税務訴訟資料第２６２号－３５（順号１１８８５）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号承認取消処分取消請求事件
国側当事者・国（国税庁長官）
平成２４年２月１７日棄却・確定
判決
原告
財団法人Ａ
同代表者理事
甲
同訴訟代理人弁護士
北村行夫
ほか別紙代理人目録記載のとおり
被告
国
同代表者法務大臣
小川敏夫
処分行政庁
国税庁長官
川北力
被告指定代理人
吉田俊介
ほか別紙代理人目録記載のとおり
主文
１ 原告の請求を棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
国税庁長官が平成２２年１月２７日付けで原告に対してした租税特別措置法４０条の規定による承認の取消処分を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、公益事業を営む財団法人である原告が、個人から贈与を受けた土地を売却した金員で病院等を建築して公益目的事業の用に供したことから、その土地の譲渡所得につき国税庁長官の承認を受けて非課税とされていた（租税特別措置法（以下「措置法」という。）４０条１項）が、その後、原告が、経営難から建物等を売却し、代金を定期預金として管理していたところ、国税庁長官が、贈与を受けた財産が公益を目的とする事業の用に供されないことになったとして、上記の非課税承認を取り消す旨の処分をしたことから、同処分には、要件の解釈を誤ったなどの違法があり、さらに、昭和６１年にされた贈与につき、平成２０年に租税特別措置法が改正され、納税義務者が贈与者から受贈者に変更された後になって原告に課税したことは予測可能性、法的安定性に反するものであって租税法律主義に反し違憲であるなどと主張して、その取消しを求めた事案である。
１ 関係法令の定め
本件に関係する法令の定めは、別紙「関係法令の定め」のとおりである。
２ 争いのない事実等（証拠により容易に認められる事実は末尾にその証拠を掲記した。）
(1) 当事者
原告は、●●を目的とする財団法人である。
(2) 本件非課税承認に至る経緯
ア 原告は、昭和６１年８月２２日、乙（以下「本件贈与者」という。）から、大阪府泉佐野市の土地（以下「本件贈与財産」という。）の贈与を受けた。（甲１）
イ 本件贈与者は、昭和６１年１０月１６日、国税庁長官に対し、本件贈与財産に係る譲渡所得に関し、租税特別措置法（平成２０年法律第２３号による改正前のもの。以下「旧措置法」という。）４０条１項に規定に基づく承認（以下「非課税承認」という。）を申請した。
ウ 原告は、昭和６１年１２月１０日、丙に対し、本件贈与財産を１億０４３７万５７００円で譲渡した。（甲２の１、２）
エ 原告は、昭和６２年１月９日、上記ウの本件贈与財産の譲渡代金から不動産仲介手数料等の必要経費を控除した残額である９５６２万９０９５円（以下「本件贈与財産譲渡益相当額」という。）の全額を、財団法人Ａ・Ｂ病院の建物（神奈川県厚木市所在の家屋番号１の病院及びその付属建物符号１の作業所。以下、両者を併せて「Ｂ病院建物」という。）の新築工事に係る請負代金の一部に充当した。（甲３の１ないし１２、甲４の１、２）
オ 国税庁長官は、平成２年３月３日付けで、上記イの本件贈与者の申請に対し、本件贈与財産に係る譲渡所得に関し、旧措置法４０条１項の要件に該当するものとして、同項に基づく非課税承認をした（以下「本件非課税承認」という。）。
(3) 本件非課税承認の取消しに至る経緯
ア 原告は、平成５年３月１０日付けで、学校法人Ｃ大学に対し、Ｂ病院建物及びその敷地を１４億２１００万円で譲渡し、その譲渡代金のうち本件贈与財産譲渡益相当額について原告名義の定期預金とし、原告の基本財産に組み入れた。（甲５、６、８の１、２、乙２の１、２）
イ 厚木税務署長は、平成１９年５月１６日付けで、原告に対し、「租税特別措置法第４０条の規定の適用に係る寄付財産の使用状況等についてのお尋ね」と題する書面を発送したところ、原告は、同年６月７日付けの「租税特別措置法第４０条の規定の適用に係る寄附財産の使用状況等について（回答）」と題する書面及び添付資料を提出した。（甲１４、１５、乙１）
ウ 国税庁長官は、平成２２年１月２７日付けで、本件贈与財産に係る代替資産が公益目的事業の用に直接供されなくなったことを理由として、措置法４０条３項に基づき、本件非課税承認を取り消す旨の処分をした（以下「本件承認取消処分」という。）。（甲１１）
