税務訴訟資料第２６２号－４０（順号１１８９０）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号所得税更正処分取消等請求事件
国側当事者・国（本所税務署長、国税不服審判所長）
平成２４年２月２４日却下・棄却・控訴
判決
原告
甲
同訴訟代理人弁護士
西田穣
田村文佳
被告
国
同代表者法務大臣
小川敏夫
処分行政庁
本所税務署長
堤登志男
裁決行政庁
国税不服審判所長
孝橋宏
被告指定代理人
実本滋
菊池豊
髙橋伸夫
木﨑弘之
森田敦
中澤直人
小板橋賢一
甲斐香
主文
１ 本件訴えのうち、本所税務署長が原告に対し平成２１年４月２８日付けでした、①原告の平成１９年分の所得税に係る更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分及び②原告の平成１９年分の所得税に係る更正処分の各取消請求に係る部分を却下する。
２ 本件訴えのうちその余の部分に係る請求を棄却する。
３ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 主位的請求
(1) 本所税務署長が原告に対し平成２１年４月２８日付けでした原告の平成１９年分の所得税に係る更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分（以下「本件通知処分」という。）を取り消す。
(2) 国税不服審判所長が原告に対し平成２２年９月１日付けでした本件通知処分に対する審査請求を却下する旨の裁決（以下「本件裁決」という。）を取り消す。
２ 予備的請求
本所税務署長が原告に対し平成２１年４月２８日付けでした原告の平成１９年分の所得税に係る更正処分（以下「本件更正処分」という。）を取り消す。
第２ 事案の概要等
１ 事案の要旨
本件は、①原告が、その申告に係る平成１９年分の所得税の納付すべき税額について、㋐原告が共有者であった不動産の譲渡に係る譲渡所得の金額を計算する際に当該所得に係る総収入金額から控除すべき「その資産の譲渡に要した費用の額」（所得税法３３条３項。この費用を、以下「譲渡費用」という。）に関して国税通則法（平成２３年法律第１１４号による改正前のもの。以下「通則法」という。）２３条２項１号に規定する事由が生じたとして減額を求める旨の更正の請求（以下「本件更正請求１」という。）をし、㋑さらに、上記㋐の譲渡所得の金額の計算に関して居住用財産の譲渡所得（長期譲渡所得）に係る特別控除を定めた租税特別措置法（平成２１年法律第１３号による改正前のもの。以下「租特法」という。）３５条１項１号に規定する控除をしていない誤りがあったとして減額を求める旨の更正の請求（以下「本件更正請求２」といい、本件更正請求１を併せて「本件各更正請求」という。）をしたのに対し、②本所税務署長が、本件更正請求１に対しては、更正をすべき理由がない旨の本件通知処分をし、本件更正請求２に対しては、その一部を認め、納付すべき税額を原告が本件更正請求１において主張していた金額よりも大きく減額する旨の本件更正処分をし、③その後、国税不服審判所長が、本件通知処分を不服とする原告の審査請求を却下する旨の本件裁決をしたことにつき、原告が、(1) 主位的に本件通知処分及び本件裁決の取消しを求め、(2) 予備的に本件更正処分の全部の取消しを求める事案である。
被告は、本件訴えのうち主位的請求中の本件通知処分の取消請求及び予備的請求に係る部分については、専ら訴えの適法性を争っており、本案についての主張はしていない。
２ 関係法令の定め
別紙１「関係法令の定め」に記載したとおりである（同別紙で定める略称等は、以下においても用いることとする。）。
３ 前提事実（証拠等の掲記のない事実は、当事者間に争いがないか、当事者において争うことを明らかにしない事実である。以下「前提事実」という。）
(1) 原告及び乙（以下「乙」という。）は、別紙２「物件目録」記載１の土地及びこれを敷地とする同別紙記載２及び３の各建物（以下、これらを総称して「本件各不動産」といい、個々の不動産については「本件不動産１」のようにいう。）の共有持分権者（持分各２分の１ずつ）であった（甲１０～１２）。
(2) 原告は、Ａ株式会社（以下「Ａ」という。）との間で、平成１８年７月１９日、原告を注文者、Ａを請負人とし、代金を２億４４１２万５０００円として（うち３０万円は契約締結時に前払すべきものとされた。）、本件不動産３を取り壊した跡地にマンションを新築する工事の請負契約（以下「本件請負契約」という。）を締結した（甲１３、１８の１・２・９・１０）。
(3)ア原告及び乙は、Ｂ株式会社（以下「Ｂ」という。）との間で、平成１９年３月２３日、①原告及び乙は、Ｂに対し、本件各不動産を代金３億５０００万円で売り渡す、②Ｂは、原告及び乙に対し、同契約の締結時に手付金として３５００万円を支払い、同年９月２８日限り残代金３億１５００万円を支払うなどとする売買契約（以下「本件売買契約」という。）を締結した（甲９）。
イ 原告及び乙は、Ｂとの間で、平成１９年１２月１日、①本件売買契約の代金の額を３億４０００万円とし、②これから既払額（前記ア②の手付金を含む。）を控除した残代金２億６５００万円の弁済期を同月１０日とする旨の合意をした（甲２１）。
(4) 原告は、本所税務署長に対し、平成２０年３月１４日、不動産所得の金額が１５１万８６５２円の損失であり、長期譲渡所得の金額が８０３２万３２２４円であるものとして、納付すべき税額を１１９１万８４００円とする平成１９年分の所得税についての確定申告（以下「本件確定申告」という。）をした（乙１）。
(5) Ａは、本件の原告を被告として、平成１９年８月１３日付けで、本件請負契約に基づくＡの原告に対する仕事完成義務の履行が原告の責めに帰すべき事由により履行不能となった旨主張して、同契約に係る３５００万円の反対給付請求権（以下「本件反対給付請求権」という。）の履行を求める民事訴訟（東京地方裁判所平成●●年(○○)第●●号事件。以下「別件訴訟」という。）を提起したところ、同訴訟においては、平成２０年１０月２２日、①原告がＡに対し解決金９００万円を同年１１月１５日限り支払うこと、②両者間において和解条項に定めるほか何らの債権債務がないことを相互に確認することなどを内容とする訴訟上の和解（以下「本件和解」という。）が成立した（甲１８の１、１９）。
(6) 原告は、本所税務署長に対し、平成２０年１１月２６日、前記(5)①の解決金９００万円及び本件和解により原告が放棄することになった３０万円の前払金（前記(2)及び(5)②参照）の合計額９３０万円（以下「本件解決金等」という。）が本件各不動産の譲渡に係る譲渡費用に該当するものであり、本件確定申告に関して通則法２３条２項１号に規定する事由が生じたとして、本件確定申告に係る原告の平成１９年の所得税の納付すべき税額を１０５２万３４００円に減額するように求める旨の本件更正請求１（なお、上記所得税に係る長期譲渡所得の金額は７１０２万３２２４円とされている。）をした（甲１、弁論の全趣旨）。
(7) 原告は、本所税務署長に対し、平成２１年３月９日、本件各不動産の譲渡に係る譲渡所得の金額の計算に関して居住用財産の長期譲渡所得に係る特別控除を定めた租特法３５条１項１号に規定する控除をしていない誤りがあったものであり、上記長期譲渡所得の金額は６７７８万９９２９円であるとして、本件確定申告に係る原告の平成１９年分の所得税の納付すべき税額を１００３万８４００円に減額するように求める旨の本件更正請求２をした（乙２、弁論の全趣旨）。
(8) 本所税務署長は、原告に対し、平成２１年４月２８日付けで、①本件更正請求１に対しては、更正をすべき理由がない旨の本件通知処分をし、②本件更正請求２に対しては、納付すべき税額を１０４１万９３００円に更正する本件更正処分（なお、同処分において、原告の平成１９年分の所得税に係る長期譲渡所得の金額は７０３２万８８７２円とされている〔甲３〕。）をした。
(9) 原告は、本所税務署長に対し、平成２１年６月１８日、本件通知処分の取消しを求める旨の異議申立て（以下「本件異議申立て」という。）をしたが、本所税務署長は、原告に対し、同年９月１７日付けで、本件異議申立てを棄却する旨の決定（以下「本件異議決定」という。）をした。原告は、国税不服審判所長に対し、同年１０月１６日付けで、本件異議決定を不服として審査請求（以下「本件審査請求」という。）をしたが、国税不服審判所長は、原告に対し、平成２２年９月１日付けで、本件審査請求を却下する旨の本件裁決をした。
