税務訴訟資料第２６０号－１３（順号１１３６９）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分取消等請求事件
国側当事者・国（松山税務署長）
平成２２年１月２７日棄却・控訴
判決
原告Ａ株式会社
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士山下清兵衛
同大森浩司
被告国
同代表者法務大臣千葉景子
処分行政庁松山税務署長
重岡克己
被告指定代理人竹田真
同殖栗健一
同多田歳男
同松澤悟
同浪越吉則
同中野明子
同河野康
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
松山税務署長が原告に対し平成１８年８月２５日付けでした、原告の平成１４年７月１日から平成１５年６月３０日までの事業年度の法人税の更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、原告が、いわゆる便宜置籍船の所有者とするためにパナマ共和国（以下「パナマ」という。）に複数の法人を設立し、それら法人の損益等の額をいずれも原告の所得の金額の計算上原告の損益等の額に合算して、平成１４年７月１日から平成１５年６月３０日までの事業年度（以下「本件事業年度」という。）の法人税に係る確定申告をしたところ、松山税務署長が、上記パナマ法人は租税特別措置法（平成１５年法律第８号による改正前のもの。以下「措置法」という。）６６条の６第１項（いわゆるタックス・ヘイブン対策税制）に定める「特定外国子会社等」に該当するから、同条の定める課税対象留保金額を原告の益金の額に算入すべきであるなどとして、更正処分をするとともに、過少申告加算税の賦課決定処分をしたことに対し、原告が、上記パナマ法人は実体のないいわゆるペーパー・カンパニーであって、その損益は現実の事業者である原告に帰属するなどとし、上記更正処分及びこれに伴う上記賦課決定処分はいずれも違法である旨主張して、上記各処分の取消しを求めた事案である。
なお、原告は、上記の法人税に係る確定申告の効力により確定される権利義務関係と異なる範囲で上記更正処分の適法性を争いその取消しを求めるものと解される。
１ 法令の定め
(1)ア措置法６６条の６第１項は、①次の(ア)及び(イ)に掲げる内国法人に係る外国関係会社のうち、本店又は主たる事務所の所在する国又は地域におけるその所得に対して課される税の負担が本邦における法人の所得に対して課される税の負担に比して著しく低いものとして政令で定める外国関係会社に該当するもの（以下「特定外国子会社等」という。）が、②昭和５３年４月１日以後に開始する各事業年度において、その未処分所得の金額から留保したものとして、政令で定めるところにより、当該未処分所得の金額につき当該未処分所得の金額に係る税額及び利益の配当又は剰余金の分配の額に関する調整を加えた金額（以下「適用対象留保金額」という。）を有する場合には、③その適用対象留保金額のうちその内国法人の有する当該特定外国子会社等の直接及び間接保有の株式等（その株式等（株式又は出資をいう。以下同じ。）を発行する法人に対しその利益の配当、剰余金の分配、財産の分配その他の経済的な利益の給付を請求する権利のない株式等又は実質的に当該権利がないと認められる株式等（以下「請求権のない株式等」という。）に係るものを除く。以下同じ。）に対応するものとして政令で定めるところにより計算した金額（以下「課税対象留保金額」という。）に相当する金額は、その内国法人の収益の額とみなして当該各事業年度終了の日の翌日から２月を経過する日を含むその内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入すると定める。
(ア) その有する外国関係会社の直接及び間接保有の株式等の当該外国関係会社の発行済株式の総数又は出資金額（請求権のない株式等及び当該外国関係会社が有する自己の株式等を除く。次の(イ)において「発行済株式等」という。）のうちに占める割合が１００分の５以上である内国法人
(イ) その有する外国関係会社の直接及び間接保有の株式等の当該外国関係会社の発行済株式等のうちに占める割合が１００分の５以上である一の同族株主グループに属する内国法人（上記(ア)に掲げる内国法人を除く。）
イ 措置法６６条の６第２項は、同条１項及び２項にいう「外国関係会社」等の用語の意義について、それぞれ次のように定める。
(ア) 外国関係会社
外国法人で、その発行済株式の総数又は出資金額（その有する自己の株式等を除く。）のうちに措置法２条１項１号の２に規定する居住者及び内国法人が有し、並びに特定信託の受託者である内国法人が当該特定信託の信託財産として有する直接及び間接保有の株式等の総数又は合計額の占める割合（当該外国法人が次のａからｃまでに掲げる法人である場合には、当該割合とそれぞれａからｃまでに定める割合のいずれか多い割合）が１００分の５０を超えるものをいう。
ａ 議決権のない株式等を発行している法人（ｃに掲げる法人を除く。）
その発行済株式の総数又は出資金額（議決権のない株式等及び当該外国法人が有する自己の株式等を除く。）のうちに居住者及び内国法人が有し、並びに特定信託の受託者である内国法人が当該特定信託の信託財産として有する直接及び間接保有の株式等（議決権のない株式等に係るものを除く。）の総数又は合計額の占める割合
ｂ 請求権のない株式等を発行している法人（ｃに掲げる法人を除く。）
その発行済株式の総数又は出資金額（請求権のない株式等及び当該外国法人が有する自己の株式等を除く。）のうちに居住者及び内国法人が有し、並びに特定信託の受託者である内国法人が当該特定信託の信託財産として有する直接及び間接保有の株式等（請求権のない株式等に係るものを除く。）の総数又は合計額の占める割合
ｃ 議決権のない株式等及び請求権のない株式等を発行している法人
ａ又はｂに定める割合のいずれか多い割合
(イ) 未処分所得の金額
特定外国子会社等の各事業年度の決算に基づく所得の金額につき、法人税法及び措置法による各事業年度の所得の金額の計算に準ずるものとして政令で定める基準により計算した金額を基礎として政令で定めるところにより当該各事業年度開始の日前５年以内に開始した各事業年度において生じた欠損の金額に係る調整を加えた金額をいう。
(ウ) 直接及び間接保有の株式等
個人若しくは内国法人が直接に有し、又は特定信託の受託者である内国法人が当該特定信託の信託財産として直接に有する外国法人の株式の数又は出資の金額及び他の外国法人を通じて間接に有するものとして政令で定める当該外国法人の株式の数又は出資の金額の総数又は合計額をいう。
(エ) 同族株主グループ
外国関係会社の直接及び間接保有の株式等を有する者のうち、一の居住者（措置法２条１項１号の２に規定する居住者をいう。以下本(エ)において同じ。）、内国法人又は特定信託の受託者である内国法人（当該特定信託の信託財産として当該外国関係会社の直接及び間接保有の株式等を有する場合に限る。以下本(エ)において同じ。）及び当該一の居住者、内国法人又は特定信託の受託者である内国法人と政令で定める特殊の関係のある者（外国法人を除く。）をいう。
ウ 租税特別措置法施行令（平成１４年政令第２７１号による改正前のもの。以下「措置法施行令」という。）３９条の１４第１項は、措置法６６条の６第１項に規定する政令で定める外国関係会社は、次に掲げるものとすると定める。
(ア) 法人の所得に対して課される税が存在しない国又は地域に本店又は主たる事務所を有する外国関係会社（措置法６６条の６第２項１号に規定する外国関係会社（前記イ(ア)）をいう。以下、本ウ及び次のエにおいて同じ。）
(イ) その各事業年度の所得に対して課される租税の額が当該所得の金額の１００分の２５以下である外国関係会社
エ 措置法施行令３９条の１５第５項は、措置法６６の６第２項２号（前記イ(イ)参照）に規定する欠損の金額に係る調整を加えた金額は、特定外国子会社等の各事業年度の決算に基づく所得の金額につき、措置法施行令３９条の１５第１項若しくは２項又は３項の規定により算出される所得の金額（以下、本エにおいて「調整所得金額」という。）から当該各事業年度開始の日前５年以内に開始した事業年度において生じた欠損金額（同条５項の規定により当該各事業年度前の事業年度において控除されたものを除く。）の合計額（当該合計額が当該各事業年度の調整所得金額を超える場合には、当該調整所得金額）に相当する金額を控除した金額とすると定め、同条６項は、同条５項に規定する欠損金額とは、特定外国子会社等の各事業年度の決算に基づく所得の金額について同条１項若しくは２項又は３項の規定を適用した場合において計算される欠損の金額をいうと定める。
オ 措置法施行令３９条の２０第１項は、措置法６６条の６第１項の場合において、外国法人が外国関係会社に該当するかどうかの判定は、当該外国法人の各事業年度終了の時の現況によるものとし、内国法人が同項各号に掲げる法人に該当するかどうかの判定は、当該各号に規定する外国関係会社の各事業年度終了の時の現況によると定める。
(2)ア措置法６６条の６第３項は、同条１項の規定は、同項各号に掲げる内国法人に係る特定外国子会社等（株式（出資を含む。）若しくは債券の保有、工業所有権その他の技術に関する権利若しくは特別の技術による生産方式及びこれに準ずるもの（当該権利に関する使用権を含む。）若しくは著作権（出版権及び著作隣接権その他これに準ずるものを含む。）の提供又は船舶若しくは航空機の貸付けを主たる事業とするものを除く。）が、その本店又は主たる事務所の所在する国又は地域において、その主たる事業を行うに必要と認められる事務所、店舗、工場その他の固定施設を有し、かつ、その事業の管理、支配及び運営を自ら行っているものである場合であって、各事業年度においてその行う主たる事業が次の(ア)及び(イ)に掲げる事業のいずれに該当するかに応じ当該(ア)又は(イ)に掲げる場合に該当するときは、当該特定外国子会社等のその該当する事業年度に係る適用対象留保金額については、適用しないと定める。
(ア) 卸売業、銀行業、信託業、証券業、保険業、水運業又は航空運送業
その事業を主として当該特定外国子会社等に係る措置法４０条の４第１項各号に掲げる居住者、当該特定外国子会社等に係る措置法６６条の６第１項各号に掲げる内国法人、当該特定外国子会社等に係る措置法６８条の３の７第１項各号に掲げる特定信託の受託者である内国法人（当該特定信託の信託財産の運用に係る場合に限る。）その他これらの者に準ずる者として政令で定めるもの以外の者との間で行っている場合として政令で定める場合
(イ) 上記(ア)に掲げる事業以外の事業
その事業を主として本店又は主たる事務所の所在する国又は地域（当該国又は地域に係る水域で政令で定めるものを含む。）において行っている場合として政令で定める場合
イ 措置法施行令３９条の１７第２項６号は、措置法６６の６第３項１号（前記ア(ア)）に規定する政令で定める場合として、同項に規定する特定外国子会社等の各事業年度において行う主たる事業が水運業であるときは、当該各事業年度の船舶の運航及び貸付けによる収入金額の合計額のうちに当該収入金額で関連者（当該特定外国子会社等に係る措置法４０条の４第１項各号及び措置法６６条の６第１項各号に掲げる者、措置法６８条の３の７第１項各号に掲げる特定信託の受託者である内国法人（当該特定信託の信託財産の運用に係る場合に限る。）並びに措置法施行令３９条の１７第１項各号に掲げる者をいう。）以外の者から収入するものの合計額の占める割合が１００分の５０を超える場合であると定める。
２ 前提事実（争いのない事実、各項末尾に掲記の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実並びに当裁判所に顕著な事実）
(1) 原告及び関連する法人等
ア 原告は、海上貨物運送業を営む株式会社であり、青色申告の承認を受けた同族法人である。
イ 原告は、パナマに、同国の関係法令に基づき、パナマを本店所在地として、次の７社の法人（以下、併せて「本件パナマ法人」という。）を設立し、本件パナマ法人は、それぞれ船舶を所有していた。なお、パナマにおいては、船舶の登録等に関する制約が我が国と比較して緩やかなものとなっている。（甲５）
(ア) Ｂ（以下「Ｂ社」という。）
(イ) Ｃ（以下「Ｃ社」という。）
(ウ) Ｄ（以下「Ｄ社」という。）
(エ) Ｅ（以下「Ｅ社」という。）
(オ) Ｆ（以下「Ｆ社」という。）
(カ) Ｇ（以下「Ｇ社」という。）
(キ) Ｈ（以下「Ｈ社」という。）
ウ 本件パナマ法人は、パナマ国内に主たる事業を行うために必要な事務所、店舗等の固定施設を有しておらず、現地職員もいない。
そして、本件パナマ法人の所有する船舶に係る取引の交渉等は、原告の従業員が我が国において行い、また、本件パナマ法人の預金通帳等も原告の従業員が管理していた。
なお、本件パナマ法人の決算期は、いずれも原告の決算期と同一の毎年６月である。
エ パナマにおいて、本件パナマ法人の行う国際運輸業務から生ずる所得は、国外源泉所得となり、課税されないこととなっている。（甲３）
(2) 確定申告及び更正処分等
ア 原告は、平成１５年９月１日、本件事業年度の法人税について、本件パナマ法人の資産、負債及び損益の額をそれぞれ合算して経理することにより原告に帰属させて、確定申告した。（乙４。以下、この確定申告に係る確定申告書を、「本件事業年度確定申告書」という。）
