税務訴訟資料第２５９号－２００（順号１１３１３）
福岡地方裁判所平成●●年（○○）第●●号青色申告承認取消処分等取消請求事件
国側当事者・国（行橋税務署長）
平成２１年１１月１６日却下・棄却・確定
判決
原告甲
被告国
代表者法務大臣千葉景子
処分行政庁行橋税務署長
原口晃
指定代理人内藤寿彦
同伊藤彰
同坪田圭介
同松本秀一
同岩元亙
同河野玲子
同右近秀二
同酒井敏明
同大里正幸
主文
１ 本件訴えのうち、次の各部分をいずれも却下する。
(1) 処分行政庁が平成１９年３月１３日付でした原告の平成１５年分の所得税に係る更正処分（ただし、処分行政庁が平成１９年７月２０日付でした異議決定によりその全部が取り消された後のもの）のうち総所得金額マイナス１９８万４１７０円を超えない部分の取消しを求める部分
(2) 処分行政庁が平成１９年３月１３日付でした原告の平成１６年分の所得税に係る更正処分（ただし、処分行政庁が平成１９年７月２０日付でした異議決定によりその全部が取り消された後のもの）のうち総所得金額マイナス２６８万９８８５円を超えない部分の取消しを求める部分
(3) 処分行政庁が平成１９年３月１３日付でした原告の平成１７年分の所得税に係る更正処分（ただし、処分行政庁が平成１９年７月２０日付でした異議決定によりその一部が取り消された後のもの）のうち総所得金額マイナス１１４万１５５３円を超えない部分の取消しを求める部分
(4) 処分行政庁が平成１９年３月１３日付でした原告の平成１５年１月１日から平成１５年１２月３１日までを課税期間とする消費税及び地方消費税に係る更正処分（ただし、処分行政庁が平成１９年７月２０日付でした異議決定によりその一部が取り消された後のもの）のうち課税標準額１億２８１３万３０００円並びに納付すべき消費税額９万２４００円及び地方消費税額２万３１００円を超えない部分の取消しを求める部分
(5) 処分行政庁が平成１９年３月１３日付でした原告の平成１６年１月１日から平成１６年１２月３１日までを課税期間とする消費税及び地方消費税に係る更正処分のうち課税標準額１億２６１４万２０００円並びに納付すべき消費税額１３万０４００円及び地方消費税額３万２６００円を超えない部分の取消しを求める部分
(6) 処分行政庁が平成１９年３月１３日付でした原告の平成１７年１月１日から平成１７年１２月３１日までを課税期間とする消費税及び地方消費税に係る更正処分（ただし、処分行政庁が平成１９年７月２０日付でした異議決定によりその一部が取り消された後のもの）のうち課税標準額１億１６６５万６０００円並びに納付すべき消費税額２７万８７００円及び地方消費税額６万９６００円を超えない部分の取消しを求める部分
２ 原告のその余の請求をいずれも棄却する。
３ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求の趣旨
１ 処分行政庁が平成１９年３月１３日付で原告に対してした別紙１記載の各処分をいずれも取り消す。
２ 訴訟費用は被告の負担とする。
第２ 事案の概要
本件は、福岡県内でコンビニエンスストア及び商店を経営する個人事業者である原告が、処分行政庁が平成１９年３月１３日付で原告に対してした平成１５年分以降の所得税の青色申告の承認の取消処分（以下「本件青色申告承認取消処分」という。）、平成１５年分ないし平成１７年分（以下「本件各年分」という。）の各所得税に係る各更正処分（以下「本件所得税更正処分」という。）、平成１７年分の所得税の更正処分に係る過少申告加算税の賦課決定処分（これと本件所得税更正処分とを併せて以下「本件所得税更正処分等」という。）、平成１５年ないし平成１７年をそれぞれ課税期間とする（以下、「平成１５年課税期間」などといい、これらを併せて「本件各課税期間」という。）消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）に係る各更正処分（以下「本件消費税等更正処分」という。）並びにこれらに対応する各過少申告加算税の各賦課決定処分（これと本件消費税等更正処分とを併せて以下「本件消費税等更正処分等」という。上記各処分を併せて以下「本件各処分」という。）を不服として、本件各処分（ただし、処分行政庁が平成１９年７月２０日付でした異議決定（以下「本件異議決定」という。）により全部又は一部取り消された後のもの。）の取消しを求めた事案である。
１ 関連法規
(1) 青色申告関係
ア 青色申告（所得税法（平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下、特に断らない限り同じ。）１４３条）
不動産所得、事業所得又は山林所得を生ずべき業務を行なう居住者は、納税地の所轄税務署長の承認を受けた場合には、確定申告書及び当該申告書に係る修正申告書を青色の申告書により提出することができる。
イ 青色申告者の備え付けるべき帳簿書類
(ア) 青色申告者の帳簿書類（所得税法１４８条１項）
第１４３条（青色申告）の承認を受けている居住者は、財務省令で定めるところにより、同条に規定する業務につき帳簿書類を備え付けてこれに不動産所得の金額、事業所得の金額及び山林所得の金額に係る取引を記録し、かつ、当該帳簿書類を保存しなければならない。
(イ) 青色申告者の備え付けるべき帳簿書類（所得税法施行規則５６条１項）
青色申告者（所得税法第１４３条（青色申告）の承認を受けている居住者をいう。）は、法第１４８条第１項（青色申告者の帳簿書類）の規定により、その不動産所得、事業所得又は山林所得を生ずべき業務につき備え付ける帳簿書類については、次条から第６４条まで（青色申告者の帳簿書類の備付け等）に定めるところによらなければならない。
(ウ) 取引の記録等（所得税法施行規則５７条１項）
青色申告者は、青色申告書を提出することができる年分の不動産所得の金額、事業所得の金額及び山林所得の金額が正確に計算できるように次の各号に掲げる資産、負債及び資本に影響を及ぼす一切の取引（以下この節において「取引」という。）を正規の簿記の原則に従い、整然と、かつ、明りょうに記録し、その記録に基づき、貸借対照表及び損益計算書を作成しなければならない（柱書き）。
事業所得については、その事業所得を生ずべき事業に係る資産、負債及び資本（２号）
(エ) 取引に関する帳簿及び記載事項（所得税法施行規則５８条１項）
青色申告者は、すべての取引を借方及び貸方に仕訳する帳簿、すべての取引を勘定科目の種類別に分類して整理計算する帳簿その他必要な帳簿を備え、財務大臣の定める取引に関する事項を記載しなければならない。
(オ) 所得税法施行規則第５６条第１項ただし書、第５８条第１項及び第６１条第１項の規定に基づき、これらの規定に規定する記録の方法及び記載事項、取引に関する事項並びに科目を定める件（昭和４２年８月３１日大蔵省告示１１２号。乙３１）
所得税法施行規則第５８条第１項（取引に関する帳簿及び記載事項）に規定する取引に関する事項は、おおむね別表第１各号の表の第１欄に定めるところによる（１項）。
別表第１の１号（事業所得の部）の(イ)（一般の部）の表の第１欄の「現金出納等に関する事項」に係る記載事項は、「現金取引の年月日、事由、出納先及び金額並びに日日の残高」と規定されている。
(カ) 帳簿書類の整理保存（所得税法施行規則６３条１項）
青色申告者は、次に掲げる帳簿及び書類を整理し、７年間又は５年間、これをその者の住所地若しくは居所地又はその営む事業に係る事務所、事業所その他これらに準ずるものの所在地に保存しなければならない。
第５８条（取引に関する帳簿及び記載事項）に規定する帳簿並びに当該青色申告者の資産、負債及び資本に影響を及ぼす一切の取引に関して作成されたその他の帳簿（１号）
ウ 青色申告の承認の取消し（所得税法１５０条１項）
第１４３条（青色申告）の承認を受けた居住者につき次の各号のいずれかに該当する事実がある場合には、納税地の所轄税務署長は、当該各号に掲げる年までさかのぼって、その承認を取り消すことができる。この場合において、その取消しがあったときは、その居住者の当該年分以後の各年分の所得税につき提出したその承認に係る青色申告書は、青色申告書以外の申告書とみなす。
その年における第１４３条に規定する業務に係る帳簿書類の備付け、記録又は保存が第１４８条第１項（青色申告者の帳簿書類）に規定する財務省令で定めるところに従って行なわれていないこと。その年（１号）
その年における第１号に規定する帳簿書類に取引の全部又は一部を隠ぺいし又は仮装して記載し又は記録し、その他その記載又は記録をした事項の全体についてその真実性を疑うに足りる相当の理由があること。その年（３号）
(2) 所得税関係
ア 課税標準（所得税法２２条１項）
居住者に対して課する所得税の課税標準は、総所得金額、退職所得金額及び山林所得金額とする。
イ 事業所得（所得税法２７条２項）
事業所得の金額は、その年中の事業所得に係る総収入金額から必要経費を控除した金額とする。
ウ 必要経費
(ア) 必要経費（所得税法３７条１項）
その年分の事業所得の金額の計算上必要経費に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、事業所得の総収入金額に係る売上原価その他当該総収入金額を得るため直接に要した費用の額及びその年における販売費、一般管理費その他これらの所得を生ずべき業務について生じた費用の額とする。
(イ) 家事関連費等の必要経費不算入等（所得税法４５条１項）
居住者が支出し又は納付する次に掲げるものの額は、その者の不動産所得の金額、事業所得の金額、山林所得の金額又は雑所得の金額の計算上、必要経費に算入しない。
家事上の経費及びこれに関連する経費で政令で定めるもの（１号）
(ウ) 事業から対価を受ける親族がある場合の必要経費の特例（所得税法５６条）
居住者と生計を一にする配偶者その他の親族がその居住者の営む不動産所得、事業所得又は山林所得を生ずべき事業に従事したことその他の事由により当該事業から対価の支払を受ける場合には、その対価に相当する金額は、その居住者の当該事業に係る不動産所得の金額、事業所得の金額又は山林所得の金額の計算上、必要経費に算入しないものとし、かつ、その親族のその対価に係る各種所得の金額の計算上必要経費に算入されるべき金額は、その居住者の当該事業に係る不動産所得の金額、事業所得の金額又は山林所得の金額の計算上、必要経費に算入する。この場合において、その親族が支払を受けた対価の額及びその親族のその対価に係る各種所得の金額の計算上必要経費に算入されるべき金額は、当該各種所得の金額の計算上ないものとみなす。
エ 推計による更正又は決定（所得税法１５６条）
税務署長は、居住者に係る所得税につき更正又は決定をする場合には、その者の財産若しくは債務の増減の状況、収入若しくは支出の状況又は生産量、販売量その他の取扱量、従業員数その他事業の規模によりその者の各年分の各種所得の金額又は損失の金額（その者の提出した青色申告書に係る年分の不動産所得の金額、事業所得の金額及び山林所得の金額並びにこれらの金額の計算上生じた損失の金額を除く。）を推計して、これをすることができる。
(3) 消費税関係
ア 課税標準（消費税法２８条１項本文）
課税資産の譲渡等に係る消費税の課税標準は、課税資産の譲渡等の対価の額（課税資産の譲渡等につき課されるべき消費税額及び当該消費税額を課税標準として課されるべき地方消費税額に相当する額を含まないものとする。）とする。
イ 課税仕入れ（消費税法２条１項１２号）
事業者が、事業として他の者から資産を譲り受け、若しくは借り受け、又は役務の提供（所得税法第２８条第１項（給与所得）に規定する給与等を対価とする役務の提供を除く。）を受けること（当該他の者が事業として当該資産を譲り渡し、若しくは貸し付け、又は当該役務の提供をしたとした場合に課税資産の譲渡等に該当することとなるもので、第７条第１項各号に掲げる資産の譲渡等に該当するもの及び第８条第１項その他の法律又は条約の規定により消費税が免除されるもの以外のものに限る。）をいう。
ウ 仕入れに係る消費税額の控除（以下「仕入税額控除」という。消費税法３０条１項）
事業者が、国内において行う課税仕入れについては、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める日の属する課税期間の第４５条第１項第２号に掲げる課税標準額に対する消費税額から、当該課税期間中に国内において行つた課税仕入れに係る消費税額（当該課税仕入れに係る支払対価の額に１０５分の４を乗じて算出した金額をいう。）につき課された又は課されるべき消費税額を控除する。
国内において課税仕入れを行つた場合当該課税仕入れを行つた日（１号）
２ 前提事実（証拠等を掲記しない事実は、争いのない事実又は当事者が争うことを明らかにしない事実である。）
(1)ア当事者等
原告は、福岡県京都郡において、コンビニエンスストア「Ａ店」（以下「本件コンビニ」という。）及びＢ（以下「本件商店」という。）を営む個人事業者である。
原告は、本件コンビニの経営を、原告の長男で事業専従者である乙（以下「長男」という。）に任せている。
イ 本件コンビニの概要
(ア) 本件コンビニは、株式会社Ａ（以下「本部」という。）とフランチャイズ契約を締結し、「Ａ・フランチャイズシステム」に加盟した加盟店である。
Ａ・フランチャイズシステムでは、加盟店が、店舗内にＰＯＳシステムに対応したレジスター等の端末を設置し、端末に毎日の売上げや仕入れのデータを入力することにより、本部が、加盟店の売上げ等の管理を行っている。
そして、加盟店は、毎日、売上金の全額を、本部に送金しなければならない（以下「本部送金」という。）。
加盟店では、毎日、その日の売上金額や本部送金額が記載された「売上金管理日報」（乙１８）及び「販売日報・月報」（乙１０ないし１２）が出力される（乙１９）。
(イ) 加盟店が販売する商品の仕入れについては、原則として、本部を介して仕入れること（以下「本部仕入れ」という。）となっており、本部仕入代金の支払は本部が代行し、当該代金は、本部送金額から回収される。
もっとも、酒類及び切手類等については、加盟店が、本部を介さないで仕入れることができる（以下「現金仕入れ」という。）。現金仕入代金は、加盟店が、レジスターから現金を出金して仕入先に支払い、端末に仕入れの事実を入力することにより本部へ報告する。そして、売上金のうち現金仕入代金に相当する額は、本部送金しなくてよい。
本件コンビニでは、酒類をＣ株式会社（以下「Ｃ」という。）から、切手類をＤ郵便局及びＥ郵便局（これらを併せて以下「郵便局」という。）から、現金仕入れしている。
本部仕入額及び現金仕入額は、毎月集計され、「買掛金支払集計表」として加盟店に交付される（乙１９、２３）。
(ウ) 本件コンビニでは、たばこの一部を本件コンビニの店舗内で、残りを本件コンビニの前に設置した自動販売機で販売している。たばこの仕入れは、すべて本部仕入れである。
本件コンビニの店舗内でのたばこの売上げは、販売の都度レジスターを通して本部に報告されるのに対し、自動販売機でのたばこの売上げは、長男が定期的に自動販売機から売上金を取り出して、集計した金額をまとめてレジスターに入力することにより、本部に報告される。
たばこは定価により販売することとされているため、たばこの通常の差益率は、ほぼ１０．５パーセントである。
ウ 返還金明細書
本部は、本部送金額から、本部仕入代金及びロイヤリティ等の加盟店が本部に支払うべき経費（以下「本部経費」という。）を差し引き、その残額を、毎月２回、加盟店に送金する（以下「返還金」という。）。
加盟店は、返還金から、従業員の給料賃金、水道光熱費及び福利厚生費等の経費（以下「コンビニ経費」という。）を支出する。
