そして、資産を経常的に管理している事業所（法人税基本通達１－４－１２参照）は、その経常的な管理を通じて、その資産の価値を創造又は増大させていると考えられるから、本件でも、資産が「属する」事業所は、Ｆの事業用財産の経常的な管理を通じて、その資産の価値を創造又は増大させている事業所と解すべきであり、それが国内にある事業所か否かで適格現物出資該当性を判断すべきである。
（イ）そして、事業用財産を一括して現物出資する場合、個々の事業用財産が有機的一体となって機能することにより、いわゆる「のれん」が発生するのであるから、「のれん」を含む事業全体の含み益が創出された事業所を特定するに当たっては、個々の財産について個別に判断するのではなく、一つの事業を構成する事業用財産が全体として属する事業所を判断する必要がある。
Ｆの新薬開発事業は、新薬の開発、製造・販売のために組織化され、有機的一体として機能する財産であり、その事業全体を一つの財産と捉えて一括して本件現物出資に供したものであるから、これらの事業用財産の属する事業所を検討するに当たっては、１個の財産として把握された事業用財産の帰属する事業所が検討されなければならない。
（ウ）組合において業務執行者が選任されている場合には、その事業用財産は、当該業務執行者により、組合の対内的な業務執行の一環として管理され、使用収益される。そして、業務執行者が、その業務執行全般を非組合員である第三者に委任した場合、委任を受けた第三者は、自己の計算ではなく、組合の計算により当該業務執行を行うものと解されるから、当該第三者の事業所は当該組合の事業所となる。
本件では、Ｆから新薬開発に関する業務執行全般の委任を受けたＨにおける本件ＪＶの意思決定機関であるＪＳＣ（ＪｏｉｎｔＳｔｅｅｒｉｎｇＣｏｍｍｉｔｔｅｅ）及びＩ／Ｊ側が、Ｉ／Ｊ側が有する米国フィラデルフィアの事業所及びノースカロライナ州リサーチ・トライアングル・パークの事業所において、新薬開発事業における重要な意思決定と経営管理、新薬開発の核心である治験（臨床試験）の実施管理、特に治験（臨床試験）の継続・中止に直結する安全性モニタリングと問題事象への対応判断等の新薬開発の成否に直結する業務を行っていた。
また、Ｆの事業用財産は、上記米国事業所において作成・保管されていたＦとＨの帳簿に記帳され、原告の本社の帳簿には、本件ＪＶに対する出資持分の記帳がされていたものの、Ｆの事業用財産に関する記帳はされていなかった。
Ｆの事業用財産を構成する資金を保管していた本件ＪＶ名義の口座も米国に存在しており、日本国内における口座は存在しておらず、これらの預金口座への出入金の管理は、Ｉ／Ｊ側が行っていた。
以上によれば、Ｆの事業所である上記米国事業所においてＦの事業執行が行われ、Ｆの事業用財産の経常的な管理が行われていたと解すべきである。
（エ）Ｆの事業用財産の含み益の額は、本件ＪＶが開発した新薬をＪＶテリトリーで販売することにより将来得ることができる収益の割引現在価格相当額である。本件ＪＶの事業である治験（臨床試験）は全て日本国外で実施され、その成果物である治験データベースもＩ／Ｊ側の事業所により管理され、原告側は、当該治験データにアクセスすることすら許されていなかったのであり、Ｆの事業用財産の含み益は日本国外で実施した治験を通じて、創出ないし増大されたものである。
一方、製薬会社においては、非臨床試験・臨床試験の実施や治験原薬の製造等を外部の医薬品開発受託機関（ＣＲＯ）や医薬品製造受託機関（ＣＭＯ）に委託することはごく一般的に行われているところ、原告がＦから委託を受けて国内において行っていた開発及び製造も、これらのＣＲＯやＣＭＯに相当する業務を行っていたものと同様であり、業務委託においては、その業務を委託するという意思決定が価値を増大させているのであって、単に原告がＦの手足として具体的な開発・製造行為を行った場所が、無形資産の価値が創出ないし増大された場所となるものではない。
（オ）課税実務上、組合の事業活動が行われている事業所は、他の組合員にとっても、恒久的施設として取り扱われるものとされる（平成２６年度税制改正前の所得税基本通達１６４－７参照）。そして、法人税法上、「恒久的施設」とは「事業所」を含む概念であり、組合がある事業所をその事業活動の用に供している場合、その事業所は、当該組合の組合員全員にとっての事業所となる。
Ｆは、原告とＩ／Ｊとの間の共同事業を行う主体であるから、本件ＪＶの事業活動を行っていた前記米国事業所は、原告の国外にある事業所を構成する。
ウ 結論
以上によれば、Ｆの事業用財産全体により構成される新薬開発事業は原告の国外にある事業所に属し、国外にある事業所で経常的な管理が行われていたことが明らかであるから、「国内にある事業所に属する資産」には該当せず、本件現物出資は適格現物出資に該当する。
