税務訴訟資料第２６１号－１７５（順号１１７６５）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分取消等請求事件
国側当事者・国（横浜南税務署長事務承継者麹町税務署長）
平成２３年９月１４日棄却・確定
判決
原告株式会社Ａ
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士伊東克宏
宮口麻衣
小川正
中村真由美
同補佐人税理士山田俊一
司馬えんに
被告国
同代表者法務大臣平岡秀夫
処分行政庁横浜南税務署長事務承継者
麹町税務署長
霜山明夫
被告指定代理人関根英恵
雨宮恒夫
馬田茂喜
清水一夫
引地俊二
森本利佳
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 横浜南税務署長が原告に対し平成１９年６月２７日付けでした、原告の平成１６年４月１日から平成１７年３月３１日までの事業年度（以下「平成１７年３月期」という。）の法人税の更正処分（以下「平成１７年更正処分」という。）のうち納付すべき税額２億００２４万０９００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下「平成１７年賦課決定処分」という。）のうち納付すべき税額５万３０００円を超える部分を取り消す。
２ 横浜南税務署長が原告に対し平成１９年６月２７日付けでした、原告の平成１７年４月１日から平成１８年３月３１日までの事業年度（以下「平成１８年３月期」という。）の法人税の更正処分（以下「平成１８年更正処分」という。）のうち納付すべき税額２億２６５６万２９００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下「平成１８年賦課決定処分」という。）のうち納付すべき税額１万４０００円を超える部分を取り消す。
第２ 事案の概要等
１ 事案の要旨
本件は、臨床検査データの販売等を目的とする株式会社である原告が、いわゆるリース物件であり、原告において臨床検査を行う際に使用する別表１及び別表２の各「リース資産の名称等」欄記載の資産（以下「本件各資産」という。）につき、中小企業者等が一定の減価償却資産を賃借した場合の法人税額の特別控除を定めた租税特別措置法（平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下「措置法」という。）４２条の６第３項の規定が適用されるとして、平成１７年３月期及び平成１８年３月期（これらを総称して、以下「本件各事業年度」という。）の法人税の確定申告をしたところ、横浜南税務署長から、これらの法人税につき、いずれも同規定の適用を否定する内容の更正処分（平成１７年更正処分及び平成１８年更正処分。これらを併せて、以下「本件各更正処分」という。）及び過少申告加算税賦課決定処分（平成１７年賦課決定処分及び平成１８年賦課決定処分。これらを併せて、以下「本件各賦課決定処分」という。）を受けたことから、以上の各処分（これらを併せて、以下「本件各処分」という。）の取消しを求める事案である。
２ 関係法令の定め
別紙１「関係法令の定め」に記載したとおりである（なお、同別紙で定める略称等は、以下においても用いることとする。）。
３ 前提事実（証拠等の掲記のない事実は、当事者間に争いがないか、当事者において争うことを明らかにしない事実である。）
(1) 原告の業務等
ア 原告は、生化学検査、血清検査、血液学的検査、微生物学的検査、寄生虫学的検査、特殊化学検査、病理学的検査等の臨床検査データの販売、医薬品及び医薬部外品の販売等を目的とする株式会社であり、医療機関からの委託を受けて臨床検査を行うことを主たる業務としている（原告の主たる業務につき甲４２及び証人乙。以下、医療機関からの委託を受けて臨床検査を行う事業を「臨床検査業」といい、臨床検査業を営む事業者を「臨床検査業者」という。）。
イ 原告は、措置法４２条の６第３項、同条１項及び４２条の４第７項並びに措置法施行令２７条の４第４項に規定する中小企業者等に該当する。また、臨床検査業は、措置法施行規則２０条の２の２第４項１０号に規定するサービス業に当たり、措置法４２条の６第３項及び同条１項に規定する指定事業に該当する。
(2) 本件各資産の臨床検査業への供用等
ア 原告は、①平成１７年３月期内に、別表１の「リース資産の名称等」欄記載の各資産について、それぞれの資産に対応する同表「リース会社名」欄記載の各リース会社との間で、いずれもリース契約期間を５年とするリース契約（同表「リース契約期間（月）」欄参照）を締結した上、これらの各資産を臨床検査業の用に供し（同表「契約年月日（平成）」欄及び「事業の用に供した年月日」欄参照）、②また、平成１８年３月期内に、別表２の「リース資産の名称等」欄記載の各資産について、それぞれの資産に対応する同表「リース会社名」欄記載の各リース会社との間で、いずれもリース契約期間を５年とするリース契約（同表「リース契約期間（月）」欄参照）を締結した上、これらの各資産を臨床検査業の用に供した（同表「契約年月日（平成）」欄及び「事業の用に供した年月日」欄参照）。
イ 本件各資産の機能等及び前記アの各リース契約締結時の設置場所は、別表１及び２の「機能、用途」欄及び「設置場所」欄にそれぞれ記載されているとおりである（なお、上記「設置場所」欄に記載されている「総合研究所」、「Ｊ営業所」、「本社研究所」、「Ｋ営業所」及び「Ｌ営業所」は、いずれも、原告の研究所又は営業所である。）。
(3) 本件各処分の経緯等
ア 原告は、本件各事業年度の法人税につき、別表３及び別表４の各「確定申告」欄及び「修正申告」欄記載のとおり、確定申告及び修正申告をした。
イ その後の本件各処分並びにこれらについての異議申立て、異議決定、審査請求及び審査裁決の経緯は、別表３及び別表４の各「更正処分等」欄、「異議申立て」欄、「異議決定」欄、「審査請求」欄及び「審査裁決」欄に記載されているとおりである。
ウ 原告は、平成１９年９月１０日、その本店の所在地を横浜市磯子区から東京都千代田区に移転し、これに伴い、本件各処分に係る事務は、横浜南税務署長から麹町税務署長に承継された。
(4) 本件訴えの提起
原告は、平成２１年３月１８日、本件訴えを提起した（当裁判所に顕著な事実）。
４ 本件各処分の根拠及び適法性に関する被告の主張
本件各処分の根拠及び適法性に関する被告の主張は、後記６に掲げるほか、別紙２「本件各処分の根拠及び適法性」に記載のとおりである（なお、同別紙で定める略称等は、以下においても用いることとする。）。
５ 争点
(1) 本件各資産が措置法４２条の６第１項１号にいう「機械及び装置」に該当するか否か（争点１）
(2) 別表１の番号１０及び１３から１９まで並びに別表２の番号１３から１８までの各資産につき、措置法施行令２７条の６第７項２号所定の要件が満たされているか否か（争点２）
６ 争点に対する当事者の主張の要点
(1) 本件各資産が措置法４２条の６第１項１号にいう「機械及び装置」に該当するか否か（争点１）について
ア 原告の主張の要点
(ア) 主位的主張
ａ 租税法規の解釈において、納税者の予測可能性を奪うべきではなく、措置法４２条の６第１項１号の「機械」、「装置」等の解釈は、用語の通常の意味に忠実に解釈されるべきである。そして、国語辞典に記載されている「機械」等の用語の意義（甲１１、１２、乙１参照）や、社会一般における用法からすれば、通常、①「機械」とは、剛性のある物体から構成され、一定の相対運動をする機能をもち、それ自体が仕事をする、という３つの要件を充足するものを指し、②「装置」とは、機械とともに、又は補助用具として工場等の設備を形成し、総合設備の一部として用益の提供を行うものの総称を指すというべきところ、本件各資産は、いずれも主として金属製部品で構成されており、曲げ、ねじれなどの破壊に耐える能力を有し、提供された検体に対して、分注、遠心分離、浄化、混合、分析等の機能を発揮するなど、それ自体が仕事をしているものであるか、検査機と一体となって、その補助用具として検査機能を発揮しているものであるから、「機械」又は「装置」に該当する。
措置法４２条の６及びその関連法規に「機械」、「装置」、「器具」及び「備品」に関する定義規定はないことからしても、措置法４２条の６第１項１号等にいう「機械」は、通常の機械を意味すると解するのが自然であり、そのように解しても関連法規との整合性を害することはない。「機械及び装置」を一体のものとして扱うことにより新たな概念を構築し、これに「他の機器と一体となって設備を形成し、その一部として各機能を果たすもの」という特別な意味を持たせようとする被告の解釈は、納税者の予測可能性を奪うものである。
ｂ 措置法４２条の６の規定は、平成１０年４月２４日開催の経済対策閣僚会議において決定された総合経済対策の１つである中小企業投資促進税制として設けられたものであり、その趣旨は、要するに、広く中小企業の設備投資を促進し、内需を拡大するというものである。本件各資産は、中小企業者である原告が、その臨床検査業のための設備投資として莫大な費用をかけてリースを受けた機械であって、これを同条１項１号に規定する「機械」及び「装置」から除外する理由はない。むしろ、臨床検査業が高額かつ複雑な検査機械を多数用いる業種であることからすれば、投資の波及効果は大きく、これらの投資を促進して内需拡大を図ることこそが、同条の趣旨に合致する。
ｃ 被告は、ある減価償却資産が措置法４２条の６第１項にいう「機械及び装置」並びに「器具及び備品」のいずれに該当するかを判断するに当たっては、当該資産が、耐用年数省令別表第２に掲げる「機械及び装置」と同省令別表第１に掲げる「器具及び備品」のいずれに該当するかを検討すべきであるとした上で、同省令別表第２の「機械及び装置」は、他の機器と一体となって設備を形成し、その一部として各機能を果たすものでなければならない旨主張するが（後記イ）、以下のとおり、失当というべきである。
(a) 耐用年数省令別表第２の番号３３４「ブルドーザー、パワーショベルその他の自走式作業用機械設備」は、被告において本件各資産が同別表に該当しない理由とする「それぞれの資産ごとに単体で個別に作動する」という性質を完全に具備するものであり、同別表番号７５「印刷設備」における印刷機、同別表番号３６４「天然色写真現像焼付設備」及び番号３６５「その他の写真現像焼付設備」における現像機も、通常は「それぞれの資産ごとに単体で個別に作動する」ものであって、同別表の文言上、機械装置単体も「機械」及び「装置」に当たることが規定されている。
(b) 減価償却資産の耐用年数を決定するための物差しという耐用年数省令の目的・機能を超えて、そこから措置法４２条の６の解釈を導き、「機械及び装置」という新たな概念を形成しようとすることは、省令によって新たな租税法を形成することにほかならず、租税法律主義に反する。
(c) 総合償却制度が採られた以上、ある資産が耐用年数省令別表１又は別表２のいずれに該当するかが検討される場合には、まずは「機械」及び「装置」に該当するかが検討されなければならず、これらに当たる以上は、他の別表中の項目に当たるか否かを検討するまでもなく、同省令別表第２の「機械及び装置」の項目のいずれかに該当することとなるというべきである。
(d) 総合償却制度は、課税庁側の課税事務の簡素化という要請から採られたものにすぎず、機械及び装置の性質や、「他の機器と一体となって設備を形成し、その一部として各機能を果たすもの」でなければならないかなどということは全く考慮の対象とされていないのであって、被告の主張は、耐用年数省令の沿革（甲１５、１６参照）に反する。
(e) 甲１７（実例耐用年数総覧改訂第７版）を見ても、耐用年数省令別表第２の「機械」、「装置」に当たるか否かの判断につき「他の機器と一体となって設備を形成し、その一部として各機能を果たすもの」かどうかを判断しなければならないことをうかがわせる記述はなく、被告の主張は実務に反するものというべきであるし、被告の主張に従えば、例えば、印刷機１台で印刷業を営む町工場があった場合、同別表番号７５の印刷設備に該当せず、本件リース税額控除は受けられないが、印刷機２台を１体として印刷業を営む町工場は、これを受けられることになり、租税の平等、公平に反することが明らかである。
