税務訴訟資料第２７１号－１１５（順号１３６１７）
東京地方裁判所令和●●年（○○）第●●号所得税及び復興特別所得税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（江東西税務署長）
令和３年１０月１２日棄却・控訴
判決
原告甲
（以下「原告甲」という。）
原告乙
（以下「原告乙」という。）
上記両名訴訟代理人弁護士武谷直人
同補佐人税理士空本光弘
被告国
同代表者法務大臣古川禎久
処分行政庁江東西税務署長
西袋寿彦
被告指定代理人山口友寛
ほか別紙１指定代理人目録記載のとおり
主文
１ 原告らの請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告らの負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 江東西税務署長が平成３０年５月２９日付けで原告甲に対してした原告甲の平成２７年分の所得税及び復興特別所得税に係る更正処分のうち、納付すべき税額９８８４万９９００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分（ただし、いずれも令和元年７月５日付けでされた国税不服審判所長の裁決により一部取り消された後のもの）を取り消す。
２ 江東西税務署長が平成３０年６月１２日付けで原告乙に対してした原告乙の平成２７年分の所得税及び復興特別所得税に係る更正処分のうち、納付すべき税額９８９４万９９００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分（ただし、いずれも令和元年７月５日付けでされた国税不服審判所長の裁決により一部取り残された後のもの）を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、原告らが、養母である亡丙（以下「亡丙」という。）から相続して取得した土地に借地権を設定した対価として受領した権利金に係る所得を分離課税の長期譲渡所得の金額に計上して平成２７年分の所得税及び復興特別所得税（以下「本件所得税等」という。）の確定申告をしたところ、江東西税務署長から、租税特別措置法３９条１項（平成３０年法律第７号による改正前のもの）の適用により所得費の額に加算される相続税額（以下「取得費加算額」という。）の計算に誤りがあるとして、原告甲にあっては平成３０年５月２９日付けで、原告乙にあっては同年６月１２日付けで、それぞれ更正処分（以下「本件各更正処分」という。）及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件各賦課決定処分」という。）を受けた（ただし、本件各更正処分及び本件各賦課決定処分は、いずれも令和元年７月５日付けでされた国税不服審判所長の裁決により一部取り消されており、以下、本件各更正処分及び本件各賦課決定処分については、いずれも特に区別する必要がある場合を除き、上記裁決により一部取り消された後のものを指すものとする。また、本件各更正処分のうち、個別の原告に係る更正処分を指すときは「原告甲に対する更正処分」などといい、本件各各賦課決定処分のうち、個別の原告に係る賦課決定処分を指すときは「原告甲に対する賦課決定処分」などという。そして、本件各更正処分と本件各賦課決定処分を併せて「本件各更正処分等」という。）ことから、本件各更正処分の一部及び本件各賦課決定処分の取消しを求める事案である。
１ 関係法令等の定め
本件に関係する①所得税法（平成２８年法律第１５号による改正前のもの。以下同じ。）、②所得税法施行令（平成２９年政令第４０号による改正前のもの。以下同じ。）、③租税特別措置法（３１条につき平成２６年法律第１０号による改正前のもの、３９条につき平成３０年法律第７号による改正前のもの。以下「措置法」という。）、④租税特別措置法施行令（以下「措置令」という。）、⑤財産評価基本通達（昭和３９年４月２５日付け直資５６ほかによる国税庁長官通達。乙１８。以下「評価通達」という。）、⑥国税通則法（平成２９年法律第４号による改正前のもの。以下「通則法」という。）、⑦国税通則法第７章の２（国税の調査）等関係通達の制定について（平成２４年９月１２日付け課総５－９ほかによる国税庁長官通達。乙１３。以下「調査手続通達」という。）、⑧財務省組織規則、⑨国税庁事務分掌規則（平成１３年１月６日付け国税庁訓令第１号。乙２２）及び⑩国家公務員法の定めは、別紙２－１から別紙２－１０までのとおりである。
２ 前提事実（証拠等を掲記した事実を除き、いずれも当事者の間に争いがないか、又は当事者が争うことを明らかにしない事実である。以下「前提事実」という。）
（１）亡丙の死亡による相続（以下「本件相続」という。）の発生
ア 亡丙は、平成２７年６月●日に死亡した。原告らは、いずれも亡丙の養子であり、本件相続に係る共同相続人である。
イ 原告らは、平成２７年１１月２７日付けで成立した本件相続に係る遺産分割協議により、亡丙の相続財産の一部である別表５－１記載の各土地及び別表５－２記載の各建物を持分各２分の１ずつの割合により取得した。
ウ 別表５－１記載の各土地は、平成２７年１２月４日、別表６－１のとおり分筆され、平成２８年９月２６日、別表６－２のとおり合筆された。
（２）借地権設定契約の締結等
ア 原告らは、平成２７年１２月１１日、原告甲が代表取締役を務める株式会社Ｄ（以下「本件会社」という。）との間で以下の各契約を締結した。
（ア）原告らが、２０１５年（平成２７年）１２月１２日から２０３５年（令和１７年）１２月３１日までの間、東京都中央区●●の各土地（いずれも平成２８年９月２６日付けの合筆登記前のもので、別表６－２の順号１ないし８の各土地。以下「Ｅ土地」という。）を建物所有目的で本件会社に賃貸し、契約締結時に、本件会社が原告らに対し、権利金３２億４６００万円を支払うこと等を内容とする契約
（イ）原告らが、２０１５年（平成２７年）１２月１２日から２０３５年（令和１７年）１２月３１日までの間、東京都中央区●●の各土地（いずれも平成２８年９月２６日付けの合筆登記前のもので、別表６－２の順号１３ないし１５の各土地。以下「Ｇ土地」といい、Ｅ土地とＧ土地を併せて「本件各土地」という。）を建物所有目的で本件会社に賃貸し、契約締結時に、本件会社が原告らに対し、権利金１６億４６００万円を支払うこと等を内容とする契約（以下、前記（ア）の契約と併せて「本件各借地権設定契約」という。）
（ウ）別表５－２の順号１の建物（以下「Ｆビル」という。）の所有を目的としてＥ土地につき借地権設定契約を締結することを条件として、原告らが本件会社に対し、Ｆビルを売買代金１０００万円（消費税別）で譲渡すること等を内容とする契約
（エ）別表５－２の順号４の建物（以下「Ｈビル」といい、ＦビルとＨビルを併せて「本件各建物」という。）の所有を目的としてＧ土地につき借地権設定契約を締結することを条件として、原告らが本件会社に対し、Ｈビルを売買代金５６００万円（消費税別）で譲渡すること等を内容とする契約（以下、前記（ウ）の契約と併せて「本件各建物売買契約」という。）
イ 本件各土地は、いずれも本件相続の開始の時及び本件各借地権設定契約の締結時において、評価通達２７所定の借地権割合が９０％の地域にあるものであった（乙８の１、２及び弁論の全趣旨）。
（３）本件相続に係る相続税（以下「本件相続税」という。）の課税の経緯
ア 原告らは、平成２７年１２月１６日、京橋税務署長に対し、別表４の「平成２７年１２月１６日申告」欄記載のとおり、本件相続税の申告書を共同で提出した（乙９）。
イ 原告らは、平成２８年３月１４日、前記アの申告書の記載に誤りがあったとして、別表４の「平成２８年３月１４日申告（いわゆる訂正申告）」欄記載のとおり、本件相続税の申告書を共同で提出した（乙１０）。
ウ 京橋税務署長は、平成２９年１２月２６日付けで、別表４の「更正処分平成２９年１２月２６日付」欄記載のとおり、本件相続税の減額更正をした（乙４の１、２）。
エ 前記ウの相続税の減額更正において、本件各土地の相続税評価額は、いずれも評価通達２６所定の貸家建付地として評価された（乙４の３）。
（４）本件各更正処分等の経緯
ア 原告らは、平成２８年３月１４日、江東西税務署長に対し、それぞれ別表７－１及び別表７－２の「確定申告」欄記載のとおり、本件所得税等の確定申告書（以下「本件各確定申告書」といい、本件各確定申告書のうち、個別の原告に係る確定申告書を指すときは「原告甲確定申告書」などという。）を提出した。
その際、原告らは、前記（２）ア（ア）及び（イ）の本件各借地権設定契約に係る各権利金（以下「本件各権利金」という。）が本件各土地の価額の１０分の５に相当する金額を超えるものであることから、所得税法３３条１項及び所得税法施行令７９条１項１号に基づき、本件各権利金に係る所得は譲渡所得に該当するものとして申告した上で、本件各権利金に係る分離課税の長期譲渡所得（以下「本件譲渡所得」という。）の金額の計算に当たっては、取得費加算額を別表３－１及び別表３－２の各「申告額」欄（①ないし④欄）記載のとおり計算するとともに、本件譲渡所得の金額を別表２－１及び別表２－２の各「確定申告額」欄（①ないし⑥欄）記載のとおり計算した。なお、本件各確定申告書には、それぞれ「譲渡所得の内訳書（確定申告書付表兼計算明細書）」が添付されているところ、これらのうち本件各土地に係るものには、本件各土地の売却理由は納税資金のためである旨の記載があった。（以上につき、乙２の１、乙２の２の２、乙２の２の４、乙２の３、乙３の１、乙３の２の２、乙３の２の４、乙３の３）
イ 江東西税務署長は、原告甲に対しては平成３０年５月２９日付けで、原告乙に対しては同年６月１２日付けで、それぞれ別表７－１及び別表７－２の「更正処分」欄記載のとおり、本件所得税等の増額更正及び過少申告加算税の賦課決定をした。
その際、江東西税務署長は、本件譲渡所得の金額の計算に当たっては、取得費加算額を別表７－１及び別表７－２の各「取得費加算額」欄（⑥欄）の「更正処分」欄記載のとおり計算するとともに（その内訳及び計算過程は、別表３－１及び別表３－２の各「被告主張額」欄（⑤ないし⑩欄）記載のとおりである。）、本件譲渡所得の金額を別表７－１及び別表７－２の各「分離長期譲渡所得の金額」欄（②欄）の「更正処分」欄記載のとおり計算した。（以上につき、甲２の１、２）
（５）本件訴えの提起に至る経緯等
ア 原告らは、平成３０年８月７日、前記（４）イの増額更正及び過少申告加算税の賦課決定を不服として、国税不服審判所長に対し、それぞれ別表７－１及び別表７－２の「審査請求」欄記載のとおり、審査請求をした（乙１２の１、２）。
イ 国税不服審判所長は、令和元年７月５日付けで、本件各借地権設定契約及び本件各建物売買契約に係る契約書に貼付された印紙代は、本件譲渡所得の金額の計算上、譲渡費用に該当するとして、それぞれ別表７－１及び別表７－２の「裁決」欄記載のとおり、前記（４）イの増額更正及び過少申告加算税の賦課決定の一部を取り消す旨の裁決をした（甲３の１、乙５）。
なお、江東西税務署長は、上記審査請求において、措置令２５条の１６第１項２号の「当該譲渡をした資産の当該課税価格の計算の基礎に算入された価額」は、評価通達２８所定の貸家建付借地権の評価方法に基づき算定した金額である旨を主張したが、上記裁決は、この主張を採用せず、取得費加算額を前記（４）イ記載のとおり計算した。
ウ 原告らは、令和元年１２月２６日、本件訴えを提起した（当裁判所に顕著な事実）。
３ 被告の主張する本件各更正処分等の根拠及び適法性
被告の主張する本件各更正処分等の根拠及び適法性は、別紙３「被告の主張する本件各更正処分等の根拠及び適法性」のとおりである（なお、同別紙において定める略称等は、以下においても用いることとする。）。
原告らは、後記４の争点に関する部分のほかに、本件各更正処分等の根拠及び適法性を争っていない。
４ 争点
（１）本件譲渡所得に係る取得費加算額を計算するに当たり、措置令２５条の１６第１項２号の「当該譲渡をした資産の当該課税価格の計算の基礎に算入された価額」を本件各土地の相続税評価額に１００分の９０を乗じた金額とすることの適否（争点１）
（２）本件所得税等に係る調査手続に通則法１２６条及び国家公務員法１００条１項並びに通則法７４条の２に違反する違法があるか（争点２）
（３）本件各更正処分に行政手続法１４条１項本文所定の理由の提示不備の違法があるか（争点３）
５ 争点に関する当事者の主張の要旨
当事者の主張内容に鑑み、争点１については被告の主張の要旨から先に記載し、その余の争点については原告らの主張の要旨から先に記載する。
（１）争点１（本件譲渡所得に係る取得費加算額を計算するに当たり、措置令２５条の１６第１項２号の「当該譲渡をした資産の当該課税価格の計算の基礎に算入された価額」を本件各土地の相続税評価額に１００分の９０を乗じた金額とすることの適否）について
（被告の主張の要旨）
ア 措置令２５条の１６第１項２号の「当該譲渡をした資産の当該課税価格の計算の基礎に算入された価額」は、本件各土地の相続税評価額に１００分の９０を乗じた金額とすべきであること
（ア）次のとおり、措置法３９条１項の定め（以下「本件特例」ということがある。）を適用して取得費加算額を計算するに当たり、本件各借地権設定契約の締結後にも原告らの権利が引き続き残る資産（本件各土地に係るいわゆる底地部分。以下「本件各底地部分」という。）に対応する相続税額は、取得費加算額に含めることはできない。
