税務訴訟資料第２５８号－４３（順号１０９０１）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分取消等請求事件
国側当事者・国（天草税務署長）
平成２０年２月２２日棄却・確定
判示事項
(1) 寄附金の損金不算入制度の趣旨
(2) 資産の低額譲渡が行なわれた場合の寄附金該当性
(3) 法人税法３７条に規定する「寄附金」の意義
(4) 原告法人が医療法人Ａに現物出資をした時には、既にその後にＡが特定医療法人化のために定款変更を行うことを認識していたのであり、かつ、定款変更をした場合にはそれに伴い原告法人が残余財産分配請求権を喪失することは、原告法人自身の特定医療法人化のための定款変更に伴う出資者の持分放棄を経験していたことから十分に理解していたものと認めることができるところ、それにもかかわらず、それを前提として現物出資を行い、当時有していた資産価値を、Ａの定款変更に伴い何らの対価も得ずに放棄して雑損に振り替え、その後も、何の見返りもないにもかかわらず、出資未払金を支払い続けているのであるから、原告法人は、Ａに対し、現物出資に係る支出を無償で供与したものであり、その行為について、通常の経済的取引として是認することができる合理的理由が存在しないものと認めることができるから寄附金に該当するとされた事例
(5) 原告法人はＡの社員ではないから、現物出資の時点において、将来Ａの社員総会において特定医療法人化のための定款変更がされるか否かが不確実であり、また、財務大臣の承認が得られるか否かも不確実であるから、残余財産分配請求権を喪失することを予め了知した上で現物出資を行ったということはできないとの原告法人の主張が、原告法人は、公認会計士に対し業務委託契約どおり平成１４年３月末までにＡの特定医療法人化の業務を遂行することを依頼し、それが実現可能性のあるものであるとの認識の下に現物出資を行い、また、Ａにおいて、残余財産分配請求権を喪失させる結果をもたらす定款変更がされたときにもこれに特段の異議を述べることなく、何ら法的措置を講ずることもないまま、その後も、引き続き出資未払金の支払を継続していることを認めることができ、そうすると、以上の事実関係に照らせば、残余財産分配請求権の喪失が不確実な事柄であったなどという原告法人の主張は失当であるというほかなく、しかも、仮に、原告法人が現物出資をした時点で残余財産分配請求権の喪失が予定されていなかったとしても、残余財産分配請求権を喪失した時点において、原告法人が何らの対価も得ずにこれを放棄し、また、何の見返りもないまま出資未払金の支払を継続するということは、遅くともその時点において、原告法人からＡに対する寄附金に該当するというべきであるとして排斥された事例
(6) Ａの定款変更により原告法人が残余財産分配請求権を喪失したとしても、大蔵省主税局課長、国税庁直税部審理課長及び厚生省医務局総務課長が交換した覚書である昭和３９年１２月２８日付け「租税特別措置法第６７条の２の適用を受けるための社団たる医療法人の組織変更について」の適用又は類推適用により、法人税の課税関係が生じないと解すべきであり、Ａへの出資金相当額の損金算入が認められるべきであるとの原告法人の主張が、法令ではない覚書の適用又は類推適用により寄附金該当性が否定される理由はないし、当該覚書はそもそも本件のような場合を想定しておらず、当該覚書のような例外的な措置が、当該覚書が想定していない本件のような場合にまで適用又は類推適用される余地はないとして排斥された事例
(7) 過少申告加算税の趣旨及び国税通則法６５条４項（過少申告加算税）に規定する「正当な理由」の意義
判決要旨
(1) 法人税法３７条は、法人が支出する寄附金が、対価を伴わず法人の資産を減少させるものであるものの、法人が支出した寄附金の全額を無条件で損金に算入するとすれば、法人税の減収を招き、国の財政収入の確保を阻害するばかりでなく、寄附金の出捐による法人の負担が、法人税の減収を通じて国に転嫁され、課税の公平上適当ではないことから、これを利益処分の一形態として損金処理することができないようにし、上記不都合を是正しようとしたものである。他方において、法人が支出する寄附金には、それが法人の収益を生み出すのに必要な費用としての側面を有するものもあり、そのどれだけが費用としての性質を持ち、どれだけが利益としての性質をもつのかを客観的に判定することは困難であることから、法人税法は、行政的便宜及び公平の維持の観点から、統一的な損金算入限度額を設け、寄附金のうちその限度額の範囲内の金額は費用として損金算入を認め、それを超える部分の金額は損金に算入しないこととしたものである。
(2) 法人税法３７条８項の規定によれば、例えば、資産の譲渡が行われ、それが私法上は売買契約であったとしても、その売買代金と売買当時の当該資産の時価との間に較差があり、その較差が通常の取引を前提にすれば合理的理由がないと認められるときは、法人税法上、その売買代金額と資産の時価との差額を寄附金と認定できるものと解される。
(3) 寄附金の損金不算入制度の趣旨及び法人税法３７条の規定の内容からすれば、同条の「寄附金」は、民法上の贈与に限らず、経済的にみて贈与と同視し得る資産の譲渡又は利益の供与であれば足りるというべきである。そして、ここにいう「経済的にみて贈与と同視し得る資産の譲渡又は利益の供与」とは、資産又は経済的利益を対価なく他に移転する場合であって、その行為について通常の経済取引として是認することができる合理的理由が存在しないものを指すと解するのが相当である。
(4)～(6) 省略
(7) 過少申告加算税は、当初から適法に申告し納税した納税者との間の客観的不公平の実質的な是正を図るとともに、過少申告による納税義務違反の発生を防止し、適正な申告納税の実現を図り、もって納税の実を挙げようとする行政上の措置であり、主観的な責任の追及という意味での制裁的な要素は重加算税に比して少ないものである。そして、この過少申告加算税の趣旨に照らせば、国税通則法６５条４項にいう「正当な理由があると認められる」場合とは、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、上記のような過少申告加算税の趣旨に照らしても、なお、納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうものと解するのが相当である（最高裁平成●●年（○○）第●●号同１８年４月２０日第一小法廷判決・判例時報１９３９号１２頁、同平成●●年（○○）第●●・第●●号同１８年４月２５日第三小法廷判決・判例時報同号１７頁参照）。判決
原告医療法人Ａ病院
代表者理事長甲
訴訟代理人弁護士堀克巳
補佐人税理士岡澤照彦
被告国
代表者法務大臣鳩山邦夫
処分行政庁天草税務署長
仲次利光
指定代理人乙部竜夫
富山吉徳
沼田渉
大日方正枝
岩崎光憲
渡邊明
上野稔
辻原耕二
寺本史郎
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 天草税務署長が原告に対して平成１７年３月２８日付けでした、原告の平成１３年４月１日から同１４年３月３１日までの事業年度についての法人税の更正処分のうち、所得金額マイナス１２億８６２８万７３５６円を超える部分及び納付すべき税額マイナス１６万１１１３円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定処分をいずれも取り消す。
２ 天草税務署長が原告に対して平成１７年３月２８日付けでした、原告の平成１４年４月１日から同１５年３月３１日までの事業年度についての法人税の更正処分のうち、所得金額０円を超える部分及び納付すべき税額マイナス２万４０７６円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定処分をいずれも取り消す。
３ 天草税務署長が原告に対して平成１７年３月２８日付けでした、原告の平成１５年４月１日から同１６年３月３１日までの事業年度についての法人税の更正処分のうち、所得金額０円を超える部分及び納付すべき税額マイナス２万８５７７円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定処分をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要
医療法人である原告は、平成１３年に設立登記された医療法人Ｂ（以下「Ｂ」という。）に対し、同年中に資産及び負債の現物出資（以下「本件現物出資」という。）をし、これに伴い、Ｂに対し本件現物出資に係る残余財産分配請求権（以下「本件残余財産分配請求権」という。）を取得したとして、当該資産の合計額と当該負債の合計額との差額を出資金（以下「本件出資金」という。）として資産に計上していたものであるが、Ｂが同１４年に、平成１５年法律第８号による改正前の租税特別措置法（以下「措置法」という。）６７条の２第１項に規定する特定の医療法人（以下「特定医療法人」という。）となるために、出資持分の定めのない医療法人とする旨の定款変更を行ったため、原告は本件残余財産分配請求権を喪失したしとして、原告の平成１３年４月１日から同１４年３月３１日までの事業年度（以下「平成１４年３月期」といい、他の事業年度についても同様の表現方法を用いることとする。）において本件出資金全額を特別損失として損金の額に算入するなどして欠損金額を１６億４９７６万１４３８円と算出して確定申告（以下「平成１４年３月期確定申告」といい、他の事業年度の確定申告についても同様の表現方法を用いることとする。）をした。また、原告は、平成１５年３月期確定申告においては、当該欠損金の当期控除額４億６８４９万２５１４円を計上するなどして所得金額を０円と算出して申告をし、平成１６年３月期確定申告においては、当該欠損金の当期控除額４億８０４６万５５６２円を計上するなどして所得金額を０円と算出して申告をした（以下、平成１４年３月期確定申告から平成１６年３月期確定申告までを併せて「本件各確定申告」という。）。
これに対し、天草税務署長は、本件現物出資は当初からＢが特定医療法人となることを予定して行われたものであり、あらかじめ本件残余財産分配請求権の喪失が予定されていたものであるから、外形上出資金とされているものの、その実質は、資産又は経済的利益を対価なく他に移転させるものであり、その行為について通常の経済取引として是認することができる合理的理由が存在しないものであるから、法人税法３７条７項に規定する寄附金に該当するというべきであるとして、当該特別損失の損金算入を否認するとともに、平成１４年３月期から平成１６年３月期まで（以下、併せて「本件各事業年度」という。）において、実際に本件現物出資に係る支出がされるごとにその金額を各期の寄附金に計上した上で、本件各事業年度の各更正処分（以下、併せて「本件各更正処分」といい、各期の更正処分をそれぞれ「平成１４年３月期更正処分」などという。）及び各過少申告加算税の賦課決定処分（以下、併せて「本件各賦課決定処分」といい、本件各更正処分と併せて「本件各更正処分等」というとともに、各期の過少申告加算税の賦課決定処分をそれぞれ「平成１４年３月期賦課決定処分」などという。）をした。
本件は、原告が、被告に対し、本件現物出資の時点では、本件出資金は本件残余財産分配請求権のあるものであったが、Ｂが定款変更をすることにより本件残余財産分配請求権を喪失するか否かは不確実な状況であったものであるから、本件出資金相当額は特別損失に該当し、損金算入することができるものであり、Ｂに対する寄附金には当たらないと主張して、本件各更正処分のうちの特別損失の損金算入の否認に係る部分及びこれを前提とする部分並びに本件各賦課決定処分の各取消しを求める事案である。
なお、原告はＢの社員ではなく、社員たる資格に基づく給付としての出資を行ったものではないが、本件においては、以後も、便宜上、本件現物出資に係る支出を「出資」といい、原告を「出資者」ということとする。
１ 前提事実
本件の前提となる事実は、以下のとおりである。括弧内に証拠を掲記した事実を除き、いずれの事実も当事者間に争いがない。
(1) 原告及び関係人等について
ア 原告は、昭和３０年７月２９日、医療法３９条に規定する社団たる医療法人として設立された。原告の資産の総額は１００万円であり、理事長甲（以下「甲」という。）及びその兄である理事乙（以下「乙」という。）がそれぞれ５０万円ずつ原告に出資していた。原告は、Ｂが設立されてＣ病院の経営を引き継ぐまで、Ａ病院及びＣ病院（以下、併せて「両病院」ということがある。）を開設し、経営していた。
原告は、その後、後記(2)のとおり、法人税の軽減措置を受けることのできる特定医療法人に移行するに当たり、定款を変更して出資持分の定めのない医療法人となった。
（設立日、資本総額及びその負担割合並びに身分関係につき、甲１２、乙１、２）
イ Ｂは、平成１３年１０月１日、社団たる医療法人として設立され、同月２日に設立登記を了した。
原告は、Ｂの出資者であるが、社員ではなく、Ｂの社員総会において議決権を有するものでなかった。
(2) 原告の特定医療法人への移行の経緯について
ア 原告は、平成１２年６月１５日、甲、乙、乙の妻である丙（以下「丙」という。）、甲の次女の配偶者である丁（以下「丁」という。）ほか１名の社員全員が出席の上、臨時社員総会を開催した。
上記臨時社員総会の議事録（乙３）には、「議案特定医療法人への移行の件」として、議長である甲が、今後もＡ病院及びＣ病院を存続させるため、原告の特定医療法人への移行が必要である旨報告したところ、全社員の全員一致により可決された旨の記載がある。
（乙２、３）
イ 原告は、平成１２年１０月１８日付けで、公認会計士戊事務所（現在の戊税理士法人である。以下「戊事務所」といい、戊公認会計士を「戊公認会計士」という。）との間で、業務委託契約（以下「本件業務委託契約」という。）を締結し、業務委託契約書（以下「本件業務委託契約書」という。）を取り交わした。（戊事務所の現在名につき、甲７）
本件業務委託契約書には、委嘱者として、原告の理事長としての甲の記名押印と共に理事乙の記名押印があるほか、契約内容として要旨次の記載がある。（乙４）
(ア) 委嘱事項
① Ａ病院とＣ病院の組織変更に関する業務
② 新医療法人の設立に関する業務
③ 新医療法人の特定医療法人申請に関する業務
(イ) 契約の期間
平成１２年１０月１８日から同１４年３月３１日まで
(ウ) 業務の概略の日程（状況によって変更があることに同意した）
① 全体スキームの企画、相談、立案と鑑定評価
契約日より、平成１３年３月末日
② 新医療法人の設立に関する業務
平成１３年９月末日
③ 新医療法人の特定医療法人承認
平成１４年３月末日
ウ 原告は、平成１３年１月２６日、甲、乙、丙及び丁ほか１名の社員全員が出席の上、臨時社員総会を開催した。
上記臨時社員総会の議事録（乙５の１）には、「議案特定医療法人申請に伴う定款変更についての承認の件」として、甲が、原告について特定医療法人の承認を受けるためには新定款案（乙５の２）のように定款を変更する必要がある旨及び新定款案のとおり定款を変更したい旨報告したところ、全社員の全員一致により可決された旨の記載がある。
新定款案（乙５の２）においては、旧定款（乙５の３）の「社員資格を喪失した者は、その出資額に応じて払い戻しを請求することができる。」（９条）との規定が、「社員は、本社団の資産の分与を請求することができない。２前項の規定は、社員がその資格を失った後も同様とする。」（１０条）との規定に、また、旧定款の「本社団が解散した場合の残余財産は、払込済出資額に応じて分配するものとする。」（３３条）との規定が、「本社団が解散したときの残余財産は、国若しくは地方公共団体又は他の特定医療法人に帰属せしめるものとする。」（４２条）との規定にそれぞれ変更された。