ｄ 措置法４２条の６第１項１号、法人税法３１条及び耐用年数省令１条の各規定にいう「機械及び装置」並びに「器具及び備品」につき、いずれも法人税法２条２３号、法人税法施行令１３条が規定する「機械及び装置」並びに「器具及び備品」と同じ意義に解釈されるべきであるというのであれば、医療用機器等の特別償却制度（以下「医療用機器の特例」という。）についての規定である措置法４５条の２第１項１号にいう「機械及び装置」並びに「器具及び備品」についてもまた、同様に解釈すべきである。そうすると、「医療用の機械及び装置並びに器具及び備品で政令で定めるもの」という同号の文言からは、医療用の減価償却資産には、耐用年数省令別表第１の「器具及び備品」の「医療機器」欄に記載されているものとは別に、同省令別表第２の「機械及び装置」に該当するものが存在することになる。そして、同省令別表第１の「医療機器」欄には医療機器が網羅的に挙げられていることからすれば、同別表に挙げられていない本件各資産については、その客観的性質等から「機械及び装置」に該当すると判断するのが、合理的かつ最も自然な解釈である。
ｅ 以上に述べたところからすれば、本件各資産は、措置法４２条の６にいう「機械」及び「装置」に該当するものというべきである。
(イ) 予備的主張
ａ 措置法４２条の６第１項１号の「機械」及び「装置」の意義につき、仮に、耐用年数省令の記載に従うものとし、その定めに基づいて「機械及び装置」といえるためには、標準設備（モデルプラント）を形成していなければならず、資産の集合体が集団的に生産手段やサービスを行っていなければならない（東京高等裁判所平成２１年７月１日判決〔乙３。以下「東京高裁平成２１年判決」という。〕参照）としても、以下のとおり、本件各資産は、この要件を満たすものであるから、耐用年数省令別表第２が掲げる「機械及び装置」（具体的には、番号３６９の「前掲の機械及び装置以外のもの並びに前掲区分によらないもの」）に該当し、措置法４２条の６第１項１号の「機械」及び「装置」に該当する。
(a) 東京高裁平成２１年判決にいう標準設備（モデルプラント）とは、平均的な設備のことであり、その業態において通常有するであろう設備を意味するものと理解するほかない。
臨床検査業は、既に１つの確立した業態、事業であり、臨床検査業において通常有する設備（標準設備）が何かも確立されたものとなっている。すなわち、病院が臨床検査業者に対して依頼する検査項目は、病院の特性による差異はあっても、ほとんどは共通のものであり、臨床検査業者が設置すべき設備も、業者の規模によって機械の性能や検査項目の多少こそあれ、業者ごとに大きく異なるものではない。
臨床検査業において通常有する設備（標準設備）とは、病院等の顧客が要求する一般的な臨床検査の実施を可能とするための設備のことであり、そこには、生化学自動分析装置を始めとする臨床検査のための各種検査機械のほか、ゴム栓開栓装置（別表１の番号１７～１９参照）のように、臨床検査の準備工程を実施するための機械等も当然に含まれる。本件各資産は、いずれも臨床検査業者において一般的な臨床検査を実施するための設備であり、これらが臨床検査業における標準設備であることは明らかである。
(b) 原告が顧客に提供するサービスは、顧客から依頼のあった検査項目全てについて、総合検査報告書（甲１９の資料６参照）の形で提供することによって結実する。多数の検体について、多数の検査を正確かつ迅速に処理するためには、サテライトラボ（本社研究所及び総合研究所〔●●〕を除く原告の登録衛生検査所）、ブランチラボ（登録衛生検査所ではないが、顧客である病院内に設置した原告の検査室）に設置された検査機械を用いた緊急検査を行い、その検査結果を本社研究所及び総合研究所の検査サーバを介して本社研究所のホストコンピュータにデータ送信し、さらに、本社研究所又は総合研究所に設置された各検査機械によって緊急検査を実施した項目以外の検査項目の検査を実施し、それらの検査結果が全て本社研究所のホストコンピュータに集約され、総合検査報告書の形で顧客に提供されることにより、ようやく顧客から依頼を受けた臨床検査サービスを提供したことになる。本件各資産のいずれを欠いても、代替となる機械が存在しない限り、総合検査報告書は完成せず、多数の検体について他項目の検査を迅速かつ正確に行うという原告のサービスを提供することはできなくなる。
以上のとおり、本件各資産を含む原告の臨床検査設備（原告の検査ライン）は、原告の各拠点（本社研究所、総合研究所、サテライトラボ及びブランチラボ）に設置された複数の検査機械等が連携連動し、全体として一体となって、原告の臨床検査サービスを提供するもので、明らかに設備を形成しており、耐用年数省令別表第２の「機械及び装置」（具体的には、同省令別表第２に「機械及び装置」として掲げられた設備の種類のうち番号３６９の「前掲の機械及び装置以外のもの並びに前掲区分によらないもの」。以下「耐用年数省令別表第２・番号３６９の資産」という。）に該当する。
東京高裁平成２１年判決がいう「連動あるいは連携して一体となって設備を形成している」の意味は、完全なオートメーション化を要求するものではなく、機械、装置を用いて行う作業の中でおよそ人の手を借りてはならないことを意味しないものというべきである。
ｂ なお、耐用年数省令別表第１にいう「医療機器」とは、直接医療の用に供されるものをいうと解すべきところ、原告は医療機関ではなく、原告の営む臨床検査業は、医療機関から送られてきた検体の検査を行うものであって、医療行為でも医療類似行為でもないから、本件各資産は同省令別表第１にいう「医療機器」には該当しない。
イ 被告の主張の要点
(ア) 措置法４２条の６第１項１号にいう「機械及び装置」の意義ないし判断基準「機械及び装置」並びに「器具及び備品」の意義について、現行法上、これを一義的に定義する規定はなく、また、文理解釈によるとしても、本邦における代表的な国語辞典においても機械と器具の違いは明確ではなく（広辞苑第六版〔乙１〕参照）、国語辞典の記載に依拠することによっては一義的に決することはできないというべきところ、「機械及び装置」並びに「器具及び備品」は、法令上の用語であるから、その解釈に際しては、関連法規との整合性を重視する必要がある。
そして、措置法４２条の６第１項１号及びその関連規定（同法２条２項２５号、法人税法２条２３号、法人税法施行令１３条３号及び７号、耐用年数省令１条、別表第１及び第２）においては、「機械及び装置」並びに「器具及び備品」をそれぞれ一体のものとして扱うのが相当であり、また、これらの規定にいう「機械及び装置」並びに「器具及び備品」の意義は、それぞれ整合するように解釈されるべきである。そうすると、ある減価償却資産が措置法４２条の６第１項１号、ひいては法人税法施行令１３条が規定する「機械及び装置」並びに「器具及び備品」のいずれに該当するかを判断するに当たっては、当該資産が、耐用年数省令別表第２に掲げる「機械及び装置」と、同省令別表第１に掲げる「器具及び備品」のいずれに該当するかを検討すべきである。
(イ) 本件各資産が耐用年数省令別表第２の「機械及び装置」に該当しないこと
ａ 本件各資産は、その機能及び用途からすれば、検査、分析、判定、測定等を行うことにより、それらの工程がすべて終了するものであり、それぞれの資産ごとに単体で個別に作動するものである。また、臨床検査業の用に供する一般的な検査機器等を取り扱う業界では、耐用年数省令の適用上、当該検査機器等は、別表第２の「機械及び装置」ではなく、別表第１の「器具及び備品」に該当するものと広く認識されている（乙１４～乙１７の２）。さらに、同別表の「医療機器」は、それを用いる者の事業内容にかかわらず医療の用に用いられるものをいうと解されるところ、本件各資産は、医療機関が自ら検査をする方針を採った場合に医療機関としても購入できるものである。以上によれば、本件各資産が同別表の「医療機器」に該当することは明らかである。
ｂ 本件各資産が、耐用年数省令別表第２に「機械及び装置」として掲げられた設備のうち番号１から３６８までに掲げられたもの（以下、これらのうち番号３６、５７、１１８、１４２、１８０、１８５、２１０、２２２及び３２５の各設備を総称して「特掲その他設備」といい、特掲その他設備以外のものを「特掲設備」という。）に該当するものでないことは明らかである。
ｃ(a) 耐用年数省令別表第２に掲げる「機械及び装置」について総合耐用年数によることとした趣旨等に照らせば、ある資産が同省令別第２・番号３６９の資産に該当するか否かの判断は、当該資産が最初の工程から最後の工程に至るまで有機的に牽連結合させて用いられるものか否か、同別表に特掲される各設備と異質なものでないか否かということを視点として検討されなければならないと解すべきである。そして、上記の意味における「設備」は、最初の工程から最後の工程（中間製品を観念できるものについては中間工程）に至るまでに有機的に牽連結合して活動する機械及び装置による直接の成果をもってその単位を考えるべきであるから、有機的な牽連結合関係を検討すべき資産の範囲は、特定の製品（中間製品）又はサービスといった直接の成果を生み出すのに必要な資産（又はその集合体）の限度にとどまると解すべきであって、複数の製品（中間製品）ないしサービスの寄せ集めを生み出すために必要な全ての資産について上記のような検討が行われるべきではない。
(b) 本件各資産は、その機能、用途に照らせば、その直接の成果である検査項目を異にするなど、それぞれの資産ごとに単体で個別に作動するものであると認められる。そして、本件各資産の中には、原告の得意先の複数の病院や各営業所にそれぞれ設置されているものがあり、それらの資産は、明らかに他の場所に設置された資産とは別に、それぞれが個別に検査、測定、分析等の役務に供されていると認められることに鑑みると、本件各資産が全体で１つの設備を形成していると認めることができないのは明らかである。
(c) したがって、本件各資産は、耐用年数省令別表第２・番号３６９の資産にも該当しない。
(ウ) 原告の主位的主張について
ａ 原告は、①納税者の予測可能性や措置法４２条の６及びその関連規定に「機械」、「装置」等の定義規定がないことを指摘して、同条１項１号所定の「機械」、「装置」等の意義は、用語の通常の意味に忠実に解釈されるべきであり、国語辞典の記載等に照らせば、本件各資産は「機械」に当たる旨主張し、②また、本件各資産は、莫大な費用をかけてリースを受けた機械であり、中小企業の設備投資の促進という同条の立法趣旨に照らせば、同条１項１号が定める「機械」に該当することは明らかであるなどと主張する。
しかし、上記①の主張は、原告が引用する国語辞典の記載等が、個別事案において各個の資産が「機械及び装置」と「器具及び備品」のいずれに該当するかにつき客観的な判断を可能とするほどの明確さを有するものとはいい難いことに照らし、採用し難い。また、同条の趣旨が中小設備の設備投資の促進にあるからといって、同項１号及び２号に掲げるものの範囲を超えて本件リース税額控除の要件を拡大解釈することは許されないのであって、上記②の主張は、結局のところ、本件各資産について本件リース税額控除の適用を認めるべきであるという政策論に根ざした独自の見解にすぎないものというべきである。
ｂ 原告は、耐用年数省令別表第２に現れた「設備」の意味、同省令の機能及び沿革、総合償却制度の趣旨等についてるる言及し、①耐用年数省令別表第２の番号３３４等を見ると、同別表の文言上、機械装置単体も「機械」及び「装置」に該当することが規定されている、②ある資産が耐用年数省令別表第１又は別表第２のいずれに該当するかが検討される場合には、まずは「機械」及び「装置」に該当するかが検討されなければならない、③総合償却制度が採用された理由に照らせば、機械及び装置に該当するか否かの判断に当たり、「他の機器と一体となって設備を形成し、その一部として各機能を果たすもの」との基準を採用することは許されないなどと主張する。
