税務訴訟資料第２５８号－１７８（順号１１０３６）
横浜地方裁判所平成●●年（○○）第●●号登録免許税還付請求事件
国側当事者・国
平成２０年９月２４日棄却・確定
判決
原告宗教法人Ａ
同代表者代表役員甲
同代表者代表役員代務者乙
被告国
同代表者法務大臣保岡興治
同指定代理人磯村建
同片桐克典
同山口賢泰
同田中明
同坂牧春男
同関谷敦子
同鍋内幸一
同櫻井和彦
同伊藤仁志
主文
１ 原告の請求を棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
被告は、原告に対し、金２８００万円を支払え。
第２ 事案の概要
本件は、原告が、別紙物件目録１ないし７４記載の各不動産（以下「本件各不動産」という。）を競売により取得して所有権移転登記又は持分移転登記（以下「本件各登記」という。）を経由する際に、被告に対し登録免許税として２８１２万８３００円を納付したが、本件各登記について登録免許税法（以下「法」ともいう。）４条２項が規定する非課税事由があったとして、被告に対し、不当利得に基づき、上記納付金額のうち２８００万円の返還を請求した事案である。
１ 争いのない事実等
(1) 原告は、昭和２９年に設立された宗教法人である（甲１）。
(2) 横浜地方裁判所は、平成１７年１２月２日、本件各不動産の競売手続（同庁平成●●年(○○)第●●号、同年(○○)第●●号）において原告に対し本件各不動産の売却許可の決定をした（原告は、平成１８年４月１３日にこれについての代金を納付した。）。本件各不動産中土地の地目は、その一部は宅地等であるが、大部分は山林や雑種地というものであった（乙１の１）。
(3) 原告は、平成１９年３月２８日、被告に対し、本件各登記等の登録免許税として２８１２万８３００円（移転登記分２８１０万８３００円、抹消登記分２万円）を納付した（甲２、乙１の１・２）。
(4) 横浜地方裁判所裁判所書記官は、同月３０日、横浜地方法務局神奈川出張所に対し、本件各不動産について、登記権利者を原告、登記義務者をＢ株式会社、丙、丁、戊、Ｃ、Ｄ、Ｅとし、登記原因を、別紙物件目録１ないし５１の各不動産については平成１８年４月１３日担保不動産競売による売却、別紙物件目録５２ないし７４については同日強制競売による売却とする所有権移転登記又は持分移転登記（本件各登記）、並びに差押登記及び抵当権設定登記等の各抹消登記の嘱託をした（乙１の１）。
その際、原告から法別表第３の１２第４欄に定める書類の提出はなく、したがって、上記登記嘱託につき、これら書類の添付はなかった。
(5) 横浜地方法務局神奈川出張所登記官は、平成１９年３月３０日、上記嘱託を受けて本件各登記等をした（乙１の１）。
２ 登録免許税法等の定め
(1) 法４条２項別表第３の第１欄に掲げる者が自己のために受けるそれぞれ同表の第３欄に掲げる登記等（同表の第４欄に財務省令で定める書類の添付があるものに限る旨の規定がある登記等にあっては、当該書類を添付して受けるものに限る。）については、登録免許税を課さない。
(2) 法別表第３の１２
第１欄（名称）宗教法人
第２欄（根拠法）宗教法人法
第３欄（非課税の登記等）
１ 専ら自己又はその包括する宗教法人の宗教の用に供する宗教法人法第３条（境内建物及び境内地の定義）に規定する境内建物の所有権の取得登記又は同条に規定する境内地の権利の取得登記
２ 省略
第４欄（備考）第３欄の第１号又は第２号に該当するものであることを
証する財務省令で定める書類の添付があるものに限る。
(3) 登録免許税法施行規則４条は、上記第４欄中第３欄の第１号に掲げる登記に係る部分につき規定する書類を、登記に係る不動産が第３欄の第１号に規定する不動産に該当する旨を証する当該不動産の所在地の都道府県知事等の書類（以下「非課税証明書」という。）としている。
３ 争点及びこれに対する当事者の主張
本件の争点は、本件各登記について法４条２項、別表第３の１２第３欄１号に規定する非課税事由があったことを理由に、原告が被告に対し、納付した登録免許税の還付を請求できるかどうかである。
（原告の主張）
原告は、本件各不動産を法別表第３の１２第３欄１号及び宗教法人法３条にいう「境内建物」及び「境内地」として取得し、現にそのように利用している。原告は、登録免許税を納付する際、本件各登記が非課税となることを知らずに、錯誤により納付してしまった。現実に本件各不動産が「境内建物」及び「境内地」である以上は、手続上の問題に関わらず、原告の還付請求は認められるべきである。
よって、原告は、不当利得に基づき、被告に対し、納付した登録免許税中２８００万円の支払を求める。
（被告の認否等）
(1) 本件各不動産が法別表第３の１２第３欄１号及び宗教法人法３条にいう「境内建物」及び「境内地」に該当することは不知。
(2)ア法４条２項、別表第３の１２第４欄は、法の特例を受けるための手続的課税要件を定めたものである。そして、当該法人が登録免許税の免除を受けたい場合には、あらかじめ非課税証明書の交付を受けた上、登記等の申請をする際にこれを添付しなければならず、非課税証明書の添付がない限りは当該法人に登録免許税を納付させるべきである。
本件では、本件各不動産が法別表第３の１２第３欄１号及び宗教法人法３条にいう「境内建物」及び「境内地」に該当するか不明である。そして、仮にこれらに該当するとしても、原告は本件各不動産の登記嘱託の際、非課税証明書の添付をしてはおらず、また、本件各登記が完了したことによって、適法に登録免許税の納付義務が成立するとともに納税額も確定したのであるから、原告の２８１２万８３００円を納付した行為は誤納付に当たらず登録免許税の還付を求めることはできない。
イ 原告は錯誤により登録免許税を納付したと主張するが、登録免許税は、納付義務者の主観に関係なく、登記の完了という客観的な事実によって納付義務が発生するとともに納税額が決定される租税であって、原告は錯誤無効を理由として登録免許税相当額の還付を請求することはできない。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点について