(10) 原告は、平成２３年３月２日、本件訴えを提起した（当裁判所に顕著な事実）。
４ 争点
(1) 本件訴えのうち主位的請求中の本件通知処分の取消請求に係る部分の適法性（争点１）
(2) 本件訴えのうち予備的請求（本件更正処分の取消請求）に係る部分の適法性（争点２）
(3) 本件通知処分の適法性（争点３）
(4) 本件裁決の適法性（争点４）
(5) 本件更正処分の取消請求の当否（争点５）
５ 争点に関する当事者の主張の要点
(1) 本件訴えのうち主位的請求中の本件通知処分の取消請求に係る部分の適法性（争点１）について
ア 原告の主張の要点
(ア) 本件において、原告は、本件解決金等が譲渡費用に該当することを理由とする本件更正請求１と、本件各不動産の譲渡に係る譲渡所得につき租特法３５条１項１号の規定が適用されることを理由とする本件更正請求２をしているところ、原告は、これらのどちらか一方が認められれば他方は認められないとしたわけではないのであって、本件更正請求２に係る事由が認められたことをもって、本件更正請求１につき請求の利益がないものと判断することは、原告の意思と大きくかい離する。
(イ) 本件においては、前記(ア)のような原告の合理的意思をくんで、以下のような解釈がされるべきである。
ａ まず、本件更正処分によって、当然に、原告の平成１９年分の所得税に係る課税標準は７０３２万８８７２円に、納付すべき税額は１０４１万９３００円に、それぞれ変更されているとみるべきである。更正処分とは、税務署長において課税標準等又は税額等がその調査したところと異なるときに、課税要件事実を全体的に見直し、申告された税額も含め、納税義務の内容である税額の総額を確定する処分である（通則法２４条）から、本件更正処分が本件更正請求１に対する本件通知処分と同時にされているものであることからしても、本件更正処分がされた段階で、上記課税標準は変更されているとみるべきである。
ｂ 次に、前記ａのとおり本件更正処分により課税標準が当然に変更されたことに合わせて、本件更正処分１の対象となる課税標準も当然に変更されているとみるべきことになる。
すなわち、本件更正請求１は、これがされた平成２０年１１月２６日の時点では、本件確定申告に係る譲渡所得８０３２万３２２４円、納付すべき税額１１９１万８４００円について、譲渡所得を７１０２万３２２４円とし、納付すべき税額を１０５２万３４００円とすべきことを求める内容、すなわち、課税標準の額につき、本件解決金等９３０万円が譲渡費用として控除されるとの事由が生じたことをもって、本件確定申告の修正を求めるものであったが、前記ａのとおり本件更正処分によって課税標準が変更されたことにより、本件更正請求１の内容は、本件更正処分後の譲渡所得７０３２万８８７２円、納付すべき税額１０４１万９３００円について、本件解決金等９３０万円を控除した譲渡所得の金額及び納付すべき税額の減額更正を求めるものとなったというべきことになる。
このような解釈は、原告の合理的意思に最も合致するものであり、かつ、公平・適正な税務手続の趣旨にかなうというべきである。また、本所税務署長においても、２つの更正の請求を受け付け、最終的な更正の請求の金額がいくらになるのか釈明もしなかったのであるから、２つの更正の請求を審理すべき義務があるというべきところ、２つの更正の請求を受理しておきながら形式的に片方の請求の利益が失われるという事態は回避すべきである。さらに、本所税務署長は、本件通知処分をする際には、本件更正処分によって税額の減額が確定しているのを承知していたのであるから、その確定税額を前提にした通知処分をすべきであったにもかかわらず、これと異なる本件通知処分をしたがために、本件通知処分の取消請求に係る訴えの利益の存否が問題となるような事態が生じてしまったともいえるのであって、このような本所税務署長の対応による不利益を納税者である原告に押し付けるような解釈は許されない。
(ウ) 前記(イ)で述べたところからすれば、本件通知処分が取り消され、本件更正請求１が認められた場合には、原告の平成１９年分の所得税の納付すべき税額は、本件更正処分後の納付すべき税額を下回ることになるから、本件通知処分の取消請求に係る訴えにつき、訴えの利益は認められるものというべきである。
イ 被告の主張の要点
(ア) 所得税のように申告納税方式による国税は、納付すべき税額が納税者の申告により確定することを原則としており（通則法１６条１項１号、同条２項１号、所得税法１２０条）、納税者において申告により自ら確定させた税額等が過大であるとするときは、一定期間に限り、税務署長に対して、その申告に係る課税標準等又は税額等につき更正をすべき旨の請求をすることができることとされている（通則法２３条１項）。また、納税者が更正の請求をしようとする場合には、更正後の課税標準又は税額等を記載した更正請求書を提出して行い（同条３項）、これに対して、税務署長は、その請求に係る課税標準等又は税額等について調査し、更正をし、又は更正をすべき理由がない旨をその請求をした納税者に通知する（同条４項）こととされている。
この更正の請求が、申告額の一部についてのみ行われたときは、同項による税務署長の更正処分又は通知処分について、納税者に不服があったとしても、少なくとも更正の請求に係る課税標準等及び税額等を超えない部分については、納税者が自らの申告によってこれを確定させ、しかもその是正のため法律上認められた手続をとっていないのであるから、当該更正の請求に係る課税標準等及び税額等を超えない部分については、納税者にとって、不利益処分ということができず、その取消しを求めるべき訴えの利益はないものというべきである。
(イ) 原告は、その平成１９年分の所得税について、納付すべき税額を１１９１万８４００円とする本件確定申告をし、これについて、更正後の納付すべき税額を１０５２万３４００円とする本件更正請求１をしたところ、本所税務署長は、本件更正請求１について本件通知処分をしたものである。原告は、本件更正請求１に係る納付すべき税額１０５２万３４００円の範囲内においては、自らの申告によってこれを確定させており、この税額の範囲内においては、本件通知処分の取消しを求めるべき訴えの利益はないものというべきである。しかるに、原告の平成１９年分の所得税に係る納付すべき税額は、本件更正処分により、既に１０４１万９３００円として確定しており、本件更正請求１に係る請求額である納付すべき税額１０５２万３４００円より少ないものとなっているから、これを超えて減額を求めることはできない。したがって、本件訴えのうち主位的請求中の本件通知処分の取消請求に係る部分は、訴えの利益を欠く不適法なものである。
(2) 本件訴えのうち予備的請求（本件更正処分の取消請求）に係る部分の適法性（争点２）について
ア 原告の主張の要点
(ア) 本件において、原告は、本件更正請求１をした後、これに対する応答がされていない時点で、本件更正請求１とは異なる事由を主張して本件更正請求２をし、その後、本件通知処分と本件更正処分が同時にされている。原告は、本件異議申立て及び本件審査請求において、本件解決金等が譲渡費用に該当するものとして本件通知処分を争ってきたものであるが、本件裁決のいうように本件更正処分により本件通知処分の取消しの請求の利益がないとの結論に至るのであれば、原告の要求どおりの処分を得るためには、本件更正請求１が認められるだけでなく、本件更正処分についてもその要求額の限度で取り消される必要があることになる。また、そもそも、更正処分が納税義務の内容たる納付すべき税額の総額を確定する処分であることからすれば、上記のとおり本件通知処分と本件更正処分とが同時にされている以上、本件更正処分は、本件更正請求１を拒否する趣旨を含む行為であると理解すべきである。
そうすると、本件通知処分と本件更正処分とは、本来別個の処分ではあるが、本件においては相互に密接な関係性を有し、本件異議申立て及び本件審査請求には、必然的に本件更正処分をも争う趣旨が含まれているものといえる。したがって、本件訴えのうち予備的請求（本件更正処分の取消請求）に係る部分についても、いわゆる不服申立前置の要件は満たされているものというべきである。