３ 本件の争点
(1) 本件承認取消処分が、措置法４０条３項にいう「代替資産をその公益目的事業の用に直接供しなくなつた場合」との要件を満たしておらず、違法であるか否か（以下「争点１」という。）。
(2) 本件承認取消処分が、原告がＢ病院建物を売却してから長期間が経過したことにより所得税の賦課・徴収権が除斥期間又は時効により消滅しているにもかかわらずされたものであり、違法であるか否か（以下「争点２」という。）。
(3) 本件承認取消処分が、納税義務者を贈与者から受贈者に変更した改正後の措置法４０条３項を改正前の贈与行為に適用したものであって、租税法律主義に反して違憲であるか否か（以下「争点３」という。）。
４ 当事者の主張
(1) 争点１（本件承認取消処分が、措置法４０条３項にいう「代替資産をその公益目的事業の用に直接供しなくなつた場合」との要件を満たしておらず、違法であるか否か）について
ア 原告の主張
原告は、Ｂ病院建物を売却した後も、その代金のうち本件贈与財産譲渡益相当額については、基本財産に組み入れて定期預金として保管し、かつその利息を全て公益目的事業の用に供しており、現在もＢ病院建物に代わる代替資産の取得に努力しており、その取得の見込みがあるから、本件承認取消処分は、措置法４０条３項にいう「代替資産をその公益目的事業の用に直接供しなくなつた場合」との要件を満たしていない。
イ 被告の主張
国税庁長官は、措置法４０条１項に基づく国税庁長官の承認を受けて行われた贈与を受けた公益法人等が、当該贈与があった日から２年を経過する日までの期間内に当該贈与等に係る財産又は代替資産を公益目的事業の用に供した後に、その公益目的事業の用に供しないこととなったときは、同条３項の規定に基づき、同条１項に基づく非課税承認を取り消すことができるところ、本件においては、代替資産であったＢ病院建物が第三者に譲渡されたことによって、原告の公益目的事業の用に直接供されないこととなり、原告がＢ病院建物以外の代替資産を公益目的事業の用に直接供している事実も認められないことから、本件承認取消処分時において、措置法４０条３項にいう「代替資産をその公益目的事業の用に直接供しなくなつた場合」との要件が充足されていたことは明らかである。
(2) 争点２（本件承認取消処分が、原告がＢ病院建物を売却してから長期間が経過したことにより所得税の賦課・徴収権が除斥期間又は時効により消滅しているにもかかわらずされたものであり、違法であるか否か）について
ア 原告の主張
措置法４０条３項に基づく非課税承認の取消処分は、所得税法に基づく賦課・徴収権が存在し、それを行使することができることを前提としているところ、原告は、平成５年にＢ病院建物を譲渡して本件贈与財産譲渡益相当額を定期預金としており、その時点から本件非課税承認を取り消し得る状況は生じていたものであるから、それから７年を経過した平成１３年には、所得税の賦課・徴収権は、除斥期間の経過により行使できず（国税通則法７０条５項）、又は時効により消滅した（同法７３条３項）から、本件非課税承認を取り消すことはできない。
なお、租税特別措置法施行令（以下「施行令」という。）２５条の１７第１５項は、「当該公益法人等の当該承認が取り消された日の属する年分（中略）の所得として、所得税を課する」と規定しているが、これは、既に国税通則法による除斥期間及び時効期間が経過しているにもかかわらず、政令によって新たな除斥期間又は時効期間を設けたことに他ならず、租税法律主義に反する。
イ 被告の主張
非課税承認の取消処分は、その取消処分に基づいてされる賦課・徴収とは全く別個の処分であり、措置法４０条３項は、非課税承認の取消しをするための要件について、原告が主張するような所得税の賦課・徴収権との関連について何ら要件としていないから、原告の主張自体失当である上、本件承認取消処分に基づいて生じる所得税の法定申告期限及び法定納期限は、平成２３年３月１５日であり、賦課権に係る除斥期間及び徴収権に係る消滅時効は、その翌日から起算することになるから、本件承認取消処分に基づく所得税に係る賦課・徴収権は、いまだ消滅していないのであって、原告の主張は理由がない。
(3) 争点３（本件承認取消処分が、納税義務者を贈与者から受贈者に変更した改正後の措置法４０条３項を改正前の贈与行為に適用したものであって、租税法律主義に反して違憲であるか否か）について
