税務訴訟資料第２５９号－１６０（順号１１２７３）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号、同●●号法人税更正処分取消等請求事件
国側当事者・国（麻布税務署長）
平成２１年９月１７日却下・棄却・確定
判決
第１事件原告株式会社Ａ
代表者代表取締役甲
第２事件原告Ｂ株式会社
代表者代表取締役乙
原告ら訴訟代理人弁護士升永英俊
同藤井基
同佐藤真太郎
被告国
代表者法務大臣千葉景子
処分行政庁麻布税務署長
鈴木久雄
指定代理人中井公哉
同川勝庸史
同雨宮恒夫
同馬田茂喜
同清水一夫
同板橋智
同櫻井光照
同垳葉兼一
同川上昌
同髙野浦信昭
同田中正美
同殖栗健一
同植山昌文
同森本利佳
同髙牀美晴
主文
１ 第２事件原告の訴えのうち、処分行政庁が平成１７年７月２９日付けで同原告に対してした同原告を合併法人とする被合併法人Ｂ株式会社の平成１５年４月１日から平成１６年１月４日までの事業年度に係る法人税の更正処分（ただし、平成１９年６月６日付け異議決定及び平成２０年８月２９日付け更正処分により一部取り消された後のもの）のうち所得金額２１億７７５７万３８４０円を超えない部分及び納付すべき税額６億４９２５万４６００円を超えない部分の取消しを求める部分を却下する。
２ 原告らのその余の訴えに係る請求をいずれも棄却する。
３ 訴訟費用は、原告らの負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 第１事件
処分行政庁が平成１７年７月２９日付けで第１事件原告に対してした同原告の平成１５年４月１日から平成１６年３月３１日までの連結事業年度に係る法人税の更正処分（ただし、平成１９年６月６日付け異議決定により一部取り消された後のもの）のうち連結欠損金額５１２億５７４３万０７４４円を超える部分及び翌期へ繰り越す連結欠損金額９７７億４４７７万５１７６円を超える部分を取り消す。
２ 第２事件
処分行政庁が平成１７年７月２９日付けで第２事件原告に対してした同原告を合併法人とする被合併法人Ｂ株式会社の平成１５年４月１日から平成１６年１月４日までの事業年度に係る法人税の更正処分（ただし、平成１９年６月６日付け異議決定及び平成２０年８月２９日付け更正処分により一部取り消された後のもの）のうち所得金額２１億６２６４万０４６２円を超える部分及び納付すべき税額６億４４７７万４７００円を超える部分並びに無申告加算税賦課決定処分（ただし、平成１９年６月６日付け異議決定及び平成２０年８月２９日付け変更決定処分により一部取り消された後のもの）を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、連結親法人である第１事件原告（以下「原告Ａ」という。）が、同原告を連結親法人とする連結納税グループの連結納税の承認を受け、平成１５年４月１日から平成１６年３月３１日までの連結事業年度（以下「本件連結事業年度」という。）に係る法人税の連結確定申告書（以下「本件連結確定申告書」という。）を提出し、第２事件原告（以下「原告Ｂ」という。）が、同原告を合併法人とする被合併法人Ｂ株式会社（以下「被合併法人Ｂ」という。）の平成１５年４月１日から平成１６年１月４日までの事業年度（以下「本件単体事業年度」という。）に係る法人税の確定申告書及び修正申告書（以下「本件単体修正申告書」という。）を提出したところ、処分行政庁が、東京国税局の職員による調査に基づき、①原告Ａに対しては、被合併法人Ｂから譲り受けたＤ株式会社（以下「Ｄ」という。）の株式（以下「Ｄ株式」という。）の譲受価額が時価に比して低額であり、当該譲受価額と時価との差額は受贈益として益金の額に算入される等として更正処分をし、②原告Ｂに対しては、被合併法人Ｂが原告Ａに譲渡した上記Ｄ株式の譲渡価額が時価に比して低額であり、当該譲渡価額と時価との差額は、譲渡価額を構成し益金の額に算入される一方、寄附金に該当して損金の額に算入されるものの、当該寄附金の額のうち損金算入限度額を超える部分の額は損金の額に算入されない等として更正処分及び無申告加算税賦課決定処分をしたため、原告らが上記各処分はいずれも違法であるとして、その取消しを求めている事案である。
１ 関係法令等の定め
(1) 法人税法
ア ２２条２項
内国法人の各事業年度の所得の金額計算上当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供、無償による資産の譲受けその他の取引で資本等取引以外のものに係る当該事業年度の収益の額とする。
イ ３７条
内国法人が各事業年度において支出した寄附金の額の合計額のうち、一定の方法により計算した金額を超える部分の金額は、当該内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しない（３項。ただし、平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下同じ。）。
上記寄附金の額は、寄附金、拠出金、見舞金その他いずれの名義をもってするかを問わず、内国法人が金銭その他の資産又は経済的な利益の贈与又は無償の供与をした場合における当該金銭の額若しくは金銭以外の資産のその贈与の時における価額又は当該経済的な利益のその供与の時における価額によるものとし（７項）、内国法人が資産の譲渡をした場合において、その譲渡の対価の額が当該資産のその譲渡の時における価額（時価）に比して低いときは、当該対価の額と当該価額との差額のうち実質的に贈与をしたと認められる金額は、寄附金の額に含まれるものとする（８項）。
(2) 連結納税基本通達（平成１５年２月２８日付け課法２－３、課審４－７国税庁長官通達。ただし、平成１７年１２月２６日付け課法２－１４ほかによる改正前のもの。以下「連基通」という。）及び法人税基本通達（昭和４４年５月１日付け直審（法）２５国税庁長官通達。ただし、平成１７年１２月２６日付け課法２－１４ほかによる改正前のもの。以下「法基通」という。）
ア 連基通８－１－２３及び法基通９－１－１３は、非上場株式で気配相場のないものにつき法人税法３３条２項（ただし、平成１７年法律第２１号による改正前のもの。以下同じ。）の規定を適用する場合の事業年度（連結事業年度を含む。以下同じ。）終了の時における当該株式の価額は、(1)売買実例のあるものについては、当該事業年度終了の日前６月間において売買の行われたもののうち適正と認められるものの価額、(2)公開途上にある株式で、当該株式の上場に際して株式の公募又は売出しが行われるもの（上記(1)に該当するものを除く。）については、金融商品取引所（証券取引所又は日本証券業協会）の内規によって行われる入札により決定される入札後の公募等の価格等を参酌して通常取引されると認められる価額、(3)売買実例のないものでその株式を発行する法人と事業の種類、規模、収益の状況等が類似する他の法人の株式の価額があるもの（上記(2)に該当するものを除く。）については、当該価額に比準して推定した価額、(4)上記(1)から(3)までに該当しないものについては、当該事業年度終了の日又は同日に最も近い日におけるその株式の発行法人の事業年度終了の時における１株当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額によるものと定めている。
イ 連基通８－１－２４及び法基通９－１－１４は、非上場株式で気配相場のないもの（上記ア(1)及び(2)に該当するものを除く。）について法人税法３３条２項の規定を適用する場合において、事業年度終了の時における当該株式の価額につき、財産評価基本通達（昭和３９年４月２５日付け直資５６、直審（資）１７国税庁長官通達。ただし、平成１８年１０月２７日付け課評２－２７ほかによる改正前のもの。以下「評基通」という。）１７８から１８９－７までの例によって算定した価額によっているときは、課税上弊害がない限り、所定の条件を付してこれを認めるものとし、この条件の一つとして、評基通１８５本文に定める１株当たりの純資産価額の計算に当たり、評基通１８６－２により計算した評価差額に対する法人税額等に相当する金額は控除しないこと（連基通８－１－２４(3)、法基通９－１－１４(3)）を定めている。
(3) 評基通
ア 評基通１８５は、非上場株式で気配相場のないもの（取引相場のない株式）に係る１株当たりの純資産価額は、課税時期における各資産を同通達に定めるところにより評価した価額の合計額（以下「課税時期における相続税評価額による総資産価額」という。）から課税時期における各負債の金額の合計額及び評基達１８６－２により計算した評価差額に対する法人税額等に相当する金額（以下「法人税額等相当額」という。）を控除した金額を課税時期における発行済株式数で除して計算した金額とすると定めている。
イ 評基通１８６－２は、法人税額等相当額は、次の①の金額から②の金額を控除した残額に４２％（清算所得に対する法人税、事業税、都道府県民税及び市町村民税の税率の合計に相当する金額）を乗じて計算した金額とすると定めている。
① 課税時期における相続税評価額による総資産価額から課税時期における各負債の金額の合計額を控除した金額
② 課税時期における相続税評価額による総資産価額の計算の基とした各資産の帳簿価額の合計額（ただし、現物出資等受入れ差額を加算した価額）から課税時期における各負債の金額の合計額を控除した金額
２ 前提事実（争いのない事実、顕著な事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
(1) 原告Ａ及び同社による完全支配関係があるすべての内国法人１２社（原告Ｂ（当時の商号は「Ｂ株式会社」）を含む。）は、法人税法４条の２の規定に基づき、本件連結事業年度を最初の連結事業年度とし、原告Ａを納税義務者として法人税を納めることにつき国税庁長官の承認を受けるため、同法４条の３第１項の規定に基づき、国税庁長官に対し、平成１４年１２月２４日、連結納税の承認の申請を行い、国税庁長官から、平成１５年５月２９日、上記申請について承認を受けた（同承認は、本件連結事業年度の開始の日である同年４月１日以後の期間について、その効力を生じた。）。（乙１、２）。
(2) Ｄは、平成１５年５月１日、被合併法人Ｂ（当時の商号は「Ｂ株式会社」）の投資組合運営事業に関する営業（投資事業組合財産の運用及び管理並びにその付帯・関連業務に関する営業）を承継するために、同被合併法人からの分割により設立され、同被合併法人は、同日、Ｄの発行済株式の全部（２０００株のＤ株式）を取得するとともに、商号を「Ｂ株式会社」に変更した。Ｄは、国内外のＨ（バイオテクノロジー）分野等を中心としたベンチャー企業に対する投資・育成並びに投資事業組合の設立及び投資事業組合財産の管理・運用等を事業内容とし、中小企業等投資事業有限責任組合契約に関する法律（ただし、平成１６年法律第３４号による改正前のもの。現在の法律名は「投資事業有限責任組合契約に関する法律」）に基づき契約が締結された中小企業等投資事業有限責任組合であるＥ投資事業有限責任組合（以下「Ｅ」という。）に係る持分（以下「Ｅ持分」という。）等の複数の投資事業有限責任組合の組合持分等を保有していた（Ｅの総財産に対するＤの持分（Ｅ持分）の割合は３５分の８であった。）。なお、Ｄ株式は、非上場株式であり、気配相場ないし独立当事者間の適当な売買実例がなく、公開の途上になく、同社と事業の種類、規模、収益の状況等において類似する法人もなかった。（甲７、１０、乙１０、１１、１３、弁論の全趣旨）
(3) Ｅは、平成１４年１２月３１日時点において、がん治療薬の開発に関連する事業を目的とするいわゆるバイオベンチャー企業であるＦ株式会社（以下「Ｆ」という。）発行の株式（以下「Ｆ株式」という。）４００株等を保有し、同日現在における貸借対照表及び附属明細書において、同株式の価額を１億５５００万円（１株当たり３８万７５００円）と計上していた。Ｆは、平成１５年６月１３日、その発行済みの株式１株を５０株とする株式分割を行い、Ｅが保有するＦ株式の株数は２万株となったが、Ｅは、同月３０日現在におけるＥの貸借対照表において、別表１のⒶ①のとおり、Ｆ株式の価額を１億５５００万円（１株当たり７７５０円）、同表のⒶ②のとおり、Ｆ株式以外の資産に係る資産額を１２億４４４８万７７９４円、同表のⒶ③のとおり、資産合計額を１３億９９４８万７７９４円と計上し、同表のⒶ④のとおり、負債額を０円と計上した上、同月現在におけるＥの出資口数別貸借対照表（以下、上記Ｅの貸借対照表と併せて「Ｅ貸借対照表」という。）において、別表１のⒶ⑥のとおり、ＤのＥ持分を３億１９８８万２９１２円と計上していた。（乙１３ないし１６、８７、９１、弁論の全趣旨）
(4) Ｄは、上記(3)のとおり、Ｅ貸借対照表においてＤのＥ持分が３億１９８８万２９１２円と計上されていることを基礎として（別表１のⒸ⑦）、平成１５年９月３０日現在におけるＤの貸借対照表（以下「Ｄ貸借対照表」という。）において、別表１のⒸ⑧のとおり、Ｅ持分以外の資産に係る資産額を２３億１７２７万９２６９円、同表のⒸ⑨のとおり、資産合計額を２６億３７１６万２１８１円と計上し、同表のⒸ⑩のとおり、負債額を１９億６５７８万１８６７円と計上していた。（乙１１ないし１４）
(5) Ｆは、Ｇ株式会社（以下「Ｇ」という。）を上場主幹事会社として、普通株式株券を株式会社Ｗ（以下「Ｗ」という。）へ上場することを計画し、平成１５年１０月３１日、同社から上場の承認を得て、同年１１月１８日から同月２５日までの間ブック・ビルディング（上場前の公募等に係る投資者の需要状況の調査）を行った上、同月２６日、公募増資等の価格を１株当たり１００万円と決定した。Ｆの普通株式は、同年１２月８日、Ｗに上場されたが、上場日の翌日である同月９日の初値は２４０万円であった。（甲２７、乙１９ないし２２、９１）
(6) 原告Ａは、平成１５年２月１日、被合併法人Ｂの発行済株式の全部を取得するとともに、上記(5)のとおり、Ｆの公募増資等の価格が１株当たり１００万円と決定された同年１１月２６日の前日である同月２５日、同被合併法人から、Ｄ発行に係るＤ株式２０００株を６億７５００万円（１株当たり３３万７５００円）で購入した（以下「本件株式売買」という。）。これによって、Ｄは、本件連結事業年度終了の日の翌日である平成１６年４月１日、原告Ａの連結子法人となった。なお、原告Ａ及び被合併法人Ｂは、上記(4)のとおり、Ｄ貸借対照表上の純資産価額が６億７１３８万０３１４円（別表１のⒸ⑪。Ｄ貸借対照表上の資産額２６億３７１６万２１８１円（別表１のⒸ⑨）と負債額１９億６５７８万１８６７円（同表のⒸ⑩）との差額）であることを基礎として、本件株式売買に係る上記Ｄ株式の譲受価額（６億７５００万円）を決定した。（乙３、６、７、８、９、１２、弁論の全趣旨）
(7) 処分行政庁が原告らに対してした各処分の経緯は、別表２「原告Ａに対する本件連結更正処分の経緯」及び別表３「原告Ｂに対する本件単体更正処分等の経緯」記載のとおりであり、具体的には次のとおりである。
ア 原告Ａが、本件連結事業年度に係る法人税の連結確定申告書（本件連結確定申告書）を提出したところ、処分行政庁は、同原告が被合併法人Ｂから譲り受けたＤ株式の譲受価額が時価に比して低額であり、当該譲受価額と時価との差額は受贈益として益金の額に算入される等として、平成１７年７月２９日付けで、同原告の本件連結事業年度に係る法人税につき連結欠損金額４２７億１３８５万７５１１円とする更正処分をした。（甲１、２）
