税務訴訟資料第２５８号－３（順号１０８６１）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分取消等請求事件
国側当事者・国（日立税務署長）
平成２０年１月１６日棄却・控訴
判決
原告医療法人Ａ
上記代表者理事長甲
上記訴訟代理人弁護士山下清兵衛
同北村美穂子
同高垣勲
被告国
上記代表者法務大臣鳩山邦夫
処分行政庁日立税務署長桑原和明
上記指定代理人立野みすず
同村手康之
同中坪敬治
同清野将史
主文
１ 本件訴えのうち、原告が、被告に対し、原告の平成１２年４月１日から平成１３年３月３１日までの事業年度、平成１３年４月１日から平成１４年３月３１日までの事業年度、平成１４年４月１日から平成１５年３月３１日までの事業年度、平成１５年４月１日から平成１６年３月３１日までの事業年度の各法人税について別紙１記載の減額更正処分をすることを求める訴えをいずれも却下する。
２ 原告のその余の請求をいずれも棄却する。
３ 訴訟費用は、原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 日立税務署長が原告に対し平成１６年５月２１日付けでした、原告の平成１２年４月１日から平成１３年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分（ただし、平成１６年１０月１日付け異議決定及び同月２９日付け減額更正処分によりそれぞれ減額され
た額を超える部分に限る。以下同じ。）を取り消す。
２ 日立税務署長が原告に対し平成１６年５月２１日付けでした、原告の平成１３年４月１日から平成１４年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分及び過少申告加算
税賦課決定処分（ただし、平成１６年１０月１日付け異議決定及び平成１７年１０月２６日付け裁決によりいずれも一部取り消された額を超える部分に限る。以下同じ。）をいずれも取り消す。
３ 日立税務署長が原告に対し平成１７年２月１日付けでした、原告の平成１２年４月１日から平成１３年３月３１日までの事業年度、平成１３年４月１日から平成１４年３月３１日までの事業年度、平成１４年４月１日から平成１５年３月３１日までの事業年度及び平成１５年４月１日から平成１６年３月３１日までの事業年度の各法人税に係る
更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分をいずれも取り消す。
４ 日立税務署長は、原告の平成１２年４月１日から平成１３年３月３１日までの事業年度、平成１３年４月１日から平成１４年３月３１日までの事業年度、平成１４年４月１日から平成１５年３月３１日までの事業年度及び平成１５年４月１日から平成１６年
３月３１日までの事業年度の各法人税につき、別紙１記載のとおりの減額更正処分をせよ。
第２ 事案の概要
（原告の平成１１年４月１日から平成１２年３月３１日までの事業年度を「平成１２年３月期」、平成１２年４月１日から平成１３年３月３１日までの事業年度を「平成１３年３月期」、平成１３年４月１日から平成１４年３月３１日までの事業年度を「平成１４年３月期」、平成１４年４月１日から平成１５年３月３１日までの事業年度を「平成１５年３月期」、平成１５年４月１日から平成１６年３月３１日までの事業年度を「平成１６年３月期」という。）
本件は、医療法人である原告が、その理事の死亡に伴い支払った退職慰労金の額を平成１２年３月期の損金に算入し、これにより生じた繰越欠損金の額を平成１３年３月期及び平成１４年３月期の各法人税の確定申告において損金の額に算入してそれぞれ確定申告したところ、処分行政庁である日立税務署長が上記平成１２年３月期の損金算入は法人税法３６条の要件を満たしておらず、繰り越されるべき欠損金額は存在しないことを理由に、平成１３年３月期及び平成１４年３月期の各法人税の更正処分及び平成１４年３月期の法人税の過少申告加算税賦課決定処分をしたため、被告に対し、これらの各処分の取消しを求めるとともに、原告が、上記退職慰労金及び弔慰金を平成１２年３月期の損金の額に算入すべきであるとして提起した訴えについて敗訴判決を受けたことを踏まえ、上記退職慰労金を平成１３年３月期の損金の額に算入すべきであるとして更正の請求をしたところ、日立税務署長が国税通則法２３条２項１号が定める更正の請求ができる場合に当たらない等として、更正をすべき理由がない旨の通知処分をしたため、被告に対し、この通知処分の取消しを求め、さらに、上記更正の請求の内容に従った減額更正処分をすることの義務づけを求めた事案である。
１ 争いのない事実等（証拠等により容易に認められる事実は、末尾に証拠を掲記した。）
(1) 医療法人である原告は、理事である乙が平成１１年８月２０日に死亡し、理事を退任したことに伴う退職慰労金（以下「本件退職慰労金」という。）及び弔慰金を、
同人の死亡日が属する平成１２年３月期において未払金に計上して損金の額に算入
した上、欠損金額を５１３４万９３１１円、翌期へ繰り越す欠損金額を５１３４万９
３１１円として確定申告をした。
もっとも、原告の役員規定によれば、役員に対する退職慰労金及び弔慰金は、社員
総会の承認を経て支給されるものとされていたところ、本件退職慰労金及び弔慰金に
係る社員総会が開催されたのは平成１２年５月８日、本件退職慰労金及び弔慰金が支
払われたのは同年６月１０日であり、いずれも平成１３年３月期中のことであった。
（甲１、２）
(2) 日立税務署長は、平成１２年１２月２５日付けで、本件退職慰労金及び弔慰金は平成１２年３月期においては未だ債務が確定しておらず、法人税法３６条が定める損
金算入の要件を満たさないことを理由に、原告に対し、同事業年度に係る法人税の更
正処分及び過少申告加算税賦課決定処分をした。
(3) 原告は、上記(2)の各処分の取り消しを求める訴えを提起したが（以下「別件訴訟」という。）、水戸地方裁判所は、平成１６年３月１７日、本件退職慰労金及び弔慰金を原告の平成１２年３月期の所得の金額の計算上損金の額に算入することはできない
