令和５年２月１７日判決言渡同日原本領収裁判所書記官
令和元年（行ウ）第５３９号法人税等更正処分等取消請求事件、更正をすべき理由がない旨の通知処分取消請求事件
主文
１ Ａ税務署長が平成３０年５月３０日付けで原告に対してした、別紙２の３処分一覧表３記載の各処分をいずれも取り消す。
２ Ａ税務署長が平成３１年４月２４日付けで原告に対してした、別紙２の４処分一覧表４記載の各処分をいずれも取り消す。
３ 訴訟費用は被告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ Ａ税務署長が平成３０年５月３０日付けで原告に対してした、別紙２の１処分一覧表１記載の各処分をいずれも取り消す。
２ Ａ税務署長が平成３１年４月２４日付けで原告に対してした、別紙２の２処分一覧表２記載の各処分をいずれも取り消す。
３ 主文第１項と同旨
４ 主文第２項と同旨
第２ 事案の概要等
本件は、一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（以下「整備法」という。）４２条２項に定める特例民法法人から、整備法４５条に基づく内閣府の認可及び移行の登記を経て一般財団法人へと移行した原告が、処分行政庁に対し、平成２３年４月１日から平成２４年３月３１日までの事業年度又は課税事業年度（以下「平成２４年３月期」といい、他の事業年度又は課税事業年度についてもその終期に応じて同様に表記する。）から平成３０年３月期まで（以下「本件各事業年度」という。）の法人税、復興特別法人税及び地方法人税（以下「法人税等」という。）の確定申告をしたところ、①処分行政庁から、平成２５年３月期、平成２６年３月期、平成２７年３月期及び平成２９年３月期の法人税等について、有価証券譲渡益の計上漏れを理由とする更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分を受けたことから、同各更正処分のうち同理由による増額更正部分及び同各賦課決定処分の取消しを求め、②処分行政庁に対し、本件各事業年度の法人税等について、減価償却額の計上の誤りを理由とする更正の請求をしたが、いずれについても更正をすべき理由がない旨の通知処分を受けたことから、同各通知処分の取消しを求めるとともに、③上記①の各更正処分のうち有価証券譲渡益の計上漏れを理由とする増額更正部分及び減価償却額の計上の誤りを理由とする減額更正処分がされるべき部分並びに上記①の各賦課決定処分の取消しを求め、④上記②の各通知処分のうち、上記①の各更正処分の対象とされていない平成２４年３月期、平成２８年３月期及び平成３０年３月期の法人税等の更正の請求に係る更正をすべき理由がない旨の通知処分の取消しを求めている事案である。
なお、請求の趣旨第３項及び第４項の請求は、同第２項の請求のうち、上記①の各更正処分の対象とされている事業年度又は課税事業年度の法人税等の更正の請求に係る更正をすべき理由がない旨の通知処分の取消しを求める部分は、訴えの利益を欠く不適法なものであるとする被告の主張を踏まえた請求であり、請求の趣旨第１項及び第２項の請求と同第３項及び第４項の請求とは、選択的併合である。
１ 関係法令の定め等
法令の定め
本件に関係する法令の定めは、別紙３関係法令の定めのとおりである。なお、同別紙において定めた略称等は、以下においても用いることとする。公益法人制度の概要
整備法による改正前の民法（以下「旧民法」という。）３４条は、学術、技芸、慈善、祭祀、宗教その他の公益に関する社団又は財団であって、営利を目的としないものは、主務官庁の許可を得て、法人とすることができる旨規定しており、平成２０年法律第２３号による改正前の法人税法２条６号及び別表第二は、旧民法３４条の規定により設立された公益法人（社団法人又は財団法人）は、法人税法上の公益法人等に該当するものとしていた。整備法の制定及びこれに伴う上記民法等の改正により、旧民法３４条に基づき設立された公益法人は、平成２０年１２月１日から５年間の移行期間は、特例民法法人として、既存と同様の規律の下で存続できることとされ（整備法４０条１項、４２条１項）、その移行期間内に、公益社団法人若しくは公益財団法人への移行の認定の申請又は一般社団法人若しくは一般財団法人（以下「一般社団法人等」という。）への移行の認可の申請が必要となり（整備法４４条、４５条）、移行が認められなかった法人や移行の申請を行わなかった法人については、移行期間満了の日に解散したものとみなされることとなった（整備法４６条）。上記のような特例民法法人は、法人税法２条６号に定める公益法人等とみなされていたが（所得税法等の一部を改正する法律（平成２０年法律第２３号）附則１０条１項）、特例民法法人が認可を受けて一般社団法人等（非営利型法人に該当するものを除く。）に移行した場合、法人税法上も、公益法人等から、同法２条９号に定める普通法人に移行することになる。