しかし、上記①の主張については、同省令別表第２の番後３３４は、同省令別表第１において「車両及び運搬具」の「特殊自動車」として掲げられていたものの一部が、昭和３９年の改正により同省令別表第２に掲げられることとなったという経緯を有するものであり（乙１０）、このような取扱いの変更を受けるに至った資産を殊更に採り上げるのみでは、本件各資産が同別表の「機械及び装置」に該当することの根拠とすることはできないし、同別表番号７５「印刷設備」における印刷機並びに番号３６４「天然色写真現像焼付設備」及び番号３６５「その他の写真現像焼付設備」における現像機については、これらの資産が、それぞれ上記各設備を構成する他の資産と一体となって、それぞれその設備としての目的を達するために活動するものであることに変わりはないから、失当というべきである。また、上記②の主張については、個別の資産につき、同省令別表第１及び別表第２のいずれに該当するかというという検討を行わない点において、そもそも失当である。さらに、同省令別表第２の「機械及び装置」につき総合耐用年数が採られたのは、機械及び装置は、最初の工程より最後の工程に至るまで有機的に牽連結合して活動し、資産の内容について見るとしても、細目ごとの区分が必ずしも明瞭でなく、化学工業に至っては資産の細分が全く不可能に等しいことなどの理由によるものであって（乙９）、被告の主張は、これと整合するものであり、上記③の主張も採用し難い。
ｃ 医療用機器の特例（措置法４５条の２第１項）は、医療機器が「器具及び備品」に該当することにより、本件リース税額控除を含む同法４２条の６に定める中小企業等が機械等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除制度の適用対象とならなかったことを背景として、この制度とは別個に設けられたものである。また、医療用機器の特例において、医療用の器具及び備品に加えて、医療用の機械及び装置が適用対象資産として掲げられているのは、観念的には機械及び装置に該当するものが出現してきても適用を排除すべき理由はないため、その旨を明らかにする意味で規定されたにすぎない。
従来使用されている検査機器等と格別の違いが認められない本件各資産を「機械及び装置」に該当するものと解することは、医療用機器の特例の制定経緯にも反するものというべきである。
(エ) 原告の予備的主張について
ａ 標準設備ないしモデルプラントという概念は、耐用年数省令に関連して用いる場合、総合耐用年数を算定する際の基礎として選定した構築物や工場等の総称又はそのような選定をする際の指標として想定する設備を意味するものとして理解されるべきものであり、標準設備ないしモデルプラントに関する東京高裁平成２１年判決の判示も、このような意味に理解すべきものである。
同省令別表第２には、設備の種類ないしその細目ごとに総合耐用年数が規定されているところ、標準設備は、かかる総合耐用年数をそれぞれ算定する際に想定されたものであり、特掲設備に該当するか否かを判断するに際しての参考となる。しかし、同省令別表第２・番号３６９の資産を始めとする特掲設備以外の設備については、上記の意味における「標準設備」というものは存在せず、同省令別表第２・番号３６９の資産に該当するか否かの判断に当たり、特定の業種において標準的に設置される設備（原告が主張するところの「その業態において通常有するであろう設備」）の有様を検討することは論理的に不可能であり、また無意味である。
ｂ 原告は、「製造業、サービス業を問わず、設備により生産される多くの最終製品（サービス）は、個々の資産の直接の成果を寄せ集めたものであり、『寄せ集め』こそが最終製品（サービス）である。」との見解に立って、このように「寄せ集め」であるところの最終製品ないしサービスを耐用年数省令別表第２に掲記される「設備」の単位を画する基準とするようであるが、前記(イ)に述べたところに照らし、誤りというべきである。
ｃ また、原告がいう最終製品（サービス）である総合検査報告書（甲１９の資料６参照）が完成するまでの工程を見ると、次の事実が認められる。すなわち、①総合検査報告書を作成する上で必要となる各種検査結果の情報集約過程は、人力に頼る部分が大きく、②また、各種の検査過程においては、検査の準備段階である検体の仕分作業や検体の入った容器の開栓作業に供される各機器に検体をセットする作業や、各検査機器に検体を運んだりセットする作業も人力で行われている上、ブランチラボなどでは、そのような準備段階に供される機器が使われていることは少なく、準備作業自体が人力で行われていることが多い。③そして、原告における各種の項目にわたる臨床検査は、本件各資産の機能及び用途に応じて、各資産ごとに、１つ又は複数の検査項目に係る判定結果が明らかになるというように、その検査工程は各資産ごとに個別に終了するものである。これらの事実関係に照らせば、総合検査報告書が完成するまでの工程を検討するとしても、本件各資産が他の機器と一体となって設備を形成し、その一部として各機能を果たすものでないことは明らかである。
(2) 別表１の番号１０及び１３から１９まで並びに別表２の番号１３から１８までの各資産につき、措置法施行令２７条の６第７項２号所定の要件が満たされているか否か（争点２）について
ア 原告の主張の要点
(ア) 措置法施行令２７条の６第７項２号が定める本件リース税額控除を適用するための要件中の「１台又は１基」については、同条２項により、通常「１組又は１式」をもって取引の単位とされているものにあっては、「１組又は１式」と読み替えて判断されなければならない。
そして、同条７項２号が、「費用の総額」について、「１台又は１基」ごとに定められていなければならないと規定した趣旨は、同条８項に定めるリース費用の総額の要件（機械及び備品にあっては１台又は１基のリース費用の総額が２１０万円以上）について、同項の金額に満たない少額の機械を数台まとめて総額を定めることなどによって潜脱することを防止する点にある。そうすると、契約書上、一見、複数の機械について総額が定められているように見えても、同一機械に関して除算を行うことや、内訳書等他の資料により、容易に１台ごとの金額が明らかになるのであれば、潜脱行為には当たらず、上記「１台又は１基」の要件に反することはない。
(イ) 以下のとおり、別表１の番号１０及び１３から１９まで並びに別表２の番号１３から１８までの各資産についても、リース費用の総額が「１台又は１基」あるいは「１組又は１式」ごとに定められているとの要件（措置法施行令２７条の６第７項２号）は満たされている。
ａ 別表１の番号１０（自動分析装置Ｂ及び逆浸透純水製造装置Ｃ）並びに別表２の番号１４及び１５（Ｄ自動分析装置Ｅ及び逆浸透純水製造装置Ｆ）
上記の各自動分析装置は、いずれも純水製造装置がなければ正常に作動しないものであり、これのみを購入又は賃借しても意味がないことから、通常、専用の純水製造装置とともにセットで販売されている。いかなる純水製造装置を設置するかについては、純水製造装置の製造メーカーも機種も限られており、もともと選択の幅がない上、購入者ないしユーザー側にとっては、特定の純水製造装置を選択するメリットは全くない。したがって、別表１の番号１０並びに別表２の番号１４及び１５の各自動分析装置及び逆浸透純水製造装置は、いずれも、通常「１組又は１式」として取引の単位とされるものである。
ｂ 別表１の番号１３（培地・生食分注機）、１４（菌液分注機）及び１５（菌液分注機）
これらの機械については、契約書（甲５の１２）にこそ明示されていないものの、実際には、培地・生食分注機に係るリース費用の総額は３７２万６０００円と、菌液分注機に係るリース費用の総額は１台当たり３５１万９０００円と、リース費用の総額が１台ごとに定められている。
ｃ 別表１の番号１６（血液検査搬送システムＧ）及び別表２の番号１３（血液検査搬送システムＨ）
上記の各血液検査搬送システムは、複数の測定装置と搬送装置を組み合わせたシステムであり、販売者が組み合わせを変えた１１種のシステム類型を定めており、顧客はその中から自己の設備に適した類型を選択することになる（甲８の１８、４１）。すなわち、上記の各血液検査搬送システムは、これを構成する個々の機械が個別に販売されているのではなく、それらが組み合わされたシステムが１つのパッケージとなり、それを単位として取引されるもの、すなわち、「１組又は１式」を単位として取引されるものである。
被告は、純水製造装置を使用しなくても上記の各血液検査搬送システムを作動させることができるとか、試薬調整装置等はそれ自体売買の対象とされているなどと主張するが、ここでの問題は、対象となる資産につき、通常「１組又は１式」を取引の単位とされるかどうかであって、当該資産を分解したものが、通常、個別に取引の単位とされるかどうかではない。
ｄ 別表１の番号１７から１９まで（１０連式ゴム栓開栓装置）
これらのうち総合研究所に設置されている１台（別表１の番号１９）については、契約書（甲５の１４）において、１回当たりの支払額が「３１万６３００円」（税抜金額）と明記されており、リース期間が６０か月であることからして、リース費用の総額が１８９７万８０００円であることは明らかである。
また、本社研究所に設置されている２台（別表１の番号１７及び１８）については、２台分のリース費用額として「６３万２６００円」（税抜金額）と明記されており、除算をすれば、１台分の金額が３１万６３００円であることが明らかであり、これらの各装置のリース費用の総額が各１８９７万８０００円であることも明らかである。
したがって、上記各装置については、「１台又は１基」ごとにリース費用の総額が定められているといえる。
ｅ 別表２の番号１６から１８まで（自動核酸抽出装置Ｉ）
これらの機械については、契約書（甲６の１６）を見ると、リース費用の総額が「８１４万８０００円」（税抜金額）であることが明記されている。上記金額は、３台分の合計金額であるが、これらは、本社研究所に設置されている同一の機械であるから、各機械のリース費用が同一の金額であることは自明のことであり、除算をすれば、１台分のリース費用の総額が２７１万６０００円であることは明らかであり、リース費用の総額が「１台又は１基」あるいは「１組又は１式」ごとに定められているとの要件（措置法施行令２７条の６第７項２号）を満たす。
イ 被告の主張の要点
(ア)ａ措置法施行令２７条の６第７項２号は、本件リース税額控除を適用するための要件の１つとして「当該特定機械等に係るリース契約において法第４２条の６第３項に規定する費用の総額が当該特定機械等ごと（同一の特定機械等が２以上ある場合には、１台又は１基ごと）に定められているものであること。」と定めているところ、措置法施行令２７条の６第２項によれば、対象となる特定機械等が「通常１組又は１式をもって取引の単位とされるもの」である場合には、同条７項２号の「１台又は１基」との文言を「１組又は１式」と読み替えて、要件充足性を検討することとなる。そして、ここにいう通常の取引の単位とは、現に取引された単位ではなく、通常１単位として取引される単位、すなわち、当該資産それ自体又は同種の資産に係る通常の取引態様における単位をいうものと解される。
ｂ 原告は、契約書上、複数の機械について総額が定められているように見えても、除算の結果や内訳書等他の資料により容易に１台ごとの金額が明らかになるのであれば、潜脱行為には当たらず、措置法施行令２７条の６第７項２号の「１台又は１基」の要件に反しない旨主張する。しかし、一見しただけでは同一の機械と見えるものであっても、実際の製品は仕様が異なるなどして、それが価額の違いに反映されることがあることを想起すれば明らかなように、上記主張は、同条８項の適用関係を不明確にするものであり、失当である。
(イ) 以下のとおり、別表１の番号１０及び１３から１９まで並びに別表２の番号１３から１８までの各資産については、いずれも、リース費用の総額が「１台又は１基」あるいは「１組又は１式」ごとに定められているとは認められない。
