税務訴訟資料第２５８号－１８（順号１０８７６）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分取消等請求事件
国側当事者・国（日本橋税務署長）
平成２０年１月３０日棄却・控訴
判決
原告Ａ株式会社
上記代表者代表取締役甲
上記訴訟代理人弁護士山下清兵衛
同北村美穂子
同高垣勲
被告国
上記代表者法務大臣鳩山邦夫
処分行政庁日本橋税務署長菴木一雄
上記訴訟代理人弁護士今村隆
上記指定代理人立野みすず
同沼田渉
同下屋和孝
同米坂敬三
同引地俊二
同石井正
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は、原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
日本橋税務署長が原告に対し平成１７年６月２９日付けでした、原告の平成１３年５月１日から平成１４年４月３０日までの事業年度（以下「本件事業年度」という。）の法人税の更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、原告が、いわゆる便宜置籍船保有のためパナマ共和国（以下「パナマ」という。）に法人を設立し、その損益の額をいずれも原告の所得金額の計算上合算して、本件事業年度の法人税に係る確定申告をしたところ、日本橋税務署長が、上記パナマ法人は租税特別措置法（平成１４年法律第７９号による改正前のもの。以下同じ。以下「措置法」という。）６６条の６第１項（いわゆるタックス・ヘイブン対策税制）が定める「特定外国子会社等」に該当するから、同条の定める課税対象留保金額を益金の額に算入されるべきであるなどとして、増額更正処分をするとともに、過少申告加算税賦課決定処分をしたため、原告が、同条を適用した上記更正処分及びこれを前提とする上記賦課決定処分はいずれも違法である旨主張して、上記各処分の取消しを求めた事案である。
１ 争いのない事実等（証拠により容易に認められる事実は、末尾に証拠を掲記した。）
(1) 原告は海運業を営む株式会社であるところ、船舶を日本船籍にした場合におけるコスト面や運行面の問題点を考慮して、法人の設立要件が簡易なパナマに合計８社の現地法人（以下、合わせて「原告パナマ法人」という。）を設立し、原告パナマ法人に船舶を所有させることとした。
原告パナマ法人の各法人名及び各法人名義で登録されている船舶名は、別紙１記載のとおりであり、原告パナマ法人の各法人名の略称は、別表１記載のとおりである。
(2) パナマにおいては、会社の登録及び所有船舶の船籍登録に関しては税が課されているものの、原告パナマ法人が行う国際運輸業務から生じる所得に対しては、税が課されていなかった。
(3) 原告パナマ法人は、パナマ国内に主たる事業を行うために必要な事務所、店舗等の固定施設を有していないし、現地職員もいない。そして、原告は、原告パナマ法人（ただし、別表１記載のＢ社を除く。）が所有する各パナマ船及び原告パナマ法人の預金口座等の資産を管理し、原告パナマ法人が行う事業の管理、支配及び運営を行った上、原告パナマ法人に係る損益の額等について、原告の帳簿（総勘定元帳）に記帳していた。
(4) 他方、原告パナマ法人は、自ら金銭消費貸借契約を締結するか又は原告を通じて資金を調達し、船舶の造船契約及び購入契約を締結して船舶を取得したほか、自らを船主とし、Ｃ株式会社等を傭船者として定期傭船契約を締結していた。（甲４、乙２の１及び２、乙３の１及び２、乙４ないし７）
(5) 原告は、平成１４年６月３０日付けで、本件事業年度の法人税について、原告パナマ法人の損益等をいずれも合算して経理することにより原告に帰属させて確定申告をした。
(6) これに対して、日本橋税務署長は、平成１７年６月２９日付けで、原告パナマ法人は、措置法６６条の６第１項が定める「特定外国子会社等」に該当し、かつ、同条第３項が定める適用除外の規定の適用がないため、同条が適用されることを理由として、同条に基づき算出した原告パナマ法人の課税対象留保金額に相当する金額を、原告の本件事業年度の所得の計算上益金の額に算入するとともに、原告が合算経理をした本件パナマ法人に係る損益の合計金額（益金の額）を所得金額から減算して、所得金額２億２４８２万１６４６円、差引所得に関する法人税額６６８０万６３００円、過少申告加算税の額９９９万５０００円とする更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分をした（以下、それぞれ「本件更正処分」及び「本件賦課決定処分」といい、両者を合わせて「本件更正処分等」という。）。
なお、平成１２年５月１日から平成１３年４月３０日までの事業年度及び本件事業年度における原告パナマ法人の収益の明細は、別表１及び同２各記載のとおりである。
(7) 原告は、平成１７年８月２５日付けで、本件更正処分等の取消しを求めて異議申立てをしたところ、日本橋税務署長は、同年１１月２４日付けで、原告の上記異議申立てをいずれも棄却する旨の異議決定をした。
(8) 原告は、上記異議決定に対し、平成１７年１２月１６日付けで、国税不服審判所長に対し審査請求をしたところ、同所長は、平成１８年１２月１１日付けで、原告の上記審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をした。
(9) 原告に対しては、松山税務署長が、原告パナマ法人は措置法６６条の６の特定外国子会社等に該当し、かつ、同条３項の適用除外の規定の適用がないため、同条の規定が適用されることを理由として、平成１５年６月２５日付けで、原告の平成１１年５月１日から平成１２年４月３０日までの事業年度及び平成１２年５月１日から平成１３年４月３０日までの事業年度（以下「平成１３年４月期」という。）の法人税について、それぞれ更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分をした。
