税務訴訟資料第２５８号－２１８（順号１１０７６）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号青色申告承認取消処分取消等請求事件
国側当事者・国（練馬東税務署長）
平成２０年１１月１４日棄却・控訴
判決
原告甲
訴訟代理人弁護士橘田歩
同土屋義隆
被告国
代表者法務大臣森英介
処分行政庁練馬東税務署長
岡本勝秀
指定代理人江藤純子
同嶺山登
同塩屋ひと美
同松本隆臣
同森光明
同増永寛仁
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は、原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 練馬東税務署長が原告に対し平成１８年３月１３日付けでした、原告の平成１４年分以後の所得税に係る青色申告の承認の取消処分を取り消す。
２ 練馬東税務署長が原告に対し平成１８年３月１３日付けでした、原告の平成１４年分の所得税に係る更正処分のうち総所得金額１１４万８０８０円、還付金の額に相当する税額５０８万２８００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定（ただし、いずれも平成１８年６月２３日付け異議決定により一部取り消された後のもの）を取り消す。
３ 練馬東税務署長が原告に対し平成１８年３月１３日付けでした、原告の平成１５年分の所得税に係る更正処分のうち総所得金額８９万２６９７円、還付金の額に相当する税額５１０万９７００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定（ただし、いずれも平成１８年６月２３日付け異議決定により一部取り消された後のもの）を取り消す。
４ 練馬東税務署長が原告に対し平成１８年３月１３日付けでした、原告の平成１６年分の所得税に係る更正処分のうち総所得金額１１５万６６３８円、還付金の額に相当する税額４７５万１９９０円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定（ただし、いずれも平成１８年６月２３日付け異議決定により一部取り消された後のもの）を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、税理士である原告が、練馬東税務署長から、平成１８年３月１３日付けで、原告の平成１４年分から平成１６年分まで（以下「本件各係争年分」という。）の所得税に係る青色申告の承認の取消処分（以下「本件青色申告承認取消処分」という。）並びに各更正処分（以下「本件各更正処分」という。）及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件各賦課決定処分」といい、本件青色申告承認取消処分及び本件各更正処分と併せて「本件各処分」と総称する。）を受けたところ、本件各処分はその基礎となる調査手続の違法及び推計の必要性・合理性の欠如等により違法であるとして、本件各処分の取消しを求めている事案である。
１ 前提事実（争いのない事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
(1) 当事者
原告は、税務署職員を退職した後に税理士となり、本件各係争年分の当時、東京都中央区所在のＡ経理事務所（以下「原告事務所」という。）において、税理士業を営む個人事業者であった。（甲１０、１２の１ないし３、乙４）
(2) 原告の本件各係争年分の所得税に係る申告
ア 原告は、昭和４７年、所得税について、練馬東税務署長による所得税法１４３条の青色申告の承認を受け、同年以降、いわゆる青色申告を行っていた。
イ 原告は、本件各係争年分の所得税の確定申告について、それぞれ、平成１５年１月２３日、平成１６年１月２３日及び平成１７年１月２７日に、別紙１－１、同１－２及び同１－３の「確定申告」欄記載の総所得金額及び納付すべき税額（還付金の額に相当する税額）のとおり、青色の申告書により確定申告をした。（甲１２の１ないし３）
(3) 本件各処分及び不服申立手続の経緯
ア 練馬東税務署長は、平成１８年３月１３日、原告に対し、本件青色申告承認取消処分をするとともに、本件各係争年分の原告の所得税について所得税法１５６条の推計による算定をした総所得金額を原告の事業所得の金額とし、別紙１－１、同１－２及び同１－３の「更正処分等」欄記載の総所得金額及び納付すべき税額並びに過少申告加算税額が相当であるとして、本件各更正処分及び本件各賦課決定処分をし、そのころ、これらを原告に通知した。（甲１の１ないし４）
イ 原告は、平成１８年３月２３日、練馬東税務署長に対し、本件青色申告承認取消処分の取消しを求めて異議申立てをし、同年４月６日、本件各更正処分の全部の取消しを求めて異議申立てをしたところ、練馬東税務署長は、同年６月２３日、原告の本件各係争年分の総所得金額及び還付金の額に相当する税額並びに過少申告加算税額について、別紙１－１、同１－２及び同１－３の「異議決定」欄記載の総所得金額及び還付金の額に相当する税額並びに過少申告加算税額が相当であるとして、本件各更正処分及び本件各賦課決定処分のうち上記各金額を超える部分について一部取消しをし、その余の部分について異議申立てを棄却する旨の決定をし、これを原告に通知した。（甲２の１・２、同３）
ウ 原告は、平成１８年７月７日、国税不服審判所長に対し、本件各処分の取消しを求めて審査請求をしたところ、国税不服審判所長は、平成１９年３月１４日、上記審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をし、これを原告に通知した。（甲４の１ないし６、同５）
エ 原告は、平成１９年６月２６日、本件訴えを提起した。（顕著な事実）
２ 争点
本件の争点は以下のとおりであり、これらに関して摘示すべき当事者の主張は、後記３「争点に関する当事者の主張の要旨」において記載するとおりである。本件において、実額反証の主張はされていない（第７回口頭弁論調書）。
(1) 本件青色申告承認取消処分の適法性（所得税法１５０条１項１号該当性）
(2) 本件各更正処分の適法性
ア 推計の必要性
イ 推計の合理性
(3) 本件各賦課決定処分の適法性
３ 争点に関する当事者の主張の要旨
(1) 争点(1)（本件青色申告承認取消処分の適法性）について
（被告の主張の要旨）
ア 所得税法１５０条１項１号においては、当該年における同法１４３条に規定する業務に係る帳簿の備付け、記録又は保存が同法１４８条１項に規定する財務省令で定めるところに従って行われていないことに該当する事実が存在する場合、当該年にさかのぼって、青色申告の承認の取消しを行うことができる旨定めている。
そして、納税義務者が正当な理由がないのに当該帳簿書類を税務当局に提示することを拒否したような場合には、たとえ客観的には当該納税義務者の帳簿書類の備付け、記録又は保存が正しく行われていたとしても、税務当局がその点を確認することができない以上、青色申告制度の前提自体が欠けるといわざるを得ない。そうすると、同法１４８条１項に規定する備付け等の義務は、単に帳簿書類が存在すればよいというものではなく、これに対する調査がされた場合に、税務職員においてこれを閲覧・検討し、帳簿書類が青色申告の基礎として適格性を有するものか否かを判断し得る状態にしておくことを意味し、青色申告者が当該帳簿書類の調査に正当な理由なく応じず、その備付け、記録及び保存が正しく行われていることを確認することができないときは、同法１５０条１項１号所定の青色申告の承認の取消事由に該当するものと解すべきである（同旨の東京高裁平成７年１２月１１日判決・税務訴訟資料２１４号７１５頁は、その上告審である最高裁平成８年９月１３日第二小法廷判決・税務訴訟資料２２０号６５７頁において是認されている。）。
イ 原告は、平成１６年１０月１２日の練馬東税務署の乙上席国税調査官（以下「乙上席調査官」といい、その官職を「上席調査官」という。）及び丙統括国税調査官（以下「丙統括調査官」といい、その官職を「統括調査官」という。）からの調査への協力を求める電話を切り、同月１３日及び同月１４日の丙統括調査官の電話連絡に対して何ら返答せず、同月１９日に同税務署を訪れた際、同税務署の丁総務課長（以下「丁総務課長」という。）及び丙統括調査官が本件調査について説明し、その協力を求めたにもかかわらず、理解を示さず、同年１１月４日及び同月２９日の丙統括調査官の電話連絡に返答をしなかったのに加え、平成１７年８月２６日及び同月２９日に丙統括調査官から電話連絡を受けたにもかかわらず何ら返答せず、同月３０日、同税務署を訪れた際、丙統括調査官から調査への協力を求められたほか、同税務署の戊統括国税調査官（以下「戊統括調査官」という。）から調査への協力を求められたが、これを拒絶し、同年９月５日、戊統括調査官に対し、丙統括調査官が辞職しない限り任意調査には一切応じないと宣言して調査への協力を拒否し、同月７日、同税務署を訪れた際も、丙統括調査官が辞職すれば調査に応じるとか調査を勝手にやれといった返答をし、同月１７日及び同月２６日の戊統括調査官からの電話連絡に何ら返答せず、調査への協力を求める平成１７年１２月７日付け及び平成１８年３月３日付けの書面（乙１０、１１）を郵送されても一切応答しなかったものであって、これらの事実を総合すれば、原告は、本件青色申告承認取消処分がされるまでの間、何らの正当な理由なく、本件各係争年分の帳簿書類の提示を拒否していたと認められ、所得税法１５０条１項１号の取消事由に該当することから、本件青色申告承認取消処分は適法である。
（原告の主張の要旨）
ア 所得税法１５０条１項１号は、帳簿書類の提示を拒否した場合でも該当するが、これは、一定の時点で帳簿提示の拒否があれば足りるというものではなく、税務調査の全過程において税務当局が帳簿書類の備付け状況を確認するために社会通念上当然に要求される程度の努力を行ったにもかかわらず、その確認を行うことが客観的にみてできなかった場合に初めて、これに当たると解すべきであり、その判断は社会通念によって行うべきである。
そして、任意調査として許容される限度を著しく逸脱した重大な違法行為を行い、社会通念上、納税義務者の協力を期待し得ない状態を作り出した課税庁は、以後の税務調査に際し、事実関係を調査し説明するなど誠実に対応することにより、協力を期待し得る状態に回復する努力をすることが要求されるというべきであり、誠実な対応をしないまま帳簿の提示を求めたとしても、帳簿書類の備付けの状況等の確認を行うために社会通念上要求される程度の努力を尽くしたものということはできない。
イ 原告は、昭和４７年から青色申告の承認を受けており、帳簿書類を備え付けていた。原告は、平成１６年１０月１２日に乙上席調査官及び丙統括調査官から税務調査をする旨の電話があった際、亡妻が死亡したことを理由にその調査を拒否したが、聞き入れられず、さらに、丙統括調査官は、原告事務所を原告の不在中に訪問し、そのまま居座ったのである。このような態様の調査は、形式的には任意調査であるとしても、実質的には令状を得ていない強制調査というべきものであるし、税理士法３４条の趣旨並びに税務調査の際の納税者及び関与税理士に対する事前通知を求める国税庁長官の昭和３７年９月６日付け通達（官総６－２３０等、甲６の１。以下「事前通知通達」という。）に違反するものである。
丙統括調査官は、平成１６年１０月１２日以降同月２２日までの間に原告に対して合計８回も電話をかけたことから、原告は、同月１９日、抗議するために練馬東税務署を訪れたところ、丁総務課長から、丙統括調査官の行動について謝罪を受けるとともに、練馬東税務署長から原告に対する調査を取り止める指示があった旨伝えられていた。しかし、丙統括調査官は、同税務署長の指示に背き、同年１１月中、原告に対する調査をする旨の電話を執拗に繰り返したのであって、これらの行為は、国家公務員法９８条１項に違反するものである。なお、原告は、同月１４日にも、丁総務課長と面談している。
