令和７年４月１６日判決言渡
令和５年（ネ）第１０１０７号損害賠償請求控訴事件（原審・東京地方裁判所令和２年（ワ）第８６４２号）
口頭弁論終結日令和７年１月２９日
判決
控訴
人アムジエン・インコーポレーテツド
同訴訟代理人弁護士大
野聖二
同山
口裕司
同多
田宏文
同盛
田真智子
同補佐人弁理士森
田裕
同大
栗由美被控訴
人サ
ノフィ株式会社
同訴訟代理人弁護士三
村量一
同東
崎賢治
同中
島慧
同安
部智貴
同訴訟代理人弁理士南
条雅裕
同補佐人弁理士瀬
田あや子
同伊
波興一朗
主文
１ 本件控訴を棄却する。
２ 控訴費用は控訴人の負担とする。
３ この判決に対する上告及び上告受理申立てのための付加期間を３０日と定める。
事実及び理由
以下、略称等は、特に断らない限り、原判決の表記による。また、原判決中の「原告」、「被告」はそれぞれ「控訴人」、「被控訴人」に読み替える。
第１ 控訴の趣旨
１ 原判決を取り消す。
２ 被控訴人は、控訴人に対し、１０億円及びこれに対する令和２年６月２３日から支払済みまで年５分の割合による金員を支払え。
第２ 事案の概要
１ 本件は、いずれも発明の名称を「プロタンパク質コンベルターゼスブチリシンケクシン９型（ＰＣＳＫ９）に対する抗原結合タンパク質」とする特許第５７０５２８８号の特許（「本件特許１」）及び特許第５９０６３３３号の特許（「本件特許２」。本件特許１と併せて「本件特許」）に係る特許権（「本件特許権」）を有する控訴人（一審原告）が、被控訴人（一審被告）の販売等に係る原判決別紙１物件目録記載の製品（「プラルエント®（英語名：Praluent®）」。「被控訴人製品」）は本件特許に係る発明の技術的範囲に属するから、その販売等は本件特許権をいずれも侵害する行為であると主張して、被控訴人に対し、不法行為に基づく損害賠償請求として、損害の一部である１０億円及びこれに対する令和２年６月２３日（訴状送達の日の翌日）から支払済みまで民法（平成２９年法律第４４号による改正前のもの）所定の年５分の割合による遅延損害金の支払を求める事案である（令和２年３月３１日訴え提起）。
原判決（令和５年９月２８日判決言渡）は、①「１５個のＰＣＳＫ９のコア残基の大部分を認識する結合中和抗体」を意味するものと解される「ＥＧＦａミミック抗体」は、本件特許の発明に含まれるが、本件特許の明細書には、ＥＧＦａミミック抗体及びその具体的な作製方法が記載されておらず、当業者において、本件特許の明細書の記載及び本件特許出願当時の技術常識によっては、これを作製できないから、本件特許は、サポート要件及び実施可能要件に違反し、特許無効審判により無効にされるべきものであって（特許法１２３条１項４号）、控訴人は、被控訴人に対し、本件特許権を行使することができない、②控訴人が訂正の再抗弁において主張する訂正によっては、上記①のサポート要件違反及び実施可能要件違反の無効理由は解消しないから、訂正の再抗弁は成り立たないとして、控訴人は、被控訴人に対し、本件特許権侵害の不法行為に基づく損害賠償請求権を有しないと判断し、控訴人の請求を棄却した。控訴人が、原判決を不服として控訴した。
２ 前提事実（当事者間に争いがないか、掲記した証拠（枝番の記載を省略したものは枝番を含む。以下同じ。）又は弁論の全趣旨により容易に認められる事実）⑴当事者
控訴人は、医薬品等の製造、販売及び輸出等を業とし、米国法に準拠して設立された法人である。
被控訴人は、医薬品等の製造、販売、輸入等を業とする株式会社である。⑵本件特許権
控訴人は、以下の特許（本件特許）に係る特許権（本件特許権）を有する。
ア 本件特許１
特許番号特許第５７０５２８８号
登録日平成２７年３月６日
出願番号特願２０１３－１９５２４０号
出願日平成２５年９月２０日（特願２０１０-５２２０８４号の分割）原出願日平成２０年８月２２日
優先日平成１９年８月２３日、同年１２月２１日、平成２０年１月９日、同年８月４日（各日を併せて「本件優先日」）
発明の名称プロタンパク質コンベルターゼスブチリシンケクシン９型（ＰＣＳＫ９）に対する抗原結合タンパク質
イ 本件特許２
特許番号特許第５９０６３３３号
登録日平成２８年３月２５日
出願番号特願２０１５－３３０５４号
出願日平成２７年２月２３日（特願２０１３-１９５２４０号の分割）原出願日平成２０年８月２２日
優先日本件優先日
発明の名称プロタンパク質コンベルターゼスブチリシンケクシン９型（ＰＣＳＫ９）に対する抗原結合タンパク質
ウ 本件明細書
本件特許１に係る願書添付の明細書及び図面（併せて「本件明細書１」）及び本件特許２に係る願書添付の明細書及び図面（併せて「本件明細書２」。本件明細書１及び２を併せて「本件明細書」。段落番号は、本件明細書１及び２において同一である。）には、原判決別紙２及び本判決別紙１のとおりの記載がある（甲２、４）。
⑶第一次各無効審判及び本件訂正
ア 被控訴人の親会社であるフランス法人サノフィ社は、本件特許それぞれについて特許無効審判（本件特許１につき無効２０１６－８００００４号、本件特許２につき無効２０１６－８０００６６号。以下、これらを併せて「第一次各無効審判」という。）を請求した。
控訴人は、第一次各無効審判請求事件において、いずれも平成２９年５月８日付け訂正請求書（甲１１）により、本件特許に係る特許請求の範囲の訂正を請求した（「本件訂正」）。本件訂正後の本件特許１及び本件特許２の特許請求の範囲は、それぞれ、以下のとおりである（本件訂正により、本件特許１の請求項２ないし請求項８は削除され、本件特許２の請求項２ないし請求項４も削除された。）。
(ｱ) 本件特許１
【請求項１】ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合を中和することができ、ＰＣＳＫ９との結合に関して、配列番号４９のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域を含む重鎖と、配列番号２３のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域を含む軽鎖とを含む抗体と競合する、単離されたモノクローナル抗体。
（「配列番号４９のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域を含む重鎖と、配列番号２３のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域を含む軽鎖とを含む抗体」は「２１Ｂ１２抗体」）
【請求項９】請求項１に記載の単離されたモノクローナル抗体を含む、医薬組成物。
（請求項９に記載の発明は「本件発明１」）。
(ｲ) 本件特許２
【請求項１】ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合を中和することができ、ＰＣＳＫ９との結合に関して、配列番号６７のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域を含む重鎖と、配列番号１２のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域を含む軽鎖とを含む抗体と競合する、単離されたモノクローナル抗体。
（「配列番号６７のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域を含む重鎖と、配列番号１２のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域を含む軽鎖とを含む抗体」は「３１Ｈ４抗体」。「２１Ｂ１２抗体」と「３１Ｈ４抗体」を併せて「参照抗体」）
【請求項５】請求項１に記載の単離されたモノクローナル抗体を含む、医薬組成物。
（請求項５に記載の発明は「本件発明２」。本件発明１及び２を併せて「本件発明」）。
イ 特許庁は、平成２９年８月２日、第一次各無効審判請求事件につき、いずれも本件訂正を認めた上で、本件特許１に関しては「請求項１、９に係る発明についての審判請求は成り立たない。」などとする審決を（無効２０１６－８００００４号）、本件特許２に関しては「請求項１、５に係る発明についての審判請求は成り立たない。」などとする審決を（無効２０１６－８０００６６号）、それぞれ行った（甲１２）。
⑷第１回各審決取消訴訟
サノフィ社は、第一次各無効審判請求事件の各審決につき、それぞれ、審判請求は成り立たないとした部分の取消しを求める訴訟（本件特許１につき、知的財産高等裁判所（以下「知財高裁」という。）平成２９年（行ケ）第１０２２５号審決取消請求事件。本件特許２につき、同第１０２２６号審決取消請求事件。以下、これらを併せて「第１回各審決取消訴訟」という。原判決でいう「別件審決取消訴訟」）を提起したが、知財高裁は、各事件について、平成３０年１０月１０日、口頭弁論を終結し、同年１２月２７日、サノフィ社の請求を棄却する判決を言い渡した（甲１３）。
サノフィ社は、同判決を不服として上告受理申立てをしたが、最高裁判所（以下「最高裁」という。）は、令和２年４月２４日、上告不受理決定をし、同判決は確定した（甲１７）。
⑸構成要件の分説
本件発明を構成要件に分説すると、以下のとおりである。
ア 本件発明１（前記⑶ア(ｱ)【請求項９】）
ＡＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合を中和することができ、ＢＰＣＳＫ９との結合に関して、２１Ｂ１２抗体と競合する、
Ｃ単離されたモノクローナル抗体
Ｄを含む、医薬組成物。
イ 本件発明２（前記⑶ア(ｲ) 【請求項５】）
ＡＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合を中和することができ、Ｂ’ＰＣＳＫ９との結合に関して、３１Ｈ４抗体と競合する、
Ｃ単離されたモノクローナル抗体
Ｄを含む、医薬組成物。
⑹被控訴人製品
ア 製造販売承認の取得等
被控訴人は、被控訴人製品について、平成２８年７月４日付けで厚生労働大臣から医薬品製造販売承認を得、同年８月３１日付けで薬価基準収載された被控訴人製品を、遅くとも同年９月５日より輸入し、販売し、販売の申出をした（ただし、被控訴人による被控訴人製品の製造の有無及び現在までの輸入、販売、販売の申出の継続の有無については当事者間に争いがある。）。
イ 構成
被控訴人製品の構成は、以下のとおりである（被控訴人製品に含まれる抗体は「アリロクマブ」又は「３１６Ｐ抗体」という。）。
ＡＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合を阻害し、
ＢＰＣＳＫ９との結合に関して、２１Ｂ１２抗体と競合し、
Ｂ’ＰＣＳＫ９との結合に関して、３１Ｈ４抗体と競合する、
Ｃ単離されたモノクローナル抗体
Ｄを含む、医薬組成物。
⑺差止訴訟
控訴人は、平成２９年に、被控訴人に対し、本件特許権に基づき被控訴人製品の譲渡等の差止め等を求める訴訟（東京地方裁判所（以下「東京地裁」という。）平成２９年（ワ）第１６４６８号特許権侵害差止請求事件。以下「差止訴訟」という。原判決でいう「前訴」）を提起した。これについて、東京地裁は、平成３１年１月１７日、被控訴人に対し、被控訴人製品の譲渡等の差止め等を命じる判決を言い渡した（甲１４）。
これに対して被控訴人が控訴したところ（知財高裁平成３１年（ネ）第１００１４号特許権侵害差止請求控訴事件）、知財高裁は、令和元年７月３日に控訴審の口頭弁論を終結し、同年１０月３０日、被控訴人の控訴を棄却する判決を言い渡した（甲１５）。
これに対する被控訴人の上告受理申立事件につき、令和２年４月２４日、最高裁が上告不受理決定をした（甲１６）ことにより、東京地裁の上記判決は確定した。
⑻第二次各無効審判及び第２回各審決取消訴訟
リジェネロン・ファーマシューティカルズ・インコーポレイテッド（以下「リジェネロン」という。）は、令和２年２月１２日、本件特許について特許無効審判（本件特許１につき無効２０２０－８０００１１号、本件特許２につき無効２０２０－８０００１２号。以下、これらを併せて「第二次各無効審判」という。）を請求した。特許庁は、令和３年４月７日、第二次各無効審判請求事件につき、いずれも無効審判請求は成り立たない旨の審決をした（甲２２）。
これに対し、リジェネロンは、令和３年８月１３日、上記各審決の取消しを求める訴訟（本件特許１につき、知財高裁令和３年（行ケ）第１００９３号審決取消請求事件。本件特許２につき、同第１００９４号審決取消請求事件。以下、これらを併せて「第２回各審決取消訴訟」という。）を提起した。第２回各審決取消訴訟について、知財高裁は、令和４年１１月７日、口頭弁輪を終結し、令和５年１月２６日、本件特許の特許請求の範囲の記載はいずれもサポート要件に適合するものとは認められないとして、上記各審決をそれぞれ取り消す旨の判決を言い渡した（乙５１の１・２）。
控訴人は、これらの判決に対して上告及び上告受理申立てをしたが、最高裁において、令和５年９月１４日、上告棄却及び上告不受理決定がされ（乙６５の１・２）、上記判決は確定し、第二次各無効審判に係る審判手続が再開した。
控訴人は、再開した第二次各無効審判手続において、令和５年１０月２３日付けで、本件特許１及び２の特許請求の範囲、本件明細書に関し、本件訴訟で主張する訂正の再抗弁における訂正の内容と同内容の訂正請求（本件訴訟で主張する訂正の再抗弁における訂正及びこの訂正請求に係る訂正は「本件再訂正」）をした（甲６６）。
再開した第二次各無効審判手続について、特許庁の審決は出されていない。⑼本件再訂正
ア 本件再訂正の内容は、次のとおりである。
(ｱ) 本件特許１について
ａ 特許請求の範囲の記載
各請求項に下線部を追加し、請求項９を独立項とする。
【請求項１】ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合を中和することができ、ＰＣＳＫ９との結合に関して、配列番号４９のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域を含む重鎖と、配列番号２３のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域を含む軽鎖とを含む参照抗体と競合する、単離されたモノクローナル抗体。
（本件再訂正後の本件特許１の請求項１に記載された発明は「本件再訂正発明１－１」）
【請求項９】ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合を中和することができ、ＰＣＳＫ９との結合に関して、配列番号４９のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域を含む重鎖と、配列番号２３のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域を含む軽鎖とを含む参照抗体と競合する、単離されたモノクローナル抗体であって、
前記モノクローナル抗体のＦａｂ断片がＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタ
ンパク質の結合を中和することができ、かつ、前記モノクローナル抗体のＦａｂ断片が、ＰＣＳＫ９との結合に関して、上記参照抗体のＦａｂ断片と競合することができる、単離されたモノクローナル抗体を含む、医薬組成物。
（本件再訂正後の本件特許１の請求項９に記載された発明は「本件再訂正発明１－２」。「本件再訂正発明１－１」と「本件再訂正発明１－２」を併せて「本件再訂正発明１」）
ｂ 本件明細書１の記載
(a) 本件明細書１の段落【０１３８】について、以下のとおり、取消線部分を削除し、本件再訂正後の本件特許１の請求項１及び請求項９記載の発明の「中和」の意義を限定する。
「『中和抗原結合タンパク質』又は『中和抗体』という用語は、リガンドに結合し、そのリガンドの生物学的効果を妨げ、又は低下させる、それぞれ、抗原結合タンパク質又は抗体を表す。これは、例えば、リガンド上の結合部位を直接封鎖することによって、又はリガンドに結合し、間接的な手段（リガンド中の構造的又はエネルギー的変化など）を通じて、リガンドの結合能を変化させることによって行うことができる。」
(b) 本件明細書１の段落【０１４０】について、以下のとおり、取消線部分を削除し、本件再訂正後の本件特許１の請求項１及び請求項９記載の発明の「競合」の意義を限定する。
「通常、検査抗原結合タンパク質は過剰に存在する。競合アッセイによって同定される抗原結合タンパク質（競合抗原結合タンパク質）には、基準抗原結合タンパク質と同じエピトープに結合する抗原結合タンパク質及び立体的妨害が生じるのに、基準抗原結合タンパク質によって結合されるエピトープに十分に近接した隣接エピトー