(イ) 原告においては、本件更正処分がされたことを理由として本件審査請求につき請求の利益がないとする本件裁決の結論を、本件裁決があるまで知らなかったし、実際に知ることもできなかった。すなわち、原告は、利益処分であると信じていた本件更正処分が、不利益処分であることを知る機会が全くなかったため、本件更正処分に対して異議申立てを行うという動機形成・理解に至らなかったものであるから、本件訴えのうち予備的請求（本件更正処分の取消請求）に係る部分については、行政事件訴訟法８条２項３号に規定する「正当な理由」があるものというべきである。
イ 被告の主張の要点
(ア) 行政事件訴訟法８条１項ただし書は、法律に審査請求に対する裁決を経た後でなければ処分の取消しの訴えを提起することができない旨の定めがあるときは、審査請求に対する裁決を経ないで直ちに処分の取消しの訴えを提起することができない旨規定している。そして、通則法１１５条１項は、行政事件訴訟法８条１項ただし書の「定め」として、国税に関する法律に基づく処分で不服申立てをすることができるものの取消しを求める訴えは、原則として、異議申立てについての決定（以下「異議決定」という。）又は審査請求についての裁決（以下「審査裁決」という。）を経た後でなければ提起することができない旨規定しており、税務署長がした処分については、原則として、異議申立てについての異議決定を経て、さらに審査請求についての審査裁決を経なければその取消しの訴えを提起することはできない（通則法７５条１項１号及び３項）。
これを本件についてみると、原告は、本件更正処分につき異議申立てについての異議決定を経ていない。したがって、本件訴えのうち予備的請求（本件更正処分の取消請求）に係る部分は、不服申立ての前置を欠いた不適法な訴えである。
(イ) この点、原告は、原告においては、本件更正処分を利益処分であると信じ、これが不利益処分であることを知る機会がなく、本件更正処分に対して異議申立てを行うという動機形成・理解に至らなかったものであるから、本件訴えのうち予備的請求に係る部分がいわゆる不服申立前置を欠くことについては、行政事件訴訟法８条２項３号に規定する「正当な理由」がある旨主張する。
しかし、通則法１１４条は、いわゆる不服申立前置に関して通則法に規定がある場合には、当該規定と抵触する行政事件訴訟法の規定の適用を排除しており、原告の上記主張は失当である。
また、原告の上記主張は、その主張に係る事情が通則法１１５条１項３号に規定する「正当な理由があるとき」に該当する趣旨をいうものであると解する余地もある。しかし、２つ以上の処分がある場合に、１つの処分についてのみ不服申立てをし、他の処分につき不服申立てをしないことが上記の正当な理由に当たるとして許容されるためには、①各処分が実質的に同一である場合であるとか、②１つの処分について不服申立てをして行政庁等の判断を経た以上、他の処分について不服申立てをしてもその対応が変わる余地がなく、紛争の自主的解決を期待し得ないような場合であることを要するものというべきところ、本件通知処分と本件更正処分は、いずれも原告の平成１９年分の譲渡所得の計算に関するものではあるが、本件通知処分の対象である本件更正請求１と本件更正処分の対象である本件更正請求２では、その減額更正を求める理由が異なるのであり、本所税務署長も、それぞれの理由について審査し、前者については更正すべき理由がない旨の本件通知処分を、後者についてはその一部を認容する旨の本件更正処分を、それぞれしたものであるから、上記①又は②のような事情は認められない。したがって、本件更正処分の取消しを求める訴えを提起するに当たり、いわゆる不服申立前置がされていないことにつき、通則法１１５条１項３号に規定する意味における「正当な理由」は認められない。
(3) 本件通知処分の適法性（争点３）に関する原告の主張の要点
ア 国税庁は、譲渡費用を「土地や建物を得るために直接かかった費用」と定義し、主な例として「既に売買契約を締結している資産を更に有利な条件で売るために支払った違約金」を掲げている。また、国税庁においては、「甲はＡ土地上に建物を新築すべく乙と建築請負契約を締結し、手付金を乙に支払った後、工事着工前に丙からＡ土地の買申込みを受け、これを丙に売却することとした場合、乙に支払った手付金の放棄による損失は、工事着工後であれば建物の取り壊しによる資産損失が所得税基本通達３３－８により譲渡費用に含まれること等からみて、照会に係る違約金も譲渡費用に含まれるものと解して差し支えない」旨の質疑応答事例（甲８。以下「本件質疑応答事例」という。）もある。
イ ①原告は、本件不動産１上の建物（本件不動産３）を建て替えることを目的とする本件請負契約を締結していたところ（前提事実(2)）、②原告において、同契約の解除の成否が必ずしも明確でない段階で、原告の平成１９年分の所得税につき課税対象とされた本件各不動産の売却益を得るために本件売買契約を締結したことから（前提事実(3)ア、甲１８の９・１０）、③請負人であるＡが、東京地方裁判所に対し、本件反対給付請求権の保全のために必要であるとして本件各不動産の原告の持分につき仮差押命令を申し立て、これが認められて本件各不動産に仮差押えの登記がされるとともに（甲１０～１２、１４）、Ａが原告を被告とする別件訴訟を提起したものであり（前提事実(5)）、④このような紛争に起因して、本件売買契約につき売買代金の減額及び債権債務の履行期の変更がされるなどしたものである（前提事実(3)イ）。
以上の経過に照らせば、本件において原告が譲渡費用であると主張している本件解決金等は、本件売買契約とは両立しない本件請負契約が解除されたか否かが問題となった別件訴訟を解決するために要した費用であり、まさに本件質疑応答事例と同種の判断ができるものである。なぜなら、①本件質疑応答事例は、請負契約解除の違約金と、更に有利な条件で売却するための二重売買の際の違約金とをパラレルにとらえ、いずれも譲渡費用として容認していることからすれば、解除されたのが売買契約であるか請負契約であるかという違いで結論を違える趣旨ではないと考えられ、②また、違約金の法的性質が一般に損害賠償の予定とされていることからすれば、「違約金」と「損害賠償金」とで差異を設ける根拠もないからである。
本件異議決定が言及するとおり、Ａは金銭債権を請求しているにすぎないが、これは、民法６４１条に照らし、Ａにおいて、原告に対し、本件請負契約に基づく債権債務の履行そのものを強制できなかったからにすぎない。仮に先行する契約が請負契約でなく売買契約であれば、所有権移転登記請求権を保全する仮処分手続がされていたであろうことからすれば、本件請負契約と本件売買契約が無関係であるとはいえない。
ウ 以上のとおり、本件解決金等は、本件各不動産に係る譲渡費用（所得税法３３条３項）に該当するものであり、これを認めなかった本件通知処分は違法なものである。
(4) 本件裁決の適法性（争点４）について
ア 原告の主張の要点
(ア) 本所税務署長において再更正（通則法２６条）をしなかった違法
ａ 本件通知処分には、処分の理由として、本件更正処分がされたために本件更正請求１については更正すべき理由がなくなった旨は記載されておらず、本件解決金等が譲渡費用に該当しない旨のみが記載されていたものであり（甲２）、本件異議決定にも本件裁決が指摘する請求の利益について言及がなかったことからすれば、本所税務署長が、この請求の利益の問題に気付いていなかったことは明白である。
ｂ 通則法２９条２項は、減額更正がされるまでの間、既に確定した申告税額（本件確定申告に係る申告額）が有効に存続していると解釈すべきことを明らかにしているのであって（同法２３条１項各号の括弧書も同趣旨であると考えられる。）、原告が本件更正請求２をした平成２１年３月９日の段階で、これが認容されることを前提として、本件更正請求１を請求の利益を欠かないように補正することなどできるはずがない（この時点において、更正前の課税標準額及び税額等は申告額と解するほかない。）。また、本件更正請求１に対する本件通知処分及び本件更正請求２に対する本件更正処分が同時にされてしまったため、この時点でも更正の請求を補正することなどできないし、本件通知処分に本件裁決で指摘された理由（本件更正処分により本件更正請求１につき請求の利益がなくなった旨）が附記されていなかったため、原告はいかなる理由で更正をすべき理由がないのかを把握できておらず、その後においても補正の可能性はなかった。