原告は、これらの更正処分等について、異議申立て及び審査請求を経た上で、松山地方裁判所に取消訴訟を提起したが、同裁判所は、平成１８年１０月３１日、原告の請求をいずれも棄却する旨の判決をし、さらに、高松高等裁判所は、平成１９年１１月２７日、原告の控訴を棄却する旨の判決をした。（高松高等裁判所の判決について、乙９）
２ いわゆるタックス・ヘイブン対策税制（措置法６６条の６）について
(1) 制定経緯
企業活動の国際化に伴い、企業が海外に子会社を設けて事業活動を行った場合、支店を設けた場合と異なり、子会社の所得は、我が国の親会社に配当されない限り我が国の法人税の課税対象とならないことを利用して、法人の所得等に対する租税の負担がないか又は極端に低い国又は地域（タックス・ヘイブン）に子会社を設立して国際的経済活動を行い、当該子会社に所得を留保することにより、我が国の税負担の回避又は軽減を図る企業が現れるようになった。そして、我が国においては、従前、タックス・ヘイブンを利用した租税回避行為に対して、実質所得者課税の原則を定めた法人税法１１条を適用して対処してきたが、同条は、所得の実質的な帰属の判断基準が明確でなく、課税執行面における安定性に問題があった。そこで、課税執行面の安定性を確保しつつ、外国法人を利用することによる租税回避行為を防止して税負担の実質的公平を図るべく、昭和５３年の税制改正により、タックス・ヘイブン対策税制（措置法６６条の６）が導入された。（以上について、甲５、乙８）
(2) 措置法６６条の６の内容
そして、措置法６６条の６が定めるタックス・ヘイブン対策税制は、タックス・ヘイブンに所在する外国法人で、株式等の保有を通じて我が国の内国法人により支配されているものの留保所得のうち、その内国法人の保有する株式等の持分に応じた一定額を、その内国法人の収益の額とみなしてその内国法人の各事業年度の所得の計算上益金の額に算入するという制度であるところ、その適用要件等は以下のとおりである。
ア 対象となる外国関係会社
タックス・ヘイブン対策税制の対象となる「特定外国子会社等」は、その発行済
株式の５パーセント以上を単独又は同族株主グループと共同で直接及び間接に保
有する内国法人に係る外国関係会社のうち、内国法人及び居住者によって発行済株式の５０パーセント超を直接及び間接に保有されている外国法人であって、①法人の所得に対して課される税が存在しない国又は地域に本店又は主たる事務所を有
する外国関係会社か、②その各事業年度の所得に対して課される租税の額が当該所得の金額の２５パーセント以下である国又は地域に本店又は主たる事務所を有す
る外国関係会社のいずれかに該当するものであり（措置法６６条の６第１項、第２項１号、租税特別措置法施行令（平成１４年政令第２７１号による改正前のもの。以下同じ。以下「措置令」という。）３９条の１４第１項）、外国関係会社が②に該当するかどうかの判断は当該外国会社の各事業年度終了時の現況による（措置令３９条の２０第１項）。
イ 適用除外
上記の特定外国子会社等に当たる外国関係会社であっても、本店所在地国におい
て主たる事業を行うのに必要と認められる事務所、店舗、工場その他の固定施設を有し（実体基準）、その事業の管理、支配及び運営を自ら行っているものであって（管理支配基準）、その主たる事業内容に応じ、関連者以外の者との取引がその収入金額の６０パーセントを超えているか（非関連者基準。措置法６６条の６第３項１号）、又は、その事業を主として所在地国で行っているもの（所在地国基準。同項２号）については、我が国の企業の正常な海外投資活動を阻害する結果を招くことを避けるという趣旨から、株式保有等一定の事業を主たる事業とする場合を除き、タックス・ヘイブン対策税制の適用から除外される。
ウ 課税対象所得の計算
特定外国子会社等の所得は、未処分所得の金額、適用対象留保金額、課税対象留
保金額の順に計算され、課税対象留保金額に相当する金額を、措置法６６条の６第１項各号所定の内国法人の収益の額とみなして、当該特定外国子会社等の事業年度終了の日の翌日から２か月を経過する日を含むその内国法人の各事業年度の所得
の金額の計算上益金の額に算入する（措置法６６条の６第１項、２項２号、措置令３９条の１５、３９条の１６第１項、２項）。
そして、当該特定外国子会社等について生じた欠損の金額は、上記未処分所得の
金額の計算に当たり、５年間の繰越控除という調整が図られている（措置法６６条の６第２項２号、措置令３９条の１５第５項、第６項）。
３ 本件の争点及び争点に対する当事者の主張
本件更正処分等の根拠及び適法性に関する被告の主張は別紙２のとおりであるところ、日本橋税務署長が措置法６６条の６を適用して、原告の所得金額に、同条に基づき算出した原告パナマ法人の課税対象留保金額を加算した部分（別紙２の１(1)イ）及び原告が法人税法１１条に基づき原告パナマ法人の損益等を合算経理して算出した益金を原告の所得金額から減算した部分（同ウ(ア)）の２点を除き、当事者間に争いがない。
本件において争われているのは、日本橋税務署長が、原告パナマ法人が措置法６６条の６第１項の定める「特定外国子会社等」に該当するとして同条を適用したことの適法性であり、これに関する当事者の主張は次のとおりである。
(1) 原告の主張
ア 本件において、原告パナマ法人は、原告が外航船の便宜置籍を取得するために設立されたにすぎず、いずれも形式的には法人格を有するものの、原告が全ての事業活動を行ってきた。また、仮に、原告パナマ法人が実体を有する主体であるとしても、原告と原告パナマ法人は、船舶の運航に伴う損益等が原告に帰属する旨合意していたから、原告パナマ法人の損益等は、実質的には原告に帰属していたとみるべきである。