プに結合する抗原結合タンパク質が含まれる。競合結合を測定するための方法に関するさらなる詳細は、本明細書中の実施例に提供されている。通常、競合抗原結合タンパク質が過剰に存在する場合には、少なくとも４０から４５％、４５から５０％、５０から５５％、５５から６０％、６０から６５％、６５から７０％、７０から７５％又は７５％又はそれ以上、共通の抗原への基準抗原結合タンパク質の特異的結合を阻害する（例えば、低下させる）。」
(ｲ) 本件特許２について
ａ 特許請求の範囲の記載
各請求項に下線部を追加し、請求項５を独立項とする。
【請求項１】ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合を中和することができ、ＰＣＳＫ９との結合に関して、配列番号６７のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域を含む重鎖と、配列番号１２のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域を含む軽鎖とを含む参照抗体と競合する、単離されたモノクローナル抗体であって、配列番号３に記載のアミノ酸配列を有するＰＣＳＫ９の３７４位のアスパラギン酸（Ｄ）がチロシン（Ｙ）に置換した変異体（ＰＣＳＫ９のＤ３７４Ｙ変異体）とＬＤＬＲタンパク質との結合を中和することができ、かつ、前記モノクローナル抗体のＦａｂ断片が、ＰＣＳＫ９との結合に関して、前記参照抗体のＦａｂ断片と競合することができる、抗体。
（本件再訂正後の本件特許２の請求項１に記載された発明は「本件再訂正発明２－１」）
【請求項５】ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合を中和することができ、ＰＣＳＫ９との結合に関して、配列番号６７のアミノ酸配列からなる重鎖可変領域を含む重鎖と、配列番号１２のアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域を含む軽鎖とを含む参照抗体と競合する、単離されたモノクローナル抗体であって、競合の程度が８０％以上であり、かつ、前記モノクローナル抗体のＦａｂ断片がＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合を中和することができる、単離されたモノクローナル抗体を含む、医薬組成物。
（本件再訂正後の本件特許２の請求項５に記載された発明は「本件再訂正発明２－２」。「本件再訂正発明２－１」と「本件再訂正発明２－２」を併せて「本件再訂正発明２」。以下、「本件再訂正発明１」と「本件再訂正発明２」を併せて「本件再訂正発明」という。）
ｂ 本件明細書２の記載
(a) 本件明細書２の段落【０１３８】について、前記(ｱ)ｂ(a)と同一の部分を削除し、本件再訂正後の本件特許２の請求項１記載及び請求項５記載の発明の「中和」の意義を限定する。
(b) 本件明細書２の段落【０１４０】について、前記(ｱ)ｂ(b)と同一の部分を削除し、本件再訂正後の本件特許２の請求項１及び請求項５記載の発明の「競合」の意義を限定する。
イ 本件再訂正の適否に関する当事者の主張の前提として、本件再訂正に含まれる訂正事項を列挙すると、次のとおりである。
(ｱ) 本件明細書の段落【０１４０】について、前記ア(ｱ)ｂ(b)、(ｲ)ｂ(b)のとおりの記載の削除をすること（以下「訂正事項１」という。）(ｲ) 本件明細書の段落【０１３８】について、前記ア(ｱ)ｂ(a)、(ｲ)ｂ(a)のとおりの記載の削除をすること（以下「訂正事項２」という。）(ｳ) 本件特許１の請求項９に係る発明（本件発明１）及び本件特許２の請求項５に係る発明（本件発明２）について、「中和」の要件に関し、「前記モノクローナル抗体のＦａｂ断片がＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合を中和することができる」との発明特定事項を追加すること（以下「訂正事項３」という。）
(ｴ) 本件発明１及び本件特許２の特許請求の範囲の請求項１に係る発明について、「競合」の要件に関し、「前記モノクローナル抗体のＦａｂ断片が、ＰＣＳＫ９との結合に関して、上記参照抗体のＦａｂ断片と競合することができる」との発明特定事項を追加すること（以下「訂正事項４」という。）
(ｵ) 本件特許２の特許請求の範囲の請求項１に係る発明について、「中和」の要件に関し、Ｄ３７４Ｙ変異体ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質との結合を中和することができるとの発明特定事項を追加すること
(ｶ) 本件発明２について、「競合」の要件に関し、「競合の程度が８０％以上」であるとの発明特定事項を追加すること
(ｷ) 本件特許に係る発明について、参照されている抗体について、「参照抗体である」との発明特定事項を追加すること
(ｸ) 本件特許１の特許請求の範囲の請求項９及び本件特許２の特許請求の範囲の請求項５を、それぞれ独立の請求項とすること
⑽本件特許に係る発明の発明者の一人が送信したメール及び控訴人が作成したプレゼンテーション資料
乙４の１、２によれば、本件特許に係る発明の発明者の一人が送信したメール及び控訴人が作成したプレゼンテーション資料について、次の事実が認められる。
本件特許に係る発明の発明者の一人は、本件特許の優先日から約５年後、出願日から約４年後の２０１２年（平成２４年）の電子メール（「本件メール」）に、「我々は、現在、ＥＧＦａミミック抗体を取得できていない、しかし、ファイザーは有しているから、それは可能なはずである〔（ＲＮ３１６）〕…ＥＧＦａミミック抗体は、我々が現在有する抗体の二つの一部重複するエピトープのちょうど中間に位置することから、ＥＧＦａミミック抗体を見つけることは一筋縄ではいかないだろう。」と記載していた。
また、控訴人が２０１２年（平成２４年）に作成した資料には、別紙２記載の「Conceptual Epitope Space（概念的なエピトープスペース）」と題する図（「本件プレゼンテーション資料」）が含まれていた。これには、２１Ｂ１２抗体及び３１Ｈ４抗体を示す各楕円形の中間に「Missing Epitope…」（見つからないエピトープ）との記載があった。
３ 争点
争点は、次のとおり補正するほか、原判決第２の３（原判決７頁１５行目から２６行目まで）に記載のとおりであるから、これを引用する。
原判決７頁２５行目を次のとおり改める。
「カ被控訴人によるサポート要件違反及び実施可能要件違反の主張が許されないものであるか否か（争点２－６）」
４ 争点に関する当事者の主張
争点に関する当事者の主張は、次のとおり補正し、後記５のとおり控訴人の補充主張を付加し、後記６のとおり被控訴人の補充主張を付加するほかは、原判決第２の４（原判決８頁１行目から４５頁１８行目まで）に記載のとおりであるから、これを引用する。
⑴原判決４２頁１２行目の「本件出願日」を「本件特許の出願日（以下「本件出願日」という。）に改める。
⑵原判決４３頁２４行目を次のとおり改める。
「⑻被控訴人によるサポート要件違反及び実施可能要件違反の主張が許されないものであるか否か（争点２－６）について」
⑶原判決４４頁４行目、１２行目、２０行目、４４頁２６行目から４５頁１行目にかけての「別件審決取消訴訟」を「第１回各審決取消訴訟」と読み替える。
⑷原判決８頁２０行目、４４頁７行目、２３行目、４５頁１行目の「前訴」を「差止訴訟」と読み替える。
５ 控訴人の補充主張
⑴争点２－１－１（サポート要件違反の有無）及び争点２－２（実施可能要件違反）のうち、「ＥＧＦａミミック」に関する点について
ア 原判決及び被控訴人がいう「ＥＧＦａミミック」は、本件明細書に開示の１５個のコア残基の内の「大部分」を認識するとの特殊なパラメータを課した抗体であるが、本件特許に係る発明は、「中和」と「競合」により規定した発明であり、認識するコア残基の数など規定していない。この点は、本件再訂正発明も同様である。したがって、本件明細書において、コア残基を１５個中、例えば１３個以上認識する具体的な抗体が記載されていないとしても、そのことをもってサポート要件及び実施可能要件を満たさなくなるものではない。
しかも、本件において、１５個のコア残基の内のいくつを認識するかという点は、本件特許に係る発明の課題の解決において、技術的意義を有するものではない。むしろ、認識アミノ酸数の増加が発明の効果と逆相関することさえ示唆されており（甲６９）、上記の点は、技術的意義を有しないパラメータである。
また、原判決は、認識するコア残基の数という技術的意義を有しないパラメータの中で、さらに、技術的意義を有しない恣意的な個数の境界を設け、それを満たすものを「ＥＧＦａミミック」として殊更に取り上げ、それが記載されていないから、本件発明及び本件再訂正発明は記載要件に反するとしているが、このような恣意的な個数の境界を設ける根拠はない。
イ コア残基の大半を認識するという「ＥＧＦａミミック」の定義は、被控訴人による独自のパラメータにすぎず、技術常識に沿うものでない。(ｱ) ＥＧＦａをミミックするという表現が用いられたのは、メルク社が開発した「１Ｄ０５」と呼ばれる抗体に対してであるが、ここでは、当業者は、「ＥＧＦａミミック」という用語を、単に構造的な模倣を意味するものとして用いているにすぎない。すなわち、当業者は、「ＥＧＦａミミック」の用語を、ＥＧＦａドメインを「構造的にミミック（模倣）する」という意味で用いている（甲５５）。
(ｲ) 「ＥＧＦａミミック」という語や概念は、本件優先日当時、当業者に知られたものではなかった。
また、甲７０の論文では、コア残基の１５個中９個を認識する短鎖ペプチドである「ＰｅＰ２－８」が「ＥＧＦａミミック」と呼ばれている。そうすると、被控訴人が主張し、原判決が採用した、１５個のコア残基の大部分を認識しなければならないという定義は、当業者に受け入れられていたものでなく、被控訴人により、訴訟のために極めて限定的に設定されたものである。
原判決は、本件明細書に開示されている、コア残基を１５個中８個認識する「１Ａ１２抗体」は、ＥＧＦａミミック抗体といえないと判断したが、コア残基を９個認識するものが当業者にとってＥＧＦａミミックであるのに対し、コア残基を８個認識するものがＥＧＦａミミックに該当しないとする根拠はない。
(ｳ) 被控訴人がＥＧＦａミミックであると主張する、被控訴人製品の抗体であるアリロクマブ（３１６Ｐ抗体）、並びに原判決が採用した定義によればＥＧＦａミミックに該当する１Ｄ０５抗体及びＡＸ１３２について、本件明細書で開示され、本件特許に係る発明における参照抗体である２１Ｂ１２抗体及び３１Ｈ４抗体と対比すると、ＰＣＳＫ９の作用（ＬＤＬの細胞への取り込み抑制作用）を５０％阻害する抗体の濃度（ＩＣ５０。低い濃度で５０％阻害する方が抗体の作用が強いことを意味するので、ＩＣ５０は値が小さいほど優れている。)において、ＥＧＦａミミックに該当する上記各抗体は、参照抗体である２１Ｂ１２抗体及び３１Ｈ４抗体より大きな値を示しており、抗体としての作用が劣っている。したがって、コア残基の大部分を認識することや、より多くのコア残基を認識することに、本件特許に係る発明の課題との関係で、技術的意義は認められない。このように技術的意義を有しない恣意的なパラメータを設定し、これに殊更に着目した上で、それを満たすものが記載されていないから記載要件に違反するとの判断手法は誤りである。
ウ サポート要件及び実施可能要件は、基礎出願の出願時において、基礎出願の明細書の内容及び基礎出願時の技術常識に基づいて判断されるものであり、判断基準時の後に生じた他人の発明や、判断基準時の後に確立された技術常識を考慮して判断されるものではない。
本件特許に係る発明については、判断基準時である出願時において、「ＥＧＦａミミック」という特定の抗体を取得するという課題自体が存在しないし、そのような抗体の取得の困難性を当業者が認識し得たともいえない。このような、当業者が認識し得ない課題が解決されているかどうかは、本件特許に係る発明のサポート要件と関係がない。
エ 本件メール及び本件プレゼンテーション資料は、記載要件において考慮されるべき特許明細書でも技術常識でもなく、記載要件の判断においてこれに依拠することは誤りである。
しかも、原判決は、本件メール及び本件プレゼンテーション資料の評価を誤っている。
本件メールについて、ＥＧＦａミミック抗体が取得困難な抗体であったと原判決が認定した点は、本件メールは、Ｊ１６抗体がファイザー社により取得できていることから、ＥＧＦａミミック抗体を取得することが可能なはずであるという技術的見解を述べるものであって、取得可能であることを前提とした、相対的な取得容易性を論じたものにすぎない。また、ＥＧＦａミミック抗体に該当する抗体が複数取得されていたというのが、本件メールが送信された２０１２年（平成２４年）当時の技術水準であり、本件メールに用いられた「tricky」の語は、上記の状況を前提に、「手際を要する」、「油断ならない」と述べたものにすぎず、「困難である」の意味で捉えることは妥当でない。
本件プレゼンテーション資料は、被控訴人によって、資料の一部が都合よく切り取られたものにすぎず、これに基づいて「Missing Epitope」に結合する抗体が本件明細書に開示されていないとの結論を導くことは誤りである。
オ 仮に、被控訴人の定義による「ＥＧＦａミミック」を取得できるように本件明細書が発明を開示していたか否かが問題になるとしても、本件明細書の記載及び技術常識に基づいて、当業者は、本件優先日当時、「ＥＧＦａミミック」を取得し得たと理解することができる。
動物を用いた抗体の作製では、運任せの要素が含まれること自体が技術常識であるから(甲６９)、運に支配されることを理由に、特定の位置に結合する抗体を作製する方法が出願時の技術常識であったことが認められないとして、ＥＧＦａミミック抗体の取得には当業者の期待を超える程度の過度の試行錯誤を要すると認定するのは誤りである。ＰＣＳＫ９を注射された動物の体内でランダムに産生された抗体には、一定の確率で再現性をもってＥＧＦａミミック抗体が含まれる以上、本件明細書に基づいて産生された抗体をスクリーニングすることにより、ＥＧＦａミミックが取得されることは当然である。
また、被控訴人が提出した乙４３（Ａ教授の第２鑑定書）は、ＥＧＦａミミックを産生するために「競合他社が適用したのは、これらの標準的な方法や技術の、それぞれなりのやり方である。」と述べており、これによれば、ＥＧＦａミミックは、標準的な方法や技術で動物の体内で産生されることになり、３１６Ｐ抗体や、ファイザー社のＪ１６抗体は、当業者にとっての技術常識により、動物体内で産生されたものである。１Ｄ０５抗体は、本件優先日当時に抗体産生に最も広く用いられていたファージディスプレイライブラリを用いて産生させ、取得されたものである(甲２７、６９)。本件明細書には、ファージディスプレイライブラリを用いてヒト抗体を得ることができると記載されており、当業者であれば、適宜このライブラリを用いて、得られた抗体群からＥＧＦａミミック抗体を得ることができた。
このように、当業者が本件明細書の開示及び技術常識に基づいてＥＧＦａミミック抗体を取得できた以上、ＥＧＦａミミック自体が本件明細書に記載されている必要はない。
⑵争点２－１－１（サポート要件違反の有無）及び２－２（実施可能要件違反）のうち、「ＥＧＦａミミック」以外の事項に関する点について
ア 本件特許に係る発明（本件再訂正前）について
本件特許に係る発明（本件再訂正前）及び本件再訂正発明はいずれも、構成要件として、（構成ｉ）ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合を中和することができるという構成と、（構成ｉｉ）ＰＣＳＫ９との結合に関して参照抗体と競合するという構成を規定する。
ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合を中和することができるという構成要件（構成ｉ）を満たす抗体は、本件明細書の実施例３に記載されているように、ＰＣＳＫ９に結合する抗体を選別し（段落【０３２６】～【０３２８】参照）、その後、実施例３及び１１に記載されているように、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を遮断する抗体を選別すること（段落【０３３２】～【０３３４】、及び段落【０３７７】～【０３７９】参照）により取得することができる。このように、（構成ｉ）は、参照抗体との競合を確認しなくても、別の方法で達成することができる構成である。
