判決
主文
１ 下京税務署長が令和３年５月２５日付けで原告に対してした、原告の平成２７年４月１日から平成２８年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得金額７億０３７２万１０８０円を超える部分及び納付すべき法人税額１億５４９５万３７００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分のうち加算税額２５０９万５５００円を超える部分を取り消す。
２ 下京税務署長が令和３年５月２５日付けで原告に対してした、原告の平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得金額７億２７４３万９５３５円を超える部分及び納付すべき法人税額１億６０５１万３３００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分のうち加算税額１２０１万７０００円を超える部分を取り消す。
３ 下京税務署長が令和３年５月２５日付けで原告に対してした、原告の平成２９年４月１日から平成３０年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得金額７億１４８１万０７８４円を超える部分及び納付すべき法人税額１億５７８１万３３００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
４ 下京税務署長が令和３年５月２５日付けで原告に対してした、原告の平成３０年４月１日から平成３１年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得金額３億９６２３万２９６３円を超える部分及び納付すべき法人税額８１９９万２８００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
５ 下京税務署長が令和３年５月２５日付けで原告に対してした、原告の平成２７年４月１日から平成２８年３月３１日までの課税事業年度の地方法人税の更正処分のうち納付すべき地方法人税額７３６万８９００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分のうち加算税額１０７万９０００円を超える部分を取り消す。
６ 下京税務署長が令和３年５月２５日付けで原告に対してした、原告の平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの課税事業年度の地方法人税の更正処分のうち納付すべき地方法人税額７４６万０１００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分のうち加算税額５２万７５００円を超える部分を取り消す。
７ 下京税務署長が令和３年５月２５日付けで原告に対してした、原告の平成２９年４月１日から平成３０年３月３１日までの課税事業年度の地方法人税の更正処分のうち納付すべき地方法人税額７３３万円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
８ 下京税務署長が令和３年５月２５日付けで原告に対してした、原告の平成３０年４月１日から平成３１年３月３１日までの課税事業年度の地方法人税の更正処分のうち納付すべき地方法人税額４０１万５８００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
９ 原告のその余の請求をいずれも棄却する。
１０ 訴訟費用（補助参加費用を除く。）はこれを２０分し、その７を被告の負担とし、その余を原告の負担とし、補助参加費用は原告補助参加人の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 下京税務署長が令和３年５月２５日付けで原告に対してした、原告の平成２７年４月１日から平成２８年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得金額０円を超える部分、納付すべき法人税額マイナス１２５２万３５４７円を超える部分及び翌期へ繰り越す欠損金額５億０５１６万６７８１円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
２ 下京税務署長が令和３年５月２５日付けで原告に対してした、原告の平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得金額２億８９５０万９８５４円を超える部分及び納付すべき法人税額５８０３万７６００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
３ 主文第３項に同旨
４ 主文第４項に同旨
５ 下京税務署長が令和３年５月２５日付けで原告に対してした、原告の平成２７年４月１日から平成２８年３月３１日までの課税事業年度の地方法人税の更正処分のうち納付すべき地方法人税０円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
６ 下京税務署長が令和３年５月２５日付けで原告に対してした、原告の平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの課税事業年度の地方法人税の更正処分のうち納付すべき地方法人税２９５万１２００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
７ 主文第７項に同旨
８ 主文第８項に同旨
９ 下京税務署長が令和３年５月２５日付けで原告に対してした、原告の平成２７年４月１日から平成２８年３月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち納付すべき消費税額１億７４１６万６７００円を超える部分及び納付すべき地方消費税額４７００万５２００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
１０ 下京税務署長が令和３年５月２５日付けで原告に対してした、原告の平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち納付すべき消費税額１億６５７０万２２００円を超える部分及び納付すべき地方消費税額４４７１万８１００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
１１ 下京税務署長が令和３年５月２５日付けで原告に対してした、原告の平成２９年４月１日から平成３０年３月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち納付すべき消費税額１億６９４２万０７００円を超える部分及び納付すべき地方消費税額４５７１万７９００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
１２ 下京税務署長が令和３年５月２５日付けで原告に対してした、原告の平成３０年４月１日から平成３１年３月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち納付すべき消費税額１億１９５９万８５００円を超える部分及び納付すべき地方消費税額３２２７万２９００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
（注）以上については、所得の金額又は納付すべき税額が増加する方向（欠損金額がある場合には、その額が減少する方向）をプラス、所得の金額又は納付すべき税額が減少する方向（欠損金額がある場合には、その額が増加する方向）をマイナスとみて、ある金額よりもプラス方向の部分を「超える部分」と表現している。なお、還付金額については、納付すべき税額マイナスと表現している。
第２ 事案の概要等
１ 本判決で用いる略語
本判決で用いる略語は、別紙１略語一覧表記載のとおりである。ただし、理解の便宜のため、括弧書きで略語を記載することがある。
また、関係者の氏名は、初出を除き、原則として名字のみで表記する。
２ 事案の概要
京都市中央卸売市場第一市場（本件京都市場）における青果物等の卸売業者である原告は、農業協同組合等（本件各取引先）から販売を委託された受託物品の一部について、実際の販売価格よりも高い金額（本件増仕切価格）を売買仕切書に記載し、本件増仕切価格からこれに基づく手数料額（本件増仕切委託手数料）を控除した金額を本件各取引先に送金することがあった。そして、原告は、このような取引につき、本件各事業年度の法人税等の確定申告において、本件増仕切価格と実際の販売価格との差額（本件受託品事故損）を「受託品事故損」との勘定科目で損金の額に算入するとともに、本件増仕切委託手数料の金額を「受託販売手数料」との勘定科目で益金の額に算入し、さらに、本件各課税期間の消費税等の確定申告において、本件受託品事故損を課税仕入れに係る支払対価の額に算入した。
また、原告は、平成２７年１０月１日、１００％子会社である本件分割後の旧ａとの適格合併（本件合併）をした。そして、原告は、平成２８年３月期及び平成２９年３月期の法人税等の確定申告において、旧ａが有していた本件未処理欠損金額を、法人税法５７条２項により原告の欠損金額とみなして損金の額に算入した。
これらに対し、下京税務署長は、①本件受託品事故損から本件増仕切委託手数料と実際の販売価格に対する委託手数料との差額（過大受領手数料）を控除した金額（本件差額）は法人税法３７条１項の寄附金に該当する、②本件受託品事故損は課税仕入れに係る支払対価の額に該当しない、③本件分割及び本件合併（本件組織再編成）は同法１３２条の２の「法人税の負担を不当に減少させる結果となると認められるもの」に該当するため本件未処理欠損金額を原告の欠損金額とみなさないとして、本件各事業年度の法人税等及び本件各課税期間の消費税等について更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分（本件各処分）をした。
本件は、原告が、①本件差額は法人税法３７条１項の寄附金には該当しない、②本件受託品事故損は課税仕入れに係る支払対価の額に該当する、③本件組織再編成に法人税法１３２条の２を適用することはできないとして、被告を相手に、本件各処分（ただし、本件各更正処分についてはいずれも申告額を超える部分）の取消しを求める事案である。
３ 関係法令の定め
別紙２のとおり。
４ 前提事実（当事者間に争いがないか、掲記の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実。なお、証拠番号は特記なき限り枝番号を含む。）
(1) 原告（甲Ａ１～３、１４）
原告は、青果物及びその加工品並びに種苗の売買及び販売の受託等を行う株式会社であり、農業協同組合（農協）等の出荷者から青果物等の販売委託を引き受け、京都市が開設する本件京都市場において、仲卸業者等に対して受託物品の卸売を行い、その委託手数料を得ている。
(2) 原告の行う卸売（甲Ａ４、１４～１８、乙２）
ア 原告は、本件京都市場において、仲卸業者等に対し、せり又は相対取引で受託物品の卸売を行っている。卸売の８割ないし９割を相対取引が占めている。
受託物品が販売されると、原告は、仲卸業者等に対し、実際の販売単価及び販売金額を記載した請求書を送付し、その販売金額の請求をする。また、原告は、本件各取引先に対し、販売された受託物品の販売数量、販売単価、販売金額（販売単価に販売数量を乗じた額）、委託手数料額及び差引支払金額（税込みの販売金額から委託手数料を控除した金額）を記載した売買仕切書を送付して受託物品の販売委託を仕切り、差引支払金額を送金する。
なお、原告が得る委託手数料は、受託物品の販売金額（税込み）の８．５％（野菜及びその加工品）又は７．０％（果実及びその加工品）である。
イ 原告は、一部の受託物品について、売買仕切書（本件売買仕切書）に、実際の販売単価よりも高い単価（本件増仕切単価）並びに本件増仕切単価に基づく販売金額（本件増仕切価格）、委託手数料額（本件増仕切委託手数料）及び差引支払金額を記載し、本件各取引先に対し、上記差引支払金額を送金していた（本件増仕切取引）。
本件増仕切取引において、原告は、本件増仕切価格と実際の販売金額の差額（本件受託品事故損）から、本件増仕切委託手数料と実際の販売金額に対する委託手数料との差額（過大受領手数料）を控除した金額（本件差額）を負担していた。そして、原告は、本件受託品事故損を「受託品事故損」との勘定科目に、本件増仕切委託手数料を「受託品販売手数料」との勘定科目にそれぞれ計上していた。
(3) ｂグループに係る一連の組織再編成
ア 本件組織再編成前のｂグループの状況（甲Ａ４、Ｂ２、４、６、乙３、３５）
原告は、青果物の加工食品、冷凍食品、飲料品等の販売等を行う複数の子会社や孫会社を有し、原告を頂点とする企業グループ（ｂグループ）を形成していた。
旧ａは、青果物輸入卸売事業（本件事業）を営む株式会社で、ｂグループの一員であり、本件合併の直前において、未処理欠損金額合計１２億０８８８万７８６１円（本件未処理欠損金額）を有していた。原告と旧ａとの間には、本件合併の日（平成２７年１０月１日）の属する平成２８年３月期の開始の日（平成２７年４月１日）の５年以上前から完全支配関係が存在した。
ｂグループの出資関係（本件組織再編成に関わる部分に限る。）は、本件組織再編成前の平成２７年２月２０日時点で、図１のとおりであった。
イ βの１００％子会社化（甲Ｂ１７）
(ｱ) βについては、平成２７年３月１９日当時、その発行済株式総数の７５％を原告が、２５％を旧ａがそれぞれ保有していた。
(ｲ) 原告は、平成２７年３月１９日、旧ａから、同社が保有するβの株式の全部（発行済株式総数の２５％）を剰余金の配当として受け取った。その結果、βは、原告の１００％子会社となった。
ウ ｃの１００％子会社化（甲Ｂ１５、１８、２０）
(ｱ) ｃについては、平成２７年２月２０日当時、その発行済株式総数の４９％を原告が、３０％をβが、２１％を個人株主ら３名がそれぞれ保有していた。
(ｲ) 旧ａは、平成２７年２月２０日、ｃの個人株主ら３名から、同人らが保有するｃの株式の全部（発行済株式総数の２１％）を、代金合計１億６５９０万円で購入した。旧ａは、同日、原告から、上記株式購入代金のうち１億６０００万円を借り入れた。
(ｳ) 原告は、平成２７年３月２８日、βから、剰余金の配当として、同社β
b
β
ｃ
a
（旧a）
ｄ
が保有するｃの株式の全部（発行済株式総数の３０％）の交付を受けた。(ｴ) 原告は、平成２７年１０月１日に旧ａとの本件合併をしたことにより、旧ａが保有するｃの株式の全部（発行済株式総数の２１％）を承継した。これにより、ｃは、平成２７年１０月１日、原告の１００％子会社となった。
エ 旧ａの１００％子会社化（甲Ｂ１６）
(ｱ) 旧ａについては、平成２７年３月６日当時、その発行済株式総数の８０％を原告が、２０％をβがそれぞれ保有していた。
(ｲ) 旧ａは、平成２７年３月６日、βとの間で、同社が保有する旧ａの株式の全部（発行済株式総数の２０％）を、代金１億５６４８万円で購入する旨の株式譲渡契約を締結し、同月１０日、その代金を支払い、遅くとも同日には、βが保有する上記株式を取得した。これにより、旧ａは、原告の１００％子会社となった。
旧ａは、同日、原告から、上記株式購入代金のうち１億４０００万円を借り入れた（なお、当該借入金と上記ウ(ｲ)の旧ａの原告からの借入金を併せたものが「本件借入金」である。）。
オ ｄの子会社化（甲Ｂ２０）
(ｱ) ｄについては、平成２７年１０月１日当時、その発行済株式総数の５５％を旧ａが保有しており、原告は、その当時、ｄの株式を保有していなかった。
(ｲ) 原告は、平成２７年１０月１日に旧ａとの本件合併をしたことにより、旧ａが保有するｄの株式の全部（発行済株式総数の５５％）を承継した。これにより、ｄは、原告の子会社となった。
カ 本件組織再編成の実施
(ｱ) 本件分割（甲Ｂ１９）
旧ａは、平成２７年１０月１日、旧ａを新設分割会社、新ａを新設分割設立会社とする新設分割（本件分割）を行った。
新ａは、本件分割に際し、その発行する新ａの株式全部を旧ａに交付したが、旧ａは、同日、原告に対し、その新ａの株式全部を剰余金の配当として交付した。その結果、新ａは、原告の１００％子会社となった。他方、新ａは、本件分割により、旧ａから以下の資産、負債、雇用契約その他の権利義務を承継した。本件分割後に旧ａに残された資産及び負債は、本件土地、ｃの株式（上記ウ(ｲ)）、ｄの株式（上記オ(ｱ)）及び本件借入金であった。
ａ 旧ａの営んでいた青果物輸入卸売事業（本件事業）に係る一切の流動資産
ｂ 本件土地、ｃの株式及びｄの株式を除く本件事業に係る一切の固定資産
ｃ 本件事業に係る一切の商標権
ｄ 本件借入金を除く本件事業に係る一切の債務
ｅ 旧ａが締結している本件事業に係る一切の契約に関する契約上の地位及びこれらに基づき発生した一切の権利義務
ｆ 旧ａが締結している本件事業に係る一切の雇用契約に関する契約上の地位及びこれらに基づき発生した一切の権利義務
ｇ 法令上承継可能な本件事業に係る免許、許可、認可、承認、登録、届出等
(ｲ) 本件合併（甲Ｂ２０）
原告と旧ａは、平成２７年１０月１日、本件分割の効力が生じることを停止条件として、原告を吸収合併存続会社、旧ａを吸収合併消滅会社とする吸収合併（本件合併）を行った。本件合併は、法人税法２条１２号の８のイの適格合併に該当する。
原告は、本件合併により、旧ａから、本件土地、ｃの株式、ｄの株式及び本件借入金を承継した。
キ 本件組織再編成後のｂグループの状況
平成２７年１０月１日に本件組織再編が実施された後のｂグループの出資関係（本件組織再編成に関わる部分に限る。）は、図２のとおりである。
(4) 原告の確定申告
ア 法人税等（乙３）