ａ 本件において、本件各借地権設定契約に基づく各借地権（本件各借地権）の設定は、措置法「第３１条第１項に規定する譲渡所得の起因となる不動産等の貸付け」（措置法３９条１項）、すなわち、「建物若しくは構築物の所有を目的とする地上権若しくは賃借権（中略）の設定（括弧内省略）のうち、その対価として支払を受ける金額が次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額の１０分の５に相当する金額を超えるもの」（措置法３１条１項、所得税法施行令７９条１項）に該当することから、措置法３９条１項にいう「資産の譲渡」に該当する。
そうすると、本件において、措置令２５条の１６第１項２号に規定する「当該譲渡をした資産」が本件各借地権であることは明らかであり、本件各借地権の設定後も原告らの権利が引き続き残る資産である本件各底地部分に対応する相続税額については、本件特例の適用対象とならないことは法令の文理上明らかである。
ｂ また、借地権等の設定に係る所得に譲渡所得課税をする趣旨は、土地の貸借に際し借地権等の設定の対価として多額の権利金等を受け取る場合には、その土地の利用権部分についてはその段階でキャピタル・ゲインの清算をするのが適当と考えられたことによるものであるが、当該利用権部分以外の部分（底地部分）に係るキャピタル・ゲインはいまだ実現していない以上、当然ながら、当該部分については、その段階では譲渡所得課税の対象にはならない。
そして、本件特例は、譲渡所得課税の対象とされる相続により取得した資産を前提として規定されているところ、これは、相続人が相続税の納税のため相続財産を処分しなければならない場合、その財産の処分に際して、その処分をした者に対し、被相続人の所有期間に生じたキャピタル・ゲインを含めて所得税を課税する（被相続人の取得価額に基づいて譲渡所得を計算する）ことによる当該納税者の負担感が強いという問題に対処するため、政策的な見地から設けられた制度であり、相続財産の処分をした場合における譲渡所得の金額の計算上、譲渡した相続財産に対応する部分の相続税額を取得費に準じて差し引くという調整措置を講ずるものとして創設されたものである。
その後、本件特例は、平成５年度税制改正において、相続財産である土地等の一部を譲渡した場合のその土地等の譲渡所得金額の計算上、取得費に加算して控除できる金額について、「譲渡資産に対応する相続税相当額」から「その者が相続したすべての土地等に対応する相続税相当額」とすることとされたが、本件特例を取り巻くその後の状況が変化したことを踏まえ、平成２６年度税制改正において、譲渡をしていない土地等に対応する相続税額までをも譲渡をした土地等に係る譲渡所得の金額の計算上、取得費に加算するという少し行き過ぎた優遇となっていたものを、譲渡をした土地等に対応する相続税額のみを加算するという本来の姿に戻すこととされたところである。
このような本件特例の制度趣旨及び改正経緯等に照らせば、本件各底地部分に対応する相続税額を含む本件各土地に対応する相続税の全額を取得費に加算すると解することは到底できない。
さらに、借地権等の設定をした場合の譲渡所得に係る取得費について規定する所得税法施行令１７４条１項によれば、借地権の設定の対価につき譲渡所得が課税される場合において、その借地権の設定をした土地の取得に要した金額等のうち、底地部分に対応する金額、すなわち、譲渡所得の課税の対象とならない部分に対応する金額については、当該譲渡所得の金額の計算上控除する取得費に当たらないこととされているのである。
これを本件についてみれば、本件相続の開始の時には本件各土地に本件各借地権は設定されておらず、その後の本件各借地権設定契約により本件各土地が本件各借地権と本件各底地部分に分離され、本件各底地部分の権利が原告らに残ることとなったのであるから、本件各底地部分に対応する相続税額を取得費加算額に含めることができないことは明らかである。
（イ）借地権等の設定をした場合の譲渡所得に係る取得費については、所得税法施行令１７４条１項の規定に基づき、その借地権等の設定をした土地の取得に要した金額及び改良費の額の合計額に、その借地権等の設定の対価として支払を受ける金額が、当該金額と底地部分としての価額との合計額のうちに占める割合を乗じて計算した金額とされているところ、原告らが本件譲渡所得に係る取得費につき、本件各土地の取得価額（簿価）の９０％相当額を本件各借地権に対応する取得費として計算し申告していること、本件各土地は、本件各借地権設定契約の締結時において、借地権の割合が９０％の地域にあることからすれば、本件における「当該譲渡をした資産の当該課税価格の計算の基礎に算入された価額」は、本件各土地の相続税評価額に１００分の９０を乗じた価額とすべきである。
イ 原告らの主張には理由がないこと
（ア）原告らは、本件各更正処分において、本件各土地に係る取得費加算額の計算上、貸家建付地として評価された価額に更に借地権割合を乗じるのは、借地権を二重に評価するものであって、その合理性は全くないとして、本件各更正処分は、措置法３９条及び措置令２５条の１６の解釈適用を誤ったものであり、違法である旨主張する。しかし、本件各土地について、本件相続税の課税価格の計算上、評価通達２６に定める貸家建付地として、その計算過程において本件相続の開始の時の借地権の割合である１００分の９０が使用されていることと、措置令２５条の１６第１項２号の「当該譲渡をした資産の当該課税価格の計算の基礎に算入された価額」、すなわち、相続税が課税された資産のうち譲渡所得が課税される資産に対応する部分として、貸家建付地として評価した本件各土地の相続税評価額に本件相続の開始の時の借地権の割合と同じ割合である１００分の９０を乗じて計算することとは、それぞれ、その前提とする法令等の趣旨等を異にするものであり、譲渡所得の金額の計算において借地権を二重に評価するものではないから、原告らの主張には理由がない。
（イ）原告らは、措置令２５条の１６第１項２号の「当該譲渡をした資産の当該課税価格の計算の基礎に算入された価額」は、自用地の借地権評価額とするのが妥当である旨主張する。
しかし、原告らが主張するところの計算がいかなる意味で合理的であると主張しているのか判然としない上、原告らの同号の解釈は明らかに同号の文理からかけ離れたものであり採用することができない。特に、措置法は、本来課されるべき税額を政策的な見地から特に軽減するものであるから、租税負担公平の原則に照らし、その解釈は厳格にされるべきものであり、みだりに拡張解釈等をすることは許されないと解されていることからしても、原告らの主張が当を得ないことは明らかである。
（ウ）原告らは、措置令２５条の１６第１項２号の「当該譲渡をした資産の当該課税価格の計算の基礎に算入された価額」の上限を、本件各土地の相続税の課税価格の計算の基礎に算入された価額（貸家建付地評価額）とすれば、本件特例の改正趣旨を逸脱したことにはならない旨主張する。
しかし、本件特例の制度趣旨及び改正経緯並びに借地権等の設定に係る所得を譲渡所得として課税する趣旨からすれば、相続税が課税された財産のうち譲渡所得課税の対象ではない部分（譲渡をしていない部分）がある場合には、同号の「当該譲渡をした資産の当該課税価格の計算の基礎に算入された価額」は、相続税が課税された財産の課税価格の計算の基礎に算入された価額を基準として、その価額から譲渡所得課税の対象ではない部分（譲渡をしていない部分）の価額を控除して算定しなければならないと当然に解されるのであり、原告らの主張は失当である。
原告らの上記主張は、同号の「当該譲渡をした資産の当該課税価格の計算の基礎に算入された価額」について、相続税が課税された資産のうち譲渡所得が課税される資産に対応する部分以外の部分をも含めて計算するものであり、結果として、譲渡所得が課税されていない（譲渡所得の基因となる事実が発生していない）本件各底地部分についても取得費加算の対象に含めることを可能にするものであって、本件特例の制度趣旨及び改正経緯等に明らかに反するものである。したがって、原告らの主張には理由がない。
（エ）原告らは、措置令２５条の１６第１項２号は課税要件明確主義に違反する旨主張する。
しかし、不確定概念とは、抽象的・多義的概念をいうところ、同号の「当該譲渡をした資産の当該課税価格の計算の基礎に算入された価額」は、相続税の課税価格の計算の基礎に算入された財産の価額をいうのであるから、抽象的・多義的概念でないことは明らかである。
この点をおくとして、租税法規が不確定概念を用いる場合にあっても、それが、法の趣旨・目的に照らしてその意義を明確になし得るものは、租税行政庁に自由裁量を認めるものではなく、その必要性と合理性が認められる限り、この種の不確定概念を用いることは、課税要件明確主義に反するものではないと解すべきであるとされていることからすると、同号の「当該譲渡をした資産の当該課税価格の計算の基礎に算入された価額」は、措置法３９条及び措置令２５条の１６第１項の文理、本件特例の制度趣旨及び改正経緯等から明らかになるのであるから、課税要件明確主義に反するものではない。
（原告らの主張の要旨）
ア 本件各更正処分は、措置法３９条及び措置令２５条の１６の解釈適用を誤ったものであること
（ア）本件各更正処分においては、措置令２５条の１６第１項２号の「当該譲渡をした資産の当該課税価格の計算の基礎に算入された価額」は、貸家建付地として評価された本件各土地の価額に借地権割合である９０％を乗じた金額として計算されている。しかし、貸家建付地の算定は、自用地の価額をもとに借地権割合、借家権割合、賃貸割合が既に考慮されている。このように本件各建物は貸家となっており、本件各土地は貸家建付地としての評価の際に、借地権割合が考慮されているにもかかわらず、更に借地権割合を乗じるのは、借地権を二重に評価するものであって、その合理性は全くない。したがって、本件各更正処分は、措置法３９条及び措置令２５条の１６の解釈適用を誤ったものであり、違法である。
（イ）本件において、措置令２５条の１６第１項２号の「当該譲渡をした資産」に相当する資産は、本件各借地権であるところ、同号の「当該譲渡をした資産の当該課税価格の計算の基礎に算入された価額」は、以下のとおり、自用地の借地権評価額、すなわち、本件各土地の自用地としての評価額に借地権割合（９０％）を乗じた価額として計算する方式（以下「計算Ａ方式」ということがある。）とするのが妥当である。
ａ 貸家建付地の評価においては、当該貸家建付地評価額は「（自用地の評価額）×（１－借地権割合×借家権割合×賃貸割合）」で計算され、したがって、計算の基礎となる要素は（自用地の評価額）、（借地権割合）、（借家権割合）及び（賃貸割合）となる。ここで、自用地の借地権評価額は「（自用地の評価額）×（借地権割合）」であるから、ここでも上記貸家建付地評価額の計算の基礎に算入された要素を用いて評価額を計算しているのであり、措置令２５条の１６第１項２号の「当該譲渡をした資産の当該課税価格の計算の基礎に算入された価額」を計算Ａ方式で計算することは、条文から合理的に解釈される計算方法に従ったものといえる。
ｂ この点について、前記ａのとおり解釈すると、計算Ａ方式で計算した本件各借地権相当額が本件各土地の貸家建付地としての評価額よりも高くなってしまうことになる。
しかし、貸家建付地評価額は「（自用地の評価額）×（１－借地権割合×借家権割合×賃貸割合）」となるところ、これは、本件各建物のように土地と建物が自己所有であり、建物の一部又は全部を他人に賃貸している場合には、借家権相当額が借主の権利となり、その反面、土地と建物の経済的価値が減少することを理由とした計算式であり、他人に賃貸している面積が増えれば（すなわち賃貸割合が増えれば）、借家権の価値が増加し、その結果、貸家建付地としての評価額は減少する。本件各借地権相当額が貸家建付地としての評価額よりも高くなってしまうのは、賃貸割合が影響したに過ぎないものであり、計算Ａ方式を否定する理由にはならない。本件特例は、平成２６年度税制改正において、少し行き過ぎた優遇を解消するために、譲渡をした土地等に対応する相続税額のみを加算するという本来の姿に戻されたものであるところ、計算Ａ方式で計算した本件各借地権相当額が本件各土地の貸家建付地としての評価額よりも高くなってしまったとしても、それは上記のとおり、賃貸割合が影響したに過ぎないものであり、そのような場合には、本件各土地の相続税評価額を上限とすることで、上記改正の趣旨を逸脱したことにもならない。計算Ａ方式は、措置法３９条の立法趣旨である納税者保護の精神等からも妥当な解釈というべきである。
以上のとおり、原告らは、本件所得税等の確定申告をするに当たり、計算Ａ方式で計算した本件各借地権相当額が貸家建付地としての評価額を超えてしまうことから、本件各土地の相続税評価額である貸家建付地としての評価額を限度として、措置令２５条の１６第１項２号の「当該譲渡をした資産の当該課税価格の計算の基礎に算入された価額」を計算したものである。
ｃ 被告の主張する計算方式は、措置令２５条の１６第１項２号の「当該譲渡をした資産の当該課税価格の計算の基礎に算入された価額」を本件各土地の貸家建付地としての評価額に借地権割合（９０％）を乗じた価額として計算する方式（以下「計算Ｂ方式」ということがある。）である。
しかし、前記（ア）のとおり、計算Ｂ方式は借地権を二重に評価するものであって、その合理性は全くない。なお、原告らは、本件相続により「借地＋底地」として取得した本件各土地のうち、「借地」部分を譲渡したとみなされるのであるから、実質的経済価値が考慮された貸家建付借地権を譲渡したものと解するのが合理的であるともいえる。そうすると、江東西税務署長が本件各更正処分等（ただし、令和元年７月５日付けでされた国税不服審判所長の裁決により一部取り消される前のもの）の審査請求の手続において主張したように、「当該譲渡をした資産の当該課税価格の計算の基礎に算入された価額」は、貸家建付借地権の評価額として計算する方式がより妥当な金額であるとも考えられるのであって、被告の主張する計算Ｂ方式が絶対的に正しいという根拠はないというべきである。
