税務訴訟資料第２６１号－１９１（順号１１７８１）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号更正をすべき理由がない旨の通知処分取消請求事件
国側当事者・国（沼津税務署長事務承継者島田税務署長）
平成２３年１０月１１日棄却・控訴
判決
原告Ａ株式会社
原告代表者代表取締役甲
原告訴訟代理人弁護士小田修司
石川哲夫
藤田浩司
上記補佐人税理士伊藤齊
被告国
同代表者法務大臣
平岡秀夫
処分行政庁沼津税務署長事務承継者島田税務署長
黒川哲丹
被告指定代理人秦智子
森本利佳
今井健
林亮二
武田克彦
浅野真哉
主文
１ 原告の請求を棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
沼津税務署長が原告に対して平成２１年３月１８日付けでした、原告の平成１９年４月１日から平成２０年３月３１日までの事業年度の法人税についての更正の請求に係る更正をすべき理由がない旨の通知処分を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、原告を法人税法２条１２号の７にいう株式移転完全親法人とし、Ｂ株式会社（以下「Ｂ」という。）及びＣ株式会社（以下「Ｃ」という。）の２社をいずれも法人税法２条１２号の６の５にいう株式移転完全子法人とする適格株式移転（法人税法２条１２号の１７）により株式移転完全子法人となったＢが、上記株式移転の時に保有していた自己株式に対して割当てを受けた原告の株式を譲渡するに当たり、当該株式の取得価額を零円として当該株式の譲渡損益を計算して法人税の確定申告書を提出したが、その後、当該株式の取得価額は上記株式移転の時に保有していた自己株式の取得価額を引き継ぐべきであり、法人税の確定申告書に記載した譲渡損益の計算に誤りがあったとして更正の請求をしたところ、沼津税務署長から更正をすべき理由がない旨の通知処分を受け、これに対する異議申立て及び審査請求がいずれも棄却されたことから、Ｂを吸収合併してその一切の権利義務を承継した原告が、Ｂに対してされた上記通知処分の取消しを求めた事案である。
１ 株式移転に関する主な法令の定め
(1) 会社法の定め
ア 会社法２条３２号は、株式移転とは、１又は２以上の株式会社がその発行済株式の全部を新たに設立する株式会社に取得させることをいうと定めている。
イ 会社法７７３条１項は、株式移転をする場合には、株式移転計画において定めなければならない事項として、次のものを定めている。
(ア) 株式移転設立完全親会社（株式移転により設立する株式会社をいう。以下、(1)の項において同じ。）が株式移転に際して株式移転をする株式会社（以下、(1)の項において「株式移転完全子会社」という。）の株主に対して交付するその株式に代わる当該株式移転設立完全親会社の株式の数（種類株式発行会社にあっては、株式の種類及び種類ごとの数）又はその数の算定方法並びに当該株式移転設立完全親会社の資本金及び準備金の額に関する事項（５号）
(イ) 株式移転完全子会社の株主に対する上記(ア)の株式の割当てに関する事項（６号）
ウ 会社法７７３条３項は、株式移転をする場合には、上記イ(イ)についての定めは、株式移転完全子会社の株主の有する株式の数に応じて株式移転設立完全親会社の株式を交付することを内容とするものでなければならない旨を定めている。
エ 会社法７７４条１項は、株式移転設立完全親会社は、その成立の日に、株式移転完全子会社の発行済株式の全部を取得すると定め、同条２項は、株式移転完全子会社の株主は、株式移転設立完全親会社の成立の日に、上記イ(イ)についての定めに従い、上記イ(ア)の株式の株主となる旨を定めている。
(2) 法人税法等の定め
ア 適格株式移転に関する定め
法人税法２条１２号の６の５は、株式移転完全子法人とは、株式移転によりその株主の有する株式を当該株式移転により設立された法人に取得させた当該株式を発行した法人をいうと、同条１２号の７は、株式移転完全親法人とは、株式移転により他の法人の発行済株式の全部を取得した当該株式移転により設立された法人をいうと、それぞれ定めている。
法人税法２条１２号の１７は、その株式移転に係る株式移転完全子法人と当該株式移転に係る他の株式移転完全子法人との間に同一の者による完全支配関係（同条１２号の７の６に定めるもの）その他の政令で定める関係がある場合の当該株式移転で株式移転完全子法人の株主に株式移転完全親法人の株式以外の資産（株式移転に反対する当該株主に対するその買取請求に基づく対価として交付される金銭その他の資産を除く。）が交付されないものは、適格株式移転という旨を定めている。
イ 自己株式に関する定め
法人税法２条２１号は、同法にいう「有価証券」には、自己が有する自己の株式を含まない旨を定めている。
法人税法施行令（平成２０年政令第１５６号による改正前のもの。以下同じ。）８条１項は、法人税法における資本金等の額の計算に当たり、当該事業年度までの各事業年度の自己株式の取得資本金額（同項２０号）又は対価の額に相当する金額（同項２１号）を減算する旨を定めている。
また、法人税法施行令の一部を改正する政令（平成１８年政令第１２５号）附則４条１項は、平成１８年４月１日前に取得した自己株式については、同年３月３１日の資本積立金額から同日において有する自己株式の同日の帳簿価額を減算する旨を定めている。
ウ 株式の取得価額に関する定め
法人税法施行令１１９条１項１０号は、株式移転により交付を受けた当該株式移転完全親法人の株式の取得価額は、当該株式移転に係る株式移転完全子法人の株主に当該株式移転に係る株式移転完全親法人の株式以外の資産が交付されなかった場合には、当該株式移転完全子法人の株式の当該株式移転の直前の帳簿価額に相当する金額とする旨を定めている。