ａ 別表１の番号１０（自動分析装置Ｂ及び逆浸透純水製造装置Ｃ）並びに別表２の番号１４及び１５（Ｄ自動分析装置Ｅ及び逆浸透純水製造装置Ｆ）
上記各自動分析装置は、いずれも純水製造装置とのセット商品ではなく、それ自体での売買の対象とされるものである。上記各自動分析装置を購入又はリースする際に、これと組み合わせて使用できる純水製造装置には複数の種類があり、どの純水製造装置を購入又はリースするかは取引ごとに異なるから（乙２０）、自動分析装置と純水製造装置とを同時に購入又はリースするとしても、多様な組み合わせが生ずることとなる上、一方の装置につき性能の向上した新製品が開発されるなどして、いずれかのみが取引され、従来から使ってきた他方の装置と組み合わせて使う事態も想定されるから、自動分析装置と純水製造装置とを一緒に購入又はリースするか否かもメーカー及びユーザーの事情に応じて異なってくる。現に、本件各資産の中にも、別表１の番号１１及び１２のように、純水製造装置が必要となる自動分析装置であっても、純水製造装置とともにリースしていないものがあるのは、自動分析装置を純水製造装置が個別に取引の対象とされるものであることの証左にほかならない。
以上によれば、上記各自動分析装置及び各純水製造装置は、通常、それぞれを１単位として取引されるものというべきである。そうすると、上記各自動分析装置及び各純水製造装置の通常の取引の単位は、自動分析装置と純水製造装置を合わせた「１組又は１式」ではなく、それぞれ「１台又は１基」となるところ、これらの機器に係るリース契約書（甲５の１０、６の１４・１５）においては、いずれも、リース費用の総額がこれらの機器ごとに記載されていないから、これらの機器については、リース契約において、リース費用の総額が「１台又は１基」ごとに定められているものとはいえない。
ｂ 別表１の番号１３（培地・生食分注機）、１４（菌液分注機）及び１５（菌液分注機）
上記の各機器に係るリース契約書（甲５の１２）においては、リース費用の総額が機器ごとに記載されていないから、これらの機器については、リース契約において、リース費用の総額が「１台又は１基」ごとに定められているということはできない。原告は、各機器ごとにリース費用の総額が定められて契約がされていると主張するが、その定めについて何ら根拠を示していない。
ｃ 別表１の番号１６（血液検査搬送システムＧ）及び別表２の番号１３（血液検査搬送システムＨ）
上記の各血液検査搬送システムのリース契約書（甲５の１３、乙２４）によれば、その目的とされた資産は上記各システムのみのように見受けられるが、実際には、純水製造装置、試薬調整装置等が含まれている。上記の各血液検査搬送システムは、いずれも、それ以外の機器とのセット商品ではなく、それ自体として取引の対象とされるものである。上記の各血液検査搬送システムは、もともと純水を使用しない機器であり、純水製造装置等を必要としない（これがなくても作動させることができる）ものであるが、使用者において、濃縮タイプの希釈液を純水で薄めて使用する場合に、純水製造装置等を購入することがあり、この場合に使用される純水製造装置は汎用品となる。また、試薬調整装置も、濃縮タイプの希釈液を希釈する際に使用される機器であり、それ自体で売買の対象とされるものである。
以上によれば、上記の各血液検査搬送システム、純水製造装置、試薬調整装置等は、通常、それぞれを１単位として取引されるものというべきところ、別表１の番号１６及び別表２の番号１３に係るリース契約書においては、いずれも、リース費用の総額がこれらの機器ごとに記載されていないから、これらの機器については、リース契約において、リース費用の総額が「１台又は１基」ごとに定められているものとはいえない。
ｄ 別表１の番号１７から１９まで（１０連式ゴム栓開栓装置）
措置法施行令２７条の６第７項２号において、リース費用の総額につき「（同一の特定機械等が２以上ある場合には、１台又は１基ごと）に定められているものであること」と規定されている以上、リース契約書（甲５の１４）の記載をもとに１台当たりのリース費用の総額相当額を形式的に計算できたとしても、そのことをもって同号の「１台又は１基ごと」との要件を満たすものと認めることはできない。
ｅ 別表２の番号１６から１８まで（自動核酸抽出装置Ｉ）
措置法施行令２７条の６第７項２号において、リース費用の総額につき「（同一の特定機械等が２以上ある場合には、１台又は１基ごと）に定められているものであること」と規定されている以上、リース契約書（甲６の１６）の記載をもとに１台当たりのリース費用の総額相当額を形式的に計算できたとしても、そのことをもって同号の「１台又は１基ごと」との要件を満たすものと認めることはできない。
第３ 当裁判所の判断
１ 本件各資産が措置法４２条の６第１項１号にいう「機械及び装置」に該当するか否か（争点１）について
(1) 措置法４２条の６第１項１号にいう「機械及び装置」と「器具及び備品」の意義ないし判断基準について
ア 文理からの検討
(ア) 措置法４２条の６第１項１号に規定する「機械及び装置」又は「器具及び備品」の意義に関しては、同法や他の法令において、これを明確に定義付けた規定はない。
(イ) 原告は、措置法４２条の６第１項１号に規定する「機械」及び「装置」等の意義は、国語辞典の記載や社会一般における用語の通常の意味に従って解釈すべきであるなどと主張する（前記第２の６(1)ア(ア)ａ）。しかし、以下のとおり、国語辞典の記載等を参照し、あるいは、原告が争点１に係る主位的主張において掲げる「剛性のある物体から構成され、一定の相対運動をする機能をもち、それ自体が仕事をする」との要素を用いたとしても、「機械及び装置」又は「器具及び備品」の意義及び両者の違いについて、これを一義的に決することはできないものといわざるを得ない。
ａ すなわち、我が国の代表的な国語辞典の１つである広辞苑第六版（乙１）を見ると、「機械・器械」について「①しかけのある器具。からくり。②［機］（machine）外力に抵抗し得る物体の結合からなり、一定の相対運動をなし、外部から与えられたエネルギーを有用な仕事に変形するもの。原動機・作業機械など。…『機械』は、主に人力以外の動力による複雑で大規模なものをいい、『器械』は、道具や人力による単純で小規模なものいうことが多い。」と、「装置」について「ある目的のために機械・道具などを取り付けること。また、そのしかけ。」と、それぞれ記載される一方、「器具」について「道具。うつわ。しくみの簡単な器械。」と、「備品」について「備えつけておく品物。」と、それぞれ記載されている。以上の各記載においては、機械・器械が「しかけのある器具」とされる一方で、器具が「しくみの簡単な器械」とされているように、一方の言葉の定義ないし説明の中に他方の言葉が用いられ、機械・器械と器具とを明確に区別することができないものとなっており、また、機械につき「主に」人力以外の動力による複雑で大規模なものをいうものとされるなど、その意義が法令上の概念として用いることができるほど明確に定義付けられているものとはいい難い。なお、措置法４２条の６第１項１号の「器具及び備品」には電子計算機も含まれる（措置法施行規則２０条の２の２第１項１号）が、少なくともこれが「しくみの簡単な器械」であるとはいい難いところである。そして、広辞林第六版（甲１１）及び大辞林第三版（甲１２）における「機械（器械）」、「装置」、「器具」及び「備品」についての記載を見ても、広辞苑第六版の記載について指摘した問題点が基本的に当てはまるものといわざるを得ない。
ｂ また、前記ａで述べたような国語辞典の記載内容等に鑑みれば、原告のいうところの「社会一般における用語の通常の意味」に従って、措置法４２条の６第１項１号に規定する「機械及び装置」又は「器具及び備品」の意義を、法令上の概念として用いることができるほど明確に定義付けることができるとは解し難いものというべきである。
ｃ なお、原告は、措置法４２条の６第１項１号の「機械」につき、剛性のある物体から構成され、一定の相対運動をする機能をもち、それ自体が仕事をする、という３つの要件を充足するものを指すとも主張するが（前記第２の６(1)ア(ア)ａ）、同号の「器具及び備品」に該当するものとして措置法施行規則で定められているものの中にも、デジタル複写機（同規則２０条の２の２第１項２号）など、原告が主張する要素を全て充足すると考えられるものが含まれていることに照らすと、原告が主張する要素をもってしても、「器具及び備品」から区別される法令上の概念としての「機械及び装置」の意義は明らかにならないものというべきである。
イ 関連法規との整合性の観点からの検討
(ア) 前記アのとおり、国語辞典の記載等を参照しても、措置法４２条の６第１項１号の「機械及び装置」又は「器具及び備品」の意義を一義的に決することはできないというべきところ、これらはいずれも法令上の用語であるから、ある減価償却資産が「機械及び装置」又は「器具及び備品」のいずれに該当するかの判断に当たっては、法的安定性の観点から、関連法規との整合性が図られるような解釈をする必要があるというべきである。
(イ)ａそこで検討するに、措置法４２条の６第１項は、法人税法３１条が規定する減価償却の特例である特別償却の１つについて定めるものであるところ、措置法４２条の６第１項１号は、同項のいわゆる柱書きの「次に掲げる減価償却資産」として、「機械及び装置」、「器具及び備品」等を掲げ、また、同法２条２項２５号は、同法４２条の６を含む第３章における減価償却資産の意義について、法人税法２条２３号に規定する減価償却資産をいう旨を定めている。そして、同法２条２３号は、減価償却資産の意義について、建物、構築物、機械及び装置、船舶、車両及び運搬具、工具、器具及び備品、鉱業権その他の資産で償却をすべきものとして政令で定めるものをいう旨を定めており、同号による委任に基づき定められた規定である法人税法施行令１３条は、３号において「機械及び装置」を、７号において「器具及び備品」を掲げている。
ｂ また、法人税法３１条１項は、減価償却資産の償却限度額（普通償却限度額）につき、政令で定めるところにより計算した金額とする旨を定めており、同条による委任に基づき定められた法人税法施行令５８条１項は、当該償却限度額について、減価償却資産につき内国法人が採用している償却の方法に基づいて計算した金額とする旨を定めている。そして、内国法人が法人税法３１条１項の規定により選定することができる償却の方法の種類等について定めることを政令に委任する旨の同条６項に基づき定められた規定である法人税法施行令４８条１項は、２号において、同施行令１３条２号から７号までに掲げる減価償却資産等については選定することができる償却の方法は定額法又は定率法とする旨を定めている。
ｃ さらに、法人税法施行令５６条は、法人税法施行令４８条１項等に規定する耐用年数等については財務省令で定めるところによる旨を定めているところ、上記の委任に基づき定められた耐用年数省令１条１項において、鉱業権及び坑道以外の減価償却資産の耐用年数につき、①１号において、法人税法施行令１３条１号、２号、４号から７号までに掲げる資産は別表第１に定めるところによるとして、別表第１において、「器具及び備品」をその構造又は用途に応じて１２に区分した上、更に細目を設け、②２号において、法人税法施行令１３条３号に掲げる資産は別表第２に定めるところによるとして、別表第２において、「機械及び装置」を設備の種類に応じて３６９に区分し、その一部については更に細目を設けている。
(ウ)ａ前記(イ)のとおり、「機械及び装置」又は「器具及び備品」という用語は、法人税法、措置法及びその他の関連法規において、「機械」、「装置」、「器具」及び「備品」としてそれぞれが別個に規定されるのではなく、「機械及び装置」又は「器具及び備品」というそれぞれ１組のまとまりとして規定されていることからすれば、措置法４２条の６第１項１号にいう「機械及び装置」又は「器具及び備品」については、「機械」、「装置」、「器具」及び「備品」のそれぞれを別個の法律用語として見るのではなく、「機械及び装置」と「器具及び備品」をそれぞれ一体のものとして扱うのが相当であるというべきである。
