税務訴訟資料第２５８号－１０９（順号１０９６７）
大阪高等裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税の更正処分等取消請求控訴事件
国側当事者・国（芦屋税務署長）
平成２０年６月１２日棄却・上告
判決
控訴人（原告）株式会社Ａ
代表者代表取締役甲
訴訟代理人弁護士宗藤泰而
同武田純
被控訴人（被告）国
代表者法務大臣鳩山邦夫
処分行政庁芦屋税務署長
長谷部博
被控訴人指定代理人山﨑英司
同原田久
同岩元亙
同露口穣
主文
１ 本件控訴を棄却する。
２ 控訴費用は控訴人の負担とする。
事実及び理由
第１ 控訴の趣旨
１ 原判決を取り消す。
２ 芦屋税務署長が控訴人に対し、平成１６年６月２日付けでした法人税の更正処分のうち、所得金額１５０９万０１７４円及び差引所得に対する法人税額３８１万５１００円を超える部分を取り消す。
３ 芦屋税務署長が控訴人に対し、前同日付けでした過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
第２ 事案の概要
１ 本件は、芦屋税務署長が、控訴人に対し、控訴人の事業年度である平成１６年１月期の確定申告書に関し、役員退職金の損金算入はできないとして法人税の更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分をしたところ、控訴人が、役員退職金を損金算入すべきであること及び税務調査の手続が違法であることを理由に、上記各処分の取消しを求めたのに対し、原審裁判所がこれをいずれも棄却したため、これを不服とする控訴人が控訴した事案である。
２ 当事者の主張
争いのない事実及び容易に認定できる事実、並びに争点及び争点に関する当事者の主
張は、以下のとおり加除訂正するほか、原判決「事実及び理由」欄第２「事案の概要」の１ないし４（原判決２頁１１行目から１８頁１０行目まで）に摘示するとおりであるから、これを引用する。
(1) 原判決２頁２４行目の「本件」を「平成１６年４月」と改める。
(2) 同４頁１２行目の「処分理由として、」の後に「平成１６年１月期の」を、同頁１５行目の「されていないので、」の後に「法人税法第３６条の規定により、」を加える。
(3) 同６頁２５行目の「所得の金額」の後に「又は欠損金額」を加える。
(4) 同８頁７行目、同１１頁１３行目の「取崩額」を削除する。
(5) 同１３頁２０行目の「不当に高額な場合」を「不相当に高額な部分の金額（法３６条）」と改める。
３ 当審における控訴人の主張
(1) 平成１５年１月期と平成１６年１月期に係る定時株主総会における株主の意思について
ア 控訴人が、「第３９期利益処分（案）」に本件役員退職金を計上したのは、過去の決算の際に利益処分をして積み立ててきた「役員退職金積立金」について、実際に
これを取り崩して特定の役員に支給する際には、株主内から異論が出ないよう、念
のため再度利益処分案に計上して株主総会の承認を得ておくことが望ましいと考
えたからであり、本件役員退職金を損金に算入するかどうかとは関係がない。控訴
人は、同族会社とはいえ、兄弟で運営されており、株主間の意見対立も皆無ではな
い。本件役員退職金について、いったん８５３１万４０００円の退職金支給が決議
されながら、その後に５０００万円に減額修正の決議がされたのも、このような内
部的事情による。
したがって、控訴人は、平成１５年１月期の決算を承認する段階で、本件役員退
職金を損金算入せずに利益処分として支払うことを意図していたわけではない。
イ そして、このことを裏付けるように、平成１５年１月期の確定申告書の別表四に
おいては、「処分」の「社外流出」欄に本件役員退職金５０００万円の記載はない
一方で、同別表五(一)においては、「当期利益金処分等による増減」欄に「役員退
職金積立金△５０，０００，０００円」、「役員退職慰労金５０，０００，０００円」を計上し、本件役員退職金を社外流出として処理せず、内部に留保する処理を行っ
ている（甲７の２）。
ウ 同族会社においては、留保された過去の利益積立金について、特別の課税（同族
会社の留保金課税）がされることになっており、仮に平成１５年１月期の決算で、
利益処分により役員退職金を支給し、利益積立金を「社外流出」させる意図であっ
たならば、上記別表四及び五(一)において、社外流出させる金額を計上することに