（乙５の１から３まで）
エ 原告は、平成１３年３月１日付けで、財務大臣に対し、「租税特別措置法第６７条の２の規定による承認申請書」（以下「特定承認申請書」という。）を天草税務署長を経由して提出し、同月３０日付けで、財務大臣から、上記申請を承認する旨の通知を受けて、特定医療法人となった。（乙６、７）
(3) Ｂの設立の経緯について
ア 平成１３年４月１日、Ｂの設立総会が開催された。「Ｂ」の名称は、乙の名前から付けられたものであった。
上記設立総会の議事録（乙９）には、①同総会に設立者として、丙、Ｄ（以下「Ｄ」という。）、Ｅ（以下「Ｅ」という。）、Ｆ（以下「Ｆ」という。）、Ｇ、Ｈ（以下、丙からＨまでを併せて「丙ら６名」という。）及び原告の理事長甲が出席したこと、②設立者全員の互選により丙が議長に選ばれたこと、③第２号議案として、社員を丙ら６名とすること、④第４号議案として、ⓐＢの設立に当たり、設立者のうち原告から、原告の土地、建物及び現預金等の資産合計額１８億４６０５万３２５４円を出資したい旨の申込みがあったこと、ⓑ原告の理事長甲が、上記建物を出資するに際し、同建物の増改築資金の借入金残額１億８３７５万円をＢに引き継ぎたいと述べたこと、ⓒ上記出資及び債務引継ぎの件について全員に諮ったところ、一同これを確認し、設立時の負債総額を１億８３７５万円とすることを承認したこと、ⓓこの結果Ｂの設立時の資産総額が差し引き１６億６２３０万３２５４円となることについて承認・可決されたこと、⑤第６号議案として、理事をＤ、Ｉ、Ｅ（Ｃ病院管理者）、Ｆ、Ｇ及びＨとし、監事をＪ及びＫとし、さらに理事の中から互選によってＤを理事長としてそれぞれ選任し、いずれもその就任の承諾を得たこと、⑥第８号議案として、設立者全員の互選により丙が設立に関する一切の権限を委任される設立代表者に選任され、その就任の承諾を得たことなどの記載がある。（乙８、９）
イ 原告は、平成１３年４月２日付けで、Ｂに対し、差引出資額を１６億６２３０万３２５４円とする出資申込書を交付した。（乙１０。なお、日付欄の「平成１２年」は、「平成１３年」の誤記であると認める。同号証の右上の手書きによる修正部分参照。）
ウ Ｂは、平成１３年４月１７日付けで、熊本県知事に対し、設立代表者である丙の記名押印がある医療法４４条１項に基づく「医療法人設立認可申請書」を提出した。（乙１１）
エ 原告は、平成１３年５月２６日、甲、乙、丙、丁、Ｅ及びＦほか６名の社員理事全員並びにＪら監事２名が出席の上、定期社員理事総会を開催した。
上記定期社員理事総会の議事録（乙１２）には、議長である甲が、第４号議案として、原告の分割及び新設医療法人（Ｂ）の特定医療法人化について同総会に上程したこと、原告の分割及びＢの特定医療法人化については戊公認会計士に依頼し、平成１４年３月末までに実現したいと考えている旨発言したこと、並びに、これに出席者全員が異議なく同意し、同議案が原案どおり議決されたことの記載がある。（乙１２）
オ 原告は、平成１３年９月１３日、社員１２名中丙、丁及びＥほか１名が出席し、その余の社員８名が委任状を提出した上、臨時社員総会を開催した。
(ア) 上記臨時社員総会の議事録（乙１３の１）には、①理事長甲から一任されているとして列席者の戊公認会計士が司会となったこと、②第１号議案として、要旨、戊公認会計士が、ⓐまもなくＢの医療法人設立が認可されることが確実となったこと、ⓑ本件業務委託契約書により、甲及び乙が戊事務所の組織変更の方法及び適正負担金について異議なく同意している旨確認すること、ⓒＢが平成１３年１０月１日付けで原告より分離設立される予定であることを述べたこと、さらにⓓ戊公認会計士が、原告からＢへの適正負担金及びその清算方法については別紙（乙１３の２）のとおりであることなどについて詳細に説明を行い、これに対し、委任状を提出した社員を含む全社員が異議なく賛同したことなどの記載がある。（乙１３の１）
(イ) 上記臨時社員総会の議事録の別紙である平成１３年９月１３日付け戊事務所・戊公認会計士から原告の理事長甲及び理事丙あての文書（以下「適正負担金資料」という。乙１３の２）には、Ａ病院及びＣ病院の分割に伴う純資産額等の差異について「適正負担金」の鑑定を行ったが、同鑑定は、両病院の経済的価値は均等であるべきとの基本認識によっている旨の記載があり（同資料１枚目）、その内容は、要旨次のとおりであった。（乙１３の２）
ａ Ａ病院とＣ病院の純資産の合計額は３２億２９４８万７６３１円とされ（同資料２枚目の「３純資産合計」欄、４枚目の「純資産」の「合計」欄参照）、当該金額は、平成１２年３月期決算書を計算の基礎として、①土地及び建物については戊事務所の簡易鑑定の結果を採用して時価評価し、②役員退職慰労金として前理事長である乙に対して３億１３５０万円（現理事長である甲に対しても同額予定）、理事である丙に対して５３３万円を計上し、③従業員の退職金としてそれぞれ退職給与引当金を計上し、④繰延資産については削除し、⑤Ａ病院勘定とＣ病院勘定を清算して計算したものである（同資料８、９枚目参照）。
ｂ 適正負担金の清算額は１０億８４３３万８３８９円とされ（同資料２枚目の「１２Ｃ病院への決済額合計」欄、同３枚目の清算額合計参照）、当該金額は、前記ａの５０％の金額である１６億１４７４万３８１５円（同資料２枚目の「４純資産の５０％」欄参照）から、Ｃ病院の純資産額６億３０３４万２３０６円及びＣ病院勘定５億１３１３万５７１８円を控除した４億７１２６万５７９１円（同資料２枚目の「７差引１２年３月期純資産差額」欄参照）に、①「１３年３月期純資産増加差額」８０５１万２１０９円（同８欄）、②「５年分の収益差額調整」４億３６９１万１４８９円（同９欄）、③「乙前理事長退職金税効果」９４０５万円（同１０欄）、及び④「丙理事退職金税効果」１５９万９０００円（同１１欄）を加算した金額である。
なお、上記①ないし④の算定方法等はおおむね次のとおりである。
(a) 平成１３年３月期純資産増加差額
８０５１万２１０９円
上記金額は、「Ａ病院」の「１３年３月期純資産」から「１２年３月期純資産」（ただし、「時価評価計上済退職金」を控除した金額）を控除した「差引純資産増加」額２億４４６２万１５９５円と、同様の方法により算出した「Ｃ病院」の「差引純資産増加」額８３５９万７３７７円との差額１億６１０２万４２１８円の５０％相当額であり（同資料７枚目の「平成１３年３月期純資産増加差額調整」と題する表参照）、平成１３年３月期における純資産の増加について、時価評価の際に既に考慮した役員退職引当金及び未払金を除き、別途計算し調整することとされた金額である（同資料９枚目「Ⅲ平成１３年３月期純資産差額の調整」参照）。
(b) ５年分の収益差額調整
４億３６９１万１４８９円
上記金額は、過去５年間の両病院の「税引前利益」から「法人税等」の額（実効税率を３０％として計算）を控除して算出した両病院の「税引後利益額」の差額である「税引後利益差額」の「５年間利益合計」額８億７３８２万２９７８円の５０％相当額であり（同資料６枚目の「５年間利益合計」の「税引後の１／２」欄参照）、両病院の収益力に明確な差異が認められることから、向こう５年間の利益の差額について、前５年間の平均利益から特定医療法人化後の実効税率３０％を差し引いた税引後の利益額により調整することとされた金額である（同９枚目「Ⅳ収益力の差異の調整」の「１収益力の調整額」参照）。
(c) 乙前理事長退職金税効果
９４０５万円
(d) 丙理事退職金税効果
１５９万９０００円
上記(c)及び(d)の各金額は、乙に対する役員退職慰労金３億１３５０万円及び丙に対する役員退職慰労金５３３万円に、それぞれ実効税率３０％を乗じて計算した金額であり、Ｃ病院において税効果を受けるべきであるとして調整することとされた金額である（同資料１１枚目「Ⅵ乙前理事長等の役員退職慰労金の税効果」参照）。
カ Ｂは、平成１３年９月２５日付けで、熊本県知事から、医療法人設立を許可する旨の通知を受け、同年１０月１日、理事長をＤとし、資産の総額を１６億６２３０万３２５４円として、設立された。（乙１４、１５の１から３まで）
(4) 原告における本件現物出資の経理処理について
原告は、平成１３年１１月１日付けで、Ｂに対して出資した資産の合計額２４億３５４１万０５７７円とＢに引き継いだ負債の合計額１億９６５９万４３１８円との差額２２億３８８１万６２５９円を出資金（本件出資金）として経理処理をするとともに（以上が本件現物出資である。）、このうち５億４９６１万８６０１円をＣ病院出資未払金（以下「本件出資未払金」という。）として経理処理をした。（甲１７の１、２、４、乙１６の１から４まで）
(5) 原告における組織変更に伴う定款変更及びＢにおける特定医療法人化の承認を受けるための定款変更について
ア 原告は、平成１３年１１月２日、甲、乙、丙及び丁ほか８名の社員全員が出席の上、臨時社員総会を開催した。
上記臨時社員総会の議事録（乙１７の１）には、「議案特定医療法人Ａ病院組織変更（分割）に伴う、定款変更についての承認の件」として、議長である甲が、原告の組織変更（分割）により新定款案（乙１７の２）のように変更する必要がある旨を報告したこと、出席者全員が新定款案を確認した後、新定款案のとおり定款を変更したい旨を全社員に報告し、社員の同意を得たところ全員一致により可決された旨の記載がある。
なお、上記臨時社員総会において可決された原告の新定款案（乙１７の２）は、平成１３年１月２６日の臨時社員総会において可決された定款案（乙５の２）と内容がほぼ同じであり、後者の定款案にあった記載のうち、本社団が開設する病院名からＣ病院が削除され、病院経営のほかに行う業務として掲げられていた介護保険法による居宅介護支援事業の経営が削除されているものの、社員が本社団の資産の分与を請求できないこと（１０条、変更後は９条である。）及び本社団が解散したときの残余財産については国若しくは地方公共団体又は他の特定医療法人に帰属せしめるものとすること（４２条、変更後は４１条である。）は維持されていた。
また、原告の常務理事であった丁は、後日、本件の審査請求手続において、国税不服審判所に対し、原告が出資持分の定めのない医療法人に定款変更する際、当時の出資者である甲及び乙から出資持分の放棄を受けたが、両名から出資持分放棄についての異議はなかった旨述べた。
（甲１２、乙５の２、１７の１及び２）
イ Ｂは、平成１４年２月１４日、丙ら６名の社員全員が出席の上、臨時社員総会を開催した。
上記臨時社員総会の議事録（乙１８の１）には、「議案特定医療法人申請に伴う定款変更についての承認の件」として、議長である理事長Ｄが、特定医療法人の承認を受けるために別紙定款案（乙１８の３）のように定款を変更する必要がある旨を報告したこと、出席者全員が新定款案を確認した後、新定款案のとおり定款を変更したい旨を全社員に報告し、社員の同意を得たところ全員一致により同議案が可決された旨の記載がある。
なお、Ｂの新定款案（乙１８の３）においては、旧定款（乙１８の２）の「社員資格を喪失した者は、その出資額に応じて払戻しを請求することができる。」（９条）との規定が、「社員は、本社団の資産の分与を請求することができない。２前項の規定は、社員がその資格を失った後も同様とする。」（１０条）との規定に、また、旧定款の「本社団が解散した場合の残余財産は、払込済出資額に応じて分配するものとする。」（３３条）との規定が、「本社団が解散したときの残余財産は、国若しくは地方公共団体又は同種の医療法人に帰属せしめるものとする。」（３９条）との規定にそれぞれ変更された（以下、この定款変更を「本件定款変更」という。）。（乙１８の１から３まで）
(6) Ｂの特定医療法人への移行の経緯について
Ｂは、平成１４年３月６日付けで、財務大臣に対し、特定承認申請書を天草税務署長を経由して提出し、財務大臣から、同月２９日付けで、上記申請を承認する旨の通知を受けて、特定医療法人となった。（乙１９、２０）
(7) 原告のＢに対する出資金の支払等について
ア 原告は、平成１４年３月２９日、Ｂに対し、本件出資未払金のうち７２５３万７９１３円を支払った。
原告は、同月３１日、Ｂに対する本件出資金全額を雑損に振り替えて損金処理をし、また、本件出資未払金のうち４億７７０８万０６８８円については、未払金（その他固定負債）として処理をした。
（甲１７の１から５まで、乙１６の４、２１から２４まで）
イ 原告は、Ｂに対し、本件出資未払金のうちの未払金４億７７０８万０６８８円のうち、平成１４年５月３１日に４６３０万円を、同年６月２８日に８１２５万１４９６円を、同１５年６月３０日に８７３８万２２９８円をそれぞれ支払った。（乙２５から３２まで）
(8) 原告に対する課税処分の経緯について
ア 原告は、天草税務署長に対し、別表１から別表３までの各「確定申告」欄記載のとおり、原告の本件各事業年度に係る各確定申告書（以下「本件各確定申告書」といい、各申告書を「平成１４年３月期確定申告書」などという。）を、それぞれ期限内に提出して、本件各確定申告を行った。
平成１４年３月期確定申告書には、子法人（Ｂのことである。）が特定医療法人となったことに伴う特別損失として、本件出資金に係る２２億３８８１万６２５９円全額を特別損失として損金の額に計上した上で（以下「本件特別損失」という。）、欠損金額が１６億４９７６万１４３８円、還付金に相当する税額が１６万１１１３円及び翌期へ繰り越す欠損金額が１６億４９７６万１４３８円と記載されていた。（甲１の１から４まで）
平成１５年３月期確定申告書には、欠損金の当期控除額が４億６８４９万２５１４円、所得金額が０円、還付金に相当する税額が２万４０７６円及び翌期へ繰り越す欠損金額が１１億８１２６万８９２４円と記載されていた。（甲２の１から３まで）
平成１６年３月期確定申告書には、欠損金の当期控除額が４億８０４６万５５６２円、所得金額が０円、還付金に相当する税額が２万８５７７円及び翌期へ繰り越す欠損金額が７億００８０万３３６２円と記載されていた。（甲３の１から３まで）
イ 天草税務署長は、平成１７年３月２８日、原告に対し、平成１４年３月期確定申告書に記載された本件特別損失について、原告の本件残余財産分配請求権の喪失は、本件現物出資をした当初から予定されていたものであるから、本件現物出資によって病院施設の一部をＢに移転させ、本件定款変更によって当該移転について対価性を有しないことを確定させたということができるので、原告からＢに対する寄附金に該当するというべきであり、したがって、原告が資産計上した本件出資金に相当する金額は寄附金の額に該当するから、原告の平成１４年３月期における損金の額に算入されないとして、本件特別損失の損金算入を否認するとともに、本件各事業年度の各期において実際に原告がＢに対して支出した出資金額ごとに各期の寄附金の額に計上するなどした上で各期の所得金額を算出するなどして、別表１から別表３までの各「更正処分等」欄記載のとおり、本件各更正処分等をした。（甲４から６まで）
ウ 原告は、平成１７年５月２１日、天草税務署長がした本件各更正処分等のうち本件特別損失の損金算入を否認した部分及びこの否認を前提とする部分並びに固定資産の譲渡益の計上漏れに関する部分等を不服として、本件各更正処分等の一部の取消し及び変更を求める各異議申立てをした。天草税務署長は、同年８月１９日、上記各異議申立てをいずれも棄却する旨の決定をした。（取消し又は変更を求める部分につき、甲７から９まで）
エ 原告は、平成１７年９月１４日、国税不服審判所長に対し、天草税務署長がした本件各更正処分等のうち本件特別損失の損金算入を否認した部分及びこの否認を前提とする部分並びに固定資産の譲渡益の計上漏れに関する部分等を不服として、本件各更正処分等の一部の取消し及び変更を求める各審査請求をした。国税不服審判所長は、同１８年６月２９日、上記各審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をした。（取消し又は変更を求める部分につき、甲１１）