ア 原告の主張
平成２０年法律第２３号による租税特別措置法の改正は、非課税承認が取り消された場合の納税義務者を贈与者（旧措置法４０条２項）から受贈者（措置法４０条３項）に変更したものであるところ、原告は、旧措置法４０条２項の規定により納税義務を負うことはないと想定してＢ病院建物を譲渡したにもかかわらず、その後に改正された措置法４０条３項の規定を適用して原告に納税義務を課すことは、納税義務の内容を納税者に不利益な内容に変更する租税法規を遡及適用するのと同じことであるから、租税法律主義を定めた憲法３０条及び８４条に違反する。
イ 被告の主張
租税法規不遡及の原則は、過去の事実や取引を課税要件とする新たな租税を創設し、あるいは過去の事実や取引から生ずる納税義務の内容を納税者の不利益に変更するいわゆる遡及立法を許さないとする趣旨のものであるところ、原告に対する措置法４０条３項の規定に基づく所得税の納税義務は、本件承認取消処分によって初めて発生したものであり、本件承認取消処分も、原告がＢ病院建物を売却したという過去の事実や取引を要件事実として行ったものではないから、本件承認取消処分は租税法規不遡及の原則に反するものではなく、憲法３０条及び８４条には反しない。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点１（本件承認取消処分が、措置法４０条３項にいう「代替資産をその公益目的事業の用に直接供しなくなつた場合」との要件を満たしておらず、違法であるか否か）について(1)ア公益法人等に対する財産の贈与又は遺贈（以下「贈与等」という。）で、一定の要件を満たすものとして国税庁長官の非課税承認を受けたものについては、いわゆるみなし譲渡所得課税について規定している所得税法５９条１項の適用については、当該財産の贈与等がなかったものとみなされ、課税されないとされている（旧措置法４０条１項、措置法４０条１項）。
イ 他方、国税庁長官は、非課税承認を受けて行われた贈与等を受けた公益法人等が、①当該贈与等のあった日から２年を経過する日までの期間内に当該贈与等に係る財産又は代替資産をその公益目的事業の用に直接供し、②その後、当該財産又は代替資産をその公益目的事業の用に直接供しなくなった場合等には、その非課税承認を取り消すことができるとされている（措置法４０条３項）。
(2)ア上記第２の２「争いのない事実等」(2)アないしエの事実によれば、原告は、本件贈与があった昭和６１年８月２２日から２年を経過する日までの期間内の昭和６２年１月９日に本件贈与財産に係る代替資産であるＢ病院建物を取得し、原告の公益目的事業の用に直接供したことが認められるから、上記①の要件、すなわち、当該贈与等のあった日から２年を経過する日までの期間内に当該贈与等に係る財産又は代替資産をその公益目的事業の用に直接供したとの要件を満たすことは明らかである。
イ そこで、次に、上記②の要件、すなわち、その後、当該財産又は代替資産をその公益目的事業の用に直接供しなくなった場合との要件を満たすかを検討するに、上記第２の２「争いのない事実等」(3)ア、イの事実及び証拠（甲１０、１８ないし２０、弁論の全趣旨）によれば、原告は、平成５年３月１０日付けで、学校法人Ｃ大学に対し、Ｂ病院建物及びその敷地を１４億２１００万円で譲渡し、その譲渡代金のうち本件贈与財産譲渡益相当額について原告名義の定期預金として原告の基本財産に組み入れ、本件承認取消処分がされた平成２２年１月２７日に至るまで定期預金として保管していたことが認められ、そうすると、代替資産であったＢ病院建物を第三者に譲渡したことにより、代替資産を原告の公益目的事業の用に直接供しなくなり、その後、本件承認取消処分時に至るまで、定期預金の解約などによりＢ病院建物に代わる新たな代替資産を取得して公益目的事業の用に直接供することもしていなかったのであるから、上記②の要件、すなわち、その後、当該財産又は代替資産をその公益目的事業の用に直接供しなくなった場合との要件も満たすというべきである。
(3)アこれに対し、原告は、本件贈与財産譲渡益相当額を基本財産に組み入れ、定期預金として保管し、その利息を全て公益目的事業の用に供していたのであるから、「代替資産をその公益目的事業の用に直接供しなくなつた場合」との要件は満たしていないと旨主張する。しかし、代替資産とは、当該財産の譲渡による収入金額の全部に相当する金額をもって取得した減価償却資産、土地及び土地の上に存する権利で国税庁長官が認めたものをいう（措置法４０条１項、措置法施行令２５条の１７第３項６号、租税特別措置法施行規則１８条の１９第３項）とされているところ、定期預金及びその利息がそのいずれにも当たらないことは明らかである。
