税務訴訟資料第２５８号－９１（順号１０９４９）
那覇地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（名護税務署長）
平成２０年４月２３日棄却・確定
判決
原告合資会社Ａ
同代表者代表社員甲
原告甲
原告ら訴訟代理人弁護士三宅俊司
原告ら補佐人税理士吉原美公
被告国
同代表者法務大臣鳩山邦夫
処分行政庁名護税務署長
佐藤秋広
被告指定代理人赤谷圭介
同井手上秀文
同福本昌弘
同吉良輝昭
同上原直樹
同新垣一豊
同新垣真一
同宮里昭司
同小室陽一郎
主文
１ 原告らの請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告らの負担とする。
事実及び理由
第１ 請求の趣旨
１ 処分行政庁（名護税務署長。以下同じ。）が平成１４年６月２６日付けで原告合資会社Ａ（以下「原告会社」という。）に対してした、平成１０年４月１日から平成１１年３月３１日までの事業年度（以下「平成１１年３月期」という。）以後の法人税の青色申告承認取消処分（以下「本件青色申告承認取消処分」という。）を取り消す。
２ 処分行政庁が平成１４年６月２６日付けで原告会社に対してした、平成１１年３月期の法人税の更正処分（以下「平成１１年３月期の本件法人税更正処分」という。）のうち６６６万２２００円を超える部分及び重加算税賦課決定処分（以下「平成１１年３月期の法人税に係る本件重加算税賦課決定処分」といい、平成１１年３月期の本件法人税更正処分と併せて「平成１１年３月期の本件法人税更正処分等」という。）を取り消す。
３ 処分行政庁が平成１４年６月２６日付けで原告会社に対してした、平成１１年４月１日から平成１２年３月３１日までの事業年度（以下「平成１２年３月期」という。）の法人税の更正処分（以下「平成１２年３月期の本件法人税更正処分」といい、平成１１年３月期の本件法人税更正処分と併せて「本件各法人税更正処分」という。）のうち５５１万３３００円を超える部分及び重加算税賦課決定処分（以下「平成１２年３月期の法人税に係る本件重加算税賦課決定処分」といい、平成１１年３月期の法人税に係る本件重加算税賦課決定処分と併せて「法人税に係る本件各重加算税賦課決定処分」という。また、平成１２年３月期の本件法人税更正処分と平成１２年３月期の法人税に係る本件重加算税賦課決定処分を併せて「平成１２年３月期の本件法人税更正処分等」という。）を取り消す。
４ 処分行政庁が平成１４年６月２６日付けで原告会社に対してした、平成１１年３月期の消費税及び地方消費税（以下、両者を併せて「消費税等」という。）の更正処分（以下「平成１１年３月期の本件消費税等更正処分」という。）のうち６３６万６２００円（内訳・消費税５０９万３０００円、地方消費税１２７万３２００円）を超える部分並びに重加算税賦課決定処分（以下「消費税等に係る平成１１年３月期の本件重加算税賦課決定処分」といい、平成１１年３月期の本件消費税等更正処分と併せて「平成１１年３月期の本件消費税等更正処分等」という。）を取り消す。
５ 処分行政庁が平成１４年６月２６日付けで原告会社に対してした、平成１２年３月期の消費税等の更正処分（以下「平成１２年３月期の本件消費税等更正処分」といい、平成１１年３月期の本件消費税等更正処分と併せて「本件各消費税等更正処分」という。）のうち５３４万９１００円（内訳・消費税４２３万０６００円、地方消費税１１１万８５００円）を超える部分及び重加算税賦課決定処分（以下「平成１２年３月期の消費税等に係る本件重加算税賦課決定処分」といい、平成１１年３月期の消費税等に係る本件重加算税賦課決定処分と併せて「消費税等に係る本件各重加算税賦課決定処分」という。また、平成１２年３月期の本件消費税等更正処分と平成１２年３月期の消費税等に係る本件重加算税賦課決定処分を併せて「平成１２年３月期の本件消費税等更正処分等」という。）を取り消す。
６ 処分行政庁が平成１４年６月２６日付けで原告会社に対してした、平成１１年３月分の源泉徴収に係る所得税の納税告知処分（以下「本件納税告知処分」という。）及び不納付加算税の賦課決定処分（以下「本件不納付加算税賦課決定処分」といい、本件納税告知処分と併せて「本件納税告知処分等」という。）を取り消す。
