税務訴訟資料第２６１号－１１（順号１１６０１）
津地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（上野税務署長）
平成２３年１月２７日棄却・確定
判決
原告Ａ株式会社
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士石井義人
同石田大輔
同林健太郎
同岡田健一
同補佐人税理士伊藤央
同疋田実
被告国
同代表者法務大臣江田五月
処分行政庁上野税務署長大林弘行
被告指定代理人本松智
同坂上公利
同渡邊英生
同鈴木英嗣
同岡本真佐之
同加藤伸也
同宮﨑清幸
同山田昌寛
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
処分行政庁が原告に対し平成１９年６月１８日付けでした平成１５年５月１日から平成１６年４月３０日までの事業年度分の法人税の更正処分のうち所得金額３１２３万６３５７円、納付すべき税額８４６万２６００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要
１ 本件は、産業廃棄物処理業を営む原告が、平成１５年５月１日から平成１６年４月３０日までの事業年度（以下「本件事業年度」という。）の法人税の確定申告及び修正申告をしたところ、同修正申告は、原告が平成１０年４月に原告Ｂ事業所内で取得した産業廃棄物焼却施設（以下「本件施設」という。）について、法令上損金に算入できる減価償却費限度額を超えて損金に算入するなどした過少申告であるなどとして、更正処分（以下「本件更正処分」という。）及び過少申告加算税賦課決定処分（以下「本件賦課決定処分」といい、上記両処分を併せて「本件各処分」という。）を受けたことから、本件各処分には、①本件施設のうち減価償却資産である機械及び装置を一体として１個の減価償却資産として扱い、②そのすべてについて耐用年数を７年とし、かつ、③特別償却が認められるべきであるのに、減価償却の対象となる機械及び装置を過度に細分化して評価した上で、より長期の耐用年数を適用し、その一部について特別償却を否定した違法があるなどとして、被告に対し、本件更正処分のうち、上記①ないし③を前提として算出した所得金額に対応する法人税額を超える部分及び本件賦課決定処分の各取消しを求める事案である。
２ 法令等の定め
(1) 減価償却に関する規定
ア 法人税法（平成１９年法律第６号による改正前のもの。以下同じ。）２条２３号は、減価償却資産とは、建物、構築物、機械及び装置、船舶、車両及び運搬具、工具、器具及び備品、鉱業権その他の資産で償却すべきものとして政令で定めるものをいうと規定し、これを受けて法人税法施行令（以下「令」ということがある。）１３条は、政令で定める減価償却資産として、棚卸資産、有価証券及び繰延資産以外の資産のうち、１号において建物及びその附属設備（暖冷房設備、照明設備、通風設備、昇降機その他建物に附属する設備）を、２号において構築物（ドック、橋、岸壁、さん橋、軌道、貯水池、坑道、煙突その他土地に定着する土木設備又は工作物）を、３号において機械及び装置を、４号において船舶を、５号ないし９号において他の資産をそれぞれ定めている。
イ 内国法人が、各事業年度終了の時において有する減価償却資産につき、その償却費として当該事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入する金額は、その内国法人が当該事業年度においてその償却費として損金経理をした金額のうち、その内国法人が選定した償却方法に基づいて政令で定めるところにより計算した金額に達するまでの金額とされている（法人税法３１条１項。以下、同条項によってされる減価償却を「普通償却」という。）。
(2) 減価償却資産の耐用年数等に関する省令
ア 令４８条は、減価償却資産である建物及び建物の附属設備、構築物、機械及び装置等について、当該資産の耐用年数に応じた償却率による減価償却の方法（定額法、定率法等）によって、減価償却資産の償却限度額を計算すべきことを規定し、令５６条は、上記耐用年数、当該耐用年数に応じた償却率及び残存価額については、財務省令で定めるところによると規定している。そして、財務省令（旧大蔵省令）である減価償却資産の耐用年数等に関する省令（昭和４０年大蔵省令第１５号。平成１６年財務省令第３３号による改正前のものを以下「耐用年数省令」といい、平成１０年大蔵省令第５０号による改正前のものを特に「旧耐用年数省令」ということがある。なお、耐用年数省令の別表第一ないし第六を、以下、単に「別表第一」ないし「別表第六」という。）１条１項は、所得税法又は法人税法に規定する減価償却資産のうち鉱業権及び坑道以外のものの耐用年数は、別表第一ないし第四に定めるところによる旨規定しており、機械及び装置以外の有形減価償却資産については別表第一により（同項１号）、機械及び装置については別表第二により（同項２号）、それぞれ減価償却資産の種類ごとに耐用年数を定めている。
イ また、耐用年数省令２条は、特殊の減価償却資産の耐用年数として、次のとおり定めている。
(ア) 汚水処理（汚水、坑水、廃水又は廃液の沈でん、ろ過、中和、生物化学的方法、混合、冷却又は乾燥その他これらに類する方法による処理をいう。）の用に供されている減価償却資産で別表第五に掲げるものは同表による（以下、上記の減価償却資産のことを「汚水処理用減価償却資産」という。）。
(イ) 大気汚染防止法（平成１６年法律第５６号による改正前のもの。以下同じ。以下「大防法」という。）２条１項若しくは４項に規定するばい煙若しくは粉じん又は同法１７条１項に規定する特定物質（ばい煙を除く。）の重力沈降、慣性分離、遠心分離、ろ過、洗浄、電気捕集、音波凝集、吸収、中和、吸着又は拡散の方法その他これらに類する方法による処理の用に供されている減価償却資産（以下「ばい煙処理用減価償却資産」という。）で別表第六に掲げるものは同表による。なお、同表は、「構築物」と「機械及び装置」の種類に区分され、更に、それぞれの種類ごとに細目が設けられており、その細目ごとにそれぞれ耐用年数が定められている。
ウ 耐用年数省令１条１項１号、２号、２条各号による耐用年数の定めのうち、本件に関係のあるものは、以下のとおりである。
(ア) 別表第一（耐用年数省令１条１項１号）
種類「建物」のうち、構造又は用途「金属造のもの（骨格材の肉厚が４ミリメートルを超えるものに限る。）」、細目「工場（作業場を含む。）用又は倉庫用のもの」の「その他のもの」のうち「その他のもの」（以下、これに該当するものを「建物」という。）の耐用年数は、３１年（旧耐用年数省令においては３５年）である。
(イ) 別表第二（耐用年数省令１条１項２号）
設備の種類「前掲の機械及び装置以外のもの並びに前掲の区分によらないもの」（番号３６９）のうち、細目「主として金属製のもの」（以下、これに該当するものを「その他の機械装置」という。）の耐用年数は、１７年であり、細目「その他のもの」の耐用年数は、８年である。
(ウ) 別表第五（耐用年数省令２条１号）
汚水処理用減価償却資産で別表第五に記載されているもののうち、種類「機械及び装置」（以下、これに該当するものを「汚水処理用機械装置」という。）の耐用年数は、７年である。
(エ) 別表第六（耐用年数省令２条２号）
ばい煙処理用減価償却資産で別表第六に記載されているもののうち、種類「機械及び装置（金属製のもので、機械及び装置と一体と認められる排気管及び放出筒を含む。）」（以下、これに該当するものを「ばい煙処理用機械装置」という。）の耐用年数は、７年である。
(3) 特別償却に関する規定
ア また、上記の普通償却のほかに、更に、租税特別措置法（平成１１年法律第９号による改正前のもの。以下「措置法」という。）４３条１項１号は、法人で青色申告書を提出するもののうち、公害その他これに準ずる公共の災害の防止に資する機械その他の減価償却資産のうち政令で定めるものを事業の用に供する法人が、当該減価償却資産を事業の用に供した場合の当該減価償却資産の償却限度額は、法人税法３１条１項の規定にかかわらず、普通償却限度額と当該減価償却資産の取得価額に１００分の１８（産業廃棄物の適正な処理に著しく資する機械その他の減価償却資産として政令で定めるものについては、１００分の１９）の割合を乗じて計算した額との合計額とする旨規定している。
そして、措置法４３条１項１号の「政令で定めるもの」については、租税特別措置法施行令（平成１１年政令第１２０号による改正前のもの。以下「措置法施行令」という。）２８条１項１号において次のように規定されている。すなわち、同号は、大気の汚染、水質の汚濁、騒音その他の公共の災害の防止のため、その災害の基因となる有害物の除去又はその災害による被害の減少に著しい効果がある機械その他の減価償却資産で大蔵大臣（現財務大臣）が指定するものと定めている。また、これを受けた昭和４８年大蔵省告示第６９号（以下「告示」という。）は、一般公害防止用設備として、その別表一番号１において、建物のうち騒音防止用設備としての遮音壁を、番号２において、構築物のうちの汚水処理用設備のうち槽、塔、水路及び貯水池を、ばい煙処理設備としての槽及び塔、煙突を、番号３において、機械及び装置のうちの、汚水処理用設備としての汚水処理装置、ばい煙処理用設備としてのばい煙処理装置、窒素酸化物抑制設備としての窒素酸化物抑制装置、指定物質回収・処理用設備としての活性炭吸着式回収装置、燃焼式処理装置及び蒸留式回収装置並びに産業廃棄物処理用設備としての高温焼却装置、ばい煙処理装置、有害汚泥処理装置及び鋳物廃砂処理装置をそれぞれ規定している。
イ そして、告示別表一のうち、番号「３」、種類「機械及び装置」及び区分「産業廃棄物処理用設備」の、細目欄に掲げられた「高温焼却装置」及び「ばい煙処理装置」については、概ね、以下のとおり規定されている。
(ア) 高温焼却装置
廃棄物の処理及び清掃に関する法律２条４項に規定する産業廃棄物（廃油及び廃プラスチック類を除く。）を燃焼室の出口における温度が８００度以上の状態で焼却することができる固定式のものでその焼却能力が毎時２００キログラムを超えるものに限るものとし、この装置に附属する搬送装置、破砕装置、貯留装置、助燃装置、排気管、放出筒、送風機、計測装置、自動調整装置、電動機、ポンプ又は配管を含む。
(イ) ばい煙処理装置
この装置に附属する排気管、放出筒、ガス冷却器、誘引通風機、空気圧縮機、ダスト取出機、ダスト搬送機、ダスト貯りゅう器、ミスト除去器、計測装置、自動調整装置、変圧器、整流器、廃ガス導管（装置本体から煙突入口までの部分に限る。）、電動機、ポンプ又は配管を含む。
３ 前提事実（争いのない事実並びに証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
(1) 原告は、昭和５５年８月に設立された、一般廃棄物及び産業廃棄物の収集運搬及び処理処分業等を目的とする株式会社であり、資本金９０００万円の青色申告法人である。
(2) 本件施設の取得及び減価償却資産としての取得金額等
ア 原告は、平成１０年１月、Ｃ株式会社（以下「Ｃ」という。）に対し、産業廃棄物処理用施設（本件施設）の設計及び建設工事を２８億円（消費税抜き）で、Ｄ株式会社に対し、除鉄及び除マンガンろ過装置の設置工事を１１５０万円（消費税抜き）で、株式会社Ｅに対し、ピットシャッター取付工事を３８０万９５２４円（消費税抜き）でそれぞれ請け負わせ、同年４月３０日に本件施設の引渡しを受けた。設計及び建設工事の費用の内訳で、減価償却の基礎となる取得価額の基準となる基準額は、別紙１「争点表」の「基準額」欄記載のとおりであり、本件施設の取得費用（２８億１５３０万９５２４円）のうち、減価償却資産ではない支出２９００万円（Ｃに対して支出した「予備品」の費用８００万円、「特殊工具類」の費用１００万円及び「移設・解体工事」の費用２０００万円の合計額）を控除した２７億８６３０万９５２４円が減価償却資産としての本件施設の取得金額となる。
イ 本件施設において選定された償却方法は、建物については定額法、建物附属設備、構築物、機械及び装置については定率法である。
(3) 本件施設の構造等
本件施設を構成する個別の設備は別紙１のとおりであるが、そのうち本件の争点となっている設備の構造等は次のとおりであり、そのうち主たる設備の配列は別紙２のフローシート図に記載のとおりである。なお、廃棄物ピット以外の下記設備が法人税法２条２３号にいう「機械及び装置」であることについては、当事者間に争いがない。
ア 受入供給設備
(ア) 廃棄物ピット
廃棄物ピットは、外部から搬入された廃棄物のうち焼却処理可能として選別された廃棄物を一時貯留するものであり、深さ約１０メートル、容積約１２７０立方メートルの施設である。構造は鉄筋コンクリート造で、内壁はコンクリート打ち放しである。
廃棄物ピットは、地上及び地下部分に凹形状で設置されており、その上部空間は屋根まで吹き抜けで、廃棄物クレーン及び投入ホッパと併せ、それらも覆うように、高さ約１２メートルの工場棟が建てられている。
(イ) 廃棄物クレーン
廃棄物クレーンは、廃棄物ピットに貯留された廃棄物を解砕・撹拌して均一化した後、投入ホッパに投入・供給するクラブバケット付き天井走行クレーンである。その主要部材質は、一般構造用圧延鋼材及び機械構造用炭素鋼鋼材であり、定格荷重は１．２トン、バケット切取容量は３．０立方メートルである。
(ウ) 医療系廃棄物コンベヤ
医療系廃棄物コンベヤは、密封式の容器に入った医療系廃棄物を、通常の産業廃棄物とは別に、投入ホッパへ搬入するためのローラー式コンベヤであり、その主要部材質はステンレス鋼である。
(エ) 廃油処理装置及び廃液処理装置
廃油処理装置及び廃液処理装置は、廃油及び廃液を貯蔵し再燃焼室内に供給する設備である。