より、留保金課税を少なくしておかなければならない。そうしなければ、留保金課
税を無駄に支払うことになるからである。ところが、控訴人はこのような経理処理
を行っていないのであり、このことは、本件役員退職金を「配当」や「役員賞与」
等とは区別して、平成１６年１月期に損金算入する意図であったことを示している。
エ しかるに、控訴人のそうした意図にもかかわらず、本件の税務調査時において控
訴人の留保処理（別表五の処理）についてこれを流出処理とするように調査担当者
（統括官）が強く主張し、控訴人がその修正を拒否し応じなかったため、被控訴人
は、平成１５年１月期の当該処理を流出としてあえて留保金課税を減額更正した。
この減額更正の真意は、平成１６年１月期での本件役員退職金の損金否認を予定し
て、その直前期における控訴人の未払役員退職金への振替（留保金のままとする）
をあえて流出として処理して役員退職金の損金算入否認の論理の平仄合わせを意
図して強行主張したものと推定せざるを得ない。
(2) 控訴人が決算修正を申し出た経緯について
ア 控訴人は、平成１６年５月１６日付けで「未払役員退職金取崩益」５０００万円
と「役員退職金」５０００万円を「特別利益」と「特別損失」の部に両建経理する
内容の決算修正を行い、同月１９日に「弊社第４０期（平成１６年１月期）決算書
及び法人税申告書の一部差替えについての経緯とお願い」と題する文書に、修正後
の損益計算書を添付して芦屋税務署長に提出した（乙２の２）。
イ そして、本件役員退職金を損金に算入した控訴人の平成１６年１月期の損益計算
書では「法人税・住民税及び事業税額」の欄に「５９５万６１００円」と記載され、
本件役員退職金を損金に算入することを前提とした税額が計上されているのであ
るから、控訴人の株主が本件役員退職金を損金算入する意思で決算を承認したもの
であることは明らかである。
したがって、控訴人が行った上記決算修正は、損益計算書の形式的記載を控訴人
の株主の意思に合わせて表示上訂正しただけのことであり、上記決算修正により株
主総会の意思決定が実質的に変更されたという事情はないから、申告期限後であっ
ても、単なる記載不備の訂正として許容されるべきである。
ウ 本件のように確定申告書に記載された税額が正しく、添付書類である決算書類に
記載不備があるにすぎない場合、控訴人としては、自ら申告した税額を適正と認め
てもらうために、更正の請求という税法上の手続を取ることは不可能であるから、
決算修正という方法での記載不備（過誤）の是正を一切認めないとすると、納税義
務者の側には、過誤の是正をするための手続が一切なくなってしまう。これは、納
税義務者の側にとってあまりにも過酷な事態である。
したがって、本件のような場合については、決算書類の表示と法人の株主の内心
の効果意思（損金算入するという意思）との間に不一致があるという一種の錯誤が
あったものとして、法人税の申告期限前はもちろん、申告期限後であっても、決算
書類の記載不備の訂正が許されるべきであり、本件は被控訴人の指摘する最高裁昭
和３９年１０月２２日第１小法廷判決の射程外にあり、これと同列に論じることは
誤りである。
エ 仮に、本件のような錯誤についても、上記最高裁判決の判断基準で判断すべきだ
としても、本件では、①確定申告書の記載内容には誤りがなく、正しい税額が申告
されていること、②本件更正処分は損益計算書に「特別利益」と「特別損失」の両
建経理が欠落したこと（最終損益には全く影響を与えない事項）を唯一の理由とし
ていること、③その結果、控訴人が更正処分により追加で負担することとなった法
人税額は１７００万円と極めて多額に上ること、④本件については、申告書そのも
のに誤りがないことから、更正の請求は不可能であること、⑤本件では、被控訴人
の調査担当者は、控訴人の損金算入の意思を知っていたと考えられるところ、これ
につき全く控訴人に指導も助言もせず、単に書類の記載不備のみを理由として本件
更正処分を行っていること等の諸事情を考慮すると、その錯誤が客観的に明白かつ
重大であって、租税法規の定めた方法以外にその是正を許さないならば、納税義務
者の利益を著しく害すると認められる特段の事情のある場合にあたるというべき
であるから、やはり決算修正が許されるべきである。
オ 課税庁の役割は、納税者に正しい経理の仕方や税務申告のあり方を指導し、実質
課税の原則に適した適正な課税を実現する点にあり、納税者の決算書類の不備につ