これに対し、原告Ａは、平成１７年８月９日に上記更正処分を不服として東京国税局長に対して異議申立てをしたところ、東京国税局長から、平成１９年６月６日付けで、上記更正処分の一部を取り消し、連結欠損金額４５７億５２５０万５１２９円とする決定を受け（以下、同決定による一部取消し後の上記更正処分を「本件連結更正処分」という。）、さらに、同年７月２日に国税不服審判所長に対して審査請求をしたものの、審査請求がされた日の翌日から起算して３月を経過しても裁決がされなかったため、同年１２月１４日、第１事件の訴えを提起した（なお、同原告は、その後の平成２０年１月４日、上記審査請求を取り下げた。）。（甲６ないし８、顕著な事実）
イ 原告Ｂは、平成１６年１月５日、被合併法人Ｂを吸収合併したことにより、同被合併法人が解散し、その結果、法人税法１４条１１号及び１５条の２第１項３号に基づき、本件連結事業年度開始の日（平成１５年４月１日）から上記合併の日の前日（平成１６年１月４日）までの期間が同被合併法人の事業年度（本件単体事業年度）とみなされたことから、同被合併法人に係る権利義務を包括的に承継した者として、同被合併法人の本件単体事業年度に係る法人税につき、法定申告期限後である平成１６年４月６日に所得金額１億５１８１万８５１７円、納付すべき税額４１５２万８１００円とする確定申告書を、同年９月１６日に所得金額２１億７７５７万３８４０円、納付すべき税額６億４９２５万４６００円とする修正申告書（本件修正申告書）をそれぞれ提出したところ、処分行政庁は、平成１７年７月２９日付けで、上記確定申告及び修正申告に係る無申告加算税賦課決定処分をするとともに、同日付けで、同被合併法人が原告Ａに譲渡したＤ株式の譲渡価額が時価に比して低額であり、当該譲渡価額と時価との差額は、譲渡価額を構成し益金の額に算入される一方、寄附金に該当して損金の額に算入されるものの、当該寄附金の額のうち損金算入限度額を超える部分の額は損金の額に算入されない等として、所得金額９６億０４１５万９６４５円、納付すべき税額２８億７７２３万０４００円とする更正処分及び無申告加算税３億３４１９万５５００円とする賦課決定処分をした。（甲３ないし５、弁論の全趣旨）
これに対し、原告Ｂは、平成１７年８月９日に上記更正処分等を不服として東京国税局長に対して異議申立てをしたところ、東京国税局長から、平成１９年６月６日付けで、上記更正処分等の一部を取り消し、所得金額６２億１５６８万２１２７円、納付すべき税額１８億６０６８万７３００円とし、無申告加算税１億８１７１万４５００円とする異議決定を受け、さらに、同年７月２日に国税不服審判所長に対して審査請求をしたものの、審査請求がされた日の翌日から起算して３月を経過しても裁決がされなかったため、同年１２月１４日、第２事件の訴えを提起した（なお、原告Ｂは、その後の平成２０年１月４日、上記審査請求を取り下げた。）。第２事件の訴えの提起後、原告Ｂは、処分行政庁から、同年８月２９日付けで、上記更正処分等の一部を取り消し、所得金額５６億７３４１万６７２５円、納付すべき税額１６億９８００万７５００円とする更正処分及び無申告加算税を１億５７３１万２５００円とする変更決定処分を受けた（以下、上記異議決定及び同日付け更正処分により一部取り消された後の平成１７年７月２９日付け更正処分を「本件単体更正処分」といい、上記異議決定及び平成２０年８月２９日付け変更決定処分により一部取り消された後の平成１７年７月２９日付け無申告加算税賦課決定処分を「本件単体賦課決定処分」といい、本件単体更正処分と本件単体賦課決定処分とを併せて「本件単体更正処分等」といい、本件連結更正処分と本件単体更正処分等とを併せて「本件各処分」という。）。（甲９の１ないし３、同１０、１１、乙８６、顕著な事実）
３ 税額等の計算の基礎となる金額及び計算方法等
(1) 被告が本件訴訟において主張する原告らの所得（欠損）金額、納付すべき税額及び無申告加算税の額等は、別紙１「本件連結更正処分の根拠及び計算」及び別紙２「本件単体更正処分等の根拠及び計算」のとおりであり、本件の本案の争点（後記４(2)ウ）に関する部分を除き、税額等の計算の基礎となる金額及び計算方法に争いはない。
(2) また、上記(1)の前提として、被告は、本件訴訟において、Ｅ貸借対照表上、ＤがＥを通じて保有するＦ株式の価額が時価に比して低額に計上されていたため、これを基礎として算出されたＤの保有するＥ持分に係る資産額及び本件株式売買に係るＤ株式の譲受価額は、時価に比べて低額に定められたが、本来は、Ｆ株式の適正な時価を基礎として本件株式売買当時のＤの純資産価額を算定し、それを参酌して通常取引されると認められる本件株式売買当時のＤ株式の価額（時価）を算定すべきである旨主張し、その算定方法について、(ア)Ｄの純資産価額を算定するに当たっては、(a)Ｄの保有するＥ持分に係る資産額（Ｅ持分の純資産価額）に、(b)ＤのＥ持分以外の資産に係る資産額を加えた額から、(c)Ｄの負債額を減ずるとし、(イ)上記(ア)(a)のＥ持分の純資産価額を算定するに当たっては、(a)Ｅの保有するＦ株式に係る資産額に、(b)ＥのＦ株式以外の資産に係る資産額を加えた額から、(c)Ｅの負債額を減じて得られた額（Ｅの総財産に係る純資産価額）に、(d)Ｄの持分割合（３５分の８）を乗ずるとし、具体的には、（ⅰ）上記(ア)(b)のＥ持分以外の資産に係る資産額（別表１のⒹ⑧）及び同(c)の負債額（同表のⒹ⑩）については、Ｄ貸借対照表に計上・記載された額を基礎とし、（ⅱ）上記(イ)
(b)のＦ株式以外の資産に係る資産額（別表１のⒷ②）及び同(c)の負債額（同表のⒷ④）については、Ｅ貸借対照表に計上・記載された額を基礎とするが、（ⅲ）上記(ア)(a)のＥ持分に係る資産額及び上記(イ)(a)のＦ株式に係る資産額については、Ｆ株式に係る資産額を時価である２００億円（１株当たり１００万円。別表１のⒷ①）と計上し、これに基づきＥ持分に係る資産額（同表のⒷ⑥及びⒷ⑦）を計上した上、Ｄの各純資産価額を算定すべきである旨（その結果、Ｅ持分及びＤの各純資産価額は、それぞれ、同表のⒷ⑥及びⒷ⑪のとおりになる旨）主張している。
これに対し、原告らは、（α）被告が本件株式売買当時のＤの純資産価額を算定する過程で、上記(ア)(b)のＥ持分以外の資産に係る資産額及び同(c)の負債額につき、Ｄ貸借対照表に計上・記載された額を基礎とすること、上記(イ)(b)のＦ株式以外の資産に係る資産額及び同(c)の負債額につき、Ｅ貸借対照表に計上・記載された額を基礎とすることについては、争っておらず、（β）Ｄ株式の評価額の適否の前提としてのＤがＥを通じて保有しているＦ株式の評価額の適否（後記４(2)ウ(ア)。上記(ア)(a)及び(イ)(a)の各価額の評価の適否）及びＤ株式の評価における法人税額等相当額の控除の要否（後記４(2)ウ(イ)）のみを争っている（なお、原告Ａ及び被合併法人Ｂは、前記前提事実(3)、(4)及び(6)のとおり、Ｅ貸借対照表及びＤ貸借対照表に基づき算定された純資産価額を基礎として、本件株式売買に係るＤ株式の譲受価額を決定しており、この価額に基づき、本件連結確定申告書及び本件修正申告書の作成・提出がされている。）。
４ 争点
(1) 本案前の争点
本件単体更正処分のうち修正申告額を超えない部分の取消しを求める訴えの適法性
(2) 本案の争点
ア 売買実例に関する調査等の手続上の取消事由の有無
イ 理由付記の不備の有無
ウ Ｄ株式の評価額の適否
(ア) Ｆ株式の評価額の適否
(イ) Ｄ株式の評価における法人税額等相当額の控除の要否
５ 争点に関する当事者の主張の要旨
(1) 争点(1)（本件単体更正処分のうち修正申告額を超えない部分の取消しを求める訴えの適法性）について
（被告の主張の要旨）
納税者が自ら行った申告（修正申告を含む。）の誤りを是正するためには、国税通則法（以下「通則法」という。）２３条の規定による更正の請求によらなければならないところ、更正処分のうち申告額を超えない部分について、更正の請求の手続を経ないで取消しを求める訴えは、訴えの利益がなく、不適法であるというべきである。
本件では、原告Ｂは、処分行政庁に対し、平成１６年９月１６日、本件単体事業年度の法人税につき、所得金額２１億７７５７万３８４０円及び納付すべき法人税額６億４９２５万４６００円とする修正申告をし、その後、更正の請求をしていないから、原告Ｂの請求のうち、原告Ｂが申告により自ら確定させた部分の取消しを求める訴えは、訴えの利益がなく、不適法であるというべきである。
（原告Ｂの主張の要旨）
争わない（平成２１年２月１９日付け原告準備書面(6)第１項）。
(2) 争点(2)ア（売買実例に関する調査等の手続上の取消事由の有無）について（原告らの主張の要旨）
更正・決定処分は、通則法２４条等にかんがみ、税務署長の適切な調査及びその調査に基づく適切な事実認定に基づいてされるべきであって、十分な調査及びそれに基づく適切な事実認定に基づかない更正・決定処分は、それ自体を取消事由として取り消されなければならない。連基通８－１－２３(2)及び法基通９－１－１３(2)は、法人税法３３条２項の規定を適用して非上場株式で気配相場のないものについて評価損を計上する場合に、当該株式に連基通８－１－２３(1)及び法基通９－１－１３(1)に定める売買実例がない場合に限り、公開途上にある株式で、当該株式の上場又は登録に際して株式の公募又は売出しが行われるものについて、入札後の公募等の価格等を参酌して通常取引されると認められる価額によるべき旨定めていることろ、処分行政庁は、本件株式売買に係るＤ株式の価額の評価の前提としてＤがＥを通じて保有するＦ株式の１株当たりの価額を評価するに当たり、Ｆには第三者に対し本件株式売買に先立つ平成１５年７月３１日に同社発行の普通株式８２０株を１株当たり３０万円で取得させた実例（以下「本件第三者割当」という。）があり、この事実はＦが公表している有価証券届出書等にも明確に記載されていたのであるから、本件第三者割当の存在を認識し又は容易に認識し得たにもかかわらず、本件第三者割当が連基通８－１－２３(1)及び法基通９－１－１３(1)に定める売買実例に該当するか否かの調査を怠り又は本件第三者割当に関する判断を遺漏し、連基通８－１－２３(2)及び通達９－１－１３(2)を適用して、Ｆ株式を１株当たり１００万円と判断した上で本件各処分をした。また、原告Ａは、平成１７年７月２９日に本件各処分に係る各原処分がされた後の同年１２月、麻布税務署の担当者に対して本件第三者割当について証拠書類を示して説明をしたにもかかわらず、処分行政庁がこれらの証拠書類を検討せず各処分を維持し続けたことは甚だしく違法である。
したがって、本件各処分は、調査懈怠・事実欠落・判断脱漏といった重大な違法事由を有しており、結果として各処分がその実体要件を満たしているか否かを検討するまでもなく、取り消されるべきである。
（被告の主張の要旨）
更正は調査により行うものとされている（通則法２４条）が、調査が不十分であること自体は、更正処分の取消原因とならないというべきであって、調査の手続が刑罰法規に触れ、公序良俗に反し又は社会通念上相当の限度を超えて濫用にわたるなど重大な違法を帯び、何らの調査なしに更正処分をしたに等しいものとの評価を受ける場合に限り、当該処分の取消原因となるものと解されるところ、処分行政庁は、東京国税局調査官がＧ及びＦに対して本件第三者割当に関する調査を行った上で本件各処分をしているから、原告らの主張は失当である。
(3) 争点(2)イ（理由付記の不備の有無）について
（原告らの主張の要旨）
青色申告に対する更正の際には、更正通知書に更正の理由を付記しなければならず（法人税法１３０条２項）、付記すべき更正の理由は、例文的・抽象的なものでは足りず、更正の原因となる事実、当該事実への法の適用及び結論について、その評価判断の過程を具体的に示す必要があり、理由付記が不備である場合には、更正処分の実体的適法性を問うまでもなく、そのこと自体が取消原因たる瑕疵となり、更正処分は取り消されなければならない。本件では、処分行政庁は、連基通８－１－２３(2)及び通達９－１－１３(2)を適用してＦ株式を１株当たり１００万円と判断するに当たって、本件各処分に係る各原処分の各通知書（以下「本件各通知書」という。）に、本件第三者割当が連基通８－１－２３(1)及び通達９－１－１３(1)の売買実例に該当しない旨の評価判断を行った過程を付記すべきであったにもかかわらず、本件各通知書には上記過程が一切記述されていないため、本件第三者割当がいかなる評価を受けたのかを知ることができず、違法な本件各処分についての防御権を害されたから、本件各処分は、理由付記の不備を理由に取消しを免れない。
（被告の主張の要旨）
法人税法１３０条２項が、連結確定申告に係る連結所得金額の計算について、青色申告に係る所得金額の計算と同様、更正通知書にその更正の理由を付記することを義務付けた趣旨は、連結法人の帳簿書類には高い信頼性が与えられていることから、そのような法定の帳簿組織による正当な記載に基づくものである以上、その帳簿の記載を無視して更正されることがないことを納税者に保障した趣旨にかんがみ、更正処分庁の判断の慎重、合理性を担保してその恣意を抑制するとともに、更正の理由を相手方に知らせて不服申立ての便宜を与えることにあるというべきである。そして、本件は、帳簿書類の記載自体を否認するのではなく、Ｄ株式についての原告らの評価を否認するものであり、このような場合、処分行政庁の恣意抑制及び不服申立ての便宜という理由付記制度の趣旨目的を充足する程度に更正の根拠を具体的に明示するものである限り、同項の要求する更正理由の付記として欠けるところはないと解されるところ、本件各通知書には、処分行政庁がＦ株式の１株当たりの価額を１００万円と認定した根拠が具体的に記載されており、本件株式売買において取引した価額が時価に比して低いと認められる理由及びＤ株式の取得時又は譲渡時の価額（時価）の計算過程についても記載されているから、何ら不備があるとはいえない。
(4) 争点(2)ウ（Ｄ株式の評価額の適否）について
ア Ｆ株式の評価額の適否
（被告の主張の要旨）
(ア) 連結法人が無償又は低い価額で有価証券を譲り受けた場合の対価の額の算定は、連基通２－３－４、８－１－１８、８－１－２３及び８－１－２４によることとなり、当該連結法人に無償又は低い価額で有価証券を譲渡した場合の対価の額の算定は、法基通２－３－４、９－１－８、９－１－１３及び９－１－１４によることとなる。
(イ) Ｄ株式は、連基通８－１－２３(1)ないし(3)及び法基通９－１－１３(1)ないし(3)のいずれにも該当しないことから、その価額は、連基通８－１－２３(4)及び法基通９－１－１３(4)により、１株当たりの時価純資産価額を参酌して通常取引されると認められる価額によって算定すべきこととなる。
