税務訴訟資料第２５８号－２３３（順号１１０９１）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分取消等請求事件
国側当事者・国（麻布税務署長）
平成２０年１１月２８日却下・確定
判決
原告株式会社Ａ銀行
代表者代表執行役甲
訴訟代理人弁護士宮崎裕子
同神田遵
同平川雄士
同北村豊
同海老沢宏行
被告国
代表者法務大臣森英介
処分行政庁麻布税務署長
指定代理人武藤京子
同雨宮恒夫
同飯島敏
同引地俊二
同袴田政実
主文
１ 本件訴えを却下する。
２ 訴訟費用中、訴えの提起の手数料のうち１４５５万円及び被告に生じた費用は被告の負担とし、その余は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
麻布税務署長が原告に対し平成１７年６月２９日付けでした、原告の平成１３年４月１日から平成１４年３月３１日までの事業年度の法人税に係る更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分のうち、更正については納付すべき税額４３億６９３６万９２００円を超える部分、賦課決定については過少申告加算税２０２６万６０００円を超える部分をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、原告が、平成１３年４月１日から平成１４年３月３１日までの事業年度（以下「本件事業年度」という。）の法人税に関し、平成１７年６月２９日付けで更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下、併せて「本件更正処分等」という。）を受け、本件訴えを提起して上記第１のとおり本件更正処分等の一部取消しを求めている事案であり、本件訴訟の係属中に、納付すべき税額及び過少申告加算税の額をそれぞれ上記第１の原告主張の各金額と同額に減額する旨の再更正処分及び変更決定処分（以下、併せて「本件再更正処分等」という。）がされたため、本件訴えについて訴えの利益が消滅したか否かが争われている。
１ 関係法令の定め
(1) 国税通則法２６条（再更正）
税務署長は、同法２４条若しくは２５条又は２６条の規定による更正又は決定をし
た後、その更正又は決定をした課税標準等又は税額等が過大又は過少であることを知
ったときは、その調査により、当該更正又は決定に係る課税標準等又は税額等を更正
する（同法２６条）。
(2) 国税通則法７０条（国税の更正、決定等の期間制限）
更正（同条１項１号）又は課税標準申告書の提出を要する国税で当該申告書の提出
があったものに係る賦課決定（同項２号）のうち、納付すべき税額を減少させる更正
又は賦課決定（同条２項１号）は、当該更正については、その更正に係る国税の法定
申告期限（還付請求申告書に係る当該更正については、当該申告書を提出した日）か
ら（同条１項１号）、当該賦課決定については、当該申告書の提出期限から（同項２
号）、それぞれ５年を経過する日まで、することができる（同条２項）。
２ 前提事実（争いのない事実及び顕著な事実）
(1) 原告は、平成１４年６月２８日、麻布税務署長に対し、本件事業年度の法人税に関し、所得金額を１３９億００２０万６６７９円、納付すべき税額を４１億６６７０
万８１００円とする確定申告をした。
(2) 麻布税務署長は、平成１７年６月２９日、原告の本件事業年度の法人税に関し、所得金額を４２９億７９５２万１３９３円、納付すべき税額を１２８億９０５０万２
６００円、過少申告加算税の額を１１億０００６万５５００円とする本件更正処分等
をした。
(3) 原告は、同年８月２６日、所得金額を１４０億９９４３万２０３７円、納付すべき税額を４２億２６４７万５９００円、過少申告加算税の額を５９７万６０００円と
主張して、本件更正処分等につき、審査請求をしたが、平成１９年７月６日、同審査
請求を棄却する旨の裁決がされた。
(4)ア原告は、平成２０年１月８日、本件更正処分等のうち、更正については納付すべき税額４２億２６５６万０２００円を超える部分、賦課決定については過少申告
加算税の額５９８万５０００円を超える部分の各取消しを求めて、本件訴えを提起
した。
イ 原告は、同年３月４日、上記アの請求を、本件更正処分等のうち、更正について
は納付すべき税額４３億６９３６万９２００円を超える部分、賦課決定については
過少申告加算税の額２０２６万６０００円を超える部分の各取消しを求める請求
に減縮し、被告は、この請求の減縮に同意した。
(5) 麻布税務署長は、同年６月３０日付けで、本件更正処分等のうち、更正については納付すべき税額を４３億６９３６万９２００円とする旨の再更正処分をし、賦課決