(9) 本件訴えの提起について
原告は、平成１８年１２月２２日、本件各更正処分等のうち本件特別損失の損金算入を否認した部分及びこの否認を前提とする部分を不服として、本件各更正処分等の一部の取消しを求める本件訴えを提起した。（当裁判所に顕著な事実）
２ 被告が主張する原告の税額等
被告が本件訴訟において主張する原告の本件各事業年度の所得金額及び納付すべき税額並びに過少申告加算税の算出根拠、算出過程等は、次のとおりである。
原告は、被告の主張する課税根拠及び計算関係のうち、原告が本件残余財産分配請求権を喪失したことにより本件現物出資に係る支出が法人税法３７条に規定する「寄附金」に該当し、その金額が同条３項により所定の金額を除き損金の額に算入することができないとする部分及びこれを前提とする部分並びに過少申告加算税の賦課について争うものであるが、その余の課税根拠及び計算関係については、いずれも当事者間に争いがない。
(1) 本件各更正処分の根拠
なお、所得金額又は税額に「△」を付したものは、それぞれ欠損金額又は還付税額を表す。
（平成１４年３月期更正処分）
ア 所得金額
９億２８７１万６７０９円
上記金額は、次の(ア)の金額に(イ)から(カ)までの各金額を加算し、(キ)の金額を控除した金額である。
(ア) 申告所得金額
△１６億４９７６万１４３８円
上記金額は、原告が天草税務署長に提出した平成１４年３月期確定申告書（甲１の１）に記載された欠損金額である。
(イ) 役員賞与の損金不算入額
４６３万０５００円
上記金額は、原告が常務理事である丁に対して平成１３年７月１６日に支給した１９９万４５００円と、同年１２月１４日に支給した２６３万６０００円との合計額であり、原告から丁に対する臨時的な給与、すなわち役員賞与に該当し、平成１８年法律第１０号による改正前の法人税法３５条（以下「法人税法３５条」という。）１項の規定により、平成１４年３月期の所得の金額の計算上、損金の額に算入されない。
(ウ) 特別損失として損金の額に算入されない金額２２億３８８１万６２５９円上記金額は、原告が、平成１４年３月期において、その他特別損失として損金の額に算入した金額であり（甲１の２「損益計算書」、甲１の３「雑益、雑損失等の内訳書」参照）、原告からＢに対する寄附金（平成１４年法律第７９号による改正前の法人税法３７条（以下、平成１４年３月期について「法人税法３７条」という。）６項に規定する寄附金）に該当することから、平成１４年３月期の所得の金額の計算上、損金の額に算入されない。
(エ) 固定資産譲渡益の計上漏れ
３億５７９７万７５８２円
上記金額は、原告が、Ｂに現物出資したとする土地及び建物の帳簿価額の合計額９億４１５２万２４１８円（土地の帳簿価額１億６１２２万８６３８円と建物の帳簿価額７億８０２９万３７８０円との合計額。甲１の５参照）と、同土地及び建物の時価評価額の合計額１２億９９５０万円との差額であり、平成１４年３月期の所得の金額の計算上、益金の額に算入すべきものである。
原告は、Ｂに対し、現金、預金並びに土地及び建物等を出資し、これが法人税法２条１２号の１４に規定する適格現物出資に該当するとして、上記土地及び建物をＢに帳簿価額で譲渡しているところ、本件現物出資は、適格現物出資の要件である「当該現物出資後に当該現物出資法人と被現物出資法人との間に当該当事者間の完全支配関係が継続されることが見込まれている場合」（法人税法施行令４条の２第８項１号）に該当しないことから、上記土地及び建物については、帳簿価額による譲渡は認められず、その価額は時価によることとなる（法人税法２２条２項、６２条の４第１項参照）。
(オ) 寄附金の損金不算入額
２０億９５９０万０９５９円
上記金額は、①法人税法３７条６項の寄附金に該当する下記ａの寄附金の額２１億２０７７万５１５３円のうち、同条２項及び３項の規定により計算した同ｂの金額２３９３万２１９４円を超える部分の金額である２０億９６８４万２９５９円（平成１４年３月期更正処分における寄附金の損金不算入額）から、②同ｃの平成１４年３月期確定申告書に記載された寄附金の損金不算入額９４万２０００円を控除した金額であり、平成１４年３月期更正処分により増加した寄附金の損金不算入額であって、同期の所得の金額の計算上、損金の額に算入されない。
ａ 平成１４年３月期に支出した寄附金の額
２１億２０７７万５１５３円
上記金額は、原告が平成１４年３月期において支出した次の(a)及び(b)の寄附金の額の合計額である。
(a) 指定寄附金等の金額（法人税法３７条３項２号）１２万円
上記金額は、平成１４年３月期確定申告書に記載された指定寄附金等の金額である。
(b) その他の寄附金額（前記(a)以外の寄附金額）
２１億２０６５万５１５３円
上記金額は、次のⅠ及びⅡの金額の合計額である。
Ⅰ確定申告書に記載されたその他の寄附金額
９４万２０００円
上記金額は、平成１４年３月期確定申告書に記載されたその他の寄附金
額である。
ⅡＢに対する寄附金の額
２１億１９７１万３１５３円
原告が、平成１４年３月期において、Ｂに対する出資金として経理処理
した金額２２億３８８１万６２５９円から、平成１４年３月３１日現在未払となっている金額４億７７０８万０６８８円を控除した金額１７億６
１７３万５５７１円（乙１６の４）と、前記(エ)の固定資産譲渡益の計上漏れの金額３億５７９７万７５８２円との合計額２１億１９７１万３１
５３円は、原告のＢに対する金銭その他の資産の無償の贈与に該当することから、Ｂに対する寄附金（法人税法３７条６項及び７項に規定する寄附金）の支出に該当する。
なお、上記未払金については、その支払がされるまでの間は、寄附金の
支出がなかったものとして扱われる（法人税法施行令７８条）。
ｂ 寄附金の損金算入限度額
２３９３万２１９４円
上記金額は、次の(a)及び(b)の合計額である。
(a) 指定寄附金等の金額（法人税法３７条３項２号）
１２万円
前記ａ(a)の金額である。
(b) 所得の金額を基礎として計算した金額
２３８１万２１９４円
上記金額は、①前記(ア)の平成１４年３月期確定申告書における申告所得金額△１６億４９７６万１４３８円から下記ｃの平成１４年３月期確定申告書における寄附金の損金不算入額９４万２０００円を減算し、②同金額に、前記(イ)の４６３万０５００円、同(ウ)の２２億３８８１万６２５９円、同(エ)の３億５７９７万７５８２円及び後記(カ)の８６万６０００円をそれぞれ加算し、後記(キ)の２１億１９７１万３１５３円を減算し、さらに、③平成１４年３月期確定申告書に記載された、法人税額から控除される所得税額１６万１１１３円を減算（法人税法施行令７３条２項）して△１１億６８２８万７３６３円を算出し、同金額に、法人税法施行令７３条３項の規定に基づき前記ａの平成１４年３月期に支出した寄附金の額２１億２０７７万５１５３円を加算し、その結果算出される９億５２４８万７７９０円（法人税法施行令７３条１項２号に規定する当該事業年度の所得の金額）の１００分の２．５に相当する金額である。
ｃ 確定申告書における寄附金の損金不算入額
９４万２０００円
上記金額は、平成１４年３月期確定申告書に記載された寄附金の損金不算入額である。
(カ) 雑収入の計上漏れ
８６万６０００円
上記金額は、天草税務署長が平成１７年３月２８日付けでした原告の平成１３年４月１日から同１４年３月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）の更正処分により減少した消費税等相当額であり、平成１４年３月期の所得の金額の計算上、益金の額に算入すべきものである。
(キ) 寄附金の損金算入額
２１億１９７１万３１５３円
上記金額は、前記(オ)ａ(b)ⅡのＢに対する寄附金の額であり、平成１４年３月期の所得の金額の計算上、損金の額に算入されることとなる。
イ 所得金額に対する法人税額
２億０４３１万７５２０円
上記金額は、前記アの所得金額（国税通則法（以下「通則法」という。）１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの。以下同じ。）に措置法６７条の２第１項に規定する税率を乗じて計算した金額である。
ウ 法人税額から控除される所得税額
１６万１１１３円
上記金額は、平成１４年３月期確定申告書に記載された所得税額の還付金額である。
エ 納付すべき税額
２億０４１５万６４００円
上記金額は、前記イの金額から前記ウの金額を差し引いた金額（通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数を切り捨てた後のもの。以下同じ。）である。
オ 既に納付の確定した本税額
△１６万１１１３円
上記金額は、平成１４年３月期確定申告書における還付金額である。
カ 差引納付すべき税額
２億０４３１万７５００円
上記金額は、前記エの金額から前記オの金額を差し引いた金額（通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数を切り捨てた後のもの。以下同じ。）であり、平成１４年３月期更正処分により原告が新たに納付することとなった法人税額である。
（平成１５年３月期更正処分）
ア 所得金額
４億３６８４万４３７１円
上記金額は、次の(ア)の金額に(イ)から(エ)までの各金額を加算し、(オ)及び(カ)の各金額を控除した金額である。
(ア) 申告所得金額
０円
上記金額は、原告が天草税務署長に提出した平成１５年３月期確定申告書（甲２の１）に記載された所得金額である。
(イ) 役員賞与の損金不算入額
４６５万５５００円
上記金額は、原告が常務理事である丁に対して平成１４年７月１６日に支給した１９９万９５００円と、同年１２月１３日に支給した２６５万６０００円との合計額であり、原告から丁に対する臨時的な給与、すなわち役員賞与に該当し、法人税法３５条１項の規定により、平成１５年３月期の所得の金額の計算上、損金の額に算入されない。
(ウ) 欠損金の当期控除額の過大額
４億６８４９万２５１４円
上記金額は、平成１５年３月期確定申告書において原告が損金の額に算入した欠損金額である。
平成１４年３月期更正処分に伴い、平成１５年３月期に繰り越す欠損金額は０円となることから、上記金額は損金の額に算入されない。
(エ) 寄附金の損金不算入額
１億１６３５万４０５３円
上記金額は、①法人税法３７条７項の寄附金に該当する下記ａの寄附金の額１億２７８３万１４９６円のうち、同条３項及び４項の規定により計算した同ｂの金額１１４７万７４４３円を超える部分の金額であり、平成１５年３月期の所得の金額の計算上、損金の額に算入されない。
ａ 平成１５年３月期に支出した寄附金の額
１億２７８３万１４９６円
上記金額は、原告が平成１５年３月期において支出した次の(a)及び(b)の寄附金の額の合計額である。
(a) 指定寄附金等の金額（法人税法３７条３項２号）
２７万円
上記金額は、平成１５年３月期確定申告書に記載された指定寄附金等の金額である。
(b) その他の寄附金額（前記(a)以外の寄附金額）
１億２７５６万１４９６円
上記金額は、次のⅠ及びⅡの金額の合計額である。
Ⅰ確定申告書に記載されたその他の寄附金額
１万円
上記金額は、平成１５年３月期確定申告書に記載されたその他の寄附金
額である。
ⅡＢに対する寄附金の額
１億２７５５万１４９６円
原告が平成１４年３月期においてＢに対する出資未払金として経理処
理した金額４億７７０８万０６８８円のうち、平成１５年３月期に支払った金額の合計額１億２７５５万１４９６円は、Ｂに対する金銭の贈与に該当することから、Ｂに対する寄附金（法人税法３７条７項に規定する寄附金）の支出に該当する。
ｂ 寄附金の損金算入限度額
１１４７万７４４３円
上記金額は、次の(a)及び(b)の合計額である。
(a) 指定寄附金等の金額（法人税法３７条４項２号）
２７万円
前記ａ(a)の金額である。
(b) 所得の金額を基礎として計算した金額
１１２０万７４４３円
上記金額は、①前記(ア)の平成１５年３月期確定申告書における申告所得金額０円に、前記(イ)の４６５万５５００円及び同(ウ)の４億６８４９万２５１４円をそれぞれ加算し、②後記(オ)の１億２７５５万１４９６円及び同(カ)の２５１０万６２００円をそれぞれ減算し、さらに、③平成１５年３月期確定申告書に記載された、法人税額から控除される所得税額２万４０７６円を減算（法人税法施行令７３条２項）して３億２０４６万６２４２円を算出し、同金額に、法人税法施行令７３条３項の規定に基づき前記ａの平成１５年３月期に支出した寄附金の額１億２７８３万１４９６円を加算し、その結果算出される４億４８２９万７７３８円（法人税法施行令７３条１項２号に規定する当該事業年度の所得の金額）の１００分の２．５に相当する金額である。
(オ) 寄附金の損金算入額
１億２７５５万１４９６円
上記金額は、前記(エ)ａ(b)ⅡのＢに対する寄附金の額であり、平成１５年３月期の所得の金額の計算上、損金の額に算入されることとなる（法人税法施行令７８条）。
(カ) 事業税の損金算入額
２５１０万６２００円
上記金額は、平成１４年３月期更正処分により増加する原告の同期の法人税の所得金額に対応する事業税相当額であり、平成１５年３月期の所得の金額の計算上、損金の額に算入されることとなる。
イ 所得金額に対する法人税額
９６１０万５６８０円
上記金額は、前記アの所得金額に措置法６７条の２第１項に規定する税率を乗じて計算した金額である。
ウ 法人税額から控除される所得税額
２万４０７６円
上記金額は、平成１５年３月期確定申告書に記載された所得税額の還付金額である。
エ 納付すべき税額
９６０８万１６００円
上記金額は、前記イの金額から前記ウの金額を差し引いた金額である。
オ 既に納付の確定した本税額
△２万４０７６円
上記金額は、平成１５年３月期確定申告書における還付金額である。
カ 差引納付すべき税額
９６１０万５６００円
上記金額は、前記エの金額から前記オの金額を差し引いた金額であり、平成１５年３月期更正処分により原告が新たに納付することとなった法人税額である。（平成１６年３月期更正処分）
ア 所得金額
４億７２３０万７４８８円
上記金額は、次の(ア)の金額に(イ)から(エ)までの各金額を加算し、(オ)及び(カ)の各金額を控除した金額である。
(ア) 申告所得金額
０円
上記金額は、原告が天草税務署長に提出した平成１６年３月期確定申告書（甲３の１）に記載された所得金額である。
(イ) 役員賞与の損金不算入額
４６９万０５００円
上記金額は、原告が常務理事である丁に対して平成１５年７月１６日に支給した２０１万４５００円と、同年１２月１６日に支給した２６７万６０００円との合計額であり、原告から丁に対する臨時的な給与、すなわち役員賞与に該当し、法人税法３５条１項の規定により、平成１６年３月期の所得の金額の計算上、損金の額に算入されない。
(ウ) 欠損金の当期控除額の過大額
４億８０４６万５５６２円
上記金額は、平成１６年３月期確定申告書において原告が損金の額に算入した欠損金額である。
平成１４年３月期更正処分に伴い、平成１５年３月期に繰り越す欠損金額は０円となり、同期から平成１６年３月期に繰り越される欠損金額はないことから、上記金額は損金の額に算入されない。
(エ) 寄附金の損金不算入額
７５９８万８２２４円
上記金額は、①法人税法３７条７項の寄附金に該当する下記ａの寄附金の額８８２７万２２９８円のうち、同条３項及び４項の規定により計算した同ｂの金額１２２８万４０７４円を超える部分の金額であり、平成１６年３月期の所得の金額の計算上、損金の額に算入されない。