そして、法人税法１１条は、資産又は事業から生ずる収益の法律上帰属するとみ
られる者が単なる名義人であって、その収益を享受せず、その者以外の法人がその収益を享受する場合には、その収益は、これを享受する法人に帰属するものとする旨を定めるが、上記の事情に照らせば、原告パナマ法人はまさに上記の「単なる名義人」にすぎないから、そもそも措置法６６条の６は適用されず、原告パナマ法人に生じた欠損金は原告の損金に算入されるべきであるのに、本件更正処分はこれを否定したから、違法である。
イ 本件更正処分は、法人税法１１条に基づき原告パナマ法人の損益等を原告に帰属させた原告の確定申告を認めず、措置法６６条の６を適用して上記合算を否定したが、このように、措置法６６条の６の適用によって法人税法１１条の適用が排除されると解すべき法的根拠はない。なぜなら、①措置法６６条の６は、課税要件上、原告パナマ法人に所得が帰属する場合において、親会社である原告の所得計算に関する規定にすぎないところ、法人税法１１条が定める実質所得者課税の原則は、誰に所得が帰属するかという範囲を画するもので、そもそも両者の適用範囲は異なるし、また、②原告のように自ら原告パナマ法人の損益等を原告に帰属させて確定申告している場合には、外国子会社への所得の留保はないから課税の回避がなく、課税執行面での不安定さという問題もないのであって、措置法６６条の６を適用すべき根拠がないからである。
そして、上記アの事情に照らせば、日本橋税務署長は、法人税法１１条に基づく
原告の確定申告を是認すべきであったにもかかわらず、これをしないで本件更正処分をしたから、違法である。
ウ さらに、仮に、本件事業年度における原告の所得の計算に措置法６６条の６が適用されるとしても、措置法６６条の６は、原告パナマ法人に生じた欠損が原告に帰属することを何ら禁止していないと解されなければならない。なぜなら、タック
ス・ヘイブン対策税制は、その制定経緯からして、特定外国子会社等に「所得」が「留保」された場合しか想定しておらず、その未処分所得の金額の計算に関する調整規定（同条２項２号）を置いているのみで、各事業年度において生じた欠損が内国法人の所得計算においてどのように取り扱われるべきかについては、何ら規定がないからである。したがって、原告は、上記アで述べた理由から、原告パナマ法人の欠損を含め、その損益等を原告に合算して申告しうることは当然であるのに、これを認めなかった本件更正処分は違法である。
エ 本件更正処分は、措置法６６条の６を適用することにより法人税法１１条の適用を排除し、原告に対し、原告パナマ法人の所得のみを合算することを強制する一種の懲罰と評価すべきであり、憲法４１条及び８４条に違反する。なぜなら、①そもそも、タックス・ヘイブン対策税制は、タックス・ヘイブンを利用した租税回避に対処すべく定められたものであるところ、原告は何ら租税回避行為を行っていないから、かかる場合にまで措置法６６条の６を適用すべき合理的な理由はないし、②タックス・ヘイブン対策税制の上記趣旨に照らせば、法人税法１１条が定める実質所得者課税の原則に基づいた場合と同様の課税をすれば足りたはずであるのに、原告パナマ法人の欠損の合算を否定することは、実質所得者課税の原則を適用した場合よりも重い負担を納税者である原告に課すものであり、③本来、法人税の課税物件は、法人の事業活動の成果としてもたらされた所得すなわち利益であるのに（法人税法５条）、原告に措置法６６条の６の適用を認めるとすれば、本来原告の費用であるべき額を費用として認めず、ひいて、本来所得が生じていない部分に課税をすることを是認する結果となるのであって、不合理だからである。
オ 課税庁は、原告を含め、いわゆる便宜置籍船を保有して外航船運航を行う海運会社に対し、平成１５年までの間一貫して、実質所得者課税の原則（法人税法１１条）に基づき、海外の子会社の収益が原告等に帰属する旨の申告を認めていたのであって、措置法６６条の６を理由とする修正申告の指導や、同条を根拠とする更正処分を行ったことはなかった。このように、課税庁は、原告らに対し、法人税法１１条に基づき外国子会社の欠損を原告らに合算させて計上する確定申告を長年にわた
り是認してきたにもかかわらず、本件更正処分は、これに基づく信頼を覆し、納税者の予測可能性を奪うものであるから、信義則に反する違法な処分である。
(2) 被告の主張
ア 原告パナマ法人については、いずれも資本金の払込みがされていないが、原告は原告パナマ法人を直接支配することができる地位にあり、原告パナマ法人が本店を置くパナマは、パナマ登録会社の国際海運業務に係る所得を免税としているから、原告パナマ法人は、措置法６６条の６が定める「特定外国子会社等」に該当する。
また、原告パナマ法人の主たる事業は海運業（水運業）であるが、原告パナマ法
人は、本店所在地国であるパナマにおいて主たる事業を行うのに必要と認められる事務所、店舗、工場その他の固定施設を有しているとは認められないし、その事業の管理、支配及び運営を自ら行っているとも認められない。したがって、本件に適用除外規定の適用はない。
そして、原告パナマ法人の平成１２年５月１日から平成１３年４月３０日までの
期間の収入及び費用の明細を基に、措置法６６条の６第１項及び措置令３９条の１６に基づき「適用対象留保金額」を算定すると、別表１のとおり３億１６０６万２２８３円となるから、原告パナマ法人が措置法６６条の６第１項が定める「適用対象留保金額」を有していたことは明らかである。
そうすると、原告の本件事業年度の所得の計算に当たっては、措置法６６条の６
を適用して、上記適用対象留保金額をその収益の額に計上すべきであるから、本件更正処分は適法である。
