税務訴訟資料第２５９号－８５（順号１１１９８）
和歌山地方裁判所平成●●年（○○）第●●号所得税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（湯浅税務署長）
平成２１年５月１２日棄却・確定
判決
原告Ａ組合
同代表者清算人甲
同訴訟代理人弁護士宮本和佳
同田邊和喜
被告国
同代表者法務大臣森英介
処分をした行政庁湯浅税務署長
河田誠夫
同指定代理人新免久弘
同栩野耕一
同山田勝久
同辻智子
同住川勝幸
同山岡富士夫
同杉本則章
同原田久
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 湯浅税務署長が原告に対して平成１６年９月２２日付けでした、原告の平成１３年度の法人税に係る更正の請求について、更正をすべき理由がない旨を通知した処分を取り消す。
２ 湯浅税務署長が原告に対して平成１６年９月２２日付けでした、原告の平成１５年度の法人税に係る更正の請求について、更正をすべき理由がない旨を通知した処分を取り消す。
３ 湯浅税務署長が原告に対して平成１６年９月２２日付けでした、原告の平成１４年度の法人税の重加算税賦課決定処分を取り消す。
４ 湯浅税務署長が原告に対して平成１７年２月２４日付けでした、原告の平成１０年度以降の法人税の青色申告承認取消処分を取り消す。
５ 湯浅税務署長が原告に対して平成１７年２月２４日付けでした、原告の平成１０年度（ただし、所得金額２万６８９３円、納付すべき法人税額７０００円を超える部分）、平成１１年度及び平成１４年度（ただし、所得金額１１２４万４９０８円、納付すべき法人税額２４７万３６００円を超える部分）の法人税の各更正処分及び各重加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要
１ 本件の各請求の概要は、次のとおりである。
(1) 請求の趣旨１及び２の請求は、原告が、平成１３年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「平成１３年１２月期」といい、他の事業年度についても同様に表記することとする。）及び平成１５年１２月期の確定申告につき、申告後に更正の請求を行ったことについて、湯浅税務署長（以下「原処分庁」という。）が、平成１６年９月２２日付けでした、更正をすべき理由がない旨の各通知処分（以下「本件各通知処分」といい、それぞれの処分を「平成１３年１２月期の通知処分」、「平成１５年１２月期の通知処分」という。）の取消しを求めたものである。
(2) 請求の趣旨４の請求は、原告が、法人税法に定める帳簿書類等を提示しなかったとして、原処分庁が、平成１７年２月２４日付けでした、原告の平成１０年１２月期以降の法人税の青色申告承認取消処分（以下「本件青色申告取消処分」という。）の取消しを求めたものである。
(3) 請求の趣旨３及び５の請求は、原告が、Ｂ株式会社（以下「Ｂ」という。）等から漁業補償金等として収受した金員について、平成１０年１２月期、平成１１年１２月期及び平成１４年１２月期の法人税確定申告の際、これを所得金額に計上しなかったことについて、原処分庁が、平成１６年９月２２日付けでした、平成１４年１２月期の法人税についての重加算税の賦課決定処分（以下「第１次重加算税賦課決定処分」という。）並びに平成１７年２月２４日付けでした、平成１０年１２月期、平成１１年１２月期、平成１４年１２月期の法人税の更正処分（以下「本件各更正処分」という。）及び重加算税賦課決定処分（以下「第２次重加算税賦課決定処分」という。）の取消しを求めたものである。
２ 前提事実（末尾に証拠の掲記のない事実は当事者間に争いがない。）
(1) 原告は、漁業等を営む漁業生産組合で、青色申告の承認を受けて法人税の申告をしていた法人である。なお、原告は、平成１６年７月８日、理事であった甲を清算人と定めて解散し、同年９月１０日に清算結了登記をした（甲１、もっとも、清算結了登記がなされても、清算事務が終了するまでは、法人は清算の範囲内で存続すると解すべきであるから、原告は納税義務を履行するまでの間存続することになる。）。
(2) 原告の漁業補償金等の収受
原告は、次のとおり、Ｂ等から、漁業補償金等の金員を収受した（なお、以下に記載する限度で当事者間に争いがないが、漁業補償金等が原告のみに帰属するのかなど、詳細については、後記４(4)のとおり、争いがある。）。
ア 原告は、Ｂが実施したＤ工事（以下「本件Ｄ工事」という。）に際し、平成１０年４月３日付け協定書、覚書等に基づき、Ｂから漁業補償金として合計１億１０００万円（以下「平成１１年１２月期のＢからの漁業補償金」という。）を収受した（乙９）。
イ 原告は、Ｃ共同企業体（以下「共同企業体」という。）が受注した本件Ｄ工事に際し、平成１０年１１月１９日付け覚書に基づき、共同企業体から解決金として３５００万円（以下「本件解決金」という。）を収受した（乙１３）。
ウ 原告は、和歌山県が実施したＥ整備事業（以下「本件Ｅ整備事業」という。）に際し、平成１１年９月１３日付け覚書に基づき、和歌山県から、協力金として１５２万７０００円（以下「本件協力金」という。）を収受した（乙１４）。
エ 原告は、Ｂが実施したＦの建設等に際し、平成１４年３月２９日付け漁業補償契約書に基づき、Ｂから漁業補償金として９１００万円（以下「平成１４年１２月期のＢからの漁業補償金」という。）を収受した（乙１１）。
オ 原告は、和歌山県が施工したＧ工事及びＨ工事（以下「本件Ｇ工事」という。）に際し、平成１４年８月１６日付け漁業補償契約書に基づき、和歌山県から、漁業補償金として６６０万円（以下「平成１４年１２月期の和歌山県からの漁業補償金」という。）を収受した（乙１２）。
（以下、平成１１年１２月期のＢからの漁業補償金、平成１４年１２月期のＢからの漁業補償金及び同期の和歌山県からの漁業補償金を併せて「本件各漁業補償金」といい、本件各漁業補償金、本件解決金及び本件協力金を併せて「本件各金員」という。）
(3) 確定申告等
ア 原告は、原処分庁に対し、別表１ないし５の「確定申告（等）」欄記載のとおり、平成１０年１２月期、平成１１年１２月期、平成１３年１２月期、平成１４年１２月期及び平成１５年１２月期の法人税の確定申告を行った。
イ 原告は、平成１６年６月３０日、原処分庁に対し、平成１４年１２月期の法人税について、別表２「修正申告」欄のとおり修正申告を行った。
ウ また、原告は、同日付けで、原処分庁に対し、平成１３年１２月期及び平成１５年１２月期の法人税について、別表１及び３の「更正の請求等」欄のとおり、更正の請求をした。
(4) 原処分庁は、原告の申告内容が適正なものであるかどうかを確認するため、平成１６年３月２６日以降、原告に対する法人税調査を行った（以下「本件調査」という。）。
(5) 第１次重加算税賦課決定処分及び本件各通知処分
原処分庁は、原告が行った上記修正申告に対し、別表２「賦課決定処分」欄のとおり、平成１６年９月２２日付けで第１次重加算税賦課決定処分をし、また上記(3)ウの更正請求に対し、同日付けで、平成１３年１２月期及び平成１５年１２月期のいずれについても更正をすべき理由がない旨の本件各通知処分をした。なお、第１次重加算税賦課決定処分の具体的課税額の算定については争いがない。
(6) 本件青色申告取消処分、本件各更正処分、第２次重加算税賦課決定処分そして、原処分庁は、平成１７年２月２４日付けで、平成１０年１２月期以降の本件青色申告承認取消処分をし、同日付けで、平成１０年１２月期、平成１１年１２月期及び平成１４年１２月期の法人税額等の本件各更正処分並びに第２次重加算税賦課決定処分をした。なお、各処分の具体的課税額の算定については争いがない。
(7) 異議申立て、審査請求、裁決
ア 原告は、上記(5)の本件各通知処分及び第１次重加算税賦課決定処分について、平成１６年９月２８日付けで、上記(6)の本件青色申告取消処分、本件各更正処分及び第２次重加算税賦課決定処分について、平成１７年４月２０日付けで、それぞれ原処分庁に対し異議申立てをした（甲５～７、１５～１７）。
イ 原処分庁は、上記異議申立てをいずれも棄却したため、原告は、平成１７年１月２１日及び同年７月２９日、国税不服審判所長に対し、審査請求をした（甲８～１０、２０～２２）。
ウ 国税不服審判所長は、上記審査請求について、平成１８年１２月２０日、本件各通知処分、第１次重加算税賦課決定処分、本件青色申告取消処分、本件各更正処分、第２次重加算税賦課決定処分にかかる部分をいずれも棄却する旨の裁決をした（甲２３）。
(8) 原告は、平成１９年６月６日、本件訴えを提起した。
３ 争点
(1) 本件各通知処分の適法性
(2) 本件青色申告取消処分の適法性
(3) 本件各更正処分並びに第１次及び第２次重加算税賦課決定処分の適法性
ア 平成１１年１２月期及び平成１４年１２月期の法人税に関し、漁業補償金について、租税特別措置法（以下「措置法」という。）６５条の２第１項に規定する特別控除が認められるか
イ 本件解決金及び本件協力金は原告のみに帰属するか
ウ 第１次及び第２次重加算税賦課決定処分の要件充足性
４ 争点に対する当事者の主張
(1) 争点(1)（本件各通知処分の適法性）について
（被告の主張）
ア 本件調査の経緯等について
(ア) 原処分庁部下職員である国税調査官（以下「調査官」という。）は、平成１６年３月２６日、本件調査を開始した。調査官は、まず原告の本店所在地に臨場し、原告に対し帳簿書類等の提示を求めたが、当時原告の理事であった甲（以下「甲」という。）は、しらす加工業を廃業したからすでに帳簿書類等を捨てており、決算書類等は何も残っていない旨申し立て、調査官からの現存する関係書類等の提示要求に対し、これらの書類等を探してみると回答するのみであった。
(イ) その数日後、甲の配偶者であり原告の当時の理事でもあった乙（以下「乙」という。）は、平成１２年１２月期の収支を記載した日記帳及び原告名義のＩ銀行（現在のＩ銀行）箕島支店の普通預金口座（乙１、口座番号、以下「原告専用口座」という。）
の預金通帳を原処分庁に持参し、提示した。その際、調査官は、これら以外の帳簿書類等についても提示を求めたが、乙は現存しない旨申し立てた。
(ウ) このような甲や乙の態度をみて、調査官は、帳簿書類等による調査が不可能であると判断し、かねてより把握していた漁業補償金の支払者であるＢ等に対し調査を行った。
(エ) 平成１６年４月１２日、原処分庁は、丙税理士（以下「丙税理士」という。）から、原告の税務関係業務についての税務代理権限証書（乙３）の提出を受けた。
(オ) そこで、調査官は、同月１５日、丙税理士に原告の帳簿書類の提示を求めたところ、同税理士は、帳簿書類を整理する時間が欲しいとの申出をした。調査官は、しばらく様子を見た上、数回丙税理士に帳簿書類の提示を求めたところ、同年６月１６日になり、ようやく平成１３年ないし１５年の各１２月期に係る総勘定元帳、仕訳日記帳、ノート及び領収書等（証ひょう類）の提示を受けた（以下、この時提出された帳簿書類等を、順次「本件総勘定元帳」、「本件仕訳帳」、「本件ノート」及び「本件領収書等」といい、これらを併せて「本件書類等」という。）。
(カ) 調査官は、本件書類等を検討したが、本件ノートには、甲の家事費とみられる費目及び金額も渾然一体となって記載され、個々の具体的な取引内容が判然としない状態で、不明確な点も多く、証ひょう類の欠落も多数認められたことから、原告に対してさらに帳簿書類を提出するよう要請するとともに、平成１２年１２月期以前の帳簿書類についても提示するよう要請した。その際、原告から、書面による提出要請をするよう求められたため、調査官は、「連絡せん」と題する書面（乙５、以下「本件連絡せん」という。）を作成交付して再度提出を求め、さらに丙税理士に対しても帳簿書類等の提示を求めたが、結局、原告及び丙税理士から更なる書類の提示はなかった。
(キ) 原告は、前記前提事実（２(3)ウ）のとおり、平成１３年１２月期及び平成１５年１２月期の確定申告に関する更正の請求をしたが、原処分庁が、その内容について検討した際、平成１６年６月１６日に提示された本件総勘定元帳の金額と、確定申告書に添付されていた決算報告書の内容が相違しており、また、本件総勘定元帳の勘定科目の金額と更正の請求書に添付された決算報告書の貸借対照表の勘定科目の金額が一致しない（乙６）などの事実が認められ、さらに、本件総勘定元帳の基礎となった本件ノート（乙７）には、原告の収支の他にも甲の家族の収支が混在して記載されていたため、原告の収支を特定することができなかったばかりか、売上原価及び販売費・一般管理費等に係る証ひょう類も多数欠落していた（乙８）。