廃油処理装置は、内面を防食塗装した鋼板製の円筒形タンクに廃油を貯蔵する装置で、３台の廃液ポンプにより廃油を排出している。廃液処理装置は、内面を防食塗装した鋼板製の円筒形タンクに廃酸又は廃アルカリを貯蔵する装置で２基設置され、３台の廃液ポンプ及び４本の廃液噴霧ノズルにより廃液を排出している。
イ 燃焼設備
(ア) 投入ホッパ
投入ホッパは、廃棄物クレーンにより供給された産業廃棄物を受け入れ、ロータリーキルンへ投入する投入口であり、その主要部材質は、一般構造用圧延鋼材である。二重ダンパー構造と内部をマイナス気圧にすることによって、廃棄物や悪臭、熱風などが外部に出ない構造となっている。
(イ) ロータリーキルン
ロータリーキルンは、１００分の３度の傾斜をつけて設計されており、投入ホッパから供給された廃棄物を回転させ撹拌・混合させながら下方に移動させ、この間に、バグフィルター通過後の誘引ガスや再燃焼室からの輻射熱により廃棄物を蒸し焼きにして、燃焼ガスを取り出し再燃焼室へ供給し、また、表面燃焼しやすい状態に加熱、乾燥した未燃・未分解固形物及び固形炭化物を後燃焼ストーカ上へ定量かつ連続的に供給する。その主要部材質は、本体に一般構造用圧延鋼材、耐火物として厚さ２０センチメートルの耐火キャスタブル（耐火材）を使用している。
(ウ) 後燃焼ストーカ
後燃焼ストーカは、ロータリーキルンで乾燥・熱分解の処理後に残った可燃性の残渣を、上流から下流へ撹拌しながら流すことで、効率的に燃焼させ、最下部で再燃焼室ピットのコンベヤに灰を排出する。その主要部材質は、火格子部分に耐熱鋳鋼材、構造体に一般構造用圧延鋼材を使用している。
(エ) 再燃焼室（焼却炉本体）
再燃焼室は、ロータリーキルンで熱分解により生成されたガスと、後燃焼ストーカで発生したガス及び廃油と廃液をさらに完全燃焼させる設備であり、その主要部材質は、ケーシング部分が一般構造用圧延鋼材、炉壁部分が煉瓦及びキャスタブルである。約８５０度で２秒間、ガスを滞留させる構造となっている。
(オ) 油圧ユニット、助熱バーナ、羽口金物冷却ファン
油圧ユニットは、後燃焼ストーカ及び投入ホッパ等の油圧駆動機器に作業油を供給する設備である。助熱バーナは、ロータリーキルンに着火するために２基、再燃焼室の炉内温度を上げるために２基設置されている。羽口金物冷却ファンは、ロータリーキルンと再燃焼室の接続部の炉内の高温にさらされている金物を冷却するための設備である。
ウ 押込ファン（通風設備）
押込ファンは、後燃焼ストーカ下部及び再燃焼室へ燃焼用の空気を供給する設備であり、その主要部材質は、胴体及び羽根車が一般構造用圧延鋼材、主軸が機械構造用炭素鋼である。
エ 給排水設備
(ア) コンベヤピット排水ポンプ
コンベヤピット排水ポンプは、再燃焼室ピット内に溜まる雨水を排出する金属製の設備である。
(イ) 冷却塔及び冷却塔循環ポンプ
冷却塔は、再燃焼室を冷却する水を冷却するガラス繊維強化プラスチック（ＦＲＰ）及び塩化ビニール製の設備である。冷却塔循環ポンプは、再燃焼室を冷却させる水を循環させる金属（ＦＣ２００、ＳＵＳ３２９Ｊ１）製の設備で、２台設置されている。
オ 余熱利用設備（一部給排水設備を含む。）
(ア) 蒸気タービン及びタービン室排水ポンプ（以下「蒸気タービン等」ということがある。）
蒸気タービンは、廃熱ボイラで生成された水蒸気によってタービンを回転させ、それによって発電する設備である。蒸気タービンで発電された電気は本件施設で利用されている。
また、タービン室排水ポンプは、蒸気タービン内で発生した汚水を移送する機械装置である。
(イ) 汚泥乾燥設備
汚泥乾燥設備は、ステンレス鋼材製の筒を回転させ、同筒内において再燃焼室から誘引した高温度の排ガスを噴射し、一端から有機汚泥を入れ、他端からこれを排出する装置である。
カ 再燃焼室ピット
再燃焼室ピットは、再燃焼室、後燃焼ストーカ、ガス冷却室の真下に位置し、内部に灰出コンベヤが設置されている。凹形状の鉄筋コンクリート製のピットである。
(4) 課税処分の経緯
ア 原告は、法定申告期限内である平成１６年６月３０日、処分行政庁に対し、本件事業年度分の法人税について、欠損金額を１２７２万０６８７円、納付すべき税額を０円とする確定申告書を提出し、その後、上野税務署による調査を受け、平成１９年５月１１日、処分行政庁に対し、所得金額を３１２３万６３５７円、納付すべき税額を８４６万２６００円とする修正申告書を提出した。
イ 処分行政庁は、上記修正申告を受け、同年５月２９日付けで、原告に対し、重加算税の額を２２９万２５００円、過少申告加算税の額を３０万０５００円とする賦課決定処分をした。
ウ 処分行政庁は、同年６月１８日付けで、原告に対し、本件事業年度分の法人税について、所得金額を３７６９万０２１１円、納付すべき税額を１０３９万８８００円とする本件更正処分及び加算税の額を２８万９５００円とする本件賦課決定処分をした。
エ 原告は、同年８月１０日、国税不服審判所長に対し、本件各処分のうち、本件訴訟において取消しを求める部分と同じ部分の取消しを求め、審査請求をしたが、同所長は、平成２０年８月６日付けで、これを棄却する旨の裁決をした。
４ 争点
(1) 減価償却資産の一体性
(2) 各設備の耐用年数
(3) 特別償却の適用の可否
(4) 本件事業年度の税額計算（本件各処分の適法性）
５ 争点に対する当事者の主張
(1) 争点(1)（減価償却資産の一体性）
（被告の主張）
以下述べるように、減価償却資産の単位については、現実に各減価償却資産がどのように利用されているかを前提にするのではなく、通常であれば別々の効用を果たし得る限度において細分化された単位を基準に判断されるべきである。
ア 有形固定資産の形状、構造などは種々雑多であり、固定資産の大多数のものは複数の単体が組み合わさってできている複合体であるが、耐用年数は、原則として、通常考えられる維持補修を加える場合における当該固定資産の通常の効用持続年数という観点から定められているのであって、複合体資産については、まず、固定資産としての本来の効用を上げ得るか否かとの基準により、減価償却の単位に分解し、単位資産とされているものについて、投下された支出を資本的支出と修繕費とを区分して、上記効用持続年数という考え方に基づく耐用年数が算定されるものである。そして、別表第一は、建物、建物附属設備、構築物等を資産別に掲げているが、これは、社会的な最小効用の観点から特定された償却単位資産として定められたものというべきである。
したがって、減価償却資産は、固定資産としての本来の効用を上げ得るか否かという観点から、その社会的な最小効用を基準に分解された上で、分解後のそれぞれの単位資産について、それぞれの効用とその持続年数から耐用年数が決せられるべきである。
イ 法人税法２条２３号は、減価償却資産につき、建物、構築物、機械及び装置、船舶、車両及び運搬具、工具、器具及び備品、鉱業権その他の資産で償却をすべきものとして政令で定めるものをいうと定義し、これを受けた令１３条は、建物及びその附属設備（１号）、構築物（２号）、機械及び装置（３号）等を減価償却資産として個別特定的に列挙している。その上で、耐用年数省令１条は、令１３条各号の資産について別表第一又は第二を適用すべきことなどを定め、耐用年数省令２条は、特殊の減価償却資産の耐用年数として、ばい煙処理の用に供されている減価償却資産で別表第六に掲げるものについては同表を適用すべきことなどを定めている。
これらの法人税法、同法施行令、耐用年数省令の規定を償却単位の観点からみた場合には、耐用年数省令に定める減価償却資産の種類（その種類につき構造若しくは用途、細目又は設備の種類の区分が定められているものについては、その構造若しくは用途、細目又は設備の種類の区分）を税法上償却単位とするということであり、本件施設が一体として発注、設計、設置され、将来的に一体として廃棄せざるを得ないことなどをもって、本件施設全体を単一資産であるとする原告の主張は失当である。
ウ 「建物」、「建物附属設備」及び「構築物」等の耐用年数は、別表第一において、その物自体について個別に定められている（個別耐用年数）のに対し、「機械及び装置」の耐用年数は、標準的な構成による設備（モデルプラント）を想定して、その構成する個々の資産の個別使用時間を基礎とした個別耐用年数と各資産の価額構成割合による総合平均年数を計算して求められており、構成等が著しく異なるなどのため法定耐用年数が実情に合致しない場合には、耐用年数の短縮等の制度によって解決を図る建前が取られている。これは、減価償却資産は社会的な最小効用という観点から分解された上で、分解後の単位資産についてそれぞれの効用や持続年数から耐用年数を決するという考え方を基礎として、さらに総合償却資産である機械及び装置の性質に鑑み、総合耐用年数という指針により耐用年数を決することとしたものである。
エ 原告が本件施設を一個の減価償却資産とみるべき根拠として指摘する欧米の会計理論は、本件施設を一体のものとして捉えるべき旨を何ら明示していない上、そもそも欧米の会計理論が我が国の税法における減価償却制度を左右するものではないし、さらに、税法上の減価償却の取扱いは、必ずしも会計理論と整合するとは限らないが、実務の運用に照らし、これが企業会計原則の定めに反するとは到底いえないから、原告の指摘は失当である。
オ 原告は、本件施設を一個の減価償却資産とみるべき根拠として、耐用年数の適用等に関する取扱通達（以下「耐用年数通達」という。ただし、平成２０年１２月２６日課法２－１４・課審５－１９５による改正前のもの。以下同じ。）１－４－２を指摘するが、同通達は、耐用年数省令別表第二に該当する場合についてのものである上、該当する「設備の種類」ごとに同表の耐用年数を適用することを確認しているにすぎないから、原告の主張は、上記通達の内容を曲解するものであって、失当である。むしろ、ばい煙処理用減価償却資産の範囲について適用される耐用年数通達２－２２－１は、別表第六のばい煙処理用減価償却資産とは、工場等内で生じたばい煙等を公害の生ずるおそれのない状態で排出するため、「特に施設されたばい煙処理の用に供される減価償却資産をいう」ことを原則とし、更に注記として、「ばい煙等の処理によって得られる余熱等を利用するために施設された減価償却資産は、ばい煙処理用減価償却資産に該当しない。」と定めて、ばい煙処理用減価償却資産の範囲を明確にしており、これらの通達等からすれば、ばい煙処理用減価償却資産は、原則的には、ばい煙処理の用に直接供されている機械装置、ばい煙処理それ自体を直接の目的とした機械装置等が対象となるのであり、併せてこれに附属する装置として耐用年数通達２－２２－３に例示されているような装置が含まれることとなるのであって、これらに照らせば、本件施設全体が一体としてばい煙処理用減価償却資産に当たるという原告の主張が失当であることは明らかである。
カ 原告は、ガス冷却室と再燃焼室を別個の減価償却資産として捉え、前者に別表第六を適用しつつ、後者に別表第二を適用することは不当である旨主張する。しかし、ガス冷却室は、再燃焼室からの燃焼ガスに水を噴射することによりその温度を下げるという独立した効用を持った機械装置であるといえるし、一般的にみても、廃棄物の処理及び清掃に関する法律の関係政省令の改正に係る厚生省資料（乙２９）において、再燃焼室と冷却設備は分けて、改正による基準が説明されていることからも、再燃焼室とガス冷却室は、通常であれば別々の効用を果たし得る別個の減価償却資産であるといえ、原告の上記主張は理由がない。
また、原告は、減価償却資産に係る被告の見解を前提とすると、再燃焼室のうち燃焼ガス滞留室は、一つの減価償却資産の単位を構成し、この部分については別表第六の適用があるとも主張する。しかし、一般的にみて、再燃焼室が焼却炉本体部分と燃焼ガス滞留室部分に区別されている（通常であれば別々の効用を果たし得るとされている）ということはできないし、本件施設の仕様書（甲４）や焼却炉更新工事全体フローシート（別紙２）等を検討しても、再燃焼室を減価償却資産として更に細分化することを裏付ける証拠はないから、原告の上記主張は失当である。
（原告の主張）
以下述べるように、本件施設は有機的一体として１個の減価償却資産として扱われるべきである。
ア 減価償却とは、固定資産によって一定期間にわたり企業が得る収益と、その取得に要した費用を対応させるため、使用又は時間の経過による減価に応じて費用化すべきという観点に基づくものであり、このような観点からすれば、ある減価償却資産について、その効用の持続年数である耐用年数を何年とすべきか、また、一体のものとして当該耐用年数が適用される減価償却資産の範囲をどのように捉えるかについては、当該資産の機能や経済的効用を十分に勘案して判断すべきである。しかるところ、本件施設は、大防法に規定された「ばいじん」であるダイオキシンや窒素酸化物等のばい煙を大気中に排出することなく、廃棄物を焼却処理することを目的として作られた一体の施設であり、廃棄物の受入れから焼却、焼却により発生したガスの処理に至る連続する処理過程のすべてにおいて、有害なばい煙を排出することなく廃棄物を処理するという上記目的を達成し得るように、有機的一体の施設として設計、設置されたものであって、物理的にも機能的にも一体のものとして、１個の減価償却資産とみるべきであり、このような解釈は、「機械及び装置が一の設備の種類に該当する場合には、当該設備を一体となって構成する機械及び装置の全部について、当該設備の種類の耐用年数を適用する」という耐用年数通達１－４－２の規定にも合致するものである。