エ 被告の主張によれば外国法人の株式に係る例外規定が類推適用されること仮に、被告が主張するように本件Ｆ持分を、あたかも法人に対する株式ないし出資持分と同様に取り扱うべきというのであれば、原告は、現物出資の対象資産であるＦの持分を２５％以上保有していたことから、施行令４条の３第９項の外国法人の株式に係る例外規定が、Ｆについても類推適用されなければならない。
（２）争点（２）（本件各処分が信義則に反するか否か）について
（原告の主張）
租税法規の適用における納税者間の平等、公平という要請を犠牲にしてもなお課税処分に係る課税を免れしめて納税者の信頼を保護しなければ正義に反するといえるような「特別の事情」が存する場合には、信義則の法理の適用により、当該課税処分を違法なものとして取り消すことができ、この「特別の事情」が存するかどうかの判断に当たっては、少なくとも、税務官庁が納税者に対し信頼の対象となる公的見解を表示したことにより、納税者がその表示を信頼しその信頼に基づいて行動したところ、後にその表示に反する課税処分が行われ、そのために納税者が経済的不利益を受けることになったものであるかどうか、また、納税者が税務官庁の上記表示を信頼しその信頼に基づいて行動したことについて納税者の責めに帰すべき事由がないかどうかを考慮して判断すべきである（最高裁昭和６２年１０月３０日第三小法廷判決参照）。
本件照会担当者らは、平成２４年１０月１５日の面談において、本件照会に対し、適格現物出資に該当するとの回答になる可能性が高い旨の見解（以下「本件面談時見解」という。）を口頭で回答し、その後、本件回答をしたところ、本件照会担当者らは、大阪国税局内の法令適合性を審査する部局における経歴と経験を有し、租税法令の解釈適用について責任と権限のある地位にある者であり、口頭による回答であっても国税局等の内部での相当の検討を経ているものであるから、本件面談時見解及び本件回答は公的見解の表示に該当する。
このように、原告は、大阪国税局から本件面談時見解及び本件回答という信頼の対象となる公的見解を表示されたことから、その表示を信頼して行動したものであり、原告が大阪国税局の表示を信頼してその信頼に基づいて行動したことについて、納税者の責めに帰すべき事由があったという事情もないから、本件各処分を違法とすべき「特別な事情」がある。
よって、本件各処分は原告の信頼を害して違法であり、取り消されるべきものである。（被告の主張）
ア 信義則の法理の適用対象となる公的見解とは、少なくともその内容に沿った取扱いを確実に受けられると信頼してしかるべきものに限られ、形式面において税務署長等権限のある者の公式の表明である必要があり、その内容面においても、公表された通達又はこれに準ずるもののような確定した見解の表示である必要がある。
税務相談は、相談者の一方的な申立てに基づいて、限られた情報と資料の中でその申立ての範囲内で指導又は助言を行うものであり、その性質からすれば、相談者において、その内容に沿った取扱いを確実に受けられると信頼してしかるべきものとは認められないから、信義則の法理の適用対象となる公的見解には当たらない。そして、本件面談時見解は、本件照会文書の提出を受けた当日に、本件照会担当者らが最終的な回答を行うことはできないと明示的に判断を留保した上で、本件照会担当者らがその場で一応の感触を示したにすぎないから、公式の見解の表示に当たるものではない。
イ また、税務申告自体は、積極的な経済的不利益をもたらす行動ではなく、内容的に適法な課税処分によって税額が増額すること自体は、経済的不利益には該当しないし、本件では仮に本件照会の結果、課税庁から本件現物出資が適格現物出資に当たらないとの見解を示されたとしても、その時点で、本件現物出資契約の重要部分について契約内容を変更することはなかったと解されるから、原告が本件面会時見解及び本件回答を信頼して本件現物出資によるスキームを維持したとはいえない。
ウ さらに、本件照会文書には、原告が法的に恒久的施設と評価できる程度の実体を伴った事業所を米国に有しており、かつ、当該事業所において本件現物出資の対象資産が記帳及び管理されているかのような記述がされており、原告は、適格現物出資に該当するか否かの判断に当たり、重要な要素となる事実を説明していなかったから、原告の責めに帰すべき事由が認められる。
エ 以上のとおり、本件は信義則の法理が適用される例外的な場合には該当しない。
（３）争点（３）（国税通則法６５条４項の「正当な理由」があるか否か）について（原告の主張）