イ 更正の請求制度の関係法令
(ア)一般に、納税義務者は、課税標準等又は税額等の計算が法律の規定に従っていなかったこと又は計算に誤りがあったことにより、税額を過大に申告したなどの場合には、国税通則法（以下「通則法」という。）２３条１項において、当該申告書に係る国税の法定申告期限から１年以内に限り、税務署長に対し、その申告に係る課税標準等又は税額等につき更正をすべき旨の請求をすることができる旨規定されている。
(イ) そして、同条３項において、更正の請求をしようとする者は、その請求に係る更正前の課税標準等又は税額等、当該更正後の課税標準等又は税額等、その更正の請求をする理由、当該請求をするに至った事情の詳細その他参考となるべき事項を記載した更正請求書を税務署長に提出しなければならない旨規定されている。
ウ 平成１３年１２月期の通知処分の適法性について
本件において、平成１３年１２月期の法人税の更正の請求書の提出期限は、平成１５年２月末日であるから（通則法２３条１項、法人税法７４条１項）、当該期限を過ぎた平成１６年６月３０日提出の職権更正を求める請求は、そもそも不適法である。したがって、原告からの更正の請求に対し、原処分庁が更正すべき理由がないとした平成１３年１２月期の通知処分に違法はない。
エ 平成１５年１２月期の通知処分の適法性について
更正の請求については、原告が真実の所得金額が申告所得金額を下回ることについて立証責任を負うものであるが、原告は、本件調査が始まった当初から、原告の平成１５年１２月期の確定申告に係る帳簿書類等を全く提示しておらず、また、原告がその後に提出した書類も、上記ア(カ)(キ)のとおり、内容の正確性等を備えないものであって、これにより原処分庁が正確に事実を確認することは不可能であった。そこで、原処分庁は、原告の更正請求に対し、上記のとおりの事情からその理由がない旨の通知処分を行ったのであって、平成１５年１２月期の通知処分に違法はない。
オ 原告の主張について
(ア) 原告は、原処分庁が更正に際して事実確認を行うことは極めて容易であった旨主張するが、上記アのとおり、原告による書類の提示は不十分であった上、原告が提示した書類も、内容の正確性等を備えないものであったから、原処分庁が正確に事実を確認することは不可能であった。
(イ) また、原告は、更正処分をすることが原処分庁の義務であるとの主張をするが、これは更正の請求期間が通則法２３条１項により明確に定められていることからしても失当であるし、原処分庁が減額更正をすることを約束した等の特段の事情がない限り、更正決定をするかどうかは、原処分庁の裁量にゆだねられていると解すべきところ、本件において、そのような特段の事情もない。
（原告の主張）
ア 本件調査の経緯等について
(ア) 調査官である丁（以下「丁調査官」という。）は、平成１６年３月２６日、原告に対し、平成１４年度営業外収益１８０万３５６０円が入金された口座について質問するとともに、帳簿の作成方法について質問した。原告は、丁調査官に対し、専門的知識を持たない原告が独力で帳簿を作成している旨説明し、本件ノート（乙７）を提示したが、丁調査官は、それ以上の書類等の提出を求めることはなかった。
(イ) 原告は、丁調査官から、取引銀行の預金通帳の提示を求められたため、自主的に、原告専用口座に加え、Ｊ銀行（現在のＪ銀行）和歌山支店の預金口座（甲４２、乙２、２４、口座番号、以下「本件預金口座」という。）がある旨説明した。その上で、
原告は、両預金口座の通帳を探したが、原告専用口座の通帳はすぐ見つかったものの本件預金口座の通帳は見当たらなかったため、とりあえず原告専用口座の通帳だけを提示したところ、丁調査官は、原処分庁で調べれば分かるので本件預金口座の通帳の提出は不要である旨述べた。その際、丁調査官は、原告に対し、原告の帳簿である本件ノートと通帳以外に、他の帳簿や証ひょう等の提出を求めることもなく、原告専用口座の通帳だけを預かって帰った。
(ウ) その後、原告から税務代理の委任を受けた丙税理士は、原処分庁から過去３年分の帳簿書類の提示を求められ、同年６月１６日、平成１３年度ないし平成１５年度の本件総勘定元帳等の書類、及び○△レとの記号を付して原告の収支とそれ以外のものとを区別し、これについての領収書の有無も付記した本件ノートを提出した。
(エ) 原告は、原処分庁から、過去３年分の帳簿以外に、関係書類等の提出を要請された事実はない。同月１７日ころ、過去７年分の帳簿書類の提示を求める旨の、調査官作成に係る本件連絡せんが甲の自宅土間に置かれていたが、これは税務署長名でもないし、これによって帳簿書類の正式な提出要請があったと評価することはできない。
(オ) その後、丙税理士が、調査官に対し、仮に過去３年より以前の帳簿等の書類の提示を求めるのであれば正式な書面を交付するよう求めるとともに、提出をすべき理由を問い質したが、調査官は、単に調査に必要であると述べるだけで理由を一切説明しようとせず、正式な書面も交付しなかった。そのため、原告は、原処分庁からの正式な提出要請はなく、また提出する合理的理由もないと判断して、これらを提出しなかった。
イ 平成１３年１２月期の通知処分について
通則法７０条２項により、税務署長は、５年間は減額更正処分ができるから、確定申告に間違いがあった場合には、租税法律主義に基づく合法性の原則により、減額更正処分をするべき義務があり、この点税務署長の裁量はない。原処分庁としては、原告の更正請求を受け、減額更正をすべき義務があったにもかかわらずこれをしなかったから、上記通知処分は違法である。
ウ 平成１５年１２月期の通知処分について
原告は、税務調査中の原処分庁の調査官の了解を得て、平成１５年１２月期に係る本件ノート、本件総勘定元帳等の書類を提出した。本件ノートは、日付順にその都度取引を記帳しているものであり、後から改ざんすることは不可能であるから信憑性は極めて高い。また、甲及び戊（以下「戊」という。）の家計分については、○△レとの記号によって明確に分別できるから、家計分が混在していたとしても、帳簿として何ら問題はなく、これによって、平成１５年度の翌期繰越欠損金額が明らかになるから、原処分庁が事実確認をすることは容易であった。
そして、原処分庁は、上記書類を確認し、減額更正をすべき義務があったにもかかわらずこれをしなかったのであるから、本件通知処分は違法である。
(2) 争点(2)（本件青色申告取消処分の適法性）について
（被告の主張）
ア 青色申告制度について
(ア) 法人税法１２７条１項は、「同法１２１条１項（青色申告）の承認を受けた内国法人につき次の各号のいずれかに該当する事実がある場合には、納税地の所轄税務署長は、当該各号に定める事業年度までさかのぼって、その承認を取り消すことができる」と規定し、同項１号は、「その事業年度に係る帳簿書類の備付け、記録又は保存が前条（同法１２６条）第１項に規定する財務省令で定めるところに従って行われていないこと。当該事業年度」と規定している。
(イ) そして、同法１２６条１項の「記録又は保存」とは、財務省令で定めるところにより、帳簿書類を備え付けてこれにその取引を記録すべきことはもとより、これらが行われていたとしても、さらに、税務職員が必要と判断したときにその帳簿書類を検査してその内容の真実性を確認することができるような態勢の下に、帳簿書類を保存しなければならないこととしているというべきであり、法人が税務職員の同法１５３条の規定に基づく検査に適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて当該帳簿書類を保存していなかった場合は、同法１２６条１項の規定に違反し、同法１２７条１項１号に該当するものというべきである（最高裁平成１７年３月１０日判決・民集５９巻２号３７９頁参照）。
(ウ) また、青色申告制度の趣旨が、当該法人の帳簿書類について税務署長が法人税法１５３条の規定に基づく税務調査をなし得ることを前提として、その調査により帳簿書類の備付け等が正しく行われていることを確認することができた場合にのみ、青色申告の承認による特典を与えることにあることからすれば、法人がかかる帳簿書類の提示を一切しなかった場合には、当然、同法１２７条１項１号の定める青色申告承認取消事由に該当するものと解するのが相当である。
(エ) さらに、帳簿書類の記載内容の程度についても、上記青色申告制度の趣旨からすれば、その記載内容自体によって企業の成績の真実を把握できる程度に内容が正確であり、形式において整然かつ明りょうでなければならないというべきである。なお、法人税法施行規則では、法人の資産、負債及び資本に影響を及ぼす一切の取引につき、複式簿記の原則に従い、整然とかつ明りょうに記録し、その記録に基づき決算を行わなければならないこと（規則５３条）、すべての取引に関する仕訳帳、総勘定元帳その他必要な帳簿を備えて取引に関する事項を記載しなければならないこと（同５４条）等が規定されている。
イ 本件についての検討
(ア) 原告は、青色申告の承認を受けた法人であったことから、帳簿書類等を記録し、７年間保存した上、その帳簿書類等を税務職員に提示する義務があるにもかかわらず、上記(1)（被告の主張）ア記載のとおり、調査官が、税務調査に当たり帳簿書類等の提示を再三求めたにもかかわらず、これに応じなかったのであるから、法人税法１２６条１項の規定に違反し、同法１２７条１項１号に規定する青色申告承認の取消事由に該当する。
(イ) また、その後提示された本件ノートも、原告、甲らの支出について、日付、項目及び金額が記載されているにすぎない家計簿的なものであるから、企業の成績の真実を把握できる程度に内容が正確であり、形式において整然かつ明りょうであるべき青色申告法人の備付帳簿書類であるとはいえない。
(ウ) したがって、本件青色申告取消処分に違法はない。
なお、原告は、合理的理由もなく、また理由の説明もないまま単に帳簿書類の提示を求めることは許されない旨主張するが、税務調査に当たり、調査担当者が納税者に対し調査理由を具体的に開示することは法人税法その他の税法上要件とされていない。そもそも、法人税法１５３条に基づく質問検査の範囲、程度、時期、場所等に関しては、税務職員の合理的な判断にゆだねられているというべきであり、税務職員が調査の具体的理由を告知しないからといって調査手続きが違法になることはない。よって、原告の上記主張は失当である。
（原告の主張）
ア 原処分庁は、原告が平成１０年１２月期、平成１１年１２月期及び平成１２年１２月期の帳簿書類を提示しなかったとして、青色申告の承認を取り消した。
イ しかしながら、法人税法１２７条は、帳簿の提示がないこと自体を取消事由としていない。仮に、帳簿書類の提示を拒否したことが取消事由に該当する場合があるとしても、その認定は慎重になされるべきである。原処分庁が帳簿書類の提示を求めることができるのは、合理的理由がある場合に限られ、かつ、納税者から理由の説明を求められた場合は、その説明が必要であると解すべきである。
ウ 本件において、丙税理士は、調査官に対し、そもそも通則法７０条１項が更正できる期間を申告期限から３年間としていることから、原告に対する任意調査において、この期間より以前の事業年度の帳簿書類の提示を強制されるいわれはないとの原告の見解を説明し、仮に過去３年分より前の書類の提示を求めるのであれば正式な書面を交付するよう求めるとともに、提出をすべき理由を問い質したが、調査官は、単に調査に必要であると述べるのみで理由を一切説明しようとせず、正式な書面も交付しなかった。そのため、原告は、原処分庁からの正式な提出要請はなく、また提出する合理的理由もないと判断して、これらを提出しなかったものである。なお、本件連絡せんはＫ調査官が作成した私的な文書にすぎず、正式な書面とはいえない。
エ 原告が提出した本件ノート及び本件仕訳帳は、日付順にその都度行われた取引が記帳されているものであり、後から改ざんすることは不可能なものであって、信憑性は極めて高く、甲及び戊の家計分が混在したとしても、明確に分別できるのであるから、青色申告法人の備付簿書類として不備はない。
オ したがって、原告が平成１０年１２月期、平成１１年１２月期及び平成１２年１２月期の帳簿書類を提示しなかったことが、青色申告の承認の取消事由に該当しないことは明らかであり、本件青色申告取消処分は、違法である。
(3)争点(3)ア（平成１１年１２月期及び平成１４年１２月期の法人税に関し、漁業補償金ついて、措置法６５条の２第１項の特別控除が認められるかどうか）について
（被告の主張）
ア 漁業補償金に関する事実関係
