税務訴訟資料第２７０号－１５（順号１３３７５）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号所得税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（戸塚税務署長事務承継者鎌倉税務署長）
令和２年１月３０日棄却・控訴
判決
原告甲
同訴訟代理人弁護士沼井英明
同小松正和
同補佐人税理士戸川信義
被告国
同代表者法務大臣三好雅子
処分行政庁戸塚税務署長事務承継者
鎌倉税務署長金子剛
指定代理人別紙１指定代理人目録のとおり
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 戸塚税務署長が平成２７年２月２７日付けで原告に対してした平成２３年分の所得税の更正処分のうち、総所得金額２００９万２０５０円、納付すべき税額３３３万４１００円を超える部分、及び同処分に伴う過少申告加算税賦課決定処分のうち２万６０００円を超える部分を取り消す。
２ 戸塚税務署長が平成２７年２月２７日付けで原告に対してした平成２４年分の所得税の更正処分のうち、総所得金額２２０４万９０３４円、納付すべき税額３６７万６６００円を超える部分、及び同処分に伴う過少申告加算税賦課決定処分のうち４万１０００円を超える部分を取り消す。
３ 戸塚税務署長が平成２７年２月２７日付けで原告に対してした平成２５年分の所得税の更正処分のうち、総所得金額２１９３万３６４９円、納付すべき税額につき３７７万８９００円を超える部分、及び同処分に伴う過少申告加算税賦課決定処分を取り消す。
４ 戸塚税務署長が平成２７年２月２７日付けで原告に対してした平成２２年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間に係る消費税及び地方消費税の各決定処分並びにこれに伴う無申告加算税賦課決定処分を取り消す。
５ 戸塚税務署長が平成２７年２月２７日付けで原告に対してした平成２３年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間に係る消費税及び地方消費税の各決定処分並びにこれに伴う無申告加算税賦課決定処分を取り消す。
６ 戸塚税務署長が平成２７年２月２７日付けで原告に対してした平成２４年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間に係る消費税及び地方消費税の各決定処分並びにこれに伴う無申告加算税賦課決定処分を取り消す。
７ 戸塚税務署長が平成２７年２月２７日付けで原告に対してした平成２５年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間に係る消費税及び地方消費税の各決定処分並びにこれに伴う無申告加算税賦課決定処分を取り消す。
第２ 事案の概要
１ 横浜市内に保険医療機関であるＡクリニック（以下「本件クリニック」という。）を個人で開設する医師である原告は、平成２３年分から平成２５年分まで（以下「本件各年分」という。）の所得税及び復興特別所得税（以下「所得税等」という。）の確定申告をするに当たり、その事業所得の金額の計算上、他の保険医療機関（以下「本件各病院」という。）で実施された手術について業務委託契約に基づき行った麻酔関連医療業務（以下「本件業務」という。）に係る報酬（以下「本件各報酬」という。）の金額が租税特別措置法（平成２５年法律第５号による改正前のもの。以下「措置法」という。）２６条１項にいう「社会保険診療につき支払を受けるべき金額」に該当することを前提に、同項所定の概算経費率（後記２（１）参照）を乗じて計算した金額（以下「本件概算経費額」という。）を必要経費に算入した。また、原告は、本件業務に係る役務の提供（以下「本件役務提供」という。）の対価（本件各報酬）につき、消費税法上（平成２４年法律第６８号による改正前のもの。以下同じ。）非課税となることを前提に、平成２２年１月１日から平成２５年１２月３１日までに係る各課税期間（以下、例えば平成２２年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間を「平成２２年課税期間」といい、他の課税期間についても同様に表記する。平成２２年課税期間から平成２５年課税期問までを併せて「本件各課税期間」という。）の消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）の確定申告をしなかった。
これに対し、戸塚税務署長（処分行政庁）は、本件各報酬額は上記「社会保険診療につき支払を受けるべき金額」に該当せず、本件概算経費額を必要経費に算入することはできないことなどを理由に、原告に対し、平成２７年２月２７日付けで、本件各年分の所得税等の各更正処分（以下、例えば平成２３年分の更正処分を「平成２３年分所得税更正処分」といい、他の年分についても同様に表記する。本件各年分の更正処分を併せて「本件所得税各更正処分」という。）及びこれらに伴う過少申告加算税賦課決定処分（以下「本件所得税各賦課処分」といい、本件所得税各更正処分と併せて「本件所得税各処分」という。）をした。また、戸塚税務署長は、同日付けで、本件役務提供の対価（本件各報酬）は消費税法上非課税とならないことを理由に、本件各課税期間に係る消費税等の各決定処分（以下、例えば平成２２年課税期間に係る消費税等の決定処分を「平成２２年課税期間消費税決定処分」といい、他の課税期間についても同様に表記する。本件各課税期間の消費税等の決定処分を併せて「本件消費税各決定処分」という。）及びこれらに伴う無申告加算税賦課決定処分（以下「本件消費税各賦課処分」といい、本件消費税各決定処分と併せて「本件消費税各処分」といい、本件所得税各処分と本件消費税各処分を併せて「本件各処分」という。）をした。
本件は、原告が、被告を相手に、本件所得税各処分の一部（本件概算経費額の必要経費への不算入を理由とする部分）の取消しを求めるとともに、本件消費税各処分の全部の取消しを求める事案である。
２ 関係法令等の定めの概要
本件に関係する法令等の定めの概要は次のとおりである。
（１）措置法
ア 所得税法２７条２項は、事業所得の金額はその年中の事業所得に係る総収入金額から必要経費を控除した金額とする旨を定めるところ、措置法２６条１項は、医業又は歯科医業を営む個人が、各年において、社会保険診療につき支払を受けるべき金額を有する場合において当該支払を受けるべき金額が５０００万円以下であるときは、その年分の事業所得の金額の計算上、当該社会保険診療に係る費用として必要経費に算入する金額は、所得税法３７条１項及び第２編第２章第２節第４款の規定にかかわらず、当該支払を受けるべき金額の２５００万円以下の部分についてはその７２％、２５００万円を超え３０００万円以下の部分についてはその７０％、３０００万円を超え４０００万円以下の部分についてはその６２％、４０００万円を超え５０００万円以下の部分についてはその５７％（以下、このような割合を「概算経費率」という。）に相当する金額の合計額とする旨を定めている（以下、同項による社会保険診療報酬の所得計算の特例を「本件特例」という。）。
イ そして、措置法２６条２項は、本件特例の適用対象となる社会保険診療について、同項各号に掲げる給付又は医療、介護等をいう旨を定めるところ、同項１号は、健康保険法、国民健康保険法、国家公務員共済組合法、地方公務員等共済組合法などの各法律（以下、同号に記載の各法律を併せて「健康保険法等」という。）の規定に基づく療養の給付や医療の給付等（以下、同号に記載の各給付を併せて「療養の給付等」という。）を定めている。
ウ 本件特例の沿革等（乙２０）
本件特例は、所得税の負担の軽減により社会保険医について一定の所得水準の維持を図る趣旨で昭和２９年に創設され、当初は、社会保険診療報酬の全額について、その７２％に相当する金額を控除することが認められていた。
税制調査会は、本件特例は税負担の公平を阻害する程度が著しい措置であるとして度々答申を提出した。そして、昭和４７年以降、社会保険診療報酬課税特別部会における審議を経た結果、社会保険医についてのみ概算経費率を法定して必要経費の積上げ計算を不要とすることは適当でないといわざるを得ないが、課税の簡便性・安定性からすれば、引き続き概算経費率を法定することはやむを得ないなどとして、本件特例の制度自体は維持されたものの、昭和５４年の税制改正において、社会保険診療報酬の収入金額に応じて５段階（上記アの４区分〔７２％、７０％、６２％、５７％〕のほか、５０００万円を超える部分については５２％）に区分された概算経費率が定められた。その後、昭和６３年の税制改正において、地域医療の確保等に配慮しつつ、税負担の公平確保の要請に応える観点から、年間の社会保険診療報酬の支払を受けるべき金額が５０００万円を超える場合は本件特例を適用しないこととされ、これにより、概算経費率の定めは上記アのような４段階の区分となった。
（２）消費税法
ア 消費税法４条１項は、国内において事業者が行った資産の譲渡等（事業として対価を得て行われる資産の譲渡及び貸付け並びに役務の提供。同法２条１項８号）には消費税を課する旨を定めているところ、その例外として、同法６条１項は、国内において行われる資産の譲渡等のうち同法別表第１に掲げるものには消費税を課さない旨を定めている。そして、同別表６号は、消費税を課さない資産の譲渡等（以下「非課税資産の譲渡等」という。）として、同号イからトまでに掲げる「療養若しくは医療又はこれらに類するものとしての資産の譲渡等」を定めており、療養の給付等もこれに含まれている（同号イ）。
なお、本件において、原告は、本件役務提供が消費税法別表第１第６号に規定する療養の給付等に当たることを理由に、その対価である本件各報酬が非課税となる旨を主張しており、本件役務提供が同号所定の他の非課税資産の譲渡等に当たる旨の主張はしていない。
イ 診断群分類による診療報酬の包括評価制度の下における取扱い
（ア）我が国の保険診療における診療報酬体系は、診療行為や投薬に応じた出来高払方式によるものであったが、検査や投薬等の増大に伴って診療報酬が高額になることにより過剰な医療につながるおそれがあったことなどから、診断群分類（ＤｉａｇｎｏｓｉｓＰｒｏｃｅｄｕｒｅＣｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ）による診療報酬の包括評価制度が導入され、臨床的に類似する各患者を診断群分類としていくつかに区分し、その診断群分類ごとに定められた診療報酬が医療機関に支払われるという包括支払方式が採用されている（以下、上記の診断群分類に基づいて評価される、入院１日当たりの定額により診療報酬が算定される病棟を「ＤＰＣ算定病棟」という。）。
（イ）ＤＰＣ算定病棟に入院中の患者が他の医療機関を受診した場合、他の医療機関が分配を受けた診療に係る費用に消費税が課税されるか否かについて、厚生労働省保険局医療課の平成２４年８月９日付け事務連絡（以下「平成２４年厚労省事務連絡」という。）は、下記のとおりの解釈を示している（甲２３）。
記
（問）ＤＰＣ算定病棟に入院中の患者に対し他医療機関での診療が必要となり、当該入院中の患者が他医療機関を受診した場合（当該入院医療機関にて診療を行うことができない専門的な診療が必要となった場合等のやむを得ない場合に限る。）の他医療機関において実施された診療にかかる費用は、入院医療機関の保険医が実施した診療の費用と同様の取扱いとし、入院医療機関において請求し、この場合の医療機関間での診療報酬の分配は、相互の合議に委ねるものとされているが、当該分配により他医療機関が得た収入には消費税が課税されるか。
（答）健康保険法等の規定に基づく療養の給付等は、消費税が非課税となる（消費税法６条）。質問のケースの場合、他医療機関が行う診療にあっては、社会保険診療であるから、当該療養の給付に係る診療報酬は入院医療機関との合議で受け取ったものについても消費税が非課税となる。
（３）社会保険診療に関する法令
ア 健康保険法
（ア）措置法２６条２項１号には、本件特例の対象となる社会保険診療のうち、療養の給付等に関する法律として、健康保険法のほか、国民健康保険法、高齢者の医療の確保に関する法律、船員保険法、国家公務員共済組合法、地方公務員等共済組合法、私立学校教職員共済法、戦傷病者特別援護法、母子保健法、児童福祉法、原子爆弾被爆者に対する援護に関する法律が列挙されているところ、これらの各法律においては、療養の給付及び療養の担当、診療報酬の算定方法、請求、審査、支払等について、いずれも健康保険法の規定を準用し、あるいは、同法ないしこれによる命令の例によるなどとされている。
（イ）療養の給付の概要
ａ 健康保険法は、被保険者に係る同法による保険給付の一つとして、療養の給付を規定しているところ（同法５２条１号）、同法６３条１項は、被保険者の疾病又は負傷に関しては、次のとおり同項各号に定める療養の給付を行う旨を定めている。１号診察
２号薬剤又は治療材料の支給
３号処置、手術その他の治療
４号居宅における療養上の管理及びその療養に伴う世話その他の看護
５号病院又は診療所への入院及びその療養に伴う世話その他の看護
ｂ 健康保険法６３条３項は、療養の給付（上記ａ）を受けようとする者は、厚生労働省令で定めるところにより、同項各号に掲げる病院若しくは診療所又は薬局のうち、自己の選定するものから受けるものとする旨を定めており、この病院等の一つとして、同項１号は、保険医療機関を掲げている。
（ウ）保険医療機関の責務
健康保険法７０条１項は、保険医療機関は、厚生労働省令で定めるところにより、当該保険医療機関において診療に従事する保険医に診療に当たらせるほか、療養の給付を担当しなければならない旨を定めている。
（エ）保険医の責務
健康保険法６４条は、保険医療機関において健康保険の診療に従事する医師は、厚生労働大臣の登録を受けた保険医でなければならない旨を定めている。そして、同法７２条１項は、保険医療機関において診療に従事する保険医は、厚生労働省令で定めるところにより、健康保険の診療に当たらなければならない旨を定めている。
（オ）療養の給付に係る費用負担等
ａ 健康保険法７４条１項は、保険医療機関から療養の給付を受ける者は、その給付を受ける際、所定の一部負担金を当該保険医療機関に支払わなければならないとする一方、同法７６条１項は、保険者（全国健康保険協会、健康保険組合）は療養の給付に関する費用を保険医療機関に支払うものとし、保険医療機関が療養の給付に関し保険者に請求することができる費用の額は、療養の給付に要する費用の額から、上記一部負担金に相当する額を控除した額とする旨を定めている。
ｂ 健康保険法７６条２項は、療養の給付に要する費用の額は、厚生労働大臣が定めるところ（「診療報酬の算定方法」〔平成２０年厚生労働省告示第５９号〕を指す。）により算定するものとし、同条４項は、保険者は、保険医療機関から療養の給付に関する費用の請求があったときは、上記（ウ）及び（エ）の厚生労働省令並びに同条２項及び３項の定めに照らして審査の上支払う旨を定め、同条５項は、保険者は上記の審査及び支払に関する事務を社会保険診療報酬支払基金等（以下「基金等」という。）に委託することができる旨を定めている。
イ 保険医療機関及び保険医療養担当規則（昭和３２年厚生省令第１５号。以下「療養担当規則」という。）
療養担当規則１６条は、保険医は、患者の疾病又は負傷が自己の専門外にわたるものであるとき、又はその診療について疑義があるときは、他の保険医療機関に転医させ、又は他の保険医の対診を求める等診療について適切な措置を講じなければならない旨規定している。
３ 前提事実（争いのない事実、顕著な事実及び掲記の証拠により容易に認められる事実）
（１）原告及び本件クリニックについて
原告は、横浜市戸塚区に保険医療機関であるＡクリニック（本件クリニック）を個人で開設している医師であり、麻酔科を専門としている（以下、原告のように麻酔科を専門としている医師を「麻酔専門医」という。）。本件当時、本件クリニックにおいて、診療に従事する医師は原告のみであり、従業員は看護師１名のみであった。
（２）他の保険医療機関との麻酔関連医療業務委託契約の締結等
原告は、本件当時において、本件各病院、すなわち、①一般財団法人Ｂ病院（以下「Ｂ病院」という。）、②一般財団法人Ｃ病院（以下「Ｃ病院」という。なお、上記２法人のいずれも、一般財団法人への移行前は財団法人であった。）及び③Ｄ病院（以下「Ｄ病院」という。）との間で、それぞれ、麻酔関連医療業務委託契約を締結していた（以下「本件各業務委託契約」という。なお、以下における各病院の記載は、上記各法人等を指す場合と、上記各法人等が開設する保険医療機関を指す場合がある。）。
