主文
１ 本件控訴を棄却する。
２ 控訴費用は控訴人の負担とする。
事実及び理由
第１ 控訴の趣旨
１ 原判決を取り消す。
２ 被控訴人は、原判決別紙港湾施設工事目録記載１の工事場所のうち原判決別紙漁業権等の消滅・制限区域図において赤色で着色された区域（本件消滅区域）及び青色で着色された区域（本件制限区域。本件消滅区域と併せて「本件消滅区域等」）において、原判決別紙港湾施設工事目録記載２の工事をしてはならない。
第２ 事案の概要
以下、略称は、本判決で定めるもののほかは、原判決のものによる。
１ 本件は、種子島漁業協同組合（種子島漁協）の組合員である控訴人が、被控訴人（防衛省。以下、行政機関である防衛省等を含むものとして「被控訴人」ということがある。）が鹿児島県西之表市に属する馬毛島において行っている自衛隊施設の整備工事の一環としてその周辺海域において行っている港湾施設の整備工事によって、控訴人の漁業法（平成３０年法律第９５号による改正後のもの。）上の組合員行使権又は慣習的漁業権が侵害され、又は侵害されるおそれがあるとして、これらの権利に基づく妨害排除請求及び妨害予防請求として、本件消滅区域等における工事の差止めを求める事案である。
原審は、控訴人の請求を棄却したところ、控訴人が同判断を不服として本件控訴を提起した。
２ 前提事実並びに争点及び争点に対する当事者の主張は、下記(1)のとおり補正し、当審における控訴人の補充主張を下記(2)のとおり加えるほかは、原判決の「事実及び理由」中の「第２事案の概要」（以下「原判決第２」という。）の２及び３に記載のとおりであるから、これを引用する。以下、補正して引用する原判決第２の２の前提事実を、同２の符号により「前提事実(1)」などという。
(1) 原判決の補正
ア 原判決３頁２４行目の「１５」の次に「、弁論の全趣旨」を、同行末尾の次を改行して次のとおりをそれぞれ加える。
「種子島漁協は、上記臨時組合員総会に先立つ令和５年１月１７日頃、種子島漁協に所属する組合員に対し、共同漁業権の消滅及び一部消滅について同意するか否かを書面で照会し、同月下旬頃までに西之表市に住所を有する組合員２７５名中２３９名の同意を得た。なお、住吉地区（住吉小組合、下能野小組合及び上能野小組合）の組合員７９名のうち７１名が同意し、西之表地区（塰泊小組合、池田小組合、州之崎小組合及び大崎小組合）の組合員６６名のうち５４名が同意した。（乙４６、弁論の全趣旨）。」
イ 原判決８頁１６行目の「ＦＣＬＰ」の次に「（陸上空母離着陸訓練）」を加える。
(2) 当審における控訴人の補充主張
ア 新漁業法は、明治４３年旧漁業法の専用漁業権制度を踏襲したものであり、旧漁業法の地先水面専用漁業権を共同漁業権として再編成したものである。新漁業法の制定・施行に伴い、旧漁業組合に対して総額１８２億円の補償金が支払われたが、この補償金は、漁業権放棄に伴う補償金ではなく、したがって、旧漁業法上の総有権的な地先水面専用漁業権は新漁業法上の共同漁業権の中に依然として残存しているから、共同漁業権は都道府県知事から付与される創設的な権利ではない。
そして、馬毛島沿岸で地先水面専用漁業権を有していた旧漁業組合が関係地区として共同漁業権を引き継いでおり、旧漁業組合による漁場利用は総有的支配に基づくものであるから、関係地区漁民全員の同意が得られない限り、本件消滅区域が消滅することはない。免許を受ける者と漁業を営む者が乖離している団体漁業権について、関係地区漁民の意見を無視して、漁協の総会決議だけで消滅させたり、消滅に等しい大幅な制限を加えたりすることは、憲法２９条にも抵触するものであり、違法無効である。
イ 漁業権行使規則は、漁業法１０６条３項各号に定められた内容に限定されるものではなく、漁業権行使規則が都道府県知事の認可を受けなければ効力を生じないとされているのは、漁業行為が公共の用に供する水面の利用という公益に関するものであり、行使規則の内容が法定内容を包含し、かつその内容が公序良俗に反していないこと等を行政が精査するためである。