(1) 登録免許税は、国税通則法１５条３項所定のいわゆる自動確定の租税の一つであり、納税義務の成立と同時に、納税者又は税務官庁の特別の行為を要することなくいわば自動的に納付すべき税額が確定する租税である。そして、登録免許税の納税義務は登記等のときに成立し（国税通則法１５条２項１２号）、そのときに同時に納付すべき税額が確定することになる。また、登記を担当する登記官は、登記の申請、嘱託があったとき、その適正か否かの審査につき、形式的な審査権のみを有するものである。
ところで、前記第２の２のとおり、登録免許税法４条２項、別表第３の１２第３欄１号は、宗教法人が、専ら自己又はその包括する宗教法人の宗教の用に供する宗教法人法３条に規定する境内建物の所有権の取得登記又は同条に規定する境内地の権利の取得登記については、登録免許税を課さない旨規定するが、同第４欄は、これを同号に該当するものであることを証する財務省令で定める書類（非課税証明書）の添付があるものに限るとしている。また、法４条２項は、非課税となる登記等は、「同表の第４欄に財務省令で定める書類の添付があるものに限る旨の規定がある登記等にあっては、当該書類を添付して受けるものに限る。」旨その要件を明確に規定している。
以上によると、法は、上記境内建物等の取得についての登記を非課税とすることにつき、登記を担当する登記官が形式的審査権しか有しないことも考慮し、非課税証明書の添付を要件（いわゆる手続的課税要件）としたものと解される。
(2) 本件についてみると、前記第２の１のとおり、原告は、平成１９年３月２８日、被告に対し本件各登記等の登録免許税として２８１２万８３００円を納付し、、横浜【判示(1)】
【判示(2)】
地方裁判所裁判所書記官は、同月３０日、横浜地方法務局神奈川出張所に対し本件各登記等の嘱託をし、横浜地方法務局神奈川出張所登記官は、同日、上記嘱託を受けて本件各登記等をしたというところ、この際、原告が非課税証明書を添付しなかったことについては当事者間に争いがない。
そうすると、本件各登記については、手続的課税要件を満たしてはおらず、法４条２項の適用を受けることができないから、原告が登録免許税を過大に納付したということはできない（なお、原告は、同項の適用を受けられない場合、２８１２万８３００円という額が過大であると主張するものではない。）。
また、原告は、本件各登記が非課税になることを知らずに錯誤により登録免許税を納付したと主張する。しかし、本件各不動産中土地の地目は、前記第２の１(2)のとおり、その一部は宅地等であり、大部分は山林や雑種地というものであって、本件各登記の手続がされた時点で、原告が非課税証明書の交付を受けることができたかどうかは明らかではないが、いずれにせよ、原告が非課税証明書を添付しなかったために法４条２項の適用を受けることができないという以上は、自動確定の租税の一つである登録免許税の性質上、２８１２万８３００円の納付義務があるというべきであって、これについて錯誤を論じる余地はない。
２ 結論
以上のとおりであって、原告の請求は理由がないからこれを棄却することとして、主文のとおり判決する。
横浜地方裁判所第１民事部
裁判長裁判官北澤章功
裁判官土谷裕子
裁判官高橋心平
【判示(3)】
【判示(4)】
（別紙）
物件目録
１ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積１９４９平方メートル
２ 所在横浜市
地番
地目原野
地積８１０平方メートル
３ 所在横浜市
地番
地目山林
地積２１１７平方メートル
４ 所在横浜市
地番
地目山林
地積７３１平方メートル
５ 所在横浜市
地番
地目公衆用道路
地積１０８平方メートル
６ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積１３０平方メートル
７ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積６４０平方メートル
８ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積４４５平方メートル
９ 所在横浜市
地番
地目畑
地積１７平方メートル
１０ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積１９９平方メートル
１１ 所在横浜市
地番
地目公衆用道路
地積３５９平方メートル
１２ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積４９２平方メートル
１３ 所在横浜市
地番
地目宅地
地積８７２．１１平方メートル
１４ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積３４１平方メートル
１５ 所在横浜市
地番
地目公衆用道路
地積１７平方メートル
１６ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積０．０５平方メートル
１７ 所在横浜市
地番
地目山林
地積１８９０平方メートル
１８ 所在横浜市
地番
地目山林
地積１８９１平方メートル
１９ 所在横浜市
地番
地目山林
地積１５９平方メートル
２０ 所在横浜市
地番
地目山林
地積７．７４平方メートル
２１ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積７６５平方メートル
２２ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積１７５８平方メートル
２３ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積５４５平方メートル
２４ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積１５４平方メートル
２５ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積３１２平方メートル
２６ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積１０７平方メートル