原告は、下京税務署長に対し、本件各事業年度の法人税及び本件各課税事業年度の地方法人税について、別紙３及び４の各「確定申告」欄のとおり記載した青色の確定申告書を、いずれも法定申告期限までに提出した。原告は、本件各事業年度の法人税の確定申告において、本件受託品事故損を損金の額に算入するとともに、本件増仕切委託手数料を益金の額に算入した。
また、原告は、平成２８年３月期及び平成２９年３月期の法人税の確定申告において、法人税法５７条２項に基づき、本件未処理欠損金額を原告の欠損金額とみなして、同条１項に基づきこれを損金の額に算入した。
イ 消費税等（乙５）
ｂ
β
ｃ
a
（新a）
ｄ
原告は、下京税務署長に対し、本件各課税期間の消費税等について、別紙５の各「確定申告」欄のとおり記載した確定申告書を、いずれも法定申告期限までに提出した。
原告は、本件各課税期間の消費税等の確定申告において、本件増仕切委託手数料を課税資産の譲渡等の対価の額に該当するとして消費税の課税標準額に計上するとともに、本件受託品事故損を課税仕入れに係る支払対価の額に計上した。
(5) 本件各処分（甲Ａ６）
ア 法人税等
下京税務署長は、原告に対する調査の結果に基づき、別紙３及び４の各「更正処分等」欄のとおり、本件各事業年度の法人税及び本件各課税事業年度の地方法人税の各更正処分（本件法人税各更正処分及び本件地方法人税各更正処分）並びに過少申告加算税の各賦課決定処分（本件法人税各賦課決定処分及び本件地方法人税各賦課決定処分）をした。
下京税務署長は、本件法人税各更正処分において、本件差額が法人税法３７条１項の寄附金に該当するとした。
また、下京税務署長は、平成２８年３月期及び平成２９年３月期の法人税の各更正処分において、法人税法１３２条の２に基づき、本件未処理欠損金額を原告の欠損金額とみなさなかった。
イ 消費税等
下京税務署長は、原告に対する調査の結果に基づき、別紙５の各「更正処分等」欄のとおり、本件各課税期間の消費税等の各更正処分（本件消費税等各更正処分）及び過少申告加算税の各賦課決定処分（本件消費税等各賦課決定処分）をした。
下京税務署長は、本件消費税等各更正処分において、過大受領手数料は課税資産の譲渡等の対価の額には該当しないとしてこれを消費税の課税標準額から減算するとともに、本件受託品事故損は課税仕入れに係る支払対価の額に該当しないとしてこれを課税仕入れに係る支払対価の額から減算した。
(6) 本件訴えに至る経緯
ア 原告は、令和３年８月２４日、国税不服審判所長に対し、本件各処分の取消しを求めて審査請求をしたところ、国税不服審判所長は、令和４年８月１９日、原告の審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をし、同裁決に係る裁決書謄本は、同月２５日に原告に到達した（乙６）。
イ 原告は、令和５年１月２１日、本件訴えを提起した（顕著な事実）。
５ 争点及びこれに対する当事者の主張
(1) 本件差額が法人税法３７条１項の寄附金に該当するか否か（争点１）
(2) 本件受託品事故損が課税仕入れに係る支払対価の額に該当するか否か（争点２）。
争点１及び争点２に係る被告の主張は別紙６（被告第９準備書面）のとおりであり、原告の主張は別紙７（原告準備書面Ａ－７）のとおりである。
(3) 本件合併による本件未処理欠損金額の引継ぎについて、法人税法１３２条の２の適用による否認をすることができるか否か（争点３）
争点３に係る被告の主張は別紙８（被告第１０準備書面）のとおりであり、原告の主張は別紙９（原告準備書面Ｂ－５）のとおりである。
第３ 争点１（本件差額が法人税法３７条１項の寄附金に該当するか否か）についての当裁判所の判断
１ 事実認定
(1) 認定事実
前提事実に加え、各項記載の証拠及び弁論の全趣旨によれば、以下の事実が認められる。
ア 本件京都市条例や本件受託約款等の定め
(ｱ) 本件京都市場は、京都市が本件京都市条例により設置したものであり、京都市は、本件京都市条例及び本件京都市条例施行規則において、売買取引及び決済の方法等について規定している（乙２、９）。
本件京都市条例５７条１項は、卸売業者は、受託物品の卸売をしたときは、委託者に対し、売買仕切書及び売買仕切金を送付しなければならない旨、同条２項は、卸売業者は、売買仕切書には、卸売をした物品について、品目、等級及び数量（１号）、卸売決定価格（２号）等を正確に記載しなければならない旨規定する。また、本件京都市条例６２条は、卸売業者は、卸売をした物品の卸売代金の変更をしてはならない旨、ただし、市長が正当な理由があると認めて承認したときは、この限りでない旨規定する。（乙２）
本件京都市条例施行規則８３条は、本件京都市条例６２条ただし書に規定する正当な理由があると認めるときとは、本件京都市条例施行規則８３条各号に掲げる場合であって、京都市職員の確認を受けたときとする旨規定し、同条１号は「市場取引の経験から予見することができない瑕疵がある場合」を、同条２号は「表示され、又は読み上げられた量目と内容量が著しく相違している場合」を、同条３号は「条例第４３条第１項第３号の規定により卸売をした場合にあっては、当該卸売前に仲卸業者又は売買参加者に提供した情報の内容と現品の内容が著しく相違している場合」をそれぞれ掲げる。（乙９）
そして、京都市の定める青果部事故品処理に関する取扱要綱２条は、本件京都市条例施行規則８３条各号に該当する「事故品」について、事故の内容は、(1)腐敗、(2)選別不良、(3)量目不足、(4)等級表示の相違、(5)品質不良、(6)化学公害とする旨定めており、本件受託品事故損に係る定めはない。（甲Ａ５９）
なお、卸売業者が卸売市場法施行規則７条に基づき提出すべき事業報告書の様式（同規則別記様式第２号）には、損益計算書の「受託品事故損」との勘定科目について、「受託物品の受領後卸売業者の責に帰すべき事由により生じた損失は、受託品事故損勘定で処理…すること」との注意書きが付されている（乙４）。
(ｲ) 本件受託約款１７条は、委託者は、委託物品の卸売について、指値その他の委託条件を付すことができる旨定める。また、本件受託約款１８条は、原告は委託物品の販売につき、指値その他の委託条件がある場合において、その条件どおりに委託物品を販売することのできないときは、遅滞なくその旨を委託者に通知し、その指図を受けることとする旨定める。さらに、本件受託約款２５条は、原告は、受託物品の卸売をしたときは、当該卸売をした物品の品目、等級、価格、数量及び価格と数量の積の合計額等を記載した売買仕切書を委託者に送付するものとする旨定める。（乙８）
また、原告と本件各取引先との売買基本契約書７条には、原告は、販売委託の対象とされる商品の販売後直ちに、本件各取引先に対し、等階級毎・販売単価毎の販売数量、販売単価、販売金額（販売数量×販売単価）等を記載した売買仕切書を送付して販売報告を行う旨定められており、本件受託品事故損に係る定めはない（甲Ａ１４、乙８）。
イ 受託物品の販売の基本的な流れ
本件各取引先は、原告に向けて青果物等を出荷すると、原告に対して出荷通知書を送付する。
原告の卸売の８割ないし９割を占める相対取引において、原告は、出荷物の到着日当日又はその翌日に、仲卸業者に対して出荷物を引き渡す（その引渡しの日が販売日とされる。）。原告と仲卸業者は、販売日の前日までに、受託物品の販売数量及び販売単価を合意する。そして、原告は、仲卸業者に対して請求書を送付し、販売金額（販売単価×販売数量）を請求する。
他方、原告は、受託物品が販売されると、本件各取引先に対し、その品目、販売数量、販売単価、販売金額、委託手数料額、差引支払金額等を記載した売買仕切書を送付し、差引支払金額を支払う。本件増仕切取引における本件売買仕切書には、本件増仕切単価、本件増仕切価格及び本件増仕切委託手数料が記載される。（以上につき、甲Ａ１６～１８、証人ｅ３～５頁、証人ｆ２５～２７頁、証人ｇ２５、２６頁）
ウ 本件受託品事故損が生ずる取引における仕切価格の決まり方
(ｱ) 仕切価格の決まり方の類型
本件受託品事故損が生ずる取引において、原告と本件各取引先との間でどのようなやり取りが行われ、実際の販売金額よりも高い仕切価格（本件増仕切価格）が決まるのかについては、原告の担当者や担当部署の方針、対象となる商品、本件各取引先との関係性や対応等により異なり得るが、おおまかに分けると、①仲卸業者等への販売金額が決まる前（出荷時等）に、本件各取引先から何らかの価格（単価）又は指標が明示又は黙示に示され、仲卸業者等への販売後、特段の交渉なく原告が上記価格等に基づく金額を仕切価格とする場合と、②仲卸業者等への販売金額が決まった後に、原告の担当者が本件各取引先の担当者と何らかの交渉を行い、具体的な仕切価格が決まる場合がある（甲Ａ３５～３７、乙１２～１８、証人ｅ、証人ｆ、証人ｇ。なお、「会社負担稟議書（産地要請）」の書式の右上部分には、販売日と交渉時期の先後に応じ、「販売前」と「販売後」のどちらかに〇を記入するものとされている。甲Ａ１５－１など）。
(ｲ) 事前に価格等が示される場合（①の場合）の流れ
例えば、果菜部担当執行役員のｈは、本件各取引先とのやり取りについて、大阪国税局の職員に対し、次のように説明している（乙１２から抜粋。なお、甲Ａ３５もおおむね同旨であるが、「価格交渉は指値で交渉」するとしている。）。
「通常、担当者が集荷のため出荷者に電話し、担当課長が価格交渉を行います。価格交渉は市況の確認を行うために農業新聞、他の市場、関東ブロック、中京ブロックで確認します。市況はこちらから聞くこともあれば、相手から言われることもあります。産地から『市況に合しといて。』との要請があり、市況情報を基に価格を決めています。交渉日時は農協等産地からの運送時間にもよるので前日の場合もあれば、前々日のものもあり、特に決まってはいません。交渉が終われば出荷者は出荷し、深夜２時ごろにはｂへ到着し、６時からのセリにかけられます。その日の午前中には、仕切単価を出荷者に対して電話で報告します。相対の場合は、農協等との価格交渉が終わり、荷が届くまでに仲卸業者と交渉し、量と価格を決めています。産地要請の希望価格と実際の販売価格に赤字の差が出た場合は、事故損となり会社負担稟議書（産地要請）を作成します。仕切単価とは、実売単価です。しかし、事故損が発生した場合は、産地要請価格となります。」
また、季節・つま物部及び土物・根菜部担当執行役員のｉは、大阪国税局の職員に対し、「まず、電話で各担当者が農協などの相手先の担当者と話をし、その情報を上司（管理職：課長等）へ報告します。管理職は、その情報をもって相手先担当者と価格交渉を行い決定しています。」「１，０００円が高いというより、出荷される時点でこの値段で売ってくれという要請で、産地の値段や運搬費、ハウスの維持費、重油代などの生産コストを加味しての要望がある。」などと説明している（甲Ａ３６から抜粋、乙１５も同旨）。
(ｳ) 販売後の交渉で仕切価格が決まる場合（②の場合）の流れ例えば、果樹・果菜担当執行役員のｆは、仕切単価に係る本件各取引先とのやり取りについて、陳述書（甲Ａ５５の１）において、次のように説明している（証人ｆの証言もおおむね同旨。なお、乙１６も特にこれと矛盾するものではない。）。
「産地との間の『仕切価格』については、その日の商品が全て売れ終わった時点で、産地と交渉して決めます。産地との間の仕切価格は、産地が了解している『市況』から差がないところで決めて、産地から仕切金額の承諾を得ます。具体的には、例えば『３３０円』で仕切る場合は、産地に『３３０円で仕切る』ということを伝え、承諾を得ます。産地に了解を得ない金額で仕切ることはありません。『市況』より低い仕切金額を伝えると、産地からは、『それは問題だね』とか『低すぎる』と言われるか『他の市場と比べて目立つ』などと言われます。例えば、『市況』が３３０円のときに、３００円などと言うと、安すぎるのでダメだと言われますので、『３３０円で仕切る』と伝え、承諾を得ます。」また、果菜部次長のｅは、要旨、販売日当日の午前８時頃から午前１０時頃までの間に、本件各取引先の担当者から、「今日の相場はこれぐらいです。」といった形で仕切価格（１２００円などといった具体的な金額）の希望が伝えられること、その価格が販売単価を大きく上回る場合、同担当者に「３桁の販売になっています。」などと販売状況を大まかに伝えるなどし、仕切価格について交渉するが、交渉の余地がない場合が多いことなどを説明している（甲Ａ５４、証人ｅ５、６、２４～２７頁等）。
さらに、葉茎菜部・菌茸部部長のｇは、ｇが担当者であった時の話として、要旨、販売日の朝に本件各取引先の担当者と連絡を取り、仲卸業者等への販売価格を報告し、仕切価格について交渉すること、販売価格が本件各取引先の希望額を下回る場合、その担当者は、その価格では無理や、他の市場ではこの値段であるなどとして、販売価格よりも高い価格で仕切るよう求めてくることがあり、そのような場合は、その担当者が求めてきた価格で仕切っていたことなどを説明している（証人ｇ６、７、１４～１６、２５、２６頁等）。
エ 本件受託品事故損の負担についての原告内部の手続等
(ｱ) 原告は、３０年以上前から本件受託品事故損を負担しており、その全額を経費に算入していた。原告は、当初、本件増仕切取引に係る交渉記録を残していなかったが、平成１２年頃の大阪国税局による税務調査において、記録を残さずに本件受託品事故損を負担していたことについて指導を受けた。その後、原告は、担当者が指値差損稟議書（現在は「会社負担稟議書（産地要請）」）を作成し、営業部門及び管理部門の役員や部課長の決裁を経て、本件受託品事故損を負担していた。なお、原告は、本件に至るまで、本件受託品事故損の損金算入につき税務署長から否認されたことはない。（甲Ａ９、５７－２、乙１９、証人ｊ２～６頁）(ｲ) 原告は、平成２７年２月、近畿農政局による検査を受け、京都市長に提出する販売原票に販売単価ではなく本件増仕切単価が記載されている事例があったことについて指摘を受けた。これに対し、原告は、本件受託品事故損について、開設者の承認を受け、開設者の指導を仰いで対応していくこと、販売原票に「差額負担」を明記することといった改善措置を講じる旨の改善報告書を提出した。
また、原告は、平成２９年１１月、農林水産省による検査を受け、平成２７年の上記検査時における指摘と同様の指摘を受けた。これに対し、原告は、これまでと同様に販売原票に「差額負担」を明記するなどの改善措置を講じる旨の改善報告書を提出した。（以上につき、乙２０）(ｳ) 卸売市場法は、もともと、卸売業者が卸売の相手方として出荷物を買い受ける自己買受けを禁止していたが（平成３０年法律第６２号により削除される前の卸売市場法４０条）、同条は、平成３０年法律第６２号（令和２年６月２１日施行）により削除され、自己買受けが解禁された（甲Ａ４２～４４）。
原告は、令和７年７月から、本件受託品事故損が発生することとなった時点で受託販売から自己買受けに切り替え、本件各取引先からの買付金額と仲卸業者等への販売金額の差額を譲渡損失として経理している（証人ｊ１４～２０頁）。
オ 本件各取引先による出荷の停止等
本件各取引先は、原告の仕切価格に不満がある場合などに、以下のとおり、出荷を停止したり出荷量を減らしたりしたことがあった（証人ｅ７～９、２７頁、証人ｆ８～１０、２９、３０頁、証人ｇ７～１０、２１～２３、２５～３０頁）。
(ｱ) パセリの事案（甲Ａ６０、６３、証人ｇ７～１０、２１～２３、２５～３０頁）
原告は、ある農協からパセリ３ケースの販売を受託し、令和７年５月８日、仲卸業者に対して１ケース２５００円で販売した。本来であれば、その販売金額が決まった後、原告の担当者が農協の担当者に販売単価を伝え、仕切価格を交渉するが、上記パセリについては、仕切価格の交渉が行われなかった。すると、同日午後２時頃、農協の担当者が原告に電話をかけ、商談中のため折り返し電話をした原告の担当者に対し、「農協としては２５００円と４０００円じゃ、２５００円なら送らんだもんで。それを分荷する権利は農協にあるわけで、さ。」「京都で、いくら『寄こせ、寄こせ』といったって２５００円のところへ好んで送る農協は、どこにもねぇと思うよ。」などとして、他の市場では４０００円で売れているので、２５００円でしか売れなかった原告には、同月１０日以降パセリを出荷しない旨述べた。また、農協の担当者は、レタスは出荷してくれるのかと尋ねる原告の担当者に対し、「レタスは送らねえように修正効くよ。明日は少ねぇから、いくらでも調整効くで。」「一気に減ったで、いくらでもよそへくれるで、いいよ。」などと述べて、レタスの出荷量を減らすことを示唆し、さらに、「ほうかい、それで京都はすべて失敗をしていくだ、な。いろんなものをすべて失敗していくだ。そうやってそうやって。」と述べた。
そして、令和７年５月１０日以降、上記農協から原告へのパセリの出荷がなくなり、同月１２日から１９日までの間、同農協から原告へのレタスの出荷もなくなった。
(ｲ) マンゴーの事案（甲Ａ６１、証人ｆ９、１０頁）
原告は、令和７年４月以降、ある農協からマンゴーの出荷を受けていた。原告の担当者は、同年５月９日、上記農協の担当者に対し、他の市場の相場も下がってきていることから、母の日（同月１１日）以降、マンゴーの単価を下げたいと伝えたところ、その担当者は、単価が下がるなら原告に出荷する意味がない旨述べた。そして、同月１２日以降、上記農協からマンゴーの出荷がなくなった。そのため、原告の担当者は、同月２３日、上記農協へ出向いて謝罪し、同農協の希望する価格で仕切ることを約束したところ、同月２６日から、再度マンゴーが出荷されるようになった。
上記農協の出荷するマンゴーについては、令和７年４月１日から５月１０日までは、本件受託品事故損を負担しない日の方が多く、これを支払う場合であっても１ケース当たり５２３円ないし１０８０円であったが、出荷が再開された同月２６日から同年６月３０日までは、連日本件受託品事故損を支払い、その金額は１ケース当たり６８１円ないし１８１３円であった。
(ｳ) 馬鈴薯の事案（甲Ａ６２）
ある農協は、原告に対し、馬鈴薯について、令和５年５月１５日に販売を開始するよう申し出るとともに、東京市場の初売りの市況価格を伝えた。これに対し、原告は、上記農協が示した価格帯を踏まえ、同月２２日から馬鈴薯の販売を開始する旨回答し、同日から販売が開始されることとなった。しかし、その出荷量は、前年の令和４年と比べて約３３％に減少し、翌令和６年の出荷量も、令和５年と比べて約１５％の増加にとどまり、令和４年の出荷量まで回復しなかった。