け込んで、本来は支払う必要のない税を強引に取り立てることにあるのではない。
カ したがって、控訴人の決算修正を拒否した被控訴人の措置は違法であり、本件で
は決算修正がされた後の損益計算書を確定した決算として取り扱うべきであるか
ら、法人税法に定める「損金経理」の要件に欠けるところはなく、本件役員退職金
は全額損金に算入されるべきである。
(3) 本件更正処分の手続の違法について
ア 課税庁は、各納税者ごとに、申告内容のチェックと調査等を担当する部門を決め、これを納税者に送付する申告書別表１(1)の「所管」欄に表示している。この部門
管理は厳格に守られており、納税者との窓口になったり、調査をするときは、表示
されている部門が担当するのが一般的である。控訴人の平成１６年１月期の「所管」
は「９１」（一般に特管部門という。）であり（甲５）、通常の税務調査であれば、
この特管部門が調査するのが本来であるのに、実際には第２部門の調査を受けた
（乙８）。この第２部門は、課税庁に提出された全申告書のうち、「所管」部門に関
係なく、特に大口又は悪質な申告漏れがあると認められる法人を調査する、いわゆ
る特別調査（それに準ずる調査を含む。）を担当する部門である。
これらのことから推察すると、被控訴人が「申告期限が延長されていることに気
づかなかった」とか「事前通知をした後に、役員退職金の問題に気づいた」等とい
うことは到底考えられない。むしろ、控訴人の確定申告書を見た職員が多額の役員
退職金に問題があることにいち早く気づき、どうしても第２部門の調査事項として
確保したいがために、「所管」に関係なく第２部門が調査を担当することに決めた
と推察される。
イ 被控訴人は、「調査の決定は、前回の調査から３年経過していることや売上規模、過去の調査事績等から判断した。」と主張するが、調査の間隔が短すぎることや、
調査の結果、他に更正事項がなかったことからみても、初めから役員退職金に焦点
を絞り、調査を決定したことは明らかである。
本件では、「所管」部門の変更自体に、調査事績を上げたいとの課税庁の意図が
うかがわれるのであり、このような課税庁の都合に狙い撃ちされた控訴人が本件更
正処分を納得できるわけはない。いかなる部門であれ課税庁（職員）は、国家公務
員法及び行動規範を遵守して職務を執行すべきであって、申告期限前に調査の事前
通知をして、申告を訂正する機会を奪うなどといった行為は許されるべきではない。
よって、本件更正処分は、課税手続に違法があるから取り消されるべきである。
４ 当審における被控訴人の反論
(1) 当審における控訴人の上記主張はすべて争う。
(2) 平成１５年１月期と平成１６年１月期に係る定時株主総会における株主の意思について
ア 本件役員退職金を支払うことについて株主から異論が出る可能性があるため「第
３９期利益処分（案）」への本件役員退職金の記載を行ったという控訴人の弁明は、
いかにも不自然であり、かかる弁明では、その後の控訴人の会計処理は到底説明し
きれないのであって、控訴人の主張は失当である。
イ そもそも、法人税確定申告書は、株主総会で承認される計算書類ではなく、損金
経理とは無関係の書類であるから、控訴人主張の当該留保の処理をもって控訴人が
本件役員退職金を損金算入する意図であったとはいえない。むしろ、当該留保の処
理は、その後行われた控訴人の本件役員退職金に係る会計処理が一貫して利益処分
を示すものであることから、税務上の処理における控訴人の単なる申告調整のミス
と解する方が自然である。
なお、留保金課税については、本件役員退職金を利益処分とする株主の意思に沿
って、芦屋税務署長が平成１６年６月２日付けで控訴人の平成１５年１月期に係る
法人税の減額更正を行っており、本件において留保金課税相当額の二重課税は生じ
ていない。
ウ 控訴人は、芦屋税務署長による減額更正に関して、これまで主張さえしていなか
った新たな事実を作出した上で強引な推定を主張するものであり、控訴人の同主張
は不当な憶測である。
(3) 決算修正について
ア 控訴人の株主の意思は、法人税法上も企業会計上も本件役員退職金を利益処分と
して処理することにあったのであり、控訴人が本件決算書において両建経理の省略
を行ったとも認められない。それにもかかわらず、控訴人は、本件役員退職金を損
金処理する意図であったこと及び本件決算書の誤りが単なる両建経理の省略にす
ぎないことを述べて、本件決算書の差し替えが認められるべきであるとするもので
