税務訴訟資料第２６０号－２０３（順号１１５５９）
大阪地方裁判所平成●●年（○○）第●●号源泉所得税納税告知処分取消等請求事件
国側当事者・国（門真、枚方、宇治、旭税務署長）
平成２２年１１月１８日棄却・確定
判決
（当事者の表示別紙当事者目録記載のとおり）
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
各処分行政庁が平成１９年７月３１日付けでした原告の平成１８年１２月分源泉所得税に係る各納税告知処分（平成２１年１月１３日付け裁決により一部取り消され、同年９月２９日付け及び同月３０日付け訂正決定により一部変更された後のもの）及び各不納付加算税賦課決定処分（上記訂正決定により一部変更された後のもの）を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、学校法人である原告が、その運営していた退職年金制度を廃止したことに伴い、同制度の加入者である原告職員に対し分配金を支払ったところ、各処分行政庁が、当該分配金の一部が加入者の給与所得に該当し、原告には源泉徴収義務があるとして、原告に対し源泉所得税の納税告知処分及び不納付加算税の賦課決定処分をしたことから、原告がこれらの処分（ただし、平成２１年１月１３日付け裁決により一部取り消され、同年９月２９日付け及び同月３０日付け訂正決定により一部変更された後のもの）の取消しを求めた事案である。
１ 前提事実等（事実は、当事者間に争いがないか、掲記の証拠（書証番号には枝番号を含む。以下同じ。）により容易に認められる。）
(1) 適格退職年金契約について
ア 適格退職年金契約とは、退職年金に関する信託、生命保険又は生命共済の契約（平成１４年４月１日前に締結されたものに限る。）で、その契約に係る掛金又は保険料及び給付の額が適正な年金数理に基づいて算定されていることその他の政令で定める要件を備えたものをいう（法人税法（平成１９年法律第６号による改正前のもの。以下同じ。）附則２０条３項。以下、適格退職年金契約を基礎とする退職年金制度を「適格退職年金制度」といい、適格退職年金契約に該当しない契約を基礎とする退職年金制度を「不適格退職年金制度」という。）。
イ 適格退職年金制度は、企業における退職金負担の平準化、雇用の安定、労務管理の円滑化等の理由から社外に資金を準備していた一部の企業について、その拠出された掛金あるいは年金資産の運用に関する税制上の取扱いを明確にするという観点から、昭和３７年の税制改正において創設された企業年金制度であり、掛金に対する課税については、本来であれば掛金がいったん使用人に帰属したことにより給与所得として課税されるべきところ、その際には課税せず、課税の繰延べを認めていたものである（甲５、８、９、乙２）。
ウ 企業が適格退職年金制度を実施するためには、信託会社、生命保険会社又は全国共済農業協同組合連合会の受託機関（以下「信託会社等」という。）とそれぞれ年金信託契約、生命保険契約又は年金共済契約（以下「年金信託契約等」という。）を締結し、それが法人税法施行令（平成１９年政令第８３号による改正前のもの。以下同じ。）附則１６条１項に定める１４の適格要件を満たし、国税庁長官から税制上適格との承認を得なければならないものとされている。同項は、法人税法附則２０条３項に規定する政令で定める要件を備えたものとは、その契約の内容が、事業主がその使用人を受益者として掛金を払い込むこと、受益者のうちに当該契約を締結した事業主である法人の役員等を含まないものであること等の要件に該当するものとして国税庁長官の承認を受けた退職年金に関する信託等の契約である旨規定している。
エ 適格退職年金制度に係る関係規定は、その締結した年金信託契約等について適格退職年金であることの承認を受けて初めて適用される（法人税法附則２０条３項、法人税法施行令附則１６条１項）こととされ、この承認を受けようとする場合には、信託会社等は、当該契約の相手方である事業主の氏名又は名称その他財務省令で定める事項を記載した申請書に、当該契約の契約書の写し等を添付して、これを国税庁長官に提出しなければならないこととされている（法人税法施行令附則１７条１項）。
オ 不適格退職年金制度に関する信託の契約に基づいてその受益者とされた使用人のために支出した掛金で、当該掛金を支出した事業を営む個人又は法人の所得の金額の計算上必要経費又は損金の額に算入されるものは、当該使用人の給与所得に係る収入金額に含まれるものとされている（所得税法施行令（平成１９年政令第８２号による改正前のもの。以下同じ。）６５条１項２号）。
