主文
１ 原告の請求を棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求の趣旨
被告が沖縄県に対して令和４年４月２８日付け国水政第１８号「埋立地用途変更・設計概要変更承認申請について（指示）」をもって行った地方自治法２４５条の７第１項に基づく是正の指示を取り消す。
第２ 事案の概要等
１ 沖縄防衛局は、沖縄県宜野湾市所在の普天間飛行場の代替施設を同県名護市辺野古沿岸域に設置するための公有水面の埋立て（以下「本件埋立事業」という。）につき、原告（沖縄県知事）から、平成２５年１２月２７日付けで公有水面埋立法（以下｢埋立法｣という。）４２条１項所定の承認（以下「本件承認処分」という。）を受けており、その後、原告に対し、令和２年４月２１日付けで、上記事業に係る埋立地用途変更・設計概要変更承認申請（以下「本件変更承認申請」という。）をしたが、令和３年１１月２５日付けで、不承認処分（以下「本件変更不承認処分」という。）を受けた。これに対し、沖縄防衛局が行政不服審査法（以下「行審法」という。）に基づく審査請求（以下「本件審査請求」という。）をしたところ、被告（国土交通大臣）は、令和４年４月８日付けの裁決（以下「本件裁決」という。）により、本件変更不承認処分を取り消した。また、被告は、沖縄県に対し、地方自治法２４５条の７第１項に基づき、令和４年４月２８日付けで、本件変更承認申請について承認するよう是正の指示（以下「本件是正の指示」という。）をした。原告は、本件裁決及び本件是正の指示に不服があるとして、国地方係争処理委員会に対し、それぞれ審査申出をしたが、同委員会は、前者につき却下する旨の決定を行い、後者につき本件是正の指示は違法でないと認める旨の決定をした（以下、後者の決定を「本件決定」という。）。
本件は、原告が、本件決定を不服として、地方自治法２５１条の５第１項に基づき、本件是正の指示が違法な国の関与であると主張し、その取消しを求める事案である。
２ 関係法令等の定め
関係法令等の定めは、別紙２のとおりである（同別紙中の略語は本文中においても使用する。）。
３ 前提事実（当事者間に争いのない事実又は後掲証拠及び弁論の全趣旨によって容易に認められる事実）
本件承認処分
ア 国は、アメリカ合衆国軍隊が使用する普天間飛行場につき、同国との間で、一定の措置を講じた後に返還される旨を合意し、その後、同飛行場の代替施設を名護市辺野古沿岸域に設置することとした（乙Ａ３）。
イ 沖縄防衛局は、名護市辺野古の辺野古崎地区及びこれに隣接する水域に上記代替施設を設置するため、平成２５年３月２２日、沖縄県知事に対し、埋立法４２条１項に基づき、同地区に隣接する水域の公有水面の埋立ての承認を求めて、公有水面埋立承認願書を提出した（乙Ａ１。以下、上記願書を「本件願書」といい、本件願書による承認を求める出願を「本件出願」という。）。
ウ 本件埋立ての用途、規模等は、以下のとおりである（乙Ａ１〜３）。用途、土地利用計画普天間飛行場の代替施設として離着陸施設、エプロン、管理・整備施設等及び作業ヤー
ド用地を設ける。
埋立地の規模約２平方ｋｍ（代替施設の施設面積）
埋立面積約１．６平方ｋｍ
滑走路約１２００ｍ（オーバーラン６００ｍ）２本
エ 原告（仲井眞弘多知事（当時。以下「仲井眞知事」という。））は、平成２５年１２月２７日付けで、沖縄防衛局に対し、埋立法４２条１項に基づく承認（本件承認処分）をした（乙Ａ４）。
本件承認処分には、①「工事の実施設計について事前に県と協議を行うこと」、②「実施設計に基づき環境保全対策、環境監視調査及び事後調査などについて詳細検討し県と協議を行うこと。なお、詳細検討及び対策等の実施にあたっては、各分野の専門家・有識者から構成される環境監視等委員会（仮称）を設置し助言を受ける」ことなどを内容とする留意事項が付された。上記②を受けて、平成２６年４月１１日、環境保全措置及び事後調査等に関する検討内容の合理性・客観性を確保するため、科学的・専門的助言を得ることを目的として、十数名の学識経験者を委員とする「普天間飛行場代替施設建設事業に係る環境監視等委員会」（以下単に「環境監視等委員会」という。）が設置された。環境監視等委員会は、同月以降、現在（口頭弁論終結時）までに合計４０回にわたり開催され、環境保全措置等に関する検討を行い、検討に供された資料と議事要旨がウェブサイトで公表されている。（以上につき、乙Ａ４、弁論の全趣旨）