エ 有価証券の譲渡損益の計算に関する定め
法人税法６１条の２第１項は、法人が有価証券を譲渡した場合には、その譲渡に係る対価の額からその譲渡に係る原価の額を差し引いた額（譲渡利益額）又はその譲渡に係る原価の額からその譲渡に係る対価の額を差し引いた額（譲渡損失額）を、その譲渡に係る契約をした日の属する事業年度所得の金額の計算上、益金の額又は損金の額に算入する旨を定めている。
２ 争いのない事実等（証拠等により容易に認められる事実は、末尾に証拠等を掲記した。）
(1) 原告
原告は、平成１９年４月２日、原告を株式移転完全親法人とし、Ｂ及びＣの２社を株式移転完全子法人とする適格株式移転（以下「本件株式移転」という。）により成立した法人である。なお、原告の商号は、成立当時はＤ株式会社であったが、平成２２年７月１日、Ａ株式会社に変更された。
(2) Ｂの株式保有状況
Ｂは、平成１８年３月３１日までに、自己株式を４４万９５９６株取得し、同日現在の貸借対照表の資本の部の控除項目として、「自己株式△２１３，４８３，２２３円」と表示していた。
Ｂは、同年４月１日から平成１９年３月３１日までの間に、自己株式を４３６万５１１９株取得して、同日現在の貸借対照表の純資産の部の控除項目として、上記の平成１８年３月３１日までに取得した自己株式と合わせた株式４８１万４７１５株（以下「本件自己株式」という。）について、「自己株式△２，６７５，９８５，２０８円」と表示していた。
また、Ｂは、平成１９年３月３１日において、Ｃの株式を１４万株保有しており、その帳簿価額は１０２０万円であった。
(3) 本件株式移転におけるＢに対する原告株式の割当て等
Ｂは、平成１９年４月２日、本件株式移転が行われたことにより、その保有していた本件自己株式に対して８３２万９４５６株、Ｃの株式に対して１４万株（合計８４６万９４５６株）の原告の株式の割当てを受けた（以下、これらのＢが割当てを受けた原告の株式を「本件割当株式」という。）。
Ｂは、本件割当株式のうち、Ｂが保有していた本件自己株式に対して割当てを受けた株式（以下「本件株式」という。）の取得価額を平成１９年４月２日における原告の株式の時価により算出した金額である２８億７３６６万２３２０円とし、Ｃの株式に対して割当てを受けた株式の取得価額を本件株式移転直前のＣの株式の帳簿価額１０２０万円と同額とし、その合計額２８億８３８６万２３２０円を本件割当株式の取得価額（１株当たり約３４０．５０１４８円）とする会計処理を行った。（甲２）
(4) Ｂによる株式譲渡
Ｂは、平成１９年７月９日、本件割当株式のうち３００万株を９億７５００万円（１株当たり３２５円）でＥ株式会社へ譲渡し、本件割当株式の１株当たりの帳簿価額（約３４０．５０１４８円）により算出した譲渡原価１０億２１５０万４４４６円との差額４６５０万４４４６円を投資有価証券売却損とする会計処理を行った。（甲２）
Ｂは、同月１９日、本件割当株式のうち５２０万株を１７億００４０万円（１株当たり３２７円）でＦ株式会社へ譲渡し、本件割当株式の１株当たりの帳簿価額（約３４０．５０１４８円）により算出した譲渡原価１７億７０６０万７７０７円との差額７０２０万７７０７円を投資有価証券売却損とする会計処理を行った（以下、上記Ｅ株式会社に対する株式譲渡及びＦ株式会社に対する株式譲渡を併せて「本件株式譲渡」という。）。（甲２）
(5) Ｂによる確定申告
Ｂは、①上記(4)のとおり会計処理した投資有価証券売却損の合計額１億１６７１万２１５３円と、②本件割当株式のうち、本件株式の取得価額を零円とし、Ｃの株式に対し割当てを受けた株式の取得金額を１０２０万円とした１単位当たりの帳簿価額による譲渡原価に基づいて算出した本件株式譲渡に係る譲渡利益額２６億６５５２万４５１８円との合計額２７億８２２３万６６７１円を当期利益の額に加算して、平成１９年４月１日から平成２０年３月３１日までの事業年度（以下「本件事業年度」という。）の法人税の所得金額を１６億５４７８万９１２１円、納付すべき税額を４億０５６２万４６００円とする確定申告をした（以下「本件確定申告」という。）。
(6) Ｂによる更正の請求
Ｂは、本件株式の取得価額は本件自己株式の取得価額を引き継ぐべきであり、同取得価額を零円として本件株式譲渡の損益を計算したことは誤りであったとして、平成２０年１２月１９日、本件事業年度の法人税について、欠損金額４億７２４５万１７２３円及び還付金の額に相当する税額４億０５６２万４６００円とすべき旨の更正の請求をした（以下「本件更正の請求」という。）。
(7) 更正すべき理由がない旨の通知処分及び不服申立て
沼津税務署長は、本件更正の請求に対し、平成２１年３月１８日付けで、本件株式の取得価額及び譲渡益の計算に誤りは認められないとして、更正すべき理由がない旨の通知処分をした（以下「本件通知処分」という。）。なお、沼津税務署長は、同日付けで、原告に対し、受取配当等の益金不算入額が過大であることなどを理由として原告の本件事業年度の法人税についての更正処分もした。
Ｂは、平成２１年３月２５日付けで本件通知処分を不服として異議申立てをしたところ、名古屋国税局長が同年７月２日付けでこれを棄却する旨の決定をしたため、同月１０日付けで審査請求をしたが、国税不服審判所長は、平成２２年３月２９日付けでこれを棄却する裁決をした。
原告は、平成２２年８月３１日、本件訴えを提起した。（当裁判所に顕著な事実）
３ 争点
本件の争点は、本件通知処分の適法性であり、具体的には、Ｂが保有していた本件自己株式の帳簿価額は零円であったか否か、これが零円であったとして、本件株式移転によりこの自己株式に割り当てられた本件株式の取得価額が零円となるか否かである。
４ 争点に関する当事者の主張
(1) 被告の主張
ア 自己株式の法人税法上の価額について