カ 適格退職年金制度は、確定給付企業年金法の制定に伴い、平成２４年３月３１日までの経過措置を定めた上で平成１４年３月３１日に廃止された。
(2) 原告の運営していた退職年金制度
ア 原告は、教育基本法及び学校教育法に従い医科大学その他の教育施設を設置することを目的とした学校法人であり、大学本部のほかＡ大学教養部、Ａ大学附属Ｂ病院、同Ｃ病院、同Ｄ病院及び同看護専門学校を設置し、各職員の給与に係る支払事務をそれぞれの病院等で行い、それ以外の職員の給与に係る支払事務を大学の本部で行っている（争いなし）。
イ 原告は、退職した職員又はその遺族に対し、年金又は一時金の給付を行い、退職後の生活の安定を図ることを目的として、Ａ大学給与規程に基づく退職金制度及び私立学校教職員共済法に基づく年金制度とは別に、「学校法人Ａ大学共済退職金（年金及び一時金）規約」（昭和４３年２月１日施行、平成１５年８月１日最終改訂。以下「本件規約」という。）を制定して退職年金制度（以下「本件退職年金制度」という。）を設けた（乙２）。
ウ 本件規約の概要は、次のとおりである。
(ア) 原告の職員は、その旨を申し出ることにより、加入者となり、本件規約の適用を受けることができる（２条）。
(イ) 給付の種類は、退職年金若しくは遺族年金又は退職一時金若しくは遺族一時金の４種類とする（３条）。
(ウ) 加入者及び原告は、本件規約による給付の財源に充てるため、通常の拠出金として、加入者の加入の月から退職又は死亡の月まで、原告は毎月加入者の基本給に１．１％を乗じた額を、加入者は同じく１．０％を乗じた額を、それぞれ共同で拠出する（１１条、１２条。以下、原告が拠出する拠出金を「原告拠出金」といい、加入者が拠出する拠出金を「加入者拠出金」という。）。
エ 原告は、昭和４３年２月２８日、株式会社Ｆ銀行（現株式会社Ｅ銀行）ほか２行（これらを併せて「Ｅ銀行等」という。）との間で、原告を委託者とし、Ｅ銀行等を共同受託者として、委託者である原告が本件規約に基づきその職員に年金及び一時金を支給するために必要な拠出金を共同受託者であるＥ銀行等に信託することを約する旨の指定金銭信託契約（以下「本件信託契約」という。）及び本件信託契約の実施細目に係る指定金銭信託契約附属協定を締結した。
本件信託契約の概要は、次のとおりである。
(ア) 信託の元本及び収益の受益者は、委託者である原告とする（３条）。
(イ) 委託者である原告が、本件規約に基づきその職員に対し年金又は一時金を支給しようとするときは、共同受託者であるＥ銀行等は、受益者である原告に信託金の一部を支払う（７条）。
(ウ) 委託者である原告は、やむを得ない事情が生じたときは、共同受託者であるＥ銀行等に対する６０日前の予告により本件信託契約を解除することができる（１３条）。
(エ) 信託が終了したときは、共同受託者であるＥ銀行等は、最終計算書を作り、受益者である原告の承認を得た上で、信託財産を受益者である原告に金銭で支払う（１５条１項）。（以上につき、乙４、５）
オ 本件信託契約は、法人税法附則２０条３項、法人税法施行令附則１６条１項が規定する国税庁長官の承認を受けておらず、適格退職年金契約に該当しない（争いなし）。
(3) 本件退職年金制度の廃止と加入者に対する分配金の支払
ア 本件退職年金制度は平成１８年９月３０日に廃止され、それに伴い、原告及びＥ銀行等は、同年１２月２０日、本件信託契約を解除した。
イ 原告は、平成１８年１２月２０日、Ｅ銀行等から信託終了時の信託財産相当額２６億４７５７万３３７２円（以下「本件信託解約金」という。）を受領するとともに、同日又は翌２１日、本件信託解約金を原資とした本件退職年金制度の廃止に伴う分配金として、本件退職年金制度の加入者のうち既に原告を退職している者に対し合計２億２３７６万３６１２円を、原告の職員である者に対し合計２４億２３６９万８８３２円を、それぞれ支払い、その残余である１１万０９２８円は未払分として原告が保管した。
（以上ア、イにつき、争いがない。）
(4) 課税処分の経緯等
ア 原告の大学本部及び病院等の各施設の所在地を管轄する各処分行政庁は、原告の職員である者に対して支払われた合計２４億２３６９万８８３２円の分配金のうち加入者拠出金（前記(2)ウ(ウ)）の累計額に相当する部分を除いた部分（以下「本件分配金」という。）が加入者の給与所得に該当するとして、平成１９年７月３１日付けで、原告に対し、別表「課税の経緯（源泉所得税）」の「本件告知処分等」欄のとおり、原告の平成１８年１２月分源泉所得税に係る各納税告知処分及び各不納付加算税賦課決定処分（本税額合計２億４９９６万２１７５円、不納付加算税合計額２４９９万３０００円、合計２億７４９５万５１７５円。）を行い、原告は、同年８月３日、上記各処分の内容に従い、２億７４９５万５１７５円を納付した。