丙統括調査官は、平成１７年８月２６日及び同月２９日、再び原告事務所に電話をしたことから、同月３０日、原告は、丙統括調査官の行動に抗議するため、練馬東税務署を訪れ、戊統括調査官と面談をしたが、戊統括調査官も、税理士法３４条の趣旨及び事前通知通達を軽視する発言をしたことから、憤りを覚え、同年９月５日及び７日、丙統括調査官に対するしかるべき処分がされない限り、任意調査に応じず帳簿書類を提示しない旨述べていたのである。練馬東税務署長は、丙統括調査官らの違法行為について調査をし、原告に対し説明をし、丙統括調査官に謝罪させるなどして、原告が調査に協力し得る状態に回復する努力を怠ったものであり、戊統括調査官も、丙統括調査官の税務調査を是認する発言を繰り返し、原告との関係を悪化させたほか、帳簿書類の提示を要請する文書が到達しておらず、かつ、到達したか否かの確認もしないという妥当性を欠く対応であったのであるから、本件においては、これらの事情を基礎とすれば、原告が帳簿書類等の提示をしなかったことには正当な理由があるといえるので、所得税法１５０条１項１号所定の青色申告の承認の取消事由の要件を満たしているとはいえず、本件青色申告承認取消処分は違法である。
(2) 争点(2)ア（推計の必要性）について
（被告の主張の要旨）
ア 所得税法１５６条は、税務署長が十分な直接資料を入手することができず、直接資料に基づいて所得金額を的確に算定することができない場合には、推計課税をすることを許容するところ、納税者又はその取引関係者が調査に協力しないため、直接資料が入手できない場合も、推計課税が許される場合に含まれると解される。本件においては、原告は、担当官らによる再三の調査の協力依頼に応じることなく、本件各更正処分時までに本件各係争年分の帳簿書類を提示しなかったのであるから、推計の必要性が存在したことは明らかである。
イ なお、更正処分がされた後に帳簿書類が提出されても、当該更正処分時に推計の必要性を欠いたことにはならない。所得税法１５６条は、税務署長が推計課税をすることができる場合を、更正又は決定をする場合に限定しているのであるから、推計の必要性の判断基準時は、上記更正又は決定の時とすべきである。
（原告の主張の要旨）
ア 本件においては、法の趣旨・通達及び社会通念に反する税務調査が先行した状態で、練馬東税務署長が原告との関係修復に向けて社会通念上要求される程度の真しな努力を尽くしていなかったのであるから、原告が帳簿書類の提示を拒否しても、推計の必要性の要件を満たすものではない。
イ また、収支計算の基礎とすることができる帳簿等がある場合には、みだりにこれを無視して推計の方法を採るべきではなく、納税義務者が所得の実額を算出する上で有効と考えられる資料を提出したときは、できるだけこれを尊重し、実額をもって税額を算出する根拠とすべきであり、当該資料の些細な不備等を理由として、安易に推計課税の方法によるべきではない。
そして、異議申立てがされた場合、推計の必要性の判断基準時は異議決定時であると解すべきであり、特に、本件のように帳簿の不提出という理由で推計課税がされたが、異議調査の段階で実額課税を可能にする帳簿の提出があった場合には、次の(ア)ないし(ク)のとおり、推計の必要性の判断基準時は異議決定時とすべきである。
(ア) 推計の必要性の基準時をいつにするかは解釈にゆだねられており、これを原処分時とすることにより実額課税の原則の趣旨が損なわれるようであれば、処分時以外の時を基準時とすることも許容されるのであって、異議決定時を基準時とすべきである。また、最高裁昭和３４年７月１５日第二小法廷判決・民集１３巻７号１０６２頁は、抗告訴訟における違法性の判断基準時については、原則として処分時としつつも処分の性質に応じて判断基準時をきめ細かく判断できることを示唆している。
(イ) 異議申立てがされた場合、原処分庁がある年度における客観的な税額を判断し、最終的に確定するのは、異議決定時であり、その本質は、原処分庁による原処分の見直しであるといえ、原処分と異議決定を併せて全体として一つの処分をなすものといえる。そうすると、異議申立てがされた場合の推計の必要性の判断基準時は、異議決定時と解するのが素直である。
(ウ) 帳簿の不提出によって推計課税がされる場合は、異議申立手続において帳簿が提出されるなど事後的に変化し得るのであるから、暫定的な性質を有するといえる。
(エ) 課税処分においては、原処分が不確実であることを前提として、異議申立てを重視した不服申立制度を予定しており、異議申立てがされた場合の推計の必要性の判断基準時を原処分時と厳格に解釈する必要はない。
(オ) 本件訴訟の審理対象は、異議決定を経た後の更正処分の認定した税額の多寡であり、異議決定を経た更正処分が認定した税額に合理性があることを立証しなければならないから、異議手続において課税根拠となる資料が提出された場合、当該税額が一応の合理性を有するといえるためには、異議手続において提出された帳簿資料に関する立証が不可欠である。
(カ) 推計の合理性の判断基準時は、異議決定時であり、推計の必要性の判断基準時もこれに合わせるべきである。
(キ) 推計の必要性の判断基準時を原処分時とすると、異議申立て後に帳簿書類等を提出したが、帳簿が不備であると判断された場合に、その判断の当否を訴訟で争うことができなくなり、また、練馬東税務署長が、異議決定において、原告の帳簿書類に不備があるとの判断をしておきながら、本件訴訟においては上記帳簿書類に不備があったことを何ら立証しないことを許容するものであり、著しく信義に反するほか、異議手続自体の存在意義を没却するといえるし、また、白色申告者と比べて原告のような青色申告の承認を受けていた者が著しく不均衡な取扱いを受けることになるなどといった不都合が生じる。
(ク) ドイツの異議決定においては、原処分の違法性の判断基準時を異議決定時としているほか、本邦においても、これを異議決定時とする学説がある。
ウ 仮に、推計の必要性の判断基準が原処分時であるとしても、原告は、異議申立手続において、練馬東税務署に出頭し、①総勘定元帳、②小口現金出納帳、③得意先収入明細帳、④経費帳、⑤経費の領収書、⑥平成１５年分及び平成１６年分の所得源泉徴収簿、⑦業務提携契約書（甲７の１ないし３）、⑧福利厚生施設（Ｂ８０７号室）と題する書面（甲８）、⑨就業規則、⑩預金通帳を提出しており（甲３）、これらの書類は、青色申告者が備えるべき法定の帳簿書類及びその正確性を裏付ける領収書等の原資記録であり、所得額を把握し、実額課税を可能ならしめるに足りる資料であったことからすれば、練馬東税務署長は、異議手続で提出された帳簿等により収支に関する実額を把握し、実額に基づく処分をすることが十分に可能であったのであるから、あえて推計課税をする必要性はないといえ、本件各更正処分は、実額課税の原則に反する不当な処分であるといえる。
(3) 争点(2)イ（推計の合理性）について
（被告の主張の要旨）
ア 所得税法１５６条は、推計の必要性が認められる場合にどのような推計方法を採るべきかについては、税務署長の裁量判断にゆだねており、税務署長の入手し得る資料の限定性、調査時間及び調査能力の制約、納税義務者間の公平等との関連で、採用された推計方法が実額課税の代替手段として当該納税義務者の所得近似値を求め得る方法として社会通念上相応の合理性があると認められる必要があれば、それをもって足りるというべきである。
イ 本件においては、独自の調査によって得た原告の収入金額や源泉所得金額を所得金額の算定の基礎とし、さらに、その収入金額に同業者から得られた所得率の平均値を乗ずることによって所得金額を推計する方法（比率法）を用いてその事業所得を推計したものであり、同業者間に通常存在する程度の営業条件等の差異が捨象され、その推計方法が業種の同一性、営業規模の一応の類似性及び平均値の算出過程の整合性を有し、推計の基礎的要件を欠いていない以上、営業条件の差異等が、平均値による推計自体を全く不合理ならしめる程度に顕著なものでない限り、推計の合理性は肯定されるべきであるから、その比準同業者の抽出基準については、一般的・抽象的にみて実額に近似した金額を算出するのに必要な限度で設定されれば足りるというべきである。
ウ 原告の本件各係争年分の事業所得の金額を算定した推計の方法は、調査によって把握した原告の本件各係争年分の収入金額に、京橋税務署管内に事業所を有する税理士業を営む者のうち、別紙２「抽出基準」記載の抽出基準のすべてに該当する比準同業者の売上（収入）金額、所得金額、所得率及び退職金支払額を練馬東税務署長が調査した結果の報告（乙１６）によって得た平均所得率を乗じ、事業所得の金額を算定したものである。
そして、練馬東税務署長は、上記報告に当たり、上記抽出基準のすべてに該当する者を機械的に抽出したものであり、抽出過程に恣意が介入する余地はなく、上記抽出基準も、業種及び業態の同一性並びに事業規模等の近似性のいずれの点においても同業者の類似性を判別する基礎的要件を欠くものではなく合理的なものであるし、上記比準同業者は、いずれも帳簿等の備付けがされた青色申告をした者であり、経営状態が異常であると認められる者及び更正等に対する不服申立て等をしている者が除外されていることからすれば、その売上（収入）金額、所得金額等の資料の正確性も十分に担保され、さらに、平成１４年分は１０件、平成１５年分が１１件、平成１６年分は９件が選ばれており、同業者間の個別性を捨象するのに足りる件数であるといえる。したがって、本件における推計による算定方法には合理性があるといえる。
（原告の主張の要旨）
ア 昭和３０年後半まで、国税庁は、所得標準率を作成して推計課税を行っていたのであって、本件においても、推計を行うのであれば、所得標準率方式によるべきである。そして、所得標準率方式は、税理士が含まれる庶業の部について、人件費が著しく高くなることから、これを特別控除する取扱いをしており、本件の推計においても、税理士の特殊性から人件費を特別控除して計算すべきである。
イ 原告は、人件費の負担が他の税理士に比べて大きく、他の税理士１名のほか、妻以外にも２名の事務員を雇っていたのであって、「給与を得ている従業員の数が原告と同数である。」という抽出基準が必要であるというべきであるし、また、原告が高齢であり半引退状態であったことが考慮されておらず、原告の所得金額の近似値を算出する基準として不適当である。
ウ 被告は、練馬東税務署長の上記報告（乙１６）を基礎として比準同業者の所得率の平均値を算出しているが、上記報告のみでは、比準同業者の実在性、規模、内容及び立地条件のほか、情報の正確性が何ら立証されていないし、また、比準同業者の抽出基準を恣意的に設定し、又は抽出した複数の同業者から所得率の高い同業者を恣意的に選択することにより、平均所得率が高くなるよう操作し、本件の推計の合理性を証明しようとしている可能性が高い。具体的には、異議決定時の調査の結果（裁決書添付の同業者所得率）と上記報告における調査の結果とを比較すると、上記報告においては、所得率が最も高い同業者が加えられていたり、異議決定時の調査において同業者とされていた所得率の低い業者が排除されているなど、同業者の抽出基準及び比準同業者の選択について恣意が介入した可能性を払拭できない。
(4) 争点(3)（本件各賦課決定の適法性）について
（被告の主張の要旨）
本件各更正処分は適法であるところ、本件各更正処分により新たに納付すべき税額の基礎となった事実のうち、本件青色申告承認取消処分により青色申告の承認が取り消されたことによって、平成１４年分及び平成１６年分の青色事業専従者給与及び青色申告特別控除などが認められないこととなった金額に相当する部分を除いては、本件各更正処分前における税額の計算の基礎とされていなかったことについて、国税通則法６５条４項に定める正当の理由は存しない。