原告は、大阪国税局への事前照会において、本件照会担当者らに事前に準備した資料を提供した上で質問にも応じ、本件現物出資が適格現物出資に該当する旨の回答を得た上で、かかる回答を信頼して申告していたものであり、事後的にそれが誤っていたとしても、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があるから、国税通則法６５条４項の「正当な理由」があり、本件各更正処分等のうち過少申告加算税の賦課決定処分は違法である。
（被告の主張）
前記（２）のとおり、本件において、課税庁が申告時以前に当該事案に適用されるべき公的見解を表明ないし明示していたとはいえず、また、原告は、本件回答の有無及び内容にかかわらず、本件現物出資が適格現物出資に該当することを前提とした確定申告をしていたと解されるから、本件回答を信頼した結果として原告が確定申告をしたとはいえない。仮に原告が本件回答の内容によって本件現物出資が適格現物出資に該当すると信頼したとしても、それは原告が適切な資料を提出しなかったことに基づくものであり、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があるとはいえない。以上のとおり、原告に国税通則法６５条４項の「正当な理由」があるとは認められない。
第３ 当裁判所の判断
１ 前提事実に加え、掲記の各証拠及び弁論の全趣旨によれば、次の事実が認められる。
（１）新薬開発の一般的なプロセス（甲９、１３５、乙４）
薬（医薬品）は、ヒトの疾病に対して有効に作用すると同時に、何らかの副作用を有していることから、新薬の研究開発においては、目的とする疾病に有効に作用する化合物を探索し、当該化合物がヒトに対して有効に作用し、かつ、重篤な副作用を有していない安全なものであることを証明する情報を収集する作業が必要となる。
新薬の研究・開発の過程は、大要、①新薬の元となる新規化合物を合成し、その性状や化学構造を解析してスクリーニングを行い、新薬候補となる化合物を取捨選択するプロセス、②新薬候補化合物を対象に、動物や培養細胞を用いて、主に体内動態（吸収・分布・代謝・排泄されるまでの体内における動き）を検証し、有効性及び動物での安全性を評価する非臨床試験を行うプロセス、③非臨床試験において一定の有効性及び安全性を確認することができた新薬候補化合物を健康な人や患者に投与して有効性及び安全性を更に検証する治験（臨床試験）を行うプロセスを経る。通常、①のプロセスに２～５年、②のプロセスに１～３年、③のプロセスに３～７年を要する。なお、薬剤投与期間が１年に及ぶ動物長期安全性試験は臨床開発プロセスに移行した後にも治験と並行して実施される。
このうち、③治験（臨床試験）を行うためには、治験の目的に照らした試験方法をデザインし、治験実施計画書を作成し、治験が始まってからは、治験期間中に集積していくデータベースから新薬の安全性等に関する情報等を抽出するなどして治験の実施状況を監視し、問題が生じればその対応を行うことが必要となる。
（２）本件ＪＶについて
ア 本件ＪＶの設立の経緯（甲１３５）
本件ＪＶの設立当時、原告は、欧米先進国で需要が高い脳梗塞薬、抗アルツハイマー薬及び抗ＨＩＶ薬のそれぞれについて新薬の開発を進めていたが、海外における新薬の開発（臨床試験や承認申請等）を行うための人材・ノウハウを有しておらず、海外における医薬品販売事業を行う拠点もなく、海外において新薬承認申請を行ったことがなかったため、これらの新薬の開発を進めるために、欧米の製薬会社と組む必要があった。そこで、原告は、これらの新薬の早期発見と海外における医薬品の販売事業を行うことを視野に入れた拠点の設立を主な目的として、Ｉとの間で本件ＪＶを設立した。
イ 本件ＪＶ契約の定め（甲７）
本件ＪＶ契約では、各パートナーは本件パートナーシップ契約に従ってＦに対し出資を行い、Ｆはその出資金額をＨに提供し、Ｈは本件運営契約に従い当該金額を使用すること（条項６．１）、Ｆは、ＪＶテリトリー内で特定化合物を開発する独占的な権利を有し、本件運営契約に従い、Ｈのみにその開発を委託すること（条項８．１（ａ））、Ｆは、本件ＪＶ契約及びその他の関連契約の条件に従い、ＪＶテリトリー内で特定化合物を商品化する独占的な権利を有すること（条項９.４）、Ｆは、本件ＪＶにより又は本件ＪＶのために創造、発見又は開発された範囲における全ての合剤知的財産権（合剤又は配合用分子の基礎となる知的財産権）及び基本となる特定化合物に関連する新規特定化合物の特徴的性質を基礎として本件ＪＶにより又は本件ＪＶのために創造、発見又は開発された範囲における新規特定化合物に対する全ての知的財産権に対する全ての権利、権原及び権益を有すること（条項１１．２（ｂ））などが定められていた。
ウ 本件運営契約の定め（乙９の１～３）