カ 卸売業者の差額負担等に関する記事等
(ｱ) 業界紙の記事等
ａ 令和元年１１月１８日付け農経新聞の「中央市場青果卸連続で経営悪化」と題する記事（甲Ａ１１）
「（中央市場青果卸売の利益が減少している）要因のひとつが、市況にかかわらず『集荷販売費』が必要になっていること。…様々な産地対策費や販売費、拠点市場からの転送受けに必要な経費などが計上されているものとみられる。」
ｂ 令和４年１０月２６日付け日本農業新聞の「ｋ７５年の歴史に幕」と題する記事（甲Ａ１３）
「ｋは９月末、１１月３０日をもって解散することを発表した。競売が１０月２０日、相対取引も２５日を最終日とし、営業活動を終了。…社長は『大型化するスーパーの価格訴求が強まり、産地希望価格とのギャップを埋められなかった』と明かす。差額を負担してでも集荷力維持に努めたが、６年連続で経常赤字を計上していた。」
ｃ 株式会社食品速報のホームページに令和４年１１月１５日付けで掲載された「ｌ、ｍへ東京国税局が税務調査～どうなる指値差損への課税問題～」と題する記事（甲Ａ２０）
「（ｌ株式会社に税務調査が入り）業界関係者は『いわゆる『指値差損』への課税が成されるのかどうか』を注目している…青果物の委託品取引においては、本来、出荷者は卸売会社に販売を『委託』するのであり、建前上は『いくらで売れるかは市場の実勢にまかせる』ことになる。ところが、実際には出荷者（産地）側は『この商品は〇〇円以上で仕切ってほしい』と非公式に卸売会社に伝える。卸売会社としては、その産地からの事実上の『指値』以上で販売したいが、実際には、それを下回る値しか付かないことが多い。その場合、卸売会社としては『指値』で仕切らざるを得ない（増し仕切り）。『指値』を無視すれば、その後、産地が出荷してくれなくなる可能性があるからだ。そうなれば、結果的に品ぞろえが悪くなり、今度は販売先からそっぽを向かれることになる。委託品取引における『指値』や『増し仕切り』は制度上、『ない』ことになってはいるが、全国津々浦々で慣習として行われているのが実態だ。」
ｄ 株式会社食品速報のホームページに令和５年３月１４日付けで掲載された「ｌ、ｍ、税務調査の『結論』は－東京国税局は『指値差損への課税』判断を先送りか」と題する記事（甲Ａ１９）
「『ｍは…市場法改正以降は、自社での自己買受方式に切り替えている。表面上、差損は出ていないことになるが、委託品なのに出荷者が指値をし、卸売会社がそれに応えるという構図になっており、そのあたりを国税当局がどうジャッジするのかは未知数だ』（業界筋）」
ｅ 月刊農林リサーチ２０２５年１月号の「『市場取引は公正・公平か？』いま改正法下で進む“悪しき変貌”」と題する記事（甲Ａ５８）
「一部では市場取引の大原則である『公正・公平』を損なうと疑われる行為がある。野菜や果実の生産・出荷量の減少が引き金となって、行き過ぎた『指値』や優越的な地位を利用した条件設定取引が行われている。」「『力を武器』にした取引…一つは『指値』である。産地が卸売業者に提示する『指値』は、１９８０年代半ばからすでに始まっていた。…大規模産地の一部が卸売業者との価格折衝で『指値』を出していた。野菜や果実の占有率の高さ、つまり規模の大きさを力として『無理難題』を押し付けていたのである。」「悪手の『自己買受』容認農協の『指値』を受ける卸売業者は日々、忸怩（じくじ）たる思いを抱きながらも、『荷を回してもらえぬかもしれない』という不安感から実勢価格との差があっても妥協している。…問題なのは、指値差損を財務諸表で表面上『きれいに』するため法改正時に旧法の『自己買受』の禁止条項の廃止を求めたことだ。」
(ｲ) 実態調査やパブリックコメントにおける「指値」に関する意見
ａ 平成１８年度農林水産省委託事業として実施された「卸売市場における先進的な取組事例（平成１８年度卸売市場整備新基本方針実施状況実態調査委託事業）」（甲Ａ１０）
ある青果物卸売業者は、ヒアリングに対し、「委託販売とはいえ、事実上は断ることのできない販売指値を伴う委託であり、卸売業者にとっては本来の意味の委託集荷とは異なる形態の取引となっている。」などと回答している。
ｂ 東京都中央卸売市場による東京都中央卸売市場条例の改正に際しての意見募集に対する意見（甲Ａ１２）
ある卸売業者は、「現在、出荷者の大型組織化に伴う指値と、同じく大型化するスーパー量販店への販売価格の差額が卸売会社における販売損失理由の大半を占めており、その損失額は各会社共に年々膨らんでいく一方です。」などという意見を寄せている。
(2) 事実認定の補足説明（証言等の信用性）
ア 被告は、販売日の当日に本件各取引先から販売価格の希望が伝えられていた旨の証人ｅの証言について、ｅの陳述書（甲Ａ５０、５４）には販売日の前日に伝えられると記載されており、食い違っていて信用できない旨主張する。しかし、上記陳述書は、別の従業員が担当しｅが決裁に関与した取引について、資料の記載に沿って説明するものであり、他方、証人尋問における証言は、自ら担当者として担当した取引の経験についての証言といえ、必ずしも矛盾するものではない。なお、ｅが調査対象者となっている調査報告書（甲Ａ３５の２）によると、ｅは、販売日の午前中に、交渉相手の担当者へ電話で販売の状況を連絡すること、売れ残っている場合、指値単価はその日その日の電話で決まることなどを供述しており、これらの供述内容は、おおむね上記証言内容に沿うものと解される。
また、被告は、本件各取引先に対して概括的な販売状況を伝えることがあった旨の証人ｅの証言について、様々な論拠を挙げて、その証言内容は不自然・不合理であり、信用することができない旨主張する。しかし、売れ行きが悪い場合に、相手方との関係性なども踏まえ、概括的な販売状況を伝えることがあったとしても何ら不自然ではなく、上記証言に信用性がないとはいえない。
イ 被告は、販売日の朝に本件各取引先の担当者と連絡を取り、販売価格を報告し、仕切価格について交渉するとの証人ｇの証言について、ｇの陳述書（甲Ａ５６）では、販売日前日までに産地要請価格が存在しており、販売価格が決まると本件受託品事故損の額も決まる旨説明しているなどとして、ｇの上記証言は信用できない旨主張する。しかし、青果物等の入荷は毎日続くのであり、産地要請価格が基本的に市況価格に準ずるとすれば、販売日の前日の市況価格をもって産地要請価格とする場合と、販売日の当日の市況価格をもって産地要請価格とする場合とで、実際上それほど大きな差異はないようにも思われる。また、証人ｇの証言は、自ら担当した取引の経験に基づくものであるところ（証人ｇ１３頁）、他の従業員がｇと同じやり方をしているとは限らないのであるから、上記のような相違をもって、証人ｇの証言の信用性を否定するには足りない。なお、証人ｇの証言は、平成２４年ないし平成２５年頃の経験を基にするものと考えられるが（証言時の十二、三年前。証人ｇ１３頁）、本件で対象となっている平成２７年ないし平成３１年とは数年しか違わないから、ｇのやり方のように、販売後の仕切価格の交渉において、実際の販売価格を本件各取引先の担当者に伝えることが全くなくなったとは考え難い。
また、被告は、ｇの上司であるｎは、本件各取引先に対し、仲卸業者等への販売価格を連絡することはない旨供述しており（乙１８）、証人ｇの証言はこれと整合しないなどというが、本件各取引先との仕切価格の交渉において、実際の販売価格を知らせるかどうかは、担当者や商品によって異なっていても不自然ではないから、他の者の供述と整合しないからといって、直ちに証人ｇの証言の信用性が否定されるものではない。
ウ 被告は、パセリの事例、マンゴーの事例及び馬鈴薯の事例に係る顛末書や録音等（甲Ａ６０～６４）について、固有名詞が明らかにされず、録音された会話の前後の内容・状況が判断できないから、信用できない旨主張する。
しかし、本件各取引先が希望価格で仕切られなかったことを理由に出荷を停止するなどすることは、優越的地位の濫用として独占禁止法違反に該当し得る行為であるから、これを明らかにすることは本件各取引先との関係悪化を来すおそれがあり、原告がトラブルの相手方の固有名詞を明らかにしないことは、やむを得ない面がある。また、上記録音は、ある程度会話の前後の内容・状況を理解することができるし、虚偽であることを疑わせるような不自然さも特に見当たらない。さらに、証人ｅ（７～９、２７頁）、証人ｆ８～１０、２９、３０頁）及び証人ｇ（７～１０、２１～２３、２５～３０頁）も、取引先の希望価格で仕切らなかった場合等に、出荷を停止されたり出荷量を減らされたりしたことがあった旨証言しており、これらの証言は、上記顛末書等の内容に沿うものである。したがって、上記顛末書等は、被告の上記主張を踏まえても、おおむね信用するに足りる。
さらに、被告は、仮に本件各事業年度において出荷停止等のトラブルが存したのであれば、これに係る録音や顛末書を本件訴訟や税務調査において提出するのが自然であるが、そのような録音等が提出されていないことからすると、本件各事業年度において、本件各取引先等との間で出荷停止等のトラブルがなかった旨主張する。しかし、原告がこのようなトラブルを明らかにすることは、取引先との関係を悪化させるおそれがあるし、裁判所の求釈明により上記顛末書等が提出された経緯からしても、原告の一連の対応は不自然なものではなく、上記期間において出荷停止等のトラブルがなかったことが推認されるものではない。被告の主張は採用することができない。
２ 寄附金の意義
法人税法３７条１項は、内国法人が各事業年度において支出した寄附金の額の合計のうち、事業年度終了時の資本金等の額又は事業年度の所得の金額を基礎として政令で定めるところにより計算した金額を超える部分は、各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しない旨規定し、同条７項は、この寄附金の額は、寄附金、拠出金、見舞金その他いずれの名義をもってするかを問わず、内国法人が金銭その他の資産又は経済的な利益の贈与又は無償の供与をした場合における当該金銭の額若しくは金銭以外の資産のその贈与の時における価額又は当該経済的な利益のその供与の時における価額によるものとする旨規定する。
ここで、法人税法が一定の金額を超える寄附金の額を損金の額に算入しないものとする制度を設けているのは、法人が支出した寄附金の全額を無条件で損金の額に算入するとすれば、国の財政収入の確保を阻害するばかりではなく、寄附金の出捐による法人の負担が法人税の減収を通じて国に転嫁され、課税の公平上適当でないことから、これを是正することにあると解される。他方で、法人が支出する寄附金には、それが法人の収益を生み出すのに必要な費用としての側面を有するものもあり、当該支出が費用の性質を有するか、又は利益処分の性質を有するかを客観的に判定することは困難であるため、法人税法は、行政的な便宜及び公平の維持の観点から、統一的な損金の額に算入することができる金額の限度額を設け、寄附金のうちその限度額の範囲内の金額を費用として損金の額に算入することを認め、それを超える部分の金額を損金の額に算入しないことにしたものと解される。
このような寄附金の損金算入限度額の制度趣旨からすると、法人税法３７条１項の「寄附金」とは、民法上の贈与に限られるものではなく、経済的にみて贈与と同視し得る金銭その他の資産の譲渡又は経済的な利益の供与をいうものと解される。そして、ここにいう「経済的にみて贈与と同視し得る金銭その他の資産の譲渡又は経済的な利益の供与」とは、①金銭その他の資産又は経済的な利益を対価なく他に移転する場合であって（対価性要件）、②その行為について通常の経済取引として是認することのできる合理的な理由が存在しないもの（合理性要件）をいうと解するのが相当である。
３ 検討
(1) 本件増仕切単価で仕切る合意の有無について
ア 認定事実ウ(ｱ)のとおり、仕切価格の決まり方については、①仲卸業者等への販売金額が決まる前（出荷時等）に、本件各取引先から何らかの価格（単価）又は指標が明示又は黙示に示され、仲卸業者等への販売後、特段の交渉なく原告が上記価格等に基づく金額を仕切価格とする場合と、②仲卸業者等への販売金額が決まった後に、原告の担当者が本件各取引先の担当者と何らかの交渉を行い、具体的な仕切価格が決まる場合がある。そして、①の場合の例として、果菜部担当執行役員のｈは、「通常、担当者が集荷のため出荷者に電話し、担当課長が価格交渉を行います。…産地から『市況に合しといて。』との要請があり、市況情報を基に価格を決めています。」などと説明し、季節・つま物部及び土物・根菜部担当執行役員のｉも、「電話で各担当者が農協などの相手先の担当者と話をし、その情報を上司（管理職：課長等）へ報告します。管理職は、その情報をもって相手先担当者と価格交渉を行い決定しています。」などと説明している（認定事実ウ(ｲ)）。そうすると、事前に価格等が示されるやり取りには様々なニュアンスのものがあると思われるが、少なくとも、上記説明のように原告と本件各取引先とが「価格交渉」を行い、具体的な価格を決める場合においては、本件各取引先との関係性ややり取りの内容等によっては、その決定された価格は、単なる販売価格の希望、要望としての性質を超え、事実上の指値（仕切価格の下限）としての意味を有する場合があると考えられる（事実上の指値の慣習の存在については、認定事実カ(ｱ)の業界紙の記事等の内容も参照）。そして、このような事実上の指値の合意は、非公式なものではあるが、当事者間において一定の拘束力を有し、その信頼関係を維持する上で、特段の理由なく一方的に破棄することはできないものと解される。
また、②の場合につき、果樹・果菜担当執行役員のｆは、「産地との間の『仕切価格』については、その日の商品が全て売れ終わった時点で、産地と交渉して決めます。」などと説明し、果菜部次長のｅは、販売日の午前８時頃から午前１０時頃までの間に、販売状況を大まかに伝えるなどし、仕切価格について交渉している旨説明し、葉茎菜部・菌茸部部長のｇも、販売日の朝に本件各取引先の担当者と連絡を取り、仲卸業者等への販売価格を報告し、仕切価格について交渉している旨説明している（認定事実ウ(ｳ)）。このように、②の場合においては、仲卸業者等への販売金額が決まった後に、具体的な仕切価格を本件各取引先と交渉して決めるというのであるから、その際の交渉と価格決定は、販売金額の報告とは明らかに性質を異にし、仕切価格を別途合意する趣旨のものというべきである。そして、この仕切価格の合意も、事実上の指値の合意の場合と同様、非公式なものではあるが、当事者間において一定の拘束力を有し、その信頼関係を維持する上で、特段の理由なく一方的に破棄することはできないものと解される。
イ(ｱ) これに対し、被告は、本件受託品事故損の負担は、原告と本件各取引先との間の契約に基づく義務の履行ではないと主張し、その根拠として、①本件受託約款や本件売買基本契約書等に本件受託品事故損の負担についての定めがない、②本件売買仕切書にも本件受託品事故損の負担に係る記載がない、③送り状等にも本件受託品事故損の負担をうかがわせる記載がないことなどを指摘する。
しかし、上記アの事実上の指値の合意や仕切価格の合意は、飽くまでも口頭で行われる非公式なものであって、本件受託約款等に本件受託品事故損の負担について定めがないからといって、その存在が否定されるものではないし、本件売買仕切書や送り状等に記載がないからといって、その存在が否定されるものでもない。かえって、原告が平成１２年に大阪国税局に提出した書面（甲Ａ９）に、「出荷者との口頭約定により指値による取引を行っていましたが」と記載されていることや、全国津々浦々で事実上の指値や増し仕切の慣習が存在する旨の業界紙の記事等（認定事実カ(ｱ)）からすれば、数十年以上前から、口頭で行われる非公式の「事実上の指値」の慣習が存在したことは明らかである。被告の上記主張は採用することができない。
(ｲ) また、被告は、本件各取引先が原告に対して述べる希望販売価格は飽くまで要請や要望であり、法的拘束力はないと主張する。
確かに、上記アの事実上の指値の合意や仕切価格の合意は、飽くまでも口頭で行われる非公式なものであり、本件受託約款１７条の正式な「指値」でないことはもちろん、独占禁止法違反となる可能性もある合意であることから、その合意に、正式な契約としての法的な強制力や拘束力があるとは断じ難い。しかし、そうであるからといって、交渉を通じて決定される価格が全て要請や要望にとどまるとは考え難いし、実際に合意があると認められるものについては、特段の理由なく一方的に破棄することはできないというべきであり、そのような意味での事実上の強制力や拘束力はあるというべきである。
(ｳ) さらに、被告は、本件各取引先から伝えられる価格（被告のいう産地伝達価格）は常に存在するものではなく、原告は、産地伝達価格の存否にかかわらず、本件増仕切単価を決定していると主張し、その根拠として、果実部係長のｏの供述（乙１３）や、果実部チームリーダーのｐの供述（乙１４）などを挙げる。また、被告は、本件増仕切単価は産地伝達価格と一致するものではなく、本件増仕切単価の額は原告の任意の判断に委ねられていると主張する。
しかし、明確な産地伝達価格が存在しない場合や、産地伝達価格が単なる希望販売価格の域を出ない場合（事実上の指値とは評価し得ない場合）もあると考えられるが、常にそうであるとはいえず、本件各取引先との関係性等によっては、産地伝達価格をもって事実上の指値と評価すべき場合はあり得るというべきである。また、本件各取引先から「指示」されたものではなくとも、その関係性ややり取りの内容等から、あるいは暗黙の了解として、事実上の指値の合意と評価すべき場合もあり得るといえるし、担当者や担当部署によって方針等は異なると考えられるから、被告が指摘するｏやｐの供述は、このような認定に矛盾するものではない。さらに、産地伝達価格と本件増仕切価格が一致しないものがあるとしても、その取引における産地伝達価格が「事実上の指値」ではなかったということにすぎず、産地伝達価格をもって事実上の指値と評価すべき場合があり得ることが否定されるものではない。被告の上記主張は採用することができない。