本件承認処分の取消し
ア 原告（翁長雄志知事（当時。以下「翁長知事」という。））は、平成２７年１０月１３日付けで、沖縄防衛局に対し、本件承認処分に瑕疵があるとして、本件承認処分を取り消した（以下「前件取消し」という。乙Ａ１３）。
イ 被告は、平成２８年３月１６日、前件取消しが違法であるとして、沖縄県に対して前件取消しを取り消すよう是正の指示をしたが、その執行機関である原告（翁長知事）がこれに従わなかったため、国地方係争処理委員会での審査を経て、同年７月２２日、是正の指示に従わずに前件取消しを取り消さないことは違法であるとして、不作為の違法確認訴訟を提起した。最高裁判所は、同年１２月２０日、本件埋立事業が埋立法４条１項１号の要件（以下「第１号要件」という。）及び２号の要件（以下「第２号要件」という。）に適合するとした本件承認処分に係る原告（仲井眞知事）の判断に違法又は不当があるということはできない旨等を判示して、原告（翁長知事）が前件取消しを取り消さないことが違法であることを確認した原審判決に対する原告の上告を棄却する旨の判決（最高裁平成２８年（行ヒ）第３９４号同年１２月２０日第二小法廷判決・民集７０巻９号２２８１頁。以下「平成２８年最高裁判決」という。）を言い渡した（乙Ａ１５）。原告（翁長知事）は、平成２８年最高裁判決を受けて、同月２６日、前件取消しを取り消した（乙Ａ１６）。
本件承認処分の撤回処分
ア 沖縄防衛局は、本件承認処分の後に実施した土質調査により、辺野古崎地区の東側部分（以下「大浦湾側」という。）の水域の海底地盤に粘性土及び中間土が堆積していることが判明したことを踏まえ、所要の箇所に、本件願書に記載された設計の概要に含まれていない内容の地盤改良工事を追加して行うことなどを決定した（乙Ａ５〜８）。
イ 原告（翁長知事）は、上記アなどの事後的に判明した事実からすると、埋立承認の要件を充足していないものと認められるなどとしていたところ、沖縄県副知事は、沖縄県知事の職務代理者の委任に基づき、平成３０年８月３１日付けで、沖縄防衛局に対し、承認後の事情を理由として本件承認処分を取り消す処分（以下「前件撤回処分」という。）をした（乙Ａ１７）。これに対し、沖縄防衛局が審査請求（乙Ａ１８）をしたところ、被告は、平成３１年４月５日付けの裁決（以下「前件裁決」という。）により、前件撤回処分を取り消した（乙Ａ１９）。
ウ 原告は、前件裁決に不服があるとして、平成３１年４月２２日付けで、地方自治法２５０条の１３第１項に基づき、国地方係争処理委員会に対し、審査の申出をした（乙Ａ２０）。
国地方係争処理委員会は、令和元年６月１７日付けで、前件裁決は「国の関与」に当たらず同委員会の審査の対象とならないとして、同申出を却下する決定をした（乙Ａ２１）。
エ 原告は、上記ウの決定に不服があるとして、令和元年７月１７日、地方自治法２５１条の５第１項に基づき、前件裁決の取消しを求める訴えを提起した（以下、かかる訴えに基づく訴訟につき、審級を問わず、「前件関与取消訴訟」という。）。
最高裁判所は、令和２年３月２６日、埋立法４２条１項に基づく埋立ての承認は、国の機関が行審法７条２項にいう「固有の資格」において相手方となるものということはできないとして、原告の訴えを却下した原審判決に対する原告の上告を棄却する旨の判決（最高裁令和元年（行ヒ）第３６７号同２年３月２６日第一小法廷判決・民集７４巻３号４７１頁。以下「令和２年最高裁判決」という。）を言い渡した（乙Ａ２４）。本件変更承認申請
ア 技術検討会における検討
防衛省は、沖縄県副知事が前件撤回処分をした後、本件変更承認申請を行うに先立って、本件変更承認申請において予定していた設計等の内容につき、技術的・専門的見地から提言・助言等を得ることを目的として、「普天間飛行場代替施設建設事業に係る技術検討会」（以下「技術検討会」という。）を設け、委員として８名の学識経験者を委嘱した。上記の検討会は、令和元年９月から令和２年４月までの間、６回にわたり開催され、護岸や埋立地等の設計・施工・維持管理に関する検討を行い、検討に供された資料と議事録はウェブサイトで公表された。（甲１８（第１回）、乙Ａ５１（第２回）、Ａ４５（第３回）、Ａ４０（第４回）、Ａ５８（第５回）、Ａ７４（第６回））