ｂ そして、①措置法４２条の６第１項が、法人税法３１条が規定する減価償却の特例である特別償却につき規定するものであり、措置法４２条の６第１項に掲げる「機械及び装置」及び「器具及び備品」について、償却限度額の特例として、法人税法３１条１項等の規定による普通償却限度額と特別償却限度額との合計額とされていること、②同項の規定による償却限度額の算出に際しては、耐用年数省令が定める耐用年数が用いられること（法人税法施行令４８条１項１号及び２号、５６条）、③措置法４２条の６第１項１号、法人税法３１条及び耐用年数省令１項にいう減価償却資産は、いずれも法人税法２条２３号に規定する減価償却資産をいうものであることに加えて、④法的安定性の観点からは、ある法令上の用語は、関連法規における同一の用語と整合的に用いられるべきことが要請されることからすれば、措置法４２条の６第１項１号、法人税法３１条及び耐用年数省令１条１項にいう「機械及び装置」及び「器具及び備品」は、いずれも、法人税法２条２３号による委任に基づき定められ、同規定と一体を成すというべき法人税法施行令１３条が掲げる「機械及び装置」及び「器具及び備品」を意味するものというべきである。
ｃ そうすると、ある減価償却資産が措置法４２条の６第１項１号の「機械及び装置」又は「器具及び備品」のいずれに該当するかを判断するに当たっては、それが、耐用年数省令別表第２に掲げる「機械及び装置」と、同省令別表第１に掲げる「器具及び備品」のいずれに該当するのかを検討するのが相当というべきである。これと異なる見解を前提とする争点１についての原告の主位的主張（前記第２の６(1)ア(ア)）は、採用し難いものというべきである。
(2) 本件各資産が耐用年数省令別表第２に掲げる「機械及び装置」に該当するか否かについて
ア 耐用年数省令別表第１及び第２の構造等
(ア) 耐用年数省令別表第１には、種類を「器具及び備品」とする区分の中に構造又は用途を「医療機器」とする区分が置かれ、その細目には、「消毒殺菌用機器」、「手術機器」、「血液透析又は血しょう交換用機器」、「ハバードタンクその他の作動部分を有する機能回復訓練機器」、「調剤機器」、「歯科診療用ユニット」及び「光学検査機器」が掲げられているのに加えて、「その他のもの」という細目が掲げられている（そして、この「その他のもの」という細目は、更に「レントゲンその他の電子装置を使用する機器」と「その他のもの」に分けられ、前者は、更に「移動式のもの、救急医療用のもの及び自動血液分析器」と「その他のもの」に、後者は、更に「陶磁器製又はガラス製のもの」、「主として金属製のもの」及び「その他のもの」に、それぞれ分けられている。）。このように、同省令別表第１の種類を「器具及び備品」とし、構造又は用途を「医療機器」とする区分の細目においては、医療の用に供される減価償却資産が網羅されているものであり、そのように網羅的に掲げられた個々の減価償却資産について、個別の資産ごとの耐用年数（いわゆる個別耐用年数）が規定されている。
(イ) 次に、耐用年数省令別表第２は、「機械及び装置」を「設備の種類」に応じて３６９に区分し、これらの各区分においては、「機械及び装置」として、個別の資産を掲げるのではなく、設備の全体をひとまとまりの減価償却資産として掲げた上で、このような「機械及び装置」については、当該設備を一体となって構成する資産の全部につき当該設備の種類ないしその細目に係る耐用年数（総合耐用年数）を適用することとしている。そして、①特掲設備に係る総合耐用年数は、おおむね下記ａからｏまでに掲げる分野ごとに、モデルとなる工場等（いわゆる標準設備ないしモデルプラント）を想定した上で（なお、そのほとんどが製造設備である。）、その標準設備（モデルプラント）を構成する各資産の耐用年数を見積もり、これを各資産の価額により加重平均して算出したものである一方、②特掲その他資産及び同別表・番号３６９の資産については、設備の種類ないしその細目として定められている内容の抽象度が高いことに照らし、これに対応する標準設備ないしモデルプラントを具体的に想定することはできないものと考えられ、特掲その他資産については、当該資産が含まれる分野（下記ａからｏまで参照）における他の資産に係る総合耐用年数を、同別表・番号３６９の資産については、番号１から３６８までの資産に係る総合耐用年数を、それぞれ集約した結果に基づいて総合耐用年数が算出されたものと解される（昭和４０年直法４－９「機械装置の個別年数と使用時間表について」、昭４０直法４－１１「『耐用年数の適用等に関する取扱通達』等の一部改正について」参照）。
ａ 番号１から３６の２まで食料品
ｂ 番号３７から５７まで繊維製品
ｃ 番号５８から６３まで木材及び木製品
ｄ 番号６４から７３まで製紙及び紙加工品
ｅ 番号７４から８０まで印刷及び製本
ｆ 番号８１から１８０まで化学工業
ｇ 番号１８１から１８５まで石油製品及び石炭製品
ｈ 番号１８６から１９３までゴム製品及び皮革製品
ｉ 番号１９４から２１０まで窯業及び土石製品
ｊ 番号２１１から２３１の２まで鉄鋼及び非鉄金属
ｋ 番号２３２から２５２まで金属製品
ｌ 番号２５３から２９６まで機械工業
ｍ 番号２９７から３２５まで雑貨その他の製造
ｎ 番号３２６から３３３まで鉱業
ｏ 番号３３４から３６８まで前記ａからｎまで以外の分野を個別に類型化
イ 本件各資産と耐用年数省令別表第１の「器具及び備品」中の「医療機器」
(ア) 前記ア(ア)のとおり、耐用年数省令別表第１の種類を「器具及び備品」とし、構造又は用途を「医療機器」とする区分の細目においては、医療の用に供される減価償却資産が網羅されているものであり、そのように網羅的に掲げられた個々の減価償却資産について、個別の資産ごとの耐用年数（いわゆる個別耐用年数）が規定されている。そして、本件各資産の機能及び用途（別表１及び別表２の各「機能、用途」欄）に照らせば、本件各資産をもって同省令別表第１にいう「器具及び備品」の１つである「医療機器」に該当する、すなわち、措置法４２条の６第１項１号にいう「器具及び備品」に該当するものと解することは、ごく自然な法解釈であるということができる。
(イ)ａこの点、原告は、医療用機器等の特例についての規定である措置法４５条の２第１項１号の「医療用の機械及び装置並びに器具及び備品で政令で定めるもの」という文言からは、医療用の減価償却資産には、耐用年数省令別表第１の「医療機器」とは別に、同省令別表第２の「機械及び装置」に該当するものが存在するということになるところ、本件各資産は、同省令別表第１に「医療機器」として掲げられているものではなく、同省令別表第２の「機械及び装置」に該当すると判断するのが、合理的かつ最も自然な解釈であると主張する（前記第２の６(1)ア(ア)ｄ）。
しかし、同省令別表第１において「器具及び備品」として「医療機器」が掲げられる一方、同省令別表第２において医療の用に供される減価償却資産が特掲されていないことは、措置法４５条の２第１項に定める医療用機器等の特例が創設された前後において変わりはなく、このことからすれば、医療用機器等の特例において、医療用の器具及び備品に加えて、医療用の機械及び装置が同特例の適用の対象となる資産として掲げられたのは、それまで「器具及び備品」として取り扱われていた医療の用に供される減価償却資産につき取扱いを変更するものではなく、各種の機器の機能や構造の進歩、発展等により、従来のものとはその性格を異にし、観念的には機械及び装置に該当する資産が出現してきた場合に、医療用機器等の特例の適用を排除すべき理由はないことから、その旨を明らかにするためであったものと解される。そして、本件各資産は、その機能及び用途（別表１及び別表２の「機能、用途」欄参照）に照らせば、同省令別表第１に「医療機器」として掲げられているものの範ちゅうを超えるものとは認め難いというべきであるから、原告の上記主張は、採用することができない。
ｂ また、原告は、耐用年数省令別表第１にいう「医療機器」とは、直接医療の用に供されるものをいうものと解すべきところ、原告は医療機関ではなく、原告の営む臨床検査業は、医療機関から送られてきた検体の検査を行うものであって、医療行為でも医療類似行為でもないとして、本件各資産は耐用年数省令別表第１にいう「医療機器」には該当しない旨主張する（前記第２の６(1)ア(イ)ｂ）。
しかし、耐用年数省令の別表の定めを見ると、そこに掲げられる減価償却資産について使用される業種を限定する場合には、例えば、同省令別表第１の「建物」のうち「鉄骨鉄筋コンクリート造又は鉄筋コンクリート造のもの」の細目にある「その他のもの」において「倉庫事業の倉庫用のもの」と「その他のもの」が掲げられ、あるいは、同別表の「器具及び備品」のうち「家具、電気器具、ガス器具及び家庭用品（他の項目に掲げるものを除く。）」の細目にある「応接セット」において、「接客業用のもの」と「その他のもの」が掲げられるように、「…事業の」や「…業用」といった表現が用いられている。ところが、同別表にいう「医療機器」にはこのような表現が用いられていないから、客観的に見て医療の用に供される減価償却資産であれば、それを用いる者の事業内容にかかわらず、同別表にいう「医療機器」に該当するものというべきである。原告の上記主張は、採用することができない。
ウ 本件各資産と耐用年数省令別表第２・番号３６９の資産
(ア) 耐用年数省令別表第２においては、「機械及び装置」の設備の種類として医療の用又は原告が主張するような臨床検査の用に供される減価償却資産は掲げられていないから、本件各資産については、それが同別表・番号３６９の資産に該当するか否かのみが問題となる。
(イ)ａ前記アのとおり、耐用年数省令は、「機械及び装置」以外の減価償却資産と「機械及び装置」とを区分し、前者については同省令別表第１において個別耐用年数を、後者については同省令別表第２において総合耐用年数を、それぞれ定めているものであるが、このような取扱いは、沿革的には、昭和１７年に改正された「固定資産耐用年数表」に端を発するものである（乙９）。そして、上記改正において「機械及び装置」につき総合耐用年数を用いることとされた根拠については、「機械及び装置」は、最初の工程より最後の工程に至るまで有機的に牽連結合して活動するものであり、資産の内容を見ても細目ごとの区分が必ずしも明瞭でなく、中には資産の細分が不可能に等しいようなものもあるためである旨の説明がされているところ（乙９）、耐用年数省令別表第２の特掲設備及び特掲その他設備（同別表番号１から３６８までの設備の種類）のほとんどが製造設備であることからすれば、同別表において「機械及び装置」につき総合耐用年数を用いることとされた根拠は、昭和１７年に改正された「固定資産耐用年数表」におけるそれと基本的に同様であると考えられる。
ｂ 前記ａにおいて述べたところに加えて、前記ア(イ)のとおり、耐用年数省令別表２・番号３６９の資産については、同別表番号１から３６８までの資産に係る総合耐用年数をそれぞれ集約した結果に基づいて総合耐用年数が算出されたものと解されることを考慮すれば、ある資産が同省令別第２・番号３６９の資産に該当するか否かは、①最初の工程から最後の工程に至るまで有機的に牽連結合されて用いられる性質のものであるか否か、②同別表の番号１から３６８までに掲げられた設備の種類と異質なものでないか否か、との観点から検討すべきものと解するのが相当である（なお、平成２１年東京高裁判決も、その引用に係る乙２（第１審判決）・２８頁９行目から２１行目までの判示に照らせば、基本的にはこれと同様の見解を採っているものと解される。）。