また、実質的にみても、定期預金が「代替資産」に当たると解すると、贈与者がその資産を売却して取得した代金を公益法人等に贈与し、これを当該公益法人等が定期預金として保管する場合と、贈与者がその資産を公益法人等に贈与した後にこれを当該公益法人等が売却し、その代金を定期預金として保管する場合とでは、贈与者にとっても当該公益法人等にとっても、その経済的実質は同じであるにもかかわらず、前者の場合には、みなし譲渡所得課税が行われることになるのに対し、後者の場合には、非課税承認を受けることによってみなし譲渡所得課税が行われないこととなり、その取扱いは均衡を欠くもので相当でない。したがって、原告が、本件贈与財産譲渡益相当額を基本財産に組み入れ、定期預金として保管し、その利息の全てを公益目的事業の用に供していることは、本件承認取消処分が、上記①、②の要件を満たすものであるという判断を左右するものではない。
イ また、原告は、現在もＢ病院建物に代わる代替資産の取得に努力しており、その取得の見込みがあると主張する。
しかし、そもそも上記(1)イのとおり、国税庁長官は、非課税承認を受けて行われた贈与等を受けた公益法人等が、①当該贈与等のあった日から２年を経過する日までの期間内に当該贈与等に係る財産又は代替資産をその公益目的事業の用に直接供し、②その後、当該財産又は代替資産をその公益目的事業の用に直接供しなくなった場合には、当該非課税承認を取り消すことができるのであって、本件承認取消処分が上記①、②の要件を満たしていることは、上記(2)で検討したとおりである。
確かに代替資産を譲渡した場合において、当該譲渡によって得た収入全てに相当する金額をもって、新たに代替資産に当たるべき資産を取得した場合には、当該資産を代替資産として公益目的事業の用に直接供していれば、上記②の要件、すなわち、その後、当該財産又は代替資産をその公益目的事業の用に直接供しなくなった場合との要件を満たさないというべきであるが、本件承認取消処分において、原告がＢ病院建物に代わるべき資産を取得していないことは、上記のとおり明らかである。
したがって、仮に原告が、Ｂ病院建物に代わる代替資産の取得に努力しており、その取得の見込みがあったとしても、本件承認取消処分時において、上記①、②の要件を満たしている以上、そのことをもって本件承認取消処分が違法になるものではない。
２ 争点２（本件承認取消処分が、原告がＢ病院建物を売却してから長期間が経過したことにより所得税の賦課・徴収権が除斥期間又は時効により消滅しているにもかかわらずされたものであり、違法であるか否か）について
(1)ア措置法４０条３項後段は、同項前段の規定に基づき非課税承認が取り消された場合の課税関係について、贈与等を受けた公益法人等を当該贈与等を行った個人とみなし、政令で定めるところにより、これに当該贈与等に係る財産に係る譲渡所得の金額等に係る所得税を課する旨規定している。
そして、これを受けた措置法施行令２５条の１７第１５項は、遺贈の場合及び当該非課税承認が取り消された日までに当該贈与者が死亡していた場合を除き（同条１２項参照）、当該贈与等があった時に、その時における価額に相当する金額により、当該贈与等に係る財産の譲渡があったものとして、譲渡所得の金額等を計算し、当該公益法人等の当該非課税承認が取り消された日の属する年分の所得として、所得税を課する旨規定している。
イ これを本件についてみると、上記第２の２記載の「争いのない事実等」及び証拠（乙１３）によれば、国税庁長官は、平成２２年１月２７日付けで措置法４０条３項前段の規定に基づき本件承認取消処分をしたこと、原告は、昭和６１年８月２２日、本件贈与者から本件贈与財産の贈与を受けたこと、本件贈与者は、本件承認取消処分がされた平成２２年１月２７日までに死亡していないことがそれぞれ認められるから、措置法４０条３項後段及び措置法施行令２５条の１７第１５項により、原告を贈与を行った個人とみなし、昭和６１年８月２２日に、その時における価額に相当する金額により贈与による譲渡があったものとして譲渡所得の金額を計算し、本件承認取消処分がされた平成２２年１月２７日の属する年分、すなわち平成２２年分の所得として、原告に対し所得税が課されることとなる。