本件運営契約では、Ｈは最高統治機関である執行委員会（後のＪＳＣ。甲９２、乙８）を置き、執行委員会はＨの事業を運営・管理すること（条項２．１）、執行委員会は、６名で構成され、各パートナーが３名を指定し、そのうち１名を共同議長とすること（条項２．２（ａ））、執行委員会は、四半期に１回の頻度で定例委員会を開催し、Ｈの開発及び商品化に関する業務全般の決定及び監督等について最終的に責任を負うこと（条項２．２（ｂ）（ｃ））、Ｆは、ＪＶテリトリー内での特定化合物の開発をＨに委託し、受託したＨは、執行委員会の事前同意を得て、原告、Ｉ又は他の第三者である開発業務受託機関との間で特定化合物に係る実際の開発活動に関する契約を締結することができること（条項５．１）、Ｆは、原告及びＩの知的財産権に対する開発、製造及び商品化についての２次ライセンスの権利を有し、この権利をＨに付与すること（条項７．１（ａ））などが定められていた。
エ 原告のＦに対する出資等の状況（乙５の１・２、乙１３）
（ア）平成１３年９月頃、Ｆの設立に当たり、原告は、知的財産の使用許諾を出資してＬＰのパートナーシップ持分９９．９８％を取得し、Ｇは、９００２米ドルを出資してＧＰのパートナーシップ持分０．０２％を取得した。
（イ）平成１３年１０月１９日、原告は、ＦのＬＰのパートナーシップ持分の半分（４９．９９％）をＩに２２５０万米ドルで、Ｇは、ＦのＧＰのパートナーシップ持分の半分（０．０１％）をＩ子会社に４５０１米ドルで、それぞれ譲渡し、同日、原告は２２５０万米ドルを、Ｉは知的財産の使用許諾と２２５０万米ドルを、Ｇ及びＩ子会社は４５０１米ドルずつを、それぞれＦに出資した。
（ウ）原告のＦに対する出資は、その後の追加出資等による増加及びＦにおいて計上した試験研究費のうち原告の持分に対応する金額の取込みに伴う減少等による増減し、本件現物出資によるＬへの移転処理が行われる直前（平成２５年３月３１日時点）の帳簿残高は７２億７７９４万０７３８円となっていた。
（エ）これらの原告のＦに対する出資やその増減は、原告の本社の経理財務部において管理されている帳簿に勘定科目を「投資有価証券」として記帳されていた。
オ Ｆの事業用財産の管理の状況（甲１９の１～１１、甲２０の１～１１、甲２１、２２の１・２、甲７９、１３５、１３６、乙１４）
（ア）Ｆの事業用財産は、①原告、Ｉ／Ｊ等の各パートナーからの出資に由来する現金、②原告及びＩ／Ｊから供与された知的財産のライセンス、③新薬向けの化合物についての開発活動によって得られた治験データ等の無形資産、④Ｈへの出資等で構成されている。
（イ）このうち、現金は、米国で開設されたＦ又はＨ名義の預金口座に入金され、また、Ｆの事業に係る記帳、会計処理、税務申告等の経理業務は、Ｉ／Ｊ側が有する米国フィラデルフィアの事業所において行われ、知的財産のライセンスも、Ｆ及びＨの連結財務諸表に取得価格零円で記録されていた。
（ウ）また、治験データは、Ｉ／Ｊ側のデータベースに保管され、Ｉ／Ｊ側は、原告に対し、同データベースへのアクセス権を付与しておらず、原告が治験データを必要とする場合には、その都度、Ｉ／Ｊ側に対して特定のデータの提供を要請する必要があり、その際も、Ｉ／Ｊ側によって同データベースから抽出されたデータがポータルサイト等を通じて提供されていた。
（３）本件現物出資の経緯（甲８、乙３、３８）
原告は、平成２４年２月、英国にＬを設立し、Ｌの事業として、本件ＪＶにおいて開発活動が進められてきた化合物の製品上市の準備をしていたが、坑ＨＩＶ薬については合剤での治療が主流であり、合剤を含めた経営ができる会社に販売を任せた方がよいこと、別の外国会社を買収したことから本件ＪＶを足がかりとした米国の拠点獲得も不要になったことなどから、Ｊとの間で、本件ＪＶの枠組みの変更を協議した。また、原告において、本件ＪＶの枠組みを維持した場合と、本件ＪＶの枠組みを変更してＦのパートナーシップ持分をＪ親会社に移転し、その株式の１０％を取得した場合の収益性を比較したところ、変更後の価値の合計の方が大きくなるとの試算結果を得た。そこで、原告は、平成２４年１０月１日開催の取締役会において承認を得た上で、本件現物出資を実施し、さらにＬにおいてＪ親会社への再現物出資を実施した。
２ 争点（１）（本件現物出資が適格現物出資に該当するか否か）について（１）適格現物出資制度の概要
適格現物出資制度は、平成１３年度税制改正で導入された組織再編税制の一部であり、内国法人が法人に対して行う資産（資産と併せて負債を出資する場合の負債を含む。）の現物出資は、法人税法上は資産の譲渡として扱われ、現物出資の時点で当該資産の時価による譲渡があったものとして法人税の課税対象となるのが原則であるが（法人税法２２条２項）、その現物出資が適格現物出資に該当する場合には、それによる譲渡損益の繰延べが認められている（法人税法６２条の４第１項）。これは、法人税の負担が現物出資による企業再編の阻害要因となることを防止し、企業再編を容易にするために定められたものであると解される。