法人税法は、平成８年４月１日以降、株式発行法人が自己株式を取得した場合の処理について、同法２条２１号において、その取得をした自己株式は有価証券に該当しない旨を規定し、法人税法施行令８条１項において、その自己株式の取得に係る取得資本金額（２０号）又は対価の額に相当する金額（２１号）を自己株式の取得時に資本金等の額から減算する旨を規定している。
また、平成１８年４月１日前の自己株式の取得については、法人税法施行令の一部を改正する政令（平成１８年政令第１２５号）附則４条１項において、平成１８年３月３１日の資本積立金額から同日において有する自己株式の帳簿価額を減算する旨規定している。
したがって、法人が取得した自己株式は、税務上は取得時に資本金等の額を減少させることとなり、資産としては計上しないことから、当該自己株式はあたかも消却されたかのような処理となるが、他方で、法人が取得した自己株式は、私法（会社法）上、法人が当該自己株式を消却するまでは有効に存在することとなる。そして、法人が当該自己株式を譲渡した場合については、法人税法施行令８条１項１号がその対価の額に相当する金額を資本金等の額に加算する旨規定している。
そうすると、私法上法人が保有する自己株式については、法人税法上はその帳簿価額がないこと、すなわち零円になると解される。
イ 株式移転完全子法人が自己株式について割当てを受けた株式移転完全親法人の株式の取得価額について
株式移転により取得した株式移転完全親法人株式の取得価額について、法人税法施行令１１９条１項１０号は、株式移転完全子法人の株主が株式移転により株式移転完全親法人の株式の交付を受け、それ以外の資産の交付を受けなかった場合には、当該株主が取得した株式移転完全親法人の株式の取得価額は、当該株式移転完全子法人の株式の当該株式移転直前の帳簿価額に相当する金額とする旨規定している。そして、上記アのとおり、法人が保有する自己株式の帳簿価額は零円とされている。
そうすると、株式移転完全子法人がその保有する自己株式について株式移転完全親法人の株式の交付を受け、それ以外の資産の交付を受けなかった場合の当該株式移転完全子法人が取得した当該株式移転完全親法人の株式の取得価額は零円となる。
ウ 法人が有価証券を譲渡した際の譲渡損益の計算について
法人税法６１条の２第１項は、法人が有価証券を譲渡した場合には、その譲渡に係る対価の額からその譲渡に係る原価の額を差し引いた額（譲渡利益額）又はその譲渡に係る原価の額からその譲渡に係る対価の額を差し引いた額（譲渡損失額）を、その譲渡の契約をした日の属する事業年度の所得の金額の計算上、益金の額又は損金の額に算入する旨規定している。そして、株式移転完全子法人が保有する自己株式について交付を受けた株式移転完全親法人の株式を譲渡した場合において、自己株式を譲渡した場合と同様に、その対価の額に相当する金額を資本金等の額に加算する旨の規定はない。そうすると、株式移転完全子法人が保有していた自己株式について交付を受けた株式移転完全親法人の株式の譲渡については、法人税法６１条の２第１項の規定が適用されることになる。
エ 本件への当てはめ
これを本件についてみると、Ｂは、前記２(2)のとおり、平成１９年３月３１日現在の貸借対照表上、本件自己株式の価額を資本金等の額から減算しており、また、株式の消却を行っていないことから、本件自己株式は、私法上は発行済株式として存在することとなるものの、税務上は帳簿価額がないことになる。
そして、Ｂは、前記２(3)のとおり、平成１９年４月２日に本件株式移転を行い、同日時点においてＢが保有していた自己株式４８１万４７１５株（本件自己株式）に対しては本件株式８３２万９４５６株の割当てを受けたが、本件株式移転において、Ｂが保有していた本件自己株式の本件株式移転の直前の帳簿価額はないため、本件株式の取得価額は零円となる。
その後にＢが行った本件株式の譲渡は、上記ウのとおり有価証券の譲渡に該当し、その譲渡損益の額は、譲渡対価の額から譲渡原価の額を差し引いた譲渡利益額又は譲渡原価の額から譲渡対価の額を差し引いた譲渡損失額となるところ、上記のとおり、本件自己株式の本件株式移転の直前の帳簿価額は零円であることから、本件自己株式に対し割当てを受けた本件株式の取得価額は零円となり、本件株式の譲渡原価の額も零円となる。
オ これに対し、原告は、法人が有する自己株式の帳簿価額が零円であるとする被告の解釈は、一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って計算する旨を定めた法人税法２２条２項及び４項に違反すると主張する。しかし、法人税法２２条４項の規定は、法人税法の簡素化を図るに当たり、課税所得の計算が、税法以前の概念や原理など、すなわち健全な会計慣行によって算出された企業利益を前提とした確認的規定と位置付けられる。また、そもそも投資家のために適正な期間損益計算を目指す企業会計や、株主と債権者との利害調整を目的として株主への分配可能限度額の計算を行う会社法会計と、適正な課税のための租税会計とでは、その目的が異なっているのであるから、租税法の規定が私的取引法を前提としそれに基礎を置いているとしても、また、法人税の課税が私法上の法律関係に即して行われるべきであるとしても、そのことが直ちに課税の対象となる所得の範囲、性質、年度帰属などの決定に係る課税の基本ルールが全て私法上のルールに依存して決められるということを意味するものではないし、我が国の組織再編成に係る税制は、実態に合った課税を行うという税制の基本を踏まえ、移転資産の対価として合併法人等の株式以外の金銭等の資産が交付される場合には、その実態は通常の売買取引と同様であると考えられることから、原則として、組織再編成における移転する資産等についてその譲渡損益の計上を求めつつ、特例として、組織再編成の前後で「移転資産に対する支配の継続性」及び「株主の投資の継続性」が認められるものについては、課税を生じさせないことが適当であるとの考え方から、移転資産等に対する支配が継続している場合には、その譲渡損益の計上を繰り延べて従前の課税関係を継続させるという基本的な考え方に基づいているのであって、組織再編成に関する私法上の規定や考え方ないしは会計上の取扱いなどに基本的には左右されない税務上の固有の取扱いが存在している。にもかかわらず、企業会計基準の定めに従った課税がされるべきであるとする原告の主張は、そもそもの前提において失当である。