返還金に係る計算明細書として、本部は、毎月１回、「返還金明細書」を加盟店に交付する（乙１６）。
返還金明細書には、加盟店の毎月の売上金額、本部仕入額及び現金仕入額、本部経費額、返還金額等が記載されている。これらの金額は、加盟店がレジスター等の端末から入力した各取引に係る情報に基づいて算出される。
他方、返還金明細書には、加盟店がレジスター等の端末に入力せずに行った取引は反映されず、コンビニ経費も記載されない。
エ 架空仕入れ・架空売上げ
(ア) 長男は、遅くとも平成１３年ころから、生活費、従業員の給与及び光熱費の支払に充てるためにレジスターから現金を抜き、抜いた現金の出金処理として架空の現金仕入れを計上し、売上金管理日報における本部送金額との帳尻を合わせていた。
(イ) 長男は、本件各処分の調査担当職員（以下「職員」という。）に対し、上記(ア)で抜いた現金の一部をレジスターに戻す際、架空売上げをレジスターに入力していた旨申述した。
長男は、職員に対し、架空売上げをレジスターに入力し、現金を戻したことの証拠として、下記オ(ク)の売上ノート及び同(ケ)の電子ジャーナルを提示したが、それ以外は提示しなかった。
上記各書類の提示経緯は、職員が、平成１７年１０月６日、長男に対して架空仕入れを指摘したところ、長男は、同年１１月２日、架空仕入れの穴埋めのために架空売上げを計上している旨申述したが、証拠となるべき電子ジャーナルについて、システム上過去１３か月分しか出力できない旨述べて、同月２１日に至ってはじめて提示したものである。長男は、売上ノートについても、平成１８年に至ってはじめて提示した。
(ウ) 原告が主張する架空仕入額及び架空売上額（平成１６年１０月ないし平成１７年１２月の金額）は、別紙２記載のとおりであり、架空仕入額は、架空売上額を大きく上回っている。この差額について、長男は、職員に対し、本件コンビニにおける従業員の給与及び福利厚生費等の経費として支出した旨申述した。
原告は、コンビニ経費に係る帳簿書類として、下記オ(オ)の経費ノート及び同(コ)の経費関係レシートを提示したが、それ以外は提示しなかった。
オ 原告は、職員から、本件各年分の青色申告に係る帳簿書類の提示を求められた際、本件コンビニに係るものとしては、次の各書類を提示したが、それ以外は提示しなかった。
(ア) 返還金明細書（平成１１年１月分ないし同年３月分、平成１３年１月分ないし平成１７年１２月分。乙１６）
(イ) 買掛金支払集計表（平成１１年１月分ないし同年３月分、平成１３年１月分ないし平成１７年１２月分。乙２３）
(ウ) 販売日報・月報（平成１０年１月分ないし平成１７年１２月分。乙１０ないし１２）
(エ) Ｃからの「年間お取引一覧表」（平成１０年１月分ないし平成１７年１２月分。乙２２）
(オ) 経費を集計した大学ノート（平成１３年１月分ないし平成１７年１２月分。以下「経費ノート」という。乙２９）
(カ) 返還金明細書を書き写した大学ノート（平成１１年１月分ないし平成１７年１２月分）
(キ) 仕入れを集計した大学ノート（平成１４年１月分ないし平成１７年１２月分。以下「仕入ノート」という。乙２８）
(ク) 架空売上げを集計した大学ノート（平成１６年１０月分ないし平成１７年１２月分。以下「売上ノート」という。乙２５）
(ケ) 架空売上げに係る電子ジャーナル（平成１６年１２月分ないし平成１７年１２月分。以下「電子ジャーナル」という。乙２６、２７）
(コ) 必要経費に係る領収書及びレシート（本件各年分。以下「経費関係レシート」という。乙３０の１ないし３）
(サ) Ｃの酒類の納品書（平成１７年１月分ないし同年６月分）
(シ) 郵便局の「切手類売渡請求書（控）」（平成１７年６月分ないし同年１２月分。乙２４参照）
カ 職員が、原告及び長男に対し、現金出納等に関する事項を記載した帳簿書類の提示を求めたところ、同人らは、上記帳簿書類は作成していない旨申述した。
(2) 本件商店に係る収入金額等
ア 所得税関係
原告の本件各年分の本件商店に係る収入金額及び特前所得金額（収入金額から売上原価の額及び経費の額を控除して算出した事業専従者控除額を控除する前の所得金額をいう。以下同じ。）は、別紙３の１「ｂ」欄及び「ｈ」欄記載のとおりである。
イ 消費税等関係
原告の本件各課税期間の本件商店に係る売上金額は、別紙４「本件店舗に係る売上金額」欄記載のとおりである。原告の本件各課税期間の本件商店に係る非課税等売上（消費税法２条１項９号の課税資産の譲渡等に該当しない売上金額をいう。以下同じ。）は存在しない。原告の本件各課税期間の本件商店に係る課税仕入れに係る支払対価の額は、別紙５「本件店舗(A)」欄記載のとおりである。
(3) 原告に対する課税処分の経緯等
ア 本件青色申告承認取消処分（別紙３の３）
(ア) 処分行政庁は、平成１９年３月１３日付で、原告の平成１５年分以降の所得税について、本件青色申告承認取消処分をした（甲５）。
(イ) 原告は、平成１９年４月２３日、処分行政庁に対し、本件青色申告承認取消処分を不服として異議申立てをしたところ、処分行政庁は、同年７月２０日付で、これを棄却する旨の決定を行った（甲８）。
(ウ) 原告は、これを不服とし、平成１９年８月２２日、国税不服審判所長に対し審査請求を行ったところ、国税不服審判所長は、平成２０年６月１９日付で、これを棄却する旨の裁決を行った（甲９）。
イ 本件所得税更正処分等（別紙３の１）
(ア) 原告は、平成１６年３月１５日、処分行政庁に対し、原告の平成１５年分の所得税につき、総所得金額マイナス１９８万４１７０円、納付すべき税額０円と記載した確定申告書を提出した（乙１）。
(イ) 原告は、平成１７年３月１１日、処分行政庁に対し、原告の平成１６年分の所得税につき、総所得金額マイナス２６８万９８８５円、納付すべき税額０円と記載した確定申告書を提出した（乙２）。
(ウ) 原告は、平成１８年３月１３日、処分行政庁に対し、原告の平成１７年分の所得税につき、総所得金額マイナス１１４万１５５３円、納付すべき税額０円と記載した確定申告書を提出した（乙３）。
(エ) 処分行政庁は、平成１９年３月１３日付で、原告に対し、本件各年分の所得税及び過少申告加算税について、本件所得税更正処分等を行った（甲６の１ないし３）。
(オ) 原告は、平成１９年４月２３日、処分行政庁に対し、本件所得税更正処分等を不服として異議申立てをしたところ、処分行政庁は、同年７月２０日付で、本件所得税更正処分等のうち一部を取り消し、その余の異議申立てをいずれも棄却する旨の決定を行った（甲８）。
(カ) 原告は、これを不服とし、平成１９年８月２２日、国税不服審判所長に対し審査請求を行ったところ、国税不服審判所長は、平成２０年６月１９日付で、これをいずれも棄却する旨の裁決を行った（甲９）。
ウ 本件消費税等更正処分等（別紙３の２）
(ア) 原告は、平成１６年３月３１日、処分行政庁に対し、原告の平成１５年課税期間の消費税等につき、課税標準額１億２８１３万３０００円、納付すべき消費税額９万２４００円及び地方消費税額２万３１００円と記載した確定申告書を提出した（乙４）。
(イ) 原告は、平成１７年３月２９日、処分行政庁に対し、原告の平成１６年課税期間の消費税等につき、課税標準額１億２６１４万２０００円、納付すべき消費税額１３万０４００円及び地方消費税額３万２６００円と記載した確定申告書を提出した（乙５）。
(ウ) 原告は、平成１８年３月２９日、処分行政庁に対し、原告の平成１７年課税期間の消費税等につき、課税標準額１億１６６５万６０００円、納付すべき消費税額２７万８７００円及び地方消費税額６万９６００円と記載した確定申告書を提出した（乙６）。
(エ) 処分行政庁は、平成１９年３月１３日付で、原告に対し、本件各課税期間の消費税等及び過少申告加算税について、本件消費税等更正処分等を行った（甲７の１ないし３）。
(オ) 原告は、平成１９年４月２３日、処分行政庁に対し、本件消費税等更正処分等を不服として異議申立てをしたところ、処分行政庁は、同年７月２０日付で、平成１５年分及び平成１７年分の消費税等の更正処分及びこれに係る過少申告加算税の賦課決定処分のうち一部を取り消し、その余の異議申立てをいずれも棄却する旨の決定を行った（甲８）。
(カ) 原告は、これを不服として、平成１９年８月２２日、国税不服審判所長に対し審査請求を行ったところ、国税不服審判所長は、平成２０年６月１９日付で、これをいずれも棄却する旨の裁決を行った（甲９）。
エ 原告は、これを不服とし、平成２０年１２月２４日、本件訴えを提起した（顕著な事実）。
３ 本件各処分における処分行政庁の税額等の計算根拠
(1) 本件所得税更正処分等における原告の本件各年分の所得税の課税標準及び納付すべき税額の計算根拠は別紙６、７記載のとおりである。
(2) 本件所得税更正処分等における原告の本件各年分の本件コンビニに係る事業所得の推計方法は以下のとおりである（甲８、９、弁論の全趣旨）。
ア 処分行政庁は、原告の本件コンビニに係る本件各年分の事業所得の金額について、①反面調査等により確実に把握できる売上原価を推計の基礎として、②当該売上原価を本件コンビニに係る比準同業者（本件コンビニと業種・業態、事業規模等が類似する同業者）の平均売上原価率（収入金額に対する売上原価の割合）で除すことにより総収入金額を算出し、③当該総収入金額に、比準同業者の平均特前所得率（比準同業者の収入金額に占める、収入金額から売上原価の額及び経費の額を控除して算出した事業専従者控除額を控除する前の所得金額（特前所得金額）の割合の平均値）を乗じる方法により特前所得金額を算出したうえで、原告の本件各年分の本件コンビニに係る事業所得の金額を算出した。
イ 処分行政庁は、本件コンビニの比準同業者の抽出基準を以下の(ア)ないし(ク)とし、これらすべてに合致する個人事業者を各年分とも６件ずつ選定した（選定された各事業者の総収入金額等は別紙７記載のとおりである。）。
(ア) 本件各年分の期間を通じて青色申告書を提出していること
(イ) 本件各年分の期間を通じて継続して事業を営んでいること
(ウ) 福岡県内のコンビニエンスストア（Ａ）の加盟店（個人経営）であること
(エ) ２４時間営業していること
(オ) 酒類・たばこ・非課税商品（切手類、プリペイドカード等）の販売がされていること
(カ) 借店舗であること
(キ) 当該事業に係る売上原価の額が原告の売上原価の０．５倍以上２倍以内の範囲にあること
(ク) 本件各年分の期間を通じて、不服申立て又は訴訟が継続中でないこと
(3) 本件消費税等更正処分等における原告の本件各課税期間の消費税及び地方消費税の課税標準及び納付すべき税額の計算根拠は別紙８記載のとおりである。
４ 本件異議決定の内容は別紙９、１０記載のとおりである。
５ 争点及びこれに関する当事者の主張
(1) 本案前の争点（本件所得税更正処分及び本件消費税等更正処分に関し）（原告）
平成１７年分の所得税及び平成１７年課税期間の消費税について、申告の内容が誤って自己に不利になっていたため、以下のとおり修正する。
ア 原告の平成１７年分の本件コンビニに係る事業所得の金額は、マイナス７８４万０６１３円である（申告した収入金額は架空売上げを差し引いたものであったため、収入金額に架空売上げを加算し、申告した必要経費は架空仕入れを差し引いたものであったため、必要経費に架空仕入れを加算すべきである。）。
イ 平成１７年課税期間の消費税の課税標準額は、１億２１６４万１０００円であり、納付すべき消費税額及び地方消費税額はない（申告した課税標準額は架空売上げを差し引いたものであったため、課税標準額に架空売上げを加算し、申告した仕入税額控除は架空仕入れを差し引いたものであったため、架空仕入れについても仕入税額控除すべきである。）。（被告）
本件各処分で決定された税額のうち、原告の申告額を超えない部分については、原告が自ら納税義務を確定させているのであるから、その部分について訴訟で争う訴えの利益はない。
よって、本件訴え中、本件所得税更正処分及び本件消費税等更正処分のうち、原告の申告額を超えない部分の取消しを求める部分については、不適法であり、却下されるべきである。
(2) 青色申告承認の取消事由の有無
（被告）
本件コンビニでは、現金出納等に関する事項を記載した帳簿書類が作成されていないため、所得税法１４８条１項の帳簿書類の備え付けが行われておらず、同法１５０条１項１号の青色申告承認の取消事由に該当する。
原告は、返還金明細書が、所得税法１４８条１項に規定する帳簿書類に当たると主張するようである。
確かに、本件コンビニは、原則として、売上げ及び仕入れのいずれも本部が管理してはいるものの、コンビニ経費の出納は本部を通さず、返還金明細書に記載されない。本件コンビニにおける取引は、原則としてすべて現金によるものであるうえ、本部を通さない取引も存在するのであるから、現金出納に関する記載が当然に要請されるのであって、返還金明細書では足りない。また、返還金明細書のうち現金仕入れ及び自動販売機でのたばこの売上げの記載は、長男が自ら端末に入力した金額に基づくから、この入力データの検証及び証拠資料として、現金仕入れ及び自動販売機でのたばこの売上げに関する帳簿書類を作成することが必要であるところ、作成されていない。さらに、返還金明細書は、長男の入力した実体の伴わない架空仕入れ及び架空売上げのデータに基づくものだから、所得税法施行規則５７条１項にいう正規の簿記の原則に従っているとはいえない。
（原告）
原告の本件コンビニに係る事業所得の金額は返還金明細書で明らかである。返還金明細書は、給与所得者の給与明細に匹敵する公正な書類である。
現金取引の年月日、事由、出納先及び金額並びに日日の残高を記載した書類を備え付けなければならないとすれば、コンビニエンスストアは全て青色申告承認を取り消されることになる。
加盟店は、返還金明細書を交付されるまで、本部仕入額、本部経費額及びこれらを差し引いた残高が分からないのだから、上記書類は作成できない。
(3) 本部の違算
（原告）
本件コンビニの収入は、総売上げから本部仕入額及び本部経費を差し引いた額（これが返還金額である。）であり、返還金額から現金仕入額及びコンビニ経費を差し引いたものが本件コンビニの所得になるはずである。
ところが、本件では、本部が返還金からさらに現金仕入額を差し引いて返還するという計算ミス（違算）をしたため、本件コンビニの差益率が低くなり、職員から架空仕入れ及び架空売上げを発見され、本件各処分に至ったものである。
本部の違算によって、現金仕入額相当額について、本部の収入が増えているところ、その本部の収入は課税されているのだから、原告に課税すると二重課税になる。
（被告）
原告は、本部が返還金から現金仕入額を差し引くのは違算であると主張するが、返還金明細書の「売上」等の各項目の金額は、本部が加盟店からレジスター等を通じて報告された金額が、その総額により計上されている（返還金明細書の「売上」欄の「摘要」に、「Ｚレシート売上金額」とあるのは、返還金明細書の「売上」欄の計上額が、本部が加盟店から受領した金額でなく、加盟店が売上げとしてレジスター等により入力した金額であることを示すものである。）。
したがって、現金仕入れがあった場合、本部は加盟店から現金仕入額相当額の送金を受けていない（預かっていない）のであるが、「売上」欄には、実際に加盟店が本部に送金した金額が計上されるのではなく、加盟店から売上げとして報告された額の総額が計上されるのである。
よって、返還金を計算する際には、同明細書の「売上」欄の額から「現金仕入」欄の額を控除しなければならない。