イ 原告は、上記各処分を不服として、平成１９年９月２６日付けで異議申立てをしたところ、各処分行政庁のうち宇治税務署長は同年１２月２０日付け、門真税務署長、枚方税務署長及び旭税務署長は同月２１日付けで、それぞれ申立てを棄却する旨の決定をした。
ウ 原告は、上記異議決定を不服として、平成２０年１月２２日付けで審査請求をしたが、国税不服審判所長は、平成２１年１月１３日付けで別表「課税の経緯（源泉所得税）」の「裁決」欄のとおり、門真税務署長のした納税告知処分の一部を取り消す旨の裁決をし、原告は、これに伴い、同年２月１０日、被告から７９２円の還付を受けた。
（以上アからウまでにつき、当事者間に争いがない。）
エ 原告は、平成２１年４月２４日、上記裁決により一部取り消された後の前記アの各処分になお不服があるとして、本件訴えを提起した（顕著な事実）。
オ 各処分行政庁のうち門真税務署長、枚方税務署長及び宇治税務署長は、別表「課税の経緯（源泉所得税）」の「本件告知処分等」欄（△印）のとおり、平成２１年９月２９日付け及び同月３０日付け訂正決定により前記アの各処分の一部を変更した（以下、裁決及び訂正決定により一部取消し・変更がされた後の前記アの各納税告知処分、各不納付加算税賦課決定処分を、それぞれ「本件納税告知処分」、「本件賦課決定処分」といい、両者を併せて「本件課税処分」という。）（乙８）。
２ 被告の主張する本件課税処分の根拠
(1) 本件納税告知処分の根拠
ア 本件分配金の給与所得該当性
所得税法（平成１９年法律第６号による改正前のもの。以下同じ。）２８条１項の規定する給与所得の本質は、非独立的・従属的な役務提供の対価であるという点にあり、この場合の対価は、雇用契約等に基づく反対給付（取締役委任契約に基づく報酬、雇用契約に基づく給料等）に限定されるものではないから、従業員等の地位に基づいて支給されるものである限り、労務の対価としての性質を有し、給与所得に該当するものと解される。
ところで、原告の職員である者に対して支払われた合計２４億２３６９万８８３２円の分配金のうち加入者拠出金の累計額に相当する部分は、加入者が給与を支給される際にその基本給の１．０％を天引きされていたものであるから、原告が加入者から預かっていたものを返還したものにすぎず、そもそも所得税法３６条１項に規定するその年分の各種所得の金額の計算上収入金額とすべき金額に含まれないが、加入者拠出金の累計額に相当する部分を除いた部分（本件分配金）は、受益者である原告が共同受託者であるＥ銀行等から本件信託解約金を受領し、これを原資として原告から加入者に対して支払われたものであって、原告に帰属していたものが加入者に移転していることから、同項に規定するその年分の各種所得の金額の計算上収入金額とすべき金額に含まれる。
そして、本件分配金は、原告の職員としての地位に基づいて、その在職中の労務の対価として原告から支給されたものということができるから、給与所得に該当するというべきである。
イ 原告の源泉徴収義務
居住者に対し国内において所得税法２８条１項（給与所得）に規定する給与等の支払をする者は、その支払の際、その給与等について所得税を徴収し、その徴収の日の属する月の翌月１０日までに、これを国に納付しなければならず（同法１８３条１項）、このことは、支払われた金員が給与等に該当する限り、いかなる趣旨で支払ったかといった支払者の主観的意思とかかわりなく決せられるべき事柄であるから、支払者である原告は、本件分配金について所得税を源泉徴収すべき義務を負う。
(2) 本件賦課決定処分の根拠
源泉徴収による国税がその法定納期限までに完納されなかった場合には、税務署長は、当該納税者から、源泉徴収による国税の納税の告知に係る税額に１００分の１０の割合を乗じて計算した金額に相当する不納付加算税を徴収するとされている（国税通則法（平成１９年法律第６号による改正前のもの。以下「通則法」という。）６７条１項）ところ、原告は、本件分配金が給与所得に該当し、源泉所得税の徴収・納税義務を負っていたにもかかわらず、法定納期限を経過してもその義務を履行しなかったのであるから、通則法６７条１項本文に基づき、不納付加算税を徴収される。
そして、不納付加算税の額は、本件納税告知処分によって原告が納付すべき所得税の額（別表「課税の経緯（源泉所得税）」の「本件告知処分等」欄の「本税額」欄に記載されたものであり、国税不服審判所長の裁決によって一部取り消され、門真税務署長、枚方税務署長及び宇治税務署長の訂正決定によって一部変更された後のものである。）から１万円未満の端数を切り捨てた金額（通則法１１８条３項）に１００分の１０の割合を乗じた金額が不納付加算税の額（同別表の「本件告知処分等」欄の「不納付加算税額」欄に記載されたものであり、門真税務署長及び枚方税務署長の訂正決定によって一部変更された後のものである。）であるから、本件賦課決定処分は適法である。