として、原告の請求を棄却する旨の判決をし、その控訴審において東京高等裁判所は、平成１６年９月１４日、原告の控訴棄却の判決をし、同判決は同年１０月７日に確定
した（以下「別件確定判決」という。）。
(4) 原告は、本件退職慰労金及び弔慰金が平成１２年３月期の損金の額に算入されることを前提に、平成１３年３月期及び平成１４年３月期に繰り越される欠損金額が存
在するものとして、別表記載のとおり、平成１３年３月期及び平成１４年３月期の各
法人税について、平成１２年３月期の確定申告書に記載した翌期へ繰り越す欠損金額
をそれぞれ繰越欠損金の当期控除額として損金の額に算入し、確定申告をした。
(5) これに対し、日立税務署長は、本件退職慰労金及び弔慰金が平成１２年３月期の損金の額に算入されず（上記(2)）、したがって、原告が前提とする上記(4)の繰越欠損金額も存在しないことを理由として、平成１６年５月２１日付けで、別表記載のと
おり、繰越欠損金の当期控除額を０円とする平成１３年３月期及び平成１４年３月期
の各法人税の更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分をした。
なお、日立税務署長は、原告の上記各処分に対する異議申立てを受けて、弔慰金に
ついては支払をした事業年度である平成１３年３月期の損金の額に算入すべきであ
る旨判断し、別紙のとおり、平成１６年１０月１日付けで平成１３年３月期の法人税
の更正処分の一部及び過少申告加算税の賦課決定処分の全部を取り消すとともに、平
成１４年３月期の法人税の更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分の各一部を
取り消す旨の異議決定をし、さらに、平成１６年１０月２９日付けで、平成１３年３
月期の損金の額に算入する減額更正処分をした。
(6) 原告は、原告の平成１３年３月期ないし平成１６年３月期の各法人税について、別件確定判決により本件退職慰労金が平成１３年３月期に支出したものであること
が確定され、これらの各事業年度の法人税の税額の計算の基礎としたところと異なっ
た旨主張して、国税通則法２３条２項１号に基づき、別表記載のとおり、平成１６年
１１月８日、平成１３年３月期ないし平成１６年３月期の各事業年度の法人税につい
て更正の請求をした。
(7) 上記各更正の請求を受けた日立税務署長は、原告に対し、別表記載のとおり、平成１７年２月１日付けで、上記更正の請求は国税通則法２３条２項１号に該当せず、
更正の請求ができる期間を徒過していること等を理由に、いずれも更正をすべき理由
がない旨の通知処分をした（以下、合わせて「本件各通知処分」という。）。
(8) 原告は、平成１７年３月３１日、平成１３年３月期の法人税の更正処分（上記(5)の異議決定及び減額更正処分後のもの）、平成１４年３月期の法人税の更正処分及び
過少申告加算税の賦課決定処分（上記(5)の異議決定後のもの）並びに本件各通知処分の全部の取消しを求め、国税不服審判所長に対し審査請求をした。
(9) 国税不服審判所長は、平成１７年１０月２６日付けで、平成１３年３月期の法人税の更正処分に対する審査請求を却下し、平成１４年３月期の法人税の更正処分及び
過少申告加算税賦課決定処分の一部を取り消し、本件各通知処分に対する審査請求を
いずれも棄却する旨の裁決をした（以下「本件裁決」という。また、上記(5)の異議決定及び減額更正処分を経た後の平成１３年３月期の法人税の更正処分並びに上記
(5)の異議決定及び上記裁決を経た後の平成１４年３月期の法人税の更正処分を合わせて「本件各更正処分」といい、上記(5)の異議決定及び上記裁決を経た後の平成１４年３月期の過少申告加算税の賦課決定処分を「本件賦課決定処分」という。）。
(10) 原告は、平成１８年４月２５日に本件各更正処分及び本件各通知処分の取消し等を求める訴えを提起するとともに、同年６月３０日、本件賦課決定処分の取消しを求
める訴えを追加（訴えの追加的変更）した。（当裁判所に顕著な事実）
２ 関連法令の定め
(1) 法人の役員に対する退職給与と損金算入に関する規定
法人税法（平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下、特に断りのない限
り同じ。）３６条は、内国法人が各事業年度においてその退職した役員に対して支給
する退職給与の額のうち、当該事業年度において損金経理をしなかった金額は、その
内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しない旨を定め、同法
２条２５号は、損金経理の意義について、法人がその確定した決算において費用又は
損失として経理することをいうと定めている。
そして、これに関連して、法人税基本通達９－２－２０は、法人が退職した役員に
対して支給する退職給与の額につきその額が具体的に確定する日の属する事業年度
前の事業年度において取締役会等で内定した金額を損金経理により未払金に計上し
た場合には、その未払金に計上した金額は損金の額に算入されないが、その後その退
職給与の額が確定した日の属する事業年度又はその額を支給した日の属する事業年
度においてその確定し、又は支給した額につき確定申告書において損金の額に算入し
たときは、その退職給与の額については損金経理したものとして取り扱う旨を定めて
いる。
(2) 更正の請求に関する規定
国税通則法２３条１項は、納税申告書を提出した者は、同項各号の一に該当する場
合には、法定申告期限から１年以内に限り、申告書に記載した課税標準等又は税額等
につき更正すべき旨の請求をすることができる旨を定め、同条２項１号は、課税標準
等若しくは税額等の計算の基礎となった事実に関する訴えについての判決により、そ
の事実が当該計算の基礎としたところと異なることが確定したときは、同条１項の規
定にかかわらず、その確定した日の翌日から起算して２月以内に、同項の規定による
更正の請求をすることができる旨を定めている。
３ 本件の争点
(1) 本件賦課決定処分の取消しを求める訴えの適法性（本案前の争点）
上記訴えは出訴期間（行政事件訴訟法１４条）を遵守したといえるか。