そして、申告納税方式を採用する所得税に係る賦課権の除斥期間の起算日は、その賦課権を行使することができる最初の日である法定申告期限の翌日であり（国税通則法７０条）、その徴収権の消滅時効期間の起算日は、法定納期限の翌日である（同法７２条）ところ、所得税の法定申告期限及び法定納期限は、その所得に係る年分の翌年３月１５日である（所得税法１２０条、１２８条）から、本件承認取消処分に基づく所得税に係る賦課権及び徴収権の除斥期間及び消滅時効期間の起算日は、平成２３年３月１６日となる。
(2)アこの点につき、原告は、措置法４０条３項に基づく非課税承認の取消処分は、所得税法に基づく賦課・徴収権が存在し、それを行使することができることを前提としているところ、本件において、原告が平成５年にＢ病院建物を譲渡し本件贈与財産譲渡益相当額を定期預金とした時点から、本件非課税承認を取り消し得る状況が生じたものであるから、その時点から７年が経過した平成１３年には、所得税の賦課・徴収権が除斥期間の経過により行使できないことになり（国税通則法７０条５項）、又は時効により消滅した（同法７３条３項）から、本件非課税承認を取り消すことはできないと主張する。
しかし、措置法４０条１項が、非課税承認を受けた贈与等は、所得税法５９条１項１号の適用については、当該贈与等がなかったものとみなすと規定し、措置法４０条３項後段が、「この場合」、すなわち、同項前段の規定に基づき非課税承認が取り消された場合には、「所得税を課する」と規定していることからすれば、非課税承認を受けた贈与等に係る所得税法５９条１項に基づくみなし譲渡所得課税に係る賦課・徴収権は、当該贈与等があった時点で発生するものではなく、非課税承認が取り消されて初めて発生するものと解するのが相当である。
したがって、非課税承認を取り消し得る状況が生じた時点では、当該贈与等に係る所得税の賦課・徴収権はいまだ発生すらしていないのであるから、その時点から除斥期間や消滅時効期間を起算すべき理由はなく、原告の主張は採用することができない。
イ また、原告は、措置法施行令２５条の１７第１５項は、「当該公益法人等の当該承認が取り消された日の属する年分（中略）の所得として、所得税を課する」と規定しているが、これは国税通則法によって定められた除斥期間及び時効期間が経過しているにもかかわらず、政令によって新たに除斥期間及び時効期間を設けることに他ならないのであって、租税法律主義に反すると主張する。
しかし、そもそも上記アのとおり、非課税承認を取り消し得る状況が生じた時点から当該贈与等に係る所得税についての除斥期間や消滅時効期間が進行を開始するのではなく、非課税承認が取り消され、それに基づいて新たに所得税が課せられることになってから進行を開始すべきものであるから、原告の上記主張は、国税通則法による除斥期間及び時効期間が進行を開始して、既に経過しているとの前提において失当である。
よって、原告の上記主張は採用することができない。
３ 争点３（本件承認取消処分が、納税義務者を贈与者から受贈者に変更した改正後の措置法４０条３項を改正前の贈与行為に適用したものであって、租税法律主義に反して違憲であるか否か）について
(1)ア旧措置法４０条２項後段、平成２０年政令第１６１号による改正前の措置法施行令２５条の１７第９項は、旧措置法４０条２項前段の規定に基づき非課税承認が取り消された場合には、当該贈与等があった時に、その時における価額に相当する金額により、当該財産の譲渡があったものとして、譲渡所得等の金額を計算し、当該贈与者の非課税承認が取り消された日の属する年分の所得として、所得税を課するものとする旨規定しており、その納税義務は、旧公益法人等に贈与等をした個人が負うものとしていた。
イ これに対し、平成２０年法律第２３号による改正後の措置法４０条３項後段、措置法施行令２５条の１７第１５項は、措置法４０条３項前段の規定に基づき非課税承認が取り消された場合には、受贈者である公益法人等を贈与等を行った個人とみなして、当該贈与等があった時に、その時における価額に相当する金額により、当該贈与等に係る財産の譲渡があったものとして、譲渡所得等の金額を計算し、当該公益法人等の非課税承認が取り消された日の属する年分の所得として、所得税を課する旨規定し、その納税義務は、公益法人等が負うものとしている。