３ 本件の争点は、本件分配金が給与所得に該当するかであり、争点に関する当事者の主張は、以下のとおりである。
(1) 原告の主張
ア 本件分配金は、加入者の労務の対価ではないから、給与所得に該当しない。
給与所得とは、雇用関係又はそれに類する関係において使用者の指揮命令の下に提供される労務の対価を指すところ、本件分配金は、加入者のために積み立てられた信託財産が、本件退職年金制度の廃止に伴い、一時金の形で加入者に分配されることとなったものであり、これが解約時における加入者の原告に対する労務の対価としての性質を有しないことは明らかである。
また、本件退職年金制度に加入するか否かは、従業員の任意の判断によるところ、労務の対価としての給与は、本件退職年金制度の加入者であるか非加入者であるかを問わず、その基本給等として支払われたものがすべてであり、原告が加入者のために負担した月額基本給の１．１％相当額は、本来の労務の対価とは別のものである。このように任意加入を前提とする本件退職年金制度の廃止に伴って支払われた本件分配金は、本件退職年金制度の加入者であることに基づいて支給されたものであって、雇用契約に基づく労務の対価として支払われたものとはいえない。
さらに、本件分配金には加入者拠出金の運用益も含まれているが、これは原告が加入者から預かった金員の運用によって生じた利益であるから、加入者との雇用関係に基づく労務の対価であるはずはない。
イ 仮に原告が加入者のために負担した月額基本給の１．１％相当額が基本給の上乗せ、すなわち、当月における労務の対価として給与所得に該当するとしても、所得税法が永年にわたる賃金の一部の後払である退職金について給与所得とは別に退職所得という所得区分を設け、その所得を平準化した課税制度を採用していることにかんがみると、上記金額について、その月々において課税せず、分配時に一時に課税することは、過去の労務の対価を給与所得ととらえる点において、現行の所得税制度においてはおよそ成り立ち得ない取扱いというべきである。
また、本件退職年金制度が不適格退職年金制度であることを前提とすれば、原告拠出金については、所得税法施行令６５条１項２号により、掛金の拠出時において給与所得として課税されるべきものであり、分配時に給与所得として課税することはできないというべきである。この点について、被告は、本件信託契約において受益者が原告とされていることから同号が適用される余地はないと主張する。しかし、本件信託契約においては、信託財産はＥ銀行等によって加入者ごとに区別して管理・運用され、また、年金や一時金を給付する際も、原告は給付事由が生じたことをＥ銀行等に届け出るのみで、当該届出を受けたＥ銀行等が年金や一時金の額を計算し、各加入者に対し直接その給付を行っていたものであり、これらについて原告が関与することはなかった。このような本件退職年金制度の実態にかんがみれば、信託財産についての権利は掛金の拠出時点で加入者に移転していたものとみるべきであり、契約上は原告が受益者とされているとしても、実質的には加入者に受益権が帰属しているとみるべきである。
ウ 本件分配金は、営利を目的とする継続的行為から生じた所得ではなく、労務その他の役務又は資産の譲渡の対価としての性質を有しない一時の所得であるから、給与所得ではなく、一時所得に該当する。
一般に、適格退職年金の廃止に伴い加入者に対して支払われる一時金は、一時所得に該当するものとされているところ、このような扱いがされる根拠は、このような一時金は外部拠出型の退職金制度から支払われたものであり、給与としての性質を有しないことにある。不適格退職年金制度の解散に伴い加入者に対し支払われる一時金も、外部拠出型の退職金制度から支払われるものであり、雇用関係に基づく労務の対価として支払われたものではないから、一時所得であると解される。
被告は、適格退職年金制度の廃止に伴い支払われる一時金が一時所得として取り扱われることを認める一方で、本件退職年金制度は、国税庁長官の承認を受けていない不適格退職年金制度であるから、本件分配金を適格退職年金制度と同様に取り扱うことはできないなどとし、その理由として、本件信託契約上の受益者が原告であり、その解除により生じた本件信託解約金を原資として原告が加入者に本件分配金を支払ったのであるから、本件分配金は給与所得と認めるのが相当であると主張する。