漁業権行使規則は、漁業権ごとに設定されるものであり、複数の漁業協同組合（旧漁協）が合併した場合、合併後に成立した新しい漁業協同組合は旧漁協がそれぞれに有していた漁業権を継承するとされているところ、漁場の地理的な条件や対象魚種によっては、旧漁協が有していた漁業権ごとに、旧漁協を構成していた漁業入会団体である地区に漁業権の行使を委ねることが合理的な場合があり、規約が必要となるという関係にある。よって、漁業権行使規則及び漁業権行使規約は、漁業法によって漁協にその制定が授権されているとはいえ、それぞれ独立した内容を具備し、漁協組合員の漁業権行使権という物権の得喪を含む諸事項を規律するという法的性質を有している。
新漁業法が伝統的な漁業入会団体（旧団体）を合併して法人格を有する漁協を創出し、各旧団体が有していた地先水面専用漁業権を束ねて共同漁業権に再編して漁協に免許することになったことにより、外観上、各旧団体が各自の地先水面専用漁業権を持分権とする共有状態が作出されたが、漁業法は、漁業権行使規則により、旧団体が従前どおりの手法をできる限り尊重しながら漁業を行うことができるような措置を講じたから、旧団体は、通常の管理行為（稚貝や稚エビの放流等）を行うことで、漁業権の優先的な行使も可能である。これに加え、平成１４年７月３０日の衆議院における政府答弁によれば、組合は、共同漁業権の変更等により影響を受けることになる組合員の同意を事前にとっておくことが望ましいとされていたところ、この同意は、関係地区の協議によって得るほかはない。漁業権行使規則９条は、この規則の実施に関し必要な事項については規約で定めると規定し、漁業権行使規約７条は、漁業権の管理及び行使等に必要な事項については、その都度協議して定めると規定しており、漁業権の変更または放棄は、そもそも漁業権を行使できるか否かという深刻な問題に関わり、漁業権行使規則の実施に必要な事項でもあるから、同意するか否かを民主的に決するためには協議の開催は必須というべきである。そうすると、熊共第２号漁業権については、地元地区に係る漁業権の変更または放棄等に関して、当該地元地区の区域内に住所を有する者の３分の２以上の同意が必要であり、その前提として、規約２条において熊共２号の関係地区として指定されている西之表地区と住吉地区に住所を有する組合員の協議を開催することが要求されていると考えるべきである。
共同漁業権の法的性質は、漁業法１０６条により関係地区組合員の保護が明記されたことなどから、関係地区組合員の総有というべきであり、処分行為である漁業権の放棄決議は関係地区組合員の全員の同意が必要である。仮に、共同漁業権が漁業法によって根拠づけられる権利であると解した場合においても、規則及び規約に従った関係地区（西之表地区と住吉地区）の組合員の協議と３分の２の同意は必要であるから、これを欠いた本件消滅決議は無効である。
被控訴人は、漁業法１０８条に基づき得ることとされている共同漁業権の関係地区につき、平成２５年免許に係る関係地区は西之表市であり、当該漁業権の内容たる漁業を営む者は、個人である種子島漁協の組合員であって、西之表市に住所を有する者であると主張するが、自然的条件及び社会的条件から熊共第２号の共同漁業権の関係地区といえるのは、西之表及び住吉であるというべきである。
ウ 旧漁業法は、地先水面専用漁業権と慣行専用漁業権を定め、明治４３年旧漁業法は、地先水面専用漁業権のみを定めた。新漁業法は、共同漁業権として入会漁業関係、すなわち、明治４３年旧漁業法の専用漁業権、特別漁業権及び定置網漁業権を整理したのであり、旧漁業法で直接規定されながら、明治４３年旧漁業法では専用漁業権として直接規定されなかった慣行専用漁業権は整理の対象から外れた。