そして、本件各係争年分における原告の過少申告加算税の金額は、別紙３「本件各更正処分及び本件各賦課決定処分の根拠」第２の１ないし３記載のとおりであって、本件各賦課決定処分のうち、平成１４年分及び平成１５年分の過少申告加算税の金額は、同別紙第２の１及び２記載の金額を下回り、平成１６年分の過少申告加算税の金額は、同別紙第２の３記載の金額と同額であるから、本件各賦課決定処分は適法である。
（原告の主張の要旨）
本件各更正処分は違法であり、取り消されるべきものであるから、本件各更正処分に係る過少申告加算税の賦課決定処分である本件各賦課決定処分は、その基礎を失うので、取り消されるべきである。
第３ 争点に対する判断
１ 争点(1)（本件青色申告承認取消処分の適法性）について
(1) 本件各処分に至る経緯
本件各処分に至る経緯については、前記前提事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨を総合すると、以下の事実を認めることができる。
ア 平成１６年の本件調査への協力依頼等の経緯
(ア) 本件各係争年分の原告の所得税及び消費税に関する調査（以下「本件調査」という。）を担当することとなった練馬東税務署の乙上席調査官は、平成１６年１０月１２日午前１０時３０分ころ、原告事務所に電話をし、原告に対し、本件調査を行う旨を通知するとともに、本件調査への協力を依頼したが、原告は、乙上席調査官に対し、原告が調査の対象とされる理由の説明を求めたり、整理簿（調査の対象となっている税理士が掲載されている名簿）の開示等を求めるとともに、税理士に対する税務調査は、上席調査官ではなく、税務署長又は副署長が担当すべきであるなどと不満を述べ、本件調査への協力を拒み、電話を切った。
（甲１０、乙２、４、原告本人）
乙上席調査官から上記電話の報告を受けた練馬東税務署の丙統括調査官は、同日午前１０時５０分ころ、原告事務所に電話をし、応答した原告に対し、本件調査への協力を依頼したが、原告は、乙上席調査官からの電話への応答と同様、原告が調査の対象とされる理由の説明や整理簿の提出を求め、本件調査への協力を拒み、電話を切った。そこで、丙統括調査官は、原告に面談して本件調査への協力を依頼するため、原告事務所に赴き、同日午後０時３０分ころ、原告事務所に到着し、在所していた事務員に対し、役職及び氏名を告げた上で、原告との面談を求めたが、原告が昼食のため不在である旨告げられたため、いったんは退去し、同日午後１時ころ、改めて原告事務所を訪れた。しかし、在所していた事務員からは、原告がまだ戻っていない旨告げられたことから、同事務員の承諾を得た上で、原告事務所の玄関脇の長椅子に座って原告が戻るのを待った。（甲１０、乙１、４）
原告は、同日午後１時過ぎころ、練馬東税務署に電話をし、同税務署のＣ署長（以下「Ｃ署長」という。）に対し、原告の妻が亡くなって間もない時期であるにもかかわらず丙統括調査官が原告事務所を訪問したことについて抗議をした。Ｃ署長は、同税務署のＤ副署長（以下「Ｄ副署長」という。）に対し、原告から妻が亡くなって間もない時期であるとして丙統括調査官の対応に対し抗議があったことを伝えるとともに、原告によく説明した上で本件調査を進めるよう指示し、これを受けて、Ｄ副署長は、同日午後１時４０分過ぎころ、原告事務所にいる丙統括調査官に連絡をとり、同税務署に戻るよう指示し、丙統括調査官も、同日午後１時４５分過ぎころ、原告事務所を出て同税務署に戻り、同日の経過についてＤ副署長及びＣ署長に報告した。Ｃ署長は、丙統括調査官に対し、同統括調査官の原告事務所への訪問中に原告から電話で上記抗議があった旨を伝え、同統括調査官から、同統括調査官及び乙上席調査官が原告と電話で話した際には原告の妻の死亡の話はなかった旨の報告を受けたが、Ｄ副署長及び同統括調査官に対しては、本件調査の時期については原告の事情を考慮するように指示した。（乙１、３、４）
(イ) 丙統括調査官は、同日の経緯を踏まえ、適宜の時期の本件調査への協力を原告に依頼するため、翌１３日及び同月１４日のいずれも午後４時ころ、原告事務所に電話をし、応答した事務員に対し、役職及び氏名を告げた上で、原告への取次ぎを依頼したが、いずれも原告が不在であるとして取り次がれなかった。（甲１０、乙１、４、原告本人）
(ウ) 原告は、同月１９日午前９時１５分ころ、練馬東税務署３階を訪れ、亡妻の準確定申告書の提出をしたところ、丙統括調査官から面談を求められたことから、これを拒絶してその場を離れ、同日午前９時３０分ころ、同税務署の２階にある総務課のカウンターにおいて、税務署長との面談を求めた。そこで、同税務署の丁総務課長が、原告に対応することとなり、同税務署総務課の面接ブースにおいて、原告と面談をしたところ、原告が税務署長との面談を求める理由が本件調査に関する抗議であることが判明したことから、丙統括調査官を上記面接ブースに呼び、同統括調査官とともに原告と面談をすることとした。原告は、その面談において、丙統括調査官に対し、原告が調査の対象となる理由についての説明を求めたり、同統括調査官が上司と相談等をしてから対応すべきであったなどとして抗議し、本件調査への協力依頼に対しては、これに応じなかった。（甲１０、乙４、５、原告本人）
(エ) 原告は、同月２５日、練馬東税務署のＣ署長に対し、同日付け「税務行政についてのお尋ね」と題する書面（乙４。以下「平成１６年１０月２５日付け書面」という。）を提出し、丙統括調査官の言動が刑法１３０条、２２２条及び２２３条に該当する犯罪であるとの認識を示した上で、①妻が亡くなり悲嘆にくれ、かつ、多忙な時期に任意調査を受ける必要があるのか、②任意調査を拒否したにもかかわらず、丙統括調査官が原告事務所に居座ったことが社会常識に反するのではないか、③経験の浅い上席調査官が調査を担当することは、２０年以上も税務署に勤務し、退職後に３５年も税務行政に協力している税理士である原告に対し礼儀を失しており、統括調査官又は副署長が調査を担当すべきではないか等の各点について文書による回答をすることを求めた。（乙４、８、原告本人）
なお、上記書面に添付された、原告が同月１９日の丁総務課長及び丙統括調査官との間の話合いの内容を記載したとするメモ（乙４の４枚目）には、原告が、同日、丙統括調査官に対し、①原告に無断で原告事務所を訪れた理由、②丙統括調査官が原告に面談を求めたのが誰の命令によるものか、③原告に対して調査をする理由、④税理士、特に先輩の税理士などを調査する必要がある場合には、自分で調査をすべきではないか等の点について丙統括調査官に対して質問した旨の記載があるほか、丁総務課長が、原告に対し、「ご意見は良く分かりました。署長によく説明して善処致しますから、時間を下さい。」と回答した旨記載されている。（乙４、原告本人）
(オ) 丙統括調査官は、同年１１月４日午前１０時ころ、本件調査への協力を依頼して本件調査の実施日時についての約束を取り付けるため、原告の自宅に電話をしたが、応答がなかったため、原告事務所に電話をし、応答した事務員に対し、原告への取次ぎを依頼したが、不在であることを理由に取り次がれず、同月２９日午前１０時ころ、原告事務所に電話をし、応答した事務員に対し、氏名及び役職を告げた上で、原告への取次ぎを依頼したが、原告が事務所に来ていないと告げられたことから、同日午前１０時４５分ころ、改めて原告事務所に電話をし、応答した事務員に対し、役職及び氏名を告げた上で、原告への取次ぎを求めたが、原告が不在であると告げられたため、結局、連絡をとることができなかった。（甲１０、乙１、４）
(カ) 原告は、同月２６日、練馬東税務署のＣ署長に対し、同月２５日付け「謹啓」で始まる書面（乙６。以下「平成１６年１１月２５日付け書面」という。）を送付し、平成１６年１０月２５日付け書面で求めた回答がされなかったことを非難するとともに、そのような対応で任意調査をする資格があるのかとの疑問を呈しつつ、再び文書による回答を求めるとともに、併せて、丁総務課長からも何ら連絡がないことについて抗議した。（乙６）
(キ) 丙統括調査官は、以上の経緯から、同年１２月ころ、本件調査を平成１６年度中に実施することは困難であると判断し、Ｄ副署長及び個人課税第１部門の他の統括調査官と協議の上、本件調査を平成１７年７月以降に実施することとした。（乙１、３）
イ 平成１７年の本件調査への協力依頼等の経緯
(ア) 練馬東税務署においては、平成１７年７月の人事異動により、Ｃ署長、Ｄ副署長及び丁総務課長に代わり、Ｅ署長（以下「Ｅ署長」という。）、Ｆ副署長（以下「Ｆ副署長」という。）及びＧ総務課長（以下「Ｇ総務課長」という。）が赴任したほか、個人課税第１部門の統括調査官として戊統括調査官が赴任した。本件調査については、同月以降も留任した丙統括調査官が、従前のとおり担当することとなった。（乙１）
(イ) 丙統括調査官は、同年８月２６日、原告事務所に電話をし、応答した事務員に対し、役職及び氏名を告げた上で、原告への取次ぎを依頼したが、夏休みで翌週（同月２９日以降）まで不在であることを告げられるとともに、電話の用件を尋ねられたことから、本件調査に対する協力を依頼するための電話である旨の伝言を依頼し、電話を切った。丙統括調査官は、同月２９日午前１０時３０分ころ、原告事務所に電話をし、応答した事務員に対し、原告への取次ぎを依頼したが、出勤前であると告げられたことから、同日午前１１時２０分ころ、改めて原告事務所に電話をし、応答した事務員に対し、原告への取次ぎを依頼したが、再度不在であると告げられたため、税務調査への協力を求めるための電話である旨の伝言を依頼し、その後に原告の自宅にも電話をしたが、応答がなく、結局、連絡をとることができなかった。（乙１、８）
(ウ) 原告は、同月３０日午前９時ころ、練馬東税務署の３階にある事務室を訪れ、丙統括調査官に対し、上記(イ)の電話の用件を尋ねたところ、丙統括調査官から、本件調査への協力を依頼するための電話であると回答され、改めて本件調査への協力を依頼されたことから、同税務署２階の総務課において、Ｅ署長への面談を求めた。戊統括調査官は、同日午前９時１０分ころ、総務課の係長から原告への対応を依頼されたため、同係長とともに、原告と面談をし、原告から、①平成１６年１０月１２日に丙統括調査官が原告事務所に居座ったこと、②練馬東税務署長が同月２５日付け書面（乙４）に対し回答していないこと及び③丙統括調査官が礼節を欠いており調査担当者として不適切であることについて抗議を受けた。戊統括調査官は、原告に対し、丙統括調査官が平成１６年１０月１２日に原告事務所を訪れたのが原告の妻の死亡から間もない時期であったことについては結果的に不適切な面もあったとして口頭で陳謝の辞を述べるとともに、本件調査への協力を依頼したが、原告からは、本件調査への協力を拒否され、さらに、丙統括調査官からの連絡には応じない旨を告げられた。（甲２の１、同１０、乙１、７、原告本人）
(エ) その後、練馬東税務署内において、Ｅ署長、Ｆ副署長、丙統括調査官及び戊統括調査官による協議がされ、以後の本件調査の担当を、戊統括調査官が引き継ぐこととなった。戊統括調査官は、平成１７年９月２日、原告の平成１６年１０月２５日付け書面（乙４）に対する回答を口頭で行うため、原告事務所に電話をし、応答した事務員に対し、役職及び氏名を告げた上で原告への取次ぎを依頼したが、原告が不在であると告げられたため、折り返し連絡をもらえるよう伝言を依頼した。原告は、平成１７年９月２日午後２時ころ、上記伝言に応じて、戊統括調査官に電話をしたが、今度は戊統括調査官が不在であったため、同月５日午前９時に原告が練馬東税務署に赴いて面談をする旨の伝言を残した。（甲１０、乙７、原告本人）