(ア) 平成１１年１２月期のＢからの漁業補償金について
原告は、原告ら６名とＢとの間で、平成１０年４月３日に交わした協定書（乙９）に基づき、本件預金口座で収受した漁業補償金１億１０００万円（平成１０年４月２０日に９０００万円、平成１１年３月３１日に２０００万円）について、原告に係る漁業補償金１８５０万円のうち、措置法６５条の２に規定する対価補償金１３１５万７２００円（乙１０）を、平成１１年１２月期の雑収入に計上していなかった。
(イ) 平成１４年１２月期のＢからの漁業補償金について
原告は、原告、甲及び甲の子であるＬ（以下「Ｌ」という。）の３名とＢとの間で、平成１４年３月２９日に交わした漁業補償契約書（乙１１）に基づき、同年４月１２日に本件預金口座で収受した漁業補償金９１００万円について、原告に係る漁業補償金３１００万円（乙１１・３丁）を、平成１４年１２月期の雑収入に計上していなかった。
(ウ) 平成１４年１２月期の和歌山県からの漁業補償金について
原告は、原告、甲及びＬの３名と和歌山県との間で、平成１４年８月１６日に交わした漁業補償契約書（乙１２）に基づき、同年９月２７日に本件預金口座で収受した漁業補償金６６０万円について、原告に係る漁業補償金２２０万円のうち、措置法６５条の２に規定する対価補償金３９万６４４０円を、平成１４年１２月期の雑収入に計上していなかった。
イ 措置法６５条の２第４項等
(ア) 収用又は換地処分による資産の譲渡益について、所得の特別控除の課税特例の適用を受けるためには、措置法６５条の２第４項の規定により、その適用を受ける事業年度の確定申告書（その期限後申告書を含む）にその損金算入額に関する申告の記載をするほか、その申告書にその損金算入される金額の計算に関する明細書を添付して所轄税務署長に提出しなければならない。
(イ) そして、その記載した内容について、特別控除を受けようとする資産につき公共事業施行者から交付を受けた前項の買取り等の申出があったことを証する書類その他の財務省令で定める書類を添付しなければならない（措置法施行規則２２条の３第３項）。
(ウ) なお、収受した補償金は雑収入として計上することにより、法人の益金に算入しておかなければならないことはいうまでもない。
ウ 本件各更正処分における漁業補償金の取扱いの適法性について
(ア) そこで、これを本件についてみるに、原告は、本件各漁業補償金について、①そもそも、法人税の確定申告において、これを益金の額に算入していないこと、②確定申告書等に措置法６５条の２第１項又は第２項の規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載をしていないこと、③当該確定申告書にその損金の額に算入される金額の計算に関する明細書の添付をしていないこと、④公共事業施行者であるＢが発行した「収用証明書」及び和歌山県が発行した「公共事業用資産の買取り等の申出証明書」の添付もしていなかったことから、本件各漁業補償金について収用換地等の特別控除の適用を受けるための申告要件を全く満たしていなかった。
(イ) したがって、原処分庁が、措置法６５条の２第１項に規定する収用換地等の場合の特別控除の特例を適用することなく行った平成１１年１２月期及び平成１４年１２月期の各更正処分は適法である。
エ 原告の主張について
(ア) 原告は、措置法第６５条の２第５項に規定する「やむを得ない事情」があるから、同第１項の特例を適用すべきであると主張するが、「やむを得ない事情」とは、自然的災害、人為的災害、交通途絶等の客観的に見て本人の責めに帰すことのできない事情をいうものと解され、個人的な事情はこれに該当しないから、原告の上記主張は失当である。仮に、この点を措くとしても、原告は、Ｂや和歌山県から、補償金について申告書に証明書を添付することによって控除の特例が受けられるものであることにつき重ねて説明を受けていたのであるから、原告が本件漁業補償金につきそもそも申告しなくてよいと誤信していたことはない。
(イ) 原告は、仮に、「やむを得ない事情」に該当しないとしても、所得税に関する措置法３３条の４第１項の適用を受けうるという趣旨の主張をする。しかし、措置法は本来課せられるべき税額を政策的見地から特に軽減するものであるから、租税負担公平の原則に照らし、厳格に解釈されるべきである。よって、上記規定を法人税にまで類推適用することはできない。
(ウ) また、原告は、再度の不利益処分であるとの主張をするが、本件各更正処分は、まさに通則法２６条が規定する再更正処分であり、再度の不利益処分であるということはできないし、他に本件各更正処分に手続的な違法もないから、原告の主張は失当である。（原告の主張）
ア 本件においては、平成１４年１２月期の法人税について、措置法６５条の２第１項に規定する特別控除の特例が適用されるべきである。なお、平成１１年１２月期の法人税については、そもそも更正できる期間である３年を経過しているから違法である。
(ア) すなわち、措置法第６５条の２第５項に規定する「やむを得ない事情」とは、客観的にみて本人の責に帰すことのできない事情に限られるべきではなく、主観的にみても本人の責に帰すことのできない事情も広く含むものと弾力的に解すべきである。したがって、本件原告のように、初めてのケースで、全くの善意で、かつ、その適用要件をよく知らなかったことについて、本人の責めに帰するのは酷と認められるような場合には、上記「やむを得ない事情」が認められるべきである。
しかるに、原告は、Ｂから、補償金の入金については絶対に他人に知られないようにと念を押されていたし、収用証明書（乙１０）在中の封筒を受領した際にも、何の書類が入っているか全く説明もされずに「後ほど見といて下さい。」と言われただけで、漁業補償金等に確定申告が必要であるとの説明は一切なかった。また、和歌山県からも、協力金に確定申告が必要であるとの説明は一切なかった。
(イ) 収用等による補償金について５０００万円までは課税されないとの知識は、広く一般的なものであるというべきであり、原告が、書籍や同業者からの話でそのように考え、また、本件に関して特別控除を受けるために申告が必要であるとの説明を受けないままに誤信し続けたことにはやむを得ない事情があるというべきである。
(ウ) そして、原告が、取得した漁業補償金を入金していた本件預金口座を確定申告書に添付した貸借対照表等に記載していなかったのは、単に上記誤信のためにすぎない。実際、原告は、平成１４年に、収用等の特別控除の特例の適用を受けるには申告が必要であることを知った時点で、そのために必要な書類を添付して修正申告書を提出している。
イ 仮に、上記「やむを得ない事情」に該当しないとしても、所得税について規定した措置法第３３条の４第１項の趣旨を考慮し、確定申告書を提出しなかった本件についても、税法に精通していない原告の主観的事情に配慮して、例外的に収用等の特別控除の特例が適用されるべきである。
ウ 再度の不利益処分
また、原処分庁は、平成１６年９月３０日、当初不利益処分をし、平成１７年２月２３日、当初不利益処分を全部取り消したにもかかわらず、翌同月２４日、再度の不利益処分を行った。そもそも、改めて更正処分を行うのであれば、通則法２６条の規定に基づき再更正すべきであるから、再度の不利益処分は手続的に違法であるし、原告の信頼や法的安定性を著しく損なうことになるから違法である。
(4) 争点(3)イ（本件解決金及び本件協力金は原告に帰属するか）について（被告の主張）
ア 本件解決金及び本件協力金に関する事実関係について
(ア) 本件解決金について
原告は、原告と共同企業体との間で、平成１０年１１月１９日に締結した覚書（乙１３）に基づき、平成１１年３月１２日に本件預金口座で収受した本件解決金３５００万円を、平成１０年１２月期の雑収入に計上していなかった。
(イ) 本件協力金について
原告は、原告と和歌山県との間で、平成１１年９月１３日に締結した覚書（乙１４）に基づき、同月３０日に本件預金口座で収受した本件協力金１５２万７０００円を、平成１１年１２月期の雑収入に計上していなかった。
イ 本件解決金について
(ア) 共同企業体と交わした覚書の内容について
本件解決金の覚書（乙１３）は、その冒頭において、「Ａ組合組合長甲（以下「甲」という）とＣ共同企業体（以下「乙」という）とは、乙がＢ株式会社から請負ったＤ工事（以下「工事」という）の施行に関し、次のとおり覚書を交換する。」とした上で、甲乙両者が署名押印している。
(イ) 本件解決金の帰属について
ａ 一般に、当事者間で解決金の支払について書面が取り交わされ、それに基づいて解決金が支払われたような場合、所得（解決金）の帰属については、預金口座の入出金状況ではなく、契約書、覚書等の処分証書により判断すべきである。しかるに、本件解決金については、覚書（乙１３）が作成されており、その内容から、契約当事者が原告のみであることは明らかであるから、３５００万円全額が原告に帰属すると解するべきである。
ｂ 原告は、この３５００万円は漁業補償金１億４５００万円の一部であると主張するが、これは漁業補償金とは性質が異なっているから、原告の主張は理由がない。
(ウ) 本件解決金の収益計上時期について
ａ 法人税法では、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、資本等取引以外の取引に係る収益の額とするものとされ（法人税法２２条２項）、当該事業年度の収益の額は、一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って計算すべきものとされている（同条４項）。したがって、ある収益をどの事業年度に計上すべきかは、一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従うべきである。これによれば、収益は、その実現があった時、すなわち、その収益すべき権利が確定した年度の益金に計上すべきものである。
ｂ しかるに、本件解決金は、原告が、当該工事の施工について支障を及ぼさないよう対処することを約束して、その協力金として受領することになったものであり、原告が本件解決金に関して何らかの役務の提供を行うものではないから、本件解決金覚書を交わした平成１０年１１月１９日に原告が本件解決金を受け取る権利が確定したというべきである。よって平成１０年１２月期の益金に計上されるべきである。
(エ) 小括
したがって、本件解決金を平成１０年１２月期の雑収入と認定して行った平成１０年１２月期の更正処分は適法である。
ウ 本件協力金について
(ア) 和歌山県と交わした覚書の内容について
本件協力金の覚書（乙１４）によると、冒頭において、「Ｅ整備事業（以下「整備事業」という。）の一層円滑な遂行を図るためＡ組合（以下「甲」という。）と和歌山県（以下「乙」という。）とは、次のとおり覚書を取り交わす。」とした上で、両者は、署名押印している。
(イ) 本件協力金の帰属について
ａ 上記イ(イ)ａのとおり、覚書に基づいて支払われた協力金についても、その帰属は、預金口座の入出金状況ではなく、契約書、覚書等の処分証書の文言により判断すべきである。しかるに、本件協力金についてはの覚書（乙１４）の内容から、契約当事者が原告のみであることは明らかである。また、本件協力金は、和歌山県が実施する本件Ｅ整備事業を円滑に進める目的で、同事業に対する原告の同意を得るために原告に支払われたものであることは契約内容からも明らかであるから、契約当事者は原告のみであるというべきである。よって、本件協力金は１５２万７０００円全額が原告に帰属するものである。
ｂ 原告は、本県協力金は、原告ら４名に対する、本件Ｅ整備事業に伴う迷惑料であるなどと主張するが、本件協力金は、原告の同意を得るために原告に対して支払われたものである。本件協力金に関連して、被告は、和歌山県に対し質問調査を実施したが、そこで、和歌山県は、①本件協力金に係る覚書は原告と締結したものであること、②原告の理事から委任状を徴した理由は、甲が原告の交渉の代表者であることを明確にし、再度協力金を要求されるといったトラブルを避けるためであって、委任状を提出した者達に協力金を受領する権利があることを認める趣旨のものではないと述べている。
(ウ) 本件協力金の収益計上時期について
本件協力金は、原告と和歌山県が平成１１年９月１３日に本件協力金覚書を締結し、その覚書に基づき同年９月３０日に本件預金口座に振込入金され、原告において全額を収受していることから、平成１１年１２月期の雑収入として益金の額に算入されなければならないことはいうまでもない。
(エ)小括
したがって、本件協力金を平成１１年１２月期の雑収入と認定して行った平成１１年１２月期の更正処分は適法である。