そして、法人税法上、有価証券の譲渡損益の額の計算方法については、「別段の定め」に当たる法人税法６１条の２によることになるが、更に、同条２項から２３項までにおいて、同条１項の計算方法によらない個別の規定を設けており、本件株式の譲渡損益の計算に当たっては、同条２３項の委任を受けた法人税法施行令１１９条１項１０号に規定されており、この計算方法に従うことになる。
(2) 原告の主張
ア Ｂの保有していた自己株式の帳簿価額は零円であるとの被告の主張について
(ア) 法人税法上の帳簿価額とは、法人税確定申告書別表を含めた税務帳簿価額をいうところ、Ｂは、平成１９年３月３１日までに自己株式合計４８１万４７１５株を価額合計２６億７５９８万５２０８円で取得しており、本件事業年度の確定申告書（甲１）の利益積立金額及び資本金等の額の計算に関する明細書（別表五(一)）において、この取得価額のうち、法人税法施行令８条１項２０号イに従って計算した１３億８４３５万９９１２円を資本金等の額から減算し、これと取得価額との差額１２億９１６２万５２９６円を利益積立金額から減算している（同令９条１項８号）。このように、Ｂが自己株式を取得した当時の帳簿価額は、マイナス２６億７５９８万５２０８円（以下「本件減算額」という。）である。
(イ) 被告が主張するように、本件自己株式の取得価額を零円であるとするならば、本件減算額分だけ資本金等の額が増加することとしないと理屈が合わないことになるが、そのように計算する法的根拠はないし、被告の主張によれば、自己株式の帳簿価額を法的根拠なしに零円としながら、他方では、株式移転の結果株式移転完全親法人が取得した株式移転完全子法人の株式の受入価額は、株式移転完全子法人が自己株式を取得したときの取得価額を零円に戻すことなく減算したままの金額ということになり、また、株式移転完全子法人が交付を受けた株式移転完全親法人株式も零円としながら、交付後の株式移転完全子法人の資本金等の額は、株式移転完全子法人が自己株式を取得したときの取得価額を減算したままの金額とするものであり、当該交付後の株式移転完全子法人では自己株式を取得したときの取得価額が資本金等の額及び利益積立金額としてマイナス表記のまま残置された状態で、新たに有価証券としての株式移転完全親法人の株式が零円で何らの受入仕訳なしで資産として存在するという極めて不自然不合理な状態となるのであって、この点において被告の主張は失当である。
また、被告は、法律上特段の規定がないにもかかわらず、これを帳簿価額がないこと、すなわち零円としたものであって、これは、株式移転完全子法人の株式に係る株式移転完全親法人における取得価額は、株式移転完全子法人の株式の株式移転直前の簿価純資産価額、すなわち、自己株式の取得に係る本件減算額を減殺したところでの簿価純資産額とする規定である法人税法施行令１１９条１項１１号ロやこれまでの国税不服審判所の審判例にも反するばかりか、簿外資産を認めることになって税務処理の常識に反する結果となるし、そもそ本件自己株式の取得価額を零円とすることについては、理論的な根拠を見いだせない。したがって、被告の主張は誤りである。
イ Ｂ（株式移転完全子法人）が有していた自己株式に割り当てられた原告（株式移転完全親法人）の株式の帳簿価額は零円ではないことについて
(ア) 本件株式移転においては、Ｂが有していた自己株式４８１万４７１５株に対して原告株式８３２万９４５６株が割り当てられているところ、会社法は新株の発行と金庫株の処分の手続を募集株式の発行等と一体化させているのであるから、上記の自己株式の処分とこれの対価としての原告株式の割当は、株式の発行とこれに応ずる第三者の株式による現物出資とも考えることができる。そして、会社法及び法人税法は、いずれも株式を発行した法人が対価として受け入れた財産の額をもって資本金の額あるいは資本金等の額とする旨を定めており、発行株式の帳簿価額をもって現物出資を受けた第三者株式の取得価額とする旨は定めていない。したがって、本件株式移転に当たり株式移転完全子法人であるＢが有していた自己株式の帳簿価額が零円であるからこれに対して割り当てられた株式移転完全親法人である原告の株式の取得価額が零円であるという被告の主張は、会社法及び法人税法の解釈を誤ったものである。
(イ) 被告の主張は一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って計算されるとする法人税法２２条４項の規定に違反する。
すなわち、企業会計基準第１号及び企業会計基準適用指針第２号は、法人が取得した自己株式について、取得原価（市場価格がある場合には当該価格）をもって株主資本から控除すべき旨を定めているのであり、これは、法人が有する自己株式に帳簿価額があることを意味しているから、法人が有する自己株式の帳簿価額がないこと、すなわち零円であるという被告の解釈は、一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に反する。