ａ 平成１６年３月期に支出した寄附金の額
８８２７万２２９８円
上記金額は、原告が平成１６年３月期において支出した次の(a)から(c)までの各寄附金の額の合計額である。
(a) 指定寄附金等の金額（法人税法３７条４項２号）
７万円
上記金額は、平成１６年３月期確定申告書に記載された指定寄附金等の金額である。
(b) 特定公益増進法人への寄附金額（法人税法３７条４項３号）
１０万円
上記金額は、平成１６年３月期確定申告書に記載された特定公益増進法人への寄附金額である。
(c) その他の寄附金額（前記(a)及び(b)以外の寄附金額）
８８１０万２２９８円
上記金額は、次のⅠ及びⅡの金額の合計額である。
Ⅰ確定申告書に記載されたその他の寄附金額
７２万円
上記金額は、平成１６年３月期確定申告書に記載されたその他の寄附金
額である。
ⅡＢに対する寄附金の額
８７３８万２２９８円
原告が平成１４年３月期においてＢに対する出資未払金として経理処
理した金額４億７７０８万０６８８円のうち、平成１６年３月期に支払った金額８７３８万２２９８円は、Ｂに対する金銭の贈与に該当することから、Ｂに対する寄附金（法人税法３７条７項に規定する寄附金）の支出に該当する。
ｂ 寄附金の損金算入限度額
１２２８万４０７４円
上記金額は、次の(a)から(c)までの合計額である。
(a) 指定寄附金等の金額
７万円
前記ａ(a)の金額である。
(b) 特定公益増進法人への寄附金額
１０万円
前記ａ(b)の金額である。
(c) 所得の金額を基礎として計算した金額
１２１１万４０７４円
上記金額は、①前記(ア)の平成１６年３月期確定申告書における申告所得金額０円に、前記(イ)の４６９万０５００円及び同(ウ)の４億８０４６万５５６２円をそれぞれ加算し、②後記(オ)の８７３８万２２９８円及び同(カ)の１４５万４５００円をそれぞれ減算し、さらに、③平成１６年３月期確定申告書に記載された、法人税額から控除される所得税額２万８５７７円を減算（法人税法施行令７３条２項）して３億９６２９万０６８７円を算出し、同金額に、法人税法施行令７３条３項の規定に基づき前記ａの平成１６年３月期に支出した寄附金の額８８２７万２２９８円を加算し、その結果算出される４億８４５６万２９８５円（法人税法施行令７３条１項２号に規定する当該事業年度の所得の金額）の１００分の２．５に相当する金額である。
(オ) 寄附金の損金算入額
８７３８万２２９８円
上記金額は、前記(エ)ａ(b)ⅡのＢに対する寄附金の額であり、平成１６年３月期の所得の金額の計算上、損金の額に算入されることとなる（法人税法施行令７８条）。
(カ) 事業税の損金算入額
１４５万４５００円
上記金額は、平成１５年３月期更正処分により増加する原告の同期の法人税の所得金額に対応する事業税相当額であり、平成１６年３月期の所得の金額の計算上、損金の額に算入されることとなる。
イ 所得金額に対する法人税額
１億０３９０万７５４０円
上記金額は、前記アの所得金額に措置法６７条の２第１項に規定する税率を乗じて計算した金額である。
ウ 法人税額から控除される所得税額
２万８５７７円
上記金額は、平成１６年３月期確定申告書に記載された所得税額の還付金額である。
エ 納付すべき税額
１億０３８７万８９００円
上記金額は、前記イの金額から前記ウの金額を差し引いた金額である。
オ 既に納付の確定した本税額
△２万８５７７円
上記金額は、平成１６年３月期確定申告書における還付金額である。
カ 差引納付すべき税額
１億０３９０万７４００円
上記金額は、前記エの金額から前記オの金額を差し引いた金額であり、平成１６年３月期更正処分により原告が新たに納付することとなった法人税額である。
(2) 本件各賦課決定処分の根拠
ア 平成１４年３月期賦課決定処分の過少申告加算税額
３０６２万１５００円
上記金額は、次の(ア)の金額に(イ)の金額を加算した金額である。
(ア) 通則法６５条１項の規定に基づく金額
２０４３万１０００円
上記金額は、平成１４年３月期更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額２億０４３１万円（ただし、通則法１１８条３項により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの）に１００分の１０の割合を乗じて計算した金額である。
(イ) 通則法６５条２項の規定に基づく金額
１０１９万０５００円
上記金額は、平成１４年３月期更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額２億０４３１万７５００円から５０万円を控除した金額２億０３８１万円（ただし、通則法１１８条３項により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの）に１００分の５の割合を乗じて計算した金額である。
イ 平成１５年３月期賦課決定処分の過少申告加算税額
１４３９万円
上記金額は、次の(ア)の金額に(イ)の金額を加算した金額である。
(ア) 通則法６５条１項の規定に基づく金額
９６１万円
上記金額は、平成１５年３月期更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額９６１０万円（ただし、通則法１１８条３項により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの）に１００分の１０の割合を乗じて計算した金額である。
(イ) 通則法６５条２項の規定に基づく金額
４７８万円
上記金額は、平成１５年３月期更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額９６１０万５６００円から５０万円を控除した金額９５６０万円（ただし、通則法１１８条３項により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの）に１００分の５の割合を乗じて計算した金額である。
ウ 平成１６年３月期賦課決定処分の過少申告加算税額
１５５６万円
上記金額は、次の(ア)の金額に(イ)の金額を加算した金額である。
(ア) 通則法６５条１項の規定に基づく金額
１０３９万円
上記金額は、平成１６年３月期更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額１億０３９０万円（ただし、通則法１１８条３項により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの）に１００分の１０の割合を乗じて計算した金額である。
(イ) 通則法６５条２項の規定に基づく金額
５１７万円
上記金額は、平成１６年３月更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額１億０３９０万７４００円から５０万円を控除した金額１億０３４０万円（ただし、通則法１１８条３項により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの）に１００分の５の割合を乗じて計算した金額である。
３ 争点
(1) 争点１
本件残余財産分配請求権の喪失により本件現物出資に係る支出は、法人税法３７条７項（ただし、平成１４年３月期においては、平成１４年法律第７９号による改正前の法人税法３７条６項）に規定する「寄附金」に該当するか。
(2) 争点２
原告の本件各確定申告における過少申告について通則法６５条４項にいう「正当な理由」があるか。
４ 争点に関する当事者の主張の要旨
(1) 争点１－寄附金該当性の有無
（原告の主張）
ア(ア) Ｂは、確かに、設立当初から特定医療法人となることが計画されていた。しかし、原告がＢに対し本件現物出資をした時点では、Ｂが実際に特定医療法人となることができるかどうかは、以下のａ及びｂの２点において不確実であった。
ａ 原告は、Ｂの社員ではなく、Ｂの社員総会における議決権を有していないから、原告の意思で、Ｂの特定医療法人となるための定款変更決議等を行い得る立場にはなかった。したがって、本件現物出資の時点で既にＢの特定医療法人化が計画されていたとしても、原告の意思でこれを実現することは法的に不可能であったのであり、Ｂの社員総会において、特定医療法人化に向けての決議がされるか否かは不確実な事柄であったというべきである。
ｂ 特定医療法人になるためには財務大臣の承認を要するが、本件現物出資の時点においては、Ｂが特定医療法人の承認要件を具備することができるか否か、また、財務大臣の承認を受けることができるか否かは、不確実であった。これらの事柄が特定承認申請の段階に至らなければ確定することができないのは、自明の理である。
原告が当初からＢに対する本件残余財産分配請求権を放棄するのであれば、Ｂを当初から出資持分の定めのない社団医療法人又は財団医療法人として設立すれば足りたはずであるが、それにもかかわらず、敢えて、Ｂを出資持分の定めのある社団医療法人として設立したのは、正に特定医療法人の承認が得られるか否かが不確定であったからである。
そして、Ｂとしては、財務省との事前協議において、特定医療法人の承認を得られることが確実にならなければ、Ｂの定款変更をしたとしても、大蔵省（当時）主税局税制第一課長、同局税制第三課長、国税庁直税部審理課長及び厚生省（当時）医務局総務課長が交換した覚書である昭和３９年１２月２８日付け「租税特別措置法第６７条の２の適用を受けるための社団たる医療法人の組織変更について」（以下「本件覚書」という。甲１４）に該当せず、課税関係が生じてしまうことから、財務大臣の承認と別個に定款変更だけを先行させることを考えてはいなかった。したがって、Ｂの本件定款変更は特定医療法人の承認を得られるという見通しのもとにされたものであるから、両者が別個の手続であり、原告の本件残余財産分配請求権の喪失がＢの本件定款変更によるものであるとしても、財務大臣の承認を得られるか否かが不確実な段階ではＢの定款変更もされないという点において、本件と関連性があるのである。
(イ) したがって、本件現物出資後にＢが特定医療法人の承認を受けられないという事態は十分に起こり得ることであり、その場合には、原告がＢに対して本件残余財産分配請求権を持ち続けることに何ら支障はなかったのであるから、原告が、Ｂが特定医療法人化のために定款を変更することにより本件残余財産分配請求権を喪失することをあらかじめ了知した上で、本件現物出資をしたということはできないというべきである。
Ｂの特定医療法人化、すなわち原告が本件残余財産分配請求権を喪失することは、当初から予定されていたものではあったが、原告は、Ｂが設立された時には、本件残余財産分配請求権を有していたのであるから、その時点では寄附の意思は全くなかったものであり、また、Ｂが将来特定医療法人化を計画していたとしても、それはあくまでも予定にすぎず、Ｂに対する原告の支配が及ばず、Ｂの特定医療法人化に関し、原告の意見を反映させることができない状況であったから、将来の状況次第ではＢの特定医療法人化の計画が変更されることも十分に想定されたことであり、特定医療法人化するかどうかも未確定な状態になっていたものであって、結果として、たまたま計画どおり、むしろ計画より早くＢの特定医療法人化が進んだにすぎない。
イ また、原告の特定医療法人化及びＢの特定医療法人化に至るまでの原告の認識は、以下のとおりであって、あらかじめ本件出資金相当額を損金処理することをもくろんで、Ｂを設立したものでは決してない。結果として、本件各確定申告において、本件出資金相当額を損金処理することになったにすぎない。
(ア) 原告は、平成１２年６月１５日、臨時社員総会を開催し、同総会において、今後ともＡ病院及びＣ病院を存続させるために特定医療法人への移行が必要であるとの報告及び可決がされたことから、特定医療法人への移行の準備を開始した。
この特定医療法人への移行は、高齢化した理事長甲及びその兄であり常務理事の乙の相続対策と原告に適用される法人税率の軽減による両病院の安定運営のためであった。特定医療法人への定款変更によって、出資持分についての払戻請求権が失われるので、甲及び乙の各出資持分は相続税課税対象財産に含まれないこととなり、また、特定医療法人の承認が受けられれば、適用される法人税率が軽減されることとなるからであった。
また、上記臨時社員総会の決議は、原告が開設するＡ病院とＣ病院とを甲及び乙の兄弟間で分離分割し、甲がＡ病院を、乙がＣ病院を、それぞれが理事長を務める医療法人で運営していくことが了解され、その前提として原告の特定医療法人化を行おうというものであった。
しかし、原告は、原告を特定医療法人化してもＣ病院の新規開設主体となる医療法人が特定医療法人の認可要件を満たすかどうか、熊本県と協議を重ねたが、熊本県側に知識と経験が不十分であったことなどからよく分からない状況であった。
(イ) そこで、原告は、医療法人の特定医療法人化について実績を有していた戊事務所と協議をし、その結果、原告を特定医療法人化することにより、甲と乙の各相続税対策及び両病院の分離を実現することができる可能性が高いということになったため、平成１２年１０月１８日、戊事務所との間で、本件業務委託契約を締結した。
本件業務委託契約の内容は、①原告の特定医療法人化、②新医療法人の設立、③Ａ病院からのＣ病院の分離及び④新医療法人の特定医療法人化であった。しかし、新設医療法人についても設立後に特定医療法人化を目指すこととなったのは、Ａ病院とＣ病院の分離前に原告が特定医療法人化することから、開設主体が特定医療法人となったＣ病院を再度特定医療法人でない持分の定めのある医療法人の開設病院とすることは、分割によって持分の定めのある医療法人に戻ることとなり、医療法上の制度趣旨に反する結果になることや乙の相続税対策とならないからであり、原告の本件残余財産分配請求権を喪失させて、本件出資金相当額を損金処理するためではなかった。
また、戊事務所では、Ａ病院とＣ病院とを分離し、原告がＣ病院のための施設等を現物出資して新医療法人を設立することに伴う課税関係が検討された。具体的には、原告において、現物出資対象資産である土地及び建物の簿価と時価との差額が譲渡益となることから、この譲渡益に対する課税対策が検討された。しかし、新設医療法人が特定医療法人化するための定款変更に伴う課税関係については、本件覚書にあるとおり、医療法人が定款変更をして措置法６７条の２により「大蔵大臣」の承認を受けた場合には、その変更につき法人税、所得税及び贈与税の課税はしないという取扱いが確立していることを当然の前提としていたため、この点が具体的に検討されたことはなかった。この段階では、原告は、原告の新設医療法人への出資持分について、当該医療法人が特定医療法人化にすることに伴い残余財産分配請求権を喪失したとして特別損失に計上し、損金算入することなど全く考えていなかったのである。
(ウ) 原告は、平成１３年１月２６日開催の臨時社員総会において、特定医療法人の承認を受けるための定款変更を可決したが、戊事務所から、同年２月１７日付け書簡（甲１６）によって、同月５日付けで財務省から原告の特定医療法人承認の内示があり、財務省から事前協議で了承された内容に基づいて今後事務手続を進めていきたいとして、原告からＢに対する現物出資対象資産について、法人税法６２条の２の適格現物出資制度を利用して譲渡益に対する課税を免れるためには、新設医療法人の特定承認時まで、原告及び新設医療法人の各社員構成は、いずれも甲側の人間が２で、丙側の人間が２であり（人数均等比を維持すること）、新設医療法人の特定医療法人承認時には、原告の社員は、甲側の人間２のみとなり、丙側の人間２は退社し、また、新設医療法人の社員は、丙側２のみとなる必要があるとの指導を受けた。原告は、同年３月３０日に承認を受けて特定医療法人となったが、その後の原告の社員構成は、「医療法人Ａ病院社員名簿」（乙２）記載のとおり、甲側６名（天印）と丙側６名（永印）の均等となっており、上記の指導に従ったものであった。