しかしながら、本件信託契約における管理・運用の実情、本件退職年金制度の実態から、実質的には加入者に受益権が帰属しているとみるべきことは前記イのとおりであるから、被告の主張には理由がない。
エ 本件分配金を受領した加入者らは、これを一時所得として申告している。原告に源泉所得税が課税されれば、本件分配金に二重に課税がされる結果となるのであって、この意味からも本件課税処分は許されない。
(2) 被告の反論
ア 本件分配金が所得税法の規定する所得区分のうちの給与所得に該当することは、前記２(1)アのとおりであり、本件分配金が給与取得に該当しない旨をいう原告の主張はいずれも争う。
イ 一時所得とは、利子所得、配当所得、不動産所得、事業所得、給与所得、退職所得、山林所得及び譲渡所得以外の所得のうち、営利を目的とする継続的行為から生じた所得以外の一時の所得で労務その他の役務又は資産の譲渡の対価としての性質を有しないものをいう（所得税法３４条１項）ところ、本件分配金が給与所得に該当することは上記アのとおりであり、本件分配金は、所得税法の規定する所得区分のうちの一時所得に該当しない。
ウ 現行の源泉徴収制度の下では、国と直接に法律関係を有するのは支払者のみであり、受給者は制度上も法律上も国と直接の関係に立つものではないから、支払者の源泉所得税の納税義務と受給者の所得税納税義務とは法律上全く無関係である。したがって、本件分配金について加入者が一時所得として確定申告をしているとしても、本件納税告知処分は二重の課税に当たらない。
第３ 争点に対する判断
１ 本件分配金の給与所得該当性及び収入すべき時期について
(1) 所得税法の定める給与所得とは、俸給、給料、賃金、歳費及び賞与並びにこれらの性質を有する給与に係る所得をいい（同法２８条１項）、勤労性所得（人的役務からの所得）のうち、雇用関係又はそれに類する関係において使用者の指揮・命令の下に提供される労務の対価としての性質を有する経済的利益を広く含むものと解するのが相当である。
このように解する限り、企業が従業員のために拠出する年金の掛金等もその性質上本来は給与所得に含まれることとなるが、確定拠出年金制度（企業型）に基づく企業拠出年金並びに適格退職年金契約及び確定給付企業年金制度に基づく企業拠出掛金は、法令の定めるところにより、特に給与所得としての課税の対象から除かれているものである（所得税法施行令６４条）。また、このように解することは、所得税法施行令６５条１項２号が、事業を営む個人又は法人が適格退職年金契約に該当しない退職年金に関する信託契約に基づいてその受益者とされた使用人のために支出した掛金（当該使用人が負担した金額に相当する部分の掛金を除く。）で、当該個人又は法人の所得の金額の計算上必要経費又は損金の額に算入されるものは、当該使用人に対する給与所得に係る収入金額に含まれるものとして整理していることとも整合する。
そして、前記前提事実等（第２の１）(2)、(3)のとおり、本件分配金は、従業員の退職年金等の給付のために積み立てられることを目的として定められた本件規約に基づいて支払われたものであり、雇用関係ないし勤務関係を基礎とし、従業員の過去の労務提供がなければ支払われることのない金員であるから、労務の対価としての性質を有していることは否定できないというべきである。
(2) 原告は、本件分配金が労務の対価であることを争い、本件退職年金制度において積み立てられた信託財産が上記制度の廃止に伴い一時金の形で加入者に分配されるものであることや、本件退職年金制度が任意加入とされていることを指摘するが、これらの点は本件分配金が労務の対価としての性質を有していることと必ずしも矛盾しない。
さらに、原告は、信託拠出金の運用益のうち加入者拠出金に係るものは、原告が加入者から預かった金員の運用によって生じた利益であるから、これが加入者との雇用関係に基づく労務の対価であるはずはないとも主張する。しかし、本件信託契約においては、原告を受益者と定めた上で、原告拠出金と加入者拠出金とをＥ銀行等に信託しているものであるところ（前記前提事実等(2)ウ、エ）、Ｅ銀行等が原告に対してする信託財産の運用報告（乙７）によれば、信託財産の運用益については原告拠出金に対応する部分と加入者拠出金に対応する部分とを区分して計算ないし管理されていなかったことが認められる。そうすると、これらは一体として受益者である原告に帰属しており、本件退職年金制度の廃止に伴い本件信託解約金を原資として原告から加入者らに支払われたものということができるから、雇用関係ないし勤務関係を基礎とし、従業員の過去の労務提供がなければ支払われることのなかった金員であるといえ、労務の対価であることを否定することはできないというべきである。