(ウ) そして、ＤはＥを通じてＦ株式を保有していたところ、Ｆ株式は、本件株式売買当時、Ｗへの上場が承認され、株式の公募又は売出しが行われており、公開途上にある株式に該当するから、その価額は、連基通８－１－２３(2)及び法基通９－１－１３(2)により、証券取引所の内規によって行われる入札により決定される入札後の公募等の価格等を参酌して通常取引されると認められる価額により算定される。Ｆは、①Ｗ上場に当たり、株式の公開価格をブック・ビルディング方式で決定することとし、その仮条件価格を１株当たり７５万円ないし１００万円と決定した（以下「本件仮条件価格」という。）ことから、Ｆ株式の通常取引されると認められる価額の算定に当たっては、本件仮条件価格を参酌することが相当であるが、②Ｆ株式に係るブック・ビルディングで申告された需要の相当数が仮条件の上限価格（１００万円）に集中していた状況、③Ｗ開設後、本件株式売買が行われた平成１５年１１月２５日の前日までの間に、Ｗに上場された銘柄で仮条件価格及び公開価格が判明したもののうち、公開価格がブック・ビルディングの仮条件価格の上限で決定されたものは、その約８割に及ぶこと、④本件株式売買が行われた日の翌日にはＦ株式の公募増資等の価格は１株１００万円と公表されていること、⑤Ｆは、本件株式売買が行われたのと同日における新株予約権の行使に関して所轄税務署に提出した調書（乙９０の別添２）に、同日時点のＦ株式の１株当たりの価額を１００万円と記載して提出しており、Ｆ自らが本件株式売買が行われた当時のＦ株式の価額を１株当たり１００万円と評価していること、⑥Ｆ株式の上場日である平成１５年１２月８日の翌日に成立した上場後の初値は２４０万円であること等からすれば、本件仮条件価格を参酌して通常取引されると認められる価額も、その上限の１株当たり１００万円と評価すべきである。
そして、Ｆ株式の価額が１株当たり１００万円であることを前提とした上、ＥのＦ株式以外の資産に係る資産額及び負債額につきＥ貸借対照表を基礎として、ＤのＥ持分の純資産価額を算定すると、４８億５５８８万２９１９円（別表１のⒷ⑥）となり、この資産額を前提とした上、ＤのＥ持分以外の資産に係る資産額及び負債額につきＤ貸借対照表を基礎として、Ｄの純資産価額を算定すると、５２億０７３８万０３２１円となり（別表１のⒹ⑪）、これは本件株式売買当時のＤ株式の時価に相当するところ、原告Ａが本件株式売買により被合併法人Ｂから譲り受けたＤ株式の譲受価額（６億７５００万円）は上記時価に比して低額というべきであるから、(a)原告Ａの本件連結事業年度に係る法人税については、当該譲受価額と時価との差額（４５億３２３８万０３２１円）は受贈益として益金の額に算入され、(b)被合併法人Ｂの本件単体事業年度に係る法人税については、当該譲渡価額と時価との差額（４５億３２３８万０３２１円）は、譲渡価額を構成し益金の額に算入される一方、寄附金に該当して損金の額に算入されるものの、当該寄附金の額のうち損金算入限度額を超える部分の額は損金の額に算入されないこととなる。
(エ) 原告らは、１株３０万円で売却した売買実例（本件第三者割当）に基づきＦ株式の価額を決めるべきであると主張するが、これは、第三者割当であって、取引の法的性質上、「売買」（民法５５５条）といえない上、本件増資における割当ては、Ｆの特別利害関係者等や取引先に対してされた第三者割当であるところ、第三者割当は、株主割当や公募（時価発行）の方法によることのできない特段の事情がある場合に行われるのが通例であり、第三者割当による場合の株式の発行価格は、割当て時点における当該株式の経済的価値を反映するものとはいい難く、「売買実例」とはいえないことは明らかである。
（原告らの主張の要旨）
(ア) Ｆ株式については、本件株式売買の約５か月前である平成１５年７月３１日に、ＦからＧ等３社に対し、１株当たり３０万円で合計８２０株（売買代金の総額２億４６００万円）が売却されており（本件第三者割当）、これは連基通８－１－２３(1)及び法基通９－１－１３(1)の売買実例に該当するから、本件株式売買当時のＦ株式の価額は３０万円と評価すべきである。売買は、売主が財産権を移転し、買主が代金の支払をすることを要素とする契約であるところ、本件第三者割当も売買に該当することは明らかである。
また、この価額が合理的であることは、①Ｆの取締役会で、開発研究投資のために必要な資金を調達するため、１株３０万円での第三者割当による新株発行が決議されていること、②平成１５年９月ないし１０月ころ証券取引所への上場を行ったＦと類似会社といえる他社の公募価格も２７万円ないし３５万円であったこと、③Ｆとしては、証券取引所への上場時の価格をできるだけ高くするために、上場に先立つ本件第三者割当の価格についてもできるだけ高く設定することを望む一方、買入れ側にとっても受入れ可能な価格とするため、双方の対立する利害を調整した結果、本件第三者割当の価格が３０万円と設定されたこと、④Ｅを通じてＦの大株主であったＤは、本件第三者割当当時、新株引受権の割当てを受けていないし、１株当たり３０万円で第三者割当を行うことにも反対しなかったことからすると、Ｄは、当時、この価額を割安とは考えていなかったとうかがわれること、⑤Ｆは、平成１５年７月３１日には、その従業員に対し、１株当たり３０万円で新株引受権を付与しているが、Ｆの取締役等は同様の新株引受権の付与を受けていないことからも、取締役等が、当時、この価額を割安と考えていなかったことがうかがわれること、⑥本件第三者割当に当たって、有利価格発行をするための株主総会の決議はされておらず、Ｆの他の株主から新株発行の差止め請求もされていないこと等から裏付けられる。
したがって、連基通８－１－２３(1)、(2)及び法基通９－１－１３(1)、(2)の定めにより、Ｆ株式の当時の評価額は、売買実例の株価である１株３０万円というべきである。
(イ) Ｗにおける公開価格が判明した５８件のうち、公開価格がブック・ビルディングの仮条件価格の上限で決定されたものは、その約８割であったということは、残る約２割がブック・ビルディングの上限ではなかったということであり、本件株式の合理的経済人である売主と合理的経済人である買主がブック・ビルディングの上限（１００万円）で本件株式を売買したことが証明されたとは必ずしもいえない。
したがって、連基通８－１－２３(2)及び法基通９－１－１３(2)が適用されるとしても、裁判で求められる証拠による事実認定の要請からは、Ｆ株式の当時の評価額は、保守的にみて、本件仮条件価格の下限（７５万円）であると評価すべきである。
イ Ｄ株式の評価における法人税額等相当額の控除の要否
（原告らの主張の要旨）
(ア) 連基通８－１－２４(3)及び法基通９－１－１４(3)は、非上場株式で気配相場のないものにつき評基通１７８から１８９－７までの例により価額の算定をするに当たって、評基通１８５本文に定める１株当たりの純資産価額の計算に当たり、評基通１８６－２により計算した評価差額に対する法人税額等相当額を控除しないものとしているが、これは、評価の対象となる会社が資産を処分して清算することなく事業を継続的に営むため、評価差額について法人税の課税が発生しないことを根拠として、評価の対象となる会社の株価の算出に当たって評価差額に対する法人税額等相当額を控除しないと定めているものと解される。
これに対し、Ｄは、本件株式売買の時点において、平成１６年４月１日に原告Ａを親連結法人とする連結子法人となることが確実であり、その前日である同年３月３１日時点で、時価評価資産の評価差額に対する法人税の納税義務が発生することが確定的であって、事業の継続性を前提としておらず、現にＤは当該納税義務を履行してもいるので、上記のとおりの法人税額等相当額を控除しない根拠の前提が本件では欠けているというべきであるから、Ｄ株式の価額を評価するに当たっては、その資産の評価差額に対する法人税額等相当額を控除すべきである。
(イ) また、株式売買の約４か月後に当該株式の発行会社が買主の連結納税グループに参加することにより、買主に当該株式の評価差額に対する法人税等が発生することが確実であるという状況においては、合理的な経済人である限り、売主も買主も当該評価差額に対する法人税額等相当額を控除した額を当該株式の価額とすると考えられるから、１株当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額（連基通８－１－２３(4)及び法基通９－１－１３(4)）は、法人税額等相当額を控除して算定した１株当たりの純資産価額であると解するのが通常の取引における当事者の合理的意思に合致する。
（被告の主張の要旨）
(ア) 原告らは、Ｄ株式の譲受価額について、連基通８－１－２３及び法基通９－１－１３に基づいて評価する方法を自ら選択しているのであって、そもそも連基通８－１－２４及び法基通９－１－１４の評価方法によっていないのであるから、Ｄ株式の評価に当たり、連基通８－１－２４(3)及び法基通９－１－１４(3)が適用されるか否かの問題は生じない。この点を措くとしても、評基通１８５が、評基通評価差額に対する法人税額等相当額を控除することとしているのは、相続財産が株式である場合には、株式の所有を通じて会社の資産を所有することとなるのに対し、個人事業主はその事業用資産を直接所有することから、このように事業用財産の所有形態が異なることを経済的に同一の条件の下に置き換えた上で評価の均衡を図る必要があることによるものであって、原告らが主張するように、評価の対象となる会社が事業を継続するか否か、連結加入評価損益（法人税法６１条の１２第１項（ただし、平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下同じ。）に規定する他の内国法人（法人税法４条の３第１０項又は第１１項のみなし承認によって連結子法人として連結納税グループに加入する内国法人）が連結加入直前事業年度終了の時に有する時価評価資産の評価益又は評価損をいう。以下同じ。）に対する法人税額等の納税義務が発生するか否かによって、連基通８－１－２４(3)及び法基通９－１－１４(3)が適用されるか否かが決まるわけではない。そして、評基通１８６－１に係る評価差額に対する法人税額等相当額と法人税法６１条の１２第１項に係る連結加入評価損益に対する法人税額等は、制度の趣旨、評価すべき時点、評価すべき資産、計算過程及び税率等を異にするものであるから、Ｄが連結加入評価損益に対する法人税額等を納税する義務があるか否かにかかわらず、連結加入評価損益に対する法人税額等と全く異なる評基通評価差額に対する法人税額等相当額を控除すべきという原告らの主張は失当である。
(イ) そして、本件株式売買時において、Ｄに連結加入評価損益に対する法人税額等の納税義務が発生することが確定的であるとはいえない上、一般的に、株式売買時においては、連結加入評価損益に対する法人税額等が生ずるか否か判断することができず、また、当該法人税額等を合理的に計算することも不可能であるから、本件株式売買時において、取引当事者間で当該法人税額等として控除すべき金額につき客観的に合理性を有する金額で合意が形成されていたとは考えられないので、Ｄ株式の客観的交換価値の算定に当たって、連結加入評価損益に対する法人税額等を控除することが合理的であるとは認められない。
(ウ) したがって、前記ア（被告の主張の要旨）のとおり、ＤがＥを通じて保有するＦ株式の時価は、１株当たり１００万円と評価するのが相当であるから、Ｅ保有のＦ株式（２万株）の時価合計は２００億円となり、これを前提にＤ株式１株当たりの時価純資産価額等を算定し、それを参酌して通常取引されると認められる本件株式売買におけるＤ株式の時価は、Ｄ株式の時価純資産価額５２億０７３８万０３２１円となる。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点(1)（本件単体更正処分のうち修正申告額を超えない部分の取消しを求める訴えの適法性）について
(1) 税法上、申告納税制度を採る法人税の納税義務者において自らの申告（修正申告を含む。）に係る税額が過大であるとしてこれを是正するためには、法定の期間内に法定の手続である更正の請求（通則法２３条）をすることが必要とされており、本来、納税義務者による自らの申告に係る税額の是正は専ら更正の請求によって図られるべきであって（更正の請求の排他性）、更正の請求という税法の定めた特別の手続を経ることなしに申告に係る税額を超えない部分についてまで更正処分の取消しを訴求することは、申告内容の錯誤が客観的に明白かつ重大であって税法の定めた方法以外にその是正を許さないならば納税義務者の利益を著しく害すると認められる特段の事情がない限り、許されないものと解される（最高裁昭和●●年(○○)第●●号同３９年１０月２２日第一小法廷判決・民集１８巻８号１７６２頁参照）。したがって、更正処分のうち申告額を超えない部分の取消しを求める訴えは、適法な更正の請求の手続を経ていない場合には、上記特段の事情がない限り、不適法であるというべきである。
(2) 本件では、原告Ｂは、処分行政庁に対し、平成１６年９月１６日、本件単体事業年度の法人税につき、所得金額２１億７７５７万３８４０円及び納付すべき法人税額６億４９２５万４６００円とする修正申告をし、その後、法定の期間内に更正の請求をしておらず、本訴においても、争点(1)については争わないとし、上記特段の事情についての主張・立証をしていないので、原告Ｂの訴えのうち、本件単体更正処分のうち所得金額２１億７７５７万３８４０円を超えない部分及び納付すべき税額６億４９２５万４６００円を超えない部分の取消しを求める部分は、不適法であり、却下を免れない。
２ 争点(2)ア（売買実例に関する調査等の手続上の取消事由の有無）について
(1) 税務署長が更正処分をするに当たっては、調査がされることをその手続上の要件としているが（通則法２４条）、税務調査の手続は、租税の公平及び確実な賦課徴収のために課税庁が課税要件の内容を構成する具体的事実の存否を調査する手段として認められた手続であって、その調査により課税標準の存在が認められる限り課税庁としては課税処分をしなければならないのであり、また、更正処分の取消訴訟においては客観的な課税標準の有無が争われ、これについて実体的な審査がされるのであるから、調査の手続の瑕疵は、原則として更正処分の適法性に影響を及ぼすものではなく、例外的に、調査の手続が刑罰法規に触れ、公序良俗に反し又は社会通念上相当の限度を超えて濫用にわたるなど重大な違法を帯び、何らの調査なしに更正処分をしたに等しいものとの評価を受ける場合に限り、その処分の取消事由となるものと解するのが相当である。
(2) そして、証拠（乙９１）によれば、本件の税務調査に従事した東京国税局調査第四部調査第５３部門国税調査官（当時）丙は、平成１６年１１月ころ、Ｇの公開引受部の担当者からＦ株式のＷへの上場の日程、公募増資等の価格の決定方法等について聴取を行った際、Ｆが第三者割当を行った事実を把握したことから、同年１２月１５日、Ｆに対する反面調査を行い、同社管理部長から、Ｆが平成１５年７月３１日に１株当たり３０万円の発行価額で行った本件第三者割当につき説明を受け、本件第三者割当が連基通８－１－２３(1)及び法基通９－１－１３(1)の「売買実例」に該当するか否かの検討も行ったものの、「増資」は「売買実例」には該当しないと解されることから、上記各通達の定めの適用はないとの結論に至り、その結果、本件各更正処分が行われたことが認められる。
(3) 上記(2)によれば、本件においては、本件第三者割当に関する調査が欠落していたとはいえず、本件の全証拠によっても、他に調査の手続が刑罰法規に触れ、公序良俗に反し又は社会通念上相当の限度を超えて濫用にわたるなど重大な違法を帯び、何らの調査なしに更正処分をしたに等しいものとの評価を受けるような事情の存在を認めるに足りないし、また、売買実例に関する事実認定の欠落又は判断の脱漏があったともいえないから（なお、本件第三者割当の売買実例該当性に係る処分行政庁の実体的な判断の適否については、後記４(2)イ(ア)参照）、本件各処分は調査懈怠・事実欠落・判断脱漏といった手続上の瑕疵を理由に取り消されるべきであるとの原告らの主張は理由がない。
３ 争点(2)イ（理由付記の不備の有無）について