イ 松山税務署長は、平成１８年８月２５日付けで、本件パナマ法人は、措置法６６条の６第１項に定める特定外国子会社等に該当し、かつ、その適用除外につき定める同条第３項の適用がないため、同条１項が適用されることを理由として、本件パナマ法人の平成１３年７月１日から平成１４年６月３０日までの事業年度（以下、同期間に係る原告の事業年度を通じ、「平成１４年６月期」という。）における課税対象留保金額に相当する金額１億９６６８万５７４１円を、原告の本件事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入するとともに、原告がアに述べたように合算経理をした本件パナマ法人の本件事業年度における益金の額を所得金額から控除するなどして、所得の金額１億８７８１万９９８８円、差引所得に対する法人税額５５４８万０８００円、差引納付すべき法人税額５５７０万５６００円とする更正処分（以下「本件更正処分」という。）をするとともに、過少申告加算税の額８３３万円とする過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件賦課決定処分」といい、本件更正処分と併せて「本件更正処分等」という。）をした。（甲１）
ウ 原告は、平成１８年１０月２４日、本件更正処分等の取消しを求めて異議申立てをしたが、松山税務署長は、平成１９年１月１６日付けで、原告の上記異議申立てを棄却する旨の異議決定をした。（甲２）
エ 原告は、上記異議決定に対し、同年２月１３日、国税不服審判所長に対し審査請求をしたが、同所長は、平成２０年２月６日付けで、原告の上記審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をした。（甲３）
原告は、同月１２日に上記棄却裁決書謄本の送達を受けた。
(3) 本件訴えの提起
原告は、同年８月１２日、本件訴えを提起した。
(4) その他
ア 松山税務署長は、原告に対し、本件パナマ法人は措置法６６条の６第１項に定める特定外国子会社等に該当し、かつ、その適用除外につき定める同条３項の適用がないため、同条１項が適用されることを主な理由として、平成１５年６月２５日付けで、原告の平成１１年７月１日から平成１２年６月３０日までの事業年度（以下「平成１２年６月期」という。）、平成１２年７月１日から平成１３年６月３０日までの事業年度（以下「平成１３年６月期」という。）及び平成１４年６月期（以下、これらを併せて「先行事業年度」という。）の法人税の各更正処分（以下、併せて「先行事業年度更正処分」という。）をした。（乙１）
イ 原告は、先行事業年度更正処分について、審査請求を経た上で、平成１６年９月９日、松山税務署長を被告として、松山地方裁判所に取消訴訟を提起したが、同裁判所は、平成１９年１１月１４日、原告の主張をいずれも排斥した上で、先行事業年度更正処分における計算の誤りに基づいて、原告の請求を一部認容する旨の判決をした。（乙１）
松山税務署長は、平成２０年１月１１日付けで、平成１４年６月期の原告の法人税について、特定外国子会社等の平成１３年６月期における課税対象留保金額につき計算の誤りがあったためその増加額を原告の所得の金額に加算する一方、計算方法の問題により生じていた損金の過大計上に係る額を所得の金額から控除したほか、繰越欠損金の当期控除額が増加し、翌期（本件事業年度）へ繰り越す欠損金が１億１５１３万８６４０円となる旨の再更正処分（以下「先行事業年度再更正処分」という。）を行った。（乙２）
ウ 上記イの松山地方裁判所の第１審判決に対する双方の控訴を受けて、高松高等裁判所は、平成２０年５月９日、原告の主張をいずれも排斥してその控訴を棄却する一方、平成１４年６月期の原告の法人税につき、翌期（本件事業年度）へ繰り越す欠損金が１億１５１３万８６４０円となると認定して、松山税務署長の控訴に基づき上記第１審判決を一部変更する旨の判決をした。（乙３）
エ 最高裁判所は、平成２１年８月１２日、上記ウの控訴審判決に対する原告の上告を棄却するとともに、同事件を上告審として受理しない旨の決定をした。（乙１４）
３ 本件更正処分等の適法性についての被告の主張
本件更正処分等の適法性についての被告の主張は、次のとおりである（なお、原告は、後記のとおり、被告の主張する金額ないし計算のうちでは、本件事業年度の原告の益金の額に本件パナマ法人の平成１４年６月期における課税対象留保金額に相当する金額を算入する部分（次の(1)ア(イ)）及び原告が本件パナマ法人の本件事業年度における損益等を合算経理して算出した益金の額を原告の本件事業年度の益金の額から控除する部分（同(ウ)）を争っている。）。
(1) 本件更正処分の適法性について
原告の本件事業年度の所得の金額は２億６５１４万３３０５円、納付すべき法人税額は７８６７万８０００円であるところ、上記各金額は本件更正処分における金額をいずれも上回るから、本件更正処分は適法である。
上記各金額の計算根拠は、次のとおりである。
ア 所得の金額
２億６５１４万３３０５円
次の(ア)及び(イ)の合計金額から、次の(ウ)及び(エ)の合計金額を控除した金額である。
(ア) 繰越欠損金控除前の申告所得金額
３億８６０３万２８４０円
本件事業年度確定申告書に記載された繰越欠損金控除前の所得の金額であり、同申告書別表４「３６の①」欄に記載された金額である。
(イ) 特定外国子会社等の課税対象留保金額
２億２３１７万８３３２円
措置法６６条の６第１項に基づき、原告の益金の額に算入される原告に係る特定外国子会社等である本件パナマ法人の平成１４年６月期における課税対象留保金額の合計金額である。
(ウ) 特定外国子会社等の益金の額
２億２８９２万９２２７円
原告が本件事業年度確定申告書で原告に係る特定外国子会社等である本件パナマ法人の本件事業年度の各損益科目を自己の決算に反映させた（合算経理した）ことにより、結果的に益金の額に算入された各損益の通算金額である。かかる損益は、本件パナマ法人の各社に帰属するものであり、原告の決算に反映させるべきではないから、上記益金の額は原告の益金の額には算入されない。
(エ) 繰越欠損金の当期控除額
１億１５１３万８６４０円
法人税法５７条（平成１５年法律第８号による改正前のもの）の規定に基づき、原告の損金の額に算入される欠損金額である（先行事業年度再更正処分参照）。
イ 納付すべき法人税額
７８６７万８０００円
次の(ア)の金額から(イ)の金額を控除した金額（ただし、国税通則法（以下「通則法」という。）１１９条１項の規定に基づき、１００円未満の端数を切り捨てた後のもの。）である。
(ア) 所得の金額に対する法人税額
７８９０万２９００円
上記アの所得の金額（ただし、通則法１１８条１項の規定に基づき、１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に、経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律（平成１６年法律第１４号による改正前のもの）１６条１項１号に規定する税率を乗じて算出した金額である。
(イ) 法人税額から控除される所得税額
２２万４８６１円
法人税法６８条（平成１５年法律第８号による改正前のもの）の規定に基づき、所得の金額に対する法人税額から控除される所得税の金額である。
(2) 本件賦課決定処分の適法性
本件更正処分により新たに納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうち、本件更正処分前における税額の計算の基礎とされなかったことについて、通則法６５条４項に規定する「正当な理由」があると認められるものはない。
したがって、過少申告加算税の額は、本件更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額５５７０万円（通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に通則法６５条１項及び２項の割合をそれぞれ適用して算出した８３３万円となる。
これは、本件賦課決定処分における過少申告加算税の額と同額であるから、本件賦課決定処分は適法である。
４ 争点及び争点に対する当事者の主張
(1) 措置法６６条の６の適用の有無
（被告の主張）
別紙１「措置法６６条の６の適用に係る被告の主張」第１記載のとおり
（原告の主張）
別紙２「措置法６６条の６の適用に係る原告の主張」第１記載のとおりであり、その要点は、本件パナマ法人の有する便宜置籍船に係る事業による所得は本件パナマ法人ではなく原告に帰属すること、便宜置籍船に係る取引に措置法６６条の６は適用されないというべきこと、措置法６６条の６の適用は信義則に反することなどである。
(2) 本件パナマ法人の平成１４年６月期における課税対象留保金額及び本件事業年度における損益の額
（被告の主張）
別紙１「措置法６６条の６の適用に係る被告の主張」第２記載のとおり
（原告の主張）
別紙２「措置法６６条の６の適用に係る原告の主張」第２記載のとおり
(3)本件賦課決定処分の適法性について
（被告の主張）
前記３(2)のとおり
（原告の主張）
原告と本件パナマ法人との合算経理は、原告の設立以来の経理方式であって、真実に合う経理処理であり、本件更正処分を行うまでの間、国税庁や税務署もこれを容認してきたのであるから、そもそも過少申告ではなく、過少申告加算税の課税要件を欠く。また、不利益遡及課税を認めるべきでないことに照らし、過少申告加算税を付加することはできない。
合算経理をして、租税回避とは逆の正しい行動をした原告に対して加算税を付加することは、人権侵害である。
第３ 当裁判所の判断
１ 認定事実
前記第２の２の事実のほか、各項に掲記の証拠及び弁論の全趣旨によれば、次の事実が認められる。
(1) 本件パナマ法人の設立等について（甲１、甲３）
ア 原告は、コストや運航の面における問題を避けるため、法人の設立の要件が簡易なパナマに法人を設立してこれに船舶を所有させることとし、Ｉ株式会社を通じパナマの設立代理業者に依頼して、本件パナマ法人を設立させ、本件パナマ法人にパナマ船籍の船舶を取得させた。
イ 本件パナマ法人の設立につき適用されるパナマの関係法令においては、発起人が定款を作成して公証人に提出し設立登記が行われた時点で株式会社の設立手続は終了するとされ、定款には資本金額、発行株式数、額面金額、各発起人が引受けに同意した株式数、パナマにおける代理人の住所及び氏名等を記載することとされているものの、株式に係る金員の払込みや株券の発行は、株式会社の設立の要件とされていない。
本件パナマ法人の定款には、上記の各事項が記載されているが、原告は、上記設立代理業者から株式に係る金員の払込みを求められたことはなく、払込みはしていない。また、本件パナマ法人の設立発起人からの上記の払込みもなく、Ｅ社以外の各法人については、株券も発行されていない。なお、Ｅ社は株券を発行しており、その保有者は原告であるが、それは、Ｅ社が取引銀行から担保の差入れを要求された場合に備えて便宜上発行されたものである。
ウ 原告は、上記設立代理業者から送付された本件パナマ法人の設立関係書類を保管している。原告が送付を受けた書類の中には、本件パナマ法人の設立の発起人が引き受けたＢ社の株式について、同発起人が当該株式の引受人としての地位を譲渡する旨が記載された譲受人欄が空欄の株式引受権譲渡書がある。なお、上記発起人は上記設立代理業者が選任したものであり、原告は上記発起人がどのような人物であるかを把握していない。
なお、パナマで便宜置籍船を所有する法人を設立する場合、同法人に対する権利関係を明確にするため、設立代理人が発起人として引き受けた１株の株式について、譲受人欄を空欄にした譲渡契約証書を徴するのが通例であり、原告は、本件更正処分等に係る異議ないし審査請求の段階において、本件パナマ法人のうちＢ社以外の法人についてもＢ社と同様の設立関係書類を受領した旨述べていた。
エ 原告は、上記設立代理業者を通じて、設立時の取締役が外国人であったＢ社から、原告の代表取締役である甲及び当時は取締役であった乙に対し、会社の経営に関する全権を委任する旨の登記証書の写しを提出させている。
(2) 船舶の所有及び定期傭船契約等について
ア Ｂ社は、その名義をもって、平成９年７月１日、Ｊ株式会社との間で、Ｂ社の所有名義の船舶「Ｋ」について定期傭船契約を締結し、平成１４年６月期及び本件事業年度において、同契約に基づく運賃収入を得ていた。（甲８の２、乙８、乙９）
イ Ｃ社は、その名義をもって、平成１０年１１月２６日、Ｌ株式会社との間で、Ｃ社の所有名義の船舶「Ｍ」について定期傭船契約を締結し、平成１４年６月期及び本件事業年度において、同契約に基づく運賃収入を得ていた。（甲８の３、乙８、乙１０）
ウ(ア) Ｄ社は、その名義をもって、Ｎ株式会社との間で、Ｄ社の所有名義の船舶「Ｏ」について定期傭船契約を締結し、平成１４年６月期において、同契約に基づく運賃収入を得ていた。（乙１、乙８）
(イ)ａＰは、平成７年９月２２日、Ｑ株式会社との間で、Ｐの有する船舶「Ｒ」について定期傭船契約を締結した。（甲８の１、乙１１）
ｂ Ｄ社は、その名義をもって、平成１４年３月２６日付けで、Ｐとの間で上記「Ｒ」の譲受けに係る覚書を作成した上で、同じくその名義をもって、平成１４年５月３１日、Ｐ及びＱ株式会社との間で、同年３月３１日１２時２０分をもってＤ社がＰの上記ａの定期傭船契約上の地位を承継したこと、Ｑ株式会社からＤ社へ支払われる金額はＤ社が指定する銀行口座へ送金されることなどを確認する覚書を作成した。そして、Ｄ社は、平成１４年６月期及び本件事業年度において、同契約に基づく運賃収入を得ていた。（甲８の１、乙８、乙１３）
エ Ｅ社は、その名義をもって、平成１４年３月２０日、Ｑ株式会社との間で、Ｅ社の所有名義の船舶「Ｓ」について定期傭船契約を締結し、平成１４年６月期及び本件事業年度において、同契約に基づく運賃収入を得ていた。（甲８の４、乙８、乙１２）