仮に、返還金を計算する際に現金仕入額を差し引かなければ、本部は加盟店から現金仕入額相当額の送金を受けていないのに、現金仕入額相当額を加盟店に支給することになるから、現金仕入額を控除するのは至極当然のことであり、何ら違算はない。
(4) 推計の必要性
（被告）
推計課税は、推計の必要性、つまり、十分な直接資料が得られず、実額の把握が不可能又は著しく困難と認められる場合に限り許されるとされており、必要性が認められる事由としては、一般に、①納税者が帳簿書類を備え付けておらず、収支の状況を直接資料によって明らかにすることができないこと（帳簿書類の不存在）、②納税者が一応帳簿書類を備え付けてはいるが、誤記脱漏が多いとか、二重帳簿が作成されているなど、その内容が不正確で信頼性に乏しいこと（帳簿書類の不備）、③納税者又はその取引関係者が調査に協力しないため、直接資料が入手できないこと（調査非協力）等の事由により、実額の把握が不可能又は著しく困難なことが挙げられる。
本件については、原告が調査の際に提示した帳簿書類は、以下のとおり、本件コンビニに係る売上げやコンビニ経費の額を正確に記載しているとは認められず、原告の行う業務の全部を網羅したものではないため、帳簿書類の不備により、本件コンビニに係る売上金額及びコンビニ経費について、帳簿書類に基づき実額で把握できないから、推計の必要性がある。
ア 売上げ
(ア) 架空売上げ
原告は、架空売上げを計上して現金をレジスターに戻したと主張するものの、平成１６年９月以前の架空売上げについてはこれを裏付ける証拠が全くない。同年１０月以降のものについては売上ノートが、同年１２月以降のものについては売上ノート及び電子ジャーナルが提示されているが、以下のとおり、証拠として信用することができない。
すなわち、電子ジャーナルをみると、①１円単位の端数のある入金があり、現金を戻す際、そのような面倒な入力をしていたというのは不自然であるし、②客が多い昼間の時間帯の入力があるものの、そのような時間帯にわざわざ架空の売上げをレジスターに入力するとは考えられず、③実際の商品売上げと思われるもの（「イナリ＆タワラムスビセット」、「スケロクズシ」等）も混入しており、④プリペイドカードと現金を併用して入金し、しかも釣銭を戻しているものや、⑤一度入力した売上金額をわざわざ訂正しているもの、⑥クーポン券を併用した入金もあるし、また、⑦電子ジャーナルに入力された売上げに係る商品は、ビールの箱売りや焼酎のまとめ売りが多いところ、原告が本件コンビニ開店以前から、本件商店において酒類の販売業を営んでいたことを踏まえると、以前からの得意先に対して酒類を掛売りし、後日集金したものの入金であるとも推測できる。これらの点に照らすと、電子ジャーナルに記載された売上げは、少なくとも、そのすべてが架空売上げであるとは到底考え難く、現実の売上げ分が相当程度混入している可能性が高いというべきである。
売上ノートについてみると、平成１６年１２月分ないし平成１７年１２月分については、電子ジャーナルと記載が一致しており、単に電子ジャーナルを転記したものとみるべきである。
そして、電子ジャーナルが提示された経緯をみると、長男は、職員から架空仕入れの指摘を受けてはじめて、電子ジャーナルを出力し、その記載に合わせて売上げノートを記載したにすぎないとみるべきである。すなわち、電子ジャーナルは過去１３か月分しか出力できないことからすると、平成１７年１１月に初めて出力したからこそ、電子ジャーナルは平成１６年１０月分以降のものしか出力できず、そのため、売上ノートも同時期以降のものしか提示されなかったといえる。したがって、電子ジャーナル及び売上ノートのいずれについても、架空売上げの計上を裏付ける証拠として信用することはできない。
また、架空売上げは、架空仕入れを帳消しにするためのものであるから、架空仕入れとほぼ同額が計上されなければならないはずである。ところが、長男が提示した仕入ノート及び売上ノートを照合すると、例えば、平成１７年１月分の架空仕入れの金額は１１１万４２０６円であったのに対し、同月分の架空売上げの金額は２０万８３６９円しかなく、ほとんど架空仕入れ額を帳消しにできていない。しかも、電子ジャーナル上、架空売上げの決済には、ほとんどがプリペイドカード（クオカード）が用いられているが、これでは、売上げを計上しても、実際に現金は入金されないのであるから、抜いた現金をレジスターに戻すために架空売上げを計上していたとの説明とは全く相いれない。
以上に述べたように、売上ノート及び電子ジャーナルに基づいて架空売上げの金額を実額で把握することはできない。
(イ) たばこの売上げ
本件コンビニにおけるたばこの差益率は、平成１５年分が４．７８パーセント、平成１６年分が４．５８パーセント、平成１７年分が０．９６パーセントであり、これは、定価販売されるたばこの通常の差益率（１０．５パーセント）からみて、明らかに異常に低い。そして、本件コンビニのたばこの仕入れはすべて本部仕入れであり、仕入金額は本部が把握済みであることからすれば、この差益率の異常は、仕入金額に対して売上金額が少なく計上されていること、すなわち自動販売機の売上げが過少計上されていることによると思われるが、原告は、現金出納に関する帳簿書類を作成していないため、たばこの売上げを実額で把握することができない。
原告は、たばこの売上げは架空売上げとして計上していると主張するが、自動販売機によるたばこの売上げは通常現金であるのに対し、原告が架空売上げと主張するものはプリペイドカードによるものがほとんどであるから、架空売上げがたばこの売上げであるとは考えられない。
イ 必要経費
(ア) 原告が必要経費として主張するものをみると、福利厚生費については、経費ノートには金額しか記載されておらず、具体的な支出内容が不明であるうえ、経費ノートの裏付けとなる経費関係レシートを見ると、明らかに家事費と考えられる支出が多数含まれており、必要経費の額を実額で把握することができない。
また、原告は、福利厚生費の多くは、同世帯の孫に給与に代えて現物を支給したものと主張するが、所得税法５６条によれば、同世帯の孫への給与に代わる支給は本件コンビニの必要経費には算入できない。
したがって、経費ノート及び経費関係レシートに基づいて、本件コンビニに係る必要経費を算出することはできない。
(イ) また、原告が計上したとする架空仕入れの金額は、架空売上げの金額を大きく上回っている。この差額について、長男は、従業員の給与や福利厚生費等の経費として支出したと説明しているが、いかなる経費に充てられたのか具体的な説明はない。
仮に、上記差額が人件費及び福利厚生費等の必要経費として支出されたことが確認できたとしても、これらの費目は、原告の本件コンビニに係る所得計算において、既に必要経費として申告されており、上記の差額分がこれらの費目として支出されたとして必要経費として認めることは、経費の二重計上になる可能性が高い。そして、二重計上になっていないことは、原告において、上記の差額分の使途に関する明細を作成していない限り、明らかにできないはずであるから、この点を確認することはできないというほかない。
よって、コンビニ経費について、帳簿書類により、実額で把握することができない。（原告）
ア 売上げ
長男は、生活費等の支払に充てるために酒類の架空仕入れを計上してレジスターから現金を抜き出したが、その後、レジを通さない自動販売機等での売上げを酒類の売上げとして計上して、現金をレジスターに戻している（架空仕入れの対称として「架空売上げ」と名付けたが、架空売上げは実体がない売上げではない。）。
たばこの差益率が低いのは、長男が、自動販売機でのたばこの売上げ（現金）を用いて本件コンビニからプリペイドカードを買い、そのプリペイドカードを用いて酒類を買ったこととして酒類の売上げとして入力し、たばこの売上げとしては入力しなかったためである（したがって、たばこの差益率が低い分、酒類の差益率は高くなっている。）。長男が自動販売機でのたばこの売上げをネコババしたわけではない。
イ 必要経費
原告は、福利厚生費として、同世帯の孫に給与に代えて現物を支給した。給与所得者は９０万円の控除があることと比較しても、このような経費は認められるべきである。
架空仕入れは、本部の違算が原因で返還金額が少なくなり、従業員の給与や福利厚生費等の経費を支払うことができなくなったため、酒類を仕入れたことにしてレジスターから出金して前借りしたものであり、商取引の実体のない消費貸借である。架空仕入れと架空売上げの差額は、従業員の給与や福利厚生費等の経費として支出した。
(5) 推計の合理性
（被告）
推計の必要性が認められる場合においても、推計の方法は合理的なものであるべきであり、推計の合理性が認められるためには、一般的に、①推計の基礎事実が確実に把握されていること（資料の正確性）、②推計方法のうち、当該具体的事案に最も適切なものが選択されるべきこと（推計方法の最適性）、③選択した具体的推計方法自体ができるだけ真実の所得に近似した数値が算出されるような客観的なものであること（推計方法の客観性）の３つの要件が必要であると解されている。
推計課税において通常用いられる推計方法は、おおむね、①比率法（収入、支出、生産高等が判明した場合に、その数値に対する特定の比率をもって所得金額等を推計する方法）、②効率法（販売個数、原材料の数量、消費電力量等の１単位当たりの収入金額等を計算して、課税所得金額を推計する方法）、③資産増減法（課税年度の期首と期末の資産及び負債を比較して算出された純資産の増加額に、生計費その他の消費金額を加算したものを課税所得とする方法）等に大別される。上記のうち、①の比率法は、さらに本人比率（納税者本人の一定期間の実績ないし記帳又は前後年分の調査実績によって所得金額を推計する方法で、個別的類似性が最も高い）、同業者率（納税者と同一業種で、業態、規模、立地条件等において個別的類似性の認められる同業者を抽出し、その所得率、差益率等の平均値により課税所得等を算出する方法）等に細分されるが、実務上は同業者率を用いた比率法が用いられることが多いとされている。
処分行政庁は、前記３(2)ア記載の方法で、本件各年分の本件コンビニに係る事業所得の金額を算出している。
この点、本件コンビニにおける現金仕入れの取引先は、Ｃ及び郵便局しかなく、当該各取引先に対する反面調査により、その仕入金額を正確に実額で把握でき、また、本部仕入れについては、返還金明細書等により、その仕入金額を正確に実額で把握できるため、本件コンビニにおける事業所得の推計の基礎として、売上原価を採用することができ、またそのようにしたことは合理的である。
また、業種、業態及び事業規模等に類似性のある同業者にあっては、特段の事情がない限り、同程度の売上原価からは同程度の収入が得られ、同程度の収入に対し同程度の所得が得られることが通例であると考えられ、このことは原告の営む本件コンビニにおいても例外ではないから、処分行政庁が、反面調査等により把握した売上原価を基礎として、本件コンビニの同業者率により、本件コンビニの売上金額及び特前所得金額を算出する推計方法を採用したことは合理的である。
そして、処分行政庁は、平均売上原価率及び平均特前所得率を算定するに当たって、本件コンビニの比準同業者の抽出基準として、本件コンビニとの事業の類似性を考慮し、前記３(2)イ記載のすべての基準に合致する個人事業者（各年分とも６件）を比準同業者として選定しているから、比準同業者の選定も合理的に行われている。
以上のとおり、処分行政庁が、本件コンビニの本件各年分の事業所得の算定に当たり採用した推計方法には、推計の基礎となる資料の正確性があり、また、同業者の選定も本件コンビニとの事業の類似性を考慮した合理的なものであるから、推計により算出した所得金額も真実の所得に近似したものであると認められる。
したがって、本件所得税更正処分における推計に合理性があることは明らかである。（原告）
争う（利率による推計で更正するのは無謀である。災害・盗難・違算・立地・品種・廃棄によって差が出る。）。
(6) 仕入税額控除の可否
ア 在庫異算調整（別紙８の１(3)イ(キ)）
（被告）
消費税の課税対象となるのは、事業者が、事業として対価を得て行った資産の譲渡等であるところ（消費税法２条１項８号、９号、同法４条１項）、年末において実地棚卸高が帳簿上の棚卸高を下回ったからといって、原告は商品がなくなったことについて現金等の対価を得ていないのであるから、仕入税額控除の対象とはならない。
また、そもそも、実在しない在庫の原因は、長男が架空仕入れを計上したことにより、帳簿上の仕入額が水増しされたためであるから、原告の主張は前提からして失当である。（原告）
帳簿上の期末在庫と棚卸在庫の差は盗難又は違算による損失であり、経費になる。
イ 業務用固定資産の取得費（別紙８の３(3)イ(キ)）
（被告）
事業者が、業務用の固定資産を取得した場合に、その取得費に係る消費税額の仕入税額控除ができるのは、当該資産を取得した日の属する課税期間であるところ（消費税法３０条１項１号）、原告が主張する業務用固定資産（以下「本件固定資産」という。）の取得日は、平成１３年６月１日であるから、本件固定資産の取得費について仕入税額控除ができるのは、平成１３年課税期間である。仕入税額控除ができる課税期間は、納税者の意思により自由に決定できるものではない。
（原告）
原告は、平成１７年に至るまで、本件固定資産の取得費に係る消費税額の仕入税額控除ができることを認識していなかった。認識していなければ申告できないのだから、申告者が認識した時点で効力が発生する。よって、平成１７年課税期間に本件固定資産に係る仕入税額控除を認めるべきである。
第３ 争点に対する判断
１ 争点(1)（本案前の争点）について
原告は、平成１７年分の所得税及び平成１７年課税期間の消費税等について、申告の内容が誤って自己に不利になっていたため、修正する旨主張する。
しかしながら、納税申告書を提出した者は、当該申告書に記載した課税標準等若しくは税額等の計算に誤りがあったことにより、納付すべき税額が過大であるときは、原則として法定申告期限から１年以内に、申告に係る課税標準等又は税額等につき更正すべき旨の請求をすることができるところ（国税通則法２３条）、法が要件及び期間制限を定めて上記の更正の請求の制度を設けた趣旨にかんがみると、申告額が過大であった場合については、申告の無効を主張できる特段の事情がある場合を除き、上記の更正の請求及びその後の不服申立手続において争うべきであるといえる。
よって、上記の特段の事情があるか、上記の更正の請求等を経ている場合は格別、そうでない場合は、更正処分の取消しを求める訴訟において、申告額を超えない部分について争うことは許されず、当該部分の取消しを求める訴えは不適法であると解すべきである。
これを本件についてみると、上記の特段の事情があること又は上記の更正の請求等を経たことは認められないから、本件訴え中、本件所得税更正処分及び本件消費税等更正処分（いずれも本件異議決定により全部又は一部取り消された後のもの）のうち、原告の申告額を超えない部分の取消しを求める部分は、不適法である。
２ 争点(2)（青色申告承認の取消事由の有無）について
(1) 前記前提事実(1)オ及びカによれば、原告は、平成１５年分の本件コンビニに係る現金出納等に関する事項を記載した帳簿書類を提示せず、当該書類を作成していない旨申述したことが認められる。
そうすると、原告は、平成１５年分の本件コンビニに係る事業所得を生ずべき業務につき、帳簿書類の備え付け、記録及び保存を所得税法１４８条１項の規定する財務省令で定めるところに従って行っていないものと認めるのが相当であるから、同法１５０条１項１号の青色申告承認の取消事由に該当する。
したがって、本件青色申告承認取消処分は適法である。