イ 措置令２５条の１６第１項２号は課税要件明確主義に違反すること
本件各更正処分においては、措置令２５条の１６第１項２号の「当該譲渡をした資産の当該課税価格の計算の基礎に算入された価額」は、貸家建付地として評価した本件各土地の価額に借地権割合である９０％を乗じた金額として計算されている。
しかし、江東西税務署長は、本件各更正処分等（ただし、令和元年７月５日付けでされた国税不服審判所長の裁決により一部取り消される前のもの）の審査請求の手続において、「当該譲渡をした資産の当該課税価格の計算の基礎に算入された価額」は、評価通達２８に定める貸家建付借地権の評価方法に基づき算定した金額となる旨の主張をしている。このことは、江東西税務署長が、措置法３９条及び措置令２５条の１６第１項２号の解釈に関し、一義的な解釈をすることができなかったことを示すものであり、上記「当該譲渡をした資産の当該課税価格の計算の基礎に算入された価額」が不確定な概念であることは明らかである。
したがって、同号は、行政庁の恣意的な裁量を防止し、国民の財産権が不当に侵害されることを防止し、国民生活に法的安定性と予測可能性を付与することを目的とする課税要件明確主義に反するものであって、当該規定に基づいてされた本件各更正処分も無効である。
（２）争点２（本件所得税等に係る調査手続に通則法１２６条及び国家公務員法１００条１項並びに通則法７４条の２に違反する違法があるか）について
（原告らの主張の要旨）
ア（ア）本件相続税の調査（以下「本件相続税調査」という。）を担当した東京国税局の職員（以下「本件相続税調査担当職員」という）は、平成２９年１１月１６日に原告ら及び本件相続税の申告手続等を担当する税理士（以下「本件相続税担当税理士」という。）の立会いの下で本件相続税調査を実施した際、原告らに対し、本件所得税等について修正申告が必要であること並びにその理由及び具体的金額について説明し（以下、この説明を「本件説明」という。）、併せて、「よくある間違いであって、加算税や延滞税が課税されない」旨を説明した。
本件においては、東京国税局から本件相続税担当税理士に対して、本件相続税調査の要請があった後、京橋税務署から原告らの本件所得税等の調査の要請があり、その際、京橋税務署は本件相続税調査と同時に本件所得税等の調査を実施することを希望していた。これに対し、本件相続税担当税理士が東京国税局に対し、上記京橋税務署の希望に関する問い合わせをしたところ、東京国税局からは、本件相続税調査に時間を要するため、本件相続税調査と同時に本件所得税等の調査を実施することは現実的ではないとして、別個に実施するよう東京国税局から京橋税務署に対し掛け合うこととしたい旨の回答を受けたものであり、その結果、本件相続税調査と本件所得税等の調査はそれぞれ別日に実施されることとなったものである。このような経緯からすれば、本件においては、税務代理権限のない税理士が調査に立ち会うことがないように十分な配慮がされた上で調査が実施されていたものであるといえる。
そして、本件相続税担当税理士は、本件相続税については税務代理権限があるが、本件所得税等については税務代理権限がないのであるから、本件相続税調査担当職員は、本件所得税等の調査に関することについては本件相続税担当税理士に説明してはならない守秘義務を負っているというべきである。相続税の調査においては、相続税の額のみについて調査し、報告すれば十分なのであり、まして、本件各土地の価額に借地権割合である９０％を乗じた金額が取得費加算額となる旨の説明をすることは、本件相続税調査に関係ないものといわざるを得ない。
以上によれば、本件相続税調査担当職員が本件相続税担当税理士の面前で本件説明をしたことは通則法１２６条及び国家公務員法１００条１項に規定する守秘義務に違反するものである。
（イ）ａ被告は、税理士の地位が、単なる私的な代理人ではなく、公共的なものと位置づけられ、守秘義務も課せられていること等に鑑みれば、本件説明は、本件
相続税調査担当職員の守秘義務に直ちに違反するものではない旨主張する。
しかし、税理士であっても、自らが税務代理権限を有していない調査との関係
では単なる私人にすぎないのであるから、本件相続税調査担当職員が本件相続税担当税理士の面前で、本件相続税調査とは関係のない本件所得税等に関する情報を開示することは、本件相続税調査担当職員の守秘義務に違反するものというべきである。
ｂ 被告は、本件説明は、刑罰法規に触れ、公序良俗に反し又は社会通念上相当の限度を超えて濫用にわたる等重大な違法を帯び、何らの調査なしに更正処分をしたに等しいものとの評価を受けるものでないことは明らかであるから、本件各更正処分の取消事由には該当しない旨主張する。
しかし、国家公務員の守秘義務違反は、国家公務員に対する国民の信頼を失う
最も根源的な非違行為であって、重大な違法行為というべきであるし、そもそも被告が主張するように取消原因を限定することは、税務調査の手続上の瑕疵については実質的に司法審査が及ばないことになり、税務当局の質問検査権の公正を害する結果になるものであるから、適正手続の観点から到底妥当な解釈ということはできない。本件相続税調査担当職員が本件説明をしたことは、重大な守秘義務違反であって、その手続的瑕疵は極めて大きいといわざるを得ない。
イ また、本件相続税調査担当職員は、調査手続通達の１－３に定める「その調査を行う国税に関する事務に従事している者」に該当せず、通則法７４条の２が定める本件所得税等の質問検査権を有していない。
ウ 以上によれば、本件所得税等に係る調査には通則法１２６条及び国家公務員法１００条１項並びに通則法７４条の２に違反した違法があり、これを前提としてされた本件各更正処分等にはこれらを取り消すべき違法がある。
（被告の主張の要旨）
ア 税務調査の一環としての質問検査が違法に行われた場合に、これに基づく更正、決定が違法となるか否かについては、調査手続の単なる瑕疵は更正処分に影響を及ぼさないものと解すべきであり、調査の手続が刑罰法規に触れ、公序良俗に反し又は社会通念上相当の限度を超えて濫用にわたる等重大な違法を帯び、何らの調査なしに更正処分をしたに等しいものとの評価を受ける場合に限り、その処分に取消原因があるものと解するのが相当である。
イ 本件相続税調査担当職員は、東京国税局課税第一部資料調査二課所属の職員であるから、通則法７４条の２第１項が規定する国税局の職員に当たる。また、本件相続税調査担当職員は、その担当する事務につき、国税庁事務分掌規則２９６条１号及び３号の定めによって、譲渡所得の調査事務について、質問検査権を有しており、調査手続通達の１－３に定める「その調査を行う国税に関する事務に従事している者」に該当する。したがって、本件相続税調査担当職員は本件所得税等の質問検査権を有していない旨の原告らの主張には理由がない。
ウ 本件譲渡所得における取得費加算額は、本件相続税の課税価格や相続税額、本件各土地に係る相続税評価額といった本件相続税の課税内容を基に計算されるものであることから、本件相続税の税額等に増減があれば、本件譲渡所得における取得費加算額についても異動が生じ、これにより必然的に原告らの本件所得税等の税額にも増減が生ずるという関係がある。
そして、原告らが本件各確定申告書に添付した「譲渡所得の内訳書（確定申告書付表兼計算明細書）」には本件各土地の売却理由は納税資金のためである旨の記載があり、原告らが本件相続税の納税資金の捻出のために本件各借地権設定契約を締結したことがうかがわれる。
このような状況の下で、本件相続税調査担当職員が、上記のように本件相続税の税額等の変動に伴い、本件所得税等の税額が必然的に変動するという当然の事柄について、本件相続税担当税理士立会いの下、原告らに対して本件所得税等について修正申告が必要であること等を説明したとしても、そのことが、所得税等を適正かつ公平に賦課徴収し、税務行政の適正な執行確保を阻害することは想定されず、また、税理士の地位が、単なる私的な代理人ではなく、公共的なものと位置づけられ、守秘義務も課せられていること（税理士法３８条）等に鑑みれば、国家公務員法１００条１項及び通則法１２６条に規定する守秘義務に直ちに違反するものとはいえない。
この点をおくとしても、本件相続税調査担当職員の上記のような行為は、刑罰法規に触れ、公序良俗に反し又は社会通念上相当の限度を超えて濫用にわたる等重大な違法を帯び、何らの調査なしに更正処分をしたに等しいものとの評価を受けるものでないことは明らかであるから、本件各更正処分の取消事由には該当しない。
したがって、本件相続税調査担当職員が原告らに対して本件説明したことが通則法１２６条及び国家公務員法１００条１項に規定する守秘義務に違反する旨の原告らの主張には理由がない。
（３）争点３（本件各更正処分に行政手続法１４条１項本文所定の理由の提示不備の違法があるか）について
（原告らの主張の要旨）
ア 本件各更正処分等に係る通知書には、本件各更正処分の理由として、本件各土地の相続税評価額に１００分の９０の割合を乗じた金額を基に取得費加算額を計算した旨の記載があるにすぎず、上記計算の理由についての記載は一切ない。処分の理由に突如として根拠のない数字が提示されており、極めて不十分な理由付記といわざるを得ない。
イ また、前記（１）（原告らの主張の要旨）のとおり、本件各更正処分においては、措置令２５条の１６第１項２号の「当該譲渡をした資産の当該課税価格の計算の基礎に算入された価額」は、貸家建付地として評価した本件各土地の価額に借地権割合である９０％を乗じた金額として計算されているにもかかわらず、江東西税務署長は、審査請求の手続において、上記「当該譲渡をした資産の当該課税価格の計算の基礎に算入された価額」は貸家建付借地権の評価額となる旨の主張をしている。
このような計算方法の変更は、本件各更正処分等に係る通知書に記載された理由に誤りがあったことを江東西税務署長自身が認めていることを示すものである。そして、本件のように処分理由の差替えを自由に認めることは、理由の付記なしに更正処分をすることを認めたことと同様の結果となり、納税者の手続保障を著しく阻害するものである。したがって、本件各更正処分は行政手続法１４条１項本文に基づく理由提示に不備があり、違法である。
（被告の主張の要旨）
ア 行政手続法１４条１項本文に基づいてどの程度の理由を提示すべきかは、同項本文の趣旨に照らし、当該処分の根拠法令の規定内容、当該処分に係る処分基準の存否及び内容並びに公表の有無、当該処分の性質及び内容、当該処分の原因となる事実関係の内容等を総合考慮してこれを決定すべきであると解される。
イ 本件各更正処分等に係る通知書には、本件譲渡所得の基因となる事実として、本件各建物の譲渡及び本件各借地権の設定が記載され、また、取得費加算額の計算において、本件相続税の各更正処分における本件各借地権の相続税評価額並びに本件相続税の課税価格及び相続税額を示した上で、本件各借地権の相続税評価額は、本件各土地の相続税評価額の１００分の９０の割合に相当する金額に２分の１の割合を乗じた金額であることが記載されている。加えて、本件譲渡所得の金額の計算上、取得費加算額は、措置法３９条及び措置令２５条の１６の規定に基づき、本件相続税の額に、本件相続税の課税価格のうちに上記本件各借地権の相続税評価額の占める割合を乗じて算出した各金額の合計額であることが記載されている。
以上によれば、本件各更正処分等に係る通知書には、本件譲渡所得の金額の計算上、取得費加算額の計算方法に関する江東西税務署長の判断の理由につき、その判断過程が逐一検証し得る程度に具体的に記載されており、行政庁の判断の慎重と合理性を担保してその恣意を抑制するとともに、処分の理由を名宛人に知らせて不服の申立てに便宜を与えるという行政手続法１４条１項本文の趣旨に照らし、同項本文の要求する理由の提示として欠けるものではないから、原告らの主張には理由がない。
ウ 原告らは、江東西税務署長が、審査請求時において、措置令２５条の１６第１項２号の「当該譲渡した資産の当該課税価格の計算の基礎に算入された価額」を貸家建付借地権として評価した価格であると主張したことを問題視して、そのことが、本件各更正処分等に係る理由附記として不十分であり、違法であると主張するようである。
しかし、江東西税務署長は、貸家建付借地権として評価した価額を用いた計算方法であっても、結果として、本件譲渡所得に係る取得費加算額が、本件各更正処分における取得費加算額を下回ることとなり、本件各更正処分は適法な範囲内であることから、同計算方法を法的評価の解釈として主張したものであるところ、このような主張を審査請求の段階において行ったとしても、本件の争点が、同号の「当該譲渡をした資産の当該課税価格の計算の基礎に算入された価額」はいくらであるのかという点にあることは、当初から変わりはないのであって、取得費加算額の計算の前提となる本件各土地上に借地権が設定された事実や相続税の課税価格及び相続税額等の本件各更正処分等に係る通知書に記載された基本的な課税要件事実等に変更を加えるものではないし、原告らの防御権行使に当たって、原告らの主張の機会を奪ったり、制限したりするなどの不利益を与えるものでもない。
したがって、原告らの主張には理由がなく、本件各更正処分に理由の提示不備の違法がないことは明らかである。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点１（本件譲渡所得に係る取得費加算額を計算するに当たり、措置令２５条の１６第１項２号の「当該譲渡をした資産の当該課税価格の計算の基礎に算入された価額」を本件各土地の相続税評価額に１００分の９０を乗じた金額とすることの適否）について