イ 減価償却の単位については、物件別に減価償却費やその帳簿価額を計上する個別償却、同種の物件で同一の耐用年数の設備の集合体を一つの単位とする集合償却、耐用年数の異なる設備の集合体を一つの単位とする総合償却があるところ、アメリカ合衆国及び旧ＥＣ諸国では、原則として個別償却を採っており、国際的な会計基準は個別償却と考えるべきであるのに対し、我が国の税法は、別表第二において、個別の機械及び装置ではなく「設備の種類」ごとに耐用年数を決定するものとし、総合償却を採用しており、我が国における減価償却の種類を決する拠り所となる「公正なる会計慣行」（旧商法３２条２項）の一つは総合償却ではないかと考えられている。次に、減価償却における会計上の固定資産の最小単位について検討すると、減価償却とは、当該固定資産が生産の用に供されて一定期間で廃棄されることを前提として、固定資産に投下した金額を将来の収益に対応する費用の前払いと考え、各会計年度ごとに資産の帳簿価額を減少させ、これを損失又は費用に振り替える会計手続であり、このような理解を前提とすると、単一資産は、一体として生産に供されるものであり、また、原則として一体として設置され、一体として廃棄されることを予定しているものと理解すべきこととなる。これらによると、個別・集合・総合償却という減価償却の方法にかかわらず、有機的に結合して特定の目的に向けて稼働を行う集合体は、これらが一体として設置され、一体として廃棄されることを予定しているときは、単一資産として評価し、会計上も税法上も、これを分解して減価償却することは予定されていないのである。
しかるところ、本件施設については、その全体が、一体として発注、設計、設置され、将来の廃棄時には一体として廃棄せざるを得ないという物理的・場所的な要素、各部分が有機的に関連して初めて稼働することができるという稼働実態、Ｃの仕様書等を前提とすると、欧米及び我が国の会計理論、我が国の税法の基本姿勢のいずれを前提としても、単一資産として理解されるべきこととなる。
ウ 異なる機能を有する複数の部分が存在しても、これらの部分が相互に連動して一連の処理を行うべく設計され、一体として設置され機能する場合には、一つの機械と評価されるところ、本件施設の各部分は、相互に連動して一連の処理を行うべく設計され、一体として一箇所に設置され、これらが連動して機能するものであり、各部分を単独で作動させることはできず、また、各部分は相互に入り組んで設置され、一体的に組み立てられたシャーシによって固定されており、さらに、各部分相互に利用関係があり、各部分に共通に利用している設備も多数存在し、その一部でも所与の機能を発揮しなければ、排出ガスに関する法令の規制をクリアできないのであって、これらの事実を前提とすると、少なくとも本件施設の「機械及び装置」の部分は、社会通念上も、また減価償却資産としても一つの固定資産と評価された上で、全体として別表第二又は第六の該当性を検討すべきこととなる。
エ 租税法の解釈、適用は経済的実質に即してされなければならず（実質課税の原則）、外観、形式や名義と経済的実質が相違するときは、経済的実質に即して課税することが要請されるのであり、また、耐用年数は現存する減価償却資産ごとに行われるものであるから、減価償却の単位を決するに当たり各減価償却資産の現実の利用状況や効用を前提とすべきではないとする被告の解釈は到底是認し得ない。
また、「通常であれば別々の効用を果たし得る」とされる、あるいは「一般的に区別されている」限度に細分化するなどというように、「通常」、「一般的」といった曖昧な概念を使用することとなる被告の解釈は、租税法律主義の一内容である課税要件明確主義に違反するものである。
したがって、減価償却資産の単位に関する被告の主張が誤りであることは明らかである。
オ 本件処分は、再燃焼室とガス冷却室を別個の減価償却資産とした上で、再燃焼室については別表第二を、ガス冷却室については別表第六を適用するが、再燃焼室の連続した上部がガス冷却室であり、両者間には隔壁等も存在せず、これらを別個の固定資産と評価することは不可能である。
また、再燃焼室は、技術的、効用的には、下部の「焼却炉本体」と上部の「燃焼ガス滞留室」から構成されており、燃焼ガス滞留室は、ダイオキシンに関する規制が厳格化する中で設置が義務付けられた部分であるところ、被告主張のように、通常であれば別々の効用を果たし得る限度に細分化された単位を基準にするという見解に立てば、被告が一つの単位とする再燃焼室のうち、ダイオキシン規制前の炉との比較で焼却炉本体と区別され、その効用があるといえる燃焼ガス滞留室は、一つの減価償却資産の単位を構成するはずであり、被告の上記見解は成り立ち得ない。
(2) 争点(2)（各設備の耐用年数）
（被告の主張）
ア ばい煙処理用減価償却資産の耐用年数の変遷や、公害防止用設備についての特別償却制度の改正状況を検討すると、公害防止用設備のうちばい煙処理用減価償却資産についてみれば、法令は、社会情勢の変化に対応して、その都度措置しており、特別優遇措置でもある耐用年数省令２条２号に規定する「ばい煙処理」の方法を具体的に規定したのは、安易な拡張解釈を否定する趣旨であって、課税の公平を図る見地から、画一的な評価を実現すべく処理方法を具体的に規定したことが明らかであるから、その適用に当たっては文言に忠実な解釈が必要とされるというほかない。よって、同号の「その他これらに類する方法による処理」との文言は拡張解釈、類推解釈を意図しているなどとして、本件施設はすべて一体として同号の要件を満たすとする原告の主張が失当であることは明らかである。
イ 各設備の耐用年数
(ア) 廃棄物ピット
廃棄物ピットは、工場棟の床及び基礎としての機能を有しており、工場棟の一部を構成するから、別表第一の「建物」に該当し、耐用年数は３１年であり、このことは、Ｃ作成の仕様書（甲４）において廃棄物ピットが工場棟の建築工事に含めて記載されていることからも裏付けられる。
(イ) 廃棄物クレーン、投入ホッパ及び医療系廃棄物コンベヤ
廃棄物クレーン、投入ホッパ及び医療系廃棄物コンベヤは、廃棄物を破砕及び混合し、搬入し、これを受け入れて焼却設備に供給するための設備であり、また、再燃焼室及びロータリーキルンで焼却後排出されるガスには、ばい煙に該当する窒素酸化物が含まれている。そうすると、上記３設備は、ばい煙発生施設である焼却設備に係る前処理をしている機械装置にすぎず、ばい煙処理の用に直接供される機械装置とはいえないから、別表第二の「その他の機械装置」に該当し、耐用年数は１７年である。
(ウ) ロータリーキルン、後燃焼ストーカ、再燃焼室及び再燃焼室ピット（以下「本件焼却装置」ということがある。）
ロータリーキルン、後燃焼ストーカ及び再燃焼室は、廃棄物を蒸し焼きにし、燃焼・焼却するための設備であり、また、再燃焼室で燃焼後排出されるガスには、ばい煙に該当する窒素酸化物等が含まれているから、上記３設備は、いずれもばい煙の処理ではなく、ばい煙が発生する施設の焼却設備であるから、ばい煙を直接処理するものとはいえず、別表第六のばい煙処理用機械装置には該当しない。そして、再燃焼室ピットも、再燃焼室と一体のものとして評価されるべきであるから、上記３設備及び再燃焼室ピットは、いずれも別表第二の「その他の機械装置」に該当し、耐用年数は１７年である。
(エ) 蒸気タービン及びタービン室排水ポンプ
蒸気タービン等は、本件施設に対して電力を供給することのみを目的とする余熱利用設備及びその附属設備であり、ばい煙を直接処理する設備ではなく、また、焼却施設の一部として設置された設備ではあるが、焼却施設として必須ではない設備であることは明らかであるから、本件施設の機械設備と不可分一体のものとして、ばい煙処理の用に供されるものでもない。よって、蒸気タービン等はいずれも別表第二の「その他の機械装置」に該当し、耐用年数は１７年となる。
(オ) 油圧ユニット、助燃バーナ、羽口金物冷却ファン、押込ファン、コンベヤピット排水ポンプ、冷却塔及び冷却塔循環ポンプ
これらの設備は、いずれも、後燃焼ストーカ、投入ホッパ、ロータリーキルン、再燃焼室及び再燃焼室ピットの一部に附属する機械装置といい得るものであるところ、それらはいずれもばい煙を直接処理し、又はそれに附属した機械装置ではなく、また、再燃焼室で燃焼後排出されるガスにはばい煙に該当する窒素酸化物等が含まれている。そうすると、油圧ユニット、助燃バーナ、羽口金物冷却ファン、押込ファン、コンベヤピット排水ポンプ、冷却塔及び冷却塔循環ポンプは、いずれもばい煙処理の用に直接供されておらず、別表第二の「その他の機械装置」に該当し、耐用年数は１７年である。
(カ) 廃油処理装置及び廃液処理装置
廃油処理装置及び廃液処理装置の設置目的は、廃油及び廃液の貯蔵及び再燃焼室への供給排出であり、排出された廃油及び廃液は、再燃焼室において焼却されているから、上記２設備は、ばい煙処理の用に直接供されているとはいえず、別表第二の「その他の機械装置」に該当し、耐用年数は１７年となる。
(キ) 汚泥乾燥設備
汚泥乾燥設備は、有機汚泥を乾燥させるための機械装置であるので、ばい煙処理の用に直接供されているとは認められず、別表第二の「その他の機械装置」に該当し、耐用年数は１７年となる。
ウ ダイオキシン類は「ばい煙」に該当しないこと
耐用年数省令２条２号は、対象となる物質として、大防法２条１項、４項の規定するばい煙、粉じん又は同法１７条１項の規定する特定物質を規定しているところ、これらの条項や対象物質を具体的に定める政令には、ダイオキシン類は掲げられておらず、むしろ、平成９年に大防法附則９項の規定する指定物質に指定され、ばい煙、粉じん及び特定物質とは別の指定物質として明示的に掲げられていたことからすると、ダイオキシン類は、大防法２条１項の「ばい煙」、同条４項の「粉じん」、同法１７条１項の「特定物質」のいずれにも該当しないことが明らかである。したがって、ダイオキシン類の処理は耐用年数省令２条２号の「ばい煙処理」に該当せず、これに該当する旨の原告の主張はすべて失当である。
エ 汚泥乾燥設備、廃油処理装置及び廃液処理装置はいずれも汚水処理用機械装置には該当しないこと
(ア) 耐用年数省令２条１号は、同条２号と同様、公害防止目的のための特別優遇措置として置かれたものであるから、同条１号の汚水処理用機械装置とは、汚水処理の用に直接供されている機械及び装置をいうと解すべきである。
(イ) 汚泥乾燥設備、余熱利用設備であり、汚泥（有機・無機）の乾燥のみを目的とし、設備内で汚泥を焼却するものではなく、汚水を処理しているものではないから、同条１号の適用はない。
(ウ) 再燃焼室は、主たる効用は汚水処理ではなく、ロータリーキルンや後燃焼ストーカで発生したガス等を燃焼させることにあるから、汚水処理用機械装置には該当しない。また、廃油処理装置及び廃液処理装置は、廃油及び廃液の貯蔵並びに再燃焼室への供給排出を目的とし、両装置から排出された廃油及び廃液は、再燃焼室において噴霧・焼却されるのであって、両装置内では何ら処理されていないから、いずれも汚水処理用機械装置には該当しない。
オ （一部の設備は耐用年数が８年であるとの原告の予備的主張に対し）
再燃焼室は、その材質に一般構造用圧延鋼材を使用し、耐火断熱材として炉壁にれんが及びキャスタブルを使用した「鋼板製角型（内部耐火物構造）」の機械装置であり、また、ロータリーキルンは、その主要材質として本体部分に一般構造用圧延鋼材を使用し、耐火物として耐火キャスタブルを使用した機械装置であって、いずれも金属製機械装置であることは明らかである。したがって、原告が予備的に耐用年数を８年と主張する再燃焼室及びロータリーキルンは、いずれも別表第二の「前掲の機械及び装置以外のもの並びに前掲の区分によらないもの」のうち「主として金属製のもの」であるから、耐用年数は１７年であり、「その他のもの」には該当しない。
（原告の主張）
以下述べるように、本件施設は、その全体について、別表第六のばい煙処理用機械装置に当たる（汚泥乾燥設備等一部の設備については別表第五の汚水処理用機械装置にも該当する）ものであって、その耐用年数は７年であり、予備的には、ロータリーキルン等一部の設備については、別表第二「前掲の機械装置以外のもの並びに前掲の区分によらないもの」のうち「その他のもの」として、耐用年数は８年である。
ア(ア) 耐用年数省令２条は、ばい煙処理について、重力沈降、慣性分離、遠心分離…又は拡散の方法「その他これらに類する方法による処理」と規定し（２号）、汚水処理について、沈でん、ろ過、中和…又は乾燥「その他これらに類する方法」と規定している（１号）ところ、耐用年数省令の他の規定やそれに関する通達等に照らすと、「その他これらに類する」との規定は、拡張解釈、類推解釈を意図したものであり、省令自体の趣旨、目的に合致するものであれば、むしろ積極的にそれらを包摂していくことを予定しているものである。そして、本件施設において行われている各処理（黒煙・すす、窒素酸化物、ダイオキシン類等の発生を抑制するための燃焼処理、既に発生した有害物質を完全燃焼、空気との混合、アンモニアとの反応や熱分解等により消失させる処理等）は、耐用年数省令２条２号に列挙された処理方法に該当し、仮に該当しなくても、「その他これらに類する方法」に該当するから、本件施設は、全体として、同号の「ばい煙処理」との要件を満たす。また、本件施設で行われている汚水を焼却炉本体内に噴霧する処理は、同条１号の「乾燥」に該当する。
(イ) 次に、耐用年数省令２条１号及び２号は、「汚水処理の用に供されている」、「ばい煙処理の用に供されている」と規定するのみであり、当該減価償却資産において現実に汚水又はばい煙の処理が行われていれば、同各号の適用が認められることになるところ、本件施設では、汚水タンク内に汚水を貯留し、焼却炉本体内に噴霧して気化・燃焼させることで汚水を乾燥させるとともに、黒煙・すす、一酸化炭素、ダイオキシン類等を含む各種有害物質の処理を行っているから、本件施設は、全体として、汚水処理又はばい煙処理「の用に供されている」（同条１号、２号）ものといえる。