(オ) 原告は、同月５日午前９時ころ、上記(エ)の伝言のとおり、練馬東税務署を訪れ、戊統括調査官及びＨ連絡調整官と面談をし、その際、同日付け「前略」で始まる書面（乙８。以下「平成１７年９月５日付け書面」という。）を提出した。戊統括調査官は、その面談において、原告に対し、平成１６年１０月２５日付け書面に対する回答として、口頭で、①平成１６年１０月１２日の丙統括調査官の電話及び来訪が原告の妻の死亡から間もない時期であったために原告の気持ちを害したことについて陳謝の辞を述べるとともに、②(a)本件調査は、所得税法に基づく任意調査であること、(b)任意調査であっても、社会通念上真にやむを得ない理由がない限り拒否できないという意味で受忍義務があることを伝えた。これに対し、原告は、丁総務課長から、Ｃ署長が本件調査を中止するとの指示を受けた旨を聞いたにもかかわらず、丙統括調査官が原告に対し電話を繰り返したことは不当である旨の抗議をするとともに、丙統括調査官が職を辞めない限り本件調査には協力しない旨を述べた。さらに、戊統括調査官は、原告に対し、繰り返し本件調査への協力を求めたが、原告はこれを拒否する意向を変えなかったため、原告に対し、任意調査に協力して帳簿等を提示しなければ、税務署が独自の調査を進めざるを得ないこと、帳簿の提示がされない場合には青色申告の承認の取消処分及び更正処分を行うこともあること、本件調査の対象が本件各係争年分であることを伝えたが、原告は本件調査への協力を拒んだ。（甲１０、乙７、原告本人）
なお、平成１７年９月５日付け書面（乙８）には、練馬東税務署の税務行政が無責任で行政管理能力に問題があり、丙統括調査官の言動は税務職員として不適格であり、「同人が職にある限り私に関する任意調査等は、一切拒否致します」との記載があるほか、添付の「経緯」（４枚目）として、平成１６年１０月１４日に丁総務課長と面談した際に善処する旨の約束を取り付けたが、丙統括調査官から、同月１２日から２２日までの間に合計８回、本件調査への協力を求める電話があったため、話が違うと感じ、平成１６年１０月２５日付け書面をＣ署長あてに送付したところ、丁総務課長から、同月２９日の面談において、本件調査を取り止めるようＣ署長から指示された旨聞いたが、それにもかかわらず、丙統括調査官は、同年１１月４日に２回、同月９日に１回、同月１５日に２回、同月２４日に１回、同月２９日に１回、いずれも同年１１月中に本件調査をする旨の電話をし、さらに平成１７年８月２６日に１回、同月２９日に２回、本件調査を希望する旨の電話をしたとして、このような丙統括調査官の行動は違法であり、同人に対する何らかの処分を求める旨の記載がある。（乙８）
(カ) 原告は、平成１７年９月７日午前９時２０分ころ、練馬東税務署を訪れ、応接に当たった戊統括調査官及びＧ総務課長に対し、同日付け「確認事項」で始まる書面（乙９。以下「平成１７年９月７日付け書面」という。）を提出し、丙統括調査官の調査を依頼する際の対応について抗議をした。戊統括調査官は、原告に対し、①練馬東税務署としても本件調査の担当を丙統括調査官から自分に変更したので、本件調査に協力し、帳簿書類等を提示してもらいたいこと、②本件調査に協力してもらえず、帳簿書類等の提示がない場合、練馬東税務署が独自に調査をして、青色申告の承認を取り消し、更正処分を行うことになること、③本件調査の対象が本件各係争年分の所得税及び消費税であることを説明するとともに、平成１７年９月７日付け書面とは別途改めて本件調査への協力を求めたが、原告は、戊統括調査官に対し、①丙統括調査官は、Ｃ署長及び丁総務課長が本件調査を中止すると言ったのに平成１６年１１月に何度も電話をしたのであり、丙統括調査官が税務署にいる間は調査を拒否する、②丙統括調査官が現職にある限り、帳簿を提出する気も、調査に協力する気もなく、丙統括調査官を辞職させれば調査に応じる、③本件調査を中止するか、行うのであれば勝手にやるようにと回答した。（甲１０、乙７、９、原告本人）
(キ) 戊統括調査官は、平成１７年１０月１７日午後３時４５分ころ、原告事務所に電話をし、応答した事務員に対し、原告への取次ぎを求めたが、不在であると告げられたため、折り返し連絡をもらえるよう伝言を依頼し、また、同月２６日午後３時４５分ころ、原告事務所に電話をし、応答した事務員に対し、原告への取次ぎを求めたが、不在であると告げられたため、再び、折り返し連絡をもらえるよう伝言を依頼した。その後、原告は、戊統括調査官からの連絡を求める上記各伝言を聞いたが、本件調査に協力する意思がなかったため、戊統括調査官に電話をしなかった。（甲１０、乙７）
(ク) 戊統括調査官は、同年１２月７日、原告に対し、帳簿書類等を提示して本件調査に協力するよう求めるとともに、練馬東税務署の調査の経過を説明するため自分への連絡を求めるとともに、帳簿書類の提示がない場合には、青色申告の承認の取消しがされることになる旨を記載した同日付けの書面（乙１０）を原告の自宅あてに郵送した。（乙７、１０）
(ケ) 戊統括調査官は、平成１８年３月３日、原告に対し、練馬東税務署の調査の結果、申告された所得金額に誤りがあると考えられる点について修正申告書を提出してもらうため、同月９日までに自分に連絡をするよう求めるとともに、連絡がない場合には更正処分をすることになる旨を記載した同月３日付け書面（乙１１）を原告の自宅あてに郵送した。（乙７、１１）
(コ) その後、平成１８年３月９日を経過しても、原告から練馬東税務署の戊統括調査官又は他の職員に対し何ら連絡がなかったため、同月１３日、練馬税務署長は、本件青色申告承認取消処分をするとともに、本件各更正処分及び本件各賦課決定処分をするに至った。（甲１の１ないし４、乙７）
(2) 事実認定の補足説明
ア 原告は、①平成１６年１０月１２日、乙上席調査官及び丙統括調査官に対し、妻が亡くなって間もない時期であることを理由に本件調査の延期を依頼したが、個人的な理由であるとして断られた、②同月１４日に丁総務課長と面談し、同月１９日の同総務課長との面談の際には同総務課長から、Ｃ署長の指示により本件調査が中止となった旨を伝えられた、③丙統括調査官が、原告に対し、同月１２日から同月１９日までに合計８回の用件を告げない電話をかけ、同年１１月４日に２回、同月９日に１回、同月１５日に２回、同月２４日に１回、同月２９日に２回の用件を告げない電話をかけるなど、嫌がらせともいえる執拗な電話を繰り返した、④戊統括調査官も、平成１７年８月３０日、原告との面談において、税務調査の事前通知に関する税理士会との協定に関係がないとか、丙統括調査官の言動が些細なことである旨の不当な発言をした、⑤原告は、同年９月５日ころの時点において丙統括調査官から謝罪があれば本件調査に協力する意思を持っていたが、丙統括調査官から謝罪がされず、執拗な電話を繰り返し、かつ、練馬東税務署が平成１６年１０月２５日付け書面（乙４）に誠実に回答しなかったことから、本件調査に協力しなかった、⑥平成１７年１２月７日付け書面（乙１０）及び平成１８年３月３日付け書面（乙１１）を原告は受領していなかった旨主張する。
イ ところで、(a)上記①ないし④の主張に係る事実は、平成２０年４月１日付け原告の陳述書（甲１０）及び同年６月２日の原告本人尋問において、これらに沿う供述がされ、(b)上記①の事実については、平成１６年１０月２５日付け書面（乙４の１、２枚目）及びそれ以降に原告が作成した書面（甲２の１、同４の１・３・４、乙８、９）に、(c)上記②及び③の事実については、平成１７年９月５日付け書面（乙８）及びそれ以降に原告が作成した書面（甲２の１、同４の１・３・４）に、(d)上記④の事実については、平成１８年３月２３日付け異議申立書（甲２の１）及び同日以降に原告が作成した書面（甲４の１・３・４）に、それぞれこれらに沿う記載があり、(e)上記⑤の事実については、平成２０年６月２日の原告本人尋問において、これに沿う供述がされたものであるが、これらの供述・記載は、次の(ア)ないし(エ)のとおり、いずれも、以前に作成された書面の内容等との間に変遷・齟齬がみられるなど、その内容には少なからず疑問を抱かせる点があり、これらを採用することはできず、他に上記①ないし⑤の各事実を認めるに足りる証拠はない。
(ア) 上記①の主張に係る事実については、平成１６年１０月２５日付け書面に添付された同月１９日の原告と丁総務課長及び丙統括調査官との面談内容を原告が記載したメモ（乙４の３、４枚目）には、同月１２日以降の丙統括調査官の原告に対する対応全般について多数の事項にわたり抗議の内容が詳細に記載されているのに対し、同月１２日に乙上席調査官及び丙統括調査官が原告の調査延期の依頼を拒んだ理由と原告の妻の死亡との関係に関する両調査官の発言内容についての抗議の記載は一切なく、仮に、原告が当時その点について不満を有していたのであれば、当然に同月１９日の面談の際にもその点について抗議するのが自然であると考えられること、前記(1)ア(ア)のとおり、乙上席調査官及び丙統括調査官が平成１６年１０月１２日に原告に対してした電話は、いずれも本件調査への協力を依頼するためにされたものであり（このことについては、原告も同様の供述をしている（甲１０、原告本人）。）、本件調査を実施する日時が確定していたものではないことからすれば、原告が本件調査の実施時期の「延期」を依頼すること自体不自然であるし、その旨の依頼に対し具体的な延期の期間等について何ら協議することなく、一方的に実施時期の調整を不可として拒絶するという対応も不自然であるといわざるを得ないことを併せ考えれば、上記(a)及び(b)の証拠を採用することはできず、他に上記①の主張に係る事実を認めるに足りる証拠はない。
(イ) 上記②及び③の主張に係る事実については、Ⓐ原告の作成に係る平成１６年１０月２５日付け書面（乙４）及び平成１６年１１月２５日付け書面（乙６）には、同月１４日に丁総務課長と面談をしたこと、同月１９日に丁総務課長から本件調査が中止となった旨を聞いたこと、丙統括調査官から原告に対し同月１９日までの間に８回、同年１１月にも８回の電話があったことのいずれも、当該事実の存在をうかがわせる記載は一切なく、Ⓑ平成１６年１０月２５日付け書面に添付された同年１０月１９日の原告と丙統括調査官及び丁総務課長との面談内容に関するメモ（乙４の３、４枚目）には、主として原告から丙統括調査官に対する質問及び抗議の内容が記載され、末尾の丁総務課長の発言も、「署長によく説明して善処しますから、時間を下さい」との内容が記載されるにとどまっており、Ⓒ平成１６年１０月２５日付け書面（乙４）には、丙統括調査官から原告への電話は２回しか記載されていないし、Ⓓ平成１６年１１月２５日付け書面（乙６）には、Ｃ署長及び丁総務課長の対応への抗議の文面しか記載されておらず、上記ⒶないしⒹの各記載はいずれも上記②及び③の主張とは整合しない上、Ⓔ平成１７年９月５日以降に原告が作成した書面（甲２の１、同４の１・３・４、同１０、乙８）には、上記②及び③の主張に沿う記載がみられるものの、丁総務課長から本件調査が中止される旨聞いたとする日が、平成１９年１２月１２日に原告準備書面(1)において訂正されるまでは、平成１６年１０月２９日に聞いたと記載され、その経緯についても、平成１６年１０月２５日付け書面の送付を含む原告の抗議の結果として中止されるに至ったとの前提で記載されているのであり、このように、担当官による電話の回数・頻度のみならず、本件調査の中止の有無・経緯という原告の抗議の中核的な内容をなす極めて重要な事項についても面談の日時、内容、経緯等に不自然な変遷がみられるのであって、これらの事情がかかる変遷の通常想定し難い事項であることを併せ考えれば、上記(a)及び(c)の証拠を採用することはできず、他に上記②及び③の主張に係る事実を認めるに足りる証拠はない。
(ウ) 上記④の主張に係る事実についても、平成１７年９月５日付け書面（乙８）及び平成１７年９月７日付け書面（乙９）には、戊統括調査官の言動に関する記載はなく、原告が当時戊統括調査官の言動について何らかの不満を抱いていたことをうかがわせる記載もなく、専ら丙統括調査官の言動に対する不満や本件調査への協力の拒否に係る記載に終始していたところ、平成１８年３月２３日受付異議申立書以降に作成された書面（甲２の１、同４の１・３・４、同１０）において上記主張に沿う記載がみられるようになったのであって、真に戊統括調査官の対応に不満を有していた者のとる行動としては不自然であるといわざるを得ないことを併せ考えれば、上記(a)及び(d)の証拠を採用することはできず、他に上記④の主張に係る事実を認めるに足りる証拠はない。