(1) 本件のように青色申告に係る法人税について更正処分をする場合には、更正通知書に更正の理由を付記すべきものとされている（法人税法１３０条２項）ところ、帳簿書類の記載自体を否認して更正をする場合においては、単に更正に係る勘定科目とその金額を示すだけでなく、そのような更正をした根拠を帳簿の記載以上に信憑力のある資料を摘示することによって具体的に明示することを要するが、帳簿書類の記載自体を否認することなしに更正をする場合においては、その更正は納税者による帳簿の記載を覆すものではないから、更正通知書に付記された更正の理由が、そのような更正をした根拠について帳簿の記載以上に信憑力のある資料を摘示するというものでないとしても、処分庁の恣意の抑制及び不服申立ての便宜という理由付記制度の趣旨目的を充足する程度に具体的に明示するものである限り、法の要求する理由の付記として欠けるものではないと解するのが相当である（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同６０年４月２３日第三小法廷判決・民集３９巻３号８５０頁参照）。
(2) そして、本件連結更正処分及び本件単体更正処分は、いずれも、帳簿書類の記載自体を否認しているものではなく、帳簿書類の記載の前提となる事項であるＤ株式の価額の評価についての判断を原告らの申告と異にすることを理由として行われたものである。
そこで検討するに、本件連結更正処分及び本件単体更正処分に係る各更正通知書（甲２、５）には、本件株式売買につき、取引した価額が取得時又は譲渡時の価額（時価）に比して低いものと認められる理由として、「Ｅが保有しているＦ株式会社（以下「Ｆ」といいます。）の株式を調査した結果、①平成１５年１０月３１日ＸよりＷへの上場承認を受けたこと、②平成１５年１１月１４日に、ブック・ビルディングの仮条件の価格が７５０，０００円から１，０００，０００円として公表されたこと、③平成１５年１１月１７日「株式の募集及び売出しのお知らせ」の法定広告がされたこと、④平成１５年１１月２５日ブック・ビルディングが終了し、平成１５年１１月２６日に公募等の価格が１株あたり１，０００，０００円に決定し公表されたこと、からＦ株式は公募等が行われる公開途上にあり、平成１５年１１月２５日における当該株式の１株当たりの価額は１，０００，０００円が相当であると認められること。」との記載に加え、Ｄ株式の取得時又は譲渡時の価額（時価）の計算過程が具体的に記載されているので、上記各更正通知書には、本件株式売買において取引した価額が時価に比して低いと認められる理由の具体的な説明及びＤ株式の取得時又は譲渡時の価額（時価）の具体的な計算過程が記載されているといえるから、上記(1)の理由付記制度の趣旨目的を充足する程度に更正の理由が具体的に明示されており、法の要求する理由の付記として欠けるものではないというべきである。
以上によれば、本件各処分は理由付記の不備を理由に取り消されるべきであるとの原告らの主張は理由がない。
４ 争点(2)ウ（Ｄ株式の評価額の適否）について
(1)ア連基通８－１－２３及び法基通９－１－１３は、法人税法３３条２項の規定を適用して非上場株式で気配相場のないものについて評価損を計上する場合に、当該株式につき売買実例の有無、その公開の途上にあるか否か、その発行法人と事業の種類、規模、収益の状況等が類似する法人の有無に応じて価額を決める（連基通８－１－２３(1)ないし(3)、法基通９－１－１３(1)ないし(3)）とともに、当該株式に売買実例がなく、その公開の途上になく、その発行法人と事業の種類、規模、収益の状況等が類似する法人がないときは、事業年度終了の時における当該株式の価額は、当該事業年度終了の日又は同日に最も近い日におけるその株式の発行法人の事業年度終了の時における１株当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額による旨を定めている（連基通８－１－２３(4)、法基通９－１－１３(4)）。もっとも、連基通８－１－２３(4)及び法基通９－１－１３(4)のような一般的、抽象的な評価方法の定めのみに基づいて株式の価額を算定することは困難であり、他方、評基通の定める非上場株式の評価方法は、相続又は贈与における財産評価手法として一般的に合理性を有し、課税実務上も定着しているものであるから、これと著しく異なる評価方法を法人税の課税において導入すると、混乱を招くこととなる。このような観点から、連基通８－１－２４及び法基通９－１－１４は、評基通の定める非上場株式の評価方法を、原則として法人税課税においても是認することを明らかにするとともに、この評価方法を無条件で法人税課税において採用することには弊害があることから、評基通１８５が定める１株当たりの純資産価額の計算に当たり、評基通１８６－２により計算した評価差額に対する法人税額等に相当する金額を控除しないものとするなどの条件を付して採用することとしている。
イ そして、(ア)(a)そもそも、相続税及び贈与税の課税価格計算の基礎となる財産の評価に関する基本的な取扱いを定めた評基通の１８５が、１株当たりの純資産価額の算定に当たり法人税額等相当額を控除するものとしているのは、非上場株式で気配相場のないもの（取引相場のない株式）に関して１株当たりの純資産価額を算定するに当たって、課税時期における相続税評価額による総資産価額から課税時期における各負債の金額の合計額を控除した金額を基礎に相続税及び贈与税の課税価格を計算したのでは、個人が財産を直接所有し、支配している場合と、個人が当該財産を評価の対象となる会社を通じて間接的に所有し、支配している場合との評価の均衡を図ることができず、人の死亡及び贈与によって財産が移転する機会にその財産に対して課される相続税及び贈与税の課税価格の計算の妥当性を欠く結果となることから、この均衡を図るべく、評価差額（課税時期における相続税評価額による総資産価額からこの総資産価額の計算の基とした各資産の帳簿価額の合計額を控除した額）に対する法人税額等相当額を控除するものとしたと解されるところ、(b)連基通８－１－２４及び評基通９－１－１４の定める法人（連結法人を含む。以下同じ。）につき法人税法３３条２項の規定を適用して非上場株式で気配相場のないものについて評価損を計上すべく事業年度終了の時における当該株式の価額の評価を行う場面においては、法人税の課税対象となる法人が評価の対象となる会社の所有する財産を直接所有し、支配している場合を想定してこれとの均衡を図る必要があるとは考えられず、上記(a)の法人税額等相当額を控除する趣旨が妥当しないことに加えて、(イ)上記のとおり、連基通８－１－２３(4)及び法基通９－１－１３(4)が一般的、抽象的な評価方法を定めているにとどまるため、連基通８－１－２４及び法基通９－１－１４は、これを具体化する等の観点から、一定の条件を付した上で評基通１８５を採用していると解されることからすると、その採用に当たっても、連基通８－１－２３(4)及び法基通９－１－１３(4)の定める内容と性質上相容れない事項については除外するのが合理的であると考えられるところ、上記各通達の当該各(4)の定めにおいては、「１株当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額」をもって、評価損の計上に当たっての価額とする旨定められており、株式を有償の契約で取引する場合には、相続及び贈与の場合とは異なり、通常、株式を発行している会社の更なる事業拡大、利益・配当の増加及びこれらに伴う将来転売する際の株価の上昇等に対する予測等を前提として価額交渉が行われた上で売買価額が決められ、取引時点における純資産価額に将来の株価上昇への予測等を織り込んだ数額を上乗せする事例も少なくないと考えられる一方、純資産価額から取引時点における当該会社に課される法人税額等相当額を控除するのが必ずしも一般的であるとは考えられないことにかんがみ、上記「１株当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額」を算定する際に、一律に法人税額等相当額を控除することは、上記各通達の当該各(4)の定める内容と性質上相容れないものといわざるを得ないことに照らすと、連基通８－１－２４(3)及び法基通９－１－１４(3)が、上記のとおり、事業年度終了の時における当該株式の価額の評価に関して、評基通１８５の定める１株当たりの純資産価額の計算に当たり、評基通１８６－２により計算した評価差額に対する法人税額等に相当する金額を控除しないとの条件を付したことには合理性があるものと考えられる（なお、法基通については、平成１２年課法２－７による平成１２年６月２８日付け改正により９－１－１４(3)が設けられて法人税課税における１株当たりの純資産価額の評価に当たり法人税額等相当額を控除しないことが明文で定められ、また、連基通については、平成１５年２月２８日の制定当初から同旨の明文の定めが設けられていたところであって、同年１１月２５日の本件株式売買の時点では、一般の納税義務者にとって、連基通及び法基通において、評基通１８５の定める株式の１株当たりの純資産価額の算定方法のうち法人税額等相当額を控除する部分が、法人税課税における株式の評価に当てはまらないことは既に明らかになっていたというべきであり、この点からも、同日の本件株式売買の時点において、連基通８－１－２４(3)及び法基通９－１－１４(3)の合理性が裏付けられるということができる。）。
ウ したがって、評基通１８５が定める１株当たりの純資産価額の算定方式を法人税課税においてそのまま採用すると、相続税や贈与税との性質の違いにより課税上の弊害が生ずる場合には、これを解消するために修正を加えるべきであるところ、このような修正をした上で同通達所定の１株当たりの純資産価額の算定方式にのっとって算定された価額は、一般に通常の取引における当事者の合理的意思に合致するものとして、連基通８－１－２３(4)及び法基通９－１－１３(4)にいう「１株当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額」に当たるというべきであり、そして、このように解される連基通８－１－２３(4)及び８－１－２４並びに法基通９－１－１３(4)及び９－１－１４の定めは、法人の収益、寄附金等の額を算定する前提として株式の価額を評価する場合においても合理性を有するものとして妥当するというべきである（上記につき、最高裁平成●●年（○○）第●●号同１８年１月２４日第三小法廷判決・裁判集民事２１９号２８５頁参照。なお、同判決の事案は、上記平成１２年の法基通の改正前及び上記平成１５年の連基通の制定前の事案であったため、法人税額等相当額の控除の有無に関しては、上記イと当該事例の結論を異にしている。）。
エ(ア) Ｄ株式は、非上場株式であり、気配相場や独立当事者間の適当な売買実例がなく、その公開の途上になく、同社と事業の種類、規模、収益の状況等において類似する法人はなかった（前記前提事実(2)）から、連基通８－１－２３(4)及び８－１－２４並びに法基通９－１－１３(4)及び９－１－１４に基づき、本件株式売買の日におけるＤ株式の「１株当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額」（時価）を評価した上、Ｄ株式に係る本件株式売買に関する収益、寄附金等の額を算定することには合理性があるというべきである。
(イ) そして、評基通１８５に基づき（ただし、上記イ及びウのとおり、評基通１８６－２により計算した評価差額に対する法人税額等に相当する金額は控除しない。）、Ｄに関して各資産の価額から各負債の金額の合計額を減じて本件株式売買当時の純資産価額を算定するに当たっては、(a)前記第２の３(2)のとおり、本件株式売買当時のＤの純資産価額を算定する過程で、Ｅ貸借対照表及びＤ貸借対照表に計上・記載された額を基礎とすることに当事者間で争いがない各資産（ＤのＥ持分以外の資産及びＥのＦ株式以外の資産）及び各負債（Ｄ及びＥの各負債）については、上記額を基礎とすることには合理性があり、(b)当事者間で争いのあるＥ持分に係る資産額及び同額算定の前提として算定されるべきＤがＥを通じて保有するＦ株式に係る資産額については、（ⅰ）まず、Ｆ株式は、前記前提事実(5)のとおり、本件株式売買が行われた平成１５年１１月２５日当時、同年１０月３１日にＷへの上場の承認を受けて同年１２月８日にＷへ上場すべく公募が行われていることから、公開途上にある株式で、当該株式の上場に際して株式の公募が行われるもの（連基通８－１－２３(2)及び法基通９－１－１３(2)）に該当するところ、連基通８－１－２４及び法基通９－１－１４は、連基通８－１－２３(1)及び(2)並びに法基通９－１－１３(1)及び(2)に該当する非上場株式については、評基通の定める評価方法を法人税課税において是認する対象から除外していることにかんがみると、連基通８－１－２３(1)及び法基通９－１－１３(1)又は連基通８－１－２３(2)及び法基通９－１－１３(2)に基づきＦ株式を評価することには合理性があり（なお、本件では、前記第２の５(4)のとおり、上記各通達の当該各(1)又は(2)の定めに基づきＦ株式の価額を算定することについては、当事者間で争いがない。）、（ⅱ）次に、上記（ⅰ）のとおり評価したＦ株式の価額（Ｅの保有するＦ株式に係る資産額）にＥのＦ株式以外の資産に係る資産額（Ｅ貸借対照表に計上・記載された額）を加えた額からＥの負債額（Ｅ貸借対照表に計上・記載された額）を減じて得られた額（Ｅの総財産に係る純資産価額）にＤの持分割合（３５分の８）を乗じてＥ持分の純資産価額を算定することには合理性があり、(c)Ｄの本件株式売買当時の純資産価額については、上記(b)（ⅱ）のとおり算定されたＤのＥ持分に係る資産額（Ｅ持分の純資産価額）にＤのＥ持分以外の資産に係る資産額（Ｄ貸借対照表に計上・記載された額）を加えた額からＤの負債額（Ｄ貸借対照表に計上・記載された額）を減じて算定することに合理性があるというべきである。
したがって、上記(a)ないし(c)の算定方法により得られた本件株式売買当時のＤの純資産価額は、一般に通常の取引における当事者の合理的意思に合致するものとして、連基通８－１－２３(4)及び法基通９－１－１３(4)にいう「１株当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額」（時価）に当たるというべきであり、この価額（時価）に基づきＤ株式に係る本件株式売買に関する収益、寄附金等の額を算定することには合理性があるというべきである。
オ そこで、以下、上記の観点を前提として検討する。
(2) 争点(2)ウ(ア)（Ｆ株式の評価額の適否）について
ア 前記前提事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨によれば、次の事実が認められる。
(ア) Ｆは、遅くとも平成１５年初めころまでに、証券取引所への上場を計画し、Ｚ株式会社に依頼して、上場のための調査・準備等を実施させたものの、同社はＦの代表取締役の希望する上場初日の時価総額を達成できるだけの計画を立案できなかったことから、同社を上場主幹事とはしないことを決め、同年６月ころ、Ｇを上場主幹事として、Ｗへの上場を計画した。（甲２７）
(イ) Ｆは、平成１５年７月１５日開催の取締役会において、Ｇに対して３３０株、Ｈ投資事業組合（投資業を目的とするＩ株式会社が業務執行組合員となっている投資事業組合）に対して３３０株、Ｊ株式会社（Ｆの取引先であり情報サービス業を目的とする会社）に対して３３０株を、いずれも１株当たり３０万円で、第三者割当による新株発行を行う旨の決議を行い、同月３１日、上記決議に基づき、第三者割当を行った（本件第三者割当）。（甲２０、２１、２７）