(ウ) 通達の解釈に当たっては、社会の慣行を尊重しつつ弾力的に行うべきところ、原告は、各種有毒ガスを法規制を遥かに下回る値にまで処理し得るように本件施設を設置したことにより、同等の処理が可能な旧来の産業廃棄物処理施設を設置することと比較して、３倍から５倍という多額の損失を被っており、これらの費用はばい煙処理のみに向けられたものであって、原告に処理量の増加等の利益をもたらすものではないから、本件施設は、全体として、「ばい煙等を公害の生ずる恐れのない状態で排出をするため、特に施設されたばい煙処理の用に供される減価償却資産」（別表第六について規定した耐用年数通達２－２２－１）に該当し、同様に、「工場等内で生じた汚水等でそのまま排出すれば公害が生ずると認められるものを公害の生じない水液にして排出するために特に施設された汚水処理の用に直接供される減価償却資産」（別表第五について規定した耐用年数通達２－２１－１）にも該当すると評価すべきである。
(エ) 耐用年数省令が制定された経緯及び関係諸法令との比較を検討すると、ばい煙の排出の規制等に関する法律（昭和３７年法律第１４６号）の制定に伴い、固定資産の耐用年数等に関する省令（昭和２６年大蔵省令第５０号）の一部を改正する省令（昭和３８年大蔵省令第２１号）が制定され、昭和４０年に耐用年数省令となり、昭和４３年の大防法の制定に伴ってその内容が更に整備されたところ、その間、対象物質は大幅に増加し、一酸化炭素のように明らかに条文上列挙した方法では処理できない物質が付加されても、耐用年数省令は変更されることはなかったのであり、このことは、耐用年数省令における解釈内で、新規に追加された物質の処理も可能であるとの認識、あるいは、同省令の処理方法について厳格な解釈態度を採用していなかったことを示すものである。
(オ) ばい煙が発生する部分が同時にばい煙を処理する部分であったとしても、同一部分がばい煙発生とばい煙処理の二つの機能を有することは何ら技術的に矛盾しないこと、及び、現在におけるばい煙処理技術の重点が、バグフィルターにおける最終段階での処理ではなく、発生段階における処理に移行し、発生段階の処理なしに法規制を充足することは困難であることなどからすると、本件施設について別表第六の減価償却資産性が否定されるものではない。また、本件処分は、ばい煙処理を行っている部分に焼却機能があれば、当該部分はばい煙処理の用に供されていないと評価するが、耐用年数省令２条２号の「ばい煙処理の用に供されている減価償却資産」という規定には、「のみ」、「専ら」、「主として」等の文言が付されていないので、ばい煙処理の機能のほかに焼却機能が存在しても、ばい煙処理の機能があれば、各機能の割合に関係なく該当性を認めるべきであるから、ばい煙処理を行っている部分に焼却機能があったとしても、同号の減価償却資産に該当する。
(カ) ダイオキシン類は、法令上も実務上も「ばいじん」として解釈されていたものであって、大防法２条１項２号の「ばいじん」に該当する。また、大防法施行令１条は、同法２条１項３号に該当する物質を列挙し、「有害物質」とする一方、大防法附則９項は、大気汚染を招来する有害大気汚染物質の中で特に毒性が顕著で早急に抑制する必要のあるものを「指定物質」として定義しており、「指定物質」は「有害物質」と評価されるべきところ、ダイオキシン類は、平成９年に「指定物質」に指定され、平成１２年にダイオキシン類対策特別措置法が制定されたことからすると、「有害物質」に該当し、したがって、大防法２条１項３号、同項柱書きの「ばい煙」に該当する。さらに、大防法施行令１０条は、同法１７条１項の「特定物質」を規定しているところ、ダイオキシン類対策特別措置法２３条１項ないし３項の内容は、大防法１７条１項と全く同一であり、ダイオキシン類は、事故時の措置については同項の「特定物質」と全く同一の取扱いが要求されているのであるから、両者を別異に取り扱うべきではなく、ダイオキシン類は、公害防止の観点から優遇措置を設けている耐用年数省令２条２号の趣旨より、税法上「特定物質」に該当するというべきである。
したがって、ダイオキシン類は耐用年数省令２条２号の「ばい煙」に該当する。
(キ) 以上より、本件施設は、全体として、耐用年数省令２条１号、２号の要件を充足し、別表第五及び第六に該当する。
イ 前記のとおり、減価償却の単位に係る被告の見解を前提とすると、再燃焼室のうち、燃焼ガス滞留室は、減価償却資産の単位となる。そして、燃焼ガス滞留室は排ガス処理について顕著な効果を有している。したがって、少なくとも、本件施設のうち燃焼ガス滞留室については、別表第六の適用がある。
ウ 本件施設の一部である汚泥乾燥設備のうち、汚泥乾燥機は、そのまま排出されると人の生命、身体に影響を及ぼす粥状の有機系、無機系汚泥が投入され、１時間に約１４５８．４キログラムの汚水を乾燥させる設備であるから、汚泥乾燥設備は、別表第五の汚水処理用機械装置に該当する。また、廃油処理装置及び廃液処理装置は、燃焼ガス滞留室内に廃油、廃液を噴霧し、蒸発処理という乾燥方法によりこれを処理する設備であり、ここで処理される液体は、そのまま排出されると人の生命、身体に影響を及ぼすものであるので、それらの装置も、別表第五の汚水処理用機械装置に該当する。
エ （予備的主張－本件施設の一部は耐用年数が８年であること）
燃焼炉本体及び燃焼ガス滞留室は「炉」の部分で、その全体が自立方式の厚さ３５０ミリメートルの耐火性煉瓦及びキャスタブル製であり、外側が厚さ６ないし９ミリメートルの一般構造用圧延鋼材で覆われているものである。また、ロータリーキルンも「炉」の部分で、その全体が厚さ２００ミリメートルのキャスタブル製であり、外側は厚さ２０ないし２２ミリメートルの一般構造用圧延鋼材で覆われているものである。このように、燃焼炉本体、燃焼ガス滞留室及びロータリーキルンは、重量的にも体積的にも、金属以外の材質が圧倒的な割合を占めているから、別表第二の設備の種類「前掲の機械及び装置以外のもの並びに前掲の区分によらないもの」に区分されるとしても、細目「その他のもの」に当たり、耐用年数は８年である。
(3) 争点(3)（特別償却の適用の可否）
（被告の主張）
以下述べるように、本件施設のうち、廃棄物ピット、蒸気タービン、タービン室排水ポンプ及び汚泥乾燥設備については、特別償却の適用はない。
ア 廃棄物ピットは、建物に該当するので、告示別表一の「高温焼却装置」又は「ばい煙処理装置」に該当しない。
イ 蒸気タービンは、廃熱ボイラで燃焼済ガスを冷却する過程で発生した蒸気をエネルギー源として、蒸気タービンを回転させ本件施設で使用する電力の一部を供給する機械装置であり、ばい煙の余熱を利用して機能する余熱利用設備である。また、タービン室排水ポンプは、蒸気タービン内で発生した汚水を移送する機械装置であるので、蒸気タービンの附属設備であり、蒸気タービンと同様、余熱利用設備といえる。したがって、蒸気タービン及びタービン室排水ポンプは、いずれも告示別表一の「高温焼却装置」又は「ばい煙処理装置」に該当しない。
ウ 汚泥乾燥設備は、有機汚泥を本件施設から発生した排ガス等を利用して、出口付近の水分含有量を低下乾燥させる機械装置であり、告示別表一の「高温焼却装置」には該当せず、特別償却の適用はない。
（原告の主張）
前記のように、本件施設は一体として耐用年数省令２条１号、２号に該当するものであり、公害等の防止に資する機械その他の減価償却資産のうち政令で定めるものとして、措置法４３条１項１号により、特別償却が認められる。
(4) 争点(4)（本件事業年度の税額計算（本件各処分の適法性））
（被告の主張）
以上の被告の主張を前提に、相当の法令を適用すると、別紙３のとおり、原告の本件事業年度の法人税に係る納付すべき税額は、１２８４万１１００円となる。そして、本件更正処分において納付すべき税額とされた１０３９万８８００円は、上記金額を超えるものではないから、本件更正処分は適法である。
また、原告は、本件事業年度の法人税について納付すべき税額を過少に申告していたものであり、そのことについて国税通則法６５条４項に規定する正当な理由はないから、相当の法令を適用すると、原告に課されるべき過少申告加算税の額は２８万９５００円となり、本件賦課決定処分に係る過少申告加算税の額はその額を超えるものではないから、本件賦課決定処分は適法である。
（原告の主張）
本件施設のうち、機械及び装置（廃棄物ピットを含む）であるものの取得金額は２３億０１０２万２６１２円であり、これらを一体として耐用年数を７年とした上で、特別償却を適用すると、本件事業年度の法人税に係る納付すべき税額は８４６万２６００円となり、本件更正処分において納付すべき税額とされた１０３９万８８００円は上記額を超えるから、本件更正処分は違法であり、上記額を超える部分は取り消されるべきである。
そして、原告の税額の申告は過少なものではないから、過少申告加算税を課すことは許されず、本件賦課決定処分も違法である。
第３ 当裁判所の判断
１ 本件施設の各設備の機能等
前記前提事実に加え、証拠（甲２ないし４、９、１０、１３、１７、２１、２２、乙４、９、１０、３２）及び弁論の全趣旨によれば、争点の判断の前提となる本件施設の各設備の能力、機能等に関し、以下の事実が認められる。
(1) 本件施設の処理能力
本件施設は、原告Ｂ事業所内において、施設内に搬入する産業廃棄物を焼却処理により減容化する目的の施設であり、そのフローシートは別紙２のとおりであり、その設計処理能力は、焼却能力が２４時間当たり７５トンを２系列、汚泥乾燥能力が２４時間当たり１００トンを１系列である。
Ｃは、本件施設の性能保証事項として、焼却能力につき、乾燥状態において不燃物を含む焼却灰の熱灼減量は１０パーセント以下であること、排ガス処理能力につき、ばいじんが０．０４グラム／ノルマル立方メートル（０℃及び１気圧の環境下における１立方メートル当たりの数値）以下、硫黄酸化物がＫ値３（２８３ｐｐｍ）以下、塩化水素が２５０ミリグラム／ノルマル立方メートル（１５３ｐｐｍ）以下、窒素酸化物が１２０ｐｐｍ以下であることを挙げている。また、本件施設における煙突排出ガス濃度は、ダイオキシン類が０．１ナノグラム／ノルマル立方メートル以下として設計されている。
(2) 本件施設における産業廃棄物の処理と各設備部分
ア 本件施設に搬入された産業廃棄物は、医療系感染性廃棄物を除き、まず、廃棄物ピットに投入される。医療系感染性廃棄物は、医療系廃棄物コンベヤにより、直接投入ホッパからロータリーキルンへ投入される。
イ 廃棄物ピットは、廃棄物を一時貯留するための設備である。焼却炉の始動時や停止時には炉内の温度が低下することでダイオキシン類をはじめとする大気汚染物質が発生しやすいため、本件施設では、大気汚染防止の観点から本件焼却装置を２４時間連続稼働しており、その関係で、廃棄物ピットは、廃棄物を安定供給するために、本件焼却装置の処理能力にして最大約４日分の処理量を貯留できる容積である１２７０立方メートルとなっている。
廃棄物ピットは、鉄筋コンクリート造で、本件施設の建屋の床部分を掘り下げて設置されており、建屋を支える基礎の一部でもある。廃棄物ピットの深さは１０．５メートルあり、その内側には防水加工が施され、廃棄物ピットの側壁の上部に工場棟の側壁が連なり、廃棄物ピット上部が工場棟に覆われていて、貯留中の廃棄物が雨風にさらされるのを防いだり、周辺地域に舞い上がったり、あるいは悪臭が出ることを防止している。
ウ 本件施設で受け入れる廃棄物は種々雑多であり、これらを均質化することなく本件焼却装置に供給すると、ロータリーキルンや再燃焼室での燃焼が不十分となり、本件焼却装置内の温度が下降してダイオキシン等の大気汚染物質が大量に発生したり、逆に温度が過度に上昇して炉を損傷することになりかねない。これらの事態を避けるためには投入する廃棄物の成分を均質にする必要があり、廃棄物ピットにおいては、廃棄物クレーンを用いて廃棄物を解砕・撹拌し、できるだけ均一化した後に、廃棄物クレーンを用いてロータリーキルンへの投入口である投入ホッパへと、廃棄物を投入している。廃棄物クレーンは、その稼働時間にして約６割が解砕・撹拌のために利用されている。
このように廃棄物クレーンによる解砕・撹拌は廃棄物ピット内で行われているものの、廃棄物ピットそれ自体は、廃棄物に対し何らかの作用を加えているものではない。
エ 投入ホッパは、二重ダンパー構造を採用し、これを交互に開閉することで、ロータリーキルン内の空気と外気が直接触れることを防止している。こうした二重ダンパーと、バグフィルターの後方に設置した誘引ファンにより、投入ホッパからバグフィルターまでの連続する内部の気圧をマイナスに保つことで、廃棄物や悪臭、熱風が外部に出ないようにするとともに、ロータリーキルンからバグフィルターまでを外気から遮断している。
オ 投入ホッパから供給された廃棄物は、ロータリーキルンにおいて、まず、蒸し焼きにされる。
ロータリーキルンは、廃棄物を回転させ撹拌、混合しながら、３０分から４０分かけて、バグフィルター通過後の誘引ガスや再燃焼室からの輻射熱により、廃棄物を蒸し焼きに、プラスチックを熱分解によりガス化させて燃焼させる。そうして、生じた燃焼ガスを再燃焼室へと供給するとともに、表面燃焼しやすい状態に加熱、乾燥した未燃・未分解固形物及び固形炭化物を後燃焼ストーカ上へと定量かつ連続的に供給している。
ロータリーキルンの設置目的は、廃棄物をゆっくりガス化させた後に焼却することで、再燃焼室における安定的な高温燃焼を可能にし、黒煙・すすやダイオキシン類の発生を抑制するというところにある。
カ 後燃焼ストーカは、ロータリーキルンで燃焼させた後の残渣を完全燃焼させるための部分であり、再燃焼室の下部を構成している。底部の火格子下から押込ファンで空気を送り込み、火格子の往復運動により廃棄物を撹拌することにより、ロータリーキルンで気化しない固形部分を完全燃焼させる。