定については過少申告加算税の額を２０２６万６０００円とする旨の変更決定処分
をした（これらが本件再更正処分等である。）。
３ 争点及び争点に関する当事者の主張の要旨
(1) 本件の争点は、本件更正処分等の一部取消しを求める本件訴えについて、本件再更正処分等により、訴えの利益が消滅したか否かである。
なお、本件再更正処分等の適法性・有効性について、次の(2)及び(3)のとおり、原告は、本案判決において判断されるべきであるとし、被告は、本件再更正処分等が適
法・有効であることを前提として本案前の答弁をしている。
(2) 原告の主張の要旨
本件再更正処分等の有効性について、原被告ともに疑いを抱いていないが、国税通
則法７０条２項１号は、減額の更正は、その更正に係る国税の法定申告期限から５年
を経過した日以後においては、することができない旨定めており、本件再更正処分等
は、この期間制限に反するので、同号の規定の解釈次第では、本件再更正処分等の有
効性が今後において揺らぐ事態も考えられないわけではなく、仮にそのような事態に
なれば、原告は多大な不利益を被ることになる可能性がある。
したがって、原告は、本件再更正処分等が国税通則法の上記期間制限に係る規定に
抵触するものではなく、完全に適法・有効である旨の判決を求める利益があるから、
本件訴えについては、本件再更正処分等がされた後もなお、訴えの利益がある。
(3) 被告の主張の要旨
ア 申告に係る税額について更正処分がされた後、減額の再更正処分がされた場合、
当該再更正処分により、当初の更正処分が変更され、それによって、税額の一部取
消しという効果をもたらす。そして、本件では、本件更正処分等のうち、本件訴え
において原告が取消しを求めている各部分は、本件再更正処分等によって取り消さ
れた各部分と同額であるから、本件再更正処分等により、その全部が既に効力を失
っている。したがって、本件更正処分等のうち上記各部分の取消しを求める原告の
訴えは、訴えの利益を欠くというべきである。
イ なお、上記のとおり、減額の再更正処分は実質上当初の更正処分の取消しであっ
て、納税者にとって有利な処分であることにかんがみると、国税通則法７０条２項
１号の除斥期間は、更正処分の取消訴訟の係属中に行う減額の再更正処分には適用
がないというべきである。このことによれば、本件再更正処分等は、同法２６条に
基づき適法にされたものであるというべきであり、その有効性が揺らぐことはない。
第３ 当裁判所の判断
１ 本件再更正処分等による訴えの利益の消滅の有無について
(1)ア申告に係る税額につきこれを増額する更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分がされた後、①納付すべき税額を減額する再更正処分及び②過少申告加算税の
額を減額する変更決定処分がされた場合、上記①の再更正処分は、それにより減少
した税額に係る部分についてのみ法的効果を及ぼすものであり（国税通則法２９条
２項）、それ自体は、再更正処分の理由のいかんにかかわらず、当初の更正処分と
は別個独立の課税処分ではなく、その実質は、当初の更正処分の変更であり、それ
によって、税額の一部取消しという納税者に有利な効果をもたらす処分であると解
するのが相当であり、また、上記②の変更決定処分も、上記①と同様に、賦課決定
処分の変更であり、それによって、過少申告加算税の額の一部取消しという効果を
【判示(1)】
もたらす処分であると解される（最高裁昭和●●年（○○）第●●号・同５６年４
月２４日第二小法廷判決・民集３５巻３号６７２頁参照）。
イ そして、前記前提事実によれば、本件再更正処分等は、本件更正処分等のうち原
告が本件訴えにおいて取消しを訴求している各部分と同額の減額を再更正及び変
更決定の内容としてされたものであることが認められる。
ウ したがって、上記ア及びイを総合すれば、本件更正処分等のうち原告が本件訴え
において取消しを訴求している各部分は、いずれも、本件再更正処分等により、既
にその全部が取り消され、その効力が消滅しているものと認められる以上、本件訴
えは、本件再更正処分等により、訴えの利益が消滅したものというべきである。
(2)アこれに対し、原告は、本件再更正処分等が原告の本件事業年度の法人税の法定申告期限である平成１４年６月３０日から５年以上経過した日である平成２０年
６月３０日にされたこと（前記前提事実(5)）から、国税通則法７０条２項１号の
解釈次第では、本件再更正処分等の有効性が揺らぐ事態も考えられないわけではな
く、仮にそのような事態になれば、原告が多大な不利益を被ることになる可能性が