(2)ア原告は、加盟店は、返還金明細書を交付されるまで、本部仕入額、本部経費額及びこれらを差し引いた残高が分からないのだから、上記書類は作成できないとか、原告の本件コンビニに係る事業所得の金額は返還金明細書で明らかであるから、返還金明細書は、給与所得者の給与明細に匹敵する公正な書類であるなどと主張する。
イ しかしながら、返還金明細書に記載されている売上金額等は月計のものに過ぎず、返還金明細書によって個々の取引の年月日、事由、出納先及び金額並びに日日の残高を確認することはできない。
事業所得の金額を正確に計算するためには、事業所得を生ずべき事業に係る資産、負債及び資本に影響を及ぼす一切の取引について、逐一記録することが必要であるが、記録に正確を期するためには、現金出納についても、個々の取引を逐一記録し、日日現金残高を確認することが必要不可欠であるから、その記載を欠く返還金明細書をもって、原告の本件コンビニに係る事業所得を生ずべき全ての業務についての、所得税法１４８条１項の定める帳簿書類に当たるとは到底認め難い。
ウ また、仮に、返還金明細書を交付されるまで本部仕入額及び本部経費額が分からないとしても、本件コンビニにおける日日の現金出納を記録する妨げにはならないし、現金仕入れ及び自動販売機でのたばこの売上げの記載は長男が自ら入力した架空のデータに基づくのだから、返還金明細書が給与所得者の給与明細に匹敵する公正な書類であるなどとは到底いい難い。さらに、コンビニ経費については返還金明細書に全く現れないのであるから、原告の本件コンビニに係る事業所得の金額が返還金明細書によって明らかであるともいえない。
よって、原告の上記主張は失当である。
エ なお、原告は、現金取引の年月日、事由、出納先及び金額並びに日日の残高を記載した書類を備え付けなければならないとすれば、コンビニエンスストアは全て青色申告承認を取り消されるなどと主張する。
しかしながら、前記前提事実(1)によれば、Ａ・フランチャイズシステムにおいては、レジスターを通して個々の取引を記録するいわゆるジャーナル及び日計で現金残高及び本部送金額を記録する売上金管理日報が毎日、本部経費額及び返還金額を記録する返還金明細書及び仕入代金額を記録する買掛金支払集計表が毎月、加盟店において出力しうるか本部から交付されるのであるから、コンビニエンスストアにおいて、一般に、個々の取引の年月日、事由、出納先及び金額並びに日日の残高を記載した書類の備え付け、記録及び保存が行われていないとは考え難い。
オ また、架空仕入れ及び架空売上げの記録は、証ひょう書類又は伝票その他の原始記録によってなされたものではなく、記録の真実性を実証しえないものであるし、原告は、架空仕入れは消費貸借であるなどと主張しているのであるが、その場合は、架空仕入れに係る金額は原告への貸しとして記録しなければならないのにこれを仕入れとして計上しているのであり、そのような書類が正規の簿記の原則に従ったものともいえない。
カ よって、いずれにしても原告の上記主張は理由がない。
３ 争点(3)（本部の違算）について
原告は、本部が返還金から現金仕入額相当額を差し引くのは違算である旨繰り返し主張する。
しかしながら、証拠（乙１０ないし１２、１６）によれば、返還金明細書と販売日報・月報を対照すれば、返還金明細書の「売上」欄記載の金額は、販売日報・月報の「店舗合計」欄及び「仮受消費税」欄記載の各金額の合計すなわち本件コンビニが客から受け取った金員の合計と同額であることが認められるから、返還金明細書の「売上」欄記載の金額は、原告の主張するような、本件コンビニが客から受け取った金員の合計から現金仕入額相当額を差し引いた金額を示すものではない。
したがって、返還金額を計算する際には、本件コンビニのレジスターに入った金員の合計である返還金明細書の「売上」欄記載の金額から、長男がレジスターから抜いて仕入先に支払った現金仕入額相当額である「現金仕入」欄記載の金額を控除しなければならないのであり、何ら違算ではないから、原告の上記主張は理由がない。
４ 争点(4)（推計の必要性）について
(1) 売上げ
証拠（乙１０ないし１２、２１の１ないし３、２３）によれば、買掛金支払集計表及び販売日報・月報を基にして本件コンビニにおけるたばこの差益率を算出すると、平成１５年分が４．７８パーセント、平成１６年分が４．５８パーセント、平成１７年分が０．９６パーセントであることが認められるところ、これは、たばこの通常の差益率（１０．５パーセント）からみて、明らかに低い。この差益率の異常は、たばこが本部仕入れされていることからすれば、仕入額に対して売上額が過少計上されていることが原因であると推認される。よって、販売日報・月報を基にして、たばこの売上げを実額で把握することは困難である。
原告は、たばこの売上げとして計上していないたばこの売上げは、プリペイドカードによる酒類の架空売上げとして計上したと主張するが、平成１６年１１月以前のものについては、プリペイドカードによる酒類の架空売上げの裏付け資料が存在せず、その額を把握することはできない。仮に、同年１２月以降のたばこの売上げとして計上していないたばこの売上げを、プリペイドカードによる酒類の架空売上げとして把握することができるとしても、プリペイドカードによる酒類の架空売上げ以外の架空売上げの額については、以下のとおり把握することができない。
原告が架空売上げと主張するもののうち、平成１６年９月以前のものについては、原告はこれを裏付ける書類を提示しないし、同年１０月以降のものについて裏付けとして提示した電子ジャーナル及び売上ノートは、前記前提事実(1)エ(イ)によれば、処分行政庁の調査を受けてはじめて作成したものと推認されるから、到底信用し難く、これを基にして架空売上げの金額を実額で把握することはできない。
よって、本件各年分の原告の本件コンビニに係る収入の額について、帳簿書類等の直接的な資料によって実額で把握することができないものと認められる。
(2) 必要経費
証拠（乙３０の１ないし３）によれば、経費関係レシートには「タマネギ」、「オイシイギュウニュウ」等の食料品類及び「トランクス」、「シンシナイティー」等の衣料品等の原告の家事費に充てられたと推認され必要経費に算入できない支出が多数含まれることが認められるから、経費関係レシートを基にして本件各年分の原告の本件コンビニに係る必要経費の額を実額で把握することができない。
また、原告は、福利厚生費の多くは、同世帯の孫に給与に代えて現物を支給したと主張するが、所得税法５６条によれば、孫が本件コンビニにおいて労働した対価として受ける現物給付に相当する金額は、原告の本件コンビニに係る事業所得の金額の計算上、必要経費に算入できない。この点、原告は、給与所得者の控除と比較しても、必要経費として認められるべきである旨主張するが、原告と生活の糧を共通にする当該孫が受けた現物給付については原告の必要経費にならない反面当該孫の所得にもならないのであるから、これを原告の必要経費に算入しない取扱いが不当であるとはいえないし、給与所得者控除は、給与所得については必要経費の個別的認定が困難であり概算で控除を認める必要があるために行われるものであり、個人事業者にはその趣旨は当てはまらないのであるから、これと比較して上記現物給付に相当する金額を原告の必要経費に算入すべきであるとは到底いい難い。
さらに、原告は、架空仕入額と架空売上額の差額について、本件コンビニにおける従業員の給与や福利厚生費等の必要経費として支出したと主張するが、いかなる経費に充てられたのか具体的な説明及び資料の提示はなく、原告の主張額中必要経費として支出した額を実額で把握することはできない。
よって、本件各年分の原告の本件コンビニに係る必要経費の額について、帳簿書類等の直接的な資料によって実額で把握することができないものと認められる。
(3) 以上に述べたところによれば、原告の本件各年分の本件コンビニに係る収支の状況を直接資料によって明らかにすることができないから、所得税法１５６条の推計の方法によって、原告の本件各年分の本件コンビニに係る事業所得の金額を算出する必要がある。
５ 争点(5)（推計の合理性）について
(1) 処分行政庁は、原告の本件各年分の本件コンビニに係る事業所得の金額の算出にあたり、前記第２の３(2)記載の方法で推計を行ったものである。上記４に述べたところによれば、本件各年分の原告の本件コンビニに係る期首商品棚卸高及び期末商品棚卸高についても、帳簿書類等に基づき実額で把握することができないから、本件については、期首及び期末の各商品棚卸高が同額であると推認し、売上原価を仕入額と同額として計算するのが相当である。そして、本件コンビニにおける現金仕入れの取引先は、Ｃ及び郵便局しかなく、現金仕入額は、当該各取引先による反面調査により実額で正確に把握でき、また、本部仕入額については、返還金明細書及び買掛金支払集計表により実額で正確に把握できるため、本件コンビニにおける事業所得の推計の基礎として、仕入額（売上原価）を採用することは合理的である。
(2) また、業種、業態及び事業規模等に類似性のある業者にあっては、同程度の売上原価からは同程度の収入を得、同程度の収入に対し同程度の所得を得ることが通常であるから、売上原価を比準同業者の平均売上原価率で除すことにより総収入金額を算出し、総収入金額に比準同業者の平均特前所得率を乗じる方法により特前所得金額を算出する方法は、合理的であるといえる。
(3) そして、処分行政庁は、平均売上原価率及び平均特前所得率を算定するに当たり、本件コンビニの比準同業者の抽出基準として、前記第２の３(2)イ記載の基準に合致する個人事業者を各年分とも６件選定しており、抽出された比準同業者には、原告と業種、業態が類似し、立地の類似性及び事業規模の近似性が認められ、また、各同業者間に存する個別事情を捨象して平均化するに足りる同業者数が抽出されているから、比準同業者の選定も合理的であるといえる。
(4) したがって、処分行政庁が原告の本件コンビニに係る事業所得の算定に当たって採用した推計方法（本件異議決定により一部変更された後のもの）は、推計の基礎となる資料の正確性があり、比準同業者の選定も合理的であるから、推計により算出した所得金額も真実の所得に近似したものであると認めるのが相当である。
６ 小括（本件所得税更正処分等）
(1)アそして、証拠（甲８）によれば、本件各年分の原告の本件コンビニに係る仕入額は、別紙１１「本件コンビニに係る売上原価」欄記載のとおりであると認められるから、本件各年分の原告の本件コンビニに係る売上原価も上記の額と認めるべきである。
イ また、証拠（甲９）によれば、本件各年分の比準同業者の平均売上原価率及び平均特前所得率は別紙１１「平均売上原価率（％）」欄及び「平均特前所得率（％）」欄記載のとおりであると認められる。
ウ 証拠（乙１３ないし１５）によれば、原告の平成１２年分ないし平成１４年分の所得税について、原告は、純損失の金額（所得税法２条１項２５号）を記載した青色の確定申告書をその提出期限までに提出し、その後の年分において連続して確定申告書を提出していることが認められる。
そして、証拠（甲８、乙１３ないし１５）によれば、原告の純損失の金額は、平成１２年分が２０２万４９８５円、平成１３年分が３７２万７０５３円、平成１４年分が２０７万５９２１円であると認められるところ、上記各年分の純損失の金額について、所得税法７０条１項の純損失額の繰越控除の適用を認め、各損失額を平成１５年分及び平成１６年分の所得金額から控除するのが相当である。
エ また、証拠（甲８）によれば、原告が本件各年分に支払った国民健康保険料、介護保険料及び国民年金掛金の合計額は、平成１５年分が４７万０８００円、平成１６年分が５５万２０００円、平成１７年分が３９万２４２０円であると認められる。
オ そうすると、本件各年分の原告が納付すべき所得税額は、別紙１１記載のとおりになるところ、本件所得税更正処分における納付すべき税額（ただし、本件異議決定により変更された後の額）は、いずれもこれと同額になる。
よって、本件所得税更正処分（ただし、本件異議決定により変更された後のもの。以下同じ。）は適法である。
(2) また、本件所得税更正処分により新たに納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうち、本件青色申告承認取消処分によって青色申告の承認が取り消されたことにより本件各年分の青色事業専従者給与が認められないこととなった部分に相当する金額を除き、国税通則法６５条４項に規定する更正前の税額の計算の基礎とされていなかったことについて正当な理由があるものとは認められない。
したがって、原告の平成１７年分の所得税の更正処分に係る過少申告加算税の額は別紙１１記載のとおりであるところ、本件所得税更正処分に係る過少申告加算税の額（ただし、本件異議決定により変更された後の額）はこれと同額であるから、本件所得税更正処分に係る過少申告加算税の賦課決定処分（ただし、本件異議決定により変更された後のもの）は適法である。
７ 消費税等の推計について
(1) 消費税法には、所得税法１５６条のように、各種の間接資料を用いて課税標準額を推計することができる旨を定めた明文の規定はない。
しかしながら、たとえ推計課税することができる旨を定めた規定がないとしても、納税義務者の課税標準額を実額で捕捉するのに十分な直接資料がないことを理由として課税を見合わせることを許すべきではない。
この点、消費税法は、課税資産の譲渡等に係る消費税の課税標準を、課税資産の譲渡等の対価の額と規定するのみであり、課税標準額の算定に当たり、必ずしも実額調査の方法によって直接資料を基にしてこれを決定しなければならないものとは規定していない。よって、消費税法は、信頼しうる直接資料を欠くために実額調査のできない場合に、合理的な推計の方法をもって課税標準額を算定することを禁止するものではないと解すべきである。
(2) これを本件についてみると、上記５において述べたとおり、原告の本件各年分の本件コンビニに係る売上金額を実額で算定することは困難であるから、原告の本件各課税期間の本件コンビニにおける課税資産の譲渡等の対価の額も、推計の方法により算定する必要性がある。
(3) 原告の本件各課税期間の事業所得に係る総収入金額は、別紙１１記載のとおりである。
そして、証拠（甲８、乙１０ないし１２）によれば、原告の本件各課税期間の本件コンビニにおける非課税等売上（消費税法２条１項９号の課税資産の譲渡等に該当しない売上金額）は、別紙４「本件コンビニに係る非課税等売上の額」欄記載のとおりであると認められる。
(4) 前記前提事実３（別紙８）によれば、処分行政庁は、上記５記載の合理的な推計の方法により算出した原告の本件各課税期間の事業所得に係る総収入金額から、非課税等売上を差し引いた残額に、１０５分の１００を乗じる方法により課税標準額を算出しているから、推計の方法に合理性があり、推計により算出した課税標準額も真実の課税標準額に近似したものであると認めるのが相当である。
８ 争点(6)（仕入税額控除の可否）について
(1) 在庫異算調整（別紙８の１(3)イ(キ)）
原告は、盗難又は違算による損失について仕入税額控除されるべきと主張する。
しかしながら、盗難は課税仕入れ（消費税法２条１項１２号）に該当しない。仮に在庫商品が亡失したり盗難にあったとしても、当該商品の仕入代金については仕入れの際に仕入税額控除されるものであるから、盗難等のあった際にさらに仕入税額控除することができないのは当然である。
また、前記３のとおり、原告のいう違算は存在せず、在庫が異なることの原因は盗難等以外には原告が架空仕入れを計上したことによるものと推認されるところ、架空仕入れも課税仕入れに該当しないことは明らかである。