ｃ(a) この点、原告は、①耐用年数省令別表第２には、番号３３４「ブルドーザー、パワーショベルその他の自走式作業用機械設備」、番号７５「印刷設備」における印刷機、番号３６４「天然色写真現像焼付設備」及び番号３６５「その他の写真現像焼付設備」における現像機のように、機械装置単体も「機械」及び「装置」に当たることが規定されている、②総合償却制度は、課税庁側の課税事務の簡素化という要請から採られたものにすぎず、「他の機器と一体となって設備を形成し、その一部として各機能を果たすもの」でなければならないかなどということは全く考慮の対象とされていない、③甲１７（実例耐用年数総覧改訂第７版）の記述に照らすと、上記ｂのような考え方は実務に反するというべきであり、また、そのような考え方に従うと、例えば、印刷機１台で印刷業を営む町工場があった場合、同別表番号７５の印刷設備に該当せず、本件リース税額控除は受けられないが、印刷機２台を１体として印刷業を営む町工場は、これを受けられることになり、租税の平等、公平に反する、などと主張して、前記(イ)ｂのような考え方を非難する（前記第２の６(1)ア(ア)ｃ）。
(b) しかし、耐用年数省令別表第２の番号３３４「ブルドーザー、パワーショベルその他自走式作業用機械設備」は、固定資産の耐用年数等に関する省令（昭和２６年大蔵省令第５０号）別表１（機械及び装置以外の有形固定資産の耐用年数について定めたもの）において、種類を「車両及び運搬具」とする区分の中に「特殊自動車」として掲げられていたものの一部が、昭和３９年に行われた同省令の改正により、同省令別表２（機械及び装置の耐用年数について定めたもの）の中に特掲されることになったものであり（乙１０）、特掲資産の中では特殊な位置付けのものというべきであって、前記ａにおいて述べたような「機械及び装置」につき総合耐用年数を用いることとされた根拠に影響を及ぼすものとまではいい難く、また、耐用年数省令別表第２の番号７５「印刷設備」における印刷機や、同別表番号３６４「天然色写真現像焼付設備」及び番号３６５「その他の写真現像焼付設備」における現像機は、特掲されている設備を構成する他の資産と一体となって当該設備としての目的を達するために用いられる資産というべきものであるから、前記(a)①の主張は、前記(イ)ｂにおいて述べたところを左右するものとはいえない。
また、総合耐用年数が採用された目的が、課税庁側の課税事務の簡素化という実
務上の要請にあったとしても、そのような目的と、前記ａにおいて述べた「機械及び装置」につき総合耐用年数を用いることとされた根拠とは両立し得るものというべきであるから、前記(a)②の主張も採用し難い。
さらに、前記(a)③の主張についても、甲１７（実例耐用年数総覧改訂第７版）の記述それ自体から上記(イ)ｂのような考え方が実務に反するなどと断ずることができないことは明らかである上、印刷機１台で印刷業を営むか２台を一体として印刷業を営むかによって本件リース税額控除を受けることができるか否かに差が
出るとしても、それは、本件リース税額控除の制度をどのような内容のものとするかという立法政策の問題にすぎないというべきことに照らし、採用することができない。
(ウ)ａ前記(イ)において述べたところを前提として、本件各資産が耐用年数省令別表第２・番号３６９の資産に該当するものであるか否かにつき検討する。
本件各資産の機能及び用途並びに設置場所（別表１及び別表２の各「機能、用途」欄及び「設置場所」欄）に照らせば、本件各資産は、個々の資産が基本的には単体で個別に作動し、その結果生ずる直接の成果（検査データ等）も個々の資産ごとに異なるものであるというべきであって、①その全体が、最初の工程から最後の工程に至るまで有機的に牽連結合されて用いられる性質を有するものであるとは認め難いというべきであり、②また、耐用年数省令別表第２の番号１から３６８までに掲げられた特掲設備及び特掲その他装備の内容に照らせば、本件各資産をもって、耐用年数省令別表第２・番号３６９の資産に該当するものと解することは、同別表に掲げられた減価償却資産の中に、これらの特掲設備及び特掲その他装備とは異質なものを含ませる結果となるものといわざるを得ないというべきである。したがって、本件各資産は、同別表・番号３６９の資産には該当しないものというべきである。
ｂ この点、原告は、争点１に係る予備的主張として、①本件各資産は、臨床検査業者が行う一般的な臨床検査を実施するための設備であり、臨床検査業における標準設備を構成する、②原告が顧客に提供するサービスは、顧客から依頼のあった検査項目全てを総合検査報告書の形で提供することによって結実するものであり、本件各資産を含む原告の臨床検査設備（原告の検査ライン）は、原告の各拠点に設置された複数の検査機械等が連携連動し、全体として一体となって、上記のような原告の臨床検査サービスを提供するものであり、耐用年数省令別表第２・番号３６９の資産に該当する旨主張する（前記第２の６(1)ア(イ)ａ）。
しかし、前記ア(イ)②において述べたとおり、耐用年数省令別表第２・番号３６９の資産については標準設備（モデルプラント）を具体的に想定することはできないのであって、上記①の原告の主張は、その前提を欠くものというべきである。また、上記②の原告の主張は、本件各資産を構成する個々の資産のそれぞれから生じた直接の成果をいわば中間製品とし、これらを寄せ集めた結果である総合検査報告書をいわば最終製品と見た上で、本件各資産をそのような最終製品を生み出すための設備であると評価しようとするものであると解されるところ、そのような考え方は、同別表においては、中間製品についての製造設備や組立設備も特掲設備として定められていること（同別表の番号２７６「自動車車体製造又は架装設備」、番号２７８「車両用エンジン、同部分品又は車両用電装品製造設備（ミッション又はクラッチ製造設備を含む。）」、番号２７９「車両用ブレーキ製造設備」、番号２８０「その他の車両部分品又は附属品製造設備」等）と整合しないものといわざるを得ないものであって、採用することができない。
エ 小括
以上によれば、本件各資産は、耐用年数省令別表第２の「機械及び装置」（具体的には同別表・番号３６９の資産）には該当せず、同省令別表第１の種類を「器具及び備品」とし、構造又は用途を「医療機器」とする区分に該当するものというべきである。そうすると、本件各資産は、措置法４２条の６第１項１号にいう「機械及び装置」には該当せず、「器具及び備品」に該当するということになる。
２ 本件各処分の適法性について
(1) 本件各資産は、前記１において述べたとおり「器具及び備品」に該当するものであるというべきであるが、措置法４２条の６第１項１号の「器具及び備品については、事務処理の能率化等に資するものとして財務省令で定めるものに限る。」との要件を満たすものではないから（措置法施行規則２０条の２の２第１項参照）、争点２について判断するまでもなく、本件各資産につき本件リース税額控除の適用はないということになる。
(2) そして、これまで述べたところ及び弁論の全趣旨によれば、本件各処分は、別紙２のとおり、いずれも適法なものと認められる。
３ 結論
以上の次第であって、原告の請求はいずれも理由がないからこれらを棄却することとし、訴訟費用の負担につき行政事件訴訟法７条、民事訴訟法６１条を適用して、主文のとおり判決する。東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官八木一洋
裁判官田中一彦
裁判官塚原洋一
（別紙１）
関係法令の定め
１ 法人税法（平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下「法人税法」という。）の定め
(1) ①法人税法２条３号は、同法において、内国法人とは、国内に本店又は主たる事務所を有する法人をいう旨を定めており、②同条２３号は、同法において、減価償却資産とは、建物、構築物、機械及び装置、船舶、車両及び運搬具、工具、器具及び備品、鉱業権その他の資産で償却をすべきものとして政令で定めるものをいう旨を定めている。
(2) 法人税法２１条は、内国法人に対して課する各事業年度の所得に対する法人税の課税標準は、各事業年度の所得の金額とする旨を定めている。
(3)ア法人税法２２条１項は、内国法人の各事業年度の所得の金額は、当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とする旨を定めている。
イ 法人税法２２条３項は、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、次の各号に掲げる額とする旨を定めている。
１号当該事業年度の収益に係る売上原価、完成工事原価その他これらに準ずる原価の額２号法人税法２２条３項１号に掲げるもののほか、当該事業年度の販売費、一般管理費その他の費用（償却費以外の費用で当該事業年度終了の日までに債務の確定しないものを除く。）の額
３号当該事業年度の損失の額で資本等取引以外の取引に係るもの
(4) 法人税法３１条１項は、内国法人の各事業年度終了の時において有する減価償却資産につきその償却費として同法２２条３項の規定により当該事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入する金額は、その内国法人が当該事業年度においてその償却費として損金経理をした金額のうち、その内国法人が当該資産について選定した償却の方法（償却の方法を選定しなかった場合には、償却の方法のうち政令で定める方法）に基づき政令で定めるところにより計算した金額に達するまでの金額とする旨を定めている。
２ 法人税法施行令（平成１８年政令第１２５号による改正前のもの。以下「法人税法施行令」という。）の定め
(1) 法人税法施行令１３条は、法人税法２条２３号に規定する政令で定める資産は、棚卸資産、有価証券及び繰延資産以外の資産のうち次の各号に掲げるもの（事業の用に供していないもの及び時の経過によりその価値の減少しないものを除く。）とする旨を定めている。
１号及び２号（省略）
３号機械及び装置
４号から６号まで（省略）
７号工具、器具及び備品（鑑賞用、興行用その他これらに準ずる用に供する生物を含む。）８号及び９号（省略）
(2) 法人税法施行令４８条１項は、減価償却資産の償却限度額（法人税法３１条１項〔減価償却資産の償却費の計算及びその償却の方法〕の規定による減価償却資産の償却費として損金の額に算入する金額の限度額をいう。以下同じ。）の計算上選定をすることができる償却の方法は、次の各号に掲げる資産の区分に応じ当該各号に定める方法とする旨を定めている。
１号（省略）
２号法人税法施行令１３条１号（減価償却資産の範囲）に掲げる建物の附属設備及び同条２号から７号までに掲げる減価償却資産（同施行令４８条１項３号及び６号に掲げるものを除く。）次に掲げる方法
イ 定額法（当該減価償却資産の取得価額からその残存価額を控除した金額にその償却費が毎年同一となるように当該資産の耐用年数に応じた償却率を乗じて計算した金額を各事業年度の償却限度額として償却する方法。法人税法施行令４８条１項１号イ(1)参照）
ロ 定率法（当該減価償却資産の取得価額〔既にした償却の額で各事業年度の所得の金額又は各連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入された金額がある場合には、当該金額を控除した金額〕にその償却費が毎年一定の割合で逓減するように当該資産の耐用年数に応じた償却率を乗じて計算した金額を各事業年度の償却限度額として償却する方法。法人税法施行令４８条１項１号イ(2)参照）
３号から６号まで（省略）
(3) 法人税法施行令５３条は、法人税法３１条１項（減価償却資産の償却費の計算及びその償却の方法）に規定する政令で定める方法は、次の各号に掲げる資産の区分に応じ当該各号に定める方法とする旨を定めている。
１号法人税法施行令４８条１項１号イ及び同項２号（減価償却資産の償却の方法）に掲げる減価償却資産定率法
２号（省略）
(4) 法人税法施行令５６条は、減価償却資産の同施行令４８条１項１号及び３号並びに４項（減価償却資産の償却の方法）に規定する耐用年数、当該耐用年数に応じた償却率及び残存価額については、財務省令で定めるところによる旨を定めている。