原告は、本件各業務委託契約に基づき、本件各病院で実施される手術において麻酔施術（以下「本件麻酔施術」といい、その対象とされた手術を「本件手術」という。）を行い、その対価として、同契約所定の報酬を本件各病院から受けていた（このように本件各業務委託契約に基づき本件各病院から支払を受けた報酬のうち、原告が社会保険診療分であるとして請求したものが、本件各報酬である。）。
（３）原告の消費税に係る届出等の状況
ア 原告は、平成２０年９月９日、戸塚税務署長に対し、①消費税法２条１項１４号に規定する基準期間（平成１８年１月１日から同年１２月３１日までの期間）における課税売上高が１０００万円を超えることとなったことから、同法５７条の規定に基づき、適用開始課税期間を平成２０年課税期間とする「消費税課税事業者届出書」を提出し、併せて、②平成２１年課税期間から同法３７条１項（中小事業者の仕入れに係る消費税額の控除の特例）に規定する簡易課税制度（別紙２の第２の１（２）参照）の適用を選択する旨の「消費税簡易課税制度選択届出書」を提出した。上記②の届出書には、事業の内容を不動産賃貸業及び医療業（一般診療所）とする旨、事業区分を第５種事業とする旨が記載されていた。（甲２１、２２）
イ 原告は、平成２２年１０月２７日、戸塚税務署長に対し、基準期間（平成２０年課税期間）における課税売上高が１０００万円以下となり、平成２２年課税期間から消費税の納税義務がなくなった旨などを記載した「消費税の納税義務者でなくなった旨の届出書」を提出した（甲２２）。
原告がこのように上記基準期間における課税売上高が１０００万円以下となったとしたのは、本件役務提供の対価（本件各報酬）が消費税法上非課税となることを前提としたものであった。
ウ 原告は、平成２３年６月３０日、戸塚税務署長に対し、納税地を原告の当時の住所（横浜市戸塚区）から本件クリニックの所在地（同区●●）へ変更する旨などを記載した「所得税・消費税の納税地の変更に関する届出書」を提出した（甲２１、２２)。
（４）本件訴訟に至る経緯
ア 原告は、本件各年分の所得税等について、別表１－１から１－３までの「確定申告」欄記載のとおり、いずれも法定申告期限内に申告した（甲１６～１８、乙１、６、１０)。原告がしたこれらの申告は、本件各報酬額が措置法２６条１項にいう「社会保険診療につき支払を受けるべき金額」に該当することを前提に、本件特例（関係法令等（１））の概算経費率を乗じて計算した金額（本件概算経費額）を必要経費に算入して、事業所得の金額を計算したものであった。
また、原告は、上記（３）イのとおり平成２２年課税期間から消費税の納税義務がなくなった旨の届出をしていたことから、本件各課税期間の消費税等について、いずれも法定申告期限までに確定申告をしなかった。
イ 戸塚税務署長は、平成２７年２月２７日付けで、本件各報酬額は措置法２６条１項にいう「社会保険診療につき支払を受けるべき金額」に該当せず、本件概算経費を必要経費に算入することはできないことや、一部に収入金額の計上漏れがあったこと（原告が平成２４年１２月分としてＢ病院に請求した２３１万２０６３円）などを理由に、別表１－１から１－３までの「更正処分等」欄記載のとおり本件所得税各処分をした（甲２０の１～３）。
また、戸塚税務署長は、平成２７年２月２７日付けで、本件各報酬に対応する役務の提供（本件役務提供）は消費税法６条１項、別表第１第６号に規定する非課税資産の譲渡等（関係法令等（２）ア）に該当せず、また、本件各課税期間の基準期間の課税売上高がいずれも１０００万円を超えていることから、原告は本件各課税期間の消費税等について納税義務者になるとして、別表２－１から２－４までの「決定処分等」欄記載のとおり、本件消費税各処分をした（甲２０の４～７）。
ウ 原告は、平成２７年４月８日、本件各処分の取消しを求めて異議申立てをしたが、戸塚税務署長は、同年７月２日付けで原告の異議申立てをいずれも棄却する旨の決定をした（甲２１）。
エ 原告は、平成２７年７月３０日、本件各処分の取消しを求めて審査請求をしたが、国税不服審判所長は、平成２８年４月４日付けで、原告の審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をした（甲２２）。
オ 原告は、平成２８年９月３０日、本件訴えを提起した（当裁判所に顕著な事実）。
４ 本件各処分の適法性に関する被告の主張
被告が本件訴訟において主張する本件各処分の根拠及び計算は別紙２記載のとおりであるところ、原告は、後記５の争点に関する部分を除き、その計算の基礎となる金額及び計算方法を明らかに争わない。
５ 争点及びこれに関する当事者の主張の要旨
本件の争点は、（１）本件各報酬額は、措置法２６条１項にいう「社会保険診療につき支払を受けるべき金額」に該当するか否か（争点（１））、（２）本件役務提供は、消費税法６条１項、別表第１第６号に規定する非課税資産の譲渡等に該当するか否か（争点（２））であり、これに関する当事者の主張の要旨は別紙３記載のとおりである（同別紙において定義した用語は、本文においても用いる。）。
第３ 当裁判所の判断
当裁判所は、原告が本件各業務委託契約に基づいて行った本件麻酔施術は、原告が療養の給付の主体として行ったものとは認められず、本件各報酬額は措置法２６条１項にいう「社会保険診療につき支払を受けるべき金額」に該当しないため、本件概算経費額を必要経費に算入することができないとしてされた本件所得税各処分は適法であり、また、本件役務提供は消費税法６条、別表第１第６号に規定する非課税資産の譲渡等に該当しないため、これを前提にされた本件消費税各処分も適法であると判断する。その理由の詳細は、次のとおりである。
１ 認定事実
前記前提事実に証拠（各掲記のほか、甲４４、原告本人）及び弁論の全趣旨を総合すると、原告が本件各病院との間で締結した本件各業務委託契約の内容や、原告が同契約に基づき行った麻酔関連医療業務（本件業務）の内容等について、以下の事実を認めることができる（末尾に証拠等の掲記のない事実は、当事者間に争いがない。）。
（１）Ｂ病院について
ア 業務委託契約の内容（甲６の１及び２）
本件クリニック（原告）がＢ病院との間において締結した業務委託契約（平成２２年４月１日付け、平成２３年４月１日付け）には、①同病院は原告に対し院内における麻酔関連医療業務を委託し、原告はこれを受託すること（第１条）、②院内における麻酔関連医療業務についての診療契約は、患者は原告との間で直接締結すること（第２条）、③原告が行った上記業務中の社会保険診療分に対して同病院が算定した社会保険診療報酬について、同病院及び原告が一定の割合で分配すること（第４条）、④原告が行った上記業務中の自由診療分に係る報酬については、同病院が原告に対し消費税とともに支払うこと（第５条）、⑤原告は、前月１日から末日までの報酬を毎月１０日までに同病院に請求し、同病院は、上記③の社会保険診療報酬については、同病院が保険者の振込を受けた後速やかに、原告の請求金額と保険者からの決定金額に従って、原告が指定した口座に振り込んで支払い、上記④の報酬については、毎月１０日に前月分の請求金額を上記口座に振り込んで支払うこと（第６条）等の約定があった。
そして、原告は、Ｂ病院が算定した社会保険診療報酬のうち、平成２２年４月１日から平成２３年３月３１日までは社会保険診療報酬点数の８６％に相当する金額、同年４月１日から平成２４年３月３１日までは上記点数の８１％に相当する金額につき、上記約定に従って支払を受けていた。
イ 業務の内容等（甲３９、乙１５、１６）
（ア）Ｂ病院における麻酔施術に関しては、水曜日から金曜日までに実施される手術については原告が、月曜日及び火曜日に実施される手術についてはＢ病院の外科医師又はＥ大学からの派遣医師等が、それぞれ担当していた。ただし、原告が事故や災害等のため手術当日に来院できない緊急時には、原告に代わってＢ病院の医師が対応することとされていた。
（イ）主治医は、患者の診察・診療を行った上で、手術が必要と判断した場合、患者及びその親族（以下「患者等」という。）に対し、入院直前の外来診察時に、入院診療計画等を示して手術等の事前説明を行っていたが、その際、麻酔に関しては、「麻酔の説明と同意書」（乙１５の別添１）に基づき、麻酔方法の種類、麻酔による副作用や合併症等について説明の上、患者等の同意を得ていた。
原告が担当した本件麻酔施術に関しては、主治医による上記説明に加え、原告も、自ら作成した「麻酔承諾書」（甲９）に基づき、当該患者に行う麻酔方法等の詳細について事前説明を行うのが通常であり、かかる説明は、原告の来院日に行われる術前外来や手術の前日・当日において、Ｂ病院の診察室等を使用して行われていた。なお、原告がこのような事前説明を行う時間的余裕がない場合などには、原告の依頼に基づき、主治医から患者等に対し、原告が本件麻酔施術を担当する旨を説明することがあった。（以上につき、甲９、３９、乙１６）
（ウ）患者に対する本件手術の予定及び内容については、主治医が原告の意見を聴いた上で決めていた（例えば、患者の全身状態に照らし、全身麻酔による手術ではリスクが大きい旨の意見を原告が述べた場合には、かかる意見を尊重して手術内容が決められた。）。そして、実施する手術内容が決まると、主治医が原告の都合も踏まえ手術日及び手術開始時刻を決定した上、麻酔依頼書を作成し、同書面により原告に麻酔の依頼をした。また、手術内容に変更がある場合等は、手術日の前日までに、手術室から原告にその旨電話やメールで連絡していた。（乙１６）
（エ）本件手術を担当する執刀医、看護師や臨床工学技士などの医療従事者は、麻酔を担当する医師（原告）を除き、全てＢ病院の医師等であった。また、本件麻酔施術を含め、本件手術を行うために必要な設備・器具・消耗品や薬剤等については、Ｂ病院が用意していた。
（オ）本件手術後の患者の管理や診察は、主治医が行っていたものの、原告も、本件麻酔施術を施行した患者（退院した患者を除く。）に対し、次の来院日に術後回診を行っていた（甲３９）。
ウ 診療録等の保管
原告を含む麻酔施術を担当する医師は、手術が行われた際、手術室において、麻酔時間や使用薬剤等を記録した麻酔記録（乙１５の別添２）を作成していた。この麻酔記録を含め、Ｂ病院内で医師が作成する書類及び患者等に署名を求めた同意書等の全ての書類は、同病院の診療録の一部として保管されていた。（乙１５）
他方、原告も、本件麻酔施術についての診療録を独自に作成し、管理していた。この診療録には、上記の麻酔記録が添付されたほか、麻酔中の困難な事象、患者の特異な体質、発生した合併症などの詳細が記録されていた。（甲４０、４１）
エ レセプト請求等
（ア）Ｂ病院において行われた手術の内容については、原告が行った本件麻酔施術も含め、主治医又は主治医の指示を受けた看護師がコンピュータに入力することにより管理しており、このデータがレセプト請求を担当する医事課に転送され、医事課の職員がレセプト請求データを作成していた。
そして、Ｂ病院が、本件麻酔施術に関する部分も含め、保険医療機関として一括して社会保険診療報酬を請求し、その支払を基金等から受けた後、前記アの契約で定められた割合に基づき、原告の銀行口座に振り込んでいた。
（イ）上記のレセプト請求に誤りがないようにするため、医事課では、原告から提出される「請求書」及び「麻酔関連医療費明細書」と、Ｂ病院で保管している診療録等とを突き合わせて確認をした上で、レセプト請求を行っていた。
（２）Ｃ病院について
ア 業務委託契約の内容
本件クリニック（原告）がＣ病院との間において締結した業務委託契約（平成２３年１１月１日付け、平成２５年４月１日付け）には、①同病院は原告に対し院内における麻酔関連医療業務を委託し、原告はこれを受託すること（第１条）、②原告が行った上記業務中の社会保険診療分に対して同病院が算定した社会保険診療報酬について、同病院及び原告がー定の割合で分配すること（第３条）、③原告が行った上記業務中の自由診療分に係る報酬については、同病院が原告に対し消費税とともに支払うこと（第４条）、④原告は、前月１日から末日までの報酬を毎月１０日までに同病院に請求し、同病院は、上記②の社会保険診療報酬については、同病院が保険者からの振込を受けた後速やかに、原告の請求金額と保険者の決定金額に従って、原告が指定した口座に振り込んで支払い、上記③の報酬については、毎月１０日に前月分の請求金額を上記口座に振り込んで支払うこと（第５条）等の約定があった（甲７の１及び２）。なお、平成２５年４月１日付け契約において、院内における麻酔関連医療業務についての診療業務は、診療が保険診療の場合、患者は原告との間で直接締結する旨の約定（第２条）が加えられた（甲７の２）。そして、原告は、Ｃ病院が算定した社会保険診療報酬のうち、社会保険診療報酬点数の８１％に相当する金額につき、上記約定に従って支払を受けていた（甲７の１及び２）。
イ 業務の内容等（甲１０、乙１８）
（ア）Ｃ病院における麻酔施術に関しては、火曜日に行われる整形外科手術については原告が、水曜日に行われる整形外科以外の手術についてはＣ病院の外科医師が、それぞれ担当していた。
（イ）主治医は、患者の診察・診療を行った上で、手術が必要と判断した場合、患者等に対し、入院診療計画等を示して手術等の事前説明を行っていたが、ここで患者等に示された「同意書」（乙１８の別添１）には、手術・処置法の説明と併せて、当該患者に行う麻酔方法についても記載されていた。
なお、Ｃ病院においては、原告の来院日が限られていたことなどから、原告が自ら患者等に対し事前説明をする時間的余裕がなかったため、上記「同意書」に加え、原告が作成した「麻酔承諾書」（甲１０）に基づき、主治医が、本件麻酔施術に関する事前説明を行い、患者等の同意を得ていた。
（ウ）本件手術の日程及び患者情報等は、主治医による手術日の決定後、主治医が作成する「麻酔依頼書」に基づき、手術室の看護師が、遅くとも手術日の前日までに原告にメールで連絡していた。
（エ）本件手術を担当する執刀医、看護師や臨床工学技士などの医療従事者は、麻酔を担当する医師（原告）を除き、全てＣ病院の医師等であった。また、本件麻酔施術を含め、本件手術を行うために必要な設備・器具・消耗品や薬剤等は、Ｃ病院が用意していた。
（オ）本件手術後の患者の管理や診療は、主治医が行っており、原告は、手術前後の診察等には関与せず、手術当日の麻酔施術のみを担当していた。
ウ 診療録等の保管
原告を含む麻酔施術の担当医師は、手術室において、患者ごとに麻酔方法、麻酔時間、麻酔薬など手術中の麻酔内容等を記録した麻酔記録（乙１８の別添４）を作成していた。この麻酔記録を含め、Ｃ病院内で医師が作成する書類及び患者等に署名を求めた同意書等の全ての書類は、同病院の診療録の一部として保管されていた。（乙１８）他方、原告も、本件麻酔施術についての診療録を独自に作成し、管理していた。この診療録には、上記の麻酔記録が添付されたほか、麻酔中の困難な事象、患者の特異な体質、発生した合併症などの詳細が記録されていた。（甲４２）
エ レセプト請求等
（ア）Ｃ病院では、基本的にコンピュータのシステムに入力されたデータに基づきレセプト請求データが作成されていたが、手術や麻酔については上記システムの入力対象外であったため、手術後、看護師が麻酔記録に基づいて作成した文書に基づき、医事課の職員によりレセプト請求データが作成されていた。
そして、Ｃ病院が、本件麻酔施術に関する部分も含め、保険医療機関として一括して社会保険診療報酬を請求し、基金等からその支払を受けた後、前記アの契約で定められた割合に基づき、原告の銀行口座に振り込んでいた。
（イ）上記のレセプト請求に誤りがないようにするため、医事課では、原告から提出される「請求書」及び「麻酔関連医療費明細書」と、Ｃ病院で保管している診療録等とを突き合わせて確認をした上で、レセプト請求を行っていた。
（３）Ｄ病院について
ア 業務委託契約の内容
本件クリニック（原告）がＤ病院との間において締結した業務委託契約（平成２５年１０月１日付け）には、①同病院は原告に対し院内における麻酔関連医療業務を委託し、原告はこれを受託すること（第１条）、②院内における麻酔関連医療業務についての診療契約は、診療が保険診療の場合、患者は原告との間で直接締結すること（第２条）、③原告が行った上記業務中の社会保険診療分に対して同病院が算定した社会保険診療報酬について、同病院及び原告が一定の割合で分配すること（第４条）、④原告が行った上記業務中の自由診療分に係る報酬については、同病院が原告に対し消費税とともに支払うこと（第５条）、⑤原告は、前月１日から末日までの報酬を毎月５日までに同病院に請求し、同病院は、上記③の社会保険診療報酬については、同病院が保険者からの振込を受けた後速やかに、原告の請求金額と保険者の決定金額に従って、原告が指定した口座に振り込んで支払い、上記④の報酬については、毎月末までに前月分の請求金額を上記口座に振り込んで支払うこと（第６条）等の約定があった（甲８）。
そして、原告は、Ｄ病院が算定した社会保険診療報酬のうち、社会保険診療報酬点数の９０％に相当する金額につき、上記約定に従って支払を受けていた（甲８）。