(2) 本件差額の負担に係る本件各取引先の認識の有無について
ア 事前に価格等が示される場合（①の場合）
仲卸業者等への販売金額が決まる前（出荷時等）に、本件各取引先から何らかの価格又は指標が明示又は黙示に示され、仲卸業者等への販売後、特段の交渉なく原告が上記価格等に基づく金額を仕切価格とする場合(①の場合）について、原告の担当者は、仲卸業者等に販売した後、本件各取引先に対し、実際の販売価格は伝えていなかった旨供述しており（例えば、ｈにつき甲Ａ３５、乙１２、ｉにつき甲Ａ３６、乙１５）、少なくとも本件の証拠関係の下では、本件各取引先においては、原告が本件差額を負担していることやその金額について、個々の取引ごとの認識はなかったと認められる。
しかし、受託物品の販売価格は、市場の需要と供給によって定まるものであり、伝えられた価格等が市況に合致するものであったとしても、常にその金額で売買されるとは限らず、そのことは、価格等を伝えた本件各取引先においても、当然に認識していたはずである。そして、日々取引が続いていく中で、価格交渉等により決まった価格を下回る仕切価格となることがなければ、特に説明されなくとも、原告が本件差額を負担しているものがあること（本件増仕切取引があること）は容易に察しがつくことである。しかも、全国で事実上の指値や増し仕切の慣習が存在する旨の業界紙の記事等（認定事実カ(ｱ)）からすれば、卸売業者が仕切価格と販売価格との差額を負担することがあることは、本件各取引先を含め、市場関係者の間では広く知られていたものと推認されるし、本件各取引先の中には、希望販売価格で売れなければ原告が差額を負担することを暗黙の前提又は条件として、具体的な価格（事実上の指値）を示していたことがあると推認される。
これらの点からすると、①の場合のうち、本件各取引先が原告に伝えた価格が事実上の指値の意味を有する場合において、本件各取引先は、日々継続する取引の中で、原告が本件差額を負担していることがあるという限度の認識は有していたと認められる。
イ 販売後の交渉で仕切価格が決まる場合（②の場合）
仲卸業者等への販売金額が決まった後に、原告の担当者が本件各取引先の担当者と何らかの交渉を行い、具体的な仕切価格が決まる場合（②の場合）について、果菜部次長のｅは、本件各取引先が希望する価格が販売単価を大きく上回る場合、「３桁の販売になっています。」などと販売状況を大まかに伝えるなどしていたというのであり、また、ｇは、仕切価格を交渉する際、具体的な販売価格を伝えていたというのである（認定事実ウ(ｳ)）。そうすると、原告の担当者が、仕切価格の交渉において上記のような対応をしていたものについては、本件各取引先は、実際の販売金額と仕切価格が異なること（本件受託品事故損が生じていること）を当然に認識していたと考えられる。
他方、仕切価格の交渉において、実際の販売価格を伝えていなかった場合（例えば、ｆは、大阪国税局の職員に対し、「販売単価は、その時々の状況で言うときもあるかもしれないが、（基本的に）販売単価を言わない」と供述している。甲Ａ３５）、原告が申し出た仕切価格に対し、本件各取引先の担当者が「安すぎる」などと述べて仕切価格が増額された場合は、その担当者において、原告が本件差額を負担していることは当然認識しているはずである。また、そのような場合でなくとも、本来、仕切価格について原告が本件各取引先の承諾を得たり交渉したりする必要はないのに、そのようなやり取りが行われている以上、本件各取引先は、事前に価格等が示される場合（①の場合）と同様、日々継続する取引の中で、原告が本件差額を負担していることがあるという限度の認識は有していたと考えられる。
(3) 本件差額の寄附金該当性について
ア 金銭その他の資産又は経済的な利益を対価なく他に移転する場合であるか否か（対価性要件）について
(ｱ) 原告は、本件増仕切取引において、本件各取引先に対して本件受託品事故損を負担する一方で、本件各取引先からそれに対する受託手数料（過大受領手数料）を受け取っている。
しかし、過大受領手数料は、本件受託品事故損の８．５％又は７％にすぎず（前提事実(2)ア）、また、本件受託品事故損の金額から過大受領手数料を差し引いた本件差額が、原告から本件各取引先に支払われるものであること（すなわち、過大受領手数料は計算上のものにすぎず、実質的には、原告が本件受託品事故損から過大受領手数料を差し引いた本件差額を支払っているにすぎないこと）からしても、原告は、過大受領手数料を受け取るために本件受託品事故損を負担しているわけではない。したがって、過大受領手数料をもって、本件受託品事故損の直接の反対給付（対価）とみることはできない。
(ｲ) 原告は、本件差額を負担することにより、本件各取引先から継続的に青果物等の販売委託を受けて販売手数料を得ることができているなどとして、本件各取引先からの安定的な商品の供給が本件差額の負担の対価である旨主張する。
しかし、原告が本件差額の対価として主張する「安定的な商品の供給」の具体的な内容（供給に係る期間、数量等）は不明確であり、漠然とした抽象的なものであるから、本件差額の負担に対する直接の反対給付と位置付け得るようなものとはいえない。また、本件各取引先が、原告が本件差額を負担することと引き換えに、「安定的な商品の供給」を保証する旨を約束したり、商品の供給に当たり何らかの便宜を図る旨を約束したりしたことを裏付ける証拠もない。
したがって、本件各取引先からの「安定的な商品の供給」が、本件差額の負担の対価であるとはいえない。
(ｳ) 以上によれば、本件差額の負担は、何らかの対価の受領を伴うものではなく、金銭その他の資産又は経済的な利益を対価なく他に移転するものであると認められる。
イ その行為について通常の経済取引として是認することのできる合理的な理由が存在しないものであるか否か（合理性要件）について
(ｱ) 本件京都市場の開設者である京都市の定める条例等では、売買仕切書には卸売決定価格を正確に記載しなければならない旨規定されており、希望販売価格と販売価格との差額を「受託品事故損」とする旨の定めはない（認定事実ア(ｱ)）。また、本件各取引先との間の取引に適用される本件受託約款や売買基本契約書の条項においても、売買仕切書には販売価格を記載することとされ、本件受託品事故損に関する定めはない（同(ｲ)）。このように、本来、仕切価格は、実際の販売金額と一致すべきものである。また、卸売業者である原告にとって、本件各取引先は飽くまでも青果物等の販売委託に係る取引相手にすぎず、個々の取引単位で考えれば、希望販売価格を下回る販売価格になった場合であっても、その販売価格をそのまま仕切価格とする方が利益は大きくなるのであり、本件差額を負担することにつき原告に経済的な合理性はないはずである。しかし、このように本来予定されておらず、第三者である本件各取引先との関係であえて損失を受け入れる取引を、営利企業である原告が数十年以上にわたり行ってきたのは、青果物等の卸売という取引の構造上、そのようにせざるを得ない理由があったからであると考えるのが自然である。
すなわち、原告は、青果物等の販売を受託してその販売手数料を得ている立場であるため、青果物等の販売委託が少なくなれば、手数料収入もそれに応じて少なくなる関係にあり、さらに、青果物等の品揃えが少なくなれば、仲卸業者等の需要に応えられなくなり、他の業者や他の市場に販売先（シェア）を奪われてしまうおそれもある（甲Ａ２０、証人ｅ８、９頁等参照）。そのため、原告は、本件各取引先（農協等）から、青果物等の販売委託を安定的に受け続ける必要があり、このことは、原告が事業を継続していく上で非常に重要なことと考えられる。他方、本件各取引先(農協等）においても、ある青果物等について、どの卸売業者にどの程度の販売委託をするかは自由に決めることができるから、農家等が青果物等の生産を継続できるよう、なるべく高い金額で販売してくれる（あるいは仕切ってくれる）卸売業者への販売委託（出荷）を優先し、希望販売価格を下回るような価格でしか販売できない卸売業者を避けることは、ごく自然なことである。このような原告と本件各取引先の基本的な立場や関係に加え、商品の市場占有率やブランド力なども含め原告と本件各取引先との関係性は様々であると考えられることや、事実上の指値や増し仕切の慣習の存在は市場関係者にも広く知られていると考えられることも考慮すると、本件各取引先との円満な取引関係を維持し、販売委託の停止や受託物品の減少を避け、商品の安定的な供給を受けるためには、本件各取引先と事実上の指値の合意又は仕切価格の合意をし、その結果生じた本件差額を負担することも、原告の立場上必要やむを得ない場合があったと認めるのが相当である。
このことは、令和５年及び令和７年の事例ではあるが、本件各取引先が、原告の仕切価格に不満を有する場合（パセリの事案）、販売単価の引下げを打診されたことに不満を有する場合（マンゴーの事案）及び販売開始時期につき申出を拒否された場合（馬鈴薯の事案）につき、実際に原告への出荷を停止したり出荷量を減らしたりしている事例があること（認定事実オ）からも、裏付けられているというべきである。
(ｲ) なお、本件各増仕切取引には様々なものがあり、その中には、原告が、市況価格を下回る価格でしか販売できなかった場合に、本件各取引先との価格交渉や具体的な求めがないのに、自発的に市況価格に合わせる形で仕切価格を設定するといったようなものあり得る（乙１３、１４など）。そして、そのような取引については、原告と本件各取引先との間に、事実上の指値の合意や仕切価格の合意がないことはもちろん、本件各取引先においても、実際の販売価格が仕切価格であると思っており、原告が本件受託品事故損を自発的に負担しているとは全く認識していないこともあると考えられる。このような場合、原告は、市況価格を下回る価格でしか売ることができないという販売力の弱さを隠すため、原告の判断で一方的に本件差額を負担しているにすぎないというべきであるし、本件各取引先においても、本件差額の負担等に係る特段の認識はないと考えられる。そうすると、このような場合については、本件差額の負担と商品の安定的な供給との関連性は希薄といわざるを得ず、本件差額の負担につき、通常の経済取引として是認することができる合理的な理由があるとはいい難い。
しかし、上記(2)のとおり、本件増仕切取引の中には、本件各取引先との関係性や具体的なやり取り等によっては、事実上の指値の合意や仕切価格の合意がある場合があり、そのような取引においては、原告は、自己の判断で一方的に本件差額を負担しているとはいえないし、本件各取引先においても、少なくとも原告が本件差額を負担していることがあるという限度の認識は有している。そうすると、このような場合については、本件差額の負担と商品の安定的な供給との関連性は十分にあるといえ、本件差額の負担につき通常の経済取引として是認することができる合理的な理由があるというべきである。
(ｳ) 以上によれば、本件増仕切取引のうち、少なくとも事実上の指値の合意や仕切価格の合意がある場合については、原告は、本件各取引先との円満な取引関係を維持し、販売委託の停止や受託物品の減少を避け、商品の安定的な供給を受けるため、本件差額を負担する必要があったというべきである。
したがって、少なくとも上記のような場合については、原告が本件差額を負担することにつき、通常の経済取引として是認することのできる合理的な理由が存在しないとは認められない。
４ 合理性要件に関する被告の主張について
(1) 被告は、本件各取引先が、日々の仲卸業者等への販売価格によって原告に対する受託物品の数量を調整するものではないから、本件受託品事故損の負担と受託物品の減少との間に関連性はないなどと主張し、これに沿う証拠として、本件各取引先の担当者の供述（乙２２～２７）を挙げる。
しかし、本件各取引先の担当者としては、独占禁止法の問題もあり、その立場上、事実上の指値をあらかじめ伝えているなどと供述することはできないし、販売価格（仕切価格）が低ければ受託物品の数量を減らすとも供述しにくいと考えられる。また、これらの担当者の供述においても、高く売れる市場への出荷を優先することがあることは、必ずしも否定されておらず、例えば、「（相場より安い価格で取引された場合）基本的には市場からの注文に沿った数量を出荷していますが、出荷量が少ない時などは高く売れる市場に出荷することはあります。」（乙２２）、「（相場よりも安い価格で取引されていた場合）日々の流れの中で、その時々に生産者からの集荷量によって、多少の調整をすることはあります」（乙２４）、「（ｂに伝えた希望価格を下回って販売された場合、他の価格がいい市場へ出荷することは）多少はあります。」（乙２６）といった供述がみられる。
したがって、本件各取引先が、日々の仲卸業者等への販売価格によって原告に対する受託物品の数量を調整することは十分あり得るといえ、本件受託品事故損の負担と受託物品の減少との間に関連性がないとは認められない。被告の上記主張は採用することができない。
(2) 被告は、パセリの事例、マンゴーの事例及び馬鈴薯の事例に関する顛末書や録音等（甲Ａ６０～６４）について、信用性を欠く旨主張するとともに、これらの取引は令和５年又は令和７年のものであり、平成２８年３月期ないし平成３１年３月期の期間の取引の状況を推認させるものとはいえないと主張する。
しかし、上記顛末書等が信用できることは、事実認定の補足説明（前記１(2)ウ）で説明したとおりである。また、確かに、平成３０年頃と令和５年ないし令和７年頃とでは、必ずしも近接した期間とはいえないが、原告においては、数十年以上前から本件受託品事故損の負担を行ってきたのであり、本件各取引先（農協等）と原告との関係は、根本的なところでは大きく変わらないものと考えられる。証人ｅ（７～９、２７頁）、証人ｆ８～１０、２９、３０頁）及び証人ｇ（７～１０、２１～２３、２５～３０頁）も、取引先の希望価格で仕切らなかった場合等に、出荷を停止されたり出荷量を減らされたりしたことがあった旨証言しており、平成２８年３月期ないし平成３１年３月期においても、上記顛末書等に類する事例はあったと考える方が自然である。被告の上記主張は採用することができない。
(3) 被告は、本件各取引先が原告に対して本件受託品事故損の負担を求めることや、原告が本件受託品事故損を負担しなかった場合に、原告に対する青果物等の出荷量を制限することは、独占禁止法に違反するおそれのある行為であり、本件各取引先がそのような違法となるおそれのある行為を行っていたとは考え難いから、原告による本件受託品事故損の負担に、青果物等の販売委託の引受けを維持する効果はないと主張する。
しかし、近年の業界紙の記事等では、「実際には出荷者（産地）側は『この商品は〇〇円以上で仕切ってほしい』と非公式に卸売会社に伝える。…卸売会社としては『指値』で仕切らざるを得ない（増し仕切り）。『指値』を無視すれば、その後、産地が出荷してくれなくなる可能性があるからだ。…委託品取引における『指値』や『増し仕切』は制度上、『ない』ことになってはいるが、全国津々浦々で慣習として行われているのが実態だ。」（甲Ａ２０）とか、「農協の『指値』を受ける卸売業者は日々、忸怩（じくじ）たる思いを抱きながらも、『荷を回してもらえぬかもしれない』という不安感から実勢価格との差があっても妥協している。」（甲Ａ５８）とされており、被告の上記主張は、建前論であって、実態に沿うものとは考え難い。被告の上記主張は採用することができない。
(4) 被告は、原告の担当者であるｉは、本件各取引先の希望価格に応じたとしても、将来的な集荷の保証はない旨供述しており、ｈは、本件各取引先の要望を断ったことによって、出荷が停止されるとか、あからさまに荷物が減るようなことはないと思う旨を供述していることから、本件受託品事故損の負担が、本件各取引先からの青果物等の販売委託の引受けにつながるものではない旨主張する。
しかし、これらは一部の担当者の認識にすぎないし、本件各取引先の一部が仕切価格の低さなどを理由に出荷量を調整した事例もあること（認定事実オ）や、上記(2)で掲げた証人らの証言、上記(3)で掲げた業界紙の記事等からしても、ｉ及びｈの上記各供述から直ちに、本件差額の負担が、販売委託の引受けの維持と関係がないとはいえない。被告の上記主張は採用することができない。
(5) 被告は、原告において、本件差額の負担が、受託物品の数量の減少を避けたり、青果物等の販売委託の引受けにつながったりするものであるかについて、何ら検討等がされることなく決定されているから、本件受託品事故損の負担が、受託物品の数量の減少を避けたり、青果物等の販売委託の引受けにつながったりするものではない旨主張する。
しかし、これまでに説示したとおり、青果物等の卸売という取引の構造上、本件各取引先との関係性等によっては、販売委託の停止や受託物品の減少を避け、商品の安定的な供給を受けるため、本件差額を負担することが必要な場合もあると考えられ、原告がその効果の分析や検討をしていないことは、上記認定を左右するものではない。
(6) 被告は、要旨、原告は、本来実際の販売価格を記載すべき本件売買仕切書に本件増仕切価格を記載することで、本件増仕切価格で販売しているかのように装い、本件各取引先に対し、原告が他の卸売業者に負けない販売力を有していることや、本件京都市場における需要が大きいように誤認させることによって、受託物品の数量を確保しようとしているものであり、本件受託品事故損もそのために生じたものにすぎないとして、本件増仕切価格を販売価格であるかのように装う取引が通常の経済的取引として是認できるようなものでないことは明らかである旨主張する。
しかし、事実上の指値の合意や仕切価格の合意がある場合については、正に合意のとおり仕切価格を記載しているものであって、本件増仕切価格を販売価格であるかのように装っているわけではない。被告の主張は、少なくとも上記の合意があるものについては、採用することができない。
５ 小括
上記３(3)のとおり、本件受託品事故損が発生する取引（本件増仕切取引）のうち、少なくとも事実上の指値の合意や仕切価格の合意がある場合については、本件差額は、合理性の要件を欠くため、法人税法３７条１項の寄附金に該当するとは認められない。