なお、原告は、平成１６年１０月１２日の丙統括調査官の原告事務所への訪問が税理士法３４条の趣旨及び事前通知通達に違反するとの見解を前提として、戊統括調査官がこれらを軽視して不当に丙統括調査官を擁護する内容の言動をしたと主張してその対応を論難するところ、（ⅰ）練馬東税務署においては本件調査を実施できなかったものであって、丙統括調査官は本件調査の実施のためではなくその任意の協力を依頼するために原告事務所を訪れたものであるから、その訪問が税務調査自体の実施前の通知の励行を旨とする税理士法３４条及び事前通知通達に抵触するものでないことは客観的に明らかであるし、（ⅱ）戊統括調査官は、平成１６年度中の丙統括調査官の上記訪問につき原告の妻の逝去との関係で原告に対しその心情に配慮して譲歩した内容の発言をした上で、改めて平成１７年度中の本件調査への協力を依頼している以上（これらの各事実については、原告も、甲１０の陳述書において、同旨の供述をしている。）、前年度中の丙統括調査官の対応について殊更に上記主張に係る言動をすべき理由はなく、これらの点からも、上記④の主張に沿う上記(a)及び(d)の証拠は、その内容が不自然であり、採用し難い。
(エ) 上記⑤の主張に係る事実については、原告は、Ⓐ平成１６年１０月２５日付け書面（乙４）及び平成１６年１１月２５日付け書面（乙６）では、丙統括調査官の同年１０月１２日の言動を非難し、Ⓑ平成１７年９月５日付け書面（乙８）では、丙統括調査官が本件調査を中止する旨のＣ署長の指示に背き、原告に執拗に電話をしたとしてこれを論難するとともに、丙統括調査官の辞職を求めるという明らかに実現可能性のない条件を要求した上で、同人が職にある限り本件調査は一切拒否する旨を宣言し、同月７日の戊統括調査官との面談でも同様の条件を要求していること（乙７）、Ⓒ平成２０年４月１日付け陳述書（甲１０）でも、練馬東税務署側の謝罪と「けじめ」がなければ本件調査には協力しないと考えていた旨供述し、この「けじめ」とは上記Ⓑと同様の条件を指す趣旨と解されること等にかんがみると、平成１７年９月の時点における原告による丙統括調査官の辞職要求は、客観的には原告が本件調査に応ずる意思のないことの徴表とみるべきであって、単に同統括調査官の謝罪があれば本件調査に応ずる意思があったとは到底認め難いので、上記(e)の平成２０年６月２日の原告本人尋問における同統括調査官からの謝罪があれば本件調査への協力をする意思があった旨の供述部分（なお、原告本人尋問の結果中には、上記Ⓒと同様に、謝罪とともに「けじめ」が必要である旨の供述部分もある。）は、上記ⒶないしⒸの客観的な事実の経過及び弁論の全趣旨に照らし、採用し難く、他に上記⑤の主張に係る事実を認めるに足りる証拠はない。
ウ 上記⑥の事実については、証拠（乙１０、１１）によれば、戊統括調査官が、原告の自宅あてに、平成１７年１２月１７日付け書面及び平成１８年３月３日付け書面をそれぞれ郵送に付したことが認められ、本件の全証拠によっても、これらの書面が原告に到達しなかったことをうかがわせる事情はみられない。
(3) 所得税法１５０条１項１号該当性について
ア 所得税法においては、青色申告の承認を受けている者は、財務省令（同法施行規則５６条ないし６４条）で定めるところにより帳簿書類を備え付け、これに事業所得等の金額に係る取引を記録し、かつ、当該帳簿書類を保存しなければならず（同法１４８条１項）、当該帳簿書類等の備付け、記録又は保存が上記財務省令で定めるところに従って行われていない場合には、税務署長は、青色申告の承認を取り消すことができるとされており（同法１５０条１項１号）、税務署職員は、所得税の調査のため必要があるときは、納税義務者の帳簿書類を検査することができるとされている（同法２３４条）。すなわち、青色申告承認制度は、財務省令の定める一定の帳簿書類の備付け、記録及び保存をする者に対し、青色申告書を用いて、貸借対照表、損益計算書その他所定の事業所得等の金額の計算に関する明細書を添付した納税申告をした場合に、税法上種々の特典を付与するものであるが、その制度趣旨は、申告納税制度が適正に機能するためには、納税者が帳簿書類を備え付けて取引を記録し、これを基礎として納税申告をすることが望ましいとの見地から、税法上の特典を付与してこれを奨励することにあり、したがって、その前提条件である所定の帳簿書類の備付け、記録又は保存を欠く場合には、青色申告の承認を取り消して上記税法上の特典を与えないこととするものである。
これらの所得税法の規定及びその趣旨を総合すると、青色申告者については、税法上の特典の付与を受ける前提として、所定の帳簿書類の備付け、記録又は保存の義務が課せられ、その義務の内容には、当該帳簿書類の備付け、記録及び保存が財務省令の定めに従って適正にされているか否か（当該帳簿書類が青色申告の基礎としての適格性の有無を判断し得る状態にあるか否か）についての税務署職員の調査に随時応ずべき義務も含まれており、青色申告者が正当な理由なく税務署職員の上記調査に応じないために帳簿書類の備付け、記録又は保存が財務省令の定めに従って適正にされているか否かを確認し得ない場合には、税務署長は、同法１５０条１項１号所定の取消事由に該当する事由に含まれるものとして、青色申告の承認を取り消すことができるものと解するのが相当である。
【判示(1)】
イ これを本件についてみるに、前記(1)ア及びイの認定事実によれば、練馬東税務署の職員による原告に対する本件調査への協力依頼及びこれに伴う原告との面談等の対応について、法令に違反する行為又は社会通念上不相当と評価される行為があったとはいえず、本件の全証拠によっても、原告が本件調査を拒むべき正当な理由の存在を認めることはできないところ、それにもかかわらず、原告は、練馬東税務署の職員からの再三の本件調査への協力依頼に対し、当初は上席調査官による調査を役職が低いとして拒み、丙統括調査官からの協力依頼に対しては、同人の原告事務所への訪問等について同税務署長に対し抗議の書面を提出するなどして質問への回答を求め、上記訪問後の電話連絡には応答せず、後任の戊統括調査官からの翌年度の協力依頼に対しても、丙統括調査官の辞職要求が受け入れられない限り本件調査への協力を拒否する旨を述べ、その後の電話連絡等には応答しないなど、本件調査への協力を拒否し続け、帳簿書類等の提示に応じなかったものと認めることができるのであって、その結果、練馬東税務署長において、原告による所定の帳簿書類の備付け、記録及び保存が財務省令の定めに従って適正にされているか否かを確認し得なかったことが認められるのであるから、上記アにおいて説示したところによれば、原告の本件各係争年分の所得税については、所得税法１５０条１項１号の取消事由に該当する事由が存在したものということができる。
ウ これに対し、原告は、前記(2)アの①ないし⑥の主張に係る事情をもって、原告が本件調査に応じなかったことが正当な理由に基づくものである旨主張するが、同①ないし⑥の主張に係る事情が、本件全証拠によっても、いずれも認めるに足りないことは、前記(2)イ及びウにおいて説示したとおりである。
また、原告は、①平成１６年１０月１２日に丙統括調査官が原告事務所を訪れたことが、実質的に令状を得ずに強制捜査をしたことと同視でき、税理士法３４条の趣旨及び事前通知通達に違反する、②丙統括調査官が平成１６年１１月に原告に対し電話をしたことが、Ｃ署長による本件調査の中止の命令を無視するもので、国家公務員法９８条１項に違反する、③戊統括調査官による丙統括調査官の言動を擁護する発言が、税理士法３４条の趣旨及び事前通知通達に違反する、④Ｃ署長が、原告の平成１６年１０月２５日付け書面に対して誠実に回答せず、丙統括調査官の行動を調査しなかったことが不当である等として、原告が本件調査に応じなかったことは正当な理由に基づくものである旨主張する。
(ア) しかしながら、上記①の点に関しては、前記(1)ア(ア)及び(2)イ(ア)のとおり、丙統括調査官は、平成１６年１０月１２日の最初の電話の際には、原告から、原告の妻の死亡から間もない時期であるとの説明を受けておらず、かかる事情を知らずに原告事務所を訪れ、事務員の了解を得て応接の長椅子で原告が戻るのを待っていたものであり、その電話及び訪問は、いずれも本件調査への任意の協力を依頼するためのものであって、本件調査自体には何ら着手しておらず、その後その協力依頼自体も原告の上記事情に配慮して翌年７月以降に延期されていることからすれば、同統括調査官による同日の原告事務所への訪問は、令状によらない強制捜査と同視すべきものではなく、社会通念上不相当な行為であったと評価することもできないし（戊統括調査官がこの点につき原告に陳謝の辞を述べたのも、結果的に前任者の訪問が原告の妻の死亡から間もない時期となったことにつき、原告の心情に配慮して儀礼上遺憾の意を表した趣旨と解される。）、丙統括調査官の上記訪問等が税理士法３４条及び事前通知通達に違反するものでないことは、前記(2)イ(ウ)（ⅰ）で説示したとおりである。
(イ) 上記②の主張については、Ｃ署長が本件調査の中止を命じた事実が認められないことは、前記(2)イ(イ)で説示したとおりであって、その事実の存在を前提とする上記主張を採用し得ないことは明らかである。
(ウ) 上記③の主張についても、その主張に係る戊統括調査官の発言の事実が認められないことは、前記(2)イ(ウ)で説示したとおりであって、その事実の存在を前提とする上記主張を採用し得ないことも明らかである。
(エ) 上記④の主張については、前示のとおり、平成１６年１０月１２日の乙上席調査官及び丙統括調査官の原告に対する言動に法令違反ないし社会通念上不相当と評価される点はない以上、Ｃ署長が原告の平成１６年１０月２５日付け書面に対し回答すべき義務があったということはできず、また、前記(1)ア(ア)のとおり、Ｃ署長は、丙統括調査官の同月１２日の行動について、同日中に、同統括調査官から報告を受け、原告の妻の死亡から間もない当時の状況を踏まえ、本件調査の時期について原告の事情を考慮するようにＤ副署長及び丙統括調査官に指示しており、その後、その指示を踏まえてＤ副署長、丙統括調査官及び他の統括調査官が協議した上で本件調査の時期を翌年７月以降に延期していたものであって、Ｃ署長のこれらの対応に違法ないし不相当な点はなく、仮に原告がＣ署長の対応に不満を感じて本件調査への協力を拒んだものであるとしても、それが正当な理由によるものであるということはできない。
エ なお、原告は、本件では、税務当局が帳簿書類の備付けの状況等の確認を行うために社会通念上要求される程度の努力を尽くしたものということはできない旨主張するが、前記(1)の認定事実によれば、本件において、練馬東税務署の署員らは、帳簿書類の備付けの状況等の確認を行うために社会通念上要求される程度の努力を尽くしたが、原告が正当な理由によらずに本件調査への再三の協力依頼を拒否し続けたため、その確認を行うことができなかったものと認められ、上記主張は理由がない。
(4) 小括
以上によれば、本件青色申告承認取消処分は、所得税法１５０条１項１号の取消事由に該当する事由に基づいてされたものとして、適法であるというべきである。
２ 争点(2)ア（推計の必要性）について
(1) 本件において、被告が、本件各係争年分の原告の事業所得の金額を推計により算出して、本件各更正処分をしたことは、前提事実(3)アのとおりであり、前記１のとおり、原告は、練馬東税務署の署員らによる本件調査への協力依頼及び帳簿書類等の提示の求めを正当な理由なく拒否し、練馬東税務署において帳簿書類等を確認し得なかったため、練馬東税務署による独自調査により（乙１２の１ないし５４）、別紙３のとおり、原告の事業に係る収入金額及び源泉徴収額を把握したものの、その事業所得の金額を把握するには至らず、その結果、上記推計の方法による算出に至ったこと【判示(2)】
【判示(3)】
がそれぞれ認められ、これらの事実関係によれば、本件各更正処分の当時において、推計の必要性があったものと認めるのが相当である。