(ウ) 株式会社Ｘは、有価証券の新規上場、上場管理、上場廃止その他有価証券の上場に関して必要な事項を有価証券上場規程で定めており、同規程の細則として、同規程に基づき、有価証券上場規程施行規則が定められている。有価証券上場規程施行規則において、①新規上場申請者は、上場前の公募等（上場申請日から上場日の前日までの期間における内国株券等の公募又は売出し。２条３項１５号）を行う場合には、ブック・ビルディング（同規則に定めるところにより行う上場前の公募等に係る投資者の需要状況の調査。同項２３号）又は競争入札による公募等のいずれかの手続を行うものとされ（２３３条）、②新規上場申請者及び元引受取引参加者（公募又は売出しに関し元引受契約を締結する金融取引業者である取引所の取引参加者。２条３項２６号）は、ブック・ビルディングを行う場合には、（ⅰ）ブック・ビルディングにより把握した投資者の需要状況に基づき、上場日までの期間における有価証券の相場の変動により発生し得る危険及び需要見通し等を総合的に勘案して、公開価格（上場前の公募等の価格。同項９号）を決定し（２３４条１項１号）、（ⅱ）新規上場申請者の財政状態及び経営成績並びに有価証券に対する投資に係る専門的知識及び経験を有する者の意見その他の公開価格の決定に関し参考となる資料及び意見を総合的に勘案し、公開価格に係る仮条件（投資者の需要状況の調査を行うに際して投資者に提示する価格の範囲等をいう。）を決定する（２４３条１項）とともに、（ⅲ）上記（ⅰ）により公開価格を決定した場合には、直ちに当該公開価格及び決定の理由等を書面により公表すべきものとされ（２３４条２項）、③元引受取引参加者は、上記②（ⅲ）の定めにより公開価格に係る仮条件を決定した場合には、直ちに当該仮条件及び決定の理由等を書面により公表すべきものとされている（２４３条２項）。（乙２２）
(エ) Ｆは、上場承認を受けた平成１５年１０月３１日付けで、「公募新株式発行並びに株式売出しに関する取締役会決議のお知らせ」を公表したが、その概要は次のとおりである。（乙１９）
ａ 発行新株式数普通株式８０００株
ｂ 発行価額未定
ｃ 募集方法発行価格での一般募集とする。
ｄ 引受の方法一般募集とし、Ｇほか１０社に全株式を買取引受させる。なお、本募集における価格（発行価格）は、今後の取締役会において決定する発
行価額以上の価格で仮条件を提示し、当該仮条件に基づいて需要状況
等を勘案した上で、平成１５年１１月２６日に決定する。
(オ) Ｆは、平成１５年１１月１４日付けで、要旨次の内容が記載されている「公募新株式の発行価額及びブックビルディングの仮条件決定のお知らせ」を公表したが、その概要は次のとおりである。（乙２０）
ａ 発行価額１株につき６３万７５００円
ｂ 仮条件７５万円から１００万円（本件仮条件価格）
ｃ 需要の申告期間平成１５年１１月１８日から同月２５日まで
ｄ 仮条件の決定理由仮条件は、事業内容、経営成績及び財政状態、事業内容の類似性の高い公開会社との比較、価格算定能力が高いと推定される機関
投資家等の意見及び需要見通し、現在の株式市場の状況、最近の
新規公開株に対する市場評価及び上場日までの価格変動リスク
等を総合的に勘案して決定した。
(カ) Ｆは、上記(オ)ｃのとおり、平成１５年１１月１８日から同月２５日までブック・ビルディングを実施した上、同月２６日、公募増資等の価格を１株当たり１００万円と決定した。Ｆが公表した「公募増資等の価格決定及びオーバーアロットメントによる株式売出しの株式数決定のお知らせ」と題する文書には、公募増資等の価格を上記のとおり決定した理由として、７５万円以上１００万円以下の仮条件（本件仮条件価格）によりブック・ビルディングを実施したところ、①申告された総需要株式数が公開株式数１万７０００株を十分に上回る状況であったこと、②申告された需要件数が多数にわたっていたこと、③申告された需要の相当数が本件仮条件価格の上限価格に集中していたことから、公開株式数以上の需要が見込まれる価格として、現在の株式市場の状況、最近の新規公開株に対する市場評価及び上場日までの期間における価格変動リスク等を総合的に勘案して、上記価格を決定した旨記載されている。（乙２１）
(キ) Ｗが開設された平成１１年１１月１１日から本件株式売買が行われた平成１５年１１月２５日の前日までの間、Ｗに上場された株式の銘柄数は、他市場上場済みのものを除き６７件であり、そのうち仮条件価格及び公開価格が判明したものは５８件であるが、当該５８件のうち、４６件（７９．３％）の公開価格がブック・ビルディングの仮条件価格の上限で決定されている一方、２件（３．４％）の公開価格がブック・ビルディングの仮条件価格の下限で決定されている。また、本件株式売買が行われた平成１５年１１月２５日以後、平成２０年５月３１日までの間にＷに上場され、ブック・ビルディング方式によって公開価格の決定がされた１７１件のうち、公開価格が仮条件価格の上限で決定されたものは、１６５件（９６．５％）である一方、下限で決定されたものは２件（１．２％）にとどまる。（乙２３、８８）。
イ そこで、前記前提事実及び上記アの認定事実を踏まえ、以下、前記(1)に沿って検討する。
(ア)ａ前記(1)エのとおり、評基通１８５に基づきＤに関して各資産の価額から各負債の金額の合計額を減じて本件株式売買当時の純資産価額を算定するに当たり、Ｆ株式について、連基通８－１－２３(1)及び法基通９－１－１３(1)又は連基通８－１－２３(2)及び法基通９－１－１３(2)に基づき評価することには合理性があるところ、原告らは、本件第三者割当は、連基通８－１－２３(1)及び法基通９－１－１３(1)の売買実例に該当するから、本件株式売買当時のＦ株式の価額は３０万円と評価すべきである旨主張する。
ｂ そこで検討するに、第三者割当は、株式会社が特定の第三者に対して行う新株発行であり、発行価額いかんによっては旧株主に経済的不利益を及ぼすので、引受人にとって発行価額が特に有利な場合には株主総会の特別決議による承認が要求され（平成１７年法律第８７号による改正前の商法２８０条の２第２項）、特別決議による承認を経ていないときは発行条件の通知・公告が要求され（同法２８０条の３の２、２８０条の３の３第１項）、株式会社が法令若しくは定款に違反し又は著しく不公正な方法によって株式を発行し、これにより株主が不利益を受けるおそれがある場合に、株主から会社に対し新株発行の差止めを請求することができ（同法２８０条の１０）、新株発行に法律的瑕疵がありそのためにその効力を認め得ない場合に、株式会社の法律関係の画一的確定等を図るべく、株主、取締役等から会社に対し新株発行無効の訴えを提起することができる（同法２８０条の１５）など、新株発行が株式会社の組織に関する事項で、株主の地位に大きな影響を及ぼす事柄であること等にかんがみ、売買とは全く異なる法的規律が定められているほか、割当て時点において、いまだ株式が発行されておらず、所定の払込期日までに発行価額の全額の払込みをした者が、当該期日の翌日から株主となるものと法定される（同法２８０条の７及び９参照）など、株式の発生及び権利移転の仕組み等の観点からも、私人間の自由な取引である売買とは全く異質なものである。また、第三者割当は、新株発行の諸方法の一つであり、一般に、引受人との関係強化を目的とする場合、会社の業績が不振なため特定の大株主以外による募集株式の引受けが期待できない場合等、株主割当又は公募の方法によれない特別の事情があるときに行われるのが通例であるとされており、その発行価格は、必ずしも割当て時点の当該株式の市場価値を反映するものとはいい難い。そして、法人税法上も、①法人が有価証券の売買を行った場合、当該有価証券の譲渡損益の額は、同法６１条の２第１項の規定により、譲渡に係る対価の額から譲渡に係る原価の額を控除して計算するのに対し、法人が第三者割当を行った場合には、当該増資により払い込まれた金銭の額は、同法２２条２項及び５項の規定により、資本等取引から生じたものとして、所得の金額の計算上、益金の額に算入されず、所得の金額の増減とはならず（第三者割当に係る払込金は有価証券の譲渡損益の課税対象とされていない。）、②有価証券の売買とは異なり、第三者割当により払い込まれた金銭の額は、同法６１条の２第１項の規定の適用がなく、同法２条１６号及び１７号（ただし、平成１８年法律第１０号による改正前のもの）の規定により、資本の金額又は資本積立金額として処理されることとなるなど、第三者割当に係る払込金は、売買代金とは全く異なる取扱いがされている。
以上のとおり、第三者割当と売買とは私法上の法的性質を本質的に異にするものであり、上述の第三者割当を巡る状況も相まって、第三者割当に係る株式の発行価格自体も割当て時点の当該株式の市場価値を反映するものとはいい難い上、税法上も全く異なる規律に服するものであることにかんがみると、連基通８－１－２３(1)及び法基通９－１－１３(1)の「売買実例」には第三者割当は含まれないものと解するのが相当である。したがって、本件第三者割当に連基通８－１－２３(1)及び法基通９－１－１３(1)の適用があることを前提としてその発行価格である１株当たり３０万円をもってＦ株式の価額と評価すべきであるとする原告らの主張は理由がない。
ｃ この点に関し、原告らは、１株当たり３０万円という価額の評価が合理的であることは、①Ｆの取締役会で、開発研究投資のために必要な資金を調達するために、１株３０万円での第三者割当による新株発行が決議されていること、②平成１５年９月ないし１０月ころ証券取引所への上場を行ったＦと類似会社といえる他社の公募価格も２７万円ないし３５万円であったこと、③Ｆとしては、証券取引所への上場時の価格をできるだけ高くするために、上場に先立つ本件第三者割当の価格についてもできるだけ高く設定することを望む一方、買入れ側にとっても受入れ可能な価格とするため、双方の対立する利害を調整した結果、本件第三者割当の価格が３０万円と設定されたこと、④Ｅを通じてＦの大株主であったＤは、本件第三者割当当時、新株引受権の割当てを受けてもいないし、１株当たり３０万円で第三者割当を行うことにも反対しなかったことからすると、Ｄは、当時、この価額を割安とは考えていなかったとうかがわれること、⑤Ｆは、平成１５年７月３１日には、その従業員に対し、１株当たり３０万円で新株引受権を付与しているが、Ｆの取締役等は同様の新株引受権の付与を受けていないことからも、取締役等が、当時、この価額を割安と考えていなかったことがうかがわれること、⑥本件第三者割当に当たって、有利価格発行をするための株主総会の決議はされておらず、Ｆの他の株主から新株発行の差止め請求もされていないことから等から裏付けられる旨主張するので、念のため検討する。
まず、上記①及び③の主張について検討するに、前記ａのとおり、一般的に、第三者割当は、引受人との関係強化を目的とする場合等、株主割当又は公募の方法によれない特別の事情があるときに行われるのが通例とされていることに加えて、前記ア(イ)のとおり、本件第三者割当の引受人は、数か月後に予定していた上場に係る主幹事会社、取引先等であることにかんがみると、上記各主張に係る事情があるからといって、本件第三者割当の価額をもって本件株式売買当時のＦ株式の価額と評価することが合理的であるということはできない。次に、上記②の主張について検討するに、原告らが類似会社と主張する会社とＦとの類似性を裏付ける的確な証拠はない上、上場の際の公募価格は、各会社の事業内容、経営成績、財政状態等の多様な要素に応じて決まることにも併せかんがみると、上記主張は理由がない。そして、上記④ないし⑥の主張について検討するに、仮に原告ら主張のような主観的（上記④及び⑤）ないし概括的（上記⑥）な事情が認められるからといって、本件第三者割当の価額をもって本件株式売買当時のＦ株式の価額と評価することが客観的・具体的な価額の評価として合理的であるということはできない。
ｄ 以上のとおり、本件第三者割当は、連基通８－１－２３(1)及び法基通９－１－１３(1)に定める「売買実例」に該当せず、他に、Ｆ発行の株式につき上記各通達の当該各(1)の要件を満たす売買実例も証拠上見当たらない以上、Ｆ株式につき上記各通達の当該各(1)の定めに基づき評価することはできないというべきである。
(イ)ａそして、前記前提事実(5)のとおり、Ｆ株式は、本件株式売買が行われた平成１５年１１月２５日当時、同年１０月３１日にＷへの上場の承認を受けて同年１２月８日にＷへ上場すべく公募が行われていたことから、公開途上にある株式で、当該株式の上場に際して株式の公募が行われるものに該当するところ、上記(ア)で検討したとおり、連基通８－１－２３(1)及び法基通９－１－１３(1)の定めに基づき評価することはできないから、本件株式売買に係るＤ株式の評価の前提として行うＦ株式の評価については、連基通８－１－２３及び法基通９－１－１３に基づく場合には、上記各通達の当該各(2)の定めを根拠として、金融商品取引所（証券取引所又は日本証券業協会）の内規によって行われる入札により決定される入札後の公募等の価格等を参酌して通常取引されると認められる価額により行うことが合理的であると解される。
ｂ そこで、Ｆ株式の評価額について検討するに、株式会社Ｘの有価証券上場規程施行規則によれば、Ｆが公開価格の決定に当たり採用したブック・ビルディング（上場前の公募等に係る投資者の需要状況の調査）を行う場合には、新規上場申請者の財政状態及び経営成績並びに有価証券に対する投資に係る専門的知識及び経験を有する者の意見その他の公開価格の決定に関し参考となる資料及び意見を総合的に勘案して公開価格に係る仮条件を決定する（２４３条１項）ものとされており（前記ア(ウ)）、この規律に従い、Ｆは、同社株式のブック・ビルディングに係る仮条件につき、事業内容、経営成績及び財政状態、事業内容の類似性の高い公開会社との比較、価格算定能力が高いと推定される機関投資家等の意見及び需要見通し、当時の株式市場の状況、最近の新規公開株に対する市場評価及び上場日までの価格変動リスク等を総合的に勘案して、７５万円以上１００万円以下（本件仮条件価格）と決定した（前記ア(オ)）ことからすると、本件仮条件価格は、価格算定能力が高いと推定される機関投資家等の意見及び需要見通し並びに株式市場の当時の状況及び最近の新規公開株への評価等を勘案したものである以上、その当時における客観的な価格帯を表しているものと解され、本件仮条件価格の決定が本件株式売買の約１０日前に行われていることも併せ考えると、Ｆ株式の通常取引されると認められる価額の算定に当たっては、本件仮条件価格を連基通８－１－２３(2)及び法基通９－１－１３(2)に定める「金融商品取引所の内規によって行われる入札により決定される入札後の公募等の価格等」として参酌することが相当であると解される。そして、(a)Ｆは、本件株式売買の翌日である平成１５年１１月２６日に公募増資等の価格を１株当たり１００万円と決定の上これを公表したが、上記価格は、７５万円以上１００万円以下の仮条件（本件仮条件価格）によりブック・ビルディングを実施したところ、（ⅰ）申告された総需要株式数が公開株式数１万７０００株を十分に上回る状況であったこと、（ⅱ）申告された需要件数が多数にわたっていたこと、（ⅲ）申告された需要の相当数が本件仮条件価格の上限価格に集中していたことから、公開株式数以上の需要が見込まれる価格として、現在の株式市場の状況、最近の新規公開株に対する市場評価及び上場日までの期間における価格変動リスク等を総合的に勘案して、決定されたものであること（前記ア(カ)）、(b)Ｆの普通株式株券は、同年１２月８日、Ｗに上場されたが、上場日の翌日である同月９日の初値は本件仮条件価格の上限を大幅に上回る２４０万円であったこと（前記前提事実(5)）、(c)Ｗの開設後、平成２０年５月までの間にブック・ビルディング方式によって公開価格を決定した事例の大半（合計２２９件のうち２１１件（約９２．１％））が、仮条件価格の上限で価格の決定がされており、その下限で価格の決定がされた事例はごく僅少（合計２２９件のうち４件（約１．７％）のみ）にとどまること（前記ア(キ)）、(d)Ｆは、がん治療薬の開発に関連する事業を目的とするいわゆるバイオベンチャー企業であるところ、本件株式売買が行われた平成１５年１１月２５日当時、ａ市場であるＷにおいて、バイオ関連銘柄の株式が好況で、●●月●●日付けｂ新聞に「人気が過熱してきた」との報道記事が掲載されていたこと（甲２７、乙８７）に加えて、(e)Ｆは、同月２５日（本件株式売買の日）における新株予約権の行使に関して、同日時点のＦ株式の１株当たりの価額を１００万円と記載した調書を平成１６年１月３１日までに所轄税務署に提出しており（乙９０の別添２。所得税法２２８条の２、同法施行規則９７条の２）、Ｆ自らが本件株式売買が行われた当時のＦ株式の価額を１株当たり１００万円と評価していることを総合的に考慮すれば、本件仮条件価格を参酌して通常取引されると認められる価額は、その上限である１株当たり１００万円と評価するのが相当であると解される。