（構成ｉｉ）は、参照抗体と競合するという構成であるが、この構成を満たす抗体は、本件明細書の実施例１０に記載されるように、参照抗体（本件特許１では、２１Ｂ１２抗体であり、本件特許２では３１Ｈ４抗体である。）を用いた競合ＥＬＩＳＡの手法により取得することができる。このように、（構成ｉ）を満たす抗体と（構成ｉｉ）を満たす抗体とは、異なる方法で取得することができるから、（構成ｉ）と（構成ｉｉ）は、製造プロセス上、独立した構成要件として取り扱うことができる。そして、本件特許に係る発明（本件再訂正前）は、（構成ｉ）と（構成ｉｉ）の両方を満たす抗体であるから、（構成ｉ）を満たす抗体群から（構成ｉｉ）を満たす抗体群を取得すること、又は（構成ｉｉ）を満たす抗体群から（構成ｉ）を満たす抗体群を取得することにより、本件特許に係る発明（本件再訂正前）の抗体が得られるのであって、（構成ｉｉ）を満たす抗体が（構成ｉ）を満たす必要はない。本件明細書の実施例では、（構成ｉ）を満たす抗体群から（構成ｉｉ）を満たす抗体群が取得されている。
（構成ｉ）及び（構成ｉｉ）を満たす抗体が、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの相互作用を中和し、対象中のコレステロールレベルを低下させることを、当業者は本件明細書及び本件優先日当時の技術常識に基づいて理解することができるから、本件特許に係る発明（本件再訂正前）は、サポート要件を満たす。
また、当業者は、本件明細書及び技術常識に基づいて、（構成ｉ）及び（構成ｉｉ）を満たす抗体を適宜取得できたから、本件特許１及び２は、実施可能要件を充足する。
イ 本件再訂正発明１及び２について
(ｱ) 本件再訂正発明１－１（前記第２の２⑼ア(ｱ)ａ【請求項１】）は、前記アの（構成ｉ）及び（構成ｉｉ）を備えており、前記アと同様、サポート要件及び実施可能要件を満たす。
(ｲ) 本件再訂正発明１－２（前記第２の２⑼ア(ｱ)ａ【請求項９】）は、（構成ｉ）及び（構成ｉｉ）に加えて、「前記モノクローナル抗体のＦａｂ断片がＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合を中和することができ」るとの構成（構成ｉｉｉ）と、「前記モノクローナル抗体のＦａｂ断片が、ＰＣＳＫ９との結合に関して、上記参照抗体のＦａｂ断片と競合することができる」との構成（構成ｉｖ）を備えるものである。
本件明細書の図２０Ａには、ＰＣＳＫ９の触媒ドメインに３１Ｈ４のＦａｂ断片及び２１Ｂ１２抗体のＦａｂ断片が結合し、これらのＦａｂ断片の結合により、ＬＤＬＲのＥＧＦａドメインがＰＣＳＫ９の触媒ドメインに結合できなくなる様子が示されている。このように、上記の二つのＦａｂ断片が、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲのＥＧＦａドメインの相互作用を遮断するメカニズムが本件明細書の図２０Ａに示されており、本件明細書によれば、Ｆａｂ断片が、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲのＥＧＦａドメインの相互作用を中和することを理解できる。また、中和アッセイの方式についても詳述されており、当業者であれば、本件明細書の記載と本件優先日当時の技術常識を考慮して、（構成ｉｉｉ）を備えた抗体を得ることができる。
また、本件明細書によれば、３１Ｈ４抗体のＦａｂ断片及び２１Ｂ１２抗体のＦａｂ断片と、そのＦａｂ断片が競合する抗体を取得することもでき、競合アッセイの方式についても詳述されているから、当業者であれば、本件明細書の記載と本件優先日当時の技術常識を考慮して、（構成ｉｖ）を備えた抗体を得ることができる。
そして、（構成ｉｉｉ）及び（構成ｉｖ）を備える場合でも、上記から、対象中の血中コレステロールレベルを低下させる方法及び同方法に適する抗体を提供できると理解できるのであり、これを取得することもできるから、このような構成を有する抗体を規定した本件再訂正発明１－２は実施可能要件及びサポート要件を満たす。
(ｳ) 本件再訂正発明２－１（前記第２の２⑼ア(ｲ)ａ【請求項１】）は、上記（構成ｉ）及び（構成ｉｉ）に加えて、「配列番号３に記載のアミノ酸配列を有するＰＣＳＫ９の３７４位のアスパラギン酸（Ｄ）がチロシン（Ｙ）に置換した変異体（ＰＣＳＫ９のＤ３７４Ｙ変異体）とＬＤＬＲタンパク質との結合を中和することができ」るとの構成（構成ｖ）、及び「前記モノクローナル抗体のＦａｂ断片が、ＰＣＳＫ９との結合に関して、前記参照抗体のＦａｂ断片と競合することができる」との構成（構成ｖｉ）を備えるものである。
「配列番号３に記載のアミノ酸配列を有するＰＣＳＫ９の３７４位のアスパラギン酸（Ｄ）がチロシン（Ｙ）に置換した変異体（ＰＣＳＫ９のＤ３７４Ｙ変異体）とＬＤＬＲタンパク質との結合を中和することができ」る抗体は、本件明細書の記載、特に実施例３についての開示に基づいて取得することができる。そして、（構成ｖ）を充足する抗体は、適用された抗原結合タンパク質が、ＰＣＳＫ９のＤ３７４Ｙ変異体の効果を低下させ、野生型ＰＣＳＫ９の効果も遮断することを理解できる（段落【０３８１】参照）。
したがって、このような構成を有する抗体は、ＰＣＳＫ９の効果を低下させるとともに、ＰＣＳＫ９のＤ３７４Ｙ変異体の効果を低下させることにも用いることができることを当業者であれば理解することができる。
（構成ｖｉ）は、（構成ｉｖ）と同一であり、当業者であれば、本件明細書の記載と本件優先日当時の技術常識を考慮して、（構成ｖｉ）を備えた抗体を得ることができる。
以上によれば、（構成ｉ）及び（構成ｉｉ）に加えて（構成ｖ）及び（構成ｖｉ）を備えた抗体は、当業者であれば、本件明細書の記載と本件優先日当時の技術常識に基づき取得することができる。また、本件明細書の記載と本件優先日当時の技術常識に基づくと、このような構成を備えた抗体であれば、対象中の血清コレステロールレベルを低下させると理解できる。したがって、このような構成を有する抗体を規定した本件再訂正発明２－１は、実施可能要件及びサポート要件を満たす。
(ｴ) 本件再訂正発明２－２（前記第２の２⑼ア(ｲ)ａ【請求項５】）は、上記（構成ｉ）及び（構成ｉｉ）に加えて、「競合の程度が８０％以上であ」るとの構成（構成ｖｉｉ）及び「前記モノクローナル抗体のＦａｂ断片がＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合を中和することができる」との構成（構成ｖｉｉｉ）を備える。
（構成ｖｉｉ）については、本件明細書の段落【０１４０】には、競合の程度に関して、「通常、競合抗原結合タンパク質が過剰に存在する場合には、少なくとも４０から４５％、４５から５０％、５０から５５％、５５から６０％、６０から６５％、６５から７０％、７０から７５％又は７５％又はそれ以上、共通の抗原への基準抗原結合タンパク質の特異的結合を阻害する（例えば、低下させる）。」との記載があり、本件明細書の記載と本件優先日当時の技術常識に基づいて、当業者であれば、８０％以上、ＰＣＳＫ９への参照抗体の結合を阻害する抗体を得ることができる。
（構成ｖｉｉｉ）は、（構成ｉｉｉ）と同一であり、（構成ｉｉｉ）と同様、当業者であれば、本件明細書の記載と本件優先日当時の技術常識を考慮して、（構成ｖｉｉｉ）を備えた抗体を得ることができる。したがって、（構成ｉ）及び（構成ｉｉ）に加えて、（構成ｖｉｉ）及び（構成ｖｉｉｉ）を備えた抗体は、当業者であれば、本件明細書の記載及び本件優先日当時の技術常識を考慮して取得することができる。また、本件明細書の記載と本件優先日当時の技術常識に基づくと、このような構成を備えた抗体であれば、対象中の血清コレステロールレベルを低下させると理解できる。したがって、このような構成を有する本件再訂正発明２－２は、実施可能要件及びサポート要件を満たす。
⑶争点２－６（被控訴人によるサポート要件違反及び実施可能要件違反の主張が許されないものであるか否か）について（控訴人は、原審においては、被控訴人によるサポート要件違反及び実施可能要件違反の主張は訴訟上の信義則に反して許されないと主張していたが（原判決第２の４⑻〔控訴人の主張〕）、当審においては、それに加え、以下のとおり、一事不再理効（特許法１６７条）及び訴訟上の信義則に反して許されないと主張している。）
ア 被控訴人の完全親会社であるサノフィ社は、本件特許に対して第一次各無効審判を請求し、請求不成立の審決がされた後、第１回各審決取消訴訟を提起し、その中で、サポート要件違反及び実施可能要件違反の無効理由を主張したが、第１回各審決取消訴訟において、これらの無効理由は認められないとの判決がされ、本件特許を維持する審決が確定している。被控訴人は、サノフィ社の完全子会社であり、その支配の下で行動しているにすぎず、両者は実質的に一体である。
加えて、控訴人が被控訴人に対して提起した差止訴訟においても、被控訴人が、本件訴訟の原審でなされたのと同一のＥＧＦａミミックに関する主張をしたものの、サポート要件違反及び実施可能要件違反に係る無効の抗弁はいずれも排斥され、控訴人による差止請求を認容する判決が確定した。
このように、被控訴人は、既に、二つの訴訟手続において、サポート要件違反及び実施可能要件違反に係る主張を行う機会を十二分に与えられており、控訴人は、これに対して本件特許を防御する負担を負ってきた。しかるに、この期に及んで、再度、サポート要件違反及び実施可能要件違反の主張を行うことは、明らかに訴訟上の信義則に反する紛争の蒸し返しであって、特許法１６７条（一事不再理）又は民事訴訟法２条（訴訟上の信義則）に反し、許されない。仮に、このような主張が許されるとすれば、特許訴訟における紛争の一回的解決機能が損なわれるばかりでなく、特許の安定性も著しく損なわれることになる。
イ サポート要件及び実施可能要件に係る「同一の事実及び同一の証拠」（特許法１６７条）の範囲については、これを新規性や進歩性の場合と同様に考えることはできない。
新規性や進歩性は、主引例や副引例に基づいて、特定の公知事実を認定して、これと特許請求の範囲の記載を比較することにより判断がなされるため、主引例や副引例といった「証拠」が変更された場合には、審理の対象である「事実」自体が実質的に変更されることになり得る。
これに対して、サポート要件及び実施可能要件は、新規性や進歩性とは全く異なり、「特許請求の範囲の記載」と「明細書の発明の詳細な説明の記載」を比較して、独占権付与の代償としての開示が適切になされているかどうかを判断するものである。したがって、サポート要件及び実施可能要件における主要な証拠は、開示を担う「特許明細書」自体であって、それ以外の証拠は、副次的なものにすぎず、そのような証拠を追加したところで、「同一の事実及び同一の証拠」の範囲から外れることにはならない。
ウ 原判決は、本件訴訟において、被控訴人が、ＥＧＦａミミック抗体に係るサポート要件違反及び実施可能要件違反の無効理由の主張に当たり、差止訴訟及び第１回各審決取消訴訟で提出されなかった「本件メール及び本件プレゼンテーション資料」（乙４の１・２）に主に依拠していることを根拠に、被控訴人の主張が信義則に反して許されないとはいえないと判断しており、「本件メール及び本件プレゼンテーション資料」が新証拠に該当するものと判断した。
しかし、本件プレゼンテーション資料（乙４の２）を含む資料（甲７２）の他の箇所には、本件プレゼンテーション資料で「Missing Epitope」とされた部位に結合する抗体が控訴人において多数取得できていたことが示されており、「ＥＧＦａミミック」は「Missing Epitope」に結合する抗体であるから、「ＥＧＦａミミック」は取得されていたのであって、本件メール及び本件プレゼンテーション資料をもって、控訴人が「ＥＧＦａミミック」を取得できていなかったとの被控訴人の主張は、事実として明らかな誤りであり、原審裁判所を誤導したものである。
また、サポート要件及び実施可能要件の無効理由に関して、本件メール及び本件プレゼンテーション資料のような副次的な証拠を追加したところで、
「同一の事実及び同一の証拠」の範囲から外れるものではない。特に、本件メール及び本件プレゼンテーション資料のように、本件特許の出願後に作成された社内資料は、出願時の「技術常識」でもないのであるから、このような証拠を追加することによって「同一の事実及び同一の証拠」の範囲から逃れられるものではない。
さらに、差止訴訟において、ＥＧＦａミミックに関して、本件と同一の主張がなされた上で、これが排斥されており、原判決が依拠する「本件メール及び本件プレゼンテーション資料」は、既になされたのと同一の主張について、単にその立証を補足するものとして提出されたものにすぎない。このように、同一の事実を補足する証拠を追加したところで、「同一の事実及び同一の証拠」の範囲から外れるものではないことは一層明白である。
エ 差止訴訟と本訴とは、訴訟物は異なるものの、損害に係る争点以外の争点は全て共通するものであり、訴訟上の信義則（民事訴訟法２条）により、差止訴訟に反する判断は許されない。この点からしても、原判決の判断は誤りである。
オ 仮に、原判決を前提としても、原判決は、「ＥＧＦａミミック抗体に係るサポート要件及び実施可能要件違反の無効理由の主張」について、「本件メール及び本件プレゼンテーション資料」を理由として、「信義則に反して許されないとまではいえない」と判示しているのであるから、ＥＧＦａミミック以外のサポート要件及び実施可能要件違反の主張は、なお、一事不再理効及び訴訟上の信義則に反し、認められない。
⑷争点２－１－２（訂正の再抗弁の成否）について
被控訴人は、後記６⑷のとおり、訂正の再抗弁による訂正（本件再訂正）が訂正要件を満たさないと主張するが、以下のとおり、本件再訂正は訂正要件を満たしている。
ア 訂正事項１（本件明細書の段落【０１４０】の記載の削除）について本件再訂正には、本件明細書の段落【０１４０】に関する訂正事項１が含まれる。本件特許に係る発明は、参照抗体との「競合」を規定する。訂正事項１は、その「競合」の意義に関する定義ないし説明の記載を変更するものであり、その結果、「競合」の意義が遡及的に変更され、特許請求の範囲が減縮されるから、訂正要件を充足する。
出願人ないし特許権者が、明細書中で、用語の意味を定義ないし説明した場合には、これに従った解釈をしなければならない。
本件明細書の段落【０１４０】は、段落【００６８】から始まる「定義及び実施形態」の章の中にある。そして、前後の段落も、用語の意味を定義する内容となっている。そして、訂正事項１は、段落【０１４０】に記載された競合の態様である「基準抗原結合タンパク質と同じエピトープに結合する抗原結合タンパク質」と「立体的妨害が生じるのに、基準抗原結合タンパク質によって結合されるエピトープに十分に近接した隣接エピトープに結合する抗原結合タンパク質」のうち、後者の態様を削除するものである。すなわち、訂正後は「競合」の意義を、前者の態様（同じエピトープに結合する態様）に特定し、限定したものである。
第２回各審決取消訴訟の知財高裁判決（乙５１の１・２）も、段落【０１４０】を「競合」の意義を記載したものと理解し、判決の根拠としているが、本件再訂正後の段落【０１４０】は、上記判決が依拠した記載が削除されるから、同判決によれば「競合」の解釈が変わることとなる。最高裁平成３年３月１９日判決・民集４５巻３号２０９頁は、明細書中の実施例の記載の削除についてすら、これにより特許請求の範囲の解釈が変わるとして、特許請求の範囲の減縮に該当し得ると判示している。訂正事項１は、用語の意味を定義ないし説明した記載を一部削除するものであり、上記判決が解釈の根拠とした部分が変更されるのであるから、解釈が直接変わるものであり、上記最高裁の事案に比しても、特許請求の範囲が減縮されることは明らかである。
したがって、訂正事項１は、特許請求の範囲の減縮（特許法１３４条の２第１項ただし書１号）を目的とするものである。
イ 訂正事項２（本件明細書の段落【０１３８】の記載の削除）について本件再訂正には、本件明細書の段落【０１３８】に関する訂正事項２が含まれる。本件特許に係る発明は、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を「中和」することを規定する。訂正事項２は、その「中和」の意義に関する定義ないし説明の記載を変更するものであり、その結果、「中和」の意義が遡及的に変更され、特許請求の範囲が減縮される。
本件明細書の段落【０１３８】も、段落【００６８】から始まる「定義及び実施形態」の章の中にあり、段落【０１３８】の前後の段落も、用語の意味を定義する内容となっている。段落【０１３８】自体の記載も、「という用語は、･･･を表す。」、「この用語は、･･･表し得る。」と書かれており、「中和」の定義規定であることが明示されている。訂正事項２は、段落【０１３８】における中和から、「リガンドに結合し、間接的な手段（リガンド中の構造的又はエネルギー的変化など）を通じて、リガンドの結合能を変化させることによって」なされる中和を削除するものである。
訂正事項２により、「例えば」との記載も削除され、段落【０１３８】が科学的事実について例示したものではなく、中和の定義規定であることもより明確になった。そして、訂正後は、「中和」の意義が直接封鎖する態様に限定され、間接的な手段による態様が「中和」の意義から除かれたことが、いっそう明らかになった。