しかし、その後、丙から、甲側の人間がＢの社員や役員になることは承服できない旨告げられた。
そこで、原告は、戊事務所と協議し、原告は適格現物出資制度の利用ができずに譲渡益課税を免れないことが予測されたものの、新医療法人の設立と両病院の分離を最優先事項として実現することとし、Ｂの社員構成については丙のいうとおりにして、本件業務委託契約の内容どおり業務を遂行してもらい、Ｂを設立することとした。
こうして、Ｂの設立総会が平成１３年４月１日に開催され、社員を甲側（原告側）の人間ではない丙ら６名とすることでＢの設立が議決された。以後、原告は、Ｂに対し現物出資はするが、社員を送りこめないこととなり、その結果、原告にはＢに関する情報が遮断され、Ｂの特定医療法人化は、原告とは無関係にＢの利益のためだけに進められることとなった。また、原告もＢも、原告の有する本件残余財産分配請求権を喪失させることについては全く考慮していなかった。前記のとおり、当初から、本件現物出資対象資産である土地及び建物の譲渡益に関する課税対策は検討されていたが、Ｂの特定医療法人化は、本件残余財産分配請求権を喪失させること自体を目的とするものではなかったからである。
こうして、戊事務所では、Ｃ病院の受け皿としてＢの設立手続を進め、Ｂは、平成１３年９月２５日に設立が認可された。原告は、同年１１月２日に臨時社員総会を開催して、Ｃ病院の開設を除外する旨の定款変更を決議し、Ｃ病院をＢの開設するものとすることとした。
その上で、Ｂの特定医療法人化が進められ、平成１４年３月２９日、財務大臣の承認がされたのである。
(エ) 戊事務所では、前記(ウ)の指導と異なり、甲側、すなわち原告側の人間がＢの社員になっておらず、Ｂに対する原告の支配関係が全くないため、平成１４年３月期確定申告において、本件現物出資について適格現物出資制度の適用を受けることは困難であろうという考えが強くなったものの、原告は最大の出資者であるので、天草税務署長により適格現物出資制度の適用を否認される可能性が高いとしても、なお適格現物出資制度の適用を前提に平成１４年３月期確定申告をすることとした。
また、戊事務所では、この段階に至って初めて、原告のＢに対する完全支配関係が設立当初から存しなかったことやＢに対する本件残余財産分配請求権が平成１４年３月期に喪失したことを税金対策に活用することができないかを検討し、その結果、本件出資金相当額を特別損失として損金に計上することとした。
このようにして、正に、平成１４年３月期確定申告を目前にして初めて本件特別損失の損金処理が検討され、かつ、現実に平成１４年３月期確定申告に反映されたのであった。
ウ 本件残余財産分配請求権の喪失分を本件特別損失として損金算入しようという考えは、本件覚書から導かれたものであった。すなわち、本件覚書２項には、「定款を変更し、租税特別措置法６７条の２により大蔵大臣の承認を受けた場合には、その変更につき法人税、所得税及び贈与税の課税はしない。」と明記されているから、これによれば、医療法人の出資持分を有する出資者が定款変更を承服し、出資持分を放棄した場合であっても、措置法６７条の２の承認を受けた場合には、出資者及び医療法人に対して課税は行われないこととなる。そこで、本件現物出資についても本件覚書が適用又は類推適用されて、法人税が課税されないとの考えに基づいて、本件残余財産分配請求権の喪失分を本件特別損失として損金算入したものである。
したがって、本件定款変更により原告が本件残余財産分配請求権を喪失したことについては、本件覚書の適用又はその趣旨の類推適用がされるべきである。Ｂの本件定款変更によって、原告が本件残余財産分配請求権を喪失した結果、出資金勘定に計上された本件出資金相当額の価値がなくなったのであるから、本件覚書の趣旨に則り、法人税課税はなく、損金算入が認められるべきである。
エ 以上のとおりであり、①原告は、本件残余財産分配請求権を喪失することをあらかじめ予定しながら本件現物出資をしたものではなく、また、②本件出資金相当額の損金処理をあらかじめもくろんでいたものでもないのであって、さらには、③本件残余財産分配請求権の喪失には本件覚書が適用又は類推適用されるべきであるから、本件現物出資に係る支出は原告からＢに対する資産又は経済的な利益の無償の供与（法人税法３７条７項）ということはできず、寄附金には該当しないというべきである。
（被告の主張）
ア 本件現物出資に係る支出について、原告は、当初から、Ｂが特定医療法人へ移行するための必要不可欠の手続として、Ｂの本件定款変更によって本件残余財産分配請求権が喪失することを当然承知の上で出資したものであると優に認められるから、それは外形上出資金とされているものの、その実質は、資産又は経済的利益を対価なく他に移転する場合であって、原告の本件残余財産分配請求権が存続し続ける合理的可能性が全く存在せず、その行為について通常の経済取引として是認できる合理的理由が存在しないものであるから、法人税法３７条７項に規定する寄附金に該当するというべきである。以下、詳述する。
(ア) 原告は、Ｂに対して本件現物出資をすることにより、Ｂに対する本件残余財産分配請求権を取得したことを理由として当該出資額を資産として計上した上で、その後のＢの本件定款変更によって本件残余財産分配請求権が喪失したことをもって本件出資金相当額を特別損失として損金に計上したものである。
しかし、原告の開設していた両病院の分割及びＢの特定医療法人化がその時期を含め、原告が戊事務所との間で締結した本件業務委託契約のとおりに実現されていることからすると、原告は、遅くとも本件業務委託契約を締結した時までには、自ら分割し、新たな医療法人、すなわちＢを設立した上、Ｂを特定医療法人として申請すること等を予定し、計画していたことは明らかである。また、原告は、平成１３年４月１日に開催されたＢの設立総会において、Ｂに対し、土地、建物及び現預金等の資産を出資するとともに、負債を引き継ぐことを申し出た上、同年５月２６日に開催された原告の定期社員総会において、原告の分割及びＢの特定医療法人化を戊事務所に依頼し、同１４年３月末までに実現したい旨の議決をした上、同１３年１１月１日付けで本件現物出資をしたことや、同年１月２６日の原告の臨時社員総会において、原告自らが特定医療法人として承認申請することに伴い定款を変更し、持分の定めのない医療法人に移行するとともに、甲及び乙の各出資金払戻請求権及び各残余財産分配請求権を喪失させていることを併せ考慮すると、原告は、Ｂに対する本件残余財産分配請求権が、Ｂを特定医療法人化することに伴う必要不可欠な本件定款変更によって喪失することを、原告の分割前から認識した上で、本件現物出資を行ったということができる。
したがって、そもそも原告は、当初から当該出資額相当の資産を完全にＢに移転させる意思を有し、Ｂが特定医療法人への移行に伴って本件残余財産分配請求権を喪失させる旨の本件定款変更をすることも予定し計画した上で本件現物出資を行ったのであるから、本件現物出資に係る支出は、当初からそれに対応する本件残余財産分配請求権が喪失することを前提とした財産移転行為、すなわち「資産又は経済的利益を対価なく他に移転する場合」に該当するというべきである。
(イ) 本件残余財産分配請求権の喪失は、一見すると原告の関与しない事情であるＢの本件定款変更によってされたものであるかのようである。しかし、原告によるＢの設立は、その対等な出資者である甲及び乙の出資額に応じて、原告自身をほぼ２等分に分割し、それぞれＡ病院とＣ病院を運営することとするとともに、原告の純資産等に応じてその資産をほぼ２等分し、原告からＢに対する現物出資という方法によってその資産のほぼ半分を無償で移転させることを目的としたものである。そして、甲及び乙は、当初から、原告を実質的に分割する目的で、新たに医療法人を設立し、同法人に原告の資産の約半分を無償で移転させるために、原告自身が特定医療法人に移行した際に行ったのと同様に、Ｂを特定医療法人に移行させるに当たって必要不可欠なＢの本件定款変更によって、社員持分の定めのない医療法人に移行させるとともに、本件残余財産分配請求権を喪失させることを当初から予定、計画し、その計画に沿って実際に本件残余財産分配請求権を喪失させたものである。
確かに、原告はＢの社員ではないから、Ｂの議決権を有していない。しかし、Ｂの社員及び理事には、丙ら原告の社員及び理事でもある者が含まれていたのであり、原告の意向どおり、Ｂとしても設立当初から特定医療法人への移行を目的としていたことは、原告自身自認しているものである。
また、Ｂが特定医療法人への移行のために本件定款変更をして本件残余財産分配請求権を喪失させれば、原告に対する出資額相当の残余財産分配債務が喪失するから、Ｂにとって有利とはなっても不利にはなり得ないし、仮に、原告にＢに対する本件残余財産分配請求権が存続するとすれば、それは甲及び乙の原告に対する出資比率に応じて原告の資産を２等分してその半分をＢに移転させるという本来の目的を達成することができなくなるのであるから、Ｂの本件定款変更によって、原告の本件残余財産分配請求権が喪失することは確実であり、原告の意思でもあったということができる。
したがって、原告がＢの社員ではなく、議決権を有していないとしても、特定医療法人化への前提として必要不可欠なＢの本件定款変更によって原告の本件残余財産分配請求権が失われることは、当初から原告の理事長甲、理事乙及び同丙らが予定、計画していたことであり、原告の本件残余財産分配請求権が残存し続ける合理的可能性はそもそも存しなかったものである。
なお、原告は、平成１３年４月１日のＢの設立総会において、Ｃ病院が使用している不動産等の時価評価額に基づく１６億６２３０万３２５４円を出資申出額としており、Ｂの履歴事項全部証明書にも、資産の総額として同額が記載されている。それにもかかわらず、原告は、本件現物出資として、２２億３８８１万６２５９円を出資金として経理処理している。
この点に関し、上記出資金額２２億３８８１万６２５９円の算定根拠が判然としないが、おそらく、戊事務所が作成した適正負担金資料（乙１３の２）の２枚目「Ａ病院、Ｃ病院決済額」における平成１３年３月末現在のＡ病院及びＣ病院の純資産額の５０％である１６億１４７４万３８１５円に、①「１３年３月期純資産増加差額」８０５１万２１０９円、②「５年分の収益差額調整」４億３６９１万１４８９円、③「乙前理事長退職金税効果」９４０５万円及び④「丙理事退職金税効果」１５９万９０００円を加算して算出したものである（この加算を行うと、２２億２７８１万６４１３円となるが、上記出資金額である２２億３８８１万６２５９円との差額は、平成１３年３月末と同年１０月末の期間のずれ等に起因する調整によるものと思われる。）。
以上のように、原告が、本件現物出資の出資金額とした２２億３８８１万６２５９円の正確な根拠は判然としないものの、いずれにしても、分割前の原告の純資産等を甲及び乙の出資金額に応じてほぼ２等分し、その約半分を原告からＢに現物出資する形にして財産を無償で移転させたものであることは明らかである。
(ウ) 原告は、当初から、Ｂの出資者ではあるが社員ではなく、議決権を有していなかったことから、Ｂの運営に何ら関与することができなかった上、医療法５４条上Ｂから配当を受けることもできなかったのであるから、原告は、Ｂの運営やＢの配当を期待して本件現物出資を行ったものではない。
そして、原告は、前記のとおり、当初から本件現物出資に相当する本件残余財産分配請求権が喪失することを予定、計画した上で、本件現物出資を行ったのであるから、本件現物出資に係る支出には「通常の経済取引として是認することができる合理的理由」が存在しないというべきである。
イ 以上のとおりであり、本件におけるＢの設立、原告のＢに対する本件現物出資、及びＢの特定医療法人化を前提とした本件定款変更という一連の行為は、親族であり、共に原告の対等出資者として、原告の理事長及び理事であった甲及び乙において、原告が運営していたＡ病院及びＣ病院をそれぞれ別個に運営すること並びに原告の資産をその出資割合に応じて均等に分割することとし、その手段として、新たに乙及びその妻である丙らがＢという医療法人を設立するとともに、Ｂを本件残余財産分配請求権のない特定医療法人とすることを当初からの目的として、適正価格による査定に基づいて算出した原告の資産の約半分をＢに対する出資金としてＢに移転させた上で、Ｂが本件定款変更によりその残余財産分配請求権を喪失させたものである。
そうすると、原告は、Ｂを残余財産分配請求権のない特定医療法人とすることを当初からの目的として、その資産の約半分をＢに無償かつ完全に移転させつつ、本件現物出資及びその後のＢの本件定款変更による本件残余財産分配請求権の喪失という形式を用いたのであるから、本件現物出資に係る支出が、「資産又は経済的利益を対価なく他に移転する場合であって、その行為について通常の経済取引として是認することができる合理的理由が存在しないもの」として、寄附金に該当することは明らかである。
ウ 以上のとおりであるから、本件残余財産分配請求権の喪失は、原告においてあらかじめ予定されていたものというべきであり、Ｂに対する資産又は経済的な利益の無償の供与（法人税法３７条７項）ということができ、本件現物出資に係る支出のうち、本件各事業年度において原告がＢに対し支出した金額は、法人税法３７条７項に規定する寄附金の額に該当するものということができるから、同条３項の規定による損金算入限度額を超える部分は、原告の本件各事業年度における所得の金額の計算上、損金の額に算入することはできないというべきである。
(2) 争点２－通則法６５条４項に規定する「正当な理由」の存否
（原告の主張）
ア 原告は、本件出資金相当額を損金処理することをもくろんで、Ｂを設立したものでは決してない。結果として、これを損金処理して申告したまでのことである。また、本件出資金相当額が特別損失とはならずに寄附金となるとの見解は、公知のものではなく、Ｂが措置法６７条の２の承認を受ける事前審査においても、財務省主税局税制第１課審査担当官からＡ病院へ寄附金課税が行われる旨の指導等は一切なかった。原告は、本件各更正処分によって初めて寄附金という問題があることを認識したのである。
イ 出資持分の定めのある社団医療法人が出資持分の定めのない社団医療法人へ移行した場合の法人出資者の課税関係について税務当局の見解が公にされたのは、平成１７年４月６日付け「出資持分の定めのある社団医療法人が特別医療法人に移行する場合の課税関係について（照会）」（甲１８）に対し、国税庁課税部長が回答した同月２７日のことである。厚生省（当時）も、本件覚書の時点では、出資持分の定めのある社団医療法人が出資持分の定めのない社団医療法人へ移行した場合の法人出資者の課税関係について明確に意識しておらず、上記回答で初めて、法人出資者について課税関係が生じることを意識したものであるが、これは、正に、本件紛争が生じたことに起因するものである。
したがって、本件各確定申告時において、原告が本件残余財産分配請求権が喪失したことを寄附金として計上しなかったことには合理的な理由がある。国税庁課税部長の上記回答を遡及して適用し、原告に過少申告加算税を賦課することは公平の概念を失し、極めて不当である。