ただし、法人税法２条１２号の１４の括弧書きにおいて「外国法人に国内にある資産又は負債として政令で定める資産又は負債の移転を行うもの」が適格現物出資から除かれており、この規定を受けた施行令４条の３第９項は、国内にある資産又は負債として「国内にある不動産、国内にある不動産の上に存する権利、鉱業法の規定による鉱業権及び採石法の規定による採石権その他国内にある事業所に属する資産又は負債」を定めている。これらの定めは、国内にある含み益のある資産を外国法人に移転することでその含み益に対する課税が行われなくなることを規制し、我が国の課税権を確保しようとする趣旨で規定されたものであると解される。
（２）「国内にある事業所に属する資産」の判断基準について
本件では、本件現物出資の対象資産が施行令４条の３第９項にいう「国内にある事業所に属する資産」に該当するか否かが争点であるところ、この点の判断基準に関し、法人税基本通達１－４－１２は、「国内にある事業所に属する資産」に該当するか否かは、原則として、当該資産が国内にある事業所又は国外にある事業所のいずれの事業所の帳簿に記帳されているかにより判定するが、実質的に国内にある事業所において経常的な管理が行われていたと認められる資産については、国内にある事業所に属する資産に該当することになる旨を定めている。
この法人税基本通達が示す判断基準は、まず、その資産の経常的な管理がどの事業所において行われていたかを判定し、その判定に当たっては当該資産が当該事業所の帳簿に記帳されていたか否かを重要な考慮要素とし、次いで、その判定の結果当該資産の経常的な管理が行われていたと認められる事業所が国内にある事業所に当たるか否かを判定し、それが肯定された場合に「国内にある事業所に属する資産」に該当すると認める旨をいう趣旨に理解することが可能である。このように理解される判断基準は、前記法令の趣旨に鑑みて、合理性を有するものということができ、本件においても、基本的にこの基準に沿って検討するのが相当である。
（３）本件現物出資の対象資産について
その検討の前提問題として、本件現物出資の対象資産の捉え方について争いがあるので、まず、この点を検討する。
ア ＥＬＰＳ法上、パートナーシップ持分とは、特例有限責任パートナーシップのパートナーが、パートナーシップ契約又は同法に基づき保有し又は服する、利益、資本及び議決その他の権利、恩恵又は義務に関する持分をいうとされ（２項）、同法上、ＬＰのパートナーシップ持分を譲渡した場合の権利義務の承継に関する規定（７項（７）（ａ））や、ＬＰのパートナーシップ持分を譲渡抵当に入れることができる旨の規定（７項（７）（ｂ））があり、本件パートナーシップ契約においても、他のパートナーの同意があれば、ＧＰ及びＬＰのパートナーシップ持分につき売却、質入れ、担保権の設定その他の移転が可能であるとされ（条項７．２（ａ））、これらの定めを通じて、Ｆのパートナーシップ持分は譲渡可能な資産として位置付けられている。そして、本件現物出資契約においては、本件Ｆ持分が「本件リミテッドパートナーシップ持分」と定義され（条項１．１）、当該「本件リミテッドパートナーシップ持分」が現物出資の対象資産とされていた（条項２．１）のであるから、本件現物出資の対象資産は本件Ｆ持分であったと解するのが相当である。
イ もっとも、Ｆは、我が国の組合に類似した事業体であり、ＥＬＰＳ法及び本件パートナーシップ契約においても、Ｆの事業用財産の共有持分（準共有持分を含む。）と切り離されたパートナーとしての契約上の地位のみが他に移転することは想定されていないものと解される。この点が、法人における株式の移転とは根本的に異なる点である。
そうすると、本件現物出資の対象資産となった本件Ｆ持分についても、その内実は、Ｆの事業用財産の共有持分とＬＰとしての契約上の地位とが不可分に結合されたものと捉えられなければならない。
（４）本件現物出資の対象資産の経常的な管理が行われていた事業所についてそこで次に、このような本件Ｆ持分の経常的な管理がどの事業所において行われていたかについて、検討する。
ア 本件Ｆ持分は、上記のとおり、Ｆの事業用財産の共有持分とＬＰとしての契約上の地位とが不可分に結合された資産であるから、これを経常的な管理の対象として捉える場合においても、これを個々の事業用財産の持分やパートナーシップ契約上の個々の権利等に分解してそれぞれを管理する事業所を個別に検討するのは相当ではなく、これらが全て結合された１個の資産とみてその管理が行われていた事業所を特定するのが相当である。