(3) 原告は、毎月の掛金拠出時に原告が従業員に対して負担した金額（月額基本給に１．１％を乗じた金額）が、基本給の上乗せ、すなわち、掛金を拠出した月における労務の対価としての給与所得に該当するとしても、上記金額についてその月々において課税せず分配時に一時に課税することは、所得税法が永年にわたる賃金の一部の後払である退職金について給与所得とは別に退職所得という所得区分を設け、その所得を平準化した課税制度を採用しているにもかかわらず、過去の労務の対価を給与所得ととらえる点において、現行の所得税制度においてはおよそ成り立ち得ない取扱いであるとも主張し、その課税の時期を問題とする。
しかしながら、所得税法は、退職手当、一時恩給その他の退職により一時に受ける給与及びこれらの性質を有する給与に係る所得をもって退職所得であるとし（同法３０条１項）、確定給付企業年金法（平成１３年法律第５０号）の規定に基づいて支給を受ける一時金で同法２５条１項に規定する加入者の退職により支払われるものその他これに類する一時金として政令で定めるものは、所得税法３０条１項に規定する退職手当等とみなすものとし（同法３１条３号）、所得税法施行令は、同号に規定する政令で定める一時金（これに類する給付を含む。）として、法人税法附則２０条３項に規定する適格退職年金契約に基づいて支給を受ける一時金で、その一時金が支給される基因となった勤務をした者の退職により支払われるもの（当該契約に基づいて払い込まれた掛金又は保険料のうちに当該勤務をした者の負担した金額がある場合には、その一時金の額から負担した金額を控除した金額に相当する部分に限る。）を掲げている（所得税法施行令７２条２項４号）。このように、年金契約に基づいて支給を受ける一時金に関しても、所得税法及び所得税法施行令が退職所得に該当する所得を限定して規定していること、他方、給与所得に区分される所得が、給付時又はこれと近接する時期に提供された労務の対価に限られ、過去に提供された労務の対価が含まれないとする根拠も見当たらないことにかんがみれば、毎月の掛金拠出時に原告が従業員に対して負担した金額（月額基本給に１．１％を乗じた金額）についてその月々において課税せず分配時に一時に課税することをもって、給与所得とは別に退職所得という所得区分を設けている所得税法の趣旨に反するとまではいえない。
(4) 原告は、本件退職年金制度は不適格退職年金制度であるから、所得税法施行令６５条１項２号によれば、原告拠出金は掛金の拠出時において給与所得として課税されるべきものであり、分配時に給与所得として課税する余地はないとも主張する。
しかしながら、所得税法施行令６５条１項２号は、事業を営む個人又は法人が支出した適格退職年金契約に該当しない退職年金に関する信託契約に基づいてその受益者とされた使用人のために支出した掛金（当該使用人が負担した金額に相当する部分の掛金を除く。）で、当該個人又は法人の所得の金額の計算上必要経費又は損金の額に算入されるものは、当該使用人に対する給与所得に係る収入金額に含まれると規定しているところ、本件信託契約においては、受益者が原告とされているから（前記前提事実等(2)エ(ア)）、退職年金に関する信託契約において受益者を使用人とすることを前提とする所得税法施行令６５条１項２号が適用されることはない。また、本件規約に基づく年金等に関する加入者の受益権は、加入者の退職又は死亡という事実に基づき発生するものであって、原告拠出金が拠出された時点においては、いまだ加入者に退職等の事実が生じていないから、加入者に受益権は発生しておらず、原告拠出金に係る信託財産が加入者に移転していないものとみるほかない。
この点について原告は、本件信託契約において、信託財産はＥ銀行等によって加入者ごとに区別して管理・運用され、また、年金や一時金を給付する際も、原告は給付事由が生じたことをＥ銀行等に届け出るのみで、当該届出を受けたＥ銀行等が年金や一時金の額を計算し、各加入者に対し直接その給付を行っており、これらについて原告が関与することはなかったこと等を根拠に、本件信託契約の受益権は加入者に帰属していたと主張する。しかし、受益権の帰属は本件信託契約において明定されており、Ｅ銀行等が加入者に対する給付を直接行っていた点についても、原告が給付の事務をＥ銀行等に委託していたにすぎないものであるから（乙５）、原告主張の事情があったからといって、受益権が加入者に帰属するものと解することはできない。
以上によれば、原告拠出金について、それが拠出された時点の属する年分に係る加入者の給与所得であるとして課税することはできず、原告の主張は理由がない。