田原湾事件（最高裁昭和６１年１２月１６日第三小法廷判決・民集４０巻７号１２３６頁）は、海面の排他的利用が慣習上の漁業権の内容であるという主張の可否を争っている本件とは異なるから参照できず、慣習法上の漁業権の内容を海面下の土地利用という観点からみても、学説及び判例上、支配可能性等の要件を満たせば海面下の土地所有権が認められるから、ある特定の集団が海面下の土地を支配することができるのであれば、海面下の土地においてそこに生息する生物を採捕することも物権的に認められるというべきである。
以上のとおり、控訴人が所属する西之表地区の塰泊集落が有する慣行漁業権は新漁業法によって消滅したとはいえず、その権利行使たる海面下における土地利用行為（生物の採捕）とその土地の上部である海面（海域）における漁業法上の共同漁業権に基づく他者の漁業行為との間に緊張関係または拮抗関係が生じるものではないから、控訴人は、現在も慣行漁業権を行使し得る。
エ 控訴人が漁業を営む上で最重要の海域である本件消滅区域等において、操業できないことによる控訴人の損害は甚大である。この損害は、控訴人だけの財産的、精神的なものにとどまらず、控訴人が属する塰泊浦全体の損害でもある。
第３ 当裁判所の判断
１ 当裁判所も、控訴人の請求は理由がないと判断する。その理由は、下記２のとおり補正し、当審における控訴人の補充主張に対する判断を下記３のとおり加えるほかは、原判決の「事実及び理由」中の「第３争点に対する判断」（以下「原判決第３」という。）の１から３までに記載のとおりであるから、これを引用する。
２ 原判決の補正
(1) 原判決１７頁１８行目の「できず」から２２行目の「あるとはいえない。」までを「できない。また、種子島漁協は、本件総会決議に先立ち、平成２５年免許の関係地区である西之表市に住所を有する組合員（乙４４の１・２、甲９の１）のうち、２７５名中、３分の２以上である２３９名の同意を得た（漁業法１０８条、１０６条４項）。よって、本件総会決議が、漁業権行使規約２条や漁業法１０８条の定めに反して違法無効であるとはいえない。」と改める。
(2) 原判決２０頁１５行目の「営まれたからといって、」の次に「直ちに」を加え、同頁１６行目から１７行目にかけての「成立するといえるかには疑問がある。これを措くとしても」を「成立するとはいえない。また」と改める。
３ 当審における控訴人の補充主張について
(1) 控訴人は、新漁業法は、明治４３年旧漁業法の専用漁業権制度を踏襲したものであり、旧漁業法の「地先水面専用漁業権」を「共同漁業権」として再編成したものであるから、旧漁業法上の総有権的な地先水面専用漁業権は新漁業法上の共同漁業権の中に依然として残存しており、共同漁業権は都道府県知事から付与される創設的な権利ではない、馬毛島沿岸で地先水面専用漁業権を有していた旧漁業組合が関係地区として共同漁業権を引き継いでおり、旧漁業組合による漁場利用は総有的支配に基づくものであるから、関係地区漁民全員の同意が得られない限り、本件消滅区域が消滅することはない、免許を受ける者と漁業を営む者が乖離している団体漁業権について、関係地区漁民の意見を無視して、漁協の総会決議だけで消滅させたり、消滅に等しい大幅な制限を加えたりすることは、憲法２９条にも抵触するものであり、違法無効である旨を主張する。
しかしながら、新漁業法の改正の経緯及び内容に照らせば、改正の趣旨は、広範な水面を計画的かつ総合的に利用できるような漁業権の設定及び漁場の配置を可能とするものであり、漁業権の内容や漁場の固定化を防ぎ、事情の変化に応じて合理的な漁業権の設定及び漁場の利用を可能とすることで、漁業生産力の発展を図ろうとするものであったと解するのが相当であり、共同漁業権は都道府県知事から付与される創設的な権利であって、控訴人が、総有的な地先水面専用漁業権を現在も有しているとは認められないことは、補正して引用する原判決第３の２(1)ア及びイのとおりである。また、組合員行使権は多数決によって処分可能な性質を有する社員権的権利であるから、組合員の３分の２の同意により、団体漁業権を放棄したり、漁業権の得喪を決したりすることを認める漁業法１０８条、１０６条、水協法５０条が、憲法２９条に反するともいえない。