そして、パートナーがＦの事業に参加する目的は、その出資に由来する事業用財産の運用により利益を得ることであり、パートナーとしての契約上の地位は、その運用のための手段と位置付けられるものであるから、Ｆのパートナーシップ持分の価値の源泉はＦの事業用財産の共有持分にあるということができ、また、Ｆの事業用財産の共有持分とパートナーとしての契約上の地位との関係は、前者を主とする主物と従たる権利義務との関係に類似する関係にあるものと捉えることが可能である。したがって、本件Ｆ持分を１個の資産とみた場合のその経常的な管理が行われていた事業所は、Ｆの事業用財産、中でもその主要なものの経常的な管理が行われた事業所とみるのが相当である。
イ 前記認定のとおり、Ｆの事業用財産は、①現金、②知的財産のライセンス、③治験データ等の無形資産、④Ｈへの出資等で構成されている。そして、このうち、現金は、米国で開設されたＦ又はＨ名義の預金口座に入金され、また、Ｆの事業に係る記帳、会計処理、税務申告等の経理業務は、Ｉ／Ｊ側が有する米国フィラデルフィアの事業所において行われ、知的財産のライセンスも、Ｆ及びＨの連結財務諸表に記録されていたというのである。さらに、治験データは、Ｉ／Ｊ側のデータベースに保管され、原告には同データベースへのアクセス権が付与されていなかったというのであり、Ｉ／Ｊ側が同データベースを管理する事業所を我が国内に有していたとは認められない。そうすると、Ｆの事業用財産のうち主要なものの経常的な管理は、いずれにしてもＩ／Ｊ側が米国その他の我が国以外の地域に有する事業所において行われていたということができる。
（５）当該事業所が国内にある事業所に当たるか否かについて
Ｆの事業用財産の経常的な管理は、Ｆの事業活動の一部であり、それを行う事業所がＦの事業所に当たることは明らかであるから、Ｆのパートナーであった原告にとっても、当該事業所はＦの事業活動を行う原告の事業所であったということができる。しかし、Ｆの事業用財産のうち主要なものの経常的な管理が行われていた事業所は、前記のとおり、米国その他の我が国以外の地域に所在していたから、当該事業所が原告の国内にある事業所に当たるとはいえない。
（６）小括
以上のとおり、本件現物出資の対象財産であった本件Ｆ持分は、その主たる構成要素であるＦの事業用財産（の共有持分）のうち主要なものの経常的な管理が国内にある事業所ではない事業所において行われていたということができるから、「国内にある事業所に属する資産」には該当しないというべきである。
したがって、本件現物出資は、適格現物出資に該当するものと認められる。
３ 本件各処分の適法性について
本件現物出資が適格現物出資に該当することを前提に、原告の平成２５年３月期の所得金額、翌期へ繰り越す欠損金額、納付すべき税額、更正処分に基づく過少申告加算税の額等を計算すると、別紙５－１～５－４記載のとおりとなることが認められる（弁論の全趣旨）。これによれば、本件各更正処分等の取消しを求める原告の請求は、法人税に係る過少申告加算税の賦課決定処分のうち過少申告加算税の額が１９万１０００円を超えない部分（適格現物出資該当性とは無関係な本税増額部分に対応する部分）の取消しを求める部分を除いて、いずれも理由がある。
また、そうである以上、原告がした平成２６年３月期の法人税等の更正の請求に対する本件各通知処分も違法であるから、これらの取消しを求める原告の請求もいずれも理由がある。
以上の結論は、争点（２）（本件各処分が信義則に反するか否か）及び争点（３）（国税通則法６５条４項の「正当な理由」があるか否か）についての判断がいかようになっても左右されるものではない。
４ よって、原告の請求は主文第１項から第４項までの限度で理由があるからその限度で認容し、その余は理由がないから棄却することとして、主文のとおり判決する。東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官古田孝夫
裁判官髙田公輝
裁判官中野晴行
別紙１省略
（別紙２－１）
出資関係等の概要図
①本件ＪＶ設立当初（平成13年10月19日）
（注）上記図の％は株式又は持分の直接保有割合を示す。
100％
日本
原告
英国
Ｉ親会社
米国
Ｇ
ケイマン
Ｆ
本件ＪＶ
米国
Ｉ
49.99％
0.01％
100％
米国
Ｉ子会社
100％
49.99％
米国
Ｈ
100％
0.01％
（別紙２－２）
出資関係等の概要図
②Ｊ親会社設立後（平成21年11月3日）
注：上記図の％は株式又は持分の直接保有割合を、（）付％は株式又は持分の間接保有割合を示す。(100％)
日本
原告
米国
Ｇ
49.99％
ケイマン
Ｆ
本件ＪＶ
米国
Ｈ
100％
英国
Ｉ親会社
米国
Ｋ
米国
I子会社
米国
Ｉ
100％
米国
Ｋ
英国
Ｊ親会社
(15％)
(85％)
100％
米国
Ｊ
100％
Ｆ持分
49.99％の譲渡
米国
Ｊ子会社
Ｆ持分
0.01％の譲渡
100％
49.99％
0.01％