そして、平成２０年法律第２３号附則５０条２項は、上記措置法４０条３項及び措置法施行令２５条の１７第１５項に基づく公益法人等に対する所得税の課税は、その施行日である平成２０年１２月１日以後にされる承認の取消しについて適用し、同日前にされた承認の取消しについては、なお従前の例によるとしている。
ウ そうすると、本件承認取消処分は、平成２２年１月２７日にされたものであるから、改正後の措置法４０条３項、措置法施行令２５条の１７第１５項が適用され、受贈者である原告が納税義務を負うことになる。
(2)アこの点、原告は、旧措置法４０条２項の規定により納税義務を負うことはないと想定してＢ病院建物を譲渡したにもかかわらず、その後に改正された措置法４０条３項の規定を適用して原告に納税義務を課すことは、納税義務の内容を納税者に不利益な内容に変更する租税法規を遡及的に適用するのと同じことであるから、租税法律主義を定めた憲法３０条及び８４条に違反する旨主張する。
イ 確かに、過去の事実や取引を課税要件とする新たな租税を創設し、あるいは過去の事実や取引から生ずる納税義務の内容を納税者に不利益に変更するいわゆる遡及立法は、当該事実が生じあるいは取引がされたときの法規に従って課税が行われるとの一般国民の信頼を裏切り、その経済活動における予測可能性や法的安定性を損なうことになるから、その合理性を基礎付ける特段の根拠がない限り、租税法律主義を定める憲法８４条の趣旨に反し、許されないものと解される。
しかし、措置法４０条３項後段は、非課税承認が取り消された場合に所得税を課する旨規定しているところ、同項に基づく所得税の納税義務は、非課税承認が取り消されたことによって生ずるものであって、贈与等に係る財産又は代替資産を譲渡したという過去の事実や取引から直接生ずるものではない。また、非課税承認の取消しについてみても、その取消処分の時点において、贈与等に係る財産又は代替資産をその公益目的事業の用に直接供しなくなったという要件を満たしていると認められる場合にされるものであって、贈与等に係る財産又は代替資産を譲渡したという過去の事実や取引を要件とするものではない。
したがって、措置法４０条３項は、過去の事実や取引を課税要件とする新たな租税を創設し、あるいは過去の事実や取引から生ずる納税義務の内容を納税者に不利益に変更するものではなく、単に、非課税承認取消処分がされたことの効果について定めたものにすぎず、いわゆる遡及立法には当たらないから、同条項に基づき、本件非課税承認を取り消し、原告に課税することは、租税法律主義を定めた憲法８４条に違反するものではない。
ウ なお、措置法４０条１項が、公益法人等に対する寄付について国税庁長官の非課税承認を受けたものは、贈与等がなかったものとみなして譲渡所得課税を行わないこととした趣旨は、公益法人等に対する寄付について、一定の要件を満たすとして国税庁長官の承認を受けたものについては、みなし譲渡所得課税を行わないことにより、公益法人等に対する寄付を促進することが望ましいという政策的配慮にあると解されるところ、旧措置法４０条２項によれば、贈与等に係る財産が公益目的事業の用に供されなくなった場合その他一定の事由が生じた場合には、当該贈与等から長期間経過した後であっても、贈与等をした個人に課税されることとされており、贈与等に係る譲渡所得に対する課税において、公益法人等に対して贈与等をした個人が長期間にわたって法的に不安定な状況に置かれることとなっていた。
そこで、平成２０年の改正により、措置法４０条３項は、贈与等に係る財産が、当該贈与等があった日から２年を経過する日までの期間内に公益目的事業の用に供された後に、受贈者である公益法人等が当該財産又はその代替資産を公益目的事業の用に直接供しなくなったことを理由として非課税承認が取り消されたときの課税については、当該公益法人等を贈与等をした個人とみなして、これに課税することとしたものであるところ、かかる改正は、譲渡所得に対する課税において、贈与等をした個人の地位の早期安定を図ることにより、措置法４０条１項の趣旨である公益法人等に対する財産の寄付をより一層促進するという政策目的に合致するものであり、また、当該財産又は代替資産を公益目的事業の用に直接供しなくなったという承認取消の原因は、専ら公益法人等に生じた事情であるから、このような場合には、贈与等をした個人ではなく公益法人等に課税することがむしろ合理的であるといえる。