第２回各審決取消訴訟の知財高裁判決（乙５１の１・２）も、段落【０１３８】を「中和」を定義付けるものとして理解し、判決の根拠としているが、本件再訂正後の段落【０１３８】は、上記判決が依拠した記載が削除されるから、同判決によれば「中和」の解釈が変わることとなる。したがって、訂正事項２は、特許請求の範囲の減縮（特許法１３４条の２第１項ただし書１号）を目的とするものである。
ウ 訂正事項３について
本件再訂正には、本件特許１の特許請求の範囲の請求項９に係る発明（本件発明１）及び本件特許２の特許請求の範囲の請求項５に係る発明（本件発明２）について、「中和」の要件に関し、「前記モノクローナル抗体のＦａｂ断片がＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合を中和することができる」との発明特定事項を追加すること（訂正事項３）が含まれる。ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの相互作用に対して完全長抗体での中和に加えてＦａｂ断片での中和を規定するのが訂正事項３である。
本件明細書の図２０Ａには、ＰＣＳＫ９の触媒ドメインに３１Ｈ４のＦａｂ断片及び２１Ｂ１２抗体のＦａｂ断片が結合すること、及び、これらのＦａｂ断片が存在するために、ＰＣＳＫ９の触媒ドメインとＬＤＬＲのＥＧＦａドメインとの結合が阻害される（すなわち、中和される）ことが開示されている。すなわち、Ｆａｂ断片によりＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの相互作用が中和されることが、図２０Ａの立体構造解析からも説明されていて、２１Ｂ１２抗体及び３１Ｈ４抗体は、いずれも完全長抗体でもＦａｂ断片でもＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの相互作用を中和することが示されている。このように、完全長抗体でＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの相互作用を中和する抗体の中和メカニズムが、Ｆａｂ断片がＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの相互作用を中和するモデルを用いて、本件明細書で詳細に論じられており、当業者は、Ｆａｂ断片での中和を読み取ることができる。したがって、完全長抗体でＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの相互作用を中和でき、かつＦａｂ断片でＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの相互作用を中和できる抗体が開示されており、訂正事項３は、新しい技術事項を追加する訂正ではない。また、本件明細書の段落【０４５４】には、「完全抗体など、抗原結合分子が十分に大きければ、ＰＣＳＫ９へのＥＧＦａの結合を妨害するために、抗原結合分子はＥＧＦａ結合部位に直接結合する必要はない。」と記載されている。逆に、完全抗体の一部分にすぎず完全抗体より小さいＦａｂ断片でＰＣＳＫ９へのＥＧＦａの結合を妨害するには、Ｆａｂ断片はＥＧＦａ結合部位に直接結合する必要がある。また、いずれにせよ、Ｆａｂ断片は完全抗体よりも小さいため、完全抗体では結合を妨害できるが、Ｆａｂ断片では結合を妨害できない場合が生じる。したがって、Ｆａｂ断片での相互作用の中和による発明の限定は、減縮を目的とするものである。
エ 訂正事項４について
本件再訂正には、本件特許１の特許請求の範囲の請求項９に係る発明（本件発明１）及び本件特許２の特許請求の範囲の請求項１に係る発明について、
「競合」の要件に関し、
「前記モノクローナル抗体のＦａｂ断片が、
ＰＣＳＫ９との結合に関して、上記参照抗体のＦａｂ断片と競合することができる」との発明特定事項を追加すること（訂正事項４）が含まれる。完全長抗体での競合に加え、Ｆａｂ断片同士の競合により発明を減縮するのが訂正事項４である。
本件明細書の実施例３０は、３１Ｈ４及び２１Ｂ１２のＦａｂ断片に結合されたＰＣＳＫ９ＰｒｏＣａｔ（配列番号３の３１から４４９）の結晶構造を示すものである（段落【０４３９】参照）。図１９Ａ及び１９Ｂに図示されているこの結晶構造は、３１Ｈ４及び２１Ｂ１２がＰＣＳＫ９上に異なる結合部位を有すること、両抗原結合タンパク質はＰＣＳＫ９に同時に結合できることを示す（段落【０４３９】参照）。
図１９Ａでは、ＰＣＳＫ９の触媒ドメインに３１Ｈ４のＦａｂ断片及び２１Ｂ１２抗体のＦａｂ断片が結合することが示されている。
このように、２１Ｂ１２抗体のＦａｂ断片は３１Ｈ４抗体のＦａｂ断片と同時にＰＣＳＫ９に結合し、ＰＣＳＫ９への結合に関して競合しないことが明確に示されており、全長において競合アッセイをした２１Ｂ１２抗体と３１Ｈ４抗体のＦａｂ断片同士でも競合の有無が確認されている。本件明細書の段落【０２６９】には、本件明細書中に記載されているエピトープに結合する例示された抗体又は機能的断片の一つと競合する抗原結合タンパク質が提供されることが記載され、段落【００１４】には抗原結合タンパク質としてＦａｂ断片が例示されている。このように、ＰＣＳＫ９との結合に関して完全長抗体で競合を確認し、Ｆａｂ断片同士で競合を確認することは、本件明細書に記載されている。したがって、訂正事項４は新しい技術事項を追加したものではない。
また、段落【０４５４】に示されるように、完全抗体など、抗原結合分子が大きい場合には立体障害を生じるので、より多くの抗体と競合し得ることが本件明細書に記載されている。Ｆａｂ断片は５０ｋＤａの分子量であると言われ、抗体は１５０ｋＤａであり、二つのＦａｂとＦｃを有する。したがって、Ｆａｂ断片は抗体の概ね３分の１の大きさである。小さい分立体障害が小さくなり、競合アッセイの参照抗体もＦａｂ断片とするならば、さらに立体障害が小さくなる。そうすると、Ｆａｂ断片同士は完全抗体よりも競合しにくくなる。したがって、Ｆａｂ断片同士の競合を規定する訂正事項４は、発明を減縮するものである。
６ 被控訴人の補充主張
⑴争点２－１－１（サポート要件違反の有無）及び争点２－２（実施可能要件違反）のうち、「ＥＧＦａミミック」に関する点について
ア 「ＥＧＦａミミック抗体」という概念を訴訟向けに被控訴人が作出したかのような控訴人の主張は誤りである。そもそも、本件において重要であるのは、「ＥＧＦａミミック抗体」の厳密な定義や、「ＥＧＦａミミック抗体」という用語自体ではなく、本件特許に係る発明には、明細書に開示された内容を遥かに超えて、明細書においてサポートされているとはいえず、かつ、実施可能に記載されているとはいえない抗体が含まれていることである。そのひとつとして、「ＥＧＦａドメインが認識するＰＣＳＫ９上のアミノ酸の大部分を認識する抗体」が挙げられ、これが「ＥＧＦａミミック抗体」と呼び得るものである、ということにすぎない。
イ 原判決も正しく認定するとおり、「１５個のＰＣＳＫ９のコア残基を多く認識し結合する抗体の方が、完全適合に近くなり、ＰＣＳＫ９のＬＤＬＲ結合部位を広く覆う形で結合することになるものといえ、・・・ＰＣＳＫ９のＬＤＬＲタンパク質の結合を中和する能力が高くなることが期待できる。このように、抗体と抗原の関係を論理的にみて、ＥＧＦａミミック抗体は、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質との結合中和活性において、より有利であると考えられる」（原判決６０頁１４～２２行）。控訴人は、ＥＧＦａミミック抗体を参照抗体（２１Ｂ１２抗体及び３１Ｈ４抗体）と比較するが、本件特許に係る発明には極めて多種多様な抗体が含まれており、本件特許に係る発明に含まれる抗体全てが参照抗体と同等の作用効果を有するわけではないから、ＥＧＦａミミック抗体を参照抗体と比較して、ＥＧＦａミミック抗体の技術的意義を論じることは誤りである。
ウ 控訴人は、前記５⑴ウのとおり、本件特許に係る発明については、判断基準時である出願時において、「ＥＧＦａミミック」という特定の抗体を取得するという課題自体が存在しないし、そのような抗体の取得の困難性を当業者が認識し得たともいえないと主張する。
しかし、「ＥＧＦａミミック抗体」と呼ぶかどうかは別としても、ＰＣＳＫ９のリガンドであるＬＤＬＲがＰＣＳＫ９へ結合する際に認識されるＰＣＳＫ９上のアミノ酸の大部分をエピトープとして認識する抗体、という概念を出願日当時の当業者は当然に理解し得るものである。そしてそのような抗体に原判決が認定するとおりの技術的意義があることも当然に理解し得るものであるから、控訴人の上記主張は理由がない。
エ 明細書の記載について、事後的にサポート要件及び実施可能要件の充足性を検証するために、明細書以外の外部証拠によって立証をすることは当然に許容されるから、本件メール及び本件プレゼンテーション資料を証拠から排除すべきとはいえない。そして、本件メール及び本件プレゼンテーション資料に関する原判決の評価に誤りはない。
オ 本件メールが送信された当時において、ＥＧＦａミミック抗体に該当する抗体が複数取得されていたと認めるに足りる証拠はない。
カ 不連続なアミノ酸により構成される特定の立体構造的エピトープ（ＬＤＬＲ結合部位）のアミノ酸の大部分を認識する抗体を取得するための方法論が存在しないことについて、控訴人は原審、当審を通じて何ら争っていない。このように、特定の立体構造的エピトープに結合する抗体を取得する方法論自体が存在しないということは、ＥＧＦａミミック抗体を取得するためには、全く新たに抗体を多数作製し、スクリーニングアッセイを行い、クレームされた性質を有する抗体を選択しなければならない、ということであり、そのような一連の抗体作製・スクリーニング工程を行うことは、当業者に過度の実験や過度の試行錯誤を要するものである。
また、本件明細書においても、３０００個もの結合中和抗体を取得してさえも、似かよったごく一部の抗体群しか取得することができておらず、ＥＧＦａミミック抗体を一つも取得できていない。さらに、本件優先日から約５年を経過した２０１２年（平成２４年）においてさえも、控訴人はＥＧＦａミミック抗体を取得できておらず、「見つからないエピトープ」の抗体とされていたのは、本件明細書において控訴人が開示した抗体の取得方法に技術的な限界があったといえるのであって、本件優先日当時、本件明細書及び技術常識に基づいて、過度の実験や過度の試行錯誤を強いられることなく、ＥＧＦａミミック抗体を取得できたとはいえない。
控訴人は、控訴理由において、単に「動物免疫法における抗体の取得が本質的に運任せである」という理由で、「ＥＧＦａミミック抗体は、優先日当時、本件明細書の記載及び技術常識に基づいて、（過度の実験や過度の試行錯誤を強いられることなく、）取得できた」旨主張しているといえるが、開き直った主張であり、科学的・技術的にいってあり得ない。
⑵争点２－１－１（サポート要件違反の有無）及び２－２（実施可能要件違反）のうち、「ＥＧＦａミミック」以外の事項に関する点についてサポート要件違反の理由のうち、「『参照抗体と競合する抗体であれば、高い蓋然性をもってＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中和する抗体である』などとはいえないことから、本件発明は、発明の詳細な説明において『発明の課題が解決できることを当業者が認識できるように記載された範囲』を超えるものである」との理由（原判決第２の４⑵〔被控訴人の主張〕アにおいて「理由１」とされている理由。以下「理由１」という。）については、第２回各審決取消訴訟の知財高裁判決において、この理由１の無効理由が存在すると判断され、同判決は既に確定している。
すなわち、上記知財高裁判決は、「参照抗体と競合する抗体であれば、参照抗体と同様のメカニズムにより、結合中和抗体としての機能的特性を有する」点に発明の技術的意義が認められなければならないとした上で、「参照抗体と同様のメカニズムにより、結合中和抗体としての機能的特性を有する」とはいえないとして、サポート要件違反の理由として、理由１があると判断した。
控訴人の主張は、上記知財高裁判決が示した理由中の判断を覆すだけの具体的な理由を提示しておらず、同判決において排斥された独自の主張を繰り返しているにすぎない。
低競合抗体について、「中和する抗体の提供という課題を解決できると当業者が認識することができない」ことについて、控訴人は、「中和するかどうかは、中和アッセイで決まることであり、競合とは関係がなく、中和についての要件があるから問題がない」旨主張しているが（控訴人第１準備書面４８頁８～１４行）、これは「参照抗体と競合する」ことに技術的意義がないことを自認しているといえる。
また、例えば、控訴人は、「『中和』についての要件と『競合』についての要件を満たす抗体について、血清コレステロールレベルを低下させる」と主張するが、その根拠として、ＬＤＬＲとのＰＣＳＫ９との相互作用を中和する物質は血清コレステロールレベルを低下させることを掲げる（控訴人第１準備書面４８頁下から２行～４９頁下から５行）。これは「競合」についての要件とは無関係に、中和できる抗体であれば血清コレステロールレベルを低下させることができると主張しているにすぎず、やはり「『参照抗体と競合する』ことに技術的意義がない」ことを自認しているといえる。
⑶争点２－６（被控訴人によるサポート要件違反及び実施可能要件違反の主張が許されないものであるか否か）について
ア ＥＧＦａミミックに関連する本件特許の無効主張に関し、控訴人は、一事不再理効（特許法１６７条）ないし訴訟上の信義則（民事訴訟法２条）に反すると主張する。
上記主張は、サポート要件及び実施可能要件に関しては「同一の事実及び同一の証拠」（特許法１６７条）の範囲を法条単位で考えるべきであるとする法条単位説に基づくものである。
しかし、法条単位説は、一回的解決を過度に強調するものであって、通説ではなく、実務でも採用されていない。サポート要件等についても、新規性や進歩性と同様に、サポート要件等の違反を基礎付ける具体的な理由ごとに「同一の事実及び同一の証拠」を判断する方が、当事者間の公平に資する。
イ 本件におけるＥＧＦａミミックに関連する無効理由は、差止訴訟において提出されておらず、検討もされていない新たな重要な証拠に基づくものであるから、「同一の事実及び同一の証拠」に基づく主張ではない。サポート要件違反については、差止訴訟においてＥＧＦａミミックに関連する主張はされていない。
ＥＧＦａミミック抗体に関する新たな証拠（本件メール及び本件プレゼンテーション資料）は、本件優先日から約５年経過後の時点において、控訴人がＥＧＦａミミック抗体の取得を検討しながら取得できていなかったという、同時点における技術水準・技術常識を示すものであるから、当業者にとって、本件優先日において、本件明細書を参照してＥＧＦａミミック抗体を取得することはなおさら困難であったと考えられる。したがって、上記証拠は、本件特許に係る発明のサポート要件及び実施可能要件に関し、その基準時における技術常識、技術水準及び当業者の理解に関する新たな具体的事実を示す極めて重要な証拠であり、単なる副次的・補足的な証拠ではない。
差止訴訟において、被控訴人は、控訴人が課した秘密保持義務によって、これらの新証拠を提出することが妨げられており、その後秘密保持義務が米国裁判所によって解除されるに至ったものであるから、被控訴人が、本件訴訟において、上記各証拠を提出し、これらの証拠に基づく主張立証をしたことに帰責性があるとはいえない以上、被控訴人に信義則違反があるとはいえない。
ウ サポート要件違反の理由のうち、理由１は、Ｂ博士の供述書⑴（２０１９年（令和元年）１２月１３日付け）（乙２の１）に記載された実証実験の結果や同実証実験を踏まえたＣ博士の供述書⑴（２０１９年（令和元年）１２月１６日付け）（乙２の２）の記載に基づくものであるが、Ｂ博士及びＣ博士の各供述書（乙２の１・２）は、ＥＧＦａミミック抗体に関する本件メール及び本件プレゼンテーション資料と同様に極めて重要な新証拠である。
第２回各審決取消訴訟の知財高裁判決は、Ｂ博士及びＣ博士の各供述書（乙２の１・２）に基づいて、本件特許に係る発明が少なくともサポート要件違反の理由１により無効であると判断し、第二次各無効審判の請求不成立審決を取り消した。同判決は、サノフィ社による第１回各審決取消訴訟においてサポート要件違反に関する主張が退けられていることについて、「当時の主張や立証の状況に鑑み、参照抗体と競合する抗体は、参照抗体とほぼ同一のＰＣＳＫ９上の位置に結合し参照抗体と同様の機能を有するものであることを当然の前提としたことによるもの」であると理解することができ、これに対し、Ｂ博士の供述書（乙２の１〔第２回各審決取消訴訟における甲２の１〕）、Ｃ博士の供述書（乙２の２〔第２回各審決取消訴訟における甲２の２〕）、ＥＧＦａミミック抗体に係る関係書証（本件メール及び本件プレゼンテーション資料を示す乙４の１・２〔第２回各審決取消訴訟の甲４の１・２〕）等の「新証拠による新主張」により、上記前提に疑義が生じており、上記前提を支える判断材料がない以上、第１回各審決取消訴訟の結論と、第２回各審決取消訴訟の判決の判断が異なることには相応の理由があると判断している。