ところで、原告と本件各取引先との関係性や具体的なやり取り等は取引によって様々であり、本件増仕切取引には、上記のような合意があるものとないものが混在していると考えられる。しかるに、本件差額が法人税法３７条１項の寄附金に該当するかどうかについては、被告側に主張立証責任があると解されるところ、本件全証拠を検討しても、本件増仕切取引のうち上記合意があるものとないものの割合は不明であり、また、個別の取引ごとに、上記合意の有無について立証されているともいえない。
そうすると、上記合意がない場合には本件差額が寄附金に該当するとしても、多数の取引に係る本件差額のうち寄附金に該当する部分と該当しない部分とを区別することはできないから、結局、その全部について寄附金に該当するとは認められない。
第４ 争点２（本件受託品事故損が課税仕入れに係る支払対価の額に該当するか否か）についての当裁判所の判断
１ 課税仕入れとは、事業者が、事業として他の者から資産を譲り受け、若しくは借り受け、又は役務の提供を受ける旨をいうところ（消費税法２条１項１２号）、消費税法３０条１項の「課税仕入れに係る支払対価の額」とは、資産の譲受け等と支払との間に、少なくとも対応関係がある、すなわち、具体的な資産の譲受け等があることを条件として対価が収受されるといい得ることが必要と解される。
２ 原告は、本件増仕切取引において、本件各取引先に対して本件受託品事故損を負担する一方で、本件各取引先からそれに対する受託手数料（過大受領手数料）を受け取っている。
しかし、この過大受領手数料は、計算上のものにすぎず、実質的には、原告が本件受託品事故損から過大受領手数料を差し引いた本件差額を支払っているにすぎないといえ、過大受領手数料の支払をもって、本件受託品事故損の対価とみることはできない（上記第３の３(3)）。また、安定的な商品の供給といった漠然とした抽象的な利益を、本件受託品事故損の対価とみることもできない（同上）。
なお、事実上の指値や仕切価格の合意がある場合につき、本件受託品事故損が課税仕入れに係る支払対価の額に該当すると解する余地があるとしても、課税仕入れに係る支払対価の額の主張立証責任については、消費税の課税標準が課税資産の譲渡等の対価の額とされ（消費税法２８条１項）、これに基づいて算出された消費税額から仕入れに係る消費税額を控除する（同法３０条１項）ことからすると、仕入れ税額控除を求める原告が負うものと解されるから、上記第３の５と同様の理由により、本件受託品事故損の全体につき、課税仕入れに係る支払対価の額に該当するとは認められない。
３ 以上によれば、本件受託品事故損が、課税仕入れに係る支払対価の額に該当するとは認められない。
第５ 争点３（本件合併による本件未処理欠損金額の引継ぎについて、法人税法１３２条の２の適用による否認をすることができるか否か）についての当裁判所の判断
１ 認定事実
(1) 旧ａについて
ｂグループの主要な子会社は、旧ａ、β、ｃ及びｑの４社であった。旧ａは、原告がもともと営んでいた輸入青果物事業（本件事業）の譲渡を受けてこれを営んでいたが、平成１６年に輸入青果物の産地の偽装が発覚して業務改善命令や罰金の有罪判決を受けた。これにより、旧ａの売上は減少し、平成１８年３月期以降、経常利益及び税引き前利益が頻繁に赤字になり、欠損金額が積み上がっていくこととなった。
本件未処理欠損金額は、旧ａの平成２１年３月期以降に発生した未処理欠損金額であり、平成３１年３月期以降、順次損金算入することができなくなることが見込まれた（法人税法５７条１項本文、平成２７年法律第９号附則２７条１項参照）。（以上につき、甲Ａ４、Ｂ２～７、３４、乙３、証人ｊ２１頁）
(2) ｂグループの組織再編成の検討
ア 原告は、ｂグループの各子会社の独立性が高いため、原告の指揮命令が各子会社に十分に行き渡らず、各子会社の連携も取れておらず、ｂグループ全体のまとまりが取れていないと感じており、平成１８年には、原告を持株会社とする組織再編成を検討し始めた。しかし、原告の持株会社化にはデメリットが多いということで、平成１９年にその検討は取り止めとなった。（甲Ｂ９、１０、２９、３７、証人ｊ２１～２３頁）
イ もっとも、原告は、その後もｂグループ全体のまとまりが取れていないという課題があると考えていた。
そこで、原告は、ｑの発行済株式総数の８３．４％を保有していたが、平成２４年１１月７日までに、個人株主が保有していたｑの株式（発行済株式総数の１３．１％）を購入代金合計１１１０万円で購入し、平成２５年１月３１日までに、全国農業協同組合連合会が保有していたｑの株式（発行済株式総数の３．５％）を購入代金３００万円で購入した。これにより、ｑは、原告の１００％子会社となった。（以上につき、甲Ｂ１１－１～４、２９、３７、証人ｊ２３頁）
(3) ｒコンサルチームからの説明内容等
ア 原告は、その後も、旧ａとβの株式の持合いを解消して原告の１００％子会社とすることや、個人株主からｃの株式を買い取ることを検討しており、平成２５年１２月ないし平成２６年１月には、旧ａ保有のβの株式、β保有の旧ａの株式及び個人株主保有のｃの株式を、いずれも原告が買い取ることが相当であると判断した。
そのような中、原告の代表取締役社長のｓは、平成２６年頃、ｒ京都中央支店長から、組織再編成のコンサルティングを行うことができるとの提案を受けた。そこで、原告は、ｓ、原告の管理部門担当常務取締役（当時）のｔ及び執行役員財務部長（当時）のｕの３人で検討チームを組み、ｒ京都中央支店法人マーケティング部コンサルティングチーム（ｒコンサルチーム）からアドバイスを受けるようになった。（甲Ｂ１１－５～１１－７、２９、乙３１、３２、証人ｊ２３～２４頁）
イ ｒコンサルチームは、原告に対し、平成２６年７月３１日付けディスカッションペーパーに基づいて説明をした。このディスカッションペーパーには、論点の一つとして子会社の再編が掲げられており、旧ａが原告の１００％子会社となった場合のｄの子会社化の方法の例として、旧ａ保有のｄの株式（発行済株式総数の５５％）を旧ａから原告に適格現物分配し、原告とｄの株主が株式交換する方法が図で説明されている。（甲Ｂ１２－１）
ウ ｒコンサルチームは、原告に対し、平成２６年８月２９日付けディスカッションペーパーに基づいて説明をした。このディスカッションペーパーには、論点として、①旧ａとβの株式持合いの解消や、②ｄの子会社化などが掲げられている。
上記ディスカッションペーパーでは、上記①について、βが旧ａ保有のβの株式を自己株式取得し、旧ａがβ保有の旧ａの株式を自己株式取得する方法が説明されている。また、引き続いて、「ａの組織再編」として、上記自己株式取得により旧ａが原告の１００％子会社となり、旧ａには約１４億円の繰越欠損金があるところ、旧ａは、収益力の向上を目的として、青果物卸売事業に関して有する権利義務を、新設する新ａに承継させるために会社分割を実施すること、その後旧ａが清算し、旧ａの残余財産が確定した場合には、旧ａの１４億円の繰越欠損金は親会社に引き継がれることが説明されている。なお、「子会社の未処理欠損金額は親会社に引き継ぐこととなる」という記載には下線が引かれている。
また、上記ディスカッションペーパーでは、上記②について、旧ａ保有のｄの株式を原告に現物分配する方法と、同株式や借入金を旧ａから原告に吸収分割する方法が説明されている。（以上につき、甲Ｂ１２－２）
エ ｒコンサルチームは、原告に対し、平成２６年９月１２日付けディスカッションペーパーに基づき、おおむね同年８月２９日付けディスカッションペーパー（上記ウ）と同内容（ただし、上記ウの②については、現物分配する方法のみ）を説明するとともに、「●繰越欠損金の活用」から始まる書面に基づき、組織再編に係る法人税の節税効果と経費を説明した。「●繰越欠損金の活用」から始まる書面には、旧ａの繰越欠損金を原告が引き継ぐ場合のシミュレーションとして、その繰越欠損金１４億円に税率３５．６４％を乗じると５億円の「法人税効果」があること、組織再編成に係る税金の合計が１００万円、スキーム実行に関する経費の合計が４２００万円（コンサルティング手数料３６００万円含む。）であり、これらの合計（４３００万円）から経費支払による法人税効果１５００万円を控除すると、経費は２８００万円となること、旧ａの繰越欠損金による法人税効果５億円と経費２８００万円との差額は４億７２００万円であることが記載されている。（以上につき、甲Ｂ１２－３、５）
オ ｕは、平成２６年９月２２日付け「ｂグループ会社の資本政策、組織再編の検討について」と題する稟議書を作成し、ｒとの間でコンサルティング業務委託契約を締結することを提案し、原告の社内決裁を得た。上記稟議書には、βが旧ａ保有のβの株式を自己株式取得して原告に現物分配し、旧ａがβ保有の旧ａの株式を自己株式取得して原告に現物分配すること、旧ａが原告からの貸付金をもって個人株主の保有するｃの株式を時価より安く購入して原告に現物分配することが記載されている。また、この稟議書には、業務委託契約を締結するメリットとして、「ｂの完全子会社化と、法人グループ税制によりａの繰越欠損金（１２１，４００万円）をｂに移してｂの所得から控除することによる節税効果と、新生ａとして、再スタートが可能となる。」と記載されている。さらに、この稟議書には、原告から旧ａへの貸付金２億６２００万円を、旧ａの会社分割時に子会社支援として寄付し、「欠損金引継ぎ時のロジックに活用」すると記載されている。
そして、原告（委託者）は、平成２６年９月２４日付けで、ｒ（受託者）との間で、ｒが原告に対して①組織再編の検討及び②資本政策の策定の役務を、コンサルティング手数料２７００万円（税別）で提供するコンサルティング業務委託契約を締結した。（以上につき、甲Ｂ１３）
カ ｒコンサルチームは、原告に対し、平成２７年１月１４日付け「資本政策・組織再編に関する説明資料」に基づく説明をした。
この説明資料には、今後の実施事項として、①旧ａが個人株主からｃの株式を買い取ること、②旧ａがβから旧ａの株式を自己株式取得すること、③旧ａが保有するβの株式を原告に現物分配すること、④βが保有するｃの株式を原告に現物分配すること、⑤旧ａを会社分割すること、⑥原告が旧ａを吸収合併することが掲げられていた。
そして、上記説明資料では、上記①について、旧ａが原告からの借入金をもって個人株主からｃの株式を買い取ること、その買取金額は時価より低いため、その差額を旧ａにおいて受贈益として計上するが、旧ａには繰越欠損金があるため、課税されないことが説明されている。
また、上記説明資料では、上記②について、旧ａが原告から資金調達してβ保有の旧ａの株式を自己株式取得することが説明されている。さらに、上記説明資料では、上記⑤及び⑥について、旧ａは、収益力の向上を目的に、青果物輸入事業（本件事業）に関して有する権利義務を新ａに承継させるために会社分割をするが、繰越欠損金は旧ａに残すこと、その後、原告は、旧ａを吸収合併し、本件未処理欠損金額を引き継ぐことが説明されている。なお、上記⑥について、上記ウ及びエのとおり、当初は旧ａを清算する方法が説明されていたが、旧ａを会社分割と同日に清算する場合には、完全支配関係継続要件を満たさずその会社分割が非適格分割となることが判明し、原告が旧ａを吸収合併する方法が説明された。（以上につき、甲Ｂ１２－６）
キ ｒコンサルチームは、原告に対し、平成２７年２月１９日付け資本政策・組織再編に関する説明資料に基づく説明をした。
この説明資料の内容は、おおむね平成２７年１月１４日付け説明資料（上記カ）と同じであるが、未定とされていた株式の買取予定金額（上記カの①②）が記載されるなどしている。（以上につき、甲Ｂ１２－７）
ク ｒコンサルチームは、原告に対し、平成２７年３月２７日付けディスカッションペーパーに基づく説明をした。
このディスカッションペーパーの説明内容は、おおむね平成２７年１月１４日付け説明資料（上記カ）と同内容であるが、旧ａによる個人株主からのｃの株式の買取り（上記カの①）の説明において、旧ａが平成２６年３月末時点で１４億３５００万円の繰越欠損金を有し、うち２億２１００万円が平成２７年３月末をもって損金算入することができなくなることが説明されている。（甲Ｂ１２－８）
(4) 本件組織再編成以前のｂグループの再編等
ア 旧ａによるｃの株式の取得（前提事実(3)ウ(ｲ)）
旧ａは、平成２７年２月２０日、ｃの個人株主ら３名から、その保有するｃの株式（発行済株式総数の２１％）を、代金合計１億６５９０万円で購入した。旧ａは、同日、原告から、上記株式購入代金のうち１億６０００万円を借り入れた。
イ 旧ａの１００％子会社化（前提事実(3)エ(ｲ)）
旧ａ（買主）は、平成２７年３月１０日までに、β保有の旧ａの株式（発行済株式総数の２０％）を代金１億５６４８万円で自己株式取得した。これにより、旧ａは原告の１００％子会社となった。旧ａは、同日、原告から、上記株式購入代金のうち１億４０００万円を借り入れた。
ウ βの１００％子会社化（前提事実(3)イ(ｲ)）
原告は、平成２７年３月１９日、旧ａから、その保有するβの株式（発行済株式総数の２５％）を剰余金の配当として受け取った。その結果、βは、原告の１００％子会社となった。
エ ｃの株式の現物配当（前提事実(3)ウ(ｳ)）
原告は、平成２７年３月２８日、β保有のｃの株式（発行済株式総数の３０％）を剰余金の配当として受け取った。これにより、原告は、本件組織再編成の直前において、ｃの発行済株式総数の７９％を保有し、その余のｃの株式は、旧ａが保有していた（上記ア）。
オ 原告の減資（甲Ｂ２１、２９、乙３１答１４、３４、３８）
原告の資本金額は、もともと１億４５００万円であったが、資本金額を１億円以下とすることにより、繰越欠損金の損金算入限度額が増加する（法人税法５７条１項、１１項１号イ参照）などの税務上のメリットがあることから、原告は、平成２７年７月２１日、資本金額を１億円に減資した。
(5) 本件組織再編成の具体的内容の検討状況
ア ｒコンサルチームは、原告に対し、平成２７年６月１１日付けディスカッションペーパーに基づく説明をした。
このディスカッションペーパーでは、本件合併について、「株主総会決議を省略できる再編を展望」と記載され、簡易合併として原告における株主総会決議を不要とするためには、旧ａが本件分割後に資産超過であり、その資産超過額が原告における旧ａの株式の簿価を超えている必要があること（会社法７９６条２項、７９５条２項参照）が説明されている。そして、一定の仮定（本件分割後に旧ａに残る資産を売掛金２億円、子会社株式１２００万円及び投資有価証券８０００万円とし、本件分割後に旧ａに残る負債を原告からの借入金３億２２００万円のうち２億円と仮定）の下での、本件組織再編成による旧ａ及び原告の貸借対照表の変動が説明されている。（以上につき、甲Ｂ１２－９）
イ ｒコンサルチームは、原告に対し、平成２７年７月１０日付けディスカッションペーパーに基づく説明をした。
このディスカッションペーパーでは、一定の前提（本件分割後に旧ａに残る資産を売掛金２億円、ｄの株式５５０万円、ｃの株式３億２８００万円及びｖに対する差入保証金３２４０万円とし、本件分割後に旧ａに残る負債を本件借入金３億円とする前提）の下での、旧ａの貸借対照表の変動が説明されているほか、「再編に向けて確認しておくべき事項」として、旧ａの青果物輸入事業を新ａに引き継ぐに当たり、社会保険関係、労務関係、許認可関係等について手続が必要か否かなどの確認事項が記載されている。（以上につき、甲Ｂ１２－１０）
ウ ｔは、本件組織再編成により原告が引き継ぐ債権債務に係る決裁文書として、平成２７年７月２１日付け「株式会社ａ吸収合併による債権・債務について」と題する書面を作成した。
この書面には、本件合併を簡易合併として原告の株主総会決議を省略するためには、旧ａが、原告における旧ａの株式の簿価５６４９万４６２０円以上の純資産を有していなければならないとして、原告が旧ａから取得する財産を本件土地３１４７万円、ｃの株式３億２８２３万円及びｄの株式５５０万円とし、原告が引き継ぐ債務を本件借入金３億円とすることが記載されている。また、この書面には、繰越欠損金は旧ａに残すので、本件合併により原告が引き継ぐこととなる旨記載されている。（以上につき、乙３１資料５）
エ ｔは、本件組織再編成の検討のため、平成２７年７月２４日付け「ａ再編計画、分社化（吸収合併による）ＧｏｏｄＢａｄ」と題する書面を作成した。
この書面には、本件合併を簡易合併として原告の株主総会決議を省略するためには、旧ａが、原告における旧ａの株式の簿価５６４９万４６２０円以上の純資産を有していなければならないとして、原告が旧ａから取得する財産を本件土地３１４７万円、ｃの株式３億３３７３万円及びｄの株式５５０万円とし、原告が引き継ぐ債務を本件借入金３億円とすることが記載されている。また、上記書面には、原告が旧ａから本件未処理欠損金額を引き継ぐことにより、原告の税引き前利益が年３億円ないし４億円とすると３年ないし４年は無税となり、原則として当期純利益がそのまま残る旨が記載されている。（以上につき、乙３３）
オ ｔは、ｂグループの一連の組織再編成についてまとめた平成２７年９月１９日付け「ｂグループ再編計画について【主なまとめ】」と題する書面を作成した。
この書面には、ｂグループでは、全社が一丸となって「食の総合流通サービス企業を目指す」ことなどの目的を実行し、併せてより盤石な経営体質を構築するために、その再編計画を行うなどとして、一連の組織再編成についての説明が記載されている。そして、「新設分割の趣旨」として、旧ａは吸収合併消滅会社となり解散することや、旧ａと同商号の新ａを新設し、新会社として新たにスタートすることなどが記載されている。また、上記書面の最後に、「税務上の繰越欠損金」として、平成２０年度から平成２４年度の旧ａの繰越欠損金１２億１４５７万円に平成２７年度上期（本件分割以前）の損失見込み約２億円を加算すれば、その総額は１４億円余りとなり、その額が今後原告の納税額計算時に控除されること、これにより原告がキャッシュバランス上のメリットを得ることになり、他方、「ａとしては、過去の税務上の欠損が一掃されると共にこの圧迫感から解放され、心機一転新たなスタートを切ることができる。併せて、金融機関の好印象と信用を得られる等のメリットが生じることになる。」と記載されている。（以上につき、乙３４）