イ 原告は、原告パナマ法人が「単なる名義人」（法人税法１１条）にすぎず、原告パナマ法人との間で損失等が原告に帰属する旨合意したことを理由として、原告パナマ法人の損失等が原告に帰属する旨主張する。
しかしながら、原告パナマ法人のようにいわゆる便宜置籍船を保有して海運業を
営むために設立され、当該国の船籍を取得した外国関係会社については、船籍取得が法人の実質的存在意義であるところ、法人格が有効に存在しなければ船籍を取得、保有することはできないから、船籍を取得し、保有していたという事実から法人の実体を有すると評価することができる。本件においても、原告パナマ法人は、船舶という高額の資産に係る契約行為を自ら行ったり、船員を雇用して船員費の支出をしているのであるから、法人としての実体があることは明らかであり、そうである以上、傭船契約等に基づいて発生する傭船料等の収益や、雇用契約等に基づいて生じる給料等の費用は、当該契約の相手方である原告パナマ法人に帰属するのであるから、原告が主張する上記合意があったとしても、そこから原告パナマ法人の損益が原告に帰属することにはならない。
ウ 原告は、措置法６６条の６の適用によって法人税法１１条の適用が排除されると解すべき法的根拠はない旨主張する。
しかしながら、措置法６６条の６は、課税執行面における安定性を確保しつつ、
外国法人を利用することによる租税回避行為を防止して税負担の実質的公平を図
るため、形式的かつ客観的に判断することができる「特定外国子会社等」という概念を設定し、外国法人がこの形式的かつ客観的な要件に該当する限り、実質的な所得の帰属主体に関する具体的な検討を経ることなく、その未処分所得の金額から計算される課税対象留保金額を内国法人の益金の額に算入することとした例外的か
つ創設的な規定である。このような措置法６６条の６の制定経緯等に照らせば、上記のとおり、本件について措置法６６条の６が適用される以上、原告が主張する実質所得者課税の原則（法人税法１１条）が適用される余地はない。また、措置法６６条の６は、特定外国子会社等に生じた欠損について、課税対象留保金額算出の前提となる未処分所得の計算を算出する際に考慮しており、これ以外の方法によって内国法人の所得の計算に算入することを否定する趣旨と解すべきである。したがって、本件については法人税法１１条が適用されるべきであり、措置法６６条の６が適用されないとする原告の主張は失当である。
エ 原告は、原告に措置法６６条の６を適用することが違憲、違法である旨主張する。
しかしながら、タックス・ヘイブン対策税制の趣旨に照らせば、原告が強調する
「租税回避のおそれ」の有無という認定の困難な要件を課すことなく、措置法６６条の６が定める形式的な要件に該当する限り、タックス・ヘイブン対策税制を適用することには合理性があるし、違憲、違法であるとはいえない。また、そもそも、原告と原告パナマ法人とは別個独立の法人であり、損益等を合算すべき根拠はないから、本件更正処分による課税を実質所得者課税の原則により課税した場合と比較して軽重を議論することは失当であるし、原告パナマ法人を子会社として設立し、船舶を所有させるという法形式を原告が選択した以上、そのような法的関係に則って課税を行うことは当然であって、本件更正処分は何ら不合理とはいえない。
オ 原告は、本件更正処分が信義則に違反する旨主張する。
しかしながら、仮に、原告が主張するとおり、課税庁が、実質所得者課税の原則
を前提として合算経理によりなされた申告に対して修正申告の指導や、更正処分等を行わなかったとしても、それは、原告パナマ法人が措置法６６条の６の特定外国子会社等に該当する旨の指摘がなかったというにとどまるのであるから、そのことから直ちに、課税庁が法人税法１１条に基づく原告の合算経理を是認したとか、その旨の公的見解を表明したことにはならないというべきである。したがって、本件について信義則が適用される余地はないから、原告の主張は失当である。
第３ 当裁判所の判断
１ 本件更正処分の適法性について
(1) 上記第２の２のとおり、措置法６６条の６は、内国法人が、タックス・ヘイブンに子会社を設立して経済活動を行い、当該子会社に所得を留保することによって我が国における租税の負担を回避しようとする事例が生ずるようになったことから、課税要件を明確化して課税執行面における安定性を確保しつつ、このような事例に対処して税負担の実質的公平を図ることを目的として、一定の要件を満たす外国会社を特定外国子会社等と規定し、これが適用対象留保金額を有する場合に、その内国法人の有する株式等に対応するものとして算出された一定の金額を内国法人の所得の計算上益金の額に算入することとしたものである。他方において、特定外国子会社等に生じた欠損の金額は、法人税法２２条３項により内国法人の損金の額に算入されないことは明らかであるところ、措置法６６条の６第２項２号は、上記のように特定外国子会社等の留保所得について内国法人の益金の額に算入すべきものとしたこととの均衡を図る必要があること等に配慮して、当該特定外国子会社等に生じた欠損の金額についても、その未処分所得の金額の計算上５年間の繰越控除を認めることとしたものと解される。
そうすると、措置法６６条の６によれば、内国法人に係る特定外国子会社等に欠損が生じた場合であっても、これを翌事業年度以降の当該特定外国子会社等における未処分所得の金額の算定に当たり５年を限度として繰り越して控除することが認められているにとどまるものというべきであって、当該特定外国子会社等の所得について、同条１項の規定により当該特定外国子会社等に係る内国法人に対し上記の益金算入がされる関係にあることをもって、当該内国法人の所得を計算するに当たり、上記の欠損の金額をその損金の額に算入することができると解することはできないというべきである（最高裁平成１９年９月２８日判決（乙８）参照）。