３ 減価償却資産の耐用年数等に関する省令（平成１９年財務省令第２１号による改正前のもの。以下「耐用年数省令」という。）の定め
(1) 耐用年数省令１条１項は、法人税法２条２３号に規定する減価償却資産のうち鉱業権（租鉱権及び採石権その他土石を採掘し又は採取する権利を含む。以下同じ。）及び坑道以外のものの耐用年数は、次の各号に掲げる資産の区分に応じこれらに定める表に定めるところによる旨を定めている。
１号所得税法施行令６条１号、２号、４号から７号まで又は法人税法施行令１３条１号、２号及び４号から７号までに掲げる資産（坑道を除く。）別表第１（機械及び装置以外の有形減価償却資産の耐用年数表）
２号所得税法施行令６条３号又は法人税法施行令１３条３号に掲げる資産別表第２（機械又は装置の耐用年数表）
(2) 耐用年数省令別表第１（機械及び装置以外の有形減価償却資産の耐用年数表）は、法人税法施行令１３条７号に掲げる資産のうち「器具及び備品」につき、次のとおり定めるなどしている。種類
構造又は用途
細目
耐用年数
８ 医療機器
消毒殺菌用機器
手術機器
血液透析又は血しょう交換用機器
器具及び備品
ハバードタンクその他の作動部分を有する機能回復訓練機器
調剤機器
歯科診療用ユニット
光学検査機器
ファイバースコープ
その他のもの
その他のもの
レントゲンその他の電子装置を使用する機器
移動式のもの、救急医療用のもの及び自動血液分析器
その他のもの
その他のもの
陶磁器製又はガラス製のもの
主として金属製のもの
その他のもの
(3) 耐用年数省令別表第２（機械又は装置の耐用年数表）は、次のとおり定めるなどしている。番号
設備の種類
細目
耐用年数
前掲の機械及び装置以外のもの並びに前掲の区分によらな
いもの
主として金属製の
もの
その他のもの
４ 措置法の定め
(1) 措置法２条２項２５号は、同法第３章において、減価償却資産とは、法人税法２条２３号に規定する減価償却資産をいう旨を定めている。
(2) 措置法４２条の４第７項本文は、政令で定める中小企業者に該当する法人又は農業協同組合等で、青色申告書を提出するもの（以下「中小企業者等」という。）の各事業年度（同条１項から４項までの規定の適用を受ける事業年度、解散〔合併による解散を除く。〕の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度を除く。）において、当該事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額がある場合には、当該中小企業者等の当該事業年度の所得に対する法人税の額から、当該事業年度の当該試験研究費の額の百分の十二に相当する金額を控除する旨を定めている。
(3)ア措置法４２条の６第１項は、中小企業者等が、平成１０年６月１日から平成１８年３月３１日までの期間（以下「指定期間」という。）内に、その製作の後事業の用に供されたことのない次に掲げる減価償却資産（同項１号に掲げる減価償却資産にあっては、政令で定める規模のものに限る。以下「特定機械装置等」という。）を取得し、又は特定機械装置等を製作して、これを国内にある当該中小企業者等の営む製造業、建設業その他政令で定める事業の用（同項３号に規定する事業を営む法人で政令で定めるもの以外の法人の貸付けの用を除く。以下「指定事業の用」という。）に供した場合には、その指定事業の用に供した日を含む事業年度（解散〔合併による解散を除く。〕の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度を除く。以下「供用年度」という。）の当該特定機械装置等の償却限度額は、法人税法３１条１項又は２項の規定にかかわらず、当該特定機械装置等の普通償却限度額（同条１項に規定する償却限度額又は同条２項に規定する償却限度額に相当する金額をいう。以下同じ。）と特別償却限度額（当該特定機械装置等の取得価額〔措置法４２条の６第１項３号に掲げる減価償却資産にあっては、当該取得価額に政令で定める割合を乗じて計算した金額〕の１００分の３０に相当する金額をいう。）との合計額とする旨を定めている。
１号機械及び装置並びに器具及び備品（器具及び備品については、事務処理の能率化等に資するものとして財務省令で定めるものに限る。）
２号及び３号省略
イ 措置法４２条の６第３項前段は、中小企業者等が、指定期間内に、その製作の後事業の用に供されたことのない同条１項１号又は２号に掲げる減価償却資産を物品賃貸業を営む者から契約により賃借（政令で定める要件を満たすものに限る。）をして、これを国内にある当該中小企業者等の営む指定事業の用に供した場合（その指定事業の用に供した日を含む事業年度終了の日まで引き続き当該指定事業の用に供している場合に限るものとし、同法４２条の７第３項、４２条の１０第３項、４２条の１１第７項又は４２条の１２の規定の適用を受けるものに係る場合を除く。）には、供用年度の所得に対する法人税の額からその指定事業の用に供した当該減価償却資産（同法４２条の６第１項１号に掲げる減価償却資産にあっては、その賃借に要する政令で定める費用の総額が政令で定める金額以上であるものに限る。）の当該費用の総額を基礎として政令で定めるところにより計算した金額の合計額の１００分の７に相当する金額（以下「リース税額控除限度額」という。）を控除する旨を定めている。
(4) 措置法４５条の２第１項は、青色申告書を提出する法人で医療保健業を営むものが、昭和５４年４月１日から平成１９年３月３１日までの間に、次の各号に掲げる減価償却資産のうちその製作の後事業の用に供されたことのないもの（以下この項において「医療用機器等」という。）を取得し、又は医療用機器等を製作して、これを当該法人の営む医療保健業の用に供した場合には、その用に供した日を含む事業年度の当該医療用機器等の償却限度額は、法人税法３１条１項又は２項の規定にかかわらず、当該医療用機器等の普通償却限度額と特別償却限度額（当該医療用機器等の取得価額に当該各号に定める割合を乗じて計算した金額をいう。）との合計額とする旨を定めている。１号医療用の機械及び装置並びに器具及び備品で政令で定めるもの（措置法４５条の２第１項２号又は３号に掲げるものを除く。）１００分の１４
２号救急医療用の機械及び装置並びに器具及び備品で政令で定めるもの１００分の２０３号医療の安全の確保に資する機械及び装置並びに器具及び備品で政令で定めるもの１００分の２０
５ 租税特別措置法施行令（平成１８年政令第１３５号による改正前のもの。以下「措置法施行令」という。）の定め
(1) 措置法施行令２７条の４第４項は、措置法４２条の４第７項に規定する政令で定める中小企業者は、資本若しくは出資の額が１億円以下の法人（人格のない社団等を含む。以下、同施行令第３章において同じ。）のうち次の各号に掲げる法人以外の法人又は資本若しくは出資を有しない法人のうち常時使用する従業員の数が１０００人以下の法人とする旨を定めている。
１号その発行済株式の総数又は出資金額の２分の１以上が同一の大規模法人（資本若しくは出資の金額が１億円を超える法人又は資本若しくは出資を有しない法人のうち常時使用する従業員の数が１０００人を超える法人をいい、中小企業投資育成株式会社〔中小企業投資育成株式会社法１条参照〕を除く。措置法施行令２７条の４第４項２号において同じ。）の所有に属している法人
２号措置法施行令２７条の４第４項１号に掲げるもののほか、その発行済株式の総数又は出資金額の３分の２以上が大規模法人の所有に属している法人
(2)ア措置法施行令２７条の６第２項は、措置法４２条の６第１項に規定する政令で定める規模のものは、機械及び装置にあっては一台又は一基（通常一組又は一式をもって取引の単位とされるものにあっては、一組又は一式とする。以下同じ。）の取得価額（法人税法施行令５４条１項各号の規定により計算した取得価額をいう。以下同じ。）が１６０万円以上のものとし、器具及び備品にあっては一台又は一基の取得価額が１２０万円以上のもの（これに準ずるものとして財務省令で定めるものを含む。）とする旨を定めている。
イ 措置法施行令２７条の６第３項は、措置法４２条の６第１項に規定する政令で定める事業は、農業、林業、漁業、水産養殖業、鉱業、卸売業、道路貨物運送業、倉庫業、港湾運送業、ガス業その他財務省令で定める事業とする旨を定めている。
ウ 措置法施行令２７条の６第７項は、措置法４２条の６第３項に規定する政令で定める要件は、次の各号に掲げる要件とする旨を定めている。
１号措置法４２条の６第３項に規定する減価償却資産（以下「特定機械等」という。）の賃借に係る契約（以下「リース契約」という。）において当該特定機械等を継続して賃借する期間として定められた期間（以下「リース契約期間」という。）が５年以上であり、かつ、当該リース契約期間が当該特定機械等の耐用年数（法人税法の規定に基づいて定められている耐用年数をいう。）を超えないものであること。
２号当該特定機械等に係るリース契約において措置法４２条の６第３項に規定する費用の総額が当該特定機械等ごと（同一の特定機械等が２以上ある場合には、１台又は１基ごと）に定められているものであること。
３号当該特定機械等に係るリース契約において措置法４２条の６第３項に規定する費用の総額がリース契約期間内に均等額により定期的に支払われることとされていること。
エ 措置法施行令２７条の６第８項は、措置法４２条の６第３項に規定する政令で定める費用の総額は、当該特定機械等の当該リース契約期間内において支払われるべき費用の額（当該費用の額のうちに特定機械等の賃借に係る費用の額に該当しない費用の額を含まれている場合には、当該該当しない費用の額を控除した残額とする。以下「リース費用の総額」という。）とし、同項に規定する政令で定める金額以上である減価償却資産は、機械及び装置にあっては１台又は１基のリース費用の総額が２１０万円以上であるものと、器具及び備品にあっては１台又は１基のリース費用の総額が１６０万円以上であるもの（これに準ずるものとして財務省令で定めるものを含む。）とする旨を定めている。
６ 租税特別措置法施行規則（平成１８年財務省令第２６号による改正前のもの。以下「措置法施行規則」という。）の定め
(1) 措置法施行規則２０条の２の２第１項は、措置法４２条の６第１項１号に規定する財務省令で定めるものは、次の各号に掲げるものとする旨を定めている。
１号電子計算機（計数型の電子計算機〔主記憶装置にプログラムを任意に設定できる機構を有するものに限る。〕のうち、処理語長が１６ビット以上で、かつ、設置時における記憶容量〔検査用ビットを除く。〕が１６メガバイト以上の主記憶装置を有するものに限るものとし、これと同時に設置する附属の入出力装置〔入力用キーボード、ディジタイザー、タブレット、光学式読取装置、音声入力装置、表示装置、プリンター又はプロッターに限る。〕、補助記憶装置、通信制御装置、伝送用装置〔無線用のものを含む。〕又は電源装置を含む。）
２号デジタル複写機（専用電子計算機〔専ら器具及び備品の動作の制御又はデータ処理を行う電子計算機で、物理的変換を行わない限り他の用途に使用できないものをいう。以下措置法施行規則２０条の２第１項において同じ。〕により発信される制御指令信号に基づき画像情報をデジタル信号に変換し、色の濃度補正、縦横独立変倍又は画像記憶を行う機構を有するもの及び当該専用電子計算機を同時に設置する場合のこれらのものに限るものとし、これらと同時に設置する専用の自動原稿送り装置、排紙分類装置、給紙装置、プリンター又はファクシミリを含む。）
３号ファクシミリ（送受信データを蓄積する機構及び普通紙に受信データを印刷する機構を有するものに限るものとし、これと同時に設置する専用の変復調装置、回線制御装置又は回線接続装置を含む。）
４号デジタル交換設備（専用電子計算機により発信される制御指令信号に基づきデジタル信号を自動的に交換するための機能を有するものに限るものとし、これと同時に設置する専用の制御装置〔当該交換するための機能を制御するものに限る。〕、変復調装置、宅内回線終端装置、局内回線終端装置、入出力装置又は符号化装置を含む。）