後燃焼ストーカでの高温燃焼により、ダイオキシンをはじめとする有害な大気汚染物質の発生を抑制するとともに、再燃焼室の燃焼温度を高く保持することができる。後燃焼ストーカでの燃焼残渣は、可動式の火格子によって移動され、後燃焼ストーカ下の再燃焼室ピット内に設置された灰出コンベヤ等によって、本件施設外へと搬出される。
キ 再燃焼室は、ロータリーキルン及び後燃焼ストーカで発生したガス等を燃焼させる部分である。その形状は、高さ約１８メートル、上部が円錐形状、下部が円柱形状で、その内部は空洞で、側壁下部には、内部に空気を挿入する押込ファンや助燃バーナが、側壁上部には汚水、廃液を内部に噴射する廃液噴霧ノズルが設定されている。
燃焼時には、酸素が足りないと不完全燃焼となり黒煙・すす、一酸化炭素、ダイオキシン類等が大量に発生してしまうため、再燃焼室では、底部及び壁面から押込ファンで多量の空気を送り込んで酸素を豊富に供給し、燃焼ガスが２秒以上炉内に留まる設計となっており、さらに助燃バーナを設置して、８５０度以上の高温での完全燃焼を維持している。このような処理により、一旦発生したダイオキシン類も高温燃焼によって分解され、黒煙・すす及び一酸化炭素も完全燃焼（酸化）により二酸化炭素に転換されることになる。
その反面、過度の高温燃焼は、大量の窒素酸化物（サーマルノックス）を発生させたり、炉の損傷を増長したりしてしまうため、廃液噴霧ノズルにより毎時最大１１００リットルの廃液を噴霧することで、再燃焼室内の燃焼温度が過度に高くならないよう制御している。
廃油処理装置及び廃液処理装置は、タンク、ポンプ及び廃液噴霧ノズルからなり、上記のとおり再燃焼室内の燃焼温度を卸御する目的のほか、廃油及び廃液を焼却処理する目的がある。廃油処理装置は廃油をバーナで燃焼させる方法で、廃液処理装置は廃液を再燃焼室内に噴霧することで焼却処理する。
ク 再燃焼室ピットは、再燃焼室、ガス冷却室及び後燃焼ストーカの下部に設置された凹形状の鉄筋コンクリート製のピットである。再燃焼室ピットは、地面と同一レベルから掘り下げられ、地下１階部分に相当するレベルに設置されており、床及び壁面を有し、天井部分が再燃焼室の下部となっていることで、独立した空間が確保されている。その内部には、灰出コンベヤ及びケーシングが設置されているほか、照明器具、排水装置及び階段が設置され、メンテナンス等のために人が出入りすることが想定されている。
また、再燃焼室ピットは、上部の再燃焼室の基礎ともなっており、上部の設備の重量を支えるよう設計され、鉄筋コンクリートによる堅固な構造となっている。そして、地平面を掘り下げて地下部分に再燃焼室ピットが設置されたのは、再燃焼室ピットを地上に設置すると、廃棄物ピットの上の建屋から再燃焼室までの設備等を、地平面を掘り下げて地下部分に再燃焼室ピットを設置した場合と比較して、高い位置に設置しなければならず、上部設備の重量を支持するための鉄骨類の物量が増大しコスト高となることから、これを地下に設置することで上部設備の重量を支持するための鉄骨類の物量を削減することができ、建設コストの削減となるからである。
ケ 再燃焼室で約１０００度程度となった燃焼ガスは、その上部のガス冷却室で水を噴射することにより、約７００度まで減温されて、廃熱ボイラへと送られる。廃熱ボイラは、ダイオキシン類の再合成を避けるためにガスを急速に冷却する設備であり、ガス冷却室から排出されたガスは、配管に水を流すことによる間接冷却の方法で、約３００度まで減温され、減温塔に送られる。
廃熱ボイラでは、減温の過程で高温の蒸気が発生するため、この蒸気で蒸気タービンを回転させることで本件施設において使用する電気を発電し、本件施設の全消費電力の約８０パーセントを賄っている。蒸気タービン等の設置は、Ｃがエネルギーリサイクルの観点から推奨しているものであるが、蒸気タービン等が設置されていなくとも、廃熱ボイラの冷却機能には影響がない。
コ 廃熱ボイラから減温塔に送られた燃焼済ガスは、減温塔において約２００度まで冷却され、その上でバグフィルターにより粉じん等の除去作業を行い、煙突から排出される。
サ 本件施設では、食品加工、下水処理、し尿処理に伴い発生する有機汚泥を処理することが想定されていたところ、こうした有機汚泥は、そのまま他の廃棄物同様に処理すると、大量の一酸化炭素、窒素酸化物、塩化水素、硫黄酸化物、アンモニア等の有害物質が発生する。そのため、汚泥乾燥装置により、再燃焼室上部の高温の燃焼ガスによって有機汚泥を乾燥させている。
乾燥した汚泥は、他の廃棄物とともに廃棄物ピットに投入することで本件施設において燃焼処理されるか、あるいは、その物質によってリサイクル可能であれば本件施設外に搬出されることもあり得る。
２ 減価償却資産に関する法令の適用方法及び解釈について（争点(1)）
(1) 減価償却資産の耐用年数を定める方法について
ア 原告は、本件施設を一体とみた上で、その耐用年数及び特別償却の可否を検討すべきであると主張するため、まず、減価償却資産の耐用年数を定めるに当たっての判断方法について検討する。
イ 法人税法２条２３号は、同法３１条により法人税において損金算入できる減価償却資産について、「建物、構築物、機械及び装置、船舶、車両及び運搬具、工具、器具及び備品、鉱業権その他の資産で償却すべきものとして政令で定めるものをいう。」と規定して、建物、構築物、機械及び装置等を明確に区別して規定し、同法の委任を受けた令１３条は、建物及びその附属設備、構築物、機械及び装置、船舶、航空機、車両及び運搬具、工具、器具及び備品、一定の無形固定資産並びに一定の生物を減価償却資産として列記している。
さらに、令４８条以下において、減価償却資産の償却の方法を規定するとともに、令５６条において、減価償却する場合の耐用年数、減価償却資産の耐用年数、当該耐用年数に応じた償却率及び残存価格については財務省令で定めるところによる、と規定し、同条による委任を受けた耐用年数令は、令１３条の上記の各資産の区別を前提として、別表第一ないし第四に従って、各資産について更にその構造又は用途、細目に応じたそれぞれの耐用年数を定めており、令１３条が定める減価償却資産のうち、機械及び装置については別表第二を、無形固定資産については別表第三を、生物については別表第四を、その余の減価償却資産については別表第一を、それぞれ適用することを原則としつつ（耐用年数省令１条１項）、汚水処理の用に供されている減価償却資産、ばい煙処理の用に供されている減価償却資産、農林業用の減価償却資産及び開発研究の用に供されている減価償却資産については、上記原則にかかわらず、それぞれ、別表第五、別表第六、別表第七及び別表第八の適用があるものとしている（同２条）。これらのうち別表第五及び別表第六では、「種類」として、構築物並びに機械及び装置が掲記されている。構築物並びに機械及び装置は、別表第八の「種類」にも掲記されている。また、別表第七の「種類」には、構築物並びに機械及び装置を用途ごとに細分化したものが掲記されている。
ウ 以上のような関係各法令の規定ぶりからすると、法令の規定を離れて減価償却資産の一体性の有無を検討することには意味がなく、減価償却資産とその耐用年数については、当該資産が令１３条各号のいずれに該当するかをまず定める必要があり、その上で、同条各号にいう構築物又は機械及び装置に該当するものについて、耐用年数省令の規定する汚水処理の用に供されている減価償却資産と認められるものには別表第五を、ばい煙処理の用に供されている減価償却資産と認められるものには別表第六を特に適用するなどし、別表第五から別表第八までの適用がないものについては、通常の法定耐用年数を定める別表第一又は別表第二の適用があるものとなると解すべきである。
そうすると、減価償却資産の耐用年数を定めるに当たっては、同資産が、令１３条各号に規定されたいかなる種類の減価償却資産に当たるかを定める必要があるといえる。
(2) 機械及び装置に該当する資産の耐用年数省令の適用について
本件施設のうち、廃棄物ピットを除く部分が令１３条各号にいう「機械及び装置」であることについては、当事者の間に争いがないから、「機械及び装置」に該当する償却資産の償却単位について、検討する。
ア 前提となる事実関係
証拠（乙１７、１９ないし２２、２４、２６ないし２８）及び弁論の全趣旨によれば、次のとおり認められる。
(ア) 減価償却は、企業会計上、企業が設備等に投下した資本をその設備等の効用持続年数に応じて費用配分する手法であるから、償却期間は、本来的には、当該設備等の効用が維持する期間に応じて各企業により公正に算定されるべきものであるが、課税の公平の観点からは画一的な基準を設ける必要があるため、耐用年数省令によって法定耐用年数が定められている。
(イ) 法定耐用年数は、通常の維持補修を行うとした場合の通常の効用持続年数を想定し、これに一般的な陳腐化を折り込んで算定する。この場合、著しい技術革新や経済情勢の変化による特別の陳腐化や不適用化といったものについては、耐用年数の短縮という別途の制度によって処理するという考え方が基本となっている。したがって、一般的な法定耐用年数としては、著しい技術革新や経済情勢の変化による特別の陳腐化や不適用化は取り上げず、通常程度の陳腐化を想定して、効用持続年数について調整を加えて算定をすることとしているものである。そして、機械及び装置については、機械及び装置が総合償却資産としての性質を有することに鑑み、個々の資産を単位とするのではなく、標準設備（モデルプラント）を想定し、その構成に基づき、その設備を構成する資産を一括して、総合的な持続年数を算定するものとなっている。具体的な算定方法は、モデルとなる工場設備のまとまりを選定し、これを構成する機械及び装置をその用途又は製造設備ごとに区分し、これを一つのグループとした上で、構成する個別の資産の耐用年数を見積もり、各資産の価額を加重平均するというものである。
このように算定されたものが、別表第二に掲記されている機械及び装置の耐用年数であり、ここでは、一つの「設備の種類」に該当する工場設備を一体となって構成する機械及び装置の全部について、当該設備の種類の耐用年数を適用することを前提として、当該設備の種類の通常の耐用年数を算定したものが、耐用年数として特掲されている（耐用年数通達１－４－２参照）。そして、「設備の種類」が特掲されていないものについては、別表第二の番号３６９に掲げられている「前掲の機械及び装置以外のもの並びに前掲の区分によらないもの」の耐用年数を適用することになる。
なお、モデルプラントと構成が著しく異なる設備や、別表第二に「設備の種類」が特掲されていない設備であって、法定耐用年数が実情に合致しない場合には、耐用年数通達で特に定めているものを除き、令５７条の定める耐用年数の短縮の制度により、解決を図る建前となっている。
そして、別表第二においては、機械及び装置の耐用年数表として、「設備の種類」について、食品の製造設備、繊維や織物の製造設備、化学製品の製造設備、機械製品の製造設備、車両、鉄道、ガス、送電等の設備等３００以上に及ぶ製品等の製造設備を事細かに挙げ、更に、「設備の種類」のうち「細目」を定め、それぞれに耐用年数を規定している。
(ウ) 一方、ばい煙処理用減価償却資産あるいは汚水処理用減価償却資産に係る償却期間（耐用年数省令２条２号・同条１号、別表第六・別表第五）は、昭和３８年度の税制改正によって導入された「特殊の減価償却資産の耐用年数」の定めである。この定めは、当時、工場排水や排ガスによる公害が大きな社会問題となっていたこと、技術革新が急速に進みつつあったことなどから、公害を積極的に防止するための設備については、特に短い耐用年数により償却を認めることによって、設備の更新をしやすくし、新しいばい煙処理・汚水処理技術の導入を促進するとともに、そのような当該企業の社会的努力に応えようという政策的な配慮から定められたものである。
そうすると、別表第六あるいは別表第五に定められている耐用年数は、会計上の費用の期間配分を目的とし、平均的な効用持続期間に基づいて耐用年数を定めた本来の減価償却制度とは異なり、政策目的のための特別優遇措置として、公害防止対策という観点を付加して定められた期間であるということができる。
そして、耐用年数省令２条２号は、ばい煙処理用減価償却資産で別表第六に記載されているものにつき同別表の適用があるものとしているが、別表第六では、別表第二のように工場設備を構成する資産を一体として規定するのではなく、機械及び装置として、これと一体と認められる排気管及び放出筒も含むとあえて規定し、個別の資産単位で適用する趣旨を明らかにしている。
イ(ア) 償却資産の単位の判断基準
以上によれば、別表第二に掲記されている「機械及び装置」の償却単位は、別表第二の「設備の種類」に規定されている程度に、通常であれば別々の機能や用途を果たし得る単位といえるかどうかを考慮し、その限度に細分化された単位を基準として判断をするのが相当である。
また、ある資産がばい煙処理用減価償却資産に該当するかどうかは、個別の資産ごとに検討すべきであり、その上で、ばい煙を公害の生ずるおそれのない状態で排出するため特に設けられた構築物並びに機械及び装置と認められるものについてのみ別表第六の適用があると解すべきである。具体的には、ばい煙処理の用に直接供されている設備のほか、生産設備等より生じたばい煙を当該ばい煙処理用の設備に導入するための送配管や、排ガスの冷却器、通風機、ダスト搬送機、同貯留器等には、ばい煙処理に直接関係があるものとして適用があるというべきである（耐用年数通達２－２２－１、２－２２－３参照）。耐用年数省令２条１号による汚水処理用減価償却資産への別表第五の適用についても、同号は同条２号と同一の趣旨により置かれた規定であることからして、同様に解される（耐用年数通達２－２１－１、２－２１－４参照）。
したがって、機械及び装置については、別表第二は同表の「設備の種類」に記載された設備に一括して適用されるものの、これは当該設備が資産として単一の機械及び装置であることを意味するわけではなく、各別表はいずれも、当該設備を構成する個別の資産を単位として適用されるというべきである。