(2) これを本件についてみると、原告パナマ法人については、いずれも資本金の払込みがされていないが、原告は原告パナマ法人を直接支配することができる地位にある【判示(1)】
【判示(2)】
【判示(3)】
上、原告パナマ法人が本店を置くパナマは、パナマ登録会社の国際海運業務に係る所得を免税としているから（いずれも当事者間に争いがない。）、原告パナマ法人は、措置法６６条の６第１項が定める「特定外国子会社等」に該当する。また、原告パナマ法人の主たる事業は海運業（水運業）であるが、原告パナマ法人は、本店所在地国であるパナマにおいて主たる事業を行うのに必要と認められる事務所、店舗、工場その他の固定施設を有しておらず（上記第２の１(3)）、その事業の管理、支配及び運営を自ら行っているとも認められないから、本件に適用除外規定（上記第２の２(2)イ）の適用はなく、原告パナマ法人については措置法６６条の６の適用があるというべきである。
そして、上記のとおり、原告パナマ法人は、パナマ船籍の船舶を所有し、自ら又は原告から資金を調達した上で自ら船舶の発注者として造船契約を締結していたほか、自ら定期傭船契約を締結し、これらの船舶の傭船に係る収益を上げていたこと等の事実が認められ（上記第２の１(4)）、これによれば、原告パナマ法人が有する法人格がおよそ形式的なものにすぎないと評価することができないことは明らかであるから、本件においては原告に原告パナマ法人の損益等が帰属すると認めるべき事情がなく、本件事業年度においては、原告パナマ法人自身に損益が帰属し、欠損が生じたものというべきである。したがって、原告の所得の金額を算定するに当たり、原告パナマ法人の欠損の金額を損金の額に算入することはできない。
(3) 以上を前提に、原告パナマ法人に対し措置法６６条の６を適用し、その平成１２年５月１日から平成１３年４月３０日までの期間の収入及び費用の明細を基に、措置法６６条の６第１項及び措置令３９条の１６に基づき適用対象留保金額を算定すると、３億１６０６万２２８３円となるから、原告パナマ法人が措置法６６条の６第１項が定める適用対象留保金額を有していたことは明らかであり、原告の本件事業年度の所得の計算に当たっては、措置法６６条の６を適用して、上記適用対象留保金額をその収益の額に計上すべきである。他方、原告パナマ法人に生じた欠損の金額は、あくまで原告パナマ法人に生じたものであり、原告に合算経理されるべきものとは認められないから、本件更正処分は適法というべきである。
２ 原告の主張に対する判断
(1) 原告は、原告パナマ法人は単なる名義人にすぎず、また、原告と原告パナマ法人との間にはその損益等を原告に帰属させる旨の合意があったから、原告パナマ法人に生じた欠損は原告の損金に算入されるべきである旨主張する。
しかしながら、たしかに、証拠（甲４）及び弁論の全趣旨によれば、原告と原告パナマ法人との間で作成された覚書には、原告パナマ法人を登録名義人とする船舶の所有権及び当該各船舶に係る損益が原告に帰属する旨の記載があることが認められるものの、原告パナマ法人が独立した法人格を有するものであって、単なる原告の名義人にすぎないと評価することはできないことは上記第３の１(2)で説示したとおりであり、原告が問題とする原告パナマ法人の欠損も、このような原告パナマ法人の活動に伴い生じたものと認められるのであるから、上記の合意があったとしても、原告パナマ法人に生じた欠損が原告に帰属すると評価することはできないことは明らかであって、原告の上記主張は理由がない。
【判示(4)】
【判示(5)】
(2) 原告は、原告パナマ法人に措置法６６条の６が適用されたとしても、法人税法１１条の適用が排除されると解すべき法的根拠はない旨主張する。
しかしながら、原告パナマ法人が措置法６６条の６第１項の定める「特定外国法人等」に該当し、かつ、同条第３項の定める適用除外規定に該当しないのであり、しかも、上記第３の１(2)記載のとおり、本件において、原告パナマ法人の法人格がおよそ形式的なものにすぎないと評価することはできないのであるから、法人税法１１条を適用して、原告パナマ法人に生じた欠損の金額を原告の損金の額に算入すべきであるということにはならないのであって、原告の上記主張は理由がない。
(3) 原告は、本件について措置法６６条の６を適用することは、原告が何ら租税回避行為を行っていないにもかかわらず、法人税法１１条の実質所得者課税の原則を適用した場合よりも重い負担を納税者である原告に課すものであり、しかも本来所得が生じていない部分に課税をすることを是認する結果となるのであるから、違憲、違法である旨主張する。
しかしながら、措置法６６条の６は、タックス・ヘイブンを利用した租税回避行為に対し、法人税法１１条が定める実質所有者課税の原則の適用では課税執行面における安定性に問題があったことから、課税要件を明確にして課税執行の安定を図るとともに、このような事例に対処して税負担の実質的公平を図ることを目的として導入された規定であって、このような経緯及び規制内容に照らせば、原告パナマ法人が同条の定める「特定外国子会社等」に該当する以上、原告が原告パナマ法人を利用して租税回避行為を行う意図があったか否かという点や、原告がした確定申告が現に租税回避の効果を有していたか否か等について具体的に問うことなく同条を適用することには、合理的な理由があるというべきである。
また、そもそも、本件においては、前記のとおり、原告と原告パナマ法人とは別個独立の法人であり、原告パナマ法人に生じた欠損金を原告の損金に算入すべき事情は認めがたいのであるから、これが原告の損金に算入されることを前提として、本件更正処分による課税が、法人税法１１条の実質所得者課税の原則により課税した場合と比較して重きに失するとか、違憲、違法であるという主張をすることは失当である。そして、原告が、あえてパナマ法人を子会社として設立して船舶を所有させるという法形式を選択した以上、そのような法的関係に則って課税を行うことは当然のことであって、措置法６６条の６に従って本件更正処分をしたことが違憲、違法であるということはできないことは明らかである。