ｃ 本件各更正請求は、それぞれ別個の理由を明示して提出されており、いずれも同一処分庁（本所税務署長）に係属し、同一の申告につき更正を求めたものであり、かつ、同時に処分がされていることから、その相関関係は明白である。とすれば、本件更正処分によってもたらされた、本件更正請求１における「更正前の課税標準額及び税額等」が「過大」となっている事実は、本所税務署長において明白であり、同税務署長は、それを知った時点で更正（再更正）をすべき義務を負っていたところ、前記ａのとおり請求の利益の問題を考慮に入れていなかったために、再更正の必要性を看過したものである。それにもかかわらず、本件裁決は、この再更正をしなかったという違法を見過ごし、原告において補正することができない本件更正請求１がされた後の後発的事情をもって請求の利益なしとして本件審査請求を却下したものである。本件解決金等の譲渡費用該当性が認められるのであれば、かかる再更正をすべきであったことは明らかであり、実体判断を行わずにかかる違法を看過した本件裁決は違法である。
(イ) 国税不服審判所長が原告に対して補正（通則法９１条）を求めなかったことの違法本件更正請求１は、請求時においては何ら瑕疵のないものであり、後発的にされた本件更正請求１の理由とするところとは別個の理由による本件更正処分により課税標準額及び納付すべき税額を補正・変更する必要が生じたものであるが、前記(ア)ｂのとおり、原告には本件更正請求１を是正する機会が全くなかった。その結果、更正前後の課税標準額の記載が不適法な状態となってしまったのであり、国税不服審判所長は、原告に対し、適法な記載になるよう補正を求めるべき義務を負っていたものというべきである。このような補正を求めずに本件審査請求を却下した本件裁決は、違法なものというべきである。
(ウ) 理由附記不備の違法
ａ 通則法２３条４項において、更正をすべき理由がない旨の通知処分に理由を附記すべきものとされておらず、また、同法７４条の２第１項において、行政手続法第２章及び第３章の規定は適用しないものとされているのは、①更正をすべき理由がない旨の通知につき常に理由の提示を要求すると徴税行政の円滑な執行を阻害することになるおそれがあること、②納税者には、遅くとも国税不服審判所に対する審査請求をする時点までには処分の理由を知る機会が確保されていること、③納税者は事後的な手続により救済を受けることが可能であること等といった事情を前提としている。
ｂ しかし、既に述べたとおり、本件通知処分には、その理由として本件解決金等が譲渡費用に該当しない旨の記載しかなく、本件異議決定においても譲渡費用該当性のないことのみが指摘されていたのであり、原告においては、本件裁決が指摘する理由（本件更正処分の一部認容による請求の利益の喪失）を知る機会が確保されていなかった。
また、通則法７４条の２第１項は、徴税行政の円滑に配慮するとともに、納税者においても事後的な不服申立ての手続により救済を受けることが可能という手続保障の存在を前提としたものというべきところ、既に述べたとおり、本件更正請求１については、後発的に生じた瑕疵を修正・補正する機会がなく、原告においては、事後的な救済処分を受ける手続が存在していなかった。また、本件通知処分は、別個の後発的事由により更正の理由がないとされたものであり、本件は、１つの申立てに対してされる１つの処分の適否・違法を争うことを想定する法の規定の想定外の事案である。本件のように理由の附記及び是正の機会が与えられなければ処分の適否を争えなくなってしまう事案についてまで同項を形式的に適用し、原告から権利の正当性を争う機会を奪うことは、憲法３１条に違反するというべきであり、その限りにおいて同項は違憲である。本件通知処分については、行政手続法及びその趣旨に基づき更正の理由がないとする理由が明記されなければならなかったというべきであり、この点を看過して本件審査請求を却下した本件裁決は、違法なものであるというべきである。
(エ) 信義則違反
ａ 租税法律関係についての信義則の適用に関しては、租税法律主義の要請との兼ね合いから、租税法規の適用における納税者間の平等、公平という要請を犠牲にしてもなお当該課税処分に係る課税を免れしめて納税者の信頼を保護しなければ正義に反するといえるような特段の事情が存する場合に、初めて信義則の法理の適用の是非を考えるべきものとされ、特別の事情の判断に当たっては、①税務官庁が納税者に対し信頼の対象となる公的見解を表示したこと、②納税者がその表示を信頼し、その信頼に基づいて行動したこと、③その行動につき納税者が不利益を受けたこと、④上記②について納税者に責めに帰すべき事由がないことを要する（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同６２年１０月３０日第三小法廷判決・裁判集民事１５２号９３頁）。
ｂ 原告は、本件更正請求２をするに際し、２度税務署に赴いている。１回目の訪問は、平成２１年１月頃、税務署からの連絡を受けてのものであり、その際、税務署の担当者からは、譲渡費用該当性を理由とした更正の請求は認められない可能性があることを暗に示されるとともに、別の減額事由に当たるような事情があるかもしれないとの話をされた。２回目の訪問は、同年３月上旬、税務署からの連絡を受けてのものであり、その際、税務署の担当者からは、原告の平成１９年分の所得税につき、長期譲渡所得の特別控除により納付すべき税額が減額される可能性があるとの話をされた。原告は、更正の請求の期限が迫っていたこと、長期譲渡所得の特別控除が認められそうであったこと、譲渡費用該当性と上記特別控除とは相互に影響するものでないこと等から、税務署の指導のとおり、同月９日に本件更正請求２をしたものである（なお、原告は、税務署からは、本件更正請求２によって、本件更正請求１につき請求の利益が失われる可能性についての説明は一切受けていない。）。その後、本件更正請求２が一部認容されたものの、譲渡費用該当性を理由とした本件更正請求１は本件通知処分により否定され、本件裁決の段階になって請求の理由がないとされて本件審査請求が却下された。
ｃ 前記ｂの事実経過に鑑みると、原告は、①税務署という公的な立場から自己の所得税につき長期譲渡所得の特別控除という減額事由の指導を受け（前記ａ①）、②その指導を信頼して本件更正請求２を行い（前記ａ②）、③それによって本件更正請求１について請求の利益がないとの判断により、譲渡費用の控除が受けられないという経済的不利益を受けているところ（前記ａ③）、④事実として長期譲渡所得の特別控除を受けることができたのであるから、税務署の指導に従って本件更正請求２をしたことにつき原告に責めに帰すべき事由は存在しない（前記ａ④）。したがって、本件においては、前記ａにいう特段に事情が存在する場合に当たるというべきであって、本件裁決は、信義則に違反する違法なものというべきである。
イ 被告の主張の要点
(ア) 本所税務署長において再更正（通則法２６条）をしなかった違法をいう原告の主張について
ａ 本所税務署長は、本件更正請求２に対し、その請求額の一部を認めて本件更正処分をし、他方、本件更正請求１に対しては、本件通知処分をし、その理由において「その請求内容を検討しましたが、譲渡収入額から控除する譲渡費用に該当しません」と判断を示しているのであるから、本所税務署長において、本件更正処分をした後に、その課税標準等又は税額等が過大又は過少であることを知ったという事実は認められない。したがって、本所税務署長において、原告が主張するような再更正をすべき義務はない。
ｂ 原告は、本件更正請求２をした時点で、本件更正請求１の課税標準等及び税額等を補正できる可能性若しくは機会がなく、請求の利益を欠かないように手続を補正する手段がなかったとも主張する。しかし、原告において本件各更正請求のそれぞれ理由とした事由の２つの事由による減額が認められるべきであると主張するのであれば、その２つの事由に基づいて減額されるべき課税標準等及び税額等を本件更正請求２に係る請求額として提出することができたのであって、原告の上記主張には理由がない。
ｃ したがって、本所税務署長が通則法２６条に基づく再更正をしなかったことに何ら違法はなく、本所税務署長において再更正処分をしなかったことは、本件裁決の審査請求手続の違法をもたらすものでもなければ、本件裁決の審査請求の利益の有無の判断に影響するものでもないから、この点に関する原告の主張は、前提において失当である。
(イ) 国税不服審判所長が原告に対して補正（通則法９１条）を求めなかったことの違法をいう原告の主張について