したがって、実証実験に関する証拠であるＢ博士及びＣ博士の各供述書（乙２の１・２）は、極めて重要な新証拠であり、第１回各審決取消訴訟との関係において「同一の事実及び同一の証拠」の範ちゅうにはないから、理由１が一事不再理効や訴訟上の信義則違反により遮断されることはない。
⑷争点２－１－２（訂正の再抗弁の成否）について
ア 本件再訂正は訂正要件に違反しており、訂正の再抗弁が成立する余地がない。
(ｱ) 訂正事項１によって削除された記載が含まれる、本件明細書の段落【０１４０】の１文は、単に「競合アッセイ」という科学実験によって同定される抗原結合タンパク質（例えば抗体）についての科学的な事実を述べているにすぎない。すなわち、「競合アッセイ」という科学実験によって同定される抗原結合タンパク質の例示として、①「基準抗原結合タンパク質と同じエピトープに結合する抗原結合タンパク質」もあれば、②「立体的妨害が生じるのに、基準抗原結合タンパク質によって結合されるエピトープに十分に近接した隣接エピトープに結合する抗原結合タンパク質」もある、という科学的事実を述べているにすぎない。したがって、訂正事項１によって、本件明細書の段落【０１４０】の１文から上記②を削除したところで、「競合アッセイ」という科学実験によって同定される抗原結合に①も②も含まれるという事実には何らの影響も与えず、特許請求の範囲における「競合」の意義に何らの影響も与えない。
以上のとおり、訂正事項１は、特許請求の範囲を何ら減縮するものではなく、その目的は、「特許請求の範囲の減縮」（特許法１３４条の２第１項ただし書１号）に該当せず、その他の目的（同項ただし書２号から４号まで）にも該当しないから、訂正目的要件（同項）に反する。訂正事項１が訂正目的要件に違反する以上、本件再訂正発明１－１、１－２、２－１及び２－２のいずれについても、訂正の再抗弁は成立し得ない。(ｲ) 控訴人が訂正事項２により改変しようとする、本件明細書の段落【０１３８】の１文は、単に、「中和抗原結合タンパク質」又は「中和抗体」が、「リガンドに結合し、そのリガンドの生物学的効果を妨げ、又は低下させる」態様をいくつか例示しているにすぎない。すなわち、その前の１文において、「中和抗原結合タンパク質」又は「中和抗体」という用語について、「リガンドに結合し、そのリガンドの生物学的効果を妨げ、又は低下させる」ものであるとして、その意義を明確にした上で、控訴人が訂正事項２により改変しようとする１文では、「リガンドに結合し、そのリガンドの生物学的効果を妨げ、又は低下させる」態様のいくつかの例示として、「例えば」として、①「リガンド上の結合部位を直接封鎖することによる」場合もあれば、②「リガンドに結合し、間接的な手段（リガンド中の構造的又はエネルギー的変化など）を通じて、リガンドの結合能を変化させることによる」場合もある、という科学的事実を述べているにすぎない。
本件明細書には、上記①及び②の態様以外にも、競合・中和の態様として、種々の態様が記載されており、本件再訂正後の発明にも多種多様な抗体が含まれる。
したがって、例示を記載するにすぎない、本件明細書の段落【０１３８】の上記１文において、上記②を削除したところで、「リガンドに結合し、そのリガンドの生物学的効果を妨げ、又は低下させる」態様に①も②も含まれるという事実に対しては、何らの影響も与えない。「中和」の意義はその前の１文で明確にされており、訂正事項２は、特許請求の範囲における「中和」の意義に何らの影響も与えない。
以上のとおり、訂正事項２は、特許請求の範囲を何ら減縮するものではなく、その目的は、「特許請求の範囲の減縮」（特許法１３４条の２第１項ただし書１号）に該当せず、その他の目的（同項ただし書２号から４号まで）にも該当しないから、訂正目的要件（同項）に反する。訂正事項２が訂正目的要件に違反する以上、本件再訂正発明１－１、１－２、２－１及び２－２のいずれについても、訂正の再抗弁は成立し得ない。(ｳ) 本件再訂正前の発明に含まれる抗体（ＬＤＬＲとＰＣＳＫ９との結合を中和する抗体であって、参照抗体と競合する抗体）を、「Ｆａｂ断片による中和」（訂正事項３）あるいは「Ｆａｂ断片同士による競合」（訂正事項４）によって、さらに限定することは、本件明細書に何ら記載されていない。すなわち、本件明細書には、「抗原結合タンパク質」の例示として、「抗体」と「その断片」が並列的に記載されているにすぎないのであって、「抗体」について、さらに、そのＦａｂ断片のみを問題として、「Ｆａｂ断片による中和」あるいは「Ｆａｂ断片同士による競合」によって特定することは、本件明細書に記載されていない。
本件明細書の実施例においては、中和アッセイや競合アッセイは全て「抗体」を用いて行われており、得られた抗体について、さらに、抗体の断片のみを構築して、「Ｆａｂ断片による中和」あるいは「Ｆａｂ断片同士による競合」に対応する実験は行われていない。「Ｆａｂ断片による中和」あるいは「Ｆａｂ断片同士による競合」という追加の発明特定事項によって特定される抗体を得るためには、抗ＰＣＳＫ９モノクローナル抗体を取得した上で、そのような抗体が、結合中和できることを試験し、参照抗体と競合することを試験するのみならず、追加の試験が必要となるが、そのような追加の試験を行うべきことについて本件明細書に記載されているわけではなく、追加の試験を行うことにより優れた抗体を同定したという実施例が記載されていることもなく、そのような追加の試験をして特定される抗体にいかなる技術的意義があるのかも記載されていない。
以上によれば、訂正事項３及び４は、新規事項追加禁止要件（特許法１３４条の２第９項が準用する同法１２６条５項）に違反する。訂正事項３及び４が新規事項追加禁止要件に違反する以上、本件再訂正発明１－２、２－１及び２－２について、訂正の再抗弁は成立し得ない。(ｴ) 本件明細書において、段落【０１３８】には、「直接封鎖」と「間接的な手段による阻害」が記載され、後者の例示として、リガンド中の構造的変化を惹起させること、及びリガンド中のエネルギー変化を惹起させることが記載されている。また、段落【０２６９】には、競合について、同じエピトープに結合することに加え、重複するエピトープに結合することによる阻害についても記載されており、これらは上記「直接封鎖」に該当する。さらに、段落【０１４０】には、競合について、基準抗原結合タンパク質（リガンド又は参照抗体）と立体的妨害を生じさせる位置（隣接するエピトープ）に結合し立体的妨害により阻害することが記載されている。
このように、本件明細書には、競合又は中和について、様々な態様が記載されているところ、上記各態様による阻害のいずれも、抗体のＦａｂ部分が抗原に結合することによってもたらされるものにすぎない。したがって、訂正事項３又は４によって特定したところで、上記のような様々な態様のうち、何一つ含まれなくなる態様が想定されているとはいえない。すなわち、上記各態様について、抗体では上記態様の競合・中和が生じるが、Ｆａｂ断片ではそのような態様の競合・中和が生じない場合があることは想定されていない。
よって、抗体として「中和・競合」し、これに加え、Ｆａｂ断片のみでも「中和する」（訂正事項３）あるいは「競合する」（訂正事項４）との発明特定事項を追加したところで、そのような限定によって本件明細書に明示された中和又は競合の種々の態様から除かれるべきものが本件明細書において特段想定されているとはいえず、本件再訂正前の発明の抗体には含まれていたものが、本件再訂正発明の抗体には含まれなくなったということが想定されているとはいえない。
以上のとおり、訂正事項３及び４は、これが特許請求の範囲を減縮するものであるとは本件明細書から理解し得るものではなく、
「特許請求の
範囲の減縮」（特許法１３４条の２第１項ただし書１号）に該当せず、その他の目的（同項ただし書２号から４号まで）にも該当しないから、訂正目的要件（同項）に反する。訂正事項３及び４が訂正目的要件に違反する以上、本件再訂正発明１－２、２－１及び２－２について、訂正の再抗弁は成立し得ない。
(ｵ) 上記(ｱ)ないし(ｴ)のとおり、訂正事項１ないし４はいずれも訂正要件に違反する。これらは別個の訂正事項であり、いずれかが訂正要件違反であれば、その訂正事項が関係する請求項についての訂正は認められない。
したがって、本件再訂正発明１－１、１－２、２－１及び２－２のいずれについても、訂正の再抗弁は成立し得ない。
イ 本件再訂正によっても、サポート要件違反の理由１は解消されておらず、本件再訂正発明には、依然としてサポート要件違反の理由１の無効理由があるため、訂正の再抗弁が成立する余地がない。
(ｱ) 第２回各審決取消訴訟の知財高裁判決は、特許請求の範囲には多種多様な抗体が含まれていることの単なる一例として、「参照抗体の結合部位とは異なり、かつ、ＬＤＬＲの結合部位とは異なる部位に結合し、参照抗体に軽微な立体的障害をもたらして、参照抗体の結合を妨げる抗体」に言及したにすぎない。上記判決は、そのような抗体さえ含まれなければサポート要件違反の理由１が解消することになると理解し得るものではない。
(ｲ) 第２回各審決取消訴訟の上記判決は、本件特許に係る発明の技術的意義は、「参照抗体と競合する抗体であれば、参照抗体と同様のメカニズムにより、結合中和抗体としての機能的特性を有する」点に求められなければならず、参照抗体と競合する抗体に結合中和性がないものが含まれるとするとその技術的意義の前提が崩れることが明らかである、とする。本件再訂正には、「参照抗体との競合」に関し、「Ｆａｂ断片同士による競合」という発明特定事項や、「参照抗体と８０％以上の競合」という発明特定事項がある。
しかし、参照抗体である３１Ｈ４抗体や２１Ｂ１２抗体は、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲの結合部位の端部（エッジ）に結合する抗体である。そして、ある抗体が参照抗体と競合する場合において、ＬＤＬＲとＰＣＳＫ９との結合部位とは反対側で参照抗体と競合する位置においてＰＣＳＫ９と結合することもあり得る。このような位置関係からして、参照抗体と８０％以上競合する抗体であるからといって、ＬＤＬＲとＰＣＳＫ９との結合を中和することができる位置において、ＰＣＳＫ９に結合するとはいえない。
また、前記ア(ｴ)のとおり、そもそもある抗体が参照抗体と競合する場合には、およそ当該抗体のＦａｂ断片は参照抗体のＦａｂ断片と競合することが想定されているのであるから、訂正事項４の「Ｆａｂ断片同士による競合」という発明特定事項を加えたところで、およそ特許請求の範囲が減縮されるとはいえない。そのため、ある抗体が参照抗体と競合することに加えて、当該抗体のＦａｂ断片が参照抗体のＦａｂ断片と競合するという発明特定事項を加えたところで、当該抗体がＬＤＬＲとＰＣＳＫ９との結合を中和することができる位置において、ＰＣＳＫ９に結合するとはいえない。
したがって、ある参照抗体と競合する抗体が参照抗体と８０％以上競合するからといって、あるいは、ある参照抗体と競合する抗体のＦａｂ断片が参照抗体のＦａｂ断片と競合するからといって、当該参照抗体と競合する抗体には、「参照抗体の結合部位とは異なり、かつ、ＬＤＬＲの結合部位とは異なる部位に結合し、参照抗体に『軽微ではない』あるいは『軽微な』立体的障害をもたらして、参照抗体の結合を妨げる抗体も含まれ得る」ことには変わりがない。そして、このような抗体は、「参照抗体のエピトープと同じ又は重複するエピトープに結合することにより参照抗体と同様のメカニズムによってＬＤＬＲとＰＣＳＫ９との結合を阻害するという機能的特性を有する抗体である」とはいえず、「ＬＤＬＲとＰＣＳＫ９との結合を中和する抗体である」ともいえない。
したがって、本件再訂正発明には、依然として、サポート要件違反の理由１の無効理由がある。
(ｳ) 第２回各審決取消訴訟の知財高裁判決における本件特許に係る発明に関する判断が示すとおり、本件再訂正発明には、極めて多種多様な抗体が含まれており、様々な態様によって中和や競合をする抗体が含まれている。このような多種多様な抗体について、本件明細書に記載されているとはいえず、出願時においてこのような抗体を取得する方法が技術常識であったともいえない。この点からも、本件再訂正発明にはサポート要件違反の理由１の無効理由がある。
第３ 当裁判所の判断
当裁判所は、訂正の再抗弁は理由がなく、本件特許（本件特許１及び２）は、いずれもサポート要件を充足せず、特許無効審判により無効にされるべきものと認められるから、特許権者である控訴人は、被控訴人に対し本件特許権を行使することができず、控訴人の請求は理由がないものと判断する。その理由は、以下のとおりである。
１ 本件特許に係る発明の概要等について
⑴本件明細書の記載
本件明細書には、原判決別紙２「本件明細書の記載」及び本判決別紙１「本件明細書の記載（原判決別紙２に記載のないもの）」のとおりの記載があり、これらの記載によれば、本件特許に係る発明に関し、次の事項が開示されている。
ア 本件特許に係る発明は、ＰＣＳＫ９（プロタンパク質コンベルターゼスブチリシンケクシン９型）に結合する抗原結合タンパク質等に関するものである。ＰＣＳＫ９は、低密度リポタンパク質受容体（ＬＤＬＲ）タンパク質のレベルの制御に関与するセリンプロテアーゼであり、ＬＤＬＲタンパク質と直接相互作用し、ＬＤＬＲと共に肝臓の細胞内に取り込まれ、肝臓中のＬＤＬＲタンパク質のレベルを減少させ、さらには、細胞表面（細胞外）でＬＤＬへの結合に利用可能なＬＤＬＲタンパク質の量を減少させることにより、対象中のＬＤＬの量を増加させる。（【０００２】、【０００３】、【０００８】、【００１４】、【００７１】）
イ ２１Ｂ１２抗体及び３１Ｈ４抗体（参照抗体）は、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質との結合を強く遮断する中和抗体である（【０１３８】、【０３７７】～【０３７９】（実施例１１））。参照抗体は、結晶構造上、ＬＤＬＲのＥＧＦａドメインの位置と部分的に重複し、ＰＣＳＫ９へのその結合を立体的に妨害する（【０４４４】（実施例３１）、図２０Ａ）。
ウ ＬＤＬＲのＥＧＦａドメインは、ＰＣＳＫ９の触媒ドメインに結合する。結晶構造上、ＥＧＦａドメインの５オングストローム以内に存在するＰＣＳＫ９残基は、ＬＤＬＲのＥＧＦａドメインとの相互作用界面の特異的コアＰＣＳＫ９アミノ酸残基（コア残基）である。また、ＥＧＦａドメインの５オングストロームから８オングストロームに存在するＰＣＳＫ９残基は、ＬＤＬＲのＥＧＦａドメインとの相互作用界面の境界ＰＣＳＫ９アミノ酸残基である。これらのアミノ酸残基のいずれかと相互作用し、又は遮断する抗体は、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲのＥＧＦａドメイン（及び／又はＬＤＬＲ一般）との間の相互作用を阻害する抗体として有用であり得る。（【０４２８】～【０４３２】（実施例２８）、図１７）。
図１９Ａに図示されるように、参照抗体は、ＰＣＳＫ９の触媒ドメインに結合する。２１Ｂ１２抗体と３１Ｈ４抗体とは異なる結合部位を有し、両者は同時にＰＣＳＫ９に結合することができる。結晶構造上、２１Ｂ１２抗体及び３１Ｈ４抗体の５オングストローム以内に存在するＰＣＳＫ９のアミノ酸残基は、それぞれ、２１Ｂ１２抗体及び３１Ｈ４との相互作用界面の特異的コアＰＣＳＫ９アミノ酸残基（コア残基）である。ＬＤＬＲのＥＧＦａドメインとの相互作用界面の特異的コアＰＣＳＫ９アミノ酸残基（コア残基）又はＬＤＬＲのＥＧＦａドメインとの相互作用界面の境界ＰＣＳＫ９アミノ酸残基のいずれかの残基と相互作用し、又は遮断する抗体は、ＰＣＳＫ９／ＬＤＬＲ相互作用の阻害のために有用であり得る（【０４３３】、【０４３４】、【０４３７】（以上、実施例２９）、【０４３８】～【０４４０】、【０４４３】（以上、実施例３０）、図１９Ａ）。また、実施例３０から得られた三次複合体（ＰＣＳＫ９／３１Ｈ４／２１Ｂ１２、図１９Ａ）の構造をＰＣＳＫ９／ＥＧＦａドメイン構造（実施例２８、図１７）上に重ね合わせた結果が図２０Ａである。同図が示すように、２１Ｂ１２抗体及び３１Ｈ４抗体のいずれも、ＬＤＬＲのＥＧＦａドメインの位置と部分的に重複し、ＰＣＳＫ９へのその結合を立体的に妨害する（【０４４４】（実施例３１）、図２０Ａ）。
エ 参照抗体と「競合」するモノクローナル抗体は、ＰＣＳＫ９への参照抗体の結合を妨げ、又は阻害する（例えば、低下させる）抗体である（【０１３８】、【０１４０】、【０２６１】、【０２６２】、【０２６９】）。