また、「企業会計基準適用指針第１０号企業結合会計基準及び事業分離等会計基準に関する適用指針」は、株式移転の直前に株式移転完全子会社が自己株式を保有している場合に、株式移転によってこの自己株式と引き換えに対価として株式移転完全親会社の株式が交付された場合には、当該親会社株式に付すべき帳簿価額は、親会社株式の時価である旨を明示しているのであり、被告が主張するような法人が保有する自己株式の帳簿価額は零円であるから、株式移転完全子法人が自己株式の対価として交付された株式移転完全親法人の株式の帳簿価額は、自己株式の帳簿価額が零円であることを引き継ぎ、零円であるという考えを明確に否定している。
(ウ) 被告の主張は資本取引について損益取引の規定を適用するものである。
すなわち、本件株式移転においては、自己株式を処分し、この対価として株式移転完全親法人の株式を取得しているのであるから、この取引は株式発行と同視される資本取引である。この取引に対し、被告は、法人税法施行令１１９条１項１０号を適用して株式移転完全子法人の有していた自己株式の帳簿価額は零円であるから、対価として取得した株式移転完全親法人の株式の取得価額は零円であると主張するのであるが、同条項号は、法人税法６１条の２第１１号（平成１９年法律第６号による改正後のもの）の規定を受けたものであるところ、これは、株式移転によって有価証券の譲渡があった場合に収益の実現があったものとして課税することは適当でないことから、有価証券譲渡損益に関しいわゆる圧縮記帳を認めるとした損益取引に関する規定である。
そして、企業会計原則は、資本取引と損益取引とを明瞭に区別し、特に資本剰余金と利益剰余金とを混同してはならないと定め、益金の額に算入すべき金額は、別段の定めのあるものを除き、資本等取引以外のものに係る当該事業年度の収益の額とすると定めている。したがって、被告の解釈は、別段の定めがないにもかかわらず、資本取引であるものに損益取引に関する規定を適用するものであり、企業会計原則に違反することもさることながら、資本等取引と損益取引とを峻別する法人税法の立場からの規定である同法２１条及び同法２２条に違反する。
(エ) 被告の主張は、租税法律主義その他租税の根本原則に違反する。
すなわち、被告の主張は、その根拠を法人税法施行令に求めるものであるが、憲法は租税法律主義を定めているところ（憲法８４条）、法律の根拠なしに政令や省令等で新たに課税要件に関する定めをなし得ないのであって、租税法律主義に違反する。
(オ) 被告の主張は、キャピタル・ゲイン課税の範囲を超える。
すなわち、法人税法の収益課税においては、課税対象となる譲渡益の本質はキャピタル・ゲイン、すなわち、所有資産の保有期間中における価値の増加益である。この増加益に対する課税は、資産の値上がり益によりその資産の値上がり益に帰属する増加益（キャピタル・ゲイン）を所得として、その資産が譲渡によって法人の支配を離れて他に移転し、譲渡益として顕現するのを機会に、その期間中の増加益に対して課税しようとするものであるから、このキャピタル・ゲイン課税は、譲渡益以上のものを課税対象とするものではない（最高裁平成１７年２月１日第三小法廷判決）。したがって、その譲渡収入に対応する譲渡費用及び取得費は、全て損金として計上されなければならない。
これを本件についてみると、本件株式移転によりＢに交付された原告（株式移転完全親法人）の株式（本件株式）は、適格株式移転により株式移転子法人に交付される前は、株式移転完全子法人が自己株式として有償で証券市場から取得し、金庫株として保有していたものであるから、この時に出捐した金銭は、自社株を取得するために出捐した取得のための原価である。ところが、その後の株式移転により帳簿価額を零円とすると、譲渡益以上のものを課税対象とすることになり、キャピタル・ゲイン課税の範囲を超えるもので、前記最高裁判決にも違背する。このことは、株式移転完全親法人の株式の交付を受けた株式移転完全子法人の一般株主における課税と比較して重く課税されることになってしまうという点からも明らかである。
(カ) 被告の主張は、税務上の仕訳においても問題が生じる。
すなわち、本件自己株式は、Ｂが将来の経営戦略に資するために証券取引所において有償で取得し金庫株として保有していたものであるから、この時の出捐金額は有価証券を取得するために支払った自己株式取得のための原価であり、企業会計では純資産の部の株主資本において自己株式としてマイナス表記されるものである。そして、法人税法上は、自己株式を取得した時の取得価額については、あたかも取得した自己株式が消却されたごとく、資産に計上されることなく純資産額から減算されることになるが、このことは、自己株式を取得するために出捐した金額が消滅することを意味せず、取得金額相当額につき、簿価純資産価額が減少し、圧縮されているものである。
このような取扱いの中で被告主張のように本件自己株式を零円と認定することは、本件自己株式の取得により減少した簿価純資産価額の減算金額をマイナス表記から零円に引き戻すことを意味し、具体的には、当該マイナス表記の資本金等の額及び利益積立金額を増加させる算術的な操作がされたことを意味する。しかも、被告は、本件自己株式の取得価額を零円と主張しながら、自己株式としての借方（資産）科目計上は否定しているのであるから、その主張は税務会計上矛盾したものである。
ウ 仮に、Ｂの有する自己株式の代わりに交付された株式移転完全親法人株式（本件株式）の取得価額が、帳簿価額２６億７５９８万５２０８円でないとしても、それには時価が付されるべきである。