通則法９１条１項の法文上明らかなとおり、国税不服審判所長による補正の対象は、審査請求に限られるのであり、国税不服審判所長が審査請求の対象となった処分の基となる更正の請求の内容についてまで補正を求めることは法の予定するところではない。したがって、国税不服審判所長は、そもそも、本件更正請求１を原告が主張するように補正すべき義務を負っておらず、この点に関する原告の主張は、前提において失当である。
(ウ) 理由附記不備の違法をいう原告の主張について
通則法７４条の２第１項によれば、本件通知処分に行政手続法８条１項は適用されないから、本件通知処分に当たっては、更正をすべき理由がない旨をその請求をした者に通知する（通則法２３条４項）ことによって適法に処分が成立する。この点に関する原告の主張は、独自の見解にすぎず、前提において失当である。
(エ) 信義則違反をいう原告の主張について
本件裁決は、本件通知処分の取消しのみを求めた本件審査請求に対するものである一方、原告が主張する被告において信義則に違反した事実というのは、原告が本件更正請求２を行うに当たっての事実であって、そもそも本件裁決に関しての信義則違反の理由とはなり得ない。この点をおくとしても、原告が主張するような税務署の一担当者の指導ないし助言が税務署長ら一定の責任を負う立場にある者の正式見解の表示に当たるものではなく、「税務官庁が納税者に対し信頼の対象となる公的見解を表示した」とはいえないことが明らかである。原告は、自らの判断に基づき本件更正請求２をしたものといわざるを得ないから、本件において納税者の信頼を保護しなければ正義に反するといえるような特別の事情は認められず、この点に関する原告の主張には、理由がない。
(5) 本件更正処分の取消請求の当否（争点５）についての原告の主張の要点
ア 原告は、本件通知処分の実体面における取消しが容認されるべきものとしても、本件更正処分の存在により本件通知処分の取消しを求める訴えの利益が失われるとの解釈が成立する場合に備え、本件更正処分の取消しを求めるものである。もっとも、原告の主たる請求は、本件通知処分を取り消すことによる所得税の更正を求めるものであるから、本件更正処分の取消しの請求は、本件通知処分の取消しのみでは原告の望む所得税の更正が実現できない場合の予備的請求として位置づけられる。
イ 本件更正処分が、原告の平成１９年分の所得税の納付すべき税額の総額を確定する処分であり、譲渡費用該当性を理由とする減額更正の可能性を否定するものとなるとすれば、本件更正処分は、減額更正処分とはいえども、純粋に納税者に有利な効果をもたらす処分とはいえない。また、本件においてされたのは、更正をすべき理由がない旨の通知処分（本件通知処分）と減額更正処分（本件更正処分）であって、更正処分と再更正処分がされた事案に関する判例（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同５６年４月２４日第二小法廷判決・民集３５巻３号６７２頁。減額再更正処分につき、いわゆる併存説を採ったとされるもの。）とは事案が異なる。
更正処分と更正をすべき理由がない旨の通知処分は、その性質を異にする。すなわち、更正をすべき理由がない旨の通知処分（通則法２３条４項）は、納税申告書を提出した納税者がその申告による税額等の減額を求めて課税庁に是正権の発動を促す更正の請求に対し、その是正権の発動を拒否し、申告額等について減額を認めないことを確定させる処分であって、税額自体を確定させる処分ではない。これに対し、更正処分（同法２４条）は、税務署長において、課税標準等又は税額等がその調査したところと異なるときに、課税要件事実を全体的に見直し、申告された税額をも含め、納税義務の内容たる税額の総額を確定する処分である。そうすると、税額を確定させるわけではない本件通知処分と税額の総額を確定する処分である本件更正処分が同時にされ、本件のように確定した税額に不服がある場合、本件更正処分を取り消す必要も出てくるのである。
ウ 原告は、実体的に是正を求める観点から、本件更正処分の取消しをも求めているものである。原告は、本件解決金等が譲渡費用であることから生ずる更正と、租特法３５条１項の規定の特例による更正とを、それぞれ別個の理由として掲げて減額の更正を求めているのであり、原告の更正申立ての趣旨は明確である。本件通知処分の違法性が肯定されたとしても、本件更正処分の存在により是正が不可能というならば、本件更正処分も取り消した上で、上記２つの理由に基づく更正がされてしかるべきである。
第３ 当裁判所の判断
１ 本件訴えのうち主位的請求中の本件通知処分の取消請求に係る部分の適法性（争点１）について
(1) 所得税のような申告納税方式による国税は、その納付すべき税額が納税者のする申告により確定することを原則とするものであるところ（通則法１６条１項１号、同条２項１号、所得税法１２０条）、そのような国税につき納税者において申告により自ら確定させた税額等が過大であるとするときは、一定期間に限り、税務署長に対して、その申告に係る課税標準等又は税額等につき税務署長において更正をすべき旨の請求（更正の請求）をすることができ（通則法２３条１項）、納税者がこのような更正の請求をしようとする場合には、その請求に係る更正後の課税標準等又は税額等やその更正の請求をする理由等を記載した更正請求書を税務署長に提出すべきものとされており（同条３項）、税務署長は、そのような更正の請求があった場合には、その請求に係る課税標準等又は税額等について調査した上で、納税者に対し、更正処分又は更正をすべき理由がない旨の通知処分をすることとされている（同条４項）。
そして、上記のとおり、申告納税方式による国税につき、その申告に係る課税標準等又は税額等の誤り等の是正を更正の請求という特別の方式によるべきものとされているのは、課税標準等や税額等の確定を最もその事情に通じている納税者自身の責任による申告に基づいてするものとされた国税については、その誤り等の是正は法律が特に認めた場合に限ることが、租税法律関係を早期に安定させるという要請に沿うものである上、納税者においても、上記のとおり申告が自己の責任においてするものとされていることから、その誤り等を是正することについて相応の制約を受けてもやむを得ないものであるとの趣旨によるものであると解される。また、同条３項において、納税者が更正の請求をしようとする場合には、その請求に係る更正後の課税標準等又は税額等やその更正の請求をする理由等を記載した更正請求書を提出すべきものとされた上で、同条４項において、このようにして更正の請求を受けた税務署長は、当該更正の請求に係る課税標準等又は税額等について調査した上で、納税者に対し、更正処分又は更正をすべき理由がない旨の通知処分をするものとされているのは、当該更正の請求に応じてすべきものとされる調査及びそれへの応答に相当する処分の対象となる課税標準等又は税額等に係る事由や範囲につき、上記のとおり最もその事情に通じているとともに、当初の申告についてと同様に一旦自ら確定させたそれらの事項に関する誤り等の是正についても、やはり自ら責任を負うべき納税者の決したところに対応したものとなるように、その提出に係る更正請求書に記載されたところに基づいて画することとしたものであると解される。
以上のような申告納税方式及び更正の請求の制度の趣旨や通則法２３条３項並びに４項の規定の文理及びそれらの規定の趣旨に照らせば、①更正の請求が当初の申告に係る税額等の一部を限度としてされた場合には、納税者において同条４項に従って税務署長がした更正処分又は更正をすべき理由がない旨の通知処分につき不服があったとしても、これらの処分に係る課税標準等又は税額等のうち当該更正の請求に係るところを超えない部分については、納税者において自らの申告によりこれを確定させたもので、その是正のため法律の特に設けた手続を執っていない以上、納税者にとって当然に不利益なものであるということはできず、その取消しを求めることを許すべきものとして不服申立てないし訴えの利益があるということはできないものというべきであり、②また、いずれも当初の申告に係る税額等の一部を限度として更正の請求が複数回にわたってされた場合における個々の更正の請求及びこれに対する応答に相当する更正処分又は更正をすべき理由がない旨の通知処分についても、これらがそれぞれ別個独立のものとしてされると解するのが相当であることを踏まえると、上記①において述べたところが同様に当てはまることは明らかである。