(6) 旧ａにおける検討状況（甲Ｂ３０、乙３１答７、乙３２答１２、乙３７）ｂグループの一連の組織再編成については、原告が、ｒコンサルチームのアドバイスを受けながら検討してきたものであり、旧ａは、本件組織再編成や、ｃの株式の購入、自己株式取得及びβの株式の原告への現物配当について、あまり内容を知らず、原告の指示に基づいて実施していた。
(7) 本件組織再編成の実施
ア 旧ａの商号変更（甲Ｂ２－５、１９－３）
旧ａは、平成２７年１０月１日、その商号を「株式会社ａ」から「ａ株式会社」に変更した。
イ 本件分割（前提事実(3)カ(ｱ)、甲Ｂ２－５、２－６）
旧ａは、平成２７年１０月１日、旧ａを新設分割会社、株式会社ａ（新ａ）を新設分割設立会社とする新設分割（本件分割）を行った。新ａの本店所在地、目的及び役員は、本件分割時における旧ａのそれらと同一であった。
新ａは、本件分割に際し、その発行する新ａの株式全部を旧ａに交付したが、旧ａは、同日、原告に対し、その新ａの株式全部を剰余金の配当として交付した。その結果、新ａは、原告の１００％子会社となった。他方、新ａは、本件分割により、旧ａから、本件事業に係る一切の流動資産、固定資産（ｃの株式及びｄの株式を除く。）、商標権、負債（本件借入金を除く。）、契約上の地位、雇用契約の契約上の地位その他の権利義務を承継した。本件分割後に旧ａに残された資産及び負債は、本件土地、ｃの株式、ｄの株式及び本件借入金であった。
ウ 本件合併（前提事実(3)カ(ｲ)）
原告と旧ａは、平成２７年１０月１日、本件分割の効力が生じることを停止条件として、原告を吸収合併存続会社、旧ａを吸収合併消滅会社とする吸収合併（本件合併）を行った。
原告は、本件合併により、旧ａから、本件土地、ｃの株式、ｄの株式及び本件借入金を承継した。これにより、ｃは、原告の１００％子会社となり、ｄは、原告の子会社となり、また、本件借入金は、混同により消滅した。
(8) 本件組織再編成等についての説明
ア 旧ａは、平成２７年８月３日付けで、同社従業員らに対し、「当社青果物卸売事業に従事されている従業員の皆様へ」と題する書面を発出した。この書面には、本件分割を行う背景及び理由として、「効率的な企業経営、グローバル化が常態化した中での迅速な経営判断や大きな視野での資本政策等、新たな時代を生き抜くための重要な施策」についての見直しの一環として、「当社青果物卸売事業（当社の事業のすべて）」を新たに設立する新ａへ承継させることにしたこと、新ａの商号は「株式会社ａ」（従来の旧ａの商号）を予定していること、旧ａの従業員は新ａに転籍するが、業務内容、就業場所、賃金その他の労働条件は従前と同様であり、変更の予定はないことなどが記載されている。なお、この書面には、本件分割により本件事業と繰越欠損金を切り離すこと、その後本件合併を実施し、原告が旧ａから繰越欠損金を引き継ぐこと（新ａには引き継がれないこと）などは記載されていない。（以上につき、甲Ｂ１９－６）
イ 原告は、平成２７年１０月１日付けで、関係者に対し、「ｂグループ資本構成の見直し及び組織再編について」と題する書面を発出した。この書面には、グループ会社株式を原告に集約し、スムーズな意思決定や経営資源の有効活用を進めることとしたことなどが記載されている。また、この書面には、付記として、完全子会社化を実施した子会社は、その保有資産のうち一部遊休土地を原告が取得した以外は、従前と変動のない状態で、更なる安定経営に尽力する旨記載されている。なお、この書面には、本件合併により原告が本件未処理欠損金額を引き継ぐことは記載されていない。（以上につき、甲Ｂ２４－１）
また、原告は、平成２７年１０月５日、ｂグループの各子会社と共に記者会見を行い、上記書面と同内容の説明をした（甲Ｂ２５－４、５）
ウ ｂグループの社内報である「ｗ」の平成２７年１２月号には、ｓが執筆した「再編でｂグループの更なる強化を」と題する記事が掲載されている。この記事には、平成２７年３月に旧ａ及びβが原告の１００％子会社となり、同年１０月にｃが１００％子会社となったこと、今回の再編によりｂグループの財務体質の更なる強化を図ることが可能となることなどが記載されている。また、この記事には、本件分割について、「ａには会社分割と言う煩わしい事をして頂き」と記載されており、他方、本件分割により本件事業と本件未処理欠損金額を分けること、本件合併により原告が本件未処理欠損金額を引き継ぐことは記載されていない。（甲Ｂ２４－２）
２ 法人税法１３２条の２の不当性要件該当性の判断方法について組織再編成は、その形態や方法が複雑かつ多様であるため、これを利用する巧妙な租税回避行為が行われやすく、租税回避の手段として濫用されるおそれがあることから、法人税法１３２条の２は、税負担の公平を維持するため、組織再編成において法人税の負担を不当に減少させる結果となると認められる行為又は計算が行われた場合に、それを正常な行為又は計算に引き直して法人税の更正又は決定を行う権限を税務署長に認めたものと解され、組織再編成に係る租税回避を包括的に防止する規定として設けられたものである。このような同条の趣旨及び目的からすれば、同条にいう「法人税の負担を不当に減少させる結果となると認められるもの」（不当性要件）とは、法人の行為又は計算が組織再編税制に係る各規定を租税回避の手段として濫用することにより法人税の負担を減少させるものであることをいうと解すべきであり、その濫用の有無の判断に当たっては、①当該法人の行為又は計算が、通常は想定されない組織再編成の手順や方法に基づいたり、実態とは乖離した形式を作出したりするなど、不自然なものであるかどうか（考慮事情①）、②税負担の減少以外にそのような行為又は計算を行うことの合理的な理由となる事業目的その他の事由が存在するかどうか（考慮事情②）等の事情を考慮した上で、当該行為又は計算が、組織再編成を利用して税負担を減少させることを意図したものであって、組織再編税制に係る各規定の本来の趣旨及び目的から逸脱する態様でその適用を受けるもの又は免れるものと認められるか否かという観点から判断するのが相当である（最高裁平成２８年２月２９日第一小法廷判決・民集７０巻２号２４２頁、最高裁平成２８年２月２９日第二小法廷判決・民集７０巻２号４７０頁）。
３ 支配関係５年超要件を満たしている適格合併に法人税法１３２条の２を適用することができるか否かについて
(1) 検討
ア 原告は、要旨、法人税法は、適格合併による被合併法人の未処理欠損金額の引継ぎについて、租税回避行為を防止するために特別に同法５７条３項による制限を加えたものであるから、支配関係５年超要件の濫用がある場合はともかく、支配関係５年超要件を充足する（同項が適用されない）適格合併に同法１３２条の２を適用して未処理欠損金額の引継ぎを否認することは、予定されていない旨主張する。
しかし、法人税法１３２条の２は、その文言上、組織再編成に係る特定の行為又は計算を否認の対象とし、あるいは否認の対象から除外することとはしておらず、支配関係５年超要件を満たしており同法５７条３項が適用されない場合であっても、同法１３２条の２は適用されると解するのが文言上自然である。
また、前述のとおり、法人税法１３２条の２は、組織再編成につき、その形態や方法が複雑かつ多様であるため、これを利用する巧妙な租税回避行為が行われやすく、租税回避の手段として濫用されるおそれがあることから、税負担の公平を維持するため、組織再編成において法人税の負担を不当に減少させる結果となると認められる行為又は計算が行われた場合に、それを正常な行為又は計算に引き直して法人税の更正又は決定を行う権限を税務署長に認めたものと解される(前掲最高裁平成２８年２月２９日第一小法廷判決等）。このように、組織再編成に係る租税回避について、これを包括的に防止するための一般的否認規定が設けられているのは、立法の際に、組織再編成を利用したあらゆる租税回避行為をあらかじめ想定した上で、個別的な否認規定を網羅的に設けることは、事柄の性質上困難であることによるものと解される。
このような法人税法１３２条の２の文言や趣旨を踏まえれば、支配関係５年超要件を満たすため同法５７条３項が適用されない場合においても、個別事案の具体的事情の下において、同条２項の規定を租税回避の手段として濫用することにより法人税の負担を減少させていると認められる場合には、税務署長は、同法１３２条の２を適用し、未処理欠損金額の引継ぎを否認することができるというべきである。
イ なお、上記の点に関し、財務省主税局で組織再編税制の創設に関わったｘ税理士は、企業組織再編税制についての座談会（平成２３年１１月９日）において、「個別否認規程でクリアした場合は、包括否認規定はどうなるのですか。例えば、５年たったらもういいよとなっているときに、いや、５年たっていても、こんなのは許していないということがあるのかなということです。」との質問に対し、「法律的な実態に即して形式的に当てはめる個別規定と、税制としての経済的な実質も考慮することができる包括否認規定とは、いずれか一方しかないということではなく、これらがセットで構成されているということです。個別規定が充足されれば、包括否認規定が発動されないということにはなっていません。」と答えている（乙４０・５５頁。なお、同５６頁の典型例に関する発言も参照）。また、同じく財務省主税局で組織再編税制の創設に関わったｙ税理士は、著書において、個別に青色欠損金等の引継ぎを制限する租税回避の防止措置が設けられている旨の説明に続けて、「このような防止措置（注：法人税法５７条３項）を設けたとしても、青色欠損金の繰越額…を利用する租税回避を全て防止することは困難と考えられるところであり、このような防止措置をすり抜けた租税回避を１３２条の２によって否認しようとしているわけです。」「青色欠損金の繰越額…を利用するもので、現在、特に問題があると指摘されているのは、親会社が自ら設立したり長期にわたって株式を保有したりしている１００％子会社を吸収合併してその青色欠損金の繰越額…を『節税』に利用しているものです。親会社が自ら支配する子会社は、自由に組織再編成を行うことが可能であり、容易に租税回避の手段とすることができますからね。」としている（乙７７・４１～４３頁）。このように、組織再編税制の創設に関わったｘ税理士やｙ税理士が上記のように理解していることは、上記アの解釈を裏付けるものといえる。
(2) 原告の主張について
ア 原告は、平成１３年度税制改正時の法人課税小委員会会議資料（乙５６、参考文献Ｂ８）の記載や、同小委員会に関与していたｚ経済団体連合会経済本部税制グループ長の講演時の説明（参考文献Ｂ９・８９頁等）や、国税庁「改正税法のすべて」１９９頁（参考文献Ｂ１）の記載等を挙げて、支配関係５年超要件を満たす適格合併に法人税法１３２条の２を適用することは予定されていない旨主張するとともに、このような適格合併に同条を適用して未処理欠損金額の引継ぎを否認することは、一般的否認規定について過度に広範であいまいな解釈を許容するものであり、租税法律主義に反する旨主張する、
しかし、原告が挙げる平成１３年度税制改正時の資料の記載や関係者の説明は、平成１３年度税制改正時の法人税法５７条３項（支配関係５年超要件）の検討経過やその趣旨等を説明するものにすぎず、支配関係５年超要件を満たす場合（同項が適用されない場合）に同法１３２条の２の適用が一律に排除される旨をいうものではないし、支配関係５年超要件を満たす適格合併であればいかなる事情があっても未処理欠損金額の引継ぎを認める旨をいうものでもない。また、支配関係５年超要件を満たす場合にも同条が適用され得ることは、同条の文言や趣旨に照らしてごく自然な解釈であり、過度に広範であいまいな解釈と批判されるようなものではない。原告の上記主張はいずれも採用することができない。
イ 原告は、支配関係５年超要件を充足する適格合併に対して同法１３２条の２を適用して未処理欠損金額の引継ぎを制限すると、合併に伴う資産移転に係る課税繰延べを認めながら、他方において未処理欠損金額の引継ぎを認めないことになり、組織再編成により移転する資産等の譲渡損益に係る取扱いに合わせて未処理欠損金額の引継ぎを取り扱うとする組織再編税制の基本的な考え方に反することになる旨主張する。
しかし、上記２のとおり、法人税法１３２条の２は、法人の行為又は計算が組織再編税制に係る各規定を租税回避の手段として濫用することにより法人税の負担を減少させるものである場合に、税務署長が、その行為又は計算にかかわらず、税務署長の認めるところにより、その法人に係る法人税の額等を計算する（否認する）ことを認める規定であるから、その計算の方法は、どの規定が濫用されたのかによって異なり得るものであり、当該法人の行為又は計算に係る複数の租税法上の効果を全て否認しなければならないとはいえない。また、同法５７条３項は、適格合併における未処理欠損金額の引継ぎを制限する規定であるが、同項が適用される場合であっても、資産等の帳簿価額による引継ぎなど適格合併のその他の効果が否定されるものではないことからすると、法人税法は、適格合併による資産等の帳簿価格による引継ぎを認めつつ、未処理欠損金額の引継ぎを認めないことを予定しており、これらの一致が常に求められているものではない。原告の上記主張は採用することができない。
ウ 原告は、上記(1)アの解釈に関しその他にも縷々主張するが、上記解釈を左右するものは見当たらず、いずれも採用することができない。
４ 法人税法５７条２項の趣旨及び目的について
(1) 法人税法５７条１項について
法人税法５７条１項は、過年度において発生した欠損金額（各事業年度の損金の額が益金の額を超える場合におけるその超える部分の金額。同法２条１９号）について、所得の計算上、一定の要件の下に損金の額に算入する旨規定し、欠損金額を次年度以降一定期間の利益と通算するという欠損金の繰越控除を認めている。
この欠損金の繰越控除は、所得の金額の計算が人為的に設けられた期間である事業年度を区切りとして行われるため、複数の事業年度の通算では同額の所得の金額が発生している法人の間であっても、ある事業年度には所得の金額が発生し別の事業年度には欠損金額が発生した法人は、各事業年度に平均的に所得の金額が発生した法人よりも税負担が過重となる場合が生ずることから、各事業年度間の所得の金額と欠損金額を平準化することによってその緩和を図り、事業年度ごとの所得の金額の変動の大小にかかわらず法人の税負担をできるだけ均等化して公平な課税を行うという趣旨、目的から設けられた制度であると解される（最高裁平成２５年３月２１日第一小法廷判決・民集６７巻３号４３８頁）。
このように、法人税法５７条１項の欠損金の繰越控除は、事業年度を区切りとして所得の金額の計算を行うことにより生じる不公平を緩和すべく、事業年度間の所得金額と損失金額を平準化するためのものであるから、法人の企業活動が継続的に行われること、すなわち、未処理欠損金額を生じさせた法人が複数の事業年度にわたり事業を継続することが前提となっているといえる。
(2) 法人税法５７条２項について
法人税法５７条２項（適格合併に係る部分。以下、特に断らない限り同じ。）は、要旨、適格合併が行われた場合において、被合併法人の当該適格合併の日前９年以内に開始した各事業年度において生じた未処理欠損金額があるときは、これを合併法人の未処理欠損金額とみなす旨規定し、適格合併における被合併法人の未処理欠損金額の引継ぎを認めている。
この規定は、それまで認められていなかった、被合併法人の未処理欠損金額の合併法人への引継ぎ（最高裁昭和４３年５月２日第一小法廷判決・民集２２巻５号１０６７頁参照）につき、適格合併の場合に限りこれを認めたものであるが、その趣旨及び目的については、合併法人において欠損金の繰越控除を認めるものである以上、前述の欠損金の繰越控除制度の趣旨及び目的を基礎とするものと解するのが相当である。すなわち、法人税法５７条１項の欠損金の繰越控除は、事業年度を区切りとして所得の金額の計算を行うことにより生じる不公平を緩和すべく、事業年度間の所得金額と損失金額を平準化するための制度であると解されるが、同条２項の適格合併における未処理欠損金額の引継ぎについても、上記のような不公平を緩和すべく、事業年度間の所得金額と損失金額を平準化するためのものと解するのが相当である。
そうすると、法人税法５７条２項の適格合併における未処理欠損金額の引継ぎは、被合併法人の企業活動が適格合併後も合併法人において継続的に行われることが前提となっているというべきであり、被合併法人の事業が適格合併により合併法人に移転し、合併法人において引き続き営まれること（合併による事業の移転及び継続）を想定しているものと解される。
このような理解からすれば、例えば、①多額の未処理欠損金額を有する子会社をいったん親会社に適格合併し、その後直ちに当該子会社の事業を分割して切り出し、未処理欠損金額だけを親会社に残すような事例（乙４０・５６頁のｘ税理士の発言における平成１３年度税制改正時に想定されていた事例参照）や、②上記のような子会社の事業を新会社に分割して切り出し、未処理欠損金額だけが残された旧会社を親会社に適格合併するような事例（上記①の事例の合併と分割の順序を逆にしたもの）については、子会社の未処理欠損金額を事業から切り離して親会社に付け替えるための組織再編成であり、子会社の事業が親会社に移転して継続するものとはいえないから、法人税法５７条２項の趣旨及び目的に反することになるものと解される。
(3) 法人税法５７条３項について
法人税法５７条３項は、企業グループ内の適格合併（法人税法２条１２号の８イ及びロ）について、支配関係５年超要件及びみなし共同事業要件のいずれにも該当しない場合に、被合併法人の未処理欠損金額の引継ぎを制限する規定である。