オ Ｆ社、Ｇ社及びＨ社は、本件事業年度の開始前にその所有する船舶を売却しており、平成１４年６月期及び本件事業年度において、これら３社はいずれも運賃収入を得ていなかった。（甲３、乙１、乙３、乙８）
(3) その他関連事情（甲４の１ないし１１、甲９ないし１７（枝番を含む。）、甲１９）
ア 本件パナマ法人の行う取引については、原告の従業員が、その意思決定等を含め、すべての手続を処理している。
ただし、船舶の建造契約、傭船契約、船舶登録、経費等の決済等については、基本的に、本件パナマ法人の名義が用いられている。
取引に当たって、原告は、リスクの分散を考えて、７つの本件パナマ法人のうちから適当なものを選別しており、その際には、金融機関や傭船会社の都合等も考慮される（例えば、取引先の中には、船籍がパナマであることから、特に本件パナマ法人名義で処理することを要望するものもある。）。なお、この際のリスクとは、船荷証券等の取扱い上の問題が発生した場合の本船所有者に対する差押え、海上事故において特に保険金額を超えた賠償責任が生じた場合の本船所有者に対する請求やその請求権に基づく差押え、主要荷主との間で問題が生じた場合の主要荷主による船舶の使用の差止め要求などであり、これらのリスクが生じた際に、その影響を１つの法人に止め、他の法人に波及させないようにするとの考慮がなされている。他方、金融機関は、上記のようなリスクの影響を受けることを極力回避し、また、購入資金等の融資につき当該融資に係る船舶以外の船舶の採算上の問題の影響を受けることがないようにする等の考慮から、融資に当たり１法人につき１船舶とすることを条件として求めている。
イ(ア) Ｂ社名義の船舶「Ｋ」、Ｅ社名義の船舶「Ｓ」及びＣ社名義の船舶「Ｍ」については、いずれも、それらの法人が、自己の名義をもって、船舶の建造契約ないし割賦購入契約、船舶購入費用に係る金銭消費貸借契約等の当事者となっている。なお、この中には、原告が保証人となった契約もある。
これに対し、Ｄ社の船舶「Ｒ」の購入に当たっては、原告の名義で金融機関から借入れがなされた。
(イ) そして、上記(ア)の各契約に係る返済は、それぞれの契約者名義でなされている。
ウ 本件パナマ法人の銀行預金口座については、各法人ごとの名義で個別に開設した上、原告がこれを管理している。
前記各船舶に係る定期傭船契約に基づく運賃収入は、Ｄ社の船舶「Ｒ」につき原告名義の口座に振り込まれたほかは、それぞれ各船舶を所有する本件パナマ法人の各法人の口座に振り込まれた。
他方、前記各船舶の船員費その他の経費については、基本的に、本件パナマ法人の各法人の名義で請求書が送付され、これに対する支払がなされている。
２ 措置法６６条の６の立法趣旨等
昭和５３年の税制改正により、いわゆるタックス・ヘイブン対策税制として導入された措置法６６条の６第１項の規定については、内国法人が、法人の所得等に対する租税の負担がないか又は極端に低い国又は地域に子会社を設立して経済活動を行い、当該子会社に所得を留保することによって、我が国における租税の負担を回避しようとする事例が生ずるようになったことから、課税要件を明確化して課税執行面における安定性を確保しつつ、このような事例に対処して税負担の実質的な公平を図ることを目的として、一定の要件を満たす外国会社を特定外国子会社等と規定し、これが適用対象留保金額を有する場合に、その内国法人の有する株式等に対応するものとして算出された一定の金額を内国法人の所得の金額の計算上益金の額に算入することとしたものであると解される。しかし、特定外国子会社等であっても、独立企業としての実体を備え、その所在する国又は地域において事業活動を行うことにつき十分な経済合理性がある場合にまで上記の取扱いを及ぼすとすれば、当該内国法人の海外進出を不当に阻害するおそれがあることから、措置法６６条の６第３項は、特定外国子会社等の事業活動が事務所、店舗、工場その他の固定施設を有し実体を備えていることなど経済合理性を有すると認められるための要件を法定した上、これらの要件がすべて満たされる場合には同条１項の規定を適用しないこととしている（最高裁判所平成●●年（○○）第●●号同１９年９月２８日第二小法廷判決・民集６１巻６号２４８６頁、最高裁判所平成●●年（○○）第●●号同２１年１０月２９日第一小法延判決・裁判所時報１４９５号１頁参照）。
なお、上記の税制改正に先立っては、上記のような事例については、いわゆる便宜置籍法人である子会社の所有する船舶に係る業務の遂行が実質的には親会社によって主宰されている場合には、いわゆる実質所得者課税の原則を定めた法人税法１１条の規定により、それを適用し得る範囲において対応がなされることもあったが、同条の適用を受けるような従前の事例の多くは仮装又はそれに類するような特殊な行為に係るものであって、同条においてはその適用に当たっての所得の実質的な帰属についての具体的な判定基準が明示されていないこと等のため、課税執行面での安定性に問題があるとの指摘もみられたところであり、上記の税制改正は、上記のような子会社であっても、その所在する国等の関係法令に基づいて設立された外国法人であり、親会社とは別個の法人格を有するものであることを一律には否定し得ないことや、我が国の法人税法がいわゆる本店所在地国主義を採っていること等を踏まえつつ、他方、そのいわゆる支配関係に照らし親会社においてそうさせることが可能であるはずであるのに子会社が十分な配当を行っていない場合には、そのことにより所得を留保して我が国における租税の負担を回避する意思等を推認し得ること等を考慮して、既に述べた問題に対処し上記のような目的を達成すべく実施されたものである（乙６）。
３ 争点(1)（措置法６６条の６の適用の有無）について
(1)ア前記１及び第２の２に認定したように、本件パナマ法人は、それぞれパナマの関連法令に基づいて適式に設立された法人であって、船舶を自己の名義で建造契約等の契約の当事者となって取得し、その所有するものとして自己の名義で登録した上で、それぞれ自己の名義で定期傭船契約の当事者となって運賃収入を得ているほか、経費等の請求対象となるなどしている。
そして、原告は、本件パナマ法人の各法人がその締結した契約の相手方に対して負う責任及びそれに係る責任財産が各法人の名義に応じ本来的にそれぞれ別個のものであることを前提として、関連する契約ごとに、様々なリスクを考慮して、各法人の名義を選択して用いているというのであり、他方、それら契約の相手方においても、上記の前提の下に（例えば、船舶の取得に係る契約において、本件パナマ法人が契約当事者となる一方で、原告が保証人となった例があることは、本件パナマ法人の責任と原告の責任とが別個のものであることを相手方が認識していることを示している。）、当該契約がどの法人の名義で行われているかに応じ、契約の締結や請求書の発行等の行動をしていることが推認される。
原告は、本件において、本件パナマ法人による便宜置籍船取引が経済合理性のあるものとして行われている旨主張するところ（別紙２の第１の１(1)及び(2)等）、原告の主張するような利益は、本件パナマ法人につきその名義で締結した契約等において関係する法令の定めに従い法人格を有するものとしての取扱いがされることにより生ずるものにほかならない。
以上の点からすれば、本件パナマ法人については、原告とは独立した権利義務の主体として活動を行っていたと認めるのが相当であり、このことは、それらの名義で行われる取引の法制上の基礎等とされる事情が原告の主張するように広く知られていることをもって、左右されるものではない。
イ そして、前記１及び第２の２に認定した事実によれば、本件パナマ法人は、内国法人である原告に係る措置法６６条の６第１項の特定外国子会社等に当たると認められる。なお、前記１に認定したように、本件パナマ法人については、原告等による株式に係る金員の払込み等はなされていないものの、それは、パナマにおける株式会社設立の要件としてそれらが要求されていないことによるものであって、上記のように判断することを妨げるものではなく、他に上記の認定判断を左右する事情は見当たらない。
他方、前記第２の２に認定のとおり、本件パナマ法人は、いずれも、本店の所在するパナマにおいて事務所等の固定施設を有していないから、これらにつき措置法６６条の６第１項の適用除外につき定める同条３項の適用はない。
ウ 以上によれば、本件パナマ法人については、措置法６６条の６第１項が適用され、平成１４年６月期において所定の基準に従って計算される適用対象留保金額を有するとされる場合には、その適用対象留保金額のうち課税対象留保金額に相当する金額は、原告の本件事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入されるというべきである。
(2)ア(ア) 原告は、事業所得である外航船運航事業から発生する所得は、当該事業をすべてその危険と計算において行っている事業主体である原告に帰属すると主張し、また、原告と本件パナマ法人との間での合意に基づき、損益や権利を原告に帰属させることとしているとも主張する（別紙２の第１の１(2)、(3)ウ及び(4)イないしエ等）。
ところで、一般に、契約等に基づく特定の収益等が法人税法上いずれの者に帰属するかは、当該収益等に係る上記の契約等における実体法上の権利義務関係により決定されるものと解するのが相当であり、前記(1)アのとおり、本件パナマ法人については原告とは独立した権利義務の主体として活動を行っていたと認められるから、本件パナマ法人の各法人の所有する各船舶の運航に係る契約等により生じる損益については、他にこれと異なって判断すべき事情のない限り、それぞれ本件パナマ法人の各法人に帰属するものというべきである。
その上で、原告の主張する本件パナマ法人の所有する船舶に係る取引の実態や経理等に係る事情（別紙２の第１の１(2)）は、前記(1)アで認定した事情を踏まえれば、本件パナマ法人の所有する各船舶に係る契約等において、あくまで本件パナマ法人の各法人が相手方との関係で権利義務の主体として扱われることを前提とした上で、それらの取引が事実上原告の経済的信用に依拠して行われているというか、又はいわゆる親子関係にある原告と本件パナマ法人との間での事務の分担の状況をいうものにすぎず、上記の判断を左右するものとは認め難い。
なお、前記１(3)に認定のとおり、本件パナマ法人のうちＤ社の所有する船舶「Ｒ」については、その購入に当たって借入れが原告名義でなされ、同船舶に係る定期傭船契約に基づく運賃収入も原告名義の口座に振り込まれたといった事情が認められるが、他方で、前記１(2)のとおり、Ｄ社が、自己の名義をもって、同船舶を譲り受けるとともに定期傭船契約の当事者の地位を承継したことや、この際に同契約の相手方であるＱ株式会社からＤ社へ支払われる金額はＤ社が指定する銀行口座へ送金されるものとされていたことなどからして、同船舶に関する上記のような事情をもって、上記の判断が左右されるものではないというべきである。
(イ) また、証拠（甲７）によれば、原告と本件パナマ法人との間で、平成１５年６月３０日付けをもって、原告は国際競争力を保つ関係で便宜的に本件パナマ法人名義を使用するものとすること及び原告は本件パナマ法人名義を使用するに当たり、すべての収入及び支払等の経理処理については、本件パナマ法人には実体がないため、各社ごとの経理処理は行わず、原告にて一括合算経理処理を行い、原告の責任において日本国に申告するものとすることを確認する旨の「覚書」が作成されているほか、原告とＢ社、Ｃ社、Ｄ社及びＥ社との間で、平成９年７月１０日から平成１４年５月３１日までの間の日付をもって、それぞれ、各社の有する船舶の所有権等の帰属に関し、①原告は、船舶を所有するに当たり、国際競争力を保つために、便宜的に各社名義で登記するが、船舶の所有権その他一切の権利は原告に帰属するものとすること、②船舶は、原告の資産として計上され経理処理されるものとすること、③船舶の所有に関する費用並びに同船舶の運航に伴う収入及び費用は、すべて原告に帰属するものであり、すべて原告によって経理処理がされるものとすること、④各社は、原告からの請求によって直ちに原告に対する所有権の移転登記及び登録の手続を行うものとすることを確認する旨の「覚書」が作成されていることが認められる。
しかし、既に述べたところに照らすと、原告と本件パナマ法人との間にあっても、本件パナマ法人の所有する各船舶に係る契約等においては本件パナマ法人の各法人が相手方との関係で権利義務の主体として扱われることが前提とされていたものと認めるのが相当というべきであり、上記の「覚書」については、このことを踏まえた上で、本件において原告が主張するような税務に関する理解の下に、親子会社間における内部的な経理処理の在り方等について定めたものと認めるのが相当であって、当該合意がこれらの者の間での損益の法律的な帰属の評価につき既に述べたところを左右するものとは認め難い。なお、原告は、上記の合意をもって共同の事業に係る組合契約が締結された旨主張するが（別紙２の第１の１(4)エ）、既に認定した「覚書」の内容に照らし、原告の上記の主張は採用することができない。
(ウ) 原告の別紙２の第１の１におけるその余の主張は、既に述べたところとは異なる前提に立つものであって、いずれも採用することができない。
イ 原告は、措置法６６条の６は、不当な租税回避及び軽減の防止を目的とするところ、本件において、原告は、本件パナマ法人を実質的には原告の支店としての存在であることを認め、その収益等を原告の収益等として申告しており、何らの租税回避も行われていないため、措置法６６条の６を適用しなければならない理由はない旨主張する（別紙２の第１の２(1)及び(2)）。