ある。かかる控訴人の主張は、従前の会計処理に全く現れていなかったところに控
訴人の真意があるとするもので、確定決算における控訴人の株主の意思に矛盾し、
会計処理上、本来控訴人が予定していなかった両建経理の追記を認めるものであり、
許されない。
イ 確定申告書の記載内容の過誤の是正については、その錯誤が客観的に明白かつ重
大であって、租税法規の定めた方法以外にその是正を許さないならば、納税義務者
の利益を著しく害すると認められる特段の事情がある場合でなければ、法定の方法
によらないで記載内容の錯誤を主張することは許されないものと解すべきである
（最高裁昭和３９年１０月２２日第１小法廷判決・民集１８巻８号１７６２頁）。
そして、役員退職給与の損金算入にみられるように、法人税法は、譲渡所得の計算
原理ないし計算方法のかなりの部分につき確定決算基準を採用し、経理につき法人
に選択の余地を認めていることに照らせば、上記錯誤の主張を認めるべき特段の事
情がある場合とは、株主総会の決議の無効若しくは取消しの確定判決に基づく決算
の変更又は行政官庁の命令等による決算の変更があった場合など、法人の意思に基
づかない外部的事情により決算が変更された場合に限定されると解するのが相当
である。
したがって、確定した決算に基づく損益計算書の変更が認められるのは、上記の
ような外部的事情により決算が変更された場合に限定されるところ、本件において、
上記のような外部的事情は認められないことが明らかであるから、確定した決算に
基づく損益計算書の差替えは認められない。
第３ 当裁判所の判断
１ 当裁判所も控訴人の請求はいずれも理由がないものと判断するが、その理由は以下のとおり加除訂正するほか、原判決「事実及び理由」欄第３「当裁判所の判断」の１ないし３（原判決１８頁１２行目から２６頁２５行目まで）に認定・説示するとおりであるから、これを引用する。
(1) 原判決２０頁１３行目の「「確定した決算」」から同頁１４行目の「申告書類である」までを「確定した決算を前提に作成された税務申告書類であるものの、「確定し
た決算」そのものを表示するものではない」と改める。
(2) 同２０頁２５行目から同２６行目の「正確には「本件役員退職金」そのものにはならないと解される」を「所得としての「退職積立金取崩益」であって「役員退職金」そのものではない」と改める。
(3) 同２１頁１行目の後に行を改めて以下のとおり加える。
【判示(1)
～(4)
・(9)】
【判示(5)】
「加えて、本件のように利益積立金から支給した役員退職金を損金処理するための
具体的方法については、法人において、役員退職金の損金経理を行う前提となる仕訳
を行った上で、当該仕訳に基づいて当該役員退職金を費用又は損失として経理した損
益計算書を作成し、法人の定時株主総会等においてその承認を受ける必要がある。そ
して、損金経理を行うに当たり利益積立金の取崩しを収益として処理する場合、当該
取崩益については、前事業年度以前において課税済みの利益積立金に関するものであ
ることから、そのままであれば二重に課税されることになるため、別表四において、
当該取崩益の金額を所得金額から減算する調整（申告調整）を行うことになる。した
がって、上記損金経理の前提となる仕訳を行わないまま、単に別表四において、役員
退職金を所得金額から減算する調整（申告調整）を行うという会計処理の方法は認め
られないのであって（乙９の１ないし５）、この点からしても、控訴人が本件役員退
職金を損金として処理したとは認められないというべきである。」
(4) 同２１頁１０行目の「のうち、」を削除する。
(5) 同２４頁５行目の「は至らなかった」を「足りる資料の収集には至らなかった」と改める。
２ 当審における控訴人の主張について
(1) 平成１５年１月期と平成１６年１月期に係る定時株主総会における株主の意思について
ア 「第３９期利益処分（案）」（乙３）の記載に関する解釈は原判決に説示（原判決２１頁９行目から同１３行目まで）するとおりであり、しかも、別表四及び五(一)
を含む法人税確定申告書が、株主総会で承認される計算書類、すなわち「確定した
決算」そのものを表示するものでないことは上記説示のとおりであるから、別表四
及び五(一)の記載内容をもって「確定した決算」を推認すべきであるとする控訴人
の主張は採用することができない。
イ また、控訴人の平成１５年１月期に係る法人税の減額更正に関する前記第２の３