一般社団法人等への移行の認可を受けようとする特例民法法人は、当該認可を受けたときに解散するものとした場合において旧民法７２条の規定によれば当該特例民法法人の目的に類似する目的のために処分し、又は国庫に帰属すべきものとされる残余財産の額に相当するものとして当該特例民法法人の貸借対照表上の純資産額を基礎として内閣府令で定めるところにより算定した額が内閣府令で定める額を超える場合には、内閣府令で定めるところにより、当該算定した額（公益目的財産額）に相当する金額を公益の目的のために支出することにより零とするための計画（公益目的支出計画）を作成しなければならないこととされている（整備法１１９条１項）。
公益法人等の普通法人への移行に係る税制の概要
ア 移行日の属する事業年度における清算的な課税
法人税法上の公益法人等が普通法人に移行する場合、移行日前の収益事業以外の事業（以下「非収益事業」という。）から生じた所得の金額又は欠損金額の累積額としてそれぞれ政令で定めるところにより計算した金額（累積所得金額又は累積欠損金額。以下、併せて「累積所得金額等」という。）に相当する金額は、移行日の属する事業年度の所得の金額の計算上、益金又は損金の額に算入される（同法６４条の４第１項）。これにより、移行前の公益法人等としての非収益事業から生じた所得の累積額等につき、清算的な課税がされることとなる。
ただし、特例民法法人である公益法人等が普通法人に移行する場合には、移行日以後に公益の目的のために支出される金額として政令で定める金額は、累積所得金額から控除し、又は累積欠損金額に加算することとされている（法人税法６４条の４第３項、施行令１３１条の５第１項３号）。これにより、当該政令で定める金額については、清算的な課税の対象から除外されることとなる。
イ 移行日の属する事業年度以後の各事業年度における課税
特例民法法人である公益法人等から移行した普通法人は、公益目的支出計画に従い、公益目的財産額に相当する金額から、各事業年度末日における公益目的収支差額（整備法施行規則２３条２項）を減算した額である公益目的財産残額が零になるまで、公益目的支出を続けることとなる（整備法１１９条１項、２項、１２３条、１２４条）。そして、移行日の属する事業年度以後の各事業年度においては、公益目的支出の額（整備法１１９条２項１号）が公益目的支出計画に係る公益事業から生ずる実施事業収入の額（同項２号）を超えるときは、その超える部分の金額（支出超過額）は、調整公益目的財産残額（施行令１３１条の５第７項）を超えない限り、当該法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入されない（同条５項）。他方、実施事業収入の額が公益目的支出の額を超えるとき（調整公益目的財産残額がある場合に限る。）は、その超える部分の金額（収入超過額）は、当該法人の各事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入されない（同条６項）。このような課税関係は、当該法人が、公益目的財産残額が零となったとして認可行政庁から受ける、公益目的支出計画の実施が完了したことの確認（整備法１２４条）に係る事業年度まで継続される。
２ 前提事実
原告の法人格等
原告は、Ｂ寺伝承の文化等を興隆する事業を行い、広く国民の教化善導を図ること等を目的とする一般財団法人である（甲１）。
原告は、整備法４２条２項に定める特例民法法人であったが、整備法４５条に基づく内閣府の認可を受け、平成２３年２月３日（以下「本件移行日」という。）に登記を経て、一般財団法人へと移行するとともに、その名称を現在のものへと変更した（以下、同移行前の原告を「移行前の原告」、同移行後の原告を「移行後の原告」ということがある。）。