ウ また、仮に、本件各更正処分における寄附金認定が適正であったとすると、戊事務所が本件覚書の解釈を誤り、本件各確定申告に際し、原告に対して誤った指導したということとなる。本件覚書の解釈に当たっては、戊事務所で十分に検討され、本件残余財産分配請求権の喪失が法人税課税対象となることはないという解釈に至ったものであるが、結果としてその解釈が誤りであったとしても、専門家の行為の結果による不利益を過少申告加算税として原告の負担に帰することは適正を欠くというべきである。なぜならば、原告は、本件各確定申告における申告内容自体は承知していたものの、税法の解釈及び運用に関しての専門的知識を有しておらず、戊事務所の指導に基づいて本件各確定申告をし、それが結果として過少申告になったにすぎないからである。
エ 以上のとおりであるから、原告が本件残余財産分配請求権の喪失に伴い本件現物出資に係る支出を寄附金として計上しなかったことには、通則法６５条４項の「正当な理由」があるといういうべきである。
（被告の主張）
ア 過少申告加算税が課せされない場合として、通則法６５条４項が定める「正当な理由があると認められる」場合とは、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしても、なお、納税者に過少申告加算税を賦課することが不法又は酷になる場合をいうと解される（最高裁平成●●年(○○)第●●号同１８年４月２０日第一小法廷判決・判例時報１９３９号１２頁、同平成●●年（○○）第●●号・第●●号同１８年４月２５日第三小法廷・判例時報同号１７頁参照）。
イ 原告が本件現物出資に係る支出について寄附金に該当しないと判断したことは、何ら合理的な根拠に基づかない独自の見解によるものにすぎず、原告が主張する事情は、単に本件出資金相当額が寄附金に該当することについて公知の事実ではなかったから知らなかったとか、公認会計士事務所の指導を信じたというものにすぎず、通則法６５条４項に規定する「正当な理由」に該当しないことは明らかである。
第３ 争点に対する当裁判所の判断
１ 特定医療法人に関する法令の規定について
(1) 措置法６７条の２第１項は、「財団たる医療法人又は社団たる医療法人で持分の定めがないもの（清算中のものを除く。）のうち、その事業が医療の普及及び向上、社会福祉への貢献その他公益の増進に著しく寄与し、かつ、公的に運営されていることにつき政令で定める要件を満たすものとして、政令で定めるところにより財務大臣の承認を受けたものの当該承認を受けた後に終了した各事業年度の所得については、法人税法第６６条第１項又は第２項の規定（中略）にかかわらず、１００分の２２の税率により、法人税を課する。」と規定し、法人税の軽減措置を設けている。
(2) 措置法６７条の２第１項に規定する政令で定める要件について、平成１４年政令２８２号による改正前の租税特別措置法施行令３９条の２５第１項は、次に掲げる要件とする旨規定している。
ア その診療報酬の額が健康保険法（大正１１年法律第７０号）第４３条ノ９第２項の基準により算定された同項の費用の額その他これらに準ずる額を超えないこと。
イ その運営組織が適正であるとともに、その理事、監事、評議員その他これらの者に準ずるもの（以下この項において「役員等」という。）のうち親族関係を有する者及びこれらと次に掲げる特殊の関係がある者（以下次号において「親族等」という。）の数がそれぞれの役員等の数のうちに占める割合が、いずれも１０分の４以下であること。
(ア) 当該親族関係を有する役員等と婚姻の届出をしていないが事実上婚姻関係と同様の事情にある者
(イ) 当該親族関係を有する役員等の使用人及び使用人以外の者で当該役員等から受ける金銭その他の財産によつて生計を維持しているもの
(ウ) (ア)又は(イ)に掲げる者の親族でこれらの者と生計を一にしているもの
ウ その設立者、役員等若しくは社員又はこれらの者の親族等に対し、施設の利用、金銭の貸付け、資産の譲渡、給与の支給、役員等の選任その他財産の運用及び事業の運営に関して特別の利益を与えないこと。
エ その寄附行為又は定款において、当該法人が解散した場合にその残余財産が国若しくは地方公共団体又は他の医療法人（財団たる医療法人又は社団たる医療法人で持分の定めがないものに限る。）に帰属する旨の定めがあること。
オ その医療施設の規模が財務省令で定める基準に適合していること
カ 当該法人につき医療に関する法令に違反する事実がないこと。
(3) 小括
以上のように、本件当時、社団たる医療法人が特定医療法人へ移行するためには、持分の定めがない医療法人であること（措置法６７条の２第１項）や、寄附行為又は定款において、当該法人が解散した場合にその残余財産が国若しくは地方公共団体又は他の医療法人（財団たる医療法人又は社団たる医療法人で持分の定めがないものに限る。）に帰属する旨の定めがあることなどが必要不可欠の要件とされていた。
２ 争点１（寄附金該当性の有無）について
(1)ア法人税法３７条７項（同条は、平成１４年法律７９号による改正により項が繰り下がったが、改正前の同条６項とその内容は同一であるので、以下、法人税法３７条の項については、便宜上、改正後の項をもって表記することとする。）は、寄附金について、寄附金、拠出金、見舞金その他いずれの名義をもってするかを問わず、内国法人がする金銭その他の資産又は経済的な利益の贈与又は無償の供与をいうと規定し、また、同条３項は、内国法人が各事業年度において支出した寄附金の額の合計額のうち、その内国法人の資本等の金額又は当該事業年度の所得の金額を基礎として政令で定めるところにより計算した金額である損金算入限度額を超える部分の金額は、その内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しないと規定している。
これは、法人が支出する寄附金が、対価を伴わず法人の資産を減少させるものではあるものの、法人が支出した寄附金の全額を無条件で損金に算入するとすれば、法人税の減収を招き、国の財政収入の確保を阻害するばかりでなく、寄附金の出捐による法人の負担が、法人税の減収を通じて国に転嫁され、課税の公平上適当ではないことから、これを利益処分の一形態として損金処理することができないようにし、上記不都合を是正しようとしたものである。他方において、法人が支出する寄附金には、それが法人の収益を生み出すのに必要な費用としての側面を有するものもあり、そのどれだけが費用としての性質を持ち、どれだけが利益としての性質を持つのかを客観的に判定することは困難であることから、法人税法は、行政的便宜及び公平の維持の観点から、統一的な損金算入限度額を設け、寄附金のうちその限【判示(1)】
度額の範囲内の金額は費用として損金算入を認め、それを超える部分の金額は損金に算入しないこととしたものである。
イ また、内国法人が資産の譲渡又は経済的な利益の供与をした場合において、その譲渡又は供与の対価の額が当該資産のその譲渡の時における価額又は当該経済的な利益のその供与の時における価額に比して低いときは、当該対価の額と当該価額との差額のうち実質的に贈与又は無償の供与をしたと認められる金額は、法人税法３７条８項の寄附金の額に含まれるものとされているところ、この規定によれば、例えば、資産の譲渡が行われ、それが私法上は売買契約であったとしても、その売買代金と売買当時の当該資産の時価との間に較差があり、その較差が通常の取引を前提にすれば合理的理由がないと認められるときは、法人税法上、その売買代金額と資産の時価との差額を寄附金と認定できるものと解される。
ウ 以上のような寄附金の損金不算入制度の趣旨及び法人税法３７条の規定の内容からすれば、同条の「寄附金」は、民法上の贈与に限らず、経済的にみて贈与と同視し得る資産の譲渡又は利益の供与であれば足りるというべきである。そして、ここにいう「経済的にみて贈与と同視し得る資産の譲渡又は利益の供与」とは、資産又は経済的利益を対価なく他に移転する場合であって、その行為について通常の経済取引として是認することができる合理的理由が存在しないものを指すと解するのが相当である。
(2) そこで、本件残余財産分配請求権の喪失は、原告が本件現物出資をした時点であらかじめ予定されていたものであって、本件残余財産分配請求権の喪失に伴い本件現物出資に係る支出が原告のＢに対する寄附金に該当するか否か、すなわち、それが金銭その他の資産又は経済的な利益の贈与又は無償の供与であって、その行為について通常の経済取引として是認することができる合理的理由が存在しないものということができるか否かについて検討する。
ア まず、原告が本件現物出資をした時点において、Ｂに対し本件残余財産分配請求権を有していたこと、及び原告はＢの社員ではなく、議決権を有していなかったことは、当事者間に争いがない。
そうすると、原告は、本件現物出資をした平成１３年１１月１日の時点では、Ｂの資本金の全部を出資した者であるが社員ではなく、社員総会における議決権もなく、Ｂの運営にも一切口を差し挟むことができず、さらに、医療法５４条の規定から配当を受けることもできなかったのであるから、本件現物出資時から本件定款変更時までの間は、出資金として資産価値を有していたこと以外は、Ｂに対して出資したことに伴う経済的な見返り等は無かったということができる。
イ 次に、原告におけるＢ設立の企画立案からＢの特定医療法人化に至る経緯等に関し、前記前提事実及び証拠（甲１２、１６、１７の１から５まで）並びに弁論の全趣旨によると、以下の事実を認めることができる。
(ア) 原告の分離分割及び新設医療法人（後のＢである。以下同じ。）の設立計画について
① 原告は、当初持分の定めのある社団たる医療法人であったが、出資者である甲及び乙の相続税対策を図るとともに、軽減された法人税率の適用を受けるこ【判示(2)】
【判示(3)】
とにより病院経営を安定化させる目的で、平成１２年６月１５日の臨時社員総会において、持分の定めのない特定医療法人へ移行するとともに、Ａ病院とＣ病院の両病院を分割分離することを決議した。
② 原告は、原告の資産及び負債の一部を現物出資して、Ｃ病院を開設し運営する医療法人を設立するとともに、新設医療法人についても設立後に特定医療法人とすることを計画し、戊事務所との間で、平成１２年１０月１８日、本件業務委託契約を締結した。
本件業務委託契約では、①契約日から平成１３年３月末日まで全体スキームの企画、相談、立案と鑑定評価をし、②同年９月までに新医療法人の設立に関する業務をし、③同１４年３月末日までに新医療法人の特定医療法人承認を受けることと定められた。
③ 原告は、平成１３年１月２６日開催の臨時社員総会において、社員１２名全員出席の上、特定医療法人の承認を受けるために、その定款の内容を「社員は、本社団の資産の分与を請求することができない。２前項の規定は、社員がその資格を失った後も同様とする。」（１０条）、「本社団が解散したときの残余財産は、国若しくは地方公共団体又は他の医療法人に帰属せしめるものとする。」（４２条）などと変更した。
後日、原告の常務理事である丁は、本件の審査請求手続において、国税不服審判所に対し、原告は、甲及び乙の２名からそれぞれ出資持分の放棄を受けているが、原告の定款変更当時、両名から出資持分の放棄についての異議はなかったと述べた。
④ 戊公認会計士は、平成１３年２月５日に、財務省から原告の特定医療法人化についての内示を受けて、甲及び丙あてに、同月１７日付けで書簡を送付した。同書簡には、同月６日付けで原告の特定医療法人化のための定款変更手続に入っているが、原告及び新設医療法人の各社員構成は、原告理事長甲側と理事丙側とで人数均等比を新設医療法人の特定医療法人化の承認時まで維持すること、同年４月以降、新設医療法人の設立事務手続等に着手し、同年１０月以降、新設医療法人の特定医療法人の承認申請手続に入るが、新設医療法人の特定承認時に、原告の社員は甲側のみとなって丙側は退社し、他方、新設医療法人の社員は丙側のみとなることという指導内容が記載されていた。戊公認会計士は、甲及び丙から同書簡の内容について了承を得て、同年３月１日に、原告の特定医療法人の承認の申請手続をし、原告は、同月３０日、その承認を受けた。
⑤ その後、丙が、甲側の人間が新設医療法人（以下、時期を問わず「Ｂ」という。）の社員になることを拒んだ。
原告は、戊公認会計士と協議をしたが、新医療法人の設立と両病院の分離とが最優先事項であったことから、Ｂの社員構成については丙の要望どおりにすることとし、当初の計画どおり、本件業務委託契約の内容を維持して、引き続き原告からＢへの現物出資の評価をしてもらい、Ｂの設立の準備を進めることとした。
(イ) Ｂの設立総会と原告によるＢへの現物出資の申出について
① Ｂの設立総会が平成１３年４月１日に開催され、社員を甲側の人間を除く丙ら６名とすることでＢの設立が議決された。
上記設立総会には、原告からは甲が出席し、甲は、Ｂの設立に当たり、原告から、原告の土地、建物及び預貯金等の資産合計１８億４６０５万３２５４円を出資するとともに、上記建物の増改築資金の借入金残額１億８３７５万円をＢに引き継ぎたいと申入れをし、上記出資及び債務の引き継ぎについて全員に諮られて承認され、この結果、Ｂの設立時の資産総額が差し引き１６億６２３０万３２５４円となることについて承認、可決された。
② 原告は、平成１３年４月２日、Ｂに対し、差引き出資額を１６億６２３０万３２５４円とする出資申込書を提出した。
③ 原告は、平成１３年５月２６日、社員理事全員の出席の上、定期社員理事総会を開催した。
甲は、原告の分割及びＢの特定医療法人化についての議案を上程し、この事務を戊公認会計士に依頼して同１４年３月末までに実現したいと考えている旨述べて、出席者全員の同意を得、当該議案が原案どおり承認の議決がされた。
④ 原告は、平成１３年９月１３日、臨時社員総会を開催した。
甲から一任されていた列席者の戊公認会計士が司会となって議事を進行し、まもなくＢの医療法人設立が認可されることが確実となったこと、本件業務委託契約により甲及び乙が戊事務所の組織変更の方法及び適正負担金について異議なく同意している旨確認すること、Ｂが同年１０月１日付けで原告から分離設立される予定であることを述べ、原告からＢへの適正負担金及びその清算方法について詳細に説明したところ、当該議案について委任状を提出した社員を含む全社員が異議なく賛同した。
(ウ) Ｂの設立及び特定医療法人化に至る経緯並びに原告からの本件現物出資の実行について
① Ｂは、平成１３年９月２５日、熊本県知事から、医療法人設立を認可する旨の通知を受け、同年１０月１日、理事長をＤとし、前記(イ)①のとおり資産の総額を１６億６２３０万３２５４円として設立された。
② 原告は、平成１３年１１月１日付けで、Ｂに対して出資した資産の合計額２４億３５４１万０５７７円とＢに引き継いだ負債の合計額１億９６５９万４３１８円との差額２２億３８８１万６２５９円を本件出資金として経理処理するとともに、このうち５億４９６１万８６９１円を本件出資未払金として経理処理をした。
③ 原告は、平成１３年１１月２日、社員１２名全員が出席の上、臨時社員総会を開催した。
上記臨時社員総会において、原告の組織変更に伴う定款変更が社員全員一致で可決されたが、その内容は、原告が開設する病院名からＣ病院が削除され、病院経営のほかに行う業務として掲げられていた介護保険法による居宅介護支援事業の経営が削除されたものの、それ以外は、平成１３年１月２６日付け臨時社員総会において可決された定款と内容がほぼ同じであり、社員が本社団の資産の分与を請求できないこと（１０条、変更後は９条である。）及び本社団が解散したときの残余財産については国若しくは地方公共団体又は他の特定医療法人に帰属せしめるものとすること（４２条、変更後は４１条である。）は維持された。
④ Ｂは、平成１４年２月１４日、丙ら６名の社員全員が出席の上、臨時社員総会を開催し、特定医療法人の承認を受けるために、旧定款の「社員資格を喪失した者は、その出資額に応じて払戻しを請求することができる。」（９条）との規定が、「社員は、本社団の資産の分与を請求することができない。