７ 処分行政庁が平成１４年６月２６日付けで原告甲（以下「原告甲」という。）に対してした、平成１１年分所得税の更正処分（以下「原告甲に対する本件更正処分」という。）のうち７３万１２００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分（以下「原告甲に対する本件過少申告加算税賦課決定処分」といい、原告甲に対する本件更正処分と併せて「原告甲に対する本件更正処分等」という。）を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、処分行政庁が原告会社に対してした、本件青色申告承認取消処分、本件各法人税更正処分、法人税に係る本件各重加算税賦課決定処分、本件各消費税等更正処分、消費税等に係る本件各重加算税賦課決定処分及び本件納税告知処分等並びに処分行政庁が原告甲に対してした原告甲に対する本件更正処分等（以上の各処分を総称して「本件各処分」という。）がそれぞれ違法であるとして、原告らが被告に対し、本件各処分（ただし、更正処分については、申告税額を超える部分）の取消しを求める事案である。
１ 前提事実（各掲記の証拠（枝番を含む。以下同じ。）によるほかは、当事者間に争いがない。）
(1) 当事者
原告会社は、コンクリート二次製品製造販売業等を目的とする合資会社であり、処分行政庁から青色申告書の提出承認を受けていた。
原告甲は、原告会社の無限責任社員（代表社員）である。
(2) 確定申告
原告会社は、それぞれ法定申告期限までに、平成１１年３月期及び平成１２年３月期の法人税について別紙１の「確定申告」欄記載のとおりの青色申告書による確定申告をし、また、平成１１年３月期及び平成１２年３月期の消費税等について別紙２の「確定申告」欄記載のとおりの確定申告をした。
原告甲は、法定申告期限までに、平成１１年分所得税として、別紙４の「確定申告」欄記載のとおりの確定申告をした。
(3) 本件各処分
ア 処分行政庁は、原告会社に対し、平成１４年６月２６日付けで、①平成１１年３月期以後の本件青色申告承認取消処分、②平成１１年３月期及び平成１２年３月期の法人税につき、別紙１の「更正処分等」欄記載のとおりの本件各法人税更正処分及び法人税に係る本件各重加算税賦課決定処分、③平成１１年３月期及び平成１２年３月期の各課税期間における消費税等につき、別紙２の「更正処分等」欄記載のとおりの本件各消費税等更正処分及び消費税等に係る本件各重加算税賦課決定処分、並びに、④平成１１年３月分の源泉所得税につき、別紙３の「納税告知処分等」欄記載のとおりの本件納税告知処分及び本件不納付加算税賦課決定処分をした。
イ 処分行政庁は、原告甲に対し、平成１４年６月２６日付けで、平成１１年分の所得税につき、別紙４の「更正処分等」欄記載のとおりの原告甲に対する本件更正処分及び原告甲に対する本件過少申告加算税賦課決定処分をした。
(4) 本件青色申告承認取消処分に係る取消通知書における理由附記の内容処分行政庁が平成１４年６月２６日付けで原告会社に対してした本件青色申告承認取消処分に係る取消通知書（以下「本件取消通知書」という。）には、同取消処分の基因となった事実として、以下の内容が記載されている。
ア Ｂ組合（以下「Ｂ組合」という。）との取引（売上高）について
平成１１年３月期におけるＢ組合との取引について調査したところ、取引は継続して行われ、その取引総額は４億００２３万５９３０円と認められる。
Ｂ組合から「売上仕入支払明細書」が毎月（月２回）送付されているにもかかわらず、原告会社の帳簿書類（総勘定元帳及び補助元帳をいう。以下同じ。）に記載されている売上高は３億０６４３万１１８７円であり、差額９３８０万４７４３円が売上高に計上されていない。
（なお、本件取消通知書には、上記内容を示すものとして、平成１０年４月から平成１１年３月まで、各月前半（１日から１５日まで）と後半（１６日から月末まで）の各取引期間ごとの、原告売上高計上年月日、原告売上高計上額、Ｂ組合の計上額及び原告売上高未計上額がそれぞれ一覧表の形で示されている。）