移行前の原告の最終の事業年度は、平成２２年４月１日から本件移行日の前日である平成２３年２月２日までであった（以下「移行前最終事業年度」という。）。また、移行後の原告の最初の事業年度は同月３日（本件移行日）から同年３月３１日まで（以下「平成２３年３月期」という。）であったが、その後の事業年度は毎年４月１日から翌年３月３１日までである。原告における本件移行日前後の会計処理等
ア 有価証券に関する会計処理等
原告の保有する有価証券
原告は、本件移行日より前に、別紙４の１から３までの「本件各譲渡有価証券譲渡損益計算一覧」の「銘柄」欄記載の有価証券（以下「本件各譲渡有価証券」という。）を、「移行前取得価額②」欄記載の金額の対価を支払うなどして取得し、本件移行日の前日の時点で、これらを非収益事業に属する資産として保有していた（以下、本件各譲渡有価証券を含め、本件移行日の前日の時点で原告が非収益事業に属する資産として保有していた有価証券を「本件各移行有価証券」といい、移行前の原告がこれを取得した対価の額を「移行前取得価額」という。）。
原告は、本件移行日より前には、本件各移行有価証券につき、移行前取得価額をもってその帳簿価額としていた。
有価証券の評価替え
原告は、本件各移行有価証券につき、平成２３年３月１３日及び同年４月１３日、平成２２年４月１日付けの会計処理として、同日の時価に基づいて算出した評価損を計上し、さらに、平成２３年３月２１日及び同年４月１３日、本件移行日の前日である同年２月２日付けの会計処理として、同日の時価に基づいて算出した評価損を計上した。これらの会計処理を行う前は、原告の貸借対照表上の本件各譲渡有価証券の帳簿価額は移行前取得価額であったが、これらの会計処理を行った結果、別紙４の１から３までの「本件各譲渡有価証券譲渡損益計算一覧」の「被告主張譲渡原価の額⑤」欄記載の金額（以下「本件各譲渡有価証券処理後価額」という。）となった。
有価証券の譲渡等
原告は、本件各譲渡有価証券のうち、別紙４の１「本件各譲渡有価証券譲渡損益計算一覧（平成２５年３月期）」の「銘柄」欄記載の有価証券を平成２５年３月期に、別紙４の２「本件各譲渡有価証券譲渡損益計算一覧（平成２６年３月期）」の「銘柄」欄記載の有価証券を平成２６年３月期に、別紙４の３「本件各譲渡有価証券譲渡損益計算一覧（平成２７年３月期）」の「銘柄」欄記載の有価証券を平成２７年３月期に、各「譲渡対価の額①」欄記載の金額（以下「本件各譲渡有価証券譲渡対価額」という。）の対価をもって譲渡し、又はその償還を受けた。前記の評価損が計上された後、上記の譲渡又は償還（以下、併せて「譲渡等」という。）までの間に、本件各譲渡有価証券の帳簿価額が変動したことはなく、また、原告が本件各譲渡有価証券と同一の銘柄の有価証券を取得したこともなかったため、上記の各譲渡等の時点における本件各譲渡有価証券の帳簿価額は、本件各譲渡有価証券処理後価額であった。
イ 減価償却資産に関する会計処理
原告の保有する減価償却資産
原告は、本件移行日の前日の時点で、減価償却資産（以下、本件移行日の前日の時点で原告が保有していた減価償却資産を「本件各減価償却資産」という。）を保有しており、その帳簿価額（以下「本件各減価償却資産処理前価額」という。）の合計額は１８０億９７２９万１２８２円であった。本件各減価償却資産の中には、本件移行日の前日の時点で、収益事業に属していた減価償却資産（以下「本件各収益事業帰属減価償却資産」という。）と、非収益事業に属していた減価償却資産（以下「本件各移行減価償却資産」という。）との双方が含まれていた。
（長文のため、ここでは本文の冒頭のみを掲載しています。全文はこのページの表示後に読み込まれます。原本は原本PDFをご覧ください。）
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/92219/detail5/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2023/pdf/13818.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。