税務訴訟資料第２５９号－３３（順号１１１４６）
熊本地方裁判所平成●●年（○○）第●●号課税処分取消請求事件
国側当事者・国（熊本西税務署長）
平成２１年２月１９日棄却・確定
判決
当事者及び訴訟代理人等は別紙当事者目録記載のとおり
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 熊本西税務署長が平成１７年４月１８日付けで原告に対してした、平成１５年４月１日から平成１６年３月３１日までの事業年度分の法人税の更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分のうち、所得金額４９億８４２８万０００３円、納付すべき税額８億２５６６万２８００円、過少申告加算税額１０２万４０００円を超える部分をいずれも取り消す。
２ 熊本西税務署長が平成１７年４月１８日付けで原告に対してした、平成１５年４月１日から平成１６年３月３１日までの課税期間分の消費税及び地方消費税の更正処分のうち、消費税につき課税標準額３３０億９２７８万１０００円及び差引税額５億４４２１万１１００円を超える部分、地方消費税につき納税額１億３６０５万２７００円を超える部分、並びに過少申告加算税賦課決定処分をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、熊本西税務署長が、原告と厚生労働省（以下「厚労省」という。）との間で、平成１５年３月２０日に締結された乾燥細胞培養痘そうワクチン（以下「痘そうワクチン」という。）５万本の売買契約（以下「本件売買契約」という。なお、本件売買契約において売買の対象とされた痘そうワクチンを、以下「本件ワクチン」という。）に関し、同契約における契約金額１５億５６０４万２５１２円（うち消費税及び地方消費税〔以下「消費税等」という。〕額７４０９万７２６２円。以下、消費税等を差し引いた金額１４億８１９４万５２５０円を「本件契約金額」という。）全額が収益事業に係る製品売上げに当たるなどとして、法人税及び消費税等の更正処分並びに過少申告加算税賦課決定処分（以下、これらの処分を総称して「本件各処分」という。）を行ったのに対し、原告が、本件契約金額のうち８億３４３２万４７５０円（以下「本件差額金」という。）については、本件ワクチンを製造するための施設の建設・整備（以下「本件施設の建設等」という。）のために厚労省から原告に実質的な補助金として支払われたものであり、本件ワクチンの対価として支払われたものではないから、「収益事業から生じた所得」（法人税法〔平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下同じ。〕７条）及び「課税資産の譲渡等の対価」（消費税法２８条１項）に該当しないと主張し、また、法人税更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分の通知書には理由付記の不備があると主張して、本件各処分のうち、本件差額金を製品売上げに加算したことに係る部分の取消しを求めている事案である。
１ 法令の定め等
(1)ア法人税法
法人税法５条は、内国法人に対しては、各事業年度の所得について、各事業年度の所得に対する法人税を課する旨規定し、同法７条は、内国法人である公益法人等の各事業年度の所得のうち収益事業から生じた所得以外の所得については、同法５条の規定にかかわらず、各事業年度の所得に対する法人税を課さない旨規定している。
イ 法人税基本通達（甲４９の２）
法人税基本通達１５－２－１２は、収益事業を営む公益法人が国等から交付を受ける補助金、助成金等（資産の譲渡等としての実質を有するものを除く。）の額の取扱いについて、固定資産の取得又は改良に充てるために交付を受ける補助金、助成金等（資産の譲渡等としての実質を有するものを除く。）の額は、たとえ当該固定資産が収益事業の用に供されるものである場合であっても、収益事業に係る益金の額に算入しない旨規定している。
(2)ア消費税法
消費税法２８条１項は、課税資産の譲渡等に係る消費税の課税標準は、課税資産の譲渡等の対価の額とする旨規定し、課税資産の譲渡等の対価について消費税を課することとしている。そして、同法２条１項９号は、課税資産の譲渡等の意義として、資産の譲渡等のうち、同法６条第１項の規定により消費税を課さないこととされるもの以外のものである旨規定し、同法２条１項８号は、資産の譲渡等の意義として、事業として対価を得て行われる資産の譲渡等をいう旨規定している。
イ 消費税法基本通達（甲５４の２、乙２１）
消費税法基本通達５－１－２は、無償による資産の譲渡は、消費税法２条１項８号に規定する「対価を得て行われる資産の譲渡」に該当しない旨規定し、５－２－１４は、寄附金、祝金、見舞金等は原則として資産の譲渡等に係る対価に該当しないが、例えば、資産の譲渡等を行った事業者がその譲渡等に係る対価を受領するとともに別途寄附金等の名目で金銭を受領している場合において、当該寄附金等として受領した金銭が実質的に当該資産の譲渡等の対価を構成すべきものと認められる場合は、その受領した金銭はその資産の譲渡等の対価に該当する旨規定し、５－２－１５は、事業者が国等から受ける奨励金若しくは助成金等又は補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律（以下「補助金適正化法」という。）２条１項に掲げる補助金等のように、特定の政策目的の実現を図るための給付金は、資産の譲渡等の対価に該当しない旨規定している。
２ 争いのない事実等（証拠を掲記していない事実は、当事者間に争いがないか、実質的に争いがないといえる事実であるが、これらについても、当該事実を直截に示す証拠がある場合には、便宜上、それを掲記する。）
(1) 当事者等
原告は、昭和○○年○○月○○日に設立された、予防医学及び血液学に関する研究・調査、生物学的製剤の製造と頒布等を営む財団法人であり、法人税法２条６号の規定する公益法人に該当する。
(2) 本件売買契約に至る経緯等
ア(ア) 平成１３年９月１１日に米国で同時多発テロ事件が勃発し、その後、同国において炭疽菌入りの封筒が官公庁などに郵送される事件が発生した。
このような状況下で、我が国においても、生物テロ等に備えて、必要な医薬品の準備が求められ、特に、伝染力が強く、ワクチンを的確に接種しなければ大規模な被害をもたらす天然痘を使用した生物テロに対しては、早急な対応が求められることとなった（甲１２）。
(イ) そこで、厚労省は、痘そうワクチンの備蓄を決定し、当時、同ワクチンの国内唯一の製造施設であった千葉県の設置するＡ（以下「Ａ」という。）にその製造を委託し、Ａが一旦これを内諾した。
しかしながら、Ａは、同年１１月、事業廃止を公表した。
(ウ) 原告は、平成１４年６月１８日、千葉県との間で、痘そうワクチンとは別に、抗毒素製剤の製造承認を受けた者（承認取得者）としての地位の承継（薬事法１４条１項、同条の８参照）に関する契約を締結した（甲２３）。
次いで、原告は、厚労省からの要請に応じて、痘そうワクチンの製造を行うこととし、同年７月１０日、千葉県との間で、痘そうワクチンの製造承認取得者の地位の承継に関する契約を締結したが、この契約では、原告は、痘そうワクチンの実販売額の８％（日本国内での販売の場合）をロイヤリティーとして千葉県に支払うこととされた（甲９）。イ(ア) 原告は、同年８月８日、厚労省に対し、痘そうワクチン１本当たりの通常買上価格を１万２９５２円（税込み１万３６００円）とする見積書を提出した（甲１０）。