２ 前項の規定は、社員がその資格を失った後も同様とする。」（１０条）との規定に、また、旧定款の「本社団が解散した場合の残余財産は、払込済出資額に応じて分配するものとする。」（３３条）との規定が、「本社団が解散したときの残余財産は、国若しくは地方公共団体又は同種の医療法人に帰属せしめるものとする。」（３９条）との規定にそれぞれ変更する必要があるとの報告がされ、社員全員一致により当該議案が可決された（本件定款変更）。
後日、原告の常務理事である丁は、本件の審査請求手続において、国税不服審判所に対し、原告がＢへの出資持分を放棄しなければならないことは理解していたが、本件現物出資の当時は新設医療法人の設立及び特定医療法人化が不透明な状況であったこと、Ｂへの出資持分の放棄については原告の社員総会の議事として諮っておらず、その後も出資持分を放棄することについて正式に社員総会等で決議していないことを述べた。
⑤ Ｂは、平成１４年３月６日付けで、財務大臣に対し、特定承認申請書を天草税務署長を経由して提出し、財務大臣から同月２９日付けで、上記申請を承認する旨の通知を受けて、特定医療法人となった。
⑥ 原告は、平成１４年３月２９日、Ｂに対し、本件出資未払金のうち７２５３万７９１３円を支払った。
⑦ 原告は、平成１３年１１月１日の仕訳で資産として計上していたＢに対する本件出資金全額を、Ｂが特定医療法人の承認を受けたことにより本件出資金の返還が得られなくなったとして、同１４年３月３１日の仕訳で雑損に振り替えた。
⑧ 原告は、Ｂに対し、平成１４年５月３１日に本件出資未払金のうち４６３０万円を、同年６月２８日に８１２５万１４９６円を、同１５年６月３０日に８７３８万２２９８円をそれぞれ支払った。
ウ 以上の認定事実によると、①原告は、原告の開設する両病院を分離し、原告の資産等を現物出資してＣ病院を開設するＢを設立して、これを特定医療法人化することを計画し、戊事務所との間で、当該業務を委託する本件業務委託契約を締結したこと、②原告は、自らも特定医療法人となったが、その前提として持分の定めのない社団医療法人になる旨の定款変更をした際に、原告の出資者である甲及び乙はいずれも出資持分の喪失について異議を述べることなく了承したこと、③原告はＢの設立総会を開催する以前に、丙から甲側の人間がＢの社員となるのを拒否されたが、その後、戊事務所との間で、本件業務委託契約の基本方針、すなわち、原告からＣ病院を分離し、資産等を現物出資してＣ病院を開設する医療法人を新設し、当該医療法人の特定医療法人化を図ることを確認した上で本件業務委託契約の遂行を依頼したこと、④甲は、甲側の人間が社員とならないことが確定していたＢの設立総会に出席し、Ｂに対し現物出資を行いたいと申出をし、原告から土地、建物及び預貯金等の資産及び当該建物の増改築に係る負債の現物出資を受けて、Ｂが設立されたこと、⑤原告は、平成１３年５月２６日に定期社員理事総会を開催し、甲が原告の分割及びＢの特定医療法人化について戊公認会計士に依頼して、同１４年３月末までに実現したい旨を提案し、承認の議決を得たこと、⑥戊公認会計士は、本件業務委託契約に基づき、原告の資産等の評価を行い、適正負担金資料を作成するなどして、両病院をほぼ均等に分割するための業務を遂行し、これを受けて、原告は、平成１３年９月１３日に臨時社員総会を開催して組織変更を行い、Ｃ病院を分離すること並びに原告のＢに対する適正負担金の支払及びその清算方法について承認の議決を行うとともに、設立許可が下りたＢに対し、同年１１月１日付けで本件現物出資を行うとともに、このうち５億４９６１万８６０１円を本件出資未払金として経理処理をしたこと、⑦Ｂが特定医療法人の承認を得る前提として持分の定めのない医療法人となる旨の本件定款変更をした後、原告はＢに対し本件各事業年度内に本件出資未払金５億４９６１万８６０１円のうち合計２億８７４７万１７０７円を支出したことを認めることができる。
そうすると、原告は、本件現物出資をした時には、既にその後にＢが特定医療法人化のために本件定款変更を行うことを認識していたものであり、かつ、本件定款変更をした場合にはそれに伴い原告が本件残余財産分配請求権を喪失することは、原告自身の特定医療法人化のための定款変更に伴う出資者の持分放棄を経験していたことから十分に理解していたものと認めることができるところ、それにもかかわらず、それを前提として本件現物出資を行い、当時有していた資産価値を、Ｂの本件定款変更に伴い何らの対価も得ずに放棄して雑損に振り替え、その後も、何の見返りもないにもかかわらず、本件出資未払金を本件各事業年度を通じ支払い続けているのであるから、原告は、Ｂに対し、本件現物出資に係る支出を無償で供与したものであり、その行為について、通常の経済取引として是認することができる合理的理由が存在しないものと認めることができるというべきである。
エ(ア) この点に関し、原告は、原告自身も甲側の人間もＢの社員ではないから、本件現物出資の時点において、将来Ｂの社員総会において特定医療法人化のための本件定款変更がされるか否かが不確実であり、また、財務大臣の承認が得られるか否かも不確実であるから、本件残余財産分配請求権を喪失することをあらかじめ了知した上で本件現物出資を行ったということはできないと主張する。
しかし、前記認定事実及び弁論の全趣旨によると、原告は、甲側の人間がＢの社員となることができず、また、本件現物出資に係る土地及び建物の譲渡益に関し当初検討していた適格現物出資制度の活用という課税対策が効を奏さないことが見込まれることになった時点においても、引き続き、戊公認会計士が本件業務委託契約どおり平成１４年３月末までにＢの特定医療法人化の業務を遂行することを依頼し、それが実現可能性のあるものであるとの認識の下に本件現物出【判示(4)】
【判示(5)】
資を行い、また、Ｂにおいて、本件残余財産分配請求権を喪失させる結果をもたらす本件定款変更がされたときにもこれに特段の異議を述べることなく、何ら法的措置を講ずることもないまま、その後も、引き続き本件出資未払金の支払を継続していることを認めることができる。そうすると、以上の事実関係に照らせば、本件残余財産分配請求権の喪失が不確実な事柄であったなどという原告の上記主張は失当であるというほかない。しかも、仮に、原告が本件現物出資をした時点であらかじめ本件残余財産分配請求権の喪失が予定されていなかったとしても、本件残余財産分配請求権を喪失した時点において、原告が何らの対価も得ずにこれを放棄し、また、何の見返りもないまま本件出資未払金の支払を継続するということは、遅くともその時点において、原告からＢに対する寄附金に該当するというべきであるから、この点からしても、原告の上記主張は失当である。
(イ) また、原告は、本件現物出資の際に検討したのは、本件現物出資に係る土地及び建物の簿価と時価との差額の譲渡益に関する課税対策だけであって、本件出資金相当額の損金処理は、平成１４年３月期確定申告の直前に初めて考えついたものであり、当初からもくろんでいたわけではない旨主張する。
しかし、前記認定判断のとおり、原告が本件残余財産分配請求権が喪失するということをあらかじめ認識しながら本件現物出資を行ったということや、本件残余財産分配請求権を喪失した後にも、なお本件出資未払金の支払を継続したということから、本件現物出資に係る支出を寄附金に該当するとしているのである。要は、本件残余財産分配請求権の喪失を認識して本件現物出資に係る支出をしたか否かが問題なのであって、これを特別損失として損金処理することを本件現物出資の時点で考えていたか否かによって前記判断が左右されるものではない。
したがって、原告の上記主張は失当である。
(ウ) また、原告は、Ｂの本件定款変更により原告が本件残余財産分配請求権を喪失したとしても、本件覚書の適用又は類推適用により、法人税の課税関係が生じないと解すべきであり、本件出資金相当額の損金算入が認められるべきである旨主張する。
ａ しかし、出資持分の定めのある医療法人への出資持分を有する法人が、当該医療法人の出資持分の定めのない医療法人への移行に伴いその有する出資持分を放棄した場合には、その出資持分の時価相当額が経済的利益の供与に該当することから、法人税法３７条７項に規定する寄附金に該当するということができるのであって、法令ではない本件覚書の適用又は類推適用により寄附金該当性が否定される理由はない。
ｂ しかも、証拠（甲１４、乙３３、３４）によると、特定医療法人の制度及び本件覚書制定の経緯等については、以下の事実を認めることができる。
① 医療法人制度は、昭和２５年の医療法の一部改正（昭和２５年法律第１２２号）により制定されたものであるところ、同制度制定の趣旨は、「私人による病院経営の経済的困難を、医療事業の経営主体に対し、法人格取得の途を拓き、資金集積の方途を容易に講ぜしめること等により、緩和せんとするものであること」であり、医療法人に対する課税上の特例を設けることは、【判示(6)】
医療法の直接目的とするところではなく、これについてはむしろ医業一般の問題として別途考慮すべきものとされていた。
② その後、昭和３９年の税制改正（昭和３９年３月法律第２４号）により、いわゆる特定医療法人制度が創設された（措置法６７条の２）。この制度は、一定の公益性の高い医療法人を特定医療法人として大蔵大臣（現財務大臣、平成１５年４月１日以降は国税庁長官）が承認したものについては公益法人並の軽減税率を適用するというものであり、特定医療法人は、財団及び出資持分の定めのない医療法人に限られている。
③ 本件覚書は、昭和３９年１２月２８日付けで作成されているところ、本件覚書には、「租税特別措置法第６７条の２の適用を受けるためには、既設の出資持分の定めのある社団たる医療法人は、その組織を変更しなければならないが、その組織の変更については、次によることとする。」として、「１組織の変更については、既往の出資持分の定めのある社団たる医療法人について清算の手続きをなすべきものであるが、その変更後の医療法人が租税特別措置法第４０条及び第６７条の２の承認を受ける各要件に該当しているものに限り、定款の変更の方法によることを認める。」、「２１により昭和４１年３月末日までに定款を変更し、租税特別措置法第６７条の２により大蔵大臣の承認を受けた場合には、その変更につき、法人税、所得税及び贈与税の課税はしない。医療法人が特別の事由があるため、同日以後において１の手続きにより組織の変更を行おうとする場合において大蔵省及び厚生省の協議により承認されたときについてもまた同様とする。」と記載されている。
④ 平成１０年の医療法施行規則等の一部を改正する省令（平成１０年厚生省令第３５号）において、医療法施行規則３０条の３６が新たに創設された。同条には、「社団である医療法人で持分の定めのあるものは、定款を変更して、社団である医療法人で持分の定めのないものに移行することができる。」（１項）、「前項の規定により社団である医療法人で持分の定めのないものに移行する場合にあっては、当該医療法人は、その資本金の全部を資本剰余金として経理するものとする。」（２項）と規定されている。
⑤ 厚生労働省のホームページ（平成１９年１０月２５日現在）に掲載されている平成１６年８月５日付けの「規制改革・民間開放推進会議「中間とりまとめ」に対する厚生労働省の考え方」と題する報道発表資料には、要旨次の記載がある。
(a) 「現在、株式会社については、医療法人に出資することはできるものの、社員にはなれないとされているが、これに社員としての地位を与え、社員総会における議決権を取得することを容認する。」との規制改革・民間開放推進会議の主張に対し、厚生労働省の考え方は、「医療法第７条第５項をはじめとする医療法に規定されている医療の非営利の原則から考
えても、株式会社が出資に伴い医療法人の社員として議決権を取得することは認められない。」というものであること。
(b) 「現在、医療法人は医療法人に出資することはできないとされているが、これを可能とする。」との同会議の主張に対し、厚生労働省の考え方は、「医療法人が…（中略）…当該剰余金を他の医療法人に出資することは、医療法第５４条に抵触するものと考えられることから認められない。」というものであること。
ｃ そうすると、以上の特定医療法人の制度及び本件覚書制定の経緯等を踏まえると、措置法６７条の２が適用される医療法人は、前記ｂの②のとおり、財団及び出資持分の定めのない社団に限られ、既存の出資持分の定めのある医療法人が特定医療法人の承認を得るためには、出資持分の定めのない医療法人に移行する必要が生じることとなるところ、前記ｂの③及び④のとおり、平成１０年の医療法施行規則等の一部を改正する省令において、医療法施行規則３０条の３６が新たに創設されるまでは、医療法上、医療法人の組織変更に関する明文の規定はなかったことから、当該移行が、種類の異なる法人への組織変更であり、事実上の解散及び設立があったものとして取り扱われるとすれば、税法上、①医療法人の解散に伴う清算所得に対する法人税、②出資者への残余財産の分配に係るみなし配当所得に対する所得税、③出資持分の定めのない医療法人設立に伴う贈与税、④出資持分の放棄を受ける医療法人の受贈益（法人税）又は贈与税、⑤出資持分を放棄した出資者に対する所得税又は法人税の課税関係が生じることとなる。そこで、本件覚書は、新たに創設された特定医療法人制度の定着という観点から、定款変更による組織変更を認め、解散及び設立等に伴い課税関係が生じたとしても課税をしないこととして取り扱うことを確認したものであると認めることができる。もっとも、前記ｂの⑤のとおり、医療法人を所管する厚生労働省においては、株式会社が出資に伴い医療法人の社員として議決権を取得することは認められず、かつ、医療法人が医療法人に出資することも、医療法５４条に抵触するものであり認められないとの見解を採っていることからすれば、本件覚書作成当時、厚生省（当時）は、医療法人の出資者たる社員として、自然人を想定していたものであると認めることができ、少なくとも医療法人が出資者となることを前提として本件覚書を作成したものとは考え難いというべきである。
そうすると、本件覚書により確認された所得税、法人税及び贈与税の課税関係には、上記⑤に記載したもののうち、「出資持分を放棄した法人の出資者に対する法人税の課税関係」は含まれておらず、ましてや、本件のように、厚生省（当時）において医療法５４条に抵触すると考えていた「医療法人が他の医療法人に出資した場合を前提とする法人税の課税関係」は含まれていないと解するのが相当である。
また、前記ｂの④のとおり、平成１０年の医療法施行規則の改正により、社団たる医療法人一般について、定款変更により持分の定めのあるものから持分の定めのないものに移行することができることが明らかにされ、形式的にも実質的にも解散及び設立という手続を経ないものである以上、解散及び設立を前提とする清算所得に対する法人税、みなし配当所得に対する所得税及び贈与税という上記①から③までの課税関係は生じないことになり、また、医療法施行規則３０条の３６第２項の規定のとおり資本金は全額資本剰余金として経理することから、法人税法上は資本等取引に当たり受贈益が発生しないので、上記④の課税関係も生じないことになり、また、上記⑤についても、出資持分が個人からの贈与により法人へ移転したものとみなされ、株式の無償償却と同様に譲渡性が認められないことから、所得税法５９条１項に規定するいわゆる「みなす譲渡」の課税関係は発生しないこととなったものである。したがって、本件覚書は、平成１０年の医療法施行規則の改正後は、その存在の意味がなくなったものと認めるのが相当である。
そうすると、本件覚書はそもそも本件のような場合を想定しておらず、本件覚書のような例外的な措置が、本件覚書が想定していない本件のような場合にまで適用又は類推適用される余地はなく、いずれにしても、本件覚書の存在は、原告の上記主張を裏付けるものとは到底いえないというべきである。