あるとして、原告には訴えの利益がある旨主張する。
イ しかしながら、抗告訴訟における訴えの利益の有無は、処分が有効なものとして
存在しているために生じている法的効果を除去することによって、回復すべき権利
又は法律上の利益が存在しているか否かという観点から検討すべきである。本件で
は、前記(1)のとおり、本件更正処分等のうち原告が本件訴えにおいて取消しを訴
求している各部分は、本件再更正処分等が有効である限り、それによって既に全部
の法的効果が消滅しているので、原告においてその法的効果が残存しているために
回復すべき権利又は法律上の利益が存在するというためには、本件再更正処分等が
無効であることを要するものと解され、本件再更正処分等が上記アの指摘に係る国
税通則法７０条２項１号の期間制限により無効とされない限り、本件再更正処分等
がされた後もなお本件訴えについて訴えの利益が残存するものということはでき
ないというべきである。
そこで検討するに、国税通則法７０条２項１号は、納税者が過大な課税処分を受
けたとしても、これについて所定の手続を執って争わないまま一定の期間を経過し
た場合には、このような納税者の対応にかんがみ、税負担の適正を図る要請よりも
租税法律関係の早期安定を図る要請を優先させ、争いのないまま継続した事実状態
を確定的なものに高めて課税処分の安定を図る趣旨で、減額の更正及び変更決定に
期間制限を設けたものと解され、このような規定の趣旨からすると、増額の更正処
分及び過少申告加算税の賦課決定処分について納税者がこれらを争い、所定の不服
審査手続を前置して出訴期間内に当該各処分の取消訴訟を提起している場合には、
租税法律関係の早期安定を図る要請は後退し、税負担の適正を図る要請が優先する
と考えられるので、上記取消訴訟の係属中に課税庁が減額の再更正及び変更決定を
することについては、同法７０条２項１号の期間制限を受けるものではないと解す
るのが相当である（なお、同旨の結論を採る広島高裁昭和６３年３月３０日判決・
税務訴訟資料１６３号１０４７頁は、その上告審である最高裁昭和●●年（○○）
第●●号平成２年４月１７日第三小法廷判決・税務訴訟資料１７６号５９５頁に
【判示(2)】
【判示(3)】
おいて是認されている。）。
ウ そして、前記前提事実によれば、原告は、本件更正処分等について、所定の不服
審査手続を経て出訴期間内にその取消しを求める本件訴訟を提起し、その係属中に
本件再更正処分等がされたものと認められる以上、本件再更正処分等が国税通則法
７０条２項１号の期間制限により無効とされるものではなく、したがって、本件再
更正処分等がされた後もなお本件訴えについて訴えの利益が残存するものと解す
べき理由はない（なお、上記イで説示したところに照らすと、原告が上記アで主張
するような事態が発生するおそれがあると解すべき理由もない。）。
したがって、原告の上記アの主張は、理由がない。
(3) 以上によれば、本件更正処分等の一部取消しを求める本件訴えは、本件再更正処分等により、訴えの利益が消滅し、不適法となったものというべきである。
２ 訴訟費用の負担について
前記前提事実に現れた本件の事実経過、特に、本件訴えが訴えの利益の消滅により不
適法となったのは、本件訴訟の係属中に処分行政庁によってされた本件再更正処分等によるものであること等にかんがみると、本件の訴訟費用のうち、①原告の請求（ただし、前記前提事実(4)イの減縮後のもの）に係る貼用印紙額（訴えの提起の手数料）に相当する金額である１４５５万円は、行政事件訴訟法７条、民事訴訟法６２条により、原告の権利の伸張に必要であった行為によって生じた訴訟費用に当たるものとして、被告に生じた費用とともに、被告の負担とし、②その余は、行政事件訴訟法７条、民事訴訟法６１条により、原告の負担とするのが相当である。
３ 結論
よって、本件訴えは、訴えの利益を欠き、不適法であるからこれを却下することとし、訴訟費用の負担について、行政事件訴訟法７条、民事訴訟法６１条、６２条を適用して、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第２部
裁判長裁判官 岩井伸晃
裁判官 本間健裕
裁判官 倉澤守春
【判示(4)】
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2008/pdf/11091.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
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