(イ) 厚労省は、同年１０月１０日、原告に対し、本件施設の建設等の費用については、厚労省側としても何とかしなければならないと考えていること、上記費用については、平成１５年の痘そうワクチンの買上げ価格に一括して乗せることを想定中であることを伝えた（甲２９）。
(ウ) 原告は、同月２２日、厚労省に対し、本件施設の建設等の費用の見込みが８億７６０４万０４７４円（税込み）であることを伝えた（甲１１）。
(エ) 厚労省は、同年１１月２５日、原告に対し、痘そうワクチンの買上げ及び本件施設の建設等の費用の支払に係る契約については、一体化して行いたい旨伝えた（甲３２）。
(オ) 厚労省は、同年中に、財務省に対し、平成１４年度補正予算として、本件ワクチンの購入につき下記内容で事業費を要望した（甲１２）。
記
（項）厚生労働本省
１７億５６８５万６０００円
（目）ワクチン等購入費
１ ワクチン製造料
６億８０００万２０００円
５万本（２５０万人分）×＠１万２９５２．４１２円×１．０５
２ 施設費分
８億７６０４万１０００円
３ 接種針購入費
２億００８１万３０００円
７５０万本×＠２５．５円×１．０５
(カ) 財務省が作成した平成１４年度一般会計補正予算書には、「ワクチン等購入費」に係る「改平成１４年度予算額」が１７億５６８５万６０００円である旨の記載がある（乙３）。
(キ) 厚労省は、同年１２月２４日、財務省から、平成１４年度補正予算案について下記内容の内示を受けた（甲１３）。
記
１ 天然痘ワクチン購入費
１５億５６０４万３０００円
（項）保健衛生諸費
（目）ワクチン等購入費
(1) ワクチン分（２５０万人分）
６億８０００万２０００円
５万本×１万２９５２．４１円×１．０５
(2) 施設・設備相当分
８億７６０４万１０００円
ウ(ア) 原告は、平成１５年３月２０日、厚労省との間で、本件売買契約を締結した。本件売買契約の契約書（甲７。以下「本件契約書」という。）には、契約金額１５億５６０４万２５１２円（うち消費税及び地方消費税額７４０９万７２６２円）との記載がある。
そして、厚労省は、同日、本件売買契約に係る下記内容の予定価格調書を作成した（甲１４）。
記
１５億５６０４万２６３０円
（件名）乾燥細胞培養痘そうワクチン（溶剤含む）５万本の購入
（積算内訳）
ワクチン製造料
６億８０００万１６３０円
５万本（２５０万人分）×＠１万２９５２．４１２円×１．０５
施設費分
８億７６０４万１０００円
（合計）
１５億５６０４万２６３０円
(イ) 原告は、同月２６日、厚労省に対し、本件売買契約に係る見積書を提出した。同見積書には、下記内容の記載がある（甲１５）。
記
痘そうワクチン１式
１４億８１９４万５２５０円
※内訳
１ ワクチン製造費用分５万本１万２９５２．４１円（単価）
６億４７６２万０５００円
２ 製造施設の整備費分１式
８億３４３２万４７５０円
消費税
７４０９万７２６２円
合計
１５億５６０４万２５１２円
(ウ) 原告は、厚労省に対し、平成１６年２月１７日に本件ワクチンを納入した（甲６〔５頁〕）。
(エ) 原告は、同月１９日、厚労省に対し、本件売買契約に係る請求書を提出した。同請求書には上記(イ)の見積書と同趣旨の記載がある（甲１６）。
(オ) 原告は、同年３月３日、厚労省から、本件売買契約の契約金額１５億５６０４万２５１２円の支払を受けた。
エ 本件売買契約を締結した後、原告と厚労省との間では、痘そうワクチンの売買契約が継続して締結されているが、いずれの売買契約においても、痘そうワクチンの単価１万２９５２．４１円に売却本数を掛けた額が契約金額とされている。
(3) 訴え提起までの経緯
ア 確定申告
原告は、平成１５年４月１日から平成１６年３月３１日までの事業年度（以下「平成１６年３月期」という。）につき、同年５月３１日に消費税等の確定申告を、同年６月２８日に法人税の確定申告をそれぞれ行った（甲１の１・２）。
イ 更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分
(ア) 法人税について
熊本西税務署長は、平成１７年４月１８日、原告の平成１６年３月期における法人税の更正処分（以下「本件法人税更正処分」という。）及び過少申告加算税賦課決定処分（以下「本件法人税過少申告加算税賦課決定処分」といい、本件法人税更正処分と併せて「本件法人税更正処分等」という。）を行った。
本件法人税更正処分等の通知書には、更正の理由として、本件契約金額のうち、原告が製品売上げとして計上しなかった本件差額金を製品売上計上漏れとして当期の所得金額に加算した旨の記載がある（甲２の１〔３頁〕）。
上記加算により増加する法人税額は、１億６８８８万１７００円であり、これに係る過少申告加算税は１６８８万８０００円である。
(イ) 消費税等について
熊本西税務署長は、同日、原告の平成１６年３月期における消費税等の更正処分（以下「本件消費税等更正処分」という。）及び過少申告加算税賦課決定処分（以下「本件消費税等過少申告加算税賦課決定処分」といい、本件消費税等更正処分と併せて「本件消費税等更正処分等」という。）を行った。
本件消費税等更正処分によって、原告の平成１６年３月期における課税標準額は、当初申告における１０００円未満の端数を切り捨てる前の金額３３０億９２７８万１２３８円（甲１の２〔３頁〕）に、本件差額金を加算し、国税通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てた額である３３９億２７１０万５０００円に更正された。
上記更正によって増加する消費税等の額は、４１７１万６３００円であり、これに係る過少申告加算税は４１７万１０００円である。
ウ 不服申立て
(ア) 異議申立て
原告は、平成１７年５月１７日、熊本国税局長に対して、本件各処分に対する異議申立て（以下「本件異議申立て」という。）を行ったが、同申立ては、同年８月１０日にいずれも棄却された（甲３、甲４）。
なお、熊本国税局の調査担当職員が、本件異議申立てに関する異議事由の調査の過程で、厚労省に対して本件売買契約について問い合わせたところ、同年７月１５日、当時、厚労省医薬食品局血液対策課（以下「血対課」という。）の総務係長であった甲（以下「甲元係長」という。）から、血対課名義で「『天然痘ワクチン購入』に係る経費の考え方」と題する文書（甲８の１。以下「本件文書１」という。）及び「１４年度補正予算による（財）Ｂにおける天然痘ワクチン購入等に係る経緯」と題する文書（甲８の２。以下「本件文書２」という。）が提出された（乙２。なお、各文書の成立ないし作成者については、当事者間に争いがある。）。
(イ) 審査請求
原告は、同年９月９日、国税不服審判所長に対して、本件各処分に対する審査請求を行ったが、同請求は、平成１８年９月４日にいずれも棄却された（甲５、６）。
３ 本件各処分の根拠（被告の主張）
(1) 本件法人税更正処分等について
ア 本件法人税更正処分について
(ア) 所得金額
５７億５１９２万４５８０円
ａ 申告所得金額
４９億３７７０万８５７３円
ｂ 製品売上計上漏れ（本件の争点）
８億３４３２万４７５０円