（１）借地権等の設定に係る所得を譲渡所得として課税する趣旨並びに本件特例の趣旨及び改正経緯等について
ア 所得税法３３条１項は、「建物又は構築物の所有を目的とする地上権又は賃借権の設定その他契約により他人に土地を長期間使用させる行為で政令で定めるもの」を譲渡所得の対象となる「資産の譲渡」に含める旨を定め、上記の「政令で定めるもの」として、所得税法施行令７９条１項は、建物若しくは構築物の所有を目的とする借地権の設定のうち、その対価として支払を受ける金額が、その土地の価額の１０分の５に相当する金額を超えるものとする旨を定めているところ、これらの定めは、土地の貸借に際し借地権等の設定の対価として多額の権利金等を受け取る場合には、その金額の性質は、単に地代の前払いというにとどまらず、その土地の独占的利用権ないし場所的利益の譲渡の対価としての意味合いをもつ場合があり、そのような場合には、経済的、実質的には、地主はその土地の更地価額のうち土地の利用権に当たる部分を半永久的に譲渡することによってその土地に対する投下資本の大半を回収し、地主には底地部分に対するわずかの地代収受権が残されるにすぎないともみられることから、法律的には「資産の譲渡」ではないが、その土地の利用権部分についてはその段階でキャピタル・ゲインの清算をするのが適当であるとの考えから、土地の譲渡があったものとみなすこととしたものであると解される。
イ また、措置法３９条１項（本件特例）は、相続又は遺贈による財産の取得をした個人で当該相続又は遺贈につき相続税の課税を受けた者が、当該相続の開始があった日の翌日から当該相続に係る申告書の提出期限の翌日以後３年を経過する日までの間に当該相続税額に係る課税価格の計算の基礎に算入された資産の譲渡（措置法３１条１項に規定する譲渡所得の基因となる不動産等の貸付けを含む。）をした場合においては、譲渡所得に係る所得税法３３条３項に規定する取得費は、当該取得費に相当する金額に当該相続税額のうち当該譲渡をした資産に対応する部分として政令で定めるところにより計算した金額を加算した金額とする旨を定め、これを受けて、措置令２５条の１６第１項柱書きは、本文において、本件特例に規定する譲渡をした資産に対応する部分として政令で定めるところにより計算した金額は、同項１号に掲げる相続税額に同項２号に掲げる割合を乗じて計算した金額とする旨を定めた上で、同項１号は、上記「相続税額」として、当該譲渡をした資産の取得の基因となった相続又は遺贈に係る当該取得をした者の相続税額で、当該譲渡の日の属する年分の所得税の納税義務の成立する時において確定しているものを、同項２号は、上記「割合」として、同項１号に掲げる相続税額に係る同号に規定する者についての相続税法に規定する課税価格のうちに当該譲渡をした資産の当該課税価格の計算の基礎に算入された価額の占める割合を、それぞれ掲げている。このような本件特例等の定めは、相続税の課税対象となった相続財産の譲渡が相続の直後に行われる場合に、相続税と譲渡に係る所得税が相次いで課されることによる負担の調整を図るため、譲渡をした相続財産に係る相続税相当額をその譲渡所得の金額の計算上、取得費に加算する特例として創設されたものである。そして、本件特例等に関しては、平成５年度税制改正において、相続財産である土地等の一部を譲渡した場合の譲渡所得の金額の計算上、取得費に加算して控除できる金額が「その者が相続したすべての土地等に対応する相続税に相当する金額」とされた結果、譲渡をしていない土地等に対応する相続税額までをも譲渡をした土地等に係る譲渡所得の金額の計算上、取得費に加算するという少し行き過ぎた優遇となっていたものを、譲渡をした土地等に対応する相続税額を加算するという本来の姿に戻すことを目的として、平成２６年度税制改正において、相続財産である土地等の一部を譲渡した場合の譲渡所得の金額の計算上、取得費に加算して控除できる金額を上記「その者が相続したすべての土地等に対応する相続税に相当する金額」から「その譲渡した土地等に対応する相続税に相当する金額」とする旨の改正がされたものである。
（２）本件譲渡所得に係る「当該譲渡をした資産の当該課税価格の計算の基礎に算入された価額」について
ア 措置令２５条の１６第１項２号の文理に加え、前記（１）のような本件特例の趣旨及び改正経緯等に照らせば、同号の「当該譲渡をした資産の当該課税価格の計算の基礎に算入された価額」とは、相続税の課税価格の計算の基礎に算入された価額のうち譲渡をした相続財産に対応する部分をいうものであることは明らかである。
イ 本件においては、原告らは、本件各借地権設定契約に基づき本件各借地権を設定した対価として、本件各土地の価額の１０分の５に相当する金額を超える金額の本件各権利金を受領したものであり、措置令２５条の１６第１項２号の「当該譲渡をした資産」が本件各借地権であることは、当事者間に争いがないものと認められ、また、前提事実（２）イのとおり、本件各土地は、いずれも本件相続の開始の時及び本件各借地権設定契約の締結時において、評価通達２７所定の借地権割合が９０％の地域にあるものであったことからすると、本件各借地権設定契約により譲渡したものとみなされる本件各借地権は、本件各土地の権利の９０％相当分に当たるものということができる。
そして、前提事実（３）エのとおり、本件相続税の減額更正において、本件各土地の相続税評価額は、いずれも評価通達２６に定める貸家建付地として評価されたものであることを踏まえると、本件各更正処分が、本件譲渡所得に係る「当該譲渡をした資産の当該課税価格の計算の基礎に算入された価額」は、貸家建付地としての本件各土地の評価額に、借地権割合である９０％を乗じた金額としたことは相当であると認められる。
（３）原告らの主張について
ア 原告らは、本件各土地は、貸家建付地としての評価の際に、借地権割合が考慮されているにもかかわらず、更に借地権割合を乗じるのは、借地権を二重に評価するものであって、その合理性は全くない旨主張する。
しかし、評価通達上、貸家建付地としての評価の際に、借地権割合が考慮されるのは、家屋の借家人は家屋に対する権利を有するほか、その家屋の敷地についても、家屋の賃借権に基づいて、家屋の利用の範囲で、ある程度の支配権を有していると認められ、逆にその範囲において地主は、借家人による敷地の利用についての受忍義務を負うことになるため、実際に地主が、借家人の有する支配権を消滅させるためには、いわゆる立退料の支払を要する場合もあり、また、その支配権が付着したままの状態でその土地を譲渡するとした場合にはその支配権が付着していないとした場合における価額より低い価額でしか譲渡することができないと認められると考えられているためであるが、そこで評価の対象とされているのは飽くまで当該土地の全体である。これに対し、本件譲渡所得に係る「当該譲渡をした資産の当該課税価格の計算の基礎に算入された価額」の算定に当たり借地権割合を考慮するのは、上記のようにして評価された貸家建付地としての本件各土地全体の評価額のうち、譲渡をした相続財産である本件各借地権に対応する部分の価額を算定し、これにより相続税額のうち取得費加算の対象となる部分を明らかにするためである。
以上のとおり、本件各土地を貸家建付地として評価する際に借地権割合が考慮されることと、本件譲渡所得に係る「当該譲渡をした資産の当該課税価格の計算の基礎に算入された価額」の算定に当たり借地権割合を考慮することは、その目的を異にするものであり、借地権割合を二重に評価するものであるということはできない。
したがって、原告らの主張は採用することができない。
イ 原告らは、措置令２５条の１６第１項２号の「当該譲渡をした資産の当該課税価格の計算の基礎に算入された価額」は、自用地の借地権評価額、すなわち、本件各土地の自用地としての評価額に借地権割合（９０％）を乗じた価額として計算する方式（計算Ａ方式）とするのが妥当であるとした上で、上記方式で計算した場合に、借地権相当額が当該土地の貸家建付地としての評価額よりも高くなってしまうことがあるとしても、それは賃貸割合が影響したに過ぎないものであり、そのような場合には、当該土地の相続税評価額を上限とすれば、本件特例の改正の趣旨を逸脱するものではない旨主張する。しかし、本件譲渡所得に係る「当該譲渡をした資産の当該課税価格の計算の基礎に算入された価額」は、貸家建付地としての本件各土地の評価額に、借地権割合である９０％を乗じた価額とするのが相当であることは前記（２）のとおりである。
この点をおくとしても、仮に、原告らの主張を前提として、本件譲渡所得に係る「当該譲渡をした資産の当該課税価格の計算の基礎に算入された価額」を貸家建付地としての本件各土地の評価額とすることを認めるとすると、本件各借地権設定契約の締結後も本件各底地部分の権利は、譲渡人である原告らに帰属したままであるにもかかわらず、本件各底地部分も含めた本件各土地の権利全部に対応した相続税額を取得費に加算することを認めることとなり、結果として、譲渡所得が課税されていない底地部分についても取得費加算の対象に含めることを認めることとなる。
しかし、このような解釈が、本件譲渡所得に係る「当該譲渡をした資産」が本件各借地権であるという実体を適正に反映していないものであり、また、前記（１）アの借地権等の設定に係る所得を譲渡所得として課税する趣旨並びに本件特例の文理、制度趣旨及び改正経緯等に反するものであることは明らかであるから、原告らの主張は採用することができない。
ウ 原告らは、江東西税務署長は、本件各更正処分等（ただし、令和元年７月５日付けでされた国税不服審判所長の裁決により一部取り消される前のもの）の審査請求の手続において、本件各更正処分における算定方式とは異なる算定方式を主張していたとして、措置令２５条の１６第１項２号は、課税要件明確主義に反する旨主張する。
しかし、同号は、前記（１）の借地権等の設定に係る所得を譲渡所得として課税する趣旨並びに本件特例の趣旨及び改正経緯等に鑑みれば、譲渡をした相続財産に対応する相続税に相当する金額を譲渡所得の金額の計算上、取得費に加算するという点も含めて、課税要件の内容がその文言に照らして明確であるというべきであって、課税要件明確主義に反するということはできない。そして、江東西税務署長が審査請求の手続において、本件各更正処分における算定方式とは異なる算定方式を主張したことは、直ちに上記判断を左右するものではないから、原告らの主張は採用することができない。
（４）小括
以上によれば、本件譲渡所得に係る「当該譲渡をした資産の当該課税価格の計算の基礎に算入された価額」は、本件各土地の貸家建付地としての相続税評価額に１００分の９０を乗じた金額とした本件各更正処分は適法である。
２ 争点２（本件所得税等に係る調査手続に通則法１２６条及び国家公務員法１００条１項並びに通則法７４条の２に違反する違法があるか）について
（１）税務調査の手続の瑕疵が当該税務調査を基礎とした更正処分に与える影響については、税務調査の手続の単なる瑕疵は更正処分の効力に影響を及ぼさないものと解すべきであり、調査の手続が刑罰法規に触れ、公序良俗に反し又は社会通念上相当の限度を超えて濫用にわたる等重大な違法を帯び，何らの調査なしに更正処分をしたに等しいものとの評価を受ける場合に限り、その処分に取消原因があるものと解するのが相当である。
（２）ア原告らは，本件相続税調査担当職員が、本件相続税担当税理士の面前で、原告らに対し、本件所得税等について修正申告が必要であること並びにその理由及び具体的金額について説明したこと（本件説明）は、通則法１２６条及び国家公務員法１００条１項に規定する守秘義務に違反するものである旨を主張する。
イ しかし、譲渡所得の計算における取得費加算額は、相続財産の評価額や相続税の課税価格及び相続税額といった相続税に係る課税内容を基に計算されるものであるところ、本件相続税額等に増減があれば、本件譲渡所得等の計算における取得費加算額についても変動が生じ、これにより必然的に原告らの本件譲渡所得等に係る税額にも変動が生じ得るものであり、そのことは税務に関する専門家である税理士にとって明らかな事項であるから、本件所得税等について修正申告が必要であることが、直ちに本件相続税担当税理士との関係で「秘密」（通則法１２６条及び国家公務員法１００条１項）に該当するとは解し難い。また、原告らの主張によっても、本件相続税調査担当職員による本件説明は原告らに対してされたものであり、本件相続税担当税理士はその場に立ち会ったにすぎないというのであるから、本件相続税担当税理士には税理士法上、自らの税理士業務に関して知り得た秘密を守る義務が課せられており、本件説明により直ちに所得税等の適正かつ公平な賦課徴収及び税務行政の適正な執行確保が阻害されるということはできないことを踏まえると、本件相続税調査担当職員が本件説明をしたことが、直ちに通則法１２６条及び国家公務員法１００条１項に規定する守秘義務に違反するものであるということはできない。
したがって、原告らの主張を前提としたとしても、調査の手続が刑罰法規に触れ、公序良俗に反し又は社会通念上相当の限度を超えて濫用にわたる等重大な違法を帯び、何らの調査なしに更正処分をしたに等しいものということはできないから、本件各更正処分に取消原因があるということはできず、原告らの主張は採用することができない。
（３）アまた、原告らは、本件相続税調査担当職員は、調査手続通達の１－３に定める「その調査を行う国税に関する事務に従事している者」に該当せず、通則法７４条の２が定める本件所得税等の質問検査権を有していない旨を主張する。