そして、公益法人等の立場からみても、上記１(3)イで述べたとおり、いったん贈与等に係る財産又はその代替資産を譲渡するなどし、公益目的事業の用に供しなくなったとしても、これに代わる一定の資産を取得し、これを再び公益目的事業の用に直接供することとすれば、措置法４０条３項に基づく非課税承認の取消し及びみなし譲渡所得課税を避けることができるのであるから、公益法人等にとって、特に不当又は過酷な結果を招くものとはいえない。これらによれば、上記改正には、十分な合理性が認められるというべきである。
第４ 結論
以上によれば、原告の請求は理由がないからこれを棄却することとし、訴訟費用の負担について行政事件訴訟法７条、民事訴訟法６１条を適用して主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３８部
裁判長裁判官 定塚誠
裁判官 波多江真史
裁判官 渡邉哲
別紙
代理人目録
原告訴訟代理人弁護士
杉田禎浩大井法子杉浦尚子吉田朋雪丸真吾
芹澤繁亀井弘泰大藏隆子政岡史郎海老沼英次
井上乾介山本夕子
被告指定代理人
山口克也高野紀子黒子雅則関野和宏船越真史
木﨑弘之森田敦中澤直人
別紙
関係法令の定め
１ 所得税法５９条１項
次に掲げる事由により居住者の有する山林（事業所得の基因となるものを除く。）又は譲渡所得の基因となる資産の移転があつた場合には、その者の山林所得の金額、譲渡所得の金額又は雑所得の金額の計算については、その事由が生じた時に、その時における価額に相当する金額により、これらの資産の譲渡があつたものとみなす。
一贈与（法人に対するものに限る。）又は相続（限定承認に係るものに限る。）若しくは遺贈（法人に対するもの及び個人に対する包括遺贈のうち限定承認に係るものに限る。）
（略）
２ 平成２０年法律第２３号による改正後の租税特別措置法４０条
(1) １項
国又は地方公共団体に対し財産の贈与又は遺贈があつた場合には、所得税法第５９条第１項第１号の規定の適用については、当該財産の贈与又は遺贈がなかつたものとみなす。公益社団法人、公益財団法人、特定一般法人（括弧内略）その他の公益を目的とする事業（以下この項から第３項まで及び第５項において「公益目的事業」という。）を行う法人（外国法人に該当するものを除く。以下この条において「公益法人等」という。）に対する財産（括弧内略）の贈与又は遺贈（括弧内略）で、当該贈与又は遺贈が教育又は科学の振興、文化の向上、社会福祉への貢献その他公益の増進に著しく寄与すること、当該贈与又は遺贈に係る財産（当該財産につき第３３条第１項に規定する収用等があつたことその他の政令で定める理由により当該財産の譲渡をした場合において、当該譲渡による収入金額の全部に相当する金額をもつて取得した当該財産に代わるべき資産として政令で定めるものを取得したときは、当該資産（次項及び第３項において「代替資産」という。））が、当該贈与又は遺贈があつた日から２年を経過する日までの期間（括弧内略）内に、当該公益法人等の当該公益目的事業の用に直接供され、又は供される見込みであることその他の政令で定める要件を満たすものとして国税庁長官の承認を受けたものについても、また同様とする。
(2) ２項
国税庁長官は、前項後段の規定の適用を受けて贈与又は遺贈があつた場合において、当該贈与又は遺贈に係る財産又は代替資産（以下この項において「財産等」という。）が当該贈与又は遺贈があつた日から２年を経過する日までの期間内に当該公益法人等の当該公益目的事業の用に直接供されなかつたときその他の当該財産等が当該公益法人等の当該公益目的事業の用に直接供される前に政令で定める事実が生じたとき（括弧内略）は、前項後段の承認を取り消すことができる。この場合には、その承認が取り消された時において、政令で定めるところにより、同項に規定する贈与又は遺贈があつたものとみなす。
(3) ３項
国税庁長官は、第１項後段の規定の適用を受けて行われた贈与又は遺贈を受けた公益法人等が、当該贈与又は遺贈のあつた後、当該贈与又は遺贈に係る財産又は代替資産（以下この項において「財産等」という。）をその公益目的事業の用に直接供しなくなつた場合その他当該贈与又は遺贈につき政令で定める事実（前項に規定する事実を除く。）が生じた場合（当該公益法人等が当該財産等（括弧内略）には、第１項後段の承認を取り消すことができる。この場合には、当該公益法人等を当該贈与又は遺贈を行つた個人とみなして、政令で定めるところにより、これに当該財産に係る山林所得の金額、譲渡所得の金額又は雑所得の金額に係る所得税を課する。