(1)(エ)の主張は、被控訴人の平成２０年２月５日付け第２準備書面（９頁２０行目以下）における当該留保の処理に関する主張に対して、これに反論する形で平成
２０年３月３日付け準備書面（４頁１２行目以下）において初めて主張されたもの
であり、このような主張の経緯に照らしても、控訴人の上記主張は推測の域を出る
ものではなく、これを採用することはできない。
(2) 決算修正について
ア 控訴人は、平成１６年５月１６日付けで「未払役員退職金取崩益」５０００万円
と「役員退職金」５０００万円を「特別利益」と「特別損失」の部に両建経理する
内容の決算修正を行い、同月１９日に「弊社第４０期（平成１６年１月期）決算書
及び法人税申告書の一部差替えについての経緯とお願い」と題する文書に修正後の
損益計算書を添付して芦屋税務署長に提出したことが認められる（乙２の２、乙８、
原審証人乙）。
イ ところで、控訴人は、平成１６年１月期の損益計算書の「法人税・住民税及び事
業税額」の欄に「５９５万６１００円」と記載され、本件役員退職金を損金に算入
することを前提とした税額が計上されていることをもって、控訴人の株主が本件役
【判示(6)】
員退職金を損金算入する意思で決算を承認したものであることは明らかである旨
主張する。
しかしながら、原判決の説示するとおり、上記「法人税・住民税及び事業税額」
欄の記載は、本件役員退職金を損金経理していると考えても矛盾が生じるとはいえ
ないという程度の記載にすぎず、そもそも、上記「法人税・住民税及び事業税額」
欄の記載から、控訴人の株主が本件役員退職金を損金算入する意思であったと読み
とることはできないというべきである。
したがって、控訴人の行った上記決算修正が、損益計算書の形式的記載を控訴人
の株主の意思に合わせた表示上の訂正にすぎないものと評価することはできない。
ウ 次に、控訴人は、本件のように確定申告書に記載された税額が正しく、添付書類
である決算書類に記載不備があるにすぎない場合には、決算書類の表示と法人の株
主の内心の効果意思（損金算入するという意思）との間に一種の錯誤があったもの
として、法人税の申告期限後であっても、決算書類の記載不備の訂正が許されるべ
きである旨主張する。
しかしながら、本件が単なる決算書類の記載不備の訂正に当たらないことは上記
説示のとおりである上、確定した決算に基づく損益計算書に錯誤があるとして、そ
の変更が認められるのは、その錯誤が客観的に明白かつ重大であって、租税法規の
定めた方法以外にその是正を許さないならば、納税義務者の利益を著しく害すると
認められる特段の事情がある場合でなければ、法定の方法によらないで記載内容の
錯誤を主張することは許されないと解されるところ（前掲最高裁昭和３９年１０月
２２日第１小法廷判決）、控訴人の指摘する諸事情（前記第２の３(2)エ①ないし⑤）をもって、上記特段の事情があると認めることはできないから、確定した決算に基
づく損益計算書の差替えは許されないというほかない。
なお、控訴人は、株式を公開している企業について錯誤を理由とする決算修正が
実務上しばしばなされているとして甲第２３号証の１ないし４を提出するが、本件
は確定した決算の修正が許されるかどうかの問題であるから、上記甲号各証をもっ
てしても上記判断を左右するものではない。
(3) 本件更正処分の手続の違法について
この点に関する控訴人の主張（前記第２の３(3)）は、本件更正処分をもって、要
するに税務調査の業績を上げたい課税庁が控訴人を狙い撃ちした違法なものである
というのであるが、その立論は、客観的証拠に基づかないものであって、控訴人の推
測、推論の域を出るものではないから、採用することができず、控訴人の信義則違反
の主張が認められないことも原判決の説示するとおりであり、他に本件更正処分の手
続に違法な点は認められない。
３ 以上の次第で、控訴人の請求をいずれも棄却した原判決は相当であって、本件控訴は理由がないからこれを棄却することとして、主文のとおり判決する。
大阪高等裁判所第５民事部
裁判長裁判官大和陽一郎
裁判官黒岩巳敏
【判示(7)】
【判示(8)】
裁判官 市村弘
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2008/pdf/10967.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。