したがって、原告の上記主張は理由がない。
(4) 原告は、課税庁が従前は法人税法１１条に基づく確定申告を許容していたにもかかわらず、本件更正処分はこれに基づく原告の信頼を覆すものであって、信義則に反し、違法である旨主張する。
しかしながら、原告パナマ法人に生じた欠損金が原告に帰属するものとは認められないことは上記説示のとおりであるから、本件更正処分は措置法６６条の６等の法の規定を正当に適用した結果にほかならないというべきであって、それにもかかわらず、本件更正処分が信義則に反する違法な処分として取り消すべき場合があるとしても、それは、租税法規の適用における納税者間の平等、公平という要請を犠牲にしてもな【判示(6)】
【判示(7)】
【判示(8)】
お本件更正処分に基づく課税を免れさせて原告の信頼を保護しなければ正義に反すると評価することができるような特別の事情が存する場合に限られるというべきである（最高裁昭和６２年１０月３０日判決・裁判集民事１５２号９３頁参照）。
この観点から検討すると、たしかに、原告については、本件先行事業年度の法人税について松山税務署長から更正処分等を受ける（上記第２の１(9)）までの間は、法人税法１１条に基づき原告パナマ法人の損益等を合算した確定申告について、課税庁から修正申告を求められたり、更正処分を受けたりしたことはなかったことがうかがわれるが、そのこと自体は、単に、課税庁が、原告に対し措置法６６条の６を適用しなかったというにとどまるのであって、課税庁が原告に対し原告パナマ法人の収益について措置法６６条の６の適用がない旨の公的見解を表明したり、その立場を積極的に是認したりしたことはうかがえないのであって、仮に原告が、自らに措置法６６条の６の適用がないと考えたとしても、そのような信頼をもって、納税者間の平等、公平という要請を犠牲にしてもなお課税を免れさせなければ正義に反するという特別の事情に当たると解することは困難というほかなく、その他、上記事情を認めるに足りる証拠はない。
そうすると、本件更正処分が信義則に反する違法な処分であるということはできないから、原告の上記主張は理由がない。
３ 小括
以上によれば、措置法６６条の６を適用した上、原告パナマ法人に生じた損益等の合算経理を否定した日本橋税務署長の判断に違法はなく、本件更正処分は適法である。
そして、本件全証拠を総合しても、本件更正処分により新たに納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうち、本件更正処分前における税額の計算の基礎とされなかったことについて、原告に国税通則法６５条４項にいう正当な理由があることは認められないから、本件賦課決定処分も適法である。
第４ 結論
よって、原告の請求は理由がないから、これをいずれも棄却することとし、訴訟費用の負担について行政事件訴訟法７条、民事訴訟法６１条を適用して、主文のとおり判決する。東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官定塚誠
裁判官中山雅之
裁判官進藤壮一郎
（別紙１）
No. パナマ法人名
登録船舶名
ＤＫ
ＥＬ
ＦＭ
ＧＮ
ＨＯ
ＩＰ
ＪＱ
Ｂ
（別紙２）
本件更正処分等の根拠及び適法性に関する被告の主張
１ 本件更正処分の根拠
(1) 所得金額
２億２４８２万１６４６円
上記金額は、次のアの金額にイの金額を加算し、ウの金額を控除した金額である。
ア 申告所得金額
△３８１３万１８４５円
上記金額は、原告が平成１７年７月１日に松山税務署長に提出した本件事業年度の法人税の確定申告書に記載した所得金額である。
イ 特定外国子会社等の課税対象留保金額の加算漏れ額
３億１６０６万２２８３円
上記金額は、措置法６６条の６第１項が規定する特定外国子会社等である原告パナマ法人の平成１３年４月期における課税対象留保金額に相当する金額であり、同項の規定により、原告の本件事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入される金額である。
ウ 所得金額から減算すべき金額
５３１０万８７９２円
上記金額は、次の(ア)及び(イ)の金額を合計した金額である。
(ア) 益金の過大計上額
３３３５万８０９２円
上記金額は、原告の所得金額に含められないにもかかわらず、所得金額に含められていた原告パナマ法人の平成１３年５月１日から平成１４年４月３０日までに生じた損益の総合計たる利益であり、益金の過大計上額である。
(イ) 事業税の損金算入額
１９７５万０７００円
上記金額は、平成１３年４月期の更正処分に伴い、新たに生じた未納事業税相当額の損金算入額である。
エ 翌期へ繰り越す欠損金について
原告は、本件事業年度の法人税に係る確定申告書において、「翌期へ繰り越す欠損金」を９３６２万０４２０円と記載しているところ、松山税務署長がした更正処分（第２の１(9)）に伴い、翌期へ繰り越す欠損金が９３６２万０４２０円減少していることから、本件事業年度における「翌期へ繰り越す欠損金」は０円である。
(2) 所得金額に対する法人税額
６６８０万６３００円
上記金額は、上記(1)の所得金額（国税通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの）に、法人税法６６条（平成１８年法律第１０号による改正前のもので、経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律１６条１項（平成１４年法律第７９号による改正前のもの）によって読み替えられた後のもの。以下同じ）に規定する税率を乗じて計算した金額である。