イ 業務の内容等（甲１１、乙１９）
（ア）Ｄ病院における麻酔施術に関しては、第１月曜日、第３月曜日及び第５月曜日に行われる整形外科手術については原告が、第２月曜日及び第４月曜日に行われる整形外科手術については外部から派遣された麻酔専門医が、それぞれ担当していた。
（イ）主治医は、入院の２週間前までに手術前検査を行い、手術日を決定すると、患者等に対し、「手術同意書」（乙１９の別添１）を示して手術等の事前説明を行っていたが、同書面には麻酔方法の種類等が記載されていた。
なお、Ｄ病院においては、原告の来院日が限られていたことなどから、原告が自ら患者等に対し事前説明をする時間的余裕がなかったため、上記「手術同意書」に加え、原告が作成した「麻酔承諾書」（甲１１）及び原告の依頼により主治医が作成した「麻酔専門医の往診について（同意書）」（乙１９の別添３）に基づき、主治医が、麻酔方法等に関する事前説明を行い、患者等の同意を得ていた。
（ウ）本件手術の日程及び患者情報等は、手術予定日の前週の金曜日に原告にファクシミリで連絡されていた。本件手術に際して麻酔関連の相談が必要になる場合には、原告が事前に診療録を確認することもあったが、ほとんど手術当日の対応のみで終了していた。
（エ）本件手術を担当する執刀医、看護師や臨床工学技士などの医療従事者は、麻酔を担当する医師（原告）を除き、全てＤ病院の医師等であった。また、本件麻酔施術を含め、本件手術を行うために必要な設備・器具・消耗品や薬剤等は、Ｄ病院が用意していた。
（オ）本件手術後の患者の管理や診察は、主治医が行っており、原告は、手術前後の診察等には関与せず、手術当日の麻酔施術のみを担当していた。
ウ 診療録等の保管
原告を含む麻酔施術の担当医師は、患者ごとに麻酔方法、麻酔時間、麻酔薬などの手術中の麻酔内容等を記録した「麻酔記録用紙」（乙１９の別添４）を作成していた。この麻酔記録用紙を含め、Ｄ病院内で医師が作成する書類及び患者等に署名を求めた同意書等の全ての書類は、同病院の診療録の一部として保管されていた。（乙１９）他方、原告も、本件麻酔施術についての診療録を独自に作成し、管理していた。この診療録には、上記「麻酔記録用紙」が添付されたほか、麻酔中の困難な事象、患者の特異な体質、発生した合併症などの詳細が記録されていた。（甲４３）
エ レセプト請求等（乙１９）
（ア）Ｄ病院では、基本的にコンピュータのシステムに入力されたデータに基づきレセプト請求データが作成されていたが、手術や麻酔については上記システムの入力対象外であったため、手術中に作成された「手術票」等の文書に基づき、医事課の職員によりレセプト請求データが作成されていた。
そして、Ｄ病院が、原告の行った本件麻酔施術に関する部分も含め、保険医療機関として一括して社会保険診療報酬を請求し、その支払を基金等から受けた後、前記アの契約で定められた割合に基づき、原告の銀行口座に振り込んでいた。
（イ）上記のレセプト請求に誤りがないようにするため、医事課では、原告から提出される「麻酔関連医療費明細書」及び「請求書」と、Ｄ病院で保管している診療録等を突き合わせて確認をした上で、レセプト請求を行っていた。
２ 争点１（本件各報酬額は、措置法２６条１項にいう「社会保険診療につき支払を受けるべき金額」に該当するか否か）について
（１）措置法２６条１項が定める本件特例は、医業又は歯科医業を営む個人が社会保険診療につき支払を受けるべき金額を有する場合において、当該支払を受けるべき金額が５０００万円以下であるときに、当該社会保険診療に係る費用として必要経費に算入する金額を、社会保険診療報酬の収入金額に応じ４段階に区分して定められた割合（概算経費率）に相当する金額の合計額とする旨を定めている（関係法令等（１）ア）。
本件特例の適用対象となる社会保険診療について規定する措置法２６条２項１号は、健康保険法のほか、国民健康保険法、国家公務員共済組合法等の各法律の規定に基づく療養の給付等を定めるところ（関係法令等（１）イ）、これらの各法律においては、いずれも健康保険法の療養の給付等に関する規定を準用するなどしている（関係法令等（３）ア（ア））。そして、原告が本件各病院内の本件手術において行った本件麻酔施術が、健康保険法６３条１項３号に定める「処置、手術その他の治療」に当たり、同項所定の療養の給付に該当することは、当事者間に争いがない。
本件で問題とされているのは、本件手術は保険医療機関である本件各病院において実施されたものであるところ、本件手術における本件麻酔施術は、同じく保険医療機関である本件クリニックを個人で開設する原告が行ったものであるため、本件クリニック（原告）が自ら主体として療養の給付を行ったと評価することができるか（すなわち、原告は本件麻酔施術に係る社会保険診療につき支払を受けるべき地位にあるのか）否かである。
（２）健康保険法は、被保険者の疾病又は負傷に関する療養の給付の内容として、診察（６３条１項１号）、処置、手術その他の治療（同項３号）、病院又は診療所への入院及びその療養に伴う世話その他の看護（同項５号）等を定めているところ（関係法令等（３）ア（イ）ａ）、これは、被保険者に対し、療養の給付として、傷病の治療等に必要かつ相当と認められる一連の医療サービスの給付を行う旨を定めたものと解される。そして、こうした医療サービスの給付を誰の責務として行わせるか（療養の給付の主体）については、昭和３２年の健康保険法改正により、医師、歯科医師又は薬剤師が療養の給付を担当するという従前の個人指定制度が改められ、保険医療機関が療養の給付を担当するという機関指定制度が採用されており、この機関指定制度の下では、保険医療機関は、その保険医に診療に当たらせるほか、療養の給付を担当しなければならない（同法７０条１項）。これは、今日における医療サービスが、医師のみならず、看護師、栄養士、診療放射線技師、臨床工学技士等の各種の医療従事者（以下「医師等」ということがある。）がそれぞれの専門性を持って協同することによって行われており、また、当該医療櫞関の各種の物的設備等も一体となって提供されているという実態を踏まえ、このような人（医師等）と物（設備等）とが有機的に結合された組織体としての保険医療機関が、自ら主体となって療養の給付を担当すべきことを定めるとともに、保険医個人については、当該保険医療機関が提供する療養の給付を構成する個別具体的な診療に従事するものと位置付けて、保険医療機関に療養の給付を行う責務があることを明らかにしたものと解される。
このように、健康保険法においては、人と物とが結合された組織体である保険医療機関が療養の給付の担い手となるものとされており、また、保険医療機関が行う療養の給付の内容として、傷病の治療等に必要かつ相当と認められる一連の医療サービスの給付が定められていることに照らすと、ある患者の治療等について複数の保険医療機関が関与する場合、一方の保険医療機関のみならず他方の保険医療機関も自ら主体となって療養の給付を行ったと評価されるためには、各保険医療機関の医師等が当該患者の治療等のために行った行為の具体的内容及びその関与の程度、各保険医療機関における物的設備等の負担の有無及び程度、他方の保険医療機関が当該患者の治療等に関与することとなった経緯及び双方の保険医療機関の関係等の事情を考慮して、他方の保険医療機関における関与が、人と物とが結合された組織体である保険医療機関として、自ら主体となって当該患者に対しその傷病の治療等に必要かつ相当と認められる医療サービスの給付を行ったものと評価することができるか否かという観点から判断することが相当である。
（３）前記１の認定事実を踏まえ、上記（１）及び（２）の観点に照らして、原告が自ら主体として療養の給付を行ったと評価することができるか否かについて、以下検討する。本件各病院の医師等は、主治医による診察・診療の結果、手術が必要とされた患者に対し、入院させて本件手術を行い、退院まで、診察、治療及び看護等を行っていた（認定事実（１）～（３）の各イ）。他方、本件クリニックの医師である原告は、本件各病院が実施する本件手術において、本件麻酔施術を行った。
一般に、手術においては、執刀医による執刀のほか、患者に対する各種の処置、病理検査などの各種医学検査、手術中に必要とされる薬剤等の使用など、医師その他の医療従事者による各種の医療関係行為が一体となって行われるものであり、麻酔施術もその一環として行われるものにほかならない。そして、本件各病院は、本件手術の実施に当たり、執刀医、看護師や臨床工学技士など、麻酔を担当する医師を除く全ての医療従事者を提供しているほか、本件手術に必要な設備や器具、薬剤等についても全て用意し提供している（認定事実（１）～（３）各イ（エ））のであるから、本件各病院が自ら主体となって本件手術を実施したものであることは明らかである。そうすると、当該患者の治療等への本件クリニック（原告）の関与は、本件各病院が主体となって実施した本件手術において、その各種の医療関係行為の一環として行われた本件麻酔施術につき、麻酔専門医である原告を提供したにとどまるものといえる。
また、本件クリニック（原告）が本件手術及び本件麻酔施術に関与することとなったのは、原告が本件各病院との間で本件各業務委託契約を締結し、各病院内の手術における麻酔関連医療業務（本件業務）を受託したことによるものである（認定事実（１）～（３）の各ア）ところ、これらの業務は特定の曜日等に原告が来院して行うこととされ、そのほかの曜日等には本件各病院の外科医師や外部から派遣された麻酔専門医が麻酔施術を行っていたこと（認定事実（１）～（３）の各イ（ア））に鑑みると、麻酔専門医が不在ないし不足している本件各病院において、本件クリニック（原告）との間で本件各業務委託契約を締結することによって、麻酔に関する専門的な知識経験を有する医師を安定的に確保し、もって手術の安全性を高めようとしたものと解される。
以上を踏まえると、本件クリニック（原告）は、本件各病院との本件各業務委託契約に基づき、本件各病院が実施した本件手術における本件麻酔施術を本件クリニックの医師（原告）に行わせていたにすぎないものであって、自ら主体となって本件各病院と共に本件手術を実施したとまで評価することができるものではない。また、本件手術における各種の医療関係行為の一環として行われた本件麻酔施術を、本体たる手術から切り離して、これとは別個の医療サービスの給付を成すものと解するのも相当ではない。そうすると、原告が行った本件麻酔施術は、本件各病院が実施した本件手術に包摂され、本件手術の一部を成すものとして医療サービスの給付（療養の給付）を構成するものというべきである。したがって、患者の治療等における本件クリニック（原告）の関与については、人と物とが結合された組織体である保険医療機関として、自ら主体となって当該患者に対しその傷病の治療等に必要かつ相当と認められる医療サービスの給付を行ったと評価することはできないから、原告が自ら主体として療養の給付を行ったと認めることはできない。
（４）原告の主張の検討
ア 原告は、上記（２）の判断枠組みに関し、①保険医療機関が医師を中心とした有機体を形成し組織体として一連の医療サービスを提供しているか否かは、保険医療機関として厚生労働大臣から指定を受けるための要件に過ぎず、自ら主体として療養の給付を行っているか否かを判断する上での考慮要素ではない、②保険医療機関にとって重要なことは、人と人及び人と物とが有機的、一体的に機能している点であり、物的設備の負担者が誰かではないから、物的設備等の負担の有無等を考慮要素とすべきではない旨を主張する。
しかしながら、上記（２）で説示したとおり、健康保険法は、医療サービスが医師等の協同により行われ、かつ、物的設備等も一体となって提供されることに着目して、人と物とが結合された組織体としての保険医療機関を療養の給付の主体として定めているのであるから、保険医療機関が自ら主体として療養の給付を行っているか否かを判断するに当たり、患者の治療等における保険医療機関の医師等の関与や物的設備等の負担を考慮に入れることは、むしろ当然のことというべきである。物的設備等の負担を考慮しなくてよいとする原告の主張は、合理性を有するものといえない。
したがって、原告の上記主張は採用することができない。
イ 原告は、本件各病院との間で締結された本件各業務委託契約は、療養担当規則１６条（関係法令等（３）イ）に定める対診を原告が行うことを約したものであって、原告による麻酔施術は対診医として行ったものであるから、原告が自ら主体として療養の給付を行ったものと評価すべきである旨を主張する。
しかしながら、麻酔専門医が麻酔施術を行うことにより手術の安全性が高まるとの効果が得られることを前提としても、麻酔施術を他の医師（外科医師など）が行うことは、対応が困難な一部の事例を除けば、特にそれ自体が困難であるというわけではなく、そもそも、療養担当規則１６条にいう「患者の疾病又は負傷が自己の専門外にわたるものであるとき」に当たるといえるかには疑問があるといわざるを得ない。
また、この点をおくとしても、上記（３）で説示したとおり、麻酔施術は手術における各種の医療関係行為の一環として行われるものであることに照らすと、原告が麻酔に係る専門的な知識経験を有する医師であることを理由に本件各病院との間で本件各業務委託契約が締結されたとしても、そのような原告の麻酔施術における専門性をもって、本件手術を実施する主体でない本件クリニック（原告）が自ら主体として療養の給付を行ったと評価するのは困難である。
以上によれば、原告の上記主張は採用することができない。
ウ 原告は、①本件各業務委託契約が社会保険診療報酬を本件各病院と原告とで「分配」すると定めており、原告は本件各病院との関係において対等で独立した立場にあること、②原告は本件各病院における本件手術の予定日や内容について重要な決定権を持っていたこと、③本件各病院の主治医が診療録に本件麻酔施術の記載をすることはなく、本件麻酔施術に関する記載が存する診療録は原告が保管していたこと、④実施した本件麻酔施術の内容を踏まえ、麻酔に関するレセプト請求に係る点数を決定していたのは原告であったことから、原告は本件麻酔施術を主体的に行っていたものである旨を主張する。しかしながら、原告が挙げる事情のうち上記③及び④については、原告が行った本件麻酔施術に係る記録は、本件手術を実施した本件各病院において診療録の一部として保管していたものであり、また、かかる記録に基づいて本件各病院がレセプト請求を行っていた（認定事実（１）～（３）の各ウ、エ）ものである。原告が本件麻酔施術の詳細についての記録を自ら保管していたことは、事後の照会等に備えるなどの趣旨によるものと解することができ、また、本件各病院がレセプト請求をするに当たり、原告から提出される請求書等と突き合わせて確認をしていたことは、請求の正確性を期すという趣旨によるものと解することができるから、これらの事情から直ちに、原告が自ら主体として療養の給付を行っていたと認められるものではない。
また、上記①については、本件各業務委託契約には本件麻酔施術に係る社会保険診療報酬について一定の割合で原告に分配する旨の約定がある（認定事実（１）～（３）の各ア）が、上記（３）に説示したとおり、本件各業務委託契約は本件各病院が麻酔について専門的な知識経験を有する医師を安定的に確保するために締結したものであることに鑑みると、上記約定は、本件業務に係る報酬額について社会保険診療報酬の額を基準として算定することにより、原告が提供する麻酔施術の専門性に見合った水準の報酬を確保しようとするものであり、このような観点に基づき本件業務に係る報酬額の決定方法を定めたものと理解し得るものである。また、上記（２）に説示したとおり、療養の給付の主体は、患者の治療等における保険医療機関の医師等の関与や物的設備等の負担などの事情に照らして、当該保険医療機関が自ら主体として療養の給付を行っていたといえるか否かを客観的に判断すべきものであるから、原告主張のような契約上の文言から直ちに、原告が療養の給付の主体であると認められるものではない。
次に、上記②については、Ｂ病院においては本件手術の予定や内容を決めるに当たり主治医が原告の意見を聴いていたこと（認定事実（１）イ（ウ））が認められる一方、原告の来院日が限られていたＣ病院及びＤ病院においてはそのような事実があったとは認められない（認定事実（２）及び（３）の各イ）。また、Ｂ病院において上記のような運用がされていたのは、原告の来院日が比較的多く、手術前に主治医とのコミュニケーションを図ることが比較的容易であったことによるものと解され、このような運用から直ちに、原告が自ら主体として療養の給付を行っていたと認められるものではない。以上によれば、原告の上記主張は採用することができない。
エ 原告は、本件麻酔施術を受ける患者と原告との間には麻酔に係る直接の診療契約関係が存在し、患者の本件麻酔施術に関する同意は原告において本件各病院とは別に取得していたから、原告は本件麻酔施術について主体的な立場を有していた旨を主張し、本件各業務委託契約においては本件麻酔施術について原告が患者との間で直接に診療契約を締結する旨の約定がある（認定事実（１）～（３）の各ア）。
