令和２年７月１４日判決言渡
平成３０年（行ウ）第４０２号，同第４３５号～同第４３８号補助金交付決定一部取消及び返還命令取消請求事件（以下，順に「第１事件」ないし「第５事件」という。）
主文
１ 文部科学大臣が原告に対して平成３０年３月２３日付けでした別紙１処分目録記載１～５の科学研究費補助金交付決定一部取消決定及び返還命令をいずれも取り消す。
２ 訴訟費用は被告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
主文１項と同旨
第２ 事案の概要等
１ 事案の概要
本件は，国立大学法人Ａ大学（以下「Ａ大学」という。）大学院Ｂ研究科の教授であった原告が，文部科学大臣による科学研究費補助金（以下「科研費」という。）の交付決定を受け，これに基づく科研費を受領していたところ，文部科学大臣が，補助条件違反（取扱規程１０条違反）を理由としてその一部を取り消す旨の決定及びこれを原因とする科研費の返還命令をしたことから，これらの取消しを求める事案である。
２ 関連法令等の定め
本件に関連する法令等の定めは，別紙２関連法令等の定めのとおりである（なお，同別紙における略語は，本文においても用いることがある。）。
３ 判断の前提となる事実
以下の各事実については，当事者間に争いがないか，掲記の各証拠又は弁論の全趣旨により，容易に認められる。
(1) 原告
原告は，平成１５年４月１日から平成２４年６月２８日までの間，Ａ大学大学院Ｂ研究科教授の職にあり，Ｃセンターの研究室を主宰していた者である（乙１，弁論の全趣旨）。
(2) 本件各交付決定及び本件各科研費の交付
文部科学大臣は，研究代表者である原告が交付の申請をした別紙３補助金一覧表記載１～５の各「補助金」欄の科研費（以下「本件各科研費」という。）について，同表記載１～５の各「交付決定」欄の「日付」欄の日に「交付金額」欄の金額につき交付を決定し（各決定の文書番号は「番号」欄記載のとおり。以下「本件各交付決定」という。），本件各科研費は，同表記載１～５の各「交付日」欄の日に研究機関であるＡ大学に交付された（甲１～１０，乙１３，弁論の全趣旨）。
(3) 本件各取消決定等
文部科学大臣は，平成３０年３月２３日，本件各科研費について，別紙３補助金一覧表記載１～５の各「一部取消決定」欄の「取消金額」欄の金額につき「取消理由」欄の理由で取り消す旨を決定するとともに（各決定の文書番号は「番号」欄記載のとおり。以下「本件各取消決定」という。），各「返還命令」欄の「返還金額」欄及び「加算金額」欄の金額につき「納付期限」欄の日までに支払うよう命じた（各命令の文書番号は「番号」欄記載のとおり。以下「本件各返還命令」といい，本件各取消決定と併せて「本件各取消決定等」という。甲１～１０，乙１３）。
(4) 本件訴訟に至る経緯
原告は，平成３０年５月２２日，文部科学大臣に対し，本件各取消決定等について審査請求をした。
原告は，同年９月２１日，本件訴訟を提起した（顕著な事実）。
４ 争点
(1) 本件各取消決定等に裁量権の範囲を逸脱し又はこれを濫用した違法があるか（争点１）
(2) 本件各取消決定等に手続的瑕疵があるか（争点２）
(3) 本件各交付決定に係る取消権及び補助金返還請求権が時効により消滅しているか（争点３）
第３ 争点に関する当事者の主張
１ 争点１（本件各取消決定等に裁量権の範囲を逸脱し又はこれを濫用した違法があるか）について
（被告の主張）
(1) 本件各取消決定等に裁量権の範囲の逸脱又は濫用はないこと
ア 文部科学大臣による科研費交付決定を受けた補助事業者が科研費交付決定に付された補助条件に違反した場合，科研費交付決定の一部又は全部を取り消すか否かについては，文部科学大臣の合理的裁量が認められると解され，その裁量権の範囲の逸脱又は濫用がない限り，その取消処分が違法とされることはない。また，科研費が交付された後に，適正化法１７条１項に基づく交付決定取消処分がされた場合には，返還命令をすべきこと及び同法１９条１項所定の加算金が付されることについて，文部科学大臣の裁量はなく，したがって，同法１７条１項に基づく交付決定取消処分が無効であるか取り消されない限り，同法１８条１項に基づく返還命令が取り消される余地はない。
イ Ａ大学が作成した平成３０年２月２６日付け「国立大学法人Ａ大学大学院Ｂ研究科元教授の研究費不正使用に関する調査報告書」（以下「本件大学報告書」という。）には，関係者の聴き取り調査や書面調査のほか原告に係る収賄被告事件（以下「別件刑事事件」という。）の第一審判決等を踏まえ，原告が，年度ごとの執行残額を使い切るため，自身の主宰する研究室の関係者に指示するなどして，旧知の取引業者に架空の発注をして預け金を形成していたこと（より具体的には，原告が取引業者と共謀して，実際には納品されていない物品に係る架空の請求書をＡ大学に提出させ，これに基づき，科研費を管理するＡ大学に取引業者に対する代金の支払をさせ，これを取引業者が預け金としてプールした上で，翌年度以降に取り崩して使用していたこと。），預け金の使途は，研究目的のほか，私的な目的に使用していたことが疑われるものの，それを裏付ける資料がないこと等から，本件大学報告書作成時点で，私的流用を認定するのは困難であること等が記載されている。
文部科学大臣は，本件大学報告書に基づき，本件各交付決定に基づき交付された本件各科研費の一部（別紙３補助金一覧表記載の「取消金額」欄の金額）について，原告が，取引業者との共謀により預け金を形成し，本件各交付決定の対象とされた補助事業である科学研究等に必要な経費以外に使用したものと認め，いずれも取扱規程１０条に違反することから，本件各補助条件（本件各補助条件１－１に加え，本件各補助条件２－１，平成１７年度補助条件２－６・平成１８年度補助条件２－６・平成１９年度補助条件２－９）に違反するとして，適正化法１７条１項に基づき，本件各交付決定の一部（別紙３補助金一覧表記載の「取消金額」欄の金額に係る部分）を取り消す旨の本件各取消決定をしたものであり，本件各取消決定等に裁量権の範囲の逸脱又は濫用はない。
(2) 原告の主張について
ア 原告は，科研費の交付時期が年度当初ではないため，年度当初から科研費を受領するまでの間に，金銭の支出ができない空白期間が生じ，研究の継続が困難となるため，株式会社Ｄ（以下「Ｄ」という。）の管理の下で預け金を形成したのはやむを得ない措置であったと主張する。
しかし，本件各補助条件及び本件各機関使用ルールでは，年度当初の４月から研究を開始し，契約を締結することが運用上可能とされている。また，科研費が実際に交付されるまでの間に発生する補助事業に係る経費の処理については，
① 研究代表者が研究機関に購入依頼をする際，研究機関の会計規則等に基づき研究機関の予算から立て替えて支出し，科研費が交付された後に精算する。
② 研究代表者が研究機関に購入依頼をする際，研究機関から研究代表者や所属部局等に配分された予算や企業等からの寄附金から支出し，交付後，補助事業に係る費用を科研費に振り替える。
③ 取引業者の了解の下，研究機関から取引業者への支払を科研費が交付される時期以降とする。
等の方法が考えられ，年度当初から科研費を受領するまでの間に補助事業の研究を継続するため，預け金の形成が必要不可欠であるなどとはいえない。
実際に，原告は，平成１７年度から平成１９年度の各年度の年度当初から科研費を受領するまでの間，預け金を形成しなくとも，Ａ大学の立替制度を利用することが可能であった。また，Ｄは，原告がＡ大学の教授に着任する約１０年も前から原告が研究に用いる物品を原告の所属していた研究機関に販売し，原告がＡ大学の教授に就任するに当たって原告のためにαに営業所まで立ち上げており，原告は，Ｄの経営上，非常に重要な人物であったといえる。そして，Ｄは原告からの求めに応じて預け金の形成をしていたことからすると，Ｄが，年度当初から原告に本件各科研費が支払われる６月末頃までの間，その年の４月及び５月の売上に係る支払を，本来の翌月払ではなく，１，２か月程度延長して７月とする程度の要求を拒否するとは考え難く，原告がＤに要求さえすれば，研究に必要な物品の代金の支払時期を先延ばしにすることは十分に可能であったといえる。以上のとおり，原告は，預け金の形成をしなくとも，年度当初から研究に必要な物品を購入し，研究を実施することは可能だったといえる。
イ 原告は，Ｄの下で形成した預け金をすべて研究のために使用し，研究の成果を上げていたとして，取扱規程１０条及び本件各補助条件違反の責任が軽減されるかのような主張をする。
しかし，科研費は，会計年度につきいわゆる単年度主義に基づく助成金であり，単年度で使い切れなかった未使用の科研費が存在したのであれば，本来，適正化法１５条による額の確定をして国に返還しなければならず，翌年度以降の研究活動資金は別途手続を踏んで調達すべきである。したがって，預け金の形成は，たとえその後に研究のために使用されたとしても，不正支出であるといわざるを得ない。また，そもそも，上記アのとおり，年度当初から科研費を受け取るまでの間の研究を継続するために原告が預け金を形成する必要があったとはいえないのであるから，研究成果が上がったことは，預け金の形成と何ら関係がないというべきである。したがって，原告が主張する事情は，取扱規程１０条及び本件各補助条件違反の責任を何ら軽減するものとはいえず，文部科学大臣の裁量権の範囲の逸脱又は濫用を基礎付けるものということはできない。