(2)アこの点について、原告は、①原告が異議申立て後に練馬東税務署の担当者に対し所得金額の実額を把握するに足りる帳簿書類等を提示しているところ、②(a)国税通則法においては、原処分の不確実性を前提として異議申立制度を設け、納税者の権利救済を図ることを予定しており、異議申立てがされた場合には、課税庁の最終的な税額に係る判断は、異議決定時にされるのであり、(b)帳簿の不提出は、事後的に変化し得る暫定的な性質の事実であるといえ、(c)本件各更正処分の取消訴訟の審理対象は、異議決定を経た各更正処分の認定した税額の多寡であるから、異議申立てにおいて課税根拠となる資料が提出された場合、その税額の合理性を判断するためには、上記課税根拠となる資料による立証が不可欠であって、(d)推計の合理性に係る違法性の判断基準時は異議決定時であるから、推計の必要性の違法性の判断基準はこれと合致すべきであるし、(e)仮に、推計の必要性の判断基準時が原処分時とされると、青色申告者は、異議決定の内容の当否に係る司法の救済を受けられなくなり、白色申告者に比べて著しく不均衡になるとして、本件各更正処分の推計の必要性の判断基準時は異議決定時であり、本件各更正処分には推計の必要性がない旨主張する。
イ しかしながら、(ア)本件においては、本件各係争年分の確定申告書（甲１２の１ないし３）、総勘定元帳（甲１１の１ないし３）及び契約書等（甲７の１ないし３、同８）しか証拠として提出されておらず、これらのみでは原告の本件各係争年分における事業所得の実額を把握することができないことは明らかであって、その他の本件の全証拠によっても、原告の本件各係争年分の事業所得について、実額課税を可能ならしめる程度の帳簿書類等が存在し、原告がこれを異議申立時に練馬東税務署に呈示したと認めることはできず、上記①の主張は理由がない。
また、(イ)取消訴訟の対象となる処分の適否は、当該処分当時の事情に基づいて判断されるべきものであるところ、そもそも、推計の必要性は、実額課税の原則の下で推計という方法による算定が例外的に許容されるための手続的要件として要求されているものと解されるのであって、同要件を充足する事情は、当該納税者に対する推計の方法による更正又は決定（所得税法１５６条）の時点で存在すれば足りると解するのが相当であるから、上記②の主張は理由がない。そして、Ⓐ国税通則法が、税務署長の処分に対する不服について、二段階の不服申立手続を定めている（同法７５条１項及び３項）としても、税務署長による異議決定及び国税不服審判所長による審査裁決は、いずれも「裁決」（国税通則法１１４条、行政事件訴訟法３条３項）として、国税に関する「処分」（国税通則法１１４条、行政事件訴訟法３条２項）とは別個独立に抗告訴訟の対象となり、各手続の違法事由は各別に審査の対象となることが予定されている（行政事件訴訟法１０条２項）のであるから、国税通則法における不服申立手続の存在は、むしろ、国税に関する処分について、抗告訴訟における違法性の判断基準時を処分時とすることに親和性があるといえるし（上記②(a)関係）、Ⓑ推計による更正又は決定の時点において帳簿書類等の提示に非協力であるか否かは、事後的に変動する事情ではなく、暫定的な性質の事柄とはいえないのであって（上記②(b)関係）、Ⓒ税額自体の推計の合理性については、口頭弁論終結時までの事情に基づいて主張・立証できるが、その合理性を基礎付ける事情は、推計の必要性を基礎付ける事情とは別個の事柄であり（上記②(c)関係）、Ⓓ事柄の性質上、これらの判断基準時を一致させなければならないものではなく（上記②(d)関係）、Ⓔ青色申告者は、その年分における実際の所得額を客観的に立証することによってその税額を争うことができ、また、異議決定の固有の違法を理由として当該異議決定自体の効力を争うことができるのであるから、その権利救済の途が確保されているのであって、その地位が白色申告者に比べて著しく不均衡であるともいえない（上記②(e)関係）のであって、本件各更正処分の推計の必要性に係る違法性の判断基準時を異議決定時にすべきであるとする原告の上記主張は採用できない。
なお、原告は、処分後の事情により当該処分が違法となる場合があることを是認した最高裁昭和３４年７月１５日第二小法廷判決・民集１３巻７号１０６２頁を上記主張の根拠として挙げるが、同判決は、本件とは事案を異にするものである上、その内容も、原審が取消訴訟における処分の違法性の判断基準時を処分時としたことを正当とし、弁論終結時において裁判所が行政庁の立場に立っていかなる処分が正当であるかを判断するものではないと判示したものであって、推計の必要性の判断基準時を異議決定時とする原告の主張を何ら根拠付けるものではなく、その余の所論も、原告の主張を根拠付けるものということはできない。
ウ さらに、原告は、予備的な主張として、仮に推計の必要性の判断基準時が本件各更正処分時であるとしても、原告は、異議申立て後、練馬東税務署に実額を把握するのに足りる帳簿書類等を提出した以上、本件各更正処分は実額課税の原則に反して違法となると主張する。
しかしながら、(a)本件の全証拠によっても、原告が異議申立手続において実額を把握するに足りる帳簿書類等を練馬東税務署の担当者に提示した事実を認めることはできないし、(b)仮に、異議申立手続において実額課税をするに足りる帳簿書類等が提示されたとしても、推計の必要性が手続的要件であり、更正処分時においてこれを適法に具備していた以上、処分後の帳簿書類等の提示によって直ちに当該処分が違法となるものではなく、あくまでも、納税者がいわゆる実額反証を主張してその立証に成功した場合に、実額課税の原則に基づいて当該推計による更正処分が違法となる余地があるというにすぎないのであるから、本件において実額反証の主張・立証がされていない以上、いずれにしても、原告の異議申立て後の対応によって本件各更正処分が違法となる余地はない。
３ 争点(2)イ（推計の合理性）について
(1) 被告が本件訴訟において主張する本件各係争年分の原告の事業所得の金額は、練馬東税務署の独自調査によって認定した原告の事業に係る収入金額（乙１２の１ないし５４）を所得金額の算定の基礎とし、同税務署の調査に基づく同税務署長の東京国税局長あて報告（乙１６。以下「本件報告」という。）によって認定した比準同業者の所得率（収入金額に対する所得の割合）の平均値を乗じて算出する方法、すなわち、いわゆる比率法を用いたものであることについては、当事者間に争いがない。
ところで、推計課税は、実額を把握する資料がないときに、やむを得ず間接的資料により所得を推計するものであるから、推計の方法は実際の所得に近似した数値を算出し得る合理的なものでなければならず、推計課税が合理的であるというためには、①推計の基礎事実が正確に把握されていること、②種々の推計方法のうち、当該具体的事案に最適なものが選択されていること、③具体的な推計方法自体、できる限り真実の所得に近似した数値が算出され得るような客観的なものであることが必要であり、本件のように、比準同業者から得られた比率を用いて推計を行う場合には、その比率が適正であることが担保されていることが必要であって、そのためには、Ⓐ比準同業者の類似性（業種・業態の同一性、法人・個人の別の同一性、事業所の近接性、事業規模の近似性）、Ⓑ資料の正確性（比準同業者は、青色申告者又は税務署長が申告を是認している者であること、一定期間同種事業を継続していること、申告が確定していること）、Ⓒ比準同業者数（選定件数）の合理性、Ⓓ抽出過程の合理性（抽出過程について課税庁の思惑や恣意が介在する余地がないこと）、Ⓔ同業者率（比準同業者の所得率の平均値）の内容の合理性といった要素を基礎として、その推計方法が所得の実額の近似値を求め得る程度の一応の合理性があるか否かを判断し、その推計方法に一応の合理性があると認められる場合には、特段の反証がされない限り、その推計方法によって算出される課税標準等の額が真実の課税標準等の額に合致するとの事実上の推定をすることができるというべきである。
これを本件についてみるに、(a)証拠（乙１６）及び弁論の全趣旨によれば、本件における比準同業者の抽出基準は、別紙２記載の抽出基準（以下「本件抽出基準」という。）のとおりであると認められ、原告事務所と同一の納税地内に事業所を有する税理士業を営む者を抽出し、かつ、年間の収入の金額及び青色事業専従者の数の類似性を考慮することによって、その事業規模等に近似性を持たせているといえ、本件抽出基準の各条件（別紙２記載１ないし８）のすべてに該当する者として抽出された同業者（以下「本件比準同業者」という。）には、原告との類似性（上記Ⓐ）があるということができる。そして、(b)本件比準同業者は、いずれも青色申告承認を受けており、かつ、経営状態が異常である者及び税務署長から更正又は決定を受けて係争中である者が除外されていることからすれば、その資料の正確性（上記Ⓑ）も一定程度確保されているといえるし、(c)証拠（乙１６）によれば、本件比準同業者として抽出された件数は、平成１４年分が１０件、平成１５年分が１１件、平成１６年分が９件と、各年分の平均値を求めることによって各比準同業者の個別性を捨象し得る程度の合理的な件数（上記Ⓒ）が確保されているといえ、(d)東京国税局長からの本件抽出基準の各条件のすべてに該当する者を無作為に抽出すべき旨の指示に基づいて練馬東税務署長が抽出したのが本件比準同業者であることからすれば、その抽出過程も、課税庁の思惑や恣意が介在する余地がなく、合理的な方法（上記Ⓓ）が採られているものといい得る。そして、証拠（甲５、乙１６）によれば、本件報告に基づき本件各更正処分の基礎とされた本件比準同業者と異議決定及び審査裁決の基礎とされた比準同業者との間には、共通の業者が相当数あり、かつ、一部の業者が異なるところ、本件比準同業者の所得率の平均値（平成１４年分４５．５９％、平成１５年分４５．７４％、平成１６年分４６．７４％）と、異議決定の基礎とされた比準同業者の所得【判示(4)】
率の平均値（平成１４年分４４．６５％、平成１５年分４１．８７％、平成１６年分４０．６９％）及び審査裁決の基礎とされた比準同業者の所得率の平均値（平成１４年分４４．６６％、平成１５年分４４．８８％、平成１６年分４６．７６％）との差異が、各年分とも僅少なものであったことが認められ、これらの事実からすれば、それらの比準同業者が現に実在し、平均値の算定に資する実例として適切に抽出されたことを推認することができ、他方、本件報告における抽出の妥当性等に疑問を挟む余地があることをうかがわせる事情は別段みられないことからすれば、同業者率の内容の合理性（上記Ⓔ）についてもこれを肯認し得るものといえる。
以上によれば、練馬東税務署の独自調査により判明した原告の事業に係る収入金額に、本件各係争年分における本件比準同業者の所得率の平均値を乗じてその事業所得の金額を推計した本件の推計の方法には、実際の原告の所得金額に近似した数値を算定し得る一応の合理性があるということができる。
(2) この点について、原告は、①本件における推計は、所得標準率方式によるべきであるところ、同方式においては、税理士が含まれる庶業の部については、人件費を特別控除する取扱いをしていたのであって、本件の推計課税が人件費を特別控除せずに計算していることが不合理である、②給与を得ている従業員の数が原告と同数であるという抽出条件を設けるべきであるのに、これを設けておらず、原告が高齢であり半引退状態であったことが考慮されていないなど、本件報告には正確性の担保がない、③本件比準同業者と異議決定時における比準同業者とを比較すると、前者では所得率が高い同業者が選択される一方、最も所得率が低い同業者が排除されており、本件報告には練馬東税務署長の恣意が介在した疑いが強いとして、本件の推計の方法は推計の合理性を欠く旨主張する。