(5) 原告は、本件分配金が一時所得に該当すると主張する。しかし、一時所得とは、給与所得等以外の所得のうち、営利を目的とする継続的行為から生じた所得以外の一時の所得で労務その他の役務又は資産の譲渡の対価としての性質を有しないものをいう（所得税法３４条１項）のであって、本件分配金が給与所得に該当し、かつ、労務の対価としての性質を有するものであることは既に述べたとおりであるから、これを一時所得に該当するとみることはできない。
原告は、上記(4)で述べた信託財産の管理・運用の実情や加入者に対する給付事務をＥ銀行等が行っていたこと、本件退職年金制度についてＥ銀行等も「適格退職年金」と呼称していたこと等を指摘し、本件退職年金制度が適格退職年金制度と同様に運用されてきたと主張した上、適格退職年金制度の廃止に伴い支払われる一時金が一時所得として取り扱われていることとの権衡からも、本件分配金が一時所得として取り扱われるべきであると主張するようである。
しかしながら、その経緯や理由は必ずしも明らかでないものの、本件信託契約は、法人税法附則２０条３項、法人税法施行令附則１６条が規定する国税庁長官の承認を受けず適格退職年金契約とされなかったものであり、本件退職年金制度の管理・運用の実情や適格退職年金制度の廃止に伴い支払われる一時金の所得区分の取扱いが上記のとおりあったとしても、そのことから直ちに本件分配金を一時所得として扱うべきであるとはいえない。すなわち、適格退職年金契約の下では、事業主がその使用人を受益者として掛金を払い込むことが要件とされているのであって（前記前提事実等(1)ウ）、その受益権は当該使用人に帰属しており、制度の廃止に伴って受託者から受益者に一時金が支払われたとしても、これをもって事業主からその使用人に対し労務の対価としての性質を有する経済的利益が提供されたものとみる余地はなく、上記(4)で判断したとおり、受益権が原告に帰属する本件退職年金制度が廃止された場合と同列に扱うべきものとはいえない。したがって、原告の主張は採用できない。
(6) 以上によれば、本件分配金は、雇用契約又はこれに類する原因に基づき提供された非独立的な労務の対価であって、所得税法２８条１項所定の給与所得に当たるというべきである。また、給付の行われた平成１８年１２月の属する平成１８年において収入すべきものであって、原告はこれを支払った際、源泉所得税を徴収し、納付する義務を負うというべきである。
２ 二重の課税であるとの主張について
(1) 居住者に対し国内において所得税法２８条１項に規定する給与等の支払がされるときは、支払者は、法令の定めるところに従って所得税を徴収して国に納付する義務を負う（同法１８３条１項）。源泉徴収義務者である支払者の納税義務は、上記支払の時に成立し、その成立と同時に特別の手続を要しないで納付すべき税額が確定する（通則法１５条２項２号、３項２号）。
(2) 源泉徴収義務者である支払者が法定納期限までに所定の税額を納付しないときは、税務署長は、その支払者に対し、当該所得の支払と同時に確定した税額を示して納税の告知（通則法３６条）をし、徴収を行う。
なお、納税の告知は、税務署長が既に税額の確定した国税債権である当該源泉徴収に係る所得税の額について、納期限を指定して納税義務者に履行を請求する行為（徴収処分）にすぎず、源泉徴収に係る所得税の額を確定する行為（課税処分）ではない。
支払者が源泉徴収をしなかった場合において、源泉徴収税額を納税の告知により徴収され又は期限後に納付したときは、支払者は、受給者に対し、その税額に相当する金額を事後の支払分から控除するか、又は上記金額を求償することができる（所得税法２２２条）ところ、源泉徴収税額の納税の告知は、受給者の源泉納税義務（支払者による源泉徴収を受忍すべき義務をいう。以下同じ。）の存否・範囲にはいかなる影響も及ぼさないから、受給者は、源泉徴収による所得税を徴収され又は期限後に納付した支払者からその税額に相当する金額を請求されたときには、自己の源泉納税義務の存否又はその範囲を争って、支払者の請求の全部又は一部を拒むことができる。支払者が上記徴収又は納付の時以降において受給者に支払うべき金額から上記税額相当額を控除したときは、その全部又は一部につき源泉納税義務のないことを主張する受給者は、支払者において法律上許されない控除をし、その残額のみを支払ったのは債務の一部不履行であるとして、当該控除額に相当する債務の履行を請求することができる。
(3) このような源泉徴収制度の仕組みにおいては、国と直接に法律関係を有するのは支払者のみであり、受給者は、制度上も法律上も国と直接の関係に立つものではないから、源泉徴収義務者である支払者の源泉所得税に係る納税義務と受給者の申告所得税の納税義務とは、別個・独立のものとして成立・確定し、かつ、並存するものである。