ウ 原告は，預け金の形成について，早期の是正措置命令等により容易に目的を達成し得たのであり，会計年度終了時及び研究完了時の実績報告の際に文部科学省から何ら指摘を受けることがなかったにもかかわらず，交付決定から１０年以上が経って突如として本件各取消決定がされたことが不当であると主張する。
しかしながら，原告は，Ｄと共謀して，虚偽の会計書類を用いてＡ大学にＤに対する科研費の支払をさせ，秘密裏にＤの下で預け金を形成したのであり，文部科学大臣は，取扱規程１０条違反及び本件各補助条件違反の事実を本件大学報告書によって把握したのであるから，文部科学大臣がその提出を受ける以前にこれらの事実に関する処分又は措置を採ることが可能であったとはいえず，原告の主張には理由がない。
エ 原告は，本件各取消決定等が本件大学報告書のみに依拠しており，文部科学大臣がその内容を精査しなかったことは考慮不尽であって，本件各取消決定等は違法であるなどと主張するが，本件大学報告書におけるＡ大学の認定手法は合理的であることに加え，交付決定権者である処分行政庁には強制力を伴う調査権限は付与されておらず，一方で，本件大学報告書を作成したＡ大学は，科研費の管理を実施し，取引業者との購入契約の名義人本人で，なおかつ，原告に係る不正に関係する教職員をよく把握しており，原告の不正経理関係の実態解明を目的として，第三者委員をもメンバーとする調査委員会を立ち上げてまで幅広に証拠収集を実施して本件大学報告書を作成しており，その証拠資料には，捜査機関が捜査権限を行使して収集した捜査資料も含まれている。したがって，文部科学大臣が，本件大学報告書を事実認定に当たって信用性の高い資料として位置付けたことは不合理ではなく，これを踏まえて，原告による預け金の形成が本件各補助条件（取扱規程１０条）に違反すると判断し，預け金相当額について本件各取消決定をしたことについて，裁量権の範囲の逸脱又は濫用として問擬されることはない。
(3) 小括
したがって，本件各取消決定等は，文部科学大臣の裁量権の範囲を逸脱又は濫用したものとはいえず，本件各取消決定等はいずれも適法である。（原告の主張）
(1) 考慮不尽の違法があること
本件各取消決定等は，その影響の甚大さに鑑みれば，吟味を重ねて精査された証拠に基づき，丁寧な事実認定をした上で慎重に行われる必要があり，事実認定においては，処分行政庁自身がその権限と責任において事実関係を調査し，判断の基礎となる証拠を収集すべきである。
しかしながら，本件各取消決定等は，原告に直接事情を説明する機会を与えることなく，Ａ大学が作成した本件大学報告書のみに依拠してされたものであるところ，本件大学報告書が文部科学大臣に提出されたのは同年３月１日で，本件各取消決定等は同月２３日にされており，文部科学大臣が本件大学報告書を精査した経過はうかがわれない。
補助金の管理主体である研究機関には，補助金に係る問題が生じた場合，自らの管理責任を免れるためその責任を研究者に押し付ける動機が十分に存在し，研究者と研究機関は対立関係に立つといえる。特に，本件では，本件各取消決定等の当時，Ａ大学は，原告を相手方として，不法行為に基づく損害賠償請求訴訟（以下「別件訴訟」という。）を提起していたのであるから，その対立関係は顕現化していた。
このように，本件各取消決定等は，その内容の重大さにもかかわらず，明示的に対立関係にある一方当事者の報告書のみに依拠し，内容を十分に精査することもなくされたものであって，考慮不尽の違法がある。
(2) 比例原則に違反する違法があること
ア 本件各科研費を使用した研究は，著名な科学雑誌に論文発表され，文部科学省，学会や社会から高く評価され，その基礎研究成果が臨床応用されつつある。また，原告は，これを含めて多数の研究を行い，その成果を論文にまとめて発表し，多数の科学雑誌に論文が掲載され，社会的にも極めて高い評価を得ている。
イ これに対し，原告による預け金は，年度内使用という会計ルールに反するものであったにせよ，そのすべてが研究のために使用され，取扱規程１０条に違反するものでもなく，その制裁はあまりに過大である。原告が預け金をしたのは，科研費の交付が年度開始後すぐにされることはなく少なくとも数か月以上遅れる上（Ａ大学における事務手続を経て実際に原告の手元で使用可能となるのは７月中旬以降であった。），研究機関内の事務手続のため，その執行も３月初旬から中旬までに使い切るように指示されていたが，特に，動物や試薬，酵素を扱う研究では，研究を中断すると動物が育ちすぎて実験に適さなくなったり，試薬や酵素の有効期限が切れてしまったりするため，実験を中断できないというやむを得ない事情があったためである（原告は，平成１７年当時，Ｄに対する預け金は３０００万円程度と認識していたのであり，さらに預け金をしなければ，３月から７月までの期間に実験を中断せざるを得ないと考えていた。）。このような事情から，多くの大学で研究者が預け金の対応をしており，原告が所属していたＥセンター（当時）及びＡ大学においても，他の研究者が預け金に関与していた。また，原告は，平成１９年，文部科学省が科研費の繰越制度を拡充し，その積極的な利用を推奨している旨を当時の研究課長が研究科会議で通知したのを聞き，基盤研究（Ｓ）の直接経費３０００万円を繰り越すこととして，同年末にその旨をＦ准教授に伝えており，その後は預け金をしていない。
被告は，Ａ大学の立替制度の利用やＤへの支払時期の先延ばしが可能であったと主張するが，立替制度は，交付内定を受けた額について４月より前に申込みをする必要があるところ，本件各科研費については，内定通知を受けるのが４月から６月であったことから，その申込みをすることはできなかったし，支払時期の先延ばしについても，一般的な商取引で支払を数か月程度延ばすことは容易ではなく，内定段階では確実に交付が受けられるか，交付時期がいつになるかも分からず，安易にそのような方法がとれる状況ではなかった。
ウ このような状況で，本件各交付決定から１０年以上も経った後に高額の加算金を付してされた本件各取消決定等については，比例原則に反する違法がある。
２ 争点２（本件各取消決定等に手続的瑕疵があるか）について（被告の主張）
(1) 弁明の機会が付与されていないことについて
原告は，本件各取消決定等に至る過程で弁明の機会が付与されなかった旨主張し，あたかもこのような手続違反が，本件各取消決定等の取消事由を構成するかのような主張をする。
しかしながら，適正化法２４条の２は，行政手続法１３条の適用を除外していることから，弁明の機会付与の欠如をいう原告の主張は失当である。また，本件大学報告書は，Ａ大学で作成されたもので，そこでの弁明手続の不十分さをもって，適正化法１７条１項に基づく取消処分の手続の違法と同視することはできないが，この点を措くとしても，原告はＡ大学が実施しようとしたヒアリングに非協力的であったし，さらに，Ａ大学が別件訴訟を提起した後に，Ａ大学の訴訟代理人で，Ａ大学に設置された調査委員会の委員でもある弁護士から原告の訴訟代理人弁護士に対してヒアリングの打診がされていることからすると，弁明の機会自体は設けられていたといえる。
(2) 本件各取消決定につき理由の提示が不十分であることについて原告は，本件各取消決定の通知書には，本件各交付決定のうちどの部分を取り消すのかという点や，その個別具体的な取消理由が明示されていないとして，適正化法２１条の２に違反する旨主張する。
しかしながら，本件各取消決定の通知書には，取り消す部分の金額が明示されており，取消理由については，いずれも「補助条件違反（科学研究費補助金取扱規程〔昭和４０年３月３０日文部省告示第１１０号〕第１０条違反）」と明記されている。このような記載からすれば，文部科学大臣は，その取り消す部分として記載された金額について，原告が「科学研究等に必要な経費にのみ使用」（取扱規程１０条）しておらず，取扱規程１０条に違反するものと認めて，本件各補助条件違反を理由に取り消したことが明らかであり，また，本件各取消決定の通知書には，本件各補助条件の適用規定についての記載がないものの，取扱規程１０条違反が，同規程を含む法令等の遵守を定める本件各補助条件１－１違反に該当することはその規定ぶりから明らかである。
(3) 本件各取消決定の不服申立てについて誤教示がされたことについて原告は，本件各取消決定の不服申立てについて誤教示がされたと主張するところ，確かに，本件各取消決定の不服申立期間は，正しくは「処分があったことを知った日の翌日から起算して３月以内」であり，本件各取消決定の通知書の記載には誤記がある。しかしながら，不服申立期間の誤教示は，不服申立手続の中で救済されるべきものであり，それ自体が処分の取消事由となるものではない。加えて，本件各取消決定の通知書の記載は，法定の不服申立期間より短い期間を誤って教示したものであるから，これによって不服申立ての機会を損なうことは考えられず，現に，原告は，不服申立期間内に，文部科学省に対して審査請求の申立てをしている。