(3) 法人税額から控除される所得金額
６０万９０５４円
上記金額は、法人税法６８条（平成１５年法律第８号による改正前のもの）に規定する法人税額から控除される所得金額で、原告が本件事業年度の法人税に係る確定申告書に記載した金額と同額である。
(4) 納付すべき法人税額
６６１９万７２００円
上記金額は、前記(2)の金額から前記(3)の金額を差し引いた金額（国税通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。以下同じ）である。
(5) 還付所得税額
６０万９０５４円
上記金額は、原告が本件事業年度の法人税に係る確定申告書に記載した還付所得税額である。
(6) 差引納付すべき法人税額
６６８０万６２００円
上記金額は、上記(4)及び同(5)の金額を合計した金額で、本件更正処分により原告が新たに納付することとなった法人税額である。
２ 本件更正処分の適法性
上記１のとおり、被告が本訴において主張する原告の本件事業年度の所得金額、納付すべき法人税額及び差引納付すべき法人税額は、それぞれ２億２４８２万１６４６円、６６１９万７２００円及び６６８０万６２００円であり、いずれも本件更正処分と同額であるから、本件更正処分は適法である。
３ 本件賦課決定処分の根拠及び適法性
(1) 上記２のとおり、本件更正処分は適法であるところ、本件更正処分により新たに納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうち、本件更正処分前における税額の計算の基礎とされなかったことについて、国税通則法６５条４項にいう正当な理由があるとは認められない。
したがって、本件更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額を基礎として、次のとおり計算して行った本件賦課決定処分は適法である。
(2) 過少申告加算税
９９９万５０００円
上記金額は、本件更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額６６８０万円（ただし、国税通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの）を基礎として、これに同法６５条１項の規定に基づき１００分の１０の割合を乗じて算出した金額６６８万円と、同条２項の規定に基づき上記６６８０万円のうち５０万円を超える部分に相当する税額６６３０万円に１００分の５の割合を乗じて算出した金額３３１万５０００円との合計額である。
上記の合計額は、本件事業年度の本件賦課決定処分と同額であるから、本件賦課決定処分は適法である。
以上
別表１Ｄ社等の平成１２年５月１日から平成１３年４月３０日までの期間の収入及び費用の明細並びに平成１４年４月期の課税対象留保金額（単位：円）
勘定科目
Ｄ社
Ｅ社
Ｆ社
Ｇ社
Ｈ社
Ｉ社
Ｊ社
Ｂ社
合計
運賃収人①
174,200,350
403,480,000
167,991,107
489,142,500
481,965,000
464,145,000
2,180,923,957
円換算益②
26,251
267,150
102,820
396,320
収入
計（①＋②）③
174,200,449
403,480,000
167,991,107
489,168,751
482,232,150
464,247,820
2,181,320,277
福利厚生費④
15,819
8,085
23,904
旅費交通費⑤
23,097
290,136
11,240
218,360
542,833
交際接待費⑥
65,415
65,415
通信費⑦
1,012,721
1,827,708
1,573,096
1,560,554
2,188,312
1,808,010
9,970,401
減価償却費⑧
105,367,914
429,232,888
65,007,229
386,519,527
24,029,301
207,776,875
1,217,933,734
保険料⑨
12,378,605
22,288,422
12,719,238
24,064,999
22,550,803
22,497,401
116,499,468
修繕費⑩
2,709,300
2,036,971
16,139,254
2,518,878
2,277,419
22,362,757
48,044,579
燃料費⑪
43,058
43,058
租税公課⑫
395,358
569,569
487,088
599,440
569,569
586,126
3,207,150
運搬料⑬
67,090
74,219
302,859
505,171
209,481
61,454
1,220,274
支払手数料⑭
64,000
744,405
79,000
105,586
187,919
283,396
1,464,306
船舶管理委託費⑮
2,400,000
9,800,00
600,000
9,600,00
9,600,000
9,600,000
41,600,000
運搬雑費⑯
1,664,458
4,279,705
5,007,050
2,863,485
3,680,148
7,371,671
24,866,517
船員管理費⑰
44,128,039
66,961,750
47,682,454
79,526,845
73,956,040
72,571,309
384,826,437
船具消耗品費⑱
6,466,477
9,216,035
13,555,284
16,904,396
20,082,097
39,246,918
105,471,207
船具消耗品費（潤滑油）
⑲
3,390,100
7,525,976
4,015,000