よって、原告の主張する在庫異算調整について仕入税額控除を認めることはできない。
(2) 業務用固定資産の取得費（別紙８の３(3)イ(キ)）
仕入税額控除ができるのは、当該課税仕入れを行った日の属する課税期間である（消費税法３０条１項１号）。
そして、証拠（乙６）によれば、本件固定資産の取得日は、平成１３年６月１日であると認められるから、本件固定資産の取得費について仕入税額控除ができるのは、平成１３年課税期間であり、平成１７年課税期間に仕入税額控除することはできない。
原告は、平成１７年に至るまで、本件固定資産の取得費に係る消費税額の仕入税額控除ができることを認識しておらず、平成１３年課税期間にはそのように申告することができなかったのであるから、平成１７年課税期間に本件固定資産に係る仕入税額控除を認めるべきであると主張するが、法が仕入税額控除の帰属する課税期間を定めた趣旨を没却するものであり、採用できない。
９ 小括（本件消費税等更正処分等）
(1)アその他の仕入税額控除の当否を検討すると、証拠（甲８）によれば、原告は、郵便料金、切手購入代金、はがき、慶弔費、区費、交通安全協会費、たばこ組合費、切手販売協会費、福利厚生費（家事費と推認されるもの）、医療費、支払手数料、ハイウェイカードの購入代金、非課税仕入れに係る自動車税について仕入税額控除すべきとして確定申告したことが認められるものの、これらは課税仕入れに当たらないから、仕入税額控除することはできない。
他方、平成１５年課税期間については、軽乗用車購入費７３万５８２８円を、平成１７年課税期間については、地代家賃の額８４万円を仕入税額控除することができるというべきである。
また、証拠（甲８）によれば、原告の本件各課税期間の仕入金額は、平成１５年課税期間が１億０１３７万３５６９円、平成１６年課税期間が１億００９４万１３５５円、平成１７年課税期間が９６１６万５０１８円、非課税等仕入（消費税法２条１項１２号の課税仕入れに当たらない支払対価）の額は、平成１５年課税期間が４５０万３４７８円、平成１６年課税期間が６８７万８５９２円、平成１７年課税期間が６００万０３９４円であると認められる。
そうすると、原告の本件各課税期間の課税仕入れに係る支払対価の額は別紙５「合計（Ａ＋Ｂ）」欄記載のとおりになる。
イ 以上に述べたところによれば、本件各課税期間の原告が納付すべき消費税等の額は別紙４記載のとおりになるところ、処分行政庁が原告に対してした本件消費税等更正処分における納付すべき消費税等の額（ただし、平成１５年課税期間及び平成１７年課税期間については、本件異議決定により変更された後の額）は、いずれも当該税額と同額か、それを下回っている。
したがって、本件消費税等更正処分（ただし、平成１５年課税期間及び平成１７年課税期間については、本件異議決定により変更された後のもの。以下同じ。）は適法である。
(2) 本件消費税等更正処分は、上記のとおり、いずれも適法であるところ、本件消費税等更正処分により新たに納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうち、更正処分前における税額の計算の基礎とされていなかったことについて、国税通則法６５条４項に定める正当な理由は存在しない。
よって、原告が納付すべき本件消費税等更正処分に係る過少申告加算税の額は別紙４欄記載のとおりであるところ、本件消費税等更正処分等に係る過少申告加算税の額（平成１５年課税期間及び平成１７年課税期間については、本件異議決定により変更された後の額）は、いずれも当該税額と同額か、それを下回っている。したがって、本件消費税等更正処分に係る過少申告加算税の賦課決定処分（平成１５年課税期間及び平成１７年課税期間については、本件異議決定により変更された後のもの）はいずれも適法である。
１０ 結論
以上のとおりであって、本件訴え中、本件所得税更正処分及び本件消費税等更正処分のうち、原告の申告額を超えない部分の取消しを求める部分は不適法であるから却下すべきであり、本件各処分（本件異議決定により全部又は一部取り消された後のもの）のうち、上記部分を除く部分はいずれも適法であるから、原告のその余の請求はいずれも棄却することとし、主文のとおり判決する。
福岡地方裁判所第６民事部
裁判長裁判官太田雅也
裁判官澤田正彦
裁判官西麻里子
別紙１
１ 平成１５年分以後の所得税の青色申告の承認の取消処分
２ 平成１５年分及び平成１６年分の所得税の各更正処分（いずれも平成１９年７月２０日付の異議決定によりその全部が取り消された後のもの）
３ 平成１７年分の所得税の更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分（いずれも平成１９年７月２０日付の異議決定によりその一部が取り消された後のもの）
４ 平成１５年１月１日から平成１５年１２月３１日まで及び平成１７年１月１日から平成１７年１２月３１日までを各課税期間をする消費税及び地方消費税の各更正処分並びに過少申告加算税の賦課決定処分（いずれも平成１９年７月２０日付の異議決定によりその一部が取り消された後のもの）
５ 平成１６年１月１日から平成１６年１２月３１日までを課税期間とする消費税及び地方消費税の更正処分並びに過少申告加算税の賦課決定処分
別紙２原告が主張する架空仕入れと架空売上げの額
原告の主張額
年月
架空仕入れ①
〔仕入ノート〕
架空売上げ②
〔売上ノート〕
差額①－②
平成１６年１０月
443,047
165,202
277,845
平成１６年１１月
1,003,620
258,482
745,138
平成１６年１２月
195,857
530,058
△334,201
平成１７年１月
1,114,206
208,369
905,837
平成１７年２月
774,742
251,983
522,759
平成１７年３月
534,844
253,828
281,016
平成１７年４月
983,249
499,670
483,579
平成１７年５月
1,377,887
337,783
1,040,104
平成１７年６月
1,449,198
712,794
736,404
平成１７年７月
982,992
769,045
213,947
平成１７年８月
848,706
445,807
402,899
平成１７年９月
871,025
257,703
613,322
平成１７年１０月
763,994
285,274
478,720
平成１７年１１月
760,462
303,690
456,772
平成１７年１２月
922,556
661,590
260,966
（注）「売上ノート」（乙第２５号証）及び「仕入ノート」（乙第２８号証）を基に作成した。別紙３の１
所得税
（単位：円）
年分
区分
確定申告
更正処分等
異議申立て
異議決定
審査請求
裁決
申告･処分等年月日
平成16年3月15日平成19年3月13日
平成19年4月23日
平成19年7月20日平成19年8月22日
平成20年6月19日
収入金額ａ＋ｂ①
139,975,501
137,474,940
136,806,112
本件コンビニａ
130,940,329
(128,439,768)
(127,770,940)
本件店舗
ｂ
9,035,172
9,035,172
9,035,172
売上原価ｃ＋ｄ②
112,985,789
106,341,542
105,828,217
本件コンビニｃ
105,221,769
98,577,522
98,064,197
本件店舗
ｄ
7,764,020
7,764,020
7,764,020
経費ｅ＋ｆ③
27,413,874
本件コンビニｅ
26,833,620 所得推計
所得推計
本件店鋪
ｆ
580,254
580,254
580,254
特前所得ｇ＋ｈ④
△424,162
5,494,545
5,469,531
本件コンビニ
ａ－ｃ－ｅ
ｇ
△1,115,060
(4,803,647)
(4,778,633)
本件店舗
ｂ－ｄ－ｆ
ｈ
690,898
690,898
690,898
専従者給与（事業
専従者控除）
⑤
1,560,000
1,000,000
1,000,000
青色申告特別控除⑥
事業所得
の金額
④－⑤－⑥⑦※△1,984,170
4,494,545
4,469,531
雑所得の金額
⑧
総所得金額⑦＋⑧－⑩⑨※△1,984,170
4,494,545
繰越損失の控除額
⑩
4,469,531
社会保険料控除
⑪
142,200
470,800
470,800
その他の所得控除⑫
880,000
880,000
880,000
所得控除
の額
計⑪＋⑫⑬
1,022,200
1,350,800
1,350,800
課税所得金額⑨－⑬
⑭
3,143,000
算出税額
⑮
314,300
定率減税額⑮×20％
⑯
62,860
確定納税額⑮－⑯
⑰
251,400
加算税の基礎となる税額⑱
250,000
平成
年分
過少申告
加算税
加算税の額
⑲
25,000
全部取消しを求める
全部取消しを求める
棄却
申告・処分等年月日
平成17年3月11日平成19年3月13日
平成19年4月23日
平成19年7月20日平成19年8月22日
平成20年6月19日
収入金額ａ＋ｂ①
139,711,347
137,551,882
139,056,911
本件コンビニａ
130,657,992
(128,498,527)
(130,003,556)
本件店舗
ｂ
9,053,355
9,053,355
9,053,355
売上原価ｃ＋ｄ②
115,383,477
106,668,608
107,826,277
本件コンビニｃ
107,555,936
98,841,067
99,998,736
本件店舗
ｄ
7,827,541
7,827,541
7,827,541
経費ｅ＋ｆ③
25,457,755
本件コンビニｅ
24,942,119 所得推計
所得推計
本件店舗
ｆ
515,636
515,636
515,636
特前所得ｇ＋ｈ④
△1,129,885
5,207,626
5,260,302
本件コンビニ
ａ－ｃ－ｅ
ｇ
△1,840,063
(4,497,448)
(4,550,124)
本件店舗
ｂ－ｄ－ｆ
ｈ
710,178
710,178
710,178
専従者給与（事業
専従者控除）
⑤
1,560,000
1,000,000
1,000,000
青色申告特別控除⑥
事業所得
の金額
④－⑤－⑥⑦
△2,689,885
4,207,626
4,260,302
雑所得の金額
⑧
総所得金額⑦＋⑧－⑩⑨
△2,689,885
4,207,626
901,874
繰越損失の控除額
⑩
3,358,428
社会保険料控除
⑪
201,600
552,000
552,000
その他の所得控除⑫
880,000
880,000
880,000
所得控除
の額
計⑪＋⑫⑬※ 1,022,200
1,432,000
1,432,000
課税所得金額⑨－⑬
⑭
2,775,000
算出税額
⑮
277,500
定率減税額⑮×20％
⑯
55,500
確定納税額⑮－⑯
⑰
222,000
加算税の基礎となる税額⑱
220,000
平成
年分
過少申告
加算税
加算税の額
⑲
22,000
全部取消しを求める
全部取消しを求める
棄却
（注）上表中、括弧付きの金額は推計により算出したものである。また、「確定申告」欄の各金額は、原告の確定申告書及び青色申告決算書に記載された金額を移記したものである（一部、計算が合わない箇所（「※」を付した欄の各金額）がある。）。（単位：円）
年分
区分
確定申告
更正処分等
異議申立て
異議決定
審査請求
裁決
申告･処分等年月日
平成18年3月13日平成19年3月13日
平成19年4月23日
平成19年7月20日平成19年8月22日
平成20年6月19日
収入金額ａ＋ｂ①
128,864,708
134,287,829
131,665,961
本件コンビニａ
122,095,968
(127,519,089)
(124,897,221)
本件店舗
ｂ
6,768,740
6,768,740
6,768,740
売上原価ｃ＋ｄ②
105,320,488
104,300,972
102,279,512
本件コンビニｃ
99,336,734
98,317,218
96,295,758
本件店舗
ｄ
5,983,754
5,983,754
5,983,754
経費ｅ＋ｆ③
23,125,773
本件コンビニｅ
22,641,523 所得推計
所得推計
本件店鋪
ｆ
484,250
484,250
484,250
特前所得ｇ＋ｈ④
418,447
3,195,419
3,135,902
本件コンビニ
ａ－ｃ－ｅ
ｇ
117,711
(2,894,683)
(2,835,166)
本件店舗
ｂ－ｄ－ｆ
ｈ
300,736
300,736
300,736
専従者給与（事業
専従者控除）
⑤
1,560,000
1,000,000
1,000,000
青色申告特別控除⑥
事業所得
の金額
④－⑤－⑥⑦
△1,141,553
2,195,419
2,135,902
雑所得の金額
⑧
総所得金額⑦＋⑧－⑩⑨
△1,141,553
2,195,419
2,135,902
繰越損失の控除額
⑩
社会保険料控除
⑪
34,500
392,420
392,420
その他の所得控除⑫
380,000
380,000
380,000
所得控除
の額
計⑪＋⑫⑬※ 404,500
772,420
772,420
課税所得金額⑨－⑬
⑭
1,422,000
1,363,000
算出税額
⑮
142,200
136,300
定率減税額⑮×20％
⑯
28,440
27,260
確定納税額⑮－⑯
⑰
113,700
109,000
加算税の基礎となる税額⑱
110,000
100,000
平成
年分
過少申告
加算税
加算税の額
⑲
11,000
全部取消しを求める
10,000
全部取消しを求める
棄却
（注）上表中、括弧付きの金額は推計により算出したものである。また、「確定申告」欄の各金額は、原告の確定申告書及び青色申告決算書に記載された金額を移記したものである（一部、計算が合わない箇所（「※」を付した欄の各金額）がある。）。別紙３の２
消費税等
（単位：円）
年分
区分
確定申告(A)
更正処分等(B)
異議申立て(C)
異議決定(D)
審査請求(E)
裁決(F)
申告・処分等年月日
平成16年3月31日平成19年3月13日
平成19年4月23日
平成19年7月20日平成19年8月22日
平成20年6月19日
課税標準額
①
128,133,000
126,503,000
125,866,000
消費税額
②
5,125,320
5,060,120
5,034,640
控除税額
③
5,032,843
4,530,151
4,540,743
消費税
納付税額
④
92,400
529,900
493,800
課税標準となる消費税額⑤
92,400
529,900
493,800
地方
消費税
納付譲渡割額
⑥
23,100
132,400
123,400
消費税等の合計税額
⑦
115,500
662,300
617,200
合計税額の増減額
(B)⑦又は(D)⑦－(A)⑦
⑧
546,800
501,700
加算税の基礎
となる税額
⑨
540,000
500,000
平成
年課税期間
過少申告
加算税
加算税の額
⑩
56,000
全部取消しを求める
50,000
全部取消しを求める
棄却
申告・処分等年月日
平成17年3月29日平成19年3月13日
平成19年4月23日
平成19年7月20日平成19年8月22日
平成20年6月19日
課税標準額
①
126,142,000