したがって，不服申立てについて誤教示がされたことを理由として本件各取消決定を取り消すべきであるとはいえない。
(4) 原告に対する通知がされていないことについて
原告は，本件各取消決定の通知書及び本件各返還命令に係る命令書がＡ大学を通じて交付されたことについて，到底適正とはいえないと主張する。しかしながら，本件各機関使用ルールは，研究機関の行う事務として，文部科学省からの交付内定通知の受理及び研究者への通知，文部科学省からの交付決定通知の受理及び研究者への伝達を定めているところ，科研費の交付決定取消処分の通知に関して，適正化法１７条４項が交付決定通知について定める適正化法８条を準用していることからすると，交付決定取消処分の通知について本件各機関使用ルールを準用し，研究機関を通じて研究代表者に通知することが適切でないとはいえない。また，本件各補助条件及び本件各機関使用ルールでは，科研費について必要な諸手続は研究機関を通じて行うものとされていることから，文部科学省は，研究代表者等の補助事業者個人の自宅等の連絡先は把握していないことが通常であり，研究機関であるＡ大学を通じて原告に本件各取消決定等の通知をすることは合理的かつ適切な方法である。
(5) 小括
以上のとおり，本件各取消決定等について，これらを取り消すべき手続的瑕疵があるとはいえない。
（原告の主張）
(1) 弁明の機会が付与されていないこと
本件各取消決定等に先立ち，原告には弁明の機会が与えられず，また，本件大学報告書の作成過程でも，別件訴訟のＡ大学の代理人弁護士から原告の代理人弁護士に対し，電話で，原告の話を聞くのが難しいことについて確認されたのみで，正式なヒアリングの要請はなかった。
適正化法２４条の２は行政手続法１３条を適用除外としているが，行政手続は行政目的に応じて多種多様であることから，行政処分の相手方に事前の告知，弁解，防御の機会を与えるかどうかは，行政処分により制限を受ける権利利益の内容，性質，制限の程度，行政処分により達成しようとする公益の内容，程度，緊急性等を総合衡量して決定されるべきものであり（最高裁平成４年７月１日大法廷判決・民集４６巻５号４３７頁参照），あらゆる態様の補助金交付決定取消処分，補助金返還命令において，相手方への事前の告知，弁解，防御の機会を一切与えないことを正当化する趣旨とは解されない。本件各取消決定等のように，名宛人に対する影響が重大で，緊急性がない処分については，憲法３１条に基づく適正手続の保障として事前の告知，弁解，防御の機会を与えられるべきであり，一切の事前手続を経ることなく本件各取消決定等がされたことについて，手続的な瑕疵があるといわざるを得ない。
(2) 本件各取消決定につき理由の提示が不十分であること
本件各取消決定の通知書には，本件各交付決定のうち取り消される部分及びその具体的理由が全く記載されていない。本件各科研費は，年度をまたいで使用されていたものであるが，取引業者と具体的なやり取りをしたのは同じ研究室のＦ准教授であって，原告は包括的な指示をしたのみであったし，原告は，本件大学報告書の根拠とされた資料や他の研究者の供述内容の開示も受けていないため，取消しの対象とされた金額を検証することができない。
このように，本件各取消決定の理由は，原告にとって不服申立てをするための手掛かりにならず，また，処分庁の判断の慎重と合理性を担保してその恣意を抑制する機能も果たしておらず，適正化法２１条の２が要求する理由の提示として不十分である。
(3) 本件各取消決定の不服申立てについて誤教示がされたこと本件各取消決定については，行政不服審査法８２条１項，同法１８条１項に基づき，不服申立ての教示がされなければならないにもかかわらず，平成２６年法律第６８号による廃止前の行政不服審査法に基づく誤った教示がされている。原告にとって重大な影響を及ぼす処分であるにもかかわらず，このような誤教示がされたことは極めて不当である。
(4) 原告に対する通知がされていないこと
本件各取消決定は，適正化法１７条４項が準用する適正化法８条に基づき，速やかに補助金等の「交付の申請をした者」に通知されなければならず，本件各返還命令についても同様と考えられるところ，本件各交付決定の「交付の申請をした者」は取扱規程５条１号で研究者の代表者と規定され，原告がこれに当たる。それにもかかわらず，本件各取消決定等の通知書は，当時原告が既に在籍していなかったＡ大学に送付されている（なお，原告は，平成３０年４月９日になって，別件訴訟の代理人弁護士を通じてこれを受け取ったのであり，その時点で，指定された納付期限〔同月１１日〕も迫っていた。）。
このように，文部科学大臣は，本件各取消決定等について速やかに原告に通知すべきであるのを怠ったものである。
(5) 小括
以上のとおり，本件各取消決定等には，手続的な瑕疵があることから，取り消されるべきである。
３ 争点３（本件各交付決定に係る取消権及び補助金返還請求権についての消滅時効の成否）について
（原告の主張）
(1) 科研費の交付を受けた者は，科学研究等を完了したとき，及び補助金の交付決定に係る国の会計年度が終了したときに，実績報告書を文部科学大臣に提出するものとされており（取扱規程１１条），慣例上，会計年度終了時の実績報告書は，交付を受けた年の翌年の４月に提出されていた。また，文部科学大臣は，研究完了時の実績報告書の提出を受けた場合，その審査及び必要に応じて行う調査によって，当該科学研究等の成果が補助金交付決定の内容及びこれに附した条件に適合すると認めたときは，交付すべき補助金の額を確定し，補助金の交付を受けた者に通知することとされているところ（取扱規程１２条），会計年度終了時に提出される実績報告書についても，通常の実務として審査，調査が行われており，本件でも同様であった。
このように，文部科学大臣は，本件各科研費を交付した会計年度の終了時及び研究完了時の実績報告書の提出を受け，本件各交付決定の内容及びこれに附した条件に適合するかどうかを審査，調査していたのであるから，その時点で，これに適合しない場合には取り消すことが可能であったといえる。したがって，本件各交付決定については，会計年度の終了時の実績報告書の提出（平成１７年度分につき平成１８年４月，平成１８年度分につき平成１９年４月，平成１９年度分につき平成２０年４月）から５年間が経過したことにより，本件各交付決定に係る取消処分及び補助金返還命令を行う権限は失効したと解すべきである。なお，取扱規程１４条において，補助金の収支に関する帳簿の保管期間が補助金の交付を受けた年度終了後５年間と定められていることからも，上記のとおり解すべきである。
(2) また，本件各科研費の問題に関しては，平成２４年５月２６日に捜査機関によるＡ大学の捜索が行われ，文部科学大臣は遅くとも同日までにこのことを認識し，この時点で取消権を行使し得たというべきである。
仮に，文部科学大臣としては，Ａ大学における調査を指示しており，その報告がされない段階での取消権の行使は困難であったとしても，遅くとも平成２４年９月には，Ａ大学は一連の預け金の詳細を把握して文部科学大臣に報告していたといえ，仮にそうでなかったとしても，文部科学大臣はＡ大学に報告を求めることによって詳細を把握し得たことからすると，文部科学大臣は，遅くとも同月中には，本件各交付決定を取り消すことが可能であったというべきである。
(3) したがって，本件各取消決定等がされた時点では，本件各交付決定の取消権を行使し得たときから既に５年が経過していたのであり，本件各交付決定に係る取消権及び補助金返還請求権については，時効によって消滅したといえる。
（被告の主張）
(1) 適正化法１７条には，取消権の消滅時効あるいは除斥期間の規定は置かれていない。また，次のとおり，原告が主張する時点では，いまだ交付決定取消権を行使し得る状況にあったとはいえず，これらの時点に時効の起算点を求めることは，強制力を伴う調査権限のない処分行政庁に根拠のないまま，補助事業者に対する返還義務を課する処分を行うことを強いる結果を招来することになりかねず，認められない。
ア 原告は，取扱規程１１条所定の実績報告書の提出があったときに，本件各交付決定の取消しが可能であったと主張する。
しかしながら，取扱規程１１条の実績報告は飽くまで書面による報告である以上，それをもとにした審査も書面審査が原則であり，基本的には，研究実績報告書をもとに補助条件に合致しているか否かが審査されることになる。本件各科研費の実績報告書には，Ｄの管理の下で預け金が形成されていた事実に関しては何の記載もされておらず，それをうかがわせるような記載もないのであり，実績報告書の提出をもって，文部科学大臣において，原告が預け金を形成していた事実を認識し得る状況にあったなどとは到底いえず，原告がＤと共謀して預け金を形成していたこと等を踏まえると，仮に調査が実施されたとしても，預け金を形成していた事実を確認することは困難であったといわざるを得ない。