（原告の主張）
ア 本件解決金について
(ア) 本件解決金の帰属について
ａ 本件解決金は、漁業補償金１億４５００万円の一部であるところ、本件預金口座に振り込まれた後、直ちに、原告ら６名で分配されていることからも明らかなとおり、原告に全額帰属するものではない。原告の収益として課税されるべき金額は、実質課税の原則に基づき、上記金額の６分の１である５８３万３３３４円とされるべきである。
ｂ 本件解決金の覚書（乙１３）には、当事者として共同企業体及び原告のみ記載されているが、そもそも、覚書は協定書（乙９）の細部を定めるための書面にすぎず、解決金の受領者を明示するものではないと解するべきである。受領者が誰であるかの判断に当たっては、覚書の記載のみによるのではなく、解決金受領に至る経緯や受領後の分配の事実（本件預金口座からの出金状況）等を総合考慮すべきである。
(イ) 本件解決金の収益計上時期について
ａ 被告は、本件解決金を平成１０年度の益金に本件解決金を計上すべきであると主張する。しかし、覚書（乙１３）第３条記載のとおり、原告は、覚書作成後も、工事が完了するまでは、工事の施工に伴う漁業補償等の問題について、第三者等から異議苦情を提起させないとか、第三者等から異議苦情の申立があった場合には、一切甲の責任において解決して、工事施工に支障を及ぼさないよう対処する義務を負っているのだから、本件解決金の収益計上時期は、共同企業体の工期完了時と解するべきである。
ｂ したがって、本件解決金は共同企業体の工期完了時である平成１１年度の益金に計上すべきである。もっとも、本件解決金は平成１１年度の益金にも計上していないが、これは、原告が、５０００万円までは計上が不要であると誤信していたことによるものである。
イ 本件協力金について
(ア) 本件協力金の帰属について
ａ 本件協力金１５２万７０００円は、本件Ｅ整備事業に伴う原告ら４名に対する迷惑料として、原告に一括して支払われた後、直ちに、原告ら４名で分配されていることからも明らかなとおり、原告に全額帰属するものではない。原告の収益として課税されるべき金額は、実質課税の原則に基づき、上記金額の４分の１である３８万１７５０円とされるべきである。
ｂ なお、本件協力金の覚書（乙１４）には、当事者として、和歌山県公営企業管理者及び原告のみ記載されているが、原告は、和歌山県の要請により、他の３名から委任状と印鑑登録証明書を受領して、覚書（乙１４）作成の際に、和歌山県に提出したものであって、他の３名の代理人としての立場も有していたものである。
ｃ また、報告書（乙２８）３項に「全体的に小型底引網漁業の漁獲量は増加しておらず、（中略）工事に伴い稚魚の育成に影響を及ぼすことが想定されたから、（中略）資源増加対策の支援金を漁協等に対して支給することとなった。」と記載されているとおり、この協力金は、小型底引網漁業の関係者に対して支払われたものであるが、原告、戊、Ｍ（以下「Ｍ」という。）、Ｎ（以下「Ｎ」という。）の４名のうち、小型底引網漁業の許可を得ていた者は、戊、Ｍ、Ｎの３名のみであり、原告は、小型船引網漁業の許可は得ていたが、小型底引網漁業の許可は得ていなかった。本来、原告のみでは、協力金を支払われるべきいわれはないところ、本件で、原告に対しても協力金を支払われることとなった理由は、原告が、小型船引網漁業の許可を得ていた戊、Ｍ、Ｎの３名のとりまとめに尽力したからである。
(イ) 本件協力金の収益計上時期について
本件協力金の収益計上時期は、整備事業完了時と解するべきであるところ、平成１１年９月末頃事業が完了したとして、同月３０日に本件預金口座に振り込まれたものであるから、本件協力金は、平成１１年度の益金に計上されるべきものであるが、原告は、５０００万円までは計上する必要がないと誤信していたため、計上しなかったものである。
(5) 争点(3)ウ（第１次及び第２次重加算税賦課決定処分の要件充足性）について（被告の主張）
ア 重加算税について
(ア) 通則法６５条１項、６８条１項によれば、重加算税を賦課し得るための要件は、①過少申告加算税を賦課できる要件を満たしていること、②納税者が課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠ぺいし、又は仮装したこと、③その隠ぺいし、又は仮装したところに基づき納税申告書を提出したことである。また、同法７０条５項によれば、不正行為により税額を免れた国税についての更正又は決定は、その更正又は決定に係る国税の法定申告期限から７年を経過する日まですることができるとされている。
(イ) ところで、事実の「隠ぺい」とは、売上除外、証拠書類の破棄等、課税要件に該当する事実の全部又は一部を隠すことをいうが、「隠ぺい」の判断においては、主観的、内面的要素を重視する必要はなく、客観的にみて、隠ぺい、仮装がされ、それに基づき過少申告という納税義務違反の状態が生じていれば足りると解される。なぜなら、重加算税を課す趣旨は、納税義務違反をしたことに対する制裁ではなく、隠ぺい又は仮装行為とそれに基づく過少申告の結果、税務行政を混乱させ余分な徴税コストを負担させたことによる国家的損失を補てんさせるためであるからであり、決して責任主義の考え方を基盤とするものではないからである。
(ウ) ちなみに、「隠ぺい・仮装」の具体的な判断基準としては、平成１２年７月３日付け国税庁長官が発遣した「法人税の重加算税の取扱いについて（事務運営指針）」（乙２０）により取扱基準が整備され、公表されている。そして、同指針第１（賦課基準）では、隠ぺい・仮装に該当する場合として、「帳簿書類の作成又は帳簿書類への記録をせず、売上げその他の収入（営業外の収入を含む。）の脱ろう又は棚卸資産の除外をしていること」、また、「簿外資産（確定した決算の基礎となった帳簿の資産勘定に計上されていない資産をいう。）に係る利息収入、賃貸料収入等の果実を計上していないこと」等が挙げられている。
イ 第１次及び第２次重加算税賦課決定処分の賦課要件充足性
(ア) 原告は、本件各金員を原告名義の簿外預金である本件預金口座で収受する方法により、原告の法人税の申告に当たり益金に算入することなく、また、本件預金口座についても、これを決算報告書及び預貯金等の内訳書（乙１）から除外する等して、内容虚偽の決算報告書に基づき法人税の申告を行っている。このような原告の行為が通則法６８条１項に定める課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実を隠ぺいし、その隠ぺいしたところに基づき納税申告書を提出したことに該当することは明らかである。
(イ) また、原告は、不正行為により税額を免れたということができるから、その更正又は決定は、これに係る国税の法定申告期限から７年を経過する日まですることができる。
(ウ) 上記のとおり、本件各更正処分は、いずれも上記７年の期間内になされており、また、第１次及び第２次重加算税賦課決定処分はいずれも法定の要件を満たしており、適法である。なお、各処分の具体的課税額の算定については争いがない。
（原告の主張）
ア 原告は、本件各金員について、Ｂ等の支払者から申告が必要である旨の説明を受けず、書籍や同業者から得た従前からの知識により、５０００万円までは申告をしなくてもよいという認識を持っていた。
イ その後、原告は、丙税理士に相談したことで初めて申告が必要であると知ったため、速やかに、平成１６年６月３０日に平成１４年１２月期の法人税の修正申告をしたほか、税務調査にあたり、本件預金口座に係る預金通帳を提出する等の協力をした。
ウ 以上のとおり、原告は、税法の正確な知識がなく、誤解していたにとどまり、法人税の確定申告にあたり、殊更に隠ぺい又は仮装をした事実はなく、偽りその他不正の行為もない。
エ したがって、第１次及び第２次重加算税賦課決定処分は、法定の要件を欠き違法である。また、平成１０年１２月期及び平成１１年１２月期の各処分は、更正をなし得る期間である３年を経過しているから、違法である。
第３ 当裁判所の判断
１ 前記前提事実並びに後掲各証拠及び弁論の全趣旨によれば、本件各金員の支払い等について、以下の事実が認められる。
(1) 平成１１年１２月期のＢからの漁業補償金について（甲４２・３丁、４３、乙９、１０、１７）
ア Ｂは、工事期間を平成９年４月１日から平成１１年３月３１日までとし、工事区間を徳島県地先から和歌山県日高郡地先までとする本件Ｄ工事を計画し、共同企業体に発注した。
イ Ｂは、本件Ｄ工事に関連して、原告側との間で、平成１０年４月３日付け協定書及び同日付け覚書（乙９）を取り交わした。
(ア) 上記覚書の内容の一部は、以下のとおりである。
（頭書）Ａ組合組合長甲及び（覚書）別紙組合員名簿記載の組合員６名（以下「甲」という。）とＢ株式会社（以下「乙」という。）とは、乙が施行するＤ工事（以下「新設工事」という。）ならびに完成後の設備（以下「本件設備」という。）の存置及び保守運営に関し、平成１０年４月３日付締結の協定書にもとづき、次のとおり覚書を交換する。第４条１項乙の新設工事ならびに本件設備の存置および保守運営により生じる甲の漁業損失に対する補償金は金９０００万円也とし、乙は本覚書交換後全額をすみやかに甲の指定する口座に振り込むことにより支払うものとする。
同２項前項の金額には、本覚書で規定された甲の漁業制限および影響に対する一切の損失補償金を含んだものとする。
同３項甲は、本条１項の補償金をもって、乙の新設工事ならびに本件設備の存置および保守運営に伴う漁業補償問題は全て解決したことを確認し、乙に対して今後一切異議求償を申し立てないものとする。
第５条前条に定める金額の配分は、全て甲の責任と負担において対処するものとし、乙に対し一切の迷惑をかけないものとする。
(イ) なお、Ｂ及び原告、甲ら６名との間では、上記覚書とは別に、漁業補償金を２０００万円とする覚書も作成され、Ｂから甲ら６名に対しては、合計１億１０００万円の金員が支払われた（争いがない。）。
ウ Ｂは、平成１０年４月２０日、本件預金口座に９０００万円を、平成１１年３月３１日、本件預金口座に２０００万円を、それぞれ振り込んだ。
エ 上記９０００万円が振り込まれた２日後である平成１０年４月２２日、本件預金口座から４５００万円がＯに振替送金された。
オ また、上記金員の振込後、Ｂによる漁業権の取得日を平成１１年３月３１日、取得価格を１３１５万７２００円とする、平成１１年４月１日付けの収用証明書（乙１０）が作成された。
(2) 本件解決金について（甲４２・３丁、４４、乙１３、１９）
ア 共同企業体は、Ｂから、本件Ｄ工事を受注したが、同工事を円滑かつ期限内に確実に進めることができるようにするために、解決金として原告に対して３５００万円を支払うことにした。
イ 共同企業体は、本件工事に関連して、原告との間で、平成１０年１１月１９日付けの覚書（乙１３）を取り交わした。
上記覚書の一部は、以下のとおりである。
（頭書）Ａ組合組合長甲（以下「甲」という。）と共同企業体（以下「乙」という。）とは、乙がＢ株式会社から請け負ったＤ工事の施工に関し、次のとおり覚書を交換する。第２条甲が、工事協力をすることに対して解決金として乙は、甲に対して総額金３５００万円也を平成１１年３月末までに甲の指定する口座に振り込むものとする。
第３条甲は、この覚書交換後、工事の施工に伴う漁業補償等の問題について、第三者等から異議、苦情を提起させないこととし、万一、第三者等から異議、苦情の申し立てがあった場合には、一切甲の責任においてこれを全て処理・解決し、乙にいささかの迷惑を掛けないものとし、工事施工に支障を及ぼさないよう対処するものとする。
第４条甲、乙は、この覚書の内容を一切第三者等へ口外しないものとする。
ウ 共同企業体は、平成１１年３月１２日、本件預金口座に３５００万円を振り込んだ。
エ 上記３５００万円が振り込まれた１９日後の同月３１日、本件預金口座から２７５０万円がＯへ振替送金された（なお、２７５０万円は、上記ウの３５００万円及び上記(1)ウの２０００万円を合計した金額の半額となる。）。
オ なお、共同企業体が支払った３５００万円については、証明書等は発行されていない（弁論の全趣旨）。
(3) 本件協力金について（甲４２・４丁、４５、４６の２～９、乙１４、２８）
ア 和歌山県は、本件Ｅ整備事業を実施するに当たり影響を受ける可能性のある漁業者に対し、漁業振興支援の趣旨で協力金を支払うことにした。
イ 委任状について