(2) 本件各更正処分の適法性
本件退職慰労金について、原告が平成１３年３月期の事業年度において法人税法３
６条の定める損金算入の要件を満たしたといえるか。
(3) 本件各通知処分の適法性
別件確定判決を理由とする原告の更正の請求は、国税通則法２３条２項１号が定め
る更正の請求をすることができる場合に該当するか。
４ 争点に関する当事者の主張
(1) 争点１（本件賦課決定処分の取消しを求める訴えの適法性）について
（被告の主張）
本件賦課決定処分の取消しを求める訴えは、平成１８年６月３０日に追加（訴えの
追加的変更）されたものであるから、上記訴えに係る出訴期間の遵守の有無は、上記
訴えの変更の時を基準として判断されるべきである。そして、国税不服審判所長は、
本件賦課決定処分を含め、原告の審査請求に対する裁決を平成１７年１０月２６日付
けでしており、原告は、そのころ、上記裁決があったことを知ったにもかかわらず、
本件賦課決定処分の取消しを求める訴えは、上記裁決があったことを知った日から６
か月間の出訴期間（行政事件訴訟法１４条３項）を経過してから提起されたから、不
適法な訴えである。
（原告の主張）
過少申告加算税は、本税に付加される附帯税の一種であるから、更正処分が取り消
された場合には、過少申告加算税も当然にその課税根拠を失い、その納付義務が消滅
するという関係にある。さらに、本件賦課決定処分の取消請求は、同事業年度におけ
る更正処分の違法を理由とするものであるから、本件各更正処分の取消請求と一体と
なるものである。そうすると、過少申告加算税賦課決定処分の取消請求に係る出訴期
間の遵守の有無は、当初の本件各更正処分に係る取消訴訟の提起の時点で判断される
べきであるから、本件各更正処分に係る取消訴訟が出訴期間内に提起された以上、本
件賦課決定処分に係る取消訴訟についても、出訴期間の遵守に欠けるところはない。
(2) 争点２（本件退職慰労金について、原告が平成１３年３月期の事業年度において法人税法３６条の定める損金算入の要件を満たしたといえるか）について
（被告の主張）
法人税法３６条、２条２５号は、内国法人が各事業年度において支給した退職給与
について、当該退職給与を当該事業年度の確定した決算において費用又は損失として
経理することを要件として、当該事業年度の損金の額に算入することを認め、法人税
基本通達９－２－２０は、具体的に確定する前に損金経理により未払金として計上し
た役員退職給与について、その確定し、又は支給した日の属する事業年度に確定申告
書において損金の額に算入することを条件として、その退職給与の額については当該
事業年度において損金経理したものとする旨の取り扱いを認めているが、これらの取
り扱いは、いずれも、役員賞与との関連において、当該法人が報酬の後払として損金
経理するとの意思決定を明らかにした金額のみを損金と認める趣旨に基づくもので
ある。
原告は、平成１３年３月期において本件退職慰労金を支給しているが、平成１３年
３月期の確定した決算において本件退職慰労金を費用又は損失として経理していな
いから、法人税法３６条、２条２５号により本件退職慰労金を損金と認めることはで
きない。また、原告は、本件退職慰労金を平成１３年３月期の損金の額に算入して確
定申告をしていなかったから、法人税基本通達９－２－２０によっても、損金経理を
したとの取り扱いをすることはできない。そうすると、本件退職慰労金は、法人税法
３６条の「損金経理をしなかった金額」に該当するから、平成１３年３月期の損金の
額に算入される余地はなく、また、本件退職慰労金の額の一部が平成１４年３月期に
繰り越す欠損金額となる余地もない。
（原告の主張）
原告は、平成１２年３月期の確定申告において、本件退職慰労金の全額を損金経理
により未払金として計上していたから、本件退職慰労金を損金とする原告の意思は明
確であり、役員賞与との関連において、当該法人が報酬の後払として損金経理すると
の意思決定を明らかにした金額のみを損金と認めるという法人税法３６条、２条２５
号の趣旨を十分満たしていた。そして、役員に対する退職給与は、本来、役員給与の
後払としての性格を有するものであるから、会計上は当然に損金として認められるべ
きものであるし、平成１８年の改正法により法人税法３６条による損金算入の要件か
ら損金経理が削除されたこと等から明らかなように、損金経理の要件は単なる政策的
なものにすぎないとみるべきであって、厳格に解釈適用されるべきものではない。
したがって、本件退職慰労金について、平成１３年３月期において新たに損金経理
を要求する合理的な理由はなく、当然に、同事業年度において損金に算入されるべき
であるから、これを算入しなかった本件各更正処分は違法であり、本件賦課決定処分
も違法である。
(3) 争点３（別件確定判決を理由とする原告の更正の請求は、国税通則法２３条２項１号の更正の請求をすることができる場合に該当するか）について
（原告の主張）
ア 別件訴訟においては、平成１２年３月期中に本件退職慰労金及び弔慰金が確定し
たか否かが争点となったところ、別件確定判決により、本件退職慰労金は平成１２
年３月期ではなく次事業年度である平成１３年３月期に確定したことが明らかと
された。したがって、別件確定判決によって、本件退職慰労金は平成１３年３月期
の損金として算入されるべきことが確定したのであるから、別件確定判決が平成１
３年３月期の「課税標準等又は税額等の基礎となつた事実に関する訴えについての
判決」（国税通則法２３条２項１号）に該当することはもとより、別件確定判決に
よって「その事実が当該計算の基礎としたところと異なることが確定した」（同号）
のであるから、原告の更正の請求は同号により認められるべきである。
イ 被告は、国税通則法２３条２項の後発的理由による更正の請求は、納税者におい
て、課税当時及び確定に至るまでの間、課税の基礎となった事実と異なる事実及び
権利を主張してこの事実を適切に争い、確定することができなかった場合に限られ
るところ、本件はこのような場合に該当しない旨主張するが、このような主張は、