（以上(1)から(3)までにつき、最高裁判所昭和４５年１２月２４日第一小法廷判決・民集２４巻１３号２２４３頁、同裁判所平成４年２月１８日第三小法廷判決・民集４６巻２号７７頁参照）
(4) 上でみた源泉徴収制度の仕組み及び支払者の源泉所得税に係る納税義務と加入者の申告所得税に係る納税義務との関係にかんがみれば、本件分配金の支払と同時に成立し、確定した原告の源泉所得税に係る納税義務が加入者の一時所得の申告の存否等に影響されることはなく、また、本件納税告知処分に関して、加入者が原告から所得税法２２２条の規定による求償権の行使を受け、これを拒んで争うとしても、それは原告と加入者との争いであって、原告の源泉所得税に係る納税義務の成立及び確定には影響を及ぼさないこととなるし、本件分配金が所得税法２８条１項の給与所得に該当する限り、本件分配金について加入者が一時所得として確定申告をしていることをもって、本件納税告知処分により二重に課税が行われると評価する余地はない。これと異なる旨をいう原告の主張は採用することができない。
(5) なお、証拠（甲６、１８）及び弁論の全趣旨によれば、被告は、原告が本件退職年金制度を廃止するに当たって、原告から本件分配金の課税の取扱いに関する照会を受け、これに対し給与所得に該当する旨回答するとともに、本件納税告知処分を行うに当たり、一時所得として確定申告をしている加入者については、原告の主張するような二重の納税を回避するために、原告から加入者に対して更正の請求の手続をとるよう周知してほしい旨説明していたことが認められる。そうであるとすれば、本件分配金について原告の源泉所得税の納税義務と加入者の申告所得税の納税義務とが並存する状況を処分行政庁が積極的に作出したということもできない。
３ 結論
以上のとおりであるから、原告の納付すべき本税額及び不納付加算税の額は、別表「課税の経緯（源泉所得税）」の「本件告知処分等」欄（同「裁決」欄のとおり一部取り消され、△印の額に一部変更されたもの）のとおりであり、本件課税処分は適法である。
よって、原告の請求はいずれも理由がないから棄却することとし、主文のとおり判決する。大阪地方裁判所第７民事部
裁判長裁判官奩田徹
裁判官小林康彦
裁判官五十部隆
（別紙）
当事者目録
原告学校法人Ａ大学
同代表者理事長甲
同訴訟代理人弁護士水野武夫
同三木義一
同元氏成保
同嶋本敦
同清水正憲
同清水諒
被告国
同代表者法務大臣柳田稔
処分行政庁門真税務署長
亀田徹
同枚方税務署長
大井田博
同宇治税務署長
田中耕平
同旭税務署長
土下美喜夫
同指定代理人平井優子
同松帆芳和
同米澤信哉
同新屋ひとみ
同杉本則章
同福田ちひろ
以上
別表
課税の経緯（源泉所得税）
（単位：円）
原処分庁
事務所
区分
本件各告知処分等
（当初：平成19年７月3
1日、訂正：平成21年９
月29及び30日）
異議申立て
（平成19年９月26日）
異議決定
（平成19年12月21日、
ただし、宇治税務署長
は、平成19年12月20日）
審査請求
（平成20年１月22日）
裁決
（平成21年１月13日）
本税額
44,645,734
棄却
44,644,942
学校法人
Ａ大学
不納付加算税額
4,464,000
棄却
棄却
本税額
104,631,423
△10,100
棄却
棄却
門真
税務署長学校法人
Ａ大学附属Ｄ
病院
不納付加算税額
10,463,000
△1,000
棄却
棄却
本税額
5,504,500
棄却
棄却
学校法人
Ａ大学教養部不納付加算税額
550,000
棄却
棄却
本税額
61,584,418
△9,100
棄却
棄却
枚方
税務署長
Ａ大学附属Ｂ
病院
不納付加算税額
6,158,000
△1,000
棄却
棄却
本税額
29,097,700
△1,000
棄却
棄却
宇治
税務署長
学校法人
Ａ大学附属Ｃ
病院
不納付加算税額
2,909,000
棄却
棄却
本税額
4,498,400
棄却
棄却
旭
税務署長
Ａ大学附属看
護専門学校
不納付加算税額
449,000
棄却
棄却
本税額
249,962,175
△20,200
棄却
249,961,383
合計
不納付加算税額
24,993,000
△2,000
棄却
棄却
注：「本件各告知処分等」の欄の「△」は、平成２１年９月２９日又は同月３０日に減額された金額である。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2010/pdf/11559.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。