(ア) 本件協力金に関する交渉に先立ち、戊、Ｎ、Ｍは、平成１１年９月６日付けで、原告理事である甲に、協力金の覚書の締結、請求及び受領に関する件について代理権を与える旨の委任状（甲４６の２～７）を作成した。また、同日、原告は、本件Ｅ整備事業に伴う一切の工事施工に同意する旨記載した同意書（甲４６の８、９）を作成した。
(イ) この委任状についての県の認識は、「原告との交渉の代表者は甲で間違いないということを明確にしておくために委任状を出させたものと思われる。後に、原告の代表交渉人として違う者が現れて、知らなかったなどといわれて再度協力金等を要求されるといったようなトラブルを避けるためだと思われる。」というものであった。
ウ 和歌山県は、本件Ｅ整備事業に関連して、原告との間で、平成１１年９月１３日付け覚書（乙１４）を取り交わした。
上記覚書の一部は、以下のとおりである。
（頭書）本件Ｅ整備事業の一層円滑な遂行を図るためＡ組合（以下「甲」という。）と和歌山県（以下「乙」という。）とは次のとおり覚書を取り交わす。
第１条１項乙は、整備事業の実施に伴い、甲が実施する漁業振興事業を支援するための協力金として、金１５２万７０００円を甲に支払うものとする。
２項甲は、乙の実施する整備事業に協力するものとする。
第２条乙は、前条の協力金について、甲からの請求を受理した日から３０日以内に甲に支払うものとする。
第３条甲は、この覚書交換後、乙等整備事業実施者に対し、整備事業に関する一切の異議申立及び協力金の要求はしないこととする。
第４条この覚書の内容又はこの覚書の履行に関し、甲の組合員から異議の申出があったときは甲の責任において解決するものとする。
エ 和歌山県は、平成１１年９月３０日、本件預金口座に、１５２万７０００円を振り込んだ。
オ 上記振込がなされた翌日である同年１０月１日、本件預金口座から７６万３５００円がＯへ振替送金された。
(4) 平成１４年１２月期のＢからの漁業補償金について（甲４２・４丁、５２・１３丁、乙１１、１６）
ア Ｂは、Ｆのための環境影響調査等に関し、原告、甲、Ｌ３名との間で、平成１４年３月２９日、漁業補償契約書（乙１１）を取り交わした。
上記漁業補償契約書の一部は、以下のとおりである。
（頭書）Ａ組合、甲、Ｌ（以下、「甲」という。）とＢ株式会社（以下、「乙」という。）とは、乙のＦのための環境影響調査ならびに乙の実施するＦの建設及び操業（以下、「事業」という。）に伴う漁業補償に関し、次のとおり契約する。
第２条甲は、乙の事業に伴う海上工事、工事用船舶およびＬＮＧレンタカー等の航行、ならびに取放水等により生じる一切の漁業影響を容認するものとし、これに支障となる行為をしないものとする。
第３条乙は、前条に伴い甲が受け取るすべての漁業上の損失に対し、総額金９１００万円也を甲に支払うものとする。
第４条乙は、この契約締結後、乙の事務手続完了次第、前条の補償金、全額を一括して、甲が指定する金融機関の口座に振り込むものとする。
イ Ｂは、平成１４年４月１２日、本件預金口座に９１００万円を振り込んだ。
ウ Ｂは、Ｂが施行するＦ新設工事の用に供するため、原告の漁業権を平成１４年４月１２日に取得価格１８２２万１８００円で取得した旨記載した平成１５年２月付け収用証明書（乙１６）を作成した。
(5) 平成１４年１２月期の和歌山県からの漁業補償金について（甲４２・４丁、５２・１５丁、乙１２、１８）
ア 和歌山県は、同県が施行する本件Ｇ工事に伴い生じる漁業上の損失について、原告との間で、平成１４年８月１６日付けで６６０万円の漁業補償契約書（乙１２）を取り交わした。
上記漁業補償契約書の一部は、以下のとおりである。
（頭書）和歌仙県が施工するＧ工事及びＨ工事に伴って生じる漁業上の損失について、甲他２名代理人Ａ組合（以下「甲」という。）と和歌山県（以下「乙」という。）とは、下記条項により補償契約を締結する。
第１条１項甲は、別添図面のＩの区域において、工事に伴い、漁業権等（共同漁業権、許可漁業、自由漁業その他一切の漁業を含む。以下同じ。）の消滅することに同意し、また別添図面のⅡの区域において、乙が工事を施行することに同意する。
２項乙は、工事に伴う漁業権等に対する一切の損失補償金として頭書の金額（６６０万円）を甲に支払うものとする。
第２条１項乙は、甲から頭書の金額の支払の請求があったときは、適法な支払請求書を受理した日から３０日以内に、請求に係る金額を甲に支払うものとする。
イ 和歌山県は、平成１４年９月２７日、本件預金口座に、合計６６０万円を振り込んだ。
ウ 上記振込がなされた４日後の同年１０月１日、本件預金口座から、５５０万円が払い戻された。
エ なお、上記漁業補償金の交渉に先立ち、原告、甲及びＬは、補償契約の締結、補償金の請求及び受領に関する件、補償金の配分に関する件、その他補償に関する一切の件について、原告に権限を委任する旨の委任状（乙１２・３丁）を作成した。
オ 和歌山県は、和歌山県が施行する本件Ｇ工事の用に供するため、原告の漁業権を平成１４年８月１６日に取得価額２２０万円で取得した旨記載した平成１６年６月１４日付収用証明書（乙１８）を作成した。
２ 前記前提事実並びに後掲各証拠及び弁論の全趣旨によれば、原告の確定申告、修正申告等の状況について、以下の事実が認められる。
(1) 原告は、原処分庁に対し、別表１ないし５の「確定申告（等）」欄記載のとおり、平成１０年１２月期、平成１１年１２月期及び平成１３年ないし平成１５年の各１２月期の法人税の確定申告を行った。
(2) 上記申告状況について、以下の事実が認められる（甲４２、乙９～１４、弁論の全趣旨）。
ア 平成１１年１２月期のＢからの漁業補償金について
原告は、原告ら６名とＢとが平成１０年４月３日に取り交わした協定書等に基づき、平成１０年４月２０日及び平成１１年３月３１日に本件預金口座で収受した漁業補償金合計１億１０００万円について、原告に係る漁業補償金１８５０万円のうち、措置法６５条の２に規定する対価補償金１３１５万７２００円について、これを平成１１年１２月期の雑収入に計上していなかった。
イ 本件解決金について
原告は、原告と共同企業体とが平成１０年１１月１９日に取り交わした覚書に基づき、平成１１年３月１２日に本件預金口座で収受した本件解決金３５００万円について、これを平成１０年１２月期の雑収入に計上していなかった。
ウ 本件協力金について
原告は、原告と和歌山県とが平成１１年９月１３日に取り交わした覚書に基づき、同月３０日に本件預金口座で収受した協力金１５２万７０００円について、これを平成１１年１２月期の雑収入に計上していなかった。
エ 平成１４年１２月期のＢからの漁業補償金について
原告は、原告ら３名とＢとが平成１４年３月２９日に取り交わした漁業補償契約書に基づき、同年４月１２日に本件預金口座で収受した漁業補償金９１００万円のうち、原告に係る漁業補償金３１００万円（対価補償金及び収益補償金を含む。）について、これを平成１４年１２月期の雑収入に計上していなかった。
オ 平成１４年１２月期の和歌山県からの漁業補償金について
原告は、甲他２名の代理人である原告と和歌山県とが平成１４年８月１６日に取り交わした漁業補償契約書に基づき、同年９月２７日に本件預金口座で収受した漁業補償金６６０万円について、原告に係る漁業補償金２２０万円のうち、措置法６５条の２に規定する対価補償金３９万６４４０円を、平成１４年１２月期の雑収入に計上していなかった。
(3) 原告による修正申告等（甲４７、５２、乙２６、２７）
ア 原告は、本件調査中である平成１６年６月３０日、原処分庁に対し、平成１４年１２月期の法人税について、別表２の「修正申告」欄記載のとおり修正申告を行った。
イ また、原告は、同日付けで、原処分庁に対し、平成１３年１２月期の法人税について、更正の請求書の用紙の「更正の請求書」部分を「減額更正の請求書」と、「国税通則法第２３条」部分を「国税通則法第７０条２－１」と加筆訂正した書面を、平成１５年１２月期の法人税について、更正の請求書と題する書面をそれぞれ提出した。
３ 前記前提事実並びに後掲各証拠及び弁論の全趣旨によれば、税務調査の状況について、以下の事実が認められる。
(1) 平成１６年３月２６日の訪問調査（乙２１、２２）
ア 原処分庁は、平成１６年３月２６日以降、原告の法人税に関し本件調査を開始することとし、丁調査官及び同じく調査官であるＫ（以下「Ｋ調査官」という。）がこれを担当することとなった。
イ そして、丁調査官は、同日、原告の本店所在地に赴き、甲に対し、平成１５年１２月期までの法人税等の申告が適正に行われているか否かを確認する必要があると告げ、原告の会計、経理等に関する帳簿書類やＢからの漁業補償金に関する書類等の提示を求めるとともに、これらに関する説明を求めたが、甲は、しらす加工業を廃業したから、すでに帳簿書類等は破棄しており、決算資料も全く残ってないなどと述べ、帳簿書類等を提示しなかった。
ウ 原告は、この時、自主的に、原告専用口座の通帳を提示し、本件預金口座の通帳が存在することを説明したと主張し、乙は、これに沿う証言をする（証人乙・１０頁）。しかしながら、後記(3)(4)のとおり、原告専用口座の通帳が提示されたのは、同年３月２６日であり、本件預金口座の存在が判明したのは、丁調査官の調査の結果によるものである。なお、この点を含め、乙の証言に信用性がないことは、後記５(5)エ(ウ)のとおりである。
(2) Ｉ銀行箕島支店に対する調査（乙２１）
このころ、丁調査官は、Ｂから提出を受けた調書により把握していた漁業補償金４３０万円の入金状況（平成１４年４月１２日のもの）を確認するため、原告の確定申告書の添付書面に記載されていたＩ銀行（現在のＩ銀行）箕島支店に対する調査を行ったが、同支店の預金口座（原告専用口座）には漁業補償金等の入金の記載がなかった。
(3) 平成１６年３月２９日の乙の来署（乙２２、証人Ｋ・３～４頁）
同日、乙は、平成１２年分の日記帳１冊及び原告専用口座の預金通帳を持参して原処分庁を訪れた。その際、丁調査官は、乙に対し、上記日記帳や預金通帳以外の平成１２年１２月期の帳簿書類及び同期以外の期の帳簿書類の提示も求めたが、乙は、これらの書類を提示しなかった。
(4) 本件預金口座の判明（乙２１、２２、証人Ｋ・５頁）
丁調査官らは、上記４３０万円について、支払元であるＢに対する調査を行った結果、上記４３０万円が株式会社Ｊ銀行和歌山支店の本件預金口座に入金されている事実を初めて把握した。さらに、本件預金口座には、丁調査官らが把握していた金額以外の多額の入金も確認され、Ｂ以外からの入金も確認されたため、丁調査官等は、Ｋ調査官の協力も得た上で、その後の調査を進めることにした。
(5) 甲らからの書類の提示（乙２２）
丁調査官は、平成１６年４月７日、原告の本店所在地に赴き、甲及び乙と面接した。その際、同調査官は、甲から、すでに同調査官がＢ等に対する調査の結果把握していた漁業補償金に関する書類（契約書、支払調書、収用証明書等）を、初めて提示された。もっとも、その際も、帳簿書類等の提示はなかった。
(6) 丙税理士の受任（乙３、証人丙・２～６頁）
原告は、同月９日、丙税理士に税務代理業務を委任し、丙税理士は、これを受任し、同月１２日、原処分庁に税務代理権限証書を提出した。
(7) 調査官らと丙税理士との面談（甲４８、５３、５７、乙２１、２２、証人Ｋ・６～８頁、証人丙・４～５頁、１３頁）
同月１５日ころ、Ｑ統括国税調査官、丁調査官及びＫ調査官が、丙税理士と面談し、平成１３年１２月期から平成１５年１２月期までの原告の帳簿書類等の提示を求めたところ、丙税理士は、整理のために少し時間が欲しいと述べ、その後、平成１６年５月から６月にかけて、数回にわたり本件に関する帳簿の提示に関して話し合いを重ねるなどした。なお、このころ丙税理士は、乙作成に係る本件ノートを元に、本件総勘定元帳を作成した。
(8) ３５００万円の入金の判明（乙１９、証人Ｋ・８頁）
その一方で、同年５月ころ、Ｋ調査官らによる金融機関に対する調査の結果、平成１１年に共同企業体の幹事社であるＰ株式会社から本件預金口座へ３５００万円が振り込まれている事実が判明した。
(9) 平成１３年１２月期から平成１５年１２月期までの書類等の提示（甲４８、５０、５１、５３、５５～５７、５９、乙４、６～８、２１～２３、証人Ｋ・９～１４頁、２１頁、２６頁、証人丙・６～７頁）
ア 平成１６年６月１６日、甲、乙、丙税理士が原処分庁を訪れ、平成１３年ないし平成１５年事業年度の本件総勘定元帳、本件ノート、本件領収書等、本件仕訳帳を提出した。
イ その際、Ｋ調査官は、上記(8)のとおり、３５００万円の入金が判明したこともあったので、丙税理士に対し、上記入金の調査に必要であるとして、原告の７期分（平成９年から平成１５年度分）の帳簿書類を提出するよう要請した。