オ ＰＣＳＫ９に対する中和ＡＢＰ（抗体）は、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中和し、ＬＤＬＲの量を増加させることにより、対象中のＬＤＬの量を低下させ、対象中の血清コレステロールの低下をもたらす効果を奏し、また、この効果により、高コレステロール血症等の上昇したコレステロールレベルが関連する疾患を治療し、又は予防し、疾患のリスクを低減することができるので、治療的に有用であり得る（【０１５５】、【０２７０】、【０２７１】、【０２７６】）。
⑵本件特許に係る発明の概要
本件明細書の上記開示事項によれば、本件特許に係る発明は、ＬＤＬＲタンパク質の量を増加させることにより、対象中のＬＤＬの量を低下させ、対象中の血清コレステロールの低下をもたらす効果を奏し、また、この効果により、高コレステロール血症などの上昇したコレステロールレベルが関連する疾患を治療し、又は予防し、疾患のリスクを低減すること、そのために、ＬＤＬＲタンパク質と結合することにより、対象中のＬＤＬＲタンパク質の量を減少させ、ＬＤＬの量を増加させるＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質との結合を中和する抗体又はこれを含む医薬組成物を提供することを課題とした上で、ＰＣＳＫ９は、ＬＤＬＲのＥＧＦａドメインに結合すること、及び、参照抗体は、結晶構造上、ＬＤＬＲのＥＧＦａドメインの位置と部分的に重複する位置でＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合を立体的に妨害し、その結合を強く遮断する中和抗体であり、参照抗体と「競合」するモノクローナル抗体は、ＰＣＳＫ９への参照抗体の結合を妨げ、又は阻害する（例えば、低下させる）抗体であることを明らかにするものである。
⑶「中和」の意味
ア 本件特許に係る発明における「中和」の意味について、本件明細書には、以下の記載がある。
(ｱ) 「『中和抗原結合タンパク質』又は『中和抗体』という用語は、リガンドに結合し、そのリガンドの生物学的効果を妨げ、又は低下させる、それぞれ、抗原結合タンパク質又は抗体を表す。これは、例えば、リガンド上の結合部位を直接封鎖することによって、又はリガンドに結合し、間接的な手段（リガンド中の構造的又はエネルギー的変化など）を通じて、リガンドの結合能を変化させることによって行うことができる。」（【０１３８】）
(ｲ) 「本明細書中に提供されている抗原結合タンパク質は、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲ間の相互作用を妨害し、遮断し、低下させ、又は調節することができる。このような抗原結合タンパク質は、『中和』と表される。・・・中和ＡＢＰは、ＰＣＳＫ９がＬＤＬＲに結合するのを妨げる位置及び／又は様式で、ＰＣＳＫ９に結合する。このようなＡＢＰは、『競合的に中和する』ＡＢＰと特に記載することができる。」（【０１５５】）
イ 上記アの各記載によれば、本件特許に係る発明における「中和」とは、ＰＣＳＫ９のＬＤＬＲタンパク質結合部位を直接封鎖することによって、又は、ＰＣＳＫ９に結合し、間接的な手段（リガンド中の構造的又はエネルギー的変化等）を通じてＬＤＬＲタンパク質に対するＰＣＳＫ９の結合能を変化させることによって、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の間の相互作用を妨害し、遮断し、低下させ、又は調節することを意味するものと解される。
⑷「競合」の意味
ア 本件特許に係る発明における「競合」の意味について、本件明細書には、以下の記載がある。
(ｱ) 「同じエピトープに対して競合する抗原タンパク質（例えば・・・中和抗体）という文脈において使用される場合の『競合する』という用語は、検査されている抗原結合タンパク質（例えば、抗体又は免疫学的に機能的なその断片）が共通の抗原（例えば、ＰＣＳＫ９又はその断片）への参照抗原結合タンパク質（例えば、リガンド又は参照抗体）の特異的結合を妨げ、又は阻害する（例えば、低下させる）アッセイによって測定された抗原結合タンパク質間の競合を意味する。・・・競合アッセイによって同定される抗原結合タンパク質（競合抗原結合タンパク質）には、基準抗原結合タンパク質と同じエピトープに結合する抗原結合タンパク質及び立体的妨害が生じるのに、基準抗原結合タンパク質によって結合されるエピトープに十分に近接した隣接エピトープに結合する抗原結合タンパク質が含まれる。」（【０１４０】）
(ｲ) 「競合する抗原結合タンパク質・・・ＰＣＳＫ９への特異的結合に関して、本明細書中に記載されているエピトープに結合する例示された抗体又は機能的断片の１つと競合する抗原結合タンパク質が提供される。このような抗原結合タンパク質は、本明細書中に例示されている抗原結合タンパク質の１つと同じエピトープ又は重複するエピトープにも結合し得る。」（【０２６９】）
イ 上記アの各記載によれば、本件特許に係る発明における参照抗体との「競合」とは、参照抗体がＰＣＳＫ９と結合する部位と同一の又は重複するＰＣＳＫ９上の部位に結合して、参照抗体の特異的結合を妨げ、又は阻害する（例えば、低下させる）ことや、参照抗体がＰＣＳＫ９と結合する部位に近接した部位に結合し、参照抗体とＰＣＳＫ９との結合を立体的に妨害して、参照抗体の特異的結合を妨げ、又は阻害する（例えば、低下させる）ことを意味するものと解される。したがって、抗体がＰＣＳＫ９への参照抗体の特異的結合を妨げ、又は阻害する（例えば、低下させる）ことがアッセイにより測定されれば抗体間の「競合」と評価されるものであり、本件特許に係る発明では「競合」の程度は特定されていない。
そうすると、参照抗体と競合する、本件特許に係る発明のモノクローナル抗体は、様々な程度で、参照抗体の特異的結合を妨げ、又は阻害する（例えば、低下させる）ものであって、必ずしも参照抗体がＰＣＳＫ９と結合する同一のＰＣＳＫ９上の部位に結合し、参照抗体の特異的結合を妨げ、又は阻害（例えば、低下させる）する特性を有するモノクローナル抗体に限らず、参照抗体がＰＣＳＫ９と結合するＰＣＳＫ９上の部位と重複する部位に結合し、参照抗体の特異的結合を妨げ、又は阻害（例えば、低下させる）する特性を有するモノクローナル抗体や、参照抗体とＰＣＳＫ９との結合を立体的に妨害する態様でＰＣＳＫ９に結合し、参照抗体のＰＣＳＫ９への特異的結合を妨げ、又は阻害（例えば、低下させる）する特性を有するモノクローナル抗体を含むものであると認められる。
２ 争点２－１－１（サポート要件違反の有無）について
事案に鑑み、まず争点２－１－１（サポート要件違反の有無）について検討する。
⑴特許請求の範囲の記載がサポート要件に適合するか否かは、特許請求の範囲の記載と発明の詳細な説明の記載とを対比し、特許請求の範囲に記載された発明が、発明の詳細な説明に記載された発明で、発明の詳細な説明の記載により当業者が当該発明の課題を解決できると認識できる範囲のものであるか否か、また、発明の詳細な説明に記載や示唆がなくとも当業者が出願時の技術常識に照らし当該発明の課題を解決できると認識できる範囲のものであるか否かを検討して判断すべきものと解される。
⑵本件特許に係る特許請求の範囲についてみると、本件特許１の特許請求の範囲の請求項１（前記第２の２⑶ア(ｱ)【請求項１】）及び本件特許２の特許請求の範囲の請求項１（前記第２の２⑶ア(ｲ)【請求項１】）（いずれも本件再訂正前のもの）は、いずれも、①「ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合を中和することができ」、②ＰＣＳＫ９との結合に関して、２１Ｂ１２抗体（本件特許１の特許請求の範囲の請求項１の場合）又は３１Ｈ４抗体（本件特許２の特許請求の範囲の請求項１の場合）（参照抗体）と「競合する」、③「単離されたモノクローナル抗体」との発明特定事項を有するものであり、①と②の発明特定事項は、③のモノクローナル抗体の性質を決定するものと解される。
⑶前記１⑵のとおり、本件明細書の開示事項によれば、本件特許に係る発明は、ＬＤＬＲタンパク質の量を増加させることにより、対象中のＬＤＬの量を低下させ、対象中の血清コレステロールの低下をもたらす効果を奏し、また、この効果により、高コレステロール血症などの上昇したコレステロールレベルが関連する疾患を治療し、又は予防し、疾患のリスクを低減すること、そのために、ＬＤＬＲタンパク質と結合することにより、対象中のＬＤＬＲタンパク質の量を減少させ、ＬＤＬの量を増加させるＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質との結合を中和する抗体又はこれを含む医薬組成物を提供することを課題とするものであり、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質との結合を強く遮断する中和抗体である参照抗体と競合する抗体は、ＰＣＳＫ９への参照抗体の結合を妨げ、又は阻害する単離されたモノクローナル抗体であることを明らかにするものであると理解される。
そして、前記１⑶のとおり、本件特許に係る発明における「中和」とは、タンパク質結合部位を直接封鎖してＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の間の相互作用を妨害し、遮断し、低下させ、又は調節する以外に、間接的な手段（リガンド中の構造的又はエネルギー変化等）を通じてＬＤＬＲタンパク質に対するＰＣＳＫ９の結合能を変化させる態様を含むものである。しかし、参照抗体自体が、結晶構造上、ＬＤＬＲのＥＧＦａドメインの位置と部分的に重複する位置でＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合を立体的に妨害し、その結合を強く遮断する中和抗体である（前記１⑵）。そして、ＬＤＬＲのＥＧＦａドメインは、ＰＣＳＫ９の触媒ドメインに結合するものであり、ＥＧＦａドメインが結合する領域内に存在するＰＣＳＫ９残基のいずれかと相互作用し、又は遮断する抗体は、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの間の相互作用を阻害する抗体として有用であり得るとされる（前記１⑴ウ）。これらの点に鑑みれば、本件特許に係る発明における「ＰＣＳＫ９との結合に関して、２１Ｂ１２抗体と競合する」及び「ＰＣＳＫ９との結合に関して、３１Ｈ４抗体と競合する」との発明特定事項も、参照抗体と競合する抗体であれば、参照抗体と同様のメカニズムにより、ＬＤＬＲタンパク質の結合部位を直接封鎖して（具体的には、結晶構造上、抗体がＬＤＬＲのＥＧＦａドメインの位置と重複する位置でＰＣＳＫ９に結合して）、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の間の相互作用を妨害し、遮断し、低下させ、又は調節することを明らかにする点に技術的意義があるものというべきである。⑷ア前記１⑴ウのとおり、本件明細書の記載から、２１Ｂ１２抗体及び３１Ｈ４抗体のいずれも、結晶構造上、ＬＤＬＲのＥＧＦａドメインの位置と部分的に重複し、ＰＣＳＫ９へのその結合を立体的に妨害するものであると認められ、当業者はこのことを理解することができるといえる。
イ 他方、本件明細書の記載においては、エピトープビニングを行った結果、参照抗体の２１Ｂ１２抗体又は３１Ｈ４抗体と競合するものとして同定された抗体であるが、当該参照抗体と同一性が高いとはいえないアミノ酸配列を有するものが開示されている（段落【０３７３】、【０３７４】、実施例３７、【０４８９】～【０４９５】、【表１７】（表３７．１）、図２３Ａ～Ｄ、【０１３８】）。
本件明細書には、上記競合する抗体として同定された抗体の中で中和活性を有すると記載される抗体がＰＣＳＫ９上へ結合する位置についての具体的な記載はなされておらず、参照抗体と同一性が高いとはいえないアミノ酸配列が異なるグループの抗体については、エピトープビニングのようなアッセイで競合すると評価されたことをもって、抗体がＰＣＳＫ９上に結合する位置が明らかになるといった技術常識は認められない以上、ＰＣＳＫ９上で結合する位置が明らかとはいえない。
また、本件特許に係る発明の「ＰＣＳＫ９との結合に関して、参照抗体と競合する」との性質を有する抗体には、本件明細書の発明の詳細な説明に具体的に記載される数グループの抗体以外に非常に多種、多様な抗体が包含されるといえる上、前記１⑷イのとおり、このような抗体には、参照抗体がＰＣＳＫ９と結合するＰＣＳＫ９上の部位と重複する部位に結合し、参照抗体の特異的結合を妨げ、又は阻害する（例えば、低下させる）抗体にとどまらず、参照抗体とＰＣＳＫ９との結合を立体的に妨害する態様でＰＣＳＫ９に結合し、様々な程度で参照抗体のＰＣＳＫ９への特異的結合を妨げ、又は阻害する（例えば、低下させる）抗体をも包含するものである。そうすると、その中には、例えば、参照抗体がＰＣＳＫ９と結合する部位と異なり、かつ、結晶構造上、抗体がＬＤＬＲのＥＧＦａドメインの位置とも異なる部位に結合し、参照抗体に軽微な立体的障害をもたらして、参照抗体のＰＣＳＫ９への特異的結合を妨げ、又は阻害する（例えば、低下させる）もの等も含まれ得るところ、このような抗体がＰＣＳＫ９に結合する部位は、結晶構造上、ＬＤＬＲのＥＧＦａドメインの位置と重複する位置ではないのであるから、ＬＤＬＲタンパク質の結合部位を直接封鎖して、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の間の相互作用を妨害し、遮断し、低下させ、又は調節するものとはいえない。
前記⑶のとおり、本件特許に係る発明の技術的意義は、参照抗体と競合する抗体であれば、参照抗体と同様のメカニズムにより、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質との結合を中和する抗体としての特性を有することを特定する点にあるというべきところ、前記１⑷イのとおり、参照抗体と競合する抗体であれば、ＬＤＬＲのＥＧＦａドメインと相互作用する部位（本件明細書の記載（前記１⑴ウ）からは、ＥＧＦａドメインの５オングストローム以内に存在するＰＣＳＫ９残基として定義されるＬＤＬＲのＥＧＦａドメインとの相互作用界面の特異的コアＰＣＳＫ９アミノ酸残基（コア残基）、又はＥＧＦａドメインの５オングストロームから８オングストロームに存在するＰＣＳＫ９残基として定義されるＬＤＬＲのＥＧＦａドメインとの相互作用界面の境界ＰＣＳＫ９アミノ酸残基と理解され得る。）に結合してＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合部位を直接封鎖するとはいえず、他には、参照抗体と競合する抗体であれば、どのようなものであっても、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲのＥＧＦａドメイン（及び／又はＬＤＬＲ一般）との間の相互作用（結合）を阻害する抗体となる、とするメカニズムについての開示がない以上、当業者において、参照抗体と競合する抗体が結合中和抗体であるとの理解に至ることは困難というほかない。
ウ 以上のとおり、「ＰＣＳＫ９との結合に関して、２１Ｂ１２抗体と競合する抗体」、あるいは「ＰＣＳＫ９との結合に関して、３１Ｈ４抗体と競合する抗体」であれば、参照抗体である２１Ｂ１２抗体又は３１Ｈ４抗体と同様に、ＬＤＬＲタンパク質の結合部位を直接封鎖して（具体的には、結晶構造上、抗体がＬＤＬＲのＥＧＦａドメインの位置と重複する位置でＰＣＳＫ９に結合して）、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の間の相互作用を妨害し、遮断し、低下させ、又は調節するものであるとはいえないから、「ＰＣＳＫ９との結合に関して、２１Ｂ１２抗体と競合する抗体」あるいは「ＰＣＳＫ９との結合に関して、３１Ｈ４抗体と競合する抗体」であれば、結合中和抗体としての機能的特性を有すると認めることもできない。なお、前記１⑶のとおり、本件特許に係る発明における「中和」とは、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質結合部位を直接封鎖するものに限らず、間接的な手段（リガンド中の構造的又はエネルギー変化等）を通じてＬＤＬＲタンパク質に対するＰＣＳＫ９の結合能を変化させる態様を含むものではあるが、「ＰＣＳＫ９との結合に関して、２１Ｂ１２抗体と競合する抗体」、あるいは「ＰＣＳＫ９との結合に関して、３１Ｈ４抗体と競合する抗体」であれば、上記間接的な手段を通じてＬＤＬＲタンパク質に対するＰＣＳＫ９の結合能を変化させる抗体となることが、本件出願時の技術常識であったとはいえないし、本件明細書の発明の詳細な説明に開示されていたということもできない。