本件売買契約に係る本件契約金額１４億８１９４万５２５０円（税抜き）は本件ワクチン５万本の売買代金であり、平成１６年３月期の決算において原告が収益事業の益金として既に計上していた６億４７６２万０５００円と当該売買代金１４億８１９４万５２５０円との差額８億３４３２万４７５０円（本件差額金）を製品売上計上漏れとして所得金額に加算した。
ｃ 仕掛品計上漏れ
３７７１万９９２２円
ガスえそ抗毒素原液、ボツリヌス抗毒素原液及びボツリヌス毒素に関する仕掛品について３７７１万９９２２円が計上漏れとなっていたため所得金額に加算した。
ｄ 無形固定資産償却超過額
１０４万７２８６円
原告が当該事業年度において業務委託費として損金算入した４６９万６４４９円は、無形固定資産の取得価額に算入すべきものであり、同ソフトウェアの開発費として前事業年度から繰り越された金額１３５４万９３６６円を加えて当該事業年度の償却限度額を再計算すると３６４万９１６３円となり、これを超える償却超過額１０４万７２８６円を所得金額に加算した。
ｅ 控除対象外国法人税の損金不算入額の加算漏れ
５３６１万９５７５円
法人税法６９条に基づき税額控除の対象となる外国法人税額等５３６１万９５７５円を所得金額に加算した。
ｆ 寄附金の損金不算入額過大
５８８７万５８８８円
原告が、学校法人Ｃ学園及び医療法人Ｄに対して支出した出向職員の社会保険料（事業主負担分）６１２万９８０２円は出向先が負担すべきものであり、寄附金に該当するため、同金額に収益事業への配賦比率０．９８５７０６４を乗じた６０４万２１８５円が収益事業に係る寄附金となる。したがって、法人税法３７条４項３号の規定に基づき寄附金の損金不算入額を計算した結果、損金不算入額は０円となることから確定申告において損金不算入額とされていた５８８７万５８８８円を所得金額から減算した。
ｇ 法人税の損金不算入額過大
５３６１万９５７５円
原告は、税額控除の対象となる外国法人税の額等５３６１万９５７５円を、誤って損金の額に算入した法人税として計算しているので、法人税の損金不算入額過大として所得金額から減算した。
ｈ 損金の額に算入される消費税額
６３円
平成１６年３月期の消費税等更正処分による未払消費税の増加額４１７１万６２３７円と同更正処分による消費税等の増加税額４１７１万６３００円との差額６３円を雑損失として所得金額から減算した。
ｉ 所得金額は、上記ａないしｅの合計金額から上記ｆないしｈの合計金額を差し引いた５７億５１９２万４５８０円である。
(イ) 差引納付すべき法人税額
１億７９１２万７５００円
ａ 所得金額に対する法入税額
１２億６５４２万３２８０円
上記(ア)の所得金額５７億５１９２万４５８０円につき、国税通則法１１８条１項の規定による端数処理（１０００円未満切捨て）をし、法人税法６６条３項（ただし、経済社会の変化等に対応して早急に講ずるべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律１６条１項の規定により、法人税率２２％）の規定により計算した。
ｂ 法人税額の特別控除額
２億１７２５万９１５２円
法人税額の特別控除額は、原告が租税特別措置法４２条の４に基づき算出し、申告した試験研修費に係る特別控除額と同額である。
ｃ 控除所得税額等
５３６１万９５７５円
控除所得税額等は、原告が法人税法６９条の規定に基づき算出し、申告した法人税額から控除した外国税額と同額である。
ｄ 差引所得に対する法人税額
９億９４５４万４５００円
上記ａないしｃにより算出された税額につき、国税通則法１１９条１項による端数処理（１００円未満切捨て）をすることにより、差引所得に対する法人税額は、９億９４５４万４５００円となる。
（計算式）
９億９４５４万４５００円＝ａ（１２億６５４２万３２８０円）
－ｂ（２億１７２５万９１５２円）
－ｃ（５３６１万９５７５円）
－端数処理（５３円）
ｅ 差引合計税額
９億９４５４万４５００円
上記ｄの税額と同額である。
ｆ 既に納付の確定した本税額
８億１５４１万７０００円
原告の確定申告により、既に納付の確定した法人税額である。
ｇ 差引納付すべき法人税額
１億７９１２万７５００円
上記ｅ及びｆにより算出された税額につき、国税通則法１１９条１項による端数処理（１００円未満切捨て）をすることにより、差引納付すべき法人税額は１億７９１２万７５００円となる。
（計算式）
１億７９１２万７５００円＝ｅ（９億９４５４万４５００円）
－ｆ（８億１５４１万７０００円）
－端数処理（０円）
イ 本件法人税過少申告加算税賦課決定処分について
原告の平成１６年３月期の法人税に係る過少申告加算税の額は、本件法人税更正処分による差引納付すべき法人税額１億７９１２万７５００円（上記ア(イ)）について、国税通則法１１８条３項の規定による端数処理（１万円未満切捨て）をした上、同法６５条１項の規定による割合を乗じた額であり、これは１７９１万２０００円となる。
(2) 本件消費税等更正処分等について
ア 本件消費税等更正処分について
(ア) 課税標準額
３３９億２７１０万５０００円
消費税法２８条に基づく平成１６年３月期における課税資産の譲渡等の対価の額であり、当初申告における国税通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てる前の金額３３０億９２７８万１２３８円に、上記(1)ア(ア)ｂの製品売上計上漏れ８億３４３２万４７５０円（本件差額金）を加算し、国税通則法１１８条１項の規定により、１０００円未満の端数を切り捨てた額である。
(イ) 課税標準額に対する消費税額
１３億５７０８万５０７０円
原告が消費税法施行規則２２条１項（平成１５年財務省令９２号による改正前のもの。）を適用して計算した消費税額１３億２３７１万２０８１円に、上記(ア)の製品売上計上漏れ８億３４３２万４７５０円に係る消費税額３３３７万２９８９円を加算した額である。
(ウ) 控除対象仕入税額
７億６９１８万５２０６円
原告が消費税法３０条に基づき算出し、申告した７億６９１８万５２０６円である。
(エ) 返還等対価に係る税額
１０３１万５７４９円
原告が消費税法３２条に基づき算出し、申告した１０３１万５７４９円である。
(オ) 控除税額小計
７億７９５０万０９５５円
上記(ウ)及び(エ)の合計額である。
(カ) 限界控除前の税額
５億７７５８万４１１５円
上記(イ)から(オ)を控除した額である。
(キ) 差引税額
５億７７５８万４１００円
上記(カ)の税額について、国税通則法１１９条１項の規定により、１００円未満の端数を切り捨てた額である。
(ク) 既に納付の確定した本税額
５億４４２１万１１００円
原告の確定申告により、既に納付の確定した消費税額である。
(ケ) 差引納付すべき消費税額
３３３７万３０００円
差引納付すべき消費税額は、上記(キ)から(ク)を控除した額である。
(コ) 差引納付すべき地方消費税額
８３４万３３００円
本件更正に伴い、地方消費税の課税標準消費税額が増加したことにより、再計算した額である。
(サ) 差引納付すべき消費税等の額
４１７１万６３００円
上記(ケ)及び(コ)の合計額である。
イ 本件消費税等過少申告加算税賦課決定処分について
原告の平成１６年３月期の消費税に係る過少申告加算税の額は、本件消費税等更正処分による差引納付すべき消費税等の額４１７１万６３００円（上記ア(サ)）について、国税通則法１１８条３項の規定による端数処理（１万円未満切捨て）をした上、同法６５条１項の規定による割合を乗じた額であり、これは４１７万１０００円となる。