原告の上記の主張については、措置法６６条の６の適用について、対象とされる者に不当な租税回避等の目的がある場合に限りこれが認められるとする趣旨のものと解されるところ、同条の適用の要件としてこのような主観的な要素等を加えることは、その規定する文理に添うものではなく、また、前記２に認定したその立法趣旨等に照らせば、措置法６６条の６第１項に定める要件に該当し、その適用除外につき定める同条３項の適用がない以上、更に租税回避の意図の有無等が問題となる場合に限って同条１項を適用して課税することが認められると解すべき理由も見当たらないというべきである。また、原告が、あえてパナマに法人を設立して船舶を所有させるという法制上の手法を選択し、既に述べたようにこのような法的関係を前提に関係する契約の締結等もされている以上、前記２に認定したようにそのような法的関係にのっとって課税を行うべく定められた同条を適用することは、当然のことであるといえる。
上記のように解すること又は３において既に述べたように解することが同条の拡大解釈であることを前提として憲法２９条、４１条及び８４条違反をいう原告の主張（別紙２の第１の２(2)及び(3)）も、採用することができない。
ウ 原告は、措置法６６条の６が原告のように船舶の貸付けを業とする者につきその適用除外を認めずこれらの者を不平等に取り扱うもので、租税公平主義に反し、憲法１４条及び８４条に反するとも主張する（別紙２の第１の３）。
しかし、措置法６６条の６第１項の適用除外につき定める同条３項のいわゆる柱書き中の括弧書きにいう「船舶…の貸付け」については、その文理及び同項１号に別に「水運業」につき定められていることからすると、その文言に即して、いわゆる裸傭船による船舶のみの貸付けをいうものと解するのが相当であって、本件で特定外国子会社等に当たるとされる本件パナマ法人が主たる事業として行っている定期傭船契約による外航船運航事業は、同項１号の「水運業」に当たるというべきであり、一定の要件の下で、同条１項の適用の除外が認められるのであるから、原告の主張はその前提を欠くものである。
エ 原告は、本件更正処分は、従前、課税庁が法人税法１１条に基づく確定申告を許容してきたことへの原告の信頼を覆すものであって、信義則に反し、また、課税ルールを数年遡及して不利益変更するもので憲法３１条及び８４条に違反すると主張する（別紙２の１の４）。
しかし、本件において措置法６６条の６の適用の要件が満たされているということができることは前記のとおりであるから、それにもかかわらず、本件更正処分を信義則に反する違法な処分として取り消すべき場合があるとすれば、それは、租税法規の適用における納税者間の平等、公平という要請を犠牲にしてもなお本件更正処分に基づく課税を免れさせて納税者である原告の信頼を保護しなければ正義に反すると評価することができるような特別の事情が存する場合に限られるというべきである。そして、上記の特別の事情が存するかどうかの判断に当たっては、少なくとも、税務官庁が原告に対し信頼の対象となる公的見解を表示したことにより、原告がその表示を信頼しその信頼に基づいて行動したところ、後に当該表示に反する課税処分が行われ、そのために原告が経済的不利益を受けることになったものであるかどうか、また、原告が税務官庁の当該表示を信頼しその信頼に基づいて行動したことについて原告の責めに帰すべき事由がないかどうかといった点を考慮する必要がある（最高裁判所昭和●●年（○○）第●●号同６２年１０月３０日第三小法廷判決・裁判集民事１５２号９３頁参照）。
原告については、先行事業年度更正処分を受けるまでの間は、法人税法１１条に基づいて本件パナマ法人の損益等を合算して確定申告をしたことにつき、課税庁から修正申告を求められたり、更正処分を受けたりしたことはなかったことがうかがわれる。しかし、そのことをもって、課税庁が原告に対し本件パナマ法人の収益等について措置法６６条の６の適用がない等の旨の公的見解を表明し、又はこれと実質的に同様ということができる行為をしたということはできず、本件全証拠をもってしても、他にこのような行為があったこともうかがえないから、本件において、上記の特別の事情が存在するとは認められない。
なお、原告は、措置法６６条の６に関する過去の通達等を指摘し、個別ケースごとに法人税法１１条に基づく課税が認められてきたと述べるが、原告の指摘する通達等においても、昭和５３年の措置法６６条の６の創設に伴い、従来これとは異なる計算で課税されていた事例についても、措置法６６条の６の定める要件を満たす以上は、原則として同条を適用することが明らかにされており、あくまで個別の事例の実態に応じての極めて限定された例外として同条の適用がないことがあり得ることが示されていたにすぎないところであるから、上記通達等が存在するとの一事をもって、上記の特段の事情が存するということはできず、原告につき上記の例外の場合に当たる旨の公的見解が表明された等の事情を認めるに足りる証拠もない。
以上より、本件更正処分が信義則に反する違法な処分であるということはできず、また、本件更正処分が違法な遡及的課税であるということもできないから、原告の上記の主張は採用することができない。
４ 争点(2)（本件パナマ法人の平成１４年６月期における課税対象留保金額及び本件事業年度における損益の額）について
(1) 前記３の判断を前提とすれば、本件事業年度の原告の所得の金額の計算については、本件パナマ法人の平成１４年６月期における課税対象留保金額に相当する金額を益金の額に算入すべき一方、本件事業年度確定申告書においては、本件事業年度における原告の損益と本件パナマ法人の損益とが合算して申告されていることから、申告に係る本件事業年度の原告の損益の額から、本件パナマ法人の本件事業年度における損益の額を控除して、本件事業年度の原告の法人税の額を算定する必要がある。
(2)ア被告は、本件パナマ法人の平成１４年６月期における課税対象留保金額につき、別紙１の第２の１のとおり主張するところ、上記の被告の主張に係る計算方法がその内容に照らして合理的なものと認められることを踏まえ、証拠（甲３、乙１ないし乙３、乙７、乙８）に加え、上記の被告の主張に対して原告が別紙２の第２のとおり概括的に争う旨を述べるのみで何ら具体的な認否反論をしないことも含めた弁論の全趣旨によれば、別表１に記載のとおり、平成１４年６月期における本件パナマ法人の課税対象留保金額は、Ｂ社について１億２３０４万１９１７円、Ｃ社について１億００１３万６４１５円であると認められ、これらの合計額である２億２３１７万８３３２円が、原告の本件事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入されることとなる。
イ 被告は、本件パナマ法人の本件事業年度における損益の額につき、別紙１の第２の２のとおり主張するところ、上記の被告の主張に係る計算方法がその内容に照らして合理的なものと認められることを踏まえ、証拠（甲２及び３、乙４）に加え、上記の被告の主張に対して原告が別紙２の第２のとおり概括的に争う旨を述べるのみで何ら具体的な認否反論をしないことも含めた弁論の全趣旨によれば、別表５に記載のとおり、本件パナマ法人の本件事業年度における損益の額は、Ｂ社について９１８４万５１１６円、Ｃ社について９９４５万２５３１円、Ｄ社について２２０９万２５３６円、Ｅ社について１５５３万９０４４円であり、Ｆ社、Ｇ社及びＨ社についてはいずれも零円であると認められ、これらの合計額である２億２８９２万９２２７円を、原告の本件事業年度の所得の金額の計算上、益金の額から控除すべきこととなる。
５ 本件更正処分の適法性についての小括
前記３及び４を前提として、本件事業年度確定申告書（乙４）及び前記第２の２(4)の認定事実によれば、前記第２の３(1)記載の被告の主張のとおり、原告の本件事業年度の所得の金額は２億６５１４万３３０５円であると認められ、これは、本件更正処分の前提となった所得の金額１億８７８１万９９８８円を上回ることから、本件更正処分は適法である。
６ 争点(3)（本件賦課決定処分の適法性）について
原告は、本件賦課決定処分が違法である根拠として、原告と本件パナマ法人との損益の合算経理は容認されてきたこと、不利益遡及課税を認めるべきではないことから、本件賦課決定処分が違法である旨を主張するが（第２の４(3)）、前記３(2)エにおいて述べたところに照らし、原告の上記の主張は採用することができない。
そして、本件全証拠に照らしても、他に、本件更正処分により新たに納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうち、本件更正処分前における税額の計算の基礎とされていなかったことについて、原告に通則法６５条４項にいう正当な理由があると認められるものがあることも認められないから、本件賦課決定処分も適法である。
７ まとめ
以上によれば、本件更正処分は適法であり、それを前提としてなされた本件賦課決定処分も適法である。
第４ 結論
よって、原告の請求は、理由がないから、いずれも棄却することとし、訴訟費用の負担について行政事件訴訟法７条、民事訴訟法６１条を適用して、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官八木一洋
裁判官衣斐瑞穂
裁判官中島朋宏
別紙１
措置法６６条の６の適用に係る被告の主張
第１ 争点(1)（措置法６６条の６の適用の有無）関係
１ タックス・ヘイブン対策課税の概要等
(1) 立法経緯等
我が国は、国際的二重課税を排除するため、国内に所得の源泉がある場合を課税対象とするほか、居住者ないし内国法人の所得に対する国家の課税権を属人的にとらえ、源泉が国内にあるか国外にあるかを問わず、所得のすべてを課税の対象とし（全世界所得課税主義）、外国政府に納付した所得税ないし法人税の税額（外国税額）を控除する方法（外国税額控除法ないし税額控除法）を採用している。
しかし、全世界所得課税主義の下では、企業が海外に支店を設けて事業活動を行った場合は、支店の利益はそのまま我が国の法人税の対象となるが、海外に子会社を設けて事業活動を行った場合、子会社の所得は、我が国の親会社に配当されない限り我が国の法人税の課税対象とはならない。そのため、これを利用して、タックス・ヘイブン（法人の所得あるいは法人の特定種類の所得に対する税負担がゼロ又は極端に低い国又は地域）に子会社としていわゆるペーパー・カンパニーを設立し（なお、このような会社をタックス・ヘイブン・コーポレーションなどという。）、それを通じて実質的に親会社の国際的経済活動を行うことによって、税負担の回避又は軽減を図る事例が出現した。
このような、企業活動の国際化に伴い顕在化したタックス・ヘイブンを利用する租税回避の問題に対しては、多くの先進諸国が何らかの措置を採っており、我が国においては、従前、タックス・ヘイブンを利用した租税回避行為に対して、実質所得者課税の原則を規定した法人税法１１条を適用するなどして対処していたが、同規定によっても、所得の実質的な帰属の判断基準が明確でないため、課税執行面における安定性に問題があり、その限界が指摘されていた。そこで、課税執行面の安定性を確保しながら、外国法人を利用することによる租税回避行為を防止して税負担の実質的公平を図るため、昭和５３年税制改正により、タックス・ヘイブン対策課税が導入された。
(2) タックス・ヘイブン対策課税の趣旨等
タックス・ヘイブン対策課税の趣旨及び目的は、タックス・ヘイブン・コーポレーションの課税対象留保金額相当額を、株主である我が国の居住者又は内国法人等の収益と擬制し又は配当されたものと擬制して課税することによって、租税回避の手段としてのタックス・ヘイブン・コーポレーションの機能を、実質的に減殺することにある。
(3) 制度の概要
法人に対するタックス・ヘイブン対策課税は、タックス・ヘイブンに所在する外国法人で、株式等の保有を通じて我が国の内国法人に支配されているものの留保所得のうち、その内国法人の保有する株式等の持分に応じた一定額を、その内国法人の収益の額とみなしてその内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上益金の額に算入するという制度であり、外国法人である関係会社につき、内国法人とは法人格が別で、かつ、我が国の課税権の及ばない外国に所在するという事実を前提としつつ、親会社たる内国法人との経済的な一体性に着目して制定された、法人税法２２条２項に規定する内国法人の益金の額に関する「別段の定め」である。
そして、具体的には措置法６６条の６第１項及び第２項並びに措置法施行令３９条の１４ないし１６等がこれを定めている。
(4) 適用除外
特定外国子会社等に当たる外国関係会社であっても、本店所在地国において主たる事業を行うのに必要と認められる事務所、店舗、工場その他の固有施設を有し（実体基準）、その事業の管理、支配及び運営を自ら行っているものであって（管理支配基準）、その主たる事業内容に応じ、関連者以外の者との取引がその収入金額の５０パーセントを超えているか（非関連者基準。措置法６６条の６第３項１号）又はその事業を主として所在地国で行っているもの（所在地国基準。同項２号）については、株式保有等の一定の事業を主たる事業とする場合を除き、タックス・ヘイブン対策課税の適用から除外される。
これは、特定外国子会社等が独立企業としての実態を備え、かつ、その所在地国で事業活動を行うにつき十分な経済合理性があると認められる場合にまでタックス・ヘイブン対策税制を適用することは、我が国企業の正常な海外投資活動を阻害する結果を招くことになるので避けるべきであるとの趣旨で設けられたものである。
２ 本件における適用