エ 以上の点は、Ｂ博士の供述書⑴（乙２の１）に記載された実証実験の結果及び同実証実験を踏まえたＣ博士の供述書⑴（乙２の２）からも裏付けられる。
上記実証実験は、リジェネロンから提供された６３の抗体について参照抗体との競合及び結合中和性を実験したものであるが、競合に関して５０％の閾値を用いた結果、２１Ｂ１２抗体については１３の抗体が、３１Ｈ４抗体については３４の抗体が、それぞれ参照抗体と競合するが、前者についてはこのうち１０の抗体（約８０％）が、後者についてはこのうち２８の抗体（８０％を超える）が、結合中和性を有しないことが確認されており、参照抗体と競合する抗体であれば結合中和性を有するものとはいえないことが具体的な実験結果として示されている（乙２の１の訳文６～９頁、資料Ｂ１、乙２の２の訳文６頁の表１）。
そして、Ｃ博士は、「本件特許によれば、２１Ｂ１２抗体の結合部位はｈＰＣＳＫ９上のＬＤＬＲの結合部位と部分的にしか重複しないから・・別の抗体の結合部位は、ＬＤＬＲの結合部位と重複することなく２１Ｂ１２結合部位と重複し得るのであり、このようにして、別の抗体は、ｈＰＣＳＫ９－ＬＤＬＲの結合部位と重複することなく２１Ｂ１２結合部位と重複し得」ると述べ、３１Ｈ４抗体についても同様の指摘をした上で、参照抗体と競合する抗体がＬＤＬＲに対する結合を中和するだろうというのは科学的に誤りである旨の意見を述べている（乙２の２の訳文６、７頁）。
オ 前記⑶のとおり、参照抗体と競合する抗体であれば、参照抗体と同様のメカニズムにより、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質との結合中和抗体としての機能的特性を有することを特定した点に本件特許に係る発明の技術的意義があるというべきであって、参照抗体と競合する抗体に結合中和性がないものが含まれるとすると、その技術的意義の前提が崩れることは明らかである。本件のような事例において、結合中和性のないものを文言上除けば足りると解すれば、抗体がＰＣＳＫ９と結合する位置について、例えば、ＰＣＳＫ９の大部分などといった極めて広範な指定を行うことも許されることになり、特許請求の範囲を正当な根拠なく広範なものとすることを認めることになるから、相当でない。
なお、仮に、本件特許１の特許請求の範囲の請求項１（前記第２の２⑶ア(ｱ)【請求項１】）及び本件特許２の特許請求の範囲の請求項１（前記第２の２⑶ア(ｲ)【請求項１】）は、ＰＣＳＫ９との結合に関して、参照抗体と競合する抗体のうち、「ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合を中和することができ」る抗体のみを対象としたものであると解したとしても、本件特許に係る発明のＰＣＳＫ９との競合に関して、参照抗体と競合するとの発明特定事項は、参照抗体が結合する位置と同一又は重複する位置に結合する抗体にとどまるものではなく、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合に立体的妨害が生じる位置に結合する様式で競合する抗体をも含むものである（前記１⑷イ）から、このような抗体についても結合中和抗体であることがサポートされる必要があるところ、参照抗体が結合する位置と同一又は重複する位置に結合する抗体の場合とは異なり、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質との結合に立体的妨害が生じる位置に結合する様式で競合する抗体が結合を中和するメカニズムについては本件明細書には何らの記載はなく、また、ビニングによる実験結果（前記イ）に基づく結合中和抗体について、これらが立体的に妨害する抗体であることを示唆する記載はない。そうすると、本件明細書の発明の詳細な説明には、参照抗体と競合する抗体のうちＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質との結合に立体的妨害が生じる位置に結合する様式で競合する抗体が結合中和活性を有することについて何らの開示がないというほかなく、この点からも、本件特許はサポート要件を満たさない。
⑸以上によれば、ＥＧＦａミミックに関する主張（原判決第２の４⑵ウ〔控訴人の主張〕
（原判決１８頁３行目から２０頁８行目まで）、前記第２の５⑴）の当否を検討するまでもなく、本件特許１の特許請求の範囲の請求項１（前記第２の２⑶ア(ｱ)【請求項１】）及び本件特許２の特許請求の範囲の請求項１（前記第２の２⑶ア(ｲ)【請求項１】）（いずれも本件再訂正前のもの）は、いずれもサポート要件を満たすとは認められない。
そして、本件発明１に係る請求項（前記第２の２⑶ア(ｱ)【請求項９】）は、「請求項１に記載の単離されたモノクローナル抗体を含む、医薬組成物。」（ここでいう「請求項１」は、本件特許１の特許請求の範囲の請求項１（前記第２の２⑶ア(ｱ)【請求項１】）を指す。）であり、本件発明２に係る請求項（前記第２の２⑶ア(ｲ)【請求項５】）は、「請求項１に記載の単離されたモノクローナル抗体を含む、医薬組成物。」（ここでいう「請求項１」は、本件特許２の特許請求の範囲の請求項１（前記第２の２⑶ア(ｲ)【請求項１】）を指す。）であるから、本件発明１及び２に係る請求項の記載も、同様にサポート要件を満たすとは認められない。
そうすると、本件特許（本件特許１及び本件特許２）の請求項（本件再訂正前のもの）の記載は、いずれもサポート要件に適合しないものである。⑹控訴人の補充主張について検討すると、控訴人は、前記第２の５⑵のとおり、「ＰＣＳＫ９との結合に関して参照抗体と競合する」という構成（構成ｉｉ）を満たす抗体が「ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質との結合を中和することができる」という構成（構成ｉ）を満たす必要はないなどと主張する。しかし、前記⑶のとおり、本件特許に係る発明における「中和」とは、タンパク質結合部位を直接封鎖してＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の間の相互作用を妨害し、遮断し、低下させ、又は調節する以外に、間接的な手段を通じてＬＤＬＲタンパク質に対するＰＣＳＫ９の結合能を変化させる態様を含むものであるけれども、参照抗体自体が、結晶構造上、ＬＤＬＲのＥＧＦａドメインの位置と部分的に重複する位置でＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合を立体的に妨害し、その結合を強く遮断する中和抗体であると認められることを踏まえると、本件特許に係る発明は、参照抗体と競合する抗体であれば、参照抗体と同様のメカニズムにより、ＬＤＬＲタンパク質の結合部位を直接封鎖して（具体的には、結晶構造上、抗体がＬＤＬＲのＥＧＦａドメインの位置と重複する位置でＰＣＳＫ９に結合して）、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の間の相互作用を妨害し、遮断し、低下させ、又は調節することを明らかにする点に技術的意義があるものと解されるのであって、控訴人の上記主張を考慮しても、この判断は左右されない。
その他、控訴人の前記第２の５⑵における主張を考慮しても、前記⑴ないし⑸の判断を不当とすべき根拠となる事情は認められない。
したがって、控訴人の上記主張は採用することができない。
３ 争点２－６（被控訴人によるサポート要件違反及び実施可能要件違反の主張が許されないものであるか否か）について
⑴ア控訴人は、当審において、前記第２の５⑶のとおり、被控訴人によるサポート要件違反及び実施可能要件違反の主張は、一事不再理効（特許法１６７条）及び訴訟上の信義則（民事訴訟法２条）に反して許されないと主張するので、以下、検討する。
イ 特許法１６７条は、特許無効審判又は延長登録無効審判の審決が確定したときは、当事者及び参加人は、同一の事実及び同一の証拠に基づいてその審判を請求することができないことを定める規定であり、特許無効審判等の当事者が、侵害訴訟において同法１０４条の３第１項の無効の抗弁を主張することができないことを規定したものではない。しかし、特許法１６７条の趣旨は、先の審判の当事者及び参加人は、先の審判で主張立証を尽くすことができたにもかかわらず、審決が確定した後に同一の事実及び同一の証拠に基づいて紛争の蒸し返しをできるとすることが不合理であるため、同一の当事者及び参加人による再度の無効審判請求を制限することにより、紛争の蒸し返しを防止し、紛争の一回的解決を実現させることにあると解される。そして、このような紛争の蒸し返しの防止及び紛争の一回的解決の要請は、無効審判手続においてのみ妥当するものではないから、無効審判請求の請求不成立の審決が確定した場合に、この審判請求をしたのと同一の当事者が、侵害訴訟において、同一の事実及び同一の証拠に基づいて、無効の抗弁を主張することが、特許法１６７条の趣旨に照らし、訴訟上の信義則に反して許されない場合はあり得ると解される。
ウ 控訴人は、平成２９年、被控訴人に対し、本件特許権に基づき、被控訴人製品の譲渡等の差止め等を求める差止訴訟を提起したが、差止訴訟では損害賠償請求をしなかった（甲１４、１５）。その後控訴人は、令和２年３月３１日、本件特許権に基づく損害賠償を求める本件訴訟を提起したが、このように差止め等を求める訴訟と損害賠償を求める訴訟を分けて提起したのは、控訴人の意向によるものであって、被控訴人は、控訴人による本件訴訟の提起によって再び防御のための主張立証をすべき立場に置かれたものである。
差止訴訟においては、平成３１年１月１７日、東京地裁が、差止を認容する判決を言い渡し、被控訴人が控訴したが、知財高裁は、令和元年７月３日に控訴審の口頭弁論を終結し、同年１０月３０日、被控訴人の控訴を棄却する判決を言い渡し、令和２年４月２４日、最高裁が上告不受理決定をしたことにより、東京地裁の上記判決は確定した（前記第２の２⑺）。他方、控訴人による本件訴訟提起（令和２年３月３１日）の前である令和２年２月１２日、リジェネロンが、本件特許について第二次各無効審判を請求し、これに対して請求不成立の審決を受けた後、令和３年８月１３日、第２回各審決取消訴訟を提起し、差止訴訟や第１回各審決取消訴訟で提出されていなかった新証拠を提出し、本件訴訟の原判決言渡（令和５年９月２８日）前である令和５年１月２６日、第２回各審決取消訴訟において、知財高裁が上記審決を取り消す判決を言い渡した。この知財高裁判決は、本件訴訟において被控訴人がサポート要件違反の理由の一つとして主張している理由１が認められるとして、本件特許に係る発明がサポート要件に適合しないと判断した（前記２と同旨の判断である。乙５１の１・２）。同知財高裁判決は、令和５年９月１４日、最高裁が上告棄却及び上告不受理の決定をしたことにより確定し（前記第２の２⑻）、その後第二次各無効審判の手続が再開した。
以上のとおり、控訴人は、その意向により、同じ特許権に基づき、侵害訴訟として差止め等を求める訴訟（差止訴訟）と損害賠償を求める訴訟（本件訴訟）を分けて提起し、被控訴人は本件訴訟において二度目の防御のための主張立証活動が必要となったものであるところ、本件訴訟の事実審口頭弁論終結時（令和７年１月２９日）までには、差止訴訟の事実審口頭弁論終結時（令和元年７月３日）までには生じていなかった事情、すなわち、リジェネロンによる第二次各無効審判請求（令和２年２月１２日）とそれに対する請求不成立審決、第２回各審決取消訴訟の提起（令和３年８月１３日）、第２回各審決取消訴訟における新証拠の提出と、上記請求不成立審決を取り消す知財高裁の判決の言渡し（令和５年１月２６日）、最高裁による上告棄却及び上告不受理決定による同判決の確定（令和５年９月１４日）、第二次各無効審判の再開という事情が生じたものである。これらの事実を総合すれば、被控訴人が差止訴訟において理由１（前記第２の６⑵）に相当するサポート要件違反の理由の主張をしたが、この理由が採用されず、差止訴訟においてサポート要件違反が認められなかったとしても、本件訴訟において、被控訴人が、理由１を含め、本件特許に係る発明がサポート要件違反であると主張することは、何ら蒸し返しに当たらず、この主張をすることが訴訟上の信義則に反するとは解されないし、特許法１６７条の趣旨に反するとも解されない。
エ また、本件訴訟で被控訴人が証拠として提出した、Ｂ博士及びＣ博士の各供述書（乙２の１・２）は、第２回各審決取消訴訟で提出されたが（同訴訟の甲２の１・２）、差止訴訟、第１回各審決取消訴訟では提出されていなかったものである（弁論の全趣旨）。Ｂ博士の供述書⑴（乙２の１）は２０１９年（令和元年）１２月１３日付け、Ｃ博士の供述書⑴（乙２の２）は同月１６日付けで、いずれも、差止訴訟の事実審の口頭弁論終結時（令和元年７月３日）及び第１回各審決取消訴訟の事実審の口頭弁論終結時（平成３０年１０月１０日）の後の作成日付であり、被控訴人又はサノフィ社において、これらの証拠又はこれらと同趣旨の証拠を差止訴訟の事実審の口頭弁論終結時又は第１回各審決取消訴訟の事実審の口頭弁論終結時以前に提出できたことをうかがわせる具体的な事情はない。
そして、上記各供述書は、本件特許１の特許請求の範囲の請求項１（前記第２の２⑶ア(ｱ)【請求項１】）及び請求項９（同【請求項９】）（本件発明１の請求項）、本件特許２の特許請求の範囲の請求項１（前記第２の２⑶ア(ｲ)【請求項１】）及び請求項５（同【請求項５】）（本件発明２の請求項）がサポート要件違反であることを根拠づけるものとして、重要な意味合いをもつものである（前記２⑷エ）。この点は、第２回各審決取消訴訟の知財高裁判決（乙５１の１・２）が、第１回各審決取消訴訟においてはサノフィ社によるサポート要件違反に関する主張は退けられているが、これは、当時の主張や立証の状況に鑑み、参照抗体と競合する抗体は、参照抗体とほぼ同一のＰＣＳＫ９上の位置に結合し参照抗体と同様の機能を有するものであることを当然の前提としたことによるものと理解することも可能であり、第２回各審決取消訴訟においては新証拠に基づく新主張により上記前提に疑義が生じた旨指摘しており（乙５１の１（８０頁）、乙５１の２（８０頁））、この「新証拠」としてＢ博士及びＣ博士の各供述書も挙げていることにも示されているといえる。
以上の事情によれば、本件訴訟における被控訴人のサポート要件違反の主張は、差止訴訟と同一証拠に基づく主張であるとはいえず、この点においても、本件訴訟における被控訴人のサポート要件違反の主張が、特許法１６７条の趣旨に反するとか、訴訟上の信義則に反すると解することはできない。
オ 上記イないしエによれば、被控訴人によるサポート要件違反の主張が、一事不再理効に反する又は特許法１６７条の趣旨に反するとは認められず、訴訟上の信義則に反するとも認められない。
この点に関する控訴人の主張（前記第２の５⑶）は、上記イないしエの説示の内容に照らし、採用することができない。
また、控訴人は、その主張に沿う意見書（甲６７）を提出するが、この意見書は、第２回各審決取消訴訟において、本件特許に係る発明がサポート要件に反すると判断した知財高裁判決が確定したことを考慮しておらず、考慮すべき事情を考慮していないといえるから、その結論を採用することができない。
⑵控訴人は、原審においては、被控訴人によるサポート要件違反及び実施可能要件違反の主張は訴訟上の信義則に反して許されないと主張していたが（原判決第２の４⑻〔控訴人の主張〕）、その主張内容は、当審における主張（被控訴人によるサポート要件違反及び実施可能要件違反の主張が一事不再理効及び訴訟上の信義則に反して許されないとの主張）と実質的に同旨であり、原審における主張も、上記⑴イないしオの説示の内容に照らし、採用することができない。
４ 争点２－１－２（訂正の再抗弁の成否）について
⑴訂正事項１について
訂正事項１は、本件明細書の段落【０１４０】に含まれる記載の一部を削除するものであるが、この削除により、同段落に含まれる文章のうち、「競合アッセイによって同定される抗原結合タンパク質（競合抗原結合タンパク質）には、基準抗原結合タンパク質と同じエピトープに結合する抗原結合タンパク質及び立体的妨害が生じるのに、基準抗原結合タンパク質によって結合されるエピトープに十分に近接した隣接エピトープに結合する抗原結合タンパク質が含まれる。」が「競合アッセイによって同定される抗原結合タンパク質（競合抗原結合タンパク質）には、基準抗原結合タンパク質と同じエピトープに結合する抗原結合タンパク質が含まれる。」に改められた。
この点、「競合アッセイによって同定される抗原結合タンパク質」に、「基準抗原結合タンパク質と同じエピトープに結合する抗原結合タンパク質」及び「立体的妨害が生じるのに、基準抗原結合タンパク質によって結合されるエピトープに十分に近接した隣接エピトープに結合する抗原結合タンパク質」が含まれることは、一般的に知られている技術的事項であるといえる。本件明細書の段落【０１４０】その他の段落において、これを新たに発見した旨の記載がなく、根拠となる実験結果等が示されていないことからも、これが、本件特許に係る発明によって初めて見出された技術的事項ではなく、「競合アッセイによって同定される抗原結合タンパク質」に関して一般的に知られている技術的事項であることが裏付けられる。