すなわち、被告が帳簿価額が零円であるとの主張の根拠とする法人税法施行令１１９条１項１０号は、法人税法６１条の２第２３項を受けて定められたものであるところ、同条項は、有価証券の譲渡損益の繰延規定であり、これを受けて、法人税法施行令１１９条１項１０号は、株式移転により交付を受けた株式移転完全親法人の株式の取得価額を、株式移転完全子法人の株式移転の直前の帳簿価額とする旨を定めているから、これが適用されるためには、自己が有する自己の株式（本件自己株式）＝旧株（移転前の株式移転完全子法人の株式）＝有価証券（原告株式である株式移転完全親法人の株式）が成り立たなければならない。ところが、自己が有する自己の株式が有価証券でないことは法人税法２条２１号が定めるところである。そうすると、自己が有する自己の株式については、法人税法２２条２項及び３項に規定する「別段の定め」がないことになるから、同条４項により、一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って決することにならざるを得ないところ、前記イ(イ)のとおり、企業会計基準適用指針第１０号は、株式移転完全親法人が株式移転完全子法人の有する自己株式に親法人株式を割り当てた場合には子法人が受け入れた親法人株式の時価をもって帳簿価額とすべき旨を定めているのであるから、仮に、株式移転完全子法人の有する自己株式の帳簿価額がマイナスされた資本金等の額、利益積立金でないとしても、株式移転完全親法人の株式の取得価額は交付された株式移転完全親法人の株式の時価とすべきである。
そして、本件においては、Ｃの株式に対して交付された原告株式の取得額すなわち帳簿価額は１０２０万円であり、原告株式の平成１９年４月２日の市場価額は１株当たり３４５円であるから、Ｂが取得した原告株式は１株当たり３４０．５０１４８２円（総譲渡原価２７億９２１１万２１５２円）であり、１億１６７１万２１５２円の譲渡損が発生することになる。
エ 被告が主張するような課税を回避するためには、既に保有している自己株式と株式移転の効力発生時の直前時に反対株主から取得する自己株式を全て消却する必要に迫られるところ、この消却のための負担やコストは決して小さくないが、組織再編を図ろうとする多くの企業において税務当局の行政指導を踏まえたところでこのような手続をとらざるを得ないのが実情であり、組織再編を促進しようとする企業がこのような無用とも言うべき株式の消却を事実上余儀なくされること自体、被告の解釈の不合理性を示すものであって、被告の解釈は企業再編を促進しようとする会社法等の趣旨と相容れない。
第３ 当裁判所の判断
１ 前記争いのない事実等（第２の２(6)）のとおり、原告は、本件確定申告において本件株式の取得価額を零円として本件株式譲渡の損金を計算したことが誤りであったとして本件更正の請求をしていることから、上記のとおりの本件株式譲渡における損金の計算に誤りがあったか否かについて検討する。
(1) 法人税法は、有価証券の譲渡損益の計算に関し、６１条の２第１項で、法人が有価証券を譲渡した場合には、当該譲渡に係る対価の額と当該譲渡に係る原価の額との差額（対価の額が原価の額を上回る場合は譲渡利益額、対価の額が原価の額を下回る場合は譲渡損失額）を、その譲渡に係る契約をした日の属する事業年度の所得の金額の計算上、益金の額又は損金の額に算入する旨を定めており、同項２号は、有価証券の譲渡益又は譲渡損の算定に用いる「原価の額」は、その有価証券について譲渡に係る法人が選定した一単位当たりの帳簿価額の算出の方法により算出した金額にその譲渡をした有価証券の数を乗じて計算した金額をいう旨を定めている。そして、同条２３項は、有価証券の一単位当たりの帳簿価額の算出の基礎となる取得価額の算出の方法、有価証券の一単位当たりの帳簿価額の算出の方法の種類、その算出の方法の選定の手続等について必要な事項は、政令で定める旨を定めており、これを受けた法人税法施行令１１９条１項１０号は、株式移転により交付を受けた当該株式移転完全親法人の株式の取得価額は、当該株式移転完全子法人の株式の当該株式移転の直前の帳簿価額に相当する金額とする旨を定めている。なお、法人税法６１条の２には、適格株式移転により割当てを受けた株式移転完全親法人の株式を譲渡した場合の譲渡益又は譲渡損の計算について特別の規定を設けていないから、上記の場合には、同条１項が適用されることになる。
これらの規定に照らすと、本件株式は、Ｂが本件株式移転により割当てを受けた株式移転完全親法人である原告の株式であるから、本件株式の原価の額の計算に用いられる本件株式の一単位当たりの帳簿価額の算出の基礎となる本件株式の取得価額は、株式移転完全子法人であるＢの株式である本件自己株式の本件株式移転の直前の帳簿価額に相当する金額であるということになる。
(2) そこで、本件自己株式の本件株式移転の直前の帳簿価額がいくらであるかについて検討する。
この点に関し、自己株式に関する法人税法等の法令の規定についてみると、有価証券の定義について規定した法人税法２条２１号は、自己が有する自己の株式は法人税法上の有価証券に該当しない旨を定め、また、資本金等の額について規定した法人税法施行令８条１項は、法人税法上の資本金等の額の算出に当たり、当該事業年度までの各事業年度の自己株式の取得資本金額（同項２０号）又は対価の額に相当する金額（同項２１号）を減算する旨を定めている。また、法人税法施行令の一部を改正する政令（平成１８年政令１２５号）附則４条１項は、平成１８年４月１日前に取得した自己株式については、同年３月３１日の資本積立金額から同日において有する自己株式の同日の帳簿価額を減算する旨を定めている。これらの規定は、平成１８年の税制改正において設けられたものであるところ、これは、会社法の制定を契機として、法人税法上、自己株式については、その取得や処分の場面に限らず、その保有の場面においても資産として取り扱わず、資本等取引に準じて取り扱うこととしたものと解される。
これらの規定によれば、法人が自己の株式を取得した場合には、法人税法上、資本金等の額が減少することになる反面、資産としては計上されないことになるから、当該自己株式については、消却したのと同様に扱われることとなっているものと解されるのであって、このように、法人税法上資産としての価値がないものとして扱われている自己株式については、その帳簿価額は、法人税法上は存在せず、零円になると解される。