イ しかし、弁論の全趣旨によれば、本件相続税調査担当職員は東京国税局課税第一部資料調査第二課所属の職員であると認められるところ、同課の職員は、国税庁事務分掌規則（乙２２）２９６条に基づき、相続税等及び譲渡所得等に係る所得税等の課税標準の調査並びにこれらの国税に関する検査に関する事務で、国税局長が必要があると認めた特定事項に係る事務の指導及び監督並びにこれに必要な調査及び検査に関する事務（同条１号）を所掌し、また、相続税等及び譲渡所得等に係る所得税等の課税標準の調査並びにこれらの国税に関する検査に関する事務で、当該調査及び検査を受ける者の所得の金額、事業の規模及び態様又は取得した財産の価額その他の状況に照らし、国税局長が特に必要があると認めた事項に係る調査及び検査に関する事務（同条３号）を所掌しているものと認められ、調査手続通達の１－３に定める「その調査を行う国税に関する事務に従事している者」に該当するから、本件所得税等に関する通則法７４条の２所定の質問検査権を有しているものと認められる。したがって、原告らの主張は採用することができない。
３ 争点３（本件各更正処分に行政手続法１４条１項本文所定の理由の提示不備の違法があるか）について
（１）原告らは、①本件各更正処分等に係る通知書には、本件各更正処分の理由として、本件各土地の相続税評価額に１００分の９０の割合を乗じた金額を基に取得費加算額を計算した旨の記載があるにすぎず、上記計算の理由についての記載は一切ない、②江東西税務署長が審査請求の手続において、措置令２５条の１６第１項２号の「当該譲渡をした資産の当該課税価格の計算の基礎に算入された価額」は貸家建付借地権の評価額となる旨の主張をしており、このことは、本件各更正処分等に係る通知書に記載された理由に誤りがあったことを江東西税務署長自身が認めていることを示すものであるとして、本件各更正処分は行政手続法１４条１項本文に基づく理由提示に不備がある旨を主張する。
（２）ア行政手続法１４条１項本文が、行政庁が不利益処分をする場合にその理由を名宛人に示さなければならないとしているのは、名宛人に直接に義務を課し又はその権利を制限するという不利益処分の性質に鑑み、行政庁の判断の慎重と合理性を担保してその恣意を抑制するとともに、処分の理由を名宛人に知らせて不服の申立てに便宜を与える趣旨に出たものと解されるところ、同項本文に基づいてどの程度の理由を提示すべきかは、上記のような同項本文の趣旨に照らし、当該処分の根拠法令の規定内容、当該処分に係る処分基準の存否及び内容並びに公表の有無、当該処分の性質及び内容、当該処分の原因となる事実関係の内容等を総合考慮してこれを決定すべきものと解するのが相当である（最高裁平成●●年（○○）第●●号同２３年６月７日第三小法廷判決・民集６５巻４号２０８１頁参照）。また、提示すべき理由の内容及び程度は、特段の理由のない限り、いかなる事実関係に基づきいかなる法規を適用して処分がされたのかを、処分の相手方においてその記載自体から了知し得るものでなければならず、単に処分の根拠規定の該当条項を示すだけでは、それによって当該規定の適用の原因となった具体的な事実関係をも当然に知り得るような例外の場合を除いては、法の要求する理由の提示として十分ではないといわなければならない（最高裁昭和●●年（〇〇）第●●号同４９年４月２５日第一小法廷判決・民集２８巻３号４０５頁参照）。
イ 本件において、本件各更正処分等に係る通知書（甲２の１、２）には、本件各更正処分等の処分の理由として、①本件各建物の譲渡及び本件各借地権の設定による分離課税の長期譲渡所得の金額は、総収入金額から取得費の額を差し引いた金額であること、②上記取得費の額は、資産の取得に要した金額と、措置法３９条及び措置令２５条の１６の規定に基づき取得費に加算される相続税額との合計額であること、③上記措置法３９条及び措置令２５条の１６の規定に基づき取得費に加算される相続税額は、本件相続税の額に、本件相続税の課税価格のうちに譲渡した資産の課税価額である相続税評価額の占める割合を乗じて算出した金額であること、④上記譲渡した資産の課税価額である相続税評価額は、本件各借地権に係る土地の相続税評価額の１００分の９０の割合に相当する金額に、２分の１の割合を乗じた後の金額であることが、具体的な金額とともに記載されている。
したがって、原告らは、上記通知書の記載から、いかなる事実関係に基づいていかなる法規を適用して本件各更正処分がなされたかを十分に知り得るものといえるから、本件各更正処分における理由提示は、行政庁の判断の慎重と合理性を担保してその恣意を抑制するとともに処分の理由を名宛人に知らせて不服申立ての便宜を図るという行政手続法１４条１項の趣旨に沿って十分な記載がされ、適法に行われているということができ、理由提示の不備による違法は認められない。そして、江東西税務署長が審査請求の手続において、本件各更正処分における算定方式とは異なる算定方式を主張したことは、直ちに上記判断を左右するものではない。これに反する原告らの主張は、上記に判示したところに照らし、いずれも採用することができない。
４ 本件各更正処分等の適法性について
原告らは、本件訴訟において、争点に関する部分のほかに本件各更正処分の根拠及び適法性を争っていないところ、前記１ないし３によれば、本件所得税等についての原告らの納付すべき税額は、別表１の「納付すべき税額」欄（⑮欄）記載のとおりであると認められ、本件各更正処分における原告らの納付すべき税額と同額であることから、本件各更正処分は適法である。そして、上記のとおり、本件各更正処分は適法であるところ、本件各更正処分により原告らが新たに納付すべきこととなった税額に基づいて計算した過少申告加算税の額は、別表１の「過少申告加算税の額」欄（⑯欄）記載のとおりであると認められ、本件各賦課決定処分における過少申告加算税の金額と同額であることから、本件各賦課決定処分は適法である。
５ 結論
よって、原告らの請求は、理由がないからいずれも棄却することとし、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３８部
裁判長裁判官鎌野真敬
裁判官栗原志保
裁判官佐藤秀海
（別紙１）
指定代理人目録
淵政博、猪股翔太、北村勝、中澤直人、三原翔
以上
（別紙２－１）
〇所得税法（平成二十八年法律第十五号による改正前のもの）
（譲渡所得）
第三十三条譲渡所得とは、資産の譲渡（建物又は構築物の所有を目的とする地上権又は賃借権の設定その他契約により他人に土地を長期間使用させる行為で政令で定めるものを含む。以下この条において同じ。）による所得をいう。
２ （省略）
３ 譲渡所得の金額は、次の各号に掲げる所得につき、それぞれその年中の当該所得に係る総収入金額から当該所得の基因となつた資産の取得費及びその資産の譲渡に要した費用の額の合計額を控除し、その残額の合計額（当該各号のうちいずれかの号に掲げる所得に係る総収入金額が当該所得の基因となつた資産の取得費及びその資産の譲渡に要した費用の額の合計額に満たない場合には、その不足額に相当する金額を他の号に掲げる所得に係る残額から控除した金額。以下この条において「譲渡益」という。）から譲渡所得の特別控除額を控除した金額とする。一資産の譲渡（前項の規定に該当するものを除く。次号において同じ。）でその資産の取得の日以後五年以内にされたものによる所得（政令で定めるものを除く。）
二資産の譲渡による所得で前号に掲げる所得以外のもの
４、５（省略）
（収入金額）
第三十六条その年分の各種所得の金額の計算上収入金額とすべき金額又は総収入金額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、その年において収入すべき金額（金銭以外の物又は権利その他経済的な利益をもつて収入する場合には、その金銭以外の物又は権利その他経済的な利益の価額）とする。
２、３（省略）
（譲渡所得の金額の計算上控除する取得費）
第三十八条譲渡所得の金額の計算上控除する資産の取得費は、別段の定めがあるものを除き、その資産の取得に要した金額並びに設備費及び改良費の額の合計額とする。
２ （省略）
（別紙２－２）
〇所得税法施行令（平成二十九年政令第四十号による改正前のもの）
（資産の譲渡とみなされる行為）
第七十九条法第三十三条第一項（譲渡所得）に規定する政令で定める行為は、建物若しくは構築物の所有を目的とする地上権若しくは賃借権（以下この条において「借地権」という。）又は地役権（特別高圧架空電線の架設、特別高圧地中電線若しくはガス事業法第二条第十一項（定義）に規定するガス事業者が供給する高圧のガスを通ずる導管の敷設、飛行場の設置、懸垂式鉄道若しくは跨座式鉄道の敷設又は砂防法（明治三十年法律第二十九号）第一条（定義）に規定する砂防設備である導流堤その他財務省令で定めるこれに類するもの（第一号において「導流堤等」という。）の設置、都市計画法（昭和四十三年法律第百号）第四条第十四項（定義）に規定する公共施設の設置若しくは同法第八条第一項第四号（地域地区）の特定街区内における建築物の建築のために設定されたもので、建造物の設置を制限するものに限る。以下この条において同じ。）の設定（借地権に係る土地の転貸その他他人に当該土地を使用させる行為を含む。以下この条において同じ。）のうち、その対価として支払を受ける金額が次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額の十分の五に相当する金額を超えるものとする。
一当該設定が建物若しくは構築物の全部の所有を目的とする借地権又は地役権の設定である場合（第三号に掲げる場合を除く。）その土地（借地権者にあつては、借地権。次号において同じ。）の価額（当該設定が、地下若しくは空間について上下の範囲を定めた借地権若しくは地役権の設定である場合又は導流堤等若しくは河川法（昭和三十九年法律第百六十七号）第六条第一項第三号（河川区域）に規定する遊水地その他財務省令で定めるこれに類するものの設置を目的とした地役権の設定である場合には、当該価額の二分の一に相当する金額）二、三（省略）
２、３（省略）
（借地権等の設定をした場合の譲渡所得に係る取得費）
第百七十四条第七十九条第一項（資産の譲渡とみなされる行為）に規定する借地権又は地役権（以下この条において「借地権等」という。）の設定（借地権に係る土地を他人に使用させる行為を含む。以下この条において同じ。）につき法第三十三条第一項（譲渡所得）の規定の適用がある場合において、当該設定に係る譲渡所得の金額の計算上控除する取得費は、その借地権等の設定をした土地の取得に要した金額及び改良費の額の合計額に、第一号に掲げる金額が第二号に掲げる金額のうちに占める割合を乗じて計算した金額とする。
一その借地権等の設定の対価として支払を受ける金額
二前号に掲げる金額とその借地権等の設定をされている土地（以下この条において「底地」という。）としての価額（当該土地が借地権等の設定の目的である用途にのみ使用される場合において、当該底地としての価額が明らかでなく、かつ、その借地権等の設定により支払を受ける地代があるときは、その地代の年額の二十倍に相当する金額）との合計額
２～４（省略）
（別紙２－３）
〇租税特別措置法（第三十一条につき平成二十六年法律第十号による改正前のもの、第三十九条につき平成三十年法律第七号による改正前のもの）
（長期譲渡所得の課税の特例）
第三十一条個人が、その有する土地若しくは土地の上に存する権利（以下第三十二条までにおいて「土地等」という。）又は建物及びその附属設備若しくは構築物（以下第三十二条までにおいて「建物等」という。）で、その年一月一日において所有期間が五年を超えるものの譲渡（所得税法第三十三条第一項に規定する建物又は構築物の所有を目的とする地上権又は賃借権の設定その他契約により他人に土地を長期間使用させる行為で政令で定めるものを含む。以下第三十二条までにおいて同じ。）をした場合には、当該譲渡による譲渡所得については、同法第二十二条及び第八十九条並びに第百六十五条の規定にかかわらず、他の所得と区分し、その年中の当該譲渡に係る譲渡所得の金額（同法第三十三条第三項に規定する譲渡所得の特別控除額の控除をしないで計算した金額とし、第三十二条第一項に規定する短期譲渡所得の金額の計算上生じた損失の金額があるときは、同項後段の規定にかかわらず、当該計算した金額を限度として当該損失の金額を控除した後の金額とする。以下この項及び第三十一条の四において「長期譲渡所得の金額」という。）に対し、長期譲渡所得の金額（第三項第三号の規定により読み替えられた同法第七十二条から第八十七条までの規定の適用がある場合には、その適用後の金額。以下第三十一条の三までにおいて「課税長期譲渡所得金額」という。）の百分の十五に相当する金額に相当する所得税を課する。この場合において、長期譲渡所得の金額の計算上生じた損失の金額があるときは、同法その他所得税に関する法令の規定の適用については、当該損失の金額は生じなかつたものとみなす。
２、３（省略）
（相続財産に係る譲渡所得の課税の特例）