(2) これを本件についてみると、原告は、その平成１９年分の所得税につき、納付すべき税額を１１９１万８４００円とする本件確定申告をした上で、これについて、その請求に係る更正後の納付すべき税額を１０５２万３４００円とする本件更正請求１をしたものであり、本所税務署長は、このような本件更正請求１に対する応答に相当するものとして本件通知処分をしたものであるから、原告については、本件更正請求１に係る更正後の納付すべき税額として主張していた１０５２万３４００円の範囲内においては、本件通知処分による不利益の存在を認めることはできないものというべきである。その上で、原告の平成１９年分の所得税に係る納付すべき税額は、本件更正処分によって１０４１万９３００円であるものと確定しており、これは、本件更正請求１に係る更正後の納付すべき税額として主張していた１０５２万３４００円を下回っているから、原告においては、もはや本件通知処分の取消しを求める訴えの利益はないものというべきである。
以上と異なる原告の主張は、要するに、税務署長においては、各更正の請求において納税者が現に主張していたところを離れた取扱いをすべきものであったとの考え方を前提とするものに帰すると解されるところ、前記(1)において述べたような申告納税方式及び更正の請求の制度の趣旨や通則法２３条３項並びに４項の規定の文理及びそれらの規定の趣旨に照らし、独自の見解をいうものというほかなく、採用することができない。
(3) よって、本件訴えのうち主位的請求中の本件通知処分の取消請求に係る部分は、訴えの利益を欠く不適法なものであり、争点３について判断するまでもなく、却下を免れないものというべきである。
２ 本件訴えのうち予備的請求（本件更正処分の取消請求）に係る部分の適法性（争点２）について
(1) 行政事件訴訟法８条１項ただし書は、法律に処分についての審査請求に対する裁決を経た後でなければ当該処分の取消しの訴えを提起することができない旨の定めがあるときは、審査請求に対する裁決を経ないで直ちに当該処分の取消しの訴えを提起することができない旨規定しているところ、通則法１１５条１項は、国税に関する法律に基づく処分で不服申立てをすることができるものの取消しを求める訴えは、原則として、異議決定又は審査裁決を経た後でなければ提起することができない旨規定している。したがって、税務署長がした処分については、原則として、異議決定（同法７５条１項１号）を経た上で、さらに審査裁決（同条３項）を経た後でなければ、その取消しの訴えを提起することはできないものである。
そして、前提事実(9)のとおり、原告は、本件更正請求１に対する応答に相当するものとしてされた本件通知処分については、本件異議申立てについての本件異議決定及び本件審査請求についての本件裁決を経ているものの、本件更正請求２に対する応答に相当するものとしてされた本件更正処分については、異議決定及び審査裁決を経ていない。
(2)アこの点、原告は、①本件通知処分と本件更正処分とは、本来別個の処分ではあるが、本件においては相互に密接な関係性を有しており、本件異議申立て及び本件審査請求には、必然的に本件更正処分をも争う趣旨が含まれているものというべきである、②原告においては、本件更正処分を利益処分であると信じ、本件裁決がされるまでこれが不利益処分であることを知る機会がなく、本件更正処分について異議申立てを行うという動機形成・理解に至らなかったものであるから、行政事件訴訟法８条２項３号に規定する「正当な理由」がある場合に当たるなどと主張する（なお、後者の主張については、通則法１１４条の規定にも照らせば、同法１１５条１項３号にいう「正当な理由」の存在を主張する趣旨のものと解するのが相当である。）。
イ(ア) しかし、前記１において述べたところに加えて、本件各更正請求は、いずれも原告の平成１９年分の所得税に係る譲渡所得の金額の計算に関するものではあるものの、本件通知処分をその応答に相当するものとする本件更正請求１と本件更正処分をその応答に相当するものとする本件更正請求２とでは、その請求に係る更正後の課税標準等又は税額等や更正の請求をする理由等を異にしており、本所税務署長においても、本件各更正請求においてそれぞれ主張されているところにつき調査した上で、本件更正請求１に対しては、本件解決金等が譲渡費用に該当しないとして本件通知処分をし、本件更正請求２に対しては、租特法３５条１項１号に規定する特別控除の主張を一部認めて本件更正処分をしたものであることが明らかというべきこと（前提事実(6)～(9)、甲２、３）に照らせば、本件更正処分とは別個の処分である本件通知処分を不服としてされた本件異議申立て及び本件審査請求に、原告の主張するように「必然的に本件更正処分をも争う趣旨が含まれている」ものとは評価し難いことが明らかであって、前記ア①の原告の主張は、失当である。
(イ) また、本件更正処分が原告において本件確定申告をもって確定した納付すべき税額との関係では原告にとっていわゆる利益処分であることは、その内容自体から明らかであって、本件更正処分がいわゆる不利益処分であることを前提とする前記ア②の原告の主張は、その前提を欠く（①前記１(1)のような申告納税方式及び更正の請求の制度の趣旨や通則法２３条３項並びに４項の規定の文理及びそれらの規定の趣旨、②原告においては、本件各更正請求においてそれぞれ更正の請求をする理由とした２つの事由を総合した上でこれに基づいて減額されるべき課税標準等及び税額等を後にした本件更正請求２に係る請求の内容とすることができたことに照らせば、手続についての独自の理解に立脚してした本件更正請求２に対する応答に相当するものとして本件更正処分がされた結果、本件更正請求１に対する応答に相当するものとしてされた本件通知処分についての本件審査請求に係る不服申立ての利益及び本件通知処分の取消請求に係る訴えについての訴えの利益が失われることとなることをもって、本件更正処分が不利益処分であるということはできない。）。
上記の点をおくとしても、以下のとおり前記ア②の原告の主張は、やはり失当である。すなわち、通則法１１５条１項において不服申立ての前置の制度が採られた主たる趣旨は、処分についての司法審査に先立ち、行政庁に当該処分につき見直しの機会を与えることにより、行政庁においてその有する専門知識等をいかし、迅速かつ的確に紛争の自主的解決を図ることを期待することができるという点にあると解されるから、２つ以上の処分を受けた納税者が、それらのうち１つの処分についてのみ不服申立てをし、他の処分について不服申立てをしない場合において、当該他の処分につき異議決定又は審査裁決を経ないで取消しの訴えを提起することについて同項３号にいう「正当な理由」があるというためには、例えば、①各処分が実質的に同一のものであるとか、②各処分がその理由を共通にし、不服申立てにおいて攻撃する点も専ら当該共通の処分の理由に対するものであり、かつ、それに対する審査庁等の基本的な判断が１つの処分についてされた不服申立ての手続において既に示されていて変更の余地がないと見込まれるなど、前記のような不服申立ての前置の制度の趣旨に照らしてもその例外を認めるに足りる十分に合理的な理由があると認められる場合であることを要するものというべきである。そして、前記(ア)において述べた本件各更正請求並びに本件通知処分及び本件更正処分の内容に鑑みれば、本件が上記のような場合に該当するものとはいい難い。
(3) 以上のとおりであるから、本件訴えのうち予備的請求（本件更正処分の取消請求）に係る部分は、不服申立ての前置を欠くものであって、不適法なものといわざるを得ない。
３ 本件裁決の適法性（争点４）について
(1) 前記１において述べたところからすれば、本件審査請求については不服申立ての利益がないとしてこれを却下した本件裁決の判断は、正当なものというべきである。
(2)ア原告は、本所税務署長においては、本件解決金等が譲渡費用に該当すると判断して通則法２６条に基づく再更正をすべきであったのに、これを行わなかった違法があり、本件裁決には、本所税務署長による当該違法を看過した違法があるなどと主張する。
しかし、本件全証拠に照らしても、本所税務署長において、本件更正処分を本件通知処分と同日にした後、本件更正処分に係る課税標準等又は税額等が過大であることを「知った」との事実を認めるに足りない（また、原告の主張を見ても、本件通知処分に関する行政庁等の判断の誤りをいうにとどまり、当該事実を基礎付けるに足りる事情は何ら具体的に指摘されていないものといわざるを得ない。）。原告の上記主張は、その前提を欠くものであって、理由がない。