(イ) 耐用年数省令別表の適用の順序
上記の認定判断を前提とすると、機械及び装置について、別表第六あるいは別表第五が適用されないものには、通常の法定耐用年数を定めた別表第二が適用される関係にあることになるから、ある工場設備がばい煙処理や汚水処理の施設を有している場合に、当該設備を構成する個別の資産のうち、ばい煙処理用機械装置あるいは汚水処理用機械装置に該当する資産には別表第六あるいは別表第五を適用し、残りの資産には別表第二を適用していくことになると解するのが相当である。
(3) ばい煙処理用減価償却資産の意義等について
本件においては、本件施設が耐用年数省令２条２号のばい煙処理用減価償却資産に当たるかについても、争点となっているところ、その判断の前提として、ばい煙処理用滅価償却資産の意義等が問題となる。
ア ばい煙処理「の用に供されている」の意義
既に摘示したとおり、耐用年数省令２条２号の別表第六における耐用年数は、政策目的のための特別優遇措置として定められたものであること、別表第六は、機械及び装置として、これと一体と認められる排気管及び放出管も含むと敢えて規定していることなどに照らせば、ばい煙処理「の用に供されている」といえるためには、ばい煙処理の用に直接供されている設備のほか、生産設備等により生じたばい煙を、ばい煙処理用設備に導入するための送配管など、ばい煙処理に直接関係がある機械及び装置等であることを要すると解するのが相当である。
原告は、当該減価償却資産において、現実にばい煙の処理が行われてさえいれば、耐用年数省令２条２号の適用がある旨主張するが、上記説示したところに照らし、採用できない。なお、原告は、ばい煙が発生する部分が同時にばい煙を処理する部分であったり、ばい煙処理を行っている部分に焼却機能があったりしても、当該資産の別表第六該当性が否定されるものではないなどとも主張するが、いずれも採用の限りではない。
イ ばい煙処理用減価償却資産の「ばい煙処理」の内容と解釈
(ア) 耐用年数省令の規定とその内容
耐用年数省令２条２号は、ばい煙処理を、ばい煙の「重力沈降、慣性分離、遠心分離、ろ過、洗浄、電気捕集、音波凝集、吸収、中和、吸着又は拡散の方法その他これらに類する方法による処理」と具体的に定義づけているところ、これらで挙示されている処理の方法は、中和以外については、いずれも既に発生したばい煙を物理的に除去するものであり、また、中和については、既に発生したばい煙に当たる物質を、酸と塩基の反応によって中性の塩に化学的性質を転換させるものである。
(イ) 上記規定の解釈の在り方
ａ 原則
前記のとおり、法定耐用年数算定の基本的な在り方としては、通常の維持補修を行うとした場合の通常の効用持続年数（通常の維持補修をした場合の物理的使用可能期間）を想定し、また一般的な陳腐化を折り込んで算定するものであって、著しい技術革新や経済情勢の変化による特別の陳腐化や不適用化といったものについては、耐用年数の短縮という別途の制度によって処理し、一般的な法定耐用年数としては、著しい技術革新や経済情勢の変化による特別の陳腐化や不適用化は取り上げないこととしているものと認められる。また、機械及び装置については、著しい技術革新や経済情勢の変化により、その構成などが著しく異なるため法定耐用年数が実情に合致しない場合には、耐用年数通達で特に定められているものを除き、別途耐用年数の短縮等の制度によって解決を図るという基本的な考え方に立脚していると認められる。
これらのことに加え、耐用年数省令２条２号が、大気汚染による公害防止という政策目的のために設けられた特別優遇措置であることを併せ考えると、著しい技術革新や経済情勢の変化による特別の陳腐化や不適用化、あるいは、技術革新や経済情勢の変化等により、法定耐用年数が実情に合致しなくなっている場合には、耐用年数の短縮等の改正等の適切な措置がなされていないなどの特段の事情がない限り、同条同号の文言は、課税基準としての公平性や課税額の予測可能性を確保する趣旨からしても、規定文言に即して解釈されるべきであって、安易に類推、拡張解釈や柔軟な解釈がなされるべきではないというべきである。
ｂ 特段の事情の有無
上記のような耐用年数省令の解釈の在り方に関する原則を前提とすると、上記「特段の事情」の有無を更に検討する必要がある。
(a) 前提事実
証拠（乙２５ないし２７）及び弁論の全趣旨を総合すれば、以下の事実が認められる。
(あ) 昭和３８年、ばい煙処理用減価償却資産について、耐用年数を短縮して減価償却を早期に行うことによって、税制の面からも都市環境衛生の改善に資する目的で固定資産の耐用年数等に関する省令（昭和２６年大蔵省令第５０号）の一部を改正する省令（昭和３８年大蔵省令第２１号）が制定された。
(い) その後、耐用年数省令が制定（昭和４０年）され、更に、ばい煙処理用設備に、高さ７０メートル以上の煙突が新たに加えられ（昭和４１年改正）、ばい煙処理設備としての耐用年数の適用が認められる設備について、鉱山において採掘等に伴って生ずる粉じん処理設備についても適用することに改められ（昭和４５年改正）、平成２０年、別表第五及び第六が統合されて新しい別表第五として機械及び装置の耐用年数が５年に短縮された。
(う) 公害防止対策としての税法上の措置としては、その対象資産の範囲などについて不十分と考えられたので、汚水処理設備及びばい煙処理設備について、公害防止設備として初年度３分の１の特別償却制度が認められ（昭和４４年改正）、その償却率が２分の１に引き上げられた（昭和４６年改正）。その後も、全般的に特別償却率が引き下げられた中で、公害防止設備の特別償却率はそのまま据え置かれ、昭和５２年度の改正で特別償却率が３分の１に引き下げられた。その後も、複数回にわたって、租税特別措置の整理合理化の一環として、以下に記載のとおり、対象設備のうち、期限が到来するものを中心に、対象設備の範囲、特別償却率等の見直しが行われている。
(え) 産業廃棄物処理用設備のうち、高温焼却装置について焼却能力の要件が付加され（昭和５８年度改正）、ばい煙処理用設備の範囲の縮減として貯水池（平成５年度改正）、水路（平成６年度改正）が除外される一方、汚水処理設備の範囲が拡充（雨水貯留槽、平成７年度改正）されるなど、数回の改正が行われ、経済的変化や技術革新に伴い、産業廃棄物処理用設備の対象となる資産の範囲が、整理、合理化された。
(お) 産業廃棄物処理用設備の範囲に、ばい煙処理装置が追加されるとともに、高温焼却装置の設備要件の見直しが行われ（平成１０年度改正）、公害防止用設備の範囲にダイオキシン類の排出抑制に資する一定の設備が追加された（平成１２年度改正）。
(b) 判断
以上のような減価償却法制に関する事実経過を前提とすると、法令は、公害防止用設備のうち、ばい煙処理用減価償却資産について、技術革新や社会情勢の変化に対応して、相応の措置を行っているものと認められ、本件においては、他に、前記特段の事情が存在することをうかがわせる事情を認めるに足りる証拠もないというべきである。
(ウ) まとめ
以上によれば、耐用年数省令２条２号の解釈に当たっては、文言に即した解釈がなされるべきであると認められる。
原告は、同号の「その他これらに類する方法による処理」という文言等を根拠に、「ばい煙処理」について、積極的に類推解釈、拡張解釈を行い、省令の趣旨、目的に合致するものを積極的に包摂していくべきであると主張するが、上記説示したところに照らし、採用できない。また、原告は、「その他これらに類する」との文言の解釈方法につき、耐用年数省令や耐用年数通達の文言ないし規定ぶり（単純列挙、「限る」、「除く」）等を挙げて縷々主張するが、独自の見解であり、失当である。
３ 本件施設の減価償却資産としての単位及び評価について（争点(1)）
上記のような減価償却資産に関する法令の適用方法、解釈を前提として、本件施設の減価償却資産としての単位及び評価について、順次検討する。
(1) 本件施設の減価償却資産としての一体性について
ア 前記前提事実及び認定事実によると、本件施設は、受入供給、燃焼、燃焼ガス冷却、排ガス処理、余熱回収、通風、灰出し、給排水、余熱利用など各種の機能を有する設備部分及び建物部分から構成され、各設備部分ごとに仕様が定められていることからすれば、単一の機械装置ではなく、複数の機械装置等が複合して形成されている設備及び建物というべきである。
そして、本件施設の設計者であるＣは、確定仕様書（甲４）のとおりに各設備部分を区分していることからすると、本件施設の構成要素である個別の資産（機械及び装置）の内容については、基本的には、同仕様書の区分に応じて捉えるのが相当である。
そうすると、本件施設については、まず、その構成要素である個別の資産のうち、「建物」に該当するものと「機械及び装置」に該当するものとを区別した上、「機械及び装置」に該当する資産については、どの資産（機械及び装置）が、ばい煙処理用機械装置あるいは汚水処理用機械装置に該当するかを検討し、それが肯定された場合に、同資産には別表第六あるいは別表第五を適用し、残りの資産には別表第二を適用することになるというべきである。イ(ア) これに対し、原告は、①一体の減価償却資産として捉える範囲については当該資産の機能や経済的効用を十分に勘案して判断すべきところ、本件施設は、ばい煙を大気中に排出することなく、廃棄物廃棄物を焼却することを目的として作られた有機的一体の施設である、②本件施設の各部分は相互に連動して一連の処理を行うべく設計され、一体として一箇所に設置され、各部分相互に利用関係があるなどとして、このような場合には、税法上、その全体を一体と見た上で、耐用年数及び特別償却の可否を検討すべき旨主張する。
確かに、前記認定の事実によれば、本件施設は、多数の設備が相互に関連し合って作動し、廃棄物を処理した上、その中途で発生するばい煙等や可燃性ガスを化学反応させて、大気汚染防止を目的とする法令が規制する基準を満たすよう処理するものであるとはいえる。しかしながら、法人税法上、様々な機能を有する設備が複合して作動しているある機械装置について、どの範囲ないし単位で減価償却資産として損金計上ができるかについては、前記のとおり、通常、別々の機能や用途を果たし得る単位といえるかどうかを考慮し、その限度に細分化された単位を基準として判断すべきであることに照らすと、本件施設が現実に前記のような機能を有する設備であるからといって、直ちに、本件施設全体が単一単位としての減価償却資産であるということはできない。そして、前記認定のとおり、本件施設には、社会通念上建物と評価されることが明らかな工場棟が存在し、また、廃棄物の処理及び作業工程においても廃棄物を受け入れる設備、これを焼却する設備、給排水設備、電気設備、運搬設備等それぞれ異なる機能や用途を有する諸設備が存し、各設備ごとに、通常、別々の機能及び用途に供することができると認められる上、本件施設の製造者が作成した確定仕様書（甲４）や製造費用等の詳細見積書（乙４添付資料２）の記載に照らすと、各設備ごとに、修繕をし、取り替えあるいは廃棄等の処分をすることも物理的には可能であって、実際上も、各設備ごとに耐用年数は異なるものと推認される。
そうすると、本件施設は、建物や各設備ごとに区分して、それぞれの効用に従った耐用年数を考えることができ、前記のとおり、法人税法を始めとする関係各法令の規定の趣旨に照らしても、それぞれの規定による建物や各設備ごとに減価償却すべきものと解するのが相当である。また、ばい煙処理用機械装置の耐用年数を定めた別表第六は、前記のとおり一般的な費用の期間配分の方法の例外として、公害防止という政策目的のための特別措置として償却期間を定めているものであるから、別表第二のように機械装置が複合した設備に一括して適用することまでは想定されていない上、前記認定の事実を総合すれば、本件施設は、産業廃棄物を焼却して減量することを本来の目的とする施設であって、本件施設全体を、ばい煙処理の用に供されている施設及び汚水処理の用に供されている施設と解することも困難である。
したがって、本件施設につき、本件施設の有機的一体性等を理由に、減価償却の単位を一つであるとする原告の上記主張は採用できない。
(イ) 原告は、本件施設を一体として一つの減価償却資産と捉え、別表第二及び第六の適用を検討すべき根拠として、上記のほか、①かかる解釈が耐用年数通達１－４－２に合致すること、②有機的に結合して特定の目的に向けて稼働を行う集合体が、一体として設置・廃棄されることを予定しているときは、会計上も、単一資産と評価されるべきこと、③通常であれば別々の効用を果たし得る単位に細分化すべき、といった解釈は、課税要件明確主義に反することなどを指摘する。
ａ しかし、耐用年数通達１－４－２は、その書きぶりに照らすと、「その機械及び装置が別表第二に掲げる「設備の種類」のいずれに該当するかは、当該機械及び装置により生産される最終製品に基づき判定する。」という部分が、耐用年数省令の解釈を示す部分であって、その部分に、同通達を発出した意義があると解され、原告指摘の「機械及び装置が一の設備の種類に該当する場合には、当該設備を一体となって構成する機械及び装置の全部について、当該設備の種類の耐用年数を適用する」との部分は、あくまでも、「機械及び装置が一の設備の種類に該当する」場合の別表の適用方法を示すにすぎず、「どのような場合に「機械及び装置が一の設備の種類に該当する」といえるのか」についての解釈を示したものではないから、耐用年数通達１－４－２をもって、本件施設を一体とみるべき根拠になるものと解することはできず、まして、上記通達が示す解釈が適用されない別表第六のばい煙処理用減価償却資産に、本件施設が一体として該当するとみるべき根拠になるとは到底解されない。よって、原告の上記①の指摘は失当である。
