税務訴訟資料第２７０号－１２６（順号１３４８６）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（昭和税務署長）
令和２年１１月２６日一部認容・棄却・控訴
判決
原告Ａ株式会社
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士藤枝純
同田中昌利
同南繁樹
同須藤希祥
同遠藤努
同小宮慶久
被告国
同代表者法務大臣上川陽子
処分行政庁昭和税務署長
中村猛文
指定代理人別紙１指定代理人目録のとおり
主文
１ 昭和税務署長が平成２４年３月２７日付けで原告に対してした平成１８年４月１日から平成１９年３月３１日までの事業年度に係る法人税の更正処分（ただし、平成２６年１月２８日付け減額更正及び平成２８年６月２１日付け裁決により一部取り消された後のもの。）のうち納付すべき税額■■■■■■■■■■■円を超える部分及び同更正処分に伴う過少申告加算税の賦課決定処分（ただし、平成２６年１月２８日付け変更決定及び上記裁決により一部取り消された後のもの。）のうち税額■■■■■■■■■円を超える部分をいずれも取り消す。
２ 昭和税務署長が平成２４年３月２７日付けで原告に対してした平成１９年４月１日から平成２０年３月３１日までの事業年度に係る法人税の更正処分（ただし、平成２６年１月２８日付け減額更正及び平成２８年６月２１日付け裁決により一部取り消された後のもの。）のうち納付すべき税額■■■■■■■■■■■円を超える部分及び同更正処分に伴う過少申告加算税の賦課決定処分（ただし、平成２６年１月２８日付け変更決定及び上記裁決により一部取り消された後のもの。）のうち税額■■■■■■■■■■円を超える部分をいずれも取り消す。
３ 昭和税務署長が平成２４年３月２７日付けで原告に対してした平成２０年４月１日から平成２１年３月３１日までの事業年度に係る法人税の更正処分（ただし、平成２６年１月２８日付け減額更正により一部取り消された後のもの。）のうち納付すべき税額■■■■■■■■■■■■■円を超える部分及び同更正処分に伴う過少申告加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
４ 昭和税務署長が平成２４年３月２７日付けで原告に対してした平成２１年４月１日から平成２２年３月３１日までの事業年度に係る法人税の更正処分のうち納付すべき税額■■■■■■■■■■■■円を超える部分及び同更正処分に伴う過少申告加算税の賦課決定処分のうち税額■■■■■■■■■■円を超える部分をいずれも取り消す。
５ 原告のその余の請求をいずれも棄却する。
６ 訴訟費用は、これを６分して、その１を原告の負担とし、その余は被告の負担とする。
第１ 請求
１ 主文第１項と同旨
２ 昭和税務署長が平成２４年３月２７日付けで原告に対してした平成１９年４月１日から平成２０年３月３１日までの事業年度に係る法人税の更正処分（ただし、平成２６年１月２８日付け減額更正及び平成２８年６月２１日付け裁決により一部取り消された後のもの。）のうち納付すべき税額■■■■■■■■■■■円を超える部分及び同更正処分に伴う過少申告加算税の賦課決定処分（ただし、平成２６年１月２８日付け変更決定及び上記裁決により一部取り消された後のもの。）のうち税額■■■■■■■■■円を超える部分をいずれも取り消す。
３ 主文第３項と同旨
４ 昭和税務署長が平成２４年３月２７日付けで原告に対してした平成２１年４月１日から平成２２年３月３１日までの事業年度に係る法人税の更正処分のうち納付すべき税額■■■■■■■■■■■円を超える部分及び同更正処分に伴う過少申告加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要
セラミックス製品の製造を主たる事業とする内国法人である原告は、ディーゼル車用の微粒子除去フィルター（炭化ケイ素を原料とするセラミックス製ディーゼル・パティキュレート・フィルター〔ＤｉｅｓｅｌＰａｒｔｉｃｕｌａｔｅＦｉｌｔｅｒ〕。以下、同フィルターを「ＤＰＦ」といい、セラミックス製ＤＰＦのうち炭化ケイ素を原料とするものを「ＳｉＣ－ＤＰＦ」といい、原告及びその関係会社が製造販売するＳｉＣ－ＤＰＦを「本件製品」という。）の製造に関する特許権やノウハウ等の無形資産を有していたところ、ＳｉＣ－ＤＰＦは、ヨーロッパ連合（以下「ＥＵ」という。）において設けられた自動車の排ガス規制の基準を満たすために有用なものであった。