この規定によれば、当該規定の制限の対象とされていない共同事業のための適格合併（法人税法２条１２号の８ハ）では、被合併法人の未処理欠損金額は制限なく合併法人に引き継がれ、また、企業グループ内の適格合併であっても、みなし共同事業要件を満たす場合には、未処理欠損金額が制限なく引き継がれるが、それも満たさないものについては、支配関係５年超要件を満たさない限り、被合併法人の未処理欠損金額の引継ぎが制限される。このように、未処理欠損金額の引継ぎにつき、共同事業のための適格合併の場合には特に制限がないのに、企業グループ内の適格合併の場合にはみなし共同事業要件を満たすか、あるいは支配関係５年超要件を満たす必要があるとされているのは、企業グループ内の適格合併の場合は、共同事業のための適格合併の場合とは異なり、必ずしも合併による事業の移転及び継続が担保されず、同法５７条２項の趣旨及び目的に反する行為が行われるおそれがあるため、みなし共同事業要件や支配関係５年超要件により、類型的にこれを防止する趣旨のものと解される。このような共同事業のための適格合併と企業グループ内の適格合併との区別は、上記(2)の理解に沿うものといえる。また、財務省主税局において組織再編税制の創設に関与したｙ税理士は、法人税法施行令１１２条７項のみなし共同事業要件が適格判定における共同事業要件と類似するものとなっている理由に関し、「法人税法５７条により繰越欠損金を損金の額に算入することができる法人は、本来、その繰越欠損金を生じさせた事業を営んできた当該法人に限られるわけであり、その繰越欠損金について、他の法人において損金の額に算入することを認めるという場合には、自ずと、当該法人が営んできたその事業の状態がそのまま当該他の法人に引き継がれることを求めることとせざるを得ないわけであるが、適格判定における共同事業要件は被合併法人等の過去の事業の状態が合併法人等にそのまま引き継がれていると判断することができる条件を列挙したものとなっており、その求めるところに適う内容となっているわけである。」としており（乙５２の２・３３１頁）、このような説明は、上記(2)の理解に整合的なものといえる。
(4) 原告の主張について
ア 原告は、完全支配関係適格合併は、法人税法２条１２号の８イの定義上も、平成１３年度税制改正の立法の経過上も、事業の移転及び継続が必要とされていないこと、同法５７条２項には、同法２条１２号の８で定義される「適格合併」の用語がそのまま使用されていることなどから、同法５７条２項の本来の趣旨及び目的において、合併による事業の移転及び継続が前提となっているとか、これが想定されていると解することはできない旨主張する。
この主張は、「適格合併」において、事業の移転及び継続は必ずしも必要とされていない（想定されていない）旨をいうものであるが、「適格合併」において事業の移転及び継続が想定されていると解すべきか否かはともかく、前述のとおり、法人税法５７条２項の趣旨及び目的については、上記(1)ないし(3)において説示したとおり、欠損金の繰越控除制度の趣旨及び目的を基礎とし、合併による事業の移転及び継続が想定されていると理解すべきものと解される。原告の上記主張は採用することができない。
イ 原告は、①事業の移転及び継続がない又は予定されていない合併も有用なものとして存在しているから、平成１３年度税制改正当時に、法人税法５７条２項等が適用される場面を事業の移転及び継続のある適格合併に限定するような想定をして立法したものとは到底考えられない、②完全支配関係適格合併について事業の移転及び継続という要件を要求した場合には、組織再編成の選択可能性に萎縮効果が生じ、組織再編税制が導入された趣旨に反する旨主張する。
しかし、事業の移転及び継続がない適格合併にも有用なものはあり得るが、そのことと、法人税法５７条２項の適格合併における未処理欠損金額の引継ぎにつき、事業の移転及び継続を想定していると解することとは、必ずしも矛盾しない（なお、上記(2)の説示は、事業の移転及び継続を同項の適用要件とするものではなく、事業の移転及び継続がない適格合併にも同項は適用されるし、事業の移転及び継続がないことをもって常に同法１３２条の２が適用されるものでもない。）。むしろ、上記のような有用なものがあるからこそ、一律に規制対象とせず、個別事情に応じて同条により否認するものとすることは、組織再編税制に係る立法政策として合理的なものと考えられる。原告の上記主張①は採用することができない。また、上記のとおり、合併による事業の移転及び継続がない場合でも、常に法人税法１３２条の２が適用されるわけではなく、同法５７条２項を租税回避の手段として濫用する場合にのみ同法１３２条の２が適用され、その結果、未処理欠損金額の引継ぎが否定されるのであるから、組織再編成の選択可能性に萎縮効果が生じるとはいえない。原告の上記主張②は採用することができない。
ウ 原告は、①平成２２年度税制改正において、法人税法５７条２項が改正され、残余財産の確定という事業の移転及び継続が問題とならない場合における未処理欠損金額の引継ぎが認められたことからすると、同項の適格合併の場合における未処理欠損金額の引継ぎについても、事業の移転及び継続は想定されていない旨や、②平成２２年度税制改正において、完全支配関係がある法人間の資産等の移転について譲渡損益の計上の繰延べが認められたことからすると、平成１３年度税制改正における組織再編税制の基本的な考え方の「移転資産等に対する支配が再編成後も継続している」とは資本関係の継続を意味するものであるから、同法５７条２項の趣旨及び目的に事業の移転及び継続は想定されていない旨主張する。
しかし、平成２２年度税制改正のグループ法人税制における譲渡損益の課税の繰延制度は、組織再編成とは性質の異なる個別の資産の譲渡について、適格組織再編成における資産の移転と同様に課税の繰延べを認めるものであり、従来の適格組織再編成の考え方とは大きく異なるものであって（乙７５参照）、飽くまでもグループ法人税制上の制度として理解すべきものと考えられ、組織再編税制に係る従来の規定の趣旨及び目的を根本的に変容させるものとは解し難い。
また、上記の点をひとまず措くとしても、平成２２年度税制改正後の法人税法５７条２項においては、完全支配関係下の子会社に係る残余財産が確定した場合につき未処理欠損金額の引継ぎが認められているところ、その趣旨については、「特に残余財産が確定した法人の欠損金については、特定の資産との結びつきが希薄であることを踏まえ、その移転資産の有無に関わらず、合併に係る欠損金の引継ぎと同様の取扱いとする」こととされたものと説明されている（国税庁「平成２２年税制改正の解説」２８４頁〔乙５３〕）。この説明には判然としないところもあるが、残余財産が確定した法人については、事業の継続を観念することができず、欠損金と事業資産との結びつきが希薄になることから、そのような段階に至って初めて未処理欠損金額のみの引継ぎを認める旨をいうものと解され、逆に言えば、残余財産が確定するまでは、欠損金は事業資産と強く結びついているため、未処理欠損金額のみの引継ぎは認められないという意味を含むものと解される。このように、残余財産が確定するまで（事業の継続を観念し得なくなるまで）は、未処理欠損金額と事業とを切り離すことができないことは、平成２２年度税制改正後の同法５７条２項においてもなお維持されているものと考えられる。
したがって、平成２２年度税制改正は、必ずしも従来の規定の趣旨を変更するものではなく、また、少なくとも残余財産が確定するまでは(2)の趣旨及び目的に係る解釈は維持されているといえ、原告の上記主張はいずれも採用することができない。
エ 原告は、企業内の事業部門を独立した企業とする分社化（スピンオフ）を適格分割とする平成２９年度税制改正の際に、グループ経営の場合には、グループ最上位の法人がグループ法人及びその資産の実質的な支配者であるとの観点に立って判断している側面がある旨説明されていることからすると、平成１３年度税制改正における組織再編税制の基本的な考え方の「移転資産等に対する支配が再編成後も継続している」とは資本関係の継続を意味するものであるから、法人税法５７条２項の趣旨及び目的に事業移転・継続要件は想定されていない旨主張する。
しかし、適格組織再編成に係る「移転資産等に対する支配の継続」の意味については様々な理解があり得るが、法人税法５７条２項の適格合併における未処理欠損金額の引継ぎの趣旨及び目的については、同条１項の趣旨及び目的（欠損金の繰越控除制度の趣旨）を基礎として、被合併法人の事業が合併法人に移転し、合併法人において継続することを想定しているというべきである。原告の上記主張は採用することができない。
オ 原告は、平成３０年度税制改正において、支配関係適格合併及び共同事業を営むための適格合併における従業者引継要件及び事業継続要件について、合併法人と完全支配関係のある他の法人に対して従業者が引き継がれ、又は当該他の法人において事業が営まれる場合においても満たされるとされたことからすると（平成３０年法律第７号による改正後の法人税法２条１２号の８ロ(1)、(2)参照）、法人間の適格組織再編成には事業引継要件等が課されていない旨主張する。
しかし、平成３０年法律第７号による改正後の法人税法２条１２号の８は、平成３０年４月１日以後の合併等について適用され、それ以前に行われた本件合併には適用されない。また、その点を措くとしても、上記改正は、従業者引継要件及び事業継続要件を一定の場合に緩和するものにすぎず、法人税法５７条２項の趣旨及び目的に係る上記解釈を左右するものとはいえない。原告の上記主張は採用することができない。
カ 原告は、法人税法５７条２項について、完全支配関係適格合併において事業の移転及び継続が想定されるとすることや、同項の本来の趣旨及び目的として事業の移転及び継続が想定されるとして、完全支配関係適格合併について、事業の移転及び継続のないことをもって、「実態とは乖離した形式を作出する不自然なもの」として不当性要件に該当すると判断することは、実質的に明文に規定されていない「隠れた要件」を設けて納税者の不利益に判断するものであり、租税法律主義に反する旨主張する。しかし、法人税法１３２条の２の不当性要件は、上記２のとおり判断されるものであり、合併による事業の移転及び継続がないからといって、常に不当性要件に該当することになるものではないから、明文に規定されていない「隠れた要件」を設けるものではなく、租税法律主義に反するものではない。原告の上記主張は採用することができない。
５ 本件組織再編成は、これを容認した場合、「法人税の負担を不当に減少させる結果となると認められるもの」（法人税法１３２条の２）に当たるか否かについて
(1) 行為又は計算の不自然性（考慮事情①）について
ア 本件組織再編成は、旧ａが新ａを設立する新設分割をし（本件分割）、その後、原告が旧ａを吸収合併した（本件合併）ものであるが、旧ａが営んでいた本件事業に係る資産、負債、雇用契約等の権利義務は、全て新ａが引き継いでおり、新ａは、本件事業をその事業内容を変更することなく継続することとなった（認定事実(7)、乙３７問２０）。そして、新旧ａは、いずれも原告の１００％子会社であり、新ａの商号は、旧ａが本件組織再編成まで長年にわたって使用してきた商号「株式会社ａ」と同じであり（他方、旧ａは、新ａが「株式会社ａ」の商号を使用することができるよう、それまでの「株式会社ａ」から「ａ株式会社」に商号変更している。認定事実(7)ア）、新ａの本店所在地、目的及び役員構成も、旧ａと同一であった（同イ）。また、新旧ａは、本件組織再編成の前後で銀行からの融資の状況にも特に変化がなかった（乙３７問１９）。原告も、関係者に対し、完全子会社化を実施した子会社は、その保有資産のうち一部遊休土地を原告が取得した以外は、従前と変動のない状態で、さらなる安定経営に尽力する旨説明している（認定事実(8)イ）。
以上によれば、本件事業は、本件分割により、旧ａから新ａにほぼ同一の状態で移転されたものと認められる。
イ 他方、原告は、本件組織再編成により、本件土地、ｃの株式、ｄの株式及び本件借入金を引き継いでいる（認定事実(7)イ、ウ）。
しかし、本件土地は、原告が関係者に説明しているとおり、本件事業のために活用されていない遊休土地であり（認定事実(8)イ）、本件事業とは何ら関係がない（なお、本件土地が本件合併によって原告に引き継がれたのは、本件合併を簡易合併として株主総会の承認決議を不要とするためであるといえる。同(5)ウ、エ）。また、ｃの株式とｄの株式も、ｂグループの関係会社の株式であって、やはり本件事業とは何ら関係がない。さらに、本件借入金は、旧ａが原告から自己株式及びｃ株式の取得費用を借り入れたものであるところ（前提事実(3)エ）、旧ａの自己株式取得は、旧ａを原告の１００％子会社とするために行われたものであり（同エ(ｲ)）、また、旧ａによるｃ株式の取得は、ｃを原告の１００％子会社とするために行われたものであるから（同ウ）、それらのための借入金である本件借入金は、本件事業とは何ら関係がない。
したがって、原告が本件組織再編成によって引き継いだ資産及び負債は、遊休資産、関係会社の株式及び株式取得のための借入金であって、本件事業とは何ら関係のないものである。
ウ 以上のとおり、本件事業は、本件分割によりほぼ同一の状態で旧ａから新ａに移転しており（上記ア）、本件合併により原告が旧ａから引き継いだ資産等は本件事業と何ら関係のないものであること（上記イ）からすれば、本件組織再編成は、法人税法５７条２項（適格合併における未処理欠損金額の引継ぎ）において想定されている合併による事業の移転及び継続という実質を備えているとはいえず、本件事業からあえて本件未処理欠損金額を切り離し、これを原告に付け替えるものというべきであって（上記４(2)の②の事例参照）、実態とは乖離した形式を作出する不自然なもの（考慮事情①）というべきである。
(2) 税負担の減少以外の合理的な理由となる事業目的等の存否（考慮事情②）について
ア 本件組織再編成の検討過程をみると、原告は、ｒコンサルチームが関与する前からｂグループの再編を検討していたが、当初は、旧ａとβの株式の持合いを解消して原告の１００％子会社とすることや、個人株主からｃの株式を買い取ることなどの検討にとどまっており、旧ａを分割して本件事業を新ａに移すこと（本件分割）や、本件分割後の旧ａを原告が吸収合併すること（本件合併）については、特に検討されていなかった（認定事実(2)、(3)ア）。
その後、原告は、ｒコンサルチームからアドバイスを受けるようになったところ、ｒコンサルチームは、原告に対し、旧ａには約１４億円の繰越欠損金があり、本件事業を新ａに引き継ぐため旧ａを分割し、その後旧ａを清算し、残余財産が確定すれば、上記繰越欠損金が原告に引き継がれる旨の説明をし（認定事実(3)ウ）、その後、本件未処理欠損金額１４億円に税率３５．６４％を乗じると５億円の「法人税効果」があるなどとする説明（同エ）をした。これを受け、原告の内部において、旧ａの繰越欠損金を原告に移して原告の所得から控除することによる節税効果がある旨の説明がされ（同オ）、その後も、本件組織再編成において、旧ａの繰越欠損金１４億円余りが原告に引き継がれ、その額が今後原告の納税額計算時に控除されてキャッシュバランス上のメリットを得るとの検討がされている（同(5)オ）。また、組織再編成の検討チームの一人であったｕは、被告の調査担当職員に対し、本件未処理欠損金額を原告が引き継いで節税につながることが決め手となって上記業務委託契約を締結することとなった旨供述している（乙３２答７）。
このような本件組織再編成の検討過程等に加え、旧ａは平成１８年３月期以降赤字が続いており、本件未処理欠損金額については、古いものから順に損金算入の期限を過ぎて消滅することが見込まれたこと（認定事実(1)）も考慮すると、本件分割及び本件合併（本件組織再編成）は、本件事業の利益では控除しきれない本件未処理欠損金額を本件事業から切り離し、これを原告に付け替えることにより、原告の税負担を減少させることを主たる目的とするものであったと認められる。
イ これに対し、原告は、本件未処理欠損金額が旧ａの足かせとなり、役員や従業員のモチベーション低下につながって赤字体質から脱却できなくなっていたことから、本件事業から本件未処理欠損金額を分離することにより、役員及び従業員をこの圧迫感から解放し、新ａにして「フレッシュ・スタート」を切らせたものであり、本件組織再編成によって本件未処理欠損金額を原告に引き継がせたことは、本件事業の再生のためであった旨主張する。
しかし、未処理欠損金額は、過年度において発生した欠損金額が積み上がったもので、所得の計算上、一定の要件の下に損金の額に算入されるが（法人税法５７条）、負債のようにその金額の返済義務を負うものではないから、これを有する法人の事業遂行に悪影響を与えるものではない。むしろ、未処理欠損金額は、利益が出ている法人においては法人税額を減少させる効果があり、経済的なメリットがある。したがって、本件事業から本件未処理欠損金額を切り離すことは、経済的な面から客観的に見て、本件事業にとってプラスではなく、むしろマイナスの効果があり、その再生に寄与するものとはいえない。
なお、原告補助参加人（ｒ）は、企業評価における未処理欠損金額の位置付けにつき、「多額の繰越欠損金がある場合、すなわち自己資本の蓄積が薄い場合には事業継続の為の財務上の耐久力に懸念があると評価されるケースも多いと思われます。」と回答しているところ（甲Ｂ３５）、企業評価に影響を与えるのは、上記回答にいう「多額の繰越欠損金がある」ことではなく、「自己資本の蓄積が薄い場合に…財務上の耐久力に懸念がある」ことであるといえ、少なくとも、長年の赤字により蓄積した未処理欠損金額を事業から切り離すことにより、その企業の評価や信用が向上するわけではないと考えられる。