ｂ また、企業会計原則においても、具体的な耐用年数や償却方法の選定等については、具体的な定めはなされていないから、各企業の合理的かつ適正な判断に委ねていると解されるところ、証拠（乙１８）及び弁論の全趣旨によれば、税法上の償却計算の具体的内容が、企業の償却計算の際にも概ね受け入れられていると認められるから、有機的に結合して特定の目的に向けて稼働を行う集合体が、一体として設置・廃棄されることを予定しているときは、会計上も、単一資産と評価されるべきとは解されないのであって、これに反する原告の主張は採用できない（なお、欧米の会計理論と整合しない旨の主張は、我が国の税法上の減価償却制度が、課税の公平の要請に基づいて定められていることに照らすと、欧米の会計理論が税法の解釈を左右しないことは明らかであり、独自の見解に基づく主張にすぎないというべきである。）。
ｃ そして、租税法規においては、恣意的な課税の防止や国民の予測可能性の確保の観点から、課税要件の明確性が要求される（課税要件明確主義）としても、減価償却資産の単位を、通常であれば別々の効用を果たし得る限度に細分化して捉えるということは、当該設備の構造、機能・用途や、設計仕様書等の資料等により客観的に判断することが可能であり、一般人にとって十分に明確な基準ということができるのであって、何ら上記要請に反するものではないから、原告の上記③の指摘は失当である。むしろ、原告の主張するように、複数の設備の集合体を、その利用状況、稼働目的、設置位置、一体として設置・廃棄される予定の有無等の個別的・主観的事情に応じて、一体の減価償却資産と評価したりしなかったりするとすれば、「一体」の判断基準が曖昧となって、かえって恣意的課税を招くとともに予測可能性を害し、課税要件明確主義の要請に反するともいえるのである。
(ウ) 以上によれば、本件施設を一体の償却資産と評価すべき旨の原告の主張は採用できない。
(2) 本件施設のばい煙処理用減価償却資産該当性について
ア 本件施設がばい煙処理「の用に供されている」と評価することの可否
(ア) 既に摘示したとおり、ばい煙処理「の用に供されている」といえるためには、ばい煙処理の用に直接供されている設備のほか、生産設備等により生じたばい煙を、ばい煙処理用設備に導入するための送配管など、ばい煙処理に直接関係がある機械及び装置等であることを要すると解するのが相当であるところ、前記前提事実及び認定事実によると、本件施設の設備の中には、ばい煙処理に直接関係がないと認められる機械及び装置等が含まれていると認められるから、本件施設全体をばい煙処理用減価償却資産と評価することはできないというべきである。
(イ)ａ原告は、本件施設が一つの減価償却資産であることを前提に、当該減価償却資産において、現実にばい煙の処理が行われてさえいれば、当該償却資産全体について、耐用年数省令２条２号の適用がある旨主張するが、既に摘示したとおり、同号を原告の主張するように解釈することはできない上、本件施設全体を一つの減価償却資産として捉えることもできないから、原告の主張はその前提を異にするものであって、採用できない。
ｂ 原告は、本件施設が一つの減価償却資産であることを前提に、通達の解釈に当たっては社会の慣行を尊重して弾力的に行うべきであるとした上で、原告は本件施設で有害物質を法規制を下回る値に処理できるようにするために多額の損失を被っており、その費用はばい煙処理のみに向けられていたものであるから、本件施設は耐用年数通達２－２２－１の「ばい煙等を公害の生ずる恐れのない状態で排出をするため、特に施設されたばい煙処理の用に供される減価償却資産」に当たると解すべきと主張する。
しかし、本件施設全体を一つの減価償却資産として捉えることはできないから、原告の主張はその前提を欠いている上、上記通達の内容自体からも明らかなように、同通達の適用対象に該当するためには「…ため、特に施設されたばい煙処理の用に供される減価償却資産」である必要があり、同通達には、注として、「ばい煙等の処理によって得られる余熱等を利用するために施設された減価償却資産は、ばい煙処理用減価償却資産に該当しない」と明記されていることにも照らすと、原告指摘の上記事実をもって、直ちに本件施設全体が耐用年数通達２－２２－１にいう「ばい煙等を公害の生ずる恐れのない状態で排出をするため、特に施設されたばい煙処理の用に供される減価償却資産」に該当すると解することはできないから、原告の主張は採用できない。
イ 本件施設における処理が耐用年数省令２条２号に列挙された方法又は「これに類する方法」に該当するとの評価の可否
原告は、①本件施設におけるばい煙等の有害物質、窒素酸化物、硫黄酸化物、塩化水素、ダイオキシン類等の「燃焼」作用、②ばい煙等の有害物質の発生の「抑制」作用、③ばい煙等の有害物質を酸素を含む空気と混合して滞留させることで消滅させる作用、④窒素酸化物を「アンモニアと反応」させて消失させる作用、⑤硫黄酸化物、塩化水素を「熱分解」によって消失させる作用、⑥ダイオキシン類を８５０度以上の空気と撹拌して２秒以上滞留させて消滅させる作用は、いずれも、耐用年数省令２条２号に列挙された処理方法又は「これらに類する方法」に当たると主張するため、この点について検討する。
(ア) まず、①「燃焼」は、同号に列挙された処理の方法には当たらないことは同号の文言上明らかであるところ、「燃焼」とは、物質が酸素と化合する反応であり、列挙された処理方法とは全く異なる化学作用であるから、「これらに類する方法」による処理に該当するともいえない。
(イ) 次に、②ばい煙等の有害物質の「抑制」については、同号に列挙された処理の方法とは明らかに異なる概念である上、ばい煙の「抑制」は、どの程度の効果が上がれば「抑制」とみるのかも概念として不明確であり、基準としての数値を何ら設定しないまま「抑制」に同号の適用を認めると、適用範囲を画することが極めて困難になりかねないものであるから、同号の規定する処理方法に該当するとはいえない。
(ウ) また、③ばい煙等の有害物質を空気と混同して滞留させることで消滅させる作用や、⑤硫黄酸化物、塩化水素を「熱分解」によって消失させる作用については、既に発生したばい煙等の有害物質を、物理的に除去する作用とも、酸と塩基の反応によって中性化する作用（中和）ともおよそ認められないから、同号の規定する処理方法に該当するとはいえない。
(エ) そして、④「アンモニアと反応」させる作用については、アンモニアと窒素化合物を反応させて窒素化合物を除去する還元作用を意味するものと解されるが、「還元」は同号に規定されておらず、また、「中和」作用とは異なる類型の化学反応であるから、同号の規定する処理方法には該当するとはいえない。
(オ) さらに、⑥ダイオキシン類を８５０度以上の空気と撹拌して２秒以上滞留させて消失させる作用については、ダイオキシン類を熱分解させる作用をいうものと解されるところ、ダイオキシン類が「ばい煙」に該当するかは否かはひとまず措くとしても、そのような処理方法自体は、同号において規定されておらず、また、上記(ウ)と同様、熱分解は、物質を化学的に変化させる作用であり、ダイオキシン類を物理的に除去する作用とも、酸と塩基の反応によって中性化する作用とも明らかに異なった類型の化学反応であるから、同号の規定する処理方法に該当するとはいえない。
(カ) したがって、原告の主張する上記①ないし⑥の処理方法は、いずれも耐用年数省令２条２号に列挙された処理方法又は「これらに類する方法」には該当せず、原告の主張は失当である。
(3) 減価償却資産の単位の捉え方について
原告は、仮に、本件施設について、個別具体的な設備ごとに細分化して、減価償却資産の単位として把握するとしても、被告の主張には誤りがある旨主張するので、その点について、更に検討する。
ア 再燃焼室とガス冷却室を細分化することの是非
原告は、再燃焼室とガス冷却室につき、ガス冷却室は再燃焼室の上部部分であり、両者間には隔壁等も存在しないのに、両者を別個の機械装置として、異なる別表を適用するという被告の減価償却資産の単位の捉え方は誤りである旨主張する。
しかし、既に認定したとおり、再燃焼室は、ロータリーキルンで熱分解により生成されたガスと、後燃焼ストーカで発生したガス及び廃油と廃液をさらに完全燃焼させる設備であり、ガス冷却室は、再燃焼室から排出された燃焼ガスに水を噴射することによってその温度を下げる設備であるところ、これによれば、再燃焼室とガス冷却室との間には、物質の燃焼とガスの冷却という機能の著しい違いがあるといえる上、確定仕様書（甲４）においても、別項目として記載（燃焼設備と燃焼ガス冷却設備）されていて、ガス冷却室の項目には「入口ガス温度」と「出口ガス温度」が明記されていることが認められるところ、これらの事実からすれば、ガス冷却室は再燃焼室とは区別された個別の資産（機械装置）といえるから、原告の上記主張は採用できない。
イ 燃焼ガス滞留室を独立の単位として捉えないことの是非
原告は、再燃焼室は焼却炉本体と燃焼ガス滞留室から成り、そのうち燃焼ガス滞留室は、ダイオキシンに関する規制が厳格化する中で設置が義務付けられ、従来の焼却炉本体部分の上部に付加して設置されるようになったという性質を有する設備であることを指摘して、これが独立の減価償却資産の単位を構成し、別表第六の適用があると主張する。
しかし、前記前提事実及び認定事実のとおり、再燃焼室は、一体として、ロータリーキルンで生成されたガスと、後燃焼ストーカで発生したガス及び廃油・廃液を完全燃焼させる効用・機能を果たすものであって、焼却炉本体と燃焼ガス滞留室とで、異なる機能を有するものではない（いずれの部分においても、高温下でガスを分解させる作用を生じさせていることに変わりがない。）上、確定仕様書（甲４）上も、「第２章設備仕様」の中で、「焼却炉本体（再燃焼室）」と、焼却炉本体と燃焼ガス滞留室とを区別することなく一体として記載され、同仕様書のフローシートや配置計画図においても、特段両者を区別した記載はされていないから、これらの点に鑑みると、社会通念上、燃焼炉本体部分と燃焼ガス滞留室部分が別々の効用を果たし得る別個の資産であるとはいえず、再燃焼室は一単位の減価償却資産とみざるを得ないのであって、燃焼炉本体と燃焼ガス滞留室という二つの単位に分解して捉えることは困難である。これに反する原告の主張は採用できない。
ウ まとめ
以上によれば、原告の主張は採用できない。
(4) 小括
原告は、上記摘示の他縷々主張するが、いずれも上記判断を左右するものではなく、採用できない。
したがって、以上の観点から、本件施設の各設備の耐用年数及び特別償却の可否について検討することとする。
４ 争点(2)（各設備の耐用年数）について
以上の判断を前提に、本件施設を構成する設備のうち、争いのある部分の耐用年数を個別に検討する。
(1) 廃棄物ピット
前記前提事実及び認定事実によると、廃棄物ピットは、外部から搬入された廃棄物を一時貯留する鉄筋コンクリート造の設備であり、廃棄物ピットそれ自体は廃棄物に対し何らかの作用を加えるものではないこと、本件施設の建屋の床部分を掘り下げて設置されており、建屋を支える基礎の一部でもあること、その上部空間は、屋根まで吹き抜けで、上部の建屋とともに、外界と遮断する役割を果たしていることが認められる。
そして、証拠（甲４、乙４）によれば、Ｃ作成の焼却炉更新工事確定仕様書では、廃棄物ピットは、第２章「第１３節土木建築」の項目のうち「第２項建築工事」の「２．１全体計画」において、「３）工場棟平面計画」の細目として記載されており、機械室や上屋などとともに工場棟の構成要素とされていること、Ｃ作成の詳細見積内訳でも、廃棄物ピットの工事費用は独立の項目として掲げられておらず、建屋工事の価額に含めて計上されていることが認められる。
これらの事実を総合すると、廃棄物ピットは、その形状や機能からして、それ自体で単一の資産と評価するのではなく、本件施設の建屋と一体をなす建物として評価するのが相当であり、廃棄物ピットは別表第一の「建物」に該当し、その耐用年数は３１年であるというべきである。
(2) 廃棄物クレーン、投入ホッパ及び医療系廃棄物コンベヤ
前記認定の事実によると、廃棄物クレーンは、廃棄物ピットに貯留された産業廃棄物を解砕及び撹拌して均一化した後、投入ホッパに投入・供給する機械であること、投入ホッパは、ロータリーキルンへ廃棄物を供給するための機械であること、医療系廃棄物コンベヤは、医療系感染性廃棄物を直接ロータリーキルンへ投入するための機械であることが認められるが、これらの各機械装置においてばい煙の重力沈降等による処理をしていると認めるに足りる証拠はないから、ばい煙処理用機械装置に該当するということはできない。
そして、これらの資産は、産業廃棄物の焼却処理を行う機械及び装置であるが、別表第二の「設備の種類」に特掲されておらず、その主要な材質が金属であるから、番号３６９の「その他の機械装置」として、１７年の耐用年数が適用されるというべきである。
(3) ロータリーキルン、後燃焼ストーカ及び再燃焼室
ア 前記前堤事実及び認定事実によると、焼却装置であるロータリーキルン、後燃焼ストーカ及び再燃焼室は、廃棄物を焼却して減容する機械であることが認められるが、いずれにおいても、ばい煙の重力沈降等による処理をしていると認めるに足りる証拠はないから、ばい煙処理用機械装置に該当するということはできない。
イ これらの資産は、産業廃棄物の焼却処理を行う機械及び装置であるが、別表第二の「設備の種類」に特掲されておらず、少なくとも、後燃焼ストーカは、その主要な材質が金属であると認められるから、「その他の機械装置」として、１７年の耐用年数が適用されるというべきである。