５号デジタルボタン電話設備（専用電子計算機により発信される制御指令信号に基づき専用電話機のボタン操作に従ってデジタル信号を自動的に交換する機構を有するもの及び当該専用電子計算機を同時に設置する場合のこれらのものに限るものとし、これらと同時に設置する専用の変復調装置、宅内回線終端装置、局内回線終端装置又は符号化装置を含む。）６号電子ファイリング設備（画像又は文字情報の符号化並びに符号化された当該画像又は文字情報の加工、登録、蓄積及び検索を行うもので、これと同時に設置する専用の入出力装置、補助記憶装置、伝送用装置又は電源装置を含む。）
７号マイクロファイル設備（画像又は文字情報のマイクロフィルムへの記録並びに当該マイクロフィルムの整理、保存及び検索を行うもので、これと同時に設置する専用の入出力装置、補助記憶装置、伝送用装置又は電源装置を含む。）
８号ＩＣカード利用設備（ＩＣカードとの間における情報の交換並びに当該情報の蓄積及び加工を行うもので、これと同時に設置する専用のＩＣカードリーダライタ、入力用キーボード、タブレット、表示装置、プリンター又はプロッターを含む。）
９号冷房用又は暖房用機器（ユニット型エアコンディショナー、温風暖房機〔冷房ユニットを付加したものを含む。〕又は遠赤外線放射暖房装置に限るものとし、これらと同時に設置する専用の換気装置又は空気清浄装置を含む。）
(2) 措置法施行規則２０条の２の２第４項は、措置法施行令２７条の６第３項に規定する財務省令で定める事業は、次の各号に掲げる事業（風俗営業等の規制及び業務の適正化等に関する法律２条５項に規定する性風俗関連特殊営業に該当するものと除く。）とする旨を定めている。１号小売業
２号料理店業その他の飲食店業（料亭、バー、キャバレー、ナイトクラブその他これらに類する事業を除く。）
３号一般旅客自動車運送業
４号海洋運輸業及び沿海運輸業
５号内航船舶貸渡業
６号旅行業
７号こん包業
８号通信業
９号損害保険代理業
１０号サービス業（物品賃貸業及び娯楽業〔映画業を除く。〕を除く。）
以上
（別紙２）
本件各処分の根拠及び適法性
１ 本件各更正処分の根拠及び適法性
(1) 本件各更正処分の根拠
被告が本件訴えにおいて主張する原告の本件各事業年度の所得の金額及び納付すべき法人税額は、それぞれ別表５「平成１７年３月期の所得金額及び納付すべき税額の内訳」及び別表６「平成１８年３月期の所得金額及び納付すべき税額の内訳」のとおりであり、各金額の根拠は次のとおりである。
ア 平成１７年更正処分について
(ア) 所得の金額（別表５・順号①）
６億２７８７万２３５９円
上記金額は、原告が横浜南税務署長に対して平成１８年１２月１２日に提出した平成１７年３月期に係る法人税の修正申告書（以下「平成１７年３月期修正申告書」という。）に記載された所得の金額と同額である。
(イ) 納付すべき法人税額（別表５・順号⑨）
２億０８１１万４９００円
上記金額は、次のａの金額からｂの金額を控除した金額に、ｄの金額を加算し、更にｅの金額を控除した後の金額（ただし、国税通則法〔以下「通則法」という。〕１１９条１項の規定により１００円未満の端数を切り捨てた後のもの。以下同じ。）である。
ａ 所得の金額に対する法人税額（別表５・順号②）
１億８７７２万１６００円
上記金額は、前記(ア)の所得の金額（ただし、通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てた後もの。以下同じ。）に法人税法６６条に定める税率（ただし、経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律１６条１項を適用した後のもの。以下同じ。）を乗じて計算した金額であり、平成１７年３月期修正申告書に記載された法人税額と同額である。
ｂ 法人税額の特別控除額（別表５・順号③）
０円
上記金額は、措置法４２条の６第３項の規定に基づく中小企業者等が機械及び装置等を賃借した場合等の法人税額の特別控除（以下、この規定による特別控除を「本件リース税額控除」という。）の金額である。
本判決の本文第２の６(1)イのとおり、本件各資産については、措置法４２条の６第３項の規定の適用はないものというべきであるから、本件リース税額控除の金額は０円となる。
ｃ 課税留保金額（別表５・順号④）
１億３５１６万８０００円
上記金額は、次の(a)の金額から(b)の金額を控除した金額（ただし、通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てたもの。）である。
(a) 留保金額（別表５・順号⑤）
３億５５１８万８１２７円
上記金額は、平成１７年３月期に係る法人税の修正申告における留保所得金額５億８１６２万７８００円から、次の①及び②の金額を控除した金額である。
① 法人税額
１億８７５８万１３０２円
上記金額は、前記ａの金額から前記ｂ及び後記ｅの金額を控除した金額である。
② 留保金額の計算上控除する都民税の額
３８８５万８３７１円
上記金額は、前記ａの金額から前記ｂの金額を控除した金額に２０．７％（地方税法〔平成１８年法律第７号による改正前のもの〕７３４条２項及び３項、３１４条１項参照）を乗じた金額である。
(b) 留保控除額（別表５・順号⑥）
２億２００１万９５３５円
上記金額は、法人税法６７条３項に規定する留保控除額である。
ｄ 課税留保金に対する税額（別表５・順号⑦）
２０５３万３６００円
上記金額は、前記ｃの課税留保金額に法人税法６７条１項に規定する税率を乗じて計算した金額である。
ｅ 控除所得税額等（別表５・順号⑧）
１４万０２９８円
上記金額は、法人税法６８条の規定により所得に対する法人税の額から控除される所得税の金額であり、平成１７年３月期修正申告書に記載された金額と同額である。
(ウ) 既に納付が確定した本税額（別表５・順号⑩）
１億９９７０万７１００円
上記金額は、平成１７年３月期修正申告書の提出により納付の確定した法人税額である。
(エ) 差引納付すべき法人税額（別表５・順号⑪）
８４０万７８００円
上記金額は、前記(イ)の金額から前記(ウ)の金額を差し引いた金額であり、平成１７年３月期に係る法人税の更正処分により原告が新たに納付すべき法人税額である。
イ 平成１８年更正処分について
(ア) 所得の金額（別表６・順号①）
７億７５８５万１３１３円
上記金額は、原告が横浜南税務署長に対して平成１８年１２月１２日に提出した平成１８年３月期に係る法人税の修正申告書（以下「平成１８年３月期修正申告書」という。）に記載された所得の金額と同額である。
(イ) 納付すべき法人税額（別表６・順号⑤）
２億３１９２万９９００円
上記金額は、次のａの金額からｂ及びｃの金額を控除した後の金額である。
ａ 所得の金額に対する法人税額（別表６・順号②）
２億３２１１万５３００円
上記金額は、前記(ア)の所得の金額に法人税法６６条に定める税率を乗じて計算した金額であり、平成１８年３月期修正申告書に記載された法人税額と同額である。
ｂ 法人税額の特別控除額（別表６・順号③）
０円
上記金額は、本件リース税額控除の金額である。
本判決の本文第２の６(1)イのとおり、本件各資産については、措置法４２条の６第３項の規定の適用はないものというべきであるから、本件リース税額控除の金額は０円となる。
ｃ 控除所得税額等（別表６・順号④）
１８万５３５３円
上記金額は、法人税法６８条の規定により所得に対する法人税の額から控除される所得税の金額であり、平成１８年３月期修正申告書に記載された金額と同額である。
(ウ) 既に納付が確定した本税額（別表６・順号⑥）
２億２６４２万０８００円
上記金額は、平成１８年３月期修正申告書の提出により納付の確定した法人税額である。
(エ) 差引納付すべき法人税額（別表６・順号⑦）
５５０万９１００円
上記金額は、前記(イ)の金額から前記(ウ)の金額を差し引いた金額であり、平成１８年３月期に係る法人税の更正処分により原告が新たに納付すべき法人税額である。
(2) 本件各更正処分の適法性
被告が本件訴えにおいて主張する、①原告の平成１７年３月期の法人税に係る所得の金額及び納付すべき法人税額は、それぞれ６億２７８７万２３５９円及び２億０８１１万４９００円、②原告の平成１８年３月期の法人税に掛かる所得の金額及び納付すべき法人税額は、それぞれ７億７５８５万１３１３円及び２億３１９２万９９００円であり、本件各更正処分における所得の金額及び納付すべき法人税額は、それぞれ上記の各金額と同額であるから、本件各更正処分は、いずれも適法である。
２ 本件各賦課決定処分の根拠及び適法性
前記１のとおり、本件各更正処分はいずれも適法であり、本件各更正処分により新たに納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうちに、本件各更正処分における更正前の税額の計算の基礎とされていなかったことについて通則法６５条４項にいう正当な理由があると認められるものがあるとは認められない。
したがって、本件各更正処分により原告が新たに納付すべきことになった税額を基礎として、次のとおり過少申告加算税の額を計算してされた本件各賦課決定処分は、いずれも適法である。
(1) 平成１７年賦課決定処分
８４万００００円
上記金額は、平成１７年３月更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額８４０万円（通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。以下同じ。）に対して１００分の１０の割合（平成１８年法律第１０号による改正前の通則法６５条１項）を乗じて算出した金額である。
(2) 平成１８年賦課決定処分
５５万００００円
上記金額は、平成１８年更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額５５０万円に対して１００分の１０の割合（平成１８年法律第１０号による改正前の通則法６５条１項）を乗じて算出した金額である。
以上
別表１・２及び別表５・６省略
別表３平成１７年３月期の法人税に係る課税の経緯
（単位：円）
区分
年月日
所得金額
納付すべき
法人税額
過少申告
加算税
重加算税
確定申告平成17年5月30日
620,442,035
199,108,100
－－
修正申告平成18年12月12日
627,872,359
199,707,100
－－
賦課決定平成18年12月26日
－－－
206,500
更正処分等平成19年6月27日
627,872,359
208,114,900
840,000
－
異議申立て平成19年8月22日
627,872,359
199,860,100
15,000
－
異議決定平成19年11月20日
棄却
審査請求平成19年12月19日
627,872,359
199,860,100
15,000
－
審査裁決平成20年9月16日
棄却
別表４平成１８年３月期の法人税に係る課税の経緯
（単位：円）
区分
年月日
所得金額
納付すべき
法人税額
過少申告
加算税
重加算税
確定申告平成18年5月30日
740,948,248
215,949,900
－－
修正申告平成18年12月12日
775,851,313
226,420,800
－－
賦課決定平成18年12月26日
－－
403,000
2,250,500
更正処分等平成19年6月27日
775,851,313
231,929,900
550,000
－
異議申立て平成19年8月22日
775,851,313
226,562,900
14,000
－
異議決定平成19年11月20日
棄却
審査請求平成19年12月19日
775,851,313
226,562,900
14,000
－
審査裁決平成20年9月16日
棄却
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2011/pdf/11765.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。