イ 原告は，東京地方検察庁特別捜査部（以下「東京地検特捜部」又は「東京地検」という。）がＡ大学において捜索を実施した平成２４年５月２６日には，文部科学大臣は原告が預け金を形成していた事実を認識していたとして，本件各交付決定の取消しが可能であったと主張する。
しかしながら，上記捜索は，業務上横領の被疑事実についてのものであるし，その結果の詳細を文部科学大臣が認識できるとはいえず，上記捜索が実施されたことをもって，原告が預け金を形成していた事実を認識したとはいえない。
ウ 原告は，Ａ大学が，原告が預け金を形成していた事実の全容を平成２７年９月７日までに把握したとし，これが逐次文部科学大臣に伝えられたはずであり，仮にそうでなかったとしても，文部科学大臣が積極的に調査すれば把握できたはずであるとして，同月３０日には，本件各交付決定の取消しが可能であったと主張する。
しかしながら，上記主張は，Ａ大学に所属する関係者への事情聴取を前提に，Ａ大学ひいては文部科学大臣の認識を推論するものであるところ，このような推論自体に無理がある。現に，Ａ大学としては，原告に対して別件訴訟を提起した平成２７年４月３日の時点においても，原告がＤの管理の下で形成していた預け金の全容について把握できていないとしている。また，本件大学報告書においても，原告による預け金の形成については，当該報告書の作成・提出日である平成３０年２月２６日時点で原告の不正経理と認定できるものを特定し，その金額の認定は，東京地検特捜部が作成し，平成２６年４月に提供を受けた平成１７年度から平成２０年度における預け金の状況を示す書類をもとに行ったというのであり，このような預け金の形成やその金額の認定作業の経緯を踏まえると，Ａ大学が，平成２４年９月の段階で預け金の形成に係る事実の全容を把握していたなどとは到底いえない。
(2) したがって，遅くとも平成２４年９月３０日までには，文部科学大臣において，本件各交付決定を取り消すことができた旨の原告の主張には理由がなく，文部科学大臣が本件各交付決定を取り消すことができたのは，本件大学報告書の提出を受けた平成３０年３月１日である。
第４ 当裁判所の判断
１ 認定事実
掲記の各証拠又は弁論の全趣旨によれば，次の各事実が認められる。
(1) 原告による預け金の形成について
ア 原告は，平成１５年４月にＡ大学大学院Ｂ研究科教授に着任する以前，Ｅセンターに勤務していたところ，その当時から，Ｄと共謀して，実際には納品されていない物品に係る架空の請求書を研究機関に提出し，これに基づき，競争的資金を管理する研究機関にＤに対する支払をさせ，Ｄが預け金としてプールした上で，これを翌年度以降に取り崩して使用していた（乙１・６頁，原告２０，２１頁）。
イ 原告は，平成１５年４月にＡ大学Ｂ研究科教授に着任したが，Ｄは，同年７月にα市内に営業所を開設し，原告は，引き続きＤに預け金を形成していた。原告は，同じ研究室に所属するＦ准教授に対し，資金ごとの執行残額を示した上でＤの営業部長に連絡して処理するように指示し，これに基づき，ＤＮＡチップ等や研究室で用いる消耗品等を架空に納品したことにした請求書によって，Ａ大学からＤに支払をさせ，執行残額がなくなるよう処理がされていた（甲３７・３頁，乙１・６頁，原告５頁）。
ウ 原告による預け金は，ＤＮＡチップの納入費用，実験補助者の継続雇用の費用，他の必要な研究資材の代金に充てられたほか，研究に必要不可欠であるものの補助金の使途としては認められにくいもの（コンピューターなどの購入，実験機器の保守・修理費，大型機器格納倉庫の賃料等）にも充てられたりしていた（甲３７・３頁，原告３，４頁）。
エ 原告は，平成１７年７月から平成２３年７月までの間，合計１億６６１３万４６８９円の預け金を形成した（甲２５，甲３７・４頁）。
(2) 本件各科研費に係る預け金の形成
原告は，本件各科研費のうち，別紙３補助金一覧表記載の「取消金額」欄の金額について，Ｄに預け金を形成した（弁論の全趣旨。以下，この預け金を「本件各科研費に係る預け金」という。）。
(3) 科研費の年度内使用のルールについて
ア 我が国の会計制度は単年度主義に基づいており（財政法４２条参照），科研費の交付についても各研究者の研究計画のうち会計年度ごとに必要な補助金の助成が行われている（甲３７・３頁）。このことを前提として，本件各補助条件において，補助事業に係る物品の納品，役務の提供等は，補助事業を行う年度の３月３１日までに終了しなければならず，これに係る支出は，実績報告書の提出期限までに行わなければならない旨規定され（平成１７年度補助条件２－６，平成１８年度補助条件２－６，平成１９年度補助条件２－９），本件各機関使用ルールでも同様の規定が設けられていた（本件各機関使用ルール３－３）。
もっとも，平成１５年度から，科研費による研究のうち，交付決定時には予想し得なかったやむを得ない事由に基づき年度内に補助事業が完了しない見込みのあるものについては，文部科学大臣を通じて財務大臣へ繰越承認要求を行い，財務大臣の承認を得た上，当該経費を翌年度に繰り越して使用できることとされており（以下「本件繰越制度」という。平成１７年度補助条件２－３，平成１８年度補助条件２－３，平成１９年度補助条件２－６参照），平成１８年４月１日には，その留意事項等が改正された（乙１８）。
イ また，年度当初については，本件各補助条件において，新たに採択された研究課題については内定通知受領後直ちに，また，前年度から継続する研究課題（「特定領域研究」の研究領域の設定時において，予め研究機関開始年度の翌年度から実施することとされていた研究課題を含む。）については４月１日から，それぞれ研究を開始し，必要な契約等を行うことができるが，必要な経費は，直接経費受領後に支出し，又は研究機関等が立て替えて直接経費受領後に精算しなければならない旨規定され（平成１７年度補助条件２－２，平成１８年度補助条件２－２，平成１９年度補助条件２－４），本件各機関使用ルールでも，研究代表者が，交付された直接経費の使用を速やかに開始できるよう，各研究機関において必要な事務を迅速に行うこととされ，経費の支出について本件各補助条件と同様の規定が設けられていた（本件各機関使用ルール３－１）。
Ａ大学では，平成１７年４月１日に「国立大学法人Ａ大学における研究資金の交付前使用に係る立替に関する要領」が制定され，そこでは，科研費を含む補助金の研究代表者等として研究等を遂行する場合に，補助金を受領する日までの間，当該研究等の実施に必要な資金を，その管理者であるＡ大学が立て替えることができるものとされ，その必要な手続等が定められていた（甲４２，４４の１・２，乙１９。以下「本件立替制度」という。）。
(4) 原告による預け金の形成の終了について
原告は，平成１９年に，本件繰越制度の話を聞き，独立行政法人日本学術振興会により交付決定を受けた平成１９年度科学研究費助成事業（科学研究費補助金〔基盤研究（Ｓ）〕）について，初年度の交付研究費のうち３０００万円を次年度に繰り越すこととした（甲３７・５頁）。
また，原告は，同年末，Ｆ准教授に，上記の旨を伝えると共に，今後は，ＤＮＡチップの先物買い等をする必要がなくなったと伝え，その後の研究費について，できる限り公的資金を最優先に年度内に使うように伝えた（甲３７・５頁，原告１２頁）。
これを受けて，Ｆ准教授は，平成２０年５月以降，原告による預け金の形成のための処理をしていない（甲３７・５頁，原告１２，１３頁）。
(5) 原告による預け金が判明した経緯
ア 東京地検特捜部は，Ｄの民事再生手続の中で原告による預け金が判明したことを契機として，平成２４年５月２６日，原告に対する業務上横領被疑事件について，Ａ大学等の捜索を行った（乙１）。
イ Ａ大学は，強制捜査を発端として原告が競争的資金等を不正に使用していた疑いがあることが判明したとして，同年６月４日，Ｂ研究科ゲノム分野強制捜査に関する調査委員会，同年７月２日，Ｂ研究科の競争的資金等に係る会計処理に関する調査委員会，同月３日，Ｂ研究科不正経理（疑惑）調査委員会をそれぞれ設置し，原告が在籍したすべての期間において執行したすべての経費を対象とする調査を実施することとした（乙１・１，２頁）。
ウ 文部科学大臣は，同年６月２９日，東京地検が原告による不正経理の疑いについて捜査をしていることを承知しており，Ａ大学に事実関係を確認している旨述べ，同年７月３日，Ａ大学大学院Ｂ研究科において調査委員会を立ち上げて調査が行われており，文部科学省は調査結果を報告するように求めている旨述べた（甲２６の１・２）。
エ 東京地検特捜部は，同月３１日，収賄容疑で原告を逮捕した（甲３６別紙）。
オ 東京地検は，同年８月２１日及び同年９月１１日，収賄被告事件で原告を東京地方裁判所に起訴した（別件刑事事件。甲３６別紙）。
カ 東京地方裁判所は，平成２６年２月１７日，別件刑事事件について，懲役２年の有罪判決をした（甲３６別紙）。
キ 東京高等裁判所は，平成２７年２月２６日，別件刑事事件について，第一審判決を破棄し，懲役１年８月の有罪判決をした（甲３６別紙）。