イ また、原告は、本件更正請求１に係る課税標準等及び税額等の記載が本件更正処分により後発的に不適法なものになったところ、国税不服審判所長においては、これを是正するため、通則法９１条に基づき適法な記載になるよう補正を求めるべき義務があったのに、かかる補正を求めずに本件審査請求を却下する旨の判断をした点において、本件裁決には違法がある旨主張する。
しかし、通則法９１条１項に定める国税不服審判所長による補正の対象が審査請求に限定されていることは、その文理に照らして明らかであって、原告の上記主張も、その前提を欠くものであることが明らかであり、理由がない。
ウ さらに、原告は、本件通知処分には、その理由として本件解決金等が譲渡費用に該当しない旨の記載しかなく、本件異議決定においても譲渡費用該当性のないことのみが指摘されていたのであり、原告においては、本件裁決が指摘する理由（本件更正処分の一部認容による本件審査請求についての不服申立ての利益の喪失）を知る機会が確保されていなかったなどとした上で、本件通知処分については、行政手続法又はその趣旨に基づいて理由が明記されなければならなかったのであって、この点を看過して本件審査請求を却下した本件裁決には違法があるなどと主張する。
しかし、通則法７４条の２第１項により本件通知処分には申請に対する処分における理由の提示について定める行政手続法８条１項が適用されないものとされていることをひとまずおくとしても、前記１(1)において述べた申告納税方式及び更正の請求の制度の趣旨や通則法２３条３項並びに４項の規定の文理及びそれらの規定の趣旨に照らせば、本件更正請求１に対する応答に相当するものとしてされた本件通知処分及びこれについての本件異議申立てについてされた本件異議決定において、原告の主張を排斥する理由として本件更正請求１において原告が更正の請求の理由として主張したところに応じ本件解決金等が譲渡費用に該当しない旨のみが指摘されていることをもって、違法なものということができないことは明らかである。
エ 原告は、租税法律関係への信義則の法理の適用につき判示した前掲最高裁昭和６２年１０月３０日第三小法廷判決を引用した上で、本件審査請求につき請求の利益を認めなかった本件裁決が信義則に反するなどと主張する。
しかし、原告が被告において信義則に違反することを基礎付ける事情として主張するものは、いずれも原告が本件更正請求２をしたことに関するものであって、本件更正請求１に対する応答に相当するものとしてされた本件通知処分に係る本件裁決についての信義則違反を基礎付けるものとはいい難い。また、原告が主張する事実経過を前提としても、税務官庁が納税者である原告に対し信頼の対象となる公的見解を表示したものとはいい難いこと、既に述べたとおり、原告においては、本件各更正請求においてそれぞれ更正の請求をする理由とした２つの事由を総合した上でこれに基づいて減額されるべき課税標準等及び税額等を後にした本件更正請求２に係る請求の内容とすることができたものというべきこと等に照らせば、本件において、前掲最高裁昭和６２年１０月３０日第三小法廷判決にいう特別の事情は認め難いものというほかない。したがって、原告の上記主張にも理由がない。
(3) 前記(2)のとおり、争点４に係る原告の主張には、いずれも理由がなく、他に、本件裁決の適法性を左右するに足りる事情は認め難い。したがって、本件裁決は、適法なものというべきである。
４ 結論
以上の次第であって、その余の点につき判断するまでもなく、①本件訴えのうち本件通知処分及び本件更正処分の各取消請求に係る部分は、いずれも不適法であるから、これらを却下し、②本件訴えのうちその余の部分に係る請求は、理由がないから、これを棄却することとし、訴訟費用の負担につき行政事件訴訟法７条、民事訴訟法６１条を適用して、主文のとおり判決する。東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官八木一洋
裁判官田中一彦
裁判官塚原洋一
（別紙１）
関係法令の定め
１ 通則法の定め
(1)ア通則法１６条１項は、国税についての納付すべき税額の確定の手続については、申告納税方式（納付すべき税額が納税者のする申告により確定することを原則とし、その申告がない場合又はその申告に係る税額の計算が国税に関する法律の規定に従っていなかった場合その他当該税額が税務署長又は税関長の調査したところと異なる場合に限り、税務署長又は税関長の処分により確定する方式をいう。同項１号）又は賦課課税方式（納付すべき税額が専ら税務署長又は税関長の処分により確定する方式をいう。同項２号）のいずれかの方式による旨を定めている。
イ 通則法１６条２項は、国税（同法１５条３項各号に掲げるものを除く。）についての納付すべき税額の確定が前記アに掲げる方式のうちいずれの方式によりされるかについては、次に定めるところによる旨を定めている。
(ア) １号納税義務が成立する場合において、納税者が、国税に関する法律の規定により、納付すべき税額を申告すべきものとされている国税申告納税方式
(イ) ２号前記(ア)に掲げる国税以外の国税賦課課税方式
(2)ア通則法２３条１項は、納税申告書を提出した者は、当該申告書に記載した課税標準等若しくは税額等（①納付すべき税額、②還付金の額に相当する税額及び③上記①の税額の計算上控除する金額又は還付金の額の計算の基礎となる税額のことをいう。同法１９条１項、２条６号ニ～ヘ）の計算が国税に関する法律の規定に従っていなかったこと又は当該計算に誤りがあったことにより、当該申告書の提出により納付すべき税額（当該税額に関し同法２４条又は２６条の規定による更正〔以下同法２３条において「更正」という。〕があった場合において、当該更正後の税額）が過大であるとき（同条１項１号）等には、当該申告書に係る国税の法定申告期限から１年以内に限り、税務署長に対し、その申告に係る課税標準等又は税額等（当該課税標準等又は税額等に関し更正があった場合には、当該更正後の課税標準等又は税額等）につき更正をすべき旨の請求をすることができる旨を定めている。
イ 通則法２３条２項は、納税申告書を提出した者又は同法２５条の規定による決定（以下同項において「決定」という。）を受けた者は、次の各号の一に該当する場合（納税申告書を提出した者については、当該各号に掲げる期間の満了する日が同条１項に規定する期間の満了する日後に到来する場合に限る。）には、同項の規定にかかわらず、当該各号に掲げる期間において、その該当することを理由として同項の規定による更正の請求（以下「更正の請求」という。）をすることができる旨を定めている。
(ア) １号その申告、更正又は決定に係る課税標準等又は税額等の計算の基礎となった事実に関する訴えについての判決（判決と同一の効力を有する和解その他の行為を含む。）により、その事実が当該計算の基礎としたところと異なることが確定したとき。その確定した日の翌日から起算して２月以内
(イ) ２号（省略）
(ウ) ３号（省略）
ウ 通則法２３条４項は、税務署長は、更正の請求があった場合には、その請求に係る課税標準等又は税額等について調査し、更正をし、又は更正をすべき理由がない旨をその請求をした者に通知する旨を定めている。
(3) 通則法２６条は、税務署長は、同法２４条、２５条又は２６条の規定による更正又は決定をした後、その更正又は決定をした課税標準等又は税額等が過大又は過少であることを知ったときは、その調査により、当該更正又は決定に係る課税標準等又は税額等を更正する旨を定めている。
(4) 通則法２９条２項は、既に確定した納付すべき税額を減少させる更正は、その更正により減少した税額に係る部分以外の部分の国税についての納税義務に影響を及ぼさない旨を定めている。
(5) 通則法７４条の２は、行政手続法３条１項に定めるもののほか、国税に関する法律に基づき行われる処分その他公権力の行使に当たる行為（酒税法第２章の規定に基づくものを除く。）については、行政手続法第２章及び第３章の規定は適用しない旨を定めている。
(6)ア通則法７５条１項１号は、税務署長がした処分（同条２項に規定する処分を除く。）に不服がある者は、その処分をした税務署長に対する異議申立てをすることができる旨を定めている。
イ 通則法７５条３項は、同条１項１号の規定による異議申立て（法定の異議申立期間経過後にされたものその他その申立てが適法にされていないものを除く。）についての決定があった場合において、当該異議申立てをした者が当該決定を経た後の処分になお不服があるときは、その者は、国税不服審判所長に対して審査請求をすることができる旨などを定めている。