しかしながら、本件各病院に入院して手術を受けようとする患者やその親族にとって、手術を実施する本件各病院との間で締結した診療契約のほかに、その手術の一環として行われる麻酔施術についても別個の診療契約を締結する意思があったとは考え難い。そして、本件手術に係る患者等に対し示された「麻酔承諾書」（認定事実（１）～（３）の各イ（イ）、甲９～１１）は、本件麻酔施術を外部の麻酔専門医である原告が行うことや、採用される麻酔方法等につき説明し、患者等の承諾を得る趣旨のものであり、Ｄ病院の患者等に示された「麻酔専門医の往診について（同意書）」（乙１９の別添３）も、外部の麻酔専門医である原告が患者情報を同病院と共有することなどについて患者等の承諾を得る趣旨のものであって、これらの文書により原告と患者等との間で診療契約が締結されたと認めることはできず、他に原告と患者等との間で診療契約が締結されたことを認めるに足りる証拠はない。
また、原告が患者等に対し麻酔方法等の説明をし麻酔に対する承諾を得ていたこと自体は、麻酔専門医として本件麻酔施術を担当する立場から、患者への十分な説明を尽くす趣旨で行われたものと理解することができるものであって、かかる事情により、原告が自ら主体として療養の給付を行ったか否かの判断が左右されるものではない。したがって、原告の上記主張は採用することができない。
オ 原告は、原告による本件麻酔施術は患者に対する本件手術の中核を占める重要なものであり、本件各病院においてより安全な麻酔施術は麻酔専門医である原告にしか実行することができないものであることは、本件麻酔施術を原告が主体として担当していることを裏付ける旨主張する。
しかしながら、上記（３）で説示したとおり、手術においては、執刀医による執刀のほか、医師その他の医療従事者による各種の医療関係行為が一体となって行われるのであって、麻酔施術もその一環として行われる医療行為の一つにとどまるのであるから、麻酔施術の重要性をもっても、これを手術の中核を占めるものと位置付けることが相当であるとはいえない。また、原告が麻酔に関する専門的な知識経験を有する医師であることは、本件手術の安全性の確保に資するものであるとしても、そのことによって、原告が自ら主体として本件各病院と共に本件手術を実施することとなったり、本件麻酔施術が本件手術から切り離されて別個の医療サービスの給付を成すものとなったりするものではないから、原告が自ら主体として療養の給付を行ったか否かの判断が左右されるものではない。
したがって、原告の上記主張は採用することができない。
カ 原告は、平成２４年厚労省事務連絡（関係法令等（２）イ）によれば、ＤＰＣ算定病棟に入院中の患者が外部の保険医療機関において外来診療を受けた場合、当該外来診療を行った委託先保険医療機関も療養の給付を主体的に担当していたことになるところ、この場合（ＤＰＣ病棟事例）と、原告の本件麻酔施術とを比較すると、患者が外部の保険医療機関に赴くか（ＤＰＣ病棟事例の場合）、外部の保険医療機関が委託元保険医療機関に赴くか（本件）の違いしかなく、ＤＰＣ病棟事例の場合と同様、本件についても、原告が療養の給付の主体と認められるべきである旨を主張する。
しかしながら、平成２４年厚労省事務連絡は、ＤＰＣ病棟事例について、入院先の保険医療機関であるＤＰＣ算定病棟において診療を行うことができない専門的な診療が必要となったため患者がやむを得ず他の保険医療機関を受診する必要がある場合について、当該他の保険医療機関が分配を受ける診療報酬につき消費税が課されない（他の保険医療機関も自ら主体として療養の給付を行ったものとみなされる。）旨を回答したものである。そして、この場合において、他の保険医療機関において行われる診療は、入院先の保険医療機関（ＤＰＣ算定病棟）で行われている入院治療とは独立した別個の医療サービスの給付であって、本来は別途に診療報酬が支払われるべきものであるが、入院先の保険医療機関が診療報酬の包括支払方式を適用されるＤＰＣ算定病棟であることから、基金等に対する社会保険診療報酬の支払請求を別途に行うことができないという手続の制約上、入院先の保険医療機関において基金等に対する支払請求をし、両保険医療機関間の協議により診療報酬を分配せざるを得ないという事情があったものであり、それぞれの保険医療機関が自ら主体として療養の給付を行ったことが明らかな事例であったといえる。これに対し、原告の本件麻酔施術は、本件各病院が実施した本件手術における各種の医療関係行為の一環として行われたものであるから、ＤＰＣ病棟事例とはその前提を異にするものといわざるを得ない。
なお、原告は、訪問診療において別の診療所が診療を行った場合や保険医療機関である病院に所在する保険薬局が薬剤を支給する場合を挙げ、複数の保険医療機関が特定の患者を診療することは一般的であり、その複数の保険医療機関の全てに診療の給付の主体性が認められることとの対比においても、原告に本件麻酔施術についての主体性が認められるべきであるなどと主張するが、本件手術という一つの医療サービスの中に原告が行った本件麻酔施術が包摂されると評価すべき本件と、原告が挙げる上記の例が異なることは明らかである。
したがって、原告の上記主張は採用することができない。
キ 原告は、療養の給付の主体性を判断するに際し、人的要素（保険医療機関の医師等の関与）及び物的要素（物的設備等の負担）を考慮し、これらにより形成される有機体として一連の医療サービスを提供したか否かを検討するとしても、①麻酔専門医である原告と本件各病院の執刀医その他の医療従事者は本件手術の遂行という目的のために有機体を形成しており、②本件麻酔施術に必要な設備、器具、消耗品及び薬剤については、これらに係る費用を原告が負担している上、その選定やメンテナンスに係る判断も原告が行っているから、原告は人的要素と物的要素が一体として結合した組織体として一連の医療サービスを提供している旨を主張する。
しかしながら、上記①については、麻酔専門医である原告が本件手術を担当する執刀医その他の医療従事者と本件手術の遂行のため一体となって医療行為を行うことは、原告の医師としての責務として当然のことであり、本件クリニック（原告）が自ら主体となって本件各病院と共に本件手術を実施したと評価し得る根拠となるものではない。次に、上記②については、確かに、原告は、本件各業務委託契約において本件業務に係る報酬を定めるに当たり、本件麻酔施術に係る社会保険診療報酬相当額の全額ではなく、１０％から１９％に相当する金額を控除した残額について支払を受けることとしていたものである（認定事実（１）～（３）の各ア）。
しかしながら、上記の控除割合は、病院によって、又は契約期間によって異なるところ、原告が本件麻酔施術を行うのに必要な本件各病院の物的設備の使用に係る費用、消耗品の購入に係る費用、看護師や臨床工学技士等の人件費などの諸費用がいくらであるかは、その概算すら明らかにされていない。また、本件各病院と原告が本件業務に係る報酬額を定めるに当たっては、原告に本件業務を委託することにより本件各病院において麻酔に関する専門的な知識経験を有する医師を安定的に確保することができること、その他本件各病院の収益や経営状況など、様々な事情や要素が考慮された上で、本件各病院と原告との交渉の結果として報酬額が定められたものと認められる（甲４４、原告本人、弁論の全趣旨）。そうすると、上記のような控除割合を定めるに当たり、本件麻酔施術を行うのに必要な費用についてどのように考慮されたかは、不明であるといわざるを得ない。また、仮に、原告が実質的にみて本件麻酔施術に係る費用のうち相当部分を負担していたとしても、そもそも本件麻酔施術は本件手術における各種の医療関係行為の一環として行われたものであるから、本件手術に必要とされる費用全体に占める割合は僅かなものにとどまるものということができ、上記のような費用の負担から直ちに、原告が自ら主体として療養の給付を行ったと認められるものではない。
また、原告が本件各病院の麻酔施術に係る物的設備等の購入やメンテナンスについて何らかの意見を述べたとしても、それは本件各病院に定期的に来院し麻酔施術を担当する医師の立場から参考としての意見を述べたにすぎないものと解されるから、保険医療機関である本件クリニック（原告）の物的設備等の負担には当たらない。
したがって、原告の上記主張は採用することができない。
（５）小括
以上によれば、原告は自ら主体として療養の給付を行ったとは認められないから、本件麻酔施術に係る社会保険診療につき支払を受けるべき地位にあるとはいえず、本件各報酬額は措置法２６条１項にいう「社会保険診療につき支払を受けるべき金額」に該当しない。したがって、同項所定の概算経費率を乗じて計算した金額（本件概算経費額）を必要経費に算入することができないとしてされた本件所得税各更正処分及びこれに伴う本件所得税各賦課処分は、いずれも適法である。
３ 争点（２）（本件役務提供は、消費税法６条１項、別表第１第６号に規定する非課税資産の譲渡等に該当するか否か）について
上記２で説示したとおり、原告は自ら主体として療養の給付を行ったとは認められないから、原告が本件業務について支払を受けた報酬は療養の給付の対価には当たらず、本件業務に係る役務の提供（本件役務提供）は、消費税法６条１項、別表第１第６号に規定する非課税資産の譲渡等に該当しない。したがって、本件役務提供が非課税資産の譲渡等に該当しないことを前提にされた本件消費税各決定処分及びこれに伴う本件消費税各賦課処分はいずれも適法である。
第４ 結論
よって、原告の請求はいずれも理由がないから、これらを棄却することとして、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第５１部
裁判長裁判官清水知恵子
裁判官進藤壮一郎
裁判官田中慶太
（別紙１）
指定代理人目録
松本亮一、伊藤隆行、菊地翔太、月岡憲幸、金光昭二、森西ひとみ
以上
（別紙２）
本件各処分の適法性に関する被告の主張
第１ 本件所得税各処分の根拠及び適法性
１ 本件所得税各更正処分の根拠
被告が本訴において主張する原告の本件各年分の所得税等に係る総所得金額等及び納付すべき税額等は、次のとおりである。
（１）平成２３年分
ア 総所得金額（別表１－１「更正処分等」欄の①）
４６２５万３６２９円
上記金額は、次の（ア）から（エ）までの各金額の合計額である。
（ア）事業所得の金額（同欄の②）
４０３５万６１３３円
上記金額は、次のａの金額から、ｂ及びｃの各金額を差し引いた後の金額である。
ａ 総収入金額
４３０３万８２２３円
上記金額は、原告の平成２３年分の所得税の確定申告書（以下「平成２３年分確定申告書」という。）に添付された平成２３年分所得税青色申告決算書（一般用）（以下「平成２３年分決算書」という。）の「売上（収入）金額」欄の金額と同額である。
ｂ 必要経費
２０３万２０９０円
上記金額は、平成２３年分決算書の「経費」の「計」欄の金額と同額である。なお、原告が本件各業務委託契約に基づき行った麻酔関連医療業務（本件業務）に関する報酬のうち原告が社会保険料診療分であるとして請求した報酬の金額（本件各報酬額）は、措置法２６条１項にいう「社会保険診療につき支払を受けるべき金額」に該当しないため、原告が平成２３年分決算書において「措置法差額」として控除した２６１６万１５８０円は、原告の事業所得の金額の計算上、必要経費に算入できない。
ｃ 青色申告特別控除額
６５万円
（イ）不動産所得の金額（同欄の③）
０円
（ウ）給与所得の金額（同欄の④）
５４６万７２３６円
（エ）雑所得の金額（同欄の⑤）
４３万０２６０円
イ 株式等に係る譲渡所得等の金額（同欄の⑥）
６７万６１５０円
ウ 上場株式等に係る配当所得の金額（同欄の⑦）
１００万６８６５円
エ 所得控除の額の合計額（同欄の⑧）
１９４万３３２４円
上記金額は、次の（ア）から（ウ）までの各金額の合計額である。
（ア）寄附金控除の額（同欄の⑨）
６万２０００円
（イ）扶養控除の額（同欄の⑩）
４８万００００円
（ウ）その他の所得控除の額の合計額（同欄の⑪）
１４０万１３２４円
オ 課税総所得金額（同欄の⑫）
４４３１万００００円
上記金額は、前記アの総所得金額４６２５万３６２９円から前記エの所得控除の額の合計額１９４万３３２４円を控除した金額（ただし、国税通則法〔以下「通則法」という。〕１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの。後記（２）エ及び（３）ウにおいて同じ。）である。
カ 株式等に係る課税譲渡所得等の金額（同欄の⑬）
０円
キ 上場株式等に係る課税配当所得の金額（同欄の⑭）
１００万５０００円
ク 納付すべき税額（同欄の⑲）
１３７９万８９００円
上記金額は、次の（ア）から（ウ）までの各金額の合計額から（エ）の金額を差し引いた後の金額（ただし、通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数を切り捨てた後のもの。後記（２）カ及び（３）エにおいて同じ。）である。
（ア）課税総所得金額に対する税額（同欄の⑮）
１４９２万８０００円
上記金額は、前記オの課税総所得金額４４３１万円に所得税法８９条１項に規定する税率を乗じて算出した金額である。
（イ）株式等に係る課税譲渡所得等の金額に対する税額（同欄の⑯）
０円
前記カで述べたとおり、株式等に係る課税譲渡所得等の金額が０円であることから、上記税額も０円である。
（ウ）上場株式等に係る課税配当所得の金額に対する税額（同欄の⑰）
７万０３５０円
上記金額は、前記キの上場株式等に係る課税配当所得の金額１００万５０００円に、所定の税率（７％）を乗じて算出した金額であり、平成２３年分確定申告書の上場株式等に係る課税配当所得の税額と同額である。
（エ）源泉徴収税額（同欄の⑱）
１１９万９４３４円
所得税法１２０条１項５号は、総所得金額等の計算の基礎となった各種所得につき「源泉徴収をされた又はされるべき所得税の額」がある場合には、これを算出所得税額から控除して、納付すべき所得税の額を計算する旨規定しているところ、同号にいう「源泉徴収をされた又はされるべき所得税の額」とは、所得税法の源泉徴収の規定に基づき正当に徴収をされた又はされるべき所得税の額を意味するものであり、給与その他の所得についてその支払者がした所得税の源泉徴収に誤りがある場合に、その受給者が、確定申告の手続において、支払者が誤って徴収した金額を算出所得税額から控除し又は誤徴収額の全部又は一部の還付を受けることはできない。
Ｂ病院及びＣ病院から原告に支払われた本件各報酬は、所得税法２０４条１項各号に規定する報酬料金等のいずれにも該当しないことから、上記各病院が誤って源泉徴収した金額（下記ｂ及びｃ）を納付すべき税額の計算上、控除することはできない（後記（２）カ（エ）及び（３）エ（エ）において同じ。）。
したがって、上記源泉徴収税額は、次のａの金額から、ｂ及びｃの各金額を差し引いた後の金額である。
ａ 平成２３年分確定申告書において控除された源泉徴収税額
８１１万６２９３円
ｂ Ｂ病院からの報酬（３７５４万７７８４円）に係る源泉徴収税額
６１３万７７５８円
ｃ Ｃ病院からの報酬（７７９万１０８１円）に係る源泉徴収税額７７万９１０１円（２）平成２４年分
ア 総所得金額（別表１－２「更正処分等」欄の①）
４９６０万６２３８円
上記金額は、次の（ア）から（ウ）までの各金額の合計額である。
（ア）事業所得の金額（同欄の②）
４３９５万１６９４円
上記金額は、次のａの金額から、ｂ及びｃの各金額を差し引いた後の金額である。
ａ 総収入金額
４８０７万９４０７円
上記金額は、次の（ａ）及び（ｂ）の各金額の合計額である。
（ａ）原告の当初申告額
４５７６万７３４４円
上記金額は、原告の平成２４年分の所得税の確定申告書（以下「平成２４年分確定申告書」という。）に添付された平成２４年分所得税青色申告決算書（一般用）（以下「平成２４年分決算書」という。）の「売上（収入）金額」欄の金額と同額である。
なお、原告の平成２４年分の所得税の修正申告書（以下「平成２４年分修正申告書」という。）において、原告は、扶養控除の額を減額しているが、事業所得の金額には変動はない。
（ｂ）Ｂ病院に対する平成２４年１２月２８日請求分
２３１万２０６３円
上記金額は、原告が、Ｂ病院に対し、平成２４年１２月２８日に請求した本件業務に関する報酬の額である。
ｂ 必要経費
３５２万３０００円
上記金額は、平成２４年分決算書の「経費」の「計」欄の金額と同額である。なお、前記（１）ア（ア）ｂで述べたとおり、本件各報酬額は措置法２６条１項にいう「社会保険診療につき支払を受けるべき金額」に該当しないため、原告が平成２４年分決算書において「措置法差額」として控除した２６２７万６１０９円は、原告の事業所得の金額の計算上、必要経費に算入できない。