４ 当事者の主張
（被告の主張）
(1) 本件差額金が「収益事業から生じた所得」（法人税法７条）及び「課税資産の譲渡等の対価」（消費税法２８条１項）に当たること
一般に、売買代金額は、契約当事者間で様々な事情、要素を考慮した上で決定されるものであり、単に売買の目的物の製造原価に、売買される目的物の個数を乗じて機械的に計算されるような単純なものではない。本件においても、本件ワクチンがいわば特注品であり、原告と厚労省とが、本件施設の建設等の費用を織り込んで本件売買契約の売買代金額を設定したことは、下記ア、イの事情等によって明らかであり、仮に、織り込まれた本件施設の建設等の費用を実質的な補助金との言葉で置き換えたとしても、それが売買代金の一部を構成するものであることには何ら変わりがない。そして、本件差額金が、本件ワクチン５万本の対価として売買代金の一部を構成するものである以上、「収益事業から生じた所得」及び「課税資産の譲渡等の対価」に当たることは明らかである。
したがって、本件法人税更正処分等及び本件消費税等更正処分等において、本件差額金が「収益事業から生じた所得」及び「課税資産の譲渡等の対価」に当たることが前提とされた点に違法はない。
ア 原告と厚労省との間で、本件差額金を本件ワクチン５万本の対価の一部として支払う旨の合意がなされたことを示す事情
(ア) 本件契約書の記載
本件契約書に、「契約件名乾燥細胞培養痘そうワクチン（溶剤含む）５０，０００本の購入」、「契約金額金１，５５６，０４２，５１２円（うち消費税及び地方消費税額７４，０９７，２６２円）」と明確に記載されていることや、契約金額の全体に対して遅延利息が発生する旨の約定があることなどにかんがみれば、本件売買契約において、原告と厚労省との間で、本件差額金を含む本件契約金額の全額を本件ワクチン５万本の対価として支払う旨の合意がなされたことは明らかである。
(イ) 関連文書の記載等
厚労省が、本件売買契約に関連して、本件ワクチン５万本の購入費用を支出するための平成１４年度補正予算を財務省に対して要求する際に作成した平成１４年度補正検討事項調書（甲１２）、財務省から厚労省に対し、平成１４年度補正予算案の内示があった際に、厚労省の所管部署が作成したものと思料される財務省内示状況（甲１３）、厚労省が、予算決算及び会計令９９条の５に基づいて作成した本件売買契約に係る予定価格調書（甲１４）、原告が、本件売買契約に関し、本件ワクチン５万本の売買代金の見積もりとして厚労省大臣官房会計課長あてに作成した見積書（甲１５）、原告が、本件売買契約に際し、厚労省大臣官房会計課長あてに作成した請求書（甲１６）、平成１４年度一般会計補正予算の予算書（乙３）には、いずれも、本件契約金額の全額が本件ワクチン５万本の対価として設定されたことを示す記載があるのであり、これらの文書の記載からも、原告と厚労省との間で、本件契約金額の全額を本件ワクチン５万本の対価として支払う旨の合意がなされたことが明らかである。
また、本件売買契約当時、血対課総務係長として本件売買契約に係る予算措置に関与していた乙（以下「乙元係長」という。）は、本件契約金額の全額が本件ワクチン５万本の対価である旨陳述している上、原告に対し、本件売買契約の締結前から、本件差額金の支払をワクチン買上事業に一体化して行いたい旨伝えていたのであり、このことからも、原告と厚労省との間で、本件契約金額の全額を本件ワクチン５万本の対価として支払う旨の合意がなされたことが明らかである。
さらに、原告は、平成１４年４月１日から平成１５年３月３１日までの課税期間（以下「平成１５年３月期」という。）における消費税等の確定申告において、本件訴訟において実質的な補助金であると主張する本件差額金を同期間の課税売上高に算入して申告しているのであり、このことは、原告自身が、本件差額金が売買代金の一部として支払われたものであることを正しく認識していたことを示している。
イ 本件差額金の支払が補助金の交付には当たらないことを示す事情
上記アのとおり、本件差額金は、本件ワクチン５万本の対価として支払われた売買代金の一部を構成するものであるから、補助金の交付として支払われたものではないことは明らかであるが、同金員が補助金の交付として支払われたものではないことは下記(ア)、(イ)の事情等からも明らかである。
(ア) 補助金適正化法上の手続が何ら執られていないこと
そもそも原告が主張する実質的補助金なるものの概念自体が全く意味不明であるが、我が国の法制上、国が交付する補助金等、とりわけ予算補助に属する補助金等については、専ら補助金適正化法が規定する手続にのっとって交付されることが予定されているのであり、この手続を執らない実質的補助金なる概念を認める余地はない。
補助金適正化法は、その４条において、補助金等については同法が一般法・基本法として適用されることを明らかにした上で、補助金等の交付申請から、補助事業者等に対する確定した補助金の額の通知に至るまで厳格な手続を定めているところ、本件においては、補助金の交付申請手続や、本件差額金と本件施設の建設等の費用として実際に支出された金額との差額金の返金手続など、補助金適正化法が定める手続が何ら執られていないのであるから、本件差額金が補助金として支払われたものではないことは明らかである。
(イ) 本件文書１及び本件文書２について
原告は、本件文書１及び本件文書２が血対課の作成によるものであることを前提に、これらの文書の記載内容を根拠に、本件差額金が実質的な補助金として支払われたものであると主張する。
しかしながら、上記各文書には厚労省の庁印も押捺されていない上、これを作成した甲元係長自身が、同文書について正式な決裁手続は執られておらず、個人的な意見、希望を記載したものにすぎない旨陳述しているのであって、文書の方式と記載内容のいずれにおいても民事訴訟法２２８条２項にいう「公務員が職務上作成したものと認めるべき」文書ということはできないのであり、その成立の真正が認められないものである。
(ウ) 原告が主張する事情について
原告は、厚労省が原告に本件ワクチンを早急に納入するよう強く要請したことや（もっとも、このような事実を認めるに足りる証拠はない。）、本件売買契約の後になされた、原告と厚労省との間の痘そうワクチンの売買契約における契約金額の定め方、原告から千葉県への本件売買契約に係るロイヤリティーの内容などを根拠に、本件差額金が本件ワクチン５万本の対価の一部としてではなく、実質的な補助金として交付されたものであることを主張するが、上記事情は、原告と厚労省が本件売買契約においてどのような合意に至ったのかということとは無関係の事情である。
(2) 本件法人税更正処分等の通知書の理由付記の不備について
最高裁判所昭和６０年４月２３日第三小法廷判決（民集３９巻３号８５０頁。以下「最高裁昭和６０年判決」という。）は、法人税青色申告に係る更正処分に理由付記の不備があるか否かが争われた事案において、帳簿書類の記載自体を否認することなしに更正をする場合においては、その更正は納税者による帳簿の記載を覆すものではないから、更正通知書記載の更正の理由が、そのような更正をした根拠について帳簿記載以上に信憑力のある資料を摘示するものでないとしても、更正の根拠を更正処分庁の恣意抑制及び不服申立ての便宜という理由付記制度の趣旨目的を充足する程度に具体的に明示するものである限り、法の要求する更正理由の付記として欠けるところはないと解するのが相当である旨判示している。