原告は、ポーランド共和国（以下「ポーランド」という。）に、間接子会社であるＢ（以下「本件国外関連者」という。また、同社の通称である「Ｃ」〔Ｃの略〕と表記することがある。）を設立し、本件国外関連者との間で上記無形資産の使用に関するライセンス契約を締結した（以下、同契約を「本件ライセンス契約」といい、同契約に係る取引を「本件国外関連取引」という。）。本件国外関連者は、上記無形資産を使用して本件製品を製造し、これを原告の間接子会社を通じて、ヨーロッパの自動車メーカーに販売した。
原告は、平成１９年３月期（平成１８年４月１日から平成１９年３月３１日までの事業年度をいい、他の事業年度についても同様に表記する。）から平成２２年３月期までの各事業年度（以下「本件各事業年度」という。）に係る法人税の確定申告に際し、本件国外関連取引（本件ライセンス契約）の対価であるロイヤルティの額（以下「本件対価額」という。）を収益の額に算入した。これに対し、昭和税務署長（処分行政庁）は、本件対価額が、租税特別措置法（平成１９年３月期については平成１９年法律第６号による改正前のもの、その余の事業年度については平成２２年法律第６号による改正前のもの。以下、これらを包括して「措置法」という。）６６条の４第２項２号ロ、租税特別措置法施行令（平成１９年３月期については平成１９年政令第９２号による改正前のもの、その余の事業年度については平成２２年政令第５８号による改正前のもの。以下、これらを包括して「措置法施行令」という。）３９条の１２第８項１号に定める方法により算定した独立企業間価格に満たないことを理由に、措置法６６条の４第１項に定める国外関連者との取引に係る課税の特例の規定により、本件国外関連取引が独立企業間価格で行われたものとみなされるとし、原告の本件各事業年度の所得金額に独立企業間価格と本件対価額との差額を加算すべきであるとして、法人税の各更正処分及びこれらに伴う過少申告加算税の各賦課決定処分をした。本件は、原告が、被告を相手に、これらの処分の全部又は一部の取消しを求める事案である。
なお、以下においては、昭和税務署長が原告に対してした上記各更正処分（ただし、平成１９年３月期及び平成２０年３月期については平成２６年１月２８日付け減額更正及び平成２８年６月２１日付け裁決〔以下「本件裁決」という。〕により一部取り消された後のもの、平成２１年３月期については平成２６年１月２８日付け減額更正により一部取り消された後のもの。）を「本件各更正処分」といい、個別の事業年度に係る更正処分を示すときは「平成１９年３月期更正処分」などという。また、上記各賦課決定処分（ただし、平成１９年３月期及び平成２０年３月期については平成２６年１月２８日付け変更決定及び本件裁決により一部取り消された後のもの。）を「本件各賦課決定処分」といい、個別の事業年度に係る賦課決定処分を示すときは「平成１９年３月期賦課決定処分」などという。そして、本件各更正処分と本件各賦課決定処分を併せて「本件各処分」という。
また、以下においては、国名や法人名について特に定義しないまま略称を用いることがあるほか、証拠番号を掲記する際に枝番の表記を省略することがある。
１ 関係法令等
本件に関係する措置法（ただし、平成２２年法律第６号による改正前のもの。）の定めは別紙２－１、措置法施行令（ただし、平成２２年政令第５８号による改正前のもの。）の定めは別紙２－２のとおりである。
また、租税特別措置法関係通達（法人税編、乙１４）については、平成１９年３月期につき平成１９年改正前のもの、その余の事業年度につき平成２２年改正前のものが適用され（以下、これらを包括して「措置法通達」という。）、平成１３年６月１日付け査調７－１ほか「移転価格事務運営要領の制定について（事務運営指針）」（乙１９）については、平成１９年３月期につき平成１９年改正前のもの、平成２０年３月期につき平成２０年改正前のもの、その余の事業年度につき平成２２年改正前のものが適用される（以下、これらを包括して「事務運営指針」という。）。