ク Ａ大学は，平成２７年４月３日，原告を相手方として，原告がＤに預け金を形成するためにＡ大学に架空取引の代金名目で支出をさせたことにつき，不法行為に基づく損害賠償金１億５１９５万６６１０円の支払等を求める民事訴訟を，京都地方裁判所に提起した（別件訴訟。甲１７，乙２１）。
ケ 最高裁判所は，平成２８年８月３０日，別件刑事事件について，原告の上告を棄却する旨の判決をした（甲３６別紙）。
コ 東京地検特捜部は，同年１０月７日，Ａ大学に対し，押収資料を還付した（甲３６別紙）。
サ Ａ大学は，平成３０年２月２６日，文部科学大臣に対し，本件大学報告書を提出し，同年３月１日，文部科学大臣は本件大学報告書を受領した（甲１９，乙１）。
２ 争点１（本件各取消決定等に裁量権の範囲を逸脱し又はこれを濫用した違法があるか）について
(1) 本件各取消決定について
ア 文部科学大臣による科研費交付決定を受けた補助事業者が，当該交付決定に付された補助条件その他法令又はこれに基づく文部科学大臣の処分に違反した場合に，当該交付決定の一部又は全部を取り消すか否かについては，適正化法１７条１項の文言によると，文部科学大臣の合理的裁量が認められており，当該交付決定の一部又は全部を取り消す旨の決定が違法とされるのは，当該裁量権の範囲の逸脱又は濫用があった場合に限られると解される（行政事件訴訟法３０条）。
イ 本件各交付決定については，取扱規程１０条において，補助金の交付を受けた者は，補助金を科学研究等に必要な経費にのみ使用しなければならない旨規定されており，また，科研費交付決定を受けた補助事業者が適正化法１１条（平成１９年度につき，適正化法７条及び１１条）の規定により従うべき本件各補助条件として，①研究代表者は，補助事業の遂行に当たり，適正化法，同法施行令及び取扱規程（平成１９年度補助条件につき，さらに当該補助条件）の規定を含む，関係する法令等の規定を遵守しなければならないこと（本件各補助条件１－１），②研究代表者は，直接経費（補助事業の遂行に必要な経費及び研究成果の取りまとめに必要な経費）の公正かつ効率的な使用に努めなければならないこと（平成１９年度補助条件につき，さらに，他の用途への使用及びこの補助条件に違反する使用をしてはならないこと。本件各補助条件２－１），③補助事業に係る物品の納品，役務の提供等は，補助事業を行う年度の３月３１日までに終了しなければならず，これに係る支出は，実績報告書の提出期限までに行わなければならないこと（平成１７年度補助条件，平成１８年度補助条件２－６，平成１９年度補助条件２－９）が定められている。
前提事実(2)のとおり，原告は，本件各科研費に係る預け金を形成しており，かかる金額については，当該年度の３月３１日までに物品の納品，役務の提供等がされていない。したがって，原告による本件各科研費に係る預け金の形成は，本件各補助条件１－１，同２－１，平成１７年度補助条件２－６，平成１８年度補助条件２－６，平成１９年度補助条件２－９に違反するとともに，取扱規程１０条にも違反するものといえる。そして，本件各補助条件において，研究代表者は，補助事業の遂行に当たり，適正化法，同法施行令及び取扱規程（平成１９年度補助条件につき，さらに当該補助条件）の規定を含む，関係する法令等の規定を遵守しなければならないとされるとともに，補助金が国民から徴収された税金等でまかなわれるものであることに留意し，補助金の交付の目的に従って誠実に補助事業を行うように努めなければならないとされていることに照らすと（本件各補助条件１－１，１－２），原告による本件各科研費に係る預け金の形成の違法性の程度は軽微とはいえないというべきである。
ウ 原告は，預け金を形成したことについて，特に，動物や試薬，酵素を扱う研究では研究を中断できないという事情があり，やむを得ない措置であった旨主張する。
しかしながら，認定事実(1)のとおり，原告は，平成１５年４月にＡ大学Ｂ研究科教授に着任する以前からＤにおいて預け金を形成し，当該預け金は，補助金の使途としては認められにくいもの（コンピューターなどの購入，実験機器の保守・修理費，大型機器格納倉庫の賃料等）にも充てられており，本件各科研費に係る預け金の形成もこのような一連の預け金の一環としてされているところ，これらがやむを得ない措置といえないことは明らかである。また，科研費は，会計年度ごとに必要な補助金の助成が行われているところ，学術研究は，必ずしも当初の研究計画どおりに遂行されない場合もあり，年度ごとの助成方式になじまない面があるとの指摘もあったことが認められるものの（甲２９・３頁），当該学術研究について，交付決定時には予想し得なかったやむを得ない事由に基づき年度内に補助事業が完了しない見込みのあるものについては，本件繰越制度が設けられていたほか，年度当初については，平成１７年４月１日以降，Ａ大学において本件立替制度が設けられていたというのであり，原告としては，これらの制度の利用を検討することも可能であったといえる（原告は，本件立替制度を利用することはできなかったと主張するが，これを具体的に認めるに足りる証拠はない。）。
したがって，原告による預け金の形成がやむを得ない措置であったということはできない。
エ 原告は，預け金はそのすべてが研究のために使用されたことからすると，本件各取消決定は制裁としてあまりにも過大であり，比例原則に違反すると主張する。
しかしながら，上記イのとおり，本件各補助条件の規定に照らすと，原告による本件各科研費に係る預け金の形成の違法性の程度は軽微とはいえないというべきであり，また，認定事実(1)ウのとおり，本件各科研費の一部を含む預け金は，補助金の使途として認められにくいものにも使用されていたというのであり，このことからしてもその違法性が軽微であるということはできず，預け金をしたと認められる金額を対象として，交付決定取消処分をすることが，過大な制裁であるということはできない。なお，原告は，早期の是正措置命令等によって目的を達成し得たとも主張するが，文部科学大臣が補助事業等の成果の報告を受けた時点において，原告による預け金の形成が判明したということはできず，かかる主張は失当というべきである。
オ 原告は，本件各取消決定は，明示的に対立関係にある一方当事者の報告書のみに依拠し，内容を十分に精査することなくされたものであって，考慮不尽の違法があると主張する。
しかしながら，Ａ大学は，研究機関として，本件各科研費を研究者に代わって管理することとされ（本件各機関使用ルール２－１），補助金の不正な使用が明らかになった場合（不正な使用が行われた疑いのある場合を含む）には，速やかに調査を実施し，その結果を文部科学省に報告することとされていたのであり（平成１７年度機関使用ルール，平成１８年度機関使用ルール４－３，平成１９年度機関使用ルール４－７），このことからすると，文部科学大臣が，Ａ大学に調査の上で報告を求めたことについて違法があるとはいえない。そして，原告は，本件大学報告書の内容の誤りについて具体的に指摘しているわけではなく，また，本件大学報告書で認定された本件各科研費に係る預け金の額等を争っていないことからすると，文部科学大臣が，本件大学報告書に基づき本件各取消決定をしたことが不適切であったということはできない。
カ 以上によると，本件各交付決定については，本件各補助条件１－１，同２－１，平成１７年度補助条件２－６，平成１８年度補助条件２－６，平成１９年度補助条件２－９に違反するとともに，取扱規程１０条にも違反することが認められ，その違法性の程度も軽微とはいえないのであり，本件各交付決定のうち，原告による預け金の形成が認められた部分を取り消すこととした本件各取消決定について，文部科学大臣の裁量権の範囲の逸脱又は濫用はないといえる。
(2) 本件各返還命令について
ア 適正化法１８条１項は，各省各庁の長は，補助金等の交付の決定を取り消した場合において，補助事業等の当該取消に係る部分に関し，すでに補助金等が交付されているときは，期限を定めて，その返還を命じなければならない旨規定し，適正化法１９条１項は，補助事業者等は，適正化法１７条１項の規定又はこれに準ずる他の法律の規定による処分に関し，補助金等の返還を命ぜられたときは，政令で定めるところにより，その命令に係る補助金等の受領の日から納付の日までの日数に応じ，当該補助金等の額（その一部を納付した場合におけるその後の期間については，既納額を控除した額）につき年１０．９５パーセントの割合で計算した加算金を国に納付しなければならない旨規定している。このような規定によると，各省各庁の長が適法な補助金交付決定の取消処分をした場合で，既に補助金が交付されている場合には，期限を定めてその返還を命じ，また，補助事業者等は加算金と併せて納付しなければならないのであり，返還命令について各省各庁の長に裁量はないといえる。
イ 本件各取消決定について文部科学大臣の裁量権の範囲の逸脱又は濫用はないことは上記(1)のとおりであって，この点を理由として本件各返還命令が違法とはいえない。
３ 争点２（本件各取消決定等に手続的瑕疵があるといえるか）について
(1) 本件各取消決定の理由の提示について