また、訂正事項１により一部が削除された上記文章は、「含まれる」としており、「競合アッセイによって同定される抗原結合タンパク質」が「基準抗原結合タンパク質と同じエピトープに結合する抗原結合タンパク質」及び「立体的妨害が生じるのに、基準抗原結合タンパク質によって結合されるエピトープに十分に近接した隣接エピトープに結合する抗原結合タンパク質」のみからなると述べるものではない。
以上によれば、訂正事項１による訂正により、「競合アッセイによって同定される抗原結合タンパク質」に「基準抗原結合タンパク質と同じエピトープに結合する抗原結合タンパク質」が含まれることは、引き続き本件明細書に記載されている一方、「立体的妨害が生じるのに、基準抗原結合タンパク質によって結合されるエピトープに十分に近接した隣接エピトープに結合する抗原結合タンパク質」が含まれないことについては、何らの説明も記載されておらず、「立体的妨害が生じるのに、基準抗原結合タンパク質によって結合されるエピトープに十分に近接した隣接エピトープに結合する抗原結合タンパク質」が「競合アッセイによって同定される抗原結合タンパク質」に含まれることは、一般的に知られている技術的事項であるから、これが訂正事項１による訂正によって変わるものではない。
したがって、訂正事項１による訂正によって、本件再訂正後の本件特許１の請求項１及び請求項９、本件再訂正後の本件特許２の請求項１及び請求項５の「競合」の意義が「基準抗原結合タンパク質と同じエピトープに結合する抗原結合タンパク質」に限定されることにはならず、「競合」の意義が限定されるものでないから、訂正事項１は、特許法１３４条の２第１項ただし書１号の「特許請求の範囲の減縮」を目的とするものに該当しない。また、訂正事項１は、同項ただし書の２号から４号までに掲げる事項を目的とするものにも該当しない。
⑵訂正事項２について
訂正事項２は、本件明細書の段落【０１３８】に含まれる記載の一部を削除するものであるが、この削除により、同段落に含まれる文章のうち、「これは、例えば、リガンド上の結合部位を直接封鎖することによって、又はリガンドに結合し、間接的な手段（リガンド中の構造的又はエネルギー的変化など）を通じて、リガンドの結合能を変化させることによって行うことができる。」が「これは、リガンド上の結合部位を直接封鎖することによって行うことができる。」に改められた。
訂正事項２による訂正前の本件明細書の段落【０１３８】は、リガンドに結合し、そのリガンドの生物学的効果を妨げ、又は低下させるものである中和抗原結合タンパク質又は中和抗体が、どのような作用機序に基づいて中和の機能を発揮するのかについて、「直接封鎖」や「間接的な手段」を挙げて説明するものであるが、「例えば」とあるとおり、これらは例示であることが記載されている。このように例示された「直接封鎖」や「間接的な手段」の作用機序は、一般的に知られている技術的事項であるといえる。本件明細書の段落【０１３８】その他の段落において、これを新たに発見した旨の記載がなく、根拠となる実験結果等が示されていないことからも、これが、本件特許に係る発明によって初めて見出された技術的事項ではなく、抗原結合タンパク質又は抗体による「中和」に関して一般的に知られている技術的事項であることが裏付けられる。
訂正事項２による訂正後の段落【０１３８】は、中和抗原結合タンパク質又は中和抗体による「中和」が、「リガンド上の結合部位を直接封鎖することによって行うことができる。」ことが記載されており、「例えば」の語句は削除されている。
しかし、本件明細書の段落【０１３８】以外の段落には、抗原結合タンパク質又は抗体による「中和」について、「リガンド上の結合部位を直接封鎖すること」以外の機序によるものが記載されている。
例えば、本件明細書の段落【０１５５】には、抗原結合タンパク質（ＡＢＰ）について、「例えば、幾つかの実施形態において、ＡＢＰは、ＰＣＳＫ９上のＬＤＬＲ結合部位を封鎖することなく、ＬＤＬＲに対するＰＣＳＫ９の悪影響を妨げ、又は低下させる。従って、幾つかの実施形態において、ＡＢＰは、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲ間の結合相互作用を抑制する必要なしに、ＬＤＬＲの分解をもたらすＰＣＳＫ９の能力を調節し、又は変化させる。このようなＡＢＰは、
『非競合的に中和する』ＡＢＰと特に記載することができる。」
との記載があり、段落【０１５５】は、ＰＣＳＫ９上のＬＤＬＲ結合部位を封鎖することなく、ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲ間の結合相互作用を抑制する必要なしに、ＬＤＬＲの分解をもたらすＰＣＳＫ９の能力を調節し、又は変化させるものである「非競合的に中和する」ＡＢＰも、中和能を有するＡＢＰであるものと説明されている。この段落【０１５５】は、本件再訂正による訂正の対象とはなっていない。
また、訂正事項３に関する主張（前記第２の５⑷ウ）及び訂正事項４に関する主張（前記第２の５⑷エ）において控訴人が挙げる本件明細書の段落【０４５４】には、「幾つかの実施形態において、ＰＣＳＫ９の触媒ドメインの第一及び／又は第二の辺に結合する抗原結合分子は、ＰＣＳＫ９へのＥＧＦａの結合を直接又は立体的に妨害することができるので、中和抗体として有用であり得る。当業者によって理解されるように、完全抗体など、抗原結合分子が十分に大きければ、ＰＣＳＫ９へのＥＧＦａの結合を妨害するために、抗原結合分子はＥＧＦａ結合部位に直接結合する必要はない。」との記載があり、段落【０４５４】には、抗原結合分子である抗体による「中和」には、ＰＣＳＫ９へのＥＧＦａ（ＬＤＬＲのＥＧＦａドメイン）の結合を、抗体の分子の大きさに基づいて、「立体的に妨害すること」も含まれると説明されている。この段落【０４５４】も、本件再訂正による訂正の対象とはなっていない。
これらの段落の記載内容も考慮すると、訂正事項２による訂正によって、本件再訂正後の段落【０１３８】の記載が前記のとおりとなったことをもって、中和抗原結合タンパク質又は中和抗体による「中和」が、「リガンドに結合し、間接的な手段（リガンド中の構造的又はエネルギー的変化など）を通じて、リガンドの結合能を変化させることによって」行うものではないことが、本件再訂正後の本件明細書に記載されていることにはならない。したがって、訂正事項２により、本件再訂正後の本件特許１の請求項１及び請求項９、本件再訂正後の本件特許２の請求項１及び請求項５における「中和」の意義が直接封鎖する態様に限定され、間接的な手段による態様が「中和」の意義から除かれたと解することはできず、「中和」の意義が限定されるものでないから、訂正事項２は、特許法１３４条の２第１項ただし書１号の「特許請求の範囲の減縮」を目的とするものに該当しない。また、訂正事項２は、同項ただし書の２号から４号までに掲げる事項を目的とするものにも該当しない。
⑶訂正の再抗弁の成否
以上によれば、訂正の再抗弁による本件再訂正のうち、訂正事項１及び２は、特許法１３４条の２第１項ただし書１号の「特許請求の範囲の減縮」を目的とするものに該当せず、同項ただし書の２号から４号までに掲げる事項を目的とするものにも該当しないから、同項ただし書の要件を充足しない。そして、訂正事項１及び２は、本件特許の請求項の全て（本件特許１の特許請求の範囲の請求項１及び９並びに本件特許２の特許請求の範囲の請求項１及び５）に関する訂正事項である。
控訴人は、第２次各無効審判に係る審判手続において、本件訴訟における訂正の再抗弁による本件再訂正と同内容の訂正請求をしているが、上記説示によれば、本件特許の請求項の全て（本件特許１の特許請求の範囲の請求項１及び９並びに本件特許２の特許請求の範囲の請求項１及び５）に関する訂正事項である訂正事項１及び２は、訂正の要件を充足しないから、上記訂正請求による訂正（本件再訂正）は認められないものというべきであり、その余の訂正事項について判断するまでもなく、控訴人による訂正の再抗弁は、理由がない。
したがって、本件特許はサポート要件に適合せず（前記２）、特許無効審判により無効にされるべきもの（特許法１０４条の３第１項）である。
５ その他、控訴人が縷々主張する内容を検討しても、当審における上記認定判断（原判決引用部分を含む。）は左右されない。
６ 結論
以上によれば、訂正の再抗弁は理由がなく、本件特許はサポート要件に適合せず、本件特許は特許無効審判により無効にされるべきものであって、その余の争点について判断するまでもなく、控訴人の被控訴人に対する請求は理由がないから棄却すべきである。そうすると、控訴人の請求を棄却した原判決は結論において相当であり、本件控訴は理由がない。
よって、主文のとおり判決する。
知的財産高等裁判所第３部
裁判長裁判官
中平健
裁判官
今井弘晃
裁判官
水野正則
別紙１
本件明細書の記載（原判決別紙２に記載のないもの）
【０００８】
幾つかの実施形態において、本発明は、ＰＣＳＫ９に対する抗原結合タンパク質を含む。
【００１４】
幾つかの実施形態において、抗原結合タンパク質は、本明細書中に開示されている抗原結合タンパク質の少なくとも１つによって結合されるエピトープに特異的に結合する。幾つかの実施形態において、単離された抗原結合タンパク質は、７４、８５、７１、７２、６７、８７、５８、５２、５１、５３、４８、５４、５５、５６、４９、５７、５０、９１、６４、６２、８９、６５、７９、８０、７６、７７、７８、８３、６９、８１、６０及びこれらの幾つかの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列を有する重鎖をさらに含む。幾つかの実施形態において、ＡＢＰのアミノ酸配列は、配列番号１２、３５、２３及びこれらの幾つかの組み合わせからなる群から選択される。幾つかの実施形態において、ＡＢＰの重鎖は、配列番号６７のＣＤＲＨ３、配列番号６７のＣＤＲＨ２及び配列番号６７のＣＤＲＨ１を含み、並びに前記軽鎖は配列番号１２のＣＤＲＬ３、配列番号１２のＣＤＲＬ２及び配列番号１２のＣＤＲＬ１を含む。幾つかの実施形態において、単離された抗原結合タンパク質は、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、組換え抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、多重特異的抗体又はこれらの抗体断片である。幾つかの実施形態において、単離された抗原結合タンパク質は、Ｆａｂ断片、Ｆａｂ’断片、Ｆ（ａｂ’）２断片、Ｆｖ断片、ダイアボディ又は一本鎖抗体分子である。幾つかの実施形態において、単離された抗原結合タンパク質は、ヒト抗体である。幾つかの実施形態において、単離された抗原結合タンパク質は、モノクローナル抗体である。幾つかの実施形態において、単離された抗原結合タンパク質は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３又はＩｇＧ４型である。幾つかの実施形態において、単離された抗原結合タンパク質は、ＩｇＧ４又はＩｇＧ２型である。幾つかの実施形態において、単離された抗原結合タンパク質は、標識基に結合される。幾つかの実施形態において、単離された抗原結合タンパク質は、ＰＣＳＫ９への結合に関して、本明細書中に記載されている抗原結合タンパク質と競合する。幾つかの実施形態において、単離された抗原結合タンパク質は、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、組換え抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、多重特異的抗体又はこれらの抗体断片である。幾つかの実施形態において、単離された抗原結合タンパク質は、Ｆａｂ断片、Ｆａｂ’断片、Ｆ（ａｂ’）２断片、Ｆｖ断片、ダイアボディ又は一本鎖抗体分子である。幾つかの実施形態において、単離された抗原結合タンパク質は、標識基に結合される。幾つかの実施形態において、単離された抗原結合タンパク質は、ＬＤＬＲへのＰＣＳＫ９の結合を低下させる。幾つかの実施形態において、単離された抗原結合タンパク質は、対象に投与されたときに、対象中に存在するＬＤＬの量を減少させる。幾つかの実施形態において、単離された抗原結合タンパク質は、対象に投与されたときに、対象中に存在する血清コレステロールの量を減少させる。幾つかの実施形態において、単離された抗原結合タンパク質は、対象に投与されたときに、対象中に存在するＬＤＬＲの量を増加させる。【０１４０】
同じエピトープに対して競合する抗原結合タンパク質（例えば、中和抗原結合タンパク質又は中和抗体）という文脈において使用される場合の「競合する」という用語は、検査されている抗原結合タンパク質（例えば、抗体又は免疫学的に機能的なその断片）が共通の抗原（例えば、ＰＣＳＫ９又はその断片）への参照抗原結合タンパク質（例えば、リガンド又は参照抗体）の特異的結合を妨げ、又は阻害する（例えば、低下させる）アッセイによって測定された抗原結合タンパク質間の競合を意味する。ある抗原結合タンパク質が別の抗原結合タンパク質と競合するかどうかを決定するために、競合的結合アッセイの多数の種類、例えば、固相直接又は間接ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、固相直接又は間接酵素イムノアッセイ（ＥＩＡ）、サンドイッチ競合アッセイ（例えば、Ｓｔａｈｌｉｅｔａｌ、１９８３、ＭｅｔｈｏｄｓｉｎＥｎｚｙｍｏｌｏｇｙ９：２４２－２５３参照）；固相直接ビオチン－アビジンＥＩＡ（例えば、Ｋｉｒｋｌａｎｄｅｔａｌ、１９８６、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３７：３６１４－３６１９参照）、…固相直接ビオチン－アビジンＥＩＡ（例えば、Ｃｈｅｕｎｇ、ｅｔａｌ．、１９９０、Ｖｉｒｏｌｏｇｙ１７６：５４６－５５２参照）…を使用することができる。典型的には、このようなアッセイは、これらの何れかを有する固体表面又はセルに結合された精製抗原、標識されていない検査抗原結合タンパク質及び標識された基準抗原結合タンパク質を使用することを含む。競合的阻害は、検査抗原結合タンパク質の存在下で、固体表面又はセルに結合された標識の量を測定することによって測定される。通常、検査抗原結合タンパク質は過剰に存在する。競合アッセイによって同定される抗原結合タンパク質（競合抗原結合タンパク質）には、基準抗原結合タンパク質と同じエピトープに結合する抗原結合タンパク質及び立体的妨害が生じるのに、基準抗原結合タンパク質に結合されるエピトープに十分に近接した隣接エピトープに結合する抗原結合タンパク質が含まれる。競合結合を測定するための方法に関するさらなる詳細は、本明細書中の実施例に提供されている。通常、競合抗原結合タンパク質が過剰に存在する場合には、少なくとも４０から４５％、４５から５０％、５０から５５％、５５から６０％、６０から６５％、６５から７０％、７０から７５％又は７５％又はそれ以上、共通の抗原への基準抗原結合タンパク質の特異的結合を阻害する（例えば、低下させる）。幾つかの事例において、少なくとも８０から８５％、８５から９０％、９０から９５％、９５から９７％又は９７％又はそれ以上、結合が阻害される。
【０４５４】
幾つかの実施形態において、ＰＣＳＫ９の触媒ドメインの構造は、一般に、（図１９Ａに示されているように）三角状として記載することができる。三角の第一の辺は、３１Ｈ４によって結合されているものとして示されている。三角の第二の辺は、２１Ｂ１２によって結合されているものとして示されており、三角の第三の辺は、ページの下方向、「図１９Ａ」という表示のすぐ上に位置している。幾つかの実施形態において、ＰＣＳＫ９の触媒ドメインの第一及び／又は第二の辺に結合する抗原結合分子は、ＰＣＳＫ９へのＥＧＦａの結合を直接又は立体的に妨害することができるので、中和抗体として有用であり得る。当業者によって理解されるように、完全抗体など、抗原結合分子が十分に大きければ、ＰＣＳＫ９へのＥＧＦａの結合を妨害するために、抗原結合分子はＥＧＦａ結合部位に直接結合する必要はない。【図２３Ａ】
【図２３Ｂ】
【図２３Ｃ】
【図２３Ｄ】
別紙２
本件プレゼンテーション資料
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/94092/detail8/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。