(2) 控訴人は、漁業権行使規則及び漁業権行使規約は、漁業法によって漁協にその制定が授権されているとはいえ、それぞれ独立した内容を具備し、漁協組合員の漁業権行使権という物権の得喪を含む諸事項を規律するという法的性質を有している、共同漁業権の法的性質は関係地区組合員の総有というべきであり、処分行為である漁業権の放棄決議は関係地区組合員の全員の同意が必要である、仮に共同漁業権が漁業法によって根拠づけられる権利であると解した場合においても、関係地区（西之表地区と住吉地区）の組合員の協議と３分の２の同意は必要であるから、これを欠いた本件消滅決議は無効である旨を主張する。
しかしながら、新漁業法上の組合員行使権は社員権的権利であって、漁業法１０６条により関係地区組合員の３分の２以上の同意が要件とされていることからすると、同条の関係地区の組合員による事前同意の制度（漁業法１０６条４項、１０８条）が、共同漁業権につき関係地区組合員の総有に属するという根拠とはなり得ないことは、引用する原判決第３の２(1)エのとおりである。また、漁業法１０５条及び１０６条３項の規定によれば、漁業権行使規則は組合員による組合員行使権の行使要件や行使方法を定めるもので、漁業権行使規約は漁業権行使規則の一部と解され、漁業権行使規約において漁業権の放棄や制限に関する事項を定めることが予定されているとは認め難いことは、補正して引用する原判決第３の２(1)オのとおりであって、漁業権行使規約２条に基づいて、共同漁業権の放棄につき、西之表地区及び住吉地区に住所を有する組合員との協議や同組合員の３分の２の同意が必要であるとは認められない（なお、西之表地区及び住吉地区のいずれを単位としてみても、組合員の３分の２以上が同意している（前提事実(4)イ）。）。したがって、控訴人の上記主張は、採用することができない。
(3) 控訴人は、新漁業法は、共同漁業権として明治４３年旧漁業法の専用漁業権、特別漁業権及び定置網漁業権を整理したのであり、旧漁業法で直接規定されながら明治４３年旧漁業法では専用漁業権として直接規定されなかった慣行専用漁業権は整理の対象から外れたから、控訴人が所属する西之表地区の塰泊集落が有する慣行漁業権は新漁業法によって消滅したとはいえず、その権利行使たる海面下における土地利用行為（生物の採捕）とその土地の上部である海面（海域）における漁業法上の共同漁業権に基づく他者の漁業行為との間に緊張関係または拮抗関係が生じるものではないから、控訴人は、現在も慣行漁業権を有する旨を主張する。
しかしながら、明治旧漁業法においても、専用漁業権の免許を漁協にのみ付与し、慣行上の漁業権については免許を付与しないなど、慣行上の漁業権の存在を踏まえてその取扱いが規定されてきたこと、新漁業法は、明治旧漁業法下での専用漁業権及び特別漁業権を廃止して共同漁業権に編成替えし、都道府県知事が適格性等を審査して漁業権の免許を付与する制度としたものであるが、新漁業法制定の趣旨に照らしても、慣習上の漁業権は、漁業法施行法１条１項によって２年以内に消滅するものとされた既存の漁業権に含まれ、新漁業法が施行された昭和２５年３月１４日から２年を経過した時点で消滅したと認められることは、引用する原判決第３の３(2)のとおりである。したがって、控訴人の上記主張は、損害に関するものを含め、いずれも採用することができない。
第４ 結論
よって、控訴人の請求を棄却した原判決は相当であり、本件控訴は理由がないから棄却することとして、主文のとおり判決する。
福岡高等裁判所宮崎支部
裁判長裁判官 小田島靖人
裁判官俣木泰治及び同鈴木麻奈美は、転補のため署名押印することができない。裁判長裁判官小田島靖人
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/96260/detail4/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。