7,872,153
6,232,209
7,840,989
36,876,427
雑費⑳
9,995
9,995
支払利息あ
18,464,939
72,703,913
10,966,425
41,088,625
31,104,394
41,505,404
215,833,700
費用
小計（④～あの計）
ぃ
198,532,098
627,261,561
178,558,400
573,729,659
196,678,932
433,738,755
2,208,499,405
差引金額（③－ぃ）
い
△24,331,649
△223,781,561
△10,567,293
△84,560,908
285,553,218
30,509,065
△27,179,128
交際費等の損金不算入額
ぅ
13,083
－
減価償却費の損金算入額
う
13,350,468
－
未処分所得の金額
（い－ぅ－う）ぇ
△37,682,117
△223,781,561
△10,554,210
△84,560,908
285,553,218
30,509,065
－
適用対象留保金額
え
285,553,218
30,509,065
－留保金額
課税対象留保金額
ぉ
285,553,218
30,509,065
316,062,283
（注）１表中の△印は、マイナス符号である。
２ Ｂ社は平成１３年１１月に設立された法人であるため、収益及び費用は発生していない。また、課税対象留保金額の対象とならない。別表２Ｄ社等の平成１３年５月１日から平成１４年４月３０日までの期間の収入及び費用の明細（単位：円）
勘定科目
Ｄ社
Ｅ社
Ｆ社
Ｇ社
Ｈ社
Ｉ社
Ｊ社
Ｂ社
合計
運賃収人①
181,345,887
447,960,000
183,372,000
543,417,071
545,200,202
532,916,854
0 2,434,212,014
円換算益②
16,214
6,954,991
10,811,326
17,783,335
収入
計（①＋②）③
181,346,481
447,976,214
183,372,134
550,372,062
556,011,528
532,916,854
0 2,451,995,349
旅費交通費④
6,490
1,242,262
1,248,752
通信費⑤
431,038
598,007
385,546
461,657
1,876,248
減価償却費⑥
88,298,312
279,567,863
55,037,173
16,308,333
323,903,364
316,868,204
174,117,021
0 1,254,100,270
保険料⑦
13,248,066
30,608,536
13,536,154
2,561,400
26,894,575
25,092,279
24,631,110
136,572,120
修繕費⑧
2,073,000
647,258
949,000
19,223,392
37,418,774
1,269,820
61,581,244
燃料費⑨
599,683
2,156,043
254,804
3,010,530
租税公課⑩
421,465
621,348
419,547
641,918
624,056
621,747
3,350,081
運搬費⑪
134,936
292,325
183,221
324,536
935,018
支払手数料⑫
32,000
24,129,728
32,000
26,676,737
20,491,422
16,166,978
1,550
87,530,415
船舶管理委託費⑬
2,400,000
10,600,000
2,100,000
10,600,000
10,600,000
10,600,000
46,900,000
運搬雑費⑭
2,239,081
14,250,000
3,697,530
2,986,751
1,841,916
540,000
25,555,278
船員管理費⑮
47,267,926
80,556,518
47,878,771
5,083,098
80,777,941
80,746,448
79,922,963
422,233,665
船具消耗品費⑯
11,838,399
23,343,758
5,343,610
2,199,920
36,311,632
37,472,254
27,263,164
143,772,737
業務管理費⑰
5,802,238
3,088,011
8,890,249
雑費⑱
12,750,000
12,750,000
支払利息⑲
16,112,306
66,319,686
8,626,446
35,178,230
24,308,008
36,646,857
187,191,533
円換算差損⑳
2,327,015
4,708,638
2,327,015
1,430,355
6,394,433
104,023
3,847,638
21,139,117
費用
小計（④～⑳の計）
あ
189,820,727
523,914,878
139,337,727
54,583,106
571,789,767
560,679,291
377,970,211
541,550 2,418,637,257
差引金額（③－あ）
ぃ
△8,474,246
△75,938,664
44,034,407
△54,583,030
△21,417,705
△4,667,763
154,946,643
△541,550
33,358,092
（注）表中の△印は、マイナス符号である。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2008/pdf/10876.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。