「課税標準等又は税額等の基礎となった事実に関する訴えについての判決」により、
「その事実が当該計算の基礎としたところと異なることが確定した」場合には更正
の請求を認める国税通則法２３条２項１号の文言に反する解釈であって、租税法律
主義に反する上、仮に、被告が主張するように原告の更正の請求を認めないとすれ
ば、法人税法３６条、法人税基本通達９－２－２０により当然損金算入が認められ
るべき本件退職慰労金について、何ら損金算入が実現されないことになり、実体的
な租税法律関係とかけ離れた課税が正当化されることになるばかりか、納税者であ
る原告にとって著しく酷な結果となるから、誤りである。
（被告の主張）
ア いわゆる後発的理由による更正の請求（国税通則法２３条２項）は、申告時には
予知し得なかった事態その他同条１項の期間内に適切な権利主張をすることがで
きなかったことにつきやむを得ない事由がその後において生じたため、遡って税額
の減額等をなすべきこととなった場合に、納税者の側からもその更正を請求しうる
こととして、納税者の権利救済の途をさらに拡充した制度である。このような趣旨
に照らすと、国税通則法２３条２項１号が適用されるのは、課税計算の基礎となっ
た事実が、後に判決等で異なる内容のものとして確定した場合というにとどまらず、
そもそも、納税者において、課税当時及びこの確定に至るまでの間、この異なる事
実及び権利を主張してこの事実を適切に争い、確定することができなかった場合に
限られると解すべきである。
原告は、平成１３年３月期の法人税の確定申告をする時点において、平成１３年
３月期中である平成１２年５月８日の臨時社員総会において本件退職慰労金の支
払額が確定し、かつ、同年６月１９日に支払われたとの事実を認識していた以上、
平成１３年３月期の確定申告において、本件退職慰労金の額を損金に算入して申告
すれば、法人税法３６条、法人税基本通達９－２－２０により、損金経理をしたも
のとする取扱いを受けることが十分可能であった。それにもかかわらず、原告は、
あえて、自らの判断で、本件退職慰労金を損金の額に算入しないで平成１３年３月
期の確定申告をしたのである。そうすると、本件は、そもそも、国税通則法２３条
２項が納税者の権利を救済することを予定していた場合には当たらないから、原告
が同項１号により更正の請求をすることは許されない。
イ また、別件確定判決は、あくまで本件退職慰労金及び弔慰金が平成１２年３月期
の損金の額に算入することの適否について明らかにしたものにすぎないから、原告
の平成１３年３月期の法人税に係る課税標準等の額又は税額等の計算の基礎とな
った事実関係が異なるものになったことを確定したものではない。よって、別件確
定判決が、国税通則法２３条２項１号の「判決」に該当しないことは明らかである。
ウ 仮に、本件について国税通則法２３条２項１号の適用を是認し、かつ、別件確定
判決が同号の定める「判決」に該当すると解するにしても、同号による更正の請求
が認められるためには、その実体的要件として、法人税法３６条、法人税基本通達
９－２－２０による損金経理が認められることが必要であるが、原告について損金
経理が認められないことは上述のとおりであるから、いずれにせよ更正の請求が認
められる余地はない。
エ このように、原告がした更正の請求は、国税通則法２３条２項１号により更正の
請求が認められる場合に当たらないから、本件各通知処分はいずれも適法である。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点１（本件賦課決定処分の取消しを求める訴えの適法性）について
被告は、本件賦課決定処分の取消しを求める訴えは、平成１８年６月３０日に訴えの
追加的変更により追加されたものであるから、出訴期間を徒過しており、不適法である旨主張する。
そして、訴えの追加的変更がされた場合、追加された訴えは新たな訴え提起にほかな
らないから、出訴期間の遵守の有無は、従前から存する訴えと追加請求された訴えとの間に存する関係から、追加された請求に係る訴えを当初の訴えの提起の時に提起されたものと同視し、出訴期間の遵守において欠けるところがないと解すべき特段の事情があるときを除き、訴えが追加された時を基準として決すべきである（最高裁昭和６１年２月２４日判決・民集４０巻１号６９頁参照）。
そこで本件についてみるに、たしかに、原告が本件裁決を知ったのは平成１７年１０
月２６日ころのことであり、他方、原告が本件賦課決定処分の取消しを求める訴訟を提【判示(1)】
【判示(2)】
起したのは平成１８年６月３０日であると認められる。しかしながら、原告は、本件各更正処分の取消訴訟については、出訴期間内である同年４月２５日に提起している（上記第２の１(9)、(10)）ところ、そもそも、過少申告加算税は、附帯税の一つであり、更正があった場合等において、更正等に基づき納付すべき税額を基礎として算定され、賦課されるものであって（国税通則法６５条）、過少申告加算税は更正処分を基礎としこれを前提として行われるものに他ならない。そして、本件において、原告が本件賦課決定処分を違法と主張する理由は、本件各更正処分につき本件退職慰労金が損金に算入されていないという点にあり、本件各更正処分を違法とする理由と全く同一の内容である。そうすると、このような両者の関係にかんがみれば、本件退職慰労金が損金に算入されていないという点を理由として提起された本件各更正処分の取消しの訴えは、単に本件各更正処分に対する不服の表明にとどまるものではなく、これらの処分に基づく附帯税として課された本件賦課決定処分に対する不服の表明としての性格も合わせ有す
るものというべきであるから、本件賦課決定処分の取消しを求める訴えは、出訴期間の関係においては、本件各更正処分の取消しを求める訴えの提起の時に提起されたものと同視することが相当であり、出訴期間の遵守において欠けるところがないと解すべきである。
２ 争点２（本件退職慰労金について、原告が平成１３年３月期の事業年度において法人税法３６条の定める損金算入の要件を満たしたといえるか）について