なお、本件の争点に関しては、法令及び通達のいずれについても、上記各改正の前後で有意な差異はない。
（１）移転価格税制について
ア 措置法６６条の４第１項は、法人が国外関連者（外国法人で、当該法人との間にいずれか一方の法人が他方の法人の発行済株式〔又は出資〕の総数〔又は総額〕の１００分の５０以上を直接又は間接に保有する関係その他の政令で定める特殊の関係のあるものをいう。）との間で、資産の販売・購入、役務の提供その他の取引（以下「国外関連取引」という。）を行った場合に、当該法人が当該国外関連者から支払を受ける対価の額が独立企業間価格（当該国外関連取引につき、特殊の関係のない者〔以下「非関連者」という。〕との間で、同様の状況下で行われた場合に成立するであろう合意に係る価格をいい、その算定方法は同条２項各号に規定されている。）に満たないときは、当該法人の当該事業年度の所得に係る法人税法その他法人税に関する法令の規定の適用については、当該国外関連取引は独立企業間価格で行われたものとみなされる旨を定めている。そして、内国法人の各事業年度における所得の金額は、当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額である（法人税法２２条１項）ところ、措置法６６条の４第１項の適用により上記のとおり当該国外関連取引が独立企業間価格で行われたものとみなされることにより、独立企業間価格と当該国外関連取引における実際の対価の額との差額が、当該事業年度の益金の額に加算されることになる。
イ 国際的な経済交流の発展に伴い、企業の多国籍化が進み、グループ間の取引が増大しているところ、このようなグループ内の関連企業間における取引について、その取引の当事者たる企業が、それぞれ異なる国で事業活動を行い別個の課税管轄に属する場合に、相互に独立した企業間の取引において通常設定される対価の額と異なる取引価格を設定するときには、本来一方の企業の所得となるべきであった経済的利益が他方の企業に移転されることにより、その移転元の企業の課税管轄に係る国の課税権が侵害されるという問題が生ずる。
先進各国では、こうした移転価格の問題に対処するために、国家間の課税権の適正な調整の観点から、現実の取引価格ではなく、独立企業間価格で取引が行われたと仮定した場合に得られる当該企業の所得に即して課税を行う制度（以下「移転価格税制」という。）を導入しており、我が国も、昭和６１年税制改正により、法人間の国際取引に関して移転価格税制を導入した（乙８）。
また、ＯＥＣＤ（経済協力開発機構）租税委員会では、移転価格税制に関する継続的な議論がされており、１９９５年（平成７年）に「多国籍企業及び税務当局のための移転価格の算定に関する指針」（以下「ＯＥＣＤガイドライン」という。）が公表されて以降、順次改定が行われ、２０１０年（平成２２年）には独立企業間価格の算定方法についての見直しをする改定がされた（乙８、９。以下、ＯＥＣＤガイドラインの改定の経緯に合わせ、例えば同年版のＯＥＣＤガイドラインを示す場合には、「２０１０年版ガイドライン」などという。）。
（２）独立企業間価格の算定方法について
ア 措置法６６条の４第１項に規定する「独立企業間価格」について、同条２項は、国外関連取引が同項各号に掲げる取引のいずれに該当するかに応じ当該各号に定める方法により算定した金額をいうと規定し、同項１号において、典型的な取引形態として棚卸資産の販売又は購入に関する独立企業間価格の算定方法を定め（後記イ参照）、同項２号において、それ以外の取引に関する算定方法を定めている（後記ウ参照）。
（長文のため、ここでは本文の冒頭のみを掲載しています。全文はこのページの表示後に読み込まれます。原本は原本PDFをご覧ください。）
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/91910/detail5/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2020/pdf/13486.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。