ｃ この点に関し、原告らは、予備的な主張として、Ｆ株式の価額を本件仮条件価格の下限である１株当たり７５万円と評価すべき旨主張するが、上記(a)ないし(e)の諸事情を総合的に考慮すれば、上記主張は理由がないものといわざるを得ない。
(ウ) したがって、本件株式売買当時のＦ株式の価額（時価）は、１株当たり１００万円と評価するのが相当である。
(3) 争点(2)ウ(イ)（Ｄ株式の評価における法人税額等相当額の控除の要否）についてア(ア) 原告らは、Ｄは、本件株式売買の時点において、平成１６年４月１日に原告Ａを親連結法人とする連結子法人となることが確実であり、その前日である同年３月３１日時点で、時価評価資産の評価差額に対する法人税の納税義務が発生することが確定的であって、事業の継続性を前提としていないので、評価対象の会社が事業を継続することを根拠として、評基通１８６－２により計算した評価差額に対する法人税額等相当額は控除しない旨定める連基通８－１－２４(3)及び法基通９－１－１４(3)の前提を欠いているから、Ｄ株式の価額を評価するに当たっては、その資産の評価差額に対する法人税額等相当額を控除すべきである旨主張する。
(イ) そこで検討するに、前記(1)のとおり、Ｄ株式の価額の評価は、連基通８－１－２３(4)及び８－１－２４並びに法基通９－１－１３(4)及び９－１－１４に基づき行うのが合理的であると解されるところ、①連基通８－１－２４(3)及び法基通９－１－１４(3)は、評基通１８５本文に定める１株当たりの純資産価額の計算に当たり、評基通１８６－２により計算した評価差額に対する法人税額等相当額は控除しないものとする旨明文で定めており、これは、(a)１株当たりの純資産価額の算定に当たり法人税額等相当額を控除する旨を定めた評基通１８５の趣旨が法人税課税における評価においては妥当しないこと、(b)評基通１８５は、連基通８－１－２３(4)及び法基通９－１－１３(4)を具体化する等の観点から一定の条件を付した上で採用されているものであり、その採用に当たっては上記各通達の当該各(4)の定める内容と性質上相容れない事項が除外されることが合理的であることなどにかんがみると、合理性のある取扱いであると解されることからすると、原告らの上記主張は上記各通達に明文のない例外を創設するものであって、「事業の継続性の有無」という抽象的かつ曖昧な基準によって上記各通達に明文のない例外を創設することには、課税実務の安定的・公平な運用の観点から疑問がある上、②評基通１８５が、１株当たりの純資産価額の算定に当たり法人税額等相当額を控除するものとしているのは、個人が財産を直接所有し、支配している場合と、個人が当該財産を会社を通じて間接的に所有し、支配している場合との評価の均衡を図るためであり、評価の対象となる会社が現実に解散されることを前提としていることによるものではないと解されること（前掲最高裁平成●●年（○○）第●●号同１８年１月２４日第三小法廷判決参照）に照らすと、評価の対象となる会社の事業の継続性の有無を基準として法人税額等相当額の控除の有無を決することには合理性がないというべきである。
(ウ) この点に関し、原告らは、連結子法人として連結納税グループに加入する他の内国法人は、法人税法６１条の１２第１項に基づき、連結加入直前事業年度終了の時に有する時価評価資産について、その事業年度の所得金額の計算上、連結加入評価損益を益金の額又は損金の額に算入するものとされているところ、株式価額の評価の対象となる会社が連結子法人として連結納税グループに加入する他の内国法人である場合には、同項に基づき課税される以上、１株当たりの純資産価額の算定に当たっては、評基通１８５に基づき評基通１８６－２により計算した法人税額等相当額を控除すべき旨主張するものとも解される。しかし、①法人税法６１条の１２第１項は、(a)連結加入直前事業年度の終了時に、(b)時価評価資産を有する法人が資産の含み損又は含み益を連結納税グループに持ち込むことによる租税回避を防止する等の趣旨で、(c)みなし承認によって連結子法人として連結納税グループに加入する法人に対し、連結加入直前事業年度終了時に有する各資産のうち時価評価資産（固定資産、土地、有価証券、金銭債権及び繰延資産のうち一定のもの。同法６１条の１１第１項（ただし、平成１８年法律第１０号による改正前のもの）、同法施行令１２２条の１２第１項参照）を時価評価し、その評価益又は評価損を当該事業年度の益金又は損金に計上すべき旨を定めるものであるのに対し、②評基通１８５及び１８６－２は、(a)相続税の課税時期に、(b)個人が財産を直接所有し、支配している場合と、個人が当該財産を評価の対象となる会社を通じて間接的に所有し、支配している場合との評価の均衡を図る趣旨で（前記(1)イ）、(c)非上場株式で気配相場のないもの（取引相場のない株式）に係る１株当たりの純資産価額は、相続税評価額による総資産価額から各負債の金額の合計額及び法人税額等相当額（（ⅰ）課税時期における相続税評価額による総資産価額から課税時期における各負債の金額の合計額を控除した金額から、（ⅱ）課税時期における相続税評価額による総資産価額の計算の基とした各資産の帳簿価額の合計額（ただし、現物出資等受入れ差額を加算した価額）から課税時期における各負債の金額の合計額を控除した金額を控除した残額に、（ⅲ）４２％（清算所得に対する法人税、事業税、都道府県民税及び市町村民税の税率の合計に相当する金額）を乗じて計算した金額）を控除した金額を、課税時期における発行済株式数で除して計算した金額とする旨を定めるものである（前記第２の１(3)）。そうすると、法人税法６１条の１２第１項と評基通１８５及び１８６－２とは、制度の趣旨及び内容（計算過程を含む。）が全く異質なものであることはもとより、評価の時点につき、連結加入直前事業年度の終了時（法人税法６１条の１２第１項）と相続税の課税時期（評基通１８５及び１８６－２）とで異なり、評価の対象となる資産につき、時価評価資産のみ（法人税法６１条の１２第１項）と評価の対象となる会社の全資産（評基通１８５及び１８６－２）とで異なり、評価の結果としての税額の増減の内容につき、時価評価に係る評価益又は評価損に係る法人税額のみ（法人税法６１条の１２第１項）と評価差額に係る法人税のみならず事業税、都道府県民税及び市町村民税の合計に相当する額（評基通１８５及び１８６－２）とで異なるなど、評価の方法も共通する点はほとんど皆無であるといわざるを得ず、結局、法人税法６１条の１２第１項に基づき連結子法人であるＤに課税がされることをもって、Ｄの株価の評価額から評基通１８５に基づき法人税額等相当額を控除することの根拠と解し得るものではないというべきである。
イ(ア) また、原告らは、本件株式売買の約４か月後に当該株式の発行会社が買主の連結納税グループに参加することにより、買主に当該株式の評価差額に対する法人税等が発生することが確実であるという状況においては、当該評価差額に対する法人税額等相当額を控除した額を１株当たりの純資産価額と解するのが通常の取引における当事者の合理的意思に合致する旨主張する。
(イ) そこで検討するに、法人税法６１条の１２第１項所定の連結加入評価損益に対する法人税額等は、同項に規定する他の内国法人が連結加入直前事業年度終了の時に有する時価評価資産の時価の金額等によって決せられるところ、Ｄは、平成１６年４月１日に原告Ａの連結子法人となった（前記前提事実(6)）ため、連結加入評価損益に対する法人税額等は、その前日である平成１６年３月３１日時点における時価評価資産の時価によって決せられる一方、本件株式売買は、これより約４か月前の平成１５年１１月２５日に行われているため、同日時点で、平成１６年３月３１日時点におけるＤの時価評価資産の時価を算定することは、本来の時価の概念としては不可能である上、事実上これを予測することも極めて困難である。また、連結加入評価損益は、それ自体を分離して独立して法人税の課税がされるものではなく、連結加入直前事業年度における他の益金の額又は損金の額と合算したところの所得金額の全体に対して法人税の課税がされるものであるから、仮に本件株式売買時において将来の時価評価資産の時価を予測できたとしても、連結加入直前事業年度終了の時までに生ずる所得金額（又は欠損金額）の全体の予測ができない以上、連結加入評価損益に対する法人税額等を算出することは不可能である。そうすると、本件株式売買の時点で、Ｄが平成１６年３月３１日に連結加入評価損益に対する法人税額等の納税義務を負うことが確実であったとはいえず、仮に、納税義務を負うことが相応の蓋然性をもって予測できたとしても、その額を合理的に算定することは不可能であるといわざるを得ないところ、このように合理的な算定が不能の不確実な数額を考慮することは、通常の取引における取引当事者の合理的意思に合致するものとはいえないというべきである。
したがって、１株当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額を算定するに当たって連結加入評価損益に対する法人税額等を控除すべきであるとの原告らの主張は理由がない。
ウ 以上によれば、Ｄ株式の評価に当たり法人税額等相当額を控除すべきであるとの原告らの主張は理由がない。
(4) そして、前記(1)エ(イ)のとおり、同(イ)(a)ないし(c)の方法により算定された本件株式売買当時のＤの純資産価額に基づきＤ株式に係る本件株式売買に関する収益、寄附金等の額を算定することには合理性があるところ、上記方法によりＤの純資産価額を算定するに、(ア)Ｆ株式については、前記(2)のとおり、１株当たり１００万円と評価するのが相当であるから、Ｆ株式（２万株）に係る資産額は２００億円となり（１００万円×２万株＝２００億円。別表１のⒷ①）、ＥのＦ株式以外の資産に係る資産額は１２億４４４８万７７９４円（同表のⒷ②。Ｅ貸借対照表に計上・記載された額）であり、負債額は０円（別表１のⒷ④。同貸借対照表に計上・記載された額）であるから、本件株式売買当時におけるＥの総資産に係る純資産価額は２１２億４４４８万７７９４円となり（別表１のⒷ⑤）、Ｅ持分の純資産価額（ＤのＥ持分に係る資産額）は４８億５５８８万２９２４円（２１，２４４，４８７，７９４×８／３５＝４，８５５，８８２，９２４）となり（なお、被告の主張に係る同表のⒷ⑥記載の４８億５５８８万２９１９円との差は、端数処理に基づくものと解される。）となり、(イ)ＤのＥ持分に係る資産額は上記のとおり４８億５５８８万２９２４円であり（なお、同表のⒹ⑦との差は、上記と同様）、Ｅ持分以外の資産に係る資産額は２３億１７２７万９２６９円（同表のⒹ⑧。Ｄ貸借対照表に計上・記載された額）であり、負債額は１９億６５７８万１８６７円（別表１のⒹ⑩。同貸借対照表に計上・記載された額）であるから、本件株式売買当時におけるＤの純総資産額は５２億０７３８万０３２６円（１株当たり２６０万３６９０円）と算定される（なお、被告の主張に係る別表１のⒹ⑪記載の５２億０７３８万０３２１円との差は、上記と同様、端数処理に基づくものと解される。）。
したがって、上記のとおり算定されたＤの純資産価額を端数処理の差額分下回る５２億０７３８万０３２１円（被告主張の額）を時価としてＤ株式に係る本件株式売買に関する収益、寄附金等の額を算定することには合理性があるというべきである。
５ 本件各処分の適法性
(1) 以上によれば、原告Ａが本件株式売買により被合併法人Ｂから譲り受けたＤ株式の譲受価額（６億７５００万円）は時価（５２億０７３８万０３２１円）に比して低額というべきであるから、(a)原告Ａの本件連結事業年度に係る法人税については、当該譲受価額と時価との差額（４５億３２３８万０３２１円）は受贈益として益金の額に算入され、(b)被合併法人Ｂの本件単体事業年度に係る法人税については、当該譲渡価額と時価との差額（４５億３２３８万０３２１円）は、譲渡価額を構成し益金の額に算入される一方、寄附金に該当して損金の額に算入されるものの、当該寄附金の額のうち損金算入限度額を超える部分の額は損金の額に算入されないこととなり、上記(a)により算出した原告Ａの連結欠損金額及び翌期へ繰り越す連結欠損金額は、別紙１「本件連結更正処分の根拠及び計算」のとおりであり、上記(b)により算出した原告Ｂの所得金額及び納付すべき税額は、別紙２「本件単体更正処分等の根拠及び計算」第１記載のとおりであると認められ（なお、争点(2)ウに関する部分を除き、計算の基礎となる金額及び計算方法については、当事者間に争いがない。）、これらの各連結欠損金額並びに所得金額及び納付すべき税額は、（ⅰ）本件連結更正処分における原告Ａの連結欠損金額及び翌期へ繰り越す連結欠損金額（別表２「原告Ａに対する本件連結更正処分の経緯」の区分「異議決定」の項目「連結欠損金額」欄及び「翌期へ繰り越す連結欠損金額」欄記載の各金額）並びに（ⅱ）本件単体更正処分における原告Ｂの所得金額及び納付すべき税額（別表３「原告Ｂに対する本件単体更正処分等の経緯」の区分「更正・変更決定」の項目「所得金額」欄及び「納付すべき法人税額」欄記載の各金額）とそれぞれ同一であるから、本件連結更正処分及び本件単体更正処分はいずれも適法である。
(2) そして、上記(1)のとおり本件単体更正処分は適法であるところ、本件単体事業年度の法人税に係る期限内申告書の提出がなかったことについて通則法６６条１項に規定する正当な理由があるとは認められず、また、本件単体賦課決定処分において無申告加算税の対象とされた税額の計算の基礎となった事実が本件単体更正処分前の確定申告及び修正申告における税額の計算の基礎とされなかったことについて同条２項において準用する同法６５条４項に規定する正当な理由があるとは認められないから、原告Ｂの本件単体事業年度の法人税に係る無申告加算税の額は、別紙２「本件単体更正処分等の根拠及び計算」第２記載のとおりであると認められ、本件単体賦課決定処分における無申告加算税の額（別表３「原告Ｂに対する本件単体更正処分等の経緯」の区分「更正・変更決定」の項目「無申告加算税」欄記載の金額）と同一であるから、本件単体賦課決定処分も適法である。