本件法人税更正処分等は、原告が平成１５年３月期において収益事業に係る臨時収益及び非収益事業に係る臨時収益として計上していた本件差額金について、この収入が現実に存在したことを認めた上で、これを平成１６年３月期の収益事業に係る製品売上げであるとして原告の所得金額に加算したものであり、帳簿書類の記載について原告と法的な評価を異にしたことから更正をしたものであって、同書類の記載を信用できないものとしてその記載自体を否認するものではない。そして、本件法人税更正処分等の通知書には、本件売買契約の内容について確認したところ、本件契約金額の全額が本件ワクチン５万本の対価であると認められる旨記載されているのであり、上記各処分が本件売買契約の内容を調査した結果に基づくものであることが具体的に明示されているのであるから、これらの処分をした課税庁の恣意抑制及び原告の不服申立ての便宜という理由付記制度の趣旨、目的を十分に充足していることは明らかである。
したがって、本件法人税更正処分等の通知書の理由付記に不備はなく、違法性は認められない。
(3) 以上のとおり、本件各処分について違法な点はないから、原告の請求はいずれも理由がない。
（原告の主張）
(1) 本件差額金が「収益事業から生じた所得」及び「課税資産の譲渡等の対価」に当たらないこと
本件差額金が、「収益事業から生じた所得」及び「課税資産の譲渡等の対価」に該当するか否かについての判断は、契約書の形式的記載にとらわれず、実質を検討して判断する必要がある。また、法人税法、法人税基本通達、消費税法及び消費税法基本通達のいずれも、補助金適正化法上の手続を執ることを「収益事業から生じた所得」及び「課税資産の譲渡等の対価」に当たらないものであると評価するための要件とする旨を定めていないのであるから、同法上の手続を執っていなくても、実質的な補助金として交付されたものについては、「収益事業から生じた所得」及び「課税資産の譲渡等の対価」に当たらないものと評価すべきである。
そして、下記ア、イの事情にかんがみれば、原告及び厚労省が、本件差額金を、本件ワクチンの対価としてではなく、実質的な補助金として交付する旨合意したことは明らかであるから、本件差額金は、「収益事業から生じた所得」及び「課税資産の譲渡等の対価」に該当しない。
したがって、本件差額金を製品売上計上漏れとしてなされた本件各処分は違法であり、取り消されるべきである。
ア 原告が本件差額金について補助金適正化法上の手続を執らなかった経緯
原告は、厚労省からの強い要請に基づき、Ａから痘そうワクチンの製造承認取得者の地位の承継を受けることを決めたのであり、厚労省は、原告に対し、本件差額金を補助金として交付することを約束していた。それにもかかわらず、原告が、本件差額金について補助金の交付申請をせずに、形式上、本件売買契約の売買代金に含めることとしたのは、厚労省から本件ワクチンを早急に納入するよう強く要請されたためであった。仮に、時間的余裕があって、原告が、本件差額金について補助金の交付を申請していれば、その交付を受けることができたであろうことは、甲元係長の陳述や、原告がＡから製造承認取得者の地位の承継を受けた抗毒素製剤について、その製造施設の建設等の費用が補助金として交付されていることからも明らかである。
イ 本件差額金を実質的な補助金として支払う旨の合意があったことを示す事情
(ア) 関連文書の記載等
原告が、本件差額金と切り離して痘そうワクチンの単価を１万２９５２円（税込み１万３６００円）として厚労省に見積書（甲１０）を提示したところ、厚労省がこれを内諾したこと、平成１４年度補正検討事項調書（甲１２）、財務省内示状況（甲１３）、予定価格調書（甲１４）、見積書（甲１５）及び請求書（甲１６）には、本件施設の建設等の費用とは全く切り離されて算出されたワクチン製造料が、本件差額金とは明確に区分して記載されていること、前記「争いのない事実等」(2)エのとおり、本件売買契約の後に締結された痘そうワクチンの売買契約でも、痘そうワクチンの単価１万２９５２円（税込み１万３６００円）に数量を掛けた額が契約金額とされていること、原告がＡに対して支払うことになっていた痘そうワクチンの製造に係るロイヤリティーについて、本件差額金がその対象とされなかったことを厚労省が承知していたことなどにかんがみれば、原告及び厚労省の間で、本件売買契約の売買代金については、上記単価に数量を掛けた６億４７６０万円（税込み６億８０００万円）とすることとし、本件差額金を本件ワクチンの対価としてではなく、実質的な補助金として交付する旨の合意がなされたことは明らかである。
(イ) 本件文書１及び本件文書２について
本件文書１及び本件文書２は、原告の依頼によって作成された文書ではなく、本件異議申立てに関する調査のため、熊本国税局の調査担当職員が、血対課から直接入手した文書である。また、上記各文書は、血対課の課長が目を通しており、その内容を承知した上で、血対課名で被告に提出されたものであり、民事訴訟法２２８条２項にいう「公務員が職務上作成したものと認めるべき」文書として、血対課を作成者とする真正に成立した文書であることは明らかである。
そして、本件文書１には、本件差額金に関し、生物テロ対策を迅速早急に行う必要性から補助金の交付申請ができなかったこと、本件差額金は補助金相当のものと考えるのが妥当であることなどが記載されているのであり、厚労省が、本件差額金を実質的な補助金の交付として支払ったことは明らかである。
(ウ) 被告が主張する事情について
ａ 被告は、原告が、本件差額金と本件施設の建設等のために実際に支出された金額との差額を厚労省に返還していないことを指摘して、本件差額金は実質的な補助金として交付されたものではない旨主張する。
しかしながら、被告が指摘する上記差額は、原告が法人税基本通達を厳格に解釈して、設備の撤去費用等に費消した金員を収益事業に係る益金として計上した結果として現れたものにすぎない。原告が本件施設の建設等の費用のために支出した金員は、実際には本件差額金をはるかに超えるものだったのであるから被告の主張は失当である。
ｂ また、被告は、原告が、平成１５年３月期の消費税等の確定申告において、本件差額金を課税売上高に算入して申告していることを根拠として、原告自身が本件差額金を本件売買契約の売買代金であると正しく認識していた旨主張する。
しかしながら、原告が、本件売買契約を締結した平成１５年３月２０日に補助金収受の権利が確定したとして、本件契約金額のうち本件差額金のみを平成１５年３月期に計上していることは、原告が本件差額金を補助金として認識していたことの何よりの証左である。なお、本件差額金を課税売上高に算入している点は、単純な経理ミスにすぎない。
(2) 本件法人税更正処分等の通知書の理由付記の不備について
更正処分における理由付記の程度について、最高裁昭和６０年判決は、帳簿書類の記載自体を否認して更正をする場合において更正通知書に付記すべき理由としては、単に更正に係る勘定科目とその金額を示すだけではなく、そのような更正をした根拠を帳簿記載以上に信憑力のある資料を摘示することによって具体的に明示することを要する旨判示している。