したがって、本件自己株式の本件株式移転の直前の帳簿価額は、零円であると解するのが相当である。
(3) そうすると、上記(1)に照らせば、Ｂにおける本件株式の取得価額は、本件自己株式の本件株式移転の直前の帳簿価額に相当する金額である零円となるのであるから、Ｂが本件確定申告において本件株式の取得価額を零円として本件株式譲渡の損金を計算したことに、計算の誤りは認められない。
したがって、本件確定申告における本件株式の取得価額及び譲渡益の計算に誤りは認められないとした本件通知処分は適法というべきである。
２ 原告の主張の検討
(1) 原告は、Ｂの自己株式の取得時の帳簿価額は、マイナス２６億７５９８万５２０８円であり、これを勝手に零円にすることはできない旨主張する。
ア しかし、原告の上記主張は、Ｂの本件事業年度の法人税申告書（甲１）の「利益積立金額の計算に関する明細書」や「資本金等の額の計算に関する明細書」の自己株式欄にマイナス表記がされていることを根拠としているものと解されるところ、これらの記載は、Ｂにおける自己株式取得による利益積立金額や資本金等の額が減少したことを表しているにすぎず、これらが自己株式の取得時の帳簿価額を表しているものでないことは明らかであるから、原告の主張はその前提において失当である。
なお、そもそも有価証券の帳簿価額がマイナスというのは想定し難いし、また、原告の主張に従えば、原告の本件株式譲渡による譲渡益は、上記のマイナス２６億７５９８万５２０８円と譲渡に係る対価との差額ということになって、原告が主張する額どころか、被告が主張する額よりも多くなってしまうのであって、その点からも原告の主張は不合理である。
そうすると、Ｂの自己株式の取得時の帳簿価額をマイナス２６億７５９８万５２０８円であることを前提とした原告の主張は失当といわざるを得ない。
イ 原告は、Ｂの自己株式（本件自己株式）の取得時の帳簿価額を零円とすることは、法人税法施行令１１９条１項１１号ロに反すると主張する。しかし、同号ロは、適格株式移転により取得をした当該適格株式移転に係る株式移転完全子法人の株式（すなわち、株式移転完全親法人が取得する株式）の取得価額は、当該株式移転完全子法人の簿価純資産額に相当する金額とする旨規定しているにすぎず、株式移転完全子法人であるＢが本件株式移転直前に保有していた自己株式の価額とは何ら関係のない規定であって、原告の上記主張は当を得ないものである。
また、原告が引用する過去の国税不服審判所の裁決例は、事案を異にするものであって、原告の主張を採用すべき理由とはならない。
さらに、原告は、本件株式の帳簿価額を零円とすると、簿外資産を認めることになるなどと主張するが、本件株式については、法人税法上の帳簿価額は零円となるものの、会社経理上は有価証券として資産に計上されるのであるから、簿外資産となるものではなく、原告の上記主張は採用できない。なお、本件自己株式の帳簿価額を零円とすることについて理論的な根拠があることは、前記１のとおりである。
(2) 次に、原告は、本件自己株式に割り当てられた本件株式の帳簿価額は零円ではないと主張する。
ア しかし、本件株式移転におけるＢの自己株式の処分とその対価としての原告株式の割当てを、株式の発行とそれに応ずる第三者の株式による現物出資とも考えることができる旨の主張については、新株の発行と金庫株の処分がその実態として類似している側面があるとしても、法制度上全く別個のものであることはいうまでもないから、両者の取得価額の決定方法を同一にしなければならない理由はない。
イ また、原告は、法人の所得の金額の計算上、収益の額及び損金の額に算入すべき金額は、一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って計算されるとする法人税法２２条４項の規定に違反する旨主張するが、同項は、法人所得の計算が原則として企業利益の算定の手法である企業会計に準拠して行われるべきこととすることにより、法人の利益と法人の所得という類似した概念について、その計算に当たっての二重の手間を省くこととする趣旨の規定であり、法人税法がその租税政策上の観点から、会計処理基準とは異なる定めを設けることを一切排除する趣旨ではないことは明らかである。そして、有価証券の譲渡損益の計算方法については、法人税法６１条の２及び同条２３項の委任を受けた法人税法施行令１１９条以下が規定されており、これらの規定に従って有価証券の譲渡損益の計算を行うことが法人税法２２条４項の規定に反することにならないことはいうまでもないところ、本件株式の帳簿価額を零円とするのは、法人税法１１９条１項１０号に基づくものであるから、原告の上記主張に理由がないことは明らかである。
ウ そして、原告は、資本取引について損益取引の規定を適用するもので不当である旨主張するが、法人税法（平成１９年法律第６号よる改正後のもの）２２条５項は、「資本等取引とは、法人の資本金等の額の増加又は減少を生ずる取引をいう」と規定しているところ、前記１(2)のとおり、自己株式の取得と処分については、資本金等の額の増加又は減少を生ずる取引として資本取引とされているものの、法人税法施行令８条１項１号へは、株式移転により自己が有していた自己の株式を株式移転完全親法人に取得された場合を資本金等の額の計算の対象から除いているのであるから、このような場合は資本取引として扱われていないことが明らかであって、原告の主張はその前提において失当である。