ウ 原処分庁において、上記アの書類等を検討したところ、本件勘定元帳の金額と確定申告書の決算報告書の金額が相違していたほか、本件総勘定元帳の勘定科目の金額と更正請求書に添付された決算報告書の貸借対照表の勘定科目の金額も一致しないことが判明した。さらに、本件総勘定元帳の基になった乙作成の本件ノートには、原告の収支の他にも甲の家族らにかかる収支が渾然一体として記載されていた。
(10) 書面による書類提出の要求等（乙５、２１、２２、２５、証人Ｋ・１０～１９頁、２１～２２頁、２５～２８頁、証人丙２０～２２頁）
ア Ｋ調査官は、上記(9)ウのとおり、原告から提示を受けた本件ノート等の内容が不明瞭であり、事実関係を正確に確認できなかったことから、平成１６年６月１７日、来署した甲に対し、改めて７期分の書類の提出を求めた。
イ その際、Ｋ調査官は、甲から書面により提出要請をするよう求められたため、本件連絡せん（乙５）を作成し、同日、改めて甲の自宅に赴き、自宅玄関土間において、甲に対し本件連絡せんを交付した。同書面には、平成９年１２月期から平成１５年１２月期まで合計７期分の、青色申告法人として備付けている全帳簿類及びその基礎となる資料を、平成１６年６月１８日までに提出するよう記載されていた。
ウ これに対し、原告は、平成１６年６月１８日付けで、原処分庁宛に「申立書」と題する書面（乙２５）を送付した。同書面には、７年分を６月１８日（連絡せん交付日の翌日）までに提出を求めることは常識を欠いている旨、平成１３年ないし１５年の３年分については平成１６年６月１６日に提出し、預り書をもらっており、それ以前の分については、提出の必要はないと考えるなどと記載されていた。
エ また、Ｋ調査官は、同月下旬ころ、丙税理士からも、重加算税の対象ではないので３期分以上の帳簿等の提示は必要ない旨告げられ、結局、原告から、すでに提示された帳簿書類等のほかには、何らの帳簿書類も提示されなかった。なお、丙税理士において、平成１０年１２月期及び平成１１年１２月期の帳簿の存否について、甲や乙に確認したことはない。
４ 前記前提事実並びに後掲各証拠及び弁論の全趣旨によれば、本件各処分の経過等について、以下の事実が認められる。
(1) 本件第１次重加算税賦課決定処分（甲４、７、１０、２３）
ア 原処分庁は、原告が平成１６年６月３０日にした平成１４年１２月期の法人税修正申告（上記２(3)ア）に対し、平成１６年９月２２日付けで重加算税賦課決定処分をした。
イ 原告は、同月２８日付けで、原処分庁に対し、第１次重加算税賦課決定処分に対する異議申立てをした。
ウ 原処分庁は、原告の上記異議申立を棄却する旨の決定をし、原告は、同年１２月２８日、その決定書謄本の送達を受けた。
エ 原告は、平成１７年１月２１日、国税不服審判所長に対し、原処分庁のした上記異議申立棄却決定の取消しを求める審査請求をした。
オ 国税不服審判所長は、平成１８年１２月２０日、上記審査請求を棄却する旨の裁決をした。
(2) 本件各通知処分（甲２、３、５、６、８、９、２３）
ア 原処分庁は、原告が平成１６年６月３０日にした平成１３年１２月期及び平成１５年１２月期の法人税の職権更正を求める請求（上記２(3)イ）に対し、平成１６年９月２２日付けで更正をすべき理由がない旨の通知処分をした。
イ 原告は、同月２８日付けで、原処分庁に対し、本件各通知処分に対する異議申立てをした。
ウ 原処分庁は、原告の上記異議申立を棄却する旨の決定をし、原告は、同年１２月２８日、その決定書謄本の送達を受けた。
エ 原告は、平成１７年１月２１日、国税不服審判所長に対し、原処分庁のした上記異議申立棄却決定の取消しを求める審査請求をした。
オ 国税不服審判所長は、平成１８年１２月２０日、上記審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をした。
(3) 平成１６年９月３０日付け更正処分等（甲２４～２７、３０～３８、４１）
ア 原処分庁は、平成１６年９月３０日付けで、平成９年１２月期以後の、青色申告承認取消処分をするとともに、平成１０年１２月期、平成１１年１２月期及び平成１４年１２月期の法人税額等の各更正処分及び重加算税賦課決定処分をした。
イ 原告は、平成１６年１１月２２日付けで、原処分庁に対し、上記青色申告承認取消処分並びに各更正処分及び重加算税賦課決定処分に対する異議申立てをした。
ウ 原処分庁は、平成１７年２月２３日付けで、上記青色申告取消処分を取り消すとともに、上記各期の法人税額等について各更正処分及び重加算税の賦課決定処分をした。
エ 原処分庁は、上記イの異議申立に対し、平成１７年２月２４日付けで、本件取消処分、本件各賦課決定処分等がいずれもすでに取り消されて存在しないとして、これを却下する旨の決定をした。
(4) 本件青色申告取消処分（甲１１、１５、２０２３）
ア 原処分庁は、平成１７年２月２４日付けで、平成１０年１２月期以降の青色申告承認取消処分をした。その理由は、調査官が、平成１６年３月２６日から同年６月２８日までの間、８回にわたり帳簿書類の提示を求めたが、原告から平成１０年ないし平成１２年事業年度の帳簿書類が提示されなかったというものであった。
イ 原告は、平成１７年４月２０日付けで、原処分庁に対し、本件青色申告取消処分に対する異議申立をした。
ウ 原処分庁は、同年７月１日付けで、上記異議申立てをいずれも棄却する旨の決定をした。
エ 原告は、同月２９日付けで、国税不服審判所長に対し、原処分庁のした上記異議決定の取消しを求めて審査請求をした。
オ 国税不服審判所長は、平成１８年１２月２０日、上記審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をした。
(5) 本件各更正処分、第２次重加算税賦課決定処分（甲１２～１４、１６、１７、２１～２３）
ア 原処分庁は、平成１７年２月２４日付けで、平成１０年１２月期、平成１１年１２月期及び平成１４年１２月期の法人税額等の更正処分及び加算税の賦課決定処分をした。
イ 原告は、平成１７年４月２０日付けで、原処分庁に対し、本件各更正処分及び第２次重加算税賦課決定処分に対する異議申立をした。
ウ 原処分庁は、同年７月１日付けで、上記異議申立をいずれも棄却する旨の決定をした。
エ 原告は、同月２９日付けで、国税不服審判所長に対し、原処分庁のした上記異議決定の取消しを求めて審査請求をした。
オ 国税不服審判所長は、平成１８年１２月２０日、上記審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をした。
(6) 本訴提起
原告は、上記(1)アの本件第１次重加算税賦課決定処分、同(2)アの本件各通知処分、同(4)アの本件青色申告取消処分並びに同(5)アの本件各更正処分及び第２次重加算税賦課決定処分に対し、平成１９年６月６日、これらの取消を求めて本件訴えを提起した（顕著な事実）。
５ 本件各争点に対する当裁判所の判断
(1) 争点(1)（本件各通知処分の適法性）について
ア 平成１３年１２月期の通知処分の適法性について
(ア) 通則法２３条１項は、納税申告書を提出した者は、申告額の一部が過大であったことなどが判明した場合には、当該申告書に係る国税の法定申告期限から１年以内に限り、税務署長に対し、その申告に係る課税標準等又は税額等につき更正をすべき旨の請求をすることができる旨定めている。
(イ) そこで、これを本件についてみるに、原告は、上記２(3)イのとおり、平成１６年６月３０日に、原処分庁に対し、平成１３年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度に係る更正の請求をしているところ、上記事業年度に係る更正の請求は、法定申告期限である平成１４年２月末日（法人税法７４条１項）から１年以内である平成１５年２月末日までに行う必要がある。しかるに、原告の上記更正の請求が、上記期間を徒過してからされたことは明らかである。
(ウ) したがって、原処分庁が、理由を「更正の請求は法定申告期限から１年以内に行う必要がありますが、その期限を徒過しているため。」として、原告の更正の請求に対してその更正をすべき理由がないと判断したことは相当であり、本件通知処分は適法である。
イ 平成１５年１２月期の通知処分の適法性について
(ア) 上記３(9)のとおり、平成１６年９月の時点において、原処分庁が把握していた平成１５年１２月期についての書類は、原告が平成１６年６月１６日に提出した平成１５年事業年度の本件総勘定元帳、本件ノートの類に限られていた。しかも、乙作成に係る本件ノートには、原告の収支の他にも甲の家族らにかかる収支が渾然一体として記載されており、その記載内容から原告の個々の取引内容や収支を特定することは困難な状況であるばかりでなく、売上原価及び販売費、一般管理費等に係る証ひょう類も欠落していた（乙８）。また、本件ノートを基に丙税理士が作成した本件総勘定元帳も、本件ノートが上記のような状況であることから、これによって原告の具体的な取引内容や収支を正確に把握することは困難であると考えられる。さらに、本件総勘定元帳の勘定科目の金額と更正請求書に添付された決算報告書の貸借対照表の勘定科目の金額も一致しないこと等から、本件総勘定元帳の正確性にも疑問がある。そのために、Ｋ調査官は、上記３(10)のとおり、すでに提示された帳簿書類以外の帳簿及びその資料となる証ひょう類等の提示を求めたが、結局、原告からこれが提示されることはなかった。したがって、原処分庁が原告から提出を受けた書類によって更正に関する正確な事実確認が困難であったといわざるをえない。
(イ) そうすると、原処分庁が、帳簿書類の提示がないことから請求内容の事実確認ができないとし、更正をすべき理由がないとした判断は相当であり、本件通知処分は適法であるというべきである。
ウ 原告の主張について
(ア) 原告は、原処分庁が職権更正をするに際し、事実確認を行うことは極めて容易であったのであるから、職権更正をすべきであったと主張するが、上記イのとおり、原告提出にかかる書類等によっては、正確に事実を確認することが到底困難であったというべきであるから、原告の上記主張は前提を欠いており採用できない。
(イ) また、原告は、税務署長は５年間は減額更正処分ができるから、確定申告に間違いがあれば、租税法律主義の原則に基づく合法性の原則により、減額更正処分をする義務があり、この点について原処分庁に裁量はないと主張する。しかし、上記主張は、通則法２３条１項が、更正請求の期間を制限した趣旨を無視した独自の見解であり採用できない。
(2) 争点(2)（本件青色申告取消処分の適法性）について
ア 法人税法１２６条１項は、青色申告の承認を受けた法人に対し、財務省令で定めるところにより、帳簿書類を備え付けてこれにその取引を記録し、かつ、当該帳簿書類を保存しなければならないとし、同条２項は、所轄税務署長は、帳簿書類について必要な指示をすることができるとする。そして、財務省令である法人税法施行規則によれば、青色申告法人は、その資産、負債及び資本に影響を及ぼす一切の取引につき、複式簿記の原則に従い、整然と、かつ、明りょうに記録し、その記録に基づいて決算を行わなければならないとされ（規則５３条）、また、すべての取引に関する仕訳帳、総勘定元帳その他必要な帳簿を備えて取引に関する事項を記載しなければならないとされている（同５４条）。したがって、まず、青色申告法人は、整然かつ明瞭な帳簿書類を備え付けて、これにそのすべての取引を記録すべきことが求められているというべきである。さらに、その上で、青色申告法人は、税務職員が必要と判断したときに、その帳簿書類を検査してその内容の真実性を確認することができるような態勢の下に、帳簿書類を保存しなければならず、法人が、税務職員の同法１５３条の規定に基づく検査に対し、適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて当該帳簿書類を保存していなかった場合には、同法１２６条１項の規定に違反し、同法１２７条１項１号に該当するものというべきである（最高裁判所平成１７年３月１０日判決・民集５９巻２号３７９頁参照）。
イ しかるに、上記３(3)(9)(10)のとおり、原告は、本件調査を通じて、過去７年以内である平成１０年１２月期及び平成１１年１２月期の書類を一切提出せず、平成１２年１２月期の書類についても、日記帳一冊のみを提出したにすぎない。なお、乙は、平成１８年ころに引っ越しした際、平成１０年１２月期及び平成１１年１２月期の書類を紛失した可能性があるという趣旨の証言をするが（証人乙・１４、２３、２４丁）、平成１６年から税務代理をする丙税理士もこれらの書類の存在を確認していないし、当時丙税理士からこれら書類の重要性を知らされていたのに（証人丙・２０、２１丁）、原告が引越しの際に紛失するとも考えにくいから、そもそも原告がこれらの書類を保存していなかったのではないかとの疑問も残る。