本件法人税更正処分等は、原告の平成１６年３月期の帳簿書類に全く記載がない本件差額金を、製品売上計上漏れとして所得金額に加算するものであるから、原告の帳簿書類の記載自体を否認するものであり、同処分の理由付記においては、原告の帳簿書類以上に信憑力のある資料を摘示しなければならない。しかしながら、本件法人税更正処分等の通知は、そのような資料を摘示しないまま、本件差額金を製品売上計上漏れとした理由について、「当該契約の内容について確認したところ」とするのみであるから、理由付記に不備があり違法である。
また、仮に、本件法人税更正処分等が帳簿書類の記載自体を否認するものということはできないとしても、同処分の通知書には、本件差額金が製品売上げに相当するという判断に至った経緯について具体的な記載がないのであるから、やはり違法であるというべきである。
第３ 当裁判所の判断
１ 認定事実
前記「争いのない事実等」(2)、証拠及び弁論の全趣旨によれば、次の事実が認められる（証拠を掲記していない事実は当事者間に争いがないか、実質的に争いがないといえる事実であるが、これらについても、当該事実を直截に示す証拠がある場合には、便宜上、それを掲記する。）。
(1)ア平成１３年９月１１日に米国で勃発した同時多発テロ事件を契機として、我が国においても、生物テロ等に備えて、必要な医薬品の準備が求められることとなった。
イ そこで、厚労省は、痘そうワクチンの備蓄を決定し、Ａにその製造を委託し、Ａが一旦これを内諾したが、Ａは、同年１１月、事業廃止を公表した。
そこで、厚労省は、痘そうワクチンの新たな製造受託先を求め、原告を含む国内の製造メーカー５社に対し、Ａの有する痘そうワクチンの製造承認取得者の地位の承継を打診したが、原告を含む各メーカーは、いずれもこれを引き受けなかった。
ウ Ａは、平成１４年２月１９日、原告を含む国内の製造メーカー８社を対象に、痘そうワクチンや抗毒素製剤等の製造承認取得者の地位の承継に関する説明会を開催した（甲１７）。
エ 原告は、同月２６日、厚労省に対し、抗毒素製剤の製造承認取得者の地位の承継については前向きに検討するが、痘そうワクチンの製造承認取得者の地位の承継については更に承継の条件を聞いた上で結論を出したい旨伝えた（甲１８）。
オ 原告は、同年６月１８日、千葉県との間で、痘そうワクチンとは別に、抗毒素製剤の製造承認取得者の地位の承継に関する契約を締結した（甲２３）。
次いで、原告は、厚労省からの要請に応じて、痘そうワクチンの製造を行うこととし、同年７月１０日、千葉県との間で、痘そうワクチンの製造承認取得者の地位の承継に関する契約を締結したが、この契約では、原告は、痘そうワクチンの実販売額の８％（日本国内での販売の場合）をロイヤリティーとして千葉県に支払うこととされた（甲９）。
(2)ア原告は、同年８月１日、既存建物を改築して痘そうワクチンの原液製造専用施設（以下「１Ｎ棟」という。）を整備する工事に着手した。
イ 原告は、同月８日、厚労省に対し、痘そうワクチン１本当たりの通常買上価格を１万２９５２円（税込み１万３６００円）とする見積書を提出した（甲１０）。
ウ 原告は、同年９月１日、痘そうワクチンを製剤化する建物（以下「Ｃ棟」という。）を新築する工事に着手した。
エ 原告は、同年１０月１０日、１Ｎ棟の工事を完了した。
オ 厚労省は、同日、原告に対し、本件施設の建設等の費用については、厚労省としても何とかしなければならないと考えていること、上記費用については、平成１５年の痘そうワクチンの買上げ価格に一括して乗せることを想定中であることを伝えた（甲２９）。
カ 原告は、同月２２日、厚労省に対し、本件施設の建設等の費用の見込みが８億７６０４万０４７４円（税込み）であることを伝えた（甲１１）。
キ 厚労省は、同年１１月２１日、原告に対し、本件施設の建設等の費用に関し、特例措置により、竣工後の施設についても補助金を交付することが可能であるので、原告として、上記費用を痘そうワクチンの買上価格に上乗せすることを希望するか、平成１４年度の補正予算により補助金として交付を受けることを希望するかについて回答するよう求めた（甲３０）。
原告は、同月２２日、厚労省に対し、本件施設の建設等の費用について、平成１４年度補正予算での補助金交付を希望する旨伝えた（甲３１）。
ク 厚労省は、同月２５日、原告に対し、痘そうワクチンの買上げ及び本件施設の建設等の費用の支払に係る契約については、一体化して行いたい旨伝えた（甲３２）。
ケ 原告は、同月２６日、本件施設の整備等に対する補助金は法人税の課税対象外となるので、製品売上げによる収益と、設備投資に対する補助金収益とを、会計上区別して計上する必要があるとして、厚労省に対し、本件売買契約についての契約書に別紙として下記内容の明細を付記するよう要望した（甲３３の２）。
記
痘そうワクチン製造施設等整備事業費１５億５６０４万３０００円の内訳は次のとおりとする。
１ 痘そうワクチン買上費
６億８０００万２０００円
５万本（２５０万人分）×＠１万２９５２．４１２円×１．０５
２ 製造施設整備に対する補助金
８億７６０４万１０００円
コ 同年１２月４日、原告は、本件ワクチンの製造を開始した。
サ 原告は、同月１１日、厚労省に対し、千葉県へのロイヤリティーや課税の問題から、本件施設の建設等の費用が売上げの一部として見られることがないように、本件契約書に別記で、買上費用６億８０００万２０００円、製造施設整備に対する補助金８億７６０４万１０００円というように記載するよう要望した。
これに対し、厚労省は、同日、原告に対して、本件契約書の別記にも補助金の文言は入れられないが、本件施設の建設等の費用については、製造施設整備費用として記載するよう検討する旨の回答をした（甲３５）。
シ 厚労省は、同年中に、財務省に対し、平成１４年度補正予算として、本件ワクチンの購入につき、前記「争いのない事実等」(2)イ(オ)のとおり、事業費を要望した（甲１２）。
ス 財務省が作成した平成１４年度一般会計補正予算書には、「ワクチン等購入費」に係る「改平成１４年度予算額」を１７億５６８５万６０００円とする旨の記載がある（乙３）。
セ 厚労省は、同年１２月２４日、財務省から、平成１４年度補正予算案について、前記「争いのない事実等」(2)イ(キ)のとおり、内示を受けた（甲１３）。
ソ 原告は、同月３１日、Ｃ棟の新築工事を完了した。
(3)ア原告は、平成１５年３月２０日、厚労省との間で、本件売買契約を締結した。本件契約書（甲７）には、契約金額１５億５６０４万２５１２円（うち消費税及び地方消費税額７４０９万７２６２円）との記載があるが、上記(2)ケの別紙や同サの別記は付されていなかった。
そして、厚労省は、同日、本件売買契約に関し、前記「争いのない事実等」(2)ウ(ア)のとおり、予定価格調書を作成した（甲１４）。
イ 原告は、同月２６日、前記「争いのない事実等」(2)ウ(イ)のとおり、厚労省に対し、本件売買契約に係る見積書を提出した（甲１５）。
ウ 原告は、厚労省に対し、平成１６年２月１７日に本件ワクチンを納入した（甲６〔５頁〕）。
エ 原告は、同月１９日、厚労省に対し、本件売買契約に係る請求書を提出した。同請求書には上記イの見積書と同趣旨の記載がある（甲１６）。
オ 原告は、同年３月３日、厚労省から、本件売買契約の契約金額１５億５６０４万２５１２円の支払を受けた。