ｃ 青色申告特別控除額
６０万４７１３円
（イ）不動産所得の金額（同欄の③）
０円
（ウ）給与所得の金額（同欄の④）
５６５万４５４４円
イ 株式等に係る譲渡所得等の金額（同欄の⑤）
８６万４５７８円
ウ 所得控除の額の合計額（同欄の⑥）
１９６万０２１１円
上記金額は、次の（ア）から（ウ）までの各金額の合計額である。
（ア）寄附金控除の額（同欄の⑦）
５万２０００円
（イ）扶養控除の額（同欄の⑧）
４８万００００円
（ウ）その他の所得控除の額の合計額（同欄の⑨）
１４２万８２１１円
エ 課税総所得金額（同欄の⑩）
４７６４万６０００円
上記金額は、前記アの総所得金額４９６０万６２３８円から前記ウの所得控除の額の合計額１９６万０２１１円を控除した金額である。
オ 株式等に係る課税譲渡所得等の金額（同欄の⑪）
８６万４０００円
上記金額は、前記イの株式等に係る譲渡所得等の金額を、通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てた後の金額である。
カ 納付すべき税額（同欄の⑯）
１５０９万９８００円
上記金額は、次の（ア）及び（イ）の各金額の合計額から、（ウ）及び（エ）の各金額を差し引いた後の金額である。
（ア）課税総所得金額に対する税額（同欄の⑫）
１６２６万２４００円
上記金額は、前記エの課税総所得金額４７６４万６０００円に所得税法８９条１項に規定する税率を乗じて算出した金額である。
（イ）株式等に係る課税譲渡所得等の金額に対する税額（同欄の⑬）
６万０４８０円
上記金額は、上記オの株式等に係る課税譲渡所得等の金額８６万４０００円に所定の税率（７％）を乗じて算出した金額であり、平成２４年分修正申告書の上場株式等に係る課税譲渡所得等の税額と同額である。
（ウ）住宅借入金等特別控除額（同欄の⑭）
０円
平成２４年分修正申告書において「住宅借入金等特別控除」として控除された４０万円は、原告の合計所得金額（前記ア及びイの各金額の合計額５０４７万０８１６円）が３０００万円を超えるため、措置法４１条１項の規定により控除することができない。したがって、上記住宅借入金等特別控除額は、０円である。
（エ）源泉徴収税額（同欄の⑮）
１２２万３０６５円
上記金額は、次のａの金額から、ｂ及びｃの金額を差し引いた後の金額である。
ａ 平成２４年分修正申告書において控除された源泉徴収税額
８０９万９８８１円
ｂ Ｂ病院からの報酬（３７２５万３８２１円）に係る源泉徴収税額
６０５万０９０６円
ｃ Ｃ病院からの報酬（８２５万９１６５円）に係る源泉徴収税額８２万５９１０円（３）平成２５年分
ア 総所得金額（別表１－３「更正処分等」欄の①）
４９１７万５８４７円
上記金額は、次の（ア）から（ウ）までの各金額の合計額である。
（ア）事業所得の金額（同欄の②）
４３２６万７１４３円
上記金額は、次のａの金額から、ｂ及びｃの各金額を差し引いた後の金額である。
ａ 総収入金額
４６７６万９６９２円
上記金額は、原告の平成２５年分の所得税の確定申告書（以下「平成２５年分確定申告書」という。）に添付された平成２５年分所得税青色申告決算書（一般用）（以下「平成２５年分決算書」という。）の「売上（収入）金額」欄の金額と同額である。
ｂ 必要経費
３２８万９７６９円
上記金額は、平成２５年分決算書の「経費」の「計」欄の金額と同額である。なお、前記（１）ア（ア）ｂで述べたとおり、本件各報酬額は措置法２６条１項にいう「社会保険診療につき支払を受けるべき金額」に該当しないため、原告が平成２５年分決算書において「措置法差額」として控除した金額２７２４万２１９８円は、原告の事業所得の金額の計算上、必要経費に算入できない。
ｃ 青色申告特別控除額
２１万２７８０円
（イ）不動産所得の金額（同欄の③）
０円
（ウ）給与所得の金額（同欄の④）
５９０万８７０４円
イ 所得控除の額の合計額（同欄の⑤）
２２２万５８８９円
上記金額は、次の（ア）及び（イ）の各金額の合計額である。
（ア）寄附金控除の額（同欄の⑥）
５万２０００円
（イ）その他の所得控除の額の合計額（同欄の⑦）
２１７万３８８９円
ウ 課税総所得金額（同欄の⑧）
４６９４万９０００円
上記金額は、前記アの総所得金額４９１７万５８４７円から前記イの所得控除の額の合計額２２２万５８８９円を控除した金額である。
エ 納付すべき税額（同欄の⑬）
１５３１万２９００円
上記金額は、次の（ア）及び（ウ）の各金額の合計額から、（イ）及び（エ）の各金額を差し引いた後の金額である。
（ア）課税総所得金額に対する税額（同欄の⑨）
１５９８万３６００円
上記金額は、前記ウの課税総所得金額４６９４万９０００円に所得税法８９条１項に規定する税率を乗じて算出した金額である。
（イ）住宅借入金等特別控除額（同欄の⑩）
０円
平成２５年分確定申告書において「住宅借入金等特別控除」として控除された４０万円は、原告の合計所得金額（前記アの金額４９１７万５８４７円）が３０００万円を超えるため、措置法４１条１項の規定により控除することができない。
したがって、上記住宅借入金等特別控除額は、０円である。
（ウ）復興特別所得税額（同欄の⑪）
３３万５６５５円
上記金額は、前記（ア）の課税総所得金額に対する税額１５９８万３６００円に東日本大震災からの復興のための施策を実施するために必要な財源の確保に関する特別措置法１３条に規定する１００分の２．１の税率を乗じて計算した金額である。
（エ）源泉徴収税額（同欄の⑫）
１００万６２８１円
上記金額は、次のａの金額から、ｂ及びｃの金額を差し引いた後の金額である。
ａ 平成２５年分確定申告書において控除された源泉徴収税額
９８３万２２８８円
ｂ Ｂ病院からの報酬（４８３９万９５０１円）に係る源泉徴収税額
８０４万９７７０円
ｃ Ｃ病院からの報酬（７７４万８５９２円）に係る源泉徴収税額７７万６２３７円
２ 本件所得税各更正処分の適法性
被告が本訴において主張する原告の本件各年分の所得税等の納付すべき税額は、前記１（１）ク、（２）カ及び（３）エで述べたとおり、
平成２３年分１３７９万８９００円
平成２４年分１５０９万９８００円
平成２５年分１５３１万２９００円
であるところ、上記各金額は、いずれも本件所得税各更正処分における納付すべき税額と同額であるから、本件所得税各更正処分はいずれも適法である。
３ 本件所得税各賦課処分の根拠及び適法性
前記２で述べたとおり、本件所得税各更正処分はいずれも適法であるところ、同各更正処分により新たに納付すべきこととなった税額の基礎となった事実のうち、同各更正処分前における税額の基礎とされていなかったことについて通則法６５条４項が定める「正当な理由」があると認められる部分は、Ｂ病院及びＣ病院が原告に報酬を支払う際に誤って源泉徴収した税額、すなわち、①平成２３年分が６９１万６８５９円（前記１（１）ク（エ）ｂ及びｃの合計額）、②平成２４年分が６８７万６８１６円（前記１（２）カ（エ）ｂ及びｃの合計額）及び③平成２５年分が８８２万６００７円（前記１（３）エ（エ）ｂ及びｃの合計額）であり、これら以外に「正当な理由」があるとは認められない。
したがって、次の（１）から（３）までのとおり、本件所得税各更正処分に伴って賦課される過少申告加算税の額は、本件所得税各賦課処分における過少申告加算税の額と同額となるから、本件所得税各賦課処分はいずれも適法である。
（１）平成２３年分（別表１－１「更正処分等」欄の⑳）
１３９万４５００円
上記金額は、次のア及びイの各金額の合計額である。
ア 通常分の過少申告加算税
１０７万２０００円
上記金額は、通則法６５条１項の規定に基づき、平成２３年分所得税更正処分により新たに納付すべき税額１７６４万３４００円のうち、同条４項の「正当な理由」があると認められる事実に基づく税額６９１万６７００円を除いた税額１０７２万円（ただし、同法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。後記（２）ア及び（３）アにおいて同じ。）に１００分の１０の割合を乗じて計算した金額である。
イ 加重分の過少申告加算税
３２万２５００円
上記金額は、通則法６５条２項の規定に基づき、平成２３年分所得税更正処分により新たに納付すべき税額１７６４万３４００円から、同条４項の「正当な理由」があると認められる事実に基づく税額６９１万６７００円を除いた税額１０７２万６７００円のうち、同条２項の規定に基づき、平成２３年分の所得税に係る期限内申告税額に相当する金額４２７万１７３０円（同条３項２号の規定に基づき、加算すべき源泉徴収税額８１１万６２９３円から還付金の額３８４万４５６３円を控除した金額）を超える部分に相当する税額６４５万円（ただし、同法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。後記（２）イ及び（３）イにおいて同じ。）に１００分の５の割合を乗じて算出した金額である。
（２）平成２４年分（別表１－２「更正処分等」欄の⑰）
１５８万１０００円
上記金額は、次のア及びイの各金額の合計額である。
ア 通常分の過少申告加算税
１１８万３０００円
上記金額は、通則法６５条１項の規定に基づき、平成２４年分所得税更正処分により新たに納付すべき税額１８７１万６４００円のうち、同条４項の「正当な理由」があると認められる事実に基づく税額６８７万６８００円を除いた税額１１８３万円に１００分の１０の割合を乗じて計算した金額である。
イ 加重分の過少申告加算税
３９万８０００円
上記金額は、通則法６５条２項の規定に基づき、平成２４年分所得税更正処分により新たに納付すべき税額１８７１万６４００円から、同条４項の「正当な理由」があると認められる事実に基づく税額６８７万６８００円を除いた税額１１８３万９６００円に、同条３項１号の規定に基づき、平成２５年５月７日の修正申告に基づく新たな納付すべき税額３０万４０００円を累積増差税額として加算した金額１２１４万３６００円のうち、同条２項の規定に基づき、平成２４年分の所得税に係る期限内申告税額に相当する金額４１７万９２８０円（同条３項２号の規定に基づき、加算すべき源泉徴収税額８０９万９８８１円から還付金の額３９２万０６０１円を控除した金額）を超える部分に相当する税額７９６万円に１００分の５の割合を乗じて算出した金額である。
（３）平成２５年分（別表１－３「更正処分等」欄の⑭）
１４９万０５００円
上記金額は、次のア及びイの各金額の合計額である。
ア 通常分の過少申告加算税
１１５万３０００円
上記金額は、通則法６５条１項の規定に基づき、平成２５年分所得税更正処分により新たに納付すべき税額２０３６万０７００円のうち、同条４項の「正当な理由」があると認められる事実に基づく税額８８２万５９００円を除いた税額１１５３万円に１００分の１０の割合を乗じて計算した金額である。
イ 加重分の過少申告加算税
３３万７５００円
上記金額は、通則法６５条２項の規定に基づき、平成２５年分所得税更正処分により新たに納付すべき税額２０３６万０７００円から、同条４項の「正当な理由」があると認められる事実に基づく税額８８２万５９００円を除いた税額１１５３万４８００円のうち、同条２項の規定に基づき、平成２５年分の所得税に係る期限内申告税額に相当する金額４７８万４４０６円（同条３項２号の規定に基づき、加算すべき源泉徴収税額９８３万２２８８円から還付金の額５０４万７８８２円を控除した金額）を超える部分に相当する税額６７５万円に１００分の５の割合を乗じて算出した金額である。
第２ 本件消費税各処分の根拠及び適法性
１ 本件消費税各決定処分の根拠
（１）原告は消費税の課税事業者に該当すること
ア 消費税法上、事業を行う個人を個人事業者といい（同法２条１項３号）、個人事業者は、日本国内において行った課税資産の譲渡等につき消費税を納める義務があるところ（同法５条１項）、ここにいう「課税資産の譲渡等」とは、資産の譲渡等のうち、同法６条１項の規定により消費税を課さないこととされているもの以外のものをいう（同法２条１項８号、９号、別表第１）。
また、個人事業者のうち、その課税期間に係る基準期間（個人事業者についてはその年の前々年。消費税法２条１項１４号）における課税売上高が１０００万円以下である者については、同法５条１項の規定にかかわらず、その課税期間中に行った課税資産の譲渡等につき、消費税を納める義務が免除される（同法９条１項及び２項１号）。なお、上記の規定は、地方消費税においても同様である（地方税法〔平成２４年法律第６９号による改正前のもの。以下同じ。〕７２条の７７第１号、７２条の７８第１項）。
イ 原告は、麻酔科の専門医師であり、本件クリニックを開設して事業を行っている個人であるところ、本件業務は、原告が事業として対価を得て行われる役務の提供であり、当該対価（本件各報酬）は、消費税が非課税となる消費税法別表第１第６号に掲げる資産の譲渡等（非課税資産の譲渡等）に該当せず、同法２条１項９号所定の課税資産の譲渡等に該当する。
ウ そこで、原告の本件各課税期間における消費税の納税義務をみると、その各基準期間である平成２０年課税期間から平成２３年課税期間までの各課税売上高は、次の（ア）から（エ）までのとおり、いずれも１０００万円を超えることから、原告の消費税の納税義務は免除されない（消費税法９条）。
（ア）平成２０年課税期間
３６４７万５２０８円
上記金額は、Ｂ病院及びＣ病院からの報酬に係る合計金額３８２９万８９６９円に１０５分の１００を乗じて計算した金額（１円未満の金額を切り捨てた後の金額。以下同じ。）である。
（イ）平成２１年課税期間
４８３３万６５１８円
上記金額は、Ｂ病院及びＣ病院からの報酬に係る合計金額５０７５万３３４４円に１０５分の１００を乗じて計算した金額である。
（ウ）平成２２年課税期間
４６９５万４８３４円
上記金額は、Ｂ病院及びＣ病院からの報酬に係る合計金額４９３０万２５７６円に１０５分の１００を乗じて計算した金額である。
（エ）平成２３年課税期間
４０９２万９７９５円
上記金額は、Ｂ病院及びＣ病院からの報酬に係る合計金額４２９７万０７８５円と、後記（４）ア（ウ）記載の金額５５００円との合計額４２９７万６２８５円に１０５分の１００を乗じて計算した金額である。
エ したがって、原告の本件各課税期間に係る各基準期間である平成２０年課税期間から平成２３年課税期間までの各課税売上高は、前記ウのとおり、いずれも１０００万円を超えることから、原告は、本件各課税期間における課税資産の譲渡等につき消費税を納める義務がある。
（２）原告の消費税額の計算方法には簡易課税制度が適用されること
ア 消費税法は、事業者（前記（１）ア記載の消費税を納める義務が免税される事業者を除く。以下同じ。）が納付すべき消費税額について、原則として、事業者が課税期間中に国内において行った課税資産の譲渡等の対価の額の合計額（以下「課税標準額」という。消費税法２８条１項）に対する消費税額から、課税期間中の仕入れに係る消費税額を控除して計算するものとしている（同法３０条～３６条）。
イ 他方、消費税法３７条１項は、中小事業者の仕入れに係る消費税額の控除の特例（簡易課税制度）として、課税売上げに係る消費税額を基に、簡便な方法により課税仕入れに係る消費税額を計算することを認めており、課税期間の課税標準額に対する消費税額に、事業者が営む事業の区分に応じ、当該消費税額に一定割合（以下「みなし仕入率」という。）を乗じて計算した金額を、仕入れに係る消費税額とみなすという計算方法である。
ウ なお、事業者が、基準期間における課税売上高が１０００万円を超え、かつ、５０００万円以下である課税期間について、簡易課税の適用を受けるためには、事業者の納税地を所轄する税務署長に対し、消費税簡易課税制度選択届出書を提出しなければならず、同届出書の提出があったときは、その提出した日の属する課税期間の翌課税期間以後の課税期間から、簡易課税が適用されることとなる（消費税法３７条１項）。
エ 原告は、平成２０年９月９日に戸塚税務署長に対し、「消費税簡易課税制度選択届出書」を提出しており、原告の本件各課税期間に係る各基準期間である平成２０年課税期間から平成２３年課税期間までの各課税売上高は、前記（１）ウのとおり、いずれも５０００万円以下であるから、仕入れに係る消費税額等の計算について簡易課税制度が適用される。
オ 以下、被告が本訴において主張する原告の本件各課税期間の消費税等に係る課税標準額及び納付すべき税額等は、次の（３）から（６）までのとおりである。
（３）平成２２年課税期間
ア 課税標準額（別表２－１「決定処分等」欄の①）
４６９５万４０００円
上記金額は、消費税法２８条の規定により、課税資産の譲渡等に該当する次の（ア）及び（イ）の各報酬の額の合計額４９３０万２５７６円に１０５分の１００を乗じて算出した金額（ただし、通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。後記（４）ア、（５）ア及び（６）アにおいて同じ。）であり、平成２２年課税期間の課税標準額とすべき金額である。