(1) 本件パナマ法人が措置法６６条の６第２項の「外国関係会社」に該当すること本件パナマ法人は、原告が商社等を通じて手続を行うことによって、パナマを本店所在地として設立された株式会社であるところ、いずれも株式に係る金員の払込みはなされていないが、原告は、本件パナマ法人を直接支配し得る地位を有する者であり、本件パナマ法人は、内国法人である原告によって「発行済株式等の５０パーセント超を直接及び間接に保有されている」ものと認められる。
(2) 本件パナマ法人が措置法６６条の６第１項の「特定外国子会社等」に該当することパナマは、パナマ登録会社の国際海運業務に係る所得を免税としており、「法人の所得に対して課される税が存在しない国」に該当するから、本件パナマ法人は、特定外国子会社等に該当する。
(3) 本件パナマ法人には措置法６６条の６第３項に規定する適用除外の適用がないこと本件パナマ法人の主たる事業は海運業（水運業）であるから、前記の実体基準、管理支配基準及び非関連者基準が適用されるところ、本件パナマ法人は、本店所在地国であるパナマにおいて主たる事業を行うのに必要と認められる事務所、店舗、工場その他の固有施設を有している（実体基準）とは認められず、その事業の管理、支配及び運営を自ら行っている（管理支配基準）とも認められない。したがって、非関連者基準を検討するまでもなく、本件に適用除外規定の適用はない。
(4) 本件パナマ法人が措置法６６条の６第１項の「適用対象留保金額」を有すること本件パナマ法人の平成１４年６月期の収益及び経費の明細を基に、措置法６６条の６第１項及び措置法施行令３９条の１６の規定に基づき、適用対象留保金額を算定すると、後述のとおり、２億２３１７万８３３２円となるから、本件パナマ法人が措置法６６条の６第１項の適用対象留保金額を有することは明らかである。
(5) 本件パナマ法人の留保金額が原告の益金の額に算入されること
原告は、本件パナマ法人を設立する際、株式に係る金員の払込みをしていないが、前記のとおり、原告は、本件パナマ法人を支配し得る物的持分としての法的地位を１００パーセント保有しているから、措置法６６条の６第１項１号の内国法人に当たり、本件パナマ法人の有する適用対象留保金額の全額が、同項の課税対象留保金額として原告の益金の額に算入される。
(6) 本件パナマ法人の損益の額は原告に帰属しないこと
措置法６６条の６が特定外国子会社等の事業として行われた活動に係る個々の損益自体を内国法人に帰属させるものとしていないことは、文理上明らかである。法人は、法律により権利義務の帰属主体として設立が認められるものであり、その事業として行われた活動に係る損益は、特別な事情がない限り、法律上、その法人に帰属するものであって、その法人が実質的に他の法人の事業部門であるような場合も同様であると解される。これを前提に、措置法６６条の６は、法人の事業活動に係る損益の帰属について、特定外国子会社等が外国法人であることをも踏まえて特別の措置を定めた規定と解すべきである。
例えば、Ｂ社、Ｄ社及びＥ社は、原告の保証の下に銀行から船舶取得資金の借入れを行った上で、自ら船舶の発注者として造船契約を締結し、それぞれ船舶を取得するなどしており、本件パナマ法人は、自ら事業活動を行っているのであるから、その損益が原告に帰属するものではない。
最高裁判所平成●●年（○○）第●●号同１９年９月２８日第二小法廷判決・民集６１巻６号２４８６頁の判示は、本件にも当てはまるものである。
３ 他の事業年度に係る更正処分等について
(1) 本件更正処分は、原告について措置法６６条の６を適用している点はもちろん、特定外国子会社等の課税対象留保金額及び特定外国子会社等の損益の額の計算方法についても、先行事業年度再更正処分と同様であるところ、最高裁判所の決定により、先行事業年度再更正処分の適法性は確定しているから、同判断に照らしても、本件更正処分が適法であることは明らかである。
(2) 松山税務署長は、平成１５年７月１日から平成２０年６月３０日までの各事業年度の法人税等の調査を行った上、平成２１年７月９日付けで、平成１５年７月１日から平成１９年６月３０日までの各事業年度の法人税について、更正処分を行った（乙１５の１ないし４）。
上記更正処分は、原告について措置法６６条の６の適用があることについてはもちろん、特定外国子会社等の課税対象留保金額及び特定外国子会社等の損益の額についても、本件更正処分等の結果を前提として計算を行ったものである。
これに対し、原告は、現時点まで、上記の更正処分を争っておらず、むしろ平成２１年７月６日付けで、上記更正処分に基づいて計算された「翌期へ繰り越す欠損金額」を前提として、松山税務署長に対し、平成２０年６月期の法人税に係る修正申告書（乙１６）を提出した。これは、実質的には、原告が本件更正処分等の適法性を認めたものであるといえる。
４ 原告の主張に対する反論
(1) 実質所得者課税の原則の適用について
子会社である本件パナマ法人が親会社である原告とは独立した法人格を有している以上、原告の主張するような「信託的名義移転」その他の私法契約があるからといって、直ちに、法的にその法人格が否定されるものではない。
また、いわゆる便宜置籍船を保有して海運業を営むために設立された外国関係会社の実質的存在意義は、船籍取得にあるところ、法人格が有効に存在しなければ船籍を取得・保有できない上、外国関係会社が私法上船の所有者であることが当該国の船籍取得の前提となるのであるから、船籍取得・保有の事実によって、法人の実体を有するものと評価し得る。したがって、本件パナマ法人の法人格が形がい化しているということはできない。
さらに、実質所得者課税の原則は、法律上収益が帰属するとみられる者が単なる名義人であってその収益を享受する法人が別に存在する場合には、その収益はこれを享受する法人に帰属するものとして法人税法を適用するというものであり、法律上の所得の帰属の形式とその実質とが異なるときには、その実質に従って課税関係が定められるべきであるという、租税法上当然の原則である（法人税法１１条は、文理上、収益についてのみ規定するが、損失・費用の帰属についても同条の適用があるのは明らかであるから、同条は、収益と損失・費用との差額である所得の帰属について定めたものと解される。）。
これに対し、措置法６６条の６は、前記のタックス・ヘイブン対策税制の立法経緯から明らかなとおり、形式的かつ客観的に判断することができる「特定外国子会社等」という概念を設定し、外国法人がこの形式的かつ客観的な要件に該当する限り、実質的な所得の帰属主体に関する具体的検討を経ることなく、その未処分所得の金額から計算される課税対象留保金額を、内国法人の益金の額に算入することとした、例外的かつ創設的な規定であり、措置法６６条の６は、法人税法１１条に優先して適用されるものである。
(2) 措置法６６条の６の適用範囲について
原告は、措置法６６条の６の適用が租税回避のおそれのある場合に限定されると主張する。
しかし、タックス・ヘイブン対策税制の趣旨は、外国法人を利用することによる税負担の不当な回避又は軽減を防止するとともに、課税執行面の安定性を確保しつつ税負担の実質的公平を図ることにあり、このような趣旨にかんがみれば、措置法６６条の６の適用を「租税回避のおそれ」のある場合に限定する理由はなく、同条が定める形式的な要件に該当する限り、タックス・ヘイブン対策税制を適用することが当然予定されているというべきである。
(3) 租税公平主義（憲法１４条及び８４条）違反について
本件パナマ法人の主たる事業は海運業（水運業）であって、船舶の貸付けではないから、本件パナマ法人にも措置法６６条の６第３項が適用され、ただ同項所定の要件を満たさないために、適用除外が認められないに過ぎない。したがって、原告の主張はその前提を欠いている。
(4) 課税庁の過去の取扱い等について
ア 課税庁が、本件パナマ法人の名義を利用した外航船運航事業による運航収益及び費用のすべてを原告に帰属するものとして経理した原告の確定申告を、実態に合ったものとして、長期間容認していたといった事実や、これを租税不回避と認めてきたといった事実はない。
仮に、原告が、従来、本件パナマ法人の収益及び費用が原告に帰属するものとして一貫して税務申告を行い、課税庁がそのような税務申告に対して指導等を行わなかったことが事実であるとしても、それは、単に、本件パナマ法人が措置法６６条の６にいう特定外国子会社等に該当する旨の指摘や本件パナマ法人の各法人ごとに所得計算をするようにとの指導がなかったというにとどまるのであり、課税庁が本件パナマ法人を「単に名義上の所有者」であると自ら認定して法人税法１１条を適用し、その収益及び費用が原告に帰属することを認めていたものではない。
イ 海運業における便宜置籍船会社について、過去に法人税法１１条を適用して親会社の収益として課税した事例があったとしても、多くのケースは、仮装又はそれに類するような特殊な例であり、現行のタックス・ヘイブン対策税制の対象とされる事案と法人税法１１条によって課税されていた事案とは、その範囲を大きく異にするものである。
第２ 争点(2)（本件パナマ法人の平成１４年６月期における課税対象留保金額及び本件事業年度における損益の額）関係
１ 原告の益金の額に算入される本件パナマ法人の課税対象留保金額
本件パナマ法人は、措置法６６条の６第１項に規定する特定外国子会社等に該当するから、次の手順により計算される本件パナマ法人の平成１４年６月期における課税対象留保金額２億２３１７万８３３２円は、原告の本件事業年度の益金の額に算入することとなる。
なお、原告の財務諸表上、原告及び本件パナマ法人の各法人に帰属する損益等の額は、勘定科目ごとに合計され、表示されている。そのため、松山税務署長は、その調査時において、原告から提示された資料に基づき、各法人に帰属する各勘定科目（損益科目に限る。）の金額の算出を試みたが、総勘定元帳の謄写を拒む等、原告の調査に対する協力が不十分であったため、結果、各法人の各勘定科目の金額を実額で把握することができなかった。
そこで、上記の調査時の状況を踏まえ、松山税務署長は、原告が合算経理した財務諸表記載の損益の額（損益計算書。乙７の１８・１９枚目に記載された各勘定科目の金額）を各船舶の売上高の割合を用いてあん分計算する方法などにより、本件パナマ法人の平成１４年６月期における各勘定科目の金額を算出し、次のとおり、本件パナマ法人の各法人の課税対象留保金額を算定した。
なお、Ｆ社、Ｇ社及びＨ社は、平成１４年６月期において船舶を有していないため、損益の額の発生はない。
(1) 本件パナマ法人の所得の金額
平成１４年６月期における本件パナマ法人の所得の金額は、先行事業年度再更正処分において、原告の損益の額に含まれない本件パナマ法人の損益の額として、別表１のとおり、売上高、営業外収益、特別利益、販売費及び一般管理費、営業外費用並びに特別損失の金額をそれぞれ認定しているところ、これに基づき算出すべきである（別表１の２４欄参照）。その結果、平成１４年６月期における差引所得金額は、Ｂ社が１億４２４６万９５４４円、Ｃ社が１億００１３万６４１５円、Ｄ社がマイナス５３５万３８０４円、Ｅ社がマイナス６億３２４３万５９７９円、Ｆ社が零円、Ｇ社が零円及びＨ社が零円となる。
上記の算定根拠は、次のア及びイのとおりであり、算定結果等は別表２及び別表３のとおりである。
ア 収益
(ア) 売上高（別表２の５欄）
ａ 運賃収入（別表２の１欄）
運賃収入は、船舶別の収入金額を把握した上で、同金額を船舶の所有者に配分することにより、原告又は本件パナマ法人の各法人の帰属額を実額により把握した。
すなわち、調査担当者は、各船舶の所有者及び各船舶の用船先について聴取りを行い、原告の総勘定元帳に記載された用船先を基に運賃収入を船舶ごとに集計した。その集計結果は、別表４のとおりである。
そして、上記各船舶の集計額をその所有者に割り振ることにより、本件パナマ法人の各法人の運賃収入の額を算出した。
なお、平成１４年６月期においては、①Ｂ社は船舶「Ｋ」を所有しＪ株式会社との間で、②Ｃ社は船舶「Ｍ」を所有しＬ株式会社との間で、③Ｄ社は船舶「Ｏ」及び船舶「Ｒ」を所有しそれぞれＮ株式会社及びＱ株式会社との間で、④Ｅ社は船舶「Ｓ」を所有しＱ株式会社との間で、それぞれ定期傭船契約を締結して、運賃収入を得ていた。
ｂ 賃貸料、事務管理料及び受取手数料（別表２の２ないし４欄）
賃貸料、事務管理料及び受取手数料は、調査時の聴取りにより原告に帰属すると判明したため、その全額を原告の収入とした。
(イ) 営業外収益（別表２の９欄）
ａ 受取利息（別表２の６欄）
受取利息は、①原告への帰属額については、上記(ア)の売上高を内航船（船舶法１条に該当し、かつ、同法３条に規定する日本各港間運送に従事する船舶。本件においては原告が所有する船舶。以下同じ。）及び外航船（船舶法１条に該当しない特定子会社等が所有するパナマ船籍の船舶。本件においては本件パナマ法人が所有する船舶。以下同じ。）に区分し集計した上、受取利息の申告額（別表２の６のＡ欄）に対し、売上高の申告額（同５のＡ欄）に占める内航船の売上高の額（同５のＣ欄）の割合（ただし、小数点以下第３位未満を四捨五入したもの）を乗じて算出し、②本件パナマ法人の各法人への帰属額については、受取利息の申告額（同６のＡ欄）から上記①の原告に帰属するものを控除した後の額（同６のＤ欄）に対し、上記①の外航船の売上高の総額（同５のＤ欄）に占める本件パナマ法人の各法人に帰属する売上高の額の割合（ただし、小数点以下第３位未満を四捨五入したもの）を乗じて算出した。
ｂ 円換算差益（別表２の７欄）
円換算差益は、外航船に係る用船料の受領時に発生したものであるから、円換算差益の申告額（別表２の７のＡ欄）に対し、外航船の売上高の総額（同５のＤ欄）に占める本件パナマ法人の各法人に帰属する売上高の額の割合（ただし、小数点以下第３位未満を四捨五入したもの）を乗じて算出した。