また、本件未処理欠損金額の存在による役員や従業員のモチベーション低下や圧迫感という観点からみても、本件組織再編成の前に、旧ａがその従業員に対して発出した書面をみると、新ａに転籍することになるが労働条件は変わらないことなどが説明されているものの、本件分割により本件事業と本件未処理欠損金額を切り離すことの説明はなく、また、本件未処理欠損金額を新ａが引き継がない（原告が旧ａから引き継ぐ）ことによるモチベーションの向上や圧迫感からの解消につながるような説明は見当たらない（認定事実(8)ア、甲Ｂ１９－６）。しかも、旧ａは、本件組織再編成について、あまり内容を知らず、原告の指示に基づいてこれを実施していたものであり（認定事実(6)）、本件事業から本件未処理欠損金額を切り離すことが本件事業の再生に役立つか否かについて、主体的に何らかの検討を行った形跡は見当たらないし、本件未処理欠損金額の存在により役員や従業員のモチベーションが低下しているとか、圧迫感を感じているなどといった懸念を示した形跡も見当たらない。新旧ａの取締役である加地輝好も、本件事業から本件未処理欠損金額を取り除くことを目的として本件組織再編成を行ったものではない旨回答ないし陳述している（甲Ｂ３０、乙３７答１８）。したがって、旧ａの役員や従業員において、本件未処理欠損金額の存在そのものによるモチベーション低下や圧迫感があったとは認められないし、この圧迫感等からの解放を目的として本件未処理欠損金額を本件事業から切り離したとも認められない。
以上のとおり、本件事業から本件未処理欠損金額を切り離したことは、本件事業の再生に寄与するものとはいえず、原告が主張する本件事業の再生といった目的は、本件組織再編成を行うことの合理的な理由となる事業目的その他の事由に当たるとはいえない。
なお、ｒコンサルチーム作成のディスカッションペーパーには、本件組織再編成について、本件未処理欠損金額の引継ぎとともに、旧ａの収益力の向上のために実施すると記載され（認定事実(3)ウ）、これを受けて、原告内部の稟議書や検討資料には、本件組織再編成について、「新生ａとして、再スタートが可能となる」とか（同オ）、「ａとしては、過去の税務上の欠損が一掃されると共にこの圧迫感から解放され、心機一転新たなスタートを切ることができる。」との記載がある（同(5)オ）。しかし、これまでの説示に加え、ｒコンサルチーム作成のディスカッションペーパーにおいて、本件未処理欠損金額を原告が引き継ぐ旨の記載に下線が引かれて強調されていること（同(3)ウ）などからすると、ｒコンサルチーム作成のディスカッションペーパーや原告の稟議書等に旧ａの収益力向上や再スタートといった記載があるからといって、本件事業の再生といった目的が本件組織再編成を行うことの合理的な理由となる事業目的その他の事由に当たるとはいえないとの上記判断は左右されない。
ウ また、原告は、本件組織再編成は、原告を頂点とする主要なｂグループ各社の１００％子会社化を目的とするｂグループの一連の組織再編成において、旧ａが保有していたｃ及びｄの株式を原告へ移転するために必要であった旨主張する。
(ｱ) しかし、ｃ株式の原告への移転についてみると、ｃの１００％子会社化という原告の目的を達成するためには、本来、原告が直接個人株主からｃの株式を買い取れば足りるのであって、旧ａが原告から資金の貸付けを受けた上でｃの株式を買い取り、その後に原告が旧ａを吸収合併し、その株式と借入金を承継するというのは、株式を直接買い取るよりも明らかに迂遠な方法である（なお、旧ａがｃの株式を買い取った後の状況を前提としても、後記(ｲ)のとおり、合併よりも簡易な現物分配をすれば足りる。）。現に、ｒコンサルチームが関与する前は、原告が買主となることが検討されていたのであり（認定事実(3)ア）、ｃの１００％子会社化のために、あえて上記のような迂遠な方法による必要があったとは考え難い。
(ｲ) また、ｄ株式の原告への移転についてみると、原告が旧ａ（子会社）からｄ（孫会社）の株式を取得するには、当初検討されていたように（認定事実(3)イ）、旧ａからｄ株式の現物分配を受ければ足り（現物分配は、合併との比較において、債権者保護手続が不要であるなど手続が簡易であり、実務上もより頻繁に用いられる。乙４１、４２参照）、ｄの株式を原告へ移転するために、本件分割により本件事業を新ａに移転させた上で、本件合併により旧ａを原告に吸収合併し、上記株式を承継取得するという迂遠な方法による必要があったとは考え難い。
なお、当時、旧ａが保有するｄの株式の簿価は約５５０万円であり（甲Ｂ１２－１０）、旧ａの配当可能額（本件合併時において約６億８５００万円）の範囲内であったから、現物分配をすることは可能であった。(ｳ) 以上によれば、原告において、ｃやｄを原告の１００％子会社とするため、その株式を取得するという事業目的はあったと考えられるが、その目的を達成するためには、原告が直接個人株主から買い取ったり、旧ａから現物分配を受けたりすれば足り、むしろそれが通常想定される手順や方法というべきであって、あえて迂遠な方法である本件分割及び本件合併（本件組織再編成）を行う必要はなかったというべきである。そうすると、上記の事業目的に基づく上記株式の取得は、本件未処理欠損金額の引継ぎを主たる目的とする本件組織再編成に組み込まれたものにすぎず、それ自体が本件組織再編成の主たる目的ではないというべきであって、本件組織再編成を行うことの合理的な理由となる事業目的その他の事由に当たるとはいえない。
エ 以上のとおり、原告の主張する本件組織再編成の事業目的（圧迫感等からの解放による本件事業の再生、ｃやｄの１００％子会社化など）は、本件組織再編成を行うことの合理的な理由となる事業目的その他の事由には当たらない。また、その他に本件組織再編成を行うことの合理的な理由となる事業目的その他の事由があったとも認められない。
(3) その他の原告の主張
ア 原告は、前掲最高裁平成２８年２月２９日第一小法廷判決等の「本件の一連の組織再編成に係る行為」という表現や、最高裁令和４年４月２１日第一小法廷判決（民集７６巻４号４８０頁）が一連の組織再編成全体につき考慮事情①及び②を検討していることを指摘し、本件のように否認対象行為とされた組織再編成が企業グループ内の一連の組織再編成として行われた場合には、同法１３２条の２の不当性要件の判断に当たっては、その一連の組織再編成の全体を対象として判断すべきである旨主張する。しかし、前掲最高裁平成２８年２月２９日第一小法廷判決等（ヤフー事件、ＩＤＣＦ事件）が示した不当性要件の判断枠組みにおいては、法人の行為又は計算が組織再編税制に係る各規定を租税回避の手段として濫用することにより法人税の負担を減少させるものであるかどうかが問題となるのであり、ここにいう「法人の行為又は計算」とは、法人税法１３２条の２にいう「法人の行為又は計算」と同義であって、否認の対象となる行為又は計算を対象として不当性要件を判断すべきことは、その説示から明らかである（なお、その判断の過程において、否認の直接の対象ではない行為等についても検討したり考慮したりすることはあり得るが、それは個別事案における事例に即した判断であって、企業グループ内の一連の組織再編成であれば一律にその組織再編成全体を対象として判断すべきということではない。）。なお、上記各最高裁判決が、「本件の一連の組織再編成に係る行為」という表現を用いているのは、税負担の軽減のために仕組まれた一連の行為をそのように表現しているにすぎず、原告が主張するような広範な意味を含むものではないし、実際に、近接した時期に行われた企業グループ内の組織再編成に係る全ての行為を対象として判断しているものでもない。
また、前掲最高裁令和４年４月２１日第一小法廷判決（ユニバーサルミュージック事件）は、法人税法１３２条１項の不当性要件について、経済合理性基準を採用することを明確にした上で、「ある企業グループにおける組織再編成に係る一連の取引の一環として、当該企業グループに属する同族会社等が当該企業グループに属する他の会社等から金銭の借入れを行った場合」につき、「当該一連の取引全体が経済的合理性を欠く」場合には金銭借入れの目的において不合理と評価されることとなるという理解の下、その一連の取引全体の経済的合理性（金銭借入れの目的の合理性に関する事情）の判断に当たり、考慮事情①及び②を考慮するのが相当であるとしたものである。このような上記最高裁判決の判断は、同法１３２条の２とは異なる場面のものであり、同条の不当性要件の判断方法に直接影響するものではない。
したがって、原告の主張する上記判断方法によれば本件につき不当性要件が否定されることになるのかどうかはともかく、原告の上記主張は独自の見解であって採用することができない。
イ 原告は、企業グループの組織再編成の方法等については、当該企業グループの自律的判断に委ねられており、経営判断原則により、その自律的な経営判断が広く尊重されるべきであるなどと主張し、その上で、企業グループが複数の手順や方法の中から最も税負担の少ないものを選択したとしても、そのことから直ちに、法人税法１３２条の２の不当性要件に該当すると評価すべきではないなどと主張する。
しかし、企業が複数の選択肢の中から最も税負担の少ないものを選択することは、経営判断原則をいうまでもなく許されるが、その経営判断による選択が、組織再編税制に係る各規定を租税回避の手段として濫用するものである場合には、法人税法１３２条の２により否認されるというべきであって、経営判断原則や自律的判断の尊重は、同条の適用を否定すべき理由とはならない。原告の上記主張は採用することができない。
ウ 原告は、そのほかにも、様々な観点から法人税法１３２条の２の適用を争うが、いずれも上記判断を左右するに足りず、又は独自の見解に基づくものであって、採用することができない。
(4) 小括
以上を総合すると、法人税法５７条２項の適格合併における未処理欠損金額の引継ぎは、事業年度間の所得金額と損失金額を平準化するという欠損金の繰越控除制度の趣旨及び目的に照らし、被合併法人の事業が適格合併により合併法人に移転し、合併法人において引き続き営まれること（合併による事業の移転及び継続）を想定しているものと解されるところ（前記４）、本件組織再編成は、形式的には同項の未処理欠損金額の引継ぎの要件を満たすものの、同項において想定されている事業の移転及び継続という実質を備えているとはいえず、実態とは乖離した不自然なものというべきであり（前記(1)）、また、本件組織再編成は、本件事業の利益では控除しきれない本件未処理欠損金額を本件事業から切り離し、これを原告に付け替えることにより、原告の税負担を減少させることを主たる目的とするものであって、税負担の減少以外にそのような行為又は計算を行うことの合理的な理由となる事業目的その他の事由が存在したとはいえない（前記(2)）。
そうすると、本件組織再編成は、組織再編成を利用して税負担を減少させることを意図したものであって、法人税法５７条２項の本来の趣旨及び目的から逸脱する態様でその適用を受けるものであると認められる。
したがって、本件組織再編成は、組織再編税制に係る法人税法５７条２項を租税回避の手段として濫用することにより法人税の負担を減少させるものといえ、同法１３２条の２にいう「法人税の負担を不当に減少させる結果となると認められるもの」に当たる。
第６ 本件法人税各更正処分等の適法性
上記第３のとおり、本件差額については、法人税法３７条１項の寄附金に該当するとは認められないが、上記第５のとおり、本件合併による本件未処理欠損金額の引継ぎについては、法人税法１３２条の２を適用することができると認められる。以上を前提に、本件法人税各更正処分等の適法性について検討する。
１ 平成２８年３月期
別表１－１の【見直し】欄のとおり、平成２８年３月期の所得金額は７億０３７２万１０８０円（同欄の⑨）、納付すべき法人税額は１億５４９５万３７００円（同欄の⑫）となるから、平成２８年３月期の法人税の更正処分のうち上記金額を超える部分は違法である。
また、上記によれば、平成２８年３月期の法人税の更正処分に伴って原告が納付すべき過少申告加算税の額は、別表１－１の【見直し】欄のとおり、２５０９万５５００円（同欄の⑰）となるから、平成２８年３月期の法人税に係る過少申告加算税の賦課決定処分のうち上記金額を超える部分は違法である。
２ 平成２９年３月期
別表１－２の【見直し】欄のとおり、平成２９年３月期の所得金額は７億２７４３万９５３５円（同欄の⑨）、納付すべき法人税額は１億６０５１万３３００円（同欄の⑫）となるから、平成２９年３月期の法人税の更正処分のうち上記金額を超える部分は違法である。
また、上記によれば、平成２９年３月期の法人税の更正処分に伴って原告が納付すべき過少申告加算税の額は、別表１－２の【見直し】欄のとおり、１２０１万７０００円（同欄の⑰）となるから、平成２９年３月期の法人税に係る過少申告加算税の賦課決定処分のうち上記金額を超える部分は違法である。
３ 平成３０年３月期
別表１－３の【見直し】欄のとおり、平成３０年３月期の所得金額は７億１４８１万０７８４円（同欄の⑨）、納付すべき法人税額は１億５７８１万３３００円（同欄の⑫）となるから、平成３０年３月期の法人税の更正処分のうち上記金額を超える部分は違法である。
また、上記によれば、平成３０年３月期の法人税の更正処分に伴って原告が納付すべき過少申告加算税の額は、別表１－３の【見直し】欄のとおり、０円（同欄の⑮）となるから、平成３０年３月期の法人税に係る過少申告加算税の賦課決定処分はその全部が違法である。
４ 平成３１年３月期
別表１－４の【見直し】欄のとおり、平成３１年３月期の所得金額は３億９６２３万２９６３円（同欄の⑨）、納付すべき法人税額は８１９９万２８００円（同欄の⑫）となるから、平成３１年３月期の法人税の更正処分のうち上記金額を超える部分は違法である。
また、上記によれば、平成３１年３月期の法人税の更正処分に伴って原告が納付すべき過少申告加算税の額は、別表１－４の【見直し】欄のとおり、０円（同欄の⑮）となるから、平成３１年３月期の法人税に係る過少申告加算税の賦課決定処分はその全部が違法である。
第７ 本件地方法人税各更正処分等の適法性
１ 平成２８年３月課税事業年度
平成２８年３月期の所得金額に対する法人税額等が別表１－１の【見直し】欄のとおりになることを前提に計算すると、別表２－１のとおり、平成２８年３月課税事業年度の差引地方法人税額は７３６万８９００円（同欄の②）となるから、平成２８年３月課税事業年度の地方法人税の更正処分のうち上記金額を超える部分は違法である。
また、上記によれば、平成２８年３月課税事業年度の地方法人税の更正処分に伴って原告が納付すべき過少申告加算税の額は、別表２－１の【見直し】欄のとおり、１０７万９０００円（同欄の⑦）となるから、平成２８年３月課税事業年度の地方法人税に係る過少申告加算税の賦課決定処分のうち上記金額を超える部分は違法である。
２ 平成２９年３月課税事業年度
平成２９年３月期の所得金額に対する法人税額等が別表１－２の【見直し】欄のとおりになることを前提に計算すると、別表２－２のとおり、平成２９年３月課税事業年度の差引地方法人税額は７４６万０１００円（同欄の②）となるから、平成２９年３月課税事業年度の地方法人税の更正処分のうち上記金額を超える部分は違法である。
また、上記によれば、平成２９年３月課税事業年度の地方法人税の更正処分に伴って原告が納付すべき過少申告加算税の額は、別表２－１の【見直し】欄のとおり、５２万７５００円（同欄の⑦）となるから、平成２９年３月課税事業年度の地方法人税に係る過少申告加算税の賦課決定処分のうち上記金額を超える部分は違法である。
３ 平成３０年３月課税事業年度
平成３０年３月期の所得金額に対する法人税額等が別表１－３の【見直し】欄のとおりになることを前提に計算すると、別表２－３のとおり、平成３０年３月課税事業年度の差引納付すべき地方法人税額は７３３万円（同欄の②）となるから、平成３０年３月課税事業年度の地方法人税の更正処分のうち上記金額を超える部分は違法である。
また、上記によれば、平成３０年３月課税事業年度の地方法人税の更正処分に伴って原告が納付すべき過少申告加算税の額は、別表２－３の【見直し】欄のとおり、０円となるから、平成３０年３月課税事業年度の地方法人税に係る過少申告加算税の賦課決定処分はその全部が違法である。
４ 平成３１年３月課税事業年度
平成３１年３月期の所得金額に対する法人税額等が別表１－４の【見直し】欄のとおりになることを前提に計算すると、別表２－４のとおり、平成３１年３月課税事業年度の差引納付すべき地方法人税額は４０１万５８００円（同欄の②）となるから、平成３１年３月課税事業年度の地方法人税の更正処分のうち上記金額を超える部分は違法である。
また、上記によれば、平成３１年３月課税事業年度の地方法人税の更正処分に伴って原告が納付すべき過少申告加算税の額は、別表２－４の【見直し】欄のとおり、０円となるから、平成３１年３月課税事業年度の地方法人税に係る過少申告加算税の賦課決定処分はその全部が違法である。
第８ 本件消費税等各更正処分等の適法性
被告が主張する本件各課税期間の消費税等の課税標準額及び納付すべき消費税額等は、それぞれ別表３ないし４－４のとおりであり、本件消費税等各更正処分におけるこれらの額と同額であるところ、原告は、争点２（本件受託品事故損が課税仕入れに係る支払対価の額に該当するか否か。）に係る部分を除いて、これらを争うことを明らかにしない。そして、上記第４のとおり、本件受託品事故損は、課税仕入れに係る支払対価の額に該当せず、これを前提に本件各課税期間の消費税等の課税標準額及び納付すべき消費税額等を計算すると、本件消費税等各更正処分におけるこれらの額と同額となる。したがって、本件消費税等各更正処分は適法である。
また、本件各課税期間の消費税等の各更正処分に伴って原告が納付すべき過少申告加算税の額は、本件消費税等各賦課決定処分における金額と同額であると認められる。したがって、本件消費税等各賦課決定処分は適法である。
第９ 結論
よって、原告の請求は主文掲記の限度で理由があるからこれを認容し、その余の原告の請求は理由がないからいずれも棄却することとして、主文のとおり判決する。
大阪地方裁判所第７民事部
裁判長裁判官 徳地淳
裁判官 三木裕之
裁判官 奥田紗永
（別紙の掲載省略）
出典：裁判所ウェブサイト「裁判例検索」（https://www.courts.go.jp/hanrei/96770/detail4/index.html）。本文は同サイト掲載の判決書PDFからTaiLexi AIがテキスト化・整形したもの（正確な文言は原本PDFを参照）。判示事項・裁判要旨・参照法条は裁判所の公表どおり。