（ア）Ｂ病院から受領した報酬の額
４０８０万０４１８円
（イ）Ｃ病院から受領した報酬の額
８５０万２１５８円
イ 課税標準額に対する消費税額（同欄の②）
１８７万８１６０円
上記金額は、前記アの課税標準額４６９５万４０００円に消費税法２９条に規定する税率１００分の４を乗じて算出した金額である。
ウ 控除対象仕入税額（同欄の③）
９３万９０８０円
本件業務は、消費税法施行令（平成２６年政令第１４１号による改正前のもの。以下同じ。）５７条５項４号に規定する第５種事業に該当することから、上記金額は、前記イの課税標準額に対する消費税額１８７万８１６０円に、同条１項４号に規定する第５種事業に係るみなし仕入率１００分の５０を乗じて算出した金額である。
エ 納付すべき消費税額（同欄の④）
９３万９０００円
上記金額は、前記イの金額から前記ウの金額を控除した金額（ただし、通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数を切り捨てた後のもの。後記（４）エ、（５）エ及び（６）エにおいて同じ。）である。
オ 譲渡割額の基礎となる消費税額（同欄の⑤）
９３万９０００円
上記金額は、前記エの消費税額を課税標準とする金額であり、地方税法７２条の７７第２号及び７２条の８２の各規定に基づく讓渡割額の基礎となる金額である。
カ 譲渡割額の納税額（同欄の⑥）
２３万４７００円
上記金額は、前記オの譲渡割額の基礎となる消費税額９３万９０００円に、地方税法７２条の８３に規定する税率１００分の２５の割合を乗じて算出した譲渡割額（ただし、地方税法２０条の４の２第３項の規定により１００円未満の端数を切り捨てた後もの。後記（４）カ、（５）カ及び（６）カにおいて同じ。）である。
キ 消費税等の納付税額の合計額（同欄の⑦）
１１７万３７００円
上記金額は、前記エ及びカの各金額の合計額である。
（４）平成２３年課税期間
ア 課税標準額（別表２－２「被告主張額」欄の①）
４０９２万９０００円
上記金額は、消費税法２８条の規定により、課税資産の譲渡等に該当する次の（ア）から（ウ）までの各報酬の額の合計額４２９７万６２８５円に１０５分の１００を乗じて算出した金額であり、平成２３年課税期間の課税標準額とすべき金額である。
（ア）Ｂ病院から受領した報酬の額
３５６０万５７０８円
（イ）Ｃ病院から受領した報酬の額
７３６万５０７７円
（ウ）本件クリニックにおける自由診療に係る報酬の額
５５００円
イ 課税標準額に対する消費税額（同欄の②）
１６３万７１６０円
上記金額は、前記アの課税標準額４０９２万９０００円に消費税法２９条に規定する税率１００分の４を乗じて算出した金額である。
ウ 控除対象仕入税額（同欄の③）
８１万８５８０円
本件業務及び前記ア（ウ）に係る業務は第５種事業に該当することから、上記金額は、前記イの課税標準額に対する消費税額１６３万７１６０円に、第５種事業に係るみなし仕入率１００分の５０を乗じて算出した金額である。
エ 納付すべき消費税額（同欄の④）
８１万８５００円
上記金額は、前記イの金額から前記ウの金額を控除した金額である。
オ 譲渡割額の基礎となる消費税額（同欄の⑤）
８１万８５００円
上記金額は、前記エの消費税額を課税標準とする金額であり、譲渡割額の基礎となる金額である。
カ 譲渡割額の納税額（同欄の⑥）
２０万４６００円
上記金額は、前記オの譲渡割額の基礎となる消費税額８１万８５００円に、地方税法７２条の８３に規定する税率１００分の２５の割合を乗じて算出した譲渡割額である。
キ 消費税等の納付税額の合計額（同欄の⑦）
１０２万３１００円
上記金額は、前記エ及びカの各金額の合計額である。
（５）平成２４年課税期間
ア 課税標準額（別表２－３「被告主張額」欄の①）
４５８２万２０００円
上記金額は、消費税法２８条の規定により、課税資産の譲渡等に該当する次の（ア）から（エ）までの各金額の合計額４８１１万３７８８円に１０５分の１００を乗じて算出した金額であり、平成２４年課税期間の課税標準額とすべき金額である。
（ア）Ｂ病院から受領した報酬の額
３９６６万１１２８円
（イ）Ｃ病院から受領した報酬の額
８３４万４０５３円
（ウ）本件クリニックにおける自由診療に係る報酬の額
１万６５００円
（エ）不動産の貸付けに係る賃料
９万２１０７円
イ 課税標準額に対する消費税額（同欄の②）
１８３万２８８０円
上記金額は、前記アの課税標準額４５８２万２０００円に消費税法２９条に規定する税率１００分の４を乗じて算出した金額である。
ウ 控除対象仕入税額（同欄の③）
９１万６４４０円
本件業務、前記ア（ウ）及び同（エ）の業務は第５種事業に該当することから、上記金額は、前記イの課税標準額に対する消費税額１８３万２８８０円に、第５種事業に係るみなし仕入率１００分の５０を乗じて算出した金額である。
エ 納付すべき消費税額（同欄の④）
９１万６４００円
上記金額は、前記イの金額から前記ウの金額を控除した金額である。
オ 譲渡割額の基礎となる消費税額（同欄の⑤）
９１万６４００円
上記金額は、前記エの消費税額を課税標準とする金額であり、譲渡割額の基礎となる金額である。
カ 譲渡割額の納税額（同欄の⑥）
２２万９１００円
上記金額は、前記オの譲渡割額の基礎となる消費税額９１万６４００円に、地方税法７２条の８３が規定する１００分の２５の割合を乗じて算出した譲渡割額である。
キ 消費税等の納付税額の合計額（同欄の⑦）
１１４万５５００円
上記金額は、前記エ及び前記カの各金額の合計額である。
（６）平成２５年課税期間
ア 課税標準額（別表２－４「決定処分等」欄の①）
４４５９万８０００円
上記金額は、消費税法２８条の規定により、次の（ア）から（オ）までの各金額の合計額４６８２万８６６３円に１０５分の１００を乗じて算出した金額であり、平成２５年課税期間の課税標準額とすべき金額である。
（ア）Ｂ病院から受領した報酬の額
３８４３万８０３７円
（イ）Ｃ病院から受領した報酬の額
６２９万１４１１円
（ウ）Ｄ病院から受領した報酬の額
１９９万３３６５円
（エ）本件クリニックにおける自由診療に係る報酬の額
２５０円
（オ）不動産の貸付けに係る賃貸料
１０万５６００円
イ 課税標準額に対する消費税額（同欄の②）
１７８万３９２０円
上記金額は、前記アの課税標準額４４５９万８０００円に消費税法２９条に規定する税率１００分の４を乗じて算出した金額である。
ウ 控除対象仕入税額（同欄の③）
８９万１９６０円
本件業務、前記ア（エ）及び同（オ）の業務は第５種事業に該当することから、上記金額は、前記イの課税標準額に対する消費税額１７８万３９２０円に、第５種事業に係る率１００分の５０を乗じて算出した金額である。
エ 納付すべき消費税額（同欄の④）
８９万１９００円
上記金額は、前記イの金額から前記ウの金額を控除した金額である。
オ 譲渡割額の基礎となる消費税額（同欄の⑤）
８９万１９００円
上記金額は、前記エの消費税額を課税標準とする金額であり、譲渡割額の基礎となる金額である。
カ 譲渡割額の納税額（同欄の⑥）
２２万２９００円
上記金額は、前記オの譲渡割額の基礎となる消費税額８９万１９００円に、地方税法７２条の８３に規定する税率１００分の２５の割合を乗じて算出した譲渡割額である。
キ 消費税等の納付税額の合計額（同欄の⑦）
１１１万４８００円
上記金額は、前記エ及びカの各金額の合計額である。
２ 本件消費税各決定処分の適法性
被告が本訴において主張する原告の本件各課税期間の消費税等の納付すべき税額は、前記１（３）キ、（４）キ、（５）キ及び（６）キで述べたとおり、
平成２２年課税期間１１７万３７００円
平成２３年課税期間１０２万３１００円
平成２４年課税期間１１４万５５００円
平成２５年課税期間１１１万４８００円
であるところ、当該金額は、いずれも本件消費税各決定処分における納付すべき税額と同額又はこれを上回る金額であるから、本件消費税各決定処分はいずれも適法である。
３ 本件消費税各賦課処分の根拠及び適法性
前記２で述べたとおり、本件消費税各決定処分はいずれも適法であるところ、原告が、本件各課税期間の消費税等について期限内申告書を提出しなかったことにつき通則法６６条１項ただし書が定める「正当な理由」があるとは認められない。
そして、被告が本訴において主張する原告の本件各課税期間の無申告加算税の額は、次の（１）から（４）までに記載のとおりであるところ、これらの金額は、いずれも本件消費税各賦課処分の無申告加算税の額と同額であるから、本件消費税各賦課処分はいずれも適法である。
（１）平成２２年課税期間（別表２－１の「決定処分等」欄の⑧）
２０万９０００円
上記金額は、平成２２年課税期間消費税決定処分により原告が納付すべき税額１１７万円（ただし、通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。後記（２）、（３）及び（４）において同じ。）に同法６６条１項に規定する１００分の１５の割合を乗じて計算した金額１７万５５００円に、同条２項の規定に基づき、上記決定処分により納付すべき税額１１７万円のうち５０万円を超える部分に相当する税額である６７万円に１００分の５の割合を乗じて算出した金額３万３５００円を加算した金額である。
（２）平成２３年課税期間（別表２－２の「決定処分等」欄の⑧）
１７万９０００円
上記金額は、平成２３年課税期間消費税決定処分により原告が納付すべき税額１０２万円に通則法６６条１項に規定する１００分の１５の割合を乗じて計算した金額１５万３０００円に、同条２項の規定に基づき、上記決定処分により納付すべき税額１０２万円のうち５０万円を超える部分に相当する税額である５２万円に１００分の５の割合を乗じて算出した金額２万６０００円を加算した金額である。
（３）平成２４年課税期間（別表２－３の「決定処分等」欄の⑧）
２０万３０００円
上記金額は、平成２４年課税期間消費税決定処分により原告が納付すべき税額１１４万円に通則法６６条１項に規定する１００分の１５の割合を乗じて計算した金額１７万１０００円に、同条２項の規定に基づき、上記決定処分により納付すべき税額１１４万円のうち５０万円を超える部分に相当する税額である６４万円に１００分の５の割合を乗じて算出した金額３万２０００円を加算した金額である。
（４）平成２５年課税期間（別表２－４の「決定処分等」欄の⑧）
１９万７０００円
上記金額は、平成２５年課税期間消費税決定処分により原告が納付すべき税額１１１万円に通則法６６条１項に規定する１００分の１５の割合を乗じて計算した金額１６万６５００円に、同条２項の規定に基づき、上記決定処分により納付すべき税額１１１万円のうち５０万円を超える部分に相当する税額である６１万円に１００分の５の割合を乗じて算出した金額３万０５００円を加算した金額である。
以上
（別紙３）
争点に関する当事者の主張の要旨
１ 争点（１）（本件各報酬額は、措置法２６条１項にいう「社会保険診療につき支払を受けるべき金額」に該当するか否か）について
（被告の主張の要旨）
（１）本件各処分の適法性に係る判断基準
措置法２６条１項、２項並びに消費税法６条１項及び別表第１第６号の各規定からすれば、ある診療が健康保険法等の規定する療養の給付等に当たる場合には、当該診療は、措置法２６条１項にいう「社会保険診療」に当たり、当該社会保険診療につき支払を受けるべき金額が５０００万円以下であるときは同項の適用（本件特例の適用）を受けることができるとともに、当該診療に係る対価については消費税が非課税となる。そうすると、本件各処分の適法性を判断するに当たり、本件各報酬額が措置法２６条１項にいう「社会保険診療につき支払を受けるべき金額」に該当するか否か、及び本件役務提供が消費税法別表第１第６号に規定する非課税資産の譲渡等に該当するか否かは、いずれも、本件業務が、健康保険法の療養の給付のほか各種の給付（療養の給付等）に当たるか否かを踏まえて判断することとなる。
そして、措置法２６条２項及び消費税法別表第１第６号に規定する社会保険に関する各法律においては、療養の給付、療養の担当及び診療報酬の算定方法等について、いずれも健康保険法の規定を準用し、あるいは同法ないしこれによる命令の例によるとされていることからすれば、上記の療養の給付等に該当するか否かは、健康保険法に規定する「療養の給付」に当たるか否かにより判断するのが相当である。また、その判断に当たっては、複数の保険医療機関が療養の給付等に関わることもあり得るから、ある保険医療機関が行った業務が療養の給付等に該当するか否かは、当該保険医療機関が、健康保険法に規定する「療養の給付」を担当した（同法７０条１項参照）と認められるか否か、すなわち、当該保険医療機関が同法に規定する「療養の給付」をその主体として担当したと認められるか否かにより判断するのが相当である。
（２）「療養の給付」を担当する主体か否かの判断基準
そこで、「療養の給付」を担当する主体か否かの判断基準をみると、我が国の保険診療制度は、健康保険法の規定に基づくものであるところ、その診療報酬の受領に係る一連の流れは、「療養の給付」を担当する保険医療機関が患者から直接一部負担金を受領し、審査支払機関に診療報酬の請求をし（以下、この請求を「レセプト請求」という。）、同機関による審査を経て保険者から診療報酬（当該療養の給付に要する費用の額から、当該療養の給付に関し被保険者が当該保険医療機関に対して支払わなければならない一部負担金に相当する額を控除した金額）を受領するというものである。
したがって、我が国の保険診療制度において、レセプト請求を行いこれに基づき診療報酬を受領する保険医療機関であることは、「療養の給付」を担当する保険医療機関であることを意味することにほかならないから、ある保険医療機関の診療に他の保険医療機関が加わった場合において、どのような場合に各保険医療機関が「療養の給付」を担当する主体として認められるのかの判断に当たっても、原則として、当該保険医療機関が当該「療養の給付」についてレセプト請求をし、これに基づき診療報酬を受領したか否かにより判断すべきであり、当該「療養の給付」に係るレセプト請求をしそれに基づき診療報酬を受領した保険医療機関が、「療養の給付」を担当する主体であると判断され、措置法２６条及び消費税法６条の適用を受けることになる（形式的基準）。
本件各病院は、療養の給付に係る一部負担金を患者から受領し、また、当該療養の給付に係る診療報酬についてレセプト請求をし、所定の審査を経た後、本件各病院の請求金額が本件各病院の各指定口座へ振り込まれていた。一方、原告は、本件業務について、患者からの一部負担金の支払を受けておらず、また、基金等へのレセプト請求を行いその請求に基づき診療報酬を受領していない。したがって、原告は、「療養の給付」を担当する主体性に係る形式的基準を満たしていない。
（３）形式的基準を満たさない保険医療機関について
もっとも、平成２４年厚労省事務連絡（関係法令等（２）イ（イ）参照）の事例のように、ある保険医療機関が「療養の給付」を担当する主体であるにもかかわらず、特殊な制度上の制約により、一定の限定的場合に自らレセプト請求を行いそれに基づき診療報酬を受領することが認められていないという例外的場合には、形式的基準を満たしていないことのみにより「療養の給付」を担当する主体ではないと判断することは相当でない。そこで、上記のような事情のある例外的場合には、当該保険医療機関が当該「療養の給付」を担当する主体としてその実質を備えているかという観点から、「療養の給付」を担当する主体に当たるか否かを判断する必要がある。
ア 健康保険法６３条１項の規定は、保険給付のうち最も中心的な給付とされる療養の給付の範囲及び療養の給付の受給方法について規定したものであり、ここでいう「療養の給付」とは、傷病の治療を目的とした一連の医療サービスを給付することを意味するものである。そして、同法７０条１項は、保険医療機関又は保険薬局に対し、当該保険医療機関において診療に従事する保険医又は当該保険薬局において調剤に従事する保険薬剤師に診療又は調剤に当たらせるほか、療養の給付を担当しなければならないとの責務を負わせているところ、これは、患者に対する診療が、医師を中心とした看護士、栄養士、診療放射線技師等により有機的に構成された人的要素のみならず、種々の物的要素すなわち各種の物的設備も一体となって医療に当たっており、人と物とが結合された組織が医療を行っているという実態に鑑み、昭和３２年の健康保険法の改正により、保険医又は保険薬剤師が個人として療養の給付を担当するという個人指定方式が機関指定方式に改められたものである。