イ 株式会社Ｃ（以下「Ｃ」という。）との取引（主要材料費）について原告会社は、平成１１年３月３１日にＣから２２７９万６９２２円の材料を仕入れたとして帳簿書類の主要材料費勘定に計上し、買掛金として処理した後に短期貸付金と相殺しているが、調査したところ取引の事実はなく、金銭の支払等がされた事実もない。
ウ 株式会社Ｄ（以下「Ｄ」という。）との取引（賃借料・外注加工費・修繕費）について
原告会社は、平成１１年３月３１日にＤとの取引として、①賃借料１１４４万５０００円、②外注加工費１１５９万２０００円、③修繕費２２２５万０９７０円を帳簿書類に計上しているが、これらの取引に関する書類等は存在せず、調査したところ取引の事実はなく、金銭の支払等がされた事実もない。
エ Ｅとの取引（外注加工費）について
原告会社は、平成１１年３月３１日にＥに対する配送委託費として、１６２５万４９４５円（内訳として、配送委託４月分、１０月分、１１月分、１２月分、１月分、２月分、３月分の各金額が一覧表の形で示されている。）を帳簿書類の外注加工費勘定に計上しているが、この取引に関する書類等は存在せず、調査したところ金銭の支払等がされた事実もない。なお、Ｅは、乙（具志川市）が営業していたものであるが、同人は、平成１０年１２月２日に死亡しており、同月１８日付けで沖縄総合事務局に対して、原告会社の関連法人である有限会社Ｆに運送事業の譲渡申請を行い、平成１１年２月１０日付けで許可されているので、運送業務を行える状況にはない。
オ 原告会社の無限責任社員原告甲の短期借入金について
平成１１年３月３１日に計上された原告甲名義の短期借入金７３３６万６４８５円は、原告会社の帳簿書類が取引の発生の都度に記載されておらず、また、売掛金、受取手形、買掛金、支払手形勘定等の記帳額が取引に基づく正確な金額でないことから、平成１１年３月期の事業年度終了時における貸借の金額に不一致が生じ、その調整を図る目的で計上したものと認められ、全く実態のないものである。
カ 上記アないしオの事実は、青色申告の承認の取消事由である法人税法１２７条１項１号（「その事業年度に係る帳簿書類の記録又は保存が財務省令に定めるところに従って行われていない」）及び同項３号（「その事業年度に係る帳簿書類に取引の全部又は一部を隠ぺいし又は仮装して記載」）に該当するので、平成１０年４月１日から平成１１年３月３１日までの事業年度以後の青色申告の承認を取り消す。（乙６）
(5) 異議申立て
ア 原告らは、沖縄国税事務所長に対し、平成１４年７月１７日付けで、それぞれ本件各処分に不服があるとして、異議申立てをした。
イ 沖縄国税事務所長は、平成１４年１０月１７日、前記アの各異議申立てをそれぞれ棄却する旨の決定をした。
(6) 審査請求
ア 原告らは、国税不服審判所長に対し、平成１４年１１月７日付けで、それぞれ、前記(5)イの決定を経た後の本件各処分に不服があるとして、審査請求をした。
イ 国税不服審判所長は、平成１７年７月２６日、前記アの各審査請求をそれぞれ棄却する旨の裁決をした。
２ 本件各処分の適法性に関する当事者の主張
(1) 本件青色申告承認取消処分の適法性（争点(1)）
（被告の主張）
ア 本件青色申告承認取消処分は、以下の各事実が青色申告の承認の取消事由（法人税法１２７条１項１号及び３号）に該当するとしてされたものであって、適法である。なお、これら各事実は、本件取消通知書に記載されている内容である。
(ア) Ｂ共同組合（以下「Ｂ共同組合」という。）との取引（売上高）
原告会社は、平成１１年３月期におけるＢ共同組合との取引（売上高）について、Ｂ共同組合から「売上・仕入・支払明細書」が毎月２回送付され、その取引総額（売上高）は４億００２３万５９３０円であるにもかかわらず、原告会社の帳簿書類に記載されている売上高は３億０６４３万１１８７円であり、その差額９３８０万４７４３円が売上高に計上されていない。
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出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2008/pdf/10949.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
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