また、原告が、同年６月１６日に提出した、平成１３年１２月期ないし平成１５年１２月期の書類についても、上記(1)イ(ア)のとおり、本件ノートは、原告以外の者の支出等が渾然一体と記載されているもので、原告の取引や収支を正確に把握できるものではないから、到底、整然かつ明瞭であるべき青色申告法人の備付帳簿書類とは評価できないし、本件ノートを基に作成された本件総勘定元帳も、財務省令で求められているような原告のすべての取引を正確に記載したものであるとはいえない。
ウ そうすると、結局、原告は、平成１０年１２月期から平成１５年１２月期まで、青色申告法人として備え付けておくべき帳簿書類を保存せず、提示もしなかったといわざるをえないから、原告には、法人税法１２７条１項１号に規定する青色申告承認の取消事由がある。
よって、原処分庁が本件青色申告取消処分をしたことは適法である。
エ 原告の主張について
(ア) これに対し、原告は、帳簿の提示がないこと自体は取消事由とされていないと主張するが、上記アのとおり、法人税法１２６条１項は、帳簿書類を税務職員から求められたときは適時に提示する事が可能なように保存しなければならないのであるから、提示を求められたときに正当な理由なく提示しないことは取消事由になると解するのが相当である。
(イ) 原告は、調査官が、過去３年以前の帳簿等について、単に調査に必要であるというのみで理由を一切説明しなかったために、上記帳簿等を提出しなかった旨主張する。しかし、税務調査の具体的な必要性について告知するかどうか、どの程度まで告知するかについては、税務職員の裁量に任されていると考えられるから、単に理由の告知がないことだけで帳簿書類の提示拒否が正当化されることはないというべきである。
(ウ) また、原告は、原処分庁から、正式の提示要請がなかったという趣旨の主張をするが、提示要請は特に要式行為とされている訳ではなく、租税実務において提示要請のための「正式の書面」なるものは存在しないから（証人Ｋ、証人丙）、原告の上記主張は独自の見解で採用の限りでない。
さらに、上記３(10)のとおり、調査官は本件連絡せんを交付して提示要請しているのであるから、これによって原告は提示要請を受けたことを十分理解できたはずであるのに、あえて提示しなかったのであるから、原告の不提示が正当化される余地はない。なお、原告は、本件連絡せんが知らぬ間に土間に投げ入れられていたと主張するが、不自然な弁解であって採用できない。
(3) 争点(3)ア（平成１１年１２月期及び平成１４年１２月期の法人税について措置法６５条の２第１項に規定する特別控除が認められるか）について
ア 措置法６５条の２第１項
(ア) 同条項は、「法人の有する資産で６４条１項各号又は前条１項１号から３号までに規定するものがこれらの規定に該当することとなった場合において、当該法人が収用等により取得した補償金等の額が、当該譲渡した資産の譲渡直前の帳簿価額と当該譲渡した資産の譲渡に要した経費で当該補償金等に係るものとして政令で定めるところにより計算した金額との合計額を超え、かつ、当該法人が当該事業年度のうち同一の年に属する期間中に収用等により譲渡した資産のいずれについても６４条から前条までの規定の適用を受けないときは、その超える部分の金額と５０００万円とのいずれか低い金額を当該譲渡の日を含む事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する」旨規定している。
(イ) そして、同第４項は、「同第１項の規定については、確定申告書等にこれらの規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載があり、かつ、当該確定申告書等にその損金の額に算入される金額の計算に関する明細書及びこれらの規定の適用を受けようとする資産につき公共事業施行者から交付を受けた前項の買取り等の申出があったことを証する書類その他の財務省令で定める書類の添付がある場合に限り、適用する」旨規定している。
(ウ) なお、上記規定を適用する前提として、当該金額を益金として計上していなければならないことはいうまでもない。
イ そこで、これを本件についてみるに、原告は、上記２(2)のとおり、そもそも、本件各漁業補償金のうち、平成１１年１２月期のＢからの対価補償金１３１５万７２００円、平成１４年１２月期のＢからの３１００万円（対価補償金及び収益補償金を含む。）及び同期の和歌山県からの対価補償金３９万６４４０円について、法人税の確定申告において、益金の額に算入していない。
そして、措置法６５条の２第４項の要件についても、原告は、①確定申告書等に措置法６５条の２第１項又は第２項の規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載をしておらず、②当該確定申告書にその損金の額に算入される金額の計算に関する明細書の添付をしておらず、③公共事業施行者であるＢが発行した「収用証明書」及び和歌山県が発行した「公共事業用資産の買取り等の申立証明書」の添付もしていなかったことが、それぞれ認められる（甲５２、弁論の全趣旨）。
ウ そうすると、原告が本件各漁業補償金を益金の額に算入していないし、措置法６５条の２第４項に規定する特別控除の特例の適用を受ける要件も満たしていないことは明らかであるから、原処分庁が、措置法６５条の２第１項に規定する特別控除の特例を適用することなくした平成１１年１２月期及び平成１４年１１月期の法人税の更正処分は適法である。なお、平成１１年１２月期の更正処分が更正をなし得る期間内になされていることは、後記(5)イウのとおりである。
エ 原告の主張について
(ア) 原告は、措置法６５条の２第５項の「やむを得ない事情」は客観的事情のみでなく、主観的事情も含むとして、平成１１年１２月期のＢからの漁業補償金について、Ｂから絶対に他人に知られないようにと念を押されていたし、収容証明書在中の封筒を受領した際にも確定申告が必要との説明を受けておらず、和歌山県からも説明を受けなかったことなどの事実からすれば、本件については、上記「やむを得ない事情」が存在する旨主張する。
(イ) しかしながら、上記イに記載したとおり、本件ではそもそも漁業補償金が益金に計上されていなかったのであるから、措置法６５条の２第５項により、例外的に適用されるための要件も備わっていないというべきである。また、仮に、措置法６５条の２第５項の適用の余地があるとしても、同条項に定める「やむをえない事情」とは、自然的災害、人為的災害、交通途絶等の客観的にみて納税者本人の責めに帰すことのできない事情を指し、納税者の主観的事情はこれに該当しないと解すべきであるから、原告の上記主張は理由がない。
(ウ) また、原告は、所得税について規定した措置法３３条の４第１項の趣旨を法人税法にも類推すべきであるかのような主張をするが、独自の見解であり採用できない。
(エ) なお、原告は、本件各処分のように、改めて更正処分を行うのであれば、国税通則法２６条の規定に基づき再更正すべきであり、本件各処分はその手続によらない再度の不利益処分として違法である旨主張するが、本件各処分は、まさに同条の再更正に当たるのであって、原告の主張は前提を誤っている。
(4) 争点(3)イ（本件協力金及び本件解決金は原告に帰属するか）について
ア 本件解決金について
(ア) 本件解決金の帰属について
ａ 前記１(2)イのとおり、共同企業体との間の覚書（乙１３）において、一方当事者は、「Ａ組合／組合長甲」とされているから、これが原告を指すことが一義的に認められる。また、上記覚書の文中に、共同企業体及び原告以外の者の記載は一切なく、さらに覚書４条には、覚書の内容を一切第三者等へ口外しない旨の秘密条項が設けられていることから、共同企業体及び原告以外の者が関与することは前提としていないと解釈することができる。これによれば、上記覚書は、共同企業体と原告のみとの間の合意であると解するのが相当であるから、本件解決金３５００万円は、全額原告に帰属するというべきである。
ｂ この点について、原告は、上記３５００万円は、原告がＢから収受した漁業補償金と同じ趣旨で収受した金員で、漁業補償金１億４５００万円の一部であるから、かかる金員は原告を含めた６名に帰属すると主張する。
そして確かに、本件預金口座の入出金状況をみると、共同企業体からの上記金員３５００万円が支払われた１９日後である平成１１年３月３１日に、Ｂから漁業補償金として収受した金員の一部である２０００万円が振り込まれ、同日、上記３５００万円と２０００万円を合算した額の２分の１に当たる２７５０万円が払い戻されている事実が認められ、両金員に何らかの関連性があるようにも思われる（甲４２・３頁）。
しかしながら、本件預金口座における入出金状況は、Ｂからの補償金の出金状況を見ても、その半額が複数名のうち１名の口座に振替送金されるなどしているが、仮に３５００万円が６名に帰属する補償金であるとすると、上記事実の説明が付かない。このように、上記口座の入出金状況だけから、直ちに、本件解決金が原告以外の者にも帰属すると推認することはできない。
ｃ そこで、さらに検討するに、Ｂとの覚書（乙９・３丁）と共同企業体との覚書（乙１３）とを比較すると、当事者について、前者では、「原告組合長甲および別紙組合員名簿記載の組合員６名」とあるのに対し、後者では、「原告と共同企業体」となっている。また、覚書の作成経過についても、前者では、「協定書に基づき」として、平成１０年４月３日に締結された協定書（乙９・１丁）にもとづく覚書であることが明確にされたうえ、協定書作成と同日付で覚書が作成されているのに対し、後者ではそのような記載がないし、作成日も協定書作成から半年以上も経過した同年１１月１９日である。さらに、覚書の内容についても、前者では、原告らが漁業の制限を承認することを合意しているのに対し、後者では、原告が共同企業体の工事施行に全面協力することを合意することになっている等合意内容に差異が見られるほか、前者には金額配分についての規定がある（第５条）が後者にはないこと、前者にはない秘密条項が後者にはある（第４条）等の点でも異なっている。
しかも、Ｂとの漁業補償権の関係では、収用証明書が発行されているが、共同企業体から上記３５００万円が支払われた際には、収容証明書が発行されたような事実は窺われない。
そうすると、本件解決金は、Ｂの漁業補償権とは性質の異なるものであったとみるのが相当である。
なお、この点についての共同企業体及びＢの認識も、Ｂが支払った１億１０００万円と共同企業体が支払った３５００万円とは別個のものであるとしていたことが窺われる（乙１７、１９）。
(イ) 本件解決金の収益計上時期について
ａ ある収益をどの事業年度に計上すべきかは、一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従うべきであるが、法人の収益の帰属年度は、その収益たる債権が確定した事業年度と解するのが相当である。なぜなら、今日の経済取引においては信用取引が支配的であるから、現実の収入がなくても権利が確定した段階で収益があったと考えるのが相当であるからである。
ｂ しかるに、本件解決金については、原告が本件解決金に関して何らかの役務の提供を行うものではないから、本件解決金覚書（乙１３）を作成し、合意が成立した平成１０年１１月１９日に、原告が本件解決金を受け取る権利が確定したというべきである。
(ウ) したがって、原処分庁が本件解決金を平成１０年１２月期の益金の額に算入されるべきとしてした同期の法人税の更正処分は適法である。なお、本件更正処分が更正をなし得る期間内になされていることは、後記(5)イウのとおりである。
イ 本件協力金について
(ア) 本件協力金の帰属について
ａ 上記１(3)ウのとおり、和歌山県との間で作成した覚書（乙１４）において、一方当事者は、「Ａ組合」とされていることから、これが原告だけであると一義的に解することができること、本件協力金は、全額本件預金口座に振り込まれていることが認められることから（甲４２・４丁）、本件協力金１５２万７０００円は、全額原告に帰属すると認めるのが相当である。なお、覚書の一方当事者である和歌山県も、覚書の相手方は原告のみであると認識している（乙２８）。