エ さらに、原告は、被告の主張は法人税法施行令を根拠とするものであって、租税法律主義その他租税の根本原則に違反する旨主張する。たしかに、憲法３０条及び８４条は、いわゆる租税法律主義を採用しており、租税については、納税義務者、課税標準及び税率等の課税要件並びに賦課徴収の手続は法律によって定めることが必要であると解されるが、租税に関する法規は、複雑かつ多様な経済事象をその規律対象としており、また、課税の公平及び徴収の適正等の観点から技術的細目的な定めを設ける必要があることを考慮すれば、技術的細目的事項まで全てを法律で定めることや、経済事象の変動に応じた法律の改廃をすることは困難であり、憲法８４条が「法律又は法律の定める条件によることを必要とする。」と規定しているのも、一定の場合には、課税要件等の定めを政令に委任することを許容しているものと解される。ただし、国民生活に法的安定性と予測可能性を与えるという租税法律主義の趣旨に照らすと、その委任は法律で明確にされるとともに、かつ、課税要件等に係る基本的事項については法律で定め、その技術的細目的事項についてのみ政令に委任することが許されるというのが相当である。
そして、法人税法施行令１１９条１項１０号は、法人税法６１条の２第２３項の委任を受けたものであるところ、同項は、有価証券の一単位当たりの帳簿価額の算出の基礎となる取得価額の算出の方法等について、技術的細目的事項を定めることを政令に委任したものと解され、租税法律主義に反するものではないというべきである。
オ また、原告は、キャピタル・ゲイン課税の範囲を超える旨主張するが、これは本件株式移転直前にＢが保有していた本件自己株式が資産であることを前提とする主張であると解されるところ、前記１(2)のとおり、本件自己株式の取得価額は、法人税法上は、Ｂの資本金等及び利益積立金の額から減算されており、資産としては計上されていないのであるから、その前提を欠き失当である。
カ そして、原告は、税務上の仕訳において問題が生じる旨主張するが、これは、法人税法上の仕訳と企業会計の仕訳とに違いがあることを看過したものであって採用の限りではない。
(3) さらに、原告は、仮に、Ｂの有する自己株式の代わりに交付された株式移転完全親法人株式（本件株式）の取得価額が２６億７５９８万５２０８円でないとしても、時価が付されるべきである旨主張する。
しかし、原告は、その主張の根拠として、法人税法施行令１１９条１項１０号の委任規定である法人税法６１条の２第２３項が有価証券の帳簿価額の算出の基礎となる取得価額の算出方法等についての規定であるところ、自己株式については法人税法上有価証券として扱われていない（同法２条２１号）から上記規定は適用されない旨主張するのであるが、ここで問題となっているのは、本件株式、すなわちＢが割当てを受けた株式移転完全親法人である原告の株式の帳簿価額の算出の基礎となる取得価額の算出であるところ、株式移転完全子法人が当該株式移転前に自己株式を保有していた場合に、これに対して割当てを受けた株式移転完全親法人の株式を有価証券として扱わない旨の法令規定は見当たらないから、本件株式が法人税法上有価証券として扱われていることは明らかであって、原告の主張はその基礎を欠くものというべきである。そして、法人税法６１条の２第２３項及び法人税法施行令１１９条１項１０号は、同法２２条２項及び３項に規定する「別段の定め」に該当するのであるから（この点は原告も自認するところである。）、原告が取得した株式移転完全親法人の株式の帳簿価額の算出について、同条４項に規定する「一般に公正妥当と認められる会計処理の基準」に従って計算すべきものとはならない。
したがって、原告の上記主張は採用できない。
(4) そして、原告は、被告の解釈は、企業再編を促進しようとする会社法等の趣旨と相容れない旨の主張をするが、組織再編をすることでより効率的な経済的利益の獲得方法を模索する私企業において、その租税負担への影響をも考慮しながら組織再編をするか否か、するとしてどのような方法を採るかの選択をすることは珍しいことではなく、むしろそのような考慮をすることが経済的合理性に適っているといえるのであるし、経済政策の一環として、ある一定の組織再編を推進するために租税負担の軽減政策を採るようなことはあり得るとしても、そのような租税軽減政策が採られていないにもかかわらず、税務当局において、租税負担の軽減を図るような独自の租税法規の解釈論を展開することは、かえって租税法律主義に反しかねないものであり、そのような解釈をすべきであるという主張にはおよそ与することはできない。
したがって、原告の上記主張も採用できない。
(5) その他、原告は、本件処分の不当性をるる主張するが、いずれも租税法規を正解しないものか、企業会計と租税法規との相違点を無視したものであって、採用できない。
第４ 結論
以上によれば、原告の請求は理由がないからこれを棄却することとし、訴訟費用の負担について、行政事件訴訟法７条、民事訴訟法６１条を適用して、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３８部
裁判長裁判官 定塚誠
裁判官 小林邦夫
裁判官 澤村智子
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2011/pdf/11781.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
出典：「訟務重要判例集データベース」（法務省）（https://shoumudatabasep.moj.go.jp/hanreiSearch/HanreiSearch）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。訟務月報59巻4号1095頁。
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