２７ 所在横浜市
地番
地目山林
地積１２２０平方メートル
２８ 所在横浜市
地番
地目公衆用道路
地積５７平方メートル
２９ 所在横浜市
地番
地目畑
地積１３６平方メートル
３０ 所在横浜市
地番
地目公衆用道路
地積３７平方メートル
３１ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積１５平方メートル
３２ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積５．２７平方メートル
３３ 所在横浜市
地番
地目公衆用道路
地積１５２平方メートル
３４ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積１６平方メートル
３５ 所在横浜市
地番
地目宅地
地積３０１．２１平方メートル
３６ 所在横浜市
地番
地目畑
地積１６９平方メートル
３７ 所在横浜市
地番
地目畑
地積３５平方メートル
３８ 所在横浜市
地番
地目公衆用道路
地積３．９４平方メートル
３９ 所在横浜市
地番
地目公衆用道路
地積４２平方メートル
４０ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積１０５５平方メートル
４１ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積４８３平方メートル
４２ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積２１４平方メートル
４３ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積７９５平方メートル
４４ 所在横浜市
地番
地目公衆用道路
地積１６平方メートル
４５ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積３１６平方メートル
４６ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積１３６平方メートル
４７ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積０．０９平方メートル
４８ 所在横浜市
地番
地目山林
地積９６９平方メートル
４９ 所在横浜市
地番
地目山林
地積２２３平方メートル
５０ 所在横浜市
地番
地目山林
地積２５９平方メートル
５１ 所在横浜市
家屋番号
種類スポーツクラブハウス
構造鉄筋コンクリート造陸屋根地下１階付き２階建
床面積１階１６９３．５２平方メートル
２階１０２７．１０平方メートル
地下１階３８５．２９平方メートル
５２ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積７９平方メートル
５３ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積５７平方メートル
５４ 所在横浜市
地番
地目山林
地積６８８平方メートル
５５ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積１１２平方メートル
５６ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積１５０平方メートル
５７ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積７３平方メートル
５８ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積３３平方メートル
５９ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積２０３平方メートル
６０ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積１９平方メートル
６１ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積６４平方メートル
６２ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積９５平方メートル
６３ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積４８平方メートル
６４ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積８．０９平方メートル
６５ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積１０平方メートル
６６ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積３．１３平方メートル
６７ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積０．１７平方メートル
６８ 所在横浜市
地番
地目雑種地
地積２０平方メートル
６９ 所在横浜市
地番
地目山林
地積１０４０平方メートル
（持分２分の１）
７０ 所在横浜市
家屋番号
種類調理場・便所
構造鉄筋コンクリート造陸屋根平家建
床面積９８．００平方メートル
７１ 所在横浜市
家屋番号
種類倉庫
構造鉄筋コンクリート造陸屋根平家建
床面積１３０．３８平方メートル
７２ 所在横浜市
家屋番号
種類機械室
構造鉄筋コンクリート造陸屋根地下１階建
床面積２０１．２５平方メートル
７３ 所在横浜市
家屋番号
種類調理場
構造鉄筋コンクリート造陸屋根スレート葺平家建
床面積２８．００平方メートル
７４ 所在横浜市
家屋番号
種類便所
構造鉄筋コンクリート造陸屋根平家建
床面積５２．５０平方メートル
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2008/pdf/11036.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。