ア 行政手続法１４条１項本文が，不利益処分をする場合に同時にその理由を名宛人に示さなければならないとしているのは，名宛人に直接に義務を課し又はその権利を制限するという不利益処分の性質に鑑み，行政庁の判断の慎重と合理性を担保してその恣意を抑制するとともに，処分の理由を名宛人に知らせて不服の申立てに便宜を与える趣旨に出たものと解され，同項本文に基づいてどの程度の理由を提示すべきかは，上記のような同項本文の趣旨に照らし，当該処分の根拠法令の規定内容，当該処分に係る処分基準の存否及び内容並びに公表の有無，当該処分の性質及び内容，当該処分の原因となる事実関係の内容等を総合考慮してこれを決定すべきであると解されるところ（最高裁平成２３年６月７日第三小法廷判決・民集６５巻４号２０８１頁参照），このことは，同項と同趣旨と解される適正化法２１条の２に基づく理由の提示においても当てはまるといえる。適正化法１７条１項は，補助事業者等が，補助金等の他の用途への使用をし，その他補助事業等に関して補助金等の交付の決定の内容又はこれに附した条件その他法令又はこれに基づく各省各庁の長の処分に違反したときは，補助金等の交付の決定の全部又は一部を取り消すことができる旨定めているところ，このように同項の処分要件が広範に規定されていること等に鑑みると，その理由の提示としては，補助金等の交付に係る決定内容，条件，法令又は処分を前提にいかなる違反行為があったかが示される必要があるといえ，理由の提示の程度としては，いかなる事実関係に基づき，いかなる違反があったかについて，名宛人がその記載自体から了知し得るものでなければならないというべきである。
イ 前記２(1)のとおり，本件各取消決定の理由は，原告による本件各科研費に係る預け金の形成について，本件各補助条件１－１，同２－１，平成１７年度補助条件２－６，平成１８年度補助条件２－６，平成１９年度補助条件２－９に違反するとともに取扱規程１０条にも違反することにある。
しかしながら，本件各取消決定の通知書には，本件各取消決定が適正化法１７条１項の規定に基づくことが明示されるとともに，取消金額として別紙３補助金一覧表記載の「取消金額」欄の額が記載され，取消理由として「補助条件違反（「科学研究費補助金取扱規程（昭和４０年３月３０日文部省告示第１１０号）」第１０条違反）」と記載されているのみであって，ここからは，原告が，本件各補助条件に違反し，また，補助金を科学研究等に必要な経費のみに使用しなかったこと（取扱規程１０条違反）が読み取れるものの，本件各補助条件には，直接経費の使用に関して，使用の制限，合算使用の制限，納品等及び支出の期限等に関する規定が設けられていること等を踏まえると（平成１７年度補助条件及び平成１８年度補助条件２－４～２－６，平成１９年度補助条件２－７～２－９参照），上記記載のみからいかなる事実関係に基づき，いかなる違反があったかについて，原告がその記載自体から了知することは困難であるといえる。
ウ 被告は，本件各取消決定の通知書には，取り消す部分の金額を明示している旨指摘しており，これにより補助条件違反ないし取扱規程１０条違反があった金額が明らかになっているとはいえるものの，処分の原因となる事実関係等が具体的に示されているといえないことは，上記イのとおりである。
被告は，取扱規程１０条違反は，本件各補助条件１－１違反に該当することが明らかであると主張するが，本件各補助条件１－１は，平成１７年度補助条件及び平成１８年度補助条件２－４～２－６，平成１９年度補助条件２－７～２－９等と異なり，その文言も抽象的なものにとどまることからすると，これをもって，処分の原因となる事実関係等が具体的に示されているともいえない。
エ 以上によると，本件各取消決定における理由の提示は，適正化法２１条の２の要請を満たすものということはできず，本件各取消決定は，同条の定める理由の提示を欠いた違法な処分として取り消されるべきである。
(2) 小括
以上によると，本件各取消決定は，その余の手続的瑕疵について判断するまでもなく，適正化法２１条の２の定める理由の提示を欠いた違法な処分として取り消されるべきである。そして，本件各取消決定が取り消されるべきである以上，これを前提としてされた本件各返還命令も違法であって取り消されるべきである。
４ 争点３（本件各交付決定に係る取消権及び補助金返還請求権に係る消滅時効の成否）について
(1) 原告は，本件各交付決定について，会計年度の終了時の実績報告書の提出（平成１７年度分につき平成１８年４月，平成１８年度分につき平成１９年４月，平成１９年度分につき平成２０年４月），又は，Ａ大学の捜索が行われた平成２４年５月２６日，遅くともＡ大学が一連の預け金の詳細を把握した平成２４年９月には，文部科学大臣は，本件各交付決定に係る取消権及び補助金返還請求権を行使することができたと主張して，これらの時から５年を経過したことにより，これらの権限は時効消滅したと主張する。
(2) しかしながら，そもそも補助金交付決定の取消権の消滅時効について定めた規定はなく，補助金交付決定の取消決定が，不当に長期間経過後にされた場合にこれが違法となるかはともかく，直ちに消滅時効の問題になると解することは困難といえる。
この点を措いて，原告が主張する各時点において，文部科学大臣が，本件各交付決定に係る取消権を行使することができたかどうかを検討するとしても，本件各交付決定については，会計年度の終了時である平成１８年４月３日，平成１９年４月２３日，平成２０年５月２日に実績報告書が提出されたことが認められるものの（乙１４の１～５），実績報告書に預け金に関する記載がされるわけではなく，これによって，文部科学大臣が原告による預け金を把握できたと認めることはできない。また，平成２４年５月２６日に，原告に対する業務上横領被疑事件についてＡ大学等の捜索が行われているが，文部科学大臣はその捜査内容を知り得る立場にないことからすると，これによって，文部科学大臣が原告による預け金を把握できたと認めることもできない。さらに，東京地検特捜部は，同年９月までにＦ准教授に対する事情聴取を実施し，その中で，平成１７年度から平成２０年度の原告によるＤに対する預け金の額について，合計１億４４５万４９３８円とする捜査資料が示されていたことが認められる（甲２８の１～４）。しかしながら，この時点においても，Ａ大学が，原告による預け金の額を把握していたことを認めるに足りる証拠はなく，文部科学大臣が，Ａ大学から報告を受けていたと認めることもできない。したがって，原告が主張する各時点において，文部科学大臣が，本件各交付決定に係る取消権を行使することができたということはできない。
(3) 以上によると，本件各交付決定に係る取消権が時効によって消滅したということはできない。
第５ 結論
以上のとおり，本件各取消決定等は違法な処分として取り消されるべきである。したがって，原告の請求にはいずれも理由があることから認容することとし，主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３８部
裁判長裁判官鎌野真敬
裁判官網
田圭亮
裁判官野
村昌也
（別紙３省略）
（別紙１）
処分目録
１ 平成１７年度科学研究費補助金交付決定一部取消決定及び返還命令（課題番号〇）
２ 平成１７年度科学研究費補助金交付決定一部取消決定及び返還命令（課題番号〇）
３ 平成１８年度科学研究費補助金交付決定一部取消決定及び返還命令（課題番号〇）
４ 平成１８年度科学研究費補助金交付決定一部取消決定及び返還命令（課題番号〇）
５ 平成１９年度科学研究費補助金交付決定一部取消決定及び返還命令（課題番号〇）
（別紙２）
関連法令等の定め
１ 補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律（以下「適正化法」という。）
(1) ２条（定義）
ア １項
この法律において「補助金等」とは，国が国以外の者に対して交付する次に掲げるものをいう。
一補助金
二～四略
イ ２項
この法律において「補助事業等」とは，補助金等の交付の対象となる事務又は事業をいう。
ウ ３項
この法律において「補助事業者等」とは，補助事業等を行う者をいう。
(2) ６条（補助金等の交付の決定）１項
各省各庁の長は，補助金等の交付の申請があったときは，当該申請に係る書類等の審査及び必要に応じて行う現地調査等により，当該申請に係る補助金等の交付が法令及び予算で定めるところに違反しないかどうか，補助事業等の目的及び内容が適正であるかどうか，金額の算定に誤りがないかどうか等を調査し，補助金等を交付すべきものと認めたときは，すみやかに補助金等の交付の決定（契約の承諾の決定を含む。以下同じ。）をしなければならない。
(3) ７条（補助金等の交付の条件）１項
各省各庁の長は，補助金等の交付の決定をする場合において，法令及び予算で定める補助金等の交付の目的を達成するため必要があるときは，次に掲げる事項につき条件を附するものとする。
一略
二補助事業等を行うため締結する契約に関する事項その他補助事業等に要する経費の使用方法に関する事項
三～五略
(4) ８条（決定の通知）
各省各庁の長は，補助金等の交付の決定をしたときは，すみやかにその決定の内容及びこれに条件を附した場合にはその条件を補助金等の交付の申請をした者に通知しなければならない。