ｃ 雑収入（別表２の８欄）
雑収入は、調査時の聴取りを基に、①原告への帰属額については実額を把握し、②本件パナマ法人の各法人への帰属額については雑収入の総額（別表２の８のＡ欄）から上記①の金額を控除した差額に対し、外航船の売上高の総額（同５のＤ欄）に占める本件パナマ法人の各法人に帰属する売上高の額の割合（ただし、小数点以下第３位未満を四捨五入したもの）を乗じて算出した。
(ウ) 特別利益（別表２の１１欄）
特別利益に当たる船舶売却益（別表２の１０欄）は、Ｄ社が船舶「Ｏ」を売却した際に生じたものであるから、Ｄ社の収入とした。
イ 費用又は損失
(ア) 販売費及び一般管理費（別表３の２７欄）
ａ 給料、船員費、福利厚生費、旅費交通費、交際費、賃借料、水道光熱費、事務消耗品費、支払手数料、運航手数料、会費、繰延資産償却及び雑費（別表３の１・２・５・６・８・１０・１３・１８・１９・２０・２３・２５・２６欄）
給料、船員費、福利厚生費、旅費交通費、交際費、賃借料、水道光熱費、事務消耗品費、支払手数料、運航手数料、会費、繰延資産償却及び雑費は、調査時の聴取りにおいて原告に帰属することが判明したため、その全額を原告の費用とした。
ｂ 船員管理委託費、船舶管理委託費及び業務管理費（別表３の３・４・２４欄）
船員管理委託費、船舶管理委託費及び業務管理費は、調査時の聴取りを基に、上記各費用の申告額（別表３の３・４・２４の各Ａ欄）に対し、外航船の売上高の総額（別表２の５のＤ欄）に占める本件パナマ法人の各法人に帰属する売上高の額の割合（ただし、小数点以下第３位未満を四捨五入したもの）を乗じて算出した。
ｃ 通信費、修繕費、船具消耗品費、租税公課、運搬費及び点検管理費（別表３の７・１２・１５・１６・１７・２２欄）
通信費、修繕費、船具消耗品費、租税公課、運搬費及び点検管理費は、①原告への帰属額については、上記ア(ア)の売上高を内航船及び外航船に区分し集計した上、上記各費用の申告額（別表３の７・１２・１５・１６・１７・２２の各Ａ欄）に対し、売上高の申告額（別表２の５のＡ欄）に占める内航船の売上高の額（同Ｃ欄）の割合（ただし、小数点以下第３位未満を四捨五入したもの）を乗じて算出し、②本件パナマ法人の各法人への帰属額については、上記各費用の申告額（別表３の７・１２・１５・１６・１７・２２の各Ａ欄）から上記①の原告に帰属するものを控除した後の額（別表３の７・１２・１５・１６・１７・２２の各Ｄ欄）に対し、上記①の外航船の売上高の総額（別表２の５のＤ欄）に占める本件パナマ法人の各法人に帰属する売上高の額の割合（ただし、小数点以下第３位未満を四捨五入したもの）を乗じて算出した。
ｄ 減価償却費（別表３の９欄）
減価償却費は、①船舶については、船舶に係る減価償却費を船舶の所有者に配分することにより、原告又は本件パナマ法人の帰属額を実額で把握し、②船舶以外の資産に係る減価償却費については、調査時の聴取りに基づき、その全額を原告の費用とした。
ｅ 船舶保険料、燃料費及び運航経費（別表３の１１・１４・２１欄）
船舶保険料、燃料費及び運航経費は、①原告への帰属額については、上記ア(ア)ａの運賃収入を内航船及び外航船に区分し集計した上、上記各費用の申告額（別表３の１１・１４・２１の各Ａ欄）に対し、運賃収入の申告額（別表２の１のＡ欄）に占める内航船の運賃取入の額（同Ｃ欄）の割合（ただし、小数点以下第３位未満を四捨五入したもの）を乗じて算出し、②本件パナマ法人の各法人への帰属額については、上記各費用の申告額（別表３の１１・１４・２１の各Ａ欄）から上記①の原告に帰属するものを控除した後の額（別表３の１１・１４・２１の各Ｄ欄）に対し、上記①の外航船の運賃収入の総額（別表２の１のＤ欄）に占める本件パナマ法人の各法人に帰属する運賃収入の額の割合（ただし、小数点以下第３位未満を四捨五入したもの）を乗じて算出した。
(イ) 営業外費用（別表３の３０欄）
ａ 支払利息割引料（別表３の２８欄）
支払利息割引料は、①原告への帰属額については、上記ア(ア)ａの売上高を内航船及び外航船に区分し集計した上、支払利息割引料の申告額（別表３の２８のＡ欄）に対し、売上高の申告額（別表２の５のＡ欄）に占める内航船の売上高の額（同Ｃ欄）の割合（ただし、小数点以下第３位未満を四捨五入したもの）を乗じて算出し、②本件パナマ法人の各法人への帰属額については、支払利息割引料の申告額（別表３の２８のＡ欄）から上記①の原告に帰属するものを控除した後の額（別表３の２８のＤ欄）に対し、上記①の外航船の売上高の総額（別表２の５のＤ欄）に占める本件パナマ法人の各法人に帰属する売上高の額の割合（ただし、小数点以下第３位未満を四捨五入したもの）を乗じて算出した。
ｂ 円換算差損（別表３の２９欄）
円換算差損は、外航船に係る用船料の受領時に発生したものであるから、円換算差損の申告額（別表３の２９のＡ欄）に対し、外航船の売上高の総額（別表２の５のＤ欄）に占める本件パナマ法人の各法人に帰属する売上高の額の割合（ただし、小数点以下第３位未満を四捨五入したもの）を乗じて算出した。
(ウ) 特別損失（別表３の３４欄）
ａ 船舶圧縮損（別表３の３１欄）
船舶圧縮損は、Ｄ社の船舶「Ｒ」の取得の際、その取得価額につき圧縮記帳したものであるから、Ｄ社の損失とした。
ｂ 特別償却（別表３の３２欄）
特別償却は、Ｅ社の船舶「Ｓ」に適用したものであるから、Ｅ社の損失とした。
ｃ 雑損失（別表３の３３欄）
雑損失は、調査時の聴取りにおいて原告に帰属することが判明したため、その全額を原告の損失とした。
(2) 未処分所得の金額
未処分所得の金額は、上記(1)の本件パナマ法人の所得の金額から各法人の繰越欠損額を控除することにより算出される。すなわち、Ｂ社については平成１３年６月期から繰り越された欠損金１９４２万７６２７円があるため、これを控除することとなる（別表１の２５・２６欄参照）。
なお、繰越欠損金繰越控除額の算出においては、まず、①平成１１年６月期末及び平成１２年６月期末の繰越欠損金を平成１６年６月７日付けの国税不服審判所長の裁決による本件パナマ法人の所得の金額の認定額を基に算出し、②平成１３年６月期末の欠損金を先行事業年度再更正処分における本件パナマ法人の損益の額から算出した所得の金額を基に算出することにより、平成１４年６月期首の繰越欠損金を算出した上で、これを上記(1)において算出した損益の額と比較して、当期控除額を算出した（別表１の２５欄、別表１の付表「当期控除額」欄参照）。
(3) 適用対象留保金額
適用対象留保金額は、上記(2)の本件パナマ法人の未処分所得の金額から平成１４年６月期において本件パナマ法人が納付することとなる法人所得税の額を控除することにより算出される（別表１の２７欄参照）。
その結果、適用対象留保金額を有する特定外国子会社等は、Ｂ社及びＣ社となり、その額は、Ｂ社が１億２３０４万１９１７円、Ｃ社が１億００１３万６４１５円となる。
(4) 課税対象留保金額
課税対象留保金額は、上記(3)のＢ社及びＣ社の適用対象留保金額に、Ｂ社及びＣ社の発行済株式に占める原告の保有割合である１００パーセントを乗じて算定される（別表１の２８欄及び２９欄参照）。
したがって、課税対象留保金額は、Ｂ社が１億２３０４万１９１７円、Ｃ社が１億００１３万６４１５円となる。
２ 原告の本件事業年度の決算に計上された本件パナマ法人に帰属する損益の額
(1) 損益の各法人ごとの区分
原告の会計処理上、原告及び本件パナマ法人の損益は、全く区分されていないことから、次の手順に基づき、原告及び本件パナマ法人に損益の額を区分して算定した。
ア 営業収益及び営業外収益
(ア) 運賃収入及び雑収入は、船舶別の収入金額を把握し、船舶の帰属に基づき個々の法人へ区分した。
(イ) 賃貸料、事務管理料及び受取手数料の各営業収益は、原告のみに帰属するものである。
(ウ) 円換算差益は、運賃収入全体に占める原告及び本件パナマ法人に帰属する運賃収入割合を乗じて算出した。
(エ) 受取利息は、上記(ア)ないし(ウ)の収入の金額全体に占める原告及び本件パナマ法人の各法人に帰属する当該収入の割合を乗じて算出した。
イ 一般管理費及び営業外費用
(ア) 減価償却費（船舶）を除く一般管理費及び営業外費用は、原告のみに帰属するもの、本件パナマ法人のみに帰属するもの並びに原告及び本件パナマ法人に共通するものに区分した後、①原告又は本件パナマ法人に帰属するものについては、船舶の帰属に基づいて個々の法人に区分し、②共通する費用のうち船舶管理委託費、船舶保険料、燃料費、船具消耗品費、運航経費及び円換算差損については、運賃収入全体に占める原告及び本件パナマ法人の各法人に帰属する運賃収入の割合を乗じて算出し、③上記②以外の共通する費用については、収入全体に占める原告及び本件パナマ法人の各法人に帰属する収入金額の割合を乗じて算出した。
(イ) 減価償却費は、船舶の帰属に基づき原告及び本件パナマ法人の各法人に区分した。
(2) 小括
上記(1)に基づき算出された本件パナマ法人の各法人の損益は、別表５のとおりであり、これにより、本件パナマ法人の営業収益及び営業外収益の合計額は１９億０００１万２０４９円、一般管理費及び営業外費用の合計額は１６億７１０８万２８２２円となり、結果、原告は本件パナマ法人の損益として上記金額の差額２億２８９２万９２２７円を益金の額に算入していたことになるから、当該金額は、本件事業年度の益金の額から控除されることになる。
以上
別紙２
措置法６６条の６の適用に係る原告の主張
第１ 争点(1)（措置法６６条の６の適用の有無）関係
１ 便宜置籍船取引に係る法律関係等について
(1) 便宜置籍船取引について
ア 便宜置籍船とは、親会社が、子会社名義（籍）を借用して実質所有し運航支配する船舶のことであり、我が国のみならず、諸外国においても、外航船はほとんどが便宜置籍船である。
便宜置籍船の取引にかかわる利害関係人は、船籍を見ないで、真の所有者や現実の行為者を見て取引をする。なお、アメリカ合衆国においては、課税に当たり、便宜置籍船の真の所有者の届出を行わせている。
便宜置籍船取引の関係者は、名義と実体がかい離していることを十分知しつしており、同取引が親子会社間の「名義借り取引」であることは、公知の事実である。金融機関は、便宜置籍船取引を行うに当たり、必ず親会社と金融契約を締結するか、その保証状を取り付ける。また、便宜置籍船取引を行うのは親会社の従業員であって、子会社には人も事務所もないから、取引関係者は決して子会社と取引していると認識していない。
イ 我が国の船主会社が保有する約２０００隻の商船のうち、日本籍で登録されている船の総数は、現在、わずか約１００隻であって、日本の船主会社による外航船運航業は、パナマ船籍やリベリア船籍の船舶で営まれている。
日本の船主会社が便宜置籍船取引を行う背景には、日本籍船による運航で生じるコストの増大を防ぎ、かつ、船舶運航に伴うリスク回避を行うという事情があった。海運業者が便宜置籍船を利用したのは、日本人船員の絶対的減少により、日本籍船に要求される日本人船員数を確保できない状況を打開し（船舶を日本籍船とすると一定数の日本人船員を配乗させなければならないが、途上国の船籍とすることで人件費の安価な途上国船員を配乗することが可能となる。）、また、船費等の節約により国際競争力を高めるといったやむを得ない理由によるものであり、さらに、パナマ等の便宜置籍船を利用するのも、法人設立の容易さや課税軽減のメリット等があったからである。
そして、日本の外航運航における日本商船約２０００隻程度のうち日本籍船は約１００隻にすぎず、そのほとんどが便宜置籍船であるという実情は、国土交通省（旧運輸省）の「海事レポート」において、毎年、公表されていたのであり、取引の相手方は、外航船のほとんどが便宜置籍船であることを十分に認識していた。
ウ 我が国では、大手海運会社が外航船を多く保有せず、中小企業が金融機関から借金をして外航船を保有し、これを大手海運会社へ傭船する方式が定着している。そして、中小企業である外航船の船主は、パナマなどのタックス・ヘイブン国にペーパー・カンパニーを設立し、その名義で外航船を保有する。
前記のように、船舶の便宜置籍化は、労働力の確保及びコスト削減のための経営努力である。これによる運航コストの削減は、貨物運賃の抑制につながり、最終的には消費財の低廉化に貢献している。
(2) 所有名義と損益帰属の分離（経済合理性ある取引）
便宜置籍船取引を行う親子会社では、多くの場合、親子会社間で損益や権利を親会社に帰属させる契約をしており、本件でもこれが存在する。
近時、信託的名義移転行為や多様な事業体に対する適正な課税の必要性が主張されている。リース、譲渡担保、信託、匿名組合など、進化する取引社会においては、リスク回避や担保目的の強化や受託者権限の強化など、種々の経済目的のために、所有名義と実質的所有者が分離した取引が多く考案されており、そこにおける真の法律関係を前提とした課税が行われている。このような中、信託的名義移転取引も、取引社会における多様なニーズに適合して行われているところである。
私法取引においても、租税法律関係においても、真実の法律関係を前提として、債権債務関係を分析するのが原則である。名義人に課税するためには、例えば、地方税法３４３条２項（固定資産税の納税義務者の名義主義）のように、特別の立法が必要である。
便宜置籍船取引の実体は、親会社の従業員が子会社の名義を使用して外航運送取引を行うものであり、荷主や金融機関も商社もこれを知しつしている。本件は、経済合理性のある信託的名義借り取引であり、租税不回避行為であるから、これを否認するのは違法である。
(3) 本件における便宜置籍船取引の実態等
ア 取引の実熊等