第三十九条相続又は遺贈（贈与者の死亡により効力を生ずる贈与を含む。以下この条において同じ。）による財産の取得（相続税法又は第七十条の五若しくは第七十条の七の三の規定により相続又は遺贈による財産の取得とみなされるものを含む。第六項において同じ。）をした個人で当該相続又は遺贈につき同法の規定による相続税額があるものが、当該相続の開始があつた日の翌日から当該相続に係る同法第二十七条第一項又は第二十九条第一項の規定による申告書（これらの申告書の提出後において同法第四条に規定する事由が生じたことにより取得した資産については、当該取得に係る同法第三十一条第二項の規定による申告書。第四項第一号において「相続税申告書」という。）の提出期限（同号において「相続税申告期限」という。）の翌日以後三年を経過する日までの間に当該相続税額に係る課税価格（同法第十九条又は第二十一条の十四から第二十一条の十八までの規定の適用がある場合には、これらの規定により当該課税価格とみなされた金額）の計算の基礎に算入された資産の譲渡（第三十一条第一項に規定する譲渡所得の基因となる不動産等の貸付けを含む。以下この項、第四項及び第八項において同じ。）をした場合における譲渡所得に係る所得税法第三十三条第三項の規定の適用については、同項に規定する取得費は、当該取得費に相当する金額に当該相続税額のうち当該譲渡をした資産に対応する部分として政令で定めるところにより計算した金額を加算した金額とする。
２～１０（省略）
（別紙２－４）
〇租税特別措置法施行令
（相続財産に係る譲渡所得の課税の特例）
第二十五条の十六法第三十九条第一項に規定する譲渡をした資産に対応する部分として政令で定めるところにより計算した金額は、第一号に掲げる相続税額に第二号に掲げる割合を乗じて計算した金額とする。ただし、当該計算した金額が、当該資産の譲渡所得に係る収入金額から同項の規定の適用がないものとした場合の当該資産の取得費及びその資産の譲渡に要した費用の額の合計額を控除した残額に相当する金額を超える場合には、その残額に相当する金額とし、当該収入金額が当該合計額に満たない場合には、当該計算した金額は、ないものとする。一当該譲渡をした資産の取得の基因となつた相続又は遺贈（法第三十九条第一項に規定する遺贈をいう。第三項において同じ。）に係る当該取得をした者の同条第一項に規定する相続税法（昭和二十五年法律第七十三号）の規定による相続税額（同条第六項の規定又は第三項の規定の適用がある場合にはその適用後の金額とし、これらの相続税額に係る国税通則法第二条第四号に規定する附帯税に相当する税額を除く。）で、当該譲渡の日の属する年分の所得税の納税義務の成立する時（その時が、法第三十九条第一項に規定する相続税申告書の提出期限内における当該相続税申告書の提出の時前である場合には、当該提出の時）において確定しているもの
二前号に掲げる相続税額に係る同号に規定する者についての相続税法第十一条の二に規定する課税価格（同法第十九条又は第二十一条の十四から第二十一条の十八までの規定の適用がある場合にはこれらの規定により課税価格とみなされた金額とし、同法第十三条の規定の適用がある場合には同条の規定の適用がないものとした場合の課税価格又はみなされた金額とする。）のうちに当該譲渡をした資産の当該課税価格の計算の基礎に算入された価額の占める割合
２ 前項第一号に掲げる相続税額は、同号に規定する納税義務の成立する時後において、当該相続税額に係る相続税につき修正申告書の提出又は国税通則法第二十四条若しくは第二十六条に規定する更正があつた場合には、同号の規定にかかわらず、その申告又は更正後の相続税額とする。
３ （省略）
（別紙２－５）
〇財産評価基本通達（昭和三十九年四月二十五日付け直資五十六ほかによる国税庁長官通達）（貸家建付地の評価）
二十六貸家（九十四≪借家権の評価≫に定める借家権の目的となっている家屋をいう。以下同じ。）の敷地の用に供されている宅地（以下「貸家建付地」という。）の価額は、次の算式により計算した価額によって評価する。
「その宅地の自用地としての価額」－「その宅地の自用地としての価額」×「借地権割合」×「九十四≪借家権の評価≫に定める借家権割合」×「賃貸割合」
この算式における「借地権割合」及び「賃貸割合」は、それぞれ次による。
（１）「借地権割合」は、二十七≪借地権の評価≫の定めによるその宅地に係る借地権割合（同項のただし書に定める地域にある宅地については百分の二十とする。次項において同じ。）による。
（２） （省略）
（注略）
（借地権の評価）
二十七借地権の価額は、その借地権の目的となっている宅地の自用地としての価額に、当該価額に対する借地権の売買実例価額、精通者意見価格、地代の額等を基として評定した借地権の価額の割合（以下「借地権割合」という。）がおおむね同一と認められる地域ごとに国税局長の定める割合を乗じて計算した金額によって評価する。ただし、借地権の設定に際しその設定の対価として通常権利金その他の一時金を支払うなど借地権の取引慣行があると認められる地域以外の地域にある借地権の価額は評価しない。
（貸家建付借地権等の評価）
二十八貸家の敷地の用に供されている借地権の価額又は定期借地権等の価額は、次の算式により計算した価額によって評価する。
「二十七≪借地権の評価≫若しくは前項の定めにより評価したその借地権の価額又は二十七－二≪定期借地権等の評価≫若しくは前項の定めにより評価したその定期借地権等の価額（Ａ）」－「Ａ」×「九十四≪借家権の評価≫に定める借家権割合」×「二十六≪貸家建付地の評価≫の（２）の定めによるその家屋に係る賃貸割合」
（別紙２－６）
〇国税通則法（平成二十九年法律第四号による改正前のもの）
（当該職員の所得税等に関する調査に係る質問検査権）
第七十四条の二国税庁、国税局若しくは税務署（以下「国税庁等」という。）又は税関の当該職員（税関の当該職員にあつては、消費税に関する調査を行う場合に限る。）は、所得税、法人税、地方法人税又は消費税に関する調査について必要があるときは、次の各号に掲げる調査の区分に応じ、当該各号に定める者に質問し、その者の事業に関する帳簿書類その他の物件（税関の当該職員が行う調査にあつては、課税貨物（消費税法第二条第一項第十一号（定義）に規定する課税貨物をいう。第四号イにおいて同じ。）又はその帳簿書類その他の物件とする。）を検査し、又は当該物件（その写しを含む。次条から第七十四条の六まで（当該職員の質問検査権）において同じ。）の提示若しくは提出を求めることができる。
一所得税に関する調査次に掲げる者
イ 所得税法の規定による所得税の納税義務がある者若しくは納税義務があると認められる者又は同法第百二十三条第一項（確定損失申告）、第百二十五条第三項（年の中途で死亡した場合の確定申告）若しくは第百二十七条第三項（年の中途で出国をする場合の確定申告）（これらの規定を同法第百六十六条（非居住者に対する準用）において準用する場合を含む。）の規定による申告書を提出した者
ロ 所得税法第二百二十五条第一項（支払調書）に規定する調書、同法第二百二十六条第一項から第三項まで（源泉徴収票）に規定する源泉徴収票又は同法第二百二十七条から第二百二十八条の三の二まで（信託の計算書等）に規定する計算書若しくは調書を提出する義務がある者
ハ イに掲げる者に金銭若しくは物品の給付をする義務があつたと認められる者若しくは当該義務があると認められる者又はイに掲げる者から金銭若しくは物品の給付を受ける権利があつたと認められる者若しくは当該権利があると認められる者
二～四（省略）
２～４（省略）
第百二十六条国税に関する調査（不服申立てに係る事件の審理のための調査及び国税の犯則事件の調査を含む。）若しくは租税条約等の実施に伴う所得税法、法人税法及び地方税法の特例等に関する法律の規定に基づいて行う情報の提供のための調査に関する事務又は国税の徴収若しくは同法の規定に基づいて行う相手国等の租税の徴収に関する事務に従事している者又は従事していた者が、これらの事務に関して知ることのできた秘密を漏らし、又は盗用したときは、これを二年以下の懲役又は百万円以下の罰金に処する。
（別紙２－７）
〇国税通則法第七章の二（国税の調査）等関係通達の制定について（平成二十四年九月十二日付け課総五－九ほかによる国税庁長官通達）
一－三（「当該職員」の意義）
法第七十四条の二から法第七十四条の六までの各条の規定により質問検査等を行うことができる「当該職員」とは、国税庁等又は税関の職員のうち、その調査を行う国税に関する事務に従事している者をいう。
（別紙２－８）
〇財務省組織規則
第四百七十四条課税部の資料調査第一課及び資料調査第二課、課税第一部の資料調査課、資料調査第一課、資料調査第二課、資料調査第三課及び資料調査第四課並びに課税第二部の資料調査課、資料調査第一課、資料調査第二課及び資料調査第三課は、国税庁長官の定めるところにより、次に掲げる事務（課税総括課並びに関東信越国税局、東京国税局、名古屋国税局及び大阪国税局にあっては、統括国税実査官の所掌に属するものを除く。）を分掌する。
一所得税、法人税、地方法人税、相続税等、消費税及び印紙税の課税標準の調査並びにこれらの国税に関する検査に関する事務（令第九十二条の規定に基づく財務省令で別に定めるもの及び統括国税調査官の所掌に属するものを除く。）で、国税局長が必要があると認めた特定事項に係る事務の指導及び監督並びにこれに必要な調査及び検査に関すること。
二所得税、法人税、地方法人税、相続税等、消費税及び印紙税の課税標準の調査並びにこれらの国税に関する検査（令第九十二条の規定に基づく財務省令で別に定めるもの及び統括国税調査官の所掌に属するもの並びに第四百六十九条第二号、第四百七十条第一項第二号、第四百七十二条第二号及び前号に掲げるものを除く。）で、当該調査及び検査を受ける者の所得の金額、事業の規模及び態様又は取得した財産の価額その他の状況に照らし、国税局長が特に必要があると認めた事項に係る調査及び検査に関すること。
三～五（省略）
（別紙２－９）
〇国税庁事務分掌規則（平成十三年一月六日付け国税庁訓令第一号）
（資料調査第二課の所掌事務）
第二百九十六条資料調査第二課は、次に掲げる事務（括弧内省略）をつかさどる。一相続税等及び譲渡所得等に係る所得税等の課税標準の調査並びにこれらの国税に関する検査に関する事務（調査査察部等の省令に定めるものを除く。）で、国税局長が必要があると認めた特定事項に係る事務の指導及び監督並びにこれに必要な調査及び検査に関すること。二（省略）
三相続税等及び譲渡所得等に係る所得税等の課税標準の調査並びにこれらの国税に関する検査に関する事務（調査査察部等の省令に定めるもの並びに第二百六十六条第二号並びに第一号に掲げるものを除く。）で、当該調査及び検査を受ける者の所得の金額、事業の規模及び態様又は取得した財産の価額その他の状況に照らし、国税局長が特に必要があると認めた事項に係る調査及び検査に関すること。
四～九（省略）
（別紙２－１０）
○国家公務員法
（秘密を守る義務）
第百条職員は、職務上知ることのできた秘密を漏らしてはならない。その職を退いた後といえども同様とする。
２～５（省略）
（別紙３）
被告の主張する本件各更正処分等の根拠及び適法性
１ 本件各更正処分の根拠について
被告が本訴において主張する原告らに課されるべき本件所得税等に係る課税標準等及び納付すべき税額等は、別表１のとおりであり、その根拠は、下記（１）及び（２）のとおりである。
（１）原告甲に対する更正処分の根拠
ア 総所得金額（別表１の「原告甲」①欄の金額）７２万９８４７円
上記金額は、不動産所得の金額△５０７万０１５３円（「△」は、損失の金額を表す。以下同じ。）、給与所得の金額３３０万円及び雑所得の金額２５０万円の各金額の合計額であり、原告甲確定申告書第一表の⑨欄に記載された金額と同額（乙２の１・１枚目⑨欄）である。
なお、同申告書同表の①欄に記載された事業所得の金額△５０７万０１５３円（同号証１枚目①欄）は、不動産所得の計算上生じた損失の金額であり、本来、同申告書同表の③欄（同号証１枚目③欄）に記載すべきところ、その記載を誤ったものである（甲２の１・２枚目参照）。
イ 分離課税の長期譲渡所得（以下「分離長期譲渡所得」ということがある。）の金額（別表１の「原告甲」②欄の金額）７億８６２２万９５７０円
上記金額は、次の（ア）の金額から（イ）、（ウ）及び（エ）の各金額を控除した後の金額である。
（ア）収入金額（別表１の「原告甲」③欄及び別表２－１の「合計」⑦欄の金額）２４億７９００万円
上記金額は、原告甲に係る本件各借地権設定契約に係る権利金及び本件各建物売買契約の譲渡代金の合計額（当該金額の内訳は、別表２－１の⑦欄参照）であり、原告甲確定申告書に添付された「譲渡所得の内訳書」（乙２の２の１ないし４）の「１」「①譲渡価額」欄に記載された金額の合計額４９億５８００万円に原告甲の持分である２分の１（訴状・３ペ－ジ）の割合を乗じた金額と同額である。
（イ）取得費（別表１の「原告甲」④欄及び別表２－１の「合計」⑧欄の金額）３億９９９３万５１７５円
上記金額は、原告甲に係る本件各借地権設定契約に基づく各借地権（以下「本件各借地権」という。）及び本件各建物の取得費の合計額（当該金額の内訳は、別表２－１の⑧欄参照）であり、原告甲確定申告書に添付された「譲渡所得の内訳書」（乙２の２の１ないし４）の「２」「②取得費」欄に記載された金額（ただし、○
相と記載され
ている金額は除き、Ｅ土地については、同内訳書「２」「土地」欄の「購入・譲渡代金又は譲渡価額の５％」欄の金額（乙２の２の４・３面））の合計額７億９９８７万０３５０円に原告甲の持分である２分の１の割合を乗じた金額と同額である。
なお、原告甲は、原告甲確定申告書に添付したＥ土地の借地権の譲渡に係る「譲渡所得の内訳書」（乙２の２の４）３面において、「２（１）」の「購入・建築代金又は譲渡価額の５％」欄に、取得費を、「４６３，９０５，１０８円」と、同「２（３）」の「②取得費」欄及び「４」の「Ｂ必要経費（②＋③）」欄には、「４３６，９０５，１０８円」とそれぞれ記載しているところ、「４」の「Ｃ差引金額（Ａ－Ｂ）」欄の金額が前者の金額を基に計算され、これを基に原告甲の持分２分の１を乗じて本件所得税等の申告がされている（乙２の１・３枚目○
61 欄及び別表２－１の「合計」及び
「Ｅ土地（借地権）」の「⑤」欄参照）ことからすれば、後者の金額は、単なる転記誤りであると思料される。