イ このように、「療養の給付」とは、傷病の治療を目的とした一連の医療サ－ビスを給付することを意味するものであり、これを担当する保険医療機関は、「医師を中心として看護師、栄養士、診療放射線技師等が一つの有機体を形成」し、こうした人的要素のほか種々の物的要素が一体として結合した組織体を形成し、療養の給付を行うものであるから、ある保険医療機関が「療養の給付」を担当する主体であるというためには、その保険医療機関が、「医師を中心として看護師、栄養士、診療放射線技師等が一つの有機体を形成」し、さらにこうした人的要素と種々の物的要素が一体として結合した組織体を形成し、患者に対して、「傷病の治癒を目的とした一連の医療サービスを給付」する主体として機能しているという実質を有することを要すると解される。
ウ そうすると、ある保険医療機関が「療養の給付」を担当する主体としての実質を備えているかどうかを判断するに当たっては、その保険医療機関が、①医師を中心として看護師等の医療従事者が一つの有機体を形成し療養の給付を担当しているかという人的側面、②療養の給付を行う上で必要となる施設、設備、器具等、種々の物的施設の負担をしているかという物的側面に加え、③上記①の人的要素と上記②の物的要素が一体として結合した組織体として「一連の医療サービス」を提供していると認められるかを考慮要素として、上記「一連の医療サービス」への関与の程度から、患者に対して、「傷病の治癒を目的とした一連の医療サービスを給付」する主体として機能しているという実質を有しているか否かで判断するのが相当である（実質的基準）。
なお、ある保険医療機関が主体として療養の給付を担当する場合には、通常、当該保険医療機関と当該患者との間に診療契約が存在するという意味で、患者との間の診療契約の存在は、療養の給付を担当する主体となる前提条件であるといえるとしても、診療契約の存在自体が、当該保険医療機関が療養の給付を担当する主体か否かを判断する上での考慮要素となるものではない。
エ この点、原告は、上記ウの考慮要素について、①及び③の要素は厚生労働大臣から指定を受けるための要件にすぎず、療養の給付の該当性を判断する上での考慮要素ではない、保険医療機関にとって重要なことは物的施設の負担者が誰かではなく、人と人及び人と物とが有機的一体に機能している点であり、物的施設の負担者を考慮要素として取り出すことは不合理である、物的施設の負担者は被告が独自に作り出した概念に過ぎないなどと主張する。
しかしながら、医師を中心として看護士、栄養士、診療放射線技師等が一つの有機体を形成し、さらに、こうした人的要素のほか種々の物的要素が一体として結合した組織体を形成し、療養の給付等を担当するという実態を有する保険医療機関が、当該療養の給付等に係る費用についてレセプト請求をし、保険者が支払をするというのが健康保険法の趣旨と解されるから、形式的基準を満たさない保険医療機関について、療養の給付等を担当する主体か否かを判断するための実質的側面（実質基準）に係る考慮要素においても、上記①ないし③を考慮要素として、患者に対する「傷病の治療を目的とした一連の医療サービス」への関与の程度から、当該一連の医療サービスを給付する主体として機能しているという実質を有しているか否かで判断することが、健康保険法の趣旨にも即したものというべきである。
また、人的要素のほか種々の物的要素、すなわち各種の物的設備が一体として結合した組織体を形成する保険医療機関が療養の給付等を担当する場合、一体として結合した各種の物的設備とは、医師を中心とした医療従事者が一連の医療サービスを給付する際に用いる当該医療機関内の設備のほか、施設、器具等を指すものと解するのが自然であり、種々の物的要素が一体として結合した組織体を形成する保険医療機関が療養の給付等を担当するとは、当該医療機関が療養の給付等を担当するに当たって、自ら種々の物的要素を負担することにほかならない。そうすると、患者に対する傷病の治療を目的とした一連の医療サービスを給付するに当たって複数の保険医療機関が関与する場合において、当該一連の医療サービスの給付に必要となる物的要素と人的要素が一体として結合した組織体を形成し、当該一連の医療サービスを給付する主体、すなわち療養の給付等を担当する主体がいずれの保険医療機関であるかを判断するに際しても、当該一連の医療サービスを給付する上で必要となる物的施設等の負担者がいずれであるかを考慮要素とすることは、健康保険法の趣旨に即したものといえる。
よって、原告の上記主張には理由がない。
オ また、原告は、傷病の治療を目的とした一連の医療サービスにおける主体性の判断に係る考慮要素として、①当該医療サービス（診療）がされるに至った経緯、②委託元保険医療機関と委託先保険医療機関との契約関係（報酬に関する合意等）、③当該診療を行う保険医療機関と患者との関係、④当該治療における当該診療の果たす役割、⑤その他の場合との均衡を挙げる。
しかしながら、そもそも、原告は、原告による麻酔施術が「療養の給付」に該当するとした上で、上記の事情について縷々主張しているが、本件の争点は、麻酔施術が「療養の給付」に該当するか否かではなく、原告が「療養の給付」を担当する主体と評価できるか否かであるから、かかる点を混同する原告の主張は前提において失当である。また、上記①について、そもそも本件業務が療養担当規則１６条（関係法令等（３）イ参照）にいう「対診」の「求め」に応じてされたものであるか否かは、原告が「療養の給付」を担当する主体に該当するか否かの問題とは関連性がなく、原告が「療養の給付」を担当する主体であることの根拠となるものではないし、手術における麻酔業務については、Ｃ病院自身が「手術時の麻酔については、手術の執刀医以外の当院の外科医師が行っていた」と答述するとおり、そもそも麻酔医でなければ実施できないものではなく、本件各病院は、手術の計画的な実施のため、麻酔施術者の安定的な確保などの目的から原告に麻酔業務を委託したにすぎないというべきである。
そして、原告は、上記②について、本件各業務委託契約における報酬に関する定めによれば、原告は本件各病院から「独立した立場」であり、社会保険診療報酬を「分配」すると表現していることから、両者が「対等な立場」であるなどと主張するが、両保険医療機関の間で授受される対価の額がどのような方法で計算されているかによって、患者に対し給付される一連の医療サービスにおける麻酔の位置付けが変わるものではないから、当該定めの存在によって、当該一連の医療サービスを給付する主体がいずれの保険医療機関となるかの判断が影響を受けるものではない。
原告は、上記③について、原告と患者との間に直接契約関係が成立しており、そのことも考慮すべきである旨を主張するが、仮に、原告のいう契約関係が認められたとしても、患者と保険医療機関との間の診療契約の存在は、療養の給付等を担当する主体となる前提条件となるにすぎず、診療契約の存在自体が、当該保険医療機関が療養の給付等を担当する主体か否かを判断する上での考慮要素となるものではない。
原告は、上記④について、原告による麻酔は患者に対する手術における中核を占める重要なものである旨を主張するが、手術においては、執刀医はもちろんのこと、執刀医以外の医師や看護師も含め、それぞれが重要な役割を果たしており、手術に携わる全ての従事者が必要不可欠の存在であって、それらの従事者が行う業務は全て必要不可欠であるから、手術における麻酔施術の果たす役割（原告の主張する重要性）が主体性の考慮要素になるものではない。仮に、麻酔科医である原告について、他の勤務医と異なり、原告のみにしか行い得ない重要な役割があったとしても、それは、当該役割に応じて本件各報酬の定めに反映される要素にすぎず、当該一連の医療サービスを給付する主体がいずれの保険医療機関となるのかの判断に影響を与えるものではない。
原告は、上記⑤について、保険医療機関に所属する麻酔科医が手術における麻酔施術を行った場合は、当該麻酔施術についても療養の給付となるのに対し、原告のように、他の保険医療機関からの委託を受けて委託先の医療機関が行う麻酔施術が療養の給付でなくなるというのは不均衡である旨を主張するが、被告は、原告が行う麻酔施術が「療養の給付」に該当することを争うものではなく、原告が療養の給付を担当する主体となり得ないと主張するものである。原告は、麻酔施術が「療養の給付」に該当するか否かと、「療養の給付」を担当する主体が誰であるかの問題を混同しており、相当ではない。
カ 以上を踏まえて検討するに、本件各病院における「傷病の治癒を目的とした一連の医療サービス」とは、本件各病院の患者が同病院を受診し、医師の診察を受け、病院に入院して手術を受け、病院を退院し、傷病が治癒し通院を終えるまでの間に患者が受ける一連の療養の給付を指すものであるところ、上記一連の療養の給付を行う各過程における本件各病院及び原告の人的側面からの関与の程度について見ると、本件各病院は、主治医のほか、手術の執刀医や手術に従事するスタッフ、患者の術前・術後を管理するスタッフなど多数の人員が関与しているのに対し、原告は、原告が患者の手術において本件業務に従事するという限度で上記一連の療養の給付に関与しているにとどまるから、医師を中心として看護師等の医療従事者が一つの有機体を形成し療養の給付を担当したものとは認められない。
また、患者の手術の日程の決定や手術前後の患者に対する説明を含む診療が、本件各病院の主治医の判断・責任の下で行われていること、及び原告が本件各病院において本件業務を行うに当たっては、本件各病院の安全指針に従わなければならないこととされ、本件における療養の給付を担当するに当たり遵守すべき安全指針を定めていたのも原告ではなく本件各病院であったことから見ても、原告は、医師を中心とした一つの有機体を形成し療養の給付を担当したものとは認められない。
そして、原告は、本件各病院の院内において本件業務を行っており、本件の療養の給付を行う上で施設を提供したのは、本件各病院であって原告ではないし、原告が本件業務を行うために必要な設備、器具、消耗品及び麻酔薬剤等は、原告ではなく、本件各病院が準備しており、本件における療養の給付のうち、原告が関与した本件業務においてすら、原告が負担したと認められる設備、器具、消耗品及び麻酔薬剤等はない。上記を踏まえると、原告は、人的側面及び物的側面のいずれの面から見ても、本件における療養の給付を行うに当たり、その関与の程度は低く、人的要素と物的要素が一体として結合した組織体として療養の給付を行っていたものとは評価できない。
キ そうすると、原告が療養の給付に関与する程度をその人的側面から見ると、原告は、医師を中心として看護師等の医療従事者が一つの有機体を形成し療養の給付を担当したものとは認められず、またその物的側面から見ても、原告は、療養の給付を行う上で必要となる施設、設備、器具等、種々の物的施設を負担した事実も認められず、人的要素と物的要素が一体として結合した組織体として療養の給付を行っていたものとは評価できないから、原告は、療養の給付を担当する主体としての実質を有しない。
ク この点、原告は、被告が主張する基準（実質基準）における考慮要素を前提としても、本件各病院における手術にとって原告の麻酔関連業務が必要不可欠であり、原告による麻酔と本件各病院の医療従事者とは、一つの手術の遂行という目的の下に有機体を形成し療養の給付を担当し、本件各病院が設備、器具、消耗品及び麻酔薬剤の準備をしていても、原告は、麻酔を行う上で必要となる物的設備を負担し、手術に関与する医療従事者とともに本件各病院における手術に当たっており、人的要素と物的要素が一体として結合した組織体として一連の医療サービスを提供しているから、原告に「療養の給付」を担当する主体性が認められる旨を主張する。
しかしながら、本件各病院において、患者に対し「傷病の治療を目的とした一連の医療サービス」を給付する各過程における本件各病院及び原告の人的側面からの関与の程度についてみると、本件各病院は、主治医のほか、手術の執刀医や手術に従事するスタッフ、患者の術前・術後を管理するスタッフなどを擁し、当該一連の医療サービスの給付に関与しているのに対し、原告は、原告自らが患者の手術において麻酔施術に従事するという限度で当該一連の医療サービスの給付に関与しているにとどまるから、原告を中心として看護師等の医療従事者が一つの有機体を形成し「療養の給付」を担当しているとは認められない。
療養の給付等を担当する主体か否かは保険医療機関ごとに判断するものであり、患者に対する「傷病の治療を目的とした一連の医療サービス」の給付に関与する保険医療機関が複数存在する場合に、いずれの保険医療機関が当該給付を担当する主体となるかが問題となっているところ、本件においては、本件各病院とは別に、原告が、一つの保険医療機関として、医師である原告を中心として看護師等の医療従事者が一つの有機体を形成し「療養の給付」を担当しているといえるか否かを検討すべきであるから、人的要素を満たすとする原告の主張は失当である。
また、物的要素について、原告は、本件各業務委託契約における本件各報酬に係る定めを根拠に、原告は、本件各業務委託契約において定められた本件各報酬額と本件各病院が基金等に請求する麻酔施術に係る社会保険診療報酬の額との各差額（以下「本件各差額」という。）相当の費用を負担している旨を主張するが、本件各業務委託契約の定めをみても、本件各病院と原告との間で、それぞれ社会保険診療報酬の額に一定の割合を乗じたものを本件各報酬額としていることが読み取れるのみで、物的施設等の負担やその対価の授受についての定めは置かれておらず、本件各差額が物的施設等の負担に係る対価を意味することは、本件各契約において何ら明らかにされていない。具体的な本件各報酬の算定方法（算定割合）は、本件各病院ごとに異なっており、階差が生じているところ、これを病院ごとの物的施設等の負担割合の違いから生じたものとみる合理的な理由もなく、物的施設等に係る費用としての適正な対価が反映されたものとはいい難いことからしても、本件各差額が原告の負担した設備等の費用の額であるとは評価し得ない。仮に、原告が本件業務における物的施設等の一部を負担していたと評価できるとしても、実際に原告が使用する物的施設等は、本件各病院が患者に提供する一連の医療サービスを構成する一部分である手術の、更にその一部分にすぎない麻酔に係るものに限定されるのであって、その負担の程度は、本件各病院が負担する物的施設等と比較するとごく僅かといえる。このことは、「一連の医療サービス」を「１回の手術」と考えてみても、原告の行う麻酔施術は、飽くまで手術を構成する様々な医療行為の一部にすぎないから、原告が本件各病院での手術において物的施設等を主として負担した者と評価できないという結論に変わるところはない。
したがって、原告の上記主張は理由がない。
（４）以上のとおり、原告は、「療養の給付」を担当する主体に該当するための形式的基準及び実質的基準のいずれも満たさず、「療養の給付」を担当する主体とは認められない。したがって、本件業務は療養の給付等に該当しないから、本件各報酬額は、措置法２６条１項にいう「社会診療報酬につき支払を受けるべき金額」に該当しない。
（原告の主張の要旨）
（１）健康保険法６３条１項の「療養の給付」に該当するか否かは、当該保険医が、その患者の疾病又は負傷に関し、療養の給付を行う主体である保険医療機関として（主体性）、その患者から選定されて当該診療を行ったものと認められるか否か（選定性）によって判断されるべきである。
この点、被告は、ある保険医療機関が療養の給付を担当する主体としての実質を備えているかどうかの考慮要素として、①医師を中心として看護師等の医療従事者が一つの有機体を形成し療養の給付を担当しているという人的側面、②療養の給付を行う上で必要となる施設、設備、器具等、種々の物的施設の負担をしているかどうかという物的側面に加え、③上記①の人的要素と上記②の物的要素が一体として結合した組織体として一連の医療サービスを提供していると認められることが必要である旨を主張する。
しかしながら、昭和３２年の健康保険法の改正により保険医の指定が個人指定方式から機関指定方式に改められたのは、保険診療の責任体制に起因するものであって、当該保険医が、その患者の疾病又は負傷に関し、療養の給付を行う主体である保険医療機関であるか否かという主体性には関係がないから、これらの要素は、保険医療機関として厚生労働大臣から指定を受けるための要件にとどまり、療養の給付に当たるか否かの考慮要素とはいえない。とりわけ、上記②の要素については、保険医療機関にとって重要なことは、物的施設の負担者が誰かという点ではなく、人と人及び人と物とが有機的一体として機能しているかという点であるから、物的施設の負担者を考慮要素として取り出すことは不合理というべきである。
療養の給付は、傷病の治療を目的とした一連の医療サービスを給付することであるから、かかる一連の医療サービスにおける主体性の判断に当たっては、当該医療サービス（診療）がされるに至った経緯、委託元保険医療機関と委託先保険医療機関との契約関係（報酬に関する合意等）、当該診療を行う保険医療機関と患者との関係、当該治療における当該診療の果たす役割、その他の場合との均衡等を考慮すべきである。