(5) １１条（補助事業等及び間接補助事業等の遂行）１項
補助事業者等は，法令の定め並びに補助金等の交付の決定の内容及びこれに附した条件その他法令に基づく各省各庁の長の処分に従い，善良な管理者の注意をもって補助事業等を行わなければならず，いやしくも補助金等の他の用途への使用（括弧内省略）をしてはならない。
(6) １４条（実績報告）
補助事業者等は，各省各庁の長の定めるところにより，補助事業等が完了したとき（括弧内省略）は，補助事業等の成果を記載した補助事業等実績報告書に各省各庁の長の定める書類を添えて各省各庁の長に報告しなければならない。補助金等の交付の決定に係る国の会計年度が終了した場合も，また同様とする。
(7) １５条（補助金等の額の確定等）
各省各庁の長は，補助事業等の完了又は廃止に係る補助事業等の成果の報告を受けた場合においては，報告書等の書類の審査及び必要に応じて行う現地調査等により，その報告に係る補助事業等の成果が補助金等の交付の決定の内容及びこれに附した条件に適合するものであるかどうかを調査し，適合すると認めたときは，交付すべき補助金等の額を確定し，当該補助事業者等に通知しなければならない。
(8) １６条（是正のための措置）１項
各省各庁の長は，補助事業等の完了又は廃止に係る補助事業等の成果の報告を受けた場合において，その報告に係る補助事業等の成果が補助金等の交付の決定の内容及びこれに附した条件に適合しないと認めるときは，当該補助事業等につき，これに適合させるための措置をとるべきことを当該補助事業者等に対して命ずることができる。
(9) １７条（決定の取消）
ア １項
各省各庁の長は，補助事業者等が，補助金等の他の用途への使用をし，その他補助事業等に関して補助金等の交付の決定の内容又はこれに附した条件その他法令又はこれに基づく各省各庁の長の処分に違反したときは，補助金等の交付の決定の全部又は一部を取り消すことができる。
イ ３項
適正化法１７条１項（中略）の規定は，補助事業等について交付すべき補助金等の額の確定があった後においても適用があるものとする。
ウ ４項
適正化法８条の規定は，適正化法１７条１項（中略）による取消しをした場合について準用する。
(10) １８条（補助金等の返還）１項
各省各庁の長は，補助金等の交付の決定を取り消した場合において，補助事業等の当該取消に係る部分に関し，すでに補助金等が交付されているときは，期限を定めて，その返還を命じなければならない。
(11) １９条（加算金及び延滞金）１項
補助事業者等は，適正化法１７条１項の規定又はこれに準ずる他の法律の規定による処分に関し，補助金等の返還を命ぜられたときは，政令で定めるところにより，その命令に係る補助金等の受領の日から納付の日までの日数に応じ，当該補助金等の額（その一部を納付した場合におけるその後の期間については，既納額を控除した額）につき年１０．９５パーセントの割合で計算した加算金を国に納付しなければならない。
(12) ２１条の２（理由の提示）
各省各庁の長は，補助金等の交付の決定の取消し，補助事業等の遂行若しくは一時停止の命令又は補助事業等の是正のための措置の命令をするときは，当該補助事業者等に対してその理由を示さなければならない。
(13) ２４条の２（行政手続法の適用除外）
補助金等の交付に関する各省各庁の長の処分については，行政手続法（平成５年法律第８８号）第２章及び第３章の規定は，適用しない。
２ 科学研究費補助金取扱規程（昭和４０年文部省告示第１１０号。平成３０年文部科学省告示第５４号による改正前のもの。乙５。以下「取扱規程」という。）
(1) １条（趣旨）
科学研究費補助金の取扱いについては，適正化法及び補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律施行令（昭和３０年政令第２５５号。以下「適正化法施行令」という。）に定めるもののほか，この規程の定めるところによる。
(2) ２条（定義）１項
この規程において「研究機関」とは，学術研究を行う機関であって，次に掲げるものをいう。
一大学（以下略）
二～四（略）
(3) ３条（科学研究費補助金の交付の対象）１項
科学研究費補助金は，次の各号に掲げる事業に交付するものとする。一学術上重要な基礎的研究（応用的研究のうち基礎的段階にある研究を含む。）であって，研究機関に，当該研究機関の研究活動を行うことを職務に含む者として所属し，かつ，当該研究機関の研究活動に実際に従事している研究者（括弧内省略）が一人で行う事業若しくは二人以上の研究者が同一の研究課題について共同して行う事業（研究者の所属する研究機関の活動として行うものであり，かつ，研究機関において科学研究費補助金の管理を行うものに限る。）（中略）（以下「科学研究」という。）二，三（略）
(4) ５条（補助金の交付申請者）
取扱規程３条１項１号（中略）に係る科学研究費補助金（同条２項に係るものを除く。以下「補助金」という。）の交付の申請をすることができる者は，次のとおりとする。
一科学研究に係る補助金にあっては，科学研究を行う研究者の代表者二（略）
(5) ６条（計画調書）１項
補助金の交付の申請をしようとする者は，あらかじめ科学研究又は研究成果の公開（以下「科学研究等」という。）に関する計画調書を別に定める様式により文部科学大臣に提出するものとする。
(6) ７条（交付の決定）１項
文部科学大臣は，取扱規程６条１項の計画調書に基づいて，補助金を交付しようとする者及び交付しようとする予定額（以下「交付予定額」という。）を定め，その者に対し，あらかじめ交付予定額を通知するものとする。
(7) ８条
ア １項
取扱規程７条１項の通知を受けた者が補助金の交付の申請をしようとするときは，文部科学大臣の指示する時期までに，別に定める様式による交付申請書を文部科学大臣に提出しなければならない。
イ ２項
文部科学大臣は，取扱規程８条１項の交付申請書に基づいて，交付の決定（以下「科研費交付決定」という。）を行ない，その決定の内容及びこれに条件を附した場合にはその条件を補助金の交付の申請をした者に通知するものとする。
(8) １０条（補助金の使用制限）
補助金の交付を受けた者は，補助金を科学研究等に必要な経費にのみ使用しなければならない。
(9) １１条（実績報告書）１項
補助金の交付を受けた者は，科学研究等を完了したときは，すみやかに別に定める様式による実績報告書を文部科学大臣に提出しなければならない。補助金の交付の決定に係る国の会計年度が終了した場合も，また同様とする。
(10)１２条（補助金の額の確定）
文部科学大臣は，取扱規程１１条１項前段の規定による実績報告書の提出を受けた場合においては，その実績報告書の審査及び必要に応じて行う調査により，科学研究等の成果が補助金の交付の決定の内容及びこれに附した条件に適合すると認めたときは，交付すべき補助金の額を確定し，補助金の交付を受けた者に通知するものとする。
(11)１４条（帳簿等の整理保管）
補助金の交付を受けた者は，補助金の収支に関する帳簿を備え，領収証書等関係書類を整理し，並びにこれらの帳簿及び書類を補助金の交付を受けた年度終了後５年間保管しておかなければならない。
(12)２０条（その他）
取扱規程に定めるもののほか，補助金の取扱いに関し必要な事項は，そのつど文部科学大臣が定めるものとする。
３ 文科省研究者使用ルール（補助条件）（平成１７年度ないし平成１９年度のもの。乙６～８。以下，平成１７年度のものを「平成１７年度補助条件」，平成１８年度のものを「平成１８年度補助条件」，平成１９年度のものを「平成１９年度補助条件」といい，これらを併せて「本件各補助条件」という。）
(1) 前文
科学研究費補助金（括弧内省略）の交付を受けて補助事業を行う補助事業者（研究代表者及び研究分担者）が，適正化法１１条（引用者注：平成１９年度補助条件につき，適正化法７条及び１１条）の規定により従うべき補助条件は，次のとおりとする。
(2) 総則
ア １－１（法令等の遵守）
研究代表者（中略）は，補助事業の遂行に当たり，適正化法，同法施行令及び取扱規程（引用者注：平成１９年度補助条件につき，適正化法，同法施行令，取扱規程及びこの補助条件）の規定を含む，関係する法令等の規定を遵守しなければならない。
イ １－２（補助事業者の責務）
研究代表者（中略）は，補助金が国民から徴収された税金等でまかなわれるものであることに留意し，補助金の交付の目的に従って誠実に補助事業を行うように努めなければならない。
ウ １－４（研究機関による補助金の管理等）
研究代表者（中略）は，所属する取扱規程２条に規定する研究機関（以下「研究機関」という。）に（引用者注：平成１９年度補助条件につき，文部科学省が別に定める「科学研究費補助金の使用について各研究機関が行うべき事務等」に従って）補助金の管理を行わせるとともに，この補助条件に定める諸手続を当該研究機関を通じて行わなければならない。（以下略）
(3) 直接経費の使用
ア ２－１（直接経費の公正かつ効率的な使用）