イ 沖縄防衛局は、令和２年４月２１日付けで、埋立法４２条３項において準用する同法１３条ノ２第１項に基づき、原告に対し、本件変更承認申請をした（乙Ａ５〜７、２５〜３０。以下、同申請に係る申請書（乙Ａ５）を「本件変更承認申請書」という。）。
本件変更承認申請は、「埋立地ノ用途ノ変更」及び「設計ノ概要ノ変更」（埋立法１３条ノ２）から成り、本件願書からの主な変更点は以下のとおりである（乙Ａ５〜７。以下「本件変更部分」という。）。
「埋立地ノ用途ノ変更」作業ヤードに供する埋立地の取りやめによる削除
「設計ノ概要ノ変更」①地盤改良工事の追加、②これに伴う設
計・施工の合理化のための変更
ウ 本件変更承認申請書の概要
埋立地の用途の変更
施工計画を見直した結果、普天間飛行場代替施設（約１５２．５ｈａ）の建設においてその作業ヤードに供するために造成することとしていた辺野古地区地先の埋立地（約４．６ｈａ）が必要なくなったことから、埋立区域につき、名護市辺野古地区地先の位置（地番）、面積を削除し、埋立地の用途につき、名護市辺野古地区地先の配置及び規模を削除した（乙Ａ５〔１～３頁〕）。
設計の概要の変更
設計の概要の変更の内容は、上記の埋立ての取りやめに伴い、当該埋立てに関する部分を削除したほか、以下のとおりである。
① 護岸、堤防、岸壁その他これらに類する工作物の種類及び構造本件承認処分の後に実施した土質調査の結果を踏まえ、地盤改良を追加したことに伴い、設計について再検討し、合理化した結果、Ａ護岸、Ｃ護岸、護岸（係船機能付）などにつき、海底地形や地層構成を踏まえた工区分けをするとともに、地盤改良が必要と確認された工区に地盤改良を追加し、想定される沈下量を考慮した天端高に変更した（乙Ａ５〔５〜８、１４、１５頁〕）。
② 埋立てに関する工事の施行方法
埋立工法につき、本件承認処分の後に実施した土質調査の結果を踏まえ、地盤改良を追加したことに伴い、設計について再検討するとともに、工法についても合理化した結果、施行を合理化するため、一部の埋立区域について、護岸により外海と遮断する前に、濁りの拡散防止に配慮した工法で埋立てを行うこととした（乙Ａ５〔１６、１７頁〕）。
エ 設計概要説明書の概要
地盤改良工事の追加（乙Ａ６〔１頁〕）
本件承認処分の後に実施した土質調査により、地盤改良が必要となることが明らかになったことに伴い、所要の箇所に地盤改良を追加して行うこととした。
本件埋立事業においては、海底地盤の地盤改良を行うに際して、海上施行が可能であることや、事業実施区域の特殊性を考慮し、Ｃ－１護岸からＣ－３護岸まで（Ｃ－２護岸の一部を除く。）及び護岸（係船機能付）直下の地盤改良については、地盤の安定性を確保するとともに、供用開始後の残留沈下量を低減させることを目的として、サンドコンパクションパイル（ＳＣＰ）工法によることとした。
また、埋立地内及びＡ護岸の地盤改良については、サンドドレーン（ＳＤ）工法によることとし、水深が浅い範囲の地盤改良については、ペーパードレーン（ＰＤ）工法又はＳＤ工法によることとした。護岸の設計及び施行の合理化（乙Ａ６〔１、２頁〕）
（長文のため、ここでは本文の冒頭のみを掲載しています。全文はこのページの表示後に読み込まれます。原本は原本PDFをご覧ください。）
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/92089/detail4/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。
出典：「訟務重要判例集データベース」（法務省）（https://shoumudatabasep.moj.go.jp/hanreiSearch/HanreiSearch）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。訟務月報69巻11号1073頁。