0.01％
（別紙２－３）
出資関係等の概要図
③本件現物出資等によるＬへのＦ持分の集約（平成24年10月31日）
注：上記図の％は株式又は持分の直接保有割合を、（）付％は株式又は持分の間接保有割合を示す。日本
原告
英国
Ｉ親会社
(100％)
本件Ｆ持分
49.99％
の現物出資
米国
Ｋ
英国
Ｊ親会社
米国
Ｊ
英国
Ｌ
株式割当
(85％)
(15％)
米国
Ｇ
Ｆ持分
0.01％
の譲渡
100％
100％
米国
Ｊ子会社
100％
ケイマン
Ｆ
本件ＪＶ
米国
Ｈ
100％
0.01％
49.99％
50％
（別紙２－４）
出資関係等の概要図
④ＬのＪ親会社に対する再現物出資（平成24年10月31日）
注：上記図の％は株式又は持分の直接保有割合を、（）付％は株式又は持分の間接保有割合を示す。ケイマン
Ｆ
本件ＪＶ
米国
Ｈ
100％
英国
Ｉ親会社
米国
Ｋ
(100％)
株式割当て
日本
原告
英国
Ｌ
英国
Ｊ親会社
10％
(76.5％)
(13.5％)
Ｆ持分50％
の現物出資
100％
米国
Ｊ
米国
Ｊ子会社
100％
0.01％
49.99％
50％
課税の経緯（法人税）
（別紙３－１）
平成２５年３月期
（単位：円）
区分
年月日
Ａ所得金額
Ｂ納付すべき税額
Ｃ
過少申告
加算税
Ｄ重加算税
確定申告
①
平成25年6月28日
△38,114,138,105
△206,432,596
－－
更正処分等
②
平成26年9月11日
2,440,243,426
417,274,100
93,401,000
301,000
異議申立て
③
平成26年11月10日
一部取消し
更正の請求
④
平成26年12月9日
2,435,771,416
229,797,200
－－
更正処分等
（更正の請求に基づくもの）
⑤
平成27年1月27日
2,435,771,416
229,797,200
65,318,000
210,000
異議決定
⑥
平成27年2月9日
棄却
審査請求
⑦
平成27年3月9日
一部取消し
審査裁決
⑧
平成28年2月23日
棄却
（注）「△」は欠損金額又は還付金額を表す。
（別紙３－２）
平成２６年３月期
（単位：円）
区分
年月日
Ａ所得金額
Ｂ納付すべき税額
Ｃ過少申告
加算税
Ｄ重加算税
確定申告
①
平成26年6月30日
37,621,461,254
5,249,866,600
－－
修正申告
②
平成26年10月10日
75,928,043,678
12,086,146,700
－－
更正の請求
③
平成26年10月31日
37,753,189,014
5,271,579,900
－－
通知処分
④
平成27年1月27日
更正をすべき理由がない旨の通知処分
審査請求
⑤
平成27年3月9日
取消し
審査裁決
⑥
平成28年2月23日
棄却
課税の経緯（復興特別法人税）
（別紙４－１）
平成２５年３月課税事業年度
（単位：円）
区分
年月日
Ａ
課税標準法人税額Ｂ
納付すべき税額
Ｃ
過少申告
加算税
Ｄ重加算税
確定申告
①
平成25年6月28日
△717,845
－－
更正処分等
②
平成26年9月11日
622,261,000
61,508,200
9,294,500
28,000
異議申立て
③
平成26年11月10日
△717,845
－－
更正の請求
④
平成26年12月9日
434,785,000
42,760,600
－－
更正処分等
（更正の請求に基づくもの）⑤
平成27年1月27日
434,785,000
42,760,600
6,486,500
21,000
異議決定
⑥
平成27年2月9日
棄却
審査請求
⑦
平成27年3月9日
△717,845
－－
審査裁決
⑧
平成28年2月23日
棄却
（注）「△」は還付金額を表す。
（別紙４－２）
平成２６年３月課税事業年度
（単位：円）
区分
年月日
Ａ
課税標準法人税額Ｂ
納付すべき税額
Ｃ
過少申告
加算税
Ｄ重加算税
確定申告
①
平成26年6月30日
5,468,355,000
542,564,600
－－
修正申告
②
平成26年10月10日
12,306,080,000
1,226,337,100
－－
更正の請求
③
平成26年10月31日
5,491,513,000
544,880,400
－－
通知処分
④
平成27年1月27日
更正をすべき理由がない旨の通知処分
審査請求
⑤
平成27年3月9日
取消し
審査裁決
⑥
平成28年2月23日
棄却
（別紙５－１）
平成２５年３月期の法人税額の計算
【単位：円】
（注）1 「所得金額」欄の△印は、欠損金額を示す。
2 各税額欄の△印は、還付金の額に相当する税額を示す。
3 ※は、更正の請求による更正処分に係るものである。