(4) 本件売買契約を締結した後、原告と厚労省との間では、平成１６年２月１３日（甲４３の１）、同年３月１日（甲４４の１）、同年１２月２８日（甲４５の１）、平成１８年２月６日（甲４６の１）及び平成１９年３月１日（甲４７の１）に痘そうワクチンの売買契約が締結されているが、いずれの売買契約においても、痘そうワクチンの単価１万２９５２．４１円に売却本数を掛けた額が契約金額とされている。
２ 本件差額金が「収益事業から生じた所得」及び「課税資産の譲渡等の対価」に当たるか否かについて
本件差額金が、「収益事業から生じた所得」及び「課税資産の譲渡等の対価」に当たるか否かは、本件差額金が本件売買契約において売買代金として支払われたか否か、すなわち、原告と厚労省との間で、本件差額金を本件ワクチンの対価として支払う旨の合意があったと評価できるか否かに係るものということができるので、以下では、上記１で認定した事実を踏まえて、本件売買契約における原告と厚労省との間の合意の内容について検討する。
(1) 本件契約書の記載
本件契約書（甲７）には、契約件名として、乾燥細胞培養痘そうワクチン（溶剤含む）５万本の購入と記載され、契約金額として、１５億５６０４万２５１２円（うち消費税及び地方消費税額７４０９万７２６２円）と記載されている。また、本件契約書の１条は、現品、すなわち乾燥細胞培養痘そうワクチン（溶剤含む）５万本の納入場所及び納入期限を定め、３条１項は、納入現品の所有権の移転時期について規定しているが、１０条は、「契約金額の支払」と題して、「甲（厚労省会計課長）は、第３条の所有権の移転が行われた後、乙（原告理事長）より適法な支払請求書を受理した日から３０日以内に対価を支払わなければならない。」と規定し、さらに、１１条は「支払遅延利息」と題して、「甲は、自己の責に帰す事由により前条の期間内に対価を支払わないときは、支払金額に対し年８．２５パーセントの割合で計算した金額を遅延利息として乙に支払うものとする。」と規定している。他方で、本件契約書には、本件施設の建設等ないしその費用に関する記載や本件差額金に関する記載はない。このような本件契約書の記載は、本件差額金を含む本件契約金額の全額が本件ワクチン５万本の対価であることを示しているということができる。
そして、本件契約書の成立については争いがないのであるから、本件契約書の上記記載にかんがみると、原告と厚労省との間で、本件差額金を含む本件契約金額の全額を本件ワクチンの対価として支払うことの合意が実際にはなされなかったこと（原告の主張に即していえば、本件差額金を、本件ワクチンの対価としてではなく、実質的な補助金として交付する旨の合意があったこと）を認めるに足りる特段の事情がない限りは、本件契約書の記載のとおり、本件差額金を含む本件契約金額の全額を本件ワクチンの対価として支払う旨の合意がなされたものと認めるのが相当である。
そこで、以下において、上記特段の事情の有無について検討する。
(2) 本件売買契約に関連する事情
ア 関連文書の記載
(ア) 上記１(2)イのとおり、原告は、厚労省に対し、痘そうワクチン１本当たりの通常買上価格を１万２９５２円（税込み１万３６００円）とする見積書（甲１０）を提出している。そして、原告は、これを根拠に、原告と厚労省との間で、本件売買契約において売買代金として合意されたのは、上記単価に数量を掛けた６億４７６０万円（税込み６億８０００万円）にとどまる旨主張する。
しかしながら、原告と厚労省との間では、上記見積書の作成時点において、本件売買契約の後にも痘そうワクチンの売買契約が継続してなされることが予定されていたことが認められるのであるから（弁論の全趣旨）、本件売買契約において、本件施設の建設等の費用を売買代金に織り込む合意があったとしても、本件施設の建設等の費用をとりあえず考慮の外においた痘そうワクチンの単価（後の取引においてはそのまま契約金額の基礎となるもので、現に、上記１(4)のとおり、その後の取引では、この単価によって代金が決められた。）が算出され、見積書が作成されたことに格別不自然な点はない。そうすると、上記事情は、原告と厚労省との間で、本件差額金を含む本件契約金額の全額を本件ワクチンの対価として支払うことの合意が実際にはなされなかったことを示すものであるとはいえない。
(イ) 上記１(2)シ、セ、(3)ア、イ、エのとおり、本件売買契約に関連して作成された平成１４年度補正検討事項調書（甲１２）、財務省内示状況（甲１３）、予定価格調書（甲１４）、見積書（甲１５）及び請求書（甲１６）には、いずれも、本件施設の建設等の費用とは切り離して算出された本件ワクチンの製造料が本件差額金の記載とは区別して記載されている。そして、原告は、これらの記載は、原告と厚労省との間で、本件差額金を含む本件契約金額の全額を本件ワクチンの対価として支払うことの合意が実際にはなされなかったことを示すものであると主張する。
しかしながら、平成１４年度補正検討事項調書（甲１２）及び財務省内示状況（甲１３）には、本件施設の建設等の費用を織り込んだ金額がワクチン等購入費として明記された上、内訳を示す形で、ワクチン製造料と施設設備相当分が記載されているのであり、また、件名を乾燥細胞培養痘そうワクチン（溶剤含む）５万本の購入とする予定価格調書（甲１４）並びに件名を痘そうワクチン（天然痘ワクチン）１式とする見積書（甲１５）及び請求書（甲１６）においても、ワクチン製造費用及び本件施設の建設等の費用分が内訳であることが明記された上、それらの合計額が記載されているのであるから、上記各文書の記載は、むしろ、原告と厚労省との間で、本件差額金を織り込んだ売買代金が設定されたことを示すものであり、本件差額金を含む本件契約金額の全額を本件ワクチンの対価として支払うことの合意が実際にはなされなかったことを示すものであるということはできない。
(ウ) 前記「争いのない事実等」(3)ウ(ア)のとおり、甲元係長から血対課名義で本件文書１及び本件文書２が提出されており、本件文書１には、国から支出された本件差額金は、実際には補助金相当のものと考えるのが妥当であると思料するなどと記載されている（甲８の１）。そして、原告は、上記各文書の作成者が血対課であることを前提に、本件文書１の上記記載は、原告と厚労省との間で、本件差額金を含む本件契約金額の全額を本件ワクチンの対価として支払うことの合意が実際にはなされなかったことを示すものであると主張する。
しかしながら、上記各文書には厚労省の庁印も押捺されていないのであり、民事訴訟法２２８条２項にいう「公務員が職務上作成したものと認めるべき」文書ということはできないし、甲元係長の陳述（乙２）によれば、上記各文書は、正式な決裁手続を経ておらず、同係長の個人的な意見、希望を記載したものにすぎないことが認められるのであるから、同各文書の作成者は同係長であるといわざるを得ない。そして、甲元係長の陳述（乙２）によれば、本件文書１の記載のうち、本件差額金は、実際には補助金相当のものと考えるのが妥当であると思料する旨の記載は、同係長が、本件売買契約当時に血対課の総務係長として本件売買契約に係る予算措置に関与していた乙元係長から話を聞くなどした上で、国以外に買い手がなく、その意味で市場性のない痘そうワクチンの製造を原告に引き受けてもらったにもかかわらず、本件施設の建設等の費用の部分まで課税されてしまっては、原告に申し訳ないという思いがあったことなどから、本件差額金の性質について、同係長の個人的意見ないし希望を記載したものにすぎず、血対課ないし厚労省が、本件契約金額には補助金が含まれているという見解を有していたわけではないことが認められるし、同文書及び本件文書２のその他の記載も、原告と厚労省との間で、本件差額金を含む本件契約金額の全額を本件ワクチンの対価として支払うことの合意が実際にはなされなかったことを示すものであるということはできない。