(1) 法人税法３６条、２条２５号によれば、内国法人が各事業年度においてその退職した役員に対して支給する退職給与の額を各事業年度の所得の計算上損金の額に算
入するためには、当該事業年度において損金経理、すなわち、法人がその確定した決
算において費用又は損失として経理することが要件とされているが、これは、役員に
対して支給される退職給与には、過去の勤労に対する対価の後払（費用）としての性
質にとどまらず、在職中の功労に対する報償（利益処分）という性質も含まれうるた
め、使用人に対する退職給与の場合（法人税法３６条の３）と異なり、特に、法人が
当該事業年度において損金経理をし、退職給与が費用としての性質を有することを明
らかにした額のみを損金に算入しうるという要件を課すことにより、退職給与に名を
借りた利益処分がなされることを防止しようとした趣旨であると解される。
そして、法人税法３６条は、退職給与の額が各事業年度において費用として確定し
ていることを前提とするものと解されるから、法人が、退職給与の額が具体的に確定
する日の属する事業年度より前の事業年度において取締役会等で内定した金額を損
金経理により未払金として計上した場合においては、本来、当該退職給与は当該事業
年度において費用として確定しておらず、法人税法３６条による損金算入は認められ
ないことになりそうであるが、法人税基本通達９－２－２０は、このような場合であ
っても、その後その退職給与の額が確定した日の属する事業年度又はその額を支給し
た日の属する事業年度において、その確定又は支給した額につき確定申告書において
損金の額に算入した場合には、改めて、当該事業年度において損金経理をしなくても、損金経理があったものと取り扱う旨を定めている。しかし、この規定も、当該法人が
退職給与の額が具体的に確定する日の属する事業年度前の事業年度において未払金
として計上したという事実のみならず、その後、その退職給与の額が確定した日の属
【判示(3)】
する事業年度又はその額を支給した日の属する事業年度において、その確定又は支給
した額につき確定申告書において損金の額に算入したという場合に限り、退職給与の
額が確定し、又はその額が支給された当該事業年度において、当該法人によりそれが
費用としての性質を有することが明らかにされたものと評価し、法人税法３６条が求
める損金経理がなされたものと取り扱うことにより、当該退職給与の額を損金として
算入する途を開いたものと解される。
そうすると、このような法３６条等の趣旨、目的及びその内容に照らせば、内国法
人が法人税法３６条により役員に対する退職給与を損金に算入するためには、当該退
職給与の額が確定した事業年度において損金経理をすることが必要であり、また、法
人税基本通達９－２－２０により損金経理をしたとの取り扱いを受ける場合であっ
ても、当該法人が退職給与の額が具体的に確定する日の属する事業年度前の事業年度
において未払金として計上したというにとどまらず、その後その退職給与の額が確定
した日の属する事業年度又はその額を支給した日の属する事業年度においてその確
定し、又は支給した額につき確定申告書において損金の額に算入したことが必要とい
うべきである。
(2) これを本件についてみると、上記争いのない事実等（上記第２の１(1)）によれば、本件退職慰労金が原告の社員総会において承認され、費用として確定したのは平成１
３年３月期であると認められるところ、原告はこの平成１３年３月期の確定した決算
において本件退職慰労金を費用又は損失として経理していないから、法人税法３６条、２条２５号により本件退職慰労金を損金と認めることはできない。また、原告は、平
成１２年３月の確定申告において本件退職慰労金を未払金として計上しているが、本
件退職慰労金が確定した平成１３年３月期において、原告は本件退職慰労金を平成１
３年３月期の損金の額に算入して確定申告をしていないのであるから（この点は、当
事者間に争いがない。）、法人税基本通達９－２－２０によっても、損金経理をしたとの取り扱いをすることはできない。
そうすると、本件退職慰労金は、法人税法３６条の「損金経理をしなかった金額」
に該当するから、平成１３年３月期の損金の額に算入される余地はないし、したがっ
て、本件退職慰労金の額の一部が平成１４年３月期に繰り越す欠損金額となる余地も
ないというべきである。
(3) 原告は、平成１２年３月期の確定申告において、本件退職慰労金の全額を損金経理により未払金として計上していた以上、本件退職慰労金について、平成１３年３月
期において新たに損金経理を要求する合理的な理由はなく、当然に、同事業年度にお
いて損金に算入されるべきである旨主張する。
しかしながら、そもそも、本件退職慰労金は、平成１２年３月の確定申告の段階に
おいては未払金として計上されていたにすぎず、原告の社員総会による承認も経てい
ない未確定のものであったから（上記第２の１(1)）、そのようなものを法人税法３６条による損金算入の対象と認めることはできず、原告が平成１３年３月期において本
件退職慰労金について損金算入の取り扱いを受けるためには、法人税基本通達９－２
－２０が求める手続きを履践する必要があったというべきである。
そして、上記(1)で説示したとおり、法人税基本通達９－２－２０は、法人税法３
【判示(4)】
【判示(5)】
【判示(6)】
６条の趣旨を踏まえ、退職給与の額が具体的に確定する日の属する事業年度前の事業
年度において未払金として計上したという事実にとどまらず、その後、その退職給与
の額が確定した日の属する事業年度又はその額を支給した日の属する事業年度にお
いてその確定し、又は支給した額につき確定申告書において損金の額に算入した場合
には、当該法人により、退職給与が費用としての性質を有することが明らかにされた
ものと評価し、当該事業年度において、当該退職給与の額を損金として算入する途を
開いたものと解されるのであるから、原告が単に平成１２年３月期の確定申告におい
て本件退職慰労金を未払金として計上したことのみによって同基本通達による損金
経理があったと評価することはできない。