ところで、原告は、予備的主張として、再燃焼室（原告のいう燃焼炉本体及び燃焼ガス滞留室）及びロータリーキルンは、別表第二・番号３６９に当たるとしても、「主として金属製のもの」には該当せず、「その他のもの」であるから、耐用年数は８年であると主張する。しかし、既に認定したとおり、再燃焼室は、その材質に一般構造用圧延鋼材を使用し、耐火断熱材として炉壁にれんが及びキャスタブル（耐火骨材と水硬性セメントを混合した耐火物）を使用した鋼板製角型（内部耐火物構造）の機械装置であって（甲４）、原告の指摘するように、一般構造用圧延鋼材が設備外側を覆う厚さ６ないし９ミリメートルという薄いものであることを考慮しても、「主として金属製のもの」とみるほかなく、その耐用年数は１７年であるというべきである。また、ロータリーキルンも、既に認定したとおり、主要材質として本体部分に一般構造用圧延鋼材を使用し、耐火物として耐火キャスタブルを使用した機械装置であって（甲４）、原告の指摘するように、一般構造用圧延鋼材が設備外側を覆う厚さ２０ないし２２ミリメートルという薄いものであったことを考慮しても、「主として金属製のもの」とみるべきであって、その耐用年数は１７年であるというべきである。したがって、再燃焼室及びロータリーキルンの耐用年数が８年であるという原告の予備的主張は採用できず、１７年の耐用年数が適用されるというべきである。
ウ なお、原告は、再燃焼室のうち燃焼ガス滞留室部分は減価償却資産として一つの単位を構成し、同部分は別表第六の適用があると主張するが、前記のように、燃焼ガス滞留室部分のみを一つの減価償却資産と捉えることはできず、同部分を含む再燃焼室がばい煙処理用機械装置に該当しないことは上記のとおりであるから、原告の上記主張は失当である。
(4) 再燃焼室ピット
前記前提事実及び認定事実によると、再燃焼室ピットは、本件施設中、工場棟の建物の外の再燃焼室及び後燃焼ストーカの真下に位置し、灰出コンベア等が設置されている鉄筋コンクリート製の床、壁面、後燃焼ストーカの下端で囲まれた部屋状の構造を有するが、その上部に上屋は設置されておらず、後燃焼ストーカの下端部分で覆われていない部分は上空に吹き抜けている。また、内部には照明器具、排水装置及び階段が設置されているが、前記認定のとおり、再燃焼室ピットは、構造上、上部に設置された再燃焼室等の設備の重量を支持することができるように設計されたものであり、建築コストを削減する趣旨で地平面から掘り下げた地下部分に設置されたものである。そして、前記認定の事実によれば、再燃焼室ピットは、別紙１の燃焼設備欄に記載された機械及び装置の基礎部分であって、再燃焼室と一体となってその効用を発揮するものと考えられ、再燃焼室の一部として減価償却資産とすべきものと解するのが相当である。
そうすると、再燃焼室は、前記のとおり、耐用年数を１７年とすべきであるから、再燃焼室ピットも、これと同様、耐用年数は１７年となる。
(5) 蒸気タービン及びタービン室排水ポンプ（蒸気タービン等）
前記前提事実及び認定事実によると、蒸気タービンは、廃熱ボイラで生成された水蒸気によってタービンを回転させ、それによって発電する設備であり、タービン室排水ポンプは、蒸気タービン内で発生した汚水を移送する機械装置であって、蒸気タービンの附属設備であること、蒸気タービンによって発電された電気はすべて本件施設で利用されており、全消費電力の８０パーセント程度が賄われていること、排ガスのばい煙処理には、廃熱ボイラによる冷却が必要であるが、蒸気タービン等がないことによって、廃熱ボイラにおける冷却過程に支障が生ずることはないことが認められる。そうすると、蒸気タービン等は、ばい煙処理用機械装置である廃熱ボイラにより動力を得て発電する設備及びその附属設備ではあるが、ばい煙の処理と直接の関係はないというべきであって、これをばい煙処理の用に供されていると評価することはできない。
また、蒸気タービンによって発電された電気は本件施設のみで利用されているが、蒸気タービン等自体は、独立の機械及び装置と評価するのが相当であって、これを他の設備と一体のものとして捉えてばい煙処理用機械装置と評価すべき合理性は認められない。
以上のとおり、蒸気タービン等は、本件施設のその余の部分と独立した減価償却資産と評価すべきところ、蒸気タービン等を含む発電機は、別表第二に特掲されていない。そして、前記前提事実によれば、蒸気タービン等は、主に金属製であると認められるから、「その他の機械装置」として１７年の耐用年数が適用されるというべきである。
(6) 油圧ユニット、助熱バーナ、羽口金物冷却ファン、押込ファン、コンベヤピット排水ポンプ、冷却塔及び冷却塔循環ポンプ
ア 前記前提事実及び認定事実によると、油圧ユニットは後燃焼ストーカ及び投入ホッパ等の油圧駆動機器に、助熱バーナはロータリーキルン及び再燃焼室に、羽口金物冷却ファンはロータリーキルンに、押込ファンは後燃焼ストーカ及び再燃焼室に、冷却塔及び冷却塔循環ポンプは再燃焼室に、それぞれ附属する機械装置と認められる。
そして、上記各設備が附属している焼却装置あるいは投入ホッパは、前記のとおり「その他の機械装置」に該当するものであるから、これらの機械装置も同じく、１７年の耐用年数が適用される。
イ また、コンベヤピット排水ポンプは、再燃焼室ピット内の雨水を排出する設備であるところ、これらは別表第二に特掲されておらず、主に金属製であるから、「その他の機械装置」として１７年の耐用年数が適用される。
(7) 廃油処理装置及び廃液処理装置
ア 前記前提事実及び認定事実によると、廃油処理装置及び廃液処理装置は、廃油及び廃液を貯蔵するタンクと、再燃焼室へ供給排出するポンプ及び廃液噴霧ノズルからなる装置であり、廃油処理装置は廃油をバーナで燃焼させる方法で、廃液処理装置は廃液を再燃焼室内に噴霧する方法で、焼却処理していること、廃油処理装置及び廃液処理装置は、再燃焼室内の燃焼温度を制御する目的と、廃油及び廃液を焼却処理する目的があることが認められる。
イ 廃油処理装置及び廃液処理装置の上記機能からすると、ばい煙の重力沈降等の処理に供されているとは認められない。また、廃油処理装置及び廃液処理装置は、焼却施設である再燃焼室と一体となって機能する面があるものの、そもそも前示のとおり再燃焼室自体がばい煙処理用機械装置に該当しない。
以上によると、廃油処理装置及び廃液処理装置が、ばい煙処理用機械装置に該当するとはいえない。
ウ 原告は、廃油処理装置及び廃液処理装置は、耐用年数省令２条１号の汚水処理用機械装置に該当するとも主張する。
ここで、同号は、汚水処理用減価償却資産について別表第五を適用する旨規定しているが、これも、ばい煙処理用減価償却資産についての同条２号と同様、公害防止目的のための特別優遇措置として置かれたものと解されるから、同条１号にいう「汚水処理用機械装置」とは、同号に定めた「汚水処理」の用に直接供されている機械及び装置をいうと解するのが相当である。そして、同号は、その適用対象となる「汚水処理」について、具体的に「汚水、坑水、廃水又は廃液の沈でん、ろ過、中和、生物化学的方法、混合、冷却又は乾燥その他これらに類する方法による処理」と定めている。
しかるところ、上記のとおり、廃油処理装置及び廃液処理装置は、廃油及び廃液を貯蔵し再燃焼室へ供給排出する装置にすぎず、廃油及び廃液の焼却処理をしているのは再燃焼室であって、廃油処理装置及び廃液処理装置において、廃油及び廃液を耐用年数省令２条１号が規定する処理方法により処理しているとは認められない。
以上からすれば、廃油処理装置及び廃液処理装置が、汚水処理用機械装置に該当するということはできない。
エ そして、廃油処理装置及び廃液処理装置は、産業廃棄物の焼却処理を行う機械及び装置であるが、別表第二の「設備の種類」に特掲されておらず、その主要な材質は金属であるから、「その他の機械装置」として、１７年の耐用年数が適用されるというべきである。
(8) 汚泥乾燥設備
ア 前記前提事実及び認定事実によると、汚泥乾燥設備は、汚泥を乾燥させるための設備であり、その効用はばい煙の処理と直接の関係はなく、ばい煙の重力沈降等による処理をしている設備ではないから、ばい煙処理用機械装置に該当するとはいえない。
また、汚泥乾燥設備により乾燥された汚泥は、焼却処理する場合には他の廃棄物とともに廃棄物ピットに投入し、あるいはその物質によってリサイクル可能であれば本件施設外に搬出されることもあり得る。このように、汚泥乾燥設備は、本件施設における廃棄物処理のために不可欠の設備ではない。
したがって、汚泥乾燥設備は、その余の部分と独立した減価償却資産と評価すべきところ、汚泥乾燥設備は、別表第二の「設備の種類」に特掲されておらず、その主要な材質は金属であるから、「その他の機械装置」として、１７年の耐用年数が適用されるというべきである。
イ 原告は、汚泥乾燥設備は、耐用年数省令２条１号の汚水処理用機械装置に該当するとも主張する。
しかしながら、前記のように、同号の汚水処理用機械装置とは、「汚水処理」の用に直接供されている機械及び装置をいうところ、前記認定のように、汚泥乾燥設備は、汚泥を高温の燃焼ガスによって乾燥させる設備であり、「汚水」を乾燥又はこれに類する方法により処理するものとはいえず、原告の主張は、汚泥という当然に水分が含まれる物質のうち水分のみを取り出し、それが汚泥乾燥設備で除去されるという汚泥の乾燥に伴って当然発生する結果を理由として「汚水」を処理しているという設備設置の目的を導き出すものであって、設備を稼働させたことによる反射的効果を設備設置の目的であるとする点で、主客転倒した主張というほかないから、失当であり、このことは、同設備に投入される汚泥の約７０パーセントを水分が占めるとしても、異なるものではない。
よって、汚泥乾燥設備は同号の汚水処理用機械装置には該当せず、原告の主張は採用できない。
(9) 以上によると、本件施設を構成する設備で耐用年数に争いのあるもののうち、廃棄物ピットのみは、別表第一の「建物」に該当し、耐用年数は３１年であり、その他の資産は、いずれも別表第二の「その他の機械装置」に該当し、耐用年数は１７年である。
５ 争点(3)（特別償却の適用の可否）について
(1) 前記第２・２(3)のように、特別償却は、告示別表一に定められた公害防止用設備に適用が認められるものであって、同表は、建物のうち騒音防止用設備（遮音壁）、機械及び装置のうちばい煙処理用設備（ばい煙処理装置）、産業廃棄物処理用設備（高温焼却装置等）等を、公害防止用設備として指定している。
しかるところ、被告は、廃棄物ピット、蒸気タービン等及び汚泥乾燥設備につき、特別償却の適用を否認するのに対し、原告は、これらの設備についても特別償却が適用されるべきと主張するため、これらの設備が、告示別表一において指定された公害防止用設備に該当するかどうかを検討する。
(2)ア廃棄物ピットについて
廃棄物ピットは、前記認定のとおり、建物の評価を受ける減価償却資産である。そして、告示別表一において、特別償却が可能な建物は、騒音防止用設備としての遮音壁に限られるところ、廃棄物ピットがこれに該当することを認めるに足りる証拠はないから、廃棄物ピットについて、特別焼却は適用できない。
イ 蒸気タービン等について
蒸気タービン等は、前示のとおり、ばい煙処理用機械装置である廃熱ボイラにより動力を得て発電する設備及びその附属設備ではあるが、その効用はばい煙の処理と直接の関係はなく、専ら発電の用にのみ供されている設備及びその附属設備である。
そうすると、蒸気タービン等をばい煙処理装置と評価することはできず、また、高温焼却装置その他告示別表一において公害防止用設備として掲記されている設備のいずれにも該当するとはいえないから、蒸気タービン等について特別償却を適用することはできない。
ウ 汚泥乾燥設備について
汚泥乾燥設備は、前示のとおり、汚泥を乾燥させるための設備であり、その効用はばい煙の処理と直接の関係はなく、また、乾燥された汚泥は、他の廃棄物と同様に焼却処理されるか、本件施設外に搬出されるのであって、汚泥乾燥設備において焼却処理されるわけではない。
そうすると、汚泥乾燥設備をばい煙処理装置あるいは高温焼却装置と評価することはできず、その他告示別表一において公害防止用設備として掲記されている設備のいずれにも該当するとはいえないから、汚泥乾燥設備について特別償却を適用することはできない。
(3) したがって、特別償却の可否について争いのある廃棄物ピット、蒸気タービン等及び汚泥乾燥設備については、いずれも特別償却を適用することはできない。
６ 争点(4)（本件事業年度の税額計算（本件処分の適法性））について
以上の判断を踏まえ、本件事業年度の税額について計算すると、別紙３のとおり、原告の本件事業年度の法人税に係る納付すべき税額は、１２８４万１１００円となる。そして、本件更正処分において納付すべき税額とされた１０３９万８８００円は、上記金額を超えるものではないから、本件更正処分は適法である。
また、原告は、本件事業年度の法人税について納付すべき税額を過少に申告していたものであり、そのことについて国税通則法６５条４項に規定する「正当な理由」があると認めるに足りる証拠はないから、原告には過少申告加算税が課されることとなり、その金額は、同条１項に基づき、新たに納付すべきこととなった金額（１９３万円）に１００分の１０を乗じた金額である１９万３０００円に、同条２項に基づき、新たに納付すべきこととなった金額に１００分の５を乗じた金額である９万６５００円を加算した２８万９５００円となる。そして、この金額は、本件賦課決定処分に係る過少申告加算税の額と同一であるから、本件賦課決定処分は適法である。
第４ 結論
以上によれば、原告の本件請求はいずれも理由がないからこれを棄却することとし、主文のとおり判決する。
津地方裁判所民事部
裁判長裁判官 堀内照美
裁判官 福渡裕貴
裁判官 関川亮介
別紙省略
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2011/pdf/11601.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。