ｄ 以上のとおりであるから、いずれにしても原告の上記主張は失当である。
オ 以上のとおり、あらかじめ本件残余財産分配請求権が喪失することを前提として、又は、本件残余財産分配請求権が喪失したことを前提として、原告がＢに対して行った本件現物出資に係る支出は、いずれも寄附金に該当するというべきであり、本件出資未払金については、本件各事業年度において現実に原告からＢに対して支払われた時点において、法人税法３７条７項にいう「寄附金」に該当するというべきであるから、同条３項により認められる所定の損金算入限度額を除き、本件各事業年度の法人税の所得金額の計算上、損金に算入することができないものというべきである。
そして、本件各事業年度における本件に関する原告のＢに対する寄附金の支出額は、前記認定事実によると、平成１４年３月期において、出資の額の合計額１７億６１７３万５５７１円及び固定資産譲渡益の額３億５７９７万７５８２円の合計額２１億１９７１万３１５３円であり、平成１５年３月期において、出資の額の合計額１億２７５５万１４９６円であり、平成１６年３月期において、出資の額の合計額８７３８万２２９８円であると認めることができる。
３ 本件各更正処分の適法性
前記２のとおりであるから、原告の本件各事業年度の法人税に係る所得金額及び納付すべき税額は、①平成１４年３月期については、所得金額は９億２８７１万６７０９円であり、納付すべき税額は２億０４３１万７５００円であり、②平成１５年３月期については、所得金額は４億３６８４万４３７１円であり、納付すべき税額は９６１０万５６００円であり、③平成１６年３月期については、所得金額は４億７２３０万７４８８円であり、納付すべき税額は１億０３９０万７４００円であると認めることができる。そうすると、本件各更正処分における所得金額及び納付すべき税額は、いずれもこれらと同額であるから、本件各更正処分は、いずれも適法である。
４ 争点２（通則法６５条４項に規定する「正当な理由」の存否）について
(1) 過少申告加算税は、過少申告による納税義務違反の事実があれば、原則としてその違反者に対し課されるものであり、通則法６５条１項により、納税者は、修正申告又は更正により納付すべきこととなった税額の１００分の１０を過少申告加算税と【判示(7)】
して納付しなければならないとされている。この過少申告加算税は、当初から適法に申告し納税した納税者との間の客観的不公平の実質的な是正を図るとともに、過少申告による納税義務違反の発生を防止し、適正な申告納税の実現を図り、もって納税の実を挙げようとする行政上の措置であり、主観的責任の追及という意味での制裁的な要素は重加算税に比して少ないものである。
通則法６５条４項は、修正申告書の提出又は更正に基づき納付すべき税額に対して課される過少申告加算税につき、その納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうちにその修正申告又は更正前の税額の計算の基礎とされていなかったことについて正当な理由があると認められるものがある場合には、その事実に対応する部分についてはこれを課さないこととし、当該事実に基づく税額は控除されることになっているが、過少申告加算税の上記の趣旨に照らせば、同項にいう「正当な理由があると認められる」場合とは、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、上記のような過少申告加算税の趣旨に照らしても、なお、納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうものと解するのが相当である（最高裁平成●●年（○○）第●●号同１８年４月２０日第一小法廷判決・判例時報１９３９号１２頁、同平成●●年(○○)第●●号・第●●号同１８年４月２５日第三小法廷判決・判例時報同号１７頁参照）。
(2) 本件において、本件各更正処分がいずれも適法であるのは前記３のとおりであるが、原告が本件各確定申告において納付すべき税額を過少に申告したことについて、通則法６５条４項に規定する正当な理由があると認められるか否か、すなわち、真に納税者たる原告の責めに帰することのできない客観的な事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしても、なお、原告に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になるということができるか否かを検討する。
前記認定事実及び弁論の全趣旨によれば、原告は、本件現物出資をした平成１３年１１月１日時点においては、本件出資金相当額を資産に計上したものの、当時既に、その後のＢの本件定款変更により原告の有する本件残余財産分配請求権を喪失することを認識していたものであり、実際に、Ｂの本件定款変更がされた際にも本件残余財産分配請求権を喪失することに関し、何らかの異議を述べたり法的措置を講じたりすることなく、それを黙認して、さらに本件出資未払金の支払を継続したものであるにもかかわらず、平成１４年３月期確定申告に際し、その課税関係について本件業務委託契約を締結していた戊公認会計士とあらかじめ協議をした結果、本件出資金相当額を特別損失として損金の額に計上することにして平成１４年３月期確定申告書を作成し、これを提出したものであり、引き続いて行った平成１５年３月期確定申告及び平成１６年３月期確定申告においても、平成１４年３月期確定申告書の記載内容を前提として各確定申告書を作成し、これを提出したものであることが認められるのである。
そうすると、以上の認定事実によれば、原告が本件各確定申告において納付すべき税額を過少に申告したことについて、真に納税者たる原告の責めに帰することのできない客観的な事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしても、なお、原告に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になるとまで認めることはできず、本件各更正処分によりその納付すべき税額の計算の基礎となった事実が本件各確定申告において税額の計算の基礎とされなかったことについて、通則法６５条４項にいう「正当な理由」があると認めることはできないというべきである。
(3) この点について、原告は、本件各確定申告の当時、本件出資金相当額が特別損失とはならずに寄附金となるとの見解は公知のものではなく、むしろ、本件紛争が生じたことに起因して初めてこの点に関する税務当局の見解が平成１７年４月２７日に明らかにされたのであるから、それまでは、原告が、本件覚書の趣旨に則り、本件定款変更によって本件残余財産分配請求権を喪失しても法人税課税がされることはないと考え、本件出資金相当額を寄附金に計上しなかったことには合理的理由があり、しかも、本件各確定申告は、専門家である戊事務所の指導に基づくものであって、税法の解釈及び運用に関し何ら専門的知識を有していない原告の責めに帰するのは不当であって酷であるから、原告には通則法６５条４項にいう「正当な理由」がある旨主張する。
しかし、既に判示したとおり、本件覚書はあくまでも覚書であって法令ではなく、本件現物出資に係る支出が寄附金に当たらないとする原告の主張の裏付けになるものではない。また、本件残余財産分配請求権の喪失によって本件現物出資に係る支出が寄附金に該当することになるにもかかわらず、寄附金に該当しないと判断したことは、戊公認会計士の指導があったとしても、何ら合理的な根拠に基づかない原告の独自の見解であるといわざるを得ない。しかも、原告は、本件残余財産分配請求権の喪失により本件現物出資に係る支出が寄附金に該当することは、公知の事実でなかったなどとるる主張するけれども、寄附金とは、法人税法３７条７項にいうとおり、寄附金、拠出金、見舞金その他いずれの名義をもってするかを問わず、内国法人が金銭その他の資産又は財産的利益の贈与又は無償の供与をした場合をいうのであり、また寄附金の額とは、その場合における当該金銭の額若しくは金銭以外の資産のその贈与の時における時価又は当該経済的利益のその供与の時における価額によるものとするのは法律上明らかであるところ、何が寄附金に該当するかはその事実のあてはめの問題にすぎず、税務当局がその公的見解を明らかにしなければ認められないという問題ではない。そして、本件残余財産分配請求権の喪失により本件現物出資に係る支出が原告からＢに対する寄附金に該当するということができることは前記２において判示したとおりである。
したがって、原告の上記主張は、いずれの点においても失当であるというべきである。
(4) 以上のとおりであるから、天草税務署長は、原告に対し、通則法６５条１項及び２項に基づき、本件各事業年度において過少申告加算税を課することができるというべきである。
５ 本件各賦課決定処分の適法性
前記４において判示したとおりであり、原告は、本件各事業年度の法人税について、納付すべき税額を過少に申告していたものであり、そのことについて、通則法６５条４項に規定する正当な理由も存在しない。
したがって、過少申告加算税の金額は、通則法６５条１項の規定に基づく金額に同条２項の規定に基づく金額を加算した金額となるところ、①平成１４年３月期賦課決定処分については、平成１４年３月期更正処分によって原告が新たに納付すべきこととなった税額２億０４３１万円（通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満を切り捨てた後のもの）に対して通則法６５条１項に規定する１００分の１０の割合を乗じて算出した２０４３万１０００円と、平成１４年３月期更正処分によって原告が新たに納付すべきこととなった税額２億０４３１万７５００円から５０万円を控除した２億０３８１万円（通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満を切り捨てた後のもの）に対して同条２項に規定する１００分の５の割合を乗じて算出した１０１９万０５００円の合計金額３０６２万１５００円となり、②平成１５年３月期賦課決定処分については、平成１５年３月期更正処分によって原告が新たに納付すべきこととなった税額９６１０万円（通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満を切り捨てた後のもの）に対して通則法６５条１項に規定する１００分の１０の割合を乗じて算出した９６１万円と、平成１５年３月期更正処分によって原告が新たに納付すべきこととなった税額９６１０万５６００円から５０万円を控除した９５６０万円（通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満を切り捨てた後のもの）に対して同条２項に規定する１００分の５の割合を乗じて算出した４７８万円の合計金額１４３９万円となり、③平成１６年３月期賦課決定処分については、平成１６年３月期更正処分によって原告が新たに納付すべきこととなった税額１億０３９０万円（通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満を切り捨てた後のもの）に対して通則法６５条１項に規定する１００分の１０の割合を乗じて算出した１０３９万円と、平成１６年３月期更正処分によって原告が新たに納付すべきこととなった税額１億０３９０万７４００円から５０万円を控除した１億０３４０万円（通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満を切り捨てた後のもの）に対して同条２項に規定する１００分の５の割合を乗じて算出した５１７万円の合計金額１５５６万円となる。これは、本件各賦課決定処分における過少申告加算税の金額（別表１から別表３までの各「更正処分等」欄の「過少申告加算税」欄の金額）と同額であるから、本件各賦課決定処分は、いずれも適法である。
第４ 結論
よって、原告の請求はいずれも理由がないから棄却することとし、訴訟費用の負担につき、行政事件訴訟法７条、民訴法６１条を適用して、主文のとおり判決する。東京地方裁判所民事第３８部
裁判長裁判官杉原則彦
裁判官小田靖子
裁判官島村典男
別表１確定申告及び更正処分の内容（平成１４年３月期）
（単位：円）
確定申告
更正処分等
年月日
期限内
平17.3.28
申告所得金額
△1,649,761,438
△1,649,761,438
役員賞与の損金不算入額
4,630,500
特別損失として損金の額に算入されない額
2,238,816,259
固定資産譲渡益の計上漏れ
357,977,582
寄附金の損金不算入額
2,095,900,959
雑収入の計上漏れ
866,000
寄附金の損金算入額
△2,119,713,153
課税処分の内容
処分額計
2,578,478,147
所得金額
△1,649,761,438
928,716,709
法人税額
204,317,520
法人税額から控除される所得税額
161,113
161,113
差引合計法人税額
△161,113
204,156,400
既に納付の確定した本税額
△161,113
差引納付すべき税額
△161,113
204,317,500
過少申告加算税
30,621,500
翌期へ繰り越す欠損金額
1,649,761,438
別表２確定申告及び更正処分の内容（平成１５年３月期）
（単位：円）
確定申告
更正処分等
年月日
期限内
平17.3.28
（欠損金の当期控除額）
申告所得金額
(468,492,514)
役員賞与の損金不算入額
4,655,500
欠損金の当期控除額の過大額
468,492,514
寄附金の損金不算入額
116,354,053
寄附金の損金算入額
△127,551,496
事業税の損金算入額
△25,106,200
課税処分の内容
処分額計
436,844,371
所得金額
436,844,371
法人税額
96,105,680
法人税額から控除される所得税額
24,076
24,076
差引合計法人税額
△24,076
96,081,600
既に納付の確定した本税額
△24,076
差引納付すべき税額
△24,076
96,105,600
過少申告加算税
14,390,000
翌期へ繰り越す欠損金額
1,181,268,924
（注）（）内の金額は、繰越欠損金控除前の金額を表す。
別表３確定申告及び更正処分の内容（平成１６年３月期）
（単位：円）
確定申告
更正処分等
年月日
期限内
平17.3.28
（欠損金の当期控除額）
申告所得金額
(480,465,562)
役員賞与の損金不算入額
4,690,500
欠損金の当期控除額の過大額
480,465,562
寄附金の損金不算入額
75,988,224
寄附金の損金算入額
△87,382,298
事業税の損金算入額
△1,454,500
課税処分の内容
処分額計
472,307,488
所得金額
472,307,488
法人税額
103,907,540
法人税額から控除される所得税額
28,577
28,577
差引合計法人税額
△28,577
103,878,900
既に納付の確定した本税額
△28,577
差引納付すべき税額
△28,577
103,907,400
過少申告加算税
15,560,000
翌期へ繰り越す欠損金額
700,803,362
（注）（）内の金額は、繰越欠損金控除前の金額を表す。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2008/pdf/10901.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。