３ 平成２０年法律第２３号による改正前の租税特別措置法４０条
(1) １項
国又は地方公共団体に対し財産の贈与又は遺贈があつた場合には、所得税法第５９条第１項第１号の規定の適用については、当該財産の贈与又は遺贈がなかつたものとみなす。民法（明治２９年法律第８９号）第３４条の規定により設立された法人その他の公益を目的とする事業を営む法人に対する財産の贈与又は遺贈（括弧内略）で当該贈与又は遺贈が教育又は科学の振興、文化の向上、社会福祉への貢献その他公益の増進に著しく寄与することその他の政令で定める要件を満たすものとして国税庁長官の承認を受けたものについても、また同様とする。
(2) ２項
前項後段の規定の適用を受けて贈与又は遺贈があつた場合において、当該贈与又は遺贈のあつた後、当該贈与又は遺贈に係る財産（当該財産につき第３３条第１項に規定する収用等があつたことその他政令で定める理由により当該財産の譲渡をした場合において、当該譲渡による収入金額の全部に相当する金額をもつて取得した当該財産に代わるべき資産として政令で定めるものを取得したときは、当該資産）が当該財産を受けた法人の当該贈与又は遺贈に係る公益を目的とする事業の用に供されないこととなつたときその他当該贈与又は遺贈につき政令で定める事実が生じたときは、国税庁長官は、その承認を取り消すことができる。この場合には、その承認が取り消された時において、政令で定めるところにより、同項に規定する贈与又は遺贈があつたものとみなす。
４ 平成２０年政令第１６１号による改正後の租税特別措置法施行令２５条の１７
(1) ３項
法第４０条第１項後段に規定する政令で定める理由により贈与又は遺贈に係る財産の譲渡をした場合は、次の各号に掲げる場合とし、同項後段に規定する当該財産に代わるべき資産として政令で定めるものは、当該各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める資産とする。一ないし五（略）
六前各号に掲げる場合に準ずる場合として財務省令で定める場合その譲渡による収入金額の全部に相当する金額をもつて取得した資産で財務省令で定めるもの
(2) １５項
法第４０条第１項後段の規定の適用を受けて行われた贈与又は遺贈に係る同項後段の承認につき同条第３項の規定による取消しがあつた場合には、当該贈与又は遺贈があつた時に、その時における価額に相当する金額により、当該贈与又は遺贈に係る財産の譲渡があつたものとして、同項後段に規定する財産に係る山林所得の金額、譲渡所得の金額又は雑所得の金額を計算し、当該公益法人等の当該承認が取り消された日の属する年分（遺贈の場合には、当該遺贈があつた日の属する年分）の所得として、所得税を課する。この場合において、当該公益法人等の住所は、その主たる事務所の所在地にあるものとする。
５ 平成２０年政令第１６１号による改正前の租税特別措置法施行令２５条の１７第９項法第４０条第１項の規定の適用を受けた贈与又は遺贈に係る財産について、同項に規定する承認が取り消された場合には、当該贈与又は遺贈があつた時に、その時における価額に相当する金額により、当該財産の譲渡があつたものとして、同条第２項後段に規定する贈与又は遺贈に係る山林所得の金額又は譲渡所得の金額を計算し、当該贈与者の当該承認が取り消された日の属する年分（その日までに当該贈与者が死亡していた場合には、死亡の日の属する年分）又は遺贈者の死亡の日の属する年分の所得として、所得税を課するものとする。
６ 租税特別措置法施行規則１８条の１９第３項
施行令第２５条の１７第３項第６号に規定する財務省令で定める場合は、同項第１号から第５号までに規定する理由に準ずるやむを得ない理由として国税庁長官が認める理由により当該贈与又は遺贈に係る財産の譲渡をする場合とし、同項第６号に規定する財務省令で定める資産は、当該財産の譲渡による収入金額の全部に相当する金額をもつて取得した減価償却資産、土地及び土地の上に存する権利で国税庁長官が認めたものとする。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2012/pdf/11885.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
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