（２）そこで、原告が主張する上記（１）の判断枠組みに従い、原告の主体性についてみると、そもそも、委託元保険診療機関である本件各病院は、療養担当規則１６条に基づき、本件各病院では対応できない麻酔施術を、保険医療機関である本件クリニックに委託し、本件クリニックに属する保険医である原告は、かかる委託に基づき、委託元保険医療機関に属する保険医と共同して患者の治療に当たり、本件業務を行ったのであり、原告は、委託元保険医療機関に属する保険医では対応できない専門性の高い診療を、対診を定めた同条に基づき、委託元保険医療機関に属する保険医と共同して行ったものであって、本件各病院における手術において必要不可欠なものであったから、対診における委託先保険医療機関（本件クリニック）に属する保険医（原告）が行う診療は、療養の給付に該当する。
また、委託元保険医療機関である本件各病院と委託先保険医療機関である本件クリニックとの契約関係を見ても、①本件クリニックが本件各病院と取り交わした契約書には、社会保険診療報酬を「分配」する旨の定めが置かれ、報酬の点において本件各病院と本件クリニックが対等で独立した立場にあることが明らかにされていること、②原告は本件各病院における手術の予定日や内容について重要な決定権を持っていたこと、③本件各病院の主治医が診療録に麻酔施術の記載をすることなく、麻酔施術に関する診療録は原告（本件クリニック）が保管していたこと、④原告が本件各病院において実施した麻酔施術の内容を踏まえ麻酔に関する点数を決定していたことからすると、本件クリニックは本件各病院と対等の立場として、本件各病院における麻酔施術を主体的に行っていたというべきである。
しかも、患者との関係を見ても、①原告と本件各病院において原告の麻酔施術を受ける患者との間には直接麻酔に係る診療契約関係が存在することや、②原告が患者から麻酔施術に関する合意を本件各病院とは別に取得していたこと等に照らすと、原告が本件各病院において行った麻酔施術について主体的な立場を有していたことは明らかである。そして、原告による麻酔施術は患者に対する手術の中核を占める重要なものであり、本件各病院においてより安全な麻酔施術は麻酔科の専門医である原告にしか実行することができないものであることは、麻酔施術を原告が主体として担当していることを裏付けるものである。
ＤＰＣ算定病棟（関係法令等（２）イ参照）に入院中の患者が外部の保険医療機関において外来診療を受けた場合、当該外来診療を行った委託先保険医療機関も療養の給付を主体的に担当していたことになるところ、この場合（以下「ＤＰＣ病棟事例」という。）と、本件各病院における原告の麻酔施術とを比較すると、患者が外部の保険医療機関に赴くか（ＤＰＣ病棟事例の場合）、外部の保険医療機関が委託元保険医療機関に赴くか（本件）の違いしかない。したがって、ＤＰＣ病棟事例の場合と同様、原告についても、原告が療養の給付の主体と認められるべきである。また、訪問診療において別個の診療所が診療を行った場合や保険医療機関である病院に所在する保険薬局が薬を支給する場合のように、複数の保険医療機関が特定の患者を診療することは一般的であり、その複数の保険医療機関の全てに当該診療の主体性が認められるのであるから、このこととの対比においても、原告に主体性が認められるべきである。
（３）仮に、被告が主張する判断枠組みによるとしても、①原告による麻酔施術が本件各病院では対応することができないという経緯により行われたこと等に鑑みれば、原告による麻酔と本件各病院の執刀医等の医療従事者は手術の遂行という目的のために有機体を形成し療養の給付を担当しているというべきであり、②本件各病院が設備、器具、消耗品及び麻酔薬剤の準備をしていても、これらの費用は原告が負担していることや、原告が本件各病院の物的施設の選定やメンテナンスを実施するか否かの判断を行っていることに照らせば、療養の給付に該当するか否かについての被告の主張を前提としても、人的要素と物的要素が一体として結合した組織体として一連の医療サービスを提供しているのは原告と認められるべきである。
（４）以上によれば、原告は療養の給付を担当する主体と認められ、本件業務は療養の給付等に該当するから、本件各報酬額は、措置法２６条１項にいう「社会診療報酬につき支払を受けるべき金額」に該当し、本件特例の適用があると解すべきである。
２ 争点（２）（本件役務提供は、消費税法６条１項、別表第１第６号に規定する非課税資産の譲渡等に該当するか否か）について
（被告の主張の要旨）
上記１で主張したとおり、原告が行った麻酔施術（本件業務）については、原告が「療養の給付」の主体として行ったものではないから、本件役務提供は、消費税法別表第１第６号に規定する非課税となる資産の譲渡等に該当しないことは明らかである。
（原告の主張の要旨）
上記１で主張したとおり、原告は本件業務を「療養の給付」の主体として行ったものであるから、本件役務提供が消費税法別表第１第６号に規定する非課税となる資産の譲渡等に該当することは明らかである。
以上
別表１本件所得税等各処分に係る経緯等
別表１－１
平成23年分
（単位：円）
項目
確定申告
更正処分等
異議申立て
異議決定
審査請求
審査裁決
年月日
平成24年3月4日
平成27年2月27日
平成27年4月8日
平成27年7月2日
平成27年7月30日
平成28年4月4日
総所得金額
（②＋③＋④＋⑤）
①
20,092,050
46,253,629
20,092,050
棄却
20,092,050
棄却内訳
事業所得の金額
②
14,194,554
40,356,133
14,194,554
14,194,554
不動産所得の金額
③
給与所得の金額
④
5,467,236
5,467,236
5,467,236
5,467,236
雑所得の金額
⑤
430,260
430,260
430,260
430,260
株式等に係る
譲渡所得等の金額
⑥
676,150
676,150
676,150
676,150
上場株式等に係る
配当所得の金額
⑦
1,006,865
1,006,865
1,006,865
1,006,865
所得控除の額の合計額
（⑨＋⑩＋⑪）
⑧
2,705,324
1,943,324
1,943,324
1,943,324
内訳
寄附金控除の額
⑨
64,000
62,000
62,000
62,000
扶養控除の額
⑩
1,240,000
480,000
480,000
480,000
その他の
所得控除の額
⑪
1,401,324
1,401,324
1,401,324
1,401,324
課税総所得金額
（①－⑧）
⑫
17,386,000
44,310,000
18,148,000
18,148,000
株式等に係る課税
譲渡所得等の金額
⑬
上場株式等に係る
課税配当所得の金額
⑭
1,005,000
1,005,000
1,005,000
1,005,000
課税総所得金額
に対する税額
⑮
4,201,380
14,928,000
4,463,200
4,463,200
株式等に係る課税
譲渡所得等の金額
に対する税額
⑯
上場株式等に係る
課税配当所得の金額
に対する課税
⑰
70,350
70,350
70,350
70,350
源泉徴収税額
⑱
8,116,293
1,199,434
1,199,434
1,199,434
納付すべき税額
（⑮＋⑯＋⑰－⑱）
⑲
△ 3,844,563
13,798,900
3,334,100
3,334,100
過少申告加算税の額
⑳
1,394,500
26,000
26,000
（注）「納付すべき税額」（⑲欄）の△印は、還付金の額に相当する金額である。
別表１－２
平成24年分（単位：円）
項目
確定申告
修正申告
更正処分等
異議申立て
異議決定
審査請求
審査裁決
年月日
平成25年3月2日
平成25年5月7日
平成27年2月27日
平成27年4月8日
平成27年7月2日
平成27年7月30日
平成28年4月4日
総所得金額
（②＋③＋④）
①
21,018,066
21,018,066
49,606,238
22,049,034
棄却
22,049,034
棄却内訳
事業所得の金額
②
15,363,522
15,363,522
43,951,694
16,394,490
16,394,490
不動産所得の金額
③
給与所得の金額
④
5,654,544
5,654,544
5,654,544
5,654,544
5,654,544
株式等に係る
譲渡所得等の金額
⑤
864,578
864,578
864,578
864,578
864,578
所得控除の額の合計額
（⑦＋⑧＋⑨）
⑥
2,730,211
1,970,211
1,960,211
1,960,211
1,960,211
内訳
寄附金控除の額
⑦
62,000
62,000
52,000
52,000
52,000
扶養控除の額
⑧
1,240,000
480,000
480,000
480,000
480,000
その他の
所得控除の額
⑨
1,428,211
1,428,211
1,428,211
1,428,211
1,428,211
課税総所得金額
（①－⑥）
⑩
18,287,000
19,047,000
47,646,000
20,088,000
20,088,000
株式等に係る課税
譲渡所得等の金額
⑪
864,000
864,000
864,000
864,000
864,000
課税総所得金額
に対する税額
⑫
4,518,800
4,822,800
16,262,400
5,239,200
5,239,200
株式等に係る課税
譲渡所得等の金額
に対する税額
⑬
60,480
60,480
60,480
60,480
60,480
住宅借入金等
特別控除の額
⑭
400,000
400,000
400,000
400,000
源泉徴収税額
⑮
8,099,881
8,099,881
1,223,065
1,223,065
1,223,065
納付すべき税額
（⑫＋⑬－⑭－⑮）
⑯
△ 3,920,601
△ 3,616,601
15,099,800
3,676,600
3,676,600
過少申告加算税の額
⑰
1,581,000
41,000
41,000
（注）「納付すべき税額」（⑯欄）の△印は、還付金の額に相当する金額である。別表１－３
平成25年分
（単位：円）
項目
確定申告
更正処分等
異議申立て
異議決定
審査請求
審査裁決
年月日
平成26年3月15日
平成27年2月27日
平成27年4月8日
平成27年7月2日
平成27年7月30日
平成28年4月4日
総所得金額
（②＋③＋④）
①
21,933,649
49,175,847
21,933,649
棄却
21,933,649
棄却内訳
事業所得の金額
②
16,024,945
43,267,143
16,024,945
16,024,945
不動産所得の金額
③
給与所得の金額
④
5,908,704
5,908,704
5,908,704
5,908,704
所得控除の額の合計額
（⑥＋⑦）
⑤
2,227,889
2,225,889
2,225,889
2,225,889
内訳
寄附金控除の額
⑥
54,000
52,000
52,000
52,000
その他の
所得控除の額
⑦
2,173,889
2,173,889
2,173,889
2,173,889
課税総所得金額
（①－⑤）
⑧
19,705,000
46,949,000
19,707,000
19,707,000
課税総所得金額
に対する税額
⑨
5,086,000
15,983,600
5,086,800
5,086,800
住宅借入金等
特別控除の額
⑩
400,000
400,000
400,000
復興特別所得税額
⑪
98,406
335,655
98,422
98,422
源泉徴収税額
⑫
9,832,288
1,006,281
1,006,281
1,006,281
納付すべき税額
（⑨－⑩＋⑪－⑫）
⑬
△ 5,047,882
15,312,900
3,778,900
3,778,900
過少申告加算税の額
⑭
1,490,500
（注）「納付すべき税額」（⑬欄）の△印は、還付金の額に相当する金額である。別表２本件消費税等各処分に係る経緯等
別表２－１
平成22年課税期間（単位：円）
項目
決定処分等
異議申立て
異議決定
審査請求
審査裁決
年月日
平成27年2月27日
平成27年4月8日
平成27年7月2日
平成27年7月30日
平成28年4月4日
消費税
課税標準額
①
46,954,000
棄却
棄却
消費税額
（①×４％）
②
1,878,160
控除対象仕入税額
③
939,080
納付すべき消費税額
（②－③）
④
939,000
地方消費税
譲渡割額の基礎と
なる消費税額
⑤
939,000
譲渡割額の納税額
（④×25％）
⑥
234,700
消費税等の納付税額の合計額
（④＋⑥）
⑦
1,173,700
無申告加算税の額
⑧
209,000
（注）納付すべき消費税額（④欄）及び譲渡割額の納税額（⑥欄）は、100円未満を切り捨てた後の金額である。別表２－２
平成23年課税期間
（単位：円）
項目
決定処分等
異議申立て
異議決定
審査請求
審査裁決
被告主張額
年月日
平成27年2月27日
平成27年4月8日
平成27年7月2日
平成27年7月30日
平成28年4月4日
消費税
課税標準額
①
40,924,000
棄却
棄却
40,929,000
消費税額
（①×４％）
②
1,636,960
1,637,160
控除対象仕入税額
③
818,480
818,580
納付すべき消費税額
（②－③）
④
818,400
818,500
地方消費税
譲渡割額の基礎と
なる消費税額
⑤
818,400
818,500
譲渡割額の納税額
（④×25％）
⑥
204,600
204,600
消費税等の納付税額の合計額
（④＋⑥）
⑦
1,023,000
1,023,100
無申告加算税の額
⑧
179,000
179,000
（注）納付すべき消費税額（④欄）及び譲渡割額の納税額（⑥欄）は、100円未満を切り捨てた後の金額である。別表２－３
平成24年課税期間
（単位：円）
項目
決定処分等
異議申立て
異議決定
審査請求
審査裁決
被告主張額
年月日
平成27年2月27日
平成27年4月8日
平成27年7月2日
平成27年7月30日
平成28年4月4日
消費税
課税標準額
①
45,806,000
棄却
棄却
45,822,000
消費税額
（①×４％）
②
1,832,240
1,832,880
控除対象仕入税額
③
916,120
916,440
納付すべき消費税額
（②－③）
④
916,100
916,400
地方消費税
譲渡割額の基礎と
なる消費税額
⑤
916,100
916,400
譲渡割額の納税額
（④×25％）
⑥
229,000
229,100
消費税等の納付税額の合計額
（④＋⑥）
⑦
1,145,100
1,145,500
無申告加算税の額
⑧
203,000
203,000
（注）納付すべき消費税額（④欄）及び譲渡割額の納税額（⑥欄）は、100円未満を切り捨てた後の金額である。別表２－４
平成25年課税期（単位：円）
項目
決定処分等
異議申立て
異議決定
審査請求
審査裁決
年月日
平成27年2月27日
平成27年4月8日
平成27年7月2日
平成27年7月30日
平成28年4月4日
消費税
課税標準額
①
44,598,000
棄却
棄却
消費税額
（①×４％）
②
1,783,920
控除対象仕入税額
③
891,960
納付すべき消費税額
（②－③）
④
891,900
地方消費税
譲渡割額の基礎と
なる消費税額
⑤
891,900
譲渡割額の納税額
（④×25％）
⑥
222,900
消費税等の納付税額の合計額
（④＋⑥）
⑦
1,114,800
無申告加算税の額
⑧
197,000
（注）納付すべき消費税額（④欄）及び譲渡割額の納税額（⑥欄）は、100円未満を切り捨てた後の金額である。
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/89548/detail5/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。
出典：「訟務重要判例集データベース」（法務省）（https://shoumudatabasep.moj.go.jp/hanreiSearch/HanreiSearch）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。訟務月報68巻2号134頁。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2020/pdf/13375.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。