しかしながら、(ア)上記①の主張については、被告が原告の事業所得の金額を推計する方法として選択した比率法は、推計の方法として一般に承認された方法であるし、業種・業態に類似性のある同業者にあっては、特段の事情がない限り、同程度の収入に対し同程度の経費を支出することが通例といえるのであって、このことは、原告が営む税理士業においても例外とはいえず、現に、本件抽出基準は、別紙２記載のとおり、原告と同様に京橋税務署管内に事業所を有して税理士業を営む者を抽出している以上、比率法を選択すること自体が、推計の方法の合理性を失わせる事情であるということはできず、また、比率法の計算方法に従い、人件費を特別控除しない取扱いが採用されているとしても、そのことによって直ちに当該推計の合理性が減殺されるということもできない。
また、(イ)上記②の主張については、本件抽出基準においては、別紙２記載５のとおり、「給与（青色事業専従者に対する給与を除く。）の支払のある者」であることを抽出基準とし、従業員に対する給与の支払をしている税理士業を営む者を比準同業者として抽出することにより、原告との類似性を確保しているといえるところ、これに加えて更に原告との従業員数の一致までも求めることは、比準同業者数が、各比準同業者の個別性を捨象できなくなる程度にまで減少するおそれが大きく、また、その抽出基準において従業員数が同数であるとの特別の限定を付さなかったことが、その推計の合理性を減殺するということもできないのであって、さらに、平均値による推計【判示(5)】
【判示(6)】
【判示(7)】
においては、通常程度の営業条件の差異は、上記平均値を求める過程で包摂されると考えられることを考慮すれば、事業者の年齢及び稼働時間につき特別の限定を付さなかったことを含めて、本件抽出基準におけるその他の条件の設定についても、上記推計の合理性に疑いを生じさせる事情の存在はうかがわれない。
さらに、(ウ)上記③の主張については、証拠（甲５）によれば、異議決定時及び審査裁決時の抽出基準と本件抽出基準との間に条件の一部の相違があることが認められる以上、比準同業者の一部が異なることも当然の帰結であってその一事をもって、本件報告の内容に課税庁の恣意が介在したことを疑わせる事情になるとはいえない。そして、その他、本件の全証拠によっても、本件報告に、課税庁の恣意が介入するなどの推計方法の抽出過程の合理性に疑いを生じさせる事情を見いだすこともできない。
以上のとおり、原告の上記①ないし③の各主張は、いずれも採用することはできず、原告のその余の主張も、本件の推計の合理性に関する前記(1)の判断を左右するに足りるものとは認められない。
４ 争点(2)（本件各更正処分の適法性）について
以上によれば、原告の本件各係争年分の事業所得の金額については、推計の方法により算出する必要性が認められ（前記２）、また、本件各更正処分の基礎とされた推計の方法には一応の合理性があると認められ、その合理性を減殺する特段の反証はなく、当該推計の方法によって算出された原告の事業所得の金額は真実の所得金額と合致するとの事実上の推定をすることができる（上記３）といえるので、原告の本件各係争年分の納付すべき税額又は還付金の額に相当する金額（▲は後者の金額。以下同じ。）は、別紙３「本件各更正処分及び本件各賦課決定処分の根拠」の第１の１ないし３のとおり、平成１４年分については▲１２５万４６５０円、平成１５年分については▲２２０万６８００円、平成１６年分については１６２万８６００円であったと認められ、これらの金額は、本件各更正処分（ただし、平成１８年６月２３日付け異議決定により一部取り消された後のもの）における本件各係争年分の還付金の額に相当する金額と比べて、納付すべき税額において上回り、還付金の額に相当する金額において下回るのであるから、本件各更正処分はいずれも適法である。
５ 争点(3)（本件各賦課決定処分の適法性）について
前記４のとおり、本件各更正処分はいずれも適法であるところ、本件各更正処分により新たに税額の計算の基礎となった事実のうち、本件青色申告承認取消処分により青色申告の承認が取り消されたことによって平成１４年分及び平成１６年分の青色事業専従者給与及び青色申告特別控除が認められなくなった金額に係る部分を除いては、本件各更正処分前における税額の計算の基礎とされていなかったことについて、国税通則法６５条４項に規定する正当な理由があったということはできないので、本件各係争年分における原告の過少申告加算税は、別紙３「本件各更正処分及び本件各賦課決定処分の根拠」の第２の１ないし３のとおり、平成１４年分については４０万４０００円、平成１５年分については２０万４５００円、平成１６年分については５９万６０００円であったと認められ、これらの金額は、本件各賦課決定（ただし、平成１８年６月２３日付け異議決定により一部取り消された後のもの）のうち平成１４年分及び平成１５年分の【判示(8)】
過少申告加算税の金額を上回り、平成１６年分の過少申告加算税の金額と同額であることからすれば、本件各賦課決定はいずれも適法である。
第４ 結論
よって、原告の請求は、いずれも理由がないから、これらを棄却することとし、訴訟費用について、行政事件訴訟法７条、民事訴訟法６１条を適用して、主文のとおり判決する。東京地方裁判所民事第２部
裁判長裁判官岩井伸晃
裁判官三輪方大
裁判官小島清二
（別紙１－１）
更正処分等の経緯（平成１４年分）
（単位：円）
区分
確定申告
更正処分等
異議申立て
異議決定
審査請求
審査裁決
総所得金
額①
1,148,080
21,558,449
1,148,080
14,950,486
1,148,080
事業所得の金額②
3,838,517
24,720,035
3,838,517
18,112,072
3,838,517
不動産所得の金額③
1,149,163
678,014
1,149,163
678,014
1,149,163
配当所得の金額④
53,000
53,000
53,000
53,000
53,000
給与所得の金額⑤
1,500,000
1,500,000
1,500,000
1,500,000
1,500,000
内訳雑所得の金
額⑥
231,500
231,5001
231,500
231,500
231,500
分離課税の長期譲渡所得の金
額⑦
(▲5,624,100)
(▲5,624,100)
(▲5,624,100)
(▲5,624,100)
(▲5,624,100)
所得控除の額の合計額⑧
1,254,350
789,950
1,254,350
789,950
1,254,350
課税総所得金
額⑨
20,768,000
14,160,000
課税総所得金額に対する税
額⑩
5,194,160
3,018,000
配当控除の
額⑪
5,300
2,650
5,300
2,650
5,300
定率減税
額⑫
250,000
250,000
源泉徴収税
額⑬
5,082,800
4,930,800
5,082,800
4,930,800
5,082,800
申告納税
額⑭
▲5,082,800
10,700
▲5,082,800
▲2,165,450
▲5,082,800
予定納税
額⑮
－－－－－納付すべき税
額⑯
▲5,082,800
10,700
▲5,082,800
▲2,165,450
▲5,082,800
棄却
過少申告加算
税⑰
－
711,500
－
396,500
－
却下
（注１）「総所得金額」欄及び「分離課税の長期譲渡所得の金額」欄の各金額は、所得税法６９条１項及び租税特別措置法３１条５項の規定による損益通算後の金額である。
（注２）「分離課税の長期譲渡所得の金額」欄の括弧書き内の▲は、損失の金額（上記損益通算前の金額）を表す。（注３）「申告納税額」欄及び「納付すべき税額」欄の▲は、還付金の額に相当する税額を表す。（別紙１－２）
更正処分等の経緯（平成１５年分）
（単位：円）
区分
確定申告
更正処分等
異議申立て
異議決定
審査請求
審査裁決
総所得金
額①
892,697
24,370,592
892,697
10,430,295
892,697
事業所得の金額②
1,233,908
24,152,774
1,233,908
10,212,477
1,233,908
不動産所得の金額③
▲2,213,365
▲1,654,336
▲2,213,365
▲1,654,336
▲2,213,365
配当所得の金額④
90,000
90,000
90,000
90,000
90,000
給与所得の金額⑤
1,500,000
1,500,000
1,500,000
1,500,000
1,500,000
雑所得の金
額⑥
221,700
221,700
221,700
221,700
221,700
内訳
一時所得の金額⑦
60,454
60,454
60,454
60,454
60,454
所得控除の額の合計額⑧
1,146,180
646,180
1,146,180
646,180
1,146,180
課税総所得金
額⑨
23,724,000
9,784,000
課税総所得金額に対する税
額⑩
6,287,880
1,705,200
配当控除の
額⑪
9,000
4,500
9,000
9,000
9,000
定率減税
額⑫
250,000
250,000
源泉徴収税
額⑬
5,109,700
5,017,700
5,109,700
5,017,700
5,109,700
申告納税
額⑭
▲5,109,700
1,015,600
▲5,109,700
▲3,571,500
▲5,109,700
予定納税
額⑮
－－－－－納付すべき税
額⑯
▲5,109,700
1,015,600
▲5,109,700
▲3,571,500
▲5,109,700
棄却
過少申告加算
税⑰
－
872,000
－
194,000
－
却下
（注１）「不動産所得の金額」欄の▲は、損失の金額を表す。
（注２）「申告納税額」欄及び「納付すべき税額」欄の▲は、還付金の額に相当する税額を表す。（注３）「一時所得の金額」は、所得税法第２２条第２項第２号規定による２分の１に相当する金額である。別紙（１－３）
更正処分等の経緯（平成１６年分）
（単位：円）
区分
確定申告
更正処分等
異議申立て
異議決定
審査請求
審査裁決
総所得金
額①
1,156,638
24,010,912
1,156,638
19,847,685
1,156,638
事業所得の金額②
▲851,800
22,678,128
▲851,800
18,514,901
▲851,800
不動産所得の金額③
291,902
▲383,752
291,902
▲383,752
291,902
配当所得の金額④
553,000
553,000
553,000
553,000
553,000
給与所得の金額⑤
950,000
950,000
950,000
950,000
950,000
内訳雑所得の金
額⑥
213,536
213,536
213,536
213,536
213,536
所得控除の額の合計額⑦
1,200,940
700,940
1,200,940
700,940
1,200,940
課税総所得金
額⑧
23,309,000
19,146,000
課税総所得金額に対する税
額⑨
6,134,330
4,594,020
配当控除の
額⑩
55,300
27,650
55,300
27,650
55,300
定率減税
額⑪
250,000
250,000
源泉徴収税
額⑫
4,751,990
4,701,990
4,751,990
4,701,990
4,751,990
申告納税
額⑬
▲4,751,990
1,154,600
▲4,751,990
▲385,620
▲4,751,990
予定納税
額⑭
－－－－－納付すべき税
額⑮
▲4,751,990
1,154,600
▲4,751,990
▲385,620
▲4,751,990
棄却
過少申告加算
税⑯
－
807,500
－
596,000
－
却下
（注１）「事業所得の金額」欄及び「不動産所得の金額」欄の▲は、損失の金額を表す。（注２）「申告納税額」欄及び「納付すべき税額」欄の▲は、還付金の額に相当する税額を表す。（別紙２）
抽出基準
京橋税務署管内に事業所を有する個人事業者で、本件各係争年分において、次の１ないし８のすべての条件に該当する者