（ウ）譲渡費用（別表１の「原告甲」⑤欄及び別表２－１の「合計」⑨欄の金額）４１万７５００円
上記金額は、本件各借地権設定契約及び本件各建物売買契約に係る各契約書に貼付された印紙の金額（甲１の１及び２並びに乙１の１及び２・各１枚目）の合計額８３万５０００円に原告甲の持分２分の１の割合を乗じた金額である（当該金額の内訳は、別表２－１の⑨欄参照）。
（エ）取得費加算額（別表１の「原告甲」⑥欄及び別表２－１の「合計」⑩欄の金額）１２億９２４１万７７５５円
上記金額は、原告甲の本件譲渡所得の金額の計算上加算される取得費加算額であり、当該金額の内訳及び計算過程は、別表３－１の⑤ないし⑩欄のとおりである。
ウ 所得から差し引かれる金額の合計額（別表１の「原告甲」⑦欄の金額）
２３７万０２１７円
上記金額は、原告甲確定申告書第一表の㉕欄に記載された金額と同額（乙２の１・１枚目㉕欄）である。
エ 課税される所得金額
（ア）課税総所得金額（別表１の「原告甲」⑧欄の金額）０円
上記金額は、前記アの総所得金額７２万９８４７円から、前記ウの所得から差し引かれる金額の合計額２３７万０２１７円を控除した後の金額（ただし、控除しきれない場合は零。所得税法８７条２項及び措置法３１条３項３号参照。）である。
（イ）分離課税の課税長期譲渡所得（以下「課税分離長期譲渡所得」ということがある）の金額（別表１の「原告甲」⑨欄の金額）７億８４５８万９０００円
上記金額は、前記イの分離長期譲渡所得の金額７億８６２２万９５７０円から前記（ア）での所得から差し引かれる金額の残額１６４万０３７０円を控除した金額である（ただし、通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）。
オ 納付すべき税額（別表１の「原告甲」⑮欄の金額）１億２００７万９０００円上記金額は、次の（ア）及び（イ）の各金額の合計額から（ウ）の金額を差し引いた金額である（ただし、東日本大震災からの復興のための施策を実施するために必要な財源の確保に関する特別措置法（以下「復興財源確保法」という。）２４条２項の規定により１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）。
（ア）課税分離長期譲渡所得の金額に対する税額（別表１の「原告甲」⑪欄の金額）１億１７６８万８３５０円
上記金額は、前記エ（イ）の課税分離長期譲渡所得の金額７億８４５８万９０００円に措置法３１条１項に規定する税率１００分の１５を乗じて算出した金額である。
（イ）復興特別所得税額（別表１の「原告甲」⑬欄の金額）２４７万１４５５円上記金額は、前記エ（ア）の課税総所得金額（０円）に対する税額０円（別表１の「原告甲」⑩欄）及び前記（ア）の金額の合計額１億１７６８万８３５０円に復興財源確保法１３条に規定する１００分の２．１の税率を乗じて算出した金額である。
（ウ）源泉徴収税額（別表１の「原告甲」⑭欄の金額）８万０８００円
上記金額は、原告甲確定申告書第一表の㊹欄に記載された金額と同額（乙２の１・１枚目㊹欄）である。
（２）原告乙に対する更正処分の根拠
ア 総所得金額（別表１の「原告乙」①欄の金額）△３９５万６２７１円
上記金額は、不動産所得の金額△５５２万６２７１円及び給与所得の金額１５７万円の各金額の合計額であり、原告乙確定申告書第一表の①欄及び⑥欄に記載された金額の合計額と同額（乙３の１・１枚目①及び⑥欄。なお、乙３の１・１枚目の⑨欄の金額は、江東西税務署の職員が補完記入したものである。）である。
なお、同申告書同表の①欄に記載された事業所得の金額△５５２万６２７１円（同号証１枚目①欄）は、不動産所得の計算上生じた損失の金額であり、本来、同申告書同表の③欄に記載すべきところ、その記載を誤ったものである（甲２の２・２枚目参照）。
イ 分離長期譲渡所得の金額（別表１の「原告乙」②欄の金額）７億８６２２万９５６４円上記金額は、次の（ア）の金額から（イ）、（ウ）及び（エ）の各金額を控除した後の金額である。
（ア）収入金額（別表１の「原告乙」③欄及び別表２－２の「合計」⑦欄の金額）２４億７９００万円
上記金額は、原告乙に係る本件各借地権設定契約に係る権利金及び本件各建物売買契約の譲渡代金の合計額（当該金額の内訳は、別表２－２の⑦欄参照）であり、原告乙確定申告書に添付された「譲渡所得の内訳書」（乙３の２の１ないし４）の「１」「①譲渡価額」欄に記載された金額の合計額４９億５８００万円に原告乙の持分である２分の１（訴状・３ペ－ジ）の割合を乗じた金額と同額である。
（イ）取得費（別表１の「原告乙」④欄及び別表２－２の「合計」⑧欄の金額）３億９９９３万５１７５円
上記金額は、原告乙に係る本件各借地権及び本件各建物に係る取得費の合計額（当該金額の内訳は、別表２－２の⑧欄参照）であり、原告乙確定申告書に添付された「譲渡所得の内訳書」（乙３の２の１ないし４）「２」「②取得費」欄に記載された金額（ただし、○
相と記載されている金額は除き、Ｅ土地については、同内訳書「２」「土
地」欄の「購入・譲渡代金又は譲渡価額の５％」欄の金額（乙３の２の４・３面））の合計額７億９９８７万０３５０円に原告乙の持分である２分の１の割合を乗じた金額と同額である。
なお、上記「譲渡取得の内訳書」は、原告甲が本件所得税等の申告書に添付した「譲渡所得の内訳書」（乙２の２の１ないし４）と同じ内容であるところ、Ｅ土地の借地権の譲渡に係る「譲渡取得の内訳書」（乙３の２の４）の取得費に転記誤りがあることは、前記（１）イ（イ）で述べたとおりである。
（ウ）譲渡費用（別表１の「原告乙」⑤欄及び別表２－２の「合計」⑨欄の金額）４１万７５００円
上記金額は、本件各借地権設定契約及び本件各建物売買契約に係る各契約書に貼付された印紙の金額（甲１の１及び２並びに乙１の１及び２・各１枚目）の合計額８３万５０００円に原告乙の持分２分の１の割合を乗じた金額であり、当該金額の内訳は、別表２－２の⑨欄のとおりである。
（エ）取得費加算額（別表１の「原告乙」⑥欄及び別表２－２の「合計」⑩欄の金額）１２億９２４１万７７６１円
上記金額は、原告乙の本件譲渡所得の金額の計算上加算される取得費加算額であり、当該金額の内訳及び計算過程は、別表３－２の⑤ないし⑩欄のとおりである。
ウ 所得から差し引かれる金額の合計額（別表１の「原告乙」⑦欄の金額）
５３万７２５９円
上記金額は、原告乙確定申告書第一表の㉕欄に記載された金額と同額（乙３の１・１枚目㉕欄）である。
エ 課税される所得金額
（ア）課税総所得金額（別表１の「原告乙」⑧欄の金額）０円
前記アの総所得金額が損失であることから、課税総所得金額は０円である。
（イ）課税分離長期譲渡所得の金額（別表１の「原告乙」⑨欄の金額）
７億８５６９万２０００円
上記金額は、前記イの分離長期譲渡所得の金額７億８６２２万９５６４円から前記ウの所得から差し引かれる金額の合計額５３万７２５９円を控除した金額である（ただし、通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）。
オ 納付すべき税額（別表１の「原告乙」⑮欄の金額）１億２０１８万０４００円上記金額は、次の（ア）及び（イ）の各金額の合計額から（ウ）の金額を差し引いた金額である（ただし、復興財源確保法２４条２項の規定により１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）。
（ア）課税分離長期譲渡所得の金額に対する税額（別表１の「原告乙」⑪欄の金額）１億１７８５万３８００円
上記金額は、前記エ（イ）の課税分離長期譲渡所得の金額７億８５６９万２０００円に措置法３１条１項に規定する税率１００分の１５を乗じて算出した金額である。
（イ）復興特別所得税額（別表１の「原告乙」⑬欄の金額）２４７万４９２９円上記金額は、前記エ（ア）の課税総所得金額（０円）に対する税額０円（別表１の「原告乙」⑩欄）及び前記（ア）の金額の合計額１億１７８５万３８００円に復興財源確保法１３条に規定する１００分の２．１の税率を乗じて算出した金額である。
（ウ）源泉徴収税額（別表２の「原告乙」⑭欄の金額）１４万８２５０円
上記金額は、原告乙申告書第一表の㊹欄に記載された金額と同額（乙３の１・１枚目㊹欄）である。
２ 本件各更正処分の適法性について
被告が本訴において主張する原告らの本件所得税等に係る納付すべき税額は、前記１（１）オ及び（２）オ（別表１の⑮欄の各金額）のとおりであるところ、本件各更正処分における原告らの納付すべき税額（甲３の１及び乙５・各２７枚目「裁決後の額Ｂ」㊲欄の各金額）は、これと同額であることから、本件各更正処分は適法である。
３ 本件各賦課決定処分の根拠及び適法性について
（１）本件各賦課決定処分の根拠
前記２のとおり、本件各更正処分はいずれも適法であるところ、原告らは、本件各確定申告書に係る申告において、本件所得税等を過少に申告していたものであり、そのことについて通則法６５条４項（平成２８年法律第１５号による改正前のもの）に規定する正当な理由は存しないから、次のア及びイのとおり、同条１項の規定により過少申告加算税が課されることになる。
ア 原告甲に対する賦課決定処分
原告甲に課される過少申告加算税の額は、原告甲に対する更正処分により原告甲が新たに納付すべきこととなった税額２１２３万円（前記１（１）オの原告甲の納付すべき税額１億２００７万９０００円から、原告甲確定申告書における納付すべき税額９８８４万８４００円（乙２の１・１枚目㊼欄）を控除した後の金額につき、復興財源確保法２４条６項及び通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に、通則法６５条１項（平成２８年法律第１５号による改正前のもの。以下同じ。）の規定に基づき１００分の１０の割合を乗じて算出した金額２１２万３０００円となる。
イ 原告乙に対する賦課決定処分
原告乙に課される過少申告加算税の額は、原告乙に対する更正処分により原告乙が新たに納付すべきこととなった税額２１２３万円（前記１（２）オの原告乙の納付すべき税額１億２０１８万０４００円から、原告乙確定申告書における納付すべき税額９８９４万９９００円（乙３の１・１枚目㊼欄）を控除した後の金額につき、復興財源確保法２４条６項及び通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に、通則法６５条１項の規定に基づき１００分の１０の割合を乗じて算出した金額２１２万３０００円となる。
（２）本件各賦課決定処分の適法性
被告が本訴において主張する原告らに課されるべき過少申告加算税の額は、前記（１）ア及びイのとおりであるところ、本件各賦課決定処分における原告らの過少申告加算税の額（甲３の１及び乙５・各２７枚目「裁決後の額Ｂ」㊹欄の各金額）は、これと同額であることから、本件各賦課決定処分は適法である。
以上
別表１所得税額等の計算
（単位：円）
区分
原告甲
原告乙
総所得金額
①
729,847
△3,956,271
分離長期譲渡所得の金額（③－④－⑤－⑥）
②
786,229,570
786,229,564
②の内訳
収入金額
③
2,479,000,000
2,479,000,000
取得費
④
399,935,175
399,935,175
譲渡費用
⑤
417,500
417,500
取得費加算額
⑥
1,292,417,755
1,292,417,761
所得から差し引かれる金額の合計額
⑦
2,370,217
537,259
課税総所得金額（①－⑦（損失の場合は零））
⑧
課税分離長期譲渡所得の金額
（②－⑦（⑧での控除後の残額））
⑨
784,589,000
785,692,000
算出税額
⑧に対する税額
⑩
⑨に対する税額
⑪
117,688,350
117,853,800
小計（⑩＋⑪）
⑫
117,688,350
117,853,800
復興特別所得税額（⑫×2.1％）
⑬
2,471,455
2,474,929
源泉徴収税額
⑭
80,800
148,250
納付すべき税額（⑫＋⑬－⑭）
⑮
120,079,000
120,180,400
過少申告加算税の額
⑯
2,123,000
2,123,000
（注）１原告乙の①欄の△印は、損失の金額を表す。以下同じ。
２ ③ないし⑥欄の各金額の内訳は、別表２－１及び２の各⑦ないし⑩欄のとおりである。
３ ⑨欄の金額は、１，０００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額である。
４ ⑮欄の金額は、１００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額である。
別表２－１本件所得税等に係る分離長期譲渡所得の金額の計算（原告甲）
（単位：円）
項目
合計
Ｅ土地
（借地権）
Ｇ土地
（借地権）
Ｆビル
Ｈビル
確定申告額
収入金額
①
2,479,000,000
1,623,000,000
823,000,000
5,000,000
28,000,000
取得費
②
399,935,175
231,952,554
104,942,451
28,659,252
34,380,918
譲渡費用
③
取得費加算額
④
1,431,461,068
1,036,943,327
394,517,741
差引金額
（①－（②＋③＋④））
⑤
647,603,757
354,104,119
323,539,808
△23,659,252
△6,380,918
分離長期譲渡所得の金額
（⑤欄の各金額の合計額）
⑥
647,603,757
647,603,757
被告主張額
収入金額
⑦
2,479,000,000
1,623,000,000