イ 原告と厚労省との間の交渉経過等
(ア) 原告は、原告と厚労省との間で、本件差額金を本件ワクチンの対価としてではなく、実質的な補助金として交付する旨の合意がなされた旨主張するが、このような合意がなされたことを直接的に示す証拠はない。
(イ) また、国が交付する補助金等、とりわけ予算補助に属する補助金等については、専ら補助金適正化法が規定する手続にのっとって交付されることが予定されているところ、本件差額金の支払についてはこの手続が執られていない（その意味で、原告の主張する実質的な補助金という概念自体、あいまいであるといわざるを得ない。）上、上記１(2)オ、ク、サによれば、厚労省は、本件売買契約の締結に先立ち、原告に対し、本件差額金の支払を本件ワクチンの買上げと一体化して行いたい旨述べていたことや、本件差額金が補助金であることを契約書の別記として明記するよう希望した原告に対し、契約書の別記にも補助金の文言は入れられない旨伝えていたことが認められるのであり、本件売買契約に先立つ原告と厚労省の交渉経過等にかんがみても、厚労省が、本件差額金を補助金ないしこれに相当するものとして支払う意思を有していたものと認めることはできない。
さらに、上記事情の他、上記１(2)キ及び弁論の全趣旨によれば、原告は、厚労省から、本件売買契約の締結に先立ち、本件施設の建設等の費用に関し、特例措置により、竣工後の施設について補助金を交付することが可能である旨伝えられていたにもかかわらず、補助金適正化法上の補助金交付の申請をしないままに、契約金額を１５億５６０４万２５１２円（うち消費税及び地方消費税額７４０９万７２６２円）とする本件契約書を作成するに至っていることにかんがみれば、原告においても、本件差額金が補助金ないしこれに相当するものとして支払われるものであると認識していたと認めることはできない。
(ウ) 以上のとおりであるから、原告と厚労省との間で、本件差額金を本件ワクチンの対価としてではなく、実質的な補助金として交付する旨の合意がなされたものと認めることはできない。
ウ 原告が主張するその他の事情
原告は、厚労省が、原告に本件ワクチンを早急に納入するよう強く要請したため本件売買契約の締結前に補助金の交付申請をする時間的余裕がなかったこと、本件売買契約の後になされた、原告と厚労省との間の痘そうワクチンの売買契約における契約金額の定め方、原告から千葉県への本件売買契約に係るロイヤリティーの内容などを挙げ、これらの事情から、原告と厚労省との間で、本件差額金を実質的な補助金として支払うことの合意があった旨主張するが、上記事情は本件売買契約における原告と厚労省との間の合意内容を直接推知させるものではなく、上記(1)、(2)ア、イの検討結果を左右するものということはできない。
(3) 結論
以上のとおり、本件契約書には本件差額金を含む本件契約金額の全額が本件ワクチンの対価として設定されたことを示す記載がある上、本件差額金を含む本件契約金額の全額を本件ワクチンの対価として支払うことの合意が実際にはなされなかったこと（本件差額金を、本件ワクチンの対価としてではなく、実質的な補助金として交付する旨の合意があったこと）を認めるに足りる特段の事情はない。
したがって、原告と厚労省との間では、本件差額金を含む本件契約金額の全額を本件ワクチンの対価として支払う旨の合意がなされたものと認めるのが相当であり、本件差額金は売買代金の一部を構成するものとして「収益事業から生じた所得」及び「課税資産の譲渡等の対価」に当たるものというべきである。
そうすると、本件各処分が違法であるとする原告の主張は理由がない。
３ 本件法人税更正処分等の通知書の理由付記の不備の有無について
証拠（甲２の１）によれば、原告は、本件契約金額のうち本件差額金について、平成１５年３月期の帳簿書類に、本件施設の建設等のために交付された補助金として、収益事業に係る臨時収益及び非収益事業に係る臨時収益として計上し、本件契約金額の残額については、平成１６年３月期の帳簿書類に、収益事業に係る製品売上げとして計上していたところ、本件法人税更正処分等は、本件契約代金の全額が平成１６年３月期の収益事業に係る製品売上げであるとして、本件差額金を平成１６年３月期の原告の所得金額に加算したものであることが認められる。そうすると、熊本西税務署長は、平成１５年３月期の帳簿書類に収益事業に係る臨時収益及び非収益事業に係る臨時収益として計上された金額の収入並びに平成１６年３月期の帳簿書類に収益事業に係る製品売上げとして計上された金額の収入が、それぞれ現実に存在したことを前提として、これらの収入全体が平成１６年３月期の収益事業に係る製品売上げであると評価して本件法人税更正処分等を行ったものであって、原告の帳簿書類の記載自体を否認したものとはいえない。
ところで、帳簿書類の記載自体を否認することなしに更正をする場合においては、納税者による帳簿の記載を覆すものではないから、通知書記載の更正の理由が、更正の根拠を更正処分庁の恣意抑制及び不服申立ての便宜という理由付記制度の趣旨目的を充足する程度に具体的に明示するものである限り、法の要求する更正理由の付記として欠けるところはないと解するのが相当である（最高裁昭和６０年判決参照）。
そして、本件法人税更正処分等の通知書（甲２の１）には、本件売買契約の内容について確認したところ、本件契約金額の全額が本件ワクチン５万本の対価であると認められると記載されているのであり、上記各処分が本件売買契約の内容を調査した結果に基づくものであることが具体的に明示されているのであるから、上記の記載は、上記各処分をした更正処分庁の恣意抑制及び原告の不服申立ての便宜という理由付記制度の趣旨目的を充足する程度に処分の根拠を具体的に明示するものであるといえる。
以上のとおりであるから、本件法人税更正処分等の通知の理由付記に不備はなく、違法性は認められない。
第４ 結論
以上によれば、原告の請求はいずれも理由がないから、これらを棄却することとし、主文のとおり判決する。
熊本地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官 石井浩
裁判官 古賀英武
裁判官 小林裕敬
別紙
当事者目録
原告財団法人Ｂ
同代表者理事丙
同訴訟代理人弁護士三浦啓作
同奥田邦夫
同岩本智弘
同杉原知佳
同三浦正道
同補佐人税理士髙野潔
被告国
同代表者法務大臣森英介
処分行政庁熊本西税務署長鶴窪和廣
同指定代理人赤谷圭介
同伊藤彰
同福本昌弘
同木村淳一
同加治屋貢
同小野勝
同武下浩二
同西浦功二
同札ノ内直子
同岩崎光憲
同志賀弘一
同杉村博司
同濱田和隆
同寺本史郎
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2009/pdf/11146.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。