124,983,000
消費税額
②
5,045,680
4,999,320
控除税額
③
4,915,246
4,497,741
消費税
納付税額
④
130,400
501,500
課税標準となる消費税額⑤
130,400
501,500
地方
消費税
納付譲渡割額
⑥
32,600
125,300
消費税等の合計税額
⑦
163,000
626,800
合計税額の増減額
(B)⑦又は(D)⑦－(A)⑦
⑧
463,800
加算税の基礎
となる税額
⑨
460,000
平成
年課税期間
過少申告
加算税
加算税の額
⑩
46,000
全部取消しを求める
棄却
全部取消しを求める
棄却
申告・処分等年月日
平成18年3月29日平成19年3月13日
平成19年4月23日
平成19年7月20日平成19年8月22日
平成20年6月19日
課税標準額
①
116,656,000
121,838,000
119,341,000
消費税額
②
4,666,240
4,873,520
4,773,640
控除税額
③
4,387,445
4,298,965
4,275,681
消費税
納付税額
④
278,700
574,500
497,900
課税標準となる消費税額⑤
278,700
574,500
497,900
地方
消費税
納付譲渡割額
⑥
69,600
143,600
124,400
消費税等の合計税額
⑦
348,300
718,100
622,300
合計税額の増減額
(B)⑦又は(D)⑦－(A)⑦
⑧
369,800
274,000
加算税の基礎
となる税額
⑨
360,000
270,000
平成
年課税期間
過少申告
加算税
加算税の額
⑩
36,000
全部取消しを求める
27,000
全部取消しを求める
棄却
別紙３の３青色申告承認取消
区分
年月日
内容
青色申告承認取消処分
平成19年3月13日
－異議申立て
平成19年4月23日
処分の取消しを求める
異議決定
平成19年7月20日
棄却
審査請求
平成19年8月22日
処分の取消しを求める
裁決
平成20年6月19日
棄却
別紙４本件各課税期間の原告の納付すべき消費税等の額（被告主張額）
（単位：円）
区分
平成15課税期間
平成16課税期間平成17課税期間
本件コンビニに係る売上金額
127,770,940
130,003,556
124,897,221
本件コンビニに係る非課税等売上の額
4,645,812
6,319,204
6,357,803
本件店舗に係る売上金額
9,035,172
9,053,355
6,768,740
課税売上高（１－２＋３）
132,160,300
132,737,707
125,308,158
課税標準額（４× 1 0 0 / 1 0 5 ）
125,866,000
126,416,000
119,341,000
消費税額（５×４％）
5,034,640
5,056,640
4,773,640
控除対象仕入税額
4,540,743
4,476,979
4,275,681
返還等対価に係る税額
貸倒れに係る税額
控除税額
控除額小計（７＋８＋９）
4,540,743
4,476,979
4,275,681
差引税額（
－
）
493,800
579,600
497,900
中間納付税額
消費税
納付すべき消費税額（1 1 －1 2 ）
493,800
579,600
497,900
控除不足還付税額
地方消費税の課
税標準となる消
費税
額差引税額（11の金額）15
493,800
579,600
497,900
還付額
譲渡割額
納付額
123,400
144,900
124,400
中間納付譲渡割額
地方消費税
納付すべき地方消費税額（17－18）
123,400
144,900
124,400
納付すべき消費税等の額（1 3 ＋1 9 ）
617,200
724,500
622,300
申告税額
115,500
163,000
348,300
差引納付すべき消費税等の額（20－21）
501,700
561,500
274,000
加算税の基礎となる税額
500,000
560,000
270,000
過少申告
加算
税加
算税の額
50,000
59,000
27,000
別紙５原告の課税仕入れに係る支払対価の額（被告主張額）
１ 平成１５年課税期間
本件店舗
(A)
本件コンビニ
(B)
合計
(A+B)
是正事項等
仕入金額
7,812,850
93,560,719
101,373,569
本件コンビニに係る仕入金額につい
て、取引先に対する反面調査により実
額で把握した。
（答弁書第７の１(3)イ(ア)）。
租税公課
21,000
48,790
69,790
荷造運賃
120,617
120,617
本件コンビニに係る非課税等仕入520
円を減額した。
（答弁書第７の１(3)イ(イ)）
水道光熱費
204,287
3,001,342
3,205,629
旅費交通費
145,900
145,900
通信費
67,384
529,036
596,420
広告宣伝費
45,595
183,837
229,432
本件コンビニに係る非課税等仕入31,8
50円を減額した
（答弁書第７の１(3)イ(ウ)）
接待交際費
24,800
138,900
163,700
本件コンビニに係る非課税等仕入6,00
0円を減額した
（答弁書第７の１(3)イ(エ)）
修繕費
102,439
318,700
421,139
消耗品費
9,453
910,560
920,013
福利厚生費
29,836
517,812
547,648
本件コンビニに係る非課税等仕入32,9
50円及び家事費457,786円を減額した。
（答弁書第７の１(3)イ(オ)及び甲９
号証・二７(1)ハ(ロ)Ｈ〔21枚目〕）
地代家賃
4,914,000
4,914,000
ロイヤリティ
4,046,128
4,046,128
備品費
10,672
10,672
本件コンビニに係る非課税等仕入600
円を減額した
（答弁書第７の１(3)イ(カ)）
ＰＯＳ使用料
1,008,000
1,008,000
リース料
344,568
344,568
在庫異算調整
本件コンビニに係る非課税等仕入2,88
1,339円を減額した。
（答弁書第７の１(3)イ(キ)）
雑費
58,660
282,815
341,475
軽自動車購入
735,828
735,828
合計
8,376,304
110,818,224
① 119,194,528
【控除対象仕入税額】
①×4／105＝4,540,743円（別紙４の「７」欄）
２ 平成１６年課税期間
本件店舗
(A)
本件コンビニ
(B)
合計
(A+B)
是正事項等
仕入金額
7,821,211
93,120,144
100,941,355
本件コンビニに係る仕入金額につい
て、取引先に対する反面調査により実
額で把握した。
（答弁書第７の２(3)イ(ア)）
租税公課
32,750
54,180
86,930
荷造運賃
101,472
101,472
本件コンビニに係る非課税等仕入140
円を減額した。
（答弁書第７の２(3)イ(イ)）
水道光熱費
194,465
3,172,459
3,366,924
旅費交通費
133,760
133,760
本件コンビニに係る非課税等仕入10,0
00円を減額した。
（答弁書第７の２(3)イ(ウ)）
通信費
65,000
580,628
645,628
広告宣伝費
30,344
192,789
223,133
本件コンビニに係る非課税等仕入22,4
00円を減額した。
（答弁書第７の２(3)イ(エ)及び甲９
号証・表21〔20枚目〕）
接待交際費
57,770
165,270
223,040
本件コンビニに係る非課税等仕入8,00
0円を減額した。
（甲９号証・表22〔20枚目〕）
修繕費
11,344
291,945
303,289
消耗品費
13,647
887,322
900,969
福利厚生費
29,979
544,840
574,819
本件コンビニに係る非課税等仕入34,3
50円及び家事費545,019円を減額した。
（答弁書第７の２(3)イ(オ)及び甲９
号証・二７(1)ハ(ロ)Ｈ〔21枚目〕）
地代家賃
4,381,125
4,381,125
ロイヤリティ
4,034,549
4,034,549
備品費
71,651
71,651
ＰＯＳ使用料
1,008,000
1,008,000
リース料
393,918
393,918
在庫異算調整
本件コンビニに係る非課税等仕入1,61
1,143円を減額した。
（答弁書第７の２(3)イ(カ)）
雑費
65,037
65,100
130,137
合計
8,321,547
109,199,152
②117,520,699
【控除対象仕入税額】
②×4／105＝4,476,979円（別紙４の「７」欄）
３ 平成１７年課税期間
本件店舗
(A)
本件コンビニ
(B)
合計
(A+B)
是正事項等
仕入金額
5,869,654
90,295,364
96,165,018
本件コンビニに係る仕入金額につい
て、取引先に対する反面調査により実
額で把握した。
（答弁書第７の３(3)イ(ア)）
租税公課
54,360
54,360
本件コンビニに係る非課税等仕入11,2
00円を減額した。
（答弁書第７の３(3)イ(イ)）
荷造運賃
101,535
101,535
本件コンビニに係る非課税等仕入400
円を減額した。
（答弁書第７の３(3)イ(ウ)）
水道光熱費
210,598
3,045,544
3,256,142
旅費交通費
148,720
148,720
通信費
45,243
575,768
621,011
広告宣伝費
26,254
197,865
224,119
本件コンビニに係る非課税等仕入18,2
00円を減額した。
（答弁書第７の３(3)イ(エ)）
接待交際費
55,911
184,610
240,521
本件コンビニに係る非課税等仕入11,4
00円を減額した。
（答弁書第７の３(3)イ(オ)）
修繕費
11,651
495,442
507,093
消耗品費
15,382
1,008,662
1,024,044
福利厚生費
35,665
553,617
589,282
本件コンビニに係る非課税等仕入33,0
10円及び家事費611,207円を減額した。
（答弁書第７の３(3)イ(カ)及び甲９
号証・二７(1)ハ(ロ)Ｈ〔21枚目〕）
地代家賃
3,591,000
3,591,000
本件コンビニに係る地代家賃の計上漏
れ額840,000円を加算した。
（答弁書第７の３(3)ウ）
ロイヤリティ
3,921,412
3,921,412
備品費
11,030
11,030
ＰＯＳ使用料
1,008,000
1,008,000
リース料
672,528
672,528
在庫異算調整
雑費
35,930
64,900
100,830
店舗設備取得
平成13年中の資産の取得費2,338,885
円を減額した。
（答弁書第７の３(3)イ(キ)）
合計
6,306,288
105,930,357
③ 112,236,645
【控除対象仕入税額】
③×4／105＝4,275,681円（別紙４の「７」欄）
別紙６
１ 平成１５年分
(1) 事業所得の金額
４４９万４５４５円
次のイからウの金額を差し引いた金額である。
ア 収入金額
１億３７４７万４９４０円
次の(ア)及び(イ)の金額の合計額である。
(ア) 本件コンビニに係る収入金額
１億２８４３万９７６８円
本件コンビニに係る収入金額は、帳簿書類に基づく実額による把握ができなかったため、職員が調査により把握した本件コンビニの売上原価９８５７万７５２２円を、本件コンビニと業種・業態、事業規模等が類似する同業者（以下「比準同業者」という。）の平成１５年分の売上原価率（収入金額に対する売上原価の割合をいう。）の平均値（以下「平均売上原価率」という。ただし、小数点以下３位を切り上げたもの。以下同じ。）７６．７５パーセントで除して算出した金額である。
(イ) 本件商店に係る収入金額
９０３万５１７２円
本件商店に係る「平成１５年分所得税青色申告決算書（一般用）」（乙７の２）に記載された額と同額である。
イ 特前所得金額
５４９万４５４５円
特前所得金額（収入金額から売上原価の額及び経費の額を控除して算出した事業専従者控除額を控除する前の所得金額）は、次の(ア)及び(イ)の合計額である。
(ア) 本件コンビニ分
４８０万３６４７円
上記ア(ア)の本件コンビニに係る収入金額１億２８４３万９７６８円に、比準同業者の収入金額に占める特前所得金額の割合の平均値（以下「平均特前所得率」という。ただし、小数点３位以下を切り捨てたもの。以下同じ。）３．７４パーセントを乗じて算出した金額である。
(イ) 本件商店分
６９万０８９８円
本件商店に係る「平成１５年分所得税青色申告決算書（一般用）」の「差引金額ぎ」欄の金額と同額である（乙７の２）。
ウ 事業専従者控除額
１００万円
本件コンビニに関して、原告と生計を一にする親族である長男及びその妻が事業に従事しており、同人らは、所得税法５７条３項１号ロの事業専従者に該当し、その控除額は、事業専従者一人につき、５０万円となる。
なお、原告は、本件青色申告承認取消処分により、平成１５年分以後の青色申告の承認を取り消されているから、同条１項の青色事業専従者給与及び租税特別措置法２５条の２第１項の青色申告特別控除は適用されない。
(2) 雑所得の金額
０円
原告が確定申告書において申告した金額と同額である。
(3) 総所得金額
４４９万４５４５円
上記(1)及び(2)の合計額である。
(4) 所得から差し引かれる金額
１３５万０８００円
次のアないしウの合計額である。
ア 社会保険料控除額（所得税法７４条）
４７万０８００円
原告が平成１５年中に支払った国民健康保険料、介護保険料及び国民年金掛金の合計額である。
イ 老年者控除額（所得税法（ただし、平成１６年法律第１４号による改正前のもの）８０条）５０万円
原告が確定申告書において申告した金額と同額である。
ウ 基礎控除額（所得税法８６条）
３８万円
(5) 課税される所得金額
３１４万３０００円
上記(3)から(4)の金額を控除した金額（ただし、国税通則法１１８条１項により１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
(6) 算出税額
３１万４３００円
所得税法８９条１項により、上記(5)の金額に１００分の１０（課税される所得金額が３３０万円以下の場合の税率）を乗じて算出した金額である。
(7) 定率減税額
６万２８６０円
「経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律」（平成１７年法律２１号による改正前のもの。）６条２項に基づき、上記(6)の金額に１００分の２０の割合を乗じた金額である。
(8) 納付すべき税額
２５万１４００円
上記(6)の金額から、上記(7)の金額を控除した金額（ただし、国税通則法１１９条１項により１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
(9) 差引納付すべき税額
２５万１４００円
上記(8)の金額と原告の申告納税額（０円）との差額（ただし、国税通則法１１９条１項により１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
(10) 過少申告加算税の基礎となる税額
２５万円
上記(9)の金額について、国税通則法１１８条３項により、１万円未満の端数金額を切り捨てた後の金額である。
(11) 過少申告加算税の額
２万５０００円