ｂ これに対し、原告は、上記１５２万７０００円は、原告ら４名に帰属する旨主張する。そして、確かに、１５２万７０００円が振り込まれた直後である平成１１年１０月１日に、その半額である７６万３５００円が払い戻されている事実が認められるが（甲４２・４丁）、同欄に「Ｏへ振込」と手書きで記載されていることなどを考慮すると、これが４名へ配分されたものであるとは考えにくい。したがって、本件預金口座の出金状況だけで、本件協力金の帰属関係を推認することは困難である。
ｃ また、上記覚書の締結に際し、原告以外の３名から委任状が提出されている。しかし、覚書の当事者である和歌山県は、原告に委任状を徴した理由について、原告が協力金を受け取ったにもかかわらず、後日、他の３人から再度協力金を要求されるなどのトラブルが生じる恐れがあったため、これを避けるために念のため徴したものであるとしている（乙２８）。そして、具体的な交渉状況により、和歌山県が危惧する事態が生じる可能性があることは否定できないし、その時のために念のために３名から委任状を徴しておくということも十分に考えられるところである。そうすると、上記委任状提出の事実から、ただちに本件協力金が原告以外の３名にも帰属すると推認することはできず、原告の上記主張は理由がない。
ｄ さらに、原告は、本件協力金は小型底びき網漁業許可を有する組合員にのみ支払われるものであるところ、これを有するのは原告以外の３名であり、原告は、許可を有していないが、３名との交渉をとりまとめた見返りとして受け取ったものであるとして、本件協力金が原告のみに帰属することはないと主張する。しかし、覚書では、「原告が実施する漁業振興事業を支援するため」支払うものとされており、必ずしも小型底びき網漁業者に対する補償の趣旨ではないから、原告の上記主張は前提を欠いている。なお、確かに、乙２８には小型底びき網漁業に関する記述がみられるが、これも協力金の具体的金額の算定基準の一つの要素として述べられているだけであるから、これをもって原告の上記主張を裏付けることには無理がある。ちなみに、原告の商業登記簿によれば、原告は小型底びき網漁業も事業目的としている（甲１）。
(イ) 本件協力金の収益計上時期について
上記１(3)エ認定のとおり、本件協力金は、上記覚書に基づき、平成１１年９月３０日に本件預金口座に振込入金され、原告において全額収受していることから、本件協力金の収益計上時期は、上記日時であると認めるのが相当である。
(ウ) したがって、原処分庁が本件協力金は平成１１年１２月期の益金の額に算入されるべきとしてした同期の法人税の更正処分は適法である。なお、本件更正処分が更正をなし得る期間内になされていることは、後記(5)イウのとおりである。
(5) 争点(3)ウ（第１次及び第２次重加算税賦課決定処分の適法性）について
ア 重加算税の要件
(ア) 通則法６８条１項は、重加算税を課する要件として、６５条１項（過少申告加算税）等の規定に該当する場合において、納税者がその国税の課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠ぺいし、又は仮装し、その隠ぺいし、又は仮装したところに基づき納税申告書を提出していたことを規定している。
(イ) そして、重加算税は、違反者に対する制裁として科せられる刑罰とは異なり、納税義務違反が「事実の隠ぺいまたは仮装」という不正な方法に基づいて行われた場合に、税務行政を混乱させ余分な徴税コストを負担させたという国家的損失を補てんするとともに納税義務違反の発生を防止するために、違反者に対して課される行政上の措置であるから、重加算税の要件を検討するに当たっては、責任主義的要素である納税者の主観的要素を重視する必要はない。すなわち、重加算税を課すためには、納税者が故意に課税標準等または税額等の計算の基礎となる事実の全部または一部を隠ぺいし、または仮装し、その隠ぺい、仮装行為を原因として過少申告の結果が発生したものであれば足り、それ以上に、申告に対し、納税者において過少申告を行うことの認識を有していることまでを必要とするものではないというべきである（最高裁昭和６２年５月８日判決・裁判集民事１５１号３５頁参照）。
イ 更正等をなし得る期間（除斥期間）
(ア) そして、同法７０条５項１号は、偽りその他不正の行為により税額を免れた国税についての更正又は決定は、その更正又は決定に係る国税の法定申告期限から７年を経過する日まですることができる旨規定している。
(イ) そして、ここにいう「偽りその他の不正行為」とは、税額を免れる意図のもとに、税の賦課徴収を不能又は著しく困難にするような何らかの偽計その他の工作を伴う不正な行為を行っていることをいい、単なる不申告行為はこれに含まれないというべきである。
ウ 上記各要件該当性
(ア) そこで、これを本件についてみるに、原告は、本件各金員を原告名義の簿外の本件預金口座で収受し、これらの金員を法人税の申告に当たり益金に算入せず、また、本件預金口座を決算報告書及び預貯金等の内訳書（乙１）に記載しないで法人税の申告を行ったのであるから、税額等の計算の基礎となる事実の一部を隠ぺいし、それによって過少申告の結果が発生しているということができる。このような原告の行為は、通則法６８条１項に規定する「隠ぺい又は仮装」に該当するというべきである。
(イ) そして、本件各申告は、平成１０年１２月期に３５００万円、平成１１年１２月期に１５２万７０００円、平成１４年１２月期に３１００万円及び３９万６４４０円と多額の金額を数年度にわたり、簿外の本件預金口座において収受して益金に計上せず、かつ決算報告書等に本件預金口座を記載しなかったものであること、原告は青色申告の承認を受けた法人であるから、その確定申告を担当していた乙は、当然、確定申告においてすべての所得を申告すべきであることを認識していたと考えられるにもかかわらず、乙は、本件各申告において、少なくとも、実際の所得金額より少ないことを知りながら、確定申告をしたと認めることができる。このような事情を総合すれば、本件において、原告は、単に申告しなかったというにとどまらず、税の賦課徴収を不能又は著しく困難にする工作を伴う行為が行われていたというべきであるから、この行為は通則法７０条５項にも該当するというべきである。
(ウ) したがって、法定申告期限から７年を経過する日までになされた本件各更正処分は適法であり、かつ、重加算税の要件を満たす本件第１次及び第２次重加算税賦課決定処分も適法である。なお、本件各更正処分並びに本件第１次及び第２次重加算税賦課決定処分における具体的課税額の算定については争いがない（被告が、平成１９年１０月２３日付被告第１準備書面の第７で述べているとおりである。）。
エ 原告の主張について
(ア) 原告は、本件漁業補償金や本件解決金、本件協力金を申告しなかったのは、書籍等から、収用等による補償金については５０００万円までは課税されないし、申告も不要であると誤信したことや、税法の不知によるものであって、ことさら隠ぺいまたは仮装をした事実はないから、重加算税の要件を欠くと旨主張し、乙はこれに沿う証言をする（証人乙・８頁）。
(イ) しかしながら、上記のとおり、重加算税を課す場合の要件として、納税者の主観的要素を重視する必要はなく、客観的に隠ぺい仮装があり、これに基づき過少申告がなされていれば足りるから、原告の上記主張は理由がない。
(ウ) ちなみに、乙は、５０００万円まで非課税と誤解した理由として、甲が書籍や同業者からの話から得た知識をそのまま鵜呑みにしていた旨証言するが（証人乙・９頁）、多額の金員について、確定申告すら必要ない場合があると考えること自体、にわかに信じがたく、不合理である。また、乙は、この他にも、平成１６年３月２６日の調査の際に、原告専用口座を提示したうえ本件預金口座の存在についても説明したが、丁調査官が本件預金口座については特に提示を求めなかったとか、本件ノートも提示したが丁調査官はこれを見なかったと証言するが（同・１０頁）、わざわざ調査に赴いた丁調査官が上記のような態度を取るとはおよそ考えられないから、信用できない。さらに、乙は、本件連絡せんを直接受け取っていないとか（同・１３頁）、青色申告の承認を受けた記憶がない（同・３９頁）、平成１８年ころに引っ越しした際、平成１０年１２月期及び平成１１年１２月期の書類を紛失した可能性がある（同・１４、２３、２４丁）等と証言するが、その内容は、不自然で自己弁護に終始しており、信用することはできない。
第４ 結論
以上のとおりであるから、その余の争点について判断するまでもなく、原告の本訴請求はいずれも理由がない。よって、これをいずれも棄却することとし、主文のとおり判決する。和歌山地方裁判所第２民事部
裁判長裁判官大西嘉彦
裁判官藪崇司
裁判官三島聖子は、転補につき、署名押印することができない。
裁判長裁判官大西嘉彦
別表１
課税の経緯（平成１３年１２月期）
（単位：円）
区分
項目
確定申告
修正申告
更正の請求等
賦課決定処分
通知処分
異議申立て
異議決定
審査請求
裁決
年月
日平成14年2月27日
平成16年6月30日
平成16年9月22日平成16年9月29日平成16年12月22日平成17年1月20日平成18年12月20日所得金額
△532,696
△1,356,415
納付すべき税額
繰越欠損金の当期控除額
－
翌期繰越欠損金額
3,298,224
4,121,943
重加算税の額－
－
更正をすべき理由
がない旨の通知処分
全部取消し
棄却
全部取消し
棄却
別表２
課税の経緯（平成１４年１２月期）
（単位：円）
区分
項目
確定申告
修正申告
更正の請求等
賦課決定処分
通知処分
異議申立て
異議決定
審査請求
裁決
年月
日平成15年2月26日平成16年8月30日
平成16年9月22日
平成16年9月29日平成16年12月22日平成17年1月20日平成18年12月20日所得金額
0 11,244,808
－
納付すべき税額
2,473,600
－
繰越欠損金の当期控除額
815,875
4,121,943
－
翌期繰越欠損金額
2,482,349
－－重加算税の額－－
864,500
全部取消し
棄却
全部取消し
棄却
別表３
課税の経緯（平成１５年１２月期）
（単位：円）
区分
項目
確定申告
修正申告
更正の請求等
賦課決定処分
通知処分
異議申立て
異議決定
審査請求
裁決
年月
日平成16年2月27日
平成16年6月30日
平成16年9月22日平成16年9月29日平成16年12月22日平成17年1月20日平成18年12月20日所得金額
△5,160,946
納付すべき税額
繰越欠損金の当期控除額
763,323
翌期繰越欠損金額
1,719,026
5,160,946
重加算税の額－
－
更正をすべき理由
がない旨の通知処分
全部取消し
棄却
全部取消し
棄却
別表４
課税の経緯（平成１０年１２月期）
（単位：円）
区分
項目
確定申告等
更正処分等
異議申立て
異議決定
審査請求
裁決
年月
日平成11年3月1日平成17年2月24日平成17年4月21日平成17年7月1日平成17年7月30日平成18年12月20日所得金額
26,893
35,030,280
納付すべき税額
7,000
9,458,100
繰越欠損金の当期控除額
－
翌期繰越欠損金額
－
重加算税の額－
3,307,500
全部取消し
棄却
全部取消し
棄却
別表５
課税の経緯（平成１１年１２月期）
（単位：円）
区分
項目
確定申告等
更正処分等
異議申立て
異議決定
審査請求
裁決
年月
日平成12年2月28日平成17年2月24日平成17年4月21日平成17年7月1日平成17年7月30日平成18年12月20日所得金額
△1,486,732
10,470,157
納付すべき税額
2,617,500
繰越欠損金の当期控除額
－－
翌期繰越欠損金額
1,486,732
－重加算税の額－
913,500
全部取消し
棄却
全部取消し
棄却
別表６
課税の経緯（平成１４年１２月期）
（単位：円）
区分
項目
確定申告等
更正処分等
異議申立て
異議決定
審査請求
裁決
年月
日平成16年6月30日平成17年2月24日平成17年4月21日平成17年7月1日平成17年7月30日平成18年12月20日所得金額
11,244,908
31,503,769
納付すべき税額
2,473,600
6,930,600
繰越欠損金の当期控除額
4,121,943
－
翌期繰越欠損金額
－重加算税の額－
1,550,500
全部取消し
棄却
全部取消し
棄却
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2009/pdf/11198.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。