(ア) 本件における便宜置籍船取引は、すべて内国親会社である原告の建物において行われている。原告の事務所は、通常の民家の一軒家であり、その中の零細事務所的な場所で、営業事務及び経理事務が行われている（甲４の１ないし６参照）。
金融機関、傭船会社、船員派遣会社、船舶修理会社などの取引先は、この事務所を訪問するか、ここへ連絡をしている。便宜置籍船に関する取引においては、すべて親会社である原告の従業員が、これら取引先の関係者と協議して行う。
例えば、船舶調達のための金銭消費貸借契約等については、原告を債務者とするか、又は本件パナマ法人を形式的に債務者とするとしても必ず原告及びその代表取締役が保証人となっている。これは、本件パナマ法人が形がいであって経済的実体が全くなく、実質的な債務者は原告であることを、債権者たる金融機関等も熟知しているからである。
(イ) 本件パナマ法人の本店所在地は、パナマであるが、現実には存在しないし、原告の事務所内にも本件パナマ法人の事務所は存在しない。本件パナマ法人の事務所や従業員はどこにも存在しない。
外航海運事業において最も重要な資産である船舶の所有権その他一切の権利は原告に帰属しており、本件パナマ法人は、外航海運業者としての基礎を欠いている。また、本件パナマ法人は、給与、家賃その他一切のコストを負担していない。
なお、本件パナマ法人名義の傭船契約については、いずれも、あくまで原告が本件パナマ法人名義で締結したものである。
イ 経理
(ア) 本件パナマ法人名義の通帳（甲４の７ないし１１参照）については、原告の事務所において、原告の経理担当事務員が保管し、本件パナマ法人名義の口座に入金された外貨を原告の外貨口座に移転するなどの入出金行為をしている。すなわち、原告は、本件パナマ法人名義の口座内の金員を排他的に管理支配していた。
(イ) 傭船料収入のうち、傭船者たる会社から本件パナマ法人名義の口座に入金されたものについては、原告の従業員が本件パナマ法人名義の口座の通帳を使用して、原告の外貨口座に移動したり、円転換した上で原告の口座に移動するなどしている。他方、傭船料収入が直接原告の口座に入金されることもあった。したがって、本件パナマ法人には傭船料が全く留保されていない。
他方、弁済資金についても、本件パナマ法人名義の契約や本件パナマ法人あての請求書に係る弁済金を原告が直接弁済したり、本件パナマ法人名義の口座に原告が弁済資金を送金した上で弁済したり、あるいは原告名義の契約につき本件パナマ法人の口座に入金された傭船料収入を原資として弁済を行うなどしている。
ウ 原告と本件パナマ法人との間の取引
本件における原告と本件パナマ法人との間の取引は、租税法の適用前の先決問題であり、これによって設定された私法法律関係は、租税法の否認権行使を可能とする個別の根拠規定がなければ否認できないところ、本件では、原告と本件パナマ法人との間で、外航船舶の所有名義については原告が信託的に本件パナマ法人名義を利用することが合意されている。
便宜置籍船取引自体は原告が行っているが、国外の遠隔地におけるリスク回避や外国人船員によるコスト削減を動機として、上記のような合意がされているのであり、これを前提とすれば、原告と本件パナマ法人間には、信託的名義移転契約ないし信託的名義借り契約が存在する。
エ 被告の主張について
被告は、パナマ船籍の取得や保有という事実が本件パナマ法人の法人としての実体を基礎付けると主張するが、いかなる法人に自国船籍の取得や保有を認めるかは、各国家の政策的判断にゆだねられている。そして、パナマでは、ペーパー・カンパニーによる船籍取得を広く認めている（甲５）。つまり、パナマでは、船籍の取得や保有につき、法人としての実体は要求されていないのである。したがって、上記の点は、本件パナマ法人の実体を基礎付けるものではない。
(4) 所得の帰属について
ア 所得の帰属問題を解決する基準としては、①関係当事者間の関係を私法に拠って決定する方法、②法人税法１１条を適用して利益の享受者を認定する方法（実質所得者課税原則の適用）、③関係当事者間の契約や実働によって決定する方法（契約実働基準説）及び④当事者の中に法人格が形がい化している法人がある場合に法人格否認の法理によって決定する方法があるが、つまるところ、課税の先決的私法法律関係については法律的帰属で判定するというのが通説であり、課税の先決問題として、私法に準拠して真実の私法法律関係によって損益の帰属を決めなければならない。
イ(ア) 外航船運航事業から発生する所得は事業性所得であり、資産性所得ではない。事業性所得は、事業者に帰属するところ、その場合の事業者の判定は、自己の危険と計算において事業を営む者か否かという実質的な基準によるのであり、取引が何人の名義かという形式的な基準によるのではない。
(イ) 前記のとおり、本件パナマ法人には人も物も金もないのであって、経済的実体はなく、便宜置籍船取引は原告の従業員が行っているから、外航船運航事業の事業主体は、あくまで原告であり、それゆえ、そこで発生する損益は原告に帰属する。
ウ 仮に、本件パナマ法人に一応の実体を認めたとしても、前記のとおり、便宜置籍船取引に係る事業は、すべて原告がその危険と計算において遂行しているのであるから、原告こそが事業者である。
すなわち、本件パナマ法人は事業用の資産も資本金も持たず、傭船料も内部に留保していないから、借入れの責任財産はすべて原告が拠出しており、また、原告が責任を負うからこそ金融機関は融資に応じているのであって、本件事業における借入れのリスクは、すべて原告が負担している。船舶の運航から生じるコストも原告が負担しており、さらに、事業に使用される船舶につき保険料を負担しているのは原告であるから、海難事故等のオペレーショナル・リスクもまた、すべて原告が負担している。よって、便宜置籍船取引に係る事業は、すべて原告の危険と負担において行われている。
他方、親会社たる原告の経理担当者は、日常の業務として当然に本件パナマ法人名義の入金を原告に移転している。本件パナマ法人には行動する人もおらず、何ら意思決定を行っていないし、親会社による通帳の使用を阻止する意志も手段も持たない。そうであれば、本件パナマ法人の口座に振り込まれた傭船料は、入金当初から原告の支配的影響下にあり、原告に帰すべきものである。よって、便宜置籍船取引に係る事業は、すべて原告の計算において行われている。
以上より、外航運航事業は、原告の危険と計算において行われているから、原告が事業者である。
エ 仮に、子会社に実体を認めるならば、税法の適用に先立って、親子会社間の法律関係につき明確に認定しなければならない。
例えば、原告と本件パナマ法人との間で作成された覚書（甲７）からすれば、本件における便宜置籍船取引は、原告と本件パナマ法人との間の組合契約に基づく共同事業と認定することができる。外航海運事業という「共同の事業」のために、本件パナマ法人は船舶及び自社の名義を出資する一方、原告は一切の信用と労務を出資している。
本件における原告と本件パナマ法人との関係は、上記の共同事業を基本とし、その条項として、本件パナマ法人から原告への名義貸し及び船舶貸しを含めた組合契約というべきものである。
この場合、組合員たる両社の損益分配の合意（民法６７４条）について、覚書によれば、一切の収入と費用は原告に帰属するとされているので、便宜置籍船取引から生じる損益は、原始的に原告に帰属することとなる。本件パナマ法人に対しては、名義や船舶の提供など、その役割に応じたコストの清算をすることになるが、事業の損益そのものが原告に帰属するのは、動かし難い事実である。なお、同種事件において、上記のような観点から、便宜置籍船取引の事業利益（収益マイナス費用）は親会社に帰属させ、親会社が子会社に一定の利益分配金を支払うという方式による修正申告が課税庁により受け入れられた例もある。
以上のほか、原告と本件パナマ法人との私法上の関係を名義貸し又は船舶貸しとみる構成や、あるいは、本件パナマ法人の法人格を否認するという構成もあり得るが、いずれの構成によっても、損益の帰属についての上記結論は変わらない。
私法取引において、内国親会社は外国子会社を分離独立して事業を行うも、また、外国子会社の名義を借りて行うも自由であり、その選択は私的自治の原則の当然の帰結である。本件における真実は、親会社単独の実働による損益の発生であり、疑念の余地はない。
２ 措置法６６条の６の適用について
(1) 措置法６６条の６の立法目的
措置法６６条の６は、その制定過程によれば、当時、タックス・ヘイブン国に子会社を設立し、その所得を子会社に留保することによって税負担の回避又は軽減が行われていた実態を踏まえ、不当な租税回避及び軽減を防止するために制定された。すなわち、措置法６６条の６は、外国子会社に留保された所得が実質的には内国法人たる親会社に帰属するはずであるという考え方の下、その課税要件を明確にし、課税負担の公平を図るとともに、課税執行の安定を図ることを目的として立法されたものである。
(2) 措置法６６条の６は、前記のとおり、「不当な租税回避及び軽域の防止」を目的とするものであるところ、原告は、外航船運航業を開始して以後、一貫して、本件パナマ法人が実質的には原告の支店としての存在であることを認め、その収益及び費用を原告の収益及び費用として申告しているのであり、そこには何らの租税回避も行われていない。このような場合にまで、措置法６６条の６を適用して課税しなければならない理由はない。
また、措置法６６条の６は、「課税負担の公平を図る」こと及び「課税執行の明確化を図る」ことも目的としていたと考えられるところ、外国支店の場合と同様に、外国子会社の収益及び費用をすべて内国法人に帰属させれば、「課税負担の公平」という立法目的を達成するに必要十分であるとともに、「課税要件の明確化」も容易に達成することができる。
措置法６６条の６の課税要件は、便宜置籍船取引を破壊するために設けられたものではなく、それは、前記の立法目的（子会社に所得を留保している場合に、親会社にその所得部分を加算すること）の範囲で解釈すべきものであるにもかかわらず、措置法６６条の６を本件にまで適用すべく拡大解釈することは、憲法８４条に反するものである。
(3) 措置法６６条の６は、子会社に留保所得があることを課税要件としているというべきところ、この要件の充足の有無を同条のみで決することはできない。
所得の帰属問題を解決する基準としては、①関係当事者間の関係を私法に拠って決定する方法、②法人税法１１条を適用して利益の享受者を認定する方法（実質所得者課税原則の適用）、③関係当事者間の契約や実働によって決定する方法（契約実働基準説）及び④当事者の中に法人格が形がい化している法人がある場合に法人格否認の法理によって決定する方法があるが、つまるところ、課税の先決的私法法律関係については法律的帰属で判定するというのが通説であり、課税の先決問題として、私法に準拠して真実の私法法律関係によって損益の帰属を決めなければならない。本件においては、前記のとおり、原告と本件パナマ法人との間に信託的名義借り契約が存在するのであり、これと取引実体を総合すれば、本件における便宜置籍船取引から生じた所得（収益及び費用）は、親会社である原告に帰属するというべきである。
しかるに、課税要件を規定する措置法６６条の６の規定によって、損益の帰属を判定することは、同条の射程を超えた不当な拡大解釈であり、明白な誤りである。
仮に、そのような拡大解釈が許されるとすれば、措置法６６条の６の立法目的とその課税要件の間には実質的関連性がないこととなり、憲法４１条、８４条及び２９条に違反する。
３ 租税公平主義（憲法１４条及び８４条）違反
(1) 措置法６６条の６の課税要件を拡大することは、船舶の貸付けを業とする海運業者にとって、極めて過酷なものとなっており、他の業種と比較して、租税公平主義の原則に反する。
同条３項は、その括弧書きにおいて、船舶の貸付けを主たる事業とするものを除外しているから、原告のような外航船運航を業とする者には、同項の例外規定の適用の余地もない。
(2) 前記のとおり、便宜置籍船は、日本のみならず、世界的に多く実存するものであって、多くの海運業者には、租税回避等の意図などなく、ただ便宜置籍船を利用する経済的合理性（海損事故による危険回避など）があったにすぎない。それゆえに、国税庁も、合算経理を租税不回避として是認してきた。本件は、便宜置籍船取引の中でも、更に親子会社間で信託的名義借り契約をし、損益帰属を親会社の実働に応じて明確にしたものである。かかる親子会社間の契約の存在と取引実態を否定することはできない。
しかるに、措置法６６条の６が、船舶の貸付けを業とするものすべてに適用され、かつ、収益等の内国法人への直接帰属が認められないとすれば、中小海運業者は、過酷な税負担を余儀なくされ、自由な経済活動を大きく阻害されることになる。
外航船舶の運航には、利益が出ることもあれば損失が出ることもあるところ、措置法６６条の６を適用して合算経理を否定すれば、Ａ子会社で発生した利益は原告の所得として課税対象とされ、Ｂ子会社で発生した損失はパナマ法人に留保され、その損失は、損益通算されずに、５年間の繰越損失としてしか考慮されないこととなるが、そうすると、真実は、上記のとおり、原告がすべての費用を負担しているにもかかわらず、その費用が原告の費用として認められないこととなり、本来であれば生じていない所得に対して課税されることとなってしまう。かかる課税が許されるとすれば、原告のような船主は、常に過大な課税のみにさらされ、損失が発生しても収益から控除できず、便宜置籍船による外航船運航事業を維持していくことができなくなる。
国際運送の運賃は大きく変動し、また、最近の原油高などの費用増大も絶えず発生するから、事業継続には費用控除が必須であり、それによって発生した収益と分離することはできない。