国税通則法６５条１項に基づき、上記(10)金額に１００分の１０の割合を乗じて算出した額である。
２ 平成１６年分
（以下の各金額の内容及び適用法条は、特に断りのない限り、前記１の各項と同じである。）
(1) 事業所得の金額
４２０万７６２６円
次のイからウの金額を差し引いた金額である。
ア 収入金額
１億３７５５万１８８２円
次の(ア)及び(イ)の合計額である。
(ア) 本件コンビニに係る収入金額
１億２８４９万８５２７円
職員が調査により把握した本件コンビニの売上原価９８８４万１０６７円を、比準同業者の平成１６年分の平均売上原価率７６．９２％で除して算出した金額である。
(イ) 本件商店に係る収入金額
９０５万３３５５円
本件商店に係る「平成１６年分所得税青色申告決算書（一般用）」（乙８の２）に記載された額と同額である。
イ 特前所得金額
５２０万７６２６円
次の(ア)及び(イ)の合計額である。
(ア) 本件コンビニに係る特前所得金額
４４９万７４４８円
上記ア(ア)の本件コンビニに係る収入金額１億２８４９万８５２７円に、比準同業者の平均特前所得率３．５０パーセントを乗じて算出した金額である。
(イ) 本件商店に係る特前所得金額
７１万０１７８円
本件商店に係る「平成１６年分所得税青色申告決算書（一般用）」の「差引金額ぎ」欄の金額である（乙８の２）。
ウ 事業専従者控除額
１００万円
(2) 雑所得の金額
０円
(3) 総所得金額
４２０万７６２６円
上記(1)及び(2)の合計額である。
(4) 所得から差し引かれる金額
１４３万２０００円
次のアないしウの合計額である。
ア 社会保険料控除額
５５万２０００円
原告が、平成１６年中に支払った国民健康保険料、介護保険料及び国民年金掛金の合計額である。
イ 老年者控除額
５０万円
ウ 基礎控除額
３８万円
(5) 課税される所得金額
２７７万５０００円
(6) 算出税額
２７万７５００円
(7) 定率減税額
５万５５００円
(8) 納付すべき税額
２２万２０００円
(9) 差引納付すべき税額
２２万２０００円
(10) 過少申告加算税の基礎となる税額
２２万００００円
(11) 過少申告加算税の額
２万２０００円
３ 平成１７年分
（以下の各金額の内容及び適用法条は、特に断りのない限り、前記１の各項と同じである。）
(1) 事業所得の金額
２１９万５４１９円
次のイからウの金額を差し引いた金額である。
ア 収入金額
１億３４２８万７８２９円
次の(ア)及び(イ)の合計額である。
(ア) 本件コンビニに係る収入金額
１億２７５１万９０８９円
職員が調査により把握した本件コンビニの売上原価９８３１万７２１８円を、比準同業者の平成１７年分の平均売上原価率７７．１０％で除して算出した金額である。
(イ) 本件商店に係る収入金額
６７６万８７４０円
本件商店に係る「平成１７年分所得税青色申告決算書（一般用）」（乙９の２）に記載された金額と同額である。
イ 特前所得金額
３１９万５４１９円
次の(ア)及び(イ)の合計額である。
(ア) 本件コンビニに係る特前所得金額
２８９万４６８３円
上記ア(ア)の本件コンビニに係る収入金額１億２７５１万９０８９円に、比準同業者の平均特前所得率２．２７パーセントを乗じて算出した金額である。
(イ) 本件商店に係る特前所得金額
３０万０７３６円
本件商店に係る「平成１７年分所得税青色申告決算書（一般用）」の「差引金額ぎ」欄の金額である（乙９の２）。
ウ 事業専従者控除額
１００万円
(2) 雑所得の金額
０円
(3) 総所得金額
２１９万５４１９円
上記(1)及び(2)の合計額である。
(4) 所得から差し引かれる金額
７７万２４２０円
次のア及びイの合計額である。
ア 社会保険料控除額
３９万２４２０円
原告が、平成１７年中に支払った国民健康保険料、介護保険料及び国民年金掛金の合計額である。
イ 基礎控除額
３８万円
(5) 課税される所得金額
１４２万２０００円
(6) 算出税額
１４万２２００円
(7) 定率減税額
２万８４４０円
(8) 納付すべき税額
１１万３７００円
(9) 差引納付すべき税額
１１万３７００円
(10) 過少申告加算税の基礎となる税額
１１万００００円
(11) 過少申告加算税の額
１万１０００円
別紙７
審査請求人甲
類似同業者の売上原価率及び所得率
（単位：円、％）
区分
類似
同業者
総収入金額
売上原価
売上原価率
所得金額
所得率
Ａ
218,733,107
170,861,594
78.12
5,586,738
2.55
Ｂ
122,509,901
93,032,292
75.94
6,068,089
4.95
Ｃ
166,360,868
129,672,640
77.95
7,708,988
4.63
Ｄ
172,653,967
132,194,031
76.57
5,245,267
3.03
Ｅ
106,699,053
81,239,029
76.14
4,240,046
3.97
Ｆ
139,202,855
105,452,227
75.76
4,633,718
3.32
合計
460.48
22.45
平成15年分
平均
76.75
3.74
Ａ
216,397,361
168,860,184
78.04
6,889,879
3.18
Ｂ
169,590,863
127,576,868
75.23
8,716,013
5.13
Ｃ
166,787,647
129,370,978
77.57
8,680,379
5.20
Ｄ
158,923,680
122,017,992
76.78
2,204,324
1.38
Ｅ
108,358,335
82,837,524
76.45
3,917,433
3.61
Ｆ
149,530,101
115,795,482
77.44
3,796,758
2.53
合計
461.51
21.03
平成16年分
平均
76.92
3.50
Ａ
197,972,044
154,645,189
78.12
4,183,338
2.11
Ｂ
163,263,560
124,123,222
76.03
2,076,838
1.27
Ｃ
164,500,507
128,177,303
77.92
8,333,328
5.06
Ｄ
148,599,337
113,791,004
76.58
1,097,258
0.73
Ｅ
109,869,460
83,346,344
75.86
4,111,340
3.74
Ｆ
141,821,508
110,741,436
78.09
1,075,431
0.75
合計
462.60
13.66
平成17年分
平均
77.10
2.27
（注）「売上原価率」は、小数点以下第３位を切り上げ、「所得率」は、小数点以下第３位を切り捨てている。
別紙８
１ 平成１５年課税期間
(1) 課税標準額
１億２６５０万３０００円
原告の平成１５年分の所得税の事業所得に係る収入金額１億３７４７万４９４０円（税込金額。別紙６の１(1)ア）から、非課税等売上（消費税法２条１項９号の課税資産の譲渡等に該当しない売上金額）４６４万５８１２円（「販売日報・月報」（乙１０）における「１４非課税商品」欄の「売上金額」の平成１５年分の合計額である。）を差し引いた１億３２８２万９１２８円に、１０５分の１００の割合を乗じて算出した金額（ただし、国税通則法１１８条１項により１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である（消費税法２８条１項）。
(2) 課税標準額に対する消費税額
５０６万０１２０円
上記(1)の金額に１００分の４の割合を乗じて算出した額である（消費税法２９条）。
(3) 控除税額
４５３万０１５１円
次のアの金額から、イの金額を差し引いた金額１億１８９１万６４８６円（税込金額）に、１０５分の４の割合を乗じて算出した金額である（消費税法３０条１項）。
ア 申告による課税仕入れに係る支払対価の額（税込金額）
１億３２１１万２１３５円
原告が確定申告書において申告した控除税額（控除対象仕入税額）５０３万２８４３円の基になった「課税仕入れに係る支払対価の額（税込み）」（乙４・２枚目の「付表２」の「⑧」欄）である（消費税法３０条１項及び６項）。
イ 更正処分により課税仕入れに係る支払対価の額から減算する金額（別紙１０－１の「差引金額１」欄参照。）
１３１９万５６４９円
次の(ア)ないし(ク)の合計額である。
(ア) 仕入金額
９５０万６５６２円
調査により仕入金額として把握した金額９８０６万４１９７円から、消費税法２条１項１２号の課税仕入れに当たらない支払対価（以下「非課税等仕入」という。）の額４５０万３４７８円（甲８の「表１８」参照）を控除した額９３５６万０７１９円（税込金額）が、仕入金額のうち、課税仕入れに係る支払対価の額となる。
したがって、原告が、確定申告書において、本件コンビニの仕入金額に係る課税仕入れに係る支払対価の額として記載した１億０３０６万７２８１円（乙４・７枚目「課税取引金額計算表」の「Ｃ課税取引金額」欄における「③」欄）との差額９５０万６５６２円は、過大に計上されていたことになるため、これを減算した。
(イ) 荷造運賃
５２０円
原告が確定申告書に経費として計上した標記科目に、非課税等仕入となる郵便切手類購入代金が含まれていたので、これを減算した。
(ウ) 広告宣伝費
３万１８５０円
原告が確定申告書に経費として計上した標記科目に、非課税等仕入となる慶弔費等が含まれていたので、これを減算した。
(エ) 接待交際費
６０００円
原告が確定申告書に経費として計上した標記科目に、非課税等仕入となるたばこ組合費が含まれていたので、これを減算した。
(オ) 福利厚生費
３万２９５０円
原告が確定申告書に経費として計上した標記科目に、非課税等仕入となる医療費が含まれていたので、これを減算した。
(カ) 「備品」費
６００円
原告が確定申告書に経費として計上した標記科目に、非課税等仕入となる支払手数料が含まれていたので減算した。
(キ) 在庫異算調整
２８８万１３３９円
原告は、本件コンビニに係る棚卸商品（所得税法２条１項１６号）について、帳簿上の棚卸高に対する実際の棚卸高の不足額を「在庫異算調整」として、所得税の経費に算入するとともに、消費税の課税仕入れにも算入していた（乙４・７枚目「課税取引金額計算表」の「Ｃ課税取引金額」欄における「お」欄、乙７の１「お」欄）。
しかしながら、上記の棚卸商品の不足額は、消費税法２条１項８号の資産の譲渡等に該当しないため、全額が非課税等仕入となる。
(ク) 業務用固定資産の取得費
７３万５８２８円
原告は、確定申告において、「業務用固定資産等の取得費」として、７３万５８２８円（軽自動車購入費）を課税仕入れに係る支払対価の額に計上していた（乙４・４枚目「課税仕入高計算表」の「⑩」欄）が、調査において、職員は、当該資産の取得は課税仕入れに該当しないと判断し、課税仕入れに係る支払対価の額に算入しなかった。
(4) 納付すべき消費税額
５２万９９００円
上記(2)の金額から上記(3)の金額を控除した額（国税通則法１１９条１項により１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
(5) 地方消費税の課税標準となる消費税額
５２万９９００円
上記(4)の金額である（地方税法７２条の８２）。
(6) 納付すべき譲渡割額
１３万２４００円
上記(5)の金額に１００分の２５の割合を乗じて算出した金額（地方税法２０条の４の２第３項により１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である（地方税法７２条の８３）。
(7) 消費税等の合計税額
６６万２３００円
上記(4)及び(6)の合計額である。
(8) 差引納付すべき消費税等の合計税額
５４万６８００円
上記(7)の金額から、原告が確定申告において申告した消費税等の合計税額１１万５５００円（乙４・１枚目ぇ欄）を差し引いた金額である。
(9) 過少申告加算税の基礎となる税額
５４万円
上記(8)の金額について、国税通則法１１８条３項により、１万円未満の端数金額を切り捨てた後の金額である。
(10) 過少申告加算税の額
５万６０００円
国税通則法６５条１項に基づき、上記(9)の金額に１００分の１０の割合を乗じて算出した５万４０００円と、同法６５条２項に基づき、上記(8)の金額が５０万円を超える部分に相当する税額（国税通則法１１８条３項により１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に１００分の５の割合を乗じて算出した２０００円との合計額５万６０００円である。
２ 平成１６年課税期間
（以下の各金額の内容及び適用法条は、特に断りのない限り、前記１の各項と同じである。）
(1) 課税標準額
１億２４９８万３０００円
原告の平成１６年分の所得税の事業所得に係る収入金額１億３７５５万１８８２円（税込金額。別紙６の２(1)ア）から、非課税等売上の額６３１万９２０４円（「販売日報・月報」（乙１１）における「１４非課税商品」欄の「売上金額」の平成１６年中の合計額である。）を差し引いた額１億３１２３万２６７８円に、１０５分の１００の割合を乗じて算出した金額（ただし、国税通則法１１８条１項により１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である（消費税法２８条１項）。
(2) 課税標準額に対する消費税額
４９９万９３２０円
(3) 控除税額
４４９万７７４１円
次のアの金額から、イの金額を差し引いた金額１億１８０６万５７１８円（税込金額）に、１０５分の４の割合を乗じて算出した金額である。
ア 申告による課税仕入れに係る支払対価の額（税込金額）
１億２９０２万６００８円
原告が、確定申告書において申告した控除税額（控除対象仕入税額）４９１万５２４６円の基になった「課税仕入れに係る支払対価の額（税込み）」（乙５・２枚目「付表２」の「⑧」欄参照）である（消費税法３０条１項及び６項）。
イ 更正処分により課税仕入れに係る支払対価の額から減算する金額（別紙１０－２の「差引金額１」欄参照。）
１０９６万０２９０円
次の(ア)ないし(カ)の合計額である。
(ア) 仕入金額
９２７万４２５７円
調査により仕入金額として把握した金額９９９９万８７３６円から、非課税等仕入の額６８７万８５９２円（甲８の「表１８」参照）を控除した９３１２万０１４４円（税込金額）が、仕入金額のうち、課税仕入れに係る支払対価の額となる。
したがって、原告が、確定申告書において、本件コンビニの仕入金額に係る課税仕入れに係る対価の額として記載した１億０２３９万４４０１円（乙５・５枚目「課税取引金額計算表」の「Ｃ課税取引金額」欄における「③」欄）との差額９２７万４２５７円は、過大に計上されていたことになるため、減算した。
(イ) 荷造運賃
１４０円
(ウ) 旅費交通費
１万円
原告が確定申告書に経費として計上した標記科目に、非課税等仕入となるハイウェイカードの購入代金が含まれていたので、これを減算した。
(エ) 広告宣伝費
３万０４００円
(オ) 福利厚生費
３万４３５０円
(カ) 在庫異算調整
１６１万１１４３円
(4) 納付すべき消費税額
５０万１５００円
(5) 地方消費税の課税標準額
５０万１５００円
(6) 納付すべき譲渡割額
１２万５３００円
(7) 消費税等の合計税額
６２万６８００円
(8) 差引納付すべき消費税等の合計税額
４６万３８００円
上記(7)の金額から、原告が確定申告において申告した消費税等の合計税額１６万３０００円（乙５）を差し引いた金額である。
(9) 過少申告加算税の基礎となる税額
４６万円
(10) 過少申告加算税の額