(4) そして、本件各更正処分及び本件賦課決定処分の根拠及び適法性に関する被告の主張は別紙２記載のとおりであるところ、本件全資料を総合しても、本件各更正処分
及び本件賦課決定処分を違法とすべき根拠は見当たらないから、本件各更正処分及び
本件賦課決定処分はいずれも適法というべきである。
３ 争点３（別件確定判決を理由とする原告の更正の請求は、国税通則法２３条２項１号の更正の請求をすることができる場合に該当するか）について
(1) 原告は、別件確定判決により、本件退職慰労金が平成１２年３月期ではなく平成１３年３月期に確定したことが明らかにされた以上、同判決は原告の平成１３年３月
期に係る「課税標準等又は税額等の計算の基礎となつた事実に関する訴えについての
判決」（国税通則法２３条２項１号）に該当し、かつ、これにより「その事実が当該
計算の基礎としたところと異なることが確定した」（同号）から、原告がした更正の
請求は同号により認められるべきである旨主張する。
(2)アしかしながら、国税通則法は、「課税標準等若しくは税額等の計算が国税に関する法律の規定に従つていなかつたこと又は当該計算に誤りがあつたこと」により納
付すべき税額が過大である場合等において、法定申告期限から１年以内に限り、更
正をすべき旨の請求をすることができる旨を定め（２３条１項）、納税者の権利の
保護を図ることとしているが、さらに、申告時には予知し得なかった事情その他や
むを得ないと評価できる後発的な事情が生じ、当初の課税が実体的に不当になった
場合においても、納税者の権利救済を図る趣旨から、特に、同条１項の更正の請求
の特例を設け、同条２項によって、納税者が更正を請求しうるものとしていると解
される。このような国税通則法２３条２項の趣旨、目的に照らせば、原告がした更
正の請求が適法なものとして是認されるか否かは、原告が本件退職慰労金を平成１
３年３月期において損金に計上しないで確定申告し、後に更正の請求という手段に
よって損金計上の実現を求めることが、申告時には予知し得なかった事情その他や
むを得ないと評価できる後発的な事情に基づくものと評価することができるか否
かという点を踏まえて検討する必要があるというべきである。
そこで、これを本件について検討するに、そもそも、原告に対しては、日立税務
署長により、本件退職慰労金及び弔慰金が平成１２年３月期の損金としては認めら
れない旨の平成１２年１２月２５日付け更正処分がなされていたのであるから、原
告としては、平成１２年３月期における本件退職慰労金の損金計上の当否を訴訟に
おいて争うことはもとより、その主張が将来訴訟上認められない場合を慮って、上
【判示(7)】
記更正処分の後である平成１３年５月３１日付けでした平成１３年３月期の法人
税の確定申告において、本件退職慰労金を損金に計上して確定申告することは十分
可能であったというべく、これが不可能であったとか、著しく困難であったという
事情は何ら認められない。そして、原告が平成１３年３月期の法人税の確定申告に
おいて本件退職慰労金を損金に計上して確定申告していれば、原告が既に前事業年
度である平成１２年３月期において本件退職慰労金を未払金として計上していた
以上、法人税法３６条及び法人税基本通達９－２－２０により、平成１３年３月期
において、本件退職慰労金の損金計上が認められる可能性は十分あったと認められ
るから、原告としては、このような手段を講じていれば、仮に、平成１２年３月期
の損金算入が訴訟上否定されたとしても、少なくとも、平成１３年３月期において
本件退職慰労金を損金として算入するという結果を得ることができたというべき
である。
そうすると、本件について、国税通則法２３条２項が更正の請求を認める場合と
して予定するような、申告時には予知し得なかった事情その他やむを得ないと評価
すべき後発的事情により更正の請求をした場合に該当するということは困難とい
うほかない。
イ この点、原告は、国税通則法２３条２項１号は、「課税標準等又は税額等の基礎
となつた事実に関する訴えについての判決」により、「その事実が当該計算の基礎
としたところと異なることが確定した」場合には更正の請求を認める旨の規定であ
って、文言上、やむを得ない事情が後発的に生じたために当該更正の請求に至った
という限定的な解釈をすべき根拠は何ら見当たらない旨主張するが、同条２項３号
は「その他当該国税の法定申告期限後に生じた前二号に類する政令で定めるやむを
得ない理由があるとき」を掲げていることに照らしても、同条２項は、上記のとお
り、申告時には予知し得なかった事態その他やむを得ないと評価できる事情が後発
的に生じたことにより、当初の課税が実体的に不当になった場合における救済規定
と理解すべきであるから、原告の上記主張は理由がない。
(3) さらに、国税通則法２３条２項１号の文言に即して検討してみても、そもそも、原告が問題とする平成１２年３月期の確定申告に基づく課税と平成１３年３月期の
確定申告に基づく課税は、課税の根拠を異にする別個のものである上、上記２のとお
り、原告が本件退職慰労金を平成１３年３月期において損金に計上するためには、平
成１２年３月期において未払金として計上するにとどまらず、本件退職慰労金を平成
１３年３月期の確定申告において損金に計上して確定申告するという新たな行為が
必要なのであるから（法人税法３６条、法人税基本通達９－２－２０）、別件確定判
決により本件退職慰労金が平成１２年３月期の損金として算入されない旨の判断が
示されたとしても、そこから当然に、本件退職慰労金が平成１３年３月期の損金とし
て算入される旨の法的効果が導き出されることにはならないといわざるを得ない。
そうすると、別件確定判決が、平成１３年３月期の「課税標準等又は税額等の基礎
となつた事実に関する訴えについての判決」（国税通則法２３条２項１号）に該当す
るものではないことはもとより、別件確定判決によって「その事実が当該計算の基礎
としたところと異なることが確定した」（同号）と認めることも困難というほかない。【判示(8)】
【判示(9)】
(4) 原告は、仮に、本件において原告の更正の請求を認めないとすると、本来当然に損金に計上されるべき本件退職慰労金が課税関係に何ら反映されないことになって