4 納付すべき法人税額（㉖）及び差引納付すべき法人税額（㉘）は還付金の額に相当する税額であるため、端数を切り捨てていない。
5 翌期へ繰り越すべき欠損金額は、所得金額（㉑）欄記載の欠損金額が平成２５年３月期の確定申告における欠損金額を超えることから、確定申告における欠損金額としている。
区分
項目
平成25年３月期
申告所得金額
①
△38,114,138,105
加算
現物出資による移転資産の譲渡益の計上漏れ
②
交際費等の損金不算入額
③
3,519,528
貯蔵品の計上漏れ
④
105,785,681
役員給与の損金不算入額
⑤
25,600,000
租税公課のうち損金の額に算入されない金額
⑥
1,444,740
租税公課等のうち損金の額に算入されない金額
⑦
1,289,954
雑収入の計上漏れ
⑧
寄附金の損金不算入額の増加額
⑨※
小計
⑩
137,640,785
減算
企業拠出年金の損金算入額
⑪
167,747,000
過大計上された貯蔵品の損金算入額
⑫
15,794,475
控除対象外国法人税額の損金不算入額の過大額
⑬
1,444,740
通信費の損金算入額
⑭
3,370,631
租税公課の損金算入額
⑮
4,398,163
固定資産売却益の過大額
⑯
44,791
寄附金の損金不算入額の過大額
⑰
受取配当等の益金不算入額
⑱※
4,646,244
事業税等の損金算入額
⑲
911,300
小計
⑳
198,357,344
所得金額（①＋⑩－⑳）
㉑
△38,174,854,664
課税所得金額
（千円未満の端数切捨て）
㉒
課税所得金額に対する法人税額（㉒×25.5％）
㉓
法人税額の特別控除額
㉔※
法人税額から控除される所得税額等の額
㉕
204,987,856
納付すべき法人税額
（㉓－㉔－㉕、百円未満の端数切捨て）
㉖
△204,987,856
既に納付の確定した法人税額
㉗
△206,432,596
差引納付すべき法人税額
（㉖－㉗、百円未満の端数切捨て）
㉘
1,444,740
翌期へ繰り越すべき欠損金額
㉙
38,114,138,105
（別紙５－２）
平成２５年３月期の法人税に係る各加算税額の計算
【単位：円】
区分
項目
平成２5年3月期
本件各更正処分により納付すべき法人税額
①
1,444,740
①の内、過少申告加算税の基礎となる税額
（１万円未満切捨て））
②
1,440,000
②の内、国税通則法65条２項の規定による
加算税の基礎となる税額（②－500,000円）
③
940,000
①の内、重加算税の基礎となる税額
（１万円未満切捨て）
④
過少申告加算税の割合
⑤
10％
③に対する加算税の割合
⑥
5％
重加算税の割合
⑦
35％
過少申告加算税額（通常分）
（②×⑤）
⑧
144,000
過少申告加算税額（加重分）
（③×⑥）
⑨
47,000
過少申告加算税額（⑧＋⑨）
⑩
191,000
重加算税の額（④×⑦）
⑪
加算税計（⑩＋⑪）
⑫
191,000
（別紙５－３）
平成２５年３月期の復興特別法人税額の計算
【単位：円】
区分
項目
平成25年３月課税事業年度
課税標準法人税額の計算
法人税額
①
法人税額の特別控除額
②
基準法人税額（①－②）
③
課税標準法人税額
（③、千円未満切捨て）
④
復興特別法人税額（④×10％）
⑤
控除税額
⑥
717,845
差引復興特別法人税額
（⑤－⑥、百円未満切捨て）
⑦
△717,845
既に納付の確定した復興特別法人税額
⑧
△717,845
差引納付すべき復興特別法人税額
（⑦－⑧）
⑨
（注）各税額欄の△印は、還付金の額に相当する税額を示す。
（別紙５－４）
平成２５年３月期の復興特別法人税に係る各加算税額の計算
【単位：円】
区分
項目
平成25年３月課税事業年度
本件各更正処分により納付すべき復興特別法人税額
①
①の内、過少申告加算税の基礎となる税額
（１万円未満切捨て）
②
②の内、国税通則法65条２項の規定による
加算税の基礎となる税額（②－500,000円）
③
①の内、重加算税の基礎となる税額
（１万円未満切捨て）
④
過少申告加算税の場合
⑤
10％
③に対する加算税の割合
⑥
5％
重加算税の割合
⑦
35％
過少申告加算税額（通常分）
（②×⑤）
⑧
過少申告加算税額（加重分）
（③×⑥）
⑨
過少申告加算税額（⑧＋⑨）
⑩
重加算税の額（④×⑦
⑪
加算税計（⑩＋⑪）
⑫
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/89446/detail4/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2020/pdf/13394.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。