(3) 措置法６６条の６の規定は、船舶の貸付けを業とするものを不平等に取り扱い、それによって、上記のとおり、原告に対して多大な税負担を負わせるものであって、租税公平主義にも違反する。
本件更正処分は、親子会社間の信託的名義借り契約の存在、子会社がペーパー・カンパニーであること及び便宜置籍船の実態を無視し、その結果、収益と費用を分離、切断するもので、明白に違法である。
４ 不利益遡及課税と信義則違反等
(1) 原告は、長年にわたり、パナマ法人名義を利用した外航船運航事業を営んできたのであり、その間、本件パナマ法人の運航収益及び費用すべてを原告に帰属するものとして確定申告を続けてきたところ、課税庁は、これを実態に合った申告であって外国に所得を逃さない行為であるとして、賞賛し容認してきた。原告は、昭和３３年の設立以来、合算経理と合算申告を続けており、何回も税務調査を受けたが、税務署から合算経理、合算申告を否認されたことはない。
このように課税庁は、何十年も極めて長期にわたり単なる名義人である本件パナマ法人の資産等を、原告のそれとして合算経理することを認めながら、突然、本件更正処分において初めて、数年間遡及してその取扱いを変更した。
(2) 前記の便宜置籍船取引の実情からして、合算経理は真実に基づくものであり、それゆえ、国が、全国的に、かつ、長期間にわたり、便宜置籍船取引を行った船主が実態に合わせて合算経理を行うことを容認してきたことも公知の事実である。
(3) 旧措通６６の６－１９が、「内国法人に係る外国関係会社で昭和５３年改正後の措置法第６６条の６の規定を適用した場合には同条に規定する特定外国子会社等に該当することになるものの昭和５３年４月１日前に開始した各事業年度に係る損益を当該内国法人の損益に合算して課税している場合における当該外国関係会社の同日以後開始する各事業年度の損益については、原則として同条の規定を適用するものとする。」とする一方、国税速報第３１４３号７頁「昭和５３年度法人税関係法令の改正等に伴う法人税の取り扱いについて」（国税庁法人税課課長補佐坂元左）は、「その合算課税をしていたすべてについて直ちに措置法６６条の６の規定を適用することは、既往の法人税法第１１条の課税の実態からいって極めて不合理な場合も生じないわけではないと考えられるので、通達では、原則として措置法６６条の６の規定を適用するものとするとの表現がとられており、例外については、個別ケースとして検討されることになろう」としていた。
これは、課税庁が、個別ケースごとに法人税法１１条に基づく課税を認めてきた証左である。組織的処分又は組織的課税通達であり、これに基づく信頼は保護されなければならない。
かかる状況の下で、突然、課税ルールを数年遡及して不利益変更することは、憲法３１条、８４条に違反する。
(4) なお、我が国の企業が世界戦略の中で優位を保つには、自由で公正な市場作りが必要であるところ、予測可能性のない税務行政は、企業活動の大きな阻害要因となる。
最近の大型更正処分は、グレーゾーン（長年不問とされてきた取引や明確な課税根拠がないもの）に対する課税処分であり、不意打ちであり、予測可能性のないものがほとんどである。それにより、納税者は、税務署が課税しようとした取引を止め、これが大きな税源の喪失につながっている。本件のような、長年、問題なしとして行われてきた便宜置籍船取引における合算経理を否認する国税庁の課税方針も、関係会社を国外へ追いやることとなり、大きな法人税収を失わせるものとなっている。
第２ 争点(2)（本件パナマ法人の平成１４年６月期における課税対象留保金額及び本件事業年度における損益の額）関係
被告の主張については争う。
以上
別表１
Ｂ社等の平成１４年６月期の収入及び費用の明細並びに原告の平成１５年６月期の課税対象留保金額（単位：円）
勘定科目
Ｂ社
Ｃ社
Ｄ社
Ｅ社
合計
運賃収
入 1
594,435,416
451,822,073
245,597,042
129,750,000 1,421,604,531
受取利
息 2
357,760
272,171
148,068
77,886
855,885
円換算差
益 3
12,206,487
9,286,275
5,051,967
2,657,393
29,202,122
雑収
入 4
4,706,164
3,580,289
1,947,768
1,024,548
11,258,769
船舶売却
益 5
118,833,152
118,833,152
売上高・営業外収益
・特別利益
計（１～５の計） 6
611,705,827
464,960,808
371,577,997
133,509,827 1,581,754,459
船舶管理委託費 7
113,742,106
86,531,077
47,075,083
24,762,038
272,110,304
通信
費 8
1,932,721
1,470,348
799,906
420,760
4,623,735
減価債却
費 9
221,068,294
176,026,733
179,221,126
157,555,801
733,871,954
船舶保険
科 10
13,419,410
10,209,026
5,553,967
2,921,451
32,103,854
修繕
費 11
18,912,118
14,387,687
7,827,264
4,117,231
45,244,300
燃料
費 12
12,761,226
9,708,302
5,281,560
2,778,162
30,529,250
船具消耗品
費 13
21,675,528
16,489,995
8,970,972
4,718,835
51,855,330
租税公
課 14
3,655,019
2,781,374
1,513,137
795,928
8,746,458
運搬
費 15
448,754
341,396
185,728
97,695
1,073,573
運航経
費 16
4,361,681
3,318,217
1,805,193
949,553
10,434,644
点検管理
費 17
726,831
552,948
300,817
158,233
1,738,829
業務管理
費 18
800,173
608,744
331,172
174,200
1,914,289
支払利息割引料 19
44,147,190
33,585,662
18,271,445
9,610,991
105,615,288
円換算差
損 20
11,584,232
8,812,884
4,794,431
2,521,926
27,713,473
船舶圧縮
損 21
95,000,000
95,000,000
特別償
却 22
554,363,002
554,363,002
販売費及び一般管理費・営業外費用・特別損失
小計（７～2 2 の計） 23
469,236,283
364,824,393
376,931,801
765,945,806 1,976,938,283
差引所得金額（６－23）
142,469,544
100,136,415
△5,353,804 △632,435,979 △395,183,824
繰越欠損金当期控除額 25
19,427,627
未処分所得の金額
(
－
) 26
123,041,917
100,136,415
△5,353,804 △632,435,979
適用対象留保金額
(26－法人所得税の額) 27
123,041,917
100,136,415
原告が保有する株式等の割合 28
100%
100%
100%
100%
留保金額
課税対象留保金額
(
×
) 29
123,041,917
100,136,415
223,178,332
（注）１表中の△印は、マイナス符号である。
（注）２Ｆ社、Ｇ社及びＨ社は、収入及び費用の額、並びに「課税対象留保金額」がともに零円であるため記載を省略した。
別表１付表
Ｂ社等の平成１４年６月期における繰越欠損金
（単位：円）
法人名
事業年度
控除未済欠損金額
当期控除額
翌期繰越額
自平成10年7月1日
至平成11年6月30日
19,427,627
19,427,627
当期発生額
Ｂ社
合計
19,427,627
自平成10年7月1日
至平成11年6月30日
52,909,525
52,909,525
自平成11年7月1日
至平成12年6月30日
25,364,876
25,364,876
自平成12年7月1日
至平成13年6月30日
47,004,457
47,004,457
当期発生額
5,353,804
5,353,804
Ｄ社
合計
130,632,662
自平成12年7月1日
至平成13年6月30日
30,460,678
30,460,678
当期発生額
Ｆ社
合計
30,460,678
自平成11年7月1日
至平成12年6月30日
58,271,045
58,271,045
当期発生額
Ｇ社
合計
58,271,045
自平成10年7月日
至平成11年6月30日
42,681,739
42,681,739
当期発生額
Ｈ社
合計
42,681,739
当期発生額
632,435,979
632,435,979
Ｅ社
合計
632,435,979
（注）Ｃ社は、繰越欠損金の当期控除額及び翌期繰越額が零円のため記載を省略した。別表２（平成１４年６月期の収益の額の明細）
省略
別表３（平成１４年６月期の費用又は損失の額の明細）
省略
別表４（乙８号証の集計）
所属会社
船舶
用船先
船計
会社計
Ｂ社
Ｋ
Ｊ株式会社
594,435,416
594,435,416
Ｃ社
Ｍ
Ｌ株式会社
451,822,073
451,822,073
Ｏ
（注１）
Ｎ株式会社
206,347,042
Ｄ社
Ｒ
Ｑ株式会社
（注２）
39,250,000
245,597,042
Ｅ社
（注３）
Ｓ
Ｑ株式会社
129,750,000
129,750,000
（注１）乙８号証では、「Ｔ」としているが、「Ｏ」が正しい。
（注２）乙８号証では、「Ｘ」としているが、「Ｑ株式会社」が正しい。
（注３）乙８号証では、「Ｓ」の所属会社は「Ｄ社」としているが、「Ｅ社」が正しい。（注４）原処分は上記訂正事項を加味した上でなされており、被告が主張するＢ社等の運賃収入の額を変更するものでない。別表５
原告の損益から控除されるＢ社等の損益の額
（単位：円）
勘定科目
Ｂ社
Ｃ社
Ｄ社
Ｅ社
合計
運賃収
入 1
474,944,520
409,698,829
519,840,000
473,010,000 1,877,493,349
受取利
息 2
83,150
71,647
91,037
82,821
328,655
円換算差
益 3
2,578,081
2,221,430
2,822,643
2,567,891
10,190,045
雑収
入 4
12,000,000
12,000,000
営業収益・営業外収益
計（１～４の計） 5
477,605,751
423,991,906
522,753,680
475,660,712 1,900,012,049
船員管理委託費 6
78,191,278
67,374,303
85,608,632
77,882,221
309,056,434
船舶管理委託費 7
10,255,039
8,836,358
11,227,848
10,214,505
40,533,750
通信
費 8
1,542,374
1,329,002
1,688,685
1,536,277
6,096,338
船舶保険
料 9
17,323,815
14,927,240
18,967,180
17,255,341
68,473,576
修繕
費 10
10,531,783
9,074,817
11,530,845
10,490,155
41,627,600
燃料
費 11
11,920,227
10,271,184
13,050,999
11,873,112
47,115,522
船具消耗品
費 12
18,319,923
15,785,546
20,057,782
18,247,512
72,410,763
租税公
課 13
2,338,571
2,015,054
2,560,412
2,329,328
9,243,365
運搬
具 14
142,106
122,447
155,586
141,544
561,683
運航手数
料 15
4,550,648
4,550,648
運航経
費 16
5,486,045
4,727,106
6,006,462
5,464,361
21,683,974
点検管理
費 17
477,697
411,612
523,012
475,809
1,888,130
減価償却費（船舶） 18
189,676,596
151,030,937
285,976,250
264,812,667
891,496,450
支払利息割引料 19
36,047,301
31,060,520
39,466,807
35,904,821
142,479,449
円換算差
損 20
3,507,880
3,022,601
3,840,644
3,494,015
13,865,140
一般管理費・営業外費用
小計（６～2 0 の計） 21
385,760,635
324,539,375
500,661,144
460,121,668 1,671,082,822
差引金額（５－21）
91,845,116
99,452,531
22,092,536
15,539,044
228,929,227
（注）Ｆ社、Ｇ社及びＨ社は、収入及び費用の額がともに零円であるため記載を省略した。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2010/pdf/11369.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。