不当である旨主張する。
しかしながら、たしかに、原告は、本件退職慰労金を平成１２年３月期における損
金として計上すべきである旨の主張をし、訴訟において争っていたのであるから（上
記第２の１(2)、(3)）、原告においてこのような主張と矛盾する内容の確定申告をすることについて躊躇ないし抵抗感を感じたとしても、それには無理からぬ側面が存す
ることは否定できないものの、原告が平成１２年３月期の更正処分を争う一方で、本
件退職慰労金を平成１３年３月期において損金に算入して確定申告するという手段
を採ることが容易であったこと、原告はこれによって少なくとも平成１３年３月期に
おいて本件退職慰労金を損金に算入するという法人税法上の効果を享受することが
十分可能であったと認められることは上記(2)のとおりであって、原告がこのような手段に出なかった以上、原告の更正の請求が認められないことにより、本件退職慰労
金が損金に計上されないという結果になったとしてもやむを得ないものといわざる
を得ないのであるから、原告の上記主張は理由がない。
(5) そうすると、原告がした更正の請求は、国税通則法２３条２項１号により更正の請求が認められる場合に当たらないから、本件各通知処分はいずれも適法というべき
である。
そして、原告は、本件各通知処分が取り消されるべきものであることを前提として、
減額更正処分の義務づけを請求しているところ（行政事件訴訟法３条６項２号、３７
条の３）、本件各通知処分は適法であるから、上記義務づけの訴えはその前提を欠き、不適法であって却下されるべきである（行政事件訴訟法３７条の３第１項２号。）（なお、原告は、行政事件訴訟法３条６項１号、３７条の２に基づくいわゆる非申請型の
義務づけ訴訟として、上記義務づけを請求しているが、原告が求める本件退職慰労金
の損金計上を実現するためには、本来、法人税法３６条、法人税基本通達９－２－２
０による損金経理が求められており、原告がこの損金経理をしていれば本件退職慰労
金の損金計上が認められる可能性が高かったと認められることは上記のとおりであ
るところ、原告は何らこのような手段を採ることなく上記義務づけの訴えを提起して
いるのであって、このような場合は「その損害を避けるため他に適当な方法がないと
き」（行政事件訴訟法３７条の２第１項）にも当たらないというべきであるから、い
ずれにせよ却下は免れない。）
第４ 結論
よって、原告の本件訴えのうち、被告に対し減額更正処分の義務づけを求める訴えは不適法であるからこれをいずれも却下し、その他の原告の請求は理由がないからこれをいずれも棄却することとし、訴訟費用の負担について行政事件訴訟法７条、民事訴訟法６１条を適用して、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官定塚誠
裁判官中山雅之
【判示(10)】
【判示(11)】
裁判官進藤壮一郎
別紙１
事業年度
所得金額
納付すべき税額
繰越欠損金の当期
控除額
翌期へ繰り越すべ
き欠損金額
平成12年4月1日乃至
平成13年3月31日
△273,219,293
△63,488
273,219,293
平成13年4月1日乃至
平成14年3月31日
△26,777
46,457,275
226,762,018
平成14年4月1日乃至
平成15年3月31日
△2,179
117,355,135
109,406,883
平成15年4月1日乃至
平成16年3月31日
△4,018
107,725,734
1,681,149
（別紙２）
本件各更正処分及び本件賦課決定処分の根拠及び適法性
１ 本件各更正処分の根拠
(1) 平成１３年３月期
ア 所得金額
△２０万０４９３円
上記金額は、下記(ア)の金額に(イ)の金額を加算し、(ウ)の金額を減算した金額である。
(ア) 申告所得金額
０円
上記金額は、当事業年度の法人税の確定申告書に記載された所得金額である。
(イ) 繰越欠損金の当期控除額の過大額
１６８９万９５０７円
上記金額は、原告が当事業年度の確定申告において損金の額に算入した繰越欠損金の当期控除額であり、平成１２年３月期から当事業年度に繰り越される欠損金が存在しないため、過大となっている繰越欠損金の当期控除額である。
(ウ) 弔慰金の損金算入額
１７１０万円
上記金額は、当事業年度において原告が支払った死亡退職した理事に対する弔慰金の金額であり、その性質が見舞金、福利厚生費、慰謝料等であって、当事業年度中に支払われていることから、当事業年度の損金の額に算入されるものである。
イ 納付すべき税額
△６万３４８８円
上記金額は、法人税法（平成１４年法律第７９号による改正前のもの。以下同じ。）７９条１項に基づき還付される所得税額であり、当事業年度の法人税の確定申告書に記載された金額である。
ウ 翌期へ繰り越す欠損金額
２０万０４９３円
上記金額は、法人税法５７条１項に基づいて翌期へ繰り越す欠損金額であり、下記(ア)の額に(イ)の額を加算した金額である。
(ア) 平成１２年３月期から繰り越された欠損金額
０円
上記金額は、平成１２年３月期から繰り越された金額であり、平成１２年３月期から当事業年度に繰り越される欠損金は存在しない。
(イ) 当事業年度において生じた欠損金額
２０万０４９３円
上記金額は、当事業年度に生じ、翌期に繰り越される欠損金額であり、上記アの金額である。
(2) 平成１４年３月期
ア 所得金額
４６１９万３２９４円
上記金額は、下記(ア)の金額に(イ)の金額を加算し、(ウ)の金額を減算した金額である。
(ア) 申告所得金額
１２０２万８５８８円
上記金額は、当事業年度の法人税の確定申告書に記載された所得金額である。
(イ) 繰越欠損金の当期控除額の過大額
３４２４万９３１１円
上記金額は、原告が当事業年度の確定申告において損金の額に算入した繰越欠損金の当期控除額３４４４万９８０４円から、上記(1)ウの当事業年度に繰り越された欠損金額２０万０４９３円を控除した金額であり、過大となっている繰越欠損金の当期控除額である。
(ウ) 還付金等の益金不算入額
８万４６０５円