第４ 結論
よって、本件訴えのうち、①原告Ｂの訴えのうち、本件単体更正処分のうち所得金額２１億７７５７万３８４０円を超えない部分及び納付すべき税額６億４９２５万４６００円を超えない部分の取消しを求める部分は、不適法であるから却下し、②原告らのその余の訴えに係る請求は、いずれも理由がないから棄却することとし、訴訟費用の負担について、行政事件訴訟法７条、民事訴訟法６１条、６５条１項本文を適用して、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第２部
裁判長裁判官岩井伸晃
裁判官三輪方大
裁判官新宮智之
別紙１
本件連結更正処分の根拠及び計算
１ 連結所得金額（別表４さ欄）
△４５７億５２５０万５１２９円（「△」は欠損金額を表す。以下同じ。）
上記金額は、次の(1)の金額に(2)の金額を加算し、(3)の金額を減算した金額である。
(1) 本件連結確定申告書における連結所得金額（別表４⑭欄）
△５１２億５７４３万０７４４円
上記金額は、本件連結確定申告書に記載された連結所得金額であり、別表４①欄ないし⑬欄の各金額の合計額である。
(2) 連結所得金額に加算すべき金額（別表４が欄）
５９億４８２５万０４４１円
上記金額は、次のアないしタの金額の合計額である。
ア 有価証券の受贈益計上漏れ額（別表４⑮欄）
４５億３２３８万０３２１円
上記金額は、原告Ａが被合併法人Ｂから取得したＤ株式の取得時の価額（時価）である５２億０７３８万０３２１円（別表１Ⓓ⑪）と、Ｄ株式の購入価額である６億７５００万円との差額であり、受贈益として益金の額に算入すべき金額である。
イ 営業投資有価証券売上原価の過大計上額（別表４⑯欄）
３億７８０３万５８３６円
上記金額は、被合併法人Ｂが出資をしていた民法上の任意組合（民法６６７条１項）及び中小企業等投資事業有限責任組合（中小企業等投資事業有限責任組合契約に関する法律２条２項）並びに外国におけるこれらに類するもの（以下、これらを併せて「本件各組合等」という。）の組合員が負担すべき損失の金額であるところ、原告Ｂは本件連結事業年度において営業投資有価証券売上原価として損金の額に算入したが、本件連結事業年度の損金の額に算入されない金額である。
ウ 租税公課のうち損金の額に算入されない金額（別表４⑰欄）
１１５４万２７８４円
上記金額は、原告Ｂが本件連結事業年度において租税公課として損金の額に算入した金額のうち、本件各組合等の組合員が負担すべき租税公課の金額であり、本件連結事業年度の損金の額に算入されない金額である。
エ 為替差損のうち損金の額に算入されない金額（別表４⑱欄）
２２８８万９７０３円
上記金額は、原告Ｂが本件連結事業年度において為替差損として損金の額に算入した金額のうち、本件各組合等の組合員が負担すべき為替差損及び為替差益の金額であり、本件連結事業年度の損金の額に算入されない金額である。
オ 投資損失引当金の損金不算入額（別表４⑲欄）
３億７０９３万４４４９円
上記金額は、原告Ｂが本件連結事業年度において「投資事業組合持分投資損益損失引当金」として損金の額に算入した金額であるが、本件連結事業年度の損金の額に算入されない金額である。
カ 損金の額に算入されない外国法人税額（別表４⑳欄）
５億０２９６万６２１９円
上記金額は、原告Ａがその他特別損失として損金の額に算入した金額のうち、本件連結事業年度前の各事業年度の法人税の確定申告書において外国税額控除の規定の適用を受けることとした外国法人税に相当する金額であり、本件連結事業年度の損金の額に算入されない金額である。
キ 売上げの計上漏れ額（別表４あ欄）
３４２９万８１０７円
上記金額は、連結子法人が本件連結事業年度の翌連結事業年度の売上げに計上した金額のうち、本件連結事業年度の売上げに計上すべき金額であり、本件連結事業年度の益金の額に算入すべき金額である。
ク 当期仕掛品受注超過額の加算漏れ額（別表４ぃ欄）
１０００万００００円
上記金額は、原告Ａが本件連結事業年度において「当期仕掛品受注超過額」として連結所得金額に加算すべき金額９億００２６万８７２４円と、本件連結確定申告書で加算されている金額８億９０２６万８７２４円との差額であり、本件連結事業年度の連結所得金額に加算すべき金額である。
ケ 支払手数料のうち損金の額に算入されない金額（別表４い欄）
２３４１万１８０９円
コ 消耗品費のうち損金の額に算入されない金額（別表４ぅ欄）
１８１８万６７６０円
サ 特別損失のうち損金の額に算入されない金額（別表４う欄）
３０８６万６６６８円
上記金額は、次の(ア)及び(イ)の金額の合計額である。
(ア) 繰延資産の償却超過額
２１４６万６６６８円
上記金額は、原告Ａが本件連結事業年度においてその他特別損失として損金の額に算入したレジャークラブの入会金の金額２３００万円のうち、法人税法３２条（ただし、平成１６年法律第１４号による改正前のもの。以下同じ。）の規定により計算した償却限度額１５３万３３３２円を超える部分の金額であり、本件連結事業年度の損金の額に算入されない金額である。
(イ) 社員寮の原状回復費用の額
９４０万００００円
上記金額は、原告Ａがその他特別損失として損金の額に算入した金額のうち、社員寮として賃借している建物の本件連結事業年度後の原状回復に要する費用であり、本件連結事業年度の損金の額に算入されない金額である。
シ 減価償却超過額（別表４ぇ欄）
５１８万３７８３円
上記金額は、次の(ア)及び(イ)の金額の合計額である。
(ア) 株式会社Ｑに係る金額
２５４万８３８８円
上記金額は、同社が租税特別措置法（ただし、平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下「措置法」という。）６８条の１５第１項の規定の適用があるとして減価償却資産の特別償却額として損金の額に算入した金額であるが、同社は同条の規定の適用を受けられないことから、本件連結事業年度の損金の額に算入されない金額である。
(イ) 株式会社Ｒに係る金額
２６３万５３９５円
上記金額は、同社が前期損益修正損として損金の額に算入した金額であるが、本件連結事業年度の損金の額に算入されない金額である。
ス 貸倒引当金の繰入限度超過額（別表４え欄）
１９５万４９８９円
上記金額は、Ｋ株式会社（以下「Ｋ社」という。）が措置法６８条の５９第１項の規定の適用があるとして貸倒引当金の繰入額として損金の額に算入した金額であるが、同社は同条の規定の適用を受けられないことから、本件連結事業年度の損金の額に算入されない金額である。
セ 退職給与引当金の損金不算入額（別表４ぉ欄）
９１万６００６円
上記金額は、原告Ｂが、本件連結確定申告書において「退職給与引当金」として損金の額に算入した金額６６３万８１５４円のうち、本件連結事業年度の損金とすべき金額５７２万２１４８円を超える部分の金額であり、本件連結事業年度の損金の額に算入されない金額である。
ソ 雑収入の計上漏れ額（別表４お欄）
８２円
タ 交際費等の損金不算入額（別表４か欄）
４６８万２９２５円
上記金額は、次の(ア)ないし(ウ)の金額の合計額である。
(ア) 支払手数料のうち交際費等に該当する金額
１８０万００００円
上記金額は、原告Ａが支払手数料として損金の額に算入した金額のうち、Ｌ倶楽部の種別変更及び名義書換手数料として支出した金額であり、交際費等に該当することから、連結所得金額に加算すべき金額である。
(イ) 会議費のうち得意先等の接待に要した費用
２８５万７１４１円
上記金額は、次のａ及びｂの金額の合計額である。
ａ Ｋ社の会議費のうち得意先等の接待に要した費用
１３７万４３１２円
上記金額は、Ｋ社が会議費として損金の額に算入した金額のうち、得意先等の接待に要した費用として支出した金額であり、交際費等に該当することから、連結所得金額に加算すべき金額である。
ｂ Ｍ社の会議費のうち得意先等の接待に要した費用
１４８万２８２９円
上記金額は、Ｍ社が会議費として損金の額に算入した金額のうち、得意先等の接待に要した費用として支出した金額であり、交際費等に該当することから、連結所得金額に加算すべき金額である。
(ウ) 交際費等に係る控除対象外消費税額等
２万５７８４円
上記金額は、原告Ｂが、平成１６年６月１１日にした、平成１５年４月１日から同１６年３月３１日までの課税期間（以下「原告Ｂ平成１６年３月課税期間」という。）の消費税等に係る修正申告（以下「原告Ｂ平成１６年３月課税期間消費税等修正申告」という。）により増加した交際費等に係る仕入税額控除をすることができない仮払消費税額等（以下「控除対象外消費税額等」という。）の金額であり、当該金額が支出交際費等の額に加算されることから、増加した交際費等の損金不算入額として、連結所得金額に加算すべき金額である。
(3) 連結所得金額から減算すべき金額（別表４ご欄）
４億４３３２万４８２６円
上記金額は、次のアないしキの金額の合計額である。
ア 営業投資有価証券売上高の過大計上額（別表４き欄）
４億１２９１万１５８８円
上記金額は、原告Ｂが本件連結事業年度において営業投資有価証券売上高として益金の額に算入した本件各組合等の組合員が分配を受けるべき利益の金額であり、本件連結事業年度の益金の額に算入されない金額である。
イ 損金の額に算入される売上原価の額（別表４ぎ欄）
２２７７万１５９７円
上記金額は、Ｎ社が本件連結事業年度の翌連結事業年度の売上原価に計上した金額のうち、前記(2)キの売上げの計上漏れ額に対応する売上原価の金額であり、本件連結事業年度の損金の額に算入される金額である。
ウ 損金の額に算入される特別損失の額（別表４く欄）
１９６万７７４１円
上記金額は、原告Ａが建物賃貸借契約を中途解約したことにより支出した違約金４１３２万２５８０円のうち、仮払消費税等として計上した金額であり、当該違約金は消費税法上の仕入税額控除の対象とならず、特別損失の金額が過少に計上されていることから、本件連結事業年度の損金の額に算入される金額である。
エ 還付法人税等として益金の額に算入されない金額（別表４ぐ欄）
２８１万８５００円
上記金額は、Ｋ社が益金の額に算入した、法人税、法人都民税及び法人市民税の還付金の金額の合計額であり、本件連結事業年度の益金の額に算入されない金額である。
オ 事業税の損金算入額（別表４け欄）
８万２２００円
上記金額は、日本橋税務署長が平成１７年７月２９日付けでした、Ｋ社の平成１４年４月１日から同１５年３月３１日までの事業年度（以下「Ｋ社平成１５年３月期」という。）の法人税の更正処分（以下「Ｋ社平成１５年３月期法人税更正処分」という。）に伴い納付することとなる事業税相当額であり、本件連結事業年度の損金の額に算入される金額である。
カ 減価償却超過額のうち損金の額に算入される金額（別表４げ欄）
１５９万００００円
上記金額は、原告Ｂが合併（適格合併）により被合併法人Ｂから移転を受けた減価償却資産に係る減価償却超過額のうち、本件連結事業年度の損金の額に算入される金額である。
キ 雑損として損金の額に算入される金額（別表４こ欄）
１１８万３２００円
上記金額は、原告Ｂが原告Ｂ平成１６年３月課税期間消費税等修正申告により新たに納付すべきこととなった消費税等の額であり、本件連結事業年度の損金の額に算入される金額である。
２ 翌期へ繰り越す連結欠損金額（別表４ざ欄）
９２２億３９８４万９５６１円
上記金額は、法人税法８１条の９第１項（ただし、平成１６年法律第１４号による改正前のもの）により本件連結事業年度の翌期以降の連結事業年度において損金の額に算入される連結欠損金額であり、同条２項１号に基づき、原告Ａの平成１３年４月１日から平成１４年３月３１日までの事業年度に発生した欠損金額４６４億８７３４万４４３２円に、上記１の連結欠損金額４５７億５２５０万５１２９円を加算した金額である。
以上
別紙２
本件単体更正処分等の根拠及び計算
第１ 本件単体更正処分の根拠及び計算
１ 所得金額（別表５⑱欄）
５６億７３４１万６７２５円
上記金額は、次の(1)の金額に(2)の金額を加算し、(3)の金額を減算した金額である。
(1) 申告所得金額（別表５①欄）
２１億７７５７万３８４０円
上記金額は、本件単体修正申告書に記載された所得金額である。
(2) 所得金額に加算すべき金額（別表５⑨欄）
９３億２８９６万５８６７円
上記金額は、次のアないしキの金額の合計額である。
ア 有価証券譲渡益計上漏れ額（別表５②欄）
４５億３２３８万０３２１円
上記金額は、被合併法人Ｂが平成１５年１１月２５日に原告Ａに対して譲渡したＤ株式の時価５２億０７３８万０３２１円（別表１Ⓓ⑪）と、Ｄ株式の譲渡価額６億７５００万円との差額であり、法人税法２２条２項の規定により、本件単体事業年度の益金の額に算入すべき金額である。
イ 寄附金の損金不算入額（別表５③欄）
４４億５４１６万１１３７円
上記金額は、後記(3)アの金額のうち、法人税法３７条３項の規定により、損金算入限度額を超えるものとして本件単体事業年度の損金の額に算入されない金額（別表６）である。
なお、別表６の「所得金額仮計」は、上記(1)の金額に本件単体事業年度における欠損金の損金算入額６７４１万６１４５円を加算し、後記３の金額を控除した後の金額２２億４０９７万２７０７円に、上記ア、後記ウないしキの金額をそれぞれ加算し、後記(3)の金額を減算した金額である（法人税法施行令７３条２項参照）。
ウ 営業投資有価証券売上高の計上漏れ額（別表５④欄）
２億７７１８万８３１２円
上記金額は、本件各組合等の組合員である被合併法人Ｂが分配を受けるべき利益金額であり、本件各組合等の計算期間の終了の日が本件単体事業年度に属するものであることから、本件単体事業年度の益金の額に算入すべき金額である。
エ 租税公課のうち損金の額に算入されない額（別表５⑤欄）
３６万４２４４円
上記金額は、後記(3)ウの租税公課のうち道府県民税利子割の額であり、本件単体事業年度の損金の額に算入されない金額である。
オ 損金の額に算入されない投資損失引当金等の繰入額（別表５⑥欄）３３９９万３５８２円上記金額は、本件各組合等の組合員である被合併法人Ｂが負担すべき投資損失引当金等の繰入額であり、本件単体事業年度の損金の額に算入されない金額である。
カ 減価償却超過額（別表５⑦欄）
３０７４万００００円
上記金額は、被合併法人Ｂが支払手数料として損金の額に算入したソフトウエアの取得に要する費用３１８０万円のうち、法人税法３１条（ただし、平成１６年法律第１４号による改正前のもの）の規定により計算した償却限度額１０６万円を超える部分の金額であり、減価償却超過額として本件単体事業年度の損金の額に算入されない金額である。
キ 交際費等の損金不算入額（別表５⑧欄）
１３万８２７１円
上記金額は、交際費等に係る控除対象外消費税額等の金額であり、交際費等の損金不算入額として、本件単体事業年度の損金の額に算入されない金額である。
(3) 所得金額から減算すべき金額（別表５⑰欄）
５８億３３１２万２９８２円
上記金額は、次のアないしキの金額の合計額である。
ア 寄附金として損金の額に算入される金額（別表５⑩欄）
４５億３２３８万０３２１円
上記金額は、上記(2)アの金額のうち、被合併法人Ｂが、原告Ａに対して実質的に贈与をしたと認められる金額であり、本件単体事業年度の費用の額に該当することから、寄附金として本件単体事業年度の損金の額に算入される金額である。
イ 営業投資有価証券売上原価の計上漏れ額（別表５⑪欄）
３億６０３０万７５２８円
上記金額は、本件各組合等の組合員である被合併法人Ｂが負担すべき損失金額であり、本件各組合等の計算期間の終了の日が本件単体事業年度に属するものであることから、本件単体事業年度の損金の額に算入すべき金額である。