研究代表者（中略）は，直接経費（補助事業の遂行に必要な経費及び研究成果の取りまとめに必要な経費）の公正かつ効率的な使用に努めなければならない（引用者注：平成１９年度補助条件につき，さらに，他の用途への使用及びこの補助条件に違反する使用をしてはならない。）。
イ ２－２（平成１７年度補助条件及び平成１８年度補助条件）・２－４（平成１９年度補助条件）（研究・契約等の開始）
新たに採択された研究課題については内定通知受領後直ちに，また，前年度から継続する研究課題（「特定領域研究」の研究領域の設定時において，予め研究期間開始年度の翌年度から実施することとされていた研究課題を含む。）については４月１日から，それぞれ研究を開始し，必要な契約等を行うことができるが，必要な経費は，直接経費受領後に支出し，又は研究機関等が立て替えて直接経費受領後に精算しなければならない。
ウ ２－５（直接経費の年度内使用）（平成１９年度補助条件）直接経費は，研究課題の研究期間が複数年度にわたるものであっても，２－６に規定する場合を除き，補助事業を行う年度を越えて使用することはできない。
エ ２－３（平成１７年度補助条件及び平成１８年度補助条件）・２－６（平成１９年度補助条件）（翌年度における直接経費の使用）
研究代表者は，当該年度の補助事業が，交付決定時には予想し得なかったやむを得ない事由（引用者注：平成１９年度補助条件につき，交付決定時には予想し得なかった要因による，研究に際しての事前の調査，研究方式の決定の困難，計画に関する諸条件，気象の関係，資材の入手難その他のやむを得ない事由）に基づき，補助事業が予定の期間内に完了しない見込みとなった場合に，補助事業の期間を延長するとともに，補助金の全部又は一部を翌年度に使用することを希望する場合には，平成１８年３月３日（引用者注：平成１８年度補助条件につき平成１９年３月２日，平成１９年度補助条件につき平成２０年３月３日）までに，（中略）申請を行い，必要な手続を経なければならない。
オ ２－４（平成１７年度補助条件及び平成１８年度補助条件）・２－７（平成１９年度補助条件）（使用の制限）
直接経費は，次の経費として使用してはならない。
① 建物等の施設に関する経費（直接経費により購入した物品を導入することにより必要となる軽微な据付費等のための経費を除く。）
② 机，いす，複写機等，研究機関で通常備えるべき物品を購入するための経費
③ 補助事業遂行中に発生した事故・災害の処理のための経費
④ その他，間接経費を使用することが適切な経費
カ ２－５（平成１７年度補助条件及び平成１８年度補助条件）・２－８（平成１９年度補助条件）（合算使用の制限）
直接経費は，次の場合を除き，他の経費と合算して使用してはならない。
① 補助事業に係る用務と他の用務とを合わせて１回の出張をする場合において，直接経費と他の経費との使用区分を明らかにした上で直接経費を使用する場合
② 独立性のある物品を購入する場合において，同時に購入する当該物品の附属品（補助事業の遂行に必要なもの）の購入経費として直接経費を使用する場合
③ 直接経費の未使用額が１万円未満となった場合において，これに他の経費を加えて補助事業のために使用する場合
キ ２－６（平成１７年度補助条件及び平成１８年度補助条件）・２－９（平成１９年度補助条件）（納品等及び支出の期限）
補助事業に係る物品の納品，役務の提供等は，補助事業を行う年度の３月３１日までに終了しなければならず，これに係る支出は，実績報告書の提出期限までに行わなければならない。
(4) 実績の報告６－１（平成１７年度補助条件及び平成１８年度補助条件）・５－１（平成１９年度補助条件）（実績報告書の提出期限）
研究代表者は，補助事業の完了又は廃止の後，３０日以内又は平成１８年４月２５日（引用者注：平成１８年度補助条件につき，平成１９年４月２５日）のいずれか早い日までに（引用者注：平成１９年度補助条件につき，平成２０年５月３１日まで〔補助事業を廃止した場合には，当該廃止の後３０日以内〕に），（中略）文部科学大臣に実績報告を行わなければならない。（以下略）
４ 科学研究費補助金の使用について各研究機関が行うべき事務等（平成１７年度ないし平成１９年度のもの。乙９～１１。以下，平成１７年度のものを「平成１７年度機関使用ルール」，平成１８年度のものを「平成１８年度機関使用ルール」，平成１９年度のものを「平成１９年度機関使用ルール」といい，これらを併せて「本件各機関使用ルール」という。）
(1) 前文（平成１９年度機関使用ルール）
平成１９年度における科学研究費補助金の使用について各研究機関が行うべき事務等は次のとおりとする。なお，本規程に定めのない事項については，「研究機関における公的研究資金の管理・監査のガイドライン」等を踏まえ，各研究機関が定める規程等に従って適切に行うものとする。
(2) 研究者との関係に関する定め
ア 前文
雇用契約，就業規則，勤務規則，個別契約等により，研究者が交付を受ける補助金（直接経費：補助事業の遂行に必要な経費及び研究成果の取りまとめに必要な経費，間接経費：補助事業の実施に伴う研究機関の管理等に必要な経費）について，（引用者注：平成１９年度機関使用ルールにつき，本規程に従って）研究機関が次の事務を行うことを定めること。
イ ２－１
研究者に代わり，補助金（直接経費）を管理すること。
(3) 研究機関が行う事務の内容
ア 前文
補助金に係る事務を，以下の各項に従い適切に行うこと。
イ ３－１（使用の開始）
研究代表者（中略）が，交付された直接経費の使用を速やかに開始できるよう，必要な事務を迅速に行うこと。（新規の研究課題については内定通知受領後直ちに，また，継続の研究課題〔「特定領域研究」の研究領域の設定時において，予め研究期間開始年度の翌年度から実施することとされていた研究課題を含む。〕については４月１日から，それぞれ研究を開始し，必要な契約等を行って差し支えない。必要な経費は，直接経費受領後に支出し，又は研究機関等が立て替えて直接経費受領後に精算すること。）
ウ ３－２（保管）
直接経費は，適切な名義者の銀行口座に預金する等により（引用者注：平成１９年度につき，適切な名義者により，補助金専用の銀行口座を設け），適正に保管すること。
エ ３－３（支出の期限）
補助事業に係る物品の納品，役務の提供等を，補助事業を行う年度の３月３１日までに終了し，これに係る支出を実績報告書の提出期限（平成１８年４月２５日）（引用者注：平成１８年度機関使用ルールにつき，平成１９年４月２５日，平成１９年度機関使用ルールにつき，平成２０年５月３１日）までに行うこと。
オ ３－７（平成１７年度機関使用ルール及び平成１８年度機関使用ルール）・３－１５（平成１９年度機関使用ルール）（応募・交付申請に係る手続）
次の手続を行うこと。
① 公募要領の内容の周知
② 応募書類の取りまとめ及び文部科学省又は日本学術振興会への提出
③ 文部科学省からの交付内定通知の受理及び研究者への通知
④ 交付申請書類の取りまとめ及び文部科学省への提出
⑤ 文部科学省からの交付決定通知書の受理及び研究者への伝達
⑥ 文部科学省から送金される補助金の受領
カ ３－９（平成１７年度機関使用ルール及び平成１８年度機関使用ルール）・３－１７（平成１９年度機関使用ルール）（実績報告に係る手続）次の手続を行うこと。
① 実績報告書の提出
各補助事業について，その完了又は廃止の後，３０日以内または平成１８年４月２５日（引用者注：平成１８年度機関使用ルールにつき，平成１９年４月２５日）のいずれか早い日までに（引用者注：平成１９年度機関使用ルールにつき，平成２０年５月３１日まで〔補助事業を廃止した場合には，当該廃止の後３０日以内〕に），各研究代表者が作成する（中略）実績報告書（中略）（引用者注：平成１８年度機関使用ルール及び平成１９年度機関使用ルールにつき，これに加えて，研究分担者に分担金を配分した研究代表者が作成する〔中略〕研究組織登録票〔中略〕）を取りまとめ，（中略）文部科学省に提出すること。
② 翌年度における補助金の使用を行った場合の実績報告書の提出補助事業の期間が延長されるとともに，翌年度において補助金の使用が行われた場合には，研究代表者が補助事業を開始した年度の終了時において作成する（中略）実績報告書（中略）を文部科学省に提出すること。
(4) 適正な使用の確保
ア ４－１（経費管理・監査体制の整備）（平成１９年度）
「研究機関における公的研究費の管理・監査のガイドライン（実施基準）」（平成１９年２月１５日文部科学大臣決定）を踏まえ，経費管理・監査体制を整備すること。
イ ４－３（平成１７年度機関使用ルール及び平成１８年度機関使用ルール）・４－７（平成１９年度機関使用ルール）（不正な使用に係る調査の実施）
補助金の不正な使用が明らかになった場合（不正な使用が行われた疑いのある場合を含む）には，速やかに調査を実施し，その結果を文部科学省に報告すること。
以上
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/89858/detail5/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。