上記金額は、原告が益金の額に算入した、還付を受けた県民税利子割額２万１１１７円及び所得税額６万３４８８円の合計額であり、法人税法２６条１項により益金の額に算入されない金額である。
イ 納付すべき税額
１３１９万１１００円
上記金額は、下記(ア)の金額から(イ)の金額を差し引いた金額（ただし、国税通則法１１９条１項により１００円未満の端数を切り捨てた後のもの）である。
(ア) 所得金額に対する税額
１３２１万７９００円
上記金額は、上記アの所得金額４６１９万３０００円（ただし、国税通則法１１８条１項により１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの）のうち、８００万円については、法人税法６６条２項及び経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律（平成１４年法律第７９号による改正前のもの。以下「負担軽減法」という。）１６条１項により１００分の２２の税率を、残額の３８１９万３０００円については、法人税法６６条１項及び負担軽減法１６条１項により１００分の３０の税率をそれぞれ乗じて計算した各金額の合計額である。
(イ) 控除所得金額
２万６７７７円
上記金額は、当事業年度の確定申告に記載された控除所得金額である。
２ 本件各更正処分の適法性
上記１のとおり、原告の平成１３年３月期の納付すべき税額は△６万３４８８円、翌期へ繰り越す欠損金額は２０万０４９３円、平成１４年３月期の納付すべき税額は１３１９万１１００円であるところ、これらの金額は、別表記載の本件各更正処分の各金額といずれも同額であるから、本件各更正処分はいずれも適法である。
３ 本件賦課決定処分の適法性
上記２のとおり、平成１４年３月期の法人税に係る更正処分は適法であるところ、原告は、平成１４年３月期の法人税について、納付すべき税額を過少に申告していたものであり、納付すべき税額を過少に申告していたことについて、国税通則法６５条１項が定める正当な理由は存しない。
したがって、原告に課されるべき過少申告加算税の額は、国税通則法６５条１項に基づき、上記更正処分により新たに交付すべきこととなった税額１０２４万円（ただし、国税通則法１１８条３項により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの）に１００分の１０を乗じて算出した金額１０２万４０００円と、国税通則法６５条２項に基づき、上記更正処分により新たに納付すべきこととなった税額１０２４万９５００円から期限内申告税額２９６万８３７７円を控除した残額である７２８万円（ただし、国税通則法１１８条３項により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの）に１００分の５を乗じて算出した金額３６万４０００円との合計額である１３８万８０００円となる。
４ 本件賦課決定処分の適法性
上記３のとおり、原告に課されるべき過少申告加算税の金額は１３８万８０００円であるところ、この金額は、本件賦課決定処分の金額と同額であるから、本件賦課決定処分は適法である。以上
別表
区
分年
月
日所
得金
額納付すべき
税額
繰越欠損金の
当期控除額
翌期へ繰り
越す欠損金額過少申告加算税
確定申告平成13年5月31日
△63,488
16,899,507
34,449,804
更正処分等平成16年5月21日
16,899,507
4,366,200
638,000
異議申立て平成1 6 年7 月2 日
全部の取消し
異議決定平成16年10月1日
△63,488
減額更正平成16年10月29日
△200,493
△63,488
200,493
－
審査請求平成16年11月1日
全部の取消し
更正の請求平成16年11月8日△273,219,293
△63,488
273,219,293
通知処分平成1 7 年2 月1 日
更正をすべき理由がない旨の通知
審査請求平成17年3月31日
通知処分の取消し
更正処分に対する裁決却下
平成
年
月期
審査裁決平成17年10月26日
通知処分に対する裁決棄却
確定申告平成14年5月31日
12,028,588
2,941,600
34,449,804
更正処分等平成16年5月21日
46,478,392
13,276,600
1,401,000
異議申立て平成1 6 年7 月2 日
全部の取消し
異議決定平成16年10月1日
46,277,899
13,216,300
200,493
1,392,000
審査請求平成16年11月1日
全部の取消し
更正の請求平成16年11月8日
△26,777
46,457,275
226,762,018
通知処分平成1 7 年2 月1 日
更正をすべき理由がない旨の通知
審査請求平成17年3月31日
通知処分の取消し
更正処分に対する裁決一部取消し
46,193,294
13,191,100
200,493
1,388,000
平成
年
月期
審査裁決平成17年10月26日
通知処分に対する裁決棄却
確定申告平成1 5 年6 月2 日
117,355,135
34,564,300
更正の請求平成16年11月8日
△2,179
117,355,135
109,406,883
通知処分平成1 7 年2 月1 日
更正をすべき理由がない旨の通知
審査請求平成17年3月31日
通知処分の取消し
平成
年
月期
審査裁決平成17年10月26日
通知処分に対する裁決棄却
確定申告平成16年5月31日
107,725,734
31,673,400
更正の請求平成16年11月8日
△4,018
107,725,734
1,681,149
通知処分平成1 7 年2 月1 日
更正をすべき理由がない旨の通知
審査請求平成17年3月31日
通知処分の取消し
平成
年
月期
審査裁決平成17年10月26日
通知処分に対する裁決棄却
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2008/pdf/10861.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。