823,000,000
5,000,000
28,000,000
取得費
⑧
399,935,175
231,952,554
104,942,451
28,659,252
34,380,918
譲渡費用
⑨
417,500
200,000
200,000
2,500
15,000
取得費加算額
⑩
1,292,417,755
931,595,644
360,822,111
差引金額
（⑦－（⑧＋⑨＋⑩））
⑪
786,229,570
459,251,802
357,035,438
△23,661,752
△6,395,918
分離長期譲渡所得の金額
（⑪欄の各金額の合計額）
⑫
786,229,570
786,229,570
（注）１②欄及び⑧欄の金額は、それぞれ④欄及び⑩欄の金額を加算する前の取得費に相当する金額を表す。
２ ⑩欄の各金額は、別表３－１の⑩欄の各金額である。
別表２－２本件所得税等に係る分離長期譲渡所得の金額の計算（原告乙）
（単位：円）
項目
合計
Ｅ土地
（借地権）
Ｇ土地
（借地権）
Ｆビル
Ｈビル
確定申告額
収入金額
①
2,479,000,000
1,623,000,000
823,000,000
5,000,000
28,000,000
取得費
②
399,935,175
231,952,554
104,942,451
28,659,252
34,380,918
譲渡費用
③
取得費加算額
④
1,431,461,068
1,036,943,327
394,517,741
差引金額
（①－（②＋③＋④））
⑤
647,603,757
354,104,119
323,539,808
△23,659,252
△6,380,918
分離長期譲渡所得の金額
（⑤欄の各金額の合計額）
⑥
647,603,757
647,603,757
被告主張額
収入金額
⑦
2,479,000,000
1,623,000,000
823,000,000
5,000,000
28,000,000
取得費
⑧
399,935,175
231,952,554
104,942,451
28,659,252
34,380,918
譲渡費用
⑨
417,500
200,000
200,000
2,500
15,000
取得費加算額
⑩
1,292,417,761
931,595,648
360,822,113
差引金額
（⑦－（⑧＋⑨＋⑩））
⑪
786,229,564
459,251,798
357,035,436
△23,661,752
△6,395,918
分離長期譲渡所得の金額
（⑪欄の各金額の合計額）
⑫
786,229,564
786,229,564
（注）１②欄及び⑧欄の金額は、それぞれ④欄及び⑩欄の金額を加算する前の取得費に相当する金額を表す。
２ ⑩欄の各金額は、別表３－２の⑩欄の各金額である。
別表３－１取得費加算額の計算（原告甲）
（単位：円）
項目
Ｅ土地
（借地権）
Ｇ土地
（借地権）
申告額
相続税評価額
①
2,090,466,193
795,343,371
相続税の課税価格
②
4,623,996,227
相続税額
③
2,293,661,600
取得費加算額
（③×①／②）
④
1,036,943,327
394,517,741
被告主張額
本件相続税原告甲減額更正処分
における相続税評価額
⑤
2,087,155,935
808,389,364
借地権の割合
⑥
0.9
譲渡した相続財産の相続税評価額
（⑤×⑥）
⑦
1,878,440,342
727,550,428
本件相続税原告甲減額更正処分
における相続税の課税価格
⑧
4,616,003,411
本件相続税原告甲減額更正処分
における相続税額
⑨
2,289,265,500
取得費加算額
（⑨×⑦／⑧）
⑩
931,595,644
360,822,111
（注）１⑤欄の各金額は、それぞれ乙７の３・２枚目５（２）の各金額に、原告甲の持分である２分の１の割合を乗じた金額である。
２ ⑧欄の金額は、相続税法１１条の２に規定する課税価格（ただし、同法１３条の規定の適用がないものとした課税価格）であり、別表４「更正処分」の「原告甲」①欄の金額である。
３ ⑨欄の金額は、別表４「更正処分」の「原告甲」⑧欄の金額である。
別表３－２取得費加算額の計算（原告乙）
（単位：円）
項目
E 土地
（借地権）
G 土地
（借地権）
申告額
相続税評価額
①
2,090,466,193
795,343,371
相続税の課税価格
②
4,623,996,210
相続税額
③
2,293,661,600
取得費加算額
（③×①／②）
④
1,036,943,327
394,517,741
被告主張額
本件相続税原告乙減額更正処分に
おける相続税評価額
⑤
2,087,155,935
808,389,364
借地権の割合
⑥
0.9
譲渡した相続財産の
相続税評価額
（⑤×⑥）
⑦
1,878,440,342
727,550,428
本件相続税原告乙減額更正処分に
おける相続税の課税価格
⑧
4,616,003,392
本件相続税原告乙減額更正処分に
おける相続税額
⑨
2,289,265,500
取得費加算額
（⑨×⑦／⑧）
⑩
931,595,648
360,822,113
（注）１⑤欄の各金額は、それぞれ乙７の３・２枚目５（２）の各金額に、原告乙の持分である２分の１の割合を乗じた金額である。
２ ⑧欄の金額は、相続税法１１条の２に規定する課税価格（ただし、同法１３条の規定の適用がないものとした課税価格）であり、別表４「更正処分」の「原告乙」①欄の金額である。
３ ⑨欄の金額は、別表４「更正処分」の「原告乙」⑧欄の金額である。
別表４本件相続税の課税の経緯
（単位：円）
区分
平成27 年12 月16 日申告
平成28 年3 月14 日申告
（いわゆる訂正申告）
更正処分
平成29 年12 月26 日付
合計額
原告甲
原告乙
合計額
原告甲
原告乙
合計額
原告甲
原告乙
取得財産の価額
①
9,357,018,838 4,678,509,427 4,678,509,411 9,247,992,437 4,623,996,227 4,623,996,210 9,232,006,803 4,616,003,411 4,616,003,392債務及び葬式費用の金
額②
604,356,388
302,178,245
302,178,143
603,585,388
301,792,745
301,792,643
603,585,388
301,792,745
301,792,643
差引純資産価額
（①－②）
③
8,752,662,450 4,376,331,182 4,376,331,268 8,644,407,049 4,322,203,482 4,322,203,567 8,628,421,415 4,314,210,666 4,314,210,749課税価格
④
8,752,662,000 4,376,331,000 4,376,331,000 8,644,406,000 4,322,203,000 4,322,203,000 8,628,420,000 4,314,210,000 4,314,210,000相続税の総額
⑤
4,646,864,100
4,587,323,300
4,578,531,000
あん分割合
⑥
1.00
0.50
0.50
1.00
0.50
0.50
1.00
0.50
0.50
各人の算出税額
⑦
2,323,432,050 2,323,432,050
2,293,661,650 2,293,661,650
2,289,265,500 2,289,265,500
納付すべき相続税額
⑧
4,646,864,000 2,323,432,000 2,323,432,000 4,587,323,200 2,293,661,600 2,293,661,600 4,578,531,000 2,289,265,500 2,289,265,500別表７－１課税処分等の経緯（原告甲）
（単位：円）
区分
確定申告
更正処分
審査請求
裁決
平成28 年3 月14 日
平成30 年5 月29 日
付
平成30 年8 月7 日
令和元年7 月5 日
総所得金額
①
729,847
729,847
729,847
729,847
分離長期譲渡所得の金額
(③－④－⑤－⑥)
②
647,603,757
786,647,064
647,603,757
786,229,570
②の内訳
収入金額
③
2,479,000,000
2,479,000,000
2,479,000,000
2,479,000,000
取得費
④
399,935,175
399,935,175
399,935,175
399,935,175
譲渡費用
⑤
417,500
取得費加算額
⑥
1,431,461,068
1,292,417,755
1,431,461,068
1,292,417,755
所得から差し引かれる
金額の合計額
⑦
2,370,217
2,370,217
2,370,217
2,370,217
課税総所得金額
(①－⑦(損失の場合は零))
⑧
課税分離長期譲渡所得の金額
(②－⑦(⑧での控除後の残
額))
⑨
645,963,000
785,006,000
645,963,000
784,589,000
算出税額
⑧に対する税額
⑩
⑨に対する税額
⑪
96,894,450
117,750,900
96,894,450
117,688,350
小計
(⑩+⑪)
⑫
96,894,450
117,750,900
96,894,450
117,688,350
復興特別所得税額
(⑫×2.1%)
⑬
2,034,783
2,472,768
2,034,783
2,471,455
源泉徴収税額
⑭
80,800
80,800
80,800
80,800
納付すべき税額(⑫+⑬－⑭)
⑮
98,848,400
120,142,800
98,848,400
120,079,000
過少申告加算税の額
⑯
2,129,000
2,123,000
（注）１⑨欄の金額は、１０００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額である。
２ ⑮欄の金額は、１００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額である。
３ 「更正処分」の②欄の金額は、正しくは７８６，６４７，０７０円であった（甲２の１・２ペ－ジ「３」の柱書き、同③ないし⑥欄参照）が、平成３０年５月２９日付け平成２７年分所得税及び復興特別所得税の更正・加算税の賦課決定通知書（甲２の１）４ペ－ジ目別表「更正後の額」の⑦欄に転記を誤ったものである。ただし、端数処理の結果、課税標準及び税額に影響はない。別表７－２課税処分等の経緯（原告乙）
（単位：円）
区分
確定申告
更正処分
審査請求
裁決
平成28 年3 月14 日
平成30 年6 月12 日
付
平成30 年8 月7 日
令和元年7 月5 日
総所得金額
①
△3,956,271
△3,956,271
△3,956,271
△3,956,271
分離長期譲渡所得の金額
（③－④－⑤－⑥）
②
647,603,757
786,647,064
647,603,757
786,229,564
②の内訳
収入金額
③
2,479,000,000
2,479,000,000
2,479,000,000
2,479,000,000
取得費
④
399,935,175
399,935,175
399,935,175
399,935,175
譲渡費用
⑤
417,500
取得費加算額
⑥
1,431,461,068
1,292,417,761
1,431,461,068
1,292,417,761
所得から差し引かれる
金額の合計額
⑦
537,259
537,259
537,259
537,259
課税総所得金額
（①（損失の場合は零））
⑧
課税分離長期譲渡所得の金額
（②－⑦）
⑨
647,066,000
786,109,000
647,066,000
785,692,000
算出税額
⑧に対する税額
⑩
⑨に対する税額
⑪
97,059,900
117,916,350
97,059,900
117,853,800
小計（⑩＋⑪）
⑫
97,059,900
117,916,350
97,059,900
117,853,800
復興特別所得税額
（⑫×2.1％）
⑬
2,038,257
2,476,243
2,038,257
2,474,929
源泉徴収税額
⑭
148,250
148,250
148,250
148,250
納付すべき税額
（⑫＋⑬－⑭）
⑮
98,949,900
120,244,300
98,949,900
120,180,400
過少申告加算税の額
⑯
2,129,000
2,123,000
（注）１①欄の△印は、損失の金額を表す。
２ ⑨欄の金額は、１０００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額である。
３ ⑮欄の金額は、１００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額である。
別表５－１～別表６－２省略
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/90962/detail5/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2021/pdf/13617.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。