１ 当該年分の１年（暦年）を通じて、税理士業を継続して営んでいる者（税理士業以外の業種目を兼業している者を除く。）
２ 所得税の申告において青色申告の承認を受けており、青色申告決算書を提出している者
３ 当該年分の事業所得に係る総収入金額が、次の範囲内にある者
ア 平成１４年分 25,127,405円以上、100,509,620円以下
イ 平成１５年分 25,458,905円以上、101,835,620円以下
ウ 平成１６年分 23,807,940円以上、95,231,760円以下
４ 青色事業専従者が１名である者
５ 給与（青色事業専従者に対する給与を除く。）の支払のある者
６ 家賃の支払のある者
７ 業務委託費又は外注費の支払のある者
８ 次のア及びイのいずれにも該当しない者
ア 災害等により、経営状態が異常であると認められる者
イ 税務署長から更正又は決定の処分がされている者のうち、次のいずれかに該当する者
(ア) 当該処分について国税通則法又は行政事件訴訟法の規定による不服申立期間又は出訴期間の経過していないもの
(イ) 当該処分に対して不服申立てがされ、又は訴えが提起されて現在審理中であるもの（別紙３）
本件各更正処分及び本件各賦課決定処分の根拠
（注）▲は、マイナスの金額である。
第１ 本件各更正処分の根拠について
１ 平成１４年分
(1) 総所得金額
２３６１万０３１６円
上記金額は、次のアないしオの各金額の合計額である。
ア 事業所得の金額
２１１４万７８０１円
上記金額は、次の(ア)の金額から(イ)及び(ウ)の各金額を控除し、(エ)の金額を加算した後の金額である。
(ア) 退職金の金額及び事業専従者控除の額を控除する前の事業所得の金額２２９１万１１６７円
上記金額は、原告の税理士業に係る収入金額の合計額５０２５万４８１０円（乙１２の１ないし５４）に、本件比準同業者の所得率の平均値４５．５９％（乙１６）を乗じた金額である。
(イ) 退職金の金額
３４６万６７００円
(ウ) 事業専従者控除の額
８６万円
(エ) 退職給与引当金勘定の取崩し金額
２５６万３３３４円
イ 不動産所得の金額
６７万８０１５円
上記金額は、次の(ア)の金額から(イ)ないし(オ)の各金額を控除した後の金額である。
(ア) 総収入金額
３００万円
(イ) 租税公課の金額
１４万３０５５円
(ウ) 損害保険料の金額
３０万２５１２円
(エ) 減価償却費の金額
１７１万１３５８円
(オ) 管理費の金額（乙１３）
１６万５０６０円
ウ 配当所得の金額
５万３０００円
エ 給与所得の金額
１５０万円
オ 雑所得の金額
２３万１５００円
(2) 分離長期譲渡所得の金額
▲５６２万４１００円
(3) 所得控除の額の合計額
７８万９９５０円
上記金額は、次のアないしエの各金額の合計額である。
ア 社会保険料控除の金額
３４万４９５０円
イ 生命保険料控除の金額
５万円
ウ 損害保険料控除の金額
１万５０００円
エ 基礎控除の金額
３８万円
(4) 課税される総所得金額
１７１９万６０００円
上記金額は、(1)の金額から(2)を控除した金額から(3)の金額を控除した金額（１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの）である。
(5) 納付すべき税額
▲１２５万４６５０円
（還付金の額に相当する税額
１２５万４６５０円）
上記金額（納付すべき税額）は、次のアの金額からイないしエの各金額を差し引いた後の金額である。
ア 課税される総所得金額に対する税額
３９２万８８００円
イ 配当控除額
２６５０円
ウ 定率減税額
２５万円
エ 源泉徴収税額
４９３万０８００円
上記金額は、次の(ア)ないし(ウ)の各金額の合計額である。
(ア) 事業所得に係る源泉徴収税額
４９０万０６００円
上記金額は、原告の税理士業に係る源泉徴収税額の合計である（乙１２の１ないし５４）。
(イ) 配当所得に係る源泉徴収税額
１万０６００円
(ウ) 給与所得に係る源泉徴収税額
１万９６００円
２ 平成１５年分
(1) 総所得金額
１４９６万４３５８円
上記金額は、次のアないしカの各金額の合計額である。
ア 事業所得の金額
１４７４万６５３９円
上記金額は、次の(ア)の金額から(イ)及び(ウ)の各金額を控除し、(エ)の金額を加算した後の金額である。
(ア) 退職金の金額及び事業専従者控除の額を控除する前の事業所得の金額２３２８万９８０６円
上記金額は、原告の税理士業に係る収入金額の合計額５０９１万７８１０円（乙１２の１ないし５４）に、本件比準同業者の平均所得率４５．７４％（乙１６）を乗じた金額である。
(イ) 退職金の金額
１０２４万６６００円
(ウ) 事業専従者控除の額
８６万円
(エ) 退職給与引当金勘定の取崩し金額
２５６万３３３３円
イ 不動産所得の金額
▲１６５万４３３５円
上記金額は、次の(ア)の金額から(イ)ないし(キ)の各金額を控除した後の金額である。
(ア) 総収入金額
１２２万４１００円
(イ) 租税公課の金額
１３万０７５０円
(ウ) 損害保険料の金額
３０万２５１２円
(エ) 修繕費の金額
１０３万７２１４円
(オ) 減価償却費の金額
１３４万７６６０円
(カ) 管理費の金額
５万７２３４円
上記金額は、原告が平成１５年中にＩ株式会社に支払った管理費の金額である（乙第１３号証）。
(キ) 水道光熱費の金額
３０６５円
ウ 配当所得の金額
９万円
エ 給与所得の金額
１５０万円
オ 雑所得の金額
２２万１７００円
カ 一時所得の金額
６万０４５４円
(2) 所得控除の額の合計額
６４万６１８０円
上記金額は、次のアないしエの各金額の合計額である。
ア 社会保険料控除の金額
２０万１１８０円
イ 生命保険料控除の金額
５万円
ウ 損害保険料控除の金額
１万５０００円
エ 基礎控除の金額
３８万円
(3) 課税される総所得金額
１４３１万８０００円
上記金額は、(1)の金額から(2)を控除した金額（１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの）である。
(4) 納付すべき税額
▲２２０万６８００円
（還付金の額に相当する税額
２２０万６８００円）
上記金額（納付すべき税額）は、次のアの金額からイないしエの各金額を差し引いた後の金額である。
ア 課税される総所得金額に対する税額
３０６万５４００円
イ 配当控除額
４５００円
ウ 定率減税額
２５万円
エ 源泉徴収税額
５０１万７７００円
上記金額は、次の(ア)ないし(ウ)の各金額の合計である。
(ア) 事業所得に係る源泉徴収税額
４９７万４１００円
上記金額は、原告の税理士業に係る源泉徴収税額の合計である（乙１２の１ないし５４）。
(イ) 配当所得に係る源泉徴収税額
１万２０００円
(ウ) 給与所得に係る源泉徴収税額
３万１６００円
３ 平成１６年分
(1) 総所得金額
２５２９万１７７９円
上記金額は、次のアないしオの各金額の合計額である。
ア 事業所得の金額
２３９５万８９９５円
上記金額は、次の(ア)の金額から(イ)の金額を控除し、(ウ)の金額を加算した後の金額である。
(ア) 退職金の金額及び事業専従者控除の額を控除する前の事業所得の金額２２２５万５６６２円
上記金額は、原告の税理士業に係る収入金額の合計額４７６１万５８８０円（乙１２の１ないし５４）に、本件比準同業者の平均所得率４６．７４％（乙１６）を乗じた金額である。
(イ) 事業専従者控除の額
８６万円
(ウ) 退職給与引当金勘定の取崩し金額
２５６万３３３３円
イ 不動産所得の金額
▲３８万３７５２円
上記金額は、次の(ア)の金額から(イ)ないし(オ)の各金額を控除した後の金額である。
(ア) 総収入金額
２４０万円
(イ) 租税公課の金額
１３万０４３６円
(ウ) 損害保険料の金額
５５万８１６７円
(エ) 修繕費の額
１０３万３４７５円
(オ) 減価償却費の金額
１０６万１６７４円
ウ 配当所得の金額
５５万３０００円
エ 給与所得の金額
９５万円
オ 雑所得の金額
２１万３５３６円
(2) 所得控除の額の合計額
７０万０９４０円
上記金額は、次のアないしエの各金額の合計額である。
ア 社会保険料控除の金額
２５万５９４０円
イ 生命保険料控除の金額
５万円
ウ 損害保険料控除の金額
１万５０００円
エ 基礎控除の金額
３８万円
(3) 課税される総所得金額
２４５９万円
上記金額は、(1)の金額から(2)を控除した金額（１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの）である。
(4) 納付すべき税額
１６２万８６００円
上記金額は、次のアの金額からイないしエの各金額を差し引いた後の金額である。
ア 課税される総所得金額に対する税額
６６０万８３００円
イ 配当控除額
２万７６５０円
ウ 定率減税額
２５万円
エ 源泉徴収税額
４７０万１９９０円
上記金額は、次の(ア)及び(イ)の各金額の合計額である。
(ア) 事業所得に係る源泉徴収税額
４６５万８６００円
(イ) 配当所得に係る源泉徴収税額
４万３３９０円
第２ 本件各賦課決定処分の根拠について
１ 平成１４年分
４０万４０００円
上記金額は、①(a)平成１４年分所得税の更正処分（ただし、平成１８年６月２３日付け異議決定により一部取り消された後のもの）により原告が新たに納付すべきこととなった税額２９１万７３００円のうち、平成１４年分の青色事業専従者給与及び青色申告特別控除などが認められないこととなった部分に相当する税額５万２３００円は、国税通則法６５条４項の「正当な理由があると認められる事実に基づく税額」に該当することから、上記２９１万７３００円から５万２３００円を控除した後の２８６万円（ただし、国税通則法１１８条３項の規定により、１万円未満の端数を切り捨てた後のもの）を基礎として、(b)これに国税通則法６５条１項の規定に基づき１００分の１０の割合を乗じて算出した金額２８万６０００円と、②同条２項の規定に基づき５０万円を超える部分に相当する税額２３６万円に１００分の５の割合を乗じて算出した金額１１万８０００円との合計額である。
２ 平成１５年分
２０万４５００円
上記金額は、①(a)平成１５年分所得税の更正処分（ただし、平成１８年６月２３日付け異議決定により一部取り消された後のもの）により原告が新たに納付すべきこととなった税額１５３万円（ただし、国税通則法１１８条３項の規定により、１万円未満の端数を切り捨てた後のもの）を基礎として、(b)これに国税通則法６５条１項の規定に基づき１００分の１０の割合を乗じて算出した金額１５万３０００円と、②同条２項の規定に基づき５０万円を超える部分に相当する税額１０３万円に１００分の５の割合を乗じて算出した金額５万１５００円との合計額である。
３ 平成１６年分
５９万６０００円
上記金額は、①(a)平成１６年分所得税の更正処分（ただし、平成１８年６月２３日付け異議決定により一部取り消された後のもの）により原告が新たに納付すべきこととなった税額４３６万６３００円のうち、平成１６年分の青色事業専従者給与及び青色申告特別控除などが認められないこととなった部分に相当する税額２１万６４００円は、国税通則法６５条４項の「正当な理由があると認められる事実に基づく税額」に該当することから、上記４３６万６３００円から２１万６４００円を控除した後の４１４万円（ただし、国税通則法１１８条３項の規定により、１万円未満の端数を切り捨てた後のもの）を基礎として、(b)これに国税通則法６５条１項の規定に基づき１００分の１０の割合を乗じて算出した金額４１万４０００円と、②同条２項の規定に基づき５０万円を超える部分に相当する税額３６４万円に１００分の５の割合を乗じて算出した金額１８万２０００円との合計額である。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2008/pdf/11076.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。