(7) 通則法９１条１項は、国税不服審判所長は、審査請求が国税に関する法律の規定に従っていないもので補正することができるものであると認めるときは、相当の期間を定めて、その補正を求めなければならず（前段）、また、不備が軽微なものであるときは、職権で補正することができる（後段）旨を定めている。
(8) 通則法１１４条は、国税に関する法律に基づく処分に関する訴訟については、同法第８章第２節及び他の国税に関する法律に別段の定めがあるものを除き、行政事件訴訟法その他の一般の行政事件訴訟に関する法律の定めるところによる旨を定めている。
(9) 通則法１１５条１項は、①国税に関する法律に基づく処分（同法８０条２項に規定する処分を除く。以下同法第８章第２節において同じ。）で不服申立てをすることができるものの取消しを求める訴えは、異議申立てをすることができる処分（審査請求をすることもできるもの〔異議申立てについての決定を経た後審査請求をすることができるものを含む。〕を除く。）にあっては異議申立てについての決定を、審査請求をすることができる処分にあっては審査請求についての裁決をそれぞれ経た後でなければ、提起することができないが（本文）、②次のア～ウのいずれかに該当するときは、この限りでない（ただし書）旨を定めている。
ア １号（省略）
イ ２号（省略）
ウ ３号異議申立てについての決定又は審査請求についての裁決を経ることにより生ずる著しい損害を避けるため緊急の必要があるとき、その他その決定又は裁決を経ないことにつき正当な理由があるとき。
２ 行政手続法の定め
(1) 行政手続法２条３号は、申請とは、法令に基づき、行政庁の許可、認可、免許その他の自己に対し何らかの利益を付与する処分（以下「許認可等」という。）を求める行為であって、当該行為に対して行政庁が諾否の応答をすべきこととされているものをいう旨を定めている。
(2) 行政手続法８条１項は、行政庁は、申請により求められた許認可等を拒否する処分をする場合は、申請者に対し、同時に、当該処分の理由を示さなければならないが（本文）、法令に定められた許認可等の要件又は公にされた審査基準が数量的指標その他の客観的指標により明確に定められている場合であって、当該申請がこれらに適合しないことが申請書の記載又は添付書類その他の申請の内容から明らかであるときは、申請者の求めがあったときにこれを示せば足りる（ただし書）旨を定めている。
３ 所得税法の定め
(1) 所得税法３３条１項は、譲渡所得とは、資産の譲渡（建物又は構築物の所有を目的とする地上権又は賃借権の設定その他契約により他人に土地を長期間使用させる行為で政令で定めるものを含む。以下同条において同じ。）による所得をいう旨を定めている。
(2) 所得税法３３条３項は、譲渡所得の金額は、次のア又はイに掲げる所得につき、それぞれその年中の当該所得に係る総収入金額から当該所得の基因となった資産の取得費及びその資産の譲渡に要した費用の額の合計額を控除し、その残額の合計額（次のア又はイのうちいずれかに掲げる所得に係る総収入金額が当該所得の基因となった資産の取得費及びその資産の譲渡に要した費用の額の合計額に満たない場合には、その不足額に相当する金額を他の号に掲げる所得に係る残額から控除した金額。以下同条において「譲渡益」という。）から譲渡所得の特別控除額を控除した金額とする旨を定めている。
ア １号資産の譲渡（所得税法３３条２項の規定に該当するものを除く。後記イにおいて同じ。）でその資産の取得の日以後５年以内にされたものによる所得（政令で定めるものを除く。）
イ ２号資産の譲渡による所得で前記アに掲げる所得以外のもの
(3) 所得税法３３条４項は、同条３項に規定する譲渡所得の特別控除額は、５０万円（譲渡益が５０万円に満たない場合には、当該譲渡益）とする旨を定めている。
４ 租特法の定め
(1) 租特法３１条１項は、①個人が、その有する土地若しくは土地の上に存する権利（以下同法３２条までにおいて「土地等」という。）又は建物及びその附属設備若しくは構築物（以下同条までにおいて「建物等」という。）で、その年１月１日において所有期間（当該個人がその譲渡をした土地等又は建物等をその取得〔建設を含む。〕をした日の翌日から引き続き所有していた期間として政令で定める期間をいう。同法３１条２項）が５年を超えるものの譲渡（所得税法３３条１項に規定する建物又は構築物の所有を目的とする地上権又は賃借権の設定その他契約により他人に土地を長期間使用させる行為で政令で定めるものを含む。以下租特法３１条から３２条までにおいて同じ。）をした場合には、当該譲渡による譲渡所得については、所得税法２２条及び８９条並びに１６５条の規定にかかわらず、他の所得と区分し、その年中の当該譲渡に係る譲渡所得の金額（同法３３条３項に規定する譲渡所得の特別控除額の控除をしないで計算した金額とし、租特法３２条１項に規定する短期譲渡所得の金額の計算上生じた損失の金額があるときは、同項後段の規定にかかわらず、当該計算した金額を限度として当該損失の金額を控除した後の金額とする。以下「長期譲渡所得の金額」という。）に対し、長期譲渡所得の金額（同法３１条３項３号の規定により読み替えられた所得税法７２条から８７条までの規定の適用がある場合には、その適用後の金額。以下、租特法３５条１項１号の規定により読み替えられたものを含めて「課税長期譲渡所得金額」という。）の１００分の１５に相当する金額に相当する所得税を課し（前段）、②この場合において、長期譲渡所得の金額の計算上生じた損失の金額があるときは、同法その他所得税に関する法令の規定の適用については、当該損失の金額は生じなかったものとみなす旨を定めている。
(2)ア租特法３５条１項は、個人が、その居住の用に供している家屋で政令で定めるものの譲渡（当該個人の配偶者その他の当該個人と政令で定める特別の関係がある者に対してするもの及び所得税法５８条の規定又は租特法３３条から３３条の４まで、３７条、３７条の４、３７条の７若しくは３７条の９の２から３７条の９の４までの規定の適用を受けるものを除く。以下同法３５条において同じ。）若しくは当該家屋とともにするその敷地の用に供されている土地若しくは当該土地の上に存する権利の譲渡（譲渡所得の基因となる不動産等の貸付けを含む。以下同条において同じ。）をした場合又は災害により滅失した当該家屋の敷地の用に供されていた土地若しくは当該土地の上に存する権利の譲渡若しくは当該家屋で当該個人の居住の用に供されなくなったものの譲渡若しくは当該家屋で当該個人の居住の用に供されなくなったものとともにするその敷地の用に供されている土地若しくは当該土地の上に存する権利の譲渡を、これらの家屋が当該個人の居住の用に供されなくなった日から同日以後３年を経過する日の属する年の１２月３１日までの間にした場合には、当該個人がその年の前年又は前々年において既に同条１項又は同法３６条の２、３６条の５、４１条の５若しくは４１条の５の２の規定の適用を受けている場合を除き、これらの全部の資産の譲渡に対する同法３１条又は３３条の規定の適用については、次に定めるところによる旨を定めている。
(ア) １号同法３１条１項中「長期譲渡所得の金額（」とあるのは、「長期譲渡所得の金額から３０００万円（長期譲渡所得の金額のうち同法３５条１項の規定に該当する資産の譲渡に係る部分の金額が３０００万円に満たない場合には当該資産の譲渡に係る部分の金額とし、同項２号の規定により読み替えられた同法３２条１項の規定の適用を受ける場合には３０００万円から同項の規定により控除される金額を控除した金額と当該資産の譲渡に係る部分の金額とのいずれか低い金額とする。）を控除した金額（」とする。
(イ) ２号（省略）
イ 租特法３５条２項は、同条１項の規定は、その適用を受けようとする者の同項に規定する資産の譲渡をした日の属する年分の確定申告書に、同項の規定の適用を受けようとする旨及び同項の規定に該当する事情の記載があり、かつ、当該譲渡による譲渡所得の金額の計算に関する明細書その他財務省令で定める書類の添附がある場合に限り適用する旨を定めている。以上
別紙２省略
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2012/pdf/11890.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。