ウ 租税公課の計上漏れ額（別表５⑫欄）
１６２万２９４５円
上記金額は、本件各組合等の組合員である被合併法人Ｂが負担すべき租税公課の金額であり、本件各組合等の計算期間の終了の日が本件単体事業年度に属するものであることから、本件単体事業年度の損金の額に算入すべき金額である。
エ 益金の額に算入されない投資損失引当金等の戻入額（別表５⑬欄）
５億３７９６万７５３０円
上記金額は、本件各組合等の組合員である被合併法人Ｂが分配を受けるべき投資損失引当金等の戻入額であり、本件単体事業年度の益金の額に算入されない金額である。
オ 雑損失の計上漏れ額（別表５⑭欄）
５６５万５８６２円
上記金額は、被合併法人Ｂの平成１５年４月１日から平成１６年１月４日までの課税期間の消費税等の更正処分に伴い還付を受ける消費税等と課税仕入れ等に係る消費税等との差額１３円と、控除対象外消費税額等５６５万５８４９円との合計額であり、本件単体事業年度の損金の額に算入すべき金額である。
カ 退職給与引当金として所得金額に過大に加算された金額（別表５⑮欄）
５７９円
上記金額は、被合併法人Ｂが本件単体修正申告書において「退職給与引当金（厚生年金基金）」として所得金額に加算した金額５３４万５７３６円と、所得金額に加算すべき金額５３４万５１５７円との差額であり、本件単体事業年度の所得金額に過大に加算された金額である。
キ 株式譲渡原価計上漏れ額（別表５⑯欄）
３億９５１８万８２１７円
上記金額は、別表７のとおり、被合併法人Ｂが本件株式売買に係る譲渡原価の額とした７億０１９６万１１５５円と、税務上の譲渡原価の額とすべき１０億９７１４万９３７２円との差額であり、株式譲渡原価として本件単体事業年度の損金の額に算入される金額である。
２ 所得金額に対する法人税額（別表５⑲欄）
１７億０２０２万４８００円
上記金額は、上記１の所得金額（通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に法人税法６６条１項（ただし、平成１８年法律第１０号による改正前のもの）に定める税率（ただし、経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律１６条１項による置き換え後のもの）を乗じて計算した金額である。
３ 法人税額から控除される所得税額等（別表５⑳欄）
４０１万７２７８円
上記金額は、法人税法６８条１項（ただし、平成１８年法律第１０号による改正前のもの）の規定により所得に対する法人税の額から控除される金額であり、本件単体修正申告書に記載された金額と同額である。
４ 納付すべき税額（別表５あ欄）
１６億９８００万７５００円
上記金額は、前記２の金額から上記３の金額を差し引いた金額（通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
５ 既に納付の確定した本税額（別表５ぃ欄）
６億４９２５万４６００円
上記金額は、本件単体修正申告書に記載された納付すべき法人税額である。
６ 差引納付すべき税額（別表５い欄）
１０億４８７５万２９００円
上記金額は、前記４の金額から上記５の金額を差し引いた金額であり、本件単体更正処分により原告Ｂが新たに納付すべき法人税額である。
第２ 本件単体賦課決定処分の根拠及び計算
通則法６６条（ただし、平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下同じ。）１項の規定に基づく金額
１億５７３１万２５００円
上記金額は、上記第１の６の差引納付すべき税額１０億４８７５万円（通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に１００分の１５の割合（通則法６６条１項に規定する割合）を乗じて算出した金額である。
以上
別表１
Ｅの純資産価額
（単位：円）
資産
Ｆ株式
Ｆ株式以外の資
産
合計
（①＋②）
負債
Ｅの総財産に係る
純資産価額
（③－④）
Ｄの持分割合（35
分の８）に係る純
資産価額（⑤×８
／35）
①②③④⑤⑥
Ｅ貸借対照表に基づく額
Ⓐ
155,000,000
1,244,487,794
1,399,487,794
1,399,487,794
319,882,912
Ｅ貸借対照表のうち
Ｆ株式の価額（時価）につき
1株当たり100万円(合計額はⒷ①の額)
とした場合の額
Ⓑ
20,000,000,000
1,244,487,794
21,244,487,794
21,244,487,794
4,855,882,919
Ｄの純資産価額
（単位：円）
資産
Ｅ持分
Ｅ持分以外の資
産
合計
（⑦＋⑧）
負債
純資産価額
（⑨－⑩）
⑦⑧⑨⑩⑪
Ｄ貸借対照表に基づく額
Ⓒ
319,882,912
2,317,279,269
2,637,162,181
1,965,781,867
671,380,314
Ｄ貸借対照表のうちＥ持分につきⒷ⑥
の額とした場合の額
Ⓓ
4,855,882,919
2,317,279,269
7,173,162,188
1,965,781,867
5,207,380,321
別表２
原告Ａに対する本件連結更正処分の経緯
（単位：円）
区分
年月日
連結欠損金額
翌期へ繰り越す連結欠損金額
連結確定申告平成16年7月30日
51,257,430,744
97,744,775,176
更
正平成17年7月29日
42,713,857,511
89,201,201,943
異議申立て
平成17年8月9日
51,257,430,744
97,744,775,176
異議決定
平成19年6月6日
45,752,505,129
92,239,849,561
審査請求
平成19年7月2日
51,257,430,744
97,744,775,176
審査請求の取下げ
平成20年1月4日
取下げ
別表３
原告Ｂに対する本件単体更正処分等の経緯
（単位：円）
区分
年月日
所得金額
納付すべき
法人税額
無申告加算税
確定申告
平成16年4月6日
151,818,517
41,528,100
－修正申
告平成16年9月16日
2,177,573,840
649,254,600
－賦課決
定平成17年7月29日
－－
2,076,000
30,386,000
更正・賦課決定平成17年7月29日
9,604,159,645
2,877,230,400
334,195,500
異議申立て
平成17年8月9日
2,177,573,840
649,254,600
異議決定
平成19年6月6日
6,215,682,127
1,860,687,300
181,714,500
審査請求
平成19年7月2日
2,177,573,840
649,254,600
審査請求の取下げ
平成20年1月4日
取下げ
再更正・変更決定平成20年8月29日
5,673,416,725
1,698,007,500
157,312,500
注１確定申告は、期限後申告である。
注２平成１７年７月２９日付けの無申告加算税の賦課決定処分については、上段が確定申告に係るものであり、下段が修正申告に係るものである。
別表４
本件連結事業年度の連結所得金額及び翌期へ繰り越す連結欠損金額（原告Ａ）
（単位：円）
区分
順号
金額
連結親法人の所得金額原告Ａ
①
△51,796,619,382
Ｋ社
②
327,355,418
Ｎ社
③
62,829,837
Ｏ株式会社
④
△76,658,081
原告Ｂ
⑤
832,221,309
株式会社Ｐ
⑥
147,031,808
Ｑ社
⑦
21,553,058
Ｒ社
⑧
△423,406,324
株式会社Ｓ
⑨
△366,628,093
株式会社Ｔ
⑩
△323,669,769
Ｍ社
⑪
340,569,663
株式会社Ｕ
⑫
△983,403
連結子法人の所得金額
株式会社Ｖ
⑬
△1,026,785
本件連結確定申告書
本件連結確定申告書における連結所得金額
（①ないし⑬の合計額）
⑭
△51,257,430,744
有価証券の受贈益計上漏れ額
⑮
4,532,380,321
営業投資有価証券売上原価の過大計上額
⑯
378,035,836
租税公課のうち損金の額に算入されない金額
⑰
11,542,784
為替差損のうち損金の額に算入されない金額
⑱
22,889,703
投資損失引当金の損金不算入額
⑲
370,934,449
損金の額に算入されない外国法人税額
⑳
502,966,219
売上げの計上漏れ額
あ
34,298,107
当期仕掛品受注超過額の加算漏れ額
ぃ
10,000,000
支払手数料のうち損金の額に算入されない金額
い
23,411,809
消耗品費のうち損金の額に算入されない金額
ぅ
18,186,760
特別損失のうち損金の額に算入されない金額
う
30,866,668
減価償却超過額
ぇ
5,183,783
一括評価金銭債権に係る貸倒引当金の繰入限度超過額
え
1,954,989
退職給与引当金の損金不算入額
ぉ
916,006
雑収入の計上漏れ額
お
交際費等の損金不算入額
か
4,682,925
連結所得金額への加算額
連結所得金額に加算すべき金額の合計額
（⑮ないしかの合計額）
が
5,948,250,441
営業投資有価証券売上高の過大計上額
き
412,911,588
損金の額に算入される売上原価の額
ぎ
22,771,597
損金の額に算入される特別損失の額
く
1,967,741
還付法人税等として益金の額に算入されない金額
ぐ
2,818,500
事業税の損金算入額
け
82,200
減価償却超過額のうち損金の額に算入される金額
げ
1,590,000
雑損として損金の額に算入される金額
こ
1,183,200
連結所得金額からの減算額
連結所得金額から減算すべき金額の合計額
（きないしこの合計額）
ご
443,324,826
連結所得金額
連結所得金額（⑭－が＋ご）
さ
△45,752,505,129
２ 翌期へ繰り越す連結欠損金額
ざ
△92,239,849,561
（注）「△」は欠損金額を表す。
別表５
本件単体事業年度の所得金額及び納付すべき金額
（単位：円）
区分
順号
金額
本件単体修正申告書における所得金額
①
2,177,573,840
有価証券譲渡益計上漏れ額
②
4,532,380,321
寄附金の損金不算入額
③
4,454,161,137
営業投資有価証券売上高の計上漏れ額
④
277,188,312
租税公課のうち損金の額に算入されない額
⑤
364,244
損金の額に算入されない投資損失引当金等の繰入額
⑥
33,993,582
減価償却超過額
⑦
30,740,000
交際費等の損金不算入額
⑧
138,271
所得金額への加算額
所得金額に加算すべき金額
（②ないし⑧の合計額）
⑨
9,328,965,867
寄附金として損金の額に算入される金額
⑩
4,532,380,321
営業投資有価証券売上原価の計上漏れ額
⑪
360,307,528
租税公課の計上漏れ額
⑫
1,622,945
益金の額に算入されない投資損失引当金等の戻入額
⑬
537,967,530
雑損失の計上漏れ額
⑭
5,655,862
退職給与引当金として所得金額に過大に加算された金額
⑮
株式譲渡原価計上漏れ額
⑯
395,188,217
所得金額からの減算額
所得金額から減算すべき金額
（⑩ないし⑯の合計額）
⑰
5,833,122,982
所得金額
所得金額（①＋⑨－⑰）
⑱
5,673,416,725
２ 所得金額に対する法人税額
⑲
1,702,024,800
３ 法人税額から控除される所得税額等
⑳
4,017,278
４ 納付すべき税額（２－３）
あ
1,698,007,500
５ 既に納付の確定した本税額
ぃ
649,254,600
６ 差引納付すべき税額（４－５）
い
1,048,752,900
別表６
寄附金の損金不算入額の計算
（単位：円）
区分
金額
指定寄附金等の金額
特定公益増進法人への寄附金額
その他の寄附金額
4,532,380,321
支出した寄附金の額
計
(1)＋(2)＋(3)
4,532,380,321
所得金額仮計
1,282,654,455
寄附金支出前所得金額
(4)＋(5)
5,815,034,776
同上の1 0 0 分の2 . 5 相当額
145,375,869
資本金額等
3,150,000,000
資本積立金額
2,750,000,000
期末の資本等の金額
計
(8)＋(9)
5,900,000,000
同上の月数換算額
(10)×9/12
4,425,000,000
同上の1 0 0 0 分の2 . 5 相当額
11,062,500
損金算入限度額の計算
損金算入限度額
（(7)＋(12)）×1/2
78,219,184
特定公益増進法人に対する寄附金の損金算入額
（(2)と（(7)又は(13)）のうち少ない金額）
指定寄附金等の金額
(1)
国外関連者への寄附金額
同上の寄附金以外の寄附金額
(4)－(16)
4,532,380,321
同上のうち損金の額に算入されない金額
(17)－((7)又は(13))－(14)－(15)
4,454,161,137
国外関連者への寄附金額
(16)
損金不算入額
計
(18)＋(19)
4,454,161,137
別表７
株式譲渡原価計上漏れ額（被合併法人Ｂ）
（単位：円）
①②③
④⑤⑥
科目
貸借対照表上の
帳簿価額
税務計算上の
負債とならないもの
税務計算上の
帳簿価額
科目
貸借対照表上の
帳簿価額
税務計算上の
資産とならないもの
又はなるもの
税務計算上の
帳簿価額
1 短期借入金
900,000,000
900,000,000
現預金
475,761,277
475,761,277
2 長期借入金
1,000,000,000
1,000,000,000
売掛金
25,231,584
25,231,584
3 未払費用
13,362,494
13,362,494
株式
1,178,464,464
1,178,464,464
4 前受収益
31,611,603
31,611,603
債券
57,172,234
57,172,234
5 賞与引当金
14,012,611
9,459,773
4,552,838
ワラント
6,390
6,390
6 退職給与引当金
17,085,674
15,124,066
1,961,608
有価証券
（組合持分）
633,704,799
633,704,799
有価証券評価損
△660,093,309
660,093,309
前払費用
15,003,578
15,003,578
繰延税金資産
283,461,538
283,461,538
立替金
1,069,000
1,069,000
未収入金
2,089,179
2,089,179
未収利息
42,101
42,101
繰延税金資産
6,027,393
6,027,393
合計
1,976,072,382
24,583,839
1,951,488,543
合計
2,678,033,537
△370,604,378
3,048,637,915
会社経理上
701,961,155
（14④－14①）
取得価額
税務計算上
1,097,149,372
（14⑥－14③）
（注）△はマイナスを表し、税務計算上の資産となるものを表す。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2009/pdf/11273.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。