４万６０００円
３ 平成１７年課税期間
（以下の各金額の内容及び適用法条は、特に断りのない限り、前記１の各項と同じである。）
(1) 課税標準額
１億２１８３万８０００円
原告の平成１７年分の所得税の事業所得に係る収入金額１億３４２８万７８２９円（税込金額。別紙６の３(1)ア）から、非課税等売上の額６３５万７８０３円（「販売日報・月報」（乙１２）における「１４非課税商品」欄の「売上金額」の平成１７年中の合計額である。）を差し引いた額１億２７９３万００２６円に、１０５分の１００の割合を乗じて算出した金額（ただし、国税通則法１１８条１項により１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である（消費税法２８条１項）。
(2) 課税標準額に対する消費税額
４８７万３５２０円
(3) 控除税額
４２９万８９６５円
次のアの金額から、イの金額を差し引いた金額に、ウの金額を加算した額１億１２８４万７８５２円（税込金額）に、１０５分の４の割合を乗じて算出した金額である。
ア 申告による課税仕入れに係る支払対価の額（税込金額）
１億１５１７万０４３３円
原告が、確定申告書において申告した控除税額（控除対象仕入税額）４３８万７４４５円の基になった「課税仕入れに係る支払対価の額（税込み）」（乙６・２枚目「付表２」の「⑧」欄参照）である。
イ 更正処分により課税仕入れに係る支払対価の額から減算する金額（別紙１０－３の「差引金額１」欄参照。）
３１６万２５８１円
次の(ア)ないし(キ)の合計額である。
(ア) 仕入金額
７４万９４８６円
調査により仕入金額として把握した金額９６２９万５７５８円から、非課税等仕入の額６００万０３９４円（甲８の「表１８」参照）を控除した９０２９万５３６４円（税込金額）が、の仕入金額のうち、課税仕入れに係る支払対価の額となる。
したがって、原告が、確定申告書において、本件コンビニの仕入金額に係る課税仕入れに係る対価の額として記載した９１０４万４８５０円（乙６・４枚目「課税取引金額計算表」の「Ｃ課税取引金額」欄における「③」欄）との差額７４万９４８６円は、過大に計上されていたことになるため、減算した。
(イ) 租税公課
１万１２００円
原告が確定申告書に経費として計上した標記科目に、非課税等仕入となる自動車税の額が含まれていたので、これを減算した。
(ウ) 荷造運賃
４００円
(エ) 広告宣伝費
１万８２００円
(オ) 接待交際費
１万１４００円
(カ) 福利厚生費
３万３０１０円
(キ) 業務用固定資産の取得費
２３３万８８８５円
原告は、業務用固定資産の取得費として、店舗設備の金額２３３万８８８５円を課税仕入れに算入していた（乙６・３枚目「課税仕入高計算表」の「業務用固定資産等の取得費⑬」欄及び６枚目「仕入控除税額に関する明細書」の「１課税仕入高の計算」における「③」欄）。
しかしながら、上記店舗設備を取得した年月日は、平成１３年６月１日であり（前同・「仕入控除税額に関する明細書」の「３固定資産等の取得状況」の「取得年月日」欄）、同設備の資産の譲渡等は、平成１３年中に行われたものであって、平成１７年課税期間の課税仕入れには該当しないから、業務用固定資産の取得費の全額を減算した。
ウ 更正処分により課税仕入れに係る支払対価の額に加算する金額（別紙１０－３の「差引金額１」欄参照。）
８４万円
調査の結果、原告が確定申告書において、地代家賃として課税仕入れに係る支払対価の額に算入していた金額について、計上漏れ額８４万円があることが判明したため、これを加算した。
(4) 納付すべき消費税額
５７万４５００円
(5) 地方消費税の課税標準額
５７万４５００円
(6) 納付すべき譲渡割額
１４万３６００円
(7) 消費税等の合計税額
７１万８１００円
(8) 差引納付すべき消費税等の合計税額
３６万９８００円
上記(7)の金額から、原告が確定申告において申告した消費税等の合計税額３４万８３００円（乙６）を差し引いた金額である。
(9) 過少申告加算税の基礎となる税額
３６万円
(10) 過少申告加算税の額
３万６０００円
別紙９本件異議決定の内容
１ 所得税について
(1) 処分行政庁は、原告の異議申立てを受けて調査を行ったところ、その調査においても、本件所得税更正処分等時の調査と同様の状況が認められたことから、本件異議決定は、やむを得ず推計の方法により原告の所得金額を算定する必要があると認定した上、本件所得税更正処分等において採用した、本件コンビニに係る事業所得の金額の推計方法には合理性があり、また、本件所得税更正処分等において採用した比準同業者の選定、平均売上原価率及び平均特前所得率についても、いずれも合理性が認められると認定した。
(2) しかし、本件異議決定においては、上記推計の基となる本件コンビニに係る売上原価について、原処分が、仕入先等に対する反面調査等により把握した仕入金額に、原告の本件コンビニに係る「所得税青色申告決算書（一般用）」（乙７の１、８の１、９の１）に記載されている期首商品棚卸高（上記各号証の「②」欄の額）を加算し、期末商品棚卸高（同「⑤」欄の額）を減算することにより、売上原価を算出していたのに対し、本件各年分の原告の期首商品棚卸高及び期末商品棚卸高については、原価で算定することができないとして、期首・期末の各商品棚卸高を同額とみなし、仕入金額をそのまま売上原価として認定した（甲８の「表７」参照）。
その結果、別紙３の１の「異議決定」欄における「収入金額」の「本件コンビニ」欄のとおり、本件コンビニに係る収入金額について、平成１５年分及び平成１７年分は減額となり、平成１６年分は増額された。
(3) さらに、本件異議決定においては、原告の平成１２年分ないし平成１４年分の所得税について、原告は、純損失の金額（所得税法２条１項２５号）を記載した青色の確定申告書をその提出期限までに提出し（乙１３ないし１５）、その後の年分において連続して確定申告書を提出していることから、上記各年分の純損失の金額について、所得税法７０条１項の純損失額の繰越控除の適用を認め、各損失額を平成１５年分及び平成１６年分の所得金額から控除した。
(4) 上記(2)及び(3)により、別紙３の１の「異議決定」欄のとおり、本件所得税更正処分等のうち、平成１５年分及び平成１６年分についてはその全部が取り消され、平成１７年分についてはその一部が取り消された。
２ 消費税等について
(1) 上記１(2)のとおり、平成１５年分及び平成１７年分の本件コンビニに係る収入金額が減額されたことに伴い、平成１５年課税期間及び平成１７年課税期間の消費税等の課税標準額も減額となった。また、平成１６年分の本件コンビニに係る収入金額は増額されたため、平成１６年課税期間の消費税等の課税標準額も増額となった。
(2) また、異議調査において、本件各課税期間の課税仕入れの内容について調査を行った結果、本件コンビニの課税仕入れに係る支払対価の額について、別紙１０－１ないし別紙１０－３の各「差引金額２」欄のとおり、過大計上あるいは計上漏れがある事実が判明した。
その結果、別紙３の２の「異議決定(D)」欄の「控除税額③」欄（平成１６年課税期間の本件異議決定による仕入税額控除の額は、４４７万６９７９円となる（甲８の「表１３」参照）。）のとおり、平成１５年課税期間の仕入税額控除の額は増額となり、平成１６年課税期間及び平成１７年課税期間の仕入税額控除の額は減額となった。
(3) 上記(1)及び(2)により、本件異議決定において、本件消費税等更正処分等のうち、平成１５年課税期間及び平成１７年課税期間についてはその一部が取り消された。
なお、平成１６年課税期間については、本件異議決定後の課税標準額及び納付すべき消費税等の額が、いずれも本件消費税等更正処分の額を上回ったため、同処分が維持された。別紙１０－１本件コンビニの課税仕入れに係る支払対価の額
〔平成１５年課税期間〕
申告
(A)
原処分
(B)
差引金額１
(B)－(A)
異議決定
(C)
差引金額２
(C)－(B)
仕入金額
103,067,281
93,560,719
△9,506,562
93,560,719
租税公課
48,790
48,790
48,790
荷造運賃
121,137
120,617
△520
120,617
水道光熱費
3,001,342
3,001,342
3,001,342
旅費交通費
145,900
145,900
145,900
通信費
529,036
529,036
529,036
広告宣伝費
215,687
183,837
△31,850
183,837
接待交際費
144,900
138,900
△6,000
138,900
損害保険料
修繕費
318,700
318,700
318,700
消耗品費
910,560
910,560
910,560
減価償却費
福利厚生費
1,008,548
975,598
△32,950
517,812
△457,786
給料賃金
外注工賃
利子割引料
地代家賃
4,914,000
4,914,000
4,914,000
貸倒金
ロイヤリティ
4,046,128
4,046,128
4,046,128
備品費
11,272
10,672
△600
10,672
ＰＯＳ使用料
1,008,000
1,008,000
1,008,000
リース料
344,568
344,568
344,568
在庫異算調整
2,881,339
△2,881,339
雑費
282,815
282,815
282,815
軽自動車購入
735,828
△735,828
735,828
735,828
合計
△13,195,649
278,042
別紙１０－２本件コンビニの課税仕入れに係る支払対価の額
〔平成１６年課税期間〕
申告
(A)
原処分
(B)
差引金額１
(B)－(A)
異議決定
(C)
差引金額２
(C)－(B)
仕入金額
102,394,401
93,120,144
△9,274,257
93,120,144
租税公課
54,180
54,180
54,180
荷造運賃
101,612
101,472
△140
101,472
水道光熱費
3,172,459
3,172,459
3,172,459
旅費交通費
143,760
133,760
△10,000
133,760
通信費
580,628
580,628
580,628
広告宣伝費
215,189
184,789
△30,400
192,789
8,000
接待交際費
173,270
173,270
165,270
△8,000
損害保険料
修繕費
291,945
291,945
291,945
消耗品費
887,322
887,322
887,322
減価償却費
福利厚生費
1,124,209
1,089,859
△34,350
544,840
△545,019
給料賃金
外注工賃
利子割引料
地代家賃
4,381,125
4,381,125
4,381,125
貸倒金
ロイヤリティ
4,034,549
4,034,549
4,034,549
備品費
71,651
71,651
71,651
ＰＯＳ使用料
1,008,000
1,008,000
1,008,000
リース料
393,918
393,918
393,918
在庫異算調整
1,611,143
△1,611,143
雑費
65,100
65,100
65,100
合計
△10,960,290
△545,019
別紙１０－３本件コンビニの課税仕入れに係る支払対価の額
〔平成１７年課税期間〕
申告
(A)
原処分
(B)
差引金額１
(B)－(A)
異議決定
(C)
差引金額２
(C)－(B)
仕入金額
91,044,850
90,295,364
△749,486
90,295,364
租税公課
65,560
54,360
△11,200
54,360
荷造運賃
101,935
101,535
△400
101,535
水道光熱費
3,045,544
3,045,544
3,045,544
旅費交通費
148,720
148,720
148,720
通信費
575,768
575,768
575,768
広告宣伝費
216,065
197,865
△18,200
197,865
接待交際費
196,010
184,610
△11,400
184,610
損害保険料
修繕費
495,442
495,442
495,442
消耗品費
1,008,662
1,008,662
1,008,662
減価償却費
福利厚生費
1,197,834
1,164,824
△33,010
553,617
△611,207
給料賃金
外注工賃
利子割引料
地代家賃
2,751,000
3,591,000
840,000
3,591,000
貸倒金
ロイヤリティ
3,921,412
3,921,412
3,921,412
備品費
11,030
11,030
11,030
ＰＯＳ使用料
1,008,000
1,008,000
1,008,000
リース料
672,528
672,528
672,528
在庫異算調整
雑費
64,900
64,900
64,900
店舗設備取得
2,338,885
△2,338,885
合計
△2,322,581
△611,207
別紙１１本件各年分の原告の納付すべき所得税額（被告主張額）
（単位：円）
年分
平成15年分
平成16年分
平成17年分
本件コンビニに係る売上原価
98,064,197
99,998,736
96,295,758
平均売上原価率（％）
76.75
76.92
77.10
本件コンビニに係る売上金額（1÷2）3
127,770,940
130,003,556
124,897,221
本件店舗に係る売上金額
9,035,172
9,053,355
6,768,740
総収入金額（3 ＋4 ）
136,806,112
139,056,911
131,665,961
平均特前所得率（％）
3.74
3.50
2.27
本件コンビニの特前所得金額（3×6）7
4,778,633
4,550,124
2,835,166
本件店舗の特前所得金額
690,898
710,178
300,736
特前所得金額（7 ＋8 ）
5,469,531
5,260,302
3,135,902
事業専従者控除
1,000,000
1,000,000
1,000,000
事業所得
所得金額（
－
）
4,469,531
4,260,302
2,135,902
雑所得
繰越損失額
4,469,531
3,358,428
所得金額
総所得金額（1 1 ＋1 2 －1 3 ）
901,874
2,135,902
社会保険料控除
470,800
552,000
392,420
老年者控除
500,000
500,000
基礎控除
380,000
380,000
380,000
所得控除額
所得控除額の計
1,350,800
1,432,000
772,420
課税される所得金額（1 4 －1 8 ）
1,363,000
算出税額（1 9 に対する税額）
136,300
税金から差し引かれる金額
差引所得税額（2 0 －2 1 ）
136,300
定率減税額（2 2 × 2 0 ％）
27,260
源泉徴収税額
納付すべき所得税額（2 2 －2 3 －2 4 ）
109,000
申告納税額
差引納付すべき税額（2 5 －2 6 ）
109,000
加算税の基礎となる税額
100,000
過少申告
